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| <?php |
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| /** |
| * Classe qui va effectuer toutes les operations liees aux referentiels ou rechercher |
| * des informations sur les taxons dans les tables des referentiels dans la base de donnees |
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| * Operations a utiliser : |
| * - recupererListeReferentielsDisponibles (statique) : recherche dans les fichiers de configuration |
| * la liste des referentiels disponibles et les renvoie dans un tableau |
| * |
| * - chargerTaxon : recherche dans la table possedant le meme nom que le nom du referentiel en attribut |
| * les informations generales sur un taxon (numero nomenclatural retenu, numero taxonomique, |
| * nom scientifique, rang) a partir de son numero taxonomique |
| * On stockera dans un attribut un tableau associatif contenant ces informations + le nom du referentiel, |
| * ou la valeur nulle si aucun taxon n'a ete trouve |
| * |
| * - recupererSousTaxons : a partir du numero nomenclatural d'un taxon, la fonction va recuperer |
| * tous les taxons de rang inferieur de maniere recursive jusqu'en ne plus en trouver de nouveaux |
| * la recherche s'effectuera seulement au niveau des rangs famille, genre, espece et sous-espece |
| * pour limiter le nombre d'informations qui sera a la fin renvoye |
| * |
| * - obtenirNumeroNomenclatural : recherche le numero nomenclatural d'un taxon a partir de son nom scientifique |
| * |
| * @package framework-0.3 |
| * @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org> |
| * @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt> |
| * @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt> |
| * @version $Id$ |
| * @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * |
| */ |
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| define("RANG_FAMILLE", 180); |
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| class Referentiel { |
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| private $nomComplet; |
| private $nomCourt; |
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| private $taxon; |
| private $bdd = null; |
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| private $nomsChampsBdtfx = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_taxonomique', 'ns' => 'nom_sci'); |
| private $nomsChampsBdtxa = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_tax', 'ns' => 'nom_sci'); |
| private $champs; |
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| public function __construct($nomReferentiel, $taxon = null) { |
| $this->nomComplet = $nomReferentiel; |
| $this->nomCourt = current(explode('_', $nomReferentiel)); |
| $proprieteChamps = 'nomsChamps' . ucfirst($this->nomCourt); |
| foreach ($this->$proprieteChamps as $nomCourt => $nomChamp) { |
| $this->champs[$nomCourt] = $nomChamp; |
| } |
| $this->taxon = $taxon; |
| } |
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| public function renvoyerNomCompletReferentiel() { |
| return $this->nomComplet; |
| } |
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| public function renvoyerTaxon() { |
| return $this->taxon; |
| } |
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| public function chargerTaxon($numTaxon) { |
| $taxon = null; |
| // verifier que le numero de taxon soit bien une chaine de caracteres composee uniquement |
| // que de nombres entiers avant de construire la requete SQL a executer |
| if (preg_match('/^\d+$/', $numTaxon) == 1) { |
| $requete = |
| "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ". |
| $this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ". |
| $this->champs['nt']."={$numTaxon} AND num_nom=".$this->champs['nn']." ". |
| "ORDER BY rang, If(num_nom=".$this->champs['nn'].", 0, 1) LIMIT 0, 1"; |
| $taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete); |
| if ($taxon == false) { |
| $taxon = null; |
| } else { |
| $taxon['referentiel'] = $this->nomComplet; |
| } |
| } |
| $this->taxon = $taxon; |
| } |
| |
| |
| public function recupererSousTaxons($listeNn = null) { |
| $sousTaxons = array(); |
| if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] >= RANG_FAMILLE) { |
| if (is_null($listeNn)) { |
| $listeNn = $this->taxon['nn']; |
| } |
| $requete = |
| "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ". |
| $this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ". |
| "num_tax_sup IN ({$listeNn}) AND num_nom=".$this->champs['nn']; |
| $resultats = $this->getBdd()->recupererTous($requete); |
| |
| $nouvelleListeNn = ''; |
| foreach ($resultats as $sousTaxon) { |
| $sousTaxons[] = $sousTaxon; |
| $nouvelleListeNn .= (strlen($nouvelleListeNn) == 0 ? '' : ',') . $sousTaxon['nn']; |
| } |
| // recherche de sous taxons au niveau inferieur (parcours recursif de la methode) |
| if (count($resultats) > 0) { |
| $sousTaxons = array_merge($sousTaxons, $this->recupererSousTaxons($nouvelleListeNn)); |
| } |
| } |
| |
| return $sousTaxons; |
| } |
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| private function getBdd() { |
| if (is_null($this->bdd)) { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| } |
| $nomBdd = Config::get('bdd_eflore'); |
| if (is_null($nomBdd)) { |
| $nomBdd = Config::get('bdd_nom'); |
| } |
| $this->bdd->requeter("USE ".$nomBdd); |
| return $this->bdd; |
| } |
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| public static function recupererListeReferentielsDisponibles() { |
| $tableau = array(); |
| $tableauPartiel = explode(',', Config::get('referentiels_dispo')); |
| $tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel); |
| foreach ($tableauPartiel as $champ) { |
| if (strpos($champ, '=') === false) { |
| $tableau[] = $champ; |
| } else { |
| list($cle, $val) = explode('=', $champ); |
| $clePropre = trim($cle); |
| $valeurPropre = trim($val); |
| $tableau[$clePropre] = $valeurPropre; |
| } |
| } |
| return $tableau; |
| } |
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| public function obtenirNumeroNomenclatural($nomScientifique) { |
| $aProteger = $this->getBdd()->proteger(trim($nomScientifique) . '%'); |
| $requete = "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn FROM ".$this->nomComplet." ". |
| "WHERE ".$this->champs['ns']." LIKE ".$aProteger; |
| $taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete); |
| if ($taxon == false) { |
| $taxon = null; |
| } else { |
| $taxon['referentiel'] = $this->nomComplet; |
| } |
| return $taxon; |
| } |
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| } |
| ?> |