Subversion Repositories eFlore/Projets.eflore-projets

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/tags/v0.1-20130830/initialiserBddSurServeur.sh
New file
0,0 → 1,53
#!/bin/bash
##############################################################################################################
# But : Script permettant d'initialiser en une seule commande l'ensemble de la base de données eFlore.
# Auteur : Jean-Pascal Milcent <jpm@tela-botanica.org> (translate bat file to shell script)
# Encodage : ISO-8859-15
# License : GPL v3
# Création : 07 decembre 2011
# Version: 0.1
# 2012-03-21 : Création de la version serveur en ISO-8859-15, modification des chemins, suppression des scripts inutiles.
# 2011-12-07 : Création de la version originale en UTF-8
# $Id$
##############################################################################################################
# Constante
APPDIR_ABSOLU=`pwd`;
#
CHEMIN_PHP="sudo -u telabotap /usr/local/bin"
CHEMIN_TBF_CLI="$APPDIR_ABSOLU"
MEMORY_LIMIT="4000M
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_eflore\033[00m"
echo "Nettoyage et chargement en cours...";
echo "BASEFLOR :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseflor -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseflor -a chargerTous
echo "BDNT :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdnt -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdnt -a chargerTous
echo "BDTFX :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtfx -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtfx -a chargerTous
echo "CHORODEP :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php chorodep -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php chorodep -a chargerTous
echo "EFLORE :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php eflore -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php eflore -a chargerTous
echo "INSEE-D :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php insee_d -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php insee_d -a chargerTous
echo "ISO-3166-1 :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_3166_1 -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_3166_1 -a chargerTous
echo "ISO-639-1 :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_639_1 -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_639_1 -a chargerTous
echo "NVJFL :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvjfl -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvjfl -a chargerTous
echo "NVA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nva -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nva -a chargerTous
echo "PHOTOFLORA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php photoflora -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php photoflora -a chargerTous
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/Changelog
New file
0,0 → 1,21
Changements v0.1-20130829:
* tenue du Changelog
* config: directives modifiées:
- cache.miseEnCache
- cache.dureeDeVie
- cache.stockageChemin
* ontologies:
* support critères multiples bdnt
* support critères multiples nvjfl
* support critères multiples baseflor
* support critères multiples eflore
* cache d'appels pour bdtfx/meta-donnees
* SQL hard-codé en place du HTTP dans certains cas
* tests: nombreux ajouts et quelques changements de prototypes
* scripts:
* upgrades pour Cel
* Makefile pour configuration/
* renommage de noms de classes en conflit: Cartes et Ontologies
* améliorations dans l'usage du cache
 
v0.1-20130600
/tags/v0.1-20130830/scripts/tests/bibliotheque/GenerateurNomSciHtmlTest.php
New file
0,0 → 1,82
<?php
class GenerateurNomSciHtmlTest extends PHPUnit_Framework_TestCase {
 
public static function setUpBeforeClass() {
error_reporting(E_ALL);
define('DS', DIRECTORY_SEPARATOR);
require_once dirname(__FILE__).DS.'..'.DS.'..'.DS.'bibliotheque'.DS.'GenerateurNomSciHtml.php';
}
 
public function testGenerer() {
$nomsDecomposes[] = array(
'num_nom' => 1009,
'rang' => 340,
'nom_supra_generique' => '',
'genre' => 'Aegilops',
'epithete_infra_generique' => '',
'epithete_sp' => 'triuncialis',
'type_epithete' => 'var.',
'epithete_infra_sp' => 'nigroferruginea',
'cultivar_groupe' => '',
'nom_commercial' => '',
'cultivar' => '',
'annee' => '1923',
'auteur' => 'Popova',
'biblio_origine' => 'Trudy Prikl. Bot. Selekc., 13 : 476');
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nomsSciHtml = $generateur->generer($nomsDecomposes);
$nomSciHtmlGenere = $nomsSciHtml[1009];
$nomSciHtmlAttendu = '<span class="sci"><span class="gen">Aegilops</span> <span class="sp">triuncialis</span> <abbr class="type_epithete" title="Variété">var.</abbr> <span class="infra-sp">nigroferruginea</span></span>';
$this->assertEquals($nomSciHtmlAttendu, $nomSciHtmlGenere);
}
 
public function testGenererHybride() {
$nomsDecomposes[] = array(
'num_nom' => 179,
'rang' => 290,
'nom_supra_generique' => '',
'genre' => 'Acer',
'epithete_infra_generique' => '',
'epithete_sp' => 'x martinii',
'type_epithete' => '',
'epithete_infra_sp' => '',
'cultivar_groupe' => '',
'nom_commercial' => '',
'cultivar' => '',
'annee' => '1852',
'auteur' => 'Jord.',
'biblio_origine' => 'Pugill. Pl. Nov., 52'
);
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nomsSciHtml = $generateur->generer($nomsDecomposes);
$nomSciHtmlGenere = $nomsSciHtml[179];
$nomSciHtmlAttendu = '<span class="sci"><span class="gen">Acer</span> <span class="hyb">x <span class="sp">martinii</span></span></span>';
$this->assertEquals($nomSciHtmlAttendu, $nomSciHtmlGenere);
}
 
public function testGenererChimere() {
 
$nomsDecomposes[] = array(
'num_nom' => 80380,
'rang' => 290,
'nom_supra_generique' => '',
'genre' => '+ Cytisus',
'epithete_infra_generique' => '',
'epithete_sp' => 'adami',
'type_epithete' => '',
'epithete_infra_sp' => '',
'cultivar_groupe' => '',
'nom_commercial' => '',
'cultivar' => '',
'annee' => '1830',
'auteur' => 'Poit.',
'biblio_origine' => 'Ann. Soc. Hort. Paris, 7 : 96'
);
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nomsSciHtml = $generateur->generer($nomsDecomposes);
$nomSciHtmlGenere = $nomsSciHtml[80380];
$nomSciHtmlAttendu = '<span class="sci"><span class="chimere">+ <span class="gen">Cytisus</span></span> <span class="sp">adami</span></span>';
$this->assertEquals($nomSciHtmlAttendu, $nomSciHtmlGenere);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/tests/bibliotheque/OutilsTest.php
New file
0,0 → 1,63
<?php
require_once dirname(__FILE__).'/../ScriptEflorePhpUnit.php';
 
class OutilsTest extends ScriptEflorePhpUnit {
 
public function testRecupererTableauConfigAssociatif() {
$chaineDeParametres = "param1=valeur1,\nparam2=valeur2";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1' => 'valeur1','param2' => 'valeur2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testRecupererTableauConfigAssociatifAvecEspace() {
$chaineDeParametres = "param1 =valeur1 , \nparam2 = valeur2";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1' => 'valeur1','param2' => 'valeur2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testRecupererTableauConfigSimple() {
$chaineDeParametres = "param1,\nparam2";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1', 'param2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testRecupererTableauConfigSimpleAvecEspace() {
$chaineDeParametres = " param1 ,\n param2 ";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1', 'param2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testExtraireRequetes() {
$contenuSql = "CREATE TABLE IF NOT EXISTS bdtfx_v1_01 (".
"num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT '0',".
"num_nom_retenu varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,".
") ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;\n\n".
"INSERT INTO bdtfx_meta (guid) VALUES".
"('urn:lsid:tela-botanica.org:bdtfx:1.01');\n".
"SELECT * FROM ma_table;";
$tableauDeRequetes = Outils::extraireRequetes($contenuSql);
$tableauDeRequetesAttendus = array("CREATE TABLE IF NOT EXISTS bdtfx_v1_01 (".
"num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT '0',".
"num_nom_retenu varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,".
") ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8",
"INSERT INTO bdtfx_meta (guid) VALUES".
"('urn:lsid:tela-botanica.org:bdtfx:1.01')",
"SELECT * FROM ma_table");
$this->assertEquals($tableauDeRequetesAttendus, $tableauDeRequetes);
}
 
public function testAfficherAvancement() {
ob_start();
for ($i = 0; $i < 10; $i++) {
$tableauDeRequetes = Outils::afficherAvancement("Test");
}
$messageFinal = ob_get_clean();
$messageFinalAttendu = 'Test : 0'.chr(8).'1'.chr(8).'2'.chr(8).'3'.chr(8).'4'.chr(8).'5'.chr(8).'6'.chr(8).'7'.chr(8).'8'.chr(8).'9';
$this->assertEquals($messageFinalAttendu, $messageFinal);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/tests/bibliotheque/EfloreScriptTest.php
New file
0,0 → 1,48
<?php
require_once dirname(__FILE__).'/../ScriptEflorePhpUnit.php';
 
class EfloreScriptTest extends ScriptEflorePhpUnit {
 
public function testChargerConfigDuProjetAvecFichiersIni() {
$cheminRacine = realpath(dirname(__FILE__).'/../tmp/').'/';
if (!file_exists($cheminRacine.'test.ini')) {
file_put_contents($cheminRacine.'test.ini', "[tables]\ntest=OK");
}
 
$script = $this->getMock('EfloreScript', array('getScriptChemin', 'getProjetNom', 'executer'));
$script->expects($this->any())->method('getScriptChemin')->will($this->returnValue($cheminRacine));
$script->expects($this->any())->method('getProjetNom')->will($this->returnValue('test'));
$chargerConfigDuProjet = self::getProtectedMethode($script, 'chargerConfigDuProjet');
$chargerConfigDuProjet->invoke($script);
 
$parametreConfig = Config::get('tables.test');
$this->assertEquals('OK', $parametreConfig);
}
 
public function testGetBdd() {
$nomDuScript = 'Test';
$parametresCli = array('-a' => 'tester', '-v' => '3');
$script = $this->getClasseAbstraite('EfloreScript', array($nomDuScript, $parametresCli));
$getBdd = self::getProtectedMethode($script, 'getBdd');
$bdd = $getBdd->invoke($script);
 
$this->assertTrue(is_object($bdd));
$this->assertEquals('Bdd', get_class($bdd));
}
 
public function testStopperLaBoucle() {
$nomDuScript = 'Test';
$parametresCli = array('-a' => 'tester', '-v' => '3');
$script = $this->getClasseAbstraite('EfloreScript', array($nomDuScript, $parametresCli));
$stopperLaBoucle = self::getProtectedMethode($script, 'stopperLaBoucle');
for ($i = 0; $i < 100; $i++) {
if ($stopperLaBoucle->invoke($script, '10')) {
break;
}
}
$this->assertEquals('9', $i);
}
 
}
 
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/tests/ScriptEflorePhpUnit.php
New file
0,0 → 1,92
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe contenant des méthodes :
* - d'intialisation des tests,
* - refactorisant le code des tests,
* - facilitant les tests.
*
* @category php 5.3
* @package Tests/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
abstract class ScriptEflorePhpUnit extends PHPUnit_Framework_TestCase {
 
public static function setUpBeforeClass() {
error_reporting(E_ALL);
 
self::chargerFramework();
}
 
private static function chargerFramework() {
$cheminRacine = realpath(dirname(__FILE__).'/../').'/';
$framework = $cheminRacine.'framework.php';
if (!file_exists($framework)) {
$e = "Veuillez paramétrer l'emplacement et la version du Framework dans le fichier $framework";
trigger_error($e, E_USER_ERROR);
} else {
// Inclusion du Framework
require_once $framework;
 
// Ajout d'information concernant cette application
Framework::setCheminAppli($cheminRacine);// Obligatoire
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Méthodes facilitant les tests
 
/**
* Récupère un bouchon de classe abstraite.
* Comment l'utiliser :
* $classeAstraite = $this->getClasseAbstraite('MaClasse', array('param1', 'param2'));
* $foo = $classeAstraite->methodeConcretePublique();
*
* @param String $classeNom Le nom de la classe
* @param Array $parametres Les paramètres à passer au constructeur.
* @return Object Le bouchon de la classe abstraite
*/
public function getClasseAbstraite($classeNom, Array $parametres) {
$efloreScript = $this->getMockForAbstractClass($classeNom, $parametres);
return $efloreScript;
}
 
/**
* Récupère une méthode privée d'une classe pour tester/documenter.
* Comment l'utiliser :
* MyClass->foo():
* $cls = new MyClass();
* $foo = self::getPrivateMethode($cls, 'foo');
* $foo->invoke($cls, $...);
*
* @param object $objet Une instance de votre classe
* @param string $methode Le nom de la méthode private
* @return ReflectionMethod La méthode demandée
*/
public static function getPrivateMethode($objet, $nomMethode) {
$classe = new ReflectionClass($objet);
$methode = $classe->getMethod($nomMethode);
$methode->setAccessible(true);
return $methode;
}
 
/**
* Récupère une méthode protégée d'une classe pour tester/documenter.
* Comment l'utiliser :
* MyClass->foo():
* $cls = new MyClass();
* $foo = self::getProtectedMethode($cls, 'foo');
* $foo->invoke($cls, $...);
* @param object $objet Une instance de votre classe
* @param string $methode Le nom de la méthode protected
* @return ReflectionMethod La méthode demandée
*/
public static function getProtectedMethode($objet, $nomMethode) {
return self::getPrivateMethode($objet, $nomMethode);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/tests/tmp
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+test.defaut.ini
+test.ini
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/nva/nva.ini
New file
0,0 → 1,21
version="2_03"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}nva/{ref:version}/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
nva = "nva_v{ref:version}"
index = "nva_index_v{ref:version}"
ontologies = "nva_ontologies"
bdtxa = "bdtxa_v1_00"
 
[fichiers]
structureSql = "nva_v{ref:version}.sql"
nva = "nva_v{ref:version}.tsv"
index = "index_v{ref:version}.tsv"
ontologies = "nva_ontologies.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
nva = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.nva}"
index = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.index}"
ontologies = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.ontologies}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/nva/Nva.php
New file
0,0 → 1,97
<?php
/** Corriger les codes langues pays genre et nombre à la main
* Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php nva -a chargerTous
*/
class Nva extends EfloreScript {
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('nva');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerDonnees(Config::get('chemins.nva'), Config::get('tables.nva'));
$this->chargerDonnees(Config::get('chemins.index'), Config::get('tables.index'));
$this->ajouterChampNomVernaIndex();
$this->chargerDonnees(Config::get('chemins.ontologies'), Config::get('tables.ontologies'));
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerDonnees' :
$this->chargerDonnees();
break;
case 'ajouterChampNomVernaIndex' :
$this->ajouterChampNomVernaIndex();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerDonnees($chemin, $table) {
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function ajouterChampNomVernaIndex() {
$this->preparerTablePrChpNomVerna();
$this->remplirChpNomVerna();
}
private function preparerTablePrChpNomVerna() {
$table = Config::get('tables.index');
$requete = "SHOW COLUMNS FROM $table LIKE 'nom_vernaculaire' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE $table ".
'ADD `nom_vernaculaire` VARCHAR( 40 ) NOT NULL ,
ADD `code_langue` VARCHAR( 10 ) NOT NULL ,
ADD `num_genre` INT( 1 ), ADD `num_nombre` INT( 1 ) ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function remplirChpNomVerna() {
$table = Config::get('tables.index');
$requete = "UPDATE `nva_index_v2_03`
SET nom_vernaculaire=(select n.nom_vernaculaire from nva_v2_03 n where n.num_nom_vernaculaire=nva_index_v2_03.num_nom_vernaculaire),
code_langue=(select n.code_langue from nva_v2_03 n where n.num_nom_vernaculaire=nva_index_v2_03.num_nom_vernaculaire),
num_genre=(select n.num_genre from nva_v2_03 n where n.num_nom_vernaculaire=nva_index_v2_03.num_nom_vernaculaire),
num_nombre=(select n.num_nombre from nva_v2_03 n where n.num_nom_vernaculaire=nva_index_v2_03.num_nom_vernaculaire)";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'update d'ajouts des noms");
}
$this->afficherAvancement("Ajout des noms vernaculaires à l'index");
echo "\n";
}
 
 
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS ".Config::get('tables.nva').", ".Config::get('tables.index').
", ".Config::get('tables.ontologies').", nva_meta ";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/robot/configuration/cookieconf.txt
New file
0,0 → 1,4
-b ../../../../../../../importation/robots/cookie.txt
-c ../../../../../../../importation/robots/cookie.txt
 
--max-time 50
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/robot/configuration/ipni_auteur.ini
New file
0,0 → 1,3
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://ipni.org/
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/ipni.org/'"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/robot/configuration/cassini.ini
New file
0,0 → 1,3
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://cassini.ehess.fr/
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/cassini.ehess.fr/'"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/robot/configuration/wp_commune.ini
New file
0,0 → 1,4
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://fr.wikipedia.org/wiki/
; Version des noms de commune utilisé pour intéroger Wikipedia: Code géographique de l'INSEE version 2008-01-01
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/fr.wikipedia.org/'"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/robot/configuration/utm_converter.ini
New file
0,0 → 1,3
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://www.rcn.montana.edu/resources/tools/coordinates.aspx
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/rcn.montana.edu/'"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/robot/Robot.php
New file
0,0 → 1,432
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Robots
*
* Description : classe permettant d'analyser les pages d'un site web.
* Notes : les noms des pages doivent être dans la bonne casse. http://fr.wikipedia.org/wiki/ambronay ne renvera rien alors que
* http://fr.wikipedia.org/wiki/Ambronay renvera un résultat (Notez le A ou a).
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2009
* @link http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: Robot.class.php 2057 2011-05-13 16:39:06Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Robot extends ScriptCommande {
/**
* Indique le nom du Robot.
*/
private $robot_nom;
/**
* Indique le fichier de config de la gestion des cookies du Robot.
*/
private $cookie;
/**
* Indique l'url de départ du Robot.
*/
private $page;
/**
* Tableau des URLs à analyse
*/
private $pages = array();
/**
* Chemin vers un fichier contenant les noms des pages à analyser (un nom de page par ligne).
*/
private $page_fichier;
/**
* Contient soit False soit le chemin vers le dossier où mettre les pages en cache.
*/
private $cache = false;
/**
* Contient le squelette de l'url à utiliser pour récupérer les pages web.
*/
private $url_tpl = '';
/**
* Contient false ou l'encodage des pages d'un site web si celui-ci n'est pas en UTF-8.
*/
private $encodage = false;
/**
* Contient la chaine de caractères indiquant où commencer une recherche d'informations dans la page web.
*/
private $chaine_debut = '';
/**
* Contient la chaine de caractères indiquant où terminer une recherche d'informations dans la page web.
*/
private $chaine_fin = '';
/**
* Tableau des expressions régulières récupérant des données lors de l'analyse
*/
private $regexps = array();
/**
* Indique le dossier ou fichier où le Robot doit sotcker les informations collectées.
*/
private $sortie;
 
public $parametres = array( '-pgf' => array(false, '', 'Fichier contenant les pages que le Robot doit analyser'),
'-s' => array(false, '', 'Fichier où stocker les données récupérées par le Robot'),
'-pg' => array(false, '', 'Nom de la page que le Robot doit analyser'));
 
 
public function executer() {
$this->page = $this->getParam('pg');
$this->page_fichier = $this->getParam('pgf');
$this->cookie = dirname(__FILE__).DS.'configuration'.DS.'cookieconf.txt';
$this->sortie = $this->getParam('s');
 
// Construction du tableau contenant les noms des pages à analyser
if (empty($this->page_fichier)) {
$this->pages[] = $this->page;
} else {
$this->pages = $this->convertirFichierEnTableau($this->page_fichier);
}
 
// Création du chemin du cache si le fichier ini du projet l'indique
if ($this->getIni('cache_chemin')) {
$this->cache = $this->getIni('cache_chemin');
}
 
// Lancement du Robot demandé
$cmd = $this->getParam('a');
switch ($cmd) {
case 'wp' :
$this->lancerRobotWikipedia();
break;
case 'wp-pays' :
$this->lancerRobotWikipediaPays();
break;
case 'wp-liste-communes' :
$this->lancerRobotWikipediaListeCommunes();
break;
case 'ipni' :
$this->lancerRobotIpni();
break;
case 'cassini' :
$this->lancerRobotCassini();
break;
case 'utm' :
$this->lancerRobotUtmConverter();
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
 
/**
* Robot analysant les pages de Wikipedia correspondant à des communes.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pgf ~/importation/robots/eFloreBotWp_INSEE_C.txt -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotWikipedia() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotWp';
$this->url_tpl = 'http://fr.wikipedia.org/wiki/%s';
$this->regexp_ligne = '/<!-- bodytext -->(.*)<!-- \/bodytext -->/umsi';
$this->regexps = array( 'CodeInsee' => 'Code commune<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>(\d+)<\/td>',
'Nom' => 'class="entete map" style="[^"]+">(.*)<',
'Latitutde' => '<span class="geo-dec geo" title=".*"><span class="latitude">(.*)<\/span>',
'Longitude' => '<span class="geo-dec geo" title=".*">.*<\/span>, <span class="longitude">(.*)<\/span>',
'Superficie' => 'Superficie<\/a>(?:<\/b><\/td>|<\/th>)(?:\n|\r\n)<td>((?:[0-9]| |&#160;)+(?:,[0-9]+)?) km<sup>2<\/sup>',
'AltitudeMin' => 'Altitudes<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>mini. (-?[0-9]+) m — maxi. [ 0-9]+ m<\/td>',
'AltitudeMax' => 'Altitudes<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>mini. -?[0-9]+ m — maxi. ([ 0-9]+) m<\/td>',
'Population' => 'Population<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>(.*) hab.',
'PopulationAnnee' => 'Population<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>.* hab. <small>\(<a href="\/wiki\/[0-9]+"(?: title="[0-9]+")?>([0-9]+)<\/a>',
'CodePostal' => 'Code postal<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>([0-9]{5}).*<\/td>',
'PageWikipedia' => '(?:Ce document provient|Récupérée) de « <a href="http:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/(.*)">'
);
// Préparation des noms des pages
foreach ($this->pages as $id => $nom) {
$this->pages[$id] = str_replace(' ', '_', $nom);
}
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages de Wikipedia correspondant à des pays.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp-pays -pgf ~/importation/robots/eFloreBotWp_pays.txt -s ~/importation/robots/wp-pays.tsv
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotWikipediaPays() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotWp';
$this->url_tpl = 'http://fr.wikipedia.org/wiki/%s';
$this->regexp_ligne = '/<!-- bodytext -->(.*)<!-- \/bodytext -->/umsi';
$this->regexps = array( 'Nom' => '<table class="infobox_v2" cellspacing="[^"]+" style="[^"]+">(?:\n|\r\n)<caption style="[^"]+"><b>(.*)<\/b>',
'Latitutde' => '<span class="geo-dec geo" title=".*"><span class="latitude">(.*)<\/span>',
'Longitude' => '<span class="geo-dec geo" title=".*">.*<\/span>, <span class="longitude">(.*)<\/span>',
'Superficie' => 'Superficie<\/a><\/b><\/td>(?:\n|\r\n)<td>((?:[0-9]|\s*|&#160;)+(?:,[0-9]+)?)(?:&#160;|\s*)km<sup>2<\/sup>',
'Population' => 'Population<\/a><\/b>(?:&#160;|\s)*<small>\([0-9]+\)<\/small><\/td>(?:\n|\r\n)<td>(.*)(?:&#160;|\s*)hab.',
'PopulationAnnee' => 'Population<\/a><\/b>(?:&#160;|\s)*<small>\(([0-9]+)\)',
'Capitale' => 'Capitale<\/a><\/b><\/td>(?:\n|\r\n)<td>(?:<a href="\/wiki\/[^"]+" title="[^"]+">|)(.+)<',
'PageWikipedia' => '(?:Ce document provient|Récupérée) de « <a href="http:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/(.*)">'
);
// Préparation des noms des pages
foreach ($this->pages as $id => $nom) {
$this->pages[$id] = str_replace(' ', '_', $nom);
}
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant une page de wikipedia à la recherche de plusieurs données par page.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pgf ~/importation/robots/eFloreBotWp_INSEE_C.txt -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotWikipediaListeCommunes() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotWpListe';
$this->url_tpl = 'http://fr.wikipedia.org/wiki/%s';
$this->regexp_ligne = '/<tr>(.*)?<\/tr>/Uumsi';
$this->mode = 'MULTI';
$this->regexps = array( 'PageWikipedia' => '^<td align="left"><a href="\/wiki\/([^"]+)"',
'CodeInsee' => '^<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)<td>(\d+)<\/td>',
'CodePostal' => '^(?:<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)){2}<td>(\d+)<\/td>',
'Superficie' => '^(?:<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)){4}<td><span.+span>((?:[0-9]| |&#160;)+(?:,[0-9]+)?)<\/td>',
'Population' => '^(?:<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)){5}<td><span.+span>((?:[0-9]| |&#160;)+)<\/td>'
);
// Préparation des noms des pages
foreach ($this->pages as $id => $nom) {
$this->pages[$id] = str_replace(' ', '_', $nom);
}
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages du site de l'IPNI.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p ipni_auteur -a wp -pgf ~/importation/robots/eFloreBotIpni_auteur.txt -s ~/importation/robots/ipni_auteurs.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p ipni_auteur -a wp -pg Z -s ~/importation/robots/ipni_auteurs.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p ipni_auteur -a wp -pg Z
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotIpni() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotIpni';
$this->url_tpl = 'http://ipni.org/ipni/advAuthorSearch.do?output_format=delimited&find_surname=%s*';
$this->regexp_ligne = '/^(.*)$/umi';
$this->regexps = array( 'Id' => '^([^%]+)%' ,
'Version' => '^(?:[^%]*%){1,}([^%]*)%' ,
'DefaultAuthorName' => '^(?:[^%]*%){2,}([^%]*)%' ,
'DefaultAuthorForename' => '^(?:[^%]*%){3,}([^%]*)%' ,
'DefaultAuthorSurname' => '^(?:[^%]*%){4,}([^%]*)%' ,
'StandardForm' => '^(?:[^%]*%){5,}([^%]*)%' ,
'NameNotes' => '^(?:[^%]*%){6,}([^%]*)%' ,
'NameSource' => '^(?:[^%]*%){7,}([^%]*)%' ,
'Dates' => '^(?:[^%]*%){8,}([^%]*)%' ,
'DateTypeCode' => '^(?:[^%]*%){9,}([^%]*)%' ,
'DateTypeString' => '^(?:[^%]*%){10,}([^%]*)%' ,
'AlternativeAbbreviations' => '^(?:[^%]*%){11,}([^%]*)%' ,
'AlternativeNames' => '^(?:[^%]*%){12,}([^%]*)%' ,
'TaxonGroups' => '^(?:[^%]*%){13,}([^%]*)%' ,
'ExampleOfNamePublished' => '^(?:[^%]*%){14,}([^%]*)$' );
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages du site de Cassini.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pgf ~/importation/robots/eFloreBotCassini.txt -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1 -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotCassini() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotCassini';
$this->url_tpl = 'http://cassini.ehess.fr/cassini/fr/html/fiche.php?select_resultat=%s';
$this->encodage = 'ISO-8859-1';
$this->regexp_ligne = '/\s*var\s+chaine1\s+\t=\s+"(.*?)";/umsi';
$this->regexps = array( 'NomCommune' => '^([^\\\\]+)\\\\n' ,
'Superficie' => '\\\\nsuperficie;([^\\\\]+)\\\\n',
'AltitudeMin' => '\\\\naltitude;([^;]+);',
'AltitudeMax' => '\\\\naltitude;[^;]+;([^\\\\]+)\\\\n',
'LambertIIEtenduX' => '\\\\ncoordonnées;Lambert II étendu\\\\n;x;([^\\\\]+)\\\\n',
'LambertIIEtenduY' => '\\\\ncoordonnées;Lambert II étendu\\\\n;x;[^\\\\]+\\\\n;y;([^\\\\]+)\\\\n',
'Latitude' => '\\\\n;Latitude;(.+)?\\\\ncode',
'Longitude' => '\\\\n;Longitude;(.+?)\\\\n;Latitude',
'CodeInsee' => '\\\\ncode insee;([^\\\\]+)\\\\nstatut',
'Statut' => '\\\\nstatut\(s\);([^\\\\]+)\\\\n\\\\n');
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages du site de Cassini.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pgf ~/importation/robots/eFloreBotCassini.txt -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1 -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotUtmConverter() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotUtmConverter';
$this->url_tpl = 'http://www.rcn.montana.edu/resources/tools/coordinates.aspx?nav=11&c=DD&md=83&mdt=NAD83/WGS84&lat=%s&lath=N&lon=%s&lonh=E';
$this->encodage = 'ISO-8859-1';
$this->regexp_ligne = '/Universal Transverse Mercator \(UTM\):<\/td>(.*?)<\/table><\/td>/umsi';
$this->regexps = array( 'UTM_Zone' => 'Zone: ([0-9]+)<' ,
'UTM_Est_x' => 'Easting: ([0-9]+)<',
'UTM_Nord_y' => 'Northing: ([0-9]+)<');
$this->analyserUrls();
}
 
private function analyserUrls() {
// Lancement de l'analyse
$heure_debut = date('c',time());
 
echo "Analyse de l'URL # : ";
$pagesNum = 0;// Pages
$lignesNum = 0;// Lignes
$sortie = '';
foreach ($this->pages as $paramsPage) {
$xhtml_page = $this->getHtml($this->url_tpl, $paramsPage);
$xhtml_lignes = $this->extraireChaine($this->regexp_ligne, $xhtml_page);
 
// Pour chaque chaine début/fin trouvées au sein de la page, nous recherchons les regexps des données.
if (count($xhtml_lignes) > 1 && $this->mode != 'MULTI') {
$this->traiterAttention("Plusieurs lignes correspondent à votre expression régulière de limitation du contenu :\n %s", array($this->regexp_ligne));
} else if ($xhtml_lignes) {
print_r($xhtml_lignes );
foreach ($xhtml_lignes as $xhtml) {
$champsNum = 1;// Champs
$ligne = '';
foreach ($this->regexps as $chp => $regexp) {
// Si nous traitons la première ligne nous ajoutons les noms des champs en début de fichier de sortie
if ($lignesNum == 0) {
$sortie .= $chp.(($champsNum == count($this->regexps)) ? "\n" : "\t");
$champsNum++;
}
// Ajout de la valeur trouvée grâce à l'expression régulière à la ligne de sortie
if (preg_match('/'.$regexp.'/Umsi', $xhtml, $match)) {
$ligne .= $this->nettoyer($match[1])."\t";
} else {
$ligne .= "\t";
}
}
$lignesNum++;
$ligne = trim($ligne);
$sortie .= $ligne."\n";
 
// Affichage en console...
if (empty($this->sortie)) {
echo "\t".$ligne."\n";
}
}
 
} else {
$this->traiterAttention("Impossible de trouver les chaines début et fin dans la page «%s» avec la regexp :\n%s", array($this->getNomPage($paramsPage), $this->regexp_ligne));
}
// Affichage en console...
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $pagesNum ) + 1 ))."\t".$pagesNum++;
}
echo "\n";
$heure_fin = date('c',time());
 
// Ajout de métadonnées
$metadonnees = "Début d'importation : $heure_debut\nFin d'importation : $heure_fin\n";
$metadonnees .= "Source des données : ".$this->url_tpl."\n";
$sortie = $metadonnees.$sortie;
 
// Écriture du fichier de sortie ou retour dans la console
if (!empty($this->sortie)) {
file_put_contents($this->sortie, $sortie);
}
}
 
private function nettoyer($txt) {
$txt = trim($txt);
$txt = preg_replace('/(?:&nbsp;|&#160;)/', ' ', $txt);
return $txt;
}
 
private function getHtml($url_tpl, $paramsPage) {
// Lancement en ligne de commande pour tester :
//curl -v --url "http://fr.wikipedia.org/wiki/Montpellier" --config /home/jpm/web/eflore_bp/consultation/scripts/modules/robot/configuration/cookieconf.txt
if ($this->cache && file_exists($fichier_cache = $this->cache.$this->getNomPage($paramsPage))) {
$html = file_get_contents($fichier_cache);
} else {
$url = vsprintf($url_tpl, $paramsPage);
$this->traiterAttention(" Url : ".$url);
// Initialisation CURL
$curl = curl_init();
curl_setopt($curl, CURLOPT_COOKIEFILE, $this->cookie);
curl_setopt($curl, CURLOPT_URL, $url);
curl_setopt($curl, CURLOPT_RETURNTRANSFER, TRUE);
curl_setopt($curl, CURLOPT_USERAGENT, 'Mozilla/5.0 (X11; Linux x86_64; rv:2.0.1) Gecko/20100101 Firefox/4.0.1');
 
$html = curl_exec($curl);
 
// Mise en cache
if ($this->cache) {
file_put_contents($fichier_cache, $html);
}
}
 
// Nettoyage des entités html
$html = $this->encoderUtf8($html, 'HTML-ENTITIES');
// Nettoyage de l'encodage des urls
$html = urldecode($html);
 
// Convertion en UTF-8 si nécessaire
if ($this->encodage) {
$html = $this->encoderUtf8($html, $this->encodage);
}
 
return $html;
}
 
/**
* Méthode récupérant seulement une partie du texte passé en paramétre.
*
* @param $debut chaine de caractère indiquant le début du texte à prendre en compte.
* @param $fin chaine de caractère indiquant la fin du texte à prendre en compte.
* @param $txt le texte duquel extraire une partie bornée par $debut et $fin.
* @return le texte extrait.
*/
private function extraireChaine($regexp, $txt) {
if (preg_match_all($regexp, $txt, $match)) {
return $match[1];
} else {
return false;
}
}
/**
* Charge les lignes d'un fichier dans un tableau et le retourne.
* Supprime les caractères blancs et les nouvelles lignes.
*
* @param $fichier
* @return unknown_type
*/
private function convertirFichierEnTableau($fichier) {
$tableau = array();
$handle = fopen($fichier,'r');
if ($handle) {
while ($ligne = fgets($handle)) {
$tableau[] = explode("\t", trim($ligne));
}
fclose($handle);
}
return $tableau;
}
 
private function getNomPage($paramsPage) {
return str_replace(' ', '_', implode('_', $paramsPage)).'.html';
}
 
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/nvps/Nvps.php
New file
0,0 → 1,124
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php nvps
* -a chargerTous
* Options :
* -t : Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).
*/
class Nvps extends EfloreScript {
 
private $nomsIndex = array();
private $numeroIndex = 1;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-t' => array(false, false, 'Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).'));
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('nvps');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerNvps();
break;
case 'chargerStructure' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerNvps' :
$this->chargerNvps();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
/**
* Charge le fichier en créant un id pour chaque nom vernaculaire.
*/
private function chargerNvps() {
//Debug::printr(Config::get('fichiers'));
$fichierOuvert = $this->ouvrirFichier(Config::get('chemins.nvps'));
$donnees = $this->analyserFichier($fichierOuvert);
fclose($fichierOuvert);
foreach ($donnees as $donnee) {
$table = Config::get('tables.nvps');
$fields = implode(', ', array_keys($donnee));
$values = implode(', ', $donnee);
 
$requete = "INSERT INTO $table ($fields) VALUES ($values) ";
$this->getBdd()->requeter($requete);
 
$this->afficherAvancement("Insertion des noms vernaculaires dans la base de données");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) {
break;
}
}
echo "\n";
}
 
private function ouvrirFichier($chemin) {
$fichierOuvert = false;
if ($chemin) {
if (file_exists($chemin) === true) {
$fichierOuvert = fopen($chemin, 'r');
if ($fichierOuvert == false) {
throw new Exception("Le fichier $chemin n'a pas pu être ouvert.");
}
} else {
throw new Exception("Le fichier $chemin est introuvable.");
}
} else {
throw new Exception("Aucun chemin de fichier n'a été fourni.");
}
return $fichierOuvert;
}
 
private function analyserFichier($fichierOuvert) {
$entetesCsv = explode("\t", trim(fgets($fichierOuvert)));
 
$donnees = array();
while ($ligneCsv = fgets($fichierOuvert)) {
$champs = explode("\t", trim($ligneCsv));
if (count($champs) > 0) {
$infos = array();
foreach ($entetesCsv as $ordre => $champNom) {
$valeur = isset($champs[$ordre]) ? $champs[$ordre] : '';
$infos[$champNom] = $valeur;
}
$infos['id'] = $this->getIndexNomVernaculaire($infos['nom_vernaculaire']);
$donnees[] = $this->getBdd()->protegerTableau($infos);
}
$this->afficherAvancement("Analyse du fichier des noms vernaculaires");
if ($this->stopperLaBoucle()) {
break;
}
}
echo "\n";
 
return $donnees;
}
 
private function getIndexNomVernaculaire($nomVernaculaire) {
$indexCourrant = null;
if (array_key_exists($nomVernaculaire, $this->nomsIndex) == false) {
$this->nomsIndex[$nomVernaculaire] = $this->numeroIndex++;
}
$indexCourrant = $this->nomsIndex[$nomVernaculaire];
return $indexCourrant;
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS nvps_meta, nvps_v2007, nvps_v2012";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/nvps/nvps.ini
New file
0,0 → 1,14
version = "2012"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}nvps/2012/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
nvps = "nvps_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "nvps_v{ref:version}.sql"
nvps = "{ref:tables.nvps}.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
nvps = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.nvps}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bdnt/Bdnt.php
New file
0,0 → 1,54
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php bdnt -a chargerTous
*/
class Bdnt extends EfloreScript {
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('bdnt');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerOntologies();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerOntologies' :
$this->chargerOntologies();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerOntologies() {
$chemin = Config::get('chemins.ontologies');
$table = Config::get('tables.ontologies');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 0 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS bdnt_meta, bdnt_ontologies_v4_30";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bdnt/bdnt.ini
New file
0,0 → 1,14
version="4_30"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}bdnt/2011-08-30/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
ontologies = "bdnt_ontologies_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "bdnt_ontologies_v2011-08-30.sql"
ontologies = "bdnt_ontologies_v2011-08-30.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
ontologies = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.ontologies}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bdnt
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+bdnt.ini
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/fournier/fournier.ini
New file
0,0 → 1,15
version="1_00"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}fournier/1.00/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
fournierMeta = "fournier_meta"
fournier = "fournier_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "{ref:tables.fournier}.sql"
fournier = "{ref:tables.fournier}.csv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
fournier = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.fournier}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/fournier/Fournier.php
New file
0,0 → 1,138
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php bdtfx -a chargerTous
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class Fournier extends EfloreScript {
 
private $table = null;
private $tableMeta = null;
private $pasInsertion = 1000;
private $departInsertion = 0;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-t' => array(false, false, 'Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).'));
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('fournier');
$this->initialiserTables();
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerFournier();
$this->genererNomSciHtml();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerFournier' :
$this->chargerFournier();
break;
case 'genererNomSciHtml' :
$this->genererNomSciHtml();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerFournier() {
$chemin = Config::get('chemins.fournier');
$table = Config::get('tables.fournier');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY ',' ".
" ENCLOSED BY '\"' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function genererNomSciHtml() {
$this->preparerTable();
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
$resultat = $this->recupererTuples();
$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
$this->lancerRequeteModification($nomsSciEnHtml);
$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) break;
}
echo "\n";
}
 
private function initialiserTables() {
$this->table = Config::get('tables.fournier');
$this->tableMeta = Config::get('tables.fournierMeta');
}
 
private function preparerTable() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererNbTotalTuples(){
$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
return $resultat['nb'];
}
 
private function recupererTuples() {
$requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, '.
' nom_commercial, cultivar '.
"FROM {$this->table} ".
"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function lancerRequeteModification($nomsSciHtm) {
foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
$html = $this->getBdd()->proteger($html);
$requete = "UPDATE {$this->table} ".
"SET nom_sci_html = $html ".
"WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
}
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS {$this->tableMeta}, {$this->table}";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/iso_3166_1/Iso31661.php
New file
0,0 → 1,82
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php iso6391
* -a chargerTous
* Options :
* -t : Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).
*/
class Iso31661 extends EfloreScript {
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('iso-3166-1');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerIso31661();
$this->chargerOntologies();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerIso31661' :
$this->chargerIso31661();
break;
case 'chargerOntologies' :
$this->chargerOntologies();
break;
case 'test' :
$this->tester();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function tester() {
echo Config::get('test');
}
 
private function chargerIso31661() {
$chemin = Config::get('chemins.iso31661');
$table = Config::get('tables.iso31661');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '\"' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function chargerOntologies() {
$chemin = Config::get('chemins.ontologies');
$table = Config::get('tables.ontologies');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '\"' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS iso_3166_1_meta, iso_3166_1_ontologies_v2006, iso_3166_1_v2006";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/iso_3166_1/iso-3166-1.ini
New file
0,0 → 1,18
version="2006"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}iso-3166-1/{ref:version}/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
 
[tables]
iso31661 = "iso_3166_1_v{ref:version}"
ontologies = "iso_3166_1_ontologies_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "iso-3166-1_v{ref:version}.sql"
iso31661 = "iso-3166-1_v{ref:version}.tsv"
ontologies = "iso-3166-1_ontologies_v{ref:version}.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
iso31661 = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.iso31661}"
ontologies = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.ontologies}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/iso_3166_1
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+iso-3166-1.ini
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/prometheus/Prometheus.php
New file
0,0 → 1,639
<?php
/**
* Exemple de lancement du script : /opt/lampp/bin/php cli.php ontologie -a analyser
*
*/
require_once dirname(__FILE__).DS.'Traduction.php';
 
class Prometheus extends EfloreScript {
 
private $projetDossier = '';
private $lecteur = null;
private $fichier = '';
private $lotsTermes = array();
private $lotsRelations = array();
private $lotsImages = array();
private $lotsPublications = array();
private $lotsAuteurs = array();
private $lotsHierarchie = array();
private $baseIdGroupe = 10000;
private $baseIdSousGroupe = 20000;
private $types = array(
'FREQUENCY_MODIFIERS' => 2,
'QUALIFIERS' => 3,
'RELATIVE_MODIFIERS' => 4,
'RELATIVE_VALUES' => 5,
'SPATIAL_MODIFIERS' => 6,
'LOCATER_REGIONS' => 7,
'TEMPORAL_MODIFIERS' => 8,
'UNIT_TERMS' => 9,
'QUANTITATIVE_PROPERTIES' => 10,
'NEW_QUALITATIVE_PROPERTIES' => 11,
'DISALLOWED_TERMS' => 20,
'QUALITATIVE_STATES' => 13,
'TYPE_OF_STRUCTURE_TERMS' => 14,
'STRUCTURE_TERMS' => 15,
'REGION_TERMS' => 16,
'GENERIC_STRUCTURES' => 17);
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('prometheus');
$this->projetDossier = Config::get('dossierTsv');
 
$this->fichier = $this->projetDossier.'Ontology.xml';
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->lireFichierXml();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'analyser' :
$this->vider();
$this->lireFichierXml();
break;
case 'chargerTraductions' :
$this->viderTraductions();
$this->chargerTraductions();
break;
case 'vider' :
$this->vider();
case 'viderTraductions' :
$this->viderTraductions();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
 
/**
* Lit le fichier OSM et lance l'analyse des noeuds xml en fonction de leur type.
*/
private function lireFichierXml() {
$termes = array_keys($this->types);
$this->lecteur = new XMLReader();
if ($this->ouvrirFichierXml()) {
while ($this->lecteur->read()) {
if ($this->lecteur->nodeType == XMLREADER::ELEMENT) {
if (in_array($this->lecteur->localName, $termes)) {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$type = $this->lecteur->localName;
$this->traiterTermes($this->types[$type], $noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'STATE_GROUPS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterGroupes($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'NewQualitativeProperties') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterNouvellesQualites($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'RELATIONSHIPS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterRelations($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'PICTURES') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterImages($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'CITATIONS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterCitations($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'AUTHORS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterAuteurs($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'TreeNode') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterHierarchie($noeud);
}
}
}
if (count($this->lotsTermes) > 0) {
$this->insererLotDeTermes();
}
if (count($this->lotsRelations) > 0) {
$this->insererLotDeRelations();
}
if (count($this->lotsImages) > 0) {
$this->insererLotImages();
}
if (count($this->lotsPublications) > 0) {
$this->insererLotDePublications();
}
if (count($this->lotsAuteurs) > 0) {
$this->insererLotAuteurs();
}
if (count($this->lotsHierarchie) > 0) {
$this->insererLotHierarchie();
}
}
}
 
private function ouvrirFichierXml() {
if ($this->lecteur->open($this->fichier) === false) {
throw new Exception("Impossible d'ouvrir le fichier XML : $this->fichier");
}
return true;
}
 
private function obtenirNoeudSimpleXml() {
$doc = new DOMDocument;
$element = $this->lecteur->expand();
$noeud = simplexml_import_dom($doc->importNode($element, true));
return $noeud;
}
 
private function traiterTermes($type, $termes) {
foreach ($termes as $terme) {
$id = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = (int) $type;
$valeur[] = (string) $terme->attributes()->term;
$valeur[] = (string) $this->obtenirDefinition($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirPreference($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirAuteur($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirCitation($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirImage($terme);
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
}
if (isset($terme->attributes()->parentID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $terme->attributes()->parentID;
$relation[] = 'A POUR PARENT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($terme->attributes()->PARENT_STRUCTURE_ID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $terme->attributes()->PARENT_STRUCTURE_ID;
$relation[] = 'A POUR STRUCTURE PARENTE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($terme->attributes()->stateOfNEWPROPERTYID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $terme->attributes()->stateOfNEWPROPERTYID;
$relation[] = 'A POUR NOUVELLE QUALITE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
 
private function obtenirDefinition($terme) {
$definition = null;
if (isset($terme->DEFINITION)) {
$definition = $terme->DEFINITION;
}
return $definition;
}
 
private function obtenirPreference($terme) {
$preference = '1';
if (isset($terme->attributes()->PREFERRED_TERM)) {
$valeur = (string) $terme->attributes()->PREFERRED_TERM;
$preference = (trim($valeur) == 'Disallowed Term') ? '0' : '1';
}
return $preference;
}
 
private function obtenirAuteur($terme) {
$auteur = 0;
if (isset($terme->attributes()->authorID)) {
$auteur = $terme->attributes()->authorID;
} elseif (isset($terme->attributes()->authorREF)) {
$auteur = $terme->attributes()->authorREF;
}
return $auteur;
}
 
private function obtenirCitation($terme) {
$citation = 0;
if (isset($terme->attributes()->citationID)) {
$citation = $terme->attributes()->citationID;
} elseif (isset($terme->attributes()->citationREF)) {
$citation = $terme->attributes()->citationREF;
}
return $citation;
}
 
private function obtenirImage($terme) {
$image = 0;
if (isset($terme->attributes()->pictureREF)) {
$image = $terme->attributes()->pictureREF;
}
return $image;
}
 
private function traiterGroupes($groupes) {
foreach ($groupes as $groupe) {
$id = $this->baseIdGroupe + (int) $groupe->attributes()->GROUP_ID;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = 18;
$valeur[] = (string) $groupe->attributes()->groupName;
$valeur[] = '';
$valeur[] = 1;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
}
if (isset($groupe->STRUCTURES_LINKED_TO_GROUP)) {
foreach ($groupe->STRUCTURES_LINKED_TO_GROUP->children() as $structure) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $structure->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = 'A POUR GROUPE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
if (isset($groupe->STATES_IN_GROUP)) {
foreach ($groupe->STATES_IN_GROUP->children() as $etat) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = (int) $etat->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = 'A POUR ETAT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
if (isset($groupe->STATESUBGROUPS)) {
$this->traiterSousGroupes($id, $groupe->STATESUBGROUPS->children());
}
}
}
 
private function traiterSousGroupes($idGroupe, $sousGroupes) {
foreach ($sousGroupes as $sg) {
$id = $this->baseIdSousGroupe + (int) $sg->attributes()->STATESUBGROUP_GLOBALID;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = 19;
$valeur[] = (string) $sg->attributes()->subgGroupName;
$valeur[] = '';
$valeur[] = 1;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
 
$relation = array();
$relation[] = (int) $idGroupe;
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = 'A POUR SOUS-GROUPE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($sg->STATES_IN_SUBGROUP)) {
foreach ($sg->STATES_IN_SUBGROUP->children() as $etat) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = (int) $etat->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = 'A POUR ETAT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
}
 
private function traiterNouvellesQualites($qualites) {
foreach ($qualites as $qualite) {
$id = (int) $qualite->attributes()->IDSEQ;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = 11;
$valeur[] = (string) $qualite->attributes()->term;
$valeur[] = (string) $this->obtenirDefinition($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirPreference($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirAuteur($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirCitation($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirImage($terme);
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
}
if (isset($qualite->attributes()->ParentPropertyID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $qualite->attributes()->IDSEQ;
$relation[] = (int) $qualite->attributes()->ParentPropertyID;
$relation[] = 'A POUR PARENT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($qualite->MemberStates)) {
$etats = $qualite->MemberStates->children();
$idParent = $qualite->attributes()->IDSEQ;
$this->traiterEtatsMembre($etats, $idParent);
}
if (isset($qualite->Structures_linked_to_Property)) {
$structures = $qualite->Structures_linked_to_Property->children();
$idParent = $qualite->attributes()->IDSEQ;
$this->traiterStructuresLiees($structures, $idParent);
}
if (isset($qualite->ContextGroups)) {
$contextes = $qualite->ContextGroups->children();
if (count($contextes) > 0) {
foreach ($contextes as $contexte) {
$idParent = $contexte->attributes()->ID;
$structures = $contexte->Structures_linked_to_Context->children();
$this->traiterStructuresLiees($structures, $idParent);
$etats = $contexte->MemberStates->children();
$this->traiterEtatsMembre($etats, $idParent);
}
}
}
}
}
 
private function ajouterRelation($relation) {
$id = implode('-', $relation);
if (isset($this->lotsRelations[$id]) === false) {
$this->lotsRelations[$id] = $relation;
}
}
 
private function traiterEtatsMembre($etats, $idParent) {
if (count($etats) > 0) {
foreach ($etats as $etat) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $idParent;
$relation[] = (int) $etat->attributes()->RefID;
$relation[] = 'A POUR ETAT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
 
private function traiterStructuresLiees($structures, $idParent) {
if (count($structures) > 0) {
foreach ($structures as $structure) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $structure->attributes()->RefID;
$relation[] = (int) $idParent;
$relation[] = 'A POUR PROPRIETE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
 
private function traiterRelations($relations) {
foreach ($relations as $rel) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $rel->attributes()->term1REF;
$relation[] = (int) $rel->attributes()->term2REF;
$relation[] = (string) $this->obtenirTypeRelation($rel->attributes()->relationship);
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
 
private function obtenirTypeRelation($type) {
switch ($type) {
case 'ASSOCIATED WITH' :
$relation = 'ASSOCIE AVEC';
break;
case 'IS A PART OF' :
$relation = 'EST UNE PARTIE DE';
break;
case 'IS A TYPE OF' :
$relation = 'EST UN TYPE DE';
break;
default :
$relation = '';
}
return $relation;
}
 
private function traiterImages($images) {
foreach ($images as $img) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $img->attributes()->ID;
$valeur[] = (string) $img->attributes()->NAME;
$valeur[] = (int) $img->attributes()->CITATION_REFID;
$this->lotsImages[] = $valeur;
}
}
 
private function traiterCitations($citations) {
foreach ($citations as $publi) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $publi->attributes()->ID;
$valeur[] = (int) $publi->attributes()->primaryAuthorREF;
$valeur[] = (string) $publi->PUBLICATION;
$valeur[] = (string) $publi->DATE;
$valeur[] = (string) $publi->PAGE;
$this->lotsPublications[] = $valeur;
}
}
 
private function traiterAuteurs($auteurs) {
foreach ($auteurs as $auteur) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $auteur->attributes()->ID;
$valeur[] = (string) $auteur->attributes()->givenNames;
$valeur[] = (string) $auteur->attributes()->surname;
$valeur[] = $this->obtenirDateNaissance((string) $auteur->attributes()->born);
$valeur[] = (string) $auteur->attributes()->died;
$this->lotsAuteurs[] = $valeur;
}
}
 
private function obtenirDateNaissance($annee) {
$date = $annee.'-00-00';
return $date;
}
 
private function traiterHierarchie($noeud) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $noeud->attributes()->ID;
$valeur[] = (int) $noeud->attributes()->ParentNodeID;
$valeur[] = (string) $noeud->attributes()->pathAsNames;
$valeur[] = (string) $noeud->attributes()->pathAsID;
$valeur[] = (int) $noeud->attributes()->TermID;
$this->lotsHierarchie[] = $valeur;
}
 
private function insererLotDeTermes() {
$champs = implode(',', array('id_terme', 'ce_type', 'nom_en', 'description_en', 'preference', 'ce_auteur', 'ce_publication', 'ce_image'));
$values = $this->creerValues($this->lotsTermes);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_terme_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotDeRelations() {
$champs = implode(',', array('id_terme_01', 'id_terme_02', 'relation'));
$values = $this->creerValues($this->lotsRelations);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_relation_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotImages() {
$champs = implode(',', array('id_image', 'uri', 'ce_publication'));
$values = $this->creerValues($this->lotsImages);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_image_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotDePublications() {
$champs = implode(',', array('id_publication', 'ce_auteur_principal', 'titre', 'date', 'uri'));
$values = $this->creerValues($this->lotsPublications);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_publication_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotAuteurs() {
$champs = implode(',', array('id_auteur', 'prenom', 'nom', 'naissance_date', 'deces_date'));
$values = $this->creerValues($this->lotsAuteurs);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_auteur_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotHierarchie() {
$champs = implode(',', array('id_noeud', 'id_noeud_parent', 'chemin_noms', 'chemin_ids', 'ce_terme'));
$values = $this->creerValues($this->lotsHierarchie);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_hierarchie_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function creerValues($valeurs) {
$values = array();
foreach ($valeurs as $valeur) {
foreach ($valeur as $id => $val) {
$valeur[$id] = $this->etreVide($val) ? 'NULL' : $this->proteger(trim($val));
}
$values[] = '('.implode(',', $valeur).')';
}
$values = implode(',', $values);
return $values;
}
 
private function etreVide($val) {
$vide = ($val === null || trim($val) === '') ? true : false;
return $vide;
}
 
private function executerSql($requete) {
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function proteger($chaine) {
return $this->getBdd()->proteger($chaine);
}
 
private function viderTraductions() {
$requete = 'UPDATE prometheus_ontologies_terme_v1_00 '.
'SET nom = NULL, description = NULL, notes = NULL';
$this->executerSql($requete);
}
 
private function chargerTraductions() {
$dossier = $this->projetDossier.'traductions'.DS;
$pointeur = opendir($dossier);
while ($fichierNom = readdir($pointeur)) {
if (preg_match('/^[.]{1,2}/', $fichierNom) == false) {
$fichierChemin = $dossier.$fichierNom;
$lecteur = new LecteurExcel($fichierChemin);
//$this->verifierStructureFichierExcel($lecteur);
for ($ligne = 2; $ligne < $lecteur->getNbreLignes(); $ligne++) {
$traduction = new Traduction();
$traduction->type = $lecteur->getValeur($ligne, 1);
$traduction->en = $lecteur->getValeur($ligne, 2);
$traduction->fr = $lecteur->getValeur($ligne, 3);
$traduction->sourcesTraduction = $lecteur->getValeur($ligne, 4);
$traduction->remarques = $lecteur->getValeur($ligne, 5);
$traduction->sources = $lecteur->getValeur($ligne, 6);
$traduction->relectureRemarques = $lecteur->getValeur($ligne, 7);
$this->genererNotes($traduction);
 
$this->insererTraduction($traduction);
}
}
}
closedir($pointeur);
}
 
private function verifierStructureFichierExcel($lecteur) {
$messages = array();
$colonnes = array("Type d'élément", "Élément en anglais", "Traduction en français", "Sources de la traduction", "Remarques", "Sources", "Relecture/ Remarques");
foreach ($colonnes as $numero => $intitule) {
$valeurBrute = $lecteur->getValeur(1, ($numero + 1));
if ($valeurBrute != $intitule) {
$messages[] = "Le fichier {$lecteur->getFichier()} ne contient pas la bonne colonne #$numero : $intitule != $valeurBrute";
}
}
if (count($messages) > 0) {
throw new Exception(implode("\n", $messages));
}
}
 
private function genererNotes(Traduction $traduction) {
$notes = array();
if ($this->etreVide($traduction->sourcesTraduction) === false) {
$notes[] = "Sources de la traduction : ".$traduction->sourcesTraduction;
}
if ($this->etreVide($traduction->remarques) === false) {
$notes[] = "Remarques : ".$traduction->remarques;
}
if ($this->etreVide($traduction->sources) === false) {
$notes[] = "Sources : ".$traduction->sources;
}
if ($this->etreVide($traduction->relectureRemarques) === false) {
$notes[] = "Remarques sur la relecture : ".$traduction->relectureRemarques;
}
if (count($notes) > 0) {
$traduction->notes = implode("\n", $notes);
}
}
 
private function insererTraduction($traduction) {
$requete = null;
$notes = $traduction->notes;
if ($traduction->type == 'term') {
$notes = $this->proteger("Nom :\n".$notes);
$nom = $this->proteger($traduction->fr);
$nomEn = $this->proteger($traduction->en);
$requete = "UPDATE prometheus_ontologies_terme_v1_00 ".
"SET nom = $nom, notes = $notes ".
"WHERE nom_en = $nomEn ";
} else if ($traduction->type == 'DEFINITION') {
$notes = $this->proteger("Description :\n".$notes);
$description = $this->proteger($traduction->fr);
$descriptionEn = $this->proteger($traduction->en);
$requete = "UPDATE prometheus_ontologies_terme_v1_00 ".
"SET description = $description, notes = CONCAT(notes, '\n', $notes) ".
"WHERE description_en = $descriptionEn ";
}
if ($requete != null) {
$this->executerSql($requete);
}
}
 
private function vider() {
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_auteur_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_hierarchie_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_image_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_publication_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_relation_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_terme_v1_00';
$this->executerSql($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS prometheus_meta, prometheus_ontologies_auteur_v1_00, prometheus_ontologies_hierarchie_v1_00,
prometheus_ontologies_image_v1_00, prometheus_ontologies_publication_v1_00, prometheus_ontologies_relation_v1_00,
prometheus_ontologies_terme_v1_00, prometheus_ontologies_type_v1_00";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/prometheus/Traduction.php
New file
0,0 → 1,11
<?php
class Traduction {
public $type = null;
public $en = null;
public $fr = null;
public $sourcesTraduction = null;
public $remarques = null;
public $sources = null;
public $relectureRemarques = null;
public $notes = null;
}
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/prometheus/prometheus.ini
New file
0,0 → 1,12
version="1_00"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}prometheus/v1.00_2003-02-18/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
ontologies = "prometheus_ontologies_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "prometheus_v1_00.sql"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bonnier/shell/generer_sql.sh
New file
0,0 → 1,298
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perl xls2sql.pl file="001-Renonculacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_renonculacees_texte" > bonnier_v0_00_renonculacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="002-Berbéridées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_berberidees_texte" > bonnier_v0_00_berberidees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="003-Nymphéacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_nympheacees_texte" > bonnier_v0_00_nympheacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="004-Papavéracées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_papaveracees_texte" > bonnier_v0_00_papaveracees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="005-Fumariacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_fumariacees_texte" > bonnier_v0_00_fumariacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="012-Polygalées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_polygalees_texte" > bonnier_v0_00_polygalees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="013-Frankéniacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_frankeniacees_texte" > bonnier_v0_00_frankeniacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="014-Caryophyllées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_caryophyllees_texte" > bonnier_v0_00_caryophyllees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="015-Elatinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_elatinees_texte" > bonnier_v0_00_elatinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="016-Linées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_linees_plante" > bonnier_v0_00_linees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="016-Linées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_linees_texte" > bonnier_v0_00_linees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="018-Malvacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_malvacees_plante" > bonnier_v0_00_malvacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="018-Malvacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_malvacees_texte" > bonnier_v0_00_malvacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="019-Géraniées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_geraniees_plante" > bonnier_v0_00_geraniees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="019-Géraniées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_geraniees_texte" > bonnier_v0_00_geraniees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="020-Hypéricinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hypericinees_plante" > bonnier_v0_00_hypericinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="020-Hypéricinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hypericinees_texte" > bonnier_v0_00_hypericinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="021-Acérinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_acerinees_plante" > bonnier_v0_00_acerinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="021-Acérinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_acerinees_texte" > bonnier_v0_00_acerinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="022-Ampélidées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ampelidees_plante" > bonnier_v0_00_ampelidees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="022-Ampélidées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ampelidees_texte" > bonnier_v0_00_ampelidees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="023-Hippocastanées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hippocastanees_plante" > bonnier_v0_00_hippocastanees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="023-Hippocastanées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hippocastanees_texte" > bonnier_v0_00_hippocastanees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="024-Méliacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_meliacees_plante" > bonnier_v0_00_meliacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="024-Méliacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_meliacees_texte" > bonnier_v0_00_meliacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="025-Balsaminées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_balsaminees_plante" > bonnier_v0_00_balsaminees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="025-Balsaminées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_balsaminees_texte" > bonnier_v0_00_balsaminees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="026-Oxalidées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_oxalidees_texte" > bonnier_v0_00_oxalidees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="027-Zygophyllées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_zygophyllees_texte" > bonnier_v0_00_zygophyllees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="028-Hespéridées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hesperidees_plante" > bonnier_v0_00_hesperidees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="028-Hespéridées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hesperidees_texte" > bonnier_v0_00_hesperidees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="029-Rutacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_rutacees_texte" > bonnier_v0_00_rutacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="030-Coriariées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_coriariees_texte" > bonnier_v0_00_coriariees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="031-Celastrinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_celastrinees_plante" > bonnier_v0_00_celastrinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="031-Celastrinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_celastrinees_texte" > bonnier_v0_00_celastrinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="032-Staphyléacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_staphyleacees_plante" > bonnier_v0_00_staphyleacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="032-Staphyléacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_staphyleacees_texte" > bonnier_v0_00_staphyleacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="039-Granatées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_granatees_texte" > bonnier_v0_00_granatees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="042-Hippuridées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hippuridees_texte" > bonnier_v0_00_hippuridees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="043-Callitrichinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_callitrichinees_texte" > bonnier_v0_00_callitrichinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="044-Ceratophyllées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ceratophyllees_plante" > bonnier_v0_00_ceratophyllees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="044-Ceratophyllées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ceratophyllees_texte" > bonnier_v0_00_ceratophyllees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="045-Lythrariées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lythrariees_plante" > bonnier_v0_00_lythrariees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="045-Lythrariées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lythrariees_texte" > bonnier_v0_00_lythrariees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="046-Philadelphées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_philadelphees_plante" > bonnier_v0_00_philadelphees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="046-Philadelphées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_philadelphees_texte" > bonnier_v0_00_philadelphees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="047-Tamariscinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_tamariscinees_plante" > bonnier_v0_00_tamariscinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="047-Tamariscinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_tamariscinees_texte" > bonnier_v0_00_tamariscinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="048-Myrtacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_myrtacees_plante" > bonnier_v0_00_myrtacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="048-Myrtacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_myrtacees_texte" > bonnier_v0_00_myrtacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="115-Juglandées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_juglandees_texte" > bonnier_v0_00_juglandees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="116-Cupulifères-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cupuliferes_texte" > bonnier_v0_00_cupuliferes_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="117-Salicinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_salicinees_texte" > bonnier_v0_00_salicinees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="129-Hydrocharidées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hydrocharidees_plante" > bonnier_v0_00_hydrocharidees_plante.sql
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perl xls2sql.pl file="130-Joncaginées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncaginees_plante" > bonnier_v0_00_joncaginees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="130-Joncaginées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncaginees_texte" > bonnier_v0_00_joncaginees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="131-Potamées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_potamees_plante" > bonnier_v0_00_potamees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="131-Potamées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_potamees_texte" > bonnier_v0_00_potamees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="132-Naiadees-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_naiadees_plante" > bonnier_v0_00_naiadees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="132-Naiadees-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_naiadees_texte" > bonnier_v0_00_naiadees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="133-Zosteracées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_zosteracees_plante" > bonnier_v0_00_zosteracees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="133-Zosteracées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_zosteracees_texte" > bonnier_v0_00_zosteracees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="134-Lemnacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lemnacees_plante" > bonnier_v0_00_lemnacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="134-Lemnacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lemnacees_texte" > bonnier_v0_00_lemnacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="135-Aroidées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_aroidees_plante" > bonnier_v0_00_aroidees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="135-Aroidées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_aroidees_texte" > bonnier_v0_00_aroidees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="136-Typhacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_typhacees_plante" > bonnier_v0_00_typhacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="136-Typhacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_typhacees_texte" > bonnier_v0_00_typhacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="137-Joncées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncees_plante" > bonnier_v0_00_joncees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="137-Joncées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncees_texte" > bonnier_v0_00_joncees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="138-Cyperacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cyperacees_plante" > bonnier_v0_00_cyperacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="138-Cyperacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cyperacees_texte" > bonnier_v0_00_cyperacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="139-Graminées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_graminees_plante" > bonnier_v0_00_graminees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="139-Graminées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_graminees_texte" > bonnier_v0_00_graminees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="140-Abietinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_abietinees_plante" > bonnier_v0_00_abietinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="140-Abietinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_abietinees_texte" > bonnier_v0_00_abietinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="141-Cupressinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cupressinees_plante" > bonnier_v0_00_cupressinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="141-Cupressinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cupressinees_texte" > bonnier_v0_00_cupressinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="142-Taxinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_taxinees_plante" > bonnier_v0_00_taxinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="142-Taxinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_taxinees_texte" > bonnier_v0_00_taxinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="143-Gnetacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_gnetacees_plante" > bonnier_v0_00_gnetacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="143-Gnetacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_gnetacees_texte" > bonnier_v0_00_gnetacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="144-Fougères-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_fougeres_plante" > bonnier_v0_00_fougeres_plante.sql
perl xls2sql.pl file="144-Fougères-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_fougeres_texte" > bonnier_v0_00_fougeres_texte.sql
perl xls2sql.pl file="145-Ophioglossées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ophioglossees_plante" > bonnier_v0_00_ophioglossees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="145-Ophioglossées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ophioglossees_texte" > bonnier_v0_00_ophioglossees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="146-Marsiliacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_marsiliacees_plante" > bonnier_v0_00_marsiliacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="146-Marsiliacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_marsiliacees_texte" > bonnier_v0_00_marsiliacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="147-Equisétacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_equisetacees_plante" > bonnier_v0_00_equisetacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="147-Equisétacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_equisetacees_texte" > bonnier_v0_00_equisetacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="148-Isoétées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_isoetees_plante" > bonnier_v0_00_isoetees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="148-Isoétées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_isoetees_texte" > bonnier_v0_00_isoetees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="149-Lycopodiacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lycopodiacees_plante" > bonnier_v0_00_lycopodiacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="149-Lycopodiacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lycopodiacees_texte" > bonnier_v0_00_lycopodiacees_texte.sql
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bonnier/shell/xls2sql.pl
New file
0,0 → 1,205
#!/usr/bin/perl
 
# $Date: 2005/10/19 10:14:00 $
 
# Excel to SQL statements translator.
# Needs the Spreadsheet::ParseExcel module from CPAN
#
# Example usage:
#
# xls2sql.pl help
# xls2sql.pl file=6960_TS_Bressanone_Brixen.xls \
# coldefs="year INTEGER,MEAN1 DOUBLE PRECISION,MEAN2 DOUBLE PRECISION,MEAN3 DOUBLE PRECISION"
#
# Released under GPLv2.0
# by Daniel Calvelo Aros (dca@users.sf.net)
#
# few modifications by MN (why not reading 'Learning Perl' O'Reilly book)
 
#use strict;
use English;
use Spreadsheet::ParseExcel;
# gparser-like options:
# option label => [ref to var to hold opt value, "description", default value or undef for no default]
%gopts = ( file => [\$file, "Name of input excel spreadsheet file", undef],
skip => [\$skip, "Number of rows to skip at the beginning of sheet", 0],
table => [\$tablename,"Name of output table", "mytable"],
rows => [\$nrows, "Number of rows to extract", undef],
sheet => [\$sheetn, "Sheet number to convert from the workbook, counting from 1", 1],
coldefs=> [\$coldefs, "Column definitions as in SQL", "auto"],
nodata => [\$nodata, "No data character(s) used in the Excel table", ""],
help => [\$help, "Help, of course", undef],
debug => [\$DEBUG, "Debugging flag, for developers only", 0]);
#function defined below:
&parse_opts();
 
#-- Open and look for obvious errors
my $wkbk =
Spreadsheet::ParseExcel::Workbook->Parse($file);
if( !defined $wkbk->{Worksheet}) {die "Error:couldn't parse file $file\n"}
my($iR, $iC, $sheet, $ncols, $roffset, $rsize);
$sheet = @{$wkbk->{Worksheet}}[--$sheetn]; #-- Numbering starts at 1 for the user
$ncols = $sheet->{MaxCol} or die "Error:the specified sheet $sheetn does not contain data\n";
$ncols -= $sheet->{MinCol} if defined $sheet->{MinCol} ;
$roffset = $sheet->{MinRow}-1;
$rsize = $sheet->{MaxRow} - $sheet->{MinRow};
die "Error:the specified worksheet seems to contain only one line\n" if $rsize == 0;
$roffset += $skip;
$lastrow = ( defined $nrows
? $nrows + $roffset -1
: $sheet->{MaxRow} );
die "Invalid skip option: the sheet only has $rsize rows" if $roffset >= $rsize - 1;
my (@types, @sqltypes, @firstrow, @titlerow);
 
if($coldefs ne "auto"){
#-- We have user-defined column definitions
#-- Check them
$coldefs =~ s/^\s*//;
$coldefs =~ s/\s*$//;
@defs = split ",", $coldefs;
foreach $i (0..$#defs){
($colname, $typedef) = split /\s+/,$defs[$i],2;
die "Column specification $i: can't parse SQL type definition '$typedef' (should be INTEGER, DOUBLE PRECISION, CHAR).\n" if $typedef !~ /INTEGER|DOUBLE PRECISION|CHAR/i;
die "Column name '$colname' for column $i contains spurious characters (no spaces permitted in list).\n" if $colname !~ /[a-zA-Z][a-zA-Z_0-9]*/;
push @sqltypes, $typedef;
push @titles, $colname;
}
}else{
#-- Inspect file for types:
#-- First estimate initial types from the first row of data
@firstrow = @{$sheet->{Cells}[$roffset+1]};
@types = map { $_->{Type}} @firstrow;
%cvt = (Text=>'CHAR',Numeric=>'INTEGER',Date=>'DOUBLE');
@sqltypes = map { $cvt{$_} } @types;
@lens = map { 0 } @types;
print STDERR "\nTypes:", join ";", @types if $DEBUG;
print STDERR "\nInitial sqltypes:", join ";", @sqltypes if $DEBUG;
#-- Then adjust widths and numeric type from the data
for(my $iR = $roffset ; $iR <= $lastrow ; $iR++) {
for(my $iC = $sheet->{MinCol} ;$iC <= $sheet->{MaxCol} ; $iC++) {
$cell = $sheet->{Cells}[$iR][$iC];
next if !defined $cell;
$cellvalue = $cell->Value;
if($types[$iC] eq 'Text'){
$thislength = length( $cellvalue );
$lens[$iC] = $thislength if $thislength > $lens[$iC];
}else{
if( $cellvalue =~ /[\.,]/ ){
$sqltypes[$iC] = 'DOUBLE PRECISION';
}
if( $cellvalue =~ /[a-df-z]/ ){
$sqltypes[$iC] = 'CHAR'; $lens[$iC] = length( $cellvalue);
}
}
}
}
foreach $i (0..$#sqltypes){
if( $sqltypes[$i] eq 'CHAR' ){
$sqltypes[$i] .= "($lens[$i])";
}
}
print STDERR "\nAdjusted sqltypes:", join ";", @sqltypes if $DEBUG;
 
#-- Generate field names from the title row
@titlerow = @{$sheet->{Cells}[$roffset]};
print STDERR "\nTitlerow:", join ";", map { defined $_ ? $_->Value : "" } @titlerow if $DEBUG;
$varname = "V000";
@titles = map {
/^[^a-zA-Z]/ ? $varname++ : $_
} map {
if( defined $_ && length > 0 ) {$_=$_->Value;y/a-z/A-Z/;s/[^a-zA-Z_0-9]/_/g}
else { $_=$varname++ }
$_;
} @titlerow;
map { $istitle{$_}++ } @titles;
foreach $i (reverse 0..$#titles){
if( $istitle{$titles[$i]} > 1){
$titles[$i] .= --$istitle{$titles[$i]};
}
}
while( $#titles < $ncols ){ #Missing titles, according to the size of the sheet
push @titles, $varname++;
push @sqltypes, "CHAR(32)";
}
print STDERR "\nTitles:" ,join ";", @titles if $DEBUG;
print STDERR "\n" if $DEBUG;
}
 
#-- Write out
print "CREATE TABLE $tablename (";
print join ",", map {"$titles[$_] $sqltypes[$_]"} (0..$#titles);
print ");\n";
if($coldefs eq "auto"){
$lastcol = $sheet->{MaxCol};
}else{
$lastcol = $#sqltypes + $sheet->{MinCol};
foreach $i (reverse 0..$#sqltypes){
$sqltypes[$i + $sheet->{MinCol}] = $sqltypes[$i];
}
}
for(my $iR = $roffset+1 ; $iR <= $lastrow ; $iR++) {
print "INSERT INTO $tablename VALUES(";
print join ",", map {
my $c = $sheet->{Cells}[$iR][$_];
# defined $c ? '"'.&cast($c->Value,$sqltypes[$_]).'"' : NULL
defined $c ? ''.&cast($c->Value,$sqltypes[$_]).'' : NULL
} ($sheet->{MinCol}..$lastcol);
print ");\n"
}
 
sub cast($$){
my ($value, $sqltype) = @_;
if( length($value)>0 ){
if ($value eq $nodata){
$value = "NULL"; # no data coded with char
}else{
if( $sqltype =~ /CHAR\s*\((\d+)\)/i ){
$value =~ s/[\n\r]/ /gm;
$value =~ s/"/\\"/g;
$value =~ s/'/\\'/g;
# $value = substr( $value, 0, $1 );
$value = '\''.substr( $value, 0, $1 ).'\'';
}elsif( $sqltype =~ /DOUBLE PRECISION/i ){
$value += 0;
}elsif( $sqltype =~ /INTEGER/i ){
$value = int $value;
}else{
die "Unknown SQL type '$sqltype'; can't typecast '$value' to that type.\n";
}
}
}else{
$value = "NULL"; # no data
}
}
 
sub parse_opts(){
for $o (sort keys %gopts){
if( defined $gopts{$o}[2] ){
${$gopts{$o}[0]} = $gopts{$o}[2];
}
for $arg (@ARGV){
$arg =~ /^\Q$o\E(?:\s*=\s*(.+)$)?/;
if( length($1)>0 ){
${$gopts{$o}[0]} = $1;
}elsif( $& ){
${$gopts{$o}[0]} = 1;
}
}
}
if($help){
select STDERR;
print "\n$PROGRAM_NAME : extract sheets from an excel workbook and\n";
print "produce SQL statements that create the database\n";
print "\nArguments (use grass style, i.e. arg=value):\n";
foreach (keys %gopts){ $longest = $longest < length() ? length() : $longest }
foreach $arg (grep {!/help/} keys %gopts){
print " $arg".(" "x($longest+2-length $arg));
print $gopts{$arg}[1];
print " (default: ".$gopts{$arg}[2].")" if defined $gopts{$arg}[2];
print "\n";
}
select STDOUT;
die "\n";
}
}
 
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bonnier/shell/charger_sql.sh
New file
0,0 → 1,149
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/001-Renonculacees" -table renonculacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/002-Berberidees" -table berberidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/003-Nympheacees" -table nympheacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/004-Papaveracees" -table papaveracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/005-Fumariacees" -table fumariacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/006-Cruciferes" -table cruciferes
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/007-Capparidees" -table capparidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/008-Cistinees" -table cistinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/009-Violariees" -table violariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/010-Resedacees" -table resedacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/011-Droseracees" -table droseracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/012-Polygalees" -table polygalees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/013-Frankeniacees" -table frankeniacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/014-Caryophyllees" -table caryophyllees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/015-Elatinees" -table elatinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/016-Linees" -table linees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/017-Tiliacees" -table tiliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/018-Malvacees" -table malvacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/019-Geraniees" -table geraniees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/020-Hypericinees" -table hypericinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/021-Acerinees" -table acerinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/022-Ampelidees" -table ampelidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/023-Hippocastanees" -table hippocastanees
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/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/057-tablembelliferes" -table ombelliferes
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/058-Araliacees" -table araliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/059-Cornees" -table cornees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/060-Loranthacees" -table loranthacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/061-Caprifoliacees" -table caprifoliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/062-Rubiacees" -table rubiacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/063-Valerianees" -table valerianees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/064-Dipsacees" -table dipsacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/065-Composees" -table composees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/066-Ambrosiacees" -table ambrosiacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/067-Lobeliacees" -table lobeliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/068-Campanulacees" -table campanulacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/069-Vacciniees" -table vacciniees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/070-Ericinees" -table ericinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/071-Pyrolacees" -table pyrolacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/072-Monotropees" -table monotropees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/073-Lentibulariees" -table lentibulariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/074-Primulacees" -table primulacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/075-Ebenacees" -table ebenacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/076-Styracees" -table styracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/077-tableleinees" -table oleinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/078-Jasminees" -table jasminees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/079-Apocynees" -table apocynees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/080-Asclepiadees" -table asclepiadees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/081-Gentianees" -table gentianees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/082-Polemoniacees" -table polemoniacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/083-Convolvulacees" -table convolvulacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/084-Cuscutacees" -table cuscutacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/085-Ramondiacees" -table ramondiacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/086-Borraginees" -table borraginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/087-Solanees" -table solanees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/088-Verbascees" -table verbascees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/089-Scrofularinees" -table scrofularinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/090-tablerobanchees" -table orobanchees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/091-Labiees" -table labiees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/092-Acanthacees" -table acanthacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/093-Verbenacees" -table verbenacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/094-Plantaginees" -table plantaginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/095-Plombaginees" -table plombaginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/096-Globulariees" -table globulariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/097-Phytolaccees" -table phytolaccees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/098-Amarantacees" -table amarantacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/099-Salsolacees" -table salsolacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/100-Polygonees" -table polygonees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/101-Daphnoidees" -table daphnoidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/102-Laurinees" -table laurinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/103-Santalacees" -table santalacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/104-Eleagnees" -table eleagnees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/105-Cytinees" -table cytinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/106-Aristolochiees" -table aristolochiees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/107-Empetrees" -table empetrees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/108-Euphorbiacees" -table euphorbiacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/109-Morees" -table morees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/110-Ficacees" -table ficacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/111-Celtidees" -table celtidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/112-Ulmacees" -table ulmacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/113-Urticees" -table urticees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/114-Cannabinees" -table cannabinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/115-Juglandees" -table juglandees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/116-Cupuliferes" -table cupuliferes
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/117-Salicinees" -table salicinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/118-Platanees" -table platanees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/119-Betulinees" -table betulinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/120-Myricees" -table myricees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/121-Alismacees" -table alismacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/122-Butomees" -table butomees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/123-Colchicacees" -table colchicacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/124-Liliacees" -table liliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/125-Dioscorees" -table dioscorees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/126-dossierridees" -table iridees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/127-Amaryllidees" -table amaryllidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/128-tablerchidees" -table orchidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/129-Hydrocharidees" -table hydrocharidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/130-Joncaginees" -table joncaginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/131-Potamees" -table potamees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/132-Naiadees" -table naiadees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/133-Zosteracees" -table zosteracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/134-Lemnacees" -table lemnacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/135-Aroidees" -table aroidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/136-Typhacees" -table typhacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/137-Joncees" -table joncees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/138-Cyperacees" -table cyperacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/139-Graminees" -table graminees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/140-Abietinees" -table abietinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/141-Cupressinees" -table cupressinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/142-Taxinees" -table taxinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/143-Gnetacees" -table gnetacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/144-Fougeres" -table fougeres
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/145-tablephioglossees" -table ophioglossees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/146-Marsiliacees" -table marsiliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/147-Equisetacees" -table equisetacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/148-dossiersoetees" -table isoetees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/149-Lycopodiacees" -table lycopodiacees
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bonnier/bonnier.ini
New file
0,0 → 1,20
; Encodage : UTF-8
; Exemple de fichier de configuration d'un projet
; Les commentaires commencent par ';', comme dans php.ini
 
; Indique le nom du projet
projet_nom = bonnier
; Indique le nombre sur un chiffre de la version du projet
version = 0
; Indique le nombre sur deux chiffres de la sous version du projet
sous_version = 00
; Indique la date de début de cette version du projet
date_debut = "2009-12-11 00:00:00"
; Indique la date de fin de cette version du projet
date_fin = NULL
; Indique le chemin où les fichier html vont être générés
chemin_fichier_sortie = "php:'/home/'.'david'.'/Bureau/bonnierhtml/'"
; Indique le chemin où trouver le fichier du projet contenant les données à charger puis standardiser
chemin_fichier_tab = "php:'/home/'.'david'.'/Bureau/bonnierhtml/'"
; Indique le chemin où stocker le fichier de log
log_chemin = "php:'/home/'.'david'.'/Bureau/bonnierhtml/'"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bonnier/Bonnier.php
New file
0,0 → 1,508
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/* Importation des fichiers excel de Bonnier pour créer une version HTML pour PDA.
* Utilisation au préalable des utillitaire de traitement de fichier mdb sous Unix (voir ci après)
*
* Pré-requis :
* 1. Installer le paquet pour Perl nommé ParseExcel : urpmi perl-spreadsheet-parseexcel
* 2. Télécharger les fichiers Excel de Bonnier : http://www.tela-botanica.org/projets/74/documents/16211
* 3. Créer un dossier où vous dézipperez l'archive des fichiers Excel
* 4. Copier dans ce dossier les fichier xls2sql.pl et generer_sql.sh que vous trouverez dans le dossier shell de ce module
* 5. Donner les droits d'execution au fichier generer_sql.sh et lancer le : ./generer_sql.sh
* 6. Vous devez obtenir un fichier SQL par fichier Excel.
*
* Pour lancer ce script fichier par fichier :
* 1. Ouvrir une console et se positionner dans le dossier "scripts"
* 2. Pour charger le 1er fichier Excel, taper la commande : /opt/lampp/bin/php script.php bonnier -p bonnier -a charger -table renonculacees
* 3. Pour generer le html issu du chargement precedent :
* /opt/lampp/bin/php script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/001-Renonculacees" -table renonculacees
*
* // Auteur original :
* @author David DELON <david@clapas.net>
* @copyright David DELON 2009
* @link http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Bonnier extends ScriptCommandeEflore {
 
/**
* Paramêtres disponible pour la ligne de commande
* le tableau se construit de la forme suivnate :
* - clé = nom du paramêtre '-foo'
* - value = contient un nouveau tableau composé de cette façaon :
* - booléen: true si le paramêtre est obligatoire
* - booléen ou var : true si le paramêtre nécessite un valeur à sa suite ou la valeur par défaut
* - string: description du contenu du paramêtre
* Les paramêtres optionels devraient être déclaré à la fin du tableau.
* Le dernier parametre du tableau peut avoir la valeur '...',
* il contiendra alors l'ensemble des paramêtres suivant trouvés sur la ligne de commande.
* @var array
*/
public $parametres = array( '-table' => array(true, true, "Nom de la table où seront stockées les données d'une famille"),
'-dossier' => array(true, true, "Dossier où sont générés les fichiers html pour la table"));
public function executer() {
 
error_reporting(E_ALL & ~E_DEPRECATED );
$table = $this->getParam('table');
$dossier = $this->getParam('dossier');
@mkdir($this->getIni('chemin_fichier_sortie').$dossier);
$cmd = $this->getParam('a');
switch ($cmd) {
// chargement des fichiers sql issus de la transformation xls dans la base de donnee, une table par fichir sql, 2 tables par
// familles : texte (navigation / clef) et plantes : description des plantes.
case 'charger' :
$this->creerTableBonnier($this->version, $table);
$this->chargerDonnees($table);
break;
case 'html' :
// tranformation sql vers html : pour la famille considerée : parcours de l'ensemble de ses clef et generation html pour
// les feuilles.
$this->realiserHtml($dossier, $table);
break;
default :
trigger_error('Erreur : la commande "'.$cmd.'" n\'existe pas!'."\n", E_USER_ERROR);
}
}
 
private function realiserHtml($dossier, $table) {
// Parcours de l'ensemble des données ? ou famille par famille ?
// on charge plante et texte dans des tableaux
$this->type_donnee = $table.'_texte';
$requete = 'SELECT * '.
'FROM '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' '.
'ORDER BY uid';
$lignesTexte = $this->retournerDonneesRequete($requete);
// Analyse des données
echo "Analyse des données : ".$this->type_donnee."\n";
foreach ($lignesTexte as $ligneTexte) {
if (!isset($aso_lignes[$ligneTexte['identifiant']])) {
$aso_lignes[$ligneTexte['identifiant']] = $ligneTexte;
} else {
echo "identifiant en double : ".$ligneTexte['identifiant']."\n";
}
}
 
$this->type_donnee = $table.'_plante';
$requete = 'SELECT * '.
'FROM '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' '.
'ORDER BY uid';
$lignesPlante = $this->retournerDonneesRequete($requete);
foreach ($lignesPlante as $lignePlante) {
if (!isset($aso_lignes[$lignePlante['identifiant']])) {
$aso_lignes[$lignePlante['identifiant']] = $lignePlante;
} else {
echo "identifiant en double : ".$lignePlante['identifiant']."\n";
}
}
//print_r($aso_lignes_texte[$lignesTexte[0]['identifiant']] ['titre']);
// $ariane : tableau des identifiants parcourus dans la branche
// $niveau : niveau dans l'arbre
$ariane = array();
$niveau = 0;
// Parcours de l'arbre des clefs depuis la racine
$this->genererHtmlTexte($lignesTexte[1]['identifiant'], $aso_lignes, $ariane, $niveau, $dossier);
}
// Generation des elements de navigation (clef)
private function genererHtmlTexte($identifiant, $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier) {
 
$ariane[] = $identifiant;
$niveau++;
if (isset ($lignesTexteIdentifiant[$identifiant])) { // Si des identifiants sont en doubles
$ligneIdentifiant = $lignesTexteIdentifiant[$identifiant];
}
else {
// initialiser valeur par defaut indiquant une erreur
}
 
$f_html = fopen($this->getIni('chemin_fichier_sortie').$dossier.'/'.$identifiant.'.html', 'wb');
$html =
'<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">'."\n".
'<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="fr">'."\n".
'<head>'."\n".
'<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />'."\n".
'<title>Flore BONNIER sur PDA</title>'."\n".
'<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../../style/style640.css" media="screen" />'."\n".
'</head>'."\n";
$html .= '<body>'."\n";
$html .= '<div class="titre">'."\n";
$html .= '<p id="titre">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['titre'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
// print "identifiant : ".$ligneIdentifiant['identifiant']."\n";
// Destinations
// Branche niveau inferieur
$html.='<div class="fenetreMenu">'."\n";
for ($i = 1; $i < 6; $i++) {
if (isset($ligneIdentifiant['texte_'.$i]) && $ligneIdentifiant['texte_'.$i] != "") {
$html .= '<div class="menu'.($i-1).'">'."\n";
$html .= '<a href="'.$ligneIdentifiant['destination_'.$i].'.html">';
$html .= $ligneIdentifiant['texte_'.$i];
$html .= '</a>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
}
}
 
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="espace" style="top:518px;">'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="navigation">'."\n";
$html .= '<p id="navigation">'."\n";
// Navigation
for ($i = 0; $i < $niveau; $i++) {
if (($ariane[$i]) && $ariane[$i] != '') {
$html .= '<a href="'.$ariane[$i].'.html">';
if (isset ($lignesTexteIdentifiant[$ariane[$i]])) { // Si des identifiants sont en doubles
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[$i]]['titre'];
}
$html .= '</a>'."\n";
}
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
 
$html .= '<div class="retour">'."\n";
$html .= '<p id="retour">'."\n";
// Retour niveau superieur
if (isset($ariane[$niveau - 2]) && $ariane[$niveau - 2] != '') {
$html .= '<a href="'.$ariane[$niveau - 2].'.html">';
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[$niveau - 2]]['titre'];
$html .= '</a>'."\n";
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="glossaire">'."\n";
$html .= '<p id="glossaire">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/glossaire0_640.html">'."\n";
$html .= 'Glossaire'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= '</p></div><div class="text">'."\n";
$html .= '<p id="Text">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/accueil1_640.html">'."\n";
$html .= ' Top'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= ' </p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
 
$html .= '</body>'."\n";
$html .= '</html>'."\n";
fwrite($f_html, $html);
fclose($f_html);
// Ecriture des feuilles (description plantes)
for ($i = 1; $i < 6; $i++) {
if (isset($ligneIdentifiant['destination_'.$i]) && $ligneIdentifiant['destination_'.$i] != '') {
if (substr($ligneIdentifiant['destination_'.$i], 0, 1) == 'p') {
$this->genererHtmlPlante($ligneIdentifiant['destination_'.$i], $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier);
} else {
$this->genererHtmlTexte($ligneIdentifiant['destination_'.$i], $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier);
}
}
}
}
// Plante
private function genererHtmlPlante($identifiant, $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier) {
$ariane[] = $identifiant;
$niveau++;
if (isset ($lignesTexteIdentifiant[$identifiant])) { // Au cas ou des identifiants sont en doubles
$ligneIdentifiant = $lignesTexteIdentifiant[$identifiant];
}
$nom_latin = '';
if (isset($ariane[($niveau - 2)]) && isset($lignesTexteIdentifiant[$ariane[($niveau - 2)]]['texte_1'])) {
$nom_latin = trim(strrchr($lignesTexteIdentifiant[$ariane[($niveau - 2)]]['texte_1'], ':'), ' :');
}
 
$f_html = fopen($this->getIni('chemin_fichier_sortie').$dossier.'/'.$identifiant.'.html', 'wb');
$html=
'<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">'."\n".
'<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="fr">'."\n".
'<head>'."\n".
'<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />'."\n".
'<title>Flore BONNIER sur PDA</title>'."\n".
'<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../../style/style_plante.css" media="screen" />'."\n".
'</head>'."\n";
$html .= '<body>'."\n";
$html .= '<div class="titre">'."\n";
$html .= '<p id="titre">';
$html .= $nom_latin;
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="famille">'."\n";
$html .= '<p id="famille1">Famille : </p>'."\n";
$html .= '<p id="famille2">';
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[0]]['titre'];
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="genre">'."\n";
$html .= '<p id="genre1">Genre : </p>'."\n";
$html .= '<p id="genre2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['genre'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="nom_latin">'."\n";
$html .= '<p id="nom_latin1">Nom Latin : </p>'."\n";
$html .= '<p id="nom_latin2">';
$html .= $nom_latin;
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="nom_francais">'."\n";
$html .= '<p id="nom_francais1">Nom Francais : </p>'."\n";
$html .= '<p id="nom_francais2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['nom_francais'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="nom_commun">'."\n";
$html .= '<p id="nom_commun1">Nom Vulgaire : </p>'."\n";
$html .= '<p id="nom_commun2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['nom_vulgaire'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="caracteres">'."\n";
$html .= '<p id="caracteres1">Caractéristiques spécifiques : </p>'."\n";
$html .= '<p id="caracteres2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['description'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="habitat">'."\n";
$html .= '<p id="habitat1">Habitat / taille / floraison : </p>'."\n";
$html .= '<p id="habitat2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['habitat'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="aire">'."\n";
$html .= '<p id="aire1">Aire g&eacute;ographique : </p>'."\n";
$html .= '<p id="aire2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['geographie'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="identifiant">'."\n";
$html .= '<p id="identifiant">';
$html .= 'Bonnier : '.$identifiant;
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="planche">'."\n";
$html .= '<p id="planche">';
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="retour">'."\n";
$html .= '<p id="retour">'."\n";
if (($ariane[$niveau - 2]) && $ariane[$niveau - 2] != '') {
$html .= '<a href="'.$ariane[$niveau - 2].'.html">';
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[$niveau - 2]]['titre'];
$html .= '</a>'."\n";
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="glossaire">'."\n";
$html .= '<p id="glossaire">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/glossaire0_640.html">'."\n";
$html .= 'Glossaire'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= '</p></div><div class="text">'."\n";
$html .= '<p id="Text">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/accueil1_640.html">'."\n";
$html .= ' Top'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= ' </p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
 
$html .= '</body>'."\n";
$html .= '</html>'."\n";
fwrite($f_html, $html);
fclose($f_html);
}
 
 
private function creerTableBonnier($version, $table) {
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// texte
$this->type_donnee = $table.'_texte';
$requete = 'DROP TABLE IF EXISTS '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee;
$this->traiterRequete($requete);
$requete = 'CREATE TABLE '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' ('.
'uid int(11) not null auto_increment,'.
'identifiant varchar(25),'.
'titre varchar(100),'.
'texte_1 varchar(255),'.
'texte_2 varchar(255),'.
'texte_3 varchar(255),'.
'texte_4 varchar(255),'.
'texte_5 varchar(255),'.
'texte_6 varchar(255),'.
'destination_1 varchar(25),'.
'destination_2 varchar(25),'.
'destination_3 varchar(25),'.
'destination_4 varchar(25),'.
'destination_5 varchar(25),'.
'destination_6 varchar(25),'.
'planche_croquis varchar(25),'.
'PRIMARY KEY (uid)'.
') DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_unicode_ci; ' ;
$this->traiterRequete($requete);
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
//plante
$this->type_donnee = $table.'_plante';
$requete = 'DROP TABLE IF EXISTS '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee;
$this->traiterRequete($requete);
$requete = 'CREATE TABLE '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' ('.
'uid int(11) not null auto_increment,'.
'identifiant varchar(25),'.
'genre varchar(100),'.
'nom_francais varchar(100),'.
'nom_vulgaire varchar(100),'.
'description varchar(512),'.
'habitat varchar(255),'.
'geographie varchar(255),'.
'planche_croquis varchar(25),'.
'PRIMARY KEY (uid)'.
') DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_unicode_ci; ' ;
$this->traiterRequete($requete);
}
 
protected function chargerDonnees($table) {
print "Chargements des données ...";
print "\n";
$this->type_donnee = $table.'_texte';
$this->chargerDonneesSql($table);
$this->type_donnee = $table.'_plante';
$this->chargerDonneesSql($table);
return;
}
protected function chargerDonneesSql($table) {
echo $this->type_donnee."\n";
$fichier_sql = $this->chemin_fichier_tab.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.'.sql';
print $fichier_sql."\n";
if (file_exists($fichier_sql)) {
// Des champs textes sont multilignes, d'ou la boucle sur INSERT, marqueur de fin de la requete precedente.
if ($lines = file($fichier_sql)) {
$i = 0;
$ligne_courante = $lines[$i];
if (($i + 1) >= count($lines)) {
$ligne_suivante = 'FIN';
} else {
$ligne_suivante = $lines[$i+1];
}
while ($i < count($lines)) {
$line_in = $ligne_courante;
while (($i < count($lines)) && (substr($ligne_suivante, 0, 6) != 'INSERT') && ($ligne_suivante != 'FIN')) {
$line_in .= $ligne_suivante;
$i++;
$ligne_courante = $lines[$i];
if (($i + 1) >= count($lines)) {
$ligne_suivante = 'FIN';
} else {
$ligne_suivante = $lines[$i + 1];
}
}
$requete = $line_in;
if (substr($requete, 0, 6) == 'INSERT') {
$requete = preg_replace('/ VALUES\(/',' VALUES(0,', $requete);
$this->traiterRequete(utf8_encode($requete));
}
$i++;
if (($i + 1) >= count($lines)) {
$ligne_suivante = 'FIN';
} else {
$ligne_courante = $lines[$i];
$ligne_suivante = $lines[$i + 1];
}
if ($i == (int) $this->getParam('t')) {
break;
}
}
}
} else {
echo 'Fichier sql introuvable'."\n";
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/tapirlink/Tapirlink.php
New file
0,0 → 1,93
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php cel -a chargerTous
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class Tapirlink extends EfloreScript {
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('tapirlink');
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerTapirlink();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
protected function initialiserProjet($projet) {
$bases = $this->getListeBases();
parent::initialiserProjet($projet);
$this->verifierPresenceBdd($bases);
}
 
private function getListeBases() {
$requete = "SHOW DATABASES";
$bases = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $bases;
}
 
private function verifierPresenceBdd($bases) {
$bddNom = Config::get('bdd_nom');
$existe = false;
foreach ($bases as $base) {
if ($base['Database'] == $bddNom) {
$existe = true;
break;
}
}
if ($existe === false) {
$message = "Veuillez créer la base de données '$bddNom'.";
throw new Exception($message);
}
}
 
private function chargerTapirlink() {
$tablesCodes = array_keys(Config::get('tables'));
foreach ($tablesCodes as $code) {
echo "Chargement de la table : $code\n";
$this->chargerFichierTsvDansTable($code);
}
}
 
private function chargerFichierTsvDansTable($code) {
$chemin = Config::get('chemins.'.$code);
$table = Config::get('tables.'.$code);
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS raw_occurrence_record ";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/tapirlink/A_LIRE.txt
New file
0,0 → 1,0
Créer une base de données tb_hit_indexation avant de lancer les scripts
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/tapirlink/tapirlink.ini
New file
0,0 → 1,15
version="1_00"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}tapirlink/2012-01-30/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
bdd_nom = "tb_hit_indexation"
 
[tables]
enr = raw_occurrence_record
 
[fichiers]
structureSql = "raw_occurrence_record_v{ref:version}.sql"
enr = "{ref:tables.enr}.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
enr = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.enr}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/baseflor/BaseflorIndex.php
New file
0,0 → 1,71
<?php
/**
*
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
*
*
*/
class BaseflorIndex {
private $conteneur;
private $efloreCommun;
private $message;
private $dossierBase;
private $valeurs_insertion = array();
private $Bdd;
public function __construct(Conteneur $conteneur, Bdd $Bdd) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->Bdd = $Bdd;
$this->efloreCommun = $conteneur->getEfloreCommun();
$this->message = $conteneur->getMessages();
$this->dossierBase = dirname(__FILE__).'/';
}
public function insererDonnees(){
$this->efloreCommun->chargerFichierSql('chemins.index_sql');
$this->recupererDonneesBaseflor();
$this->recupererDonneesRangSup();
$this->insererDonneesIndex();
}
private function recupererDonneesBaseflor() {
$table = Config::get('tables.donnees');
$requete = "SELECT cle, num_nomen, BDNT FROM $table ;";
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$this->valeurs_insertion['baseflor'] = $resultat;
$this->valeurs_insertion['rangSup'] = $resultat;
}
private function recupererDonneesRangSup() {
$table = Config::get('tables.rang_sup');
$requete = "SELECT cle, num_nomen, bdnt FROM $table ;";
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$this->valeurs_insertion['rangSup']= $resultat;
 
}
private function insererDonneesIndex() {
$table = Config::get('tables.index');
$requete_truncate = 'TRUNCATE TABLE '.$table;
$this->Bdd->requeter($requete_truncate);
foreach ($this->valeurs_insertion as $tab => $res){
if ($tab == 'baseflor') {
foreach ($res as $valeurs ) {
$requete = "INSERT INTO $table VALUES('',{$valeurs['cle']},null,'".strtolower($valeurs['BDNT']).".nn:{$valeurs['num_nomen']}')";
$this->Bdd->requeter($requete);
$this->message->afficherAvancement('Insertion des valeurs issues de baseflor en cours');
}
} else {
foreach ($res as $valeurs ) {
$requete = "INSERT INTO $table VALUES('',null,{$valeurs['cle']},'{$valeurs['bdnt']}.nn{$valeurs['num_nomen']}')";
$this->Bdd->requeter($requete);
$this->message->afficherAvancement('Insertion des valeurs issues des rangs supérieurs en cours');
}
}
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/baseflor/baseflor.ini
New file
0,0 → 1,52
version="2012_12_31"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}baseflor/2012-12-31/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
dossierRangSup = "{ref:dossierDonneesEflore}baseflor/2012-12-31/rang_sup/"
dossierIndex = "{ref:dossierDonneesEflore}baseflor/2012-12-31/index/"
 
[tables]
donnees = "baseflor_v{ref:version}"
ontologies = "baseflor_ontologies"
metadonnees = "baseflor_meta"
rang_sup = "baseflor_rang_sup_ecologie_v{ref:version}"
taxons = "bdtfx_v1_02";
index = "baseflor_index_v{ref:version}";
 
 
 
[fichiers]
structureSql = "baseflor.sql"
metadonnees = "insertion_baseflor_meta.sql"
donnees = "baseflor_v{ref:version}.tsv"
donnees_verif = "baseflor_verif.txt"
ontologies = "baseflor_ontologies.tsv"
rang_sup_sql = "baseflor_rang_sup_ecologie.sql"
index_sql = "baseflor_index.sql"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
donnees = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.donnees}"
donnees_verif = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.donnees_verif}"
ontologies ="{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.ontologies}"
metadonnees = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.metadonnees}"
rang_sup_sql = "{ref:dossierRangSup}{ref:fichiers.rang_sup_sql}"
index_sql = "{ref:dossierIndex}{ref:fichiers.index_sql}"
 
[services]
url_base="http://localhost/"
url_service_base="{ref:url_base}service:eflore:0.1/"
 
[Parametres]
typesBio = "A,a,B,b,C,c,Cfru,cfru,Csuf,csuf,Ccou,ccou,H,h,Heri,heri,Hsto,hsto,Hces,hces,Hros,hros,Hrub,hrub,Hbis,hbis,G,g,Gbul,gbul,Gtub,gtub,Grhi,grhi,T,t,Tver,tver,Test,test"
sousTypesBio = "aqua,lia,épi,hpar,par,suc,semp,cad,car"
signesSeuls = "?, x, x~, x=, xb, xB, -"
signesNonSeuls = "~, =, b, B"
intervalles = "1-9 = 23;24;25;26;28;29;31;32;33;34;35;37;38,
1-12 = 27;36,
0-9 = 30;39"
motifs = "/(^[0-9]*\/)|(inconnu)/ = 1,
/(^[AB]?[0-9]+$)|(^nc$)/ = 2;3,
/[^0-9]+/ = 4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;16;19;20;21;22;40;41;42;43;44;45;46;47;48;49;50;51;52;53;54;55,
/^([1-9]|1[0-2])(\-([1-9]|1[0-2]))*$/ = 14"
champsEcologiques = "ve_lumiere,ve_temperature,ve_continentalite,ve_humidite_atmos,ve_humidite_edaph,ve_reaction_sol,ve_nutriments_sol,ve_salinite,ve_texture_sol,ve_mat_org_sol"
 
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/baseflor/BaseflorRangSupInsertion.php
New file
0,0 → 1,270
<?php
/**
*
*
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
*
*
*/
class BaseflorRangSupInsertion {
private $table = null;
private $donnees_initiales = array();
private $valeurs_insertion;
private $infos_taxon = array();
private $conteneur;
private $efloreCommun;
private $message;
private $outils;
private $nn_courant;
private $nn_superieur;
private $champs_ecologiques = array();
private $Bdd;
public function __construct(Conteneur $conteneur, Bdd $bdd) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->Bdd = $bdd;
$this->efloreCommun = $conteneur->getEfloreCommun();
$this->message = $conteneur->getMessages();
$this->outils = $conteneur->getOutils();
$this->dossierBase = dirname(__FILE__).'/';
}
public function insererDonnees(){
echo "Chargement de la structure en cours \n" ;
$this->efloreCommun->chargerFichierSql('chemins.rang_sup_sql');
echo "Récupération des données de baseflor en cours \n";
$this->recupererDonneesInitiales();
echo "Calcul des valeurs pour les rangs supérieurs en cours \n";
$this->consulterInfosTaxons();
$this->recupererValeursInsertion();
$this->insererDonneesRangSup();
}
private function insererDonneesRangSup() {
$table = Config::get('tables.rang_sup');
$requete_truncate = 'TRUNCATE TABLE '.$table;
$this->Bdd->requeter($requete_truncate);
foreach ($this->valeurs_insertion as $nn => $valeurs){
$requete = "INSERT INTO $table VALUES('',$nn, 'bdtfx', '{$valeurs['ve_lumiere']['min']}', ".
"'{$valeurs['ve_lumiere']['max']}','{$valeurs['ve_temperature']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_temperature']['max']}','{$valeurs['ve_continentalite']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_continentalite']['max']}','{$valeurs['ve_humidite_atmos']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_humidite_atmos']['max']}','{$valeurs['ve_humidite_edaph']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_humidite_edaph']['max']}','{$valeurs['ve_reaction_sol']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_reaction_sol']['max']}','{$valeurs['ve_nutriments_sol']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_nutriments_sol']['max']}','{$valeurs['ve_salinite']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_salinite']['max']}','{$valeurs['ve_texture_sol']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_texture_sol']['max']}','{$valeurs['ve_mat_org_sol']['min']}',".
"'{$valeurs['ve_mat_org_sol']['max']}');";
$this->Bdd->requeter($requete);
$this->message->afficherAvancement('Insertion des valeurs pour les rangs supérieurs en cours');
}
}
 
 
// dans cette solution je parcours les donnees de baseflor
// je teste une donnée (si min max) pour récuperer les valeurs pour chaque rang superieur
// jusqu'à famille (180) puis je passe à la suivante jusqu'à avoir parcouru tout baseflor
private function recupererValeursInsertion(){
$this->champs_ecologiques = $this->outils->recupererTableauConfig(Config::get('Parametres.champsEcologiques'));
$this->valeurs_insertion = array();
if (empty($this->donnees_initiales)) {
throw new Exception("Erreur : pas de données à traiter.");
} else {
foreach ($this->donnees_initiales as $nn => $ecologie) {
$this->nn_courant = $nn;
$this->nn_superieur = isset($this->infos_taxon[$this->nn_courant]) ? $this->infos_taxon[$this->nn_courant]['nn_sup'] : null;
$rang = isset($this->infos_taxon[$this->nn_superieur]) ? $this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['rang'] : 179 ;
while ($rang >= 180){
if (!isset($donnees_initiales[$this->nn_superieur])) {
foreach ($this->champs_ecologiques as $nom) {
$this->testerSiMinMax($nom, $ecologie[$nom]);
}
}
$this->nn_superieur = isset($this->infos_taxon[$this->nn_superieur]) ? $this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['nn_sup'] : null;
$rang = !empty($this->nn_superieur) ? $this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['rang'] : 179 ;
}
}
}
}
// ici je parcours toutes les données de baseflor et je teste et récupère les valeurs pour le rang superieur
//direct puis je récupère les données obtenues et je recommence jusqu'à que tous les rangs obtenus soient des familles
private function recupererValeursInsertion2(){
$this->champs_ecologiques = $this->outils->recupererTableauConfig(Config::get('Parametres.champsEcologiques'));
$this->valeurs_insertion = array();
if (empty($this->donnees_initiales)) {
throw new Exception("Erreur : pas de données à traiter.");
} else {
$donnees_traitees = $this->donnees_initiales;
$donnees_deja_traitees = array();
$condition_fin = true;
$tab_num_nom = array_keys($donnees_traitees);
while (!empty($donnees_traitees)) {
reset($donnees_traitees);
$this->nn_courant = array_shift($tab_num_nom);
$data = array_shift($donnees_traitees);
if (isset($this->infos_taxon[$this->nn_courant])) {
$this->nn_superieur = $this->infos_taxon[$this->nn_courant]['nn_sup'];
if (!isset($donnees_deja_traitees[$this->nn_courant])) {
if ($this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['rang'] >= 180){
$condition_fin = false;
foreach ($this->champs_ecologiques as $nom) {
$this->testerSiMinMax($nom, $data[$nom]);
}
}
}
$donnees_deja_traitees[$this->nn_courant] = 1;
}
if ($condition_fin == false && empty($donnees_traitees)) {
$donnees_traitees = $this->valeurs_insertion;
$tab_num_nom = array_keys($donnees_traitees);
$condition_fin = true;
}
}
}
}
// je stocke des valeurs à insérer sous la forme : $insertion [{nn_tax_sup}][{nom_de_chps}][{max ou min}] = {valeur}
private function testerSiMinMax($nom, $valeur) {
$nn = $this->nn_superieur;
if ( !isset($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min'])
|| empty($valeur['min'])
|| empty($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min'])
|| $this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min'] > $valeur['min'] ){
$this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min'] = $valeur['min'];
}
if ( !isset($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max'])
|| empty($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max'])
|| empty($valeur['max'])
|| $this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max'] < $valeur['max'] ) {
$this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max'] = $valeur['max'];
}
}
// je stocke les infos taxons sous la forme : $info_taxon[{num_nomem}][{num_nomen_sup ou rang}] = {valeur}
private function consulterInfosTaxons() {
$table = Config::get('tables.taxons');
$requete = 'SELECT A.num_nom AS nn, B.num_tax_sup AS nn_sup, A.rang '.
"FROM $table A JOIN $table B ON (A.num_nom_retenu = B.num_nom) ".
'WHERE B.num_nom = B.num_nom_retenu ';
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
foreach ($resultat as $res) {
$this->infos_taxon[$res['nn']] = array('nn_sup' => $res['nn_sup'], 'rang' => $res['rang'] );
}
}
// je stocke les valeurs initiales sous la forme : $initiales[{nn_nomem}][{champs ecologique}][{'min' ou 'max'}]
private function recupererDonneesInitiales() {
$table = Config::get('tables.donnees');
$requete = "SELECT num_nomen, ve_lumiere, ve_temperature, ve_continentalite, ve_humidite_atmos, ".
"ve_humidite_edaph, ve_reaction_sol, ve_nutriments_sol, ve_salinite, ve_texture_sol, ve_mat_org_sol ".
"FROM $table WHERE BDNT = 'BDTFX' ".
" AND num_nomen != 0 ".
" AND (ve_lumiere != '' OR ve_mat_org_sol != '' OR ve_temperature != '' ".
" OR ve_continentalite != '' OR ve_humidite_atmos != '' OR ve_humidite_edaph != '' ".
" OR ve_nutriments_sol != '' OR ve_salinite != '' OR ve_texture_sol != '' OR ve_reaction_sol != '' )";
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
foreach ($resultat as $res) {
$this->donnees_initiales[$res['num_nomen']] = array(
've_lumiere' => array('min' => $res['ve_lumiere'], 'max' => $res['ve_lumiere']),
've_temperature' => array('min' => $res['ve_temperature'], 'max' => $res['ve_temperature']),
've_continentalite' => array('min' => $res['ve_continentalite'], 'max' => $res['ve_continentalite']),
've_humidite_atmos' => array('min' => $res['ve_humidite_atmos'], 'max' => $res['ve_humidite_atmos']),
've_humidite_edaph' => array('min' => $res['ve_humidite_edaph'], 'max' => $res['ve_humidite_edaph']),
've_reaction_sol' => array('min' => $res['ve_reaction_sol'], 'max' => $res['ve_reaction_sol']),
've_nutriments_sol' => array('min' => $res['ve_nutriments_sol'], 'max' => $res['ve_nutriments_sol']),
've_salinite' => array('min' => $res['ve_salinite'], 'max' => $res['ve_salinite']),
've_texture_sol' => array('min' => $res['ve_texture_sol'], 'max' => $res['ve_texture_sol']),
've_mat_org_sol' => array('min' => $res['ve_mat_org_sol'], 'max' => $res['ve_mat_org_sol']));
}
}
// +++ Fonctions de vérification des donnée obtenues ++++//
public function testAscendantsDeBaseflor(){
$this->recupererDonneesInitiales();
$this->consulterInfosTaxons();
$fichier = dirname(__FILE__).'/log/verifTaxonsSup.log';
$liste = array();
foreach ($this->donnees_initiales as $nn => $data) {
$nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn]) ? $this->infos_taxon[$nn]['nn_sup'] : '' ;
if (!empty($nn_sup) && !isset($donnees_initiales[$nn_sup])){
$rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ;
while ($rang >= 180) {
if (!empty($nn_sup)) {
if (isset($liste["$nn_sup($rang)"])){
$liste["$nn_sup($rang)"] .= ", $nn";
}else {
$liste["$nn_sup($rang)"] = "$nn";
}
$nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['nn_sup'] : '' ;
$rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ;
}else {
break;
}
}
}
}
$log = "un ascendant (pas forcement l'ascendant directement au dessus) : les descendants contenus dans baseflor \n";
foreach ($liste as $cle => $inferieur){
$log .= "$cle : $inferieur \n";
}
file_put_contents($fichier, $log);
}
public function testEcologieAscendantsDeBaseflor(){
$this->recupererDonneesInitiales();
$this->consulterInfosTaxons();
$fichier = dirname(__FILE__).'/log/verifTaxonsSupEcolo.log';
$liste = array();
foreach ($this->donnees_initiales as $nn => $data) {
$nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn]) ? $this->infos_taxon[$nn]['nn_sup'] : '' ;
if (!empty($nn_sup) && !isset($donnees_initiales[$nn_sup])){
$rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ;
while ($rang >= 180) {
if (!empty($nn_sup)) {
$ecolo = array_values($data);
list($l,$t,$c,$ha,$he,$r,$n,$s,$tx,$mo) = $ecolo;
if (isset($liste["$nn_sup($rang)"])){
$liste["$nn_sup($rang)"] .= ",[{$l['min']}, {$t['min']}, {$c['min']},"
."{$ha['min']}, {$he['min']}, {$r['min']}, {$n['min']}, {$s['min']},"
."{$tx['min']}, {$mo['min']}]";
}else {
$liste["$nn_sup($rang)"] = "[{$l['min']}, {$t['min']}, {$c['min']},"
."{$ha['min']}, {$he['min']}, {$r['min']}, {$n['min']}, {$s['min']},"
."{$tx['min']}, {$mo['min']}]";
}
$nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['nn_sup'] : '' ;
$rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ;
}else {
break;
}
}
}
}
$log = "nn ascendant (pas forcement l'ascendant directement au dessus) :"
." valeurs descendants contenus dans baseflor \n"
."Pour le calcul des valeurs min et max de gauche, les valeurs de droite sont utilisées. \n";
foreach ($liste as $cle => $inferieurs){
$log .= "$cle : $inferieurs \n";
}
file_put_contents($fichier, $log);
}
 
}
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/baseflor/BaseflorVerif.php
New file
0,0 → 1,149
<?php
 
class BaseflorVerif extends VerificateurDonnees {
 
private $type_bio = array();
private $ss_type_bio = array();
private $signes_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
private $signes_nn_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
private $intervalles = array();
private $motifs = array();
 
//obligatoire
public function definirTraitementsColonnes() {
$this->initialiserParametresVerif() ;
if (( $this->colonne_num > 0 && $this->colonne_num < 15 )
|| $this->colonne_num == 16
|| ($this->colonne_num > 18 && $this->colonne_num < 23)
|| $this->colonne_num > 39) {
$this->verifierColonne();
} elseif ($this->colonne_num == 15) {
$this->verifierTypeBio();
} elseif ($this->colonne_num >= 23 && $this->colonne_num <= 32) {
$this->verifierIntervalles($this->colonne_valeur);
} elseif ($this->colonne_num >= 33 && $this->colonne_num < 41) {
$this->verifierValeursIndic();
}
}
private function initialiserParametresVerif() {
$this->type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.typesBio');
$this->ss_type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.sousTypesBio');
$this->signes_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesSeuls');
$this->signes_nn_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesNonSeuls');
$this->intervalles = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.intervalles'));
$this->motifs = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.motifs'));
}
//++---------------------------------traitements des colonnes baseflor------------------------------------++
private function verifierColonne(){
$motif = $this->motifs[$this->colonne_num];
if (preg_match($motif, $this->colonne_valeur) == 0 && $this->verifierSiVide() == false){
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
}
 
private function verifierSiVide(){
$vide = ($this->colonne_valeur == '') ? true : false;
return $vide;
}
 
private function verifierTypeBio(){
if (preg_match("/(.+)\((.+)\)$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1) {
$this->verifierTypeEtSsType($retour[1]);
$this->verifierTypeEtSsType($retour[2]);
} else {
$this->verifierTypeEtSsType($this->colonne_valeur);
}
}
 
private function verifierTypeEtSsType($chaine_a_verif){
if (preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé]+[^\-])$/", $chaine_a_verif, $retour) == 1) {
$type = (isset($retour[3])) ? $retour[3] : $retour[1];
$this->verifierType($type);
 
$sousType = $retour[2];
$this->verifierSousType($sousType);
}
}
 
private function verifierType($type) {
if (in_array($type, $this->type_bio) == false) {
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
}
 
private function verifierSousType($sousType) {
if ($sousType != ''){
$ss_type = explode('-', $sousType);
foreach ($ss_type as $sst) {
if (in_array($sst, $this->ss_type_bio) == false) {
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
}
}
}
 
private function verifierIntervalles($valeur){
if ($valeur != '') {
list($min, $max) = explode('-', $this->intervalles[$this->colonne_num]);
if ($valeur < $min || $valeur > $max){
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
}
}
 
private function verifierValeursIndic(){
if (preg_match("/^([^0-9])*([0-9]+)([^0-9])*$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1){
$this->verifierIntervalles($retour[2]);
if (isset($retour[3]) && in_array($retour[3], $this->signes_nn_seuls) == false){
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
if ($retour[1] != '-' && $retour[1] != ''){
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
} elseif (in_array( $this->colonne_valeur, $this->signes_seuls) == false && $this->verifierSiVide() == false) {
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
}
/*--------------------------------------------OUtils-------------------------------------------*/
private function getParametreTableau($cle) {
$tableau = array();
$parametre = Config::get($cle);
if (empty($parametre) === false) {
$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') !== false && strlen($champ) >= 3) {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$tableau[trim($cle)] = trim($val);
} else {
$tableau[] = trim($champ);
}
}
}
return $tableau;
}
 
private function inverserTableau($tableau) {
$inverse = array();
foreach ($tableau as $cle => $valeurs) {
$valeurs = explode(';', $valeurs);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$inverse[$valeur] = $cle;
}
}
return $inverse;
}
}
 
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/baseflor/log
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+test
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/baseflor/Baseflor.php
New file
0,0 → 1,312
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php baseflor -a chargerTous
*/
class Baseflor extends EfloreScript {
 
private $table = null;
 
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('baseflor');
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerMetadonnees':
$this->chargerMetadonnees();
break;
case 'chargerOntologies' :
$this->chargerOntologies();
break;
case 'verifierFichier' :
$this->verifierFichier();
break;
case 'chargerDonnees' :
$this->chargerDonnees();
break;
case 'genererChamps' :
$this->genererChamps();
break;
case 'chargerTous':
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerMetadonnees();
$this->chargerOntologies();
$this->chargerDonnees();
$this->genererChamps();
$this->insererDonneesBaseflorRangSupEcolo();
$this->insererDonneesIndex();
break;
case 'insererDonneesRangSup' :
$this->insererDonneesBaseflorRangSupEcolo();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
case 'voirRangSup' :
$this->voirRangSup();
break;
case 'voirRangSupEcologie' :
$this->voirRangSupEcologie();
break;
case 'insererDonneesIndex' :
$this->insererDonneesIndex();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
 
//-- traitement de la table baseflorRangSupInsertion --//
 
private function getClasseBaseflorRangSupInsertion() {
$conteneur = new Conteneur();
require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorRangSupInsertion.php";
$rangSupInsert = new BaseflorRangSupInsertion($conteneur, $this->getBdd());
return $rangSupInsert;
}
 
private function insererDonneesBaseflorRangSupEcolo(){
$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
$rangSupInsert->insererDonnees();
}
 
private function voirRangSup(){
$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
$rangSupInsert->testAscendantsDeBaseflor();
}
 
private function voirRangSupEcologie(){
$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
$rangSupInsert->testEcologieAscendantsDeBaseflor();
}
 
 
//-- traitement de la table baseflorIndex --//
 
private function getClasseBaseflorIndex() {
$conteneur = new Conteneur();
require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorIndex.php";
$Index = new BaseflorIndex($conteneur, $this->getBdd());
return $Index;
}
 
private function insererDonneesIndex(){
$Index= $this->getClasseBaseflorIndex();
$Index->insererDonnees();
}
 
 
//-- traitement de la table generer champs --//
 
private function genererChamps(){
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->ajouterChamps();
$this->analyserChampsExistant();
}
 
private function initialiserGenerationChamps() {
$this->table = Config::get('tables.donnees');
}
 
private function ajouterChamps() {
$this->preparerTablePrChpsBDNT();
$this->preparerTablePrChpsNumTaxon();
$this->preparerTablePrChpsNumNomen();
}
 
private function preparerTablePrChpsBDNT() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'BDNT' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD BDNT VARCHAR( 6 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci '.
'NOT NULL AFTER catminat_code ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function preparerTablePrChpsNumTaxon() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxon' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD num_taxon INT( 10 ) NOT NULL '.
'AFTER catminat_code';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function preparerTablePrChpsNumNomen() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_nomen' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD num_nomen INT( 10 ) NOT NULL '.
'AFTER catminat_code';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function analyserChampsExistant() {
$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
foreach ($resultats as $chps) {
$cle = $chps['cle'];
$nno = $chps['num_nomen_originel'];
$nto = $chps['num_taxon_originel'];
 
$valeurs = array();
$valeurs["BDNT"] = $this->genererChpsBDNT($nno, $nto);
$valeurs["num_taxon"] = $this->genererChpsNumTaxon($nto);
$valeurs["num_nomen"] = $this->genererChpsNumNomen($nno);
 
$this->remplirChamps($cle, $valeurs);
 
$this->afficherAvancement("Insertion des valeurs dans la base en cours");
}
echo "\n";
}
 
private function recupererTuplesNumsOriginels(){
$requete = "SELECT cle, num_taxon_originel, num_nomen_originel FROM {$this->table} ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function genererChpsBDNT($nno, $nto) {
$bdnt = '';
if (preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nno, $retour) || preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nto, $retour)){
if ($retour[1]=='A') {
$bdnt = "BDAFX";
} else {
$bdnt = "BDBFX";
}
} elseif (($nno == 'nc') && ($nto == 'nc')) {
$bdnt = "nc";
} else {
$bdnt = "BDTFX";
}
return $bdnt;
}
 
private function genererChpsNumTaxon($nto){
$num_taxon = '';
if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nto, $retour)) {
$num_taxon = intval($retour[1]);
} elseif($nto == 'nc') {
$num_taxon = 0;
} else {
$num_taxon = intval($nto);
}
return $num_taxon;
}
 
private function genererChpsNumNomen($nno) {
$num_nomen = '';
if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nno, $retour)) {
$num_nomen = intval($retour[1]);
} elseif ($nno == 'nc') {
$num_nomen = 0;
} else {
$num_nomen = intval($nno);
}
return $num_nomen;
}
 
private function remplirChamps($cle, $valeurs) {
foreach ($valeurs as $nomChamp => $valeurChamp) {
$valeurChamp = $this->getBdd()->proteger($valeurChamp);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET $nomChamp = $valeurChamp WHERE cle = $cle ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple clé = $cle");
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// chargements, suppression, exécution
 
protected function chargerMetadonnees() {
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.metadonnees'));
$this->executerScriptSql($contenuSql);
}
 
private function chargerOntologies() {
$chemin = Config::get('chemins.ontologies');
$table = Config::get('tables.ontologies');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' "
;
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
protected function chargerStructureSql() {
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
$this->executerScriptSql($contenuSql);
}
 
protected function executerScriptSql($sql) {
$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
foreach ($requetes as $requete) {
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function chargerDonnees() {
$nb_err = $this->verifierFichier();
if ($nb_err > 0) {
$e = "Je ne peux pas charger les données car le fichier comporte des erreurs.".
"Voir le fichier baseflor_verif.txt\n";
throw new Exception($e);
}
 
$table = Config::get('tables.donnees');
$requete = "LOAD DATA INFILE '".Config::get('chemins.donnees')."' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\'";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
// TODO : rajouter une boucle utilisant un parametre de config stockant toutes les versions pour supprimer les tables
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS baseflor_meta, baseflor_ontologies, ".
" baseflor_v2012_03_19, ".
" baseflor_v2012_05_08, baseflor_rang_sup_ecologie_v2012_05_08, baseflor_index_v2012_05_08, ".
" baseflor_v2012_12_31, baseflor_rang_sup_ecologie_v2012_12_31 ";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
//++------------------------------------verifierFichier------------------------------------------++//
 
private function getClasseBaseflorVerif() {
$conteneur = new Conteneur();
require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorVerif.php";
$verif = new BaseflorVerif($conteneur,'baseflor');
return $verif;
}
 
private function verifierFichier() {
$verif = $this->getClasseBaseflorVerif();
$nb_erreurs = $verif->verifierFichier(Config::get('chemins.donnees'));
return $nb_erreurs;
}
 
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/osm/carto-osm-cron
New file
0,0 → 1,22
#!/bin/bash
#
# Mohcen BENMOUNAH & Jean-Pascal MILCENT [19 juillet 2011]
# /etc/init.d/carto-osm : demarage/arrete/etat du cron de l'integration des donnees OSM pour le Geocodage Inverse (carto-osm)
# Lancement toutes les semaines le samedi matin après 3h00
 
while true
do
JOUR=$(date "+%u")
HEURE=$(date "+%H")
# Si nous sommes samedi (=6) et après 3 heures du matin
if [ $JOUR -eq 6 ] && [ $HEURE -gt 3 ] ; then
logger "Lancement script carto-osm-maj.sh"
sudo -u telabotap /usr/local/sbin/carto-osm-maj.sh
logger "Arret script carto-osm-maj.sh"
# Nous retenterons de vérifier jour et heure dans 6 jours
sleep 6d
else
# Tentative toutes les 2h de vérification du jour et de l'heure
sleep 2h
fi
done
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/osm/MiseAJour.php
New file
0,0 → 1,397
<?php
/**
* Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M cli.php osm/mise_a_jour -a MAJ -f fichier_osm_a_analyser
*/
class MiseAjour extends Script {
private $communes = array();
private $relations_communes = array();
private $relation_a_chemins = array();
private $chemin_a_noeuds = array();
private $noeuds = array();
private $pas = 10000;
private $pas_commune = 1000;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-f' => array(true, null, 'Chemin du fichier osm à analyser'));
 
public function executer() {
$this->bdd = new Bdd();
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'MAJ' :
$this->MettreAjour();
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
 
 
/**
* Fonction permettant de traiter et d'analyser le fichier de différence et de mettre à jour la base de données
* en tenant compte des trois cas:Suppression, Création ,modification
*/
private function MettreAjour() {
$lecteur = new XMLReader();
if ($lecteur->open($this->getParametre('f'))) {
$dom = new DomDocument();
while ($lecteur->read()) {
if ($lecteur->nodeType == XMLREADER::ELEMENT) {
if ($lecteur->localName == 'create') {
$creations = $lecteur->expand();
$this-> analyserCreations($creations);
}
if ($lecteur->localName == 'modify') {
$modifications = $lecteur->expand();
$this-> analyserModifications($modifications);
}
if ($lecteur->localName == 'delete') {
$suppressions = $lecteur->expand();
$this-> analyserSuppressions($suppressions);
}
}
}
} else {
$e = "Impossible d'ouvrir le fichier osm : %s";
$this->traiterErreur($e, array($this->getParametre('f')));
}
}
 
/**
* Fonction permettant le traitement du cas création concernant les relations, ways et les noeuds.
*/
private function analyserCreations($creations) {
$relations = $creations->getElementsByTagName('relation');
foreach ($relations as $relation) {
$this-> analyserRelation($relation);
if (count($this->relation_a_chemins) > $this->pas) {
$this->insererRelationAChemins();
}
if (count($this->relations_communes) > $this->pas_commune) {
$this->insererRelationsCommunes();
}
}
$ways = $creations->getElementsByTagName('way');
foreach ($ways as $way) {
$this->analyserWay($way);
if (count($this->chemin_a_noeuds) > $this->pas) {
$this->insererCheminANoeuds();
}
}
$noeuds = $creations->getElementsByTagName('node');
foreach ($noeuds as $noeud) {
$this->analyserNode($noeud);
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
$this->insererNoeuds();
}
}
$this->insererRelationsCommunes();
$this->insererRelationAChemins();
$this->insererCheminANoeuds();
$this->insererNoeuds();
}
 
/**
* Fonction permettant le traitement du cas modification concernant les relations, ways et les noeuds.
*/
private function analyserModifications($modifications) {
$relations = $modifications->getElementsByTagName('relation');
foreach ($relations as $relation) {
$this-> analyserRelation($relation);
if (count($this->relation_a_chemins) > $this->pas) {
$this->modifierRelationAChemins();
}
if (count($this->relations_communes) > $this->pas_commune) {
$this->modifierRelationsCommunes();
}
}
$ways = $modifications->getElementsByTagName('way');
foreach ($ways as $way) {
$this->analyserWay($way);
if (count($this->chemin_a_noeuds) > $this->pas) {
$this->modifierCheminANoeuds();
}
}
$noeuds = $modifications->getElementsByTagName('node');
foreach ($noeuds as $noeud) {
$this->analyserNode($noeud);
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
$this->modifierNoeuds();
}
}
$this->modifierRelationsCommunes();
$this->modifierRelationAChemins();
$this->modifierCheminANoeuds();
$this->modifierNoeuds();
}
 
/**
* Fonction permettant le traitement du cas suppression concernant les relations, ways et les noeuds.
*/
private function analyserSuppressions($suppressions) {
$relations = $suppressions->getElementsByTagName('relation');
foreach ($relations as $relation) {
$this-> analyserRelation($relation);
if (count($this->relation_a_chemins) > $this->pas) {
$this->supprimerRelationAChemins();
}
if (count($this->relations_communes) > $this->pas_commune) {
$this->supprimerRelationsCommunes();
}
}
$ways = $suppressions->getElementsByTagName('way');
foreach ($ways as $way) {
$this->analyserWay($way);
if (count($this->chemin_a_noeuds) > $this->pas) {
$this->supprimerCheminANoeuds();
}
}
$noeuds = $suppressions->getElementsByTagName('node');
foreach ($noeuds as $noeud) {
$this->analyserNode($noeud);
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
$this->supprimerNoeuds();
}
}
$this->supprimerRelationsCommunes();
$this->supprimerRelationAChemins();
$this->supprimerCheminANoeuds();
$this->supprimerNoeuds();
}
 
 
/**
* Récupère l'id commune, nom commune et le code INSEE et remplie la table `osm_relations`
*/
private function analyserRelation($relation) {
$relation_id = $this->proteger($relation->getAttribute('id'));
$chemins = $relation->getElementsByTagName('member');
foreach ($chemins as $chemin) {
if ($chemin->getAttribute('type') == 'way') { //écarter le noeud centrale
$chemin_id = $this->proteger($chemin->getAttribute('ref'));
$role = $this->proteger($chemin->getAttribute('role'));//role: null, inner, outer, exclave et enclave.
$this->relation_a_chemins[] = array($relation_id, $chemin_id, $role);
}
}
$commune_nom = null;
$commune_insee = null;
$tags = $relation->getElementsByTagName('tag');
foreach ($tags as $tag) {
$tag_cle = $tag->getAttribute('k');
$tag_val = $tag->getAttribute('v');
switch ($tag_cle) {
case 'name' :
$commune_nom = $this->proteger($tag_val);
break;
case 'ref:INSEE' :
$commune_insee = $this->proteger($tag_val);
break;
}
if (!is_null($commune_nom) && !is_null($commune_insee)) {
$this->relations_communes[] = array($relation_id, $commune_nom, $commune_insee);
if (!isset($this->communes[$commune_insee])) {
$this->communes[$commune_insee] = $relation_id;
} else {
$e = "La relation #%s contient déjà le tag ref:INSEE avec la valeur %s.".
"Veuillez corriger la carte OSM.";
$this->traiterErreur($e, array($this->communes[$commune_insee], $commune_insee, $relation_id));
}
break;
}
}
}
 
/**
* Récupère l'id_way et tous les id_node de chaque way et remplie la table `osm_chemin_a_noeuds`
*/
private function analyserWay($way) {
$chemin_id = $this->proteger($way->getAttribute('id'));
$ordre = 0;
$noeuds = $way->getElementsByTagName('nd');
$chemin_a_noeuds = array();
foreach ($noeuds as $noeud) {
$noeud_id = $this->proteger($noeud->getAttribute('ref'));
$ordre++;
$this->chemin_a_noeuds[] = array($chemin_id, $noeud_id, $ordre);
}
}
 
/**
* Fonction qui récupère tous les l'id_node et les valeurs(Lat/Lon) correspondantes et remplie la table `osm_noeuds`
*/
private function analyserNode($node) {
$noeud_id = $this->proteger($node->getAttribute('id'));
$lat = $this->proteger($node->getAttribute('lat'));
$lon = $this->proteger($node->getAttribute('lon'));
$this->noeuds[] = array($noeud_id, $lat, $lon);
}
 
//Insertion des relations
private function insererRelationsCommunes() {
$requete = 'INSERT INTO osm_relations (id_relation, nom, code_insee) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relations_communes);
$this->inserer($requete);
$this->relations_communes = array();
}
 
//Insertion des relations à chemins
private function insererRelationAChemins() {
$requete = 'INSERT INTO osm_relation_a_chemins (id_relation, id_chemin, role) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relation_a_chemins);
$this->inserer($requete);
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
//Insertion des chemins à noeuds
private function insererCheminANoeuds() {
$requete = 'INSERT INTO osm_chemin_a_noeuds (id_chemin, id_noeud, ordre) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->chemin_a_noeuds);
$this->inserer($requete);
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
//Insertion des noeuds
private function insererNoeuds() {
$requete = 'INSERT INTO osm_noeuds (id_noeud, lat, `long`) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->noeuds);
$this->inserer($requete);
$this->noeuds = array();
}
 
//Update des relations
private function modifierRelationsCommunes() {
$donnees = $this->relations_communes;
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'UPDATE osm_relations '.
"SET id_relation = $donnee[0], nom = $donnee[1], code_insee = $donnee[2] ".
"WHERE id_relation = $donnee[0]";
$this->inserer($requete);
}
$this->relations_communes = array();
}
 
/*
*Update des relations à chemins en supprimant l'ancienne relation et tous ses chemins
*de la table osm_relation_a_chemins et insérer la nouvelle
*/
private function modifierRelationAChemins() {
$relations_a_chemins_a_supp = array();
$donnees = $this->relation_a_chemins;
foreach ($donnees as $donnee) {
$relations_a_chemins_a_supp[] = $donnee[0];
}
$values_chaine = '('.implode(',',array_unique($relations_a_chemins_a_supp)).')';
$requete = 'DELETE FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation IN $values_chaine";
$this->inserer($requete);
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'INSERT INTO osm_relation_a_chemins (id_relation, id_chemin, role) '.
"VALUES ($donnee[0], $donnee[1], $donnee[2]);";
$this->inserer($requete);
}
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
/*
*Update des chemins à noeuds en supprimant l'ancien chemin et tous ses noeuds
*de la table osm_chemins_a_noeuds et insérer le nouveau
*/
private function modifierCheminANoeuds() {
$chemin_a_noeuds_a_supp = array();
$donnees = $this->chemin_a_noeuds;
foreach ($donnees as $donnee) {
$chemin_a_noeuds_a_supp[] = $donnee[0];
}
$values_chaine = '('.implode(',',array_unique($chemin_a_noeuds_a_supp)).')';
$requete = 'DELETE FROM osm_chemin_a_noeuds '.
"WHERE id_chemin IN $values_chaine";
$this->inserer($requete);
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'INSERT INTO osm_chemin_a_noeuds (id_chemin, id_noeud, ordre) '.
"VALUES ($donnee[0], $donnee[1], $donnee[2]);";
$this->inserer($requete);
}
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
 
//Update des noeuds
private function modifierNoeuds() {
$donnees = $this->noeuds;
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'UPDATE osm_noeuds '.
"SET id_noeud = $donnee[0], lat = $donnee[1], `long` = $donnee[2] ".
"WHERE id_noeud = $donnee[0]";
$this->inserer($requete);
}
$this->noeuds = array();
}
 
 
//Suppressions des relations
private function supprimerRelationsCommunes() {
$donnees = $this->relations_communes;
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'DELETE FROM osm_relations '.
"WHERE id_relation = $donnee[0]";
$this->inserer($requete);
}
$this->relations_communes = array();
}
 
//Suppressions des relations à chemins
private function supprimerRelationAChemins() {
$donnees = $this->relations_communes;
foreach ($donnees as $donnee) {
$donnees = $this->relation_a_chemins;
$requete = 'DELETE FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $donnee[0]";
$this->inserer($requete);
}
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
//Suppressions des chemins à noeuds
private function supprimerCheminANoeuds() {
$donnees = $this->chemin_a_noeuds;
foreach ($donnees as $donnee) {
$donnees = $this->relation_a_chemins;
$requete = 'DELETE FROM osm_chemin_a_noeuds '.
"WHERE id_chemin = $donnee[0]";
$this->inserer($requete);
}
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
//Suppressions des chemins à noeuds
private function supprimerNoeuds() {
$donnees = $this->noeuds;
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'DELETE FROM osm_noeuds '.
"WHERE id_noeud = $donnee[0]";
$this->inserer($requete);
}
$this->noeuds = array();
}
 
private function inserer($requete) {
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
private function proteger($chaine) {
return $this->bdd->proteger($chaine);
}
 
private function creerValuesMultiple($donnees) {
$values = array();
foreach ($donnees as $donnee) {
$values[] = implode(',', $donnee);
}
$values_chaine = '('.implode('),(', $values).')';
return $values_chaine;
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/osm/carto-osm
New file
0,0 → 1,41
#!/bin/sh
#/etc/rc.d/init.d/
#
# Jean-Pascal MILCENT & Mohcen BENMOUNAH [19 juillet 2011]
# Service de lancement des scripts d'integration des donnees OSM pour le service de Geocadage Inverse
#
case "$1" in
 
start)
 
echo "Demarrage de carto-osm-cron :"
nohup /usr/local/sbin/carto-osm-cron 1>/dev/null 2>/dev/null &
 
;;
 
stop)
 
echo "Arret de carto-osm-cron"
PID=`ps -eaf | grep carto-osm-cron | grep -v grep | tr -s ' ' | cut -d' ' -f2 | head -n1`
kill -9 ${PID}
 
;;
 
status)
 
echo -n "Voici les PID du processus carto-osm-cron :"
PID=`ps -eaf | grep carto-osm-cron | grep -v grep | tr -s ' ' | cut -d' ' -f2 | head -n1`
echo ${PID}
 
;;
 
 
*)
 
echo "Usage: {start|stop|status}"
 
exit 1
 
;;
 
esac
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/osm/ParseurOsm.php
New file
0,0 → 1,667
<?php
/**
* Exemple de lancement du script :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm/parseur_osm -a compter -f "/home/jpm/Stockage/osm/languedoc-roussillon-communes.osm"
*
*/
class ParseurOsm extends Script {
 
private $communes = array();
private $relations_communes = array();
private $relation_a_chemins = array();
private $chemin_a_noeuds = array();
private $noeuds = array();
private $pas = 10000;
private $pas_commune = 1000;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-f' => array(true, null, 'Chemin du fichier osm à analyser'),
'-m' => array(false, 'auto', 'Mode «auto» ou «manuel». En manuel, les compteurs dans les boucles sont affichés.'));
 
public function executer() {
$this->bdd = new Bdd();
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'analyser' :
$this->lireFichierOsm();
break;
case 'ordre' :
$this->ordonnerWays();
break;
case 'polygone' :
$this->remplirPolygone();
break;
case 'zero' :
$this->remettreOrdreAZero();
break;
case 'ordonnerPolygoneInc' :
$this->relationsPolygoneIncomplet(1, 0);
break;
case 'remplirPolygoneInc' :
$this->remplirCommunesPolygoneIncomplet();
break;
case 'renommer' :
$this->renommerEnPolygoneIncomplet();
break;
case 'centre' :
$this->centroid();
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
 
 
/**
* Lit le fichier OSM et lance l'analyse des noeuds xml en fonction de leur type.
*/
private function lireFichierOsm() {
$lecteur = new XMLReader();
if ($lecteur->open($this->getParametre('f'))) {
$dom = new DomDocument();
while ($lecteur->read()) {
if ($lecteur->nodeType == XMLREADER::ELEMENT) {
if ($lecteur->localName == 'relation') {
$relation = $lecteur->expand();
$this->analyserRelation($relation);
 
if (count($this->relation_a_chemins) > $this->pas) {
$this->insererRelationAChemins();
}
if (count($this->relations_communes) > $this->pas_commune) {
$this->insererRelationsCommunes();
}
} else if ($lecteur->localName == 'way') {
$way = $lecteur->expand();
$this->analyserWay($way);
 
if (count($this->chemin_a_noeuds) > $this->pas) {
$this->insererCheminANoeuds();
}
} else if ($lecteur->localName == 'node') {
$node = $lecteur->expand();
$this->analyserNode($node);
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
$this->insererNoeuds();
}
}
}
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
$this->insererNoeuds();
$this->insererCheminANoeuds();
}
if ($this->getParametre('m') == 'manuel') {
$this->afficherAvancement("Analyse de la ligne du fichier OSM : ", 1);
}
}
$this->insererRelationsCommunes();
$this->insererRelationAChemins();
$this->insererCheminANoeuds();
$this->insererNoeuds();
} else {
$e = "Impossible d'ouvrir le fichier osm : %s";
$this->traiterErreur($e, array($this->getParametre('f')));
}
}
 
/**
* Récupère l'id commune, nom commune et le code INSEE et remplie la table `CommuneOSM`
*/
private function analyserRelation($relation) {
$relation_id = $this->proteger($relation->getAttribute('id'));
$chemins = $relation->getElementsByTagName('member');
foreach ($chemins as $chemin) {
if ($chemin->getAttribute('type') == 'way') { //écarter le noeud centrale
$chemin_id = $this->proteger($chemin->getAttribute('ref'));
$role = $this->proteger($chemin->getAttribute('role'));//role: null, inner, outer, exclave et enclave.
$this->relation_a_chemins[] = array($relation_id, $chemin_id, $role);
}
}
$commune_nom = null;
$commune_insee = null;
$tags = $relation->getElementsByTagName('tag');
foreach ($tags as $tag) {
$tag_cle = $tag->getAttribute('k');
$tag_val = $tag->getAttribute('v');
switch ($tag_cle) {
case 'name' :
$commune_nom = $this->proteger($tag_val);
break;
case 'ref:INSEE' :
$commune_insee = $this->proteger($tag_val);
break;
}
if (!is_null($commune_nom) && !is_null($commune_insee)) {
$this->relations_communes[] = array($relation_id, $commune_nom, $commune_insee);
if (!isset($this->communes[$commune_insee])) {
$this->communes[$commune_insee] = $relation_id;
} else {
$e = "La relation #%s contient déjà le tag ref:INSEE avec la valeur %s.".
"Veuillez corriger la carte OSM.";
$this->traiterErreur($e, array($this->communes[$commune_insee], $commune_insee, $relation_id));
}
break;
}
}
}
 
/**
* Récupère l'id_way et tous les id_node de chaque way et remplie la table `osm_chemin_a_noeuds`
*/
private function analyserWay($way) {
$chemin_id = $this->proteger($way->getAttribute('id'));
$ordre = 0;
$noeuds = $way->getElementsByTagName('nd');
$chemin_a_noeuds = array();
foreach ($noeuds as $noeud) {
$noeud_id = $this->proteger($noeud->getAttribute('ref'));
$ordre++;
$this->chemin_a_noeuds[] = array($chemin_id, $noeud_id, $ordre);
}
}
 
/**
* Fonction qui récupère tous les l'id_node et les valeurs(Lat/Lon) correspondantes et remplie la table `osm_noeuds`
*/
private function analyserNode($node) {
$noeud_id = $this->proteger($node->getAttribute('id'));
$lat = $this->proteger($node->getAttribute('lat'));
$lon = $this->proteger($node->getAttribute('lon'));
$this->noeuds[] = array($noeud_id, $lat, $lon);
}
 
private function insererRelationsCommunes() {
$requete = 'INSERT INTO osm_relations (id_relation, nom, code_insee) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relations_communes);
$this->inserer($requete);
$this->relations_communes = array();
}
 
private function insererRelationAChemins() {
$requete = 'INSERT INTO osm_relation_a_chemins (id_relation, id_chemin, role) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relation_a_chemins);
$this->inserer($requete);
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
private function insererCheminANoeuds() {
$requete = 'INSERT INTO osm_chemin_a_noeuds (id_chemin, id_noeud, ordre) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->chemin_a_noeuds);
$this->inserer($requete);
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
private function insererNoeuds() {
$requete = 'INSERT INTO osm_noeuds (id_noeud, lat, `long`) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->noeuds);
$this->inserer($requete);
$this->noeuds = array();
}
 
/**
* Fonction qui rajoute l'ordre et le sens de chaque way d'une relation dans la table `osm_relation_a_chemins`
* ALGO:
* -On fait un select de toutes les ways d'une relation.
* -On fait un count sur le tableau ways resutlant.
* -On met l'ordre du premier Way à 0.
* -On met : Actuelway = id_premier_way
* -Select dans table nodes, les nodes du way actuel
* -On prend le dernier noeud
* -On met : ActuelNoeud = id_dernier_noeud
* -Boucle for (i = 0; i < count(tabeau_way); i++) { sur le nombre de ways
* -On sélectionne id_way suivant qui contient le dernier_noeud du précédent
* (En écartant l'id_way déja existant )
* -On recherche les noeuds du nouveau way
* -On teste sur les extrémités du way précédent(dernier noeud) et suivant(premier noeud)
* -si égalité: $nombrePolygone=1;
* -sens:directe
* -ordre++
* -ActuelNoeud = id_dernier_noeud
* sinon
* -sens:indirecte
* -ordre++
* -ActuelNoeud = id_premier_noeud
* }
*/
private function ordonnerWays() {
$requete = 'SELECT DISTINCT id_relation '.
'FROM osm_relation_a_chemins ';
$relations = $this->bdd->recupererTous($requete);
foreach ($relations as $relation) {
$idRelation = $relation['id_relation'];
$requete = 'SELECT id_chemin '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation";
$ways = $this->bdd->recupererTous($requete);
$nombreWays = count($ways);
// premier élément du tableau
$idPremierWay = $ways[0]['id_chemin'];
$wayActuel = $idPremierWay;
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
'SET ordre = 0, sens = "directe" '.
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND id_chemin = $wayActuel ";
$this->inserer($requete);
// selection dernier noeud
$requete = 'SELECT id_noeud '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds '.
"WHERE id_chemin = $wayActuel ORDER BY ordre";
$nodes = $this->bdd->recupererTous($requete);
$nombreNodes = count($nodes);
$dernierNoeud = $nodes[$nombreNodes - 1]['id_noeud'];
$noeudActuel = $dernierNoeud;
for ($ordre = 1; $ordre < $nombreWays; $ordre++) {
//selectionner le way qui possède le dernier noeud du précédent way et écarter l'actuel
$requete = 'SELECT WN.id_chemin '.
'FROM osm_relation_a_chemins AS RW LEFT JOIN osm_chemin_a_noeuds AS WN ON (RW.id_chemin = WN.id_chemin) '.
"WHERE WN.id_noeud = $noeudActuel ".
"AND WN.id_chemin != $wayActuel ".
"AND RW.id_relation = $idRelation ";
$ways = $this->bdd->recupererTous($requete);
if (isset($ways[0])) {
$wayActuel = $ways[0]['id_chemin'];
$requete = 'SELECT id_noeud '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds '.
"WHERE id_chemin = $wayActuel ORDER BY ordre ";
$nodes = $this->bdd->recupererTous($requete);
$nombreNodes = count($nodes);
if ( strcmp($nodes[0]['id_noeud'], $noeudActuel ) == 0 ) {
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET ordre = '$ordre', sens = 'directe' ".
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND id_chemin = $wayActuel ";
$this->inserer($requete);
$noeudActuel = $nodes[$nombreNodes-1]['id_noeud'];
} else {
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET ordre = '$ordre', sens = 'indirecte' ".
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND id_chemin = $wayActuel";
$this->inserer($requete);
$noeudActuel = $nodes[0]['id_noeud'];
}
}
}
}
}
 
/**
* Fonction qui parcourt tous les ways les noeuds de chaque relation en prenant en considération l'ordre et
* le sens de chaque ways concaténés ensemble(séparés par des virgules). Update du champ polygone de chaque
* relation dans la table `osm_relations`
*/
private function remplirPolygone() {
$polygone = array();
$idNodes = array();
$String = '';
$requete = 'SELECT id_relation, nom, code_insee FROM osm_relations ';
$relations = $this->bdd->recupererTous($requete);
foreach ($relations as $relation) {
$idCommune = $relation['id_relation'];
$nomCommune = $relation['nom'];
$INSEE = $relation['code_insee'];
$requete = 'SELECT id_chemin FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idCommune ".
'ORDER BY ordre';
$ways = $this->bdd->recupererTous($requete);
foreach ($ways as $way) {
$idWay = $way['id_chemin'];
$requeteSensWay= "SELECT sens FROM osm_relation_a_chemins WHERE id_relation = $idCommune
AND id_chemin = $idWay";
$sens = $this->bdd->recupererTous($requeteSensWay);
$requeteNodes = "SELECT id_noeud FROM osm_chemin_a_noeuds WHERE id_chemin= $idWay ORDER BY ordre ";
$nodes = $this->bdd->recupererTous($requeteNodes);
if($sens[0]['sens'] == "directe") {
foreach ($nodes as $node) {
$idNodes[] = $node['id_noeud'];
}
$noeuds = implode(", ", $idNodes);
//requête IN qui gère l'ordre des noeuds de chaque way (CAS ASC)
$requeteLatitudeLongitude = 'SELECT NLL.id_noeud, NLL.lat, NLL.`long` '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds WN, osm_noeuds NLL '.
"WHERE NLL.id_noeud IN ($noeuds) ".
'AND WN.id_noeud = NLL.id_noeud '.
"AND WN.id_chemin = $idWay ORDER BY WN.ordre ASC";
unset($noeuds);
unset($idNodes);
$LatLons = $this->bdd->recupererTous($requeteLatitudeLongitude);
foreach ($LatLons as $LatLon) {
$Latitude = $LatLon['lat'];
$Longitude = $LatLon['long'];
$String = "$Latitude $Longitude";
$polygone[] = $String;
}
} else {
foreach ($nodes as $node) {
$idNodes[] = $node['id_noeud'];
}
$noeuds = implode(", ", $idNodes);
//requête IN qui gère l'ordre des noeuds de chaque way (CAS DESC)
$requeteLatitudeLongitude = 'SELECT NLL.id_noeud, NLL.lat, NLL.`long` '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds WN ,osm_noeuds NLL '.
"WHERE NLL.id_noeud IN ($noeuds) ".
'AND WN.id_noeud = NLL.id_noeud '.
"AND WN.id_chemin = $idWay ORDER BY WN.ordre DESC";
unset($noeuds);
unset($idNodes);
$LatLons = $this->bdd->recupererTous($requeteLatitudeLongitude);
foreach ($LatLons as $LatLon) {
$Latitude = $LatLon['lat'];
$Longitude = $LatLon['long'];
$String = "$Latitude $Longitude";
$polygone[] = $String;
}
}
}
$this->etatPolygone($polygone, $idCommune, $nomCommune, $INSEE);
unset($separationVirgule);
unset($requeteNodes);
unset($String);
unset($polygone);
}
}
 
private function etatPolygone($polygone, $idCommune, $nomCommune, $INSEE) {
$separationVirgulePolygone = implode(', ', $polygone);
$nomCommuneProtege = $this->bdd->proteger($nomCommune);
$InseeProtege = $this->bdd->proteger($INSEE);
if ($polygone[0] == $polygone[count($polygone)-1]) { //test sur début et fin du polygone
//requête replace pour gérer la mise à jour à la suite
$requete = 'REPLACE INTO osm_communes (id_relation, nom, code_insee, polygon, note ) '.
"VALUES ($idCommune, $nomCommuneProtege, $InseeProtege, ".
"POLYFROMTEXT('MULTIPOLYGON ((($separationVirgulePolygone)))'),'Polygone complet');";
} else {
$requete = 'REPLACE INTO osm_communes (id_relation, nom, code_insee, polygon, note ) '.
"VALUES ($idCommune, $nomCommuneProtege, $InseeProtege, ".
"POLYFROMTEXT('MULTIPOLYGON ((($separationVirgulePolygone)))'),'Polygone incomplet');";
}
$this->inserer($requete);
}
 
//Fonction qui remet à zéro l'ordre des ways des communes des polygones incomplets fait précédement
private function remettreOrdreAZero() {
$requeteRelations = "SELECT id_relation FROM osm_communes WHERE note LIKE 'Polygone incomplet'";
$relations = $this->bdd->recupererTous($requeteRelations);
foreach ($relations as $relation) {
$idRelation = $relation['id_relation'];
$requeteWays = "SELECT id_chemin FROM osm_relation_a_chemins WHERE id_relation= $idRelation";
$ways = $this->bdd->recupererTous($requeteWays);
foreach ($ways as $way) {
$idWay = $way['id_chemin'];
$this-> inserer('UPDATE osm_relation_a_chemins SET ordre = NULL '.
"WHERE id_relation = $idRelation AND id_chemin = $idWay ;");
}
}
 
}
 
/**
* Fonction qui récupère les relations des polygones incomplets et appelle pour chaque relation la fonction
* ordonnerPolygoneIncomplet($ordre,$tour,$idRelation,$nombrePolygone)
*/
private function relationsPolygoneIncomplet($ordre, $tour) {
$nombrePolygone = 1;
$requeteRelations = "SELECT id_relation FROM osm_communes WHERE note LIKE 'Polygone incomplet'";
$relations = $this->bdd->recupererTous($requeteRelations);
foreach ($relations as $relation) {
$nombrePolygone = 1;
$idRelation = $relation['id_relation'];
$this->ordonnerPolygoneIncomplet($ordre,$tour,$idRelation,$nombrePolygone);
}
}
 
/**
* Fonction récursive qui exécute la même tâche que la fonction ordonnerWays() pour chaque polygone d'un
* multipolygone et remplie le champ NbPoly dans la table `osm_relation_a_chemins` qui correspond au nombre de polygone fermé
* dans le multipolygone
*/
private function ordonnerPolygoneIncomplet($ordre, $tour, $idRelation, $nombrePolygone) {
$requeteWays = 'SELECT id_chemin FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation AND ordre = 'NULL'";
$ways = $this->bdd->recupererTous($requeteWays);
$tempWays = $ways;
$nombreWays = count($ways);
// premier élément du tableau
$idPremierWay = $ways[0]['id_chemin'];
$wayActuel = $idPremierWay;
$this-> inserer('UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET ordre = $ordre, sens = 'directe', nbre_poly = $nombrePolygone ".
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND id_chemin = $wayActuel ;");
//selection dernier noeud
$requeteNodes = "SELECT id_noeud FROM osm_chemin_a_noeuds WHERE id_chemin = $wayActuel ORDER BY ordre;";
$nodes = $this->bdd->recupererTous($requeteNodes);
$nombreNodes = count($nodes);
$premierNoeud = $nodes[0]['id_noeud'];
$dernierNoeud = $nodes[$nombreNodes-1]['id_noeud'];
$noeudActuel = $dernierNoeud;
$tour++;
//Condition pour laquelle la boucle while continue à tourner; tant que le premier noeud du polygone n'est
//égale au dernier et tant qu'il reste des ways à gérer
while (($premierNoeud != $noeudActuel) && (($ordre % 1000) < count($tempWays))) {
//select le way qui possède le dernier noeud du précédent way et écarter l'actuel
$nombrePolygone;
$ordre++;
//select des ways qui n'ont pas été ordonnés: on obtient à chaque itération les ways qui restent à ordonner
$requeteWays = 'SELECT WN.id_chemin FROM (osm_chemin_a_noeuds WN, osm_relation_a_chemins RW) '.
"WHERE WN.id_noeud = $noeudActuel AND WN.id_chemin != $wayActuel ".
"AND RW.id_chemin = WN.id_chemin AND RW.id_relation = $idRelation ".
"AND RW.ordre = 'NULL' ;";
$ways = $this->bdd->recupererTous($requeteWays);
 
if (isset($ways[0])) {
$wayActuel = $ways[0]['id_chemin'];
$requeteNodes = "SELECT id_noeud FROM osm_chemin_a_noeuds WHERE id_chemin = $wayActuel ORDER BY ordre;";
$nodes = $this->bdd->recupererTous($requeteNodes);
$nombreNodes = count($nodes);
if (strcmp($nodes[0]['id_noeud'], $noeudActuel ) == 0) {
$this-> inserer("UPDATE osm_relation_a_chemins SET ordre = '$ordre', sens = 'directe', ".
"nbre_poly = $nombrePolygone ".
"WHERE osm_relation_a_chemins.id_relation = $idRelation ".
"AND osm_relation_a_chemins.id_chemin = $wayActuel");
$noeudActuel = $nodes[$nombreNodes-1]['id_noeud'];
} else {
$this-> inserer('UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET ordre = '$ordre', sens = 'indirecte', ".
"nbre_poly = $nombrePolygone ".
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND id_chemin = $wayActuel");
$noeudActuel = $nodes[0]['id_noeud'];
}
}
}
$ordre = 1000 * $tour; //différencier chaque polygone: pour chaque polygone on a un multiple de mille
$requeteCount = "SELECT ordre FROM osm_relation_a_chemins WHERE id_relation = $idRelation AND ordre = 0";
$count = $this->bdd->recupererTous($requeteCount);
if ((count($count)) != 0) { // s'ils en restent des ways à gérer
$nombrePolygone++;
//appelle de la fonction récursive
$this->ordonnerPolygoneIncomplet($ordre, $tour, $idRelation, $nombrePolygone);
}
}
 
/**
* Fonction qui récupère les relations des polygones incomplets et appelle pour chaque relation la fonction
* remplirPolygoneIncomplet($idRelation);
*/
private function remplirCommunesPolygoneIncomplet() {
$nombrePolygone = 1;
$requeteRelations = "SELECT id_relation FROM osm_communes WHERE note LIKE 'Polygone incomplet'";
$relations = $this->bdd->recupererTous($requeteRelations);
foreach ($relations as $relation) {
$idRelation = $relation['id_relation'];
$this->remplirPolygoneIncomplet($idRelation);//appel de la fonction avec comme paramètre ID-commune
}
}
 
/**
* Fonction qui exécute la même tâche que la fonction remplirPolygone() pour chaque polygone d'un multipolygone
* et renvoie un tableau MultiPolygone[] où chaque case contient un polygone fermé et appelle la fonction
* etatMultiPolygone($multiPolygone, $idCommune) qui remplie le Multipolygone de la commune correspondante
*/
private function remplirPolygoneIncomplet($idCommune) {
$polygone = array();
$multiPolygone = array();//tableau multipolygone qui contient tous les polygones d'un multipolygone
$idNodes = array();
$roles = array();//tableau roles qui contient les roles des ways
$String = "";
//sélectionner le nombre de polygones qui existe dans un multipolygone
$requete = 'SELECT MAX(nbre_poly) AS nbre_poly '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idCommune";
$nombrePolygone = $this->bdd->recupererTous($requete);
$nbPoly = $nombrePolygone[0]['nbre_poly'];
for ($tour = 1; $tour <= $nbPoly; $tour++) {//boucle for qui parcourt chaque polygone du multipolygone
$requeteWays = 'SELECT id_chemin FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idCommune ".
"AND nbre_poly = $tour ORDER BY ordre";
$ways = $this->bdd->recupererTous($requeteWays);
foreach ($ways as $way) {
$idWay = $way['id_chemin'];
$requeteSensWay = 'SELECT sens FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idCommune ".
"AND id_chemin = $idWay";//sélection de l'orientation du way
$sens= $this->bdd->recupererTous($requeteSensWay);
$requeteNodes = "SELECT id_noeud FROM osm_chemin_a_noeuds WHERE id_chemin= $idWay ORDER BY ordre";
$nodes = $this->bdd->recupererTous($requeteNodes);
if ($sens[0]['sens'] == "directe") {//test sur le sens des ways
foreach ($nodes as $node) {
$idNodes[] = $node['id_noeud'];
}
$noeuds = implode(", ", $idNodes);
//requête IN qui gère l'ordre des noeuds de chaque way (CAS ASC)
$requeteLatitudeLongitude = 'SELECT NLL.id_noeud, NLL.lat, NLL.`long` '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds WN, osm_noeuds NLL '.
"WHERE NLL.id_noeud IN ($noeuds) ".
'AND WN.id_noeud = NLL.id_noeud '.
"AND WN.id_chemin= $idWay ORDER BY WN.ordre ASC";
unset($noeuds);
unset($idNodes);
$LatLons = $this->bdd->recupererTous($requeteLatitudeLongitude);
foreach ($LatLons as $LatLon) {
$Latitude = $LatLon['lat'];
$Longitude = $LatLon['long'];
$String = "$Latitude $Longitude";
$polygone[] = $String;
}
} else {
foreach ($nodes as $node) {
$idNodes[] = $node['id_noeud'];
}
$noeuds = implode(", ", $idNodes);
//requête IN qui gère l'ordre des noeuds de chaque way (CAS DESC)
$requeteLatitudeLongitude = 'SELECT NLL.id_noeud, NLL.lat, NLL.`long` '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds WN, osm_noeuds NLL '.
"WHERE NLL.id_noeud IN ($noeuds) ".
'AND WN.id_noeud = NLL.id_noeud '.
"AND WN.id_chemin= $idWay ORDER BY WN.ordre DESC";
unset($noeuds);
unset($idNodes);
$LatLons = $this->bdd->recupererTous($requeteLatitudeLongitude);
foreach ($LatLons as $LatLon) {
$Latitude = $LatLon['lat'];
$Longitude = $LatLon['long'];
$String = "$Latitude $Longitude";
$polygone[] = $String;
}
}
}
$requeteRole = 'SELECT DISTINCT role '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idCommune ".
"AND nbre_poly = $tour ";
$role = $this->bdd->recupererTous($requeteRole);
$role = $role[0]['role'];
$separationVirgulePolygone = implode(", ", $polygone);
$multiPolygone[] = $separationVirgulePolygone;
$roles[] = $role;
unset($separationVirgulePolygone);
unset($polygone);
}
$this->etatMultiPolygone($multiPolygone, $roles, $idCommune, $nbPoly);//appel de la fonction de remplissage
}
 
/**
* Remplie le champ polygone à partir du tableau MultiPolygone
*/
private function etatMultiPolygone($multiPolygone, $roles, $idCommune, $nbPoly) {
$note = $this->proteger('Polygone complet');
if ($nbPoly == 2 && ((in_array('inner', $roles)) || (in_array('enclave', $roles)))) {//cas Outer Inner à deux polygones
$multiPoly = implode('),(', $multiPolygone);
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
"SET polygon = MPOLYFROMTEXT('MULTIPOLYGON((($multiPoly)))'), ".
"note = $note ".
"WHERE id_relation = $idCommune ";
$this->inserer($requete);
}
if ((in_array('inner', $roles)) || (in_array('enclave', $roles)) != 1) { //tous les autres cas
$multiPoly = implode(')),((', $multiPolygone);
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
"SET polygon = MPOLYFROMTEXT('MULTIPOLYGON((($multiPoly)))'), ".
"note = $note ".
"WHERE id_relation = $idCommune ";
$this->inserer($requete);
}
}
 
/**
* Renomme la note des polygones vides d'un polygone complet en polygone incomplet
*/
private function renommerEnPolygoneIncomplet() {
$requete = 'SELECT id_relation, ASTEXT(polygon) AS poly '.
'FROM osm_communes ';
$etatPolygones = $this->bdd->recupererTous($requete);
foreach ($etatPolygones as $etatPolygone ) {
if (isset($etatPolygone['poly']) == 0) {//test si le polygone est vide
$idCommune = $this->proteger($etatPolygone['id_relation']);
$note = $this->proteger('Polygone incomplet');
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
"SET note = $note ".
"WHERE id_relation = $idCommune ";
$this->inserer($requete);
}
}
}
 
 
/**
* Récupère le point centre de chaque polygone et remplie la colonne "centre"
*/
private function centroid() {
$requete = 'SELECT id_relation, ASTEXT(polygon) AS poly '.
'FROM osm_communes ';
$communes = $this->bdd->recupererTous($requete);
foreach ($communes as $commune) {
$multipolygone = $commune['poly'];
$requete = "SELECT ASTEXT(CENTROID(MPOLYFROMTEXT('$multipolygone'))) AS centre ";
$point = $this->bdd->recupererTous($requete);
$centre = $this->proteger($point[0]['centre']);
$idCom = $this->proteger($commune['id_relation']);
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
"SET centre = POINTFROMTEXT($centre) ".
"WHERE id_relation = $idCom ";
$this->inserer($requete);
}
}
 
private function creerValuesMultiple($donnees) {
$values = array();
foreach ($donnees as $donnee) {
$values[] = implode(',', $donnee);
}
$values_chaine = '('.implode('),(', $values).')';
return $values_chaine;
}
 
private function inserer($requete) {
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
private function proteger($chaine) {
return $this->bdd->proteger($chaine);
}
 
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/osm/carto-osm-maj.sh
New file
0,0 → 1,79
#!/bin/bash
# Mohcen BENMOUNAH & Jean-Pascal MILCENT [19 juillet 2011]
# Script de lancement de l'integration des donnees OSM pour le geocodage inverse
#
# Serveur
#CHEMIN_JAVA="/usr/local/jdk/bin/java"
#CHEMIN_PHP="/usr/local/bin/php"
#CHEMIN_SCRIPT="/home/telabotap/www/eflore/scripts/carto-osm/actuel"
#CHEMIN_OSMOSIS="/usr/local/sbin/osmosis-0.39/bin/osmosis"
#CHEMIN_FICHIER_OSM="/home/telabotap/www/eflore/donnees/osm"
# Local
CHEMIN_JAVA="/usr/bin/java"
CHEMIN_SCRIPT="/home/jpm/web/eflore/eflore-projets/scripts"
CHEMIN_OSMOSIS="/home/jpm/Applications/osmosis-0.39/bin/osmosis"
CHEMIN_FICHIER_OSM="/home/jpm/Documents/osm"
CHEMIN_PHP="/opt/lampp/bin/php"
 
CHEMIN_LOG="$CHEMIN_SCRIPT/logs"
MEMORY_LIMIT_PHP="4000M"
 
echo "Telechargement du nouveau fichier OSM ...";
wget -r http://download.geofabrik.de/osm/europe/france.osm.bz2 -O "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france.osm.bz2"
 
echo "Export de l'emplacement du binaire Java dans la variable d'environnement JAVACMD";
export JAVACMD="$CHEMIN_JAVA"
 
echo "Filtrage du fichier en cours ...";
$CHEMIN_OSMOSIS \
--fast-read-xml "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france.osm.bz2" \
--tf accept-relations admin_level=8 \
--tf accept-relations type=boundary \
--tf accept-relations ref:INSEE=* \
--used-way \
--used-node \
--wx $CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_new.osm
 
if [ ! -f "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_old.osm" ] ; then
echo "Analyse du fichier osm en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a analyser -m manuel -f "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_new.osm" > $CHEMIN_LOG/analyse.log
else
echo "Suppression du fichier DIFF existant en cours ...";
rm -f "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_diff.osm"
echo "Déduction de la différence en cours ...";
$CHEMIN_OSMOSIS\
--read-xml file="$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_new.osm" \
--read-xml file="$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_old.osm" \
--derive-change \
--write-xml-change file="$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_diff.osm"
echo "Debut de la mise a jour de base ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/mise_a_jour -a MAJ -f "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_diff.osm" > $CHEMIN_LOG/analyse.log
fi
 
echo "Renommage du fichier NEW en OLD en cours ...";
mv "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_new.osm" "$CHEMIN_FICHIER_OSM/france_communes_old.osm"
 
echo Traitement de l\'ordre en cours ...;
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a ordre
 
echo "Remplissage des polygones en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a polygone
 
echo Remise de l\'ordre a zero en cours ...;
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a zero
 
echo Traitement de l\'ordre des polygones incomplets en cours ...;
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a ordonnerPolygoneInc
 
echo "Remplissage des polygones incomplets en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a remplirPolygoneInc
 
echo "Renommage des polygones incomplets en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a renommer
 
echo "Definition des centroids en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm/parseur_osm -a centre
 
echo "FIN DE LA MISE A JOUR !";
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/isfan/Isfan.php
New file
0,0 → 1,391
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php isfan -a chargerTous
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2012, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class Isfan extends EfloreScript {
 
private $table = null;
private $pasInsertion = 1000;
private $departInsertion = 0;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-t' => array(false, false, 'Permet de tester le script sur un jeu réduit de données (indiquer le nombre de lignes).'));
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('isfan');
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerisfan();
$this->genererChpNumTax();
$this->genererChpNomSciHtml();
$this->genererChpFamille();
$this->genererChpNomComplet();
$this->genererChpHierarchie();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerIsfan' :
$this->chargerIsfan();
break;
case 'genererChpNumTax' :
$this->genererChpNumTax();
break;
case 'genererChpNomSciHtml' :
$this->genererChpNomSciHtml();
break;
case 'genererChpNomComplet' :
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->genererChpNomComplet();
break;
case 'genererChpFamille' :
$this->genererChpFamille();
break;
case 'genererChpHierarchie' :
$this->genererChpHierarchie();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerIsfan() {
$chemin = Config::get('chemins.bdt');
$table = Config::get('tables.isfan');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function genererChpNumTax() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpNumTax();
$erreurs = array();
$this->departInsertion = 0;
$dernier_num_tax = 0;
$requete = 'SELECT num_nom '.
'FROM '.$this->table.' '.
'WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_nom_retenu != 0 '.
'ORDER by num_nom_retenu ASC ';
 
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
foreach ($resultat as $taxon) {
$dernier_num_tax++;
$requete_maj = 'UPDATE '.$this->table.' '.
'SET num_taxonomique = '.$dernier_num_tax.' '.
'WHERE num_nom_retenu = '.$taxon['num_nom'];
$this->getBdd()->requeter($requete_maj);
$this->pasInsertion++;
$this->afficherAvancement("Insertion des num tax, ".count($resultat)." num tax a traiter");
}
echo "\n";
$this->creerFichierLog('Erreurs lors de la génération des numéros taxonomiques', $erreurs, 'erreurs_num_tax');
}
private function preparerTablePrChpNumTax() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxonomique' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD num_taxonomique INT( 9 ) ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function genererChpNomSciHtml() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpNomSciHtml();
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
$erreurs = array();
$this->departInsertion = 0;
while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
$resultat = $this->recupererTuplesPrChpNomSciHtml();
 
try {
$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
} catch (Exception $e) {
$erreurs[] = $e->getMessage();
}
 
$this->remplirChpNomSciHtm($nomsSciEnHtml);
$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) break;
}
echo "\n";
 
$this->creerFichierLog('Erreurs lors de la génération HTML des noms scientifiques', $erreurs, 'erreurs_noms_sci_html');
}
 
private function initialiserGenerationChamps() {
$this->table = Config::get('tables.isfan');
}
 
private function preparerTablePrChpNomSciHtml() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererNbTotalTuples(){
$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
return $resultat['nb'];
}
 
private function recupererTuplesPrChpNomSciHtml() {
$requete = 'SELECT num_nom, rang, genre, '.
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp '.
"FROM {$this->table} ".
"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function remplirChpNomSciHtm($nomsSciHtm) {
foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
$html = $this->getBdd()->proteger($html);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_sci_html = $html WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
}
}
 
private function genererChpNomComplet() {
$this->preparerTablePrChpNomComplet();
$this->remplirChpNomComplet();
}
 
private function preparerTablePrChpNomComplet() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_complet' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_complet VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function remplirChpNomComplet() {
echo "Attribution du champ nom complet au taxons : ";
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_complet = CONCAT(nom_sci,' ',auteur)";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
echo "KO\n";
throw new Exception("Erreur de génération du champ nom complet");
} else {
echo "OK\n";
}
}
 
private function genererChpFamille() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpFamille();
$resultats = $this->recupererTuplesPrChpFamille();
$noms = array();
$introuvables = array();
$introuvablesSyno = array();
foreach ($resultats as $id => $nom) {
$nn = $nom['num_nom'];
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
$nts = $nom['num_tax_sup'];
$rg = $nom['rang'];
if ($nnr != '') {
if ($rg == '180') {
$noms[$nn] = $nom['nom_sci'];
} else {
if ($nn == $nnr) {// nom retenu
if (isset($noms[$nts])) {
$noms[$nn] = $noms[$nts];
} else {
$introuvables[] = $nn;
}
} else {// nom synonyme
if (isset($noms[$nnr])) {
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
} else {
$introuvablesSyno[] = $nom;
}
}
}
}
unset($resultats[$id]);
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux noms en cours");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) break;
}
echo "\n";
 
foreach ($introuvablesSyno as $id => $nom) {
$nn = $nom['num_nom'];
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
if (isset($noms[$nnr])) {
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
} else {
$introuvables[] = $nn;
}
unset($introuvablesSyno[$id]);
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux synonymes en cours");
}
echo "\n";
 
$msg = 'Plusieurs familles sont introuvables';
$this->creerFichierLog($msg, $introuvables, 'famille_introuvable');
 
$this->remplirChpFamille($noms);
}
 
private function preparerTablePrChpFamille() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'famille' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD famille VARCHAR(255) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererTuplesPrChpFamille() {
$requete = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
"FROM {$this->table} ".
"WHERE rang >= 180 ".
"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function remplirChpFamille($noms) {
foreach ($noms as $id => $famille) {
$famille = $this->getBdd()->proteger($famille);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET famille = $famille WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
$this->afficherAvancement("Insertion des noms de famille dans la base en cours");
}
echo "\n";
}
private function genererChpHierarchie() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpHierarchie();
$table = Config::get('tables.isfan');
$requete = "UPDATE $table SET hierarchie = NULL ";
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
$requete_hierarchie = "SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup FROM ".$table." ORDER BY rang DESC";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete_hierarchie);
$num_nom_a_num_sup = array();
foreach($resultat as &$taxon) {
$num_nom_a_num_sup[$taxon['num_nom']] = $taxon['num_tax_sup'];
}
$chemin_taxo = "";
foreach($resultat as &$taxon) {
$chemin_taxo = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($taxon['num_nom_retenu'], $num_nom_a_num_sup).'-';
$requete = "UPDATE $table SET hierarchie = ".$this->getBdd()->proteger($chemin_taxo)." WHERE num_nom = ".$taxon['num_nom']." ";
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
$this->afficherAvancement("Insertion de la hierarchie taxonomique en cours");
}
echo "\n";
}
private function traiterHierarchieNumTaxSup($num_nom_retenu, &$num_nom_a_num_sup) {
$chaine_hierarchie = "";
if(isset($num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu])) {
$num_tax_sup = $num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu];
$chaine_hierarchie = '-'.$num_tax_sup;
if($num_tax_sup != 0 && $num_tax_sup != '') {
$chaine_hierarchie = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($num_tax_sup, $num_nom_a_num_sup).$chaine_hierarchie;
}
}
return $chaine_hierarchie;
}
private function preparerTablePrChpHierarchie() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'hierarchie' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD hierarchie VARCHAR(1000) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
private function genererDonneesTestMultiVersion() {
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSqlTest'));
$this->executerScripSql($contenuSql);
 
$table = Config::get('tables.isfan');
$tableTest = Config::get('tables.isfanTest');
$requete = "INSERT INTO $tableTest SELECT * FROM $table";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerDonneesTestMultiVersion() {
$tableMeta = Config::get('tables.isfanMeta');
$requete = "DELETE FROM $tableMeta WHERE guid = 'urn:lsid:tela-botanica.org:isfan:1.00'";
$this->getBdd()->requeter($requete);
 
$tableTest = Config::get('tables.isfanTest');
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS $tableTest";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS isfan_meta, isfan_v0_01, isfan_v1_00";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function creerFichierLog($message, $lignes, $nomFichier) {
$lignesNbre = count($lignes);
if ($lignesNbre != 0) {
echo "$message. Voir le log de $lignesNbre lignes :\n";
 
$logContenu = implode(", \n", $lignes);
$logFichier = realpath(dirname(__FILE__))."/log/$nomFichier.log";
echo $logFichier."\n";
file_put_contents($logFichier, $logContenu);
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/isfan/isfan.ini
New file
0,0 → 1,18
code="isfan"
version="2013"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}{ref:code}/1.00/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
isfanMeta = "isfan_meta"
isfan = "isfan_v{ref:version}"
isfanTest = "isfan_v2013"
 
 
[fichiers]
structureSql = "{ref:code}_v{ref:version}.sql"
bdt = "{ref:code}_v{ref:version}_ref.txt"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
bdt = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.bdt}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/Export.php
New file
0,0 → 1,224
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Export des données de SOPHY
*
* Description : classe permettant d'exporter les tableaux phytosociologiques de la banque de données SOPHY
* Utilisation : php script.php export
*
* @category PHP 5.3
* @package phytosocio
//Auteur original :
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
* @version $Id$
*
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php sophy/export -a rien -c publication/strate/flore
* -f annee:sup:1990/auteur:like:ma%/departement:in:14,50,61,76,27/nomsci:like:trifolium%/fournier:neg: >log.txt
*
*
*
* export pour le crpf
*
*
* export pour les plantes de la liste rouge des suisses
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php sophy/export -a rien -f nomsci:in:"'Adenophora liliifolia (L.) A. DC.','Adenostyles leucophylla (Willd.) Rchb.','Allium angulosum L.','Allium rotundum L.','Anagallis minima (L.) E. H. L. Krause','Anagallis tenella (L.) L.','Anchusa officinalis L.','Andromeda polifolia L.','Androsace brevis (Hegetschw.) Ces.','Anemone baldensis L.','Anemone sylvestris L.','Anogramma leptophylla (L.) Link','Apium repens (Jacq.) Lag.','Aquilegia einseleana F. W. Schultz','Artemisia nivalis Braun-Blanq.','Asperugo procumbens L.','Asplenium adulterinum Milde','Asplenium billotii F. W. Schultz','Asplenium foreziense Magnier','Astragalus australis (L.) Lam.','Barbarea stricta Andrz.','Blackstonia acuminata (W. D. J. Koch & Ziz) Domin','Bromus grossus DC.','Bufonia paniculata Dubois','Campanula excisa Murith','Campanula latifolia L.','Cardamine kitaibelii Bech.','Cardamine matthioli Moretti','Carduus crispus L.','Carex baldensis L.','Carex fimbriata Schkuhr','Carex hartmanii Cajander','Carpesium cernuum L.','Chenopodium ficifolium Sm.','Chenopodium rubrum L.','Clematis alpina (L.) Mill.','Corydalis intermedia (L.) Mérat','Corydalis solida (L.) Clairv.','Crepis pygmaea L.','Crepis terglouensis (Hacq.) A. Kern.','Cuscuta europaea L.','Cytisus decumbens (Durande) Spach','Cytisus emeriflorus Rchb.','Cytisus nigricans L.','Cytisus scoparius (L.) Link','Deschampsia littoralis (Gaudin) Reut.','Dianthus gratianopolitanus Vill.','Dianthus seguieri Vill.','Diphasiastrum complanatum (L.) Holub','Diplotaxis muralis (L.) DC.','Draba fladnizensis Wulfen','Draba hoppeana Rchb.','Draba ladina Braun-Blanq.','Draba siliquosa M. Bieb.','Draba tomentosa Clairv.','Equisetum ramosissimum Desf.','Eriophorum gracile Roth','Erythronium dens-canis L.','Euonymus latifolius (L.) Mill.','Euphrasia christii Gremli','Falcaria vulgaris Bernh.','Fragaria viridis Duchesne','Gagea pratensis (Pers.) Dumort.','Galeopsis pubescens Besser','Gentiana engadinensis (Wettst.) Braun-Blanq. & Sam.','Geranium rivulare Vill.','Gladiolus imbricatus L.','Gladiolus italicus Mill.','Gladiolus palustris Gaudin','Gratiola officinalis L.','Hammarbya paludosa (L.) Kuntze','Helianthemum salicifolium (L.) Mill.','Iberis saxatilis L.','Inula britannica L.','Inula helvetica Weber','Inula spiraeifolia L.','Isopyrum thalictroides L.','Juniperus sabina L.','Knautia godetii Reut.','Lathyrus sphaericus Retz.','Leucanthemum halleri (Vitman) Ducommun','Leucojum aestivum L.','Linaria alpina subsp. petraea (Jord.) Rouy','Lindernia procumbens (Krock.) Borbás','Linnaea borealis L.','Littorella uniflora (L.) Asch.','Minuartia cherlerioides subsp. rionii (Gremli) Friedrich','Myosotis rehsteineri Wartm.','Myrrhis odorata (L.) Scop.','Nigella arvensis L.','Notholaena marantae (L.) Desv.','Ononis rotundifolia L.','Orchis laxiflora Lam.','Orchis papilionacea L.','Orchis provincialis DC.','Orchis spitzelii W. D. J. Koch','Ostrya carpinifolia Scop.','Pedicularis oederi Hornem.','Peucedanum verticillare (L.) Mert. & W. D. J. Koch','Phyteuma humile Gaudin','Pilularia globulifera L.','Pinguicula grandiflora Lam. s.str.','Polygonum minus Huds.','Potentilla alpicola Fauc.','Potentilla caulescens L.','Potentilla grammopetala Moretti','Potentilla inclinata Vill.','Primula daonensis (Leyb.) Leyb.','Primula latifolia Lapeyr.','Pulmonaria helvetica Bolliger','Ranunculus gramineus L.','Ranunculus parnassiifolius L.','Rhodiola rosea L.','Rhynchospora alba (L.) Vahl','Rumex nivalis Hegetschw.','Sagina nodosa (L.) Fenzl','Saponaria lutea L.','Saxifraga adscendens L.','Saxifraga aphylla Sternb.','Saxifraga diapensioides Bellardi','Saxifraga mutata L.','Scorzonera laciniata L. s.str.','Scutellaria alpina L.','Sedum anacampseros L.','Sedum cepaea L.','Sedum rubens L.','Senecio aquaticus Hill','Senecio halleri Dandy','Senecio incanus subsp. insubricus (Chenevard) Braun-Blanq.','Senecio paludosus L.','Silene pusilla Waldst. & Kit.','Silene suecica (Lodd.) Greuter & Burdet','Sisymbrium supinum L.','Teucrium scordium L.','Thlaspi rotundifolium subsp. corymbosum Gremli','Trifolium saxatile All.','Trochiscanthes nodiflora (All.) W. D. J. Koch','Typha minima Hoppe','Valeriana celtica L.','Valeriana supina Ard.','Viola cenisia L.','Viola elatior Fr.','Viola lutea Huds.','Viola persicifolia Schreb.','Viola pinnata L.','Viola pyrenaica DC.','Woodsia alpina (Bolton) Gray'"/departement:in:14,39,25,90,68,74
*
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Export extends EfloreScript {
protected $tableauTaxon;
protected $dao;
protected $observations;
// Paramêtres autorisées lors de l'appel au script en ligne de commande
protected $parametres_autorises = array(
'-n' => array(false, 'export', 'Nom du fichier à créer'),
'-c' => array(false, 'tous', 'Liste des champs à récupérer'),
'-f' => array(false, true, 'Liste des filtres à executer'));
 
// à utiliser dans les valeurs des parametres pour séparer les champs ou filtres
protected $separateur = "/";
// correspondances parametres/champs de la bd
protected $champs_exportes = array(
"code_identifiant" => "CONCAT(o.so_id_publi,'.',o.so_id_tableau,'.',o.so_id_releve,'.',
o.so_num_ligne,'.',o.so_id_taxon,'.',o.so_id_strate) AS code_identifiant",
"numero_publication" => "sp_id_publi AS numero_publication",
"publication" => "CONCAT (sp_auteur, '. ', sp_revue, ' ', sp_volume, ' ', sp_tome, ' ', sp_fascicule, ', ', sp_date,
'. ', sp_titre, ', p.', sp_page_debut, '-', sp_page_fin, '.') AS publication",
"auteur" => "sp_auteur AS auteur",
"annee" => "sp_date AS annee",
"numero_tableau" => "sr_id_tableau AS numero_tableau",
"numero_releve" => "sr_id_releve AS numero_releve",
"nom_station" => "ss_localisation AS nom_station",
"code_insee" => "IF (ss_code_departement != 0,
CONCAT(ss_code_departement, ss_code_insee_commune), ss_code_insee_calculee) AS code_insee",
"code_insee_calcule" => "ss_code_insee_calculee AS code_insee_calcule",
"altitude" => "ss_altitude AS altitude",
"coordonnees_wgs" => "ss_latitude_wgs, ss_longitude_wgs",
"coordonnees_utm" => "ss_utmEasting, ss_utmNorthing, ss_utmZone",
"precision_geographique" => "ss_ce_precision_geographique",
"nom_scientifique" => "st_nom AS nom_scientifique",
"flore" => "st_ce_num_fournier, st_ce_num_floeur, st_ce_num_algues, st_ce_num_characees, st_ce_num_bryo,
st_ce_num_lichen, st_ce_num_syntri, st_ce_num_bdnff, st_ce_num_ciff, st_ce_num_codefr94",
"strate" => "so_id_strate AS strate",
"code_abondance" => "so_ce_abondance AS code_abondance");
protected $autresChamps = array(
"signification_precision" => "spg_num_precision, spg_valeur",
"signification_strate" => "so_id_strate",
"signification_abondance" => "sa_valeur");
protected $filtres_existants = array(
"annee" => "sp_date",
"auteur" => "sp_auteur",
"departement" => "",
"commune" => "",
"precisiongeo" => "ss_ce_precision_geographique",
"nomsci" => "st_nom",
"fournier" => "st_ce_num_fournier",
"floeur" => "st_ce_num_floeur",
"algues" => "st_ce_num_algues",
"characees" => "st_ce_num_characees",
"bryo" => "st_ce_num_bryo",
"lichen" => "st_ce_num_lichen",
"syntri" => "st_ce_num_syntri",
"bdnff" => "st_ce_num_bdnff",
"ciff" => "st_ce_num_ciff",
"codefr" => "st_ce_num_codefr94");
protected $operateurs = array(
"inf" => "<",
"sup" => ">",
"eg" => "=",
"neg" => "!=",
"infeg" => "<=",
"supeg" => ">=",
"in" => " IN ",
"like" => " LIKE ");
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function executer() {
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/Dao.php';
Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini');
$this->dao = new Dao();
// Récupération de paramétres
$requete['nomFichier'] = $this->getParametre('n');
$requete['champs'] = $this->formaterChamps($this->getParametre('c'));
$requete['filtres'] = $this->formaterFiltres($this->getParametre('f'));
$donnees = $this->recupererDonnees($requete);
if ($donnees === false) {
$info = "Pas de données";
} else {
$titre = $this->formaterTitre($this->getParametre('c')); //à revoir
$this->exportCSV($requete['nomFichier'], $titre, $donnees);
}
}
protected function formaterFiltres($filtres) {
$where = array();
if ($filtres != '') {
$liste_filtres = explode($this->separateur, $filtres);
foreach ($liste_filtres as $filtre) {
$morceaux_filtre = explode(':', $filtre);
if (isset($this->filtres_existants[$morceaux_filtre[0]])) {
if (isset($this->operateurs[$morceaux_filtre[1]])) {
$where[] = $this->traiterFiltres($morceaux_filtre);
} else {
echo "L'operateur demandé {$morceaux_filtre[1]} n'existe pas. Les opérateurs existants sont :\n".
implode(', ', array_keys($this->operateurs));
}
} else {
echo "Le filtre demandé {$morceaux_filtre[0]} n'existe pas. Les filtres existants sont :\n".
implode(', ', array_keys($this->filtres_existants));
}
}
$where = ' WHERE '.implode(' AND ', $where);
}
return $where;
}
protected function traiterFiltres($morceaux) {
$where = '';
if ($this->operateurs[$morceaux[1]] == ' IN ') {
$where = $this->operateurs[$morceaux[1]].'('.$morceaux[2].')';
} else {
$where= $this->operateurs[$morceaux[1]].$this->getBdd()->proteger($morceaux[2]);
}
switch ($morceaux[0]) {
case 'departement' :
$where = "( ss_code_departement".$where.
" OR substring( `ss_code_insee_calculee`, -5, 2 ) ".$where.") ";
break;
case 'commune' :
$where = "( CONCAT(ss_code_departement, ss_code_insee_commune) ".$where.
" OR `ss_code_insee_calculee` ".$where.") ";
break;
default : $where= $this->filtres_existants[$morceaux[0]].$where;
break;
}
return $where;
}
protected function formaterChamps($champs_demandes) {
$champs_demandes = explode($this->separateur, $champs_demandes);
if ($champs_demandes[0] == 'tous') {
$champs = implode(', ', array_values($this->champs_exportes));
} else {
foreach ($champs_demandes as $champ) {
if (isset($this->champs_exportes[$champ])) {
$champs[] = $this->champs_exportes[$champ];
} else {
echo "Le champ demandé {$champ} n'existe pas. Les champs existants sont :\n".
implode(', ', array_keys($this->champs_exportes));
}
}
$champs = implode(', ', $champs);
}
return $champs;
}
protected function formaterTitre($champs) {
$liste_champs = ($champs == 'tous') ? array_keys($this->champs_exportes) :explode(',', $champs);
foreach ($liste_champs as $champs) {
switch ($champs) {
case "flore" : $titre[] = "fournier"; $titre[] = "floeur"; $titre[] = "algues"; $titre[] = "characees";
$titre[] = "bryo"; $titre[] = "lichen"; $titre[] = "syntri"; $titre[] = "bdnff"; $titre[] = "ciff";
$titre[] = "code france 94"; break;
case "coordonnees_wgs": $titre[] = "latitude (wgs)"; $titre[] = "longitude (wgs)"; break;
case "coordonnees_utm" :
$titre[] = "Easting (utm)"; $titre[] = "Northing (utm)"; $titre[] = "zone utm"; break;
default: $titre[] = $champs; break;
}
}
return $titre;
}
 
// Requête de création et d'insertion sur table sophy_tapir
public function recupererDonnees($parametre) {
$bdd = new Bdd();
$requete = "SELECT {$parametre['champs']}
FROM sophy_observation o LEFT JOIN sophy_taxon t ON (o.so_id_taxon = t.st_id_taxon)
LEFT JOIN sophy_releve r ON (r.sr_id_publi = o.so_id_publi AND r.sr_id_tableau = o.so_id_tableau AND r.sr_id_releve = o.so_id_releve )
LEFT JOIN sophy_station s ON (r.sr_id_station = s.ss_id_station)
LEFT JOIN sophy_publication p ON (r.sr_id_publi = p.sp_id_publi)
{$parametre['filtres']}";
//INTO OUTFILE '/home/delphine/web/eflore-projets/scripts/{$parametre['nomFichier']}.csv';";
echo $requete;
$reponse = $bdd->recupererTous($requete);
return $reponse;
}
function exportCSV($nomFichier, $titre, $data) {
$outstream = fopen("./{$nomFichier}.csv", 'w');
fputcsv($outstream, $titre, ';', '"');
function __outputCSV(&$vals, $key, $filehandler) {
fputcsv($filehandler, $vals, ';', '"'); //\t = chr(9)
}
array_walk($data, '__outputCSV', $outstream);
fclose($outstream);
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/Insertionflore.php
New file
0,0 → 1,295
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion
*
* Description : classe permettant d'insérer les flores nécessaires à l'étude des données issues de SOPHY.
* Avant d'utiliser cette classe nettoyer les fichiers pour ne garder que les lignes à insérer.
* Utilisation : php script.php insertionFlore -a test
*
* @category PHP 5.3
* @package phytosocio
//Auteur original :
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
* @version $Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Insertionflore extends Script {
protected $dao;
protected $dossier;
protected $flore;
protected $parametres_autorises = array(
'-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));
public function executer() {
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/FloreDao.php';
Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini');
$this->dossier = Config::get('dossierDonneesSophy').'FLORE/';
$this->dao = new FloreDao();
// Récupération de paramètres
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'florenbi' : // fournier
$this->executerFlorenbi();
break;
case 'bdnff' : // bdnff
$this->executerBdnff();
break;
case 'listepla' : // fournier/bdnff
$this->executerListePla();
break;
case 'floeur' : // flora europea
$this->executerFloeur();
break;
case 'bryo' : // bryophyte
$this->executerBryo();
break;
case 'syntri' : //syntri : numéro complémentaire
$this->executerSyntri();
break;
case 'ciff' : // CIFF CIFF/BDNFF
$this->executerCiff();
break;
case 'donneebb' : // Num_nom num_tax bdnff
$this->executerDonneebb();
break;
case 'codefr' : // CODEFR94
$this->executerCodefr();
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI
private function executerFlorenbi() {
$nomFichier = $this->dossier.'FLORENBI';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
$nom = '';
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^\s{2}[\d\s]{4}\s([\d\s]{3}\d)\s{2}([\d\s]\d\.\d\d\.\d)\s[\d\s]{5}[A-Z\s]\s(\d)\s*(.+)$/', $ligne, $champs)) {
// si le rang taxonomique est inf à 4 (subsp et var)
if ($champs[3] < 4) {
$flore[$champs[1]] = $champs[4];
$nom = trim($champs[4]);
} else {
$flore[$champs[1]] = $nom." ".$champs[4];
}
}
}
$info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'fournier');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$fichier} n'existe pas.");
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI
private function executerBdnff() {
$nomFichier = $this->dossier.'bdnffv5.csv';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
$this->dao->chargerDonnees($nomFichier, 'sophy_bdnff');
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore listePla qui contient numéro de fournier, nom de fournier, numéro bdnff, nom bdnff
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a listepla -n ./../doc/jeux_test/FLORE/LISTEPLA.csv
private function executerListePla() {
// Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.
$nomFichier = $this->dossier.'LISTEPLA.csv';
if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
if ($extensionFichier === ".csv"){
$file = new SplFileObject($nomFichier);
$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
$i = 0;
echo "Traitement de LISTEPLA : ";
while (!$file->eof()){
$flore = $this->transformerFournierBdnff($file->fgetcsv());
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
}
echo "\n";
//$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore['bdnff'], 'bdnff');
$info .= $this->dao->integrerFlore($this->flore['correspondance'], 'fournier_bdnff');
$this->traiterErreur($info);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'est pas au format csv.");
}
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'existe pas.");
}
}
private function transformerFournierBdnff($ligne_csv){
//$this->flore['bdnff'][$ligne_csv[5]] = $ligne_csv[6];
$this->flore['correspondance'][$ligne_csv[3]] = $ligne_csv[5];
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore floeur.bis qui contient numéro et nom de flora europea
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a floeur -n ./../doc/jeux_test/FLORE/FLOEUR.BIS
private function executerFloeur() {
$nomFichier = $this->dossier.'FLOEUR.BIS';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
$i = 0;
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^\s[\d\s]{9}[\d\sA-Z]\s([\d\s]{4}\d)\s(.{71})[\s\d]{2}/', $ligne, $champs)) {
$this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
}
}
$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'flora_europea');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore codebry qui contient numéro et nom des bryophytes
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a bryo -n ./../doc/jeux_test/FLORE/codebry.txt
private function executerBryo() {
$nomFichier = $this->dossier.'codebry.txt';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
$i = 0;
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^\s([\d\s]{4})\s[\d\s][\d\s]{4}\s{2}\d\s*(.*)\s[\d\s]{4}/', $ligne, $champs)) {
if ($champs[1] != 0) {
$this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
}
}
}
$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'bryophyte');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore Syntri qui contient numéro de fournier, numéro syntri, nom syntri
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a syntri -n ./../doc/jeux_test/FLORE/SYNTRI.TXT
private function executerSyntri() {
$nomFichier = $this->dossier.'SYNTRI.TXT';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
$i = 0;
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^(\d+)\s{2}\d\s([A-Z,\-\'\.()\s]+[A-Z,\-\'\.()])\s+([\d\s]+)$/', trim($ligne), $champs)) {
$syntri = preg_split('/\s+/', $champs[3]);
if (count($syntri) == 3) {
$num = $syntri[1];
} elseif (count($syntri) == 1){
$num = $syntri[0];
}
if (isset($flore['correspondance'][$num])) {
$flore['syntri'][$num] = $flore['syntri'][$num].$champs[2];
} else {
$flore['correspondance'][$num] = $champs[1];
$flore['syntri'][$num] = $champs[2];
}
$i++;
}
}
$info = $this->dao->integrerFlore($flore['syntri'], 'syntri');
$info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'syntri_fournier');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/ciff.txt
private function executerCiff() {
$nomFichier = $this->dossier.'ciff.txt';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
$i = 0;
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^(\d*)\t([A-Za-z].*)\t(\d*)\t\d*/', $ligne, $champs)) {
$flore['ciff'][$champs[1]] = $champs[2];
if ($champs[3] != '') {
$flore['correspondance'][$champs[1]] = $champs[3];
}
}
}
$info = $this->dao->integrerFlore($flore['ciff'], 'ciff');
$info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'ciff_bdnff');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore donneebb.tri qui contient le numero tax t numero nomenclatural de la bdnff
// num_tax||num_nom||num_nom_retenu||?||nom
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a donneebb -n ./../doc/jeux_test/FLORE/donneebb.tri
private function executerDonneebb() {
$nomFichier = $this->dossier.'donneebb.tri';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^([\d\s]{4}\d)\|([\d\s]{5})\|([\d\s]{5})\|/', $ligne, $champs)) {
if (!isset($this->flore[$champs[1]])) {
$this->flore[$champs[2]]['num_tax'] = $champs[1];
if (trim($champs[3]) != '') {
$this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[3];
} else {
$this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[2];
}
}
}
}
$info = $this->dao->ajouterColonnes($this->flore, 'sophy_bdnff');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore codefr94 qui contient numéro et nom codefr94
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/CODEFR94
private function executerCodefr() {
$nomFichier = $this->dossier.'CODEFR94';
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
$i = 0;
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^([\d\s]{5})[\d\s]{7}(.*)/', $ligne, $champs)) {
$flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
}
}
$info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'codefr94');
$this->traiterErreur($info);
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
}
}
}
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/insertion.ini
New file
0,0 → 1,20
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Général
; Séparateur de dossier
ds = DIRECTORY_SEPARATOR
 
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Info sur l'application
info.nom = Scripts de gestion de la phytosociologie
; Abréviation de l'application
info.abr = sophy
; Version du Framework nécessaire au fonctionnement de cette application
info.framework.version = 0.2
;Encodage de l'application
appli_encodage = "UTF-8"
version="2010-12-02"
dossierSql = "{ref:dossierDonneesEflore}{ref:info.abr}/{ref:version}/"
[fichiers]
structureSql = "sophy.sql"
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/bibliotheque/TaxonDao.php
New file
0,0 → 1,279
<?php
class TaxonDao extends Bdd {
// tableau de la forme $taxons[num][flore][id]
// $taxons[num][flore][nom]
protected $taxons = array();
private $id = 0;
private $flores = array('syntri', 'ciff', 'codefr94', 'bdnff', 'bryo', 'floeur', 'algues', 'characees', 'lichen', 'fournier');
private $table_flores = array('bdnff', 'fournier', 'ciff', 'syntri', 'codefr94', 'bryo', 'floeur');
public function __construct() {
Bdd::__construct();
$this->id = $this->chargerId() + 1;
$this->taxons = $this->chargerTaxon();
}
// recherche si un taxon existe sinon le crée et renvoie son id
public function getId($num_taxon, $flore = 'ind', $nom = null, $flore_supp = null, $num_supp = null, $remarques = '') {
$idTaxon = null; $nom_supp = $nom;
if ($nom == null && $remarques != '') {
$nom = "rem:".$flore_supp.$num_supp.'/'.$remarques;
}
 
if (isset($this->taxons['ind'][$nom]['id'])) {
$idTaxon = $this->taxons['ind'][$nom]['id'];
} elseif (isset($this->taxons[$flore][$num_taxon]['id']) && $nom == null) {
$idTaxon = $this->taxons[$flore][$num_taxon]['id'];
} else {
$idTaxon = $this->ajouterTaxon($num_taxon, $flore, $nom_supp, $flore_supp, $num_supp, $remarques);
}
return $idTaxon;
}
 
// renvoie un nom d'apres son id
public function getNom($id) {
foreach ($this->taxons['ind'] as $nom=>$param) {
if ($param['id'] === $id) {
if (preg_match('/rem:[a-z]+\d+\/(.*)/', $nom, $match)) {
$nom = $match[1];
}
return $nom;
}
}
return '';
}
// Ajoute taxon avec pour clé le numéro taxon, le nom ou la remarque
public function ajouterTaxon($num_taxon, $flore, $nom, $flore_supp, $num_supp, $remarques) {
if ($nom != null) {
$cle = 'ind';
$num = $nom;
} elseif ($remarques != '') {
$cle = 'ind';
$num = "rem:".$flore_supp.$num_supp.'/'.$remarques;
} else {
$cle = $flore;
$num = $num_taxon;
}
$this->taxons[$cle][$num]['id'] = $this->id;
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
if ($nom_flore == $flore) {
$this->taxons[$cle][$num][$nom_flore] = $num_taxon;
} elseif ($nom_flore == $flore_supp) {
$this->taxons[$cle][$num][$nom_flore] = $num_supp;
} else {
$this->taxons[$cle][$num][$nom_flore] = 'NULL';
}
}
$this->taxons[$cle][$num]['nom'] = $this->ajouterNomTaxon($num_taxon, $flore, $nom, $flore_supp, $num_supp);
$this->taxons[$cle][$num]['remarques'] = $remarques;
$this->id++;
return $this->taxons[$cle][$num]['id'];
}
public function ajouterNomTaxon($num_taxon, $flore, $nom_supp, $flore_supp, $num_supp) {
$nom = '';
$nomCherche = false;
foreach ($this->table_flores as $nom_flore) {
if ($nomCherche == false) {
if ($nom_flore == $flore) {
$nom = $this->rechercherNomTaxon($nom_flore, $num_taxon);
if ($nom != false) {
$nomCherche = true;
}
} elseif ($nom_flore == $flore_supp) {
$nom = $this->rechercherNomTaxon($nom_flore, $num_supp);
if ($nom != false) {
$nomCherche = true;
}
}
}
}
if ($nom == false && $nom_supp != null) {
$nom = $nom_supp;
} elseif ($nom == '' && $nom_supp != null) {
$nom = $nom_supp;
}
return $nom;
}
public function rechercherNomTaxon($nom_flore, $num_taxon) {
$requete2 = null;
switch ($nom_flore) {
case 'bdnff' :
$requete = "SELECT sb_nom_complet AS nom FROM sophy_bdnff
WHERE sb_num_tax = {$num_taxon} AND sb_id_num_bdnff = sb_num_nom_retenu; ";
break;
case 'fournier' :
$requete = "SELECT sb_nom_complet AS nom FROM sophy_bdnff, sophy_fournier_bdnff
WHERE sfb_id_num_fournier = {$num_taxon} AND sb_num_tax = sfb_id_num_bdnff AND sb_id_num_bdnff = sb_num_nom_retenu;";
$requete2 = "SELECT sf_nom_fournier AS nom FROM sophy_fournier WHERE sf_id_num_fournier = {$num_taxon};";
break;
case 'ciff' :
$requete = "SELECT sb_nom_complet AS nom
FROM sophy_bdnff, sophy_ciff_bdnff
WHERE scb_id_num_ciff = {$num_taxon} AND scb_id_num_bdnff = sb_id_num_bdnff;";
$requete2 = "SELECT sci_nom_ciff AS nom FROM sophy_ciff WHERE sci_id_num_ciff = {$num_taxon};";
break;
case 'syntri' :
$requete = "SELECT sb_nom_complet AS nom
FROM sophy_bdnff, sophy_syntri_fournier, sophy_fournier_bdnff
WHERE ssf_id_num_syntri = {$num_taxon} AND ssf_id_num_fournier = sfb_id_num_fournier
AND sb_num_tax = sfb_id_num_bdnff AND sb_id_num_bdnff = sb_num_nom_retenu;";
$requete2 = "SELECT ssyn_nom_supp AS nom FROM sophy_syntri WHERE ssyn_id_num_supp = {$num_taxon};";
break;
case 'codefr94' :
$requete = "SELECT sc_nom_codefr AS nom FROM sophy_codefr94 WHERE sc_id_num_codefr = {$num_taxon};";
break;
case 'bryo' :
$requete = "SELECT sbr_nom_bryo AS nom FROM sophy_bryophyte WHERE sbr_id_num_bryo = {$num_taxon};";
break;
case 'floeur' :
$requete = "SELECT sfe_nom_floeur AS nom FROM sophy_flora_europea WHERE sfe_id_num_floeur = {$num_taxon};";
break;
}
$resultat_requete = $this->recuperer($requete);
if ($resultat_requete['nom'] == false && $requete2 != null) {
$resultat_requete = $this->recuperer($requete2);
}
return $resultat_requete['nom'];
}
// recherche le dernier id de la base
public function chargerId() {
$id = 0;
$requete_select_id = "SELECT MAX(st_id_taxon) AS idMax FROM sophy_taxon;";
$resultat_requete_id = $this->recuperer($requete_select_id);
if ($resultat_requete_id['idMax'] != false) {
$id = $resultat_requete_id['idMax'];
}
return $id;
}
// Regarde si il y a des taxons dans la base, retourne le tableau de valeur et vide la base
public function chargerTaxon() {
$resultat = null;
$retour = null;
$requete_select = "SELECT * FROM sophy_taxon;";
$resultat = $this->recupererTous($requete_select);
if ($resultat != false) {
foreach ($resultat as $result) {
if ($result['st_nom_supp'] != null) {
$retour['ind'][$result['st_nom_supp']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$retour['ind'][$result['st_nom_supp']][$nom_flore] = $result["st_ce_num_".$nom_flore];
}
$retour['ind'][$result['st_nom_supp']]['remarques'] = $result['st_nom_supp'];
} elseif ($result['st_remarques'] != null) {
$nom = $result['st_remarques'];
$retour['ind'][$nom]['id'] = $result['st_id_taxon'];
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$retour['ind'][$result['st_nom_supp']][$nom_flore] = $result["st_ce_num_".$nom_flore];
}
$retour['ind'][$nom]['remarques'] = $result['st_nom_supp'];
} elseif ($result['st_ce_num_syntri'] != null) {
$retour['syntri'][$result['st_ce_num_syntri']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
$retour['syntri'][$result['st_ce_num_syntri']]['num_supp'] = $result['st_num_supp'];
} elseif ($result['st_ce_num_floeur'] != null) {
$retour['floeur'][$result['st_ce_num_floeur']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
} elseif ($result['st_ce_num_bdnff'] != null) {
$retour['bdnff'][$result['st_ce_num_bdnff']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
} elseif ($result['st_ce_num_codefr94'] != null) {
$retour['codefr94'][$result['st_ce_num_codefr94']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
} elseif ($result['st_ce_num_bryo'] != null) {
$retour['bryo'][$result['st_ce_num_bryo']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
} elseif ($result['st_ce_num_ciff'] != null) {
$retour['ciff'][$result['st_ce_num_ciff']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
} elseif ($result['st_ce_num_fournier'] != null) {
$retour['fournier'][$result['st_ce_num_fournier']]['id'] = $result['st_id_taxon'];
}
}
}
$requete = "TRUNCATE TABLE `sophy_taxon`; ";
$res = $this->requeter($requete);
return $retour;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête sur table sophy_taxon et toutes les tables flore de sophy
public function integrerTaxons() {
foreach ($this->taxons as $flore=>$taxons) {
switch ($flore) {
case 'ind' :
// insertion par 1000 pour éviter que la requête soit trop lourde
$i = 0; $j = 1000;
$requete = "INSERT INTO `sophy_taxon` (`st_id_taxon`, `st_nom`, `st_nom_supp`,";
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$requete .= "st_ce_num_{$nom_flore}, ";
}
$requete .= " st_remarques) VALUES ";
foreach ($taxons as $taxon=>$valeur) {
if (!isset($valeur['remarques'])){
$valeur['remarques'] = 'NULL';
$taxon = $this->proteger($taxon);
} elseif (substr_compare($taxon, 'rem:', 0, 4) == 0){
$valeur['remarques'] = $this->proteger($taxon);
$taxon = 'NULL';
} else {
$taxon = $this->proteger($taxon);
$valeur['remarques'] = $this->proteger($valeur['remarques']);
}
if ($i < $j) {
$requete .= " (".$valeur['id'].", ".$this->proteger($valeur['nom']).", ".$taxon.", ";
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$requete .= $valeur[$nom_flore].", ";
}
$requete .= " ".$valeur['remarques']."),";
} elseif ($i == $j) {$j += 1000;
$requete = substr($requete,0,-1).";";
$resultat = $this->requeter($requete);
if ($resultat == false) {
echo $flore.' : '.$i;
}
$requete = "INSERT INTO `sophy_taxon` (`st_id_taxon`, `st_nom`, `st_nom_supp`,";
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$requete .= "st_ce_num_{$nom_flore}, ";
}
$requete .= " st_remarques) VALUES (".$valeur['id'].", ".$this->proteger($valeur['nom']).
", ".$taxon.", ";
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$requete .= $valeur[$nom_flore].", ";
}
$requete .= " ".$valeur['remarques']."),";
}
$i++;
}
$requete = substr($requete,0,-1).";";
break;
case 'syntri' :
$i = 0;
$requete = "INSERT INTO `sophy_taxon` (`st_id_taxon`, ";
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$requete .= "st_ce_num_{$nom_flore}, ";
}
$requete .= "`st_nom`) VALUES ";
foreach ($taxons as $taxon=>$valeur) {
$requete .= " (".$valeur['id'].", ";
foreach ($this->flores as $nom_flore) {
$requete .= $valeur[$nom_flore].", ";
}
$requete .= $this->proteger($valeur['nom'])."), ";
}
$requete = substr($requete,0,-2).";";
break;
default:
$requete = "INSERT INTO `sophy_taxon` (`st_id_taxon`, `st_nom`, st_ce_num_{$flore}) VALUES ";
foreach ($taxons as $numTaxon=>$valeur) {
$requete .= " (".$valeur['id'].", ".$this->proteger($valeur['nom']).", ".$numTaxon."),";
}
$requete = substr($requete,0,-1).";";
break;
}
$resultat = $this->requeter($requete);
if ($resultat == false) {
echo " - flore : ".$flore;
}
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/bibliotheque/gPoint.php
New file
0,0 → 1,534
<?php
/*------------------------------------------------------------------------------
** File: gPoint.php
** Description: PHP class to convert Latitude & Longitude coordinates into
** UTM & Lambert Conic Conformal Northing/Easting coordinates.
** Version: 1.3
** Author: Brenor Brophy
** Email: brenor dot brophy at gmail dot com
** Homepage: brenorbrophy.com
**------------------------------------------------------------------------------
** COPYRIGHT (c) 2005, 2006, 2007, 2008 BRENOR BROPHY
**
** The source code included in this package is free software; you can
** redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public
** License as published by the Free Software Foundation. This license can be
** read at:
**
** http://www.opensource.org/licenses/gpl-license.php
**
** This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
** ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
** FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
**------------------------------------------------------------------------------
**
** Code for datum and UTM conversion was converted from C++ code written by
** Chuck Gantz (chuck dot gantz at globalstar dot com) from
** http://www.gpsy.com/gpsinfo/geotoutm/ This URL has many other references to
** useful information concerning conversion of coordinates.
**
** Rev History
** -----------------------------------------------------------------------------
** 1.0 08/25/2005 Initial Release
** 1.1 05/15/2006 Added software license language to header comments
** Fixed an error in the convertTMtoLL() method. The latitude
** calculation had a bunch of variables without $ symbols.
** Fixed an error in convertLLtoTM() method, The $this-> was
** missing in front of a couple of variables. Thanks to Bob
** Robins of Maryland for catching the bugs.
** 1.2 05/18/2007 Added default of NULL to $LongOrigin arguement in convertTMtoLL()
** and convertLLtoTM() to eliminate warning messages when the
** methods are called without a value for $LongOrigin.
** 1.3 02/21/2008 Fixed a bug in the distanceFrom method, where the input parameters
** were not being converted to radians prior to calculating the
** distance. Thanks to Enrico Benco for finding pointing it out.
*/
define ("meter2nm", (1/1852));
define ("nm2meter", 1852);
 
/*------------------------------------------------------------------------------
** class gPoint ... for Geographic Point
**
** This class encapsulates the methods for representing a geographic point on the
** earth in three different coordinate systema. Lat/Long, UTM and Lambert Conic
** Conformal.
*/
class gPoint
{
/* Reference ellipsoids derived from Peter H. Dana's website-
** http://www.colorado.edu/geography/gcraft/notes/datum/datum_f.html
** email: pdana@pdana.com, web page: www.pdana.com
**
** Source:
** Defense Mapping Agency. 1987b. DMA Technical Report: Supplement to Department
** of Defense World Geodetic System 1984 Technical Report. Part I and II.
** Washington, DC: Defense Mapping Agency
*/
var $ellipsoid = array(//Ellipsoid name, Equatorial Radius, square of eccentricity
"Airy" =>array (6377563, 0.00667054),
"Australian National" =>array (6378160, 0.006694542),
"Bessel 1841" =>array (6377397, 0.006674372),
"Bessel 1841 Nambia" =>array (6377484, 0.006674372),
"Clarke 1866" =>array (6378206, 0.006768658),
"Clarke 1880" =>array (6378249, 0.006803511),
"Everest" =>array (6377276, 0.006637847),
"Fischer 1960 Mercury" =>array (6378166, 0.006693422),
"Fischer 1968" =>array (6378150, 0.006693422),
"GRS 1967" =>array (6378160, 0.006694605),
"GRS 1980" =>array (6378137, 0.00669438),
"Helmert 1906" =>array (6378200, 0.006693422),
"Hough" =>array (6378270, 0.00672267),
"International" =>array (6378388, 0.00672267),
"Krassovsky" =>array (6378245, 0.006693422),
"Modified Airy" =>array (6377340, 0.00667054),
"Modified Everest" =>array (6377304, 0.006637847),
"Modified Fischer 1960" =>array (6378155, 0.006693422),
"South American 1969" =>array (6378160, 0.006694542),
"WGS 60" =>array (6378165, 0.006693422),
"WGS 66" =>array (6378145, 0.006694542),
"WGS 72" =>array (6378135, 0.006694318),
"WGS 84" =>array (6378137, 0.00669438));
 
// Properties
var $a; // Equatorial Radius
var $e2; // Square of eccentricity
var $datum; // Selected datum
var $Xp, $Yp; // X,Y pixel location
var $lat, $long; // Latitude & Longitude of the point
var $utmNorthing, $utmEasting, $utmZone; // UTM Coordinates of the point
var $lccNorthing, $lccEasting; // Lambert coordinates of the point
var $falseNorthing, $falseEasting; // Origin coordinates for Lambert Projection
var $latOfOrigin; // For Lambert Projection
var $longOfOrigin; // For Lambert Projection
var $firstStdParallel; // For lambert Projection
var $secondStdParallel; // For lambert Projection
 
// constructor
function gPoint($datum='WGS 84') // Default datum is WGS 84
{
$this->a = $this->ellipsoid[$datum][0]; // Set datum Equatorial Radius
$this->e2 = $this->ellipsoid[$datum][1]; // Set datum Square of eccentricity
$this->datum = $datum; // Save the datum
}
//
// Set/Get X & Y pixel of the point (used if it is being drawn on an image)
//
function setXY($x, $y)
{
$this->Xp = $x; $this->Yp = $y;
}
function Xp() { return $this->Xp; }
function Yp() { return $this->Yp; }
//
// Set/Get/Output Longitude & Latitude of the point
//
function setLongLat($long, $lat)
{
$this->long = $long; $this->lat = $lat;
}
function Lat() { return $this->lat; }
function Long() { return $this->long; }
function printLatLong() { printf("Latitude: %1.5f Longitude: %1.5f",$this->lat, $this->long); }
//
// Set/Get/Output Universal Transverse Mercator Coordinates
//
function setUTM($easting, $northing, $zone='') // Zone is optional
{
$this->utmNorthing = $northing;
$this->utmEasting = $easting;
$this->utmZone = $zone;
}
function N() { return $this->utmNorthing; }
function E() { return $this->utmEasting; }
function Z() { return $this->utmZone; }
function printUTM() { print( "Northing: ".(int)$this->utmNorthing.", Easting: ".(int)$this->utmEasting.", Zone: ".$this->utmZone); }
//
// Set/Get/Output Lambert Conic Conformal Coordinates
//
function setLambert($easting, $northing)
{
$this->lccNorthing = $northing;
$this->lccEasting = $easting;
}
function lccN() { return $this->lccNorthing; }
function lccE() { return $this->lccEasting; }
function printLambert() { print( "Northing: ".(int)$this->lccNorthing.", Easting: ".(int)$this->lccEasting); }
 
//------------------------------------------------------------------------------
//
// Convert Longitude/Latitude to UTM
//
// Equations from USGS Bulletin 1532
// East Longitudes are positive, West longitudes are negative.
// North latitudes are positive, South latitudes are negative
// Lat and Long are in decimal degrees
// Written by Chuck Gantz- chuck dot gantz at globalstar dot com, converted to PHP by
// Brenor Brophy, brenor dot brophy at gmail dot com
//
// UTM coordinates are useful when dealing with paper maps. Basically the
// map will can cover a single UTM zone which is 6 degrees on longitude.
// So you really don't care about an object crossing two zones. You just get a
// second map of the other zone. However, if you happen to live in a place that
// straddles two zones (For example the Santa Babara area in CA straddles zone 10
// and zone 11) Then it can become a real pain having to have two maps all the time.
// So relatively small parts of the world (like say California) create their own
// version of UTM coordinates that are adjusted to conver the whole area of interest
// on a single map. These are called state grids. The projection system is the
// usually same as UTM (i.e. Transverse Mercator), but the central meridian
// aka Longitude of Origin is selected to suit the logitude of the area being
// mapped (like being moved to the central meridian of the area) and the grid
// may cover more than the 6 degrees of lingitude found on a UTM map. Areas
// that are wide rather than long - think Montana as an example. May still
// have to have a couple of maps to cover the whole state because TM projection
// looses accuracy as you move further away from the Longitude of Origin, 15 degrees
// is usually the limit.
//
// Now, in the case where we want to generate electronic maps that may be
// placed pretty much anywhere on the globe we really don't to deal with the
// issue of UTM zones in our coordinate system. We would really just like a
// grid that is fully contigious over the area of the map we are drawing. Similiar
// to the state grid, but local to the area we are interested in. I call this
// Local Transverse Mercator and I have modified the function below to also
// make this conversion. If you pass a Longitude value to the function as $LongOrigin
// then that is the Longitude of Origin that will be used for the projection.
// Easting coordinates will be returned (in meters) relative to that line of
// longitude - So an Easting coordinate for a point located East of the longitude
// of origin will be a positive value in meters, an Easting coordinate for a point
// West of the longitude of Origin will have a negative value in meters. Northings
// will always be returned in meters from the equator same as the UTM system. The
// UTMZone value will be valid for Long/Lat given - thought it is not meaningful
// in the context of Local TM. If a NULL value is passed for $LongOrigin
// then the standard UTM coordinates are calculated.
//
function convertLLtoTM($LongOrigin = NULL)
{
$k0 = 0.9996;
$falseEasting = 0.0;
 
//Make sure the longitude is between -180.00 .. 179.9
$LongTemp = ($this->long+180)-(integer)(($this->long+180)/360)*360-180; // -180.00 .. 179.9;
$LatRad = deg2rad($this->lat);
$LongRad = deg2rad($LongTemp);
 
if (!$LongOrigin)
{ // Do a standard UTM conversion - so findout what zone the point is in
$ZoneNumber = (integer)(($LongTemp + 180)/6) + 1;
// Special zone for South Norway
if( $this->lat >= 56.0 && $this->lat < 64.0 && $LongTemp >= 3.0 && $LongTemp < 12.0 ) // Fixed 1.1
$ZoneNumber = 32;
// Special zones for Svalbard
if( $this->lat >= 72.0 && $this->lat < 84.0 )
{
if( $LongTemp >= 0.0 && $LongTemp < 9.0 ) $ZoneNumber = 31;
else if( $LongTemp >= 9.0 && $LongTemp < 21.0 ) $ZoneNumber = 33;
else if( $LongTemp >= 21.0 && $LongTemp < 33.0 ) $ZoneNumber = 35;
else if( $LongTemp >= 33.0 && $LongTemp < 42.0 ) $ZoneNumber = 37;
}
$LongOrigin = ($ZoneNumber - 1)*6 - 180 + 3; //+3 puts origin in middle of zone
//compute the UTM Zone from the latitude and longitude
$this->utmZone = sprintf("%d%s", $ZoneNumber, $this->UTMLetterDesignator());
// We also need to set the false Easting value adjust the UTM easting coordinate
$falseEasting = 500000.0;
}
$LongOriginRad = deg2rad($LongOrigin);
 
$eccPrimeSquared = ($this->e2)/(1-$this->e2);
 
$N = $this->a/sqrt(1-$this->e2*sin($LatRad)*sin($LatRad));
$T = tan($LatRad)*tan($LatRad);
$C = $eccPrimeSquared*cos($LatRad)*cos($LatRad);
$A = cos($LatRad)*($LongRad-$LongOriginRad);
 
$M = $this->a*((1 - $this->e2/4 - 3*$this->e2*$this->e2/64 - 5*$this->e2*$this->e2*$this->e2/256)*$LatRad
- (3*$this->e2/8 + 3*$this->e2*$this->e2/32 + 45*$this->e2*$this->e2*$this->e2/1024)*sin(2*$LatRad)
+ (15*$this->e2*$this->e2/256 + 45*$this->e2*$this->e2*$this->e2/1024)*sin(4*$LatRad)
- (35*$this->e2*$this->e2*$this->e2/3072)*sin(6*$LatRad));
$this->utmEasting = ($k0*$N*($A+(1-$T+$C)*$A*$A*$A/6
+ (5-18*$T+$T*$T+72*$C-58*$eccPrimeSquared)*$A*$A*$A*$A*$A/120)
+ $falseEasting);
 
$this->utmNorthing = ($k0*($M+$N*tan($LatRad)*($A*$A/2+(5-$T+9*$C+4*$C*$C)*$A*$A*$A*$A/24
+ (61-58*$T+$T*$T+600*$C-330*$eccPrimeSquared)*$A*$A*$A*$A*$A*$A/720)));
if($this->lat < 0)
$this->utmNorthing += 10000000.0; //10000000 meter offset for southern hemisphere
}
//
// This routine determines the correct UTM letter designator for the given latitude
// returns 'Z' if latitude is outside the UTM limits of 84N to 80S
// Written by Chuck Gantz- chuck dot gantz at globalstar dot com, converted to PHP by
// Brenor Brophy, brenor dot brophy at gmail dot com
//
function UTMLetterDesignator()
{
if((84 >= $this->lat) && ($this->lat >= 72)) $LetterDesignator = 'X';
else if((72 > $this->lat) && ($this->lat >= 64)) $LetterDesignator = 'W';
else if((64 > $this->lat) && ($this->lat >= 56)) $LetterDesignator = 'V';
else if((56 > $this->lat) && ($this->lat >= 48)) $LetterDesignator = 'U';
else if((48 > $this->lat) && ($this->lat >= 40)) $LetterDesignator = 'T';
else if((40 > $this->lat) && ($this->lat >= 32)) $LetterDesignator = 'S';
else if((32 > $this->lat) && ($this->lat >= 24)) $LetterDesignator = 'R';
else if((24 > $this->lat) && ($this->lat >= 16)) $LetterDesignator = 'Q';
else if((16 > $this->lat) && ($this->lat >= 8)) $LetterDesignator = 'P';
else if(( 8 > $this->lat) && ($this->lat >= 0)) $LetterDesignator = 'N';
else if(( 0 > $this->lat) && ($this->lat >= -8)) $LetterDesignator = 'M';
else if((-8 > $this->lat) && ($this->lat >= -16)) $LetterDesignator = 'L';
else if((-16 > $this->lat) && ($this->lat >= -24)) $LetterDesignator = 'K';
else if((-24 > $this->lat) && ($this->lat >= -32)) $LetterDesignator = 'J';
else if((-32 > $this->lat) && ($this->lat >= -40)) $LetterDesignator = 'H';
else if((-40 > $this->lat) && ($this->lat >= -48)) $LetterDesignator = 'G';
else if((-48 > $this->lat) && ($this->lat >= -56)) $LetterDesignator = 'F';
else if((-56 > $this->lat) && ($this->lat >= -64)) $LetterDesignator = 'E';
else if((-64 > $this->lat) && ($this->lat >= -72)) $LetterDesignator = 'D';
else if((-72 > $this->lat) && ($this->lat >= -80)) $LetterDesignator = 'C';
else $LetterDesignator = 'Z'; //This is here as an error flag to show that the Latitude is outside the UTM limits
 
return($LetterDesignator);
}
 
//------------------------------------------------------------------------------
//
// Convert UTM to Longitude/Latitude
//
// Equations from USGS Bulletin 1532
// East Longitudes are positive, West longitudes are negative.
// North latitudes are positive, South latitudes are negative
// Lat and Long are in decimal degrees.
// Written by Chuck Gantz- chuck dot gantz at globalstar dot com, converted to PHP by
// Brenor Brophy, brenor dot brophy at gmail dot com
//
// If a value is passed for $LongOrigin then the function assumes that
// a Local (to the Longitude of Origin passed in) Transverse Mercator
// coordinates is to be converted - not a UTM coordinate. This is the
// complementary function to the previous one. The function cannot
// tell if a set of Northing/Easting coordinates are in the North
// or South hemesphere - they just give distance from the equator not
// direction - so only northern hemesphere lat/long coordinates are returned.
// If you live south of the equator there is a note later in the code
// explaining how to have it just return southern hemesphere lat/longs.
//
function convertTMtoLL($LongOrigin = NULL)
{
$k0 = 0.9996;
$e1 = (1-sqrt(1-$this->e2))/(1+sqrt(1-$this->e2));
$falseEasting = 0.0;
$y = $this->utmNorthing;
 
if (!$LongOrigin)
{ // It is a UTM coordinate we want to convert
sscanf($this->utmZone,"%d%s",$ZoneNumber,$ZoneLetter);
if($ZoneLetter >= 'N')
$NorthernHemisphere = 1;//point is in northern hemisphere
else
{
$NorthernHemisphere = 0;//point is in southern hemisphere
$y -= 10000000.0;//remove 10,000,000 meter offset used for southern hemisphere
}
$LongOrigin = ($ZoneNumber - 1)*6 - 180 + 3; //+3 puts origin in middle of zone
$falseEasting = 500000.0;
}
 
// $y -= 10000000.0; // Uncomment line to make LOCAL coordinates return southern hemesphere Lat/Long
$x = $this->utmEasting - $falseEasting; //remove 500,000 meter offset for longitude
 
$eccPrimeSquared = ($this->e2)/(1-$this->e2);
 
$M = $y / $k0;
$mu = $M/($this->a*(1-$this->e2/4-3*$this->e2*$this->e2/64-5*$this->e2*$this->e2*$this->e2/256));
 
$phi1Rad = $mu + (3*$e1/2-27*$e1*$e1*$e1/32)*sin(2*$mu)
+ (21*$e1*$e1/16-55*$e1*$e1*$e1*$e1/32)*sin(4*$mu)
+(151*$e1*$e1*$e1/96)*sin(6*$mu);
$phi1 = rad2deg($phi1Rad);
 
$N1 = $this->a/sqrt(1-$this->e2*sin($phi1Rad)*sin($phi1Rad));
$T1 = tan($phi1Rad)*tan($phi1Rad);
$C1 = $eccPrimeSquared*cos($phi1Rad)*cos($phi1Rad);
$R1 = $this->a*(1-$this->e2)/pow(1-$this->e2*sin($phi1Rad)*sin($phi1Rad), 1.5);
$D = $x/($N1*$k0);
 
$tlat = $phi1Rad - ($N1*tan($phi1Rad)/$R1)*($D*$D/2-(5+3*$T1+10*$C1-4*$C1*$C1-9*$eccPrimeSquared)*$D*$D*$D*$D/24
+(61+90*$T1+298*$C1+45*$T1*$T1-252*$eccPrimeSquared-3*$C1*$C1)*$D*$D*$D*$D*$D*$D/720); // fixed in 1.1
$this->lat = rad2deg($tlat);
 
$tlong = ($D-(1+2*$T1+$C1)*$D*$D*$D/6+(5-2*$C1+28*$T1-3*$C1*$C1+8*$eccPrimeSquared+24*$T1*$T1)
*$D*$D*$D*$D*$D/120)/cos($phi1Rad);
$this->long = $LongOrigin + rad2deg($tlong);
}
 
//------------------------------------------------------------------------------
// Configure a Lambert Conic Conformal Projection
//
// falseEasting & falseNorthing are just an offset in meters added to the final
// coordinate calculated.
//
// longOfOrigin & LatOfOrigin are the "center" latitiude and longitude of the
// area being projected. All coordinates will be calculated in meters relative
// to this point on the earth.
//
// firstStdParallel & secondStdParallel are the two lines of longitude (that
// is they run east-west) that define where the "cone" intersects the earth.
// Simply put they should bracket the area being projected.
//
// google is your friend to find out more
//
function configLambertProjection ($falseEasting, $falseNorthing,
$longOfOrigin, $latOfOrigin,
$firstStdParallel, $secondStdParallel)
{
$this->falseEasting = $falseEasting;
$this->falseNorthing = $falseNorthing;
$this->longOfOrigin = $longOfOrigin;
$this->latOfOrigin = $latOfOrigin;
$this->firstStdParallel = $firstStdParallel;
$this->secondStdParallel = $secondStdParallel;
}
 
//------------------------------------------------------------------------------
//
// Convert Longitude/Latitude to Lambert Conic Easting/Northing
//
// This routine will convert a Latitude/Longitude coordinate to an Northing/
// Easting coordinate on a Lambert Conic Projection. The configLambertProjection()
// function should have been called prior to this one to setup the specific
// parameters for the projection. The Northing/Easting parameters calculated are
// in meters (because the datum used is in meters) and are relative to the
// falseNorthing/falseEasting coordinate. Which in turn is relative to the
// Lat/Long of origin The formula were obtained from URL:
// http://www.ihsenergy.com/epsg/guid7_2.html.
// Code was written by Brenor Brophy, brenor dot brophy at gmail dot com
//
function convertLLtoLCC()
{
$e = sqrt($this->e2);
 
$phi = deg2rad($this->lat); // Latitude to convert
$phi1 = deg2rad($this->firstStdParallel); // Latitude of 1st std parallel
$phi2 = deg2rad($this->secondStdParallel); // Latitude of 2nd std parallel
$lamda = deg2rad($this->long); // Lonitude to convert
$phio = deg2rad($this->latOfOrigin); // Latitude of Origin
$lamdao = deg2rad($this->longOfOrigin); // Longitude of Origin
 
$m1 = cos($phi1) / sqrt(( 1 - $this->e2*sin($phi1)*sin($phi1)));
$m2 = cos($phi2) / sqrt(( 1 - $this->e2*sin($phi2)*sin($phi2)));
$t1 = tan((pi()/4)-($phi1/2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phi1) ) / ( 1 + $e*sin($phi1) )),$e/2);
$t2 = tan((pi()/4)-($phi2/2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phi2) ) / ( 1 + $e*sin($phi2) )),$e/2);
$to = tan((pi()/4)-($phio/2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phio) ) / ( 1 + $e*sin($phio) )),$e/2);
$t = tan((pi()/4)-($phi /2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phi ) ) / ( 1 + $e*sin($phi ) )),$e/2);
$n = (log($m1)-log($m2)) / (log($t1)-log($t2));
$F = $m1/($n*pow($t1,$n));
$rf = $this->a*$F*pow($to,$n);
$r = $this->a*$F*pow($t,$n);
$theta = $n*($lamda - $lamdao);
 
$this->lccEasting = $this->falseEasting + $r*sin($theta);
$this->lccNorthing = $this->falseNorthing + $rf - $r*cos($theta);
}
//------------------------------------------------------------------------------
//
// Convert Easting/Northing on a Lambert Conic projection to Longitude/Latitude
//
// This routine will convert a Lambert Northing/Easting coordinate to an
// Latitude/Longitude coordinate. The configLambertProjection() function should
// have been called prior to this one to setup the specific parameters for the
// projection. The Northing/Easting parameters are in meters (because the datum
// used is in meters) and are relative to the falseNorthing/falseEasting
// coordinate. Which in turn is relative to the Lat/Long of origin The formula
// were obtained from URL http://www.ihsenergy.com/epsg/guid7_2.html. Code
// was written by Brenor Brophy, brenor dot brophy at gmail dot com
//
function convertLCCtoLL()
{
$e = sqrt($this->e2);
 
$phi1 = deg2rad($this->firstStdParallel); // Latitude of 1st std parallel
$phi2 = deg2rad($this->secondStdParallel); // Latitude of 2nd std parallel
$phio = deg2rad($this->latOfOrigin); // Latitude of Origin
$lamdao = deg2rad($this->longOfOrigin); // Longitude of Origin
$E = $this->lccEasting;
$N = $this->lccNorthing;
$Ef = $this->falseEasting;
$Nf = $this->falseNorthing;
 
$m1 = cos($phi1) / sqrt(( 1 - $this->e2*sin($phi1)*sin($phi1)));
$m2 = cos($phi2) / sqrt(( 1 - $this->e2*sin($phi2)*sin($phi2)));
$t1 = tan((pi()/4)-($phi1/2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phi1) ) / ( 1 + $e*sin($phi1) )),$e/2);
$t2 = tan((pi()/4)-($phi2/2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phi2) ) / ( 1 + $e*sin($phi2) )),$e/2);
$to = tan((pi()/4)-($phio/2)) / pow(( ( 1 - $e*sin($phio) ) / ( 1 + $e*sin($phio) )),$e/2);
$n = (log($m1)-log($m2)) / (log($t1)-log($t2));
$F = $m1/($n*pow($t1,$n));
$rf = $this->a*$F*pow($to,$n);
$r_ = sqrt( pow(($E-$Ef),2) + pow(($rf-($N-$Nf)),2) );
$t_ = pow($r_/($this->a*$F),(1/$n));
$theta_ = atan(($E-$Ef)/($rf-($N-$Nf)));
 
$lamda = $theta_/$n + $lamdao;
$phi0 = (pi()/2) - 2*atan($t_);
$phi1 = (pi()/2) - 2*atan($t_*pow(((1-$e*sin($phi0))/(1+$e*sin($phi0))),$e/2));
$phi2 = (pi()/2) - 2*atan($t_*pow(((1-$e*sin($phi1))/(1+$e*sin($phi1))),$e/2));
$phi = (pi()/2) - 2*atan($t_*pow(((1-$e*sin($phi2))/(1+$e*sin($phi2))),$e/2));
$this->lat = rad2deg($phi);
$this->long = rad2deg($lamda);
}
 
//------------------------------------------------------------------------------
// This is a useful function that returns the Great Circle distance from the
// gPoint to another Long/Lat coordinate
//
// Result is returned as meters
//
function distanceFrom($lon1, $lat1)
{
$lon1 = deg2rad($lon1); $lat1 = deg2rad($lat1); // Added in 1.3
$lon2 = deg2rad($this->Long()); $lat2 = deg2rad($this->Lat());
$theta = $lon2 - $lon1;
$dist = acos(sin($lat1) * sin($lat2) + cos($lat1) * cos($lat2) * cos($theta));
 
// Alternative formula supposed to be more accurate for short distances
// $dist = 2*asin(sqrt( pow(sin(($lat1-$lat2)/2),2) + cos($lat1)*cos($lat2)*pow(sin(($lon1-$lon2)/2),2)));
return ( $dist * 6366710 ); // from http://williams.best.vwh.net/avform.htm#GCF
}
 
//------------------------------------------------------------------------------
// This function also calculates the distance between two points. In this case
// it just uses Pythagoras's theorm using TM coordinates.
//
function distanceFromTM(&$pt)
{
$E1 = $pt->E(); $N1 = $pt->N();
$E2 = $this->E(); $N2 = $this->N();
$dist = sqrt(pow(($E1-$E2),2)+pow(($N1-$N2),2));
return $dist;
}
 
//------------------------------------------------------------------------------
// This function geo-references a geoPoint to a given map. This means that it
// calculates the x,y pixel coordinate that coresponds to the Lat/Long value of
// the geoPoint. The calculation is done using the Transverse Mercator(TM)
// coordinates of the gPoint with respect to the TM coordinates of the center
// point of the map. So this only makes sense if you are using Local TM
// projection.
//
// $rX & $rY are the pixel coordinates that corespond to the Northing/Easting
// ($rE/$rN) coordinate it is to this coordinate that the point will be
// geo-referenced. The $LongOrigin is needed to make sure the Easting/Northing
// coordinates of the point are correctly converted.
//
function gRef($rX, $rY, $rE, $rN, $Scale, $LongOrigin)
{
$this->convertLLtoTM($LongOrigin);
$x = (($this->E() - $rE) / $Scale) // The easting in meters times the scale to get pixels
// is relative to the center of the image so adjust to
+ ($rX); // the left coordinate.
$y = $rY - // Adjust to bottom coordinate.
(($rN - $this->N()) / $Scale); // The northing in meters
// relative to the equator. Subtract center point northing
// to get relative to image center and convert meters to pixels
$this->setXY((int)$x,(int)$y); // Save the geo-referenced result.
}
} // end of class gPoint
 
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/bibliotheque/Dao.php
New file
0,0 → 1,175
<?php
class Dao extends Bdd {
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête d'intégration sur table sophy_publication
public function integrerBiblio($biblio){
$biblio = array_map(array($this, 'proteger'), $biblio);
$requete = 'INSERT INTO sophy_publication VALUES ('.implode(', ', $biblio).');';
$resultat = $this->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
$info = $biblio['id_publi']." n'est pas intégrée.\n";
} else {
$info = $biblio['id_publi']." est intégrée.\n";
}
return $info;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête d'intégration sur table sophy_tableau
public function integrerTableau($titre) {
$titre = array_map(array($this, 'proteger'), $titre);
$requete_integre_tableau = 'INSERT INTO sophy_tableau VALUES ('.implode(', ', $titre).');';
$reponse_requete_int_tab = $this->requeter($requete_integre_tableau);
if ($reponse_requete_int_tab === false) {
$info = "tableau ".$titre['numPubli']."-".$titre['numTableau']." non intégrée.";
} else {
$info = '';
}
return $info;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requêtes sur table sophy_station
// Requête d'intégration qui retourne l'id de la dernière station insérée (rechercheIdStation)
public function integrerStation($station) {
$station = array_map(array($this, 'proteger'), $station);
$reponse['id_station'] = null;
$requete_integre_station = 'INSERT INTO sophy_station (`ss_num_source`, `ss_poste_meteo`, `ss_localisation`,
`ss_latitude`, `ss_pays`, `ss_longitude`,`ss_code_departement`, `ss_altitude`, `ss_code_insee_commune`,
`ss_ce_precision_geographique`, `ss_systeme_projection`, `ss_latitude_dms`, `ss_longitude_dms`, `ss_latitude_wgs`,
`ss_longitude_wgs`, `ss_utmNorthing`, `ss_utmEasting`, `ss_utmZone`) VALUES
('.implode(', ', $station).');';
$reponse_requete_int_stat = $this->requeter($requete_integre_station);
if ($reponse_requete_int_stat === false) {
$reponse['info'] = "station ".$station['numSource']." non intégrée. $requete_integre_station";
} else {
$reponse['id_station'] = $this->rechercheIdStation();
$reponse['info'] = '';
}
return $reponse;
}
// Retourne le dernier identifiant de la table station
public function rechercheIdStation() {
$requete_select_id = "SELECT MAX(ss_id_station) as idMax FROM sophy_station;";
$resultat_requete_id = $this->recuperer($requete_select_id);
return $resultat_requete_id['idMax'];
}
public function rechercherCoordonneesWgs() {
$requete = "SELECT `ss_longitude_wgs` as longitude, `ss_latitude_wgs` as latitude
FROM `sophy_station`
GROUP BY `longitude` , `latitude`";
/* Les stations restantes avec coordonnées sans code insee
SELECT COUNT( * ) AS `Lignes` , `ss_longitude_wgs` , `ss_latitude_wgs`
FROM `sophy_station`
WHERE `ss_latitude_wgs` != ''
AND `ss_code_insee_calculee` =0
GROUP BY `ss_longitude_wgs` , `ss_latitude_wgs`
ORDER BY `Lignes` DESC
*/
$resultat = $this->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
public function creerColonneCodeInseeCalculee() {
$create = "ALTER TABLE `sophy_station` ADD `ss_code_insee_calculee` VARCHAR( 5 ) NOT NULL ,
ADD INDEX ( `ss_code_insee_calculee` )";
$this->requeter($create);
}
public function ajouterCodeInseeCalculee($latitude, $longitude, $code_insee) {
$insert = "UPDATE `sophy_station` SET `ss_code_insee_calculee` = '$code_insee' ".
"WHERE ss_latitude_wgs = '$latitude' AND ss_longitude_wgs = '$longitude'";
$this->requeter($insert);
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête d'intégration sur table sophy_releve
public function integrerReleve($titre, $numReleve, $idStation) {
$requete_integre_releve = "INSERT INTO sophy_releve VALUES (".$titre['numPubli'].", ".
$titre['numTableau'].", ".$numReleve.", ".$idStation.");";
$reponse_requete_int_tab = $this->requeter($requete_integre_releve);
if ($reponse_requete_int_tab === false) {
$info = "releve ".$titre['numPubli']."-".$titre['numTableau']."-".$numReleve." non intégrée.";
echo $requete_integre_releve."\n";
} else {
$info = '';
}
return $info;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête d'intégration sur table sophy_observation
public function integrerObservation($observations) {
$requete = "INSERT INTO `sophy_observation` (`so_id_publi`, `so_id_tableau`, `so_id_releve`, `so_num_ligne`,".
" `so_id_taxon`, `so_id_strate`, `so_ce_abondance`) VALUES ";
foreach ($observations as $plante) {
if (isset($plante)) {
foreach ($plante as $observation) {
$observation = array_map(array($this, 'proteger'), $observation);
$requete .= " (".implode(', ', $observation)." ),";
}
}
}
$requete = substr($requete,0,-1).";";
$resultat = $this->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
echo $requete."\n";
$info = " n'est pas intégrée.\n";
} else {
$info = '';
}
return $info;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête pour calculer les statistiques sur toutes les tables
public function getNombreLigne($tables) {
$requete = null;
foreach ($tables as $nomTable => $colonnes) {
$requete = "SELECT COUNT(*) as nombreTotal";
foreach ($colonnes as $recherche => $nom) {
$requete .= ", count(distinct {$recherche}) as {$nom}";
}
$requete .= " FROM {$nomTable}; ";
$resultat[$nomTable] = $this->recupererTous($requete);
}
return $resultat;
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Requête de création et d'insertion sur table sophy_tapir
public function creerTapir() {
$info = 'Créé';
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS `sophy_tapir`;
CREATE table `sophy_tapir` AS
SELECT CONCAT(_utf8'urn:lsid:tela-botanica.org:sophy:',o.so_id_publi,'.',
o.so_id_tableau,'.',o.so_id_releve,'.',o.so_num_ligne,'.',
o.so_id_taxon,'.',o.so_id_strate) AS `guid`,
CONCAT(o.so_id_publi,'.',o.so_id_tableau,'.',o.so_id_releve,'.',
o.so_num_ligne,'.',o.so_id_taxon,'.',o.so_id_strate) AS `observation_id`,
p.sp_date AS observation_date,
t.st_nom AS nom_scientifique_complet,
CONCAT(s.ss_code_departement,s.ss_code_insee_commune) AS lieu_commune_code_insee,
s.ss_localisation AS `lieu_station_nom`,
s.ss_latitude_wgs AS `lieu_station_latitude`,
s.ss_longitude_wgs AS `lieu_station_longitude`,
s.ss_utmEasting AS `lieu_station_utm_est`,
s.ss_utmNorthing AS `lieu_station_utm_nord`,
s.ss_utmZone AS `lieu_station_utm_zone`,
p.sp_auteur AS observateur_nom_complet
FROM sophy_observation o LEFT JOIN sophy_taxon t ON (o.so_id_taxon = t.st_id_taxon)
LEFT JOIN sophy_releve r ON (r.sr_id_publi = o.so_id_publi AND r.sr_id_tableau = o.so_id_tableau AND r.sr_id_releve = o.so_id_releve )
LEFT JOIN sophy_station s ON (r.sr_id_station = s.ss_id_station)
LEFT JOIN sophy_publication p ON (r.sr_id_publi = p.sp_id_publi);";
$reponse = $this->requeter($requete);
if ($reponse === false) {
$info = "Erreur";
}
return $info;
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/bibliotheque/FloreDao.php
New file
0,0 → 1,74
<?php
class FloreDao extends Bdd {
 
public function integrerFlore($flore, $nom_flore){
$flore = array_map(array($this, 'proteger'), $flore);
$requete = "INSERT INTO sophy_{$nom_flore} VALUES ";
$i = 0; $j = 1000; $info = '';
foreach ($flore as $num => $nom) {
if ($i < $j) {
$requete .= " ({$num}, {$nom}), ";
} else {
$requete = substr($requete,0,-2).";";
$resultat = $this->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
$info .= $nom_flore.$j." n'est pas intégrée.\n";
} else {
$info .= $nom_flore.$j." est intégrée.\n";
}
$j += 1000;
$requete = "INSERT INTO sophy_{$nom_flore} VALUES ({$num}, {$nom}), ";
}
$i++;
}
$requete = substr($requete,0,-2).";";
$resultat = $this->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
$info .= $nom_flore.$i." n'est pas intégrée.\n";
//echo $requete."\n";
} else {
$info .= $nom_flore.$i." est intégrée.\n";
}
return $info;
}
public function chargerDonnees($fichier, $table) {
$requete = "LOAD DATA INFILE '$fichier' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
"CHARACTER SET utf8 ".
"FIELDS
TERMINATED BY ','";
$this->requeter($requete);
}
public function ajouterColonnes($donnees, $table) {
$this->preparerTable($table, 'sb_num_nom_retenu');
$this->preparerTable($table, 'sb_num_tax');
$this->lancerRequeteModification($table, $donnees);
}
private function preparerTable($table, $colonne) {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$table} LIKE '{$colonne}' ";
$resultat = $this->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$table} ".
"ADD {$colonne} INT(5) ";
$this->requeter($requete);
}
}
private function lancerRequeteModification($table, $flore) {
foreach ($flore as $num_nom => $info) {
$requete = "UPDATE {$table} ".
"SET sb_num_nom_retenu = {$info['num_nom_retenu']} ".
", sb_num_tax = {$info['num_tax']} ".
"WHERE sb_id_num_bdnff = $num_nom ";//echo $requete."\n";
$res = $this->requeter($requete);
if ($res === false) {
$this->traiterErreur("erreur d'insertion pour le tuple %s", array($id));
}
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/Insertion.php
New file
0,0 → 1,906
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion
*
* Description : classe permettant d'insérer les tableaux phytosociologiques de la banque de données SOPHY
* Utilisation : php script.php insertion -a test
*
* @category PHP 5.3
* @package phytosocio
//Auteur original :
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
* @version $Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Insertion extends EfloreScript {
protected $tableauTaxon;
protected $dao;
protected $observations;
// Paramêtres autorisées lors de l'appel au script en ligne de commande
protected $parametres_autorises = array(
'-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));
 
protected $param_bd_pour_stat = array(
'sophy_publication' => array(),
'sophy_tableau' => array('stab_id_publi' => 'nombrePubli'),
'sophy_releve' => array(
'sr_id_publi' => 'nombrePubli',
'sr_id_publi, sr_id_tableau' => 'nombreTableau',
'sr_id_station' => 'nombreStation'),
'sophy_observation' => array(
'so_id_publi' => 'nombrePubli',
'so_id_publi, so_id_tableau' => 'nombreTableau',
'so_id_publi, so_id_tableau, so_id_releve' => 'nombreReleve',
'so_id_taxon' => 'nombreTaxon'),
'sophy_station' => array(),
'sophy_taxon' => array()
);
 
// Composition classique d'un titre de tableau de stations ou phytosociologiques
protected $format_titre = array(
'numPubli' => array(0, 4),
'numTableau' => array(4, 3),
'nombreStations' => array(7, 3),
'titrePubli' => array(11, -1),
'typeTableau' => array(79, 1)
);
 
// Composition classique d'une station
protected $format_station = array(
'numSource' => array(0, 4),
'posteMeteo' => array(4, 5),
'nomStation' => array(10, 38),
'latitude' => array(49, 7),
'codePays' => array(56, 2),
'longitude' => array(59, 6),
'codeDept' => array(66, 2),
'altitude' => array(69, 4),
'codeCommune' => array(74, 3),
'precisionGeographique' => array(78, 1),
'systemeProjection' => array(79, 1),
'latitude2' => array(80, 8),
'longitude2' => array(88, 8)
);
 
// Composition classique d'une ligne de tableau phytosociologique
protected $format_tableau = array(
0 => array(
'numLigne' => array(0, 3),
'idTaxon' => array(3, 5),
'strate' => array(8, 1),
'codeFlore' => array(9, 1),
'abondance_rem' => array(10, 70)),
2 => array(
'numSource' => array(0, 5),
'posteMeteo' => array(5, 3),
'numLigne' => array(8, 2),
'codeFournier1' => array(10, 5),
'abondance1' => array(15, 1),
'strate1' => array(16, 1),
'codeFournier2' => array(17, 5),
'abondance2' => array(22, 1),
'strate2' => array(23, 1),
'codeFournier3' => array(24, 5),
'abondance3' => array(29, 1),
'strate3' => array(30, 1),
'codeFournier4' => array(31, 5),
'abondance4' => array(36, 1),
'strate4' => array(37, 1),
'codeFournier5' => array(38, 5),
'abondance5' => array(43, 1),
'strate5' => array(44, 1),
'codeFournier6' => array(45, 5),
'abondance6' => array(50, 1),
'strate6' => array(51, 1),
'codeFournier7' => array(52, 5),
'abondance7' => array(57, 1),
'strate7' => array(58, 1),
'codeFournier8' => array(59, 5),
'abondance8' => array(64, 1),
'strate8' => array(65, 1),
'codeFournier9' => array(66, 5),
'abondance9' => array(71, 1),
'strate9' => array(72, 1),
'codeFournier10' => array(73, 5),
'abondance10' => array(78, 1),
'strate10' => array(79, 1)),
6 => array(
'numSource' => array(0, 4),
'posteMeteo' => array(4, 4),
'numLigne' => array(8, 2),
'strate1' => array(10, 1),
'codeFournier1' => array(11, 4),
'abondance1' => array(16, 1),
'strate2' => array(17, 1),
'codeFournier2' => array(18, 4),
'abondance2' => array(23, 1),
'strate3' => array(24, 1),
'codeFournier3' => array(25, 4),
'abondance3' => array(30, 1),
'strate4' => array(31, 1),
'codeFournier4' => array(32, 4),
'abondance4' => array(37, 1),
'strate5' => array(38, 1),
'codeFournier5' => array(39, 4),
'abondance5' => array(44, 1),
'strate6' => array(45, 1),
'codeFournier6' => array(46, 4),
'abondance6' => array(51, 1),
'strate7' => array(52, 1),
'codeFournier7' => array(53, 4),
'abondance7' => array(58, 1),
'strate8' => array(59, 1),
'codeFournier8' => array(60, 4),
'abondance8' => array(65, 1),
'strate9' => array(66, 1),
'codeFournier9' => array(67, 4),
'abondance9' => array(72, 1),
'strate10' => array(73, 1),
'codeFournier10' => array(74, 4),
'abondance10' => array(79, 1)),
7 => array(
'numReleve' => array(2, 3),
'posteMeteo' => array(7, 3),
'codeFournier1' => array(10, 4),
'abondance1' => array(14, 1),
'strate1' => array(15, 1),
'codeFournier2' => array(16, 4),
'abondance2' => array(20, 1),
'strate2' => array(21, 1),
'codeFournier3' => array(22, 4),
'abondance3' => array(26, 1),
'strate3' => array(27, 1),
'codeFournier4' => array(28, 4),
'abondance4' => array(32, 1),
'strate4' => array(33, 1),
'codeFournier5' => array(34, 4),
'abondance5' => array(38, 1),
'strate5' => array(39, 1),
'codeFournier6' => array(40, 4),
'abondance6' => array(44, 1),
'strate6' => array(45, 1),
'codeFournier7' => array(46, 4),
'abondance7' => array(50, 1),
'strate7' => array(51, 1),
'codeFournier8' => array(52, 4),
'abondance8' => array(56, 1),
'strate8' => array(57, 1),
'codeFournier9' => array(58, 4),
'abondance9' => array(62, 1),
'strate9' => array(63, 1),
'codeFournier10' => array(64, 4),
'abondance10' => array(68, 1),
'strate10' => array(69, 1),
'numLigne' => array(71, 2),
'codeCarte' => array(73, 7))
);
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
public function executer() {
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/Dao.php';
Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini');
$this->dao = new Dao();
// Récupération de paramétres
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'testDossier' :
$this->executerTestDossier();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
case 'biblio' :
$this->executerBiblio();
break;
case 'station' :
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/gPoint.php';
$this->executerStation();
break;
case 'stationCodeInsee' :
$this->executerStationCodeInsee();
break;
case 'tableau' :
include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/TaxonDao.php';
$this->tableauTaxon = new TaxonDao();
$this->executerTableau();
break;
case 'stats' :
$this->executerStats();
break;
case 'tapir' :
$info = $this->dao->creerTapir();
$this->traiterErreur($info);
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
protected function chargerStructureSql() {
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
$this->executerScripSql($contenuSql);
}
protected function executerScripSql($sql) {
$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
foreach ($requetes as $requete) {
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS sophy_abondance, `sophy_bdnff`, `sophy_bryophyte`, `sophy_ciff`, ".
"`sophy_ciff_fournier`, `sophy_codefr94`, `sophy_flora_europea`, `sophy_fournier`, `sophy_fournier_bdnff`,".
" `sophy_observation`, `sophy_precision_geo`, `sophy_publication`, `sophy_releve`, `sophy_station`, `sophy_strate`,".
" `sophy_syntri`, `sophy_syntri_fournier`, `sophy_tableau`, `sophy_taxon`";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// vérifie qu'il n'y est pas de fichier en double dans le dossier
// à faire avant d'insérer un nouveau dossier
private function executerTestDossier() {
$nomDossier = Config::get('dossierDonneesSophy').$this->getParametre('n');
if (file_exists($nomDossier) === true) {
if (is_dir($nomDossier)) {
if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
if ( !is_dir($nomFichier) ) {
if (preg_match('/^[ST]{1,2}(\d{2}1)(\d{2}0)\.*/', $nomFichier, $match)) {
// fichier normal type 001 à 010
} elseif (preg_match('/^([ST]{1,2})(\d{3})(\d{3})\.*/', $nomFichier, $match)) {
if (($match[1]=='ST' || $match[1]=='T') && ($match[3] - $match[2] == 1)) {
// fichier normal type 1000 à 1010
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier risque d'être en double.");
}
}
}
}
closedir($dossierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
}
} else {
$this->traiterErreur("$nomDossier n'est pas un dossier.");
}
} else {
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
}
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier biblio format csv
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertion -a biblio -n ./../donnees/sophy/BIBLIO.csv
private function executerBiblio() {
// Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.
$nomFichier = Config::get('dossierDonneesSophy').'BIBLIO.csv';
if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
if ($extensionFichier === ".csv"){
$file = new SplFileObject($nomFichier);
$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
$i = 0;
echo "Traitement de la biblio : ";
while (!$file->eof()){
$ligne_csv = $file->fgetcsv();
if (preg_match('/^\d+$/', $ligne_csv[0])){
// récupére les colonnes du csv pour les transformer en table publication
$biblio = $this->transformerBiblio($ligne_csv);
// integre les publications à la bdd
$info = $this->dao->integrerBiblio($biblio);
$this->traiterInfo($info);
}
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
}
echo "\n";
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'est pas au format csv.");
}
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'existe pas.");
}
}
 
private function transformerBiblio($ligne_csv){
$biblio['id_publi'] = $ligne_csv[0];
$biblio['auteur'] = $ligne_csv[2].' '.$ligne_csv[3];
$biblio['date'] = $ligne_csv[4];
$biblio['titre'] = rtrim($ligne_csv[5].' '.$ligne_csv[6].' '.$ligne_csv[7].' '.$ligne_csv[8].' '.$ligne_csv[9]);
$biblio['revue'] = rtrim($ligne_csv[10].' '.$ligne_csv[11]);
$biblio['volume'] = $ligne_csv[12];
$biblio['tome'] = $ligne_csv[13];
$biblio['fascicule'] = $ligne_csv[14];
$biblio['page_debut'] = $ligne_csv[15];
$biblio['page_fin'] = $ligne_csv[16];
return $biblio;
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement des fichiers stations
// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a station -n ./../doc/donnees/ST/
private function executerStation() {
// transforme les fichiers passés en un tableau
//de la forme [nom du fichier][index des tableaux][numéro de ligne]
$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'ST/');
foreach ($tableaux as $fichier) {
foreach ($fichier as $tableau) {
if ($tableau[0] != "") {
// découpe la première ligne du tableau et insére les données dans la table tableau
$titre = $this->analyserTitreStation($tableau['0']);
for ($numReleve = 1; $numReleve < sizeof($tableau); $numReleve++) {
// découpe les autres lignes, insére les données dans la table station et retourne l'id de la station
if (trim($tableau[$numReleve]) == '') {
$id_station = 0;
} else {
$id_station = $this->analyserStation($tableau[$numReleve]);
}
// insére les données tableau et station dans la table relevé
$info = $this->dao->integrerReleve($titre, $numReleve, $id_station);
if ($info != '') {
$this->traiterErreur($info);
}
}
}
}
}
}
 
private function analyserTitreStation($titre) {
$titreDecoupe = $this->decouperLigne($titre, $this->format_titre);
$info = $this->dao->integrerTableau($titreDecoupe);
if ($info != '') {
$this->traiterErreur($info);
}
return $titreDecoupe;
}
 
private function analyserStation($ligne) {
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($ligne, $this->format_station);
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = null;
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = null;
// vérifie que les zéro du code sont présents
$ligneDecoupe = $this->analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe);
// transforme les grades paris en degrés décimaux wms
$ligneDecoupe = $this->analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne);
// transforme les degrés sexagécimaux en degrés décimaux
$ligneDecoupe = $this->analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe);
// transforme les degrés décimaux en UTM
$ligneDecoupe = $this->transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe);
$ligneDecoupe['nomStation'] = utf8_encode($ligneDecoupe['nomStation']);
$retour_requete = $this->dao->integrerStation($ligneDecoupe);
if ($retour_requete['info'] != '') {
$this->traiterErreur($retour_requete['info']);
}
return $retour_requete['id_station'];
}
private function executerStationCodeInsee() {
$this->dao->creerColonneCodeInseeCalculee();
$liste_coordonnees = $this->dao->rechercherCoordonneesWgs();
foreach ($liste_coordonnees as $coordonnees) {
$code_insee = $this->chercherCodeCommune($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude']);
if ($code_insee != "") {
$this->dao->ajouterCodeInseeCalculee($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude'], $code_insee);
}
}
}
private function chercherCodeCommune($latitude, $longitude) {
$code_insee = '';
if ($this->testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude)) {
$url_service = "www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/osm/nom-commune".
"?lat={$latitude}&lon={$longitude}";
$url_service = str_replace(',', '.', $url_service);
$ch = curl_init($url_service);
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
$reponse = curl_exec($ch);
$reponse = json_decode($reponse);
if (isset($reponse->codeINSEE)) {
$code_insee = $reponse->codeINSEE;
}
curl_close($ch);
}
return $code_insee;
}
private function testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude) {
$coord_france = false;
if ($latitude != '' && $longitude != '') {
if ($latitude < 51.071667 && $latitude > 41.316667) {
if ($longitude < 9.513333 && $longitude > -5.140278) {
$coord_france = true;
}
}
}
return $coord_france;
}
private function analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe) {
if (preg_match('/^\d{2}$/', $ligneDecoupe['codeDept'])) {
} elseif (preg_match('/^\s{0,1}\d{1,2}\s{0,1}$/',$ligneDecoupe['codeDept'])) {
$ligneDecoupe['codeDept'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeDept']);
} else {
$ligneDecoupe['codeDept'] = null;
}
if (preg_match('/^\d{3}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {
} elseif (preg_match('/^\s{0,2}\d{1,2,3}\s{0,2}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {
$ligneDecoupe['codeCommune'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeCommune']);
} elseif ($ligneDecoupe['codeDept'] == null) {
$ligneDecoupe['codeCommune'] = null;
} else {
$ligneDecoupe['codeCommune'] = '000';
}
return $ligneDecoupe;
}
private function analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne) {
if (preg_match('/[\s0]0\.000/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
} elseif (preg_match('/\d{1,2}\.\d{2,3}/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {// format souhaité
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9+2.3372291, 7);
} elseif (preg_match('/(\d{2})[\d\s,](\d{3})/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {//erreur de saisie
$ligneDecoupe['latitude'] = $match[1].'.'.$match[2];
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9 + 2.3372291, 7);
} elseif (preg_match('/^[a-zA-Z\s]*[a-zA-Z][a-zA-Z\s]*$/', $ligneDecoupe['latitude'])) {// lat absente + nom long
$ligneDecoupe['nomStation'] = rtrim(substr($ligne, 10, 48));
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
} elseif (preg_match('/.[AO].123/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
} elseif ($ligneDecoupe['latitude'] != null) {
$ligneDecoupe['latitude'] = null;
$ligneDecoupe['longitude'] = null;
}
return $ligneDecoupe;
}
private function analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe) {
if (preg_match('/(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['latitude2'], $match)) {
$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($match[1]+($match[2]/60)+($match[3]/3600), 7);
}
if (preg_match('/(-{0,1})(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['longitude2'], $match)) {
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($match[2]+($match[3]/60)+($match[4]/3600), 7);
if ($match[1] == '-') {
$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = -$ligneDecoupe['longitude_wgs'];
}
}
return $ligneDecoupe;
}
private function transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe) {
$ligneDecoupe['utmNorthing'] = null;
$ligneDecoupe['utmEasting'] = null;
$ligneDecoupe['utmZone'] = null;
if ($ligneDecoupe['longitude_wgs'] != null && $ligneDecoupe['latitude_wgs'] != null) {
$convertisseur = new gPoint();
$convertisseur->setLongLat($ligneDecoupe['longitude_wgs'], $ligneDecoupe['latitude_wgs']);
$convertisseur->convertLLtoTM();
$ligneDecoupe['utmNorthing'] = round($convertisseur->N(), 2);
$ligneDecoupe['utmEasting'] = round($convertisseur->E(), 2);
$ligneDecoupe['utmZone'] = $convertisseur->Z();
}
return $ligneDecoupe;
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement des fichiers tableaux
// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a tableau -n ./../doc/donnees/T/
private function executerTableau() {
$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'T/');
$observations = array();
foreach ($tableaux as $fichier) {
foreach ($fichier as $tableau) {
if ($tableau[0] != "") {
$this->observations = array();
$titre = $this->decouperLigne($tableau[0], $this->format_titre);
$this->analyserTableau($tableau, $titre);
/*$info = $this->dao->integrerObservation($this->observations, $titre);
if ($info != '') {
$this->traiterErreur($info);
}*/
}
}
} $this->tableauTaxon->integrerTaxons();
}
 
private function analyserTableau($tableau, $titre) {
if ($titre['typeTableau'] == ' ') {
$titre['typeTableau'] = 0;
}
switch ($titre['typeTableau']) {
case 0 :
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);
if (trim($ligneDecoupe['idTaxon']) == '' && trim($ligneDecoupe['abondance_rem']) == '' &&
preg_match('/^\s+\*N\s*\*\s*$/', $ligneDecoupe['indetermine'])) {
for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = $ligneDecoupe['numLigne'];
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;
$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';
}
} else {
$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne);
}
}
for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {
$j = false;
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
if (isset($this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve])) {
$j = true;
}
}
if ($j == false) {
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = 0;
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;
$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';
}
}
break;
case 2 :
$numSource = 0; $numReleve = 0;
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['2']);
if ($ligneDecoupe['numSource'] != $numSource) {
// $numSource correspond au numero à la station par l'auteur,
// $numReleve correspond à l'id de la station
$numSource = $ligneDecoupe['numSource'];
$numReleve ++;
}
if (strlen(trim($tableau[$numeroLigne])) < 10) {
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_releve'] = $numReleve;
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_num_ligne'] = 0;
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_taxon'] = 0;
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_strate'] = 0;
$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_ce_abondance'] = '?';
} else {
$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
}
}
break;
case 6 :
$numSource = 0; $numReleve = 0;
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['6']);
$num = (preg_match('/[\dA-Z]+\s+[\dA-Z]+/', $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo']))
? ltrim($ligneDecoupe['numSource'])
: $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo'];
if ($num !== $numSource) {
$numSource = $num;
$numReleve ++;
}
$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
}
break;
case 7 :
$numSource = 0; $numReleve = 0;
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['7']);
if (trim($ligneDecoupe['numReleve']) !== $numSource) {
$numSource = trim($ligneDecoupe['numReleve']);
$numReleve ++;
}
$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);
}
break;
default :
for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {
$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);
$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe);
}
break;
}
return $ligneDecoupe;
}
// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type standard (0)
private function creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {
$observation = null;
// Retourne l'id du taxon dans la bd sophy
$idTaxon = $this->identifierTaxon($titre['nombreStations'], $ligneDecoupe, $numeroLigne);
// découpe le champs abondance_rem ou indetermine selon le nombre de relevés
$remAbondance = substr(
($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) ? $ligneDecoupe['abondance_rem'] : $ligneDecoupe['indetermine'],
0, $titre['nombreStations']);
// si aucun relevé ne contient d'abondance pour un taxon, ajout d'une abondance ? pour ce taxon
if (trim($remAbondance) == '') {
$remAbondance = '?';
}
for ($numReleve = 1; $numReleve <= $titre['nombreStations']; $numReleve++) {
if ($remAbondance === '?' && $numeroLigne === 1) {
$abondance = '?';
} else {
$abondance = substr($remAbondance, ($numReleve-1), 1);
}
if ($abondance != '' && $abondance != ' ') {
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_releve'] = $numReleve;
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_num_ligne'] = $numeroLigne;
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_taxon'] = $idTaxon;
if ($ligneDecoupe['strate'] != null) {
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'];
} else {
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = 0;
}
$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_ce_abondance'] = $abondance;
}
}
}
// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type 2, 6 ou 7 (10 plantes en lignes)
private function creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne) {
$observation = null;
for ($i = 1; $i < 11; $i++) {
// si le numéro de taxon et l'abondance ne sont pas nulls
if ((($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') &&
(trim($ligneDecoupe['codeFournier'.$i]) == '' || $ligneDecoupe['codeFournier'.$i] == '0'))) {
} else {
$positionTaxon = $ligneDecoupe['numLigne']*10 + $i - 10;
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_releve'] = $numReleve;
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_num_ligne'] = $positionTaxon;
$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeFournier'.$i]);
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_taxon'] =
$this->identifierTaxon2($idTaxon, $titre['typeTableau']);
if ($ligneDecoupe['strate'.$i] != null) {
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'.$i];
} else {
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = 0;
}
if ($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') {
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = '?';
} else {
$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = $ligneDecoupe['abondance'.$i];
}
}
}
}
private function identifierTaxon2($idTaxon, $typeTableau) {
$id = 0;
if ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 75000) {
$id = $this->tableauTaxon->getId(75000, 'algues');
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 85000) {
$id = $this->tableauTaxon->getId(85000, 'characees');
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 90000) {
$id = $this->tableauTaxon->getId(90000, 'bryo');
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 95000) {
$id = $this->tableauTaxon->getId(95000, 'lichen');
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 90000) {
$idTaxon -= 90000;
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'bryo');
} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 20000) {
$idTaxon -= 20000;
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'floeur');
} else {
if ($typeTableau == 2 && ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '')) {
$idTaxon = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 +
(substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 + (substr($idTaxon, 4, 1) + 1);
} elseif ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '') {
$idTaxon = ltrim($idTaxon, "0");
} else {
$idTaxon = 0;
}
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'fournier');
}
return $id;
}
 
// fonctions nécessaires pour les tableaux de type standard (0)
private function identifierTaxon($nombreReleves, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {
// decoupe le champs remarque
if ($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) {
$rem = trim(substr($ligneDecoupe['abondance_rem'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['abondance_rem'])));
} else {
$rem = substr($ligneDecoupe['indetermine'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['indetermine']));
}
$remAnalyse = $this->analyserRemarque($rem, $numeroLigne);
$id = 0;
if ($ligneDecoupe['idTaxon'] != null) {
$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['idTaxon']);
switch ($idTaxon) { // probleme code dans les 80000 attentes reponses brisse
case 0 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, 00000); break;
case 00000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon); break;
case 20000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;
case 75000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'algues'); break;
case 85000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'characees'); break;
case 90000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;
case 95000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'lichen'); break;
default :
if ($idTaxon < 1100) {
$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);
}elseif ($idTaxon < 20000) {
// transformer code fournier en numéro fournier
$numeroFournier = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 + (substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 +
(substr($idTaxon, 4, 1) + 1);
$id = $this->recupererId($remAnalyse, $numeroFournier, 'fournier'); break;
} elseif ($idTaxon < 90000) {
$idTaxon -= 20000;
$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;
} else {
$idTaxon -= 90000;
$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;
}
break;
}
} else {
$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);
}
return $id;
}
 
private function recupererId($remAnalyse, $idTaxon, $flore = 'ind') {
if ($remAnalyse['presence'] == true) {
$id = $this->tableauTaxon->getId($remAnalyse['num'], $remAnalyse['flore'], $remAnalyse['nom'],
$flore, $idTaxon, $remAnalyse['remarques']);
} else {
$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, $flore);
}
return $id;
}
 
private function analyserRemarque($rem, $numeroLigne) {
$taxon['presence'] = false;
if ($rem != '') {
$taxon['flore'] = 'ind';
$taxon['num'] = 0;
$taxon['nom'] = null;
$taxon['remarques'] = null;
$remAsterique = preg_split('/\*/', $rem);
// recuperer le numero et/ou le nom qui sont en remarque
foreach ($remAsterique as $morceauRem) {
if ($morceauRem == 'N000000') {
} elseif (preg_match('/^[A-Z]{1,2}\s{5,6}$/', $morceauRem)) {
} elseif (preg_match('/^[\s0]*$/', $morceauRem)) {
} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([0\s]{5,6})$/', $morceauRem)) {
} elseif (preg_match('/^[\d\s]{5}\d$/', $morceauRem)) {
$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $morceauRem), '0');
$taxon['flore'] = 'syntri';
$taxon['presence'] = true;
} elseif (preg_match('/^\s*(\d[\d\s]+\d)\s*$/', $morceauRem, $match)) {
$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[1]), '0');
$taxon['flore'] = 'syntri';
$taxon['presence'] = true;
} elseif (preg_match('/^\s*[A-Za-z][a-z\s\.()]+$/', $morceauRem)) {
$taxon['nom'] = $morceauRem;
$taxon['presence'] = true;
} elseif (preg_match('/^\s*("\s*[\s"]*)([A-Za-z][A-Za-z\s\.()]+)$/', $morceauRem, $match)) {
foreach ($this->observations[$numeroLigne-1] as $obsPrec) {
$idPrec = $obsPrec['sc_id_taxon'];
}
$nombreQuote = substr_count($match[1], '"');
$nomPrec = preg_split('/\s/', $this->tableauTaxon->getNom($idPrec)); $nom = '';
if (preg_match('/^(x|var|ssp)/', $match[2])) {
} elseif ($nombreQuote == 2 || $nombreQuote == 4) {
$nombreQuote = $nombreQuote/2;
}
for ($i = 0; $i < $nombreQuote; $i++) {
if ($i < count($nomPrec)) {
$nom .= $nomPrec[$i]." ";
}
}
$taxon['nom'] = $nom.$match[2];
$taxon['remarques'] = $morceauRem;
$taxon['presence'] = true;
} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match) ||
preg_match('/^(\s{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match)) {
switch (trim($match[1])) {
case 'S' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
case 'CI' : $taxon['flore'] = 'ciff'; break;
case 'C' : $taxon['flore'] = 'codefr94'; break;
case 'BD' : $taxon['flore'] = 'bdnff'; break;
case 'N' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
case '' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;
default : $taxon['flore'] = 'ind'; break;
}
$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[2]), '0');
$taxon['presence'] = true;
} else {
$morceauRem = trim($morceauRem);
if ($morceauRem != '' && $morceauRem != null) {
$taxon['remarques'] = $morceauRem;
$taxon['presence'] = true;
}
}
}
}
return $taxon;
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction Statistiques
private function executerStats() {
$nombreTotalLignesTable = $this->dao->getNombreLigne($this->param_bd_pour_stat);
print_r($nombreTotalLignesTable);
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction générale
private function ouvrirDossier($nomDossier) {
$tableaux = null;
if (file_exists($nomDossier) === true) {
if (is_dir($nomDossier)) {
if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
if ( !is_dir($nomFichier) ) {
$nomFichier = $nomDossier.$nomFichier;
$tableaux[$nomFichier] = $this->ouvrirFichier($nomFichier);
}
}
closedir($dossierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
}
} else {
$tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier);
}
} else {
$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
}
return $tableaux;
}
 
// Prend en entree un fichier et retourne un tableau de Tableau phytosocio ou stations
private function ouvrirFichier($nomFichier) {
$tableauxDecoupes = null;
$clefTableau = 0;
$clefLigne = 0;
if (file_exists($nomFichier) === true) {
if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
if (preg_match('/^.*9{10}.*$/', $ligne)) {
$clefTableau ++ ;
$clefLigne = 0;
} else {
$tableauxDecoupes[$clefTableau][$clefLigne] = rtrim($ligne, " \t");
$clefLigne ++;
}
}
fclose($fichierOuvert);
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert.");
}
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable.");
}
return $tableauxDecoupes;
}
// utilise les tableaux format_titre ou format_station pour découper les lignes
private function decouperLigne($ligne, $format) {
$ligne = rtrim($ligne);
$taille = strlen($ligne);
foreach ($format as $param => $position) {
// si la taille de la ligne est inférieure à la taille du champs que l'on veut récupérer
if ($taille < ($position[0]+$position[1])) {
// on met à null sauf dans certains formats
$ligneDecoupe[$param] = null;
if (isset($format['numLigne'])) {
$ligneDecoupe['indetermine'] = rtrim(substr($ligne, $position[0], $taille));
}
} else {
$ligneDecoupe[$param] = trim(substr($ligne, $position[0], $position[1]));
}
}
return $ligneDecoupe;
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sophy/sophy.ini
New file
0,0 → 1,20
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Général
; Séparateur de dossier
ds = DIRECTORY_SEPARATOR
 
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Info sur l'application
info.nom = Scripts de gestion de la phytosociologie
; Abréviation de l'application
info.abr = sophy
; Version du Framework nécessaire au fonctionnement de cette application
info.framework.version = 0.2
;Encodage de l'application
appli_encodage = "UTF-8"
version="2010-12-02"
dossierDonneesSophy = "{ref:dossierDonneesEflore}{ref:info.abr}/{ref:version}/"
[fichiers]
structureSql = "sophy.sql"
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierDonneesSophy}{ref:fichiers.structureSql}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sitemap/sitemap.ini
New file
0,0 → 1,2
; Encodage : UTF-8
; ici mettre les variables du module
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/sitemap/Sitemap.php
New file
0,0 → 1,160
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Sitemap
*
* Description : classe permettant de réaliser un fichier Sitemap pour eFlore
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2008
* @link http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: Sitemap.class.php 1873 2009-03-31 10:07:24Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 
/**
* Classe crééant un Sitemap
*/
class Robot extends ScriptCommande {
private $lastmod = '2008-04-28';
private $changefreq = 'monthly';
public function executer() {
$cmd = $this->getParam('a');
switch ($cmd) {
case 'creer' :
$this->creerSiteMap();
break;
default :
trigger_error('Erreur : la commande "'.$cmd.'" n\'existe pas!'."\n", E_USER_ERROR);
}
}
private function creerSiteMap() {
// +-----------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Initialisation des paramêtres variables
$url_site = 'http://www.tela-botanica.org/';
$url_eflore = $url_site.'eflore/%s/nt/%s/%s';
$projets = array( array('id' => 25, 'code' => 'BDNFF', 'url' => $url_eflore, 'taxon_max' => 50000, 'onglets' => '*'),
array('id' => 29, 'code' => 'BDNFM', 'url' => $url_eflore, 'taxon_max' => 50000, 'onglets' => 'synthese,synonymie,vernaculaire,chorologie,biblio,information,illustration,wiki'),
array('id' => 38, 'code' => 'BDNBE', 'url' => $url_eflore, 'taxon_max' => 50000, 'onglets' => 'synthese,synonymie,chorologie,biblio,information,illustration,wiki'),
array('id' => 45, 'code' => 'BDAFN', 'url' => $url_eflore, 'taxon_max' => 500000, 'onglets' => 'synthese,synonymie,chorologie,biblio,information,illustration,wiki')
);
$onglets = array( 'synthese' => '0.9',
'synonymie' => '0.6',
'vernaculaire' => '0.8',
'chorologie' => '0.7',
'biblio' => '0.8',
'information' => '0.2',
'illustration' => '0.9',
'wiki' => '0.3',
'cel' => '0.5');
$xmlstr_sitemap = '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>'."\n".
'<urlset xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" '.
'xsi:schemaLocation="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9 '.
'http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9/sitemap.xsd" '.
'xmlns="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9">'."\n".
'</urlset>'."\n";
$xmlstr_sitemapindex = '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>'."\n".
'<sitemapindex xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" '.
'xsi:schemaLocation="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9 '.
'http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9/siteindex.xsd" '.
'xmlns="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9">'."\n".
'</sitemapindex>'."\n";
// +-----------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Initialisation des variables
$UrlSet = null;
$SiteMapIndex = null;
$cpt_url = 1;
$cpt_fichier = 1;
$Taxon = new EfloreTaxon(true);
// +-----------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Lancement du traitement
foreach ($projets as $projet) {
// Gestion des onglets affichables pour le projet courrant
if ($projet['onglets'] != '*') {
$projet['onglets'] = array_flip(explode(',', $projet['onglets']));
}
 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------+
echo "Création des URLs des taxons pour le projet {$projet['code']} : ";
$i = 1;
$taxons = $Taxon->consulterTaxon($projet['id']);
foreach ($taxons as $taxon) {
// Seul les taxons du projet sont indexés, on exclue les taxons virtuels
if ($taxon['et']['id']['taxon'] < $projet['taxon_max']) {
foreach ($onglets as $onglet => $priorite) {
// Vérification que l'onglet est autorisé pour ce projet
if ($projet['onglets'] == '*' || isset($projet['onglets'][$onglet])) {
// Affichage en console et en cas de test...
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
// Création du fichier XML si nécessaire
if (is_null($UrlSet)) {
$UrlSet = new SimpleXMLElement($xmlstr_sitemap);
}
// Ajout de l'url
$Url = $UrlSet->addChild('url');
$Url->addChild('loc', sprintf($projet['url'], $projet['code'], $taxon['et']['id']['taxon'], $onglet));
$Url->addChild('lastmod', $this->lastmod);
$Url->addChild('changefreq', $this->changefreq);
$Url->addChild('priority', $priorite);
// Vérification écriture du fichier ou pas
if ($cpt_url == 1) {
$estimation = strlen($UrlSet->asXml());
}
if (49999 == $cpt_url++ || ($estimation * $cpt_url) > 20000000 || $i == (int)$this->getParam('t')) {
$contenu = $UrlSet->asXml();
$cpt_url = 1;
$UrlSet = null;
 
// Création du fichier Sitemap compressé
$fichier_nom = 'sitemap'.$cpt_fichier++.'.xml';
$compression = false;
if (!is_numeric($this->getParam('t'))) {
$compression = true;
$fichier_nom .= '.gz';
}
$fichier = $this->getIni('log_chemin').$fichier_nom;
$this->creerFichier($fichier, $contenu, $compression);
// Création du XML d'index des Sitemap si nécessaire
if (is_null($SiteMapIndex)) {
$SiteMapIndex = new SimpleXMLElement($xmlstr_sitemapindex);
}
 
// Ajout du fichier Sitemap à l'index
$SiteMap = $SiteMapIndex->addChild('sitemap');
$SiteMap->addChild('loc', $url_site.$fichier_nom);
$SiteMap->addChild('lastmod', date('c', time()));
}
 
if ($i == (int)$this->getParam('t')) {break;}
}
}
}
// En cas de test...
if ($i == (int)$this->getParam('t')) {break;}
}
echo "\n";
// Création du fichier d'index des Sitemap
if (is_object($SiteMapIndex)) {
$index_contenu = $SiteMapIndex->asXml();
$index_fichier_nom = 'sitemap_index.xml';
$index_fichier = $this->getIni('log_chemin').$index_fichier_nom;
$this->creerFichier($index_fichier, $index_contenu);
}
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bdtxa/bdtxa.ini
New file
0,0 → 1,18
code="bdtxa"
version="1_00"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}{ref:code}/1.00/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
bdtxaMeta = "bdtxa_meta"
bdtxa = "bdtxa_v{ref:version}"
bdtxaTest = "bdtxa_v1_00"
 
 
[fichiers]
structureSql = "{ref:code}_v{ref:version}.sql"
bdt = "{ref:code}_v{ref:version}_ref.txt"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
bdt = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.bdt}"
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/bdtxa/Bdtxa.php
New file
0,0 → 1,353
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php bdtxa -a chargerTous
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2012, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class Bdtxa extends EfloreScript {
 
private $table = null;
private $pasInsertion = 1000;
private $departInsertion = 0;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-t' => array(false, false, 'Permet de tester le script sur un jeu réduit de données (indiquer le nombre de lignes).'));
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('bdtxa');
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerBdtxa();
$this->genererChpNomSciHtml();
$this->genererChpFamille();
$this->genererChpNomComplet();
$this->genererChpHierarchie();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerBdtxa' :
$this->chargerBdtxa();
break;
case 'genererChpNomSciHtml' :
$this->genererChpNomSciHtml();
break;
case 'genererChpNomComplet' :
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->genererChpNomComplet();
break;
case 'genererChpFamille' :
$this->genererChpFamille();
break;
case 'genererChpHierarchie' :
$this->genererChpHierarchie();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerBdtxa() {
$chemin = Config::get('chemins.bdt');
$table = Config::get('tables.bdtxa');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function genererChpNomSciHtml() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpNomSciHtml();
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
$erreurs = array();
$this->departInsertion = 0;
while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
$resultat = $this->recupererTuplesPrChpNomSciHtml();
 
try {
$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
} catch (Exception $e) {
$erreurs[] = $e->getMessage();
}
 
$this->remplirChpNomSciHtm($nomsSciEnHtml);
$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) break;
}
echo "\n";
 
$this->creerFichierLog('Erreurs lors de la génération HTML des noms scientifiques', $erreurs, 'erreurs_noms_sci_html');
}
 
private function initialiserGenerationChamps() {
$this->table = Config::get('tables.bdtxa');
echo $this->table;
}
 
private function preparerTablePrChpNomSciHtml() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererNbTotalTuples(){
$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
return $resultat['nb'];
}
 
private function recupererTuplesPrChpNomSciHtml() {
$requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '.
' nom_commercial, cultivar '.
"FROM {$this->table} ".
"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function remplirChpNomSciHtm($nomsSciHtm) {
foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
$html = $this->getBdd()->proteger($html);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_sci_html = $html WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
}
}
 
private function genererChpNomComplet() {
$this->preparerTablePrChpNomComplet();
$this->remplirChpNomComplet();
}
 
private function preparerTablePrChpNomComplet() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_complet' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_complet VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function remplirChpNomComplet() {
echo "Attribution du champ nom complet au taxons : ";
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_complet = CONCAT(nom_sci,' ',auteur)";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
echo "KO\n";
throw new Exception("Erreur de génération du champ nom complet");
} else {
echo "OK\n";
}
}
 
private function genererChpFamille() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpFamille();
$resultats = $this->recupererTuplesPrChpFamille();
$noms = array();
$introuvables = array();
$introuvablesSyno = array();
foreach ($resultats as $id => $nom) {
$nn = $nom['num_nom'];
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
$nts = $nom['num_tax_sup'];
$rg = $nom['rang'];
if ($nnr != '') {
if ($rg == '180') {
$noms[$nn] = $nom['nom_sci'];
} else {
if ($nn == $nnr) {// nom retenu
if (isset($noms[$nts])) {
$noms[$nn] = $noms[$nts];
} else {
$introuvables[] = $nn;
}
} else {// nom synonyme
if (isset($noms[$nnr])) {
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
} else {
$introuvablesSyno[] = $nom;
}
}
}
}
unset($resultats[$id]);
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux noms en cours");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) break;
}
echo "\n";
 
foreach ($introuvablesSyno as $id => $nom) {
$nn = $nom['num_nom'];
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
if (isset($noms[$nnr])) {
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
} else {
$introuvables[] = $nn;
}
unset($introuvablesSyno[$id]);
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux synonymes en cours");
}
echo "\n";
 
$msg = 'Plusieurs familles sont introuvables';
$this->creerFichierLog($msg, $introuvables, 'famille_introuvable');
 
$this->remplirChpFamille($noms);
}
 
private function preparerTablePrChpFamille() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'famille' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD famille VARCHAR(255) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererTuplesPrChpFamille() {
$requete = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
"FROM {$this->table} ".
"WHERE rang >= 180 ".
"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function remplirChpFamille($noms) {
foreach ($noms as $id => $famille) {
$famille = $this->getBdd()->proteger($famille);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET famille = $famille WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
$this->afficherAvancement("Insertion des noms de famille dans la base en cours");
}
echo "\n";
}
private function genererChpHierarchie() {
$this->initialiserGenerationChamps();
$this->preparerTablePrChpHierarchie();
$table = Config::get('tables.bdtxa');
$requete = "UPDATE $table SET hierarchie = NULL ";
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
$requete_hierarchie = "SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup FROM ".$table." ORDER BY rang DESC";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete_hierarchie);
$num_nom_a_num_sup = array();
foreach($resultat as &$taxon) {
$num_nom_a_num_sup[$taxon['num_nom']] = $taxon['num_tax_sup'];
}
$chemin_taxo = "";
foreach($resultat as &$taxon) {
$chemin_taxo = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($taxon['num_nom_retenu'], $num_nom_a_num_sup).'-';
$requete = "UPDATE $table SET hierarchie = ".$this->getBdd()->proteger($chemin_taxo)." WHERE num_nom = ".$taxon['num_nom']." ";
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
$this->afficherAvancement("Insertion de la hierarchie taxonomique en cours");
}
echo "\n";
}
private function traiterHierarchieNumTaxSup($num_nom_retenu, &$num_nom_a_num_sup) {
$chaine_hierarchie = "";
if(isset($num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu])) {
$num_tax_sup = $num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu];
$chaine_hierarchie = '-'.$num_tax_sup;
if($num_tax_sup != 0 && $num_tax_sup != '') {
$chaine_hierarchie = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($num_tax_sup, $num_nom_a_num_sup).$chaine_hierarchie;
}
}
return $chaine_hierarchie;
}
private function preparerTablePrChpHierarchie() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'hierarchie' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD hierarchie VARCHAR(1000) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
private function genererDonneesTestMultiVersion() {
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSqlTest'));
$this->executerScripSql($contenuSql);
 
$table = Config::get('tables.bdtxa');
$tableTest = Config::get('tables.bdtxaTest');
$requete = "INSERT INTO $tableTest SELECT * FROM $table";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerDonneesTestMultiVersion() {
$tableMeta = Config::get('tables.bdtxaMeta');
$requete = "DELETE FROM $tableMeta WHERE guid = 'urn:lsid:tela-botanica.org:bdtxa:1.00'";
$this->getBdd()->requeter($requete);
 
$tableTest = Config::get('tables.bdtxaTest');
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS $tableTest";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS bdtxa_meta, bdtxa_v0_01, bdtxa_v1_00";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function creerFichierLog($message, $lignes, $nomFichier) {
$lignesNbre = count($lignes);
if ($lignesNbre != 0) {
echo "$message. Voir le log de $lignesNbre lignes :\n";
 
$logContenu = implode(", \n", $lignes);
$logFichier = realpath(dirname(__FILE__))."/log/$nomFichier.log";
echo $logFichier."\n";
file_put_contents($logFichier, $logContenu);
}
}
}
?>
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/cel/maj-cleanup-201307.sql
New file
0,0 → 1,37
-- date d'observation dans le futur
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET date_observation = NULL WHERE date_observation > now();
-- cleanup
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET date_observation = NULL WHERE date_observation = '0000-00-00 00:00:00';
-- cleanup
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET latitude = NULL, longitude = NULL WHERE longitude = 0 and latitude = 0;
 
-- referentiels: 65800 NULL, 13000 ''
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_referentiel = SUBSTRING_INDEX(nom_referentiel, ':', 1);
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_referentiel = 'bdtfx' WHERE nom_referentiel IN ('bdtfx_v1','bdnff');
 
-- pas de raison historique mémorisée à une différence '' vs NULL
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_referentiel = NULL where nom_referentiel = '';
 
-- suppression des infos générées pour les observations dont le nom_sel à été supprimé par l'utilisateur
-- 3172
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c SET
c.nom_ret = '',
c.nom_sel_nn = NULL,
c.nom_ret = NULL,
c.nom_ret_nn = NULL,
c.nt = NULL,
c.famille = NULL
WHERE nom_sel = '' OR nom_sel IS NULL;
 
-- problème n°1: mauvais référentiel (bdtfx)
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_referentiel = 'bdtxa' WHERE lieudit = 'Grenade';
 
-- problème n°2: nom_sel NULL, nom_ret NOT NULL: 26 obs
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_sel = nom_ret, nom_sel_nn = nom_ret_nn WHERE nom_sel IS NULL AND nom_ret IS NOT NULL;
 
-- problème n°3: backslashes + newline: 90 + 217 obs
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET commentaire = REPLACE(commentaire, "\n\\\'", "'");
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET commentaire = REPLACE(commentaire, "\\\'", "'");
 
-- problème n°4: ce_zone_geo inutile: 57802 obs
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET ce_zone_geo = NULL WHERE ce_zone_geo = 'INSEE-C:';
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/cel/maj-nom-ret.sql
New file
0,0 → 1,44
/*
Cleanup des observation ayant un nom_ret_nn à 0 (mais un nom_ret défini...):
En effet, on peut pour l'instant POSTer $nom_ret, d'où bien souvent nom_sel == nom_ret, cependant nom_ret_nn = 0
(pas d'autodétection).
Nous pourrions donc les nullifier sans remord, ... mais ...
nom_ret == 0 est VALIDE (car bdtfx.num_nom_retenu == 0 est valide) [ 3800 nom_retenu "orphelins" de taxon ]
 
1) créer un index pour les jointures:
CREATE INDEX i_nom_ret ON `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` (`nom_sci`(8))
2) regarder les num_nom_ret orphelins de taxon en BDTFX:
SELECT * FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` WHERE num_nom_retenu = 0; # 3960
3) regarder les num_nom_ret orphelins de taxon en BDTXA:
SELECT * FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` WHERE num_nom_retenu = 0; # 0
4) regarder les orphelins équivalents dans `BASEEDIT`.`cel_obs`:
SELECT date_observation, SUBSTRING(nom_sel, 1, 50), nom_ret_nn, nom_ret, b.nom_sci FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c LEFT JOIN `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b on (c.nom_ret = b.nom_sci) WHERE nom_ret_nn = 0; # 7740
 
Donc ceux dont le nom_ret à été POSTé manuellement et qui matchent le nom_sci de BDTFX : on les conserve.
Mais les autres, qui ont un nom_ret probablement erroné et un nom_ret_nn à 0, on NULLify les données censées être (correctement) autogénérées !
 
Cela concerne:
SELECT date_observation, SUBSTRING(nom_sel, 1, 50), nom_ret_nn, nom_ret, b.nom_sci FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c LEFT JOIN `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b on (c.nom_ret = b.nom_sci) WHERE nom_ret_nn = 0
AND c.nom_ret != '' AND id_observation NOT IN ( SELECT id_observation FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b WHERE c.nom_ret = b.nom_sci AND c.nom_ret_nn = 0 ); # 960
*/
-- D'où la requête :
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_sel_nn = NULL, nom_ret = NULL, nom_ret_nn = NULL, nt = NULL, famille = NULL WHERE id_observation IN
( SELECT id_observation FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c LEFT JOIN `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b on (c.nom_ret = b.nom_sci) WHERE nom_ret_nn = 0
AND c.nom_ret != '' AND id_observation NOT IN ( SELECT id_observation FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b WHERE c.nom_ret = b.nom_sci AND c.nom_ret_nn = 0 ) );
 
-- TODO
-- UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_ret_nn = NULL WHERE nom_ret_nn = 0;
-- UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_sel_nn = NULL WHERE nom_sel_nn = 0;
 
/*
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` SET nom_sel = NULL, nom_sel_nn = NULL, nom_ret = NULL, nom_ret_nn = NULL, nt = NULL, famille = NULL,
FROM `BASEEDIT`.`cel_obs`
WHERE (nom_sel = '' OR nom_sel IS NULL) AND
(
(nom_ret IS NOT NULL AND nom_ret != '') OR
(nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 AND nom_ret_nn != '') OR
(nt IS NOT NULL AND nt != 0 AND nt != '') OR
(famille IS NOT NULL AND famille != '')
)
*/
 
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/cel/maj-referentiel-und-201307.sql
New file
0,0 → 1,100
/*
Mise à jour de réferentiels NULL ou vides pour les observations orphelines (sans nom_ret_nn)
2722 observations trouvées au 2013/07/19
*/
 
DROP PROCEDURE IF EXISTS getNomSci;
DROP PROCEDURE IF EXISTS getNomSciCount;
DROP PROCEDURE IF EXISTS getNomSciAuteur;
DROP PROCEDURE IF EXISTS getNomSciAuteurCount;
DROP PROCEDURE IF EXISTS cur;
 
delimiter |
 
-- obtient le nombre de matches sur nom_sel = nom_sci
CREATE PROCEDURE getNomSciCount(IN _nom varchar(500), OUT param1 INT)
BEGIN
SELECT sum(c) INTO param1 FROM (SELECT count(1) as c FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b WHERE nom_sci = _nom UNION ALL SELECT count(1) FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a WHERE nom_sci = _nom) AS req;
END
|
-- retourne les paramètres d'une match
CREATE PROCEDURE getNomSci(IN _nom varchar(500), OUT param1 char(5), OUT param2 varchar(601), OUT param3 INT, OUT param4 INT, OUT param5 varchar(255))
BEGIN
SELECT * INTO param1, param2, param3, param4, param5 FROM
(SELECT "bdtfx", CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_nom, b.num_taxonomique, b.famille FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b WHERE nom_sci = _nom
UNION ALL
SELECT "bdtxa", CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur), a.num_nom, a.num_tax, a.famille FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a WHERE nom_sci = _nom) AS req;
END
|
 
-- obtient le nombre de matches sur nom_sel = CONCAT(nom_sci, " ", auteur)
-- quasiment identique à ci-dessus, sauf que nous excluons de la recherche de bdtfx et bdtxa les nom dont le nom d'auteur est ''
CREATE PROCEDURE getNomSciAuteurCount(IN _nom varchar(500), OUT param1 INT)
BEGIN
SELECT sum(c) INTO param1 FROM (SELECT count(1) as c FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b WHERE CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = _nom UNION ALL SELECT count(1) FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a WHERE CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = _nom) AS req;
END
|
-- retourne les paramètres d'une match
CREATE PROCEDURE getNomSciAuteur(IN _nom varchar(500), OUT param1 char(5), OUT param2 varchar(601), OUT param3 INT, OUT param4 INT, OUT param5 varchar(255))
BEGIN
SELECT * INTO param1, param2, param3, param4, param5 FROM
(SELECT "bdtfx", CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_nom, b.num_taxonomique, b.famille FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b WHERE CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = _nom AND auteur != ''
UNION ALL
SELECT "bdtxa", CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur), a.num_nom, a.num_tax, a.famille FROM `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a WHERE CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = _nom AND auteur != '') AS req;
END
|
 
CREATE PROCEDURE cur()
BEGIN
DECLARE done INT DEFAULT 0;
DECLARE subst INT DEFAULT 0;
DECLARE _id_observation bigint(20) DEFAULT 0;
DECLARE _nom varchar(255) DEFAULT NULL;
 
-- la requête principale de sélection des observations à mettre à jour
DECLARE cur1 CURSOR FOR SELECT id_observation, nom_sel FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` WHERE nom_referentiel IS NULL AND nom_sel != '' AND nom_sel IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NULL; -- 78149
-- DECLARE CONTINUE HANDLER FOR NOT FOUND SET done = TRUE;
DECLARE CONTINUE HANDLER FOR SQLSTATE '02000' SET done = 1;
 
OPEN cur1;
 
REPEAT
FETCH cur1 INTO _id_observation, _nom;
CALL getNomSciCount(_nom, @a);
-- SELECT _id_observation, _nom, @a;
IF @a = 1 THEN
CALL getNomSci(_nom, @_ref, @_nom, @_num_nom, @_num_tax, @_famille);
SELECT "updb: getNomSci", _id_observation, _nom, '=', @_ref, @_nom, @_num_nom, @_num_tax, @_famille;
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c SET
c.nom_referentiel = @_ref,
c.nom_ret = @_nom,
c.nom_ret_nn = @_num_nom,
c.nt = @_num_tax,
c.famille = @_famille
WHERE id_observation = _id_observation;
SET subst = subst + 1;
/* ELSE
CALL getNomSciAuteurCount(_nom, @a);
IF @a = 1 THEN
CALL getNomSciAuteur(_nom, @_ref, @_nom, @_num_nom, @_num_tax, @_famille);
SELECT "updb: getNomSciAuteur", _id_observation, _nom, '=', @_ref, @_nom, @_num_nom, @_num_tax, @_famille;
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c SET
c.nom_referentiel = @_ref,
c.nom_ret = @_nom,
c.nom_ret_nn = @_num_nom,
c.nt = @_num_tax,
c.famille = @_famille
WHERE id_observation = _id_observation;
SET subst = subst + 1;
END IF;*/
END IF;
UNTIL done END REPEAT;
select subst AS 'nombre de mises à jour effectuées';
CLOSE cur1;
END
 
 
 
|
 
delimiter ;
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/cel/A_LIRE.txt
New file
0,0 → 1,112
Créer une base de données tb_cel avant de lancer les scripts
 
== Sommaire ==
1) à propos de la mise à jour de juillet 2013
2) à propos de la table cel_references
==============
 
1) cel_references.sql
création de la table `cel_references`
 
2) maj-struct-201307.sql
mise à jour des structure de table (les index notamment):
 
3) maj-cleanup-201307.sql
uniformisation des données (lon/lat, date, ...)
 
4) fix-utilisateur-32.sql
 
5) dedup-ordre-201307.sql
=====
6) TODO: maj-nom-ret.sql
TODO (pas sur) MAJ du référentiel pour les observation ayant un nom_ret_nn
 
7) maj-referentiel-201307.sql
MAJ du référentiel pour les observation ayant un nom_ret_nn
 
8) maj-referentiel-und-201307.sql
MAJ du référentiel pour les observation n'ayant pas de nom_ret_nn (tentative de détermination par nom)
 
9) referonosaure.sql
MAJ des observations (valides) avec les nouvelles données générées, à partir de bdtfx/bdtxa
 
 
 
 
 
 
 
 
=== 2: À propos de la table cel_references ===
Celle-ci existe car:
* les projets doivent être indépendants (eflore, cel, projets nvjfl, ...)
* les données nécessaire à l'export et à l'import sont massif
* or les webservices s'appellent parfois récursivement, sont lents et inadaptés
 
La conséquence est que la construction d'une table dérivée de bdtfx/bdtxa contenant
les informations utiles pour CEL s'avère nécessaire.
cel_references.sql construit une telle table.
 
Suivent quelques éléments de compréhension et exemples de requêtes liés à cette initialisation:
 
1) Détermination des nom vernaculaires meilleurs et uniques:
 
Ce sont ceux qui ont le num_statut le plus élevés pour un num_taxon donné dans nvjfl_v2007.
Plusieurs méthodes sont exposées ci-dessous, sachant que le couple (référentiel, num_nom) est la clef
unique de cel_references.
Il existe à ce jour 16146 nom communs français distincts, 12312 num_taxon pour code_lang = fra et aucun num_statut NULL en français.
1.1:
SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut, n2.num_statut FROM nvjfl_v2007 n LEFT JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon) WHERE n.num_taxon < 32 AND n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n2.num_statut) LIMIT 100;
# 12311 résultats
 
1.2:
SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n INNER JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon AND n.code_langue = n2.code_langue AND n.num_statut > n2.num_statut) WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon;
# 2680 résultats
 
1.3:
SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n LEFT JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon AND n.code_langue = n2.code_langue AND n.num_statut > n2.num_statut) WHERE n.code_langue = 'fra' AND n2.num_statut IS NOT NULL GROUP BY num_taxon;
# 2680 résultats
Mais problème ensuite: SELECT n.* from cel_references NATURAL JOIN nvjfl_v2007 n WHERE `nom_commun` = '' AND n.code_langue = 'fra';
 
 
 
2) à propos de l'insertion dans cel_references proprement dit:
Le modèle simplifié théorique de base est le suivant:
 
INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, MAX(n.num_statut) FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon AND n.code_langue = 'fra' ) GROUP BY b.num_nom \
UNION \
SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, NULL FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon AND n.code_langue = 'fra' ) GROUP BY b.num_nom \
UNION \
SELECT "isfan", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, NULL FROM isfan_v2013 b;
 
Mais évidemment, les noms communs n'existe que pour bdtfx, de même que les données baseflor/baseveg. Plusieurs tables temporaires sont donc nécessaires en particulier puisque toutes les colonnes n'ont pas
des indexes adaptés pour effectuer des JOIN efficace dans le cadre de ce script d'intégration particulier.
 
Une version plus aboutie, mais spécifique à bdtfx, après création préalable de T_nvjfl_v2007, était la suivante (présence des noms communs):
INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon );
 
 
À noter:
SELECT b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci FROM bdtfx_v1_01 b where b.num_taxonomique = '';
# 3968, c'est à dire des num_taxon vides, pourtant INDEX et NOT NULL.
Idem pour bdtxa
 
 
3) à propos de baseveg/baseflor:
Note au 16/07/2013: les schémas sont susceptibles de changer à l'avenir.
La jointure entre bdtfx et baseflor se fait sur le référentiel ("bdtfx") et num_nom.
À partir de là nous disposons d'un catminat_code qui correspond au code_catminat dans baseveg, afin d'obtenir le syntaxon.
Quelques exemples:
 
SELECT code_catminat, syntaxon, lumiere, hum_atmos, temperature, oceanite, ph_sol, hum_edaph, texture_sol FROM baseveg_v2013_01_09;
SELECT * from baseflor_v2012_12_31 where cle = 1174;
 
SELECT * from baseveg_v2013_01_09 where code_catminat = '05/3.0.1.0.2' AND niveau = 'ALL';
# 7 résultats
SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol FROM baseflor_v2012_12_31 f LEFT JOIN baseveg_v2013_01_09 v ON (f.catminat_code = v.code_catminat) WHERE f.BDNT = "BDTFX" and f.cle = 1174;
# 7 résultats
SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol FROM baseflor_v2012_12_31 f LEFT JOIN baseveg_v2013_01_09 v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL') WHERE f.BDNT = "BDTFX" and f.cle = 1174;
# 1 résultat
Nous utilisons v.niveau = ALL pour nous assurer la présence d'un seul f.num_nomen dans `T_basevegflor` et donc assurer l'unicité de la PRIMARY KEY de `cel_references`
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v0.1-20130830/scripts/modules/cel/Cel.php
New file
0,0 → 1,94
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php cel -a chargerTous
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class Cel extends EfloreScript {
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('cel');
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerCel();