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/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/sophy/Cartes.php
New file
0,0 → 1,164
<?php
/**
*
* Service Cartes
*
* Service renvoyant la carte de flore probable issue des données sophy
* (très simple, convertir un num tax en numéro fournier, puis construit l'url
* de la carte)
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Aurélien PERONNET <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 0.1
* @copyright 2014 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
class SophyCartes {
const MIME_TEXT = 'text/plain';
const MIME_PNG = 'image/png';
const MIME_JSON = 'application/json';
private $types_cartes_autorises = array('flore-probable');
private $bdd;
private $format_retour;
private $type_num_demande;
private $num_demande;
public function consulter($ressources, $param) {
// Initialisation des variables
$this->ressources = $ressources;
$this->param = $param;
$this->traiterRessources();
$this->traiterParametres();
if($this->type_num_demande == "nn") {
//TODO: obtenir nt grâce aux autres services
$this->num_demande = $this->obtenirCorrespondanceNtPourNn($this->num_demande);
$this->type_num_demande = "nt";
}
$resultat = $this->obtenirCarteFloreProbable($this->num_demande);
return $resultat;
}
private function obtenirCarteFloreProbable($nt) {
$num_fournier = $this->obtenirCorrespondanceFournier($nt);
if($num_fournier == null) {
$message = "Aucune carte n'existe pour le numéro demandé";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $this->formerCarteFloreProbable($num_fournier);
}
public function formerCarteFloreProbable($num_fournier) {
 
$resultat = new ResultatService();
$url = sprintf(Config::get('chemin_cartes_tpl'), $num_fournier);
$resultat->corps = ($this->format_retour == self::MIME_PNG) ? self::getCartePng($url) : array('binaire.href' => $url);
$resultat->mime = ($this->format_retour == self::MIME_PNG) ? self::MIME_PNG : self::MIME_JSON;
 
return $resultat;
}
private static function getCartePng($url){
$ch = curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, 1);
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, $url);
$data = curl_exec($ch);
curl_close($ch);
return $data;
}
private function traiterRessources() {
if(!in_array($this->ressources[0], $this->types_cartes_autorises)) {
$message = 'Erreur dans les parametres de requête : </br> '.
'Le type de carte '.$this->ressources[0].' est inconnu, <br />'.
'Les type autorisés sont : '.implode(',', $this->types_cartes_autorises);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
$matches = array();
if(preg_match("/([a-z]*).(nn|nt):([0-9]*)/", $this->ressources[1], $matches)) {
//TODO: quoi faire du référentiel
$this->type_num_demande = $matches[2];
$this->num_demande = $matches[3];
} else {
$message = 'Erreur dans les parametres de requête : </br> '.
'Le service s\'interroge sous la forme sophy/cartes/type_carte/bdtfx.nn:XXXX ou '.
'sophy/cartes/type_carte/bdtfx.nt:XXXX ';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
private function traiterParametres() {
$formats = array('image/png', 'text/plain');
$this->format_retour = self::MIME_PNG;
if(isset($this->param['retour.format']) &&
!in_array($this->param['retour.format'], $formats)) {
$message = 'Erreur dans les parametres de recherche de votre requête : </br> '.
"Le paramètre retour.format ne peut prendre que les valeurs suivantes : ".implode(',', $formats)." ";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
} else {
if(isset($this->param['retour.format'])) {
$this->format_retour = $this->param['retour.format'];
} else {
$this->format_retour = self::MIME_TEXT;
}
}
}
private function obtenirCorrespondanceFournier($num_tax) {
$requete = "SELECT * FROM sophy_fournier_bdnff ".
"WHERE sfb_id_num_bdnff = ".$this->getBdd()->proteger($num_tax);
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
$num_fournier = null;
if(!empty($resultat)) {
$num_fournier = $resultat['sfb_id_num_fournier'];
}
return $num_fournier;
}
private function obtenirCorrespondanceNtPourNn($num_nom) {
// 90% de chances que ces cartes ne soient utilisées que bdtfx
// donc on se permet une requete directe dans la table
$requete = "SELECT num_taxonomique FROM ".Config::get('bdd_table_taxons')." ".
"WHERE num_nom = ".$this->getBdd()->proteger($num_nom);
 
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
$num_tax = null;
if(!empty($resultat)) {
$num_tax = $resultat['num_taxonomique'];
}
return $num_tax;
}
//+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Méthodes d'accès aux objets du Framework
/**
* Méthode de connection à la base de données sur demande.
* Tous les services web n'ont pas besoin de s'y connecter.
*/
protected function getBdd() {
if (! isset($this->bdd)) {
$this->bdd = new Bdd();
}
return $this->bdd;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtxa/CommunNomsTaxons.php
New file
0,0 → 1,932
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Description :
* Classe CommunNomsTaxons.php
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
 
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
private $ontologie = array();
 
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
 
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
$this->remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
 
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
 
 
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
 
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
 
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
 
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
 
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
 
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
 
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
 
public function traiterParametresCommuns() {
 
}
 
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->modifierValeur($val);
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
 
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
 
private function modifierValeur($valeur) {
$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);
$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);
return $valeur;
}
 
private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');
$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');
$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);
return $valeur;
}
 
private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));
$valeur = $valeur.'%';
return $valeur;
}
 
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
 
private function etreRessourceId() {
$ok = false;
if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {
$ok = true;
}
return $ok;
}
 
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
 
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
public function estUnIdentifiant() {
return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
 
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
public function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
foreach ($structure_nom as $structure) {
$structure = trim($structure);
$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/',
'/^au_ss$/','/^bib_ss$/');
$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre',
'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');
 
// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
$this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);
}
}
 
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
 
/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,
* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini
* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */
public function recupererTableSignification($table) {
$tables = explode(',', $table);
foreach ($tables as $tab) {
if ($tab == 'champs_comp') {
$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd
$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);
} elseif ($tab == 'champs_api') {
foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
$val = $match[1];
$this->champs_api[$key] = $val;
}
} else {
$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);
}
}
}
 
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
}else {
$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
 
}
 
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
 
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
 
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
unset($this->table_retour['id']);
}
 
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
 
public function formaterId($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
 
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
 
public function formaterIdChamp($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
return $this->table_retour;
}
 
protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
$champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
// champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/
if (in_array($champ, $champs_forces)) {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
}
}
}
}
 
public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$this->table_retour[$chp] = $valeur;
} else {
$this->table_retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
 
public function decomposerNomChamp($champ) {
$decomposition = false;
if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
$radical_champ = $match[1];
$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";
$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);
}
return $decomposition;
}
 
public function verifierValiditeChamp($champ) {
$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);
$validite_ressource = true;
if ($decomposition) {
list($radical, $suffixe) = $decomposition;
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {
$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
}
return $validite_ressource;
}
 
public function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
 
public function estChampComplementaire($radical_champ) {
$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;
return $champ_complementaire_ok;
}
 
public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {
$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
 
public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
 
public function formaterStatsAnnee($resultat) {
foreach ($resultat as $cle_annee) {
$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';
$nb = $cle_annee['nombre'];
$retour_stats_annee[$annee] = $nb;
}
return $retour_stats_annee;
}
 
public function formaterStatsRang($resultat) {
foreach ($resultat as $rangs) {
if ($rangs['rang'] != 0) {
$rang = $rangs['rang'];
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);
}
$nombre = $rangs['nombre'];
$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;
}
}
return $retour_rang;
}
 
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
 
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);
}
}
}
}
 
public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {
if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
 
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
 
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
 
public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {
$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
 
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
 
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
 
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);
break;
case 'signification' :
$this->afficherSignification($champ, $valeur);
break;
case 'href' :
$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);
$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;
break;
case 'code' :
$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);
break;
case 'notes' :
$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
 
public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);
$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
$this->table_retour = $tab_res;
}
 
private function obtenirCode($champ, $valeur) {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
return "bdnt.$code:$valeur";
}
 
private function transformerChampEnCode($champ) {
if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
}
 
$code = $champ;
if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];
}
return $code;
}
 
public function creerUrl($champ, $valeur) {
if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
 
public function afficherSignification($champ, $valeur) {
if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'].' '.
$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$nom = $this->recupererNomSci($valeur);
if ($nom != array()) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$this->service_href = $nom['service'];
}
} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);
}
}
 
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
 
public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {
if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) {
$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {
$code = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$url = Config::get('url_ontologie').$code.':'.$valeur.'/nom';
try {
$res = $this->consulterHref($url); //dans commun.php
$nom_code = $valeur;
if (is_object($res)) {
$nom_code = $res->nom;
}
$this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code);
} catch (Exception $e) {
$nom_code = '';
}
}
return $nom_code;
}
 
public function recupererNomSci($id) {
$nom = array();
if ($id != 0) {
if ($this->compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r($this->compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom)
.' FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
return $nom;
}
 
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {
$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;
 
$nom = '';
if (isset($this->compo_nom)) {
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom = array();
 
foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);
$nom = implode(' ', $nom_complet);
}
return rtrim($nom, ' ');
}
 
 
public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$this->bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
 
public function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
 
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
 
 
 
public function correspondAUnCode($key) {
return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));
}
 
public function correspondAUnId($key) {
return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));
}
 
public function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
 
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
 
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
 
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
 
private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {
if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {
$this->ontologie[$categorie] = array();
}
if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();
}
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;
}
 
private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {
return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);
}
 
private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {
return $this->ontologie[$categorie][$valeur];
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtxa/cartes/LegendeCartes.php
New file
0,0 → 1,112
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Gère le sous-service Legende de Cartes.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Cartes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class LegendeCartes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
const MIME_JSON = 'application/json';
const PRESENCE_CHOROLOGIE = '15';
 
private $formatsSupportes = array(self::MIME_JSON);
private $tableOntologie = '';
private $ontologies = '';
private $legende = array();
 
public function __construct(Conteneur $conteneur) {
$this->Bdd = $conteneur->getBdd();
$this->tableOntologie = $conteneur->getParametre('bdd_table_ontologies');
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
//$tpsDebut = microtime(true);
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
 
$resultat = $this->obtenirResultat();
 
return $resultat;
}
 
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$this->parametres['retour'] = self::MIME_JSON;
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
 
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre type de retour 'retour' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreRetour() == false) {
$erreurs[] = "Le type de retour '{$this->parametres['retour']}' n'est pas supporté.";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierValeurParametreRetour() {
return in_array($this->parametres['retour'], $this->formatsSupportes);
}
 
private function obtenirResultat() {
$this->chargerOntologies();
$this->chargerLegende();
 
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = $this->legende;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
 
return $resultat;
}
 
private function chargerOntologies() {
$requete = "SELECT * FROM {$this->tableOntologie} ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les données d'ontologies n'ont pu être chargées pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
foreach ($resultats as $ontologie) {
$this->ontologies[$ontologie['id']] = Commun::extraireComplementsOntologies($ontologie);
}
}
 
private function chargerLegende() {
foreach ($this->ontologies as $ontologie) {
if ($ontologie['classe_id'] == self::PRESENCE_CHOROLOGIE) {
$this->legende[] = array(
'code' => $ontologie['code'],
'couleur' => $ontologie['legende'],
'nom' => $ontologie['nom'],
'description' => $ontologie['description']);
}
}
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtxa/cartes/TaxonsCartes.php
New file
0,0 → 1,472
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Gère le sous-service Taxons de Cartes.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Cartes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class TaxonsCartes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
const CODE_REFTAX_DEFAUT = 'bdtxa';
const TYPE_ID_DEFAUT = 'nn';
const CARTE_DEFAUT = 'antilles';
const FORMAT_DEFAUT = '587x550';
const VERSION_DEFAUT = '+';
const MIME_SVG = 'image/svg+xml';
const MIME_PNG = 'image/png';
const PRESENCE_CHOROLOGIE = '15';
 
private $config = array();
private $convertisseur = '';
private $cheminCartesBase = '';
private $formatsSupportes = array(self::MIME_SVG, self::MIME_PNG);
private $reftaxSupportes = array(self::CODE_REFTAX_DEFAUT);
private $UrlNavigation = null;
private $taxonsDemandes = array();
private $imgLargeur = 0;
private $imgHauteur = 0;
private $tableMeta = '';
private $tableOntologie = '';
private $tableChorodep = '';
private $metadonnees = '';
private $ontologies = '';
private $priorites = '';
private $version = '';
private $legende = array();
private $donnees = array();
 
 
public function __construct(Conteneur $conteneur) {
$this->Bdd = $conteneur->getBdd();
$this->tableOntologie = $conteneur->getParametre('bdd_table_ontologies');
$this->config = $conteneur->getParametre('Cartes');
$this->convertisseur = $this->config['convertisseur'];
$this->tableMeta = $conteneur->getParametre('bdd_table_meta');
$this->tableOntologie = $conteneur->getParametre('bdd_table_ontologies');
$this->cheminCartesBase = $this->config['chemin'];
$cacheOptions = array('mise_en_cache' => $this->config['cache_miseEnCache'],
'stockage_chemin' => $this->config['cache_stockageChemin'],
'duree_de_vie' => $this->config['cache_dureeDeVie']);
$this->cache = $conteneur->getCacheSimple($cacheOptions);
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
 
$resultat = $this->obtenirResultat();
 
return $resultat;
}
 
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$this->parametres['retour'] = self::MIME_SVG;
}
if (isset($this->parametres['retour.format']) == false) {
$this->parametres['retour.format'] = self::FORMAT_DEFAUT;
}
if (isset($this->parametres['version.projet']) == false) {
$this->parametres['version.projet'] = self::VERSION_DEFAUT;
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
 
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre type de retour 'retour' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreRetour() == false) {
$erreurs[] = "Le type de retour '{$this->parametres['retour']}' n'est pas supporté.";
}
if (isset($this->parametres['retour.format']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre de format de retour 'retour.format' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreFormat() == false) {
$erreurs[] = "Le type de format '{$this->parametres['retour.format']}' n'est pas supporté.".
"Veuillez indiquer un nombre entier correspondant à la largeur désirée pour la carte.";
}
if ($this->verifierValeurParametreVersionProjet() == false) {
$erreurs[] = "Le format de version.projet '{$this->parametres['version.projet']}' n'est pas supporté.".
"Veuillez indiquer le code '+' (=dernière version) ou une année sur 4 chiffres séparé d'un mois ".
"sur deux chiffres par un point. Ex. : 2012.01";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierValeurParametreRetour() {
return in_array($this->parametres['retour'], $this->formatsSupportes);
}
 
private function verifierValeurParametreFormat() {
if ($ok = preg_match('/^([0-9]+)$/', $this->parametres['retour.format'], $match)) {
$this->imgLargeur = $match[1];
} else if ($ok = preg_match('/^([0-9]+)x([0-9]+)$/', $this->parametres['retour.format'], $match)) {
$this->imgLargeur = $match[1];
$this->imgHauteur = $match[2];
}
return $ok;
}
private function verifierValeurParametreVersionProjet() {
$ok = (preg_match('/^(?:[+]|[0-9]{4}\.[0-9]{2})$/', $this->parametres['version.projet']) == 0) ? false : true;
return $ok;
}
 
private function obtenirResultat() {
$this->analyserIdentifiants();
$this->verifierIdentifiants();
 
$this->chargerMetadonnees();
$this->definirVersion();
$this->tableChorodep = 'bdtxa_v'.str_replace('.', '_', $this->version);
$this->chargerOntologies();
$this->chargerLegende();
$this->chargerPrioritesLegende();
$this->chargerDonnees();
$svg = $this->genererSVG();
$img = ($this->parametres['retour'] == self::MIME_PNG) ? $this->convertirEnPNG($svg) : $svg;
 
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = $img;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
 
return $resultat;
}
 
private function analyserIdentifiants() {
$ids = $this->ressources[0];
if (preg_match('/^[0-9]+$/', $ids)) {
$this->taxonsDemandes[self::CODE_REFTAX_DEFAUT]['nn'][] = $ids;
} else {
// ceci contient potentiellement des formes ref_tax1.nn:1,2;ref_tax2.nt:3,4
$projetsListeEtNumNoms = explode(';', $ids);
if (count($projetsListeEtNumNoms) > 0) {
foreach ($projetsListeEtNumNoms as $projetEtNumNoms) {
$projetEtNumNoms = (strpos($projetEtNumNoms, ':')) ? $projetEtNumNoms : self::CODE_REFTAX_DEFAUT.'.nn:'.$projetEtNumNoms;
list($projetEtType, $numNoms) = explode(':', $projetEtNumNoms);
 
$projetEtType = (strpos($projetEtType, '.')) ? $projetEtType : self::CODE_REFTAX_DEFAUT.'.'.$projetEtType;
list($projet, $type) = explode('.', $projetEtType);
 
$this->taxonsDemandes[$projet][$type] = explode(',', $numNoms);
}
}
}
}
 
private function verifierIdentifiants() {
foreach (array_keys($this->taxonsDemandes) as $reftax) {
$ok = in_array($reftax, $this->reftaxSupportes);
if ($ok == false) {
$message = "Le reférentiel taxonomique '$reftax' n'est pas pris en compte par ce projet.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
}
 
private function chargerMetadonnees() {
$requete = 'SELECT * '.
"FROM {$this->tableMeta} ".
"ORDER BY date_creation DESC ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les méta-données n'ont pu être chargée pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
$this->metadonnees = $resultats;
}
 
private function definirVersion() {
if ($this->parametres['version.projet'] == '+') {
$this->version = $this->metadonnees[0]['version'];
} else {
$this->version = $this->parametres['version.projet'];
}
}
 
private function chargerOntologies() {
$requete = 'SELECT * '.
"FROM {$this->tableOntologie} WHERE classe_id = (SELECT id FROM eflore_ontologies WHERE code ='presenceChorologie')";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les données de légende n'ont pu être chargées pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
foreach ($resultats as $ontologie) {
$this->ontologies[$ontologie['id']] = Commun::extraireComplementsOntologies($ontologie);
}
}
 
private function chargerLegende() {
foreach ($this->ontologies as $ontologie) {
if ($ontologie['classe_id'] == self::PRESENCE_CHOROLOGIE) {
$this->legende[$ontologie['code']] = $ontologie['legende'];
}
}
}
 
private function chargerPrioritesLegende() {
foreach ($this->ontologies as $ontologie) {
if ($ontologie['classe_id'] == self::PRESENCE_CHOROLOGIE && isset($ontologie['priorite'])) {
$this->priorites[$ontologie['code']] = $ontologie['priorite'];
}
}
}
 
private function chargerDonnees() {
$conditions = $this->getConditions();
$requete = 'SELECT nom_sci, `presence_Guadeloupe`, `presence_Martinique`, `presence_Saint_Martin`, '.
"`presence_La_Desirade`, `presence_Saint_Barthelemy`, `presence_Marie_Galante`, ".
"`presence_Les-Saintes` ".
"FROM {$this->tableChorodep} ".
(isset($conditions) ? 'WHERE '.implode(' AND ', $conditions) : '');
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$this->donnees = $resultat;
}
 
private function getConditions() {
$conditions = null;
if ($nnListe = $this->getListeNumNom()) {
$conditions[] = "num_nom IN ($nnListe) ";
}
if ($ntListe = $this->getListeNumTax()) {
$conditions[] = "num_tax IN ($ntListe) ";
}
return $conditions;
}
 
private function getListeNumNom() {
$nnListe = null;
$refTax = self::CODE_REFTAX_DEFAUT;
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax])) {
$nnProteges = array();
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax]['nn'])) {
foreach ($this->taxonsDemandes[$refTax]['nn'] as $nn) {
$nnProteges[] = $this->Bdd->proteger($nn);
}
$nnListe = implode(',', $nnProteges);
}
}
return $nnListe;
}
 
private function getListeNumTax() {
$ntListe = null;
$refTax = self::CODE_REFTAX_DEFAUT;
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax])) {
$ntProteges = array();
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax]['nt'])) {
foreach ($this->taxonsDemandes[$refTax]['nt'] as $nt) {
$ntProteges[] = $this->Bdd->proteger($nt);
}
$ntListe = implode(',', $ntProteges);
}
}
return $ntListe;
}
 
private function genererSVG() {
$dom = new DOMDocument('1.0', 'UTF-8');
$dom->validateOnParse = true;
 
$fichierCarteSvg = $this->cheminCartesBase.self::CARTE_DEFAUT.'.svg';
$dom->load($fichierCarteSvg);
 
$racineElement = $dom->documentElement;
$racineElement->setAttribute('width', $this->imgLargeur);
if ($this->imgHauteur != 0) {
$racineElement->setAttribute('height', $this->imgHauteur);
}
 
$css = $this->creerCssCarte();
$styleElement = $dom->getElementsByTagName('style')->item(0);
$css = $styleElement->nodeValue.$css;
$txtCss = $dom->createCDATASection($css);
$styleElement->nodeValue = '';
$styleElement->appendChild($txtCss);
 
$titre = $this->creerTitre();
$titreCdata = $dom->createCDATASection($titre);
$titreElement = $dom->getElementsByTagName('title')->item(0);
$titreElement->nodeValue = '';
$titreElement->appendChild($titreCdata);
 
$taxonTitre = $this->creerTitreTaxon();
$taxonCdata = $dom->createCDATASection($taxonTitre);
$xpath = new DOMXPath($dom);
$taxonTitreEl = $xpath->query("//*[@id='titre-taxon']")->item(0);
$taxonTitreEl->nodeValue = '';
$taxonTitreEl->setAttribute('title', $taxonTitre);
$taxonTitreEl->appendChild($taxonCdata);
 
$svg = $dom->saveXML();
return $svg;
}
 
private function creerCssCarte() {
$css = '';
$this->getZonesPriorites();
$zonesCouleurs = $this->getZonesCouleurs();
foreach ($zonesCouleurs as $couleur => $zonesClasses) {
$classes = implode(', ', $zonesClasses);
$css .= "$classes {"."\n"."fill:$couleur;"."\n"."}"."\n";
}
return $css;
}
 
private function getZonesPriorites() {
$this->zones = array();
$zonesPrioritaires = array();
foreach ($this->donnees as $donnee) {
foreach ($donnee as $zoneId => $codeLegende) {
if (preg_match('/^presence_(.)*$/i', $zoneId)) {
$zoneId = $this->formaterZoneId($zoneId);
if (array_key_exists($codeLegende, $this->priorites)) {
$priorite = $this->priorites[$codeLegende];
if (array_key_exists($zoneId, $zonesPrioritaires) == false) {
$zonesPrioritaires[$zoneId] = 0;
}
if ($priorite > $zonesPrioritaires[$zoneId]) {
$zonesPrioritaires[$zoneId] = $priorite;
$this->zones[$zoneId] = $codeLegende;
}
}
}
}
}
}
 
private function formaterZoneId($zoneId) {
$zoneId = strtolower(str_replace('presence_', '', $zoneId));
$zoneId = str_replace('-', '_', $zoneId);
return $zoneId;
}
 
private function getZonesCouleurs() {
$zones = array();
ksort($this->zones);
foreach ($this->zones as $zoneId => $codeLegende) {
if (array_key_exists($codeLegende, $this->legende)) {
$couleur = $this->legende[$codeLegende];
$zones[$couleur][] = strtolower('.'.sprintf('%02s', $zoneId));
}
}
return $zones;
}
 
private function creerTitre() {
$titre = "Carte en cours d'élaboration";
if ($this->donnees != array()) {
$titre .= ' pour '.$this->creerTitreTaxon();
}
return $titre;
}
 
private function creerTitreTaxon() {
$titre = '';
$noms = array();
foreach ($this->donnees as $donnee) {
$noms[] = $donnee['nom_sci'];
}
$titre = implode(', ', $noms);
return $titre;
}
 
private function convertirEnPNG($svg) {
$png = null;
if (isset($this->convertisseur)) {
if ($this->convertisseur == 'imagick') {
if (extension_loaded('imagick')) {
$png = $this->convertirEnPNGAvecImageMagick($svg);
} else {
$message = "Impossible de générer l'image sur le serveur. Extenssion ImageMagick abscente.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($this->convertisseur == 'rsvg') {
$png = Commun::convertirEnPNGAvecRsvg($this->getIdFichier(), $this->config['cache_stockageChemin'], $svg);
} else {
$message = "Le convertisseur indiqué '{$this->convertisseur}' ne fait pas parti de la liste ".
"des convertisseurs disponibles : imagick, rsvg.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else {
$message = "Veuillez indiquer le convertisseur de svg à utiliser pour le service.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
return $png;
}
 
private function convertirEnPNGAvecImageMagick($svg) {
$convertisseur = new Imagick();
$convertisseur->setBackgroundColor(new ImagickPixel('transparent'));
$convertisseur->readImageBlob($svg);
$convertisseur->setImageFormat('png32');
$convertisseur->resizeImage($this->imgLargeur, $this->imgHauteur, imagick::FILTER_LANCZOS, 0, true);
$png = $convertisseur->getImageBlob();
$convertisseur->clear();
$convertisseur->destroy();
return $png;
}
 
private function getIdFichier() {
$id = '';
foreach ($this->taxonsDemandes as $reftax => $ids) {
$id[] = $reftax;
foreach ($ids as $type => $vals) {
$id[] = $type;
$id[] = implode('-', $vals);
}
}
$id = implode('-', $id);
return $id;
}
 
public function getParametreTableau($cle) {
$tableau = array();
$parametre = $this->config[$cle];
if (empty($parametre) === false) {
$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') === false) {
$tableau[] = trim($champ);
} else {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$tableau[trim($cle)] = trim($val);
}
}
}
return $tableau;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtxa/Noms.php
New file
0,0 → 1,720
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques.
* Si l'url finit par /noms on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /noms?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.gen (nom de genre), masque.sp (épithète d'espèce), masque.ssp (épithète infra-spécifique),
* masque.au (auteur du nom), masque.an (année de publication du nom), masque.bib (réf biblio de la publi d'origine du nom), masque.ad (nomen addendum),
* masque.nn (identifiant du nom), recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format, nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
* Les différentes requetes :
* - noms | noms/relations/#projet/#id_projet | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ
* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores
* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales
*
* @package bdtfx
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Noms
*/
 
class Noms extends CommunNomsTaxons {
 
protected $format_reponse = 'noms'; // Permet de stocker la requete formulée
protected $service = 'noms';
protected $serviceNom = 'noms';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = '';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $distinct = null; // Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
 
//+----------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametresSpecifiques() {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.sg' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_supra_generique', $val);
break;
case 'masque.gen' :
$this->ajouterFiltreMasque('genre', $val);
break;
case 'masque.sp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_sp', $val);
break;
case 'masque.ssp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_infra_sp',$val);
break;
case 'masque.au' :
$this->ajouterFiltreMasque('auteur', $val);
break;
case 'masque.an' :
$this->ajouterFiltreMasque('annee', $val);
break;
case 'masque.bib' :
$this->ajouterFiltreMasque('biblio_origine',$val);
break;
case 'masque.ad' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_addendum', $val);
break;
case 'masque.nn' :
$this->requete_condition []= 'num_nom IN ('.$val.')';
$this->masque['num_nom'] = "num_nom=$val";
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition []= 'num_tax IN ('.$val.')';
$this->masque['num_tax'] = "num_tax=$val";
break;
case 'masque.rg' :
$this->ajouterFiltreMasque('rang', $val);
break;
case 'retour.champs' :
$this->verifierParamChamps($param, $val);
break;
case 'distinct' :
$this->ajouterNomDistinct($val);
break;
case 'masque.fam' :
$this->ajouterFiltreMasque('famille', $val);
break;
case 'masque.sto' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_origine', $val);
break;
case 'masque.sti' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_introduction', $val);
break;
case 'masque.stc' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_culture', $val);
break;
case 'masque.and' :
$this->requete_condition []= " annee >= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.anf' :
$this->requete_condition []= " annee <= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.prgua' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Guadeloupe', $val);
break;
case 'masque.prmar' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Martinique', $val);
break;
case 'masque.prstm' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Martin', $val);
break;
case 'masque.prdes' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_La_Desirade', $val);
break;
case 'masque.prstb' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Barthelemy', $val);
break;
case 'masque.prmga' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Marie_Galante', $val);
break;
case 'masque.prsai' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Les-Saintes', $val);
break;
}
}
}
 
public function verifierParamChamps($param, $val) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$champs_demandes = explode(',', $val);
$champs_verifies = array();
$champs_api = array_flip($this->champs_api);
$champs_supp = array('nom_retenu_complet'=>'num_nom_retenu', 'basionyme_complet'=>'basionyme');
$champs_api = array_merge($champs_api, $champs_supp);
foreach ($champs_demandes as $champ) {
if (array_key_exists($champ, $champs_api)) {
$champs_verifies[] = $champs_api[$champ];
}
}
if (count($champs_verifies) > 0) {
$this->requete_champ .= ', '.implode(',', $champs_verifies);
}
}
 
/** Permet de rajouter à la requete sql le parametre distinct. N'est utilisé qu'avec le format oss */
public function ajouterNomDistinct($distinct) {
if (isset($distinct)) {
if ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$this->distinct = ' distinct ';
} elseif ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> L\'utilisation du paramètre distinct ne se fait que sous
le format oss';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
//-----------------FONCTION D'ANALYSE DES RESSOURCES--------------------------------------------------------------------
 
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
//on initialise la condition de la requete sql et le format de réponse
$this->requete_condition = array(); //on vide la table dans le cas de plusieurs version
$this->requete_condition[] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);
$this->format_reponse = $this->service.'/id';
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
if ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/#champ+#champ </li>
<li> noms/#id/relations/synonymie </li> <li> noms/#id/relations/flores </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { // requete de type noms/#id : rajout du nom_sci pour récupérer le format html par la fct mettreAuFormat()
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
 
public function traiterRessourceRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
$projet = $this->ressources[1];
$num_nom = $this->ressources[2];
if (strrpos($num_nom, 'nn.coste') !== false) {
list($p, $nn) = explode('=', $num_nom);
$num_nom = $nn;
}
$champ = "flore_$projet"."_num";
if (isset($this->ressources[3])) {
$type = $this->ressources[3];
if (!in_array($type, array('homonymie', 'synonymie', 'flores'))) {
$e = "Les types disponibles pour les noms sont homonymie, synonymie et flores";
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
$this->requete_champ = ' num_nom ';
$this->requete_condition = array();
$this->requete_condition[] = "$champ = ".$this->getBdd()->proteger($num_nom);
}
 
public function traiterRessourceIdRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
// requete de type noms/#id/relations/#relation
switch ($this->ressources[2]) {
case 'synonymie' :
$this->traiterRessourceIdSynonymie();
break;
case 'flores' :
$this->traiterRessourceIdFlores();
break;
case 'homonymie' :
$this->traiterRessourceIdHomonymie();
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/flores </li> <li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
 
public function traiterRessourceIdSynonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, basionyme FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X LIMIT 0,100;
$this->format_reponse .= '/synonymie';
if (strrpos($this->requete_champ, ', basionyme') === false) {
$this->requete_champ .= ', basionyme ';
}
if (strrpos($this->requete_champ, ', num_type') === false) {
$this->requete_champ .= ', num_type ';
}
$this->requete_condition[0] = 'num_nom_retenu = '.
'(SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceIdHomonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE nom_sci = (SELECT nom_sci FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->format_reponse .= '/homonymie';
$this->requete_condition[0] = 'nom_sci = (SELECT nom_sci FROM '.$this->table
.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceIdFlores() {
$champ_flores = '';
foreach ($this->champs_table as $champ) {
if (preg_match('/^flore_.*$/', $champ)) {
$champ_flores .= ', '.$champ;
}
}
$this->format_reponse .= '/flores';
$this->requete_champ = 'num_nom'.$champ_flores;
}
 
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse .= '/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
 
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse .= '/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_condition = null;
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse .= '/initiales';
$this->requete_champ = 'count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2)';
}
 
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
 
public function assemblerLaRequete() {
if ( strrpos($this->format_reponse, 'noms/stats/') === false ) {
$this->mettreAuFormat(); //Ds CommunNomsTaxons.php
}
$requete = 'SELECT '.$this->retournerChamps().' '.
"FROM {$this->table} ".
$this->retournerRequeteCondition().' '.
$this->requete_group_by.' '.
$this->retournerOrderBy().' '.
$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
 
public function retournerChamps() {
$sql = '';
if ($this->distinct) {
$sql .= $this->distinct.' ';
}
if ($this->requete_champ) {
$sql .= $this->requete_champ.' ';
}
 
// Champs "virtuels" pour tier sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$sql .= ", IF(num_nom = num_nom_retenu, '0', '1') AS nom_retenu_tri ";
}
}
 
return $sql;
}
 
public function decouperParametreRetourTri() {
$tri = array('', '');
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
if (preg_match('/^(retenu)(?:,(ASC|DESC)|)$/', $this->parametres['retour.tri'], $match))
$tri[0] = $match[1];
$tri[1] = isset($match[2]) ? $match[2] : '';
}
return $tri;
}
 
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
public function retournerOrderBy() {
$orderBy = array();
 
// Tri sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$orderBy[] = "nom_retenu_tri $ordre";
}
}
// Tri par défaut
if ($this->format_reponse == 'noms') {
$orderBy[] = 'nom_sci ASC';
}
 
$sql = '';
if (count($orderBy) > 0) {
$sql = 'ORDER BY '.implode(', ', $orderBy).' ';
}
return $sql;
}
 
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'noms' && $this->format_reponse != 'noms/id/relations/synonymie'
&& $this->format_reponse != 'noms/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] =
(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
 
/** Recupere le nombre total de résultat d'une requete lancée. */
public function recupererTotalResultat() {
$total = null;
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
} else {
$e = 'Fct recupererTotalResultat() : <br/>Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
}
return $total;
}
 
 
//-------------------FONCTIONS POUR LE FORMATAGE EN JSON----------------------------------------------------------------
 
public function retournerResultatFormate($resultat) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'noms/relations' :
$reponse = $this->formaterRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations/synonymie' :
$reponse = $this->formaterIdSynonymie($resultat);
break;
case 'noms/id/relations/homonymie' :
$reponse = $this->formaterIdHomonymie($resultat);
break;
case 'noms/id/relations/flores' : //ds CommunsNomsTaxons
$reponse = $this->formaterIdFlores($resultat[0]);
break;
case 'noms/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'noms/stats/rangs' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'noms/stats/initiales' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'noms' :
$reponse = $this->formaterNoms($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id-----------------------------+
 
public function formaterRelations($resultat) {
$num_nom = $resultat['num_nom'];
if (isset($this->ressources[3])) {
$url = Config::get('url_service').$this->service."/$num_nom/relations";
} else {
$type = $this->ressources[3];
$url = Config::get('url_service')."/$this->service/$num_nom/relations/$type";
}
$res = $this->consulterHref($url);
return $res;
}
 
public function formaterIdRelations($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier lors de l'affichage
 
//on recupère le resultat de chaque relation (appel du WS correspondant)
$flores = $this->ajouterRelations('flores');
if (isset($flores)) $retour_id_rel['resultat']['flores'] = $flores;
$homonymes = $this->ajouterRelations('homonymie');
if (isset($homonymes)) $retour_id_rel['resultat']['homonymes'] = $homonymes;
$synonymes = $this->ajouterRelations('synonymie');
if (isset($synonymes)) $retour_id_rel['resultat']['synonymes'] = $synonymes;
 
//on renvoit null si il n'existe aucune relations (on efface l'entete en premier lieu)
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) {
$retour_id_rel = null;
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->ressources[0]);
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
 
/**
* Recupere les relations (type de la relation passée en paramètres :[type_relation] = synonymie, homonymie ou
* flores) par l'appel du web service [version]/noms/#id/relations/[type_relation]
*/
public function ajouterRelations($relation) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $this->table);
$res = null;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'.$this->service.'/'.
$this->ressources[0].'/relations/'.
$relation.$parametres_url;
 
$relation = $this->consulterHref($url);
 
$res = $relation->resultat;
return $res;
}
 
 
public function formaterIdSynonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$retour_id_syn = array();
if ($resultat[0]['num_nom_retenu'] == '') {
$retour_id_syn[] = 'nom_retenu N.D.';
} elseif (count($resultat) != 1) {
//on remplit d'abord l'entete du resultat
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_syn['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $tab) {
//pour chaque basionyme, on recupère le résultat : num_nom, nom_sci, basionyme et num_nom_retenu :
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('basionyme', $tab['basionyme']);
$retour_id_syn['resultat'][$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
if (!isset($retour_id_syn['resultat']) && !in_array('nom_retenu N.D.', $retour_id_syn)) {
$retour_id_syn = null; //on initialise le resultat à null
}
}
return $retour_id_syn;
}
 
public function formaterIdHomonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
if (count($resultat) != 1) {
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/homonymie');
$retour_id_hom['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $homonyme) {
$this->resultat_req = $homonyme;
$id = $homonyme['num_nom'];
$this->afficherDonnees('num_nom', $id);
if ($homonyme['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($id == $homonyme['num_nom_retenu']) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
$retour_id_hom['resultat'][$id] = $this->table_retour;
unset($retour_id_hom['resultat'][$id]['id']);
$this->table_retour = array();
}
} else {
$retour_id_hom = null;
}
return $retour_id_hom;
}
 
public function obtenirSynonymesParNumNomAvecInfosFlore($num_nom, $version='1_02') {
 
$champs_flore = 'flore_bonnier_num, flore_bonnier_rem,'.
'flore_cnrs_num, flore_cnrs_rem '.
'flore_fe_num, flore_fe_rem '.
'flore_coste_num, flore_coste_rem '.
'flore_fh_num, flore_fh_rem '.
'flore_fournier_num, flore_fournier_rem';
 
$requete = 'SELECT num_nom, nom_sci, '.$champs_flore.' '.
'FROM '.$this->table.' '.
'WHERE num_nom_retenu = '.
'('.
'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = "'.$num_nom.'"'.
')';
 
return $this->getBdd()->recupererTous($requete);
}
 
public function formaterIdFlores($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp,noms_projets');
$this->resultat_req = $resultat;
$id = array_shift($resultat);
$reponse['entete']['id'] = $id;
$synonymes_flores = $this->obtenirSynonymesParNumNomAvecInfosFlore($this->ressources[0]);
if(is_array($synonymes_flores)) {
foreach ($synonymes_flores as $synonyme) {
$nom_sci = $synonyme['nom_sci'];
$num_nom = $synonyme['num_nom'];
unset($synonyme['nom_sci']);
unset($synonyme['num_nom']);
foreach ($synonyme as $flores => $valeur) {
if ($valeur != '' && $valeur != '0') {
$this->afficherInfosFlore($synonyme, $flores, $valeur, $nom_sci, $num_nom);
}
}
}
}
 
if ($this->table_retour != array()) {
$reponse['resultat'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
} else {
$reponse = null;
}
return $reponse;
}
 
public function getNomCompletFlore($flore) {
return Config::get($flore.'_texte');
}
 
public function afficherInfosFlore(&$resultat, $flores, $valeur, $nom_sci, $num_nom) {
$flore = substr($flores,0,strrpos($flores, '_'));
$projet = $this->noms_projets[$flore];
 
//TODO voir si l'on peut factoriser les affectations à la table retour
// et simplifier ce gros pavé
if (strrpos($flores, 'num') !== false) {
if (preg_match('/^([0-9]+)(?:[.]syn[^a-z]*|(.*))?$/', $valeur, $match)) {
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['id'] = $match[1];
if ($projet == 'coste') {
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['href'] = $this->ajouterHrefAutreProjet('noms', 'nn_coste:', $match[1], $projet);
}
if (isset($match[2]) && $match[2] != '') $this->table_retour[$num_nom][$flore]['cle'] = $match[2];
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['nom_flore'] = $this->getNomCompletFlore($flore);
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['nom_sci'] = $nom_sci;
}
if (isset($resultat[$flore.'_rem']) && !empty($resultat[$flore.'_rem'])) {
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['remarque'] = $resultat[$flore.'_rem'];
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['nom_flore'] = $this->getNomCompletFlore($flore);
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['nom_sci'] = $nom_sci;
unset($resultat[$flore.'_rem']);
}
} elseif (strrpos($flores,'belge') !== false) {
if (preg_match('/^([0-9]+) (R|S)?$/', $valeur, $match)) {
if (isset($match[2])) $type = ($match[2] == 'R') ? 'taxons' : 'synonyme';
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['page'] = $match[1];
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['type'] = $type;
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['nom_flore'] = $this->getNomCompletFlore($flore);
$this->table_retour[$num_nom][$flore]['nom_sci'] = $nom_sci;
}
}
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres-------+
 
public function formaterNoms($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat); //Ds CommunNomsTaxons.php
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
 
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
 
// TODO : améliorer le tri des résultats
// ATTENTION : ce comportement est étrange
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque) && !isset($this->parametres['retour.tri'])) {
// fonction du pauvre pour palier aux "." remplacés accidentellement par des "_"
$index = str_replace('masque_','masque.',$masque[0]);
//$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$index], $resultat, $masque[1]);
}
 
// Tri à la mode du CeL : lexicographique puis noms retenus (retour.tri = "alpharet")
if (isset($this->parametres['retour.tri']) && ($this->parametres['retour.tri'] == "alpharet")) {
usort($resultat, array($this, 'genrePuisNomsRetenusEnTete'));
}
 
$table_retour_json['entete'] = $this->remplirJsonEntete();
$table_retour_json['resultat'] = $this->remplirJsonResultat($resultat);
return $table_retour_json;
}
 
// Trie les éléments du tableau de résultats : le genre en tête, puis les noms retenus, puis le reste
// mais à partir du jeu de données retourné par SQL (indépendents du statut "retenu")
private function genrePuisNomsRetenusEnTete($a, $b) {
// On pourrait utiliser l'indice ['retenu'] mais il contient parfois "absent", qui est dur à traiter
$aEstRetenu = ($a['num_nom'] == $a['num_nom_retenu']);
$bEstRetenu = ($b['num_nom'] == $b['num_nom_retenu']);
$retour = 0;
 
// les noms retenus en premier ("inférieurs")
if ($aEstRetenu) {
if (! $bEstRetenu) {
$retour = -1;
}
} else {
if ($bEstRetenu) {
$retour = 1;
}
}
 
// en cas d'égalité on conserve le tri lexicographique - devrait faire sortir le genre en première position
// car il ne contient pas le nom d'auteur
if ($retour == 0) {
$retour = strcasecmp($a['nom_sci'], $b['nom_sci']);
}
 
return $retour;
}
 
public function remplirJsonResultat($resultat) {
$champs = null;
if (array_key_exists('retour.champs', $this->parametres)) {
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
}
 
$noms = array();
foreach ($resultat as $tab) {
$this->table_retour = array();
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num); // ajoute le nom_sci, href et si le nom est retenu dans $this->table_retour
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
if ($champs != null) {
$reponse_id = $this->formaterId($tab);
$this->table_retour = array();
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
$retour = array_merge($retour, $this->table_retour);
}
$noms[$num] = $retour;
}
 
return $noms;
}
 
public function remplirJsonEntete() {
$entete = array();
if (isset($this->masque)) {
$this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
}
parent::afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
return $this->table_retour;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtxa/Taxons.php
New file
0,0 → 1,521
<?php
 
// declare(encoding='UTF-8');// ou ISO-8859-15
/**
* Description :
* Classe Taxons.php permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques retenu.
* Si l'url finit par /taxons on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /taxons?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format,
* nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-${year} Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
class Taxons extends CommunNomsTaxons {
/** Permet de stocker la requete formulée taxons | taxons/#id | taxons/#id/#champ+#champ ...*/
protected $format_reponse = 'taxons';
protected $service = 'taxons';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, num_tax as num_taxonomique ';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = ' ';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $num_nom_taxon; //Stocke le num_nom du nom retenu du num_nom recherché
protected $presence_num_tax = true;
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
public function traiterParametresSpecifiques() {
$this->requete_condition[] = 'num_nom = num_nom_retenu';
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition[] = "num_tax IN ($val)";
$this->masque[] = "num_tax=$val";
break;
case 'masque.rg':
$this->requete_condition[] = 'rang = '.$this->getBdd()->proteger($val);
$this->masque[] = "rang=$val";
break;
}
}
}
//------------------------------------------Fonction ressources---------------------------------------------------------------------
public function gererNumTax() {
if (!in_array('num_taxonomique', $this->champs_table)) {
$this->presence_num_tax = false;
$this->requete_champ = str_replace(', num_tax ', '', $this->requete_champ);
} else {
$this->presence_num_tax = true;
}
}
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
$this->format_reponse = 'taxons/id';
$this->traiterRessourceNtId();
$this->num_nom_taxon = $this->recupererNumNomTaxon(); //on recupere le taxon correspondant au num_nom recherché
if ($this->entete_http == '') {
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon);
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
//---------------- requete de type taxons/#id/#champ+#champ--------------------------------------
if ($this->ressources[1] != 'relations') { // SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
$this->format_reponse .= '/champ';
//---------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
} elseif ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> #id/relations </li> <li> #id/#champ+#champ </li> <li> #id/relations </li>
<li> #id/relations/inferieurs </li> <li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { //--------------- requete de type taxons/#id-----------------------------------------------------
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
}
public function traiterRessourceNtId() {
if (strrpos($this->ressources[0], 'nt:') !== false) {
if ($this->presence_num_tax) {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_taxonomique = X;
$this->requete_condition[0] = ' num_tax = '
.str_replace('nt:', '', $this->ressources[0]).' ';
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le numéro taxonomique n\'existe pas dans ce projet';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->ressources[0];
}
}
/** Permet de récupérer le num_nom du taxon recherché. Soit le numéro taxonomique est demandé (avec nt: )
* soit un num_nom dont on recherche le num_nom_retenu */
public function recupererNumNomTaxon() {
$identifiant = '';
if ($this->entete_http == '') {
//on récupere l'identifiant du taxon correspondant au num_nom ou num_taxonomique demandé pour pouvoir l'afficher
$req_tax = 'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0];
$res_tax = $this->getBdd()->recuperer($req_tax);
//on recherche ensuite les identifiants des taxons supérieurs ou inférieurs
if ($res_tax && $res_tax != '') {
$identifiant = $res_tax['num_nom_retenu'];
} else {
$e = 'Le numéro de taxon ou l\'identifiant de nom correspondant au num_nom '
.$this->ressources[0].' n\'existe pas dans la base.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
Debug::printr($req_tax);
}
}
return $identifiant;
}
public function traiterRessourceIdRelations() {
//----------------- requete de type taxons/#id/relations-------------------------------------------
// SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
//------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
switch ($this->ressources[2]) {
case 'superieurs' :
$rel = 'recupererIdSup';
$this->format_reponse .= '/superieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'inferieurs' :
$rel = 'recupererIdInf';
$this->format_reponse .= '/inferieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'hierarchie' :
$rel = 'recupererIdHierarchie';
$this->format_reponse .= '/hierarchie';
$this->traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel);
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> taxons/#id/relations </li><li> #id/relations/inferieurs </li>
<li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
public function traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') {
//dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdHierarchie() {
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table.' '.
' WHERE hierarchie LIKE CONCAT('.
'(SELECT hierarchie FROM '.
$this->table.' '.
'WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon).')'.
', '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon.'-%').
')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function traiterRessourceIdRelationInfSup($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') { //dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdInf() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM '
.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition).')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function recupererIdSup() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_tax_sup FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->requete_condition[] = "num_nom = num_nom_retenu" ;
$req_relation = 'SELECT num_tax_sup as num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse = 'taxons/stats/initiales';
$this->requete_champ = 'count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2) ';
}
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
public function assemblerLaRequete() {
if ($this->format_reponse != 'taxons/stats/initiales') {
$this->mettreAuFormat(); //on remplace les nom_sci par les nom_sci_html
}
$requete = ' SELECT '.$this->requete_champ.
' FROM '.$this->table
.$this->retournerRequeteCondition()
.$this->requete_group_by
.$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'taxons' && $this->format_reponse != 'taxons/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] = (($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
public function recupererTotalResultat() {
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
}
return $total;
}
 
//-------------------------FONCTIONS DE FORMATION DU RESULTAT-----------------------------------------------------------
/** Permet de récupérer le résultat à retourner propre à chaque requete et de l'encoder en json*/
public function retournerResultatFormate($resultat, $version) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'taxons/id' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/champ' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterIdChamp($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0],$version);
break;
case 'taxons/id/relations/superieurs' :
$reponse = $this->formaterIdSuperieur($resultat, $version);
break;
case 'taxons/id/relations/inferieurs' :
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/id/relations/hierarchie' :
// le formatage de la hiérarchie est identique aux relations inférieures
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'taxons/stats/rangs' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'taxons/stats/initiales' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'taxons' :
$reponse = $this->formatertaxons($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
//----------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres--------------
public function formaterTaxons($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat);
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
//print_r($resultat);
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque)) $resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$masque[0]], $resultat, $masque[1]);
if (isset($this->masque)) $this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
$table_retour_json['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
$tab_tax_inf = $this->recupererListeTaxonInf($resultat);
foreach ($resultat as $tab) {
$num = $tab['num_nom'];
if (isset($this->parametres['masque.nt'])) $this->afficherDonnees('num_taxonomique', $tab['num_taxonomique']);
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf);
$resultat_json[$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array(); //on vide le tableau table_retour
}
$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
return $table_retour_json;
}
//--------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id----------------------------------------
 
public function formaterIdRelations($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier
 
$superieurs = $this->ajouterRelations('superieurs'); //, $version);
if (isset($superieurs)) $retour_id_rel['resultat']['superieurs'] = $superieurs;
$inferieurs = $this->ajouterRelations('inferieurs', $version);
if (isset($inferieurs)) $retour_id_rel['resultat']['inferieurs'] = $inferieurs;
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) { //on renvoit un tableau null si il n'existe aucune relations
$retour_id_rel = 'null';
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->num_nom_taxon); //$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
public function ajouterRelations($relation, $version) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $version);
$res = null;
$taxon = $this->num_nom_taxon;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'
.$this->service.'/'.$version.'/'
.$this->ressources[0].'/relations/'
.$relation.$parametres_url;
$relation = $this->consulterHref($url);
if (isset($relation->resultat)) {
$res = $relation->resultat;
} elseif (isset($relation->$taxon)) { //pour les relations inf et sup
$res = $relation->$taxon;
}
return $res;
}
public function formaterIdSuperieur($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null; //si il n'existe aucune relation
$taxon_sup_traites = array();
if (($resultat) != '' ) {
//on recupere d'abord les rangs supérieurs
$sup = $resultat[0];
do {
$sup = $this->recupererIdSuperieur($sup['num_tax_sup'], $version);
if(!in_array($sup['num_nom'], $taxon_sup_traites)) {
$taxon_sup_traites[] = $sup['num_nom'];
} else {
$sup = null;
}
if ($sup['rang'] == '0') $sup['rang'] = '10'; //erreur dans la base
if (isset($sup)) $resultat[] = $sup;
} while ($sup != null);
krsort($resultat);
//on les affiche ensuite
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function recupererIdSuperieur($id, $version) {
$req = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci FROM '
.$version.' WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($id);
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res[0];
} else {
$resultat = null; //on return null si il n'y a pas de taxon superieur
}
return $resultat;
}
public function formaterIdInferieur($resultat) {
// Attention à l'ordre, on doit d'abord récupérer correpondance_champs avant champs_api
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null;
if (($resultat) != array()) {
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf) {
foreach ($tab_tax_inf as $taxNb) {
if ($taxNb['num_tax_sup'] == $num) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = $taxNb['nb'];
}
}
if (!isset($this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'])) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = '0';
}
}
public function recupererListeTaxonInf($resultat) {
// SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_tax_sup IN (id, id, id) AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
foreach ($resultat as $tab) {
$tab_num[] = $tab['num_nom']; //on regroupe ici les id des taxons dont on cherche le nb de taxon inf
}
$req = 'SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM '.$this->table
.' WHERE num_tax_sup IN ('.implode(',',$tab_num)
.') AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res;
} else {
$resultat = array(); //on retourne un tableau vide s'il n'y a pas de taxon inférieurs
}
return $resultat;
}
}
 
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtxa/Cartes.php
New file
0,0 → 1,90
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe implémentant l'API d'eFlore Cartes pour le projet bdtxa.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Cartes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class BdtxaCartes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->analyserRessources();
$resultat = $this->executerSousService();
 
return $resultat;
}
 
private function analyserRessources() {
$nbreRessources = count($this->ressources);
if ($nbreRessources == 0) {
$message = "A implémenter : carte proportionnelle ensemble des infos";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} else if ($nbreRessources == 1) {
if ($this->etreRessourceIdentifiants(0)) {
$this->sousService = 'Taxons';
} else if ($this->etreRessourceLegende(0)) {
$message = "A implémenter : légende carte proportionnelle ensemble des infos";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} else {
$message = "La ressource n°1 '{$this->ressources[0]} indiquée n'est pas valable.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($nbreRessources == 2) {
if ($this->etreRessourceIdentifiants(0) && $this->etreRessourceLegende(1)) {
$this->sousService = 'Legende';
}
}
}
 
private function etreRessourceIdentifiants($position) {
$ok = true;
if (isset($this->ressources[$position])) {
$ids = $this->ressources[$position];
$projetPattern = '(?:(?:(?:[A-Za-z0-9]+\.)?(?:nn|nt)?:)?(?:[0-9]+,)*[0-9]+)';
$patternComplet = "/^$projetPattern(?:;$projetPattern)*$/i";
$ok = preg_match($patternComplet, $ids) ? true : false;
}
return $ok;
}
 
private function etreRessourceLegende($position) {
$ok = true;
if (isset($this->ressources[$position])) {
$legende = $this->ressources[$position];
$ok = ($legende == 'legende') ? true : false;
}
return $ok;
}
 
private function executerSousService() {
if (isset($this->sousService)) {
$classe = $this->sousService.'Cartes';
require_once dirname(__FILE__).DS.'cartes'.DS.$classe.'.php';
$sousService = new $classe(new Conteneur());
$resultat = $sousService->consulter($this->ressources, $this->parametres);
} else {
$message = "L'analyse des ressources n'a pu aboutir à déterminer le sous service à executer.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $resultat;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/cel/Images.php
New file
0,0 → 1,549
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe implémentant l'API d'eFlore Images pour le projet CEL.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Images
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Aurélien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class Images extends Commun {
 
protected $parametres = array();
protected $ressources = array();
private $Bdd;
 
const CODE_REFTAX_DEFAUT = 'bdtfx';
const TAILLE_IMG_DEFAUT = 'M';
const MIME_JPEG = 'image/jpeg';
const MIME_JSON = 'application/json';
 
private $tpl_url_img;
private $config = array();
private $cheminImagesBase = '';
private $formats_supportes = array(self::MIME_JPEG, self::MIME_JSON);
private $tris_supportes = array('date');
private $retour_champs = array('determination.nom_sci' => 'nom_sel', 'determination.nom_sci.code' => 'nom_sel_nn',
'station.lieudit' => 'lieudit', 'station', 'milieu');
private $code_ref_tax_demande = null;
private $ref_tax_demande = array();
private $infosImages = array();
private $nbreImages = 0;
private $Utilisateurs = null;
private $UrlNavigation = null;
 
public function __construct(Bdd $bdd = null, Array $config = null, Utilisateurs $utilisateurs = null, Url $url = null) {
$this->config = is_null($config) ? Config::get('Images') : $config;
$this->Bdd = is_null($bdd) ? new Bdd() : $bdd;
$this->Utilisateurs = is_null($utilisateurs) ? new Utilisateurs() : $utilisateurs;
$this->UrlNavigation = is_null($url) ? new Url($this->config['urlService']) : $url;
$this->cheminImagesBase = $this->config['chemin'];
$this->tpl_url_img = $this->config['urlImagesTpl'];
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
//$tpsDebut = microtime(true);
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
 
$resultat = new ResultatService();
if ($this->parametres['retour'] == self::MIME_JPEG) {
if (@$this->parametres['retour.tri'] == 'date') { // recherche la plus vieille image du CEL
$id_image_a_renvoyer = $this->obtenirIdPremiereImage();
} else {
$id_image_a_renvoyer = $this->obtenirIdImageAuHasard();
}
$resultat->corps = $this->recupererImageBinaire($id_image_a_renvoyer);
} else if ($this->parametres['retour'] == self::MIME_JSON) {
if (isset($this->ressources[0])) {
$this->chargerInfosImage();
$this->extraireIdentitesAuteurs();
$resultat->corps = $this->formaterInfosImage($this->infosImages[0]);
} else {
$this->chargerListeImages();
$this->chargerNbreImagesTotal();
$resultat->corps = $this->formaterListeImages();
}
}
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
 
return $resultat;
}
//+---------------------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$this->parametres['retour'] = self::MIME_JSON;
}
if (isset($this->parametres['retour.format']) == false) {
$this->parametres['retour.format'] = 'M';
}
if (isset($this->parametres['navigation.depart']) == false) {
$this->parametres['navigation.depart'] = 0;
}
if (isset($this->parametres['navigation.limite']) == false) {
$this->parametres['navigation.limite'] = 100;
}
if (isset($this->parametres['referentiel']) == false) {
$this->parametres['referentiel'] = self::CODE_REFTAX_DEFAUT;
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
 
if (!isset($this->ressources[0])) {
if (isset($this->parametres['masque.nn']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre masque.nn est obligatoire.";
} else {
$this->analyserMasqueNn();
if ($this->verifierMasqueNnAutorisePourRetourJPEG() == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre masque.nn peut contenir une seule valeur numérique pour l'instant pour le format de retour image/jpeg.";
} else if ($this->verifierValeurParametreMasqueNn() == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre masque.nn est mal formé.";
}
}
}
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre type de retour 'retour' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreRetour() == false) {
$erreurs[] = "Le type de retour '{$this->parametres['retour']}' n'est pas supporté";
}
if (isset($this->parametres['retour.format']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre de format de retour 'retour.format' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreFormat() == false) {
$erreurs[] = "Le type de format '{$this->parametres['retour.format']}' n'est pas supporté";
}
if (isset($this->parametres['retour.tri'])){
if ($this->verifierValeurParametreTri() == false) {
$erreurs[] = "Le type de tri '{$this->parametres['retour.tri']}' n'est pas supporté";
}
}
 
if (isset($this->parametres['retour.champs'])){
if ($this->verifierValeurParametreRetourChamps() == false) {
$erreurs[] = "Le champs '{$this->parametres['retour.champs']}' n'existe pas";
}
}
 
if ($this->verifierValeurParametreNavigationDepart() == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre 'navigation.depart' doit possèder un valeur numérique.";
}
if ($this->verifierValeurParametreNavigationLimite() == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre 'navigation.limite' doit possèder un valeur numérique supérieure à 0.";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierMasqueNnAutorisePourRetourJPEG() {
$ok = true;
$masque = $this->parametres['masque.nn'];
$retour = $this->parametres['retour'];
 
if ($retour == self::MIME_JPEG) {
$ok = is_numeric($masque) ? true : false;
}
return $ok;
}
 
private function verifierValeurParametreMasqueNn() {
$nn = $this->parametres['masque.nn'];
$projetPattern = '(?:(?:[A-Z0-9]+:)?(?:[0-9]+,)*[0-9]+)';
$patternComplet = "/^$projetPattern(?:;$projetPattern)*$/i";
$ok = preg_match($patternComplet, $nn) ? true : false;
return $ok;
}
 
private function verifierValeurParametreRetour() {
return in_array($this->parametres['retour'], $this->formats_supportes);
}
 
private function verifierValeurParametreFormat() {
$formats = Outils::recupererTableauConfig('Images.formats');
$ok = array_key_exists($this->parametres['retour.format'], $formats);
return $ok;
}
 
private function verifierValeurParametreTri() {
return in_array($this->parametres['retour.tri'], $this->tris_supportes);
}
 
private function verifierValeurParametreRetourChamps() {
$ok = false;
$liste_champs = preg_split(',', $this->parametres['retour.champs']);
foreach ($liste_champs as $champs) {
$ok[$champs] = array_key_exists($champs, $this->retour_champs);
}
return $ok;
}
 
private function verifierValeurParametreNavigationDepart() {
$depart = $this->parametres['navigation.depart'];
$ok = is_numeric($depart) ? true : false;
return $ok;
}
 
private function verifierValeurParametreNavigationLimite() {
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$ok = (is_numeric($limite) && $limite != 0) ? true : false;
return $ok;
}
 
private function analyserMasqueNn() {
$nn = $this->parametres['masque.nn'];
if (preg_match('/^[0-9]+$/', $nn)) {
$this->ref_tax_demande[$this->parametres['referentiel']][] = $nn;
} else {
// ceci contient potentiellement des formes ref_tax1:nn1,nn2;ref_tax2:nn3,nn4
$projetsListeEtNumNoms = explode(';', $nn);
if (count($projetsListeEtNumNoms) > 0) {
foreach ($projetsListeEtNumNoms as $projetEtNumNoms) {
$projetEtNumNoms = (strpos($projetEtNumNoms, ':')) ? $projetEtNumNoms : $this->parametres['referentiel'].':'.$projetEtNumNoms;
list($projet, $numNoms) = explode(':', $projetEtNumNoms);
$this->ref_tax_demande[$projet] = explode(',', $numNoms);
}
}
}
}
 
 
//+---------------------------------------- REQUETES ---------------------------------------------------------------+
private function obtenirIdImageAuHasard() {
$refTax = $this->parametres['referentiel'];
$numNom = $this->Bdd->proteger($this->ref_tax_demande[$refTax][0]);
 
$requete = 'SELECT coi.id_image AS id_image '.
'FROM cel_obs_images AS coi '.
' LEFT JOIN cel_obs AS co '.
'ON (coi.id_observation = co.id_observation) '.
'WHERE co.transmission = 1 '.
" AND co.nom_ret_nn IN ($numNom)";
" AND co.nom_referentiel = ".$this->Bdd->proteger($refTax) . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__;
 
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultat) || count($resultat) <= 0) {
$message = "Aucune image ne correspond au numéro numenclatural $refTax:$numNom";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
$id_image_hasard = $resultat[array_rand($resultat)]['id_image'];
return $id_image_hasard;
}
 
private function obtenirIdPremiereImage() {
$refTax = $this->parametres['referentiel'];
$numNom = $this->Bdd->proteger($this->ref_tax_demande[$refTax][0]);
$requete = 'SELECT ci.id_image AS id_image '.
'FROM cel_images AS ci'.
' LEFT JOIN cel_obs_images AS coi '.
' ON (coi.id_image = ci.id_image) '.
' LEFT JOIN cel_obs AS co '.
' ON (coi.id_observation = co.id_observation) '.
'WHERE co.transmission = 1 '.
" AND co.nom_ret_nn IN ($numNom) ".
' AND ci.date_prise_de_vue != "0000-00-00" ORDER BY ci.date_prise_de_vue ASC '.
' AND co.nom_referentiel LIKE '.$this->proteger($refTax.'%').' '.
'LIMIT 1' . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__;
 
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultat) || count($resultat) <= 0) {
$message = "Aucune image ne correspond au numéro numenclatural $refTax:$numNom";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
$id_image_hasard = $resultat[0]['id_image'];
return $id_image_hasard;
}
 
private function chargerInfosImage() {
$requete = 'SELECT SQL_CALC_FOUND_ROWS '.
' ci.id_image AS id_img, co.date_observation AS date, '.
' co.id_observation AS id_obs, '.
' ci.courriel_utilisateur AS utilisateur_courriel, '.
' nom_sel, nom_sel_nn, '.
' zone_geo, ce_zone_geo, lieudit, station, milieu '.
'FROM cel_images AS ci'.
' LEFT JOIN cel_obs_images AS coi '.
' ON (coi.id_image = ci.id_image) '.
' LEFT JOIN cel_obs AS co '.
' ON (coi.id_observation = co.id_observation) '.
'WHERE ci.id_image = '.$this->ressources[0].
' AND co.id_observation IS NOT NULL' . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__;
 
$this->infosImages = $this->Bdd->recupererTous($requete);
}
 
private function chargerListeImages() {
$refTax = $this->parametres['referentiel'];
$numNomListe = implode(',', $this->ref_tax_demande[$refTax]);
$depart = $this->parametres['navigation.depart'];
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
 
//TODO: modifier la requete lors du passage à la nouvelle base de données pour faire quelque chose
// du numéro nomenclatural + modifier les champs appelés pour le nouveau format
$requete = 'SELECT SQL_CALC_FOUND_ROWS '.
' co.id_observation AS id_obs, co.courriel_utilisateur AS utilisateur_courriel, co.zone_geo, co.ce_zone_geo, '.
' co.nom_sel, co.nom_sel_nn, '.
' ci.id_image AS id_img, co.date_observation AS date '.
(isset($this->parametres['retour.champs']) ? ', '.$this->parametres['retour.champs'] : '').
'FROM cel_images AS ci'.
' LEFT JOIN cel_obs_images AS coi '.
' ON (coi.id_image = ci.id_image) '.
' LEFT JOIN cel_obs AS co '.
' ON (coi.id_observation = co.id_observation) '.
$this->formerRequeteConditions($numNomListe).' '.
'GROUP BY id_img '.
$this->formerRequeteTri().
"LIMIT $depart,$limite " . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__;
 
$this->infosImages = $this->Bdd->recupererTous($requete);
}
 
private function formerRequeteConditions($numNomListe) {
$refTax = $this->parametres['referentiel'];
$where[] = " co.transmission = 1 AND co.nom_ret_nn IN ($numNomListe) ";
$where[] = " co.nom_referentiel LIKE ".$this->Bdd->proteger($refTax."%").' ';
return ' WHERE '.implode(' AND ', $where);
}
 
private function formerRequeteTri() {
$order = '';
if (isset($this->parametres['retour.tri']) && $this->parametres['retour.tri'] == 'date') {
$order = ' ORDER BY co.date_observation ASC ';
}
return $order;
}
 
private function chargerNbreImagesTotal() {
$requete = 'SELECT FOUND_ROWS() AS nbre ';
$resultats = $this->Bdd->recuperer($requete);
$this->nbreImages = (int) $resultats['nbre'];
}
 
//+---------------------------------------CHEMIN ET CONVERSION--------------------------------------------------------+
private function recupererImageBinaire($id_image) {
$image = '';
$chemin = $this->obtenirCheminImage($id_image);
$image = file_get_contents($chemin);
if ($image === false) {
$message = "L'image demandée est introuvable sur le serveur : $chemin";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $image;
}
 
private function obtenirCheminImage($idImage) {
$nom = $this->convertirIdImageVersNomFichier($idImage);
$dossier = $this->convertirIdImageVersChemin($idImage);
return $dossier.'/'.$nom;
}
 
private function convertirIdImageVersNomFichier($idImage) {
$codeImage = $this->construireCodeImage($idImage);
$nom_fichier = $codeImage.'.jpg';
return $nom_fichier;
}
 
private function convertirIdImageVersChemin($idImage) {
$codeImage = $this->construireCodeImage($idImage);
list($dossierNiveau1, $dossierNiveau2, $idFichier, $format) = explode('_', $codeImage);
$chemin_sur_serveur = $this->cheminImagesBase.'/'.$dossierNiveau1.'/'.$dossierNiveau2.'/'.$format;
return $chemin_sur_serveur;
}
 
private function construireCodeImage($idImage) {
$codeImage = sprintf('%09s', $idImage);
$codeImage = wordwrap($codeImage, 3, '_', true);
$format = $this->parametres['retour.format'];
$codeImage .= '_'.$format;
return $codeImage;
}
 
//+------------------------------------FORMATAGE LISTE----------------------------------------------------------------+
private function formaterListeImages() {
$entete = $this->construireEntete();
$resultats = $this->construireResultats();
 
$resultat = array('entete' => $entete, 'resultats' => $resultats);
return $resultat;
}
 
private function construireEntete() {
$entete = array('masque' => '', 'depart' => 0, 'limite' => 100, 'total' => 0);
 
$entete['masque'] = $this->recupererMasque();
$entete['depart'] = (int) $this->parametres['navigation.depart'];
$entete['limite'] = (int) $this->parametres['navigation.limite'];
$entete['total'] = $this->nbreImages;
if ($hrefPrecedent = $this->recupererHrefPrecedent()) {
$entete['href.precedent'] = $hrefPrecedent;
}
if ($hrefSuivant = $this->recupererHrefSuivant()) {
$entete['href.suivant'] = $hrefSuivant;
}
return $entete;
}
 
private function recupererMasque() {
$masqueEntete = '';
if ($masqueNn = $this->parametres['masque.nn']) {
$masqueEntete = "nn=$masqueNn";
}
return $masqueEntete;
}
 
private function recupererHrefPrecedent() {
$departActuel = $this->parametres['navigation.depart'];
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$departPrecedent = $departActuel - $limite;
$url = null;
if ($departPrecedent >= 0) {
$url = $this->obtenirUrlNavigation($departPrecedent, $limite);
}
return $url;
}
 
private function recupererHrefSuivant() {
$departActuel = $this->parametres['navigation.depart'];
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$departSuivant = $departActuel + $limite;
$url = null;
if ($departSuivant < $this->nbreImages) {
$url = $this->obtenirUrlNavigation($departSuivant, $limite);
}
return $url;
}
 
private function obtenirUrlNavigation($depart, $limite) {
$parametres = array(
'navigation.depart' => $depart,
'navigation.limite' => $limite);
if (isset($this->parametres['masque.nn'])) {
$parametres['masque.nn'] = $this->parametres['masque.nn'];
}
$this->UrlNavigation->setRequete($parametres);
$url = $this->UrlNavigation->getURL();
return $url;
}
 
private function construireResultats() {
$resultats = array();
$this->extraireIdentitesAuteurs();
foreach ($this->infosImages as $img) {
$info = $this->formaterInfosImage($img);
$id = $img['id_img'];
$info['href'] = $this->config['urlService'].'/'.$id;
if (!isset($resultats[$id])) {
$resultats[$id] = $info;
} else {
throw new Exception("Double : $id");
}
}
return $resultats;
}
 
private function formaterInfosImage($img) {
$info = array();
$info['date'] = $img['date'];
$info['mime'] = self::MIME_JPEG;
$info['auteur.libelle'] = $this->Utilisateurs->getIntitule($img['utilisateur_courriel']);
$info['auteur.id'] = $this->Utilisateurs->getId($img['utilisateur_courriel']);
$info['binaire.href'] = $this->formaterUrlImage($img);
$info['observation.id'] = $img['id_obs'];
if (isset($img['nom_sel'])) {
$info['determination.libelle'] = $this->formaterDetermination($img);
$info['determination.nom_sci'] = $img['nom_sel'];
$info['determination.nom_sci.code'] = $this->formaterNomSciCode($img);
}
$info = array_merge($info, $this->formaterStation($img));
return $info;
}
 
private function extraireIdentitesAuteurs() {
$courriels = array();
foreach ($this->infosImages as $img) {
$courriels[] = $img['utilisateur_courriel'];
}
// pour Acer monspessulanum L. Sapindaceae, cela divise par 9 le nombre
// de courriels (213 => 23)
$courriels = array_values(array_unique($courriels, SORT_STRING));
$this->Utilisateurs->setCourriels($courriels);
// XXX: webservices: /service:annuaire:utilisateur/identite-par-courriel/ [/bibliotheque/Utilisateurs.php]
$this->Utilisateurs->chargerIdentites();
}
 
private function formaterUrlImage($infos) {
$format = $this->parametres['retour.format'];
$id = sprintf('%09s', $infos['id_img']).$format;
$url = sprintf($this->tpl_url_img, $id);
return $url;
}
 
private function formaterDetermination($infos) {
$auteur = $this->Utilisateurs->getIntitule($infos['utilisateur_courriel']);
return $infos['nom_sel']."[Dét. : $auteur]";
}
 
private function formaterNomSciCode($infos) {
return $this->parametres['referentiel'].'.'.$infos['nom_sel_nn'];
}
 
private function formaterStation($infos) {
$station = array();
if (isset($infos['zone_geo']) && $commune = $this->formaterCommune($infos)) {
$station['station.commune'] = $commune;
}
if (isset($infos['lieudit']) && $this->avoirContenu($infos['lieudit'])) {
$station['station.lieudit'] = $infos['lieudit'];
}
if (isset($infos['station']) && $this->avoirContenu($infos['station'])) {
$station['station.station'] = $infos['station'];
}
 
if (isset($infos['milieu']) && $this->avoirContenu($infos['milieu'])) {
$station['station.milieu'] = $infos['milieu'];
}
if (count($station) >= 1) {
$station['station.libelle'] = implode(' > ', $station);
}
return $station;
}
 
private function formaterCommune($infos) {
$commune = array();
if ($this->avoirContenu($infos['zone_geo'])) {
$commune[] = $infos['zone_geo'];
}
if (isset($infos['ce_zone_geo']) && $this->avoirContenu($infos['ce_zone_geo']) && $infos['ce_zone_geo'] != 'INSEE-C:') {
$commune[] = '('.substr(str_replace('INSEE-C:','',$infos['ce_zone_geo']), 0, 2).')';
}
return implode(' ', $commune);
}
 
private function avoirContenu($info) {
return !($info == null || $info == '' || $info == '000null');
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/chorodep/Cartes.php
New file
0,0 → 1,90
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe implémentant l'API d'eFlore Cartes pour le projet CHORODEP.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Cartes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class ChorodepCartes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->analyserRessources();
$resultat = $this->executerSousService();
 
return $resultat;
}
 
private function analyserRessources() {
$nbreRessources = count($this->ressources);
if ($nbreRessources == 0) {
$message = "A implémenter : carte proportionnelle ensemble des infos";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} else if ($nbreRessources == 1) {
if ($this->etreRessourceIdentifiants(0)) {
$this->sousService = 'Taxons';
} else if ($this->etreRessourceLegende(0)) {
$message = "A implémenter : légende carte proportionnelle ensemble des infos";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} else {
$message = "La ressource n°1 '{$this->ressources[0]} indiquée n'est pas valable.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($nbreRessources == 2) {
if ($this->etreRessourceIdentifiants(0) && $this->etreRessourceLegende(1)) {
$this->sousService = 'Legende';
}
}
}
 
private function etreRessourceIdentifiants($position) {
$ok = true;
if (isset($this->ressources[$position])) {
$ids = $this->ressources[$position];
$projetPattern = '(?:(?:(?:[A-Za-z0-9]+\.)?(?:nn|nt)?:)?(?:[0-9]+,)*[0-9]+)';
$patternComplet = "/^$projetPattern(?:;$projetPattern)*$/i";
$ok = preg_match($patternComplet, $ids) ? true : false;
}
return $ok;
}
 
private function etreRessourceLegende($position) {
$ok = true;
if (isset($this->ressources[$position])) {
$legende = $this->ressources[$position];
$ok = ($legende == 'legende') ? true : false;
}
return $ok;
}
 
private function executerSousService() {
if (isset($this->sousService)) {
$classe = $this->sousService.'Cartes';
require_once dirname(__FILE__).DS.'cartes'.DS.$classe.'.php';
$sousService = new $classe(new Conteneur());
$resultat = $sousService->consulter($this->ressources, $this->parametres);
} else {
$message = "L'analyse des ressources n'a pu aboutir à déterminer le sous service à executer.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $resultat;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/chorodep/Ontologies.php
New file
0,0 → 1,366
<?php
/**
* Description :
* Classe Ontologies.php fournit des informations sur ensemble structuré des termes et concepts représentant les éléments
* d'un domaine de connaissances .
* Le but étant de fournir un ensemble minimal d'information comprenant :
* un identifiant (numérique ou alphanumérique sous forme de ChatMot si possible), un nom, une description et
* éventuellement une relation hiérarchique avec un autre terme (=classe).
* Si l'url finit par /ontologies on retourne une liste de termes (seulement les 100 premières par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /ontologies?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.code, masque.nom, masque.description , recherche,
* distinct, retour.format, navigation.depart et navigation.limite.
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Jennifer DHÉ <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 0.1
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
class ChorodepOntologies extends Commun {
 
protected $requete_condition = null; //Représente la partie de la requete SQL ajoutant une condition (WHERE ...)
/** Permet de stocker la requete formulée: /ontologies | /ontologies/#id | /ontologies/#id/champ | /ontologies/#id/relations */
protected $format_reponse = 'ontologies';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).
* Stocke également les valeurs des paramètres navigation.depart et navigation.limite passés dans la requete*/
protected $limite_requete = array( 'depart' => 0, 'limite' => 100);
/** Stocke le nombre total de résultats de la requete principale. Est calculée lors de l'assemblage de la requete */
protected $total_resultat;
protected $retour_format = 'max';
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->service = 'ontologies';
$this->traiterParametres();
$resultats = '';
$this->table = 'chorodep_ontologies'; //on stocke le nom de la table correspondant à la version du projet en cours
$this->recupererNomChamp($this->table); //on récupère les noms des champs disponibles (Ds Commun.php)
$this->traiterRessources(); //dans CommunNomsTaxons.php
$requete = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
$versionResultat = $this->traiterResultat($resultat, '', $requete);
$resultats = $versionResultat;
return $resultats;
}
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres)) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'masque' : $this->ajouterLeFiltreMasque('masque', $valeur); break;
case 'masque.code' : $this->ajouterLeFiltreMasque('code', $valeur); break;
case 'masque.nom' : $this->ajouterLeFiltreMasque('nom', $valeur); break;
case 'masque.description' : $this->ajouterLeFiltreMasque('description', $valeur); break;
case 'retour.format' : $this->retour_format = $valeur; break;
case 'retour.champs' : break;
case 'navigation.depart' : $this->limite_requete['depart'] = $valeur; break;
case 'navigation.limite' : $this->limite_requete['limite'] = $valeur; break;
case 'recherche' : break;
case 'version.projet' : break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de recherche de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); break;
}
}
}
}
 
public function ajouterLeFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
if ($nom_champ == 'code') {
$this->requete_condition[] = $nom_champ.' = '.$this->getBdd()->proteger($valeur);
} else {
if (isset($this->parametres['recherche']) && $this->parametres['recherche'] == 'floue') {
if ($nom_champ == 'masque') {
$this->requete_condition[] = '( code = '.$this->getBdd()->proteger($valeur)
.' OR ( SOUNDEX(nom) = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
.' OR SOUNDEX(REVERSE(nom)) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\')) '
.') OR ( SOUNDEX(description) = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
.' OR SOUNDEX(REVERSE(description)) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\')) ))';
} else {
$this->requete_condition[] = '(SOUNDEX('.$nom_champ.') = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
.' OR SOUNDEX(REVERSE('.$nom_champ.')) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\')))';
}
} else {
if (isset($this->parametres['recherche']) && $this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
$valeur = str_replace(' ','%', $valeur);
$valeur .= '%';
}
if ($nom_champ == 'masque') {
$this->requete_condition[] = '(code = '.$this->getBdd()->proteger($valeur)
.' OR nom LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur)
.' OR description LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur).')';
} else {
$this->requete_condition[] = $nom_champ.' LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur);
}
}
}
}
 
 
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && !empty($this->ressources)) {
if (isset($this->ressources[0]) && !empty($this->ressources[0])) {
//requete = /ontologies/#id
$this->traiterRessourceId();
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
//requete = /ontologies/#id/relations
$this->traiterRessourceRelations();
}
}
}
}
 
 
public function traiterRessourceId() {
$this->requete_condition = array();
//requete : /ontologies/#id (ex : /ontologies/7)
if (is_numeric($this->ressources[0])) {
$this->requete_condition[] = ' id = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);
$this->format_reponse .= '/id';
//requete : /ontologies/#classe:#code (ex : /ontologies/rangTaxo:290)
} elseif (strrpos($this->ressources[0], ':') !== false) {
$this->format_reponse .= '/id';
preg_match('/^([^:]+):([^:]+)$/', $this->ressources[0], $match);
$this->requete_condition[] =
' id = (SELECT id FROM '.$this->table.' WHERE code = '.$this->getBdd()->proteger($match[2])
.' AND classe_id = (SELECT id FROM '.$this->table.' WHERE code = '.$this->getBdd()->proteger($match[1]).'))';
} else {
$e = 'Erreur dans les paramètres de recherche de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$this->ressources[0].' " n\'existe pas.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
public function traiterRessourceRelations() {
//requete = /ontologies/#id/relations :
if ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->format_reponse .= '/relations';
$this->requete_condition = array('classe_id = (SELECT classe_id FROM '.$this->table.' WHERE '
.implode(' AND ', $this->requete_condition).')');
}
}
 
//+--------------------------FONCTION ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
 
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->formerRequeteChamp().
' FROM '.$this->table
.$this->retournerRequeteCondition()
.$this->formerRequeteLimite(); //print_r($requete);
return $requete;
}
 
public function formerRequeteChamp() {
$champ[] = 'id';
if ($this->format_reponse == 'ontologies') {
$champ[] = 'nom, code ';
}
if (isset($this->parametres['retour_champs']) || $this->format_reponse == 'ontologies/id/champs') {
$champs_recherches = explode(',', $this->parametres['retour_champs']);
$champs_possibles = $this->rechercherChampsPossibles();
foreach ($champs_recherches as $champ_recherche) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ_recherche)) {
$champ[] = (preg_match('/classe/', $champ_recherche)) ? 'classe_id' : $champ_recherche;
}
}
}
if (count($champ) == 1) {
$champ = array(' * ');
}
return implode(', ', $champ);
}
 
public function rechercherChampsPossibles() {
$this->recupererNomChamp($this->table);
$champs_possibles = $this->champs_table;
$champs_possibles[] = 'classe.id';
$champs_possibles[] = 'classe';
$champs_possibles[] = 'classe.href';
return $champs_possibles;
}
 
public function verifierValiditeChamp($champ, $champs_possibles) {
$validite = false;
preg_match('/^([^.]+)(:?\.([^.]+))?$/', $champ, $match);
if (in_array($match[1], $champs_possibles)) {
$validite = true;
} else {
$champs = implode('</li><li>', $champs_possibles);
$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le champ "'.$champ
.'" n\'existe pas. Les champs disponibles sont : <li>'.$champs.'</li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
return $validite;
}
 
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition !== null) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
public function formerRequeteLimite() {
$this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat();
if (in_array($this->format_reponse , array('textes/id', 'textes/id/relations'))) {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat)) {
$this->limite_requete['depart'] =
(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
 
 
public function recupererTotalResultat() {
//on récupère le nombre total de résultats de la requete (ex : le nombre d'id contenu dans la liste /ontologies)
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.' '
.$this->retournerRequeteCondition();
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
} else {
$e = 'Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
Debug::printr($requete);
}
return $total;
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function retournerResultatFormate($resultat) {
// determine en fct du service appelé (/ontologies | /ontologies/#id | /ontologies/#id/champ |
// /ontologies/#id/relations) le format du tableau à retourner. Encode en json
switch ($this->format_reponse) {
case 'ontologies' : $reponse = $this->formaterOntologies($resultat); break;
case 'ontologies/id' : $reponse = $this->formaterOntologiesId($resultat[0]); break;
case 'ontologies/id/relations' : $reponse = $this->formaterOntologiesIdRelations($resultat); break;
default : break;
}
return $reponse;
}
 
 
public function formaterOntologies($resultat) {
$this->ajouterEnteteResultat($resultat);
$table_retour_json['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat($resultat);
if (isset($this->parametres['masque_code']) || isset($this->parametres['masque'])) {
$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres['masque_code'], $resultat, 'code');
} elseif (isset($this->parametres['masque_nom'])) {
$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres['masque_nom'], $resultat, 'nom');
} elseif (isset($this->parametres['masque_description'])) {
$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres['masque_description'], $resultat, 'description');
}
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
foreach ($resultat as $tab) {
$num = $tab['id'];
unset($tab['id']);
foreach ($tab as $param => $valeur) {
$resultat_json[$num][$param] = $valeur;
}
if ($this->retour_format == 'max') $resultat_json[$num]['href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $num);
}
$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
return $table_retour_json;
}
 
public function ajouterEnteteResultat($resultat) {
//on remplit la table $table_retour_json['entete']
$entete['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$entete['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$entete['total'] = $this->total_resultat;
//formuler les urls
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, '/ontologies');
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') { $entete['href.precedent'] = $url['precedent']; }
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') { $entete['href.suivant'] = $url['suivant']; }
return $entete;
}
 
 
public function formaterOntologiesId($resultat) {
$table_retour = array();
foreach ($resultat as $key => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$table_retour = array_merge($table_retour, $this->afficherDonnees($key, $valeur));
}
}
return $table_retour;
}
 
public function afficherDonnees($champ, $valeur) {
$retour[$champ] = $valeur;
if ($this->retour_format == 'max') {
if ($champ == 'classe_id') {
unset($retour[$champ]); // remplacer par classe.id
if ($valeur != "0") { // pas de parent
if (isset($this->parametres['retour_champs'])) {
switch ($this->parametres['retour_champs']) {
case 'classe' : $retour['classe'] = $this->ajouterClasseCorrespondante($valeur); break;
case 'classe.id' : $retour['classe.id'] = $valeur; break;
case 'classe.href' : $retour['classe.href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $valeur); break;
case 'classe.*' : $retour['classe.id'] = $valeur; $retour['classe.href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $valeur); break;
}
} else {
$nom_classe = $this->ajouterClasseCorrespondante($valeur);
if (isset($nom_classe)) $retour['classe'] = $nom_classe;
$retour['classe.id'] = $valeur;
$retour['classe.href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $valeur);
}
}
}
}
return $retour;
}
 
/** Recherche par interrogation de la base, le nom de la classe à partir de son identifiant (classe.id) */
public function ajouterClasseCorrespondante($classe_id) {
$nom = null;
if ($classe_id != 0) {
$nom = '';
$req = 'SELECT nom FROM '.$this->table.' WHERE id = '.$this->getBdd()->proteger($classe_id);
$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
if ($res) {
$nom = $res['nom'];
} else {
$e = "Données introuvables dans la table $this->table";
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
Debug::printr($req);
}
}
return $nom;
}
 
public function formaterOntologiesIdRelations($resultat) {
$retour = null;
if ($resultat != '') {
$retour['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat($resultat);
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
foreach ($resultat as $tab) {
$num = $tab['id'];
$retour['resultat'][$num]['nom'] = $tab['nom'];
if ($this->retour_format == 'max') {
$retour['resultat'][$num]['href'] = $this->ajouterHref('ontologies', $num);
}
}
}
return $retour;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/chorodep/cartes/LegendeCartes.php
New file
0,0 → 1,112
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Gère le sous-service Legende de Cartes.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Cartes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class LegendeCartes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
const MIME_JSON = 'application/json';
const PRESENCE_CHOROLOGIE = '1';
 
private $formatsSupportes = array(self::MIME_JSON);
private $tableOntologie = '';
private $ontologies = '';
private $legende = array();
 
public function __construct(Conteneur $conteneur) {
$this->Bdd = $conteneur->getBdd();
$this->tableOntologie = $conteneur->getParametre('bdd_table_ontologies');
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
//$tpsDebut = microtime(true);
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
 
$resultat = $this->obtenirResultat();
 
return $resultat;
}
 
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$this->parametres['retour'] = self::MIME_JSON;
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
 
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre type de retour 'retour' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreRetour() == false) {
$erreurs[] = "Le type de retour '{$this->parametres['retour']}' n'est pas supporté.";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierValeurParametreRetour() {
return in_array($this->parametres['retour'], $this->formatsSupportes);
}
 
private function obtenirResultat() {
$this->chargerOntologies();
$this->chargerLegende();
 
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = $this->legende;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
 
return $resultat;
}
 
private function chargerOntologies() {
$requete = "SELECT * FROM {$this->tableOntologie} ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les données d'ontologies n'ont pu être chargées pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
foreach ($resultats as $ontologie) {
$this->ontologies[$ontologie['id']] = Commun::extraireComplementsOntologies($ontologie);
}
}
 
private function chargerLegende() {
foreach ($this->ontologies as $ontologie) {
if ($ontologie['classe_id'] == self::PRESENCE_CHOROLOGIE) {
$this->legende[] = array(
'code' => $ontologie['code'],
'couleur' => $ontologie['legende'],
'nom' => $ontologie['nom'],
'description' => $ontologie['description']);
}
}
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/chorodep/cartes/TaxonsCartes.php
New file
0,0 → 1,468
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Gère le sous-service Taxons de Cartes.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Cartes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class TaxonsCartes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
const CODE_REFTAX_DEFAUT = 'bdtfx';
const TYPE_ID_DEFAUT = 'nn';
const CARTE_DEFAUT = 'france_02';
const FORMAT_DEFAUT = '587x550';
const VERSION_DEFAUT = '+';
const MIME_SVG = 'image/svg+xml';
const MIME_PNG = 'image/png';
const PRESENCE_CHOROLOGIE = '1';
 
private $config = array();
private $convertisseur = '';
private $cheminCartesBase = '';
private $formatsSupportes = array(self::MIME_SVG, self::MIME_PNG);
private $reftaxSupportes = array(self::CODE_REFTAX_DEFAUT);
private $UrlNavigation = null;
private $taxonsDemandes = array();
private $imgLargeur = 0;
private $imgHauteur = 0;
private $tableMeta = '';
private $tableOntologie = '';
private $tableChorodep = '';
private $metadonnees = '';
private $ontologies = '';
private $priorites = '';
private $version = '';
private $legende = array();
private $donnees = array();
 
 
public function __construct(Conteneur $conteneur) {
$this->Bdd = $conteneur->getBdd();
$this->tableOntologie = $conteneur->getParametre('bdd_table_ontologies');
$this->config = $conteneur->getParametre('Cartes');
$this->convertisseur = $this->config['convertisseur'];
$this->tableMeta = $conteneur->getParametre('bdd_table_meta');
$this->tableOntologie = $conteneur->getParametre('bdd_table_ontologies');
$this->cheminCartesBase = $this->config['chemin'];
$cacheOptions = array('mise_en_cache' => $this->config['cache_miseEnCache'],
'stockage_chemin' => $this->config['cache_stockageChemin'],
'duree_de_vie' => $this->config['cache_dureeDeVie']);
$this->cache = $conteneur->getCacheSimple($cacheOptions);
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
 
$resultat = $this->obtenirResultat();
 
return $resultat;
}
 
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$this->parametres['retour'] = self::MIME_SVG;
}
if (isset($this->parametres['retour.format']) == false) {
$this->parametres['retour.format'] = self::FORMAT_DEFAUT;
}
if (isset($this->parametres['version.projet']) == false) {
$this->parametres['version.projet'] = self::VERSION_DEFAUT;
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
 
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre type de retour 'retour' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreRetour() == false) {
$erreurs[] = "Le type de retour '{$this->parametres['retour']}' n'est pas supporté.";
}
if (isset($this->parametres['retour.format']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre de format de retour 'retour.format' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreFormat() == false) {
$erreurs[] = "Le type de format '{$this->parametres['retour.format']}' n'est pas supporté.".
"Veuillez indiquer un nombre entier correspondant à la largeur désirée pour la carte.";
}
if ($this->verifierValeurParametreVersionProjet() == false) {
$erreurs[] = "Le format de version.projet '{$this->parametres['version.projet']}' n'est pas supporté.".
"Veuillez indiquer le code '+' (=dernière version) ou une année sur 4 chiffres séparé d'un mois ".
"sur deux chiffres par un point. Ex. : 2012.01";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierValeurParametreRetour() {
return in_array($this->parametres['retour'], $this->formatsSupportes);
}
 
private function verifierValeurParametreFormat() {
if ($ok = preg_match('/^([0-9]+)$/', $this->parametres['retour.format'], $match)) {
$this->imgLargeur = $match[1];
} else if ($ok = preg_match('/^([0-9]+)x([0-9]+)$/', $this->parametres['retour.format'], $match)) {
$this->imgLargeur = $match[1];
$this->imgHauteur = $match[2];
}
return $ok;
}
private function verifierValeurParametreVersionProjet() {
$ok = (preg_match('/^(?:[+]|[0-9]{4}\.[0-9]{2})$/', $this->parametres['version.projet']) == 0) ? false : true;
return $ok;
}
 
private function obtenirResultat() {
$this->analyserIdentifiants();
$this->verifierIdentifiants();
 
$this->chargerMetadonnees();
$this->definirVersion();
$this->tableChorodep = 'chorodep_v'.str_replace('.', '_', $this->version);
$this->chargerOntologies();
$this->chargerLegende();
$this->chargerPrioritesLegende();
$this->chargerDonnees();
$svg = $this->genererSVG();
$img = ($this->parametres['retour'] == self::MIME_PNG) ? $this->convertirEnPNG($svg) : $svg;
 
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = $img;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
 
return $resultat;
}
 
private function analyserIdentifiants() {
$ids = $this->ressources[0];
if (preg_match('/^[0-9]+$/', $ids)) {
$this->taxonsDemandes[self::CODE_REFTAX_DEFAUT]['nn'][] = $ids;
} else {
// ceci contient potentiellement des formes ref_tax1.nn:1,2;ref_tax2.nt:3,4
$projetsListeEtNumNoms = explode(';', $ids);
if (count($projetsListeEtNumNoms) > 0) {
foreach ($projetsListeEtNumNoms as $projetEtNumNoms) {
$projetEtNumNoms = (strpos($projetEtNumNoms, ':')) ? $projetEtNumNoms : self::CODE_REFTAX_DEFAUT.'.nn:'.$projetEtNumNoms;
list($projetEtType, $numNoms) = explode(':', $projetEtNumNoms);
 
$projetEtType = (strpos($projetEtType, '.')) ? $projetEtType : self::CODE_REFTAX_DEFAUT.'.'.$projetEtType;
list($projet, $type) = explode('.', $projetEtType);
 
$this->taxonsDemandes[$projet][$type] = explode(',', $numNoms);
}
}
}
}
 
private function verifierIdentifiants() {
foreach (array_keys($this->taxonsDemandes) as $reftax) {
$ok = in_array($reftax, $this->reftaxSupportes);
if ($ok == false) {
$message = "Le reférentiel taxonomique '$reftax' n'est pas pris en compte par ce projet.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
}
 
private function chargerMetadonnees() {
$requete = 'SELECT * '.
"FROM {$this->tableMeta} ".
"ORDER BY date_creation DESC ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les méta-données n'ont pu être chargée pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
$this->metadonnees = $resultats;
}
 
private function definirVersion() {
if ($this->parametres['version.projet'] == '+') {
$this->version = $this->metadonnees[0]['version'];
} else {
$this->version = $this->parametres['version.projet'];
}
}
 
private function chargerOntologies() {
$requete = 'SELECT * '.
"FROM {$this->tableOntologie} ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
 
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les données de légende n'ont pu être chargées pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
foreach ($resultats as $ontologie) {
$this->ontologies[$ontologie['id']] = Commun::extraireComplementsOntologies($ontologie);
}
}
 
private function chargerLegende() {
foreach ($this->ontologies as $ontologie) {
if ($ontologie['classe_id'] == self::PRESENCE_CHOROLOGIE) {
$this->legende[$ontologie['code']] = $ontologie['legende'];
}
}
}
 
private function chargerPrioritesLegende() {
foreach ($this->ontologies as $ontologie) {
if ($ontologie['classe_id'] == self::PRESENCE_CHOROLOGIE && isset($ontologie['priorite'])) {
$this->priorites[$ontologie['code']] = $ontologie['priorite'];
}
}
}
 
private function chargerDonnees() {
$conditions = $this->getConditions();
$requete = 'SELECT * '.
"FROM {$this->tableChorodep} ".
(isset($conditions) ? 'WHERE '.implode(' AND ', $conditions) : '');
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$this->donnees = $resultat;
}
 
private function getConditions() {
$conditions = null;
if ($nnListe = $this->getListeNumNom()) {
$conditions[] = "num_nom IN ($nnListe) ";
}
if ($ntListe = $this->getListeNumTax()) {
$conditions[] = "num_tax IN ($ntListe) ";
}
return $conditions;
}
 
private function getListeNumNom() {
$nnListe = null;
$refTax = self::CODE_REFTAX_DEFAUT;
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax])) {
$nnProteges = array();
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax]['nn'])) {
foreach ($this->taxonsDemandes[$refTax]['nn'] as $nn) {
$nnProteges[] = $this->Bdd->proteger($nn);
}
$nnListe = implode(',', $nnProteges);
}
}
return $nnListe;
}
 
private function getListeNumTax() {
$ntListe = null;
$refTax = self::CODE_REFTAX_DEFAUT;
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax])) {
$ntProteges = array();
if (isset($this->taxonsDemandes[$refTax]['nt'])) {
foreach ($this->taxonsDemandes[$refTax]['nt'] as $nt) {
$ntProteges[] = $this->Bdd->proteger($nt);
}
$ntListe = implode(',', $ntProteges);
}
}
return $ntListe;
}
 
private function genererSVG() {
$fichierCarteSvg = $this->cheminCartesBase.self::CARTE_DEFAUT.'.svg';
if (file_exists($fichierCarteSvg) === false) {
$message = "Le fichier SVG servant de base à la carte est introuvable : $fichierCarteSvg";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
 
$dom = new DOMDocument('1.0', 'UTF-8');
$dom->validateOnParse = true;
$dom->load($fichierCarteSvg);
 
$racineElement = $dom->documentElement;
$racineElement->setAttribute('width', $this->imgLargeur);
if ($this->imgHauteur != 0) {
$racineElement->setAttribute('height', $this->imgHauteur);
}
 
$css = $this->creerCssCarte();
$styleElement = $dom->getElementsByTagName('style')->item(0);
$css = $styleElement->nodeValue.$css;
$txtCss = $dom->createCDATASection($css);
$styleElement->nodeValue = '';
$styleElement->appendChild($txtCss);
 
$titre = $this->creerTitre();
$titreCdata = $dom->createCDATASection($titre);
$titreElement = $dom->getElementsByTagName('title')->item(0);
$titreElement->nodeValue = '';
$titreElement->appendChild($titreCdata);
 
$taxonTitre = $this->creerTitreTaxon();
$taxonCdata = $dom->createCDATASection($taxonTitre);
$xpath = new DOMXPath($dom);
$taxonTitreEl = $xpath->query("//*[@id='titre-taxon']")->item(0);
$taxonTitreEl->nodeValue = '';
$taxonTitreEl->setAttribute('title', $taxonTitre);
$taxonTitreEl->appendChild($taxonCdata);
 
$svg = $dom->saveXML();
return $svg;
}
 
private function creerCssCarte() {
$css = '';
$this->getZonesPriorites();
$zonesCouleurs = $this->getZonesCouleurs();
foreach ($zonesCouleurs as $couleur => $zonesClasses) {
$classes = implode(', ', $zonesClasses);
$css .= "$classes{\nfill:$couleur;\n}\n";
}
return $css;
}
 
private function getZonesPriorites() {
$this->zones = array();
$zonesPrioritaires = array();
foreach ($this->donnees as $donnee) {
foreach ($donnee as $zoneId => $codeLegende) {
if (preg_match('/^[0-9][0-9ab]$/i', $zoneId)) {
if (array_key_exists($codeLegende, $this->priorites)) {
$priorite = $this->priorites[$codeLegende];
if (array_key_exists($zoneId, $zonesPrioritaires) == false) {
$zonesPrioritaires[$zoneId] = 0;
}
if ($priorite > $zonesPrioritaires[$zoneId]) {
$zonesPrioritaires[$zoneId] = $priorite;
$this->zones[$zoneId] = $codeLegende;
}
}
}
}
}
}
 
private function getZonesCouleurs() {
$zones = array();
ksort($this->zones);
foreach ($this->zones as $zoneId => $codeLegende) {
if (array_key_exists($codeLegende, $this->legende)) {
$couleur = $this->legende[$codeLegende];
$zones[$couleur][] = strtolower('.departement'.sprintf('%02s', $zoneId));
}
}
return $zones;
}
 
private function creerTitre() {
$titre = "Carte en cours d'élaboration";
if ($this->donnees != array()) {
$titre .= ' pour '.$this->creerTitreTaxon();
}
return $titre;
}
 
private function creerTitreTaxon() {
$titre = '';
$noms = array();
foreach ($this->donnees as $donnee) {
$noms[] = $donnee['nom_sci'];
}
$titre = implode(', ', $noms);
return $titre;
}
 
private function convertirEnPNG($svg) {
$png = null;
if (isset($this->convertisseur)) {
if ($this->convertisseur == 'imagick') {
if (extension_loaded('imagick')) {
$png = $this->convertirEnPNGAvecImageMagick($svg);
} else {
$message = "Impossible de générer l'image sur le serveur. Extension ImageMagick abscente.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($this->convertisseur == 'rsvg') {
$png = Commun::convertirEnPNGAvecRsvg($this->getIdFichier(), $this->config['cache_stockageChemin'], $svg);
} else {
$message = "Le convertisseur indiqué '{$this->convertisseur}' ne fait pas parti de la liste ".
"des convertisseurs disponibles : imagick, rsvg.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else {
$message = "Veuillez indiquer le convertisseur de svg à utiliser pour le service.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
return $png;
}
 
private function convertirEnPNGAvecImageMagick($svg) {
$convertisseur = new Imagick();
$convertisseur->setBackgroundColor(new ImagickPixel('transparent'));
$convertisseur->readImageBlob($svg);
$convertisseur->setImageFormat('png32');
$convertisseur->resizeImage($this->imgLargeur, $this->imgHauteur, imagick::FILTER_LANCZOS, 0, true);
$png = $convertisseur->getImageBlob();
$convertisseur->clear();
$convertisseur->destroy();
return $png;
}
 
private function getIdFichier() {
$id = '';
foreach ($this->taxonsDemandes as $reftax => $ids) {
$id[] = $reftax;
foreach ($ids as $type => $vals) {
$id[] = $type;
$id[] = implode('-', $vals);
}
}
$id = implode('-', $id);
return $id;
}
 
public function getParametreTableau($cle) {
$tableau = array();
$parametre = $this->config[$cle];
if (empty($parametre) === false) {
$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') === false) {
$tableau[] = trim($champ);
} else {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$tableau[trim($cle)] = trim($val);
}
}
}
return $tableau;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/chorodep/Observations.php
New file
0,0 → 1,710
<?php
/**
* Description :
* Classe Observations.php permettant de fournir des informations sur les observations.
* Si l'url finit par /observations on retourne une liste d'observations (seulement les 100 premières par défaut) :
* espèce, lieu, date, observateur.
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /observations?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.type (type d'observation : chorologie),
* masque.date_observation (date d'observation), masque.station (département), masque.determination (nom scientifique de l'espèce)
* masque.observateur (prénom, nom), masque.nn (identifiant du nom), recherche, distinct, retour.format,
* navigation.depart et navigation.limite.
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Delphine Cauquil <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-${year} Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class Observations extends Commun {
protected $serviceNom = 'observations';
/** Stockage des paramétres */
protected $table_param = array();
/** Valeur du paramètre de requete recherche :
* - stricte : le masque est passé tel quel à l'opérateur LIKE.
* - etendue : ajout automatique du signe % à la place des espaces et en fin de masque avec utilisation de LIKE.
* - floue : recherche tolérante vis-à-vis d'approximations ou d'erreurs (fautes d'orthographe par exemple) */
protected $recherche = 'stricte';
/** Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)
* Indique que l'on veut les noms distincts (par défaut tous les noms, même semblable, sont renvoyés) */
protected $distinct = null;
protected $retour_format = 'max';
protected $presenceChorologie = '';
/** Variables constituant les parametres de la requete SQL (champ, condition, group by, limit) remplie
* selon ressources et paramètres */
protected $requete_champ = ' id, num_nom, nom_sci ';
protected $requete_condition = array();
/** Une observation est défini par départ qui correspont à un num_nom et dept qui correspond à un departement */
protected $limite_requete = array(
'depart' => 0,
'dept' => 01,
'limite' => 20
);
/**
* Permet de stocker la requete formulée :
* - noms | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ
* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores
* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales
* Est remplit au cours de l'analyse des ressources (traiterRessources()).
* Est utilisée principalement pr déterminer le format du tableau à retourner.
*/
protected $format_reponse = 'observations';
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->traiterVersionProjet($ressources);
$this->traiterRessources($ressources);
$resultat_formate = '';
if ($this->corps_http == '' && $this->entete_http == '') {
foreach ($this->table_version as $version) {
$this->table = $version; //on stocke le nom de la table correspondant à la version du projet en cours
$this->traiterParametres($parametres);
$requete = $this->assemblerLaRequete(); //print_r($requete);
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
$res_version = $this->testerResultat($resultat, $requete);
}
if ($this->corps_http == '' && $this->entete_http == '') {
if (isset($res_version)) {
$resultat_formate = $res_version;
}
}
}
return $resultat_formate;
}
public function testerResultat($resultat, $requete) {
if ($resultat == '') { //cas ou la requete comporte des erreurs
$s = 'La requête SQL resultat formée comporte une erreur !!';
Debug::printr($requete);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $s);
} elseif ($resultat) {
if (count($this->table_version) > 1) {
$res_version[$version] = $this->retournerResultatFormate($resultat);
} else {
$res_version = $this->retournerResultatFormate($resultat);
}
} else {
if ($this->format_reponse == 'zone-geo/id/relations') {
//si aucune relations n'existe, la valeur null est retournée
$res_version = null;
} else {
$d = 'Données recherchées introuvables dans la base'.$requete;
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $d);
Debug::printr($requete);
}
}
return $res_version;
}
public function assemblerLaRequete() {
$requete = "SELECT ".$this->formerRequeteChamp().
" FROM ".$this->table.$this->formerRequeteCondition().
' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];//echo $requete;
return $requete;
}
public function formerRequeteChamp() {
if (!isset($this->table_ressources)) {
if (!isset($this->table_param['masque_station']) && !isset($this->table_param['masque_contributeur']) ) {
$champ = ' * ';
} else {
$champ = $this->requete_champ;
}
} else {
$champ = $this->requete_champ;
}
return $champ;
}
public function formerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition != null) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function traiterRessources(&$ressources) {
if (isset($ressources) && !empty($ressources)) {
$this->table_ressources = $ressources;
if (isset($this->table_ressources[0]) && !empty($this->table_ressources[0])) {
$this->traiterRessourceId();
if (isset($this->table_ressources[1]) && !empty($this->table_ressources[1])) {
$this->traiterRessourceChamp;
}
}
}
}
public function traiterRessourceId() {
//requete : /observations/#num_nom:#dept (ex : /observations/10:34)
if (preg_match('/^([0-9]*):([0-9]{2})$/', $this->table_ressources[0], $conditions)) {
$this->requete_condition[] = ' num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($conditions[1]).' AND `'.$conditions[2]."` != '' ";
$this->requete_champ .= ' ,catminat, rang, num_tax, freq_abs, freq_rel, rare_nat, `'.$conditions[2].'`';
$this->format_reponse .= '/id';
//requete : /observations/nom:#dept (ex : /observations/coquelicot:30)
} elseif (preg_match('/^(.*):([0-9]{2})$/', $this->table_ressources[0], $conditions)) {
$this->requete_condition[] = ' nom_sci like '.$this->getBdd()->proteger($conditions[1].'%').' AND `'.$conditions[2]."` != '' ";
$this->requete_champ .= ' ,catminat, rang, num_tax, freq_abs, freq_rel, rare_nat, `'.$conditions[2].'`';
$this->format_reponse .= '/id';
//requete : /observations/num_nom:#num_nom (ex : /observations/num_nom:290) ??
} elseif (strrpos($this->table_ressources[0], ':') !== false) {
} else {
$r = 'Erreur dans les ressources de votre requête : </br> La ressource " '.$this->table_ressources[0].
' " n\'existe pas.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $r);
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function traiterParametres($parametres) {
if (isset($parametres) && !empty($parametres)) {
$this->table_param = $parametres;
if (isset($parametres['recherche']) && $parametres['recherche'] != '') {
$this->recherche = $parametres['recherche'];
}
foreach ($parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'masque' : $this->ajouterLeFiltreMasque($valeur); break;
case 'masque.date.observation' : break;
case 'masque.station' : $this->limite_requete['dept'] = $valeur;
$this->ajouterUnFiltre('station', $valeur); break;
case 'masque.departement' :
$this->ajouterUnFiltre("`".$valeur."`", '1'); break;
case 'masque.determination' : $this->ajouterUnFiltre('nom_sci', $valeur); break;
case 'masque.determination.nn' :
$this->requete_condition[] = '`num_nom` = '.$this->getBdd()->proteger($valeur); break;
case 'masque.determination.nt' :
$this->requete_condition[] = '`num_tax` = '.$this->getBdd()->proteger($valeur); break; case 'masque.observateur' : $this->ajouterLeFiltreContributeur($valeur); break;
case 'masque.valeur' : $this->presenceChorologie = $valeur; break;
case 'retour.format' : $this->retour_format = $valeur; break;
case 'navigation.depart' : $this->ajouterLimiteDepart($valeur); break;
case 'navigation.limite' : $this->limite_requete['limite'] = $valeur; break;
case 'recherche' : break;
case 'version.projet' : break;
default : $p = 'Erreur dans les paramètres de recherche de votre requête : '.
'</br> Le paramètre " '.$param.' " n\'existe pas.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $p); break;
}
}
}
}
/** fonction d'ajout dans la requete SQL des conditions (WHERE ...) en fonctions des parametres demandés
* @param $nom_champ
* @param $valeur
* @param $masque
*/
public function ajouterUnFiltre($nom_champ, $valeur) {
if ($nom_champ == 'station') {
if (!preg_match('/^\s*([0-9]{2})\s*$/', $valeur, $colonne)) { // si le nom est passé
$this->requete_condition[] = '1';
/* $url = $this->ajouterHrefAutreProjet('zone-geo',$key,'INSEE-D');// d'apres nom
$dept = $this->rest_client->consulter($url);
$entete = $this->rest_client->getReponseEntetes();
if (isset($entete['wrapper_data'])) {
$colonne = json_decode($relation);
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE,
'Le service '.$this->service.' de ce projet comporte des erreurs. url lancée : '.$url);
}*/
} else {
$this->requete_condition[] = '`'.$valeur."` != '' ";
$this->requete_champ .= ', `'.$valeur.'` ';
}
} else {
// recherche floue
if ($this->recherche == 'floue') {//ajout_soundex
$this->requete_condition[] = '(SOUNDEX('.$nom_champ.') = SOUNDEX(\''.$valeur.'\')'
.' OR SOUNDEX(REVERSE('.$nom_champ.')) = SOUNDEX(REVERSE(\''.$valeur.'\'))) ';
// recherche étendue
} elseif ($this->recherche == 'etendue') {
$valeur = str_replace(' ','%', $valeur);
$valeur .= '%';
}
// recherche stricte
$this->requete_condition[] = $nom_champ.' LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur);
}
}
/** fonction d'ajout dans la requete SQL des conditions (WHERE ...) quand le paramètre passé est masque
* @param $valeur
*/
public function ajouterLeFiltreMasque($valeur) {
$this->ajouterUnfiltre('station', $valeur);
$condition = '(( '.array_pop($this->requete_condition);
$this->ajouterUnfiltre('num_nom', $valeur);
$condition .= ' ) OR ('.array_pop($this->requete_condition);
$condition = str_replace('( 1 ) OR', '', $condition); // si la valeur passée est une varchar supprime le filtre station
$this->ajouterUnfiltre('nom_sci', $valeur);
$this->requete_condition[] = $condition.' ) OR ('.array_pop($this->requete_condition).' )) ';
}
/** fonction d'ajout dans la requete SQL des conditions (WHERE ...) quand le paramètre passé est masque.contributeur
* @param $valeur
*/
public function ajouterLeFiltreContributeur($valeur) {
$requete_contr = $this->creerRequeteContributeur($valeur);
$res = $this->getBdd()->recupererTous($requete_contr);
if ($res == '') { //cas ou la requete comporte des erreurs
$c = 'La requête SQL formée comporte une erreur !!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $c);
Debug::printr($requete_contr);
} elseif ($res) {
unset($res[0]['id'],$res[0]['nom'],$res[0]['prenom'],$res[0]['courriel']);
// si il y a un masque station et que le contributeur n'a pas de données dans ce dept
if (isset($this->table_param['masque_station']) && isset($res[0][$this->table_param['masque_station']])) {
if ($res[0][$this->table_param['masque_station']] != 1) {
$d = "Les données recherchées sont introuvables pour l'observateur ".$valeur." dans le département "
.$this->table_param['masque_station'];
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $d);
}
} else {
foreach ($res[0] as $dept=>$presence) {
if ($presence == 1) {
$this->ajouterUnfiltre('station', $dept);
$requete_condition[] = array_pop($this->requete_condition); // recupere le filtre créé précédement
}
}
$this->requete_condition[] = '(( '.implode(' ) OR ( ', $requete_condition).' ))'; // créé un filtre sur les dept
}
} else {
$i = "Les données recherchées sont introuvables pour l'observateur ".$valeur;
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $i);
}
}
public function creerRequeteContributeur($valeur) {
$condition = '';
if (preg_match('/(.*@[a-z]+\.[a-z]{2,3})/', $valeur, $match)) {// cherche sur le mail
$condition = 'courriel = '.$this->getBdd()->proteger($match[1]);
} elseif (preg_match('/^(\w+)\s+(\w+)$/', $valeur, $match)) {// cherche sur les nom prenom
$condition = ' ((nom = '.$this->getBdd()->proteger($match[1]).' OR prenom = '.$this->getBdd()->proteger($match[1]).
' ) AND (nom = '.$this->getBdd()->proteger($match[2]).' OR prenom = '.$this->getBdd()->proteger($match[2]).'))'.
' OR ( nom LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur.'%').')';
} else {// cherche si nom association
$condition = 'nom LIKE '.$this->getBdd()->proteger($valeur.'%');
}
list($table, $version) = explode('_v',$this->table);
$requete_contr = "SELECT * FROM chorodep_contributeurs_v$version WHERE ".$condition;
}
public function ajouterLimiteDepart($id) {
$d = explode(":", $id);
$this->limite_requete['depart'] = 0;
$this->limite_requete['dept'] = $d[1];
if (!isset($this->parametres['masque.determination.nn'])) {
$requete_condition = (is_numeric($d[0])) ? '`num_nom` = '.$d[0] : '`nom_sci` like "'.urldecode($d[0]).'%"';
$requete = "SELECT id FROM $this->table WHERE ".$requete_condition;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res == '') { //cas ou la requete comporte des erreurs
$r = 'La requête SQL formée comporte une erreur !!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $r);
Debug::printr($requete);
} elseif ($res) {
$this->limite_requete['depart'] = $res['id'] - 1;
} else {
$i = "Les données recherchées sont introuvables";
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $i);
}
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$this->table_retour = array(); // stocke les données générales d'une observation et écrase les données d'un dep
$this->chargerInfosGenerales();
switch ($this->format_reponse) {
case 'observations' : $reponse = $this->formaterObservations($resultat); break;
case 'observations/id' : $reponse = $this->formaterObservationsId($resultat[0]); break;
case 'observations/id/champ': $reponse = $this->formaterObservationsIdChamp($resultat[0]); break;
default : break;
}
return $reponse;
}
public function formaterObservations($resultat) {
$num = 0; // compte le nombre d'observations pour retourner le nombre d'obs indiqué
$depart = false; //le depart du resultat est noté ss forme #ligne:#departement $depart indique le departement est correct
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $tab) {
foreach ($tab as $key => $valeur) {
switch ($key) {
case 'id' : break;
case 'catminat' : break;
case 'rang' : break;
case 'num_tax' : break;
case 'freq_abs' : break;
case 'freq_rel' : break;
case 'rare_nat' : break;
case 'num_nom' : ($valeur == 'nc')? $num_nom = urlencode($tab['nom_sci']) : $num_nom = $valeur ; break;
case 'nom_sci' : $this->table_retour['determination.nom_sci'] = $valeur; break;
default : // pour les depts
if (isset($this->parametres['masque.station'])) {
if ($key == $this->parametres['masque.station']) {
$id = $num_nom.":".$key;
$this->completerDonnees($key, $valeur, $id);
$resultat_json[$id] = $this->table_retour;
$num++;
}
} else {
if ($depart == true && $valeur != '') {
if (($this->presenceChorologie != '' && $valeur == $this->presenceChorologie) ||
($this->presenceChorologie == '' && $valeur != $this->presenceChorologie)) {
$id = $num_nom.":".$key;
$this->completerDonnees($key, $valeur, $id);
$resultat_json[$id] = $this->table_retour;
$num++;
}
}
if ($key == $this->limite_requete['dept']) $depart = true;
}
break;
}
if ($num == $this->limite_requete['limite']) {
break;
}
}
if ($num == $this->limite_requete['limite']) {
break;
}
$this->table_retour = array();
}
//on remplit la table $table_retour_json['entete']
//formuler les urls precedentes et suivantes affichées dans l'entete du resultat
$url = $this->formulerUrlObs($id, $num, '/observations');
if ($url['precedent'] != '') { $this->table_entete['href.precedent'] = $url['precedent']; }
if ($url['suivant'] != '') { $this->table_entete['href.suivant'] = $url['suivant']; }
$this->table_entete['total'] = $num;
$table_retour_json['entete'] = $this->table_entete;
$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
return $table_retour_json;
}
public function completerDonnees($key, $valeur, $id) {
if ($this->retour_format == 'max' ) {
$this->afficherDonneesMax($key, $valeur);
$this->table_retour['href'] = $this->ajouterHref('observations',$id);
} else {
$this->table_retour['station.departement.code'] = 'INSEE-D.'.$key;
$this->table_retour['valeur.code'] = $valeur;
}
}
public function formaterObservationsId($resultat) {
foreach ($resultat as $key => $valeur) {
switch ($key) {
case 'id' : break;
case 'catminat' : if ($this->retour_format == 'max') $this->table_retour['determination.catminat'] = $valeur; break;
case 'rang' : $this->table_retour['determination.rang'] = $valeur; break;
case 'num_tax' : $this->table_retour['determination.num_tax'] = $valeur; break;
case 'freq_abs' : break;
case 'freq_rel' : break;
case 'rare_nat' : $this->table_retour['determination.rarete_nationale.code'] = $valeur; break;
case 'nom_sci' : $this->table_retour['determination.nom_sci'] = $valeur; break;
case 'num_nom' : $this->table_retour['determination.num_nom'] = $valeur; break;
default : if ($this->retour_format == 'max') {
$this->afficherDonneesMax($key, $valeur, true);
} else {
$this->table_retour['station.departement.code'] = 'INSEE-D.'.$key;
$this->table_retour['valeur.code'] = $valeur;
} break;
}
}
return $this->table_retour;
}
public function afficherDonneesMax($key, $valeur, $id = false) {
if ($key != 20) { //à part la Corse
$url_dep = $this->ajouterHrefAutreProjet('zone-geo','',$key, 'insee-d');
$dep = $this->consulterHref($url_dep);
if (isset($dep)) {
$this->table_retour['station.departement'] = $dep->nom;
$this->table_retour['station.departement.code'] = 'INSEE-D.'.$key;
$this->table_retour['station.departement.href'] = $url_dep;
} else {
$this->table_retour['station.departement.code'] = 'INSEE-D.'.$key;
}
} else {
$this->table_retour['station.departement.code'] = 'INSEE-D.'.$key;
}
//double encodage des paramétres contre validation de Apache
$url_val = $this->ajouterHref('ontologies', 'presenceChorologie:'.urlencode(urlencode($valeur)));
$val = $this->consulterHref($url_val);
$this->table_retour['valeur'] = $val->nom;
$this->table_retour['valeur.code'] = $valeur;
$this->table_retour['valeur.href'] = $url_val;
if ($this->format_reponse == 'observations/id') { // si on est
$contr = $this->chargerContributeurs($key);
if (isset($contr['general'])) {
$this->table_retour['contributeur'] = $contr['general'];
$this->table_retour['contributeur.details'] = $contr['details'];
}
$source = $this->chargerSources($key);
if (isset($source['general'])) $this->table_retour['sources'] = $source['general'];
if (isset($source['autres'])) $this->table_retour['sources.autres'] = $source['autres'];
}
}
public function chargerInfosGenerales() {
list($table, $version) = explode('_v',$this->table);
$version = str_replace('_', '.', $version);
$requete = "SELECT createurs, date_creation FROM chorodep_meta WHERE version = \"$version\";";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete); //Debug::printr($resultat);
if ($resultat == '') { //cas ou la requete comporte des erreurs
$r = 'La requête SQL metadonnees formée comporte une erreur !!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $r);
Debug::printr($requete);
} elseif ($resultat) {
$this->table_retour['type'] = 'chorologie';
$this->table_retour['date_observation'] = $resultat['date_creation'];
$this->table_retour['observateur.details'] = $this->traiterChampFormateDCSV($resultat['createurs']);
}
}
public function chargerContributeurs($dept) {
$contributeur = array();
list($table, $version) = explode('_v',$this->table);
$requete = "SELECT prenom, nom, courriel FROM chorodep_contributeurs WHERE `$dept` = '1';";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete); //Debug::printr($resultat);
if ($resultat == '') { //cas ou la requete comporte des erreurs
$r = 'La requête SQL contributeurs formée comporte une erreur !!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $r);
Debug::printr($requete);
} elseif ($resultat) {
$contributeur['general'] = '';
foreach ($resultat as $res) {
$contributeur['general'] .= $res['prenom'].' '.$res['nom'].', ';
foreach ($res as $cle => $valeur) {
if ($valeur == "") {
unset($res[$cle]);
}
}
$type = ($res['prenom'] == '') ? 'o' : 'p';
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', 'contactType:', $type, 'eflore');
$val = $this->consulterHref($url);
$res['type'] = $val->nom;
$res['type.code'] = $type;
$res['type.href'] = $url;
$contributeur['details'][] = $res;
}
}
return $contributeur;
}
// prend en paramètre un champ comme createur, contributeur... sous forme p.prenom=ygggg,p.nom=fk;p.prenom=fdfs,p.nom=ek
//retourne un tableau
public function creerPointDetails($resultat) {
$organismes = explode(';', $resultat);
$num_org = 1;
$general = '';
foreach ($organismes as $organisme) {
$infos = explode(',', $organisme);
$t = '';
$type = '.';
foreach ($infos as $info) {
list($key, $val) = explode('=', $info);
list($type, $champ) = explode('.', trim($key));
if ($type == 'p' && $champ == 'prenom') $general .= $val.' ';
if (($type == 'p' || $type == 'o') && $champ == 'nom') $general .= $val.' ';
$res[$num_org][$champ] = $val;
$res[$num_org]['type'] = $type;// à modifier
}
$general = rtrim($general).', ';
$num_org ++;
}
$this->table_retour['observateur'] = rtrim($general, ', ');
$this->table_retour['observateur.details'] = $res;
}
/**
* Recupère à partir de la valeur du champ les différentes informations séparées par ';' (stocke ds un tableau)
* pour éditeurs, créateurs, contributeurs,...
* (ex : nom=Tela Botanica,guid=urn:lsid:tela-botanica.org,courriel=accueil@tela-botanica.org,...
*/
public function traiterChampFormateDCSV($val) {
$tab = array();
$num_entite = 0;
$type = '';
// découpe chaque participant
$tab_entites = explode(';', $val);
foreach ($tab_entites as $entite) {
$tab[$num_entite] = array();
if ($entite != '') {
// découpe les informations du participant
$entite_detail = explode(',', $entite);
foreach ($entite_detail as $detail) {
if ($detail != '') {
if (preg_match('/^([^=]*)\.([^=]+)=([^=]*)$/', $detail, $match)) {
$tab[$num_entite][$match[2]] = $match[3];
if ($match[1] != $type) $type = $match[1];
} else {
$tab[$num_entite][] = $detail;
}
}
}
if ($type != '') {
if ($this->retour_format == 'max') {
}
}
}
$num_entite++;
}
return $tab;
}
public function chargerSources($dept) {
$contributeur = array();
$requete = "SELECT biblio FROM chorodep_sources WHERE `$dept` = '1';";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete); //Debug::printr($resultat);
if ($resultat == '') { //cas ou la requete comporte des erreurs
$r = 'La requête SQL sources formée comporte une erreur !!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $r);
Debug::printr($requete);
} elseif ($resultat) {
foreach ($resultat as $cle=>$res) {
if ($cle == 0) {
$contributeur['general'] = $res['biblio'];
} else {
$contributeur['autres'][] = $res['biblio'];
}
}
}
return $contributeur;
}
/* public function formaterObservationsIdChamp($resultat) {
//on recupère tous les resultats possibles
$reponse = $this->formaterObservationsId($resultat);
$this->table_retour = array();
//on recupère les résultats demandés à partir du tableau de résultat complet
$this->table_retour['id'] = $reponse['id'];
$champs = explode(' ', $this->table_ressources[1]);
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ, $reponse)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse);
} else {
if (isset($reponse[$champ])) {
$this->table_retour[$champ] = $reponse[$champ];
} else {
$this->table_retour[$champ] = null;
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Description :
* Est appelée pour former l'url complete des resultats precedants ou suivants.
* @param int : Permet de connaitre le nombre de noms obtenus par la requete
* @return string Retourne l'url complete des resultats precedents ou suivant sous la forme d'un tableau
*/
public function formulerUrlObs($suivant, $total, $id = null) {
$debut_url = Config::get('url_service').$id.'?';
//on recrée l'url sans les parametres de navigation qui seront rajouter ci-apres. On les enlève dc de la table des parametres
$table_bis = $this->table_param;
if (isset($table_bis['navigation.depart'] )) {
unset($table_bis['navigation.depart']);
}
if (isset($table_bis['navigation.limite'])) {
unset($table_bis['navigation.limite']);
}
$parametre_url = http_build_query($table_bis);
//on recupere les limites
$url['suivant'] = $this->recupererLesLimitesSuivantesObs($suivant, $total);
$url['precedent'] = $this->recupererLesLimitesPrecedentesObs($suivant);
//on reconstitue les deux urls avec leurs limites
foreach ($url as $key => $limite) {
if ($limite != '') {
if ($parametre_url == '') {
//si il n'y a aucun parametres, seules les limites sont à ajouter.On enleve dc le signe & du début
$limite = str_replace('&navigation.depart=', 'navigation.depart=', $limite);
if (strpos($limite, 'navigation.depart') === false) {
$limite = str_replace('&navigation.limite=', 'navigation.limite=', $limite);
}
}
$url_complete = $debut_url.$parametre_url.$limite;
$url[$key] = $url_complete;
}
}
return $url;
}
/**
* Description :
* Permet de former les limites de la requete retournant les résultats suivants.
* Cette url sera afficher dans l'entete de la reponse retournée en format JSON (retour.format=defaut).
* @param int : $nb_resultat : Permet de connaitre le nombre de résultats obtenus par la requete
* @return string : la fin de l'url decrivant les limites des resultats suivants. Si aucun résultats ne suient,
* une chaine de caractère vide est retournée
*/
public function recupererLesLimitesSuivantesObs($suivant, $total) {
if ($this->limite_requete['limite'] <= $total) {
$url_suivante = '&navigation.depart='.$suivant.'&navigation.limite='.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$url_suivante = '';
}
return $url_suivante;
}
/**
* Description :
* Permet de former les limites de la requete retournant les résultats precedents.
* Cette url sera afficher dans l'entete de la taxons/105reponse retournée en format JSON (retour.format=defaut)
* @return string : la fin de l'url decrivant les limites des resultats precedents.
* Si aucun résultats ne precedent, une chaine de caractère vide est retournée
*/
public function recupererLesLimitesPrecedentesObs($suivant) {
$url_precedente = '';
if (isset($this->table_param['navigation_depart'])) { // si on utilise un parametre de départ
// si l'adresse d'appel de la page est inférieur au départ
$regex = '/http:\/\/.*\/service:eflore:0.1\/chorodep\/observations\?.*navigation.depart=(.*\:[0-9]*).*/';
if (isset($_SERVER['HTTP_REFERER']) && preg_match($regex, $_SERVER['HTTP_REFERER'], $match)) {
if ($match[1] != $this->table_param['navigation_depart'] && $match[1] != $suivant) {
$url_precedente = '&navigation.depart='.$match[1].'&navigation.limite='.$this->limite_requete['limite'];
}
} else {
$url_precedente = '&navigation.limite='.$this->limite_requete['limite'];
}
}
return $url_precedente;
}
 
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/apd/CommunNomsTaxons.php
New file
0,0 → 1,928
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Description :
* Classe CommunNomsTaxons.php
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
 
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
private $ontologie = array();
 
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
 
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
$this->remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
 
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
 
 
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
 
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
 
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
 
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
 
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
 
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
 
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
 
public function traiterParametresCommuns() {
 
}
 
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->modifierValeur($val);
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
 
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
 
private function modifierValeur($valeur) {
$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);
$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);
return $valeur;
}
 
private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');
$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');
$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);
return $valeur;
}
 
private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));
$valeur = $valeur.'%';
return $valeur;
}
 
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
 
private function etreRessourceId() {
$ok = false;
if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {
$ok = true;
}
return $ok;
}
 
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
 
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
public function estUnIdentifiant() {
return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
 
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
public function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
foreach ($structure_nom as $structure) {
$structure = trim($structure);
$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/',
'/^au_ss$/','/^bib_ss$/');
$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre',
'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');
 
// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
$this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);
}
}
 
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
 
/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,
* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini
* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */
public function recupererTableSignification($table) {
$tables = explode(',', $table);
foreach ($tables as $tab) {
if ($tab == 'champs_comp') {
$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd
$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);
} elseif ($tab == 'champs_api') {
foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
$val = $match[1];
$this->champs_api[$key] = $val;
}
} else {
$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);
}
}
}
 
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
}else {
$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
 
}
 
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
 
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
 
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
unset($this->table_retour['id']);
}
 
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
 
public function formaterId($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
 
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
 
public function formaterIdChamp($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
return $this->table_retour;
}
 
protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'num_basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
$champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
// champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/
if (in_array($champ, $champs_forces)) {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
}
}
}
}
 
public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$this->table_retour[$chp] = $valeur;
} else {
$this->table_retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
 
public function decomposerNomChamp($champ) {
$decomposition = false;
if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
$radical_champ = $match[1];
$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";
$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);
}
return $decomposition;
}
 
public function verifierValiditeChamp($champ) {
$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);
$validite_ressource = true;
if ($decomposition) {
list($radical, $suffixe) = $decomposition;
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {
$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
}
return $validite_ressource;
}
 
public function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
 
public function estChampComplementaire($radical_champ) {
$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;
return $champ_complementaire_ok;
}
 
public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {
$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
 
public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
 
public function formaterStatsAnnee($resultat) {
foreach ($resultat as $cle_annee) {
$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';
$nb = $cle_annee['nombre'];
$retour_stats_annee[$annee] = $nb;
}
return $retour_stats_annee;
}
 
public function formaterStatsRang($resultat) {
foreach ($resultat as $rangs) {
if ($rangs['rang'] != 0) {
$rang = $rangs['rang'];
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);
}
$nombre = $rangs['nombre'];
$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;
}
}
return $retour_rang;
}
 
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
 
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);
}
}
}
}
 
public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {
if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
 
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
 
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
 
public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {
$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
 
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
 
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
 
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);
break;
case 'signification' :
$this->afficherSignification($champ, $valeur);
break;
case 'href' :
$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);
$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;
break;
case 'code' :
$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);
break;
case 'notes' :
$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
 
public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);
$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
$this->table_retour = $tab_res;
}
 
private function obtenirCode($champ, $valeur) {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
return "bdnt.$code:$valeur";
}
 
private function transformerChampEnCode($champ) {
if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
}
 
$code = $champ;
if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];
}
return $code;
}
 
public function creerUrl($champ, $valeur) {
if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
 
public function afficherSignification($champ, $valeur) {
if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'].' '.
$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$nom = $this->recupererNomSci($valeur);
if ($nom != array()) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$this->service_href = $nom['service'];
}
} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);
}
}
 
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
 
public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {
if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) {
$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {
$code = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$url = Config::get('url_ontologie').$code.':'.$valeur.'/nom';
$res = $this->consulterHref($url); //dans commun.php
$nom_code = $valeur;
if (is_object($res)) {
$nom_code = $res->nom;
}
$this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code);
}
return $nom_code;
}
 
public function recupererNomSci($id) {
$nom = array();
if ($id != 0) {
if ($this->compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r($this->compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom)
.' FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
return $nom;
}
 
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {
$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;
 
$nom = '';
if (isset($this->compo_nom)) {
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom = array();
 
foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);
$nom = implode(' ', $nom_complet);
}
return rtrim($nom, ' ');
}
 
 
public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$this->bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
 
public function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
 
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
 
 
 
public function correspondAUnCode($key) {
return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));
}
 
public function correspondAUnId($key) {
return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));
}
 
public function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
 
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
 
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
 
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
 
private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {
if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {
$this->ontologie[$categorie] = array();
}
if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();
}
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;
}
 
private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {
return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);
}
 
private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {
return $this->ontologie[$categorie][$valeur];
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/apd/Noms.php
New file
0,0 → 1,635
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques.
* Si l'url finit par /noms on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /noms?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.gen (nom de genre), masque.sp (épithète d'espèce), masque.ssp (épithète infra-spécifique),
* masque.au (auteur du nom), masque.an (année de publication du nom), masque.bib (réf biblio de la publi d'origine du nom), masque.ad (nomen addendum),
* masque.nn (identifiant du nom), recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format, nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
* Les différentes requetes :
* - noms | noms/relations/#projet/#id_projet | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ
* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores
* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales
*
* @package bdtfx
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Noms
*/
 
class Noms extends CommunNomsTaxons {
 
protected $format_reponse = 'noms'; // Permet de stocker la requete formulée
protected $service = 'noms';
protected $serviceNom = 'noms';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = '';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $distinct = null; // Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
 
//+----------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametresSpecifiques() {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.sg' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_supra_generique', $val);
break;
case 'masque.gen' :
$this->ajouterFiltreMasque('genre', $val);
break;
case 'masque.sp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_sp', $val);
break;
case 'masque.ssp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_infra_sp',$val);
break;
case 'masque.au' :
$this->ajouterFiltreMasque('auteur', $val);
break;
case 'masque.an' :
$this->ajouterFiltreMasque('annee', $val);
break;
case 'masque.bib' :
$this->ajouterFiltreMasque('biblio_origine',$val);
break;
case 'masque.ad' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_addendum', $val);
break;
case 'masque.nn' :
$this->requete_condition []= 'num_nom IN ('.$val.')';
$this->masque['num_nom'] = "num_nom=$val";
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition []= 'num_taxonomique IN ('.$val.')';
$this->masque['num_tax'] = "num_taxonomique=$val";
break;
case 'masque.rg' :
$this->ajouterFiltreMasque('rang', $val);
break;
case 'retour.champs' :
$this->verifierParamChamps($param, $val);
break;
case 'distinct' :
$this->ajouterNomDistinct($val);
break;
case 'masque.fam' :
$this->ajouterFiltreMasque('famille', $val);
break;
case 'masque.sto' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_origine', $val);
break;
case 'masque.sti' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_introduction', $val);
break;
case 'masque.stc' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_culture', $val);
break;
case 'masque.and' :
$this->requete_condition []= " annee >= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.anf' :
$this->requete_condition []= " annee <= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.prgua' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Guadeloupe', $val);
break;
case 'masque.prmar' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Martinique', $val);
break;
case 'masque.prstm' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Martin', $val);
break;
case 'masque.prdes' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_La_Desirade', $val);
break;
case 'masque.prstb' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Barthelemy', $val);
break;
case 'masque.prmga' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Marie_Galante', $val);
break;
case 'masque.prsai' :
$this->ajouterFiltreMasque('`presence_Les-Saintes`', $val);
break;
}
}
}
 
public function verifierParamChamps($param, $val) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$champs_demandes = explode(',', $val);
$champs_verifies = array();
$champs_api = array_flip($this->champs_api);
$champs_supp = array('nom_retenu_complet'=>'num_nom_retenu', 'basionyme_complet'=>'num_basionyme');
$champs_api = array_merge($champs_api, $champs_supp);
foreach ($champs_demandes as $champ) {
if (array_key_exists($champ, $champs_api)) {
$champs_verifies[] = $champs_api[$champ];
}
}
if (count($champs_verifies) > 0) {
$this->requete_champ .= ', '.implode(',', $champs_verifies);
}
}
 
/** Permet de rajouter à la requete sql le parametre distinct. N'est utilisé qu'avec le format oss */
public function ajouterNomDistinct($distinct) {
if (isset($distinct)) {
if ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$this->distinct = ' distinct ';
} elseif ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> L\'utilisation du paramètre distinct ne se fait que sous
le format oss';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
//-----------------FONCTION D'ANALYSE DES RESSOURCES--------------------------------------------------------------------
 
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
//on initialise la condition de la requete sql et le format de réponse
$this->requete_condition = array(); //on vide la table dans le cas de plusieurs version
$this->requete_condition[] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);
$this->format_reponse = $this->service.'/id';
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
if ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/#champ+#champ </li>
<li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { // requete de type noms/#id : rajout du nom_sci pour récupérer le format html par la fct mettreAuFormat()
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
 
public function traiterRessourceRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
$projet = $this->ressources[1];
$num_nom = $this->ressources[2];
if (strrpos($num_nom, 'nn.coste') !== false) {
list($p, $nn) = explode('=', $num_nom);
$num_nom = $nn;
}
$champ = "flore_$projet"."_num";
if (isset($this->ressources[3])) {
$type = $this->ressources[3];
if (!in_array($type, array('homonymie', 'synonymie'))) {
$e = "Les types disponibles pour les noms sont homonymie, synonymie";
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
$this->requete_champ = ' num_nom ';
$this->requete_condition = array();
$this->requete_condition[] = "$champ = ".$this->getBdd()->proteger($num_nom);
}
 
public function traiterRessourceIdRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
// requete de type noms/#id/relations/#relation
switch ($this->ressources[2]) {
case 'synonymie' :
$this->traiterRessourceIdSynonymie();
break;
case 'homonymie' :
$this->traiterRessourceIdHomonymie();
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
 
public function traiterRessourceIdSynonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, basionyme FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X LIMIT 0,100;
$this->format_reponse .= '/synonymie';
if (strrpos($this->requete_champ, ', num_basionyme') === false) {
$this->requete_champ .= ', num_basionyme ';
}
if (strrpos($this->requete_champ, ', num_type') === false) {
$this->requete_champ .= ', num_type ';
}
$this->requete_condition[0] = 'num_nom_retenu = '.
'(SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceIdHomonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE nom_sci = (SELECT nom_sci FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->format_reponse .= '/homonymie';
$this->requete_condition[0] = 'nom_sci = (SELECT nom_sci FROM '.$this->table
.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse .= '/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
 
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse .= '/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_condition = null;
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse .= '/initiales';
$this->requete_champ = 'count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2)';
}
 
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
 
public function assemblerLaRequete() {
if ( strrpos($this->format_reponse, 'noms/stats/') === false ) {
$this->mettreAuFormat(); //Ds CommunNomsTaxons.php
}
$requete = 'SELECT '.$this->retournerChamps().' '.
"FROM {$this->table} ".
$this->retournerRequeteCondition().' '.
$this->requete_group_by.' '.
$this->retournerOrderBy().' '.
$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
 
public function retournerChamps() {
$sql = '';
if ($this->distinct) {
$sql .= $this->distinct.' ';
}
if ($this->requete_champ) {
$sql .= $this->requete_champ.' ';
}
 
// Champs "virtuels" pour tier sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$sql .= ", IF(num_nom = num_nom_retenu, '0', '1') AS nom_retenu_tri ";
}
}
 
return $sql;
}
 
public function decouperParametreRetourTri() {
$tri = array('', '');
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
if (preg_match('/^(retenu)(?:,(ASC|DESC)|)$/', $this->parametres['retour.tri'], $match))
$tri[0] = $match[1];
$tri[1] = isset($match[2]) ? $match[2] : '';
}
return $tri;
}
 
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
public function retournerOrderBy() {
$orderBy = array();
 
// Tri sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$orderBy[] = "nom_retenu_tri $ordre";
}
}
// Tri par défaut
if ($this->format_reponse == 'noms') {
$orderBy[] = 'nom_sci ASC';
}
 
$sql = '';
if (count($orderBy) > 0) {
$sql = 'ORDER BY '.implode(', ', $orderBy).' ';
}
return $sql;
}
 
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'noms' && $this->format_reponse != 'noms/id/relations/synonymie'
&& $this->format_reponse != 'noms/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] =
(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
 
/** Recupere le nombre total de résultat d'une requete lancée. */
public function recupererTotalResultat() {
$total = null;
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
} else {
$e = 'Fct recupererTotalResultat() : <br/>Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
}
return $total;
}
 
 
//-------------------FONCTIONS POUR LE FORMATAGE EN JSON----------------------------------------------------------------
 
public function retournerResultatFormate($resultat) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'noms/relations' :
$reponse = $this->formaterRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations/synonymie' :
$reponse = $this->formaterIdSynonymie($resultat);
break;
case 'noms/id/relations/homonymie' :
$reponse = $this->formaterIdHomonymie($resultat);
break;
case 'noms/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'noms/stats/rangs' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'noms/stats/initiales' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'noms' :
$reponse = $this->formaterNoms($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id-----------------------------+
 
public function formaterRelations($resultat) {
$num_nom = $resultat['num_nom'];
if (isset($this->ressources[3])) {
$url = Config::get('url_service').$this->service."/$num_nom/relations";
} else {
$type = $this->ressources[3];
$url = Config::get('url_service')."/$this->service/$num_nom/relations/$type";
}
$res = $this->consulterHref($url);
return $res;
}
 
public function formaterIdRelations($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier lors de l'affichage
 
//on recupère le resultat de chaque relation (appel du WS correspondant)
$homonymes = $this->ajouterRelations('homonymie');
if (isset($homonymes)) $retour_id_rel['resultat']['homonymes'] = $homonymes;
$synonymes = $this->ajouterRelations('synonymie');
if (isset($synonymes)) $retour_id_rel['resultat']['synonymes'] = $synonymes;
 
//on renvoit null si il n'existe aucune relations (on efface l'entete en premier lieu)
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) {
$retour_id_rel = null;
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->ressources[0]);
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
 
/**
* Recupere les relations (type de la relation passée en paramètres :[type_relation] = synonymie, homonymie ou
* ) par l'appel du web service [version]/noms/#id/relations/[type_relation]
*/
public function ajouterRelations($relation) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $this->table);
$res = null;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'.$this->service.'/'.
$this->ressources[0].'/relations/'.
$relation.$parametres_url;
 
$relation = $this->consulterHref($url);
 
$res = $relation->resultat;
return $res;
}
 
 
public function formaterIdSynonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$retour_id_syn = array();
if ($resultat[0]['num_nom_retenu'] == '') {
$retour_id_syn[] = 'nom_retenu N.D.';
} elseif (count($resultat) != 1) {
//on remplit d'abord l'entete du resultat
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_syn['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $tab) {
//pour chaque basionyme, on recupère le résultat : num_nom, nom_sci, basionyme et num_nom_retenu :
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('basionyme', $tab['num_basionyme']);
$retour_id_syn['resultat'][$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
if (!isset($retour_id_syn['resultat']) && !in_array('nom_retenu N.D.', $retour_id_syn)) {
$retour_id_syn = null; //on initialise le resultat à null
}
}
return $retour_id_syn;
}
 
public function formaterIdHomonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
if (count($resultat) != 1) {
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/homonymie');
$retour_id_hom['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $homonyme) {
$this->resultat_req = $homonyme;
$id = $homonyme['num_nom'];
$this->afficherDonnees('num_nom', $id);
if ($homonyme['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($id == $homonyme['num_nom_retenu']) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
$retour_id_hom['resultat'][$id] = $this->table_retour;
unset($retour_id_hom['resultat'][$id]['id']);
$this->table_retour = array();
}
} else {
$retour_id_hom = null;
}
return $retour_id_hom;
}
 
public function obtenirSynonymesParNumNomAvecInfosFlore($num_nom, $version='1_02') {
 
$champs_flore = 'flore_bonnier_num, flore_bonnier_rem,'.
'flore_cnrs_num, flore_cnrs_rem '.
'flore_fe_num, flore_fe_rem '.
'flore_coste_num, flore_coste_rem '.
'flore_fh_num, flore_fh_rem '.
'flore_fournier_num, flore_fournier_rem';
 
$requete = 'SELECT num_nom, nom_sci, '.$champs_flore.' '.
'FROM '.$this->table.' '.
'WHERE num_nom_retenu = '.
'('.
'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = "'.$num_nom.'"'.
')';
 
return $this->getBdd()->recupererTous($requete);
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres-------+
 
public function formaterNoms($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat); //Ds CommunNomsTaxons.php
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
 
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
 
// TODO : améliorer le tri des résultats
// ATTENTION : ce comportement est étrange
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque) && !isset($this->parametres['retour.tri'])) {
// fonction du pauvre pour palier aux "." remplacés accidentellement par des "_"
$index = str_replace('masque_','masque.',$masque[0]);
//$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$index], $resultat, $masque[1]);
}
 
// Tri à la mode du CeL : lexicographique puis noms retenus (retour.tri = "alpharet")
if (isset($this->parametres['retour.tri']) && ($this->parametres['retour.tri'] == "alpharet")) {
usort($resultat, array($this, 'genrePuisNomsRetenusEnTete'));
}
 
$table_retour_json['entete'] = $this->remplirJsonEntete();
$table_retour_json['resultat'] = $this->remplirJsonResultat($resultat);
return $table_retour_json;
}
 
// Trie les éléments du tableau de résultats : le genre en tête, puis les noms retenus, puis le reste
// mais à partir du jeu de données retourné par SQL (indépendents du statut "retenu")
private function genrePuisNomsRetenusEnTete($a, $b) {
// On pourrait utiliser l'indice ['retenu'] mais il contient parfois "absent", qui est dur à traiter
$aEstRetenu = ($a['num_nom'] == $a['num_nom_retenu']);
$bEstRetenu = ($b['num_nom'] == $b['num_nom_retenu']);
$retour = 0;
 
// les noms retenus en premier ("inférieurs")
if ($aEstRetenu) {
if (! $bEstRetenu) {
$retour = -1;
}
} else {
if ($bEstRetenu) {
$retour = 1;
}
}
 
// en cas d'égalité on conserve le tri lexicographique - devrait faire sortir le genre en première position
// car il ne contient pas le nom d'auteur
if ($retour == 0) {
$retour = strcasecmp($a['nom_sci'], $b['nom_sci']);
}
 
return $retour;
}
 
public function remplirJsonResultat($resultat) {
$champs = null;
if (array_key_exists('retour.champs', $this->parametres)) {
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
}
 
$noms = array();
foreach ($resultat as $tab) {
$this->table_retour = array();
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num); // ajoute le nom_sci, href et si le nom est retenu dans $this->table_retour
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
if ($champs != null) {
$reponse_id = $this->formaterId($tab);
$this->table_retour = array();
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
$retour = array_merge($retour, $this->table_retour);
}
$noms[$num] = $retour;
}
 
return $noms;
}
 
public function remplirJsonEntete() {
$entete = array();
if (isset($this->masque)) {
$this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
}
parent::afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
return $this->table_retour;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/apd/Taxons.php
New file
0,0 → 1,521
<?php
 
// declare(encoding='UTF-8');// ou ISO-8859-15
/**
* Description :
* Classe Taxons.php permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques retenu.
* Si l'url finit par /taxons on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /taxons?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format,
* nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-${year} Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
class Taxons extends CommunNomsTaxons {
/** Permet de stocker la requete formulée taxons | taxons/#id | taxons/#id/#champ+#champ ...*/
protected $format_reponse = 'taxons';
protected $service = 'taxons';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, num_taxonomique, rang ';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = ' ';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $num_nom_taxon; //Stocke le num_nom du nom retenu du num_nom recherché
protected $presence_num_tax = true;
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
public function traiterParametresSpecifiques() {
$this->requete_condition[] = 'num_nom = num_nom_retenu';
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition[] = "num_taxonomique IN ($val)";
$this->masque[] = "num_taxonomique=$val";
break;
case 'masque.rg':
$this->requete_condition[] = 'rang = '.$this->getBdd()->proteger($val);
$this->masque[] = "rang=$val";
break;
}
}
}
//------------------------------------------Fonction ressources---------------------------------------------------------------------
public function gererNumTax() {
if (!in_array('num_taxonomique', $this->champs_table)) {
$this->presence_num_tax = false;
$this->requete_champ = str_replace(', num_taxonomique ', '', $this->requete_champ);
} else {
$this->presence_num_tax = true;
}
}
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
$this->format_reponse = 'taxons/id';
$this->traiterRessourceNtId();
$this->num_nom_taxon = $this->recupererNumNomTaxon(); //on recupere le taxon correspondant au num_nom recherché
if ($this->entete_http == '') {
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon);
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
//---------------- requete de type taxons/#id/#champ+#champ--------------------------------------
if ($this->ressources[1] != 'relations') { // SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
$this->format_reponse .= '/champ';
//---------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
} elseif ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> #id/relations </li> <li> #id/#champ+#champ </li> <li> #id/relations </li>
<li> #id/relations/inferieurs </li> <li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { //--------------- requete de type taxons/#id-----------------------------------------------------
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
}
public function traiterRessourceNtId() {
if (strrpos($this->ressources[0], 'nt:') !== false) {
if ($this->presence_num_tax) {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_taxonomique = X;
$this->requete_condition[0] = ' num_taxonomique = '
.str_replace('nt:', '', $this->ressources[0]).' ';
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le numéro taxonomique n\'existe pas dans ce projet';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->ressources[0];
}
}
/** Permet de récupérer le num_nom du taxon recherché. Soit le numéro taxonomique est demandé (avec nt: )
* soit un num_nom dont on recherche le num_nom_retenu */
public function recupererNumNomTaxon() {
$identifiant = '';
if ($this->entete_http == '') {
//on récupere l'identifiant du taxon correspondant au num_nom ou num_taxonomique demandé pour pouvoir l'afficher
$req_tax = 'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0];
$res_tax = $this->getBdd()->recuperer($req_tax);
//on recherche ensuite les identifiants des taxons supérieurs ou inférieurs
if ($res_tax && $res_tax != '') {
$identifiant = $res_tax['num_nom_retenu'];
} else {
$e = 'Le numéro de taxon ou l\'identifiant de nom correspondant au num_nom '
.$this->ressources[0].' n\'existe pas dans la base.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
Debug::printr($req_tax);
}
}
return $identifiant;
}
public function traiterRessourceIdRelations() {
//----------------- requete de type taxons/#id/relations-------------------------------------------
// SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
//------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
switch ($this->ressources[2]) {
case 'superieurs' :
$rel = 'recupererIdSup';
$this->format_reponse .= '/superieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'inferieurs' :
$rel = 'recupererIdInf';
$this->format_reponse .= '/inferieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'hierarchie' :
$rel = 'recupererIdHierarchie';
$this->format_reponse .= '/hierarchie';
$this->traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel);
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> taxons/#id/relations </li><li> #id/relations/inferieurs </li>
<li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
public function traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') {
//dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdHierarchie() {
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table.' '.
' WHERE hierarchie LIKE CONCAT('.
'(SELECT hierarchie FROM '.
$this->table.' '.
'WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon).')'.
', '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon.'-%').
')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function traiterRessourceIdRelationInfSup($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') { //dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdInf() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM '
.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition).')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function recupererIdSup() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_tax_sup FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->requete_condition[] = "num_nom = num_nom_retenu" ;
$req_relation = 'SELECT num_tax_sup as num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse = 'taxons/stats/initiales';
$this->requete_champ = 'count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2) ';
}
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
public function assemblerLaRequete() {
if ($this->format_reponse != 'taxons/stats/initiales') {
$this->mettreAuFormat(); //on remplace les nom_sci par les nom_sci_html
}
$requete = ' SELECT '.$this->requete_champ.
' FROM '.$this->table
.$this->retournerRequeteCondition()
.$this->requete_group_by
.$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'taxons' && $this->format_reponse != 'taxons/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] = (($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
public function recupererTotalResultat() {
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
}
return $total;
}
 
//-------------------------FONCTIONS DE FORMATION DU RESULTAT-----------------------------------------------------------
/** Permet de récupérer le résultat à retourner propre à chaque requete et de l'encoder en json*/
public function retournerResultatFormate($resultat, $version) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'taxons/id' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/champ' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterIdChamp($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0],$version);
break;
case 'taxons/id/relations/superieurs' :
$reponse = $this->formaterIdSuperieur($resultat, $version);
break;
case 'taxons/id/relations/inferieurs' :
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/id/relations/hierarchie' :
// le formatage de la hiérarchie est identique aux relations inférieures
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'taxons/stats/rangs' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'taxons/stats/initiales' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'taxons' :
$reponse = $this->formatertaxons($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
//----------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres--------------
public function formaterTaxons($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat);
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
//print_r($resultat);
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque)) $resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$masque[0]], $resultat, $masque[1]);
if (isset($this->masque)) $this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
$table_retour_json['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
$tab_tax_inf = $this->recupererListeTaxonInf($resultat);
foreach ($resultat as $tab) {
$num = $tab['num_nom'];
if (isset($this->parametres['masque.nt'])) $this->afficherDonnees('num_taxonomique', $tab['num_taxonomique']);
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf);
$resultat_json[$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array(); //on vide le tableau table_retour
}
$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
return $table_retour_json;
}
//--------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id----------------------------------------
 
public function formaterIdRelations($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier
 
$superieurs = $this->ajouterRelations('superieurs'); //, $version);
if (isset($superieurs)) $retour_id_rel['resultat']['superieurs'] = $superieurs;
$inferieurs = $this->ajouterRelations('inferieurs', $version);
if (isset($inferieurs)) $retour_id_rel['resultat']['inferieurs'] = $inferieurs;
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) { //on renvoit un tableau null si il n'existe aucune relations
$retour_id_rel = 'null';
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->num_nom_taxon); //$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
public function ajouterRelations($relation, $version) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $version);
$res = null;
$taxon = $this->num_nom_taxon;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'
.$this->service.'/'.$version.'/'
.$this->ressources[0].'/relations/'
.$relation.$parametres_url;
$relation = $this->consulterHref($url);
if (isset($relation->resultat)) {
$res = $relation->resultat;
} elseif (isset($relation->$taxon)) { //pour les relations inf et sup
$res = $relation->$taxon;
}
return $res;
}
public function formaterIdSuperieur($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null; //si il n'existe aucune relation
$taxon_sup_traites = array();
if (($resultat) != '' ) {
//on recupere d'abord les rangs supérieurs
$sup = $resultat[0];
do {
$sup = $this->recupererIdSuperieur($sup['num_tax_sup'], $version);
if(!in_array($sup['num_nom'], $taxon_sup_traites)) {
$taxon_sup_traites[] = $sup['num_nom'];
} else {
$sup = null;
}
if ($sup['rang'] == '0') $sup['rang'] = '10'; //erreur dans la base
if (isset($sup)) $resultat[] = $sup;
} while ($sup != null);
krsort($resultat);
//on les affiche ensuite
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function recupererIdSuperieur($id, $version) {
$req = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci FROM '
.$version.' WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($id);
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res[0];
} else {
$resultat = null; //on return null si il n'y a pas de taxon superieur
}
return $resultat;
}
public function formaterIdInferieur($resultat) {
// Attention à l'ordre, on doit d'abord récupérer correpondance_champs avant champs_api
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null;
if (($resultat) != array()) {
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf) {
foreach ($tab_tax_inf as $taxNb) {
if ($taxNb['num_tax_sup'] == $num) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = $taxNb['nb'];
}
}
if (!isset($this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'])) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = '0';
}
}
public function recupererListeTaxonInf($resultat) {
// SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_tax_sup IN (id, id, id) AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
foreach ($resultat as $tab) {
$tab_num[] = $tab['num_nom']; //on regroupe ici les id des taxons dont on cherche le nb de taxon inf
}
$req = 'SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM '.$this->table
.' WHERE num_tax_sup IN ('.implode(',',$tab_num)
.') AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res;
} else {
$resultat = array(); //on retourne un tableau vide s'il n'y a pas de taxon inférieurs
}
return $resultat;
}
}
 
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/nasa-srtm/Altitude.php
New file
0,0 → 1,151
<?php
 
/**
* Classe unique du web service nasa-srtm qui détermine l'altitude d'un point à partir de ses coordonnees
* Les coordonnees sont definies dans des fichiers au format HGT dans un dossier specifique
* (dont le chemin est defini dans le fichier de configuration propre au web service).
* Les ressources utilisees sont les donnees issues du programme SRTM-3 de la NASA qui couvre
* l'ensemble terrestre du monde. La precision des points dont on renvoie l'altitude est de 90 metres.
* Chaque fichier couvre un secteur de 1 degre sur 1 degre et contient un tableau de 1201 lignes
* (axe des latitudes) sur 1201 colonnes (axe des longitudes) contenant l'altitude en metres
* correspondant a des point precis. L'ecart entre chaque entree des tableaux est constant, ce qui
* permet de calculer la latitude et la longitude de chaque point. L'altitude du point le plus proche
* de celui passe en parametres sera renvoyee au client.
*
* Parametres du web service :
* - latitude : latitude du point dont on recherche les coordonnees
* - longitude : longitude du point dont on recherche les coordonnees
*
* @package framework-0.4
* @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*
*/
 
 
class Altitude {
private $parametres = array();
private $ressources = array();
private $coordonnees = null;
private $fichierSrtm = '';
const LONGUEUR_COTE = 1201;
const OFFSET = 2;
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$retour = null;
try {
$this->traiterCoordonnees();
$this->rechercherFichierSrtm();
$this->recupererAltitude();
$retour = $this->coordonnees;
} catch (Exception $erreur) {
$retour = $erreur->getMessage();
}
return $retour;
}
private function traiterCoordonnees() {
if ($this->estParametreExistant('lat') && $this->estParametreExistant('lon')) {
$longitude = $this->parametres['lon'];
$latitude = $this->parametres['lat'];
if ($this->estUnFloat($longitude) && $this->estUnFloat($latitude)) {
$this->verifierValiditeCoordonnees($longitude, $latitude);
} else {
$message = "La valeur des coordonnées longitude ou latitude n'est pas correcte. ".
" Elle doit être pour les deux paramètres une valeur décimale.";
throw new Exception($message, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
} else {
$message = "Tous les paramètres passés dans l'URL ne correspondent pas à ceux attendus. ".
"Le web service nécessite de lui fournir une longitude et une latitude pour son bon fonctionnement.";
throw new Exception($message, RestServeur::HTTP_CODE_CONTENU_REQUIS);
}
}
private function estParametreExistant($nomParametre) {
return in_array($nomParametre, array_keys($this->parametres));
}
private function estUnFloat($variable) {
return (preg_match("/^(-)?\d+(\.\d+)?$/", $variable) == 1);
}
private function verifierValiditeCoordonnees($longitude, $latitude) {
$longitude = floatval($longitude);
$latitude = floatval($latitude);
$longitudeMax = Config::get("limite_longitude");
$latitudeMax = Config::get("limite_latitude");
if (abs($longitude) > $longitudeMax || abs($latitude) > $latitudeMax) {
$message = "Les coordonnées passées en paramètres désignent un point qui se trouve ".
"en dehors des limites du monde. Elles doivent être comprises entre -{$longitudeMax} ".
"et $longitudeMax sur l'axe des longitudes, et entre -{$latitudeMax} et {$latitudeMax} ".
"sur l'axe des latitudes.";
throw new Exception($message, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
} else {
$this->coordonnees = new StdClass();
$this->coordonnees->longitude = $longitude;
$this->coordonnees->latitude = $latitude;
}
}
private function rechercherFichierSrtm() {
$nomFichierSrtm = $this->construireNomFichierSrtm();
if (!file_exists($nomFichierSrtm)) {
$message = "Erreur interne : certaines ressources demandées n'ont pas pu être trouvées sur le serveur.";
throw new Exception($message, restServeur::HTTP_CODE_ERREUR);
} else {
$this->fichierSrtm = $nomFichierSrtm;
}
}
private function construireNomFichierSrtm() {
$latitudeEntier = abs(floor($this->coordonnees->latitude));
if ($latitudeEntier < 10) {
$latitudeEntier = "0".$latitudeEntier;
}
$suffixeLatitude = $this->coordonnees->latitude < 0 ? "S" : "N";
$longitudeEntier = abs(floor($this->coordonnees->longitude));
if ($longitudeEntier < 10) {
$longitudeEntier = "00".$longitudeEntier;
} elseif ($longitudeEntier < 100) {
$longitudeEntier = "0".$longitudeEntier;
}
$suffixeLongitude = $this->coordonnees->longitude < 0 ? "W" : "E";
$dossierSrtm = Config::get('dossier_srtm').DS;
$nomFichierSrtm = $dossierSrtm.$suffixeLatitude.$latitudeEntier.$suffixeLongitude.$longitudeEntier.".hgt.zip";
return $nomFichierSrtm;
}
private function recupererAltitude() {
$zip = zip_open($this->fichierSrtm);
$fichier = zip_read($zip);
$donnees = zip_entry_read($fichier, zip_entry_filesize($fichier));
zip_close($zip);
$xDepart = floor($this->coordonnees->longitude);
$yDepart = floor($this->coordonnees->latitude);
$longitude = $this->coordonnees->longitude;
$latitude = $this->coordonnees->latitude;
$positionX = (self::LONGUEUR_COTE-1) * ($longitude - $xDepart);
$positionY = (self::LONGUEUR_COTE-1) * (1 - $latitude + $yDepart);
$positionX = ($positionX + 0.5 > ceil($positionX)) ? ceil($positionX) : floor($positionX);
$positionY = ($positionY + 0.5 > ceil($positionY)) ? ceil($positionY) : floor($positionY);
$binaire = substr($donnees, ($positionY * self::LONGUEUR_COTE + $positionX) * self::OFFSET, self::OFFSET);
$this->coordonnees->altitude = current(unpack("n*", $binaire));
if (!$this->coordonnees->altitude) {
$this->coordonnees->altitude = 0;
}
}
}
 
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/wikipedia/Textes.php
New file
0,0 → 1,80
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe implémentant l'API d'eFlore Textes pour le projet WIKIPEDIA.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Textes
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
class Textes extends Commun{
 
protected $parametres = array();
protected $ressources = array();
protected $service = 'textes';
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->analyserRessources();
$resultat = $this->executerSousService();
 
return $resultat;
}
 
private function analyserRessources() {
$nbreRessources = count($this->ressources);
if ($nbreRessources == 0) {
$message = "A implémenter : listes des pages trouvées";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} else if ($nbreRessources == 1) {
if ($this->etreRessourceIdentifiants(0)) {
$this->sousService = 'Page';
} else {
$message = "La ressource n°1 '{$this->ressources[0]} indiquée n'est pas valable.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($nbreRessources > 1) {
$message = "Les ressources indiquées ne sont pas valables.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function etreRessourceIdentifiants($position) {
$ok = true;
if (isset($this->ressources[$position])) {
$ids = $this->ressources[$position];
$supraSpPattern = "[A-Z][a-z]+";
$spPattern = "{$supraSpPattern}_[a-z]+";
$pagePattern = "/^(?:$supraSpPattern|$spPattern)$/i";
$ok = preg_match($pagePattern, $ids) ? true : false;
}
return $ok;
}
 
private function executerSousService() {
if (isset($this->sousService)) {
$classe = $this->sousService.'Textes';
require_once dirname(__FILE__).DS.'textes'.DS.$classe.'.php';
$sousService = new $classe($this->ressources, $this->parametres, new Conteneur());
$resultat = $sousService->consulter();
} else {
$message = "L'analyse des ressources n'a pu aboutir à déterminer le sous service à exécuter.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $resultat;
}
 
 
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/wikipedia/NomCommune.php
New file
0,0 → 1,127
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe permettant d'obtenir le nom et le code INSEE des communes les plus proches d'un point (latitude et longitude).
* La latitude et longitude doivent être exprimée par un nombre décimal.
* Ce service fonctionne uniquement sur les communes des DROM-COM présentent
* sur Wikipedia FR à cette adrese : http://fr.wikipedia.org/
* Source des données : Wikipedia http://fr.wikipedia.org/
* Paramètres du service :
* - lat : latitude
* - lon : longitude
* Exemple :
* http://localhost/service:eflore:0.1/wikipedia/nom-commune?lat=44.71546&lon=3.84216
*
* @category php 5.2
* @package lion1906
* @author Mohcen BENMOUNAH <mohcen@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2010, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class NomCommune {
 
const PATTERN_LAT = '/^[0-9]+(?:[.][0-9]+|)$/';
const PATTERN_LON = '/^[-]?[0-9]+(?:[.][0-9]+|)$/';
const NBRE_COMMUNE_PAR_DEFAUT = 10;
const NBRE_COMMUNE_MAX = 100;
const MIME_JSON = 'application/json';
private $bdd = null;
 
public function __construct(Bdd $bdd) {
$this->bdd = $bdd;
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
 
$nomINSEEs = $this->trouverCommunesProches();
$corps = $this->formaterResultats($nomINSEEs);
 
$resultat = new ResultatService();
$resultat->mime = self::MIME_JSON;
$resultat->corps = $corps;
return $resultat;
}
 
private function definirParametresParDefaut() {
if (array_key_exists('nbre', $this->parametres) === false) {
$this->parametres['nbre'] = self::NBRE_COMMUNE_PAR_DEFAUT;
}
}
 
private function verifierParametres() {
extract($this->parametres);
$messages = array();
if (! array_key_exists('lat', $this->parametres)) {
$messages[] = "Vous devez indiquer une latitude en degré décimal à l'aide du paramètres d'url : lat";
} else if (!preg_match(self::PATTERN_LAT, $lat)) {
$messages[] = "La valeur de latitude doit être un nombre décimal dont le séparateur décimal est un point. Ex. : 44 ou 43.03";
}
if (! array_key_exists('lon', $this->parametres)) {
$messages[] = "Vous devez indiquer une longitude en degré décimal à l'aide du paramètres d'url : lon";
} else if (!preg_match(self::PATTERN_LON, $lon)) {
$messages[] = "La valeur de longitude doit être un nombre décimal dont le séparateur décimal est un point. Ex. : -4.03 ou 3.256";
}
if (array_key_exists('nbre', $this->parametres)) {
if (!preg_match('/^[0-9]+$/', $nbre)) {
$messages[] = "Le nombre de commune le plus proche à retourner doit être un entier positif. Ex. : 10";
} else if ($nbre > self::NBRE_COMMUNE_MAX) {
$messages[] = "Le nombre de commune le plus proche à retourner doit être un entier positif inférieur à {self::NBRE_COMMUNE_MAX}. Ex. : 10";
}
}
 
if (count($messages) != 0) {
$message = implode('<br />', $messages);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function formaterResultats($nomINSEEs) {
$communes_trouvees = null;
if (isset($nomINSEEs) && !empty($nomINSEEs)) {
foreach ($nomINSEEs as $nomINSEE) {
$communes_trouvees[] = array('nom' => $nomINSEE['nom'], 'codeINSEE' => $nomINSEE['code_insee']);
}
if (!is_null($communes_trouvees)) {
if ($this->parametres['nbre'] == 1 && count($communes_trouvees) == 1) {
$communes_trouvees = $communes_trouvees[0];
}
} else {
$message = "Le service '".get_class($this)."' n'a trouvé aucune commune correspondant aux coordonnées : {$parametres['lat']}, {$parametres['lon']}.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
} else {
$message = "Le service '".get_class($this)."' n'a trouvé aucune commune dont le centroïde correspond aux coordonnées : {$parametres['lat']}, {$parametres['lon']}.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $communes_trouvees;
}
 
/**
* requête qui récupère les 20 communes les plus proches du point recherché
* La distance(AB = \sqrt{(x_B-x_A)^2 + (y_B-y_A)^2}) est calculée sans la racine
* (calcul en plus qui change pas le résultat).
*/
private function trouverCommunesProches() {
$lat = $this->parametres['lat'];
$lon = $this->parametres['lon'];
$requete = "SELECT (({$lat} - X(centroide)) * ({$lat} - X(centroide)) + ({$lon} - Y(centroide)) * ({$lon} - Y(centroide))) AS distance, ".
"code_insee, nom ".
'FROM wikipedia_communes_v2011 '.
'ORDER BY distance '.
"LIMIT {$this->parametres['nbre']} ";
$resultat = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/wikipedia/textes/PageTextes.php
New file
0,0 → 1,132
<?php
class PageTextes {
 
private $parametres = array();
private $ressources = array();
 
const MIME_JSON = 'application/json';
const PRESENCE_CHOROLOGIE = '1';
 
private $retourFormatsSupportes = array(self::MIME_JSON);
private $txtFormatsSupportes = array('txt', 'htm');
private $serviceUrl = null;
private $idPage = null;
private $wpBot = null;
private $infosPage = null;
 
public function __construct($ressources, $parametres, Conteneur $conteneur) {
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->wpBot = $conteneur->getWikipediaBot();
$url = $conteneur->getParametre('url_service').DS.$this->ressources[0];
$this->serviceUrl = $conteneur->getUrl($url);
}
 
public function consulter() {
$this->idPage = $this->ressources[0];
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
 
$resultat = $this->obtenirResultat();
 
return $resultat;
}
 
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$this->parametres['retour'] = self::MIME_JSON;
}
if (isset($this->parametres['txt.format']) == false) {
$this->parametres['txt.format'] = 'txt';
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
 
if (isset($this->parametres['retour']) == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre type de retour 'retour' est obligatoire.";
}
if ($this->verifierValeurParametreTxtFormat() == false) {
$erreurs[] = "Le format du texte '{$this->parametres['txt.format']}' n'est pas supporté.";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierValeurParametreRetour() {
return in_array($this->parametres['retour'], $this->retourFormatsSupportes);
}
 
private function verifierValeurParametreTxtFormat() {
return in_array($this->parametres['txt.format'], $this->txtFormatsSupportes);
}
 
private function obtenirResultat() {
$this->chargerPageWp();
 
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = $this->infosPage;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
 
return $resultat;
}
 
private function chargerPageWp() {
$options = array('langue' => 'fr');
$this->wpBot = new WikipediaBot($options);
$this->wpBot->chargerPage($this->idPage);
 
$this->infosPage['id'] = $this->idPage;
$this->infosPage['titre'] = $this->wpBot->getPageTitre();
$this->infosPage['texte'] = $this->getTxt();
 
$this->infosPage['mime'] = $this->getTypeMime();
$this->infosPage['href'] = $this->getHref();
}
 
private function getTxt() {
$txt = '';
if (isset($this->parametres['txt.section.position'])) {
$positionSection = $this->parametres['txt.section.position'];
$txt = $this->wpBot->getSectionParNumero($positionSection);
} else if (isset($this->parametres['txt.section.titre'])) {
$titreSection = $this->parametres['txt.section.titre'];
if ($titreSection == 'taxobox') {
$txt = $this->wpBot->extraireTaxobox();
} else {
$txt = $this->wpBot->getSectionParTitre($titreSection);
}
} else {
$txt = $this->wpBot->getPageTxt();
}
if ($this->parametres['txt.format'] == 'htm') {
$txt = $this->wpBot->rendre($txt);
}
return $txt;
}
 
private function getTypeMime() {
$mime = '';
if ($this->parametres['txt.format'] == 'htm') {
$mime = 'txt/html';
} else if ($this->parametres['txt.format'] == 'txt') {
$mime = 'text/plain';
}
return $mime;
}
 
private function getHref() {
$href = '';
$this->serviceUrl->setRequete($this->parametres);
$href = $this->serviceUrl->getUrl();
return $href;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bibliobota/Publications.php
New file
0,0 → 1,330
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe implémentant l'API d'eFlore Publications pour le projet Biblio bota.
*
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Publications
*
* @package eFlore/services
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Aurélien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
// TODO : Config et Outils sont des classes statiques qui doivent poser des pb pour les tests...
class Publications extends Commun{
 
protected $parametres;
protected $ressources;
private $Bdd;
private $config;
private $nbrePublications;
private $masque_taxon;
protected $service = 'publications';
public function __construct(Bdd $bdd = null, Array $config = null, Utilisateurs $utilisateurs = null, Url $url = null) {
$this->Bdd = is_null($bdd) ? new Bdd() : $bdd;
$this->UrlNavigation = is_null($url) ? new Url($this->config['url_service']) : $url;
}
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$resultat = new ResultatService();
$this->parametres = $parametres;
$this->ressources = $ressources;
 
$this->definirValeurParDefautDesParametres();
$this->verifierParametres();
$this->recupererParametresMasque();
$this->chargerNbrePublicationsTotal();
$publications = $this->getPublications($this->masque_taxon);
$resultat->corps = $this->formaterPublications($publications);
 
return $resultat;
}
 
public function getPublications($cherche) {
$depart = $this->parametres['navigation.depart'];
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$tab_mots = preg_split('~ ~', $cherche, -1, PREG_SPLIT_NO_EMPTY);
$sql = 'SELECT DISTINCT B_C_CRAI, B_C_NOMCOMPLET, B_C_ABREGE, ' .
' B_F_NUMERO, B_F_TITRE, B_F_DATE, B_F_CRAICOLL, '.
' B_SER_SOUSTITRE, '.
' B_A_PAGEDEBUT, B_A_PAGEFIN, B_A_CRAIFASC, B_A_CRAISERIE, ' .
' B_D_ID, B_D_LABEL, ' .
' B_S_IDSTR, B_S_NOM, ' .
' B_AS_LIBELLE, '.
' biblio_serie.*, biblio_item.*, biblio_item_typlog.*, biblio_item_typphy.* '.
'FROM biblio_item '.
' LEFT JOIN biblio_aut_saisie ON (b_i_auteursaisie = b_as_id) '.
' LEFT JOIN biblio_article ON (b_i_iditem = b_a_idart) '.
' LEFT JOIN biblio_fasc ON '.
' (B_F_CRAICOLL = B_A_CRAICOLL '.
' AND B_F_CRAISERIE = B_A_CRAISERIE '.
' AND B_F_NUMERO = B_A_CRAIFASC)' .
' LEFT JOIN biblio_serie ON ' .
' (b_f_craicoll = b_ser_craicoll ' .
' AND b_f_craiserie = b_ser_idserie) '.
' LEFT JOIN biblio_collection ON (b_ser_craicoll = b_c_crai) '.
' LEFT JOIN biblio_str ON (B_C_LKSTR = B_S_IDSTR) '.
' LEFT JOIN biblio_domaine_lier ON (b_i_iditem = b_dl_iditem) ' .
' LEFT JOIN biblio_domaine ON (b_dl_iddom = b_d_id) ' .
' LEFT JOIN biblio_item_typphy ON (b_i_typphy = b_ip_id) ' .
' LEFT JOIN biblio_item_typlog ON (b_i_typlog = b_il_id) ' .
' WHERE B_I_TYPLOG = 1 AND B_I_TYPPHY = 2 AND B_I_CACHER = 0 '.
' AND B_D_ID = 1 ';
foreach ($tab_mots as $mot) {
$sql .= " AND (B_I_TITRE LIKE '%$mot%' ".
" OR B_I_RESUMCLE LIKE '%$mot%' ".
" OR B_I_COMMENT LIKE '%$mot%') ";
}
$sql .= 'ORDER BY B_I_AUTEURS LIMIT '.$depart.', '.$limite;
 
$publications = $this->Bdd->recupererTous($sql);
return $publications;
}
function formaterPublications($publications) {
$resultats = array();
foreach($publications as $publication) {
$id_a = $publication['B_I_IDITEM'];
$titre = $publication['B_I_TITRE'];
$auteurs = $publication['B_I_AUTEURS'];
$geo = $publication['B_I_GEO'];
$langue = $publication['B_I_LANGUE'];
$resum = $publication['B_I_RESUMCLE'];
$image = $publication['B_I_IMAGE'];
$comment = $publication['B_I_COMMENT'];
// Table Auteur Saisie
$saisie = $publication['B_AS_LIBELLE'];
// Table Domaine
$domaine_id = $publication['B_D_ID'];
$domaine_nom = $publication['B_D_LABEL'];
// Table Collection
$coll_nom = $publication['B_C_NOMCOMPLET'];
$coll_abreviation = $publication['B_C_ABREGE'];
// Table S�rie
$serie_titre = $publication['B_SER_SOUSTITRE'];
// Table Fascicule
$craicoll = $publication['B_F_CRAICOLL'];
$date = $publication['B_F_DATE'];
$fascicule_titre = $publication['B_F_TITRE'];
// Table Article
$craifasc = $publication['B_A_CRAIFASC'];
$craiserie = $publication['B_A_CRAISERIE'];
$page_debut = $publication['B_A_PAGEDEBUT'];
$page_fin = $publication['B_A_PAGEFIN'];
// Table Structure
$nomstr = $publication['B_S_NOM'];
// Formatage de la chaine de publication
$chainePublication = "";
if (isset($domaine_nom)) {
$chainePublication .= '<span class="texte_inactif">['.$domaine_nom.']</span>';
}
if (isset($auteurs)) {
$chainePublication .= $auteurs;
}
if (isset($titre)) {
$chainePublication .= " - <strong>$titre</strong>";
}
if (isset($date)) {
$chainePublication .= " - $date";
}
 
if (isset($mots_cles)) {
$chainePublication .= " - <em>$mots_cles</em>";
}
if (isset($page_debut)) {
$chainePublication .= ", p. $page_debut";
if (isset($page_fin)) {
$chainePublication .= "- $page_fin";
}
}
if (isset($geo)) {
$chainePublication .= " - Départ./Région : <em>$geo</em>";
}
if (isset($structure)) {
$chainePublication .= " - $structure";
}
if (isset($coll_nom)) {
$chainePublication .= ", $coll_nom";
}
if (isset($craiserie)) {
$chainePublication .= ", $craiserie";
}
if (isset($lien)) {
$chainePublication .= ", <a class=\"lien_ext\" href=\"$lien_url\">$fascicule_titre</a>";
} else {
$chainePublication .= ", $fascicule_titre";
}
if (isset($saisie_auteur)) {
$chainePublication .= " - <span class=\"texte_inactif\">Saisie : $saisie_auteur - Art. n°$article_id</span>";
}
$resultats[$id_a]['reference_html'] = $chainePublication;
}
$retour = array('entete' => $this->construireEntete(), 'resultats' => $resultats);
return $retour;
}
private function definirValeurParDefautDesParametres() {
if (isset($this->parametres['navigation.depart']) == false) {
$this->parametres['navigation.depart'] = 0;
}
if (isset($this->parametres['navigation.limite']) == false) {
$this->parametres['navigation.limite'] = 10;
}
}
 
private function verifierParametres() {
$erreurs = array();
if ($this->verifierValeurParametreNavigationDepart() == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre 'navigation.depart' doit possèder un valeur numérique.";
}
if ($this->verifierValeurParametreNavigationLimite() == false) {
$erreurs[] = "Le paramètre 'navigation.limite' doit possèder un valeur numérique supérieure à 0.";
}
 
if (count($erreurs) > 0) {
$message = implode('<br />', $erreurs);
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
private function verifierValeurParametreNavigationDepart() {
$depart = $this->parametres['navigation.depart'];
$ok = is_numeric($depart) ? true : false;
return $ok;
}
 
private function verifierValeurParametreNavigationLimite() {
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$ok = (is_numeric($limite) && $limite != 0) ? true : false;
return $ok;
}
 
private function recupererParametresMasque() {
if (isset($this->parametres['masque.taxon'])) {
$this->masque_taxon = $this->parametres['masque.taxon'];
} else {
$this->masque_taxon = "";
}
}
 
private function chargerNbrePublicationsTotal() {
$tab_mots = preg_split('~ ~', $this->masque_taxon, -1, PREG_SPLIT_NO_EMPTY);
$requete = 'SELECT COUNT(B_I_IDITEM) AS nbre '.
'FROM biblio_item '.
' LEFT JOIN biblio_aut_saisie ON (b_i_auteursaisie = b_as_id) '.
' LEFT JOIN biblio_article ON (b_i_iditem = b_a_idart) '.
' LEFT JOIN biblio_fasc ON '.
' (B_F_CRAICOLL = B_A_CRAICOLL '.
' AND B_F_CRAISERIE = B_A_CRAISERIE '.
' AND B_F_NUMERO = B_A_CRAIFASC)' .
' LEFT JOIN biblio_serie ON ' .
' (b_f_craicoll = b_ser_craicoll ' .
' AND b_f_craiserie = b_ser_idserie) '.
' LEFT JOIN biblio_collection ON (b_ser_craicoll = b_c_crai) '.
' LEFT JOIN biblio_str ON (B_C_LKSTR = B_S_IDSTR) '.
' LEFT JOIN biblio_domaine_lier ON (b_i_iditem = b_dl_iditem) ' .
' LEFT JOIN biblio_domaine ON (b_dl_iddom = b_d_id) ' .
' LEFT JOIN biblio_item_typphy ON (b_i_typphy = b_ip_id) ' .
' LEFT JOIN biblio_item_typlog ON (b_i_typlog = b_il_id) ' .
' WHERE B_I_TYPLOG = 1 AND B_I_TYPPHY = 2 AND B_I_CACHER = 0 '.
' AND B_D_ID = 1 ';
foreach ($tab_mots as $mot) {
$requete .= " AND (B_I_TITRE LIKE '%$mot%' ".
" OR B_I_RESUMCLE LIKE '%$mot%' ".
" OR B_I_COMMENT LIKE '%$mot%') ";
}
$resultats = $this->Bdd->recuperer($requete);
$this->nbrePublications = (int) $resultats['nbre'];
}
 
private function construireEntete() {
$entete = array('masque' => '', 'depart' => 0, 'limite' => 10, 'total' => 0);
 
$entete['masque'] = $this->recupererMasque();
$entete['depart'] = (int) $this->parametres['navigation.depart'];
$entete['limite'] = (int) $this->parametres['navigation.limite'];
$entete['total'] = $this->nbrePublications;
if ($hrefPrecedent = $this->recupererHrefPrecedent()) {
$entete['href.precedent'] = $hrefPrecedent;
}
if ($hrefSuivant = $this->recupererHrefSuivant()) {
$entete['href.suivant'] = $hrefSuivant;
}
return $entete;
}
 
private function recupererMasque() {
$masqueEntete = '';
if ($this->masque_taxon) {
$masqueEntete = "masque.taxon=$this->masque_taxon";
}
return $masqueEntete;
}
private function recupererHrefPrecedent() {
$departActuel = $this->parametres['navigation.depart'];
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$departPrecedent = $departActuel - $limite;
$url = null;
if ($departPrecedent >= 0) {
$url = $this->obtenirUrlNavigation($departPrecedent, $limite, array('masque.taxon' => $this->masque_taxon));
}
return $url;
}
 
private function recupererHrefSuivant() {
$departActuel = $this->parametres['navigation.depart'];
$limite = $this->parametres['navigation.limite'];
$departSuivant = $departActuel + $limite;
$url = null;
if ($departSuivant < $this->nbrePublications) {
$url = $this->obtenirUrlNavigation($departSuivant, $limite, array('masque.taxon' => $this->masque_taxon));
}
return $url;
}
 
private function obtenirUrlNavigation($depart, $limite, $parametresAdditionnels) {
$parametres = array(
'navigation.depart' => $depart,
'navigation.limite' => $limite);
if ($parametresAdditionnels != null) {
$parametres = array_merge($parametres, $parametresAdditionnels);
}
$this->UrlNavigation->setRequete($parametres);
$url = $this->UrlNavigation->getURL();
return $url;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtfx/CommunNomsTaxons.php
New file
0,0 → 1,948
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Description :
* Classe CommunNomsTaxons.php
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
 
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
private $ontologie = array();
 
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
 
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
$this->remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
 
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
 
 
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
 
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
 
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
 
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
 
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
 
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
 
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
 
public function traiterParametresCommuns() {
 
}
 
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$orig_val = $valeur;
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->modifierValeur($val);
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
 
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
// utile pour la détermination à partir d'un nom retenu (concat(nom_sci,auteur)) lors
// d'un import depuis le CEL
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'concat' && $nom_champ == 'nom_sci') {
$conditions[] = "CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = " . $this->getBdd()->proteger($orig_val);
 
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
 
private function modifierValeur($valeur) {
$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);
$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);
return $valeur;
}
 
private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');
$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');
$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);
return $valeur;
}
 
private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));
$valeur = $valeur.'%';
return $valeur;
}
 
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
 
private function etreRessourceId() {
$ok = false;
if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {
$ok = true;
}
return $ok;
}
 
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
 
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
public function estUnIdentifiant() {
return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
 
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
public function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
 
foreach ($structure_nom as $structure) {
$structure = trim($structure);
$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/',
'/^au_ss$/','/^bib_ss$/');
$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre',
'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');
 
// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
$this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);
}
}
 
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
 
/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,
* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini
* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */
public function recupererTableSignification($table) {
$tables = explode(',', $table);
foreach ($tables as $tab) {
if ($tab == 'champs_comp') {
$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd
$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);
} elseif ($tab == 'champs_api') {
foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
$val = $match[1];
$this->champs_api[$key] = $val;
}
} else {
$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);
}
}
}
 
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
}else {
$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
 
}
 
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
 
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$arr = array(
'depart' => $this->limite_requete['depart'],
'limite' => $this->limite_requete['limite'],
'total' => $this->total_resultat);
 
if (isset($this->masque))
$arr['masque'] = implode('&', $this->masque);
 
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$arr['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$arr['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
return $arr;
}
 
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
// Pourquoi ce unset ? JPM - 28-03-2013
unset($this->table_retour['id']);
}
 
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
 
public function formaterId($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
 
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
 
public function formaterIdChamp($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
return $this->table_retour;
}
 
protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
$champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
// champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/
if (in_array($champ, $champs_forces)) {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
}
}
}
}
 
public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$this->table_retour[$chp] = $valeur;
} else {
$this->table_retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
 
public function decomposerNomChamp($champ) {
$decomposition = false;
if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
$radical_champ = $match[1];
$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";
$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);
}
return $decomposition;
}
 
public function verifierValiditeChamp($champ) {
$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);
$validite_ressource = true;
if ($decomposition) {
list($radical, $suffixe) = $decomposition;
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {
$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
}
return $validite_ressource;
}
 
public function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
 
public function estChampComplementaire($radical_champ) {
$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;
return $champ_complementaire_ok;
}
 
public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {
$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
 
public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
 
public function formaterStatsAnnee($resultat) {
foreach ($resultat as $cle_annee) {
$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';
$nb = $cle_annee['nombre'];
$retour_stats_annee[$annee] = $nb;
}
return $retour_stats_annee;
}
 
public function formaterStatsRang($resultat) {
foreach ($resultat as $rangs) {
if ($rangs['rang'] != 0) {
$rang = $rangs['rang'];
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);
}
$nombre = $rangs['nombre'];
$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;
}
}
return $retour_rang;
}
 
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
 
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);
}
}
}
}
 
public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {
if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
 
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
 
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);
 
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
// on essaye de permettre l'obtention du nom_sci_complet, y compris en retour.format == 'min',
// tout en évitant les appels aux ontologies
/*if ($this->correspondAUnId($champBdd) || $champBdd == 'id' && $valeur != '0') {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $champBdd, $match);
if(strpos($this->parametres['retour.format'], $match[1]) !== false) $this->afficherSignification($match[1], $valeur);
}*/
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
 
public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {
$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
 
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
 
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
 
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);
break;
case 'signification' :
$this->afficherSignification($champ, $valeur);
break;
case 'href' :
$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);
$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;
break;
case 'code' :
$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);
break;
case 'notes' :
$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
 
public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);
$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
$this->table_retour = $tab_res;
}
 
private function obtenirCode($champ, $valeur) {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
return "bdnt.$code:$valeur";
}
 
private function transformerChampEnCode($champ) {
if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
}
 
$code = $champ;
if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];
}
return $code;
}
 
public function creerUrl($champ, $valeur) {
if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
 
public function afficherSignification($champ, $valeur) {
if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'] . (($suff = $this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req)) ? ' ' . $suff : '');
} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$nom = $this->recupererNomSci($valeur);
if ($nom != array()) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$this->service_href = $nom['service'];
}
} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);
}
}
 
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
 
public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {
if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) {
$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {
$code = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$requete = sprintf('SELECT * FROM %s WHERE id IN (SELECT id FROM %s WHERE code = "%s" AND classe_id = (SELECT id FROM %s WHERE code = "%s")) LIMIT 0, 100 -- %s:%s', Config::get('bdd_table_ontologies'), Config::get('bdd_table_ontologies'), $valeur, Config::get('bdd_table_ontologies'), $code, __FILE__, __LINE__);
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
$nom_code = $valeur;
if (is_array($res)) {
$nom_code = $res['nom'];
}
$this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code);
}
return $nom_code;
}
 
public function recupererNomSci($id) {
$nom = array();
if ($id != 0) {
if ($this->compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r($this->compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom)
.' FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $this->getBdd()->recuperer($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
return $nom;
}
 
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {
$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;
 
$nom = '';
if (isset($this->compo_nom)) {
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom = array();
 
foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);
$nom = implode(' ', $nom_complet);
}
return rtrim($nom, ' ');
}
 
 
public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$this->bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
 
public function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
 
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
 
 
 
public function correspondAUnCode($key) {
return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));
}
 
public function correspondAUnId($key) {
return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));
}
 
public function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
 
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
 
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
 
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
 
private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {
if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {
$this->ontologie[$categorie] = array();
}
if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();
}
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;
}
 
private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {
return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);
}
 
private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {
return $this->ontologie[$categorie][$valeur];
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtfx/CommunNomsTaxons2.php
New file
0,0 → 1,821
<?php
/*
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
 
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
 
static $correspondance_champs = array();
static $champs_api = array();
static $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
static $cache_ontologies = array(); // cache des ontologies
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
self::remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',self::$compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',self::$compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
 
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
 
 
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
 
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
 
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
throw new Exception(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
 
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = Commun::recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
 
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
 
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
 
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
 
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$orig_val = $valeur;
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = self::preparerChainePourRechercheEtendue(self::remplacerCaractereHybrideEtChimere($val));
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
 
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
// utile pour la détermination à partir d'un nom retenu (concat(nom_sci,auteur)) lors
// d'un import depuis le CEL
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'concat' && $nom_champ == 'nom_sci') {
$conditions[] = "CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = " . $this->getBdd()->proteger($orig_val);
 
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
 
static function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
return str_replace(array('×', '%D7', '+', '%2B'),
array('x ','x ', '+', '+'),
$valeur);
}
 
static function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
return str_replace(' ', '% ', trim($valeur)) . '%';
}
 
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant($this->ressources[0])) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
throw new Exception(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
 
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
throw new Exception(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
throw new Exception(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
static function estUnIdentifiant($uripart) {
return (is_numeric($uripart) || (strrpos($uripart,'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$uripart))));
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
 
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
static function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
 
foreach ($structure_nom as $structure) {
$structure = trim($structure);
$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/',
'/^au_ss$/','/^bib_ss$/');
$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre',
'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');
 
// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
self::$compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);
}
}
 
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.self::ajouterCompositionNom($tab, $this->parametres['ns.format'], $this->bib_traitees);
}
}else {
$res = self::ajouterCompositionNom($tab, $this->parametres['ns.format'], $this->bib_traitees);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
 
}
 
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
 
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
 
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.self::ajouterCompositionNom($tab, $this->parametres['ns.format'], $this->bib_traitees);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
// Pourquoi ce unset ? JPM - 28-03-2013
unset($this->table_retour['id']);
}
 
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
 
public function formaterId($resultat) {
self::$correspondance_champs = Commun::recupererTableauConfig('correspondance_champs');
foreach (self::$correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
self::$champs_api[$key] = $match[1];
}
 
$this->resultat_req = $resultat;
 
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
self::ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour, $this->champs_table, $this->table_retour, $this->resultat_req);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
 
public function formaterIdChamp($resultat) {
self::$correspondance_champs = Commun::recupererTableauConfig('correspondance_champs');
foreach (self::$correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
self::$champs_api[$key] = $match[1];
}
 
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
self::ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id, $this->champs_table, $this->table_retour, $this->resultat_req);
return $this->table_retour;
}
 
static function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id, $champs_table, &$retour, $resultat_req) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if (! self::verifierValiditeChamp($champ, $champs_table)) continue;
 
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
self::afficherPointEtoile($champ, $reponse_id, $retour, $resultat_req);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ_bdd = self::trouverChampBddCorrespondant($champ);
$retour[$champ_bdd] = isset($reponse_id[$champ_bdd]) ? $reponse_id[$champ_bdd] : null;
}
}
}
}
 
static function afficherPointEtoile($champ, $reponse, &$retour, $resultat_req) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
self::afficherNomSciPointEpithete($resultat_req, $retour);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$retour[$chp] = $valeur;
} else {
$retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
 
static function verifierValiditeChamp($champ, $champs_table) {
if (! preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
return true;
}
// decomposerNomChamp()
$radical = $match[1];
$suffixe = isset($match[2]) ? $match[2] : "";
 
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
$champs_complementaire2 = array_diff($champs_table, array_keys(self::$champs_api)); // XXX
if (! self::estChampApi($radical) && ! in_array($radical_champ, $champs_complementaire2)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
throw new Exception(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>');
return FALSE;
}
} elseif (self::estUnPoint($champ)) {
return self::verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
 
return TRUE;
}
 
static function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, self::$champs_api) || in_array($radical_champ, self::$correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
 
static function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if (self::correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
self::verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif (self::correspondAUnCode($radical_champ)) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
throw new Exception(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>');
}
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
throw new Exception( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
throw new Exception( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
 
 
static function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
throw new Exception( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
self::ajouterHybrideChimere('hybride', $this->retour[$rang], $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
self::ajouterHybrideChimere('chimere', $this->retour[$rang], $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
 
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = self::ajouterSignificationCode('rang', $rang, $this->getBdd());
}
}
}
}
 
static function ajouterHybrideChimere($groupe, &$tab, &$tuple) {
if (isset($tab[str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$tab[$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$tab[$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
 
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
 
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = self::trouverChampBddCorrespondant($champApi);
 
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.self::ajouterCompositionNom($this->resultat_req, $this->parametres['ns.format'], $this->bib_traitees);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.self::ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm', $this->bib_traitees);
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
// on essaye de permettre l'obtention du nom_sci_complet, y compris en retour.format == 'min',
// tout en évitant les appels aux ontologies
/*if ($this->correspondAUnId($champBdd) || $champBdd == 'id' && $valeur != '0') {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $champBdd, $match);
if(strpos($this->parametres['retour.format'], $match[1]) !== false) $this->afficherSignification($match[1], $valeur);
}*/
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
 
static function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, self::$champs_api)) {
$champBdd = self::$correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
 
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur, $this->table_retour);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif ((self::correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,href', $valeur, $this->table_retour);
self::afficherSignification($match[1], $valeur, $obj->resultat_req, $this->table_retour, $this->getBdd(), $this);
 
} elseif (self::correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,href', $valeur, $this->table_retour);
self::afficherSignification($match[1], $valeur, $obj->resultat_req, $this->table_retour, $this->getBdd(), $this);
 
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.self::ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm', $this->bib_traitees);
} elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
 
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
 
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur, &$retour) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $retour;
$retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($champ, 'id,signification,href', $id, $retour);
$tab_res[$champ.'.details'][] = $retour;
$retour = array();
}
$retour = $tab_res;
break;
case 'href' :
$retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = self::creerUrl($champ, $valeur, $this->version_projet);
break;
case 'code' :
$retour[$champ.'.code'] = "bdnt." . self::transformerChampEnCode($champ) . ":$valeur";
break;
case 'notes' :
$retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
 
static function transformerChampEnCode($champ) {
static $tab;
$tab = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
if (!array_key_exists($champ, $tab)) return $champ;
return $tab[$champ];
}
 
static function creerUrl($champ, $valeur, $version_projet) {
if (self::correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = self::s_ajouterHref($service, $valeur, $version_projet);
} else {
$code = self::transformerChampEnCode($champ);
$url = self::ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
 
static function afficherSignification($champ, $valeur, $resreq, &$retour, $db, $obj) {
$fmt = $obj->parametres['ns.format'];
 
if ($champ == 'id' && isset($resreq['nom_sci']) && $resreq['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$retour['nom_sci'] = $resreq['nom_sci'];
$retour['nom_sci_complet'] = $resreq['nom_sci'] . (($suff = self::ajouterCompositionNom($resreq, $fmt, $obj->bib_traitees)) ? ' ' . $suff : '');
return ;
}
 
if (self::correspondAUnCode($champ)) {
$retour[$champ.'.libelle'] = self::ajouterSignificationCode($champ, $valeur, $db);
return ;
}
 
if (self::correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
// $nom = $obj->recupererNomSci($valeur);
$id = $valeur;
 
$nom = array();
if ($id != 0) {
if (self::$compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$obj->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r(self::$compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', self::$compo_nom)
.' FROM '.$obj->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($fmt == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $db->recuperer($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.self::ajouterCompositionNom($res, $fmt, $obj->bib_traitees);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.self::ajouterCompositionNom($res, 'htm', $obj->bib_traitees);
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $obj->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
 
 
if ($nom != array()) {
$retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$obj->service_href = $nom['service'];
}
}
}
 
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
static function afficherNomSciPointEpithete($resultat, &$retour) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
 
static function ajouterSignificationCode($champ, $valeur, $db) {
// ontologie/cache
if(array_key_exists($champ, self::$cache_ontologies) && array_key_exists($valeur, self::$cache_ontologies[$champ])) {
$nom_code = self::$cache_ontologies[$champ][$valeur];
} else {
$code = self::transformerChampEnCode($champ);
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {
$code = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$requete = sprintf('SELECT * FROM %1$s WHERE id IN (SELECT id FROM %1$s WHERE code = "%2$s" AND classe_id = (SELECT id FROM %1$s WHERE code = "%3$s")) LIMIT 0, 100 -- %4$s:%5$s',
Config::get('bdd_table_ontologies'), $valeur, $code, __FILE__, __LINE__);
$res = $db->recuperer($requete);
$nom_code = $valeur;
if (is_array($res)) {
$nom_code = $res['nom'];
}
// cache
self::$cache_ontologies[$champ][$valeur] = $correspondance;
}
return $nom_code;
}
 
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
static function ajouterCompositionNom($tab_res, $format, &$bib_traitees) {
if(!self::$compo_nom) return '';
 
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom_arr = array();
foreach (self::$compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom_arr[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
return rtrim(implode(' ', self::formerNomComplet($compo_nom_arr, $format, $bib_traitees)), ' ');
}
 
 
static function formerNomComplet($compo_nom_arr, $format, &$bib_traitees) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom_arr);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = self::tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
 
static function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
 
 
 
static function correspondAUnCode($key) {
return strrpos($key, '.code') !== false || in_array($key.'.code', self::$correspondance_champs);
}
static function correspondAUnId($key) {
return strrpos($key, '.id') !== false || in_array($key.'.id', self::$correspondance_champs);
}
 
static function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
 
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
 
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
 
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
}
<
/tags/v5.8-aspergeraie/services/modules/0.1/bdtfx/Noms.php
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<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques.
* Si l'url finit par /noms on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /noms?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.gen (nom de genre), masque.sp (épithète d'espèce), masque.ssp (épithète infra-spécifique),
* masque.au (auteur du nom), masque.an (année de publication du nom), masque.bib (réf biblio de la publi d'origine du nom), masque.ad (nomen addendum),
* masque.nn (identifiant du nom), recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format, nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
* Les différentes requetes :
* - noms | noms/relations/#projet/#id_projet | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ
* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores
* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales
*
* @package bdtfx
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Noms
*/
 
class Noms extends CommunNomsTaxons {
 
protected $format_reponse = 'noms'; // Permet de stocker la requete formulée
protected $service = 'noms';
protected $serviceNom = 'noms';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = '';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $distinct = null; // Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
 
//+----------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametresSpecifiques() {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.sg' :