| New file |
|---|
| 0,0 → 1,264 |
|---|
| <?php |
| /** |
| * PHP Version 5 |
| * |
| * @category PHP |
| * @package jrest |
| * @author David Delon <david@tela-botania.org> |
| * @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org> |
| * @copyright 2010 Tela-Botanica |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL |
| * @version SVN: <svn_id> |
| * @link /doc/jrest/ |
| */ |
| |
| /** |
| * |
| * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client |
| * ne soit dépendant de la version d'eflore |
| */ |
| class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel { |
| |
| const DEBUG = FALSE; |
| |
| private $url_service_nom = null; |
| private $url_service_taxon = null; |
| private $url_service_chorologie = null; |
| |
| private $masque_recherche = null; |
| private $code_referentiel = 'bdtfx'; |
| |
| // initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax() |
| // si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591 |
| public $is_notation_spe = FALSE; |
| |
| // un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque= |
| // qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS) |
| static $cache = array(); |
| |
| public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') { |
| parent::__construct($config); |
| $this->setReferentiel($code_referentiel); |
| } |
| |
| public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') { |
| $this->code_referentiel = $code_referentiel; |
| $this->formaterUrlsServices($this->config); |
| } |
| |
| private function formaterUrlsServices($config) { |
| $this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']); |
| $this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']); |
| $this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs']; |
| $this->config = $config; |
| } |
| |
| public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) { |
| $liste_genre_espece = array(); |
| $this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')); |
| $masque = urlencode($this->masque_recherche); |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au'); |
| $urlService = $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au'; |
| $requete = @file_get_contents($urlService); |
| if($requete != '') { |
| $requete = json_decode($requete); |
| if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) { |
| foreach ($requete->resultat as $id => $res) { |
| $retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4'; |
| $liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu, $res->nom_sci); |
| } |
| } |
| usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom')); |
| } |
| return $liste_genre_espece; |
| } |
| |
| function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) { |
| if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) { |
| return -1; |
| } elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) { |
| return 1; |
| } else { |
| // maintient l'ordre lexicographique - et normalement le genre en premier, en utilisant le nom_sci (sans auteur) |
| return strcasecmp($a[3], $b[3]); |
| // @WTF levenshtein c'était juste pour garder le genre en premier ? |
| //return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]); |
| } |
| } |
| |
| public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) { |
| $resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom); |
| $retour_infos_complementaires = array(); |
| if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) { |
| $retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']))); |
| } |
| |
| return $retour_infos_complementaires; |
| } |
| |
| public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) { |
| $nom_saisi = trim($nom_saisi); |
| // Essai de recherche sur le nom saisi tel quel |
| $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte'); |
| if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece; |
| |
| // Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur |
| if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide |
| $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte'); |
| } |
| if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece; |
| |
| // avant-dernière tentative : essai de recherche étendue |
| $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue'); |
| if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece; |
| |
| // dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci) |
| $liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat'); |
| |
| return $liste_genre_espece; |
| } |
| |
| private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') { |
| $url = sprintf( |
| '%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1', |
| $this->url_service_nom, |
| urlencode($nom_saisi), |
| $mode, |
| implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet"))); |
| |
| if(! array_key_exists($url, self::$cache)) { |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $url); |
| $res = @json_decode(file_get_contents($url)); |
| self::$cache[$url] = $res; |
| } else { |
| $res = self::$cache[$url]; |
| } |
| if(!$res) return NULL; |
| $resultat = (array)$res->resultat; |
| return array_pop($resultat); |
| } |
| |
| static function supprimerAuteur($nom_saisi) { |
| // TODO: gérer les hybrides |
| if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) { |
| $nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi); |
| $derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x'); |
| $nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2)); |
| } else { |
| /* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100% |
| mais ça marche dans la plupart des cas |
| à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */ |
| $nameparser = new NameParser(); |
| $auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi); |
| $nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi); |
| } |
| |
| return trim($nom_saisi_sans_auteur); |
| } |
| |
| static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) { |
| return strpos($nom_saisi,' x ') !== false; |
| } |
| |
| static function estUnHybride($nom_saisi) { |
| return strpos($nom_saisi,'x ') === 0; |
| } |
| |
| public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) { |
| if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) { |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/'); |
| return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' . |
| $ref . '/' . |
| 'noms' . '/' . |
| $num_nom . |
| '?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur', |
| 'id', |
| 'nom_retenu_complet', |
| 'nom_retenu.id', |
| 'num_taxonomique', |
| 'famille')))); |
| } |
| // XXX: compat |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'); |
| return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille')); |
| } |
| |
| static function supprimerBiblio($nom) { |
| return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom)); |
| } |
| |
| public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) { |
| $nt = null; |
| $url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique'; |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url"); |
| $resultat = @file_get_contents($url); |
| if($resultat != '') { |
| $infos = json_decode($resultat); |
| $nt = $infos->num_taxonomique; |
| } |
| |
| return $nt; |
| } |
| |
| public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) { |
| $presence_taxon = false; |
| $url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1'; |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url"); |
| $resultat = @file_get_contents($url); |
| if($resultat != '') { |
| $resultat = json_decode($resultat); |
| if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) { |
| $presence_taxon = true; |
| } |
| } |
| return $presence_taxon; |
| } |
| |
| /* texte libre, nom scientifique, |
| ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999) |
| ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999) |
| TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */ |
| function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) { |
| preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements); |
| if($elements) { |
| $this->is_notation_spe = TRUE; |
| list(, $ref, $type, $num) = $elements; |
| |
| if($ref != $this->code_referentiel) { |
| // TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné |
| // mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel |
| // passé au nom d'espèce |
| // Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore |
| // un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes. |
| } |
| // Numero nomenclatural |
| if ($type == 'nn') { |
| $obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref); |
| } |
| // Numero taxonomique |
| else { |
| //TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num); |
| $obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num)); |
| } |
| if($obj) $obj->ref = $ref; |
| return $obj; |
| } |
| |
| // Nom scientifique |
| return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece); |
| } |
| |
| public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) { |
| $retour = array(); |
| if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min'); |
| $resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min'); |
| if($resultat != '') { |
| $resultat = json_decode($resultat); |
| if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) { |
| $retour = $resultat->resultat; |
| } |
| } |
| return $retour; |
| } |
| } |