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/tags/v5.8-aspergeraie/CHANGELOG
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0,0 → 1,107
Changements <next>:
 
Changements 2014-06-02 [création de la branche "v5.8-aspergeraie "]:
* Amélioration puis finalement archivage des scripts générant les contours de communes OSM (remplacé par : https://github.com/telabotanica/osm-boundary-admin )
* Ajout d'un script permettant d'extraire les contours de zones administratives des tables Mysql produite par le script osm-boundary-admin
* Amélioration du services NomCommune et création de ZoneAdmin (pour obtenir la hiérarchie de zones admin de coordonnées géo)
* Mise à jour Baseflor et Baseveg
* Correction d'un nom de fichier mal créé dans le script du CEL
* Simplification de la création de la table cel_references
* Amélioration du service chorodep (ajout exception si fichier svg de base de la carte introuvable).
 
Changements 2014-04-08 [création de la branche "v5.7-arrayanal"]:
* Les urls des images sont désormais un paramètre de config
* changement du formatage des descriptions
* changement de l'interrogation des images
* Première version refactorisée et améliorée du script OSM.
* Amélioration de la vitesse de l'ordonneur de chemin
 
Changements 2014-03-24 [création de la branche "v5.6-arganeraie"]:
* Services : renommage "bdtao" => "apd"
* Scripts : renommage "bdtao" => "apd"
* Apd: version "1_00" => "3_4_0"
* derniere version baseveg
* carte sans contours de département pour moissonnage petit format (png)
* Légère amélioration de la gestion des couleurs pour les petites tailles de png
* Prise en compte de la migration des données eFlore sur Agathis
* Mise à jour des services, scripts et docs du projet OSM.
* Ajout d'une condition dans les requetes sur les ids inférieurs et supérieurs des taxons qui les limite au nom retenu
* Ajout du champ num type s'il n'est pas déjà demandé dans les requetes de synonymie
 
Changements 2014-03-04 [création de la branche "v5.5-arbousiere"]:
* Ajout du web service renvoyant des liens vers les cartes de flore probable isssue de sophy
* nouvelle version de la bdtfx
* debug graphique baseflor valeur vide ne s'affiche plus comme 0
* correction requete vue tapir
* Script d'intégration du référentiel bdtao
* Ajout des scripts eFlore pour bdtao ; utilisation de 'num_basionyme' à la place de 'basionyme'.
 
Changements 2014-02-11 [création de la branche "v5.4-Arboretum"]:
* nouvelle version baseflor
* Les services Noms des trois référentiels (bdtfx, bdtxa, isfan) retournent maintenant en plus du libellé du rang, le code du rang dans "rang.code" lorsqu'on leur demande "champs.retour=rang"
* script de création données ifn et vue tapir
* script transformant les données des tables de tb_moissonnage à une table _tapir et une table meta dans tb_eflore
* ajout du moissonage de l'ifn
* interrogation ifn et baznat par num_nom et plus par nom_sci
 
Changements 2014-01-06 [création de la branche "v5.3-Amandaie"]:
* service presencemuseum
* Protection du graphique Baseflor contre les données NULL
* ajout de version chorodep
* Coste/textes : REDIRECT_QUERY_STRING => QUERY_STRING
* array_unique() sur les courriels de la carte de répartition
 
Changements 20130912 [création de la branche "Acheb"]:
* API change: coste
* référentiels: bdtfx 2.00, ontologies 4.40
* config:
- directives inutiles supprimées pour Coste [r857]
- bdnt: ontologie: 4_40
* coste: réécriture du webservice
 
Changements [[http://svn.tela-botanica.net/websvn/filedetails.php?repname=eFlore%2FProjets.eflore-projets&path=%2Ftrunk%2FChangelog&peg=839 v5.0-agropyraie-20130829]] :
- tenue du Changelog
- config: directives modifiées:
- cache.miseEnCache
- cache.dureeDeVie
- cache.stockageChemin
- ontologies:
- support critères multiples bdnt
- support critères multiples nvjfl
- support critères multiples baseflor
- cache d'appels pour bdtfx/meta-donnees
- SQL hard-codé en place du HTTP dans certains cas
- tests: nombreux ajouts et quelques changements de prototypes
- scripts:
- upgrades pour Cel
- Makefile pour configuration/
- renommage de noms de classes en conflit: Cartes et Ontologies
- améliorations dans l'usage du cache
 
Changements v0.1-20130830-1:
* nvjfl: fix notices
* cache: correction du cache des synonymes (noms à 255 caractères)
* cel/images: déduplication de auteurs au préalable de la requête d'identités
* Note: erreur de tag sur "v0.1-20130830"
 
Changements v0.1-20130829:
* tenue du Changelog
* config: directives modifiées:
- cache.miseEnCache
- cache.dureeDeVie
- cache.stockageChemin
* ontologies:
* support critères multiples bdnt
* support critères multiples nvjfl
* support critères multiples baseflor
* support critères multiples eflore
* cache d'appels pour bdtfx/meta-donnees
* SQL hard-codé en place du HTTP dans certains cas
* tests: nombreux ajouts et quelques changements de prototypes
* scripts:
* upgrades pour Cel
* Makefile pour configuration/
* renommage de noms de classes en conflit: Cartes et Ontologies
* améliorations dans l'usage du cache
 
v0.1-20130600
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/Messages.php
New file
0,0 → 1,124
<?php
class Messages {
/** Niveau de message de type LOG */
const MSG_LOG = 0;
/** Niveau de message de type ERREUR */
const MSG_ERREUR = 1;
/** Niveau de message de type AVERTISSEMENT */
const MSG_AVERTISSEMENT = 2;
/** Niveau de message de type INFORMATION */
const MSG_INFO = 3;
 
/** Inititulé des différents types de message. */
private static $msg_niveaux_txt = array('LOG', 'ERREUR','AVERTISSEMENT', 'INFO');
private $verbosite = '';
 
public function __construct($verbosite = 0) {
$this->verbosite = $verbosite;
}
 
/**
* Affiche un message d'erreur formaté.
* Si le paramétre de verbosité (-v) vaut 1 ou plus, le message est écrit dans le fichier de log et afficher dans la console.
*
* @param string le message d'erreur avec des %s.
* @param array le tableau des paramêtres à insérer dans le message d'erreur.
* @return void.
*/
public function traiterErreur($message, $tab_arguments = array()) {
$this->traiterMessage($message, $tab_arguments, self::MSG_ERREUR);
}
 
/**
* Affiche un message d'avertissement formaté.
* Si le paramétre de verbosité (-v) vaut 1, le message est écrit dans le fichier de log.
* Si le paramétre de verbosité (-v) vaut 2 ou plus, le message est écrit dans le fichier de log et afficher dans la console.
*
* @param string le message d'erreur avec des %s.
* @param array le tableau des paramêtres à insérer dans le message d'erreur.
* @return void.
*/
public function traiterAvertissement($message, $tab_arguments = array()) {
$this->traiterMessage($message, $tab_arguments, self::MSG_AVERTISSEMENT);
}
 
/**
* Retourne un message d'information formaté.
* Si le paramétre de verbosité (-v) vaut 1 ou 2 , le message est écrit dans le fichier de log.
* Si le paramétre de verbosité (-v) vaut 3 ou plus, le message est écrit dans le fichier de log et afficher dans la console.
*
* @param string le message d'information avec des %s.
* @param array le tableau des paramêtres à insérer dans le message d'erreur.
* @return void.
*/
public function traiterInfo($message, $tab_arguments = array()) {
$this->traiterMessage($message, $tab_arguments, self::MSG_INFO);
}
 
/**
* Retourne un message formaté en le stockant dans un fichier de log si nécessaire.
*
* @param string le message d'erreur avec des %s.
* @param array le tableau des paramêtres à insérer dans le message d'erreur.
* @param int le niveau de verbosité à dépasser pour afficher les messages.
* @return void.
*/
private function traiterMessage($message, $tab_arguments, $niveau = self::MSG_LOG) {
$log = $this->formaterMsg($message, $tab_arguments, $niveau);
if ($this->verbosite > ($niveau - 1)) {
echo $log;
if (Config::get('log_script')) {
// TODO : lancer le log
}
}
}
 
/**
* Retourne un message d'information formaté.
*
* @param string le message d'information avec des %s.
* @param array le tableau des paramêtres à insérer dans le message d'erreur.
* @return string le message d'erreur formaté.
*/
public function formaterMsg($message, $tab_arguments = array(), $niveau = null) {
$texte = vsprintf($message, $tab_arguments);
$prefixe = date('Y-m-j_H:i:s', time());
$prefixe .= is_null($niveau) ? ' : ' : ' - '.self::getMsgNiveauTxt($niveau).' : ';
$log = $prefixe.$texte."\n";
return $log;
}
 
private static function getMsgNiveauTxt($niveau) {
return self::$msg_niveaux_txt[$niveau];
}
 
/**
* Utiliser cette méthode dans une boucle pour afficher un message suivi du nombre de tour de boucle effectué.
* Vous devrez vous même gérer le retour à la ligne à la sortie de la boucle.
*
* @param string le message d'information.
* @param int le nombre de départ à afficher.
* @return void le message est affiché dans la console.
*/
public static function afficherAvancement($message, $depart = 0) {
static $avancement = array();
if (! array_key_exists($message, $avancement)) {
$avancement[$message] = $depart;
echo "$message : ";
 
$actuel =& $avancement[$message];
echo $actuel++;
} else {
$actuel =& $avancement[$message];
 
// Cas du passage de 99 (= 2 caractères) à 100 (= 3 caractères)
$passage = 0;
if (strlen((string) ($actuel - 1)) < strlen((string) ($actuel))) {
$passage = 1;
}
 
echo str_repeat(chr(8), (strlen((string) $actuel) - $passage));
echo $actuel++;
}
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/EfloreCommun.php
New file
0,0 → 1,66
<?php
/**
*
* fonctions
* @author mathilde
*
*/
class EfloreCommun {
 
private $Conteneur = null;
private $Bdd = null;
private $projetNom = '';
private $scriptChemin = '';
 
public function __construct($conteneur) {
$this->Conteneur = $conteneur;
$this->Bdd = $this->Conteneur->getBdd();
}
 
public function initialiserProjet($projetNom) {
$this->projetNom = $projetNom;
$this->chargerConfigDuProjet();
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Méthodes communes aux projets d'eFlore
 
public function chargerConfigDuProjet() {
$scriptChemin = $this->Conteneur->getParametre('scriptChemin');
$fichierIni = $scriptChemin.$this->projetNom.'.ini';
if (file_exists($fichierIni)) {
Config::charger($fichierIni);
} else {
$m = "Veuillez configurer le projet en créant le fichier '{$this->projetNom}.ini' ".
"dans le dossier du module de script du projet à partir du fichier '{$this->projetNom}.defaut.ini'.";
throw new Exception($m);
}
}
 
//changée
public function chargerStructureSql() {
$this->chargerFichierSql('chemins.structureSql');
}
 
public function chargerFichierSql($param_chemin) {
$fichierStructureSql = $this->Conteneur->getParametre($param_chemin);
$contenuSql = $this->recupererContenu($fichierStructureSql);
$this->executerScriptSql($contenuSql);
}
 
public function executerScriptSql($sql) {
$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
foreach ($requetes as $requete) {
$this->Bdd->requeter($requete);
}
}
 
public function recupererContenu($chemin) {
$contenu = file_get_contents($chemin);
if ($contenu === false){
throw new Exception("Impossible d'ouvrir le fichier SQL : $chemin");
}
return $contenu;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/excel_reader/excel_reader2.php
New file
0,0 → 1,1610
<?php
/**
* A class for reading Microsoft Excel (97/2003) Spreadsheets.
*
* Version 2.22
*
* Enhanced and maintained by Alex Frenkel < excell2@frenkel-online.com >
* Maintained at http://code.google.com/p/php-excel-reader2/
*
* Previosly mantained by Matt Kruse < http://mattkruse.com >
* Maintained at http://code.google.com/p/php-excel-reader/
*
* Format parsing and MUCH more contributed by:
* Matt Roxburgh < http://www.roxburgh.me.uk >
*
* DOCUMENTATION
* =============
* http://code.google.com/p/php-excel-reader2/wiki/Documentation
*
* CHANGE LOG
* ==========
* http://code.google.com/p/php-excel-reader2/wiki/ChangeHistory
*
*
* --------------------------------------------------------------------------
*
* Originally developed by Vadim Tkachenko under the name PHPExcelReader.
* (http://sourceforge.net/projects/phpexcelreader)
* Based on the Java version by Andy Khan (http://www.andykhan.com). Now
* maintained by David Sanders. Reads only Biff 7 and Biff 8 formats.
*
* PHP versions 4 and 5
*
* LICENSE: This source file is subject to version 3.0 of the PHP license
* that is available through the world-wide-web at the following URI:
* http://www.php.net/license/3_0.txt. If you did not receive a copy of
* the PHP License and are unable to obtain it through the web, please
* send a note to license@php.net so we can mail you a copy immediately.
*
* @category Spreadsheet
* @package Spreadsheet_Excel_Reader
* @author Vadim Tkachenko <vt@apachephp.com>
* @license http://www.php.net/license/3_0.txt PHP License 3.0
* @version CVS: $Id: reader.php 19 2007-03-13 12:42:41Z shangxiao $
* @link http://pear.php.net/package/Spreadsheet_Excel_Reader
* @see OLE, Spreadsheet_Excel_Writer
* --------------------------------------------------------------------------
*/
 
define ( 'NUM_BIG_BLOCK_DEPOT_BLOCKS_POS', 0x2c );
define ( 'SMALL_BLOCK_DEPOT_BLOCK_POS', 0x3c );
define ( 'ROOT_START_BLOCK_POS', 0x30 );
define ( 'BIG_BLOCK_SIZE', 0x200 );
define ( 'SMALL_BLOCK_SIZE', 0x40 );
define ( 'EXTENSION_BLOCK_POS', 0x44 );
define ( 'NUM_EXTENSION_BLOCK_POS', 0x48 );
define ( 'PROPERTY_STORAGE_BLOCK_SIZE', 0x80 );
define ( 'BIG_BLOCK_DEPOT_BLOCKS_POS', 0x4c );
define ( 'SMALL_BLOCK_THRESHOLD', 0x1000 );
// property storage offsets
define ( 'SIZE_OF_NAME_POS', 0x40 );
define ( 'TYPE_POS', 0x42 );
define ( 'START_BLOCK_POS', 0x74 );
define ( 'SIZE_POS', 0x78 );
define ( 'IDENTIFIER_OLE', pack ( "CCCCCCCC", 0xd0, 0xcf, 0x11, 0xe0, 0xa1, 0xb1, 0x1a, 0xe1 ) );
 
function GetInt4d($data, $pos) {
$value = ord ( $data [$pos] ) | (ord ( $data [$pos + 1] ) << 8) | (ord ( $data [$pos + 2] ) << 16) | (ord ( $data [$pos + 3] ) << 24);
if ($value >= 4294967294) {
$value = - 2;
}
return $value;
}
 
// http://uk.php.net/manual/en/function.getdate.php
function gmgetdate($ts = null) {
$k = array ('seconds', 'minutes', 'hours', 'mday', 'wday', 'mon', 'year', 'yday', 'weekday', 'month', 0 );
return (array_comb ( $k, explode ( ":", gmdate ( 's:i:G:j:w:n:Y:z:l:F:U', is_null ( $ts ) ? time () : $ts ) ) ));
}
 
// Added for PHP4 compatibility
function array_comb($array1, $array2) {
$out = array ();
foreach ( $array1 as $key => $value ) {
$out [$value] = $array2 [$key];
}
return $out;
}
 
function v($data, $pos) {
return ord ( $data [$pos] ) | ord ( $data [$pos + 1] ) << 8;
}
 
class OLERead {
var $data = '';
function OLERead() {
}
function read($sFileName) {
// check if file exist and is readable (Darko Miljanovic)
if (! is_readable ( $sFileName )) {
$this->error = 1;
return false;
}
$this->data = @file_get_contents ( $sFileName );
if (! $this->data) {
$this->error = 1;
return false;
}
if (substr ( $this->data, 0, 8 ) != IDENTIFIER_OLE) {
$this->error = 1;
return false;
}
$this->numBigBlockDepotBlocks = GetInt4d ( $this->data, NUM_BIG_BLOCK_DEPOT_BLOCKS_POS );
$this->sbdStartBlock = GetInt4d ( $this->data, SMALL_BLOCK_DEPOT_BLOCK_POS );
$this->rootStartBlock = GetInt4d ( $this->data, ROOT_START_BLOCK_POS );
$this->extensionBlock = GetInt4d ( $this->data, EXTENSION_BLOCK_POS );
$this->numExtensionBlocks = GetInt4d ( $this->data, NUM_EXTENSION_BLOCK_POS );
$bigBlockDepotBlocks = array ();
$pos = BIG_BLOCK_DEPOT_BLOCKS_POS;
$bbdBlocks = $this->numBigBlockDepotBlocks;
if ($this->numExtensionBlocks != 0) {
$bbdBlocks = (BIG_BLOCK_SIZE - BIG_BLOCK_DEPOT_BLOCKS_POS) / 4;
}
for($i = 0; $i < $bbdBlocks; $i ++) {
$bigBlockDepotBlocks [$i] = GetInt4d ( $this->data, $pos );
$pos += 4;
}
for($j = 0; $j < $this->numExtensionBlocks; $j ++) {
$pos = ($this->extensionBlock + 1) * BIG_BLOCK_SIZE;
$blocksToRead = min ( $this->numBigBlockDepotBlocks - $bbdBlocks, BIG_BLOCK_SIZE / 4 - 1 );
for($i = $bbdBlocks; $i < $bbdBlocks + $blocksToRead; $i ++) {
$bigBlockDepotBlocks [$i] = GetInt4d ( $this->data, $pos );
$pos += 4;
}
$bbdBlocks += $blocksToRead;
if ($bbdBlocks < $this->numBigBlockDepotBlocks) {
$this->extensionBlock = GetInt4d ( $this->data, $pos );
}
}
// readBigBlockDepot
$pos = 0;
$index = 0;
$this->bigBlockChain = array ();
for($i = 0; $i < $this->numBigBlockDepotBlocks; $i ++) {
$pos = ($bigBlockDepotBlocks [$i] + 1) * BIG_BLOCK_SIZE;
//echo "pos = $pos";
for($j = 0; $j < BIG_BLOCK_SIZE / 4; $j ++) {
$this->bigBlockChain [$index] = GetInt4d ( $this->data, $pos );
$pos += 4;
$index ++;
}
}
// readSmallBlockDepot();
$pos = 0;
$index = 0;
$sbdBlock = $this->sbdStartBlock;
$this->smallBlockChain = array ();
while ( $sbdBlock != - 2 ) {
$pos = ($sbdBlock + 1) * BIG_BLOCK_SIZE;
for($j = 0; $j < BIG_BLOCK_SIZE / 4; $j ++) {
$this->smallBlockChain [$index] = GetInt4d ( $this->data, $pos );
$pos += 4;
$index ++;
}
$sbdBlock = $this->bigBlockChain [$sbdBlock];
}
// readData(rootStartBlock)
$block = $this->rootStartBlock;
$pos = 0;
$this->entry = $this->__readData ( $block );
$this->__readPropertySets ();
}
function __readData($bl) {
$block = $bl;
$pos = 0;
$data = '';
while ( $block != - 2 ) {
$pos = ($block + 1) * BIG_BLOCK_SIZE;
$data = $data . substr ( $this->data, $pos, BIG_BLOCK_SIZE );
$block = $this->bigBlockChain [$block];
}
return $data;
}
function __readPropertySets() {
$offset = 0;
while ( $offset < strlen ( $this->entry ) ) {
$d = substr ( $this->entry, $offset, PROPERTY_STORAGE_BLOCK_SIZE );
$nameSize = ord ( $d [SIZE_OF_NAME_POS] ) | (ord ( $d [SIZE_OF_NAME_POS + 1] ) << 8);
$type = ord ( $d [TYPE_POS] );
$startBlock = GetInt4d ( $d, START_BLOCK_POS );
$size = GetInt4d ( $d, SIZE_POS );
$name = '';
for($i = 0; $i < $nameSize; $i ++) {
$name .= $d [$i];
}
$name = str_replace ( "\x00", "", $name );
$this->props [] = array ('name' => $name, 'type' => $type, 'startBlock' => $startBlock, 'size' => $size );
if ((strtolower ( $name ) == "workbook") || (strtolower ( $name ) == "book")) {
$this->wrkbook = count ( $this->props ) - 1;
}
if ($name == "Root Entry") {
$this->rootentry = count ( $this->props ) - 1;
}
$offset += PROPERTY_STORAGE_BLOCK_SIZE;
}
}
function getWorkBook() {
if ($this->props [$this->wrkbook] ['size'] < SMALL_BLOCK_THRESHOLD) {
$rootdata = $this->__readData ( $this->props [$this->rootentry] ['startBlock'] );
$streamData = '';
$block = $this->props [$this->wrkbook] ['startBlock'];
$pos = 0;
while ( $block != - 2 ) {
$pos = $block * SMALL_BLOCK_SIZE;
$streamData .= substr ( $rootdata, $pos, SMALL_BLOCK_SIZE );
$block = $this->smallBlockChain [$block];
}
return $streamData;
} else {
$numBlocks = $this->props [$this->wrkbook] ['size'] / BIG_BLOCK_SIZE;
if ($this->props [$this->wrkbook] ['size'] % BIG_BLOCK_SIZE != 0) {
$numBlocks ++;
}
if ($numBlocks == 0)
return '';
$streamData = '';
$block = $this->props [$this->wrkbook] ['startBlock'];
$pos = 0;
while ( $block != - 2 ) {
$pos = ($block + 1) * BIG_BLOCK_SIZE;
$streamData .= substr ( $this->data, $pos, BIG_BLOCK_SIZE );
$block = $this->bigBlockChain [$block];
}
return $streamData;
}
}
 
}
 
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF8', 0x600 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF7', 0x500 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_WORKBOOKGLOBALS', 0x5 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_WORKSHEET', 0x10 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_BOF', 0x809 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_EOF', 0x0a );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_BOUNDSHEET', 0x85 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_DIMENSION', 0x200 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_ROW', 0x208 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_DBCELL', 0xd7 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FILEPASS', 0x2f );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NOTE', 0x1c );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_TXO', 0x1b6 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_RK', 0x7e );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_RK2', 0x27e );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_MULRK', 0xbd );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_MULBLANK', 0xbe );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_INDEX', 0x20b );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_SST', 0xfc );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_EXTSST', 0xff );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_CONTINUE', 0x3c );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_LABEL', 0x204 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_LABELSST', 0xfd );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NUMBER', 0x203 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NAME', 0x18 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_ARRAY', 0x221 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_STRING', 0x207 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FORMULA', 0x406 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FORMULA2', 0x6 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FORMAT', 0x41e );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_XF', 0xe0 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_BOOLERR', 0x205 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FONT', 0x0031 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_PALETTE', 0x0092 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_UNKNOWN', 0xffff );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NINETEENFOUR', 0x22 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_MERGEDCELLS', 0xE5 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_UTCOFFSETDAYS', 25569 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_UTCOFFSETDAYS1904', 24107 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_MSINADAY', 86400 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_HYPER', 0x01b8 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_COLINFO', 0x7d );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_DEFCOLWIDTH', 0x55 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_STANDARDWIDTH', 0x99 );
define ( 'SPREADSHEET_EXCEL_READER_DEF_NUM_FORMAT', "%s" );
 
/*
* Main Class
*/
class Spreadsheet_Excel_Reader {
// MK: Added to make data retrieval easier
var $colnames = array ();
var $colindexes = array ();
var $standardColWidth = 0;
var $defaultColWidth = 0;
function myHex($d) {
if ($d < 16)
return "0" . dechex ( $d );
return dechex ( $d );
}
function dumpHexData($data, $pos, $length) {
$info = "";
for($i = 0; $i <= $length; $i ++) {
$info .= ($i == 0 ? "" : " ") . $this->myHex ( ord ( $data [$pos + $i] ) ) . (ord ( $data [$pos + $i] ) > 31 ? "[" . $data [$pos + $i] . "]" : '');
}
return $info;
}
function getCol($col) {
if (is_string ( $col )) {
$col = strtolower ( $col );
if (array_key_exists ( $col, $this->colnames )) {
$col = $this->colnames [$col];
}
}
return $col;
}
// PUBLIC API FUNCTIONS
// --------------------
 
function val($row, $col, $sheet = 0) {
$col = $this->getCol ( $col );
if (array_key_exists ( $row, $this->sheets [$sheet] ['cells'] ) && array_key_exists ( $col, $this->sheets [$sheet] ['cells'] [$row] )) {
return $this->sheets [$sheet] ['cells'] [$row] [$col];
}
return "";
}
function value($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->val ( $row, $col, $sheet );
}
function info($row, $col, $type = '', $sheet = 0) {
$col = $this->getCol ( $col );
if (array_key_exists ( 'cellsInfo', $this->sheets [$sheet] ) && array_key_exists ( $row, $this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] ) && array_key_exists ( $col, $this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] [$row] ) && array_key_exists ( $type, $this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] [$row] [$col] )) {
return $this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] [$row] [$col] [$type];
}
return "";
}
function type($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->info ( $row, $col, 'type', $sheet );
}
function raw($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->info ( $row, $col, 'raw', $sheet );
}
function rowspan($row, $col, $sheet = 0) {
$val = $this->info ( $row, $col, 'rowspan', $sheet );
if ($val == "") {
return 1;
}
return $val;
}
function colspan($row, $col, $sheet = 0) {
$val = $this->info ( $row, $col, 'colspan', $sheet );
if ($val == "") {
return 1;
}
return $val;
}
function hyperlink($row, $col, $sheet = 0) {
$link = $this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] [$row] [$col] ['hyperlink'];
if ($link) {
return $link ['link'];
}
return '';
}
function rowcount($sheet = 0) {
return $this->sheets [$sheet] ['numRows'];
}
function colcount($sheet = 0) {
return $this->sheets [$sheet] ['numCols'];
}
function colwidth($col, $sheet = 0) {
// Col width is actually the width of the number 0. So we have to estimate and come close
return $this->colInfo [$sheet] [$col] ['width'] / 9142 * 200;
}
function colhidden($col, $sheet = 0) {
return ! ! $this->colInfo [$sheet] [$col] ['hidden'];
}
function rowheight($row, $sheet = 0) {
return $this->rowInfo [$sheet] [$row] ['height'];
}
function rowhidden($row, $sheet = 0) {
return ! ! $this->rowInfo [$sheet] [$row] ['hidden'];
}
// GET THE CSS FOR FORMATTING
// ==========================
function style($row, $col, $sheet = 0, $properties = '') {
$css = "";
$font = $this->font ( $row, $col, $sheet );
if ($font != "") {
$css .= "font-family:$font;";
}
$align = $this->align ( $row, $col, $sheet );
if ($align != "") {
$css .= "text-align:$align;";
}
$height = $this->height ( $row, $col, $sheet );
if ($height != "") {
$css .= "font-size:$height" . "px;";
}
$bgcolor = $this->bgColor ( $row, $col, $sheet );
if ($bgcolor != "") {
$bgcolor = $this->colors [$bgcolor];
$css .= "background-color:$bgcolor;";
}
$color = $this->color ( $row, $col, $sheet );
if ($color != "") {
$css .= "color:$color;";
}
$bold = $this->bold ( $row, $col, $sheet );
if ($bold) {
$css .= "font-weight:bold;";
}
$italic = $this->italic ( $row, $col, $sheet );
if ($italic) {
$css .= "font-style:italic;";
}
$underline = $this->underline ( $row, $col, $sheet );
if ($underline) {
$css .= "text-decoration:underline;";
}
// Borders
$bLeft = $this->borderLeft ( $row, $col, $sheet );
$bRight = $this->borderRight ( $row, $col, $sheet );
$bTop = $this->borderTop ( $row, $col, $sheet );
$bBottom = $this->borderBottom ( $row, $col, $sheet );
$bLeftCol = $this->borderLeftColor ( $row, $col, $sheet );
$bRightCol = $this->borderRightColor ( $row, $col, $sheet );
$bTopCol = $this->borderTopColor ( $row, $col, $sheet );
$bBottomCol = $this->borderBottomColor ( $row, $col, $sheet );
// Try to output the minimal required style
if ($bLeft != "" && $bLeft == $bRight && $bRight == $bTop && $bTop == $bBottom) {
$css .= "border:" . $this->lineStylesCss [$bLeft] . ";";
} else {
if ($bLeft != "") {
$css .= "border-left:" . $this->lineStylesCss [$bLeft] . ";";
}
if ($bRight != "") {
$css .= "border-right:" . $this->lineStylesCss [$bRight] . ";";
}
if ($bTop != "") {
$css .= "border-top:" . $this->lineStylesCss [$bTop] . ";";
}
if ($bBottom != "") {
$css .= "border-bottom:" . $this->lineStylesCss [$bBottom] . ";";
}
}
// Only output border colors if there is an actual border specified
if ($bLeft != "" && $bLeftCol != "") {
$css .= "border-left-color:" . $bLeftCol . ";";
}
if ($bRight != "" && $bRightCol != "") {
$css .= "border-right-color:" . $bRightCol . ";";
}
if ($bTop != "" && $bTopCol != "") {
$css .= "border-top-color:" . $bTopCol . ";";
}
if ($bBottom != "" && $bBottomCol != "") {
$css .= "border-bottom-color:" . $bBottomCol . ";";
}
return $css;
}
// FORMAT PROPERTIES
// =================
function format($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->info ( $row, $col, 'format', $sheet );
}
function formatIndex($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->info ( $row, $col, 'formatIndex', $sheet );
}
function formatColor($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->info ( $row, $col, 'formatColor', $sheet );
}
// CELL (XF) PROPERTIES
// ====================
function xfRecord($row, $col, $sheet = 0) {
$xfIndex = $this->info ( $row, $col, 'xfIndex', $sheet );
if ($xfIndex != "") {
return $this->xfRecords [$xfIndex];
}
return null;
}
function xfProperty($row, $col, $sheet, $prop) {
$xfRecord = $this->xfRecord ( $row, $col, $sheet );
if ($xfRecord != null) {
return $xfRecord [$prop];
}
return "";
}
function align($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'align' );
}
function bgColor($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'bgColor' );
}
function borderLeft($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderLeft' );
}
function borderRight($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderRight' );
}
function borderTop($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderTop' );
}
function borderBottom($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderBottom' );
}
function borderLeftColor($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->colors [$this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderLeftColor' )];
}
function borderRightColor($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->colors [$this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderRightColor' )];
}
function borderTopColor($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->colors [$this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderTopColor' )];
}
function borderBottomColor($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->colors [$this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'borderBottomColor' )];
}
// FONT PROPERTIES
// ===============
function fontRecord($row, $col, $sheet = 0) {
$xfRecord = $this->xfRecord ( $row, $col, $sheet );
if ($xfRecord != null) {
$font = $xfRecord ['fontIndex'];
if ($font != null) {
return $this->fontRecords [$font];
}
}
return null;
}
function fontProperty($row, $col, $sheet = 0, $prop) {
$font = $this->fontRecord ( $row, $col, $sheet );
if ($font != null) {
return $font [$prop];
}
return false;
}
function fontIndex($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->xfProperty ( $row, $col, $sheet, 'fontIndex' );
}
function color($row, $col, $sheet = 0) {
$formatColor = $this->formatColor ( $row, $col, $sheet );
if ($formatColor != "") {
return $formatColor;
}
$ci = $this->fontProperty ( $row, $col, $sheet, 'color' );
return $this->rawColor ( $ci );
}
function rawColor($ci) {
if (($ci != 0x7FFF) && ($ci != '')) {
return $this->colors [$ci];
}
return "";
}
function bold($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->fontProperty ( $row, $col, $sheet, 'bold' );
}
function italic($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->fontProperty ( $row, $col, $sheet, 'italic' );
}
function underline($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->fontProperty ( $row, $col, $sheet, 'under' );
}
function height($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->fontProperty ( $row, $col, $sheet, 'height' );
}
function font($row, $col, $sheet = 0) {
return $this->fontProperty ( $row, $col, $sheet, 'font' );
}
// DUMP AN HTML TABLE OF THE ENTIRE XLS DATA
// =========================================
function dump($row_numbers = false, $col_letters = false, $sheet = 0, $table_class = 'excel') {
$out = "<table class=\"$table_class\" cellspacing=0>";
if ($col_letters) {
$out .= "<thead>\n\t<tr>";
if ($row_numbers) {
$out .= "\n\t\t<th>&nbsp</th>";
}
for($i = 1; $i <= $this->colcount ( $sheet ); $i ++) {
$style = "width:" . ($this->colwidth ( $i, $sheet ) * 1) . "px;";
if ($this->colhidden ( $i, $sheet )) {
$style .= "display:none;";
}
$out .= "\n\t\t<th style=\"$style\">" . strtoupper ( $this->colindexes [$i] ) . "</th>";
}
$out .= "</tr></thead>\n";
}
$out .= "<tbody>\n";
for($row = 1; $row <= $this->rowcount ( $sheet ); $row ++) {
$rowheight = $this->rowheight ( $row, $sheet );
$style = "height:" . ($rowheight * (4 / 3)) . "px;";
if ($this->rowhidden ( $row, $sheet )) {
$style .= "display:none;";
}
$out .= "\n\t<tr style=\"$style\">";
if ($row_numbers) {
$out .= "\n\t\t<th>$row</th>";
}
for($col = 1; $col <= $this->colcount ( $sheet ); $col ++) {
// Account for Rowspans/Colspans
$rowspan = $this->rowspan ( $row, $col, $sheet );
$colspan = $this->colspan ( $row, $col, $sheet );
for($i = 0; $i < $rowspan; $i ++) {
for($j = 0; $j < $colspan; $j ++) {
if ($i > 0 || $j > 0) {
$this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] [$row + $i] [$col + $j] ['dontprint'] = 1;
}
}
}
if (! $this->sheets [$sheet] ['cellsInfo'] [$row] [$col] ['dontprint']) {
$style = $this->style ( $row, $col, $sheet );
if ($this->colhidden ( $col, $sheet )) {
$style .= "display:none;";
}
$out .= "\n\t\t<td style=\"$style\"" . ($colspan > 1 ? " colspan=$colspan" : "") . ($rowspan > 1 ? " rowspan=$rowspan" : "") . ">";
$val = $this->val ( $row, $col, $sheet );
if ($val == '') {
$val = "&nbsp;";
} else {
$val = htmlentities ( $val, ENT_COMPAT, $this->_defaultEncoding );
$link = $this->hyperlink ( $row, $col, $sheet );
if ($link != '') {
$val = "<a href=\"$link\">$val</a>";
}
}
$out .= "<nobr>" . nl2br ( $val ) . "</nobr>";
$out .= "</td>";
}
}
$out .= "</tr>\n";
}
$out .= "</tbody></table>";
return $out;
}
// --------------
// END PUBLIC API
 
var $boundsheets = array ();
var $formatRecords = array ();
var $fontRecords = array ();
var $xfRecords = array ();
var $colInfo = array ();
var $rowInfo = array ();
var $sst = array ();
var $sheets = array ();
var $data;
var $_ole;
var $_defaultEncoding = "UTF-8";
var $_defaultFormat = SPREADSHEET_EXCEL_READER_DEF_NUM_FORMAT;
var $_columnsFormat = array ();
var $_rowoffset = 1;
var $_coloffset = 1;
/**
* List of default date formats used by Excel
*/
var $dateFormats = array (0xe => "m/d/Y", 0xf => "M-d-Y", 0x10 => "d-M", 0x11 => "M-Y", 0x12 => "h:i a", 0x13 => "h:i:s a", 0x14 => "H:i", 0x15 => "H:i:s", 0x16 => "d/m/Y H:i", 0x2d => "i:s", 0x2e => "H:i:s", 0x2f => "i:s.S" );
/**
* Default number formats used by Excel
*/
var $numberFormats = array (0x1 => "0", 0x2 => "0.00", 0x3 => "#,##0", 0x4 => "#,##0.00", 0x5 => "\$#,##0;(\$#,##0)", 0x6 => "\$#,##0;[Red](\$#,##0)", 0x7 => "\$#,##0.00;(\$#,##0.00)", 0x8 => "\$#,##0.00;[Red](\$#,##0.00)", 0x9 => "0%", 0xa => "0.00%", 0xb => "0.00E+00", 0x25 => "#,##0;(#,##0)", 0x26 => "#,##0;[Red](#,##0)", 0x27 => "#,##0.00;(#,##0.00)", 0x28 => "#,##0.00;[Red](#,##0.00)", 0x29 => "#,##0;(#,##0)", // Not exactly
0x2a => "\$#,##0;(\$#,##0)", // Not exactly
0x2b => "#,##0.00;(#,##0.00)", // Not exactly
0x2c => "\$#,##0.00;(\$#,##0.00)", // Not exactly
0x30 => "##0.0E+0" );
var $colors = Array (0x00 => "#000000", 0x01 => "#FFFFFF", 0x02 => "#FF0000", 0x03 => "#00FF00", 0x04 => "#0000FF", 0x05 => "#FFFF00", 0x06 => "#FF00FF", 0x07 => "#00FFFF", 0x08 => "#000000", 0x09 => "#FFFFFF", 0x0A => "#FF0000", 0x0B => "#00FF00", 0x0C => "#0000FF", 0x0D => "#FFFF00", 0x0E => "#FF00FF", 0x0F => "#00FFFF", 0x10 => "#800000", 0x11 => "#008000", 0x12 => "#000080", 0x13 => "#808000", 0x14 => "#800080", 0x15 => "#008080", 0x16 => "#C0C0C0", 0x17 => "#808080", 0x18 => "#9999FF", 0x19 => "#993366", 0x1A => "#FFFFCC", 0x1B => "#CCFFFF", 0x1C => "#660066", 0x1D => "#FF8080", 0x1E => "#0066CC", 0x1F => "#CCCCFF", 0x20 => "#000080", 0x21 => "#FF00FF", 0x22 => "#FFFF00", 0x23 => "#00FFFF", 0x24 => "#800080", 0x25 => "#800000", 0x26 => "#008080", 0x27 => "#0000FF", 0x28 => "#00CCFF", 0x29 => "#CCFFFF", 0x2A => "#CCFFCC", 0x2B => "#FFFF99", 0x2C => "#99CCFF", 0x2D => "#FF99CC", 0x2E => "#CC99FF", 0x2F => "#FFCC99", 0x30 => "#3366FF", 0x31 => "#33CCCC", 0x32 => "#99CC00", 0x33 => "#FFCC00", 0x34 => "#FF9900", 0x35 => "#FF6600", 0x36 => "#666699", 0x37 => "#969696", 0x38 => "#003366", 0x39 => "#339966", 0x3A => "#003300", 0x3B => "#333300", 0x3C => "#993300", 0x3D => "#993366", 0x3E => "#333399", 0x3F => "#333333", 0x40 => "#000000", 0x41 => "#FFFFFF",
 
0x43 => "#000000", 0x4D => "#000000", 0x4E => "#FFFFFF", 0x4F => "#000000", 0x50 => "#FFFFFF", 0x51 => "#000000",
 
0x7FFF => "#000000" );
var $lineStyles = array (0x00 => "", 0x01 => "Thin", 0x02 => "Medium", 0x03 => "Dashed", 0x04 => "Dotted", 0x05 => "Thick", 0x06 => "Double", 0x07 => "Hair", 0x08 => "Medium dashed", 0x09 => "Thin dash-dotted", 0x0A => "Medium dash-dotted", 0x0B => "Thin dash-dot-dotted", 0x0C => "Medium dash-dot-dotted", 0x0D => "Slanted medium dash-dotted" );
var $lineStylesCss = array ("Thin" => "1px solid", "Medium" => "2px solid", "Dashed" => "1px dashed", "Dotted" => "1px dotted", "Thick" => "3px solid", "Double" => "double", "Hair" => "1px solid", "Medium dashed" => "2px dashed", "Thin dash-dotted" => "1px dashed", "Medium dash-dotted" => "2px dashed", "Thin dash-dot-dotted" => "1px dashed", "Medium dash-dot-dotted" => "2px dashed", "Slanted medium dash-dotte" => "2px dashed" );
function read16bitstring($data, $start) {
$len = 0;
while ( ord ( $data [$start + $len] ) + ord ( $data [$start + $len + 1] ) > 0 )
$len ++;
return substr ( $data, $start, $len );
}
// ADDED by Matt Kruse for better formatting
function _format_value($format, $num, $f) {
// 49==TEXT format
// http://code.google.com/p/php-excel-reader/issues/detail?id=7
if ((! $f && $format == "%s") || ($f == 49) || ($format == "GENERAL")) {
return array ('string' => $num, 'formatColor' => null );
}
// Custom pattern can be POSITIVE;NEGATIVE;ZERO
// The "text" option as 4th parameter is not handled
$parts = explode ( ";", $format );
$pattern = $parts [0];
// Negative pattern
if (count ( $parts ) > 2 && $num == 0) {
$pattern = $parts [2];
}
// Zero pattern
if (count ( $parts ) > 1 && $num < 0) {
$pattern = $parts [1];
$num = abs ( $num );
}
$color = "";
$matches = array ();
$color_regex = "/^\[(BLACK|BLUE|CYAN|GREEN|MAGENTA|RED|WHITE|YELLOW)\]/i";
if (preg_match ( $color_regex, $pattern, $matches )) {
$color = strtolower ( $matches [1] );
$pattern = preg_replace ( $color_regex, "", $pattern );
}
// In Excel formats, "_" is used to add spacing, which we can't do in HTML
$pattern = preg_replace ( "/_./", "", $pattern );
// Some non-number characters are escaped with \, which we don't need
$pattern = preg_replace ( "/\\\/", "", $pattern );
// Some non-number strings are quoted, so we'll get rid of the quotes
$pattern = preg_replace ( "/\"/", "", $pattern );
// TEMPORARY - Convert # to 0
$pattern = preg_replace ( "/\#/", "0", $pattern );
// Find out if we need comma formatting
$has_commas = preg_match ( "/,/", $pattern );
if ($has_commas) {
$pattern = preg_replace ( "/,/", "", $pattern );
}
// Handle Percentages
if (preg_match ( "/\d(\%)([^\%]|$)/", $pattern, $matches )) {
$num = $num * 100;
$pattern = preg_replace ( "/(\d)(\%)([^\%]|$)/", "$1%$3", $pattern );
}
// Handle the number itself
$number_regex = "/(\d+)(\.?)(\d*)/";
if (preg_match ( $number_regex, $pattern, $matches )) {
$left = $matches [1];
$dec = $matches [2];
$right = $matches [3];
if ($has_commas) {
$formatted = number_format ( $num, strlen ( $right ) );
} else {
$sprintf_pattern = "%1." . strlen ( $right ) . "f";
$formatted = sprintf ( $sprintf_pattern, $num );
}
$pattern = preg_replace ( $number_regex, $formatted, $pattern );
}
return array ('string' => $pattern, 'formatColor' => $color );
}
/**
* Constructor
*
* Some basic initialisation
*/
function Spreadsheet_Excel_Reader($file = '', $store_extended_info = true, $outputEncoding = '') {
$this->_ole = new OLERead ( );
$this->setUTFEncoder ( 'iconv' );
if ($outputEncoding != '') {
$this->setOutputEncoding ( $outputEncoding );
}
for($i = 1; $i < 245; $i ++) {
$name = strtolower ( ((($i - 1) / 26 >= 1) ? chr ( ($i - 1) / 26 + 64 ) : '') . chr ( ($i - 1) % 26 + 65 ) );
$this->colnames [$name] = $i;
$this->colindexes [$i] = $name;
}
$this->store_extended_info = $store_extended_info;
if ($file != "") {
$this->read ( $file );
}
}
/**
* Set the encoding method
*/
function setOutputEncoding($encoding) {
$this->_defaultEncoding = $encoding;
}
/**
* $encoder = 'iconv' or 'mb'
* set iconv if you would like use 'iconv' for encode UTF-16LE to your encoding
* set mb if you would like use 'mb_convert_encoding' for encode UTF-16LE to your encoding
*/
function setUTFEncoder($encoder = 'iconv') {
$this->_encoderFunction = '';
if ($encoder == 'iconv') {
$this->_encoderFunction = function_exists ( 'iconv' ) ? 'iconv' : '';
} elseif ($encoder == 'mb') {
$this->_encoderFunction = function_exists ( 'mb_convert_encoding' ) ? 'mb_convert_encoding' : '';
}
}
function setRowColOffset($iOffset) {
$this->_rowoffset = $iOffset;
$this->_coloffset = $iOffset;
}
/**
* Set the default number format
*/
function setDefaultFormat($sFormat) {
$this->_defaultFormat = $sFormat;
}
/**
* Force a column to use a certain format
*/
function setColumnFormat($column, $sFormat) {
$this->_columnsFormat [$column] = $sFormat;
}
/**
* Read the spreadsheet file using OLE, then parse
*/
function read($sFileName) {
$res = $this->_ole->read ( $sFileName );
// oops, something goes wrong (Darko Miljanovic)
if ($res === false) {
// check error code
if ($this->_ole->error == 1) {
// bad file
die ( 'The filename ' . $sFileName . ' is not readable' );
}
// check other error codes here (eg bad fileformat, etc...)
}
$this->data = $this->_ole->getWorkBook ();
$this->_parse ();
}
/**
* Parse a workbook
*
* @access private
* @return bool
*/
function _parse() {
$pos = 0;
$data = $this->data;
$code = v ( $data, $pos );
$length = v ( $data, $pos + 2 );
$version = v ( $data, $pos + 4 );
$substreamType = v ( $data, $pos + 6 );
$this->version = $version;
if (($version != SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF8) && ($version != SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF7)) {
return false;
}
if ($substreamType != SPREADSHEET_EXCEL_READER_WORKBOOKGLOBALS) {
return false;
}
$pos += $length + 4;
$code = v ( $data, $pos );
$length = v ( $data, $pos + 2 );
while ( $code != SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_EOF ) {
switch ($code) {
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_SST :
$spos = $pos + 4;
$limitpos = $spos + $length;
$uniqueStrings = $this->_GetInt4d ( $data, $spos + 4 );
$spos += 8;
for($i = 0; $i < $uniqueStrings; $i ++) {
// Read in the number of characters
if ($spos == $limitpos) {
$opcode = v ( $data, $spos );
$conlength = v ( $data, $spos + 2 );
if ($opcode != 0x3c) {
return - 1;
}
$spos += 4;
$limitpos = $spos + $conlength;
}
$numChars = ord ( $data [$spos] ) | (ord ( $data [$spos + 1] ) << 8);
$spos += 2;
$optionFlags = ord ( $data [$spos] );
$spos ++;
$asciiEncoding = (($optionFlags & 0x01) == 0);
$extendedString = (($optionFlags & 0x04) != 0);
// See if string contains formatting information
$richString = (($optionFlags & 0x08) != 0);
if ($richString) {
// Read in the crun
$formattingRuns = v ( $data, $spos );
$spos += 2;
}
if ($extendedString) {
// Read in cchExtRst
$extendedRunLength = $this->_GetInt4d ( $data, $spos );
$spos += 4;
}
$len = ($asciiEncoding) ? $numChars : $numChars * 2;
if ($spos + $len < $limitpos) {
$retstr = substr ( $data, $spos, $len );
$spos += $len;
} else {
// found countinue
$retstr = substr ( $data, $spos, $limitpos - $spos );
$bytesRead = $limitpos - $spos;
$charsLeft = $numChars - (($asciiEncoding) ? $bytesRead : ($bytesRead / 2));
$spos = $limitpos;
while ( $charsLeft > 0 ) {
$opcode = v ( $data, $spos );
$conlength = v ( $data, $spos + 2 );
if ($opcode != 0x3c) {
return - 1;
}
$spos += 4;
$limitpos = $spos + $conlength;
$option = ord ( $data [$spos] );
$spos += 1;
if ($asciiEncoding && ($option == 0)) {
$len = min ( $charsLeft, $limitpos - $spos ); // min($charsLeft, $conlength);
$retstr .= substr ( $data, $spos, $len );
$charsLeft -= $len;
$asciiEncoding = true;
} elseif (! $asciiEncoding && ($option != 0)) {
$len = min ( $charsLeft * 2, $limitpos - $spos ); // min($charsLeft, $conlength);
$retstr .= substr ( $data, $spos, $len );
$charsLeft -= $len / 2;
$asciiEncoding = false;
} elseif (! $asciiEncoding && ($option == 0)) {
// Bummer - the string starts off as Unicode, but after the
// continuation it is in straightforward ASCII encoding
$len = min ( $charsLeft, $limitpos - $spos ); // min($charsLeft, $conlength);
for($j = 0; $j < $len; $j ++) {
$retstr .= $data [$spos + $j] . chr ( 0 );
}
$charsLeft -= $len;
$asciiEncoding = false;
} else {
$newstr = '';
for($j = 0; $j < strlen ( $retstr ); $j ++) {
$newstr = $retstr [$j] . chr ( 0 );
}
$retstr = $newstr;
$len = min ( $charsLeft * 2, $limitpos - $spos ); // min($charsLeft, $conlength);
$retstr .= substr ( $data, $spos, $len );
$charsLeft -= $len / 2;
$asciiEncoding = false;
}
$spos += $len;
}
}
if ($asciiEncoding)
$retstr = preg_replace ( "/(.)/s", "$1\0", $retstr );
$retstr = $this->_encodeUTF16 ( $retstr );
if ($richString) {
$spos += 4 * $formattingRuns;
}
// For extended strings, skip over the extended string data
if ($extendedString) {
$spos += $extendedRunLength;
}
$this->sst [] = $retstr;
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FILEPASS :
return false;
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NAME :
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FORMAT :
$indexCode = v ( $data, $pos + 4 );
if ($version == SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF8) {
$numchars = v ( $data, $pos + 6 );
if (ord ( $data [$pos + 8] ) == 0) {
$formatString = substr ( $data, $pos + 9, $numchars );
} else {
$formatString = substr ( $data, $pos + 9, $numchars * 2 );
}
} else {
$numchars = ord ( $data [$pos + 6] );
$formatString = substr ( $data, $pos + 7, $numchars * 2 );
}
$this->formatRecords [$indexCode] = $formatString;
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FONT :
$height = v ( $data, $pos + 4 );
$option = v ( $data, $pos + 6 );
$color = v ( $data, $pos + 8 );
$weight = v ( $data, $pos + 10 );
$under = ord ( $data [$pos + 14] );
$font = "";
// Font name
$numchars = ord ( $data [$pos + 18] );
if ((ord ( $data [$pos + 19] ) & 1) == 0) {
$font = substr ( $data, $pos + 20, $numchars );
} else {
$font = substr ( $data, $pos + 20, $numchars * 2 );
$font = $this->_encodeUTF16 ( $font );
}
$this->fontRecords [] = array ('height' => $height / 20, 'italic' => ! ! ($option & 2), 'color' => $color, 'under' => ! ($under == 0), 'bold' => ($weight == 700), 'font' => $font, 'raw' => $this->dumpHexData ( $data, $pos + 3, $length ) );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_PALETTE :
$colors = ord ( $data [$pos + 4] ) | ord ( $data [$pos + 5] ) << 8;
for($coli = 0; $coli < $colors; $coli ++) {
$colOff = $pos + 2 + ($coli * 4);
$colr = ord ( $data [$colOff] );
$colg = ord ( $data [$colOff + 1] );
$colb = ord ( $data [$colOff + 2] );
$this->colors [0x07 + $coli] = '#' . $this->myhex ( $colr ) . $this->myhex ( $colg ) . $this->myhex ( $colb );
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_XF :
$fontIndexCode = (ord ( $data [$pos + 4] ) | ord ( $data [$pos + 5] ) << 8) - 1;
$fontIndexCode = max ( 0, $fontIndexCode );
$indexCode = ord ( $data [$pos + 6] ) | ord ( $data [$pos + 7] ) << 8;
$alignbit = ord ( $data [$pos + 10] ) & 3;
$bgi = (ord ( $data [$pos + 22] ) | ord ( $data [$pos + 23] ) << 8) & 0x3FFF;
$bgcolor = ($bgi & 0x7F);
// $bgcolor = ($bgi & 0x3f80) >> 7;
$align = "";
if ($alignbit == 3) {
$align = "right";
}
if ($alignbit == 2) {
$align = "center";
}
$fillPattern = (ord ( $data [$pos + 21] ) & 0xFC) >> 2;
if ($fillPattern == 0) {
$bgcolor = "";
}
$xf = array ();
$xf ['formatIndex'] = $indexCode;
$xf ['align'] = $align;
$xf ['fontIndex'] = $fontIndexCode;
$xf ['bgColor'] = $bgcolor;
$xf ['fillPattern'] = $fillPattern;
$border = ord ( $data [$pos + 14] ) | (ord ( $data [$pos + 15] ) << 8) | (ord ( $data [$pos + 16] ) << 16) | (ord ( $data [$pos + 17] ) << 24);
$xf ['borderLeft'] = $this->lineStyles [($border & 0xF)];
$xf ['borderRight'] = $this->lineStyles [($border & 0xF0) >> 4];
$xf ['borderTop'] = $this->lineStyles [($border & 0xF00) >> 8];
$xf ['borderBottom'] = $this->lineStyles [($border & 0xF000) >> 12];
$xf ['borderLeftColor'] = ($border & 0x7F0000) >> 16;
$xf ['borderRightColor'] = ($border & 0x3F800000) >> 23;
$border = (ord ( $data [$pos + 18] ) | ord ( $data [$pos + 19] ) << 8);
$xf ['borderTopColor'] = ($border & 0x7F);
$xf ['borderBottomColor'] = ($border & 0x3F80) >> 7;
if (array_key_exists ( $indexCode, $this->dateFormats )) {
$xf ['type'] = 'date';
$xf ['format'] = $this->dateFormats [$indexCode];
if ($align == '') {
$xf ['align'] = 'right';
}
} elseif (array_key_exists ( $indexCode, $this->numberFormats )) {
$xf ['type'] = 'number';
$xf ['format'] = $this->numberFormats [$indexCode];
if ($align == '') {
$xf ['align'] = 'right';
}
} else {
$isdate = FALSE;
$formatstr = '';
if ($indexCode > 0) {
if (isset ( $this->formatRecords [$indexCode] ))
$formatstr = $this->formatRecords [$indexCode];
if ($formatstr != "") {
$tmp = preg_replace ( "/\;.*/", "", $formatstr );
$tmp = preg_replace ( "/^\[[^\]]*\]/", "", $tmp );
if (preg_match ( "/[^hmsday\/\-:\s\\\,AMP]/i", $tmp ) == 0) { // found day and time format
$isdate = TRUE;
$formatstr = $tmp;
$formatstr = str_replace ( array ('AM/PM', 'mmmm', 'mmm' ), array ('a', 'F', 'M' ), $formatstr );
// m/mm are used for both minutes and months - oh SNAP!
// This mess tries to fix for that.
// 'm' == minutes only if following h/hh or preceding s/ss
$formatstr = preg_replace ( "/(h:?)mm?/", "$1i", $formatstr );
$formatstr = preg_replace ( "/mm?(:?s)/", "i$1", $formatstr );
// A single 'm' = n in PHP
$formatstr = preg_replace ( "/(^|[^m])m([^m]|$)/", '$1n$2', $formatstr );
$formatstr = preg_replace ( "/(^|[^m])m([^m]|$)/", '$1n$2', $formatstr );
// else it's months
$formatstr = str_replace ( 'mm', 'm', $formatstr );
// Convert single 'd' to 'j'
$formatstr = preg_replace ( "/(^|[^d])d([^d]|$)/", '$1j$2', $formatstr );
$formatstr = str_replace ( array ('dddd', 'ddd', 'dd', 'yyyy', 'yy', 'hh', 'h' ), array ('l', 'D', 'd', 'Y', 'y', 'H', 'g' ), $formatstr );
$formatstr = preg_replace ( "/ss?/", 's', $formatstr );
}
}
}
if ($isdate) {
$xf ['type'] = 'date';
$xf ['format'] = $formatstr;
if ($align == '') {
$xf ['align'] = 'right';
}
} else {
// If the format string has a 0 or # in it, we'll assume it's a number
if (preg_match ( "/[0#]/", $formatstr )) {
$xf ['type'] = 'number';
if ($align == '') {
$xf ['align'] = 'right';
}
} else {
$xf ['type'] = 'other';
}
$xf ['format'] = $formatstr;
$xf ['code'] = $indexCode;
}
}
$this->xfRecords [] = $xf;
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NINETEENFOUR :
$this->nineteenFour = (ord ( $data [$pos + 4] ) == 1);
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_BOUNDSHEET :
$rec_offset = $this->_GetInt4d ( $data, $pos + 4 );
$rec_typeFlag = ord ( $data [$pos + 8] );
$rec_visibilityFlag = ord ( $data [$pos + 9] );
$rec_length = ord ( $data [$pos + 10] );
if ($version == SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF8) {
$chartype = ord ( $data [$pos + 11] );
if ($chartype == 0) {
$rec_name = substr ( $data, $pos + 12, $rec_length );
} else {
$rec_name = $this->_encodeUTF16 ( substr ( $data, $pos + 12, $rec_length * 2 ) );
}
} elseif ($version == SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF7) {
$rec_name = substr ( $data, $pos + 11, $rec_length );
}
$this->boundsheets [] = array ('name' => $rec_name, 'offset' => $rec_offset );
break;
}
$pos += $length + 4;
$code = ord ( $data [$pos] ) | ord ( $data [$pos + 1] ) << 8;
$length = ord ( $data [$pos + 2] ) | ord ( $data [$pos + 3] ) << 8;
}
foreach ( $this->boundsheets as $key => $val ) {
$this->sn = $key;
$this->_parsesheet ( $val ['offset'] );
}
return true;
}
/**
* Parse a worksheet
*/
function _parsesheet($spos) {
$cont = true;
$data = $this->data;
// read BOF
$code = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$length = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$version = ord ( $data [$spos + 4] ) | ord ( $data [$spos + 5] ) << 8;
$substreamType = ord ( $data [$spos + 6] ) | ord ( $data [$spos + 7] ) << 8;
if (($version != SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF8) && ($version != SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF7)) {
return - 1;
}
if ($substreamType != SPREADSHEET_EXCEL_READER_WORKSHEET) {
return - 2;
}
$spos += $length + 4;
while ( $cont ) {
$lowcode = ord ( $data [$spos] );
if ($lowcode == SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_EOF)
break;
$code = $lowcode | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$length = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$spos += 4;
$this->sheets [$this->sn] ['maxrow'] = $this->_rowoffset - 1;
$this->sheets [$this->sn] ['maxcol'] = $this->_coloffset - 1;
unset ( $this->rectype );
switch ($code) {
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_DIMENSION :
if (! isset ( $this->numRows )) {
if (($length == 10) || ($version == SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF7)) {
$this->sheets [$this->sn] ['numRows'] = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$this->sheets [$this->sn] ['numCols'] = ord ( $data [$spos + 6] ) | ord ( $data [$spos + 7] ) << 8;
} else {
$this->sheets [$this->sn] ['numRows'] = ord ( $data [$spos + 4] ) | ord ( $data [$spos + 5] ) << 8;
$this->sheets [$this->sn] ['numCols'] = ord ( $data [$spos + 10] ) | ord ( $data [$spos + 11] ) << 8;
}
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_MERGEDCELLS :
$cellRanges = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
for($i = 0; $i < $cellRanges; $i ++) {
$fr = ord ( $data [$spos + 8 * $i + 2] ) | ord ( $data [$spos + 8 * $i + 3] ) << 8;
$lr = ord ( $data [$spos + 8 * $i + 4] ) | ord ( $data [$spos + 8 * $i + 5] ) << 8;
$fc = ord ( $data [$spos + 8 * $i + 6] ) | ord ( $data [$spos + 8 * $i + 7] ) << 8;
$lc = ord ( $data [$spos + 8 * $i + 8] ) | ord ( $data [$spos + 8 * $i + 9] ) << 8;
if ($lr - $fr > 0) {
$this->sheets [$this->sn] ['cellsInfo'] [$fr + 1] [$fc + 1] ['rowspan'] = $lr - $fr + 1;
}
if ($lc - $fc > 0) {
$this->sheets [$this->sn] ['cellsInfo'] [$fr + 1] [$fc + 1] ['colspan'] = $lc - $fc + 1;
}
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_RK :
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_RK2 :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$rknum = $this->_GetInt4d ( $data, $spos + 6 );
$numValue = $this->_GetIEEE754 ( $rknum );
$info = $this->_getCellDetails ( $spos, $numValue, $column );
$this->addcell ( $row, $column, $info ['string'], $info );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_LABELSST :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$xfindex = ord ( $data [$spos + 4] ) | ord ( $data [$spos + 5] ) << 8;
$index = $this->_GetInt4d ( $data, $spos + 6 );
$this->addcell ( $row, $column, $this->sst [$index], array ('xfIndex' => $xfindex ) );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_MULRK :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$colFirst = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$colLast = ord ( $data [$spos + $length - 2] ) | ord ( $data [$spos + $length - 1] ) << 8;
$columns = $colLast - $colFirst + 1;
$tmppos = $spos + 4;
for($i = 0; $i < $columns; $i ++) {
$numValue = $this->_GetIEEE754 ( $this->_GetInt4d ( $data, $tmppos + 2 ) );
$info = $this->_getCellDetails ( $tmppos - 4, $numValue, $colFirst + $i + 1 );
$tmppos += 6;
$this->addcell ( $row, $colFirst + $i, $info ['string'], $info );
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_NUMBER :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$tmp = unpack ( "ddouble", substr ( $data, $spos + 6, 8 ) ); // It machine machine dependent
if ($this->isDate ( $spos )) {
$numValue = $tmp ['double'];
} else {
$numValue = $this->createNumber ( $spos );
}
$info = $this->_getCellDetails ( $spos, $numValue, $column );
$this->addcell ( $row, $column, $info ['string'], $info );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FORMULA :
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_FORMULA2 :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
if ((ord ( $data [$spos + 6] ) == 0) && (ord ( $data [$spos + 12] ) == 255) && (ord ( $data [$spos + 13] ) == 255)) {
//String formula. Result follows in a STRING record
// This row/col are stored to be referenced in that record
// http://code.google.com/p/php-excel-reader/issues/detail?id=4
$previousRow = $row;
$previousCol = $column;
} elseif ((ord ( $data [$spos + 6] ) == 1) && (ord ( $data [$spos + 12] ) == 255) && (ord ( $data [$spos + 13] ) == 255)) {
//Boolean formula. Result is in +2; 0=false,1=true
// http://code.google.com/p/php-excel-reader/issues/detail?id=4
if (ord ( $this->data [$spos + 8] ) == 1) {
$this->addcell ( $row, $column, "TRUE" );
} else {
$this->addcell ( $row, $column, "FALSE" );
}
} elseif ((ord ( $data [$spos + 6] ) == 2) && (ord ( $data [$spos + 12] ) == 255) && (ord ( $data [$spos + 13] ) == 255)) {
//Error formula. Error code is in +2;
} elseif ((ord ( $data [$spos + 6] ) == 3) && (ord ( $data [$spos + 12] ) == 255) && (ord ( $data [$spos + 13] ) == 255)) {
//Formula result is a null string.
$this->addcell ( $row, $column, '' );
} else {
// result is a number, so first 14 bytes are just like a _NUMBER record
$tmp = unpack ( "ddouble", substr ( $data, $spos + 6, 8 ) ); // It machine machine dependent
if ($this->isDate ( $spos )) {
$numValue = $tmp ['double'];
} else {
$numValue = $this->createNumber ( $spos );
}
$info = $this->_getCellDetails ( $spos, $numValue, $column );
$this->addcell ( $row, $column, $info ['string'], $info );
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_BOOLERR :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$string = ord ( $data [$spos + 6] );
$this->addcell ( $row, $column, $string );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_STRING :
// http://code.google.com/p/php-excel-reader/issues/detail?id=4
if ($version == SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF8) {
// Unicode 16 string, like an SST record
$xpos = $spos;
$numChars = ord ( $data [$xpos] ) | (ord ( $data [$xpos + 1] ) << 8);
$xpos += 2;
$optionFlags = ord ( $data [$xpos] );
$xpos ++;
$asciiEncoding = (($optionFlags & 0x01) == 0);
$extendedString = (($optionFlags & 0x04) != 0);
// See if string contains formatting information
$richString = (($optionFlags & 0x08) != 0);
if ($richString) {
// Read in the crun
$formattingRuns = ord ( $data [$xpos] ) | (ord ( $data [$xpos + 1] ) << 8);
$xpos += 2;
}
if ($extendedString) {
// Read in cchExtRst
$extendedRunLength = $this->_GetInt4d ( $this->data, $xpos );
$xpos += 4;
}
$len = ($asciiEncoding) ? $numChars : $numChars * 2;
$retstr = substr ( $data, $xpos, $len );
$xpos += $len;
if ($asciiEncoding)
$retstr = preg_replace ( "/(.)/s", "$1\0", $retstr );
$retstr = $this->_encodeUTF16 ( $retstr );
} elseif ($version == SPREADSHEET_EXCEL_READER_BIFF7) {
// Simple byte string
$xpos = $spos;
$numChars = ord ( $data [$xpos] ) | (ord ( $data [$xpos + 1] ) << 8);
$xpos += 2;
$retstr = substr ( $data, $xpos, $numChars );
}
$this->addcell ( $previousRow, $previousCol, $retstr );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_ROW :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$rowInfo = ord ( $data [$spos + 6] ) | ((ord ( $data [$spos + 7] ) << 8) & 0x7FFF);
if (($rowInfo & 0x8000) > 0) {
$rowHeight = - 1;
} else {
$rowHeight = $rowInfo & 0x7FFF;
}
$rowHidden = (ord ( $data [$spos + 12] ) & 0x20) >> 5;
$this->rowInfo [$this->sn] [$row + 1] = Array ('height' => $rowHeight / 20, 'hidden' => $rowHidden );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_DBCELL :
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_MULBLANK :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$cols = ($length / 2) - 3;
for($c = 0; $c < $cols; $c ++) {
$xfindex = ord ( $data [$spos + 4 + ($c * 2)] ) | ord ( $data [$spos + 5 + ($c * 2)] ) << 8;
$this->addcell ( $row, $column + $c, "", array ('xfIndex' => $xfindex ) );
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_LABEL :
$row = ord ( $data [$spos] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$column = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$this->addcell ( $row, $column, substr ( $data, $spos + 8, ord ( $data [$spos + 6] ) | ord ( $data [$spos + 7] ) << 8 ) );
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_EOF :
$cont = false;
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_HYPER :
// Only handle hyperlinks to a URL
$row = ord ( $this->data [$spos] ) | ord ( $this->data [$spos + 1] ) << 8;
$row2 = ord ( $this->data [$spos + 2] ) | ord ( $this->data [$spos + 3] ) << 8;
$column = ord ( $this->data [$spos + 4] ) | ord ( $this->data [$spos + 5] ) << 8;
$column2 = ord ( $this->data [$spos + 6] ) | ord ( $this->data [$spos + 7] ) << 8;
$linkdata = Array ();
$flags = ord ( $this->data [$spos + 28] );
$udesc = "";
$ulink = "";
$uloc = 32;
$linkdata ['flags'] = $flags;
if (($flags & 1) > 0) { // is a type we understand
// is there a description ?
if (($flags & 0x14) == 0x14) { // has a description
$uloc += 4;
$descLen = ord ( $this->data [$spos + 32] ) | ord ( $this->data [$spos + 33] ) << 8;
$udesc = substr ( $this->data, $spos + $uloc, $descLen * 2 );
$uloc += 2 * $descLen;
}
$ulink = $this->read16bitstring ( $this->data, $spos + $uloc + 20 );
if ($udesc == "") {
$udesc = $ulink;
}
}
$linkdata ['desc'] = $udesc;
$linkdata ['link'] = $this->_encodeUTF16 ( $ulink );
for($r = $row; $r <= $row2; $r ++) {
for($c = $column; $c <= $column2; $c ++) {
$this->sheets [$this->sn] ['cellsInfo'] [$r + 1] [$c + 1] ['hyperlink'] = $linkdata;
}
}
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_DEFCOLWIDTH :
$this->defaultColWidth = ord ( $data [$spos + 4] ) | ord ( $data [$spos + 5] ) << 8;
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_STANDARDWIDTH :
$this->standardColWidth = ord ( $data [$spos + 4] ) | ord ( $data [$spos + 5] ) << 8;
break;
case SPREADSHEET_EXCEL_READER_TYPE_COLINFO :
$colfrom = ord ( $data [$spos + 0] ) | ord ( $data [$spos + 1] ) << 8;
$colto = ord ( $data [$spos + 2] ) | ord ( $data [$spos + 3] ) << 8;
$cw = ord ( $data [$spos + 4] ) | ord ( $data [$spos + 5] ) << 8;
$cxf = ord ( $data [$spos + 6] ) | ord ( $data [$spos + 7] ) << 8;
$co = ord ( $data [$spos + 8] );
for($coli = $colfrom; $coli <= $colto; $coli ++) {
$this->colInfo [$this->sn] [$coli + 1] = Array ('width' => $cw, 'xf' => $cxf, 'hidden' => ($co & 0x01), 'collapsed' => ($co & 0x1000) >> 12 );
}
break;
default :
break;
}
$spos += $length;
}
if (! isset ( $this->sheets [$this->sn] ['numRows'] ))
$this->sheets [$this->sn] ['numRows'] = $this->sheets [$this->sn] ['maxrow'];
if (! isset ( $this->sheets [$this->sn] ['numCols'] ))
$this->sheets [$this->sn] ['numCols'] = $this->sheets [$this->sn] ['maxcol'];
}
function isDate($spos) {
$xfindex = ord ( $this->data [$spos + 4] ) | ord ( $this->data [$spos + 5] ) << 8;
return ($this->xfRecords [$xfindex] ['type'] == 'date');
}
// Get the details for a particular cell
function _getCellDetails($spos, $numValue, $column) {
$xfindex = ord ( $this->data [$spos + 4] ) | ord ( $this->data [$spos + 5] ) << 8;
$xfrecord = $this->xfRecords [$xfindex];
$type = $xfrecord ['type'];
$format = $xfrecord ['format'];
$formatIndex = $xfrecord ['formatIndex'];
$fontIndex = $xfrecord ['fontIndex'];
$formatColor = "";
$rectype = '';
$string = '';
$raw = '';
if (isset ( $this->_columnsFormat [$column + 1] )) {
$format = $this->_columnsFormat [$column + 1];
}
if ($type == 'date') {
// See http://groups.google.com/group/php-excel-reader-discuss/browse_frm/thread/9c3f9790d12d8e10/f2045c2369ac79de
$rectype = 'date';
// Convert numeric value into a date
$utcDays = floor ( $numValue - ($this->nineteenFour ? SPREADSHEET_EXCEL_READER_UTCOFFSETDAYS1904 : SPREADSHEET_EXCEL_READER_UTCOFFSETDAYS) );
$utcValue = ($utcDays) * SPREADSHEET_EXCEL_READER_MSINADAY;
$dateinfo = gmgetdate ( $utcValue );
$raw = $numValue;
$fractionalDay = $numValue - floor ( $numValue ) + .0000001; // The .0000001 is to fix for php/excel fractional diffs
 
$totalseconds = floor ( SPREADSHEET_EXCEL_READER_MSINADAY * $fractionalDay );
$secs = $totalseconds % 60;
$totalseconds -= $secs;
$hours = floor ( $totalseconds / (60 * 60) );
$mins = floor ( $totalseconds / 60 ) % 60;
$string = date ( $format, mktime ( $hours, $mins, $secs, $dateinfo ["mon"], $dateinfo ["mday"], $dateinfo ["year"] ) );
} else if ($type == 'number') {
$rectype = 'number';
$formatted = $this->_format_value ( $format, $numValue, $formatIndex );
$string = $formatted ['string'];
$formatColor = $formatted ['formatColor'];
$raw = $numValue;
} else {
if ($format == "") {
$format = $this->_defaultFormat;
}
$rectype = 'unknown';
$formatted = $this->_format_value ( $format, $numValue, $formatIndex );
$string = $formatted ['string'];
$formatColor = $formatted ['formatColor'];
$raw = $numValue;
}
return array ('string' => $string, 'raw' => $raw, 'rectype' => $rectype, 'format' => $format, 'formatIndex' => $formatIndex, 'fontIndex' => $fontIndex, 'formatColor' => $formatColor, 'xfIndex' => $xfindex );
}
function createNumber($spos) {
$rknumhigh = $this->_GetInt4d ( $this->data, $spos + 10 );
$rknumlow = $this->_GetInt4d ( $this->data, $spos + 6 );
$sign = ($rknumhigh & 0x80000000) >> 31;
$exp = ($rknumhigh & 0x7ff00000) >> 20;
$mantissa = (0x100000 | ($rknumhigh & 0x000fffff));
$mantissalow1 = ($rknumlow & 0x80000000) >> 31;
$mantissalow2 = ($rknumlow & 0x7fffffff);
$value = $mantissa / pow ( 2, (20 - ($exp - 1023)) );
if ($mantissalow1 != 0)
$value += 1 / pow ( 2, (21 - ($exp - 1023)) );
$value += $mantissalow2 / pow ( 2, (52 - ($exp - 1023)) );
if ($sign) {
$value = - 1 * $value;
}
return $value;
}
function addcell($row, $col, $string, $info = null) {
$this->sheets [$this->sn] ['maxrow'] = max ( $this->sheets [$this->sn] ['maxrow'], $row + $this->_rowoffset );
$this->sheets [$this->sn] ['maxcol'] = max ( $this->sheets [$this->sn] ['maxcol'], $col + $this->_coloffset );
$this->sheets [$this->sn] ['cells'] [$row + $this->_rowoffset] [$col + $this->_coloffset] = $string;
if ($this->store_extended_info && $info) {
foreach ( $info as $key => $val ) {
$this->sheets [$this->sn] ['cellsInfo'] [$row + $this->_rowoffset] [$col + $this->_coloffset] [$key] = $val;
}
}
}
function _GetIEEE754($rknum) {
if (($rknum & 0x02) != 0) {
$value = $rknum >> 2;
} else {
//mmp
// I got my info on IEEE754 encoding from
// http://research.microsoft.com/~hollasch/cgindex/coding/ieeefloat.html
// The RK format calls for using only the most significant 30 bits of the
// 64 bit floating point value. The other 34 bits are assumed to be 0
// So, we use the upper 30 bits of $rknum as follows...
$sign = ($rknum & 0x80000000) >> 31;
$exp = ($rknum & 0x7ff00000) >> 20;
$mantissa = (0x100000 | ($rknum & 0x000ffffc));
$value = $mantissa / pow ( 2, (20 - ($exp - 1023)) );
if ($sign) {
$value = - 1 * $value;
}
//end of changes by mmp
}
if (($rknum & 0x01) != 0) {
$value /= 100;
}
return $value;
}
function _encodeUTF16($string) {
$result = $string;
if ($this->_defaultEncoding) {
switch ($this->_encoderFunction) {
case 'iconv' :
$result = iconv ( 'UTF-16LE', $this->_defaultEncoding, $string );
break;
case 'mb_convert_encoding' :
$result = mb_convert_encoding ( $string, $this->_defaultEncoding, 'UTF-16LE' );
break;
}
}
return $result;
}
function _GetInt4d($data, $pos) {
$value = ord ( $data [$pos] ) | (ord ( $data [$pos + 1] ) << 8) | (ord ( $data [$pos + 2] ) << 16) | (ord ( $data [$pos + 3] ) << 24);
if ($value >= 4294967294) {
$value = - 2;
}
return $value;
}
 
}
 
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/GenerateurNomSciHtml.php
New file
0,0 → 1,283
<?php
class GenerateurNomSciHtml {
protected $bdd = null;
protected $table = null;
 
protected $num = null;
protected $compo_nom = array();
 
protected $abbr = array (
'infra-gen.' => 'Infra-Genre',
'sect.' => 'Section',
'subsect.' => 'Sous-Section',
'ser.' => 'Série',
'subser.' => 'Sous-Série',
'gr.' => 'Groupe',
'agg.' => 'Agrégat',
'sp.' => 'Espèce',
'subsp.' => 'Sous-Espèce',
'infra-sp.' => 'Infra-Espèce',
'var.' => 'Variété',
'subvar.' => 'Sous-Variété',
'fa' => 'Forme',
'subf.' => 'Sous-Forme',
'f. sp.' => 'Forma species',
'proles' => 'Race prole'
);
 
private $nomSciTpl = '<span class="sci">%s</span>';
 
private $nomSupraGenTpl = '<span class="supra_gen">%s</span>';
private $genTpl = '<span class="gen">%s</span>';
private $infraGenTpl = '<span class="infra-gen">%s</span>';
private $spFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span>';
private $typeEpitheteTpl = '<abbr class="type_epithete" title="%s">%s</abbr>';
private $infraSpFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span> <abbr class="type-epithete" title="%s">%s</abbr> <span class="infra-sp">%s</span>';
 
private $hybrideTpl = '<span class="hyb">× <span class="%s">%s</span></span>';
private $chimereTpl = '<span class="chimere">+ <span class="%s">%s</span></span>';
private $formuleHybTpl = '<span class="formule-hyb">%s</span>';
private $hybriditeTpl = '<span class="%s">%s</span>';
 
private $gpGxAvecCvarTpl = '<span class="gp">%s <abbr title="grex">gx</abbr>(%s <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>';
private $gpGxSansCvarTpl = '<span class="gp">%s <abbr title="grex">gx</abbr>%s <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>';
private $gxTpl = '<span class="gp">%s <abbr title="grex">gx</abbr></span>';
private $gpAvecCvarTpl = '<span class="gp">(%s <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>';
private $gpSansCvarTpl = '<span class="gp">%s <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>';
private $commTpl = '<span class="commercial">%s</span>';
private $cvarTpl = '<span class="cultivar">\'%s\'</span>';
 
public function generer(Array $nomsDecomposes) {
$nomsSciHtml = array();
foreach ($nomsDecomposes as $infos) {
$nom = $this->genererNomSciHtml($infos);
if ($nom != '') {
$nomsSciHtml[$this->num] = $nom;
}
}
return $nomsSciHtml;
}
 
public function genererNomSciHtml(Array $nomDecomposes) {
$this->initialiserVariables($nomDecomposes);
 
$nomSciHtml = '';
$nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseNomSupraGen();
$nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['genre'], 'gen');
$nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseInfraGen();
$nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_sp'], 'sp');
$nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseTypeInfraSp();
$nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_infra_sp'], 'infra-sp');
$nomSciHtml .= $this->ajouterCultivarGpComm();
 
if ($nomSciHtml != '') {
$nomSciHtml = sprintf($this->nomSciTpl, trim($nomSciHtml));
} else {
$nomSciHtml = $this->verifierHybridite($this->compo_nom['nom_sci'], 'infra-sp');
}
return $nomSciHtml;
}
 
private function initialiserVariables($infos) {
$this->num = $infos['num_nom'];
$this->compo_nom = $infos;
}
 
private function ajouterBaliseNomSupraGen() {
$html = '';
if ($this->compo_nom['nom_supra_generique'] != '') {
$html = sprintf($this->nomSupraGenTpl, $this->compo_nom['nom_supra_generique']);
}
return $html;
}
 
private function ajouterTypeEpithete($type) {
if (!array_key_exists($type, $this->abbr)) {
$this->abbr[$type] = $type;
}
}
 
private function ajouterBaliseInfraGen() {
$html = '';
if ($this->verifierTypeInfraGen()) {
$html = $this->ajouterBaliseTypeInfraGen();
} else {
if ($this->avoirInfo('epithete_infra_generique')) {
$html = sprintf($this->infraGenTpl, $this->compo_nom['epithete_infra_generique']);
}
}
return $html;
}
 
private function verifierTypeInfraGen() {
$ok = false;
if ($this->compo_nom['type_epithete'] != '' && $this->compo_nom['epithete_infra_generique'] != '') {
$this->ajouterTypeEpithete($this->compo_nom['type_epithete']);
$ok = true;
}
return $ok;
}
 
private function ajouterBaliseTypeInfraGen() {
$html = '';
$type = $this->compo_nom['type_epithete'];
 
if ($type == 'agg.') {
// Ajout de l'infra gen avant le type s'il est égal à agg.
$html = ' '.$this->ajouterBaliseInfraGen().
' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type);
} else {
$html = ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type).
' '.$this->ajouterBaliseInfraGen();
}
return $html;
}
 
private function ajouterBaliseTypeInfraSp() {
$html = '';
$type = $this->compo_nom['type_epithete'];
$infraSp = $this->compo_nom['epithete_infra_sp'];
 
if ($infraSp != '') {
if ($type != '') {
$this->ajouterTypeEpithete($type);
$html = ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type);
} else {
$message = "Nom #{$this->num} contient un épithète infra-spécifique mais son type n'est pas renseigné.";
throw new Exception($message);
}
}
return $html;
}
 
private function ajouterCultivarGpComm() {
$html = '';
if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) {
$html .= ' '.$this->ajouterCultivarGroupe();
}
if ($this->avoirInfo('nom_commercial')) {
$html .= ' '.sprintf($this->commTpl, $this->compo_nom['nom_commercial']);
}
if ($this->avoirInfo('cultivar')) {
$html .= ' '.sprintf($this->cvarTpl, $this->compo_nom['cultivar']);
}
return $html;
}
 
private function avoirInfo($valeur) {
return (isset($this->compo_nom[$valeur]) && $this->compo_nom[$valeur] != '') ? true : false;
}
 
/**
* Permet d'ajouter les groupes de cultivar en fonction de la présence d'un cultivar et de la présence d'un grex
*
* L'ensemble des individus obtenu par une fécondation particulière s'appelle un le Grex (que pour les orchidées).
* Au sein du grex, certains individus peuvent se distinguer par des formes, des coloris ou autres qui font que
* l'obtenteur du grex va les sélectionner.
* les noms de groupes de cultivars sont suivis de l'abréviation « Gp » et placés entre parenthèses
* les noms de grex, s'ils sont utilisés devant une épithète de cultivar, ne se mettent pas entre parenthèses
* ex : Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (cultivar_groupe = Alexanderi gx) ;
* les noms de groupe se mettent entre parenthèses s'ils sont devant une épithète de cultivar
* ex : Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (cultivar_groupe = Deremenis)
* Un grex peut contenir des groupes (rédaction d'un exemple de l'ICNCP)
* ex : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick grex Francis Suzuki Group
* ou : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick gx Francis Suzuki Gp
* @param unknown_type $val
*
*/
private function ajouterCultivarGroupe() {
$html = '';
// si le champ cultivar_groupe n'est pas vide
if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) {
$groupe = trim($this->compo_nom['cultivar_groupe']);
 
// Sélection des templates
$tplGx = $this->gxTpl;
$tplGpGx = $this->gpGxSansCvarTpl;
$tplGp = $this->gpSansCvarTpl;
// s'il y a un cultivar, on ajoute des parenthèses au groupe (mais pas au grex)
if ($this->avoirInfo('cultivar')) {
$tplGpGx = $this->gpGxAvecCvarTpl;
$tplGp = $this->gpAvecCvarTpl;
}
 
// Création du HTML du groupe de cultivar
if (strrpos($groupe, ' gx ') !== false) {//si le grex est composé de groupe
$gpEtGx = explode(' gx ', $groupe);
$html = sprintf($tplGpGx, $gpEtGx[0], $gpEtGx[1]);
} else if (preg_match('/ gx$/', $groupe)) {//s'il y a un grex et pas de groupe
$gx = str_replace(' gx', '', $groupe);
$html = sprintf($tplGx, $gx);
} else { //s'il n'y a pas de grex mais un groupe
$html = sprintf($tplGp, $groupe);
}
}
return $html;
}
 
/**
*
* Permet de repérer s'il s'agit d'un hybride (infra-sp, genre, sp) ou d'une chimère.
* @param unknown_type $val
* @param unknown_type $type
*/
private function verifierHybridite($epithete, $type) {
$html = '';
if ($epithete != '') {
if (substr($epithete, 0, 2) == 'x ') {
$hybride = str_replace('x ', '', $epithete);
$html = ' '.sprintf($this->hybrideTpl, $type, $hybride);
} elseif (substr($epithete, 0, 2) == '+ ') {
$hybride = str_replace('+ ', '', $epithete);
$html = ' '.sprintf($this->chimereTpl, $type, $hybride);
} else if (substr_count($epithete, ' x ') > 1) {// Cas d'une formule d'hybridité comprenant des parents hybrides
$html = ' '.$this->insererBaliseFormuleHyb($epithete);
} elseif (substr_count($epithete, ' x ') == 1) {// Cas d'une formule d'hybridité simple
$html = ' '.$this->ajouterFomuleHybridite($epithete, $type);
} else {// Autre cas...
$html = ' '.sprintf($this->hybriditeTpl, $type, $epithete);
}
}
return $html;
}
 
private function ajouterFomuleHybridite($formule, $type) {
$tab_x = explode(' x ', $formule);
$formule_hyb = array();
switch ($type) {
case 'gen' :
foreach ($tab_x as $hyb) {
$formule_hyb[] = sprintf($this->genTpl, $hyb);
}
break;
case 'sp' :
foreach ($tab_x as $hyb) {
if (substr_count($hyb, ' ') >= 1) {
list($gen, $sp) = explode(' ', $hyb);
$formule_hyb[] = sprintf($this->spFHTpl, $gen, $sp);
} else if (preg_match('/^[A-Z]/', $hyb)) {
$gen = $hyb;
$formule_hyb[] = sprintf($this->genTpl, $gen);
}
}
break;
case 'infra-sp' :
foreach ($tab_x as $hyb) {
list($gen, $sp, $typeEpithete, $infraSp) = explode (' ', $hyb);
if (isset($infraSp)) {
$formule_hyb[] = sprintf($this->infraSpFHTpl, $gen, $sp, $this->abbr[$typeEpithete], $typeEpithete, $infraSp);
} else {
$formule_hyb[] = sprintf($this->spFHTpl, $gen, $sp);
}
}
break;
default : break;
}
return $this->insererBaliseFormuleHyb(implode(' x ', $formule_hyb));
}
 
private function insererBaliseFormuleHyb($formule) {
return sprintf($this->formuleHybTpl, $formule);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/Outils.php
New file
0,0 → 1,86
<?php
class Outils {
 
public static function recupererTableauConfig($parametres) {
$tableau = array();
$tableauPartiel = explode(',', $parametres);
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') === false) {
$tableau[] = $champ;
} else {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$clePropre = trim($cle);
$valeurPropre = trim($val);
$tableau[$clePropre] = $valeurPropre;
}
}
return $tableau;
}
 
public static function extraireRequetes($contenuSql) {
$requetesExtraites = preg_split("/;\e*\t*\r*\n/", $contenuSql);
if (count($requetesExtraites) == 0){
throw new Exception("Aucune requête n'a été trouvée dans le fichier SQL : $cheminFichierSql");
}
 
$requetes = array();
foreach ($requetesExtraites as $requete) {
if (trim($requete) != '') {
$requetes[] = rtrim(trim($requete), ';');
}
}
return $requetes;
}
 
/**
* Utiliser cette méthode dans une boucle pour afficher un message suivi du nombre de tour de boucle effectué.
* Vous devrez vous même gérer le retour à la ligne à la sortie de la boucle.
*
* @param string le message d'information.
* @param int le nombre de départ à afficher.
* @return void le message est affiché dans la console.
*/
public static function afficherAvancement($message, $depart = 0) {
static $avancement = array();
if (! array_key_exists($message, $avancement)) {
$avancement[$message] = $depart;
echo "$message : ";
 
$actuel =& $avancement[$message];
echo $actuel++;
} else {
$actuel =& $avancement[$message];
 
// Cas du passage de 99 (= 2 caractères) à 100 (= 3 caractères)
$passage = 0;
if (strlen((string) ($actuel - 1)) < strlen((string) ($actuel))) {
$passage = 1;
}
 
echo str_repeat(chr(8), (strlen((string) $actuel) - $passage));
echo $actuel++;
}
}
 
/**
* @link http://gist.github.com/385876
*/
public function transformerTxtTsvEnTableau($file = '', $delimiter = "\t") {
$str = file_get_contents($file);
$lines = explode("\n", $str);
$field_names = explode($delimiter, array_shift($lines));
foreach ($lines as $line) {
// Skip the empty line
if (empty($line)) continue;
$fields = explode($delimiter, $line);
$_res = array();
foreach ($field_names as $key => $f) {
$_res[$f] = isset($fields[$key]) ? $fields[$key] : '';
}
$res[] = $_res;
}
return $res;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/EfloreScript.php
New file
0,0 → 1,89
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* EfloreScript est une classe abstraite qui doit être implémenté par les classes éxecutant des scripts
* en ligne de commande pour les projets d'eFlore.
*
* @category PHP 5.2
* @package Eflore/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
* @since 0.3
* @version $Id$
* @link /doc/framework/
*/
abstract class EfloreScript extends Script {
 
private $Bdd = null;
private $projetNom = null;
 
public function getProjetNom() {
return $this->projetNom;
}
 
protected function initialiserProjet($projetNom) {
$this->projetNom = $projetNom;
$this->chargerConfigDuProjet();
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Méthodes d'accès aux objets du Framework
/**
* Méthode de connection à la base de données sur demande.
* Tous les scripts n'ont pas besoin de s'y connecter.
*/
protected function getBdd() {
if (! isset($this->Bdd)) {
$this->Bdd = new Bdd();
}
return $this->Bdd;
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Méthodes communes aux projets d'eFlore
 
protected function chargerConfigDuProjet() {
$fichierIni = $this->getScriptChemin().$this->getProjetNom().'.ini';
if (file_exists($fichierIni)) {
Config::charger($fichierIni);
} else {
$m = "Veuillez configurer le projet en créant le fichier '{$this->projetNom}.ini' ".
"dans le dossier du module de script du projet à partir du fichier '{$this->projetNom}.defaut.ini'.";
throw new Exception($m);
}
}
 
protected function chargerStructureSql() {
$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
$this->executerScripSql($contenuSql);
}
 
protected function executerScripSql($sql) {
$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
foreach ($requetes as $requete) {
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
protected function recupererContenu($chemin) {
$contenu = file_get_contents($chemin);
if ($contenu === false){
throw new Exception("Impossible d'ouvrir le fichier SQL : $chemin");
}
return $contenu;
}
 
protected function stopperLaBoucle($limite = false) {
$stop = false;
if ($limite) {
static $ligneActuelle = 1;
if ($limite == $ligneActuelle++) {
$stop = true;
}
}
return $stop;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/nom_sci/DecoupageCitation.php
New file
0,0 → 1,106
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Découpage des citations bibliographiques.
*
* Description : classe permettant de découper les citations.
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2009
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: DecoupageCitation.class.php 1873 2009-03-31 10:07:24Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class DecoupageCitation extends Decoupage {
 
private $expression_principale = array();
private $expression_page = array();
 
function DecoupageCitation()
{
parent::__construct();
 
// Biblio
$this->expression_principale[1] = '/^(?:, |)(?:('.$this->Com.')|)(?:('.$this->In.'), |)(?:'.$this->Bib.'|)(?: ('.$this->Inf.')|)$/u';
// Biblio à exclure
$this->expression_principale[2] = '/^,? ('.$this->HomCourt.')$/u';
// Biblio : abréviation publi et précision (volume, tome, édition...)
$this->expression_ref[1] = '/^([^,$]+)(.*)$/u';//
// Pages début et fin
$this->expression_page[1] = '/^(\d+)-(\d+)$/u';//
// Page unique
$this->expression_page[2] = '/^(\d+)(?:\.|)$/u';//
}
public function decouper($citation)
{
$aso_nom_decompo = array( 'num_nomenc' => '', 'num_taxo' => '',
'in_auteur' => '', 'abreviation' => '', 'precision' => '',
'annee' => '', 'source_biblio_exclure' => '',
'info_combinaison' => '', 'page_debut' => null,'page_fin' => null,
'page_erreur_mark' => '', 'page_erreur_notes' => '');
$aso_nom_decompo['citation_complete'] = $citation;
while ($citation != '') {
$morceau = array();
if (preg_match($this->expression_principale[1], $citation, $morceau)) {// Biblio
$aso_nom_decompo['info_combinaison'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['in_auteur'] = $morceau[2];
$aso_publi = $this->decouperPubli($morceau[3]);
$aso_nom_decompo['abreviation'] = $aso_publi['abreviation'];
$aso_nom_decompo['precision'] = $aso_publi['precision'];
$aso_nom_decompo['pages'] = $morceau[4];
$aso_pages = $this->decouperPages($morceau[4]);
$aso_nom_decompo['page_debut'] = $aso_pages['page_debut'];
$aso_nom_decompo['page_fin'] = $aso_pages['page_fin'];
$aso_nom_decompo['page_erreur_mark'] = $aso_pages['erreur_mark'];
$aso_nom_decompo['page_erreur_notes'] = $aso_pages['erreur_notes'];
$aso_nom_decompo['annee'] = $morceau[5];
$citation = $morceau[6];
} else if (preg_match($this->expression_principale[2], $citation, $morceau)) {// Nom d'sp.
$aso_nom_decompo['source_biblio_exclure'] = $morceau[1];
$citation = $morceau[2];
} else {// Erreurs
$aso_nom_decompo['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_nom_decompo['erreur_notes'] = $citation;
$citation = '';
}
}
return $aso_nom_decompo;
}
public function decouperPubli($ref)
{
$ref = trim($ref);
$aso_ref = array('abreviaton' => null,'precision' => null, 'erreur_mark' => '', 'erreur_notes' => '');
if (preg_match($this->expression_ref[1], $ref, $morceau)) {
$aso_ref['abreviation'] = $morceau[1];
$aso_ref['precision'] = preg_replace('/^\s*,\s*/', '', $morceau[2]);
} else {// Erreurs
$aso_ref['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_ref['erreur_notes'] = $ref;
}
return $aso_ref;
}
public function decouperPages($pages)
{
$pages = trim($pages);
$aso_pages = array('page_debut' => null,'page_fin' => null, 'erreur_mark' => '', 'erreur_notes' => '');
if (preg_match($this->expression_page[1], $pages, $morceau)) {
$aso_pages['page_debut'] = $morceau[1];
$aso_pages['page_fin'] = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expression_page[2], $pages, $morceau)) {
$aso_pages['page_debut'] = $morceau[1];
} else {// Erreurs
$aso_pages['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_pages['erreur_notes'] = $pages;
}
return $aso_pages;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/nom_sci/Decoupage.php
New file
0,0 → 1,160
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Découpage
*
* Description : classe abstraite mettant en comun des expressions régulière pour le découpage des noms latins.
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2009
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: Decoupage.class.php 1873 2009-03-31 10:07:24Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
abstract class Decoupage {
protected $min = '[a-z\x{E0}-\x{FF}\x{153}]';// Lettres minuscules : a à z et &#224; à &#255 et &#339;
protected $maj = "[A-Z'\x{C0}-\x{DF}\x{152}]";// Lettres majuscules : A à Z, ' et &#192; à &#223; et &#338;
protected $hyb = '[+xX]';
protected $SupraSp;// Nom de type suprasp.
protected $GenHy;// Hybride intergénérique
protected $Gen;// Genre
protected $Dou = '(?:\(\?\)|\?)';// Doute
protected $Epi_cv;// Epithete de cultivar
protected $Epi_nn_hy = '(?:nsp\.|)';// Epithète non nommé hybride
protected $Epi_nn = '(?:sp\.[1-9]?|spp\.|)';// Epithète non nommé
protected $Epi;// Epithete
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $Ran_ig = '[Ss]ect\.|subg(?:en|)\.|ser\.|subser\.';// Rang taxonomique infragénérique de type : sous-genre
protected $Ran_ig_gr = 'gr\.';// Rang taxonomique infragénérique de type : groupe
protected $Ran_ig_agg = 'agg\.';// Rang taxonomique infragénérique de type : aggrégat
protected $Ran_bo_i1 = 'subsp\.';// Rang taxonomique infraspécifique de niveau 1
protected $Ran_bo_i2 = 'var\.|subvar\.';// Rang taxonomique infraspécifique de niveau 2
protected $Ran_bo_i3 = 'f\.|fa\.|fa|forma';// Rang taxonomique infraspécifique de niveau 3
protected $Ran_bo_i4 = 'race|prole|proles|prol\.';// Rang taxonomique infraspécifique de niveau 4
protected $Ran_bo;// Rang taxonomique infraspécifique botanique non hybride
protected $Ran_hy_i1 = 'n-subsp\.|\[subsp\.\]|\[n-subsp\.\]';// Rang taxonomique infraspécifique hybride de niveau 1
protected $Ran_hy_i2 = '\[var\.\]|n-var\.|\[n-var\.\]';// Rang taxonomique infraspécifique hybride de niveau 2
protected $Ran_hy_i3 = '';// Rang taxonomique infraspécifique hybride de niveau 3
protected $Ran_hy_i4 = 'n-proles\.';// Rang taxonomique infraspécifique hybride de niveau 4
protected $Ran_hy;// Rang taxonomique infraspécifique hybridre
protected $Ran_ht = 'convar\.|[cC]v\.';// Rang taxonomique horticole
protected $Ran;// Rang taxonomique infraspécifique non hybride, hybride et horticole
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $Ini;// Initiale de prénoms
protected $Pre;// Prénoms
protected $Par = '(?i:de|des|le|la|de la|von|van|st\.|el)';// Particules
protected $ParSsEs = "(?i:st\.-|d)";// Particules sans espace après
protected $Nom; // Abreviation d'un nom d'auteur. Le "f." c'est pour "filius" et c'est collé au nom
protected $NomSpe = '(?:[A-Z]\. (?:DC\.|St\.-Hil\.))|\(?hort\.\)?|al\.';// Prénom + nom spéciaux : "hort." est utilisé comme un nom d'auteur mais cela signifie "des jardins". "DC." est une exception deux majuscule suivi d'un point.
protected $Int;// Intitulé d'auteurs (Prénom + Nom)
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $AutNo;// Intitulé auteur sans "ex", ni "&", ni "et", ni parenthèses
protected $AutNoTa;// Intitulé auteur sans "ex", ni "&", ni "et" mais avec parenthèses possible pour la nomenclature
protected $AutEx;// Intitulé auteur avec "ex"
protected $et = '(?:&|et)';
protected $AutExEt;// Intitulé auteur avec "ex" et "&" ou "et"
protected $AutEt;// Intitulé auteur avec "&" ou "et" et sans parenthèse spécifique à la nomenclature
protected $AutEtTa;// Intitulé auteur avec "&" ou "et" et avec ou sans parenthèse spécifique à la nomenclature
protected $AutBib;// Intitulés auteurs pour la biblio
protected $AutInc = 'AUTEUR\?';// Intitulé auteur spéciaux pouvant être trouvés entre parenthèses
protected $AutSpe;// Intitulé auteur spéciaux pouvant être trouvés entre parenthèses
protected $AutSpeSe;// Intitulé auteur spéciaux type "sensu"
protected $AutSpeTa;// Intitulé auteur spéciaux propre à la nomenclature
protected $Aut;// Tous les intitulés auteurs possibles
protected $Auteur;// Tous les intitulés auteurs possibles
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $ComEmend;// Commentaires nomenclaturaux
protected $ComPp = 'p\.p\.';// Commentaires nomenclaturaux
protected $Com;// Intitulé auteur spéciaux type "sensu"
protected $ComNom = '\(?(?:hort\. non .*|sensu .*|auct\..*|comb\.\s*(?:nov\.|ined\.)|comb?\.\s*nov\.\s*provis\.|stat\.\s*provis\.|nov\.\s*stat\.|stat\.\s*nov\.|p\.p\.|emend\.)\)?';
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $In;// In auteur
protected $AneMoCo = 'janvier|fevrier|mars|avril|mai|juin|juillet|ao\x{FB}t|septembre|octobre|novembre|decembre'; //Mois devant l'année
protected $AneMoAb = 'janv\.|f[e\x{E9}]v\.|sept\.|oct\.|d\x{E9}c\.'; //Mois devant l'année
protected $AneBaSi = '(?:\d{4}|\d{4} ?\?|DATE \?)';// Date
protected $AneBaCo = '(?:\d{4}-\d{4}|\d{4}-\d{2})';// Date
protected $AneDo = '\?';// Doute
protected $AneBa;// Date
protected $AneSpe;// Date
protected $Ane;// Date
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
// Spécial BDNFF :
protected $Date = ' \[.*\]';
protected $Num = '[0-9]|3\*|4\*';# Gestion des numéros de flore
protected $NumAuteur;# Gestion des numéros de flore mélangés ou pas au nom d'auteur
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $BibBa;// Biblio de base : \x{B0} = ° \x{AB}\x{BB} = «» \x{26} = &
protected $Bib;// Biblio de taxon
protected $BibAu = '.+';// Biblio supplémentaire
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $ErrDet;// Biblio à exclure base
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $HomNon = 'non';// Homonymes à exclure : négation
protected $HomBa;// Homonymes à exclure base
protected $Hom;// Homonymes à exclure avec non et nec
protected $HomCourt;// Homonymes à exclure avec non et nec avec expression régulière plus courte!
//------------------------------------------------------------------------------------------------------------//
protected $Inf = '.*';// Informations supplémentaires
public function __construct()
{
//mb_internal_encoding('UTF-8');
//mb_regex_encoding('UTF-8');
//setlocale(LC_ALL, 'fr-fr');
$this->SupraSp = '(?:'.$this->maj.$this->min.'+|'.$this->maj.$this->min.'+-'.$this->maj.$this->min.'+)';// Nom de type suprasp.
$this->GenHy = "[Xx] $this->SupraSp";// Hybride intergénérique
$this->Gen = "$this->SupraSp|$this->GenHy";
$this->Epi_cv = "$this->maj.(?:$this->min|-)+";// Epithete de cultivar
$this->Epi_nn = $this->Epi_nn.$this->Epi_nn_hy;
$this->Epi = "(?:(?:$this->min|-|')+|$this->Epi_nn)";// Epithete
$this->Ran_ig = $this->Ran_ig.'|'.$this->Ran_ig_gr;
$this->Ran_bo = "$this->Ran_bo_i1|$this->Ran_bo_i2|$this->Ran_bo_i3|$this->Ran_bo_i4";// Rang taxonomique infraspécifique botanique non hybride
$this->Ran_hy = "$this->Ran_hy_i1|$this->Ran_hy_i2|$this->Ran_hy_i3|$this->Ran_hy_i4";// Rang taxonomique infraspécifique hybridre
$this->Ran = "(?:$this->Ran_ig|$this->Ran_bo|$this->Ran_hy|$this->Ran_ht)";// Rang taxonomique infraspécifique non hybride, hybride et horticole
$this->Ini = '(?:'.$this->maj.'[.]|'.$this->maj.$this->min.'+[.]?)';// Initiale de prénoms
$this->Pre = $this->Ini.'{1,3}|'.$this->Ini.'[\- ]'.$this->Ini;// Prénoms
$this->Nom = '(?:'.$this->maj."'".$this->maj.'|'.$this->maj.'|'.$this->maj.$this->min."+'".$this->min.'+)'.$this->min.'*[.]?(?: ?f\.|)';
$this->Int = "(?:(?:$this->Pre ?|)(?:$this->Par |$this->ParSsEs|)(?:$this->Nom|$this->Nom".'[\- .]'."$this->Nom)|$this->NomSpe)";// Intitulé d'auteurs (Prénom + Nom)
$this->AutNo = "$this->Int";// Intitulé auteur sans "ex", ni "&", ni "et", ni parenthèses
$this->AutNoTa = "$this->AutNo|$this->NomSpe $this->Int|\($this->Int\) $this->Int";// Intitulé auteur sans "ex", ni "&", ni "et" mais avec parenthèses possible pour la nomenclature
$this->AutEx = "\($this->Int\) $this->Int ex $this->Int|\($this->Int ex $this->Int\) $this->Int|$this->Int ex $this->Int";// Intitulé auteur avec "ex"
$this->AutExEt = "$this->Int $this->et $this->Int ex $this->Int|$this->Int $this->et $this->Int ex $this->Int $this->et $this->Int|$this->Int ex $this->Int $this->et $this->Int|\($this->Int ex $this->Int $this->et $this->Int\) $this->Int|\($this->Int ex $this->Int\) $this->Int $this->et $this->Int|\($this->Int $this->et $this->Int\) $this->Int ex $this->Int|$this->NomSpe $this->Int ex $this->Int";// Intitulé auteur avec "ex" et "&" ou "et"
$this->AutEt = "$this->Int $this->et $this->Int";// Intitulé auteur avec "&" ou "et" et sans parenthèse spécifique à la nomenclature
$this->AutEtTa = "\($this->Int\) $this->Int $this->et $this->Int|\($this->Int $this->et $this->Int\) $this->Int|$this->AutEt";// Intitulé auteur avec "&" ou "et" et avec ou sans parenthèse spécifique à la nomenclature
$this->AutBib = "(?:$this->AutNo|$this->AutEt)";// Intitulés auteurs pour la biblio
$this->AutSpe = "(?:sensu |)auct\.|auct\. mult\.|$this->AutInc";// Intitulé auteur spéciaux pouvant être trouvés entre parenthèses
$this->AutSpeSe = "sensu $this->AutBib";// Intitulé auteur spéciaux type "sensu"
$this->AutSpeTa = "$this->AutSpe|\((?:$this->AutSpe)\)|$this->AutSpeSe";// Intitulé auteur spéciaux propre à la nomenclature
$this->Aut = "(?:$this->AutExEt|$this->AutEx|$this->AutEtTa|$this->AutSpeTa|$this->AutNoTa)";// Tous les intitulés auteurs possibles
$this->Auteur = $this->Int.'|'.$this->Int.' '.$this->et.' '.$this->Int.'|(?:'.$this->Int.', )+'.$this->Int.' '.$this->et.' '.$this->Int;// Intitulé auteur avec "&" ou "et";
$this->ComEmend = "emend\. $this->AutBib";// Commentaires nomenclaturaux
$this->Com = "$this->ComEmend|$this->ComPp";// Intitulé auteur spéciaux type "sensu"
$this->In = "[iI]n $this->AutBib";// In auteur
$this->AneBa = "$this->AneBaSi|$this->AneBaCo";// Date
$this->AneSpe = "(?:$this->AneBa ?\[$this->AneBa\]|(?:$this->AneMoCo|$this->AneMoAb) $this->AneBaSi|$this->AneBaSi $this->AneBaSi)";// Date
$this->Ane = "$this->AneBa||$this->AneDo|$this->AneSpe";// Date
$this->BibBa = "(?:$this->maj$this->min*[.]?|in|hort\.)(?:$this->min*[.]?|[\d\/\- ,()'\x{B0}\x{26}\x{AB}\x{BB}[\]?])*";// Biblio de base : \x{B0} = ° \x{AB}\x{BB} = «» \x{26} = &
$this->Bib = "([^:]+):(.+?)\(($this->Ane)\)";// Biblio de taxon
$this->ErrDet = "($this->AutSpe,? non $this->Aut): ($this->Bib;?)+";// Biblio à exclure base
$this->HomBa = "$this->Aut \($this->Ane\)";// Homonymes à exclure base
$this->Hom = "$this->HomNon $this->HomBa(?: nec $this->HomBa)*?";// Homonymes à exclure avec non et nec
$this->HomCourt = "$this->HomNon .+?(?: nec .+?)*?";// Homonymes à exclure avec non et nec avec expression régulière plus courte!
$this->NumAuteur = $this->Num.'|(?:(?:'.$this->Num.'|'.$this->Auteur.'), )+(?:'.$this->Num.'|'.$this->Auteur.')';# Gestion des numéros de flore mélangés ou pas au nom d'auteur
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/nom_sci/DecoupageNomLatin.php
New file
0,0 → 1,378
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Découpage des noms latins
*
* Description : classe permettant de découper les noms latins.
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2009
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: DecoupageNomLatin.class.php 1873 2009-03-31 10:07:24Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class DecoupageNomLatin extends Decoupage {
 
private $expression_principale = array();
private $expression_complement = array();
 
function DecoupageNomLatin()
{
parent::__construct();
 
// Genre et nom supragénérique
$this->expression_principale[1] = "/^((?:$this->hyb |)$this->Gen)(?:( $this->Inf)|)$/u";
// Sp
$this->expression_principale[2] = "/^((?:$this->hyb |)$this->Gen) ((?:($this->hyb) |$this->Dou|)(?:$this->Epi|$this->Dou))(?:((?:,| $this->Ran) $this->Inf)| agg\.|)$/u";
// Rang infragénérique et supraspécifique
$this->expression_principale[3] = '/^('.$this->Gen.') ('.$this->Ran.') ('.$this->Gen.'|.'.$this->Epi.')(?:(, '.$this->Inf.')|)$/u';
// Hybride interspécifique
$this->expression_principale[4] = "/^((?:$this->Gen) $this->Epi (?:($this->Ran) $this->Epi )?x $this->Epi(?: ($this->Ran) $this->Epi)?)$/u";
// Aggrégat
$this->expression_principale[5] = "/^($this->Gen) ($this->Epi) (agg\.)(?:( $this->Inf)|)$/u";//
// Epithète infra-spécifique
$this->expression_complement[1] = "/^ ($this->Ran) ((?:($this->hyb) |$this->Dou|)(?:$this->Epi|$this->Dou))(?:((?:,| $this->Ran) $this->Inf)|)$/Uu";
// Cultivar
$this->expression_complement[5] = "/^ ($this->Ran_ht) ((?:(?:$this->Epi_cv) ?)+)$/u";
}
public function decouper($nom_latin)
{
$aso_nom_decompo = array( 'nom_genre' => '', 'nom_sp' => '', 'auteur_sp' => '', 'nom_complement' => '',
'type_infrasp' => '', 'nom_infrasp' => '',
'num_nomenc' => '', 'num_taxo' => '', 'rang_taxonomique' => '',
'nom_courant' => '', 'nom_superieur' => '', 'agg' => '');
$aso_nom_decompo['nom_complet'] = $nom_latin;
while ($nom_latin != '') {
$morceau = array();
if (preg_match($this->expression_principale[4], $nom_latin, $morceau)) {// Formule d'hybridation
// Nous tentons de déterminer le rang de l'hybride
if (isset($morceau[2]) && isset($morceau[3]) && $morceau[2] == $morceau[3]) {
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang('n-'.$morceau[2]);
} else {
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// Hybride instersp.
}
$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = 'x';
$aso_nom_decompo['formule_hybridation'] = $morceau[0];
$nom_latin = '';
} else if (preg_match($this->expression_principale[5], $nom_latin, $morceau)) {// agg.
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 240;// agg.
$aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[2];
$aso_nom_decompo['agg'] = $morceau[3];
$nom_latin = $morceau[4];
$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expression_principale[2], $nom_latin, $morceau)) {// Nom d'sp.
// Nous regardons si nous avons à faire à un hybride
if (preg_match('/^'.$this->hyb.'$/', $morceau[3])) {
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// hybride intersp.
$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = strtolower($morceau[3]);
} else if (preg_match('/^'.$this->Epi_nn_hy.'$/', $morceau[2])) {
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 260;// hybride intersp.
$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = 'x';
} else {
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = 250;// sp.
}
// Nous atribuons le genre
$aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1];
// Nous regardons si nous avons à faire à une phrase non nommé (ex : sp.1, spp., nsp.)
if (preg_match('/^'.$this->Epi_nn.'$/', $morceau[2])) {
$aso_nom_decompo['phrase_nom_non_nomme'] = $morceau[2];// hybride intersp.
$aso_nom_decompo['nom_sp'] = '';
} else {
$aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[2];
}
$nom_latin = $morceau[4];
$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expression_principale[3], $nom_latin, $morceau)) {// Nom infragénérique et supraspécifique
$aso_nom_decompo['nom_genre'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[2]);
// Nous regardons si nous avons à faire à un groupe
if (preg_match('/^'.$this->Ran_ig_gr.'$/', $morceau[2])) {
$aso_nom_decompo['nom_sp'] = $morceau[3];
} else {
$aso_nom_decompo['nom_infra_genre'] = $morceau[3];
}
$nom_latin = $morceau[4];
$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expression_principale[1], $nom_latin, $morceau)) {// Nom de genre et supragénérique
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->verifierTerminaisonLatine($nom_latin);
$aso_nom_decompo['nom_suprasp'] = $morceau[1];
$nom_latin = $morceau[2];
$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = null;
$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[1];
} else if (preg_match($this->expression_complement[5], $nom_latin, $morceau)) {// Cultivar
$aso_nom_decompo['rang_cultivar'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[1]);
// Nous vérifions si nous avons à faire à un cultivar d'hybride
if ($aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] == 'x' && $aso_nom_decompo['rang_cultivar'] == 460) {
$aso_nom_decompo['rang_cultivar'] = 470;
}
$aso_nom_decompo['cultivar'] = $morceau[2];
$nom_latin = '';
} else if (preg_match($this->expression_complement[1], $nom_latin, $morceau)) {// Nom infrasp.
if (preg_match('/^'.$this->hyb.'$/', $morceau[3])) {
$aso_nom_decompo['mark_hybride_interspecifique'] = strtolower($morceau[3]);
}
$aso_nom_decompo['rang_taxonomique'] = $this->attribuerCodeRang($morceau[1]);
$aso_nom_decompo['type_infrasp'] = $morceau[1];
$aso_nom_decompo['nom_infrasp'] = $morceau[2];
$nom_latin = $morceau[4];
$aso_nom_decompo['nom_superieur'] = $aso_nom_decompo['nom_courant'];
$aso_nom_decompo['nom_courant'] = $morceau[2];
} else {// Erreurs
$aso_nom_decompo['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_nom_decompo['erreur_notes'] = $nom_latin;
$nom_latin = '';
}
}
return $aso_nom_decompo;
}
public function verifierTerminaisonLatine($nom_latin)
{
if (preg_match('/^Plantae$/', $nom_latin)) {// Règne
return 10;
} else if (preg_match('/phyta$/', $nom_latin)) {// Embranchement ou Division
return 30;
} else if (preg_match('/phytina$/', $nom_latin)) {// Sous-Embranchement ou Sous-Division
return 40;
} if (preg_match('/opsida$/', $nom_latin)) {// Classe
return 70;
} else if (preg_match('/idae$/', $nom_latin)) {// Sous-Classe
return 80;
} else if (preg_match('/ales$/', $nom_latin)) {// Ordre
return 100;
} else if (preg_match('/ineae$/', $nom_latin)) {// Sous-Ordre
return 110;
} else if (preg_match('/aceae$/', $nom_latin)) {// Famille
return 120;
} else if (preg_match('/oideae$/', $nom_latin)) {// Sous-Famille
return 130;
} else if (preg_match('/eae$/', $nom_latin)) {// Tribu
return 140;
} else if (preg_match('/inae$/', $nom_latin)) {// Sous-Tribu
return 150;
} else if (preg_match('/^[A-Z]/', $nom_latin)) {// Genre
return 160;
} else {
return 1;
}
}
static function fournirTableauAbreviationRang($type = 'tout')
{
$rang_supra_sp = array('subgen.', 'subg.', 'sect.');// l'abréviation du rang est suivi par un nom supra spécifique commençant par une majuscule
$rang_supra_gr = array('gr.');// l'abréviation du rang est suivi par un nom ne commençant pas par une majuscule
$rang_supra_agg = array('agg.');// le nom latin est terminé par l'abréviation du rang
$rang_infra_sp = array( 'subsp.', 'n-subsp.', '[subsp.]', '[n-subsp.]',
'var.', 'nvar.', '[var.]',
'prol.', 'proles', 'n-proles.',
'f.', 'fa', 'fa.', 'forma',
'subvar.', 'convar.',
'cv.', 'Cv.',
'n-f.', 'n-fa', 'n-fa.',
'subf.', 'subfa', 'subfa.');
if ($type == 'supra') {
return $rang_supra_sp;
} else if ($type == 'supra-gr') {
return $rang_supra_gr;
} else if ($type == 'supra-agg') {
return $rang_supra_agg;
} else if ($type == 'infra') {
return $rang_infra_sp;
} else if ($type == 'tout') {
return array_merge($rang_supra_sp, $rang_supra_gr, $rang_supra_agg, $rang_infra_sp);
}
}
 
static function actualiserCodeRang($code_rang)
{
$aso_rang = array( '1' => '10', // Règne
'3' => '20', // Sous-Règne
'5' => '30', // Phylum
'7' => '40', // Sub-Phylum
'9' => '50', // division
'15' => '60', // sous-division
'20' => '70', // classe
'25' => '80', // sous-classe
'30' => '100', // ordre
'35' => '110', // sous-ordre
'40' => '120', // famille
'45' => '130', // sous-famille
'50' => '140', // tribu
'55' => '150', // sous-tribu
'60' => '160', // genre
'62' => '170', // genre hybride (nouveau compatibilité flore Réunion)
'65' => '180', // sous-genre
'65' => '190', // section
'75' => '200', // sous-section
'80' => '210', // série
'85' => '220', // sous-série
'90' => '230', // groupe
'95' => '240', // aggrégat
'100' => '250', // espèce
'102' => '260', // espèce hybride intragénérique
'104' => '260', // espèce hybride intergénérique
'110' => '280', // sous-espèce
'112' => '300', // sous-espèce hybride : hybride entre deux sous-espèces d'une espèce non hybride ; exemple : Polypodium vulgare L. nsubsp. mantoniae (Rothm.) Schidlay (Polypodium vulgare L. subsp. vulgare x Polypodium vulgare L. subsp. prionodes (Aschers.) Rothm.).
'113' => '310', // sous-espèce hybride : sous-espèce d'espèce hybride sans spécification du rang parental (subspecies) (voir ICBN, art. H.12.1).
'114' => '300', // sous-espèce hybride : sous-espèce hybride d'espèce hybride (nothosubspecies) (voir ICBN, art. H.12.1) ; exemple : Mentha x piperita L. nsubsp. piperita (Mentha aquatica L. x Mentha spicata L. subsp. glabrata (Lej. et Court.) Lebeau).
'115' => '300', // sous-espèce hybride
'120' => '1', // infra2
'122' => '330', // prole, race : peu employé souvent issu de nom ancien (antérieur au code).
'124' => '340', // prole, race hybride : peu employé souvent issu de nom ancien (antérieur au code).
'132' => '350', // convarietas : si on le conscidère comme un rang intermédiaire entre la sous-espèce et la variété. Voir aussi n°200.
'130' => '1', // infra3 : niveau infra-spécifique de troisième niveau, sans plus de précision.
'140' => '360', // variété
'142' => '380', // variété : hybride entre deux variétés d'une espèce non hybride.
'143' => '390', // variété : variété d'espèce hybride sans spécification du rang parental (varietas) (voir ICBN, art. H.12.1); exemple : Populus x canadensis Moench var. marilandica (Poir.) Rehder.
'144' => '380', // variété : variété hybride d'espèce hybride (nothovarietas) ; exemple : Salix x sepulcralis Simonk. nvar. chrysocoma (Dode) Meikle.
'145' => '380', // variété hybride
'150' => '410', // sous-variété
'160' => '420', // forme
'162' => '430', // forme : hybride entre deux formes d'une espèce non hybride.
'163' => '430', // forme : forme d'espèce hybride sans spécification du rang parental (forma) (voir ICBN, art. H.12.1); exemple : Mentha x piperita L. f. hirsuta Sole.
'164' => '430', // forme : forme hybride d'espèce hybride (nothoforma).
'170' => '440', // sous-forme
'200' => '450', // groupe de cultivar
'210' => '460', // cultivar
'220' => '470', // cultivar d'hybride
'0' => '480' // clade
);
return $aso_rang[$code_rang];
}
 
public function attribuerCodeInfra($str_abreviation_type_infra)
{
$aso_code_infra = array('type' => '', 'code' => 0, 'rang' => 2 );
switch ($str_abreviation_type_infra) {
case 'subgen.' :
case 'subg.' :
$aso_code_infra['rang'] = 180;
break;
case 'sect.' :
$aso_code_infra['rang'] = 190;
break;
case 'gr.' :
$aso_code_infra['rang'] = 230;
break;
case 'subsp.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
$aso_code_infra['code'] = 1;
$aso_code_infra['rang'] = 280;
break;
case 'n-subsp.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
$aso_code_infra['code'] = 2;
$aso_code_infra['rang'] = 300;
break;
case '[subsp.]' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
$aso_code_infra['code'] = 3;
$aso_code_infra['rang'] = 290;
break;
case '[n-subsp.]' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra1';
$aso_code_infra['code'] = 4;
$aso_code_infra['rang'] = 310;
break;
case 'var.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
$aso_code_infra['code'] = 1;
$aso_code_infra['rang'] = 360;
break;
case '[var.]' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
$aso_code_infra['code'] = 2;
$aso_code_infra['rang'] = 370;
break;
case 'n-var.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
$aso_code_infra['code'] = 3;
$aso_code_infra['rang'] = 380;
break;
case 'nvar.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
$aso_code_infra['code'] = 3;
$aso_code_infra['rang'] = 384;
break;
case '[n-var.]' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra2';
$aso_code_infra['code'] = 5;
$aso_code_infra['rang'] = 390;
break;
case 'prol.' :
case 'proles' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 2;
$aso_code_infra['rang'] = 330;
break;
case 'n-proles' :
case 'n-proles.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 1;
$aso_code_infra['rang'] = 340;
break;
case 'f.':
case 'fa':
case 'fa.':
case 'forma':
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 3;
$aso_code_infra['rang'] = 420;
break;
case 'subvar.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 4;
$aso_code_infra['rang'] = 410;
break;
case 'convar.' :
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 5;
$aso_code_infra['rang'] = 350;
break;
case 'cv.':
case 'Cv.':
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 6;
$aso_code_infra['rang'] = 460;
break;
case 'n-f.':
case 'n-fa':
case 'n-fa.':
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 7;
$aso_code_infra['rang'] = 430;
break;
case 'subf.':
case 'subfa':
case 'subfa.':
$aso_code_infra['type'] = 'infra3';
$aso_code_infra['code'] = 8;
$aso_code_infra['rang'] = 440;
break;
default:
$aso_code_infra['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_code_infra['erreur_notes'] = $str_abreviation_type_infra;
$aso_code_infra['rang'] = 2;
}
return $aso_code_infra;
}
public function attribuerCodeRang($str_abreviation_type_infra)
{
$aso_code_infra = $this->attribuerCodeInfra($str_abreviation_type_infra);
return $aso_code_infra['rang'];
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/nom_sci/DecoupageAuteur.php
New file
0,0 → 1,189
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Découpage des intitulés auteurs
*
* Description : classe permettant de découper les intitulés d'auteurs.
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2009
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: DecoupageAuteur.class.php 1873 2009-03-31 10:07:24Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class DecoupageAuteur extends Decoupage {
private $expression = array();
private $expression_in = array();
public function __construct()
{
parent::__construct();
$this->expresion[2] = '/^\s*\(([^)]+?)\) ('.$this->Auteur.') ex ('.$this->Auteur.')('.$this->Date.')?\s*$/u';
$this->expresion[3] = '/^\s*\(([^)]+?)\) ('.$this->Auteur.')('.$this->Date.')?\s*$/u';
$this->expresion[5] = '/^\s*('.$this->Auteur.') ex ('.$this->Auteur.')('.$this->Date.')?\s*$/u';
$this->expresion[6] = '/^\s*('.$this->Auteur.')('.$this->Date.')?\s*$/u';
$this->expresion[7] = '/^\s*\(([^)]+?)\) ('.$this->Auteur.'),? ('.$this->ComNom.')\s*$/u';
$this->expresion[8] = '/^\s*\(('.$this->Auteur.') ex ('.$this->Auteur.')\) ('.$this->ComNom.')\s*$/u';
$this->expresion[9] = '/^\s*('.$this->Auteur.') ex ('.$this->Auteur.'),? ('.$this->ComNom.')\s*$/u';
$this->expresion[10] = '/^\s*\(('.$this->Auteur.')\) ('.$this->ComNom.')\s*$/u';
$this->expresion[11] = '/^\s*('.$this->Auteur.'),? ('.$this->ComNom.')\s*$/u';
$this->expresion[12] = '/^\s*('.$this->ComNom.')\s*$/u';
$this->expresion[13] = '/^\s*\(('.$this->Auteur.')\) ('.$this->Auteur.'),? ('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion[14] = '/^\s*\(('.$this->Auteur.') ex ('.$this->Auteur.')\) ('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion[15] = '/^\s*('.$this->Auteur.') ex ('.$this->Auteur.'),? ('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion[16] = '/^\s*\(('.$this->Auteur.')\) ('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion[17] = '/^\s*('.$this->Auteur.') ('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion[18] = '/^\s*('.$this->Auteur.'),? ('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion[19] = '/^\s*('.$this->InAut.')\s*$/u';
$this->expresion_in[1] = '/^\s*[iI]n ('.$this->Auteur.') ?('.$this->ComNom.')?\s*$/u';
$this->expresion_in[2] = '/^\s*[iI]n ('.$this->NumAuteur.') ?('.$this->ComNom.')?\s*$/u';
}
public function decouper($str_intitule)
{
$aso_intitule = array( 'auteur_basio_ex' => '', 'auteur_basio' => '',
'auteur_modif_ex' => '', 'auteur_modif' => '',
'date' => '', 'annee' => '', 'commentaires_nomenclaturaux' => '',
'citation_in_auteur' => '', 'integration_ok' => 1,
'erreur_mark' => '', 'erreur_notes' => '');
if ($str_intitule != '') {
$morceau = array();
//Gestion des intitulés auteurs SANS commentaires nomenclaturaux
if (preg_match($this->expresion[6], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule['auteur_basio'] = $morceau[1];
$aso_intitule['date'] = $morceau[2];
$aso_date = $this->decouperDate($aso_intitule['date']);
$aso_intitule['annee'] = $aso_date['annee'];
} else if (preg_match($this->expresion[5], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule['auteur_basio_ex'] = $morceau[1];
$aso_intitule['auteur_basio'] = $morceau[2];
$aso_intitule['date'] = $morceau[3];
$aso_date = $this->decouperDate($aso_intitule['date']);
$aso_intitule['annee'] = $aso_date['annee'];
} else if (preg_match($this->expresion[3], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_auteur = $this->decouperAuteurEx($morceau[1]);
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $aso_auteur['auteur_ex'];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $aso_auteur['auteur'];
$aso_intitule['erreur_mark'] = $aso_auteur['erreur_mark'];
$aso_intitule['erreur_notes'] = $str_intitule;
$aso_intitule{'auteur_modif'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'date'} = $morceau[3];
$aso_date = $this->decouperDate($aso_intitule['date']);
$aso_intitule['annee'] = $aso_date['annee'];
} else if (preg_match($this->expresion[2], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_auteur = $this->decouperAuteurEx($morceau[1]);
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $aso_auteur['auteur_ex'];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $aso_auteur['auteur'];
$aso_intitule['erreur_mark'] = $aso_auteur['erreur_mark'];
$aso_intitule['erreur_notes'] = $str_intitule;
$aso_intitule{'auteur_modif_ex'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'auteur_modif'} = $morceau[3];
$aso_intitule{'date'} = $morceau[4];
$aso_date = $this->decouperDate($aso_intitule['date']);
$aso_intitule['annee'] = $aso_date['annee'];
} else if (preg_match($this->expresion[7], $str_intitule, $morceau)) {
// Gestion des intitulés auteurs AVEC commentaires nomenclaturaux
$aso_auteur = $this->decouperAuteurEx($morceau[1]);
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $aso_auteur['auteur_ex'];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $aso_auteur['auteur'];
$aso_intitule['erreur_mark'] = $aso_auteur['erreur_mark'];
$aso_intitule['erreur_notes'] = $str_intitule;
$aso_intitule{'auteur_modif'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'commentaires_nomenclaturaux'} = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expresion[8], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'commentaires_nomenclaturaux'} = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expresion[9], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'commentaires_nomenclaturaux'} = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expresion[10], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'commentaires_nomenclaturaux'} = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion[11], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'commentaires_nomenclaturaux'} = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion[12], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'commentaires_nomenclaturaux'} = $morceau[1];
} else if (preg_match($this->expresion[13], $str_intitule, $morceau)) {
// Gestion des intitulés auteurs AVEC "in"
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'auteur_modif'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expresion[14], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expresion[15], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio_ex'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[2];
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[3];
} else if (preg_match($this->expresion[16], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion[17], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion[18], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'auteur_basio'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion[19], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'citation_in_auteur'} = $morceau[1];
} else {
$aso_intitule['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_intitule['erreur_notes'] .= $str_intitule;
}
}
return $aso_intitule;
}
public function decouperIn($str_intitule)
{
$aso_intitule = array( 'in_intitule_auteur' => '', 'in_commentaire_nomenclatural' => '',
'erreur_mark' => '', 'erreur_notes' => '');
if ($str_intitule != '') {
$morceau = array();
if (preg_match($this->expresion_in[1], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'in_intitule_auteur'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'in_commentaire_nomenclatural'} = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion_in[2], $str_intitule, $morceau)) {
$aso_intitule{'in_intitule_auteur'} = $morceau[1];
$aso_intitule{'in_commentaire_nomenclatural'} = $morceau[2];
} else {
$aso_intitule['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_intitule['erreur_notes'] .= $str_intitule;
}
}
return $aso_intitule;
}
private function decouperAuteurEx($chaine) {
$aso_retour = array('auteur_ex' => '', 'auteur' => '', 'erreur_mark' => '', 'erreur_notes' => '');
if (preg_match($this->expresion[5], $chaine, $morceau)) {
$aso_retour['auteur_ex'] = $morceau[1];
$aso_retour['auteur'] = $morceau[2];
} else if (preg_match($this->expresion[6], $chaine, $morceau)) {
$aso_retour['auteur'] = $morceau[1];
} else {
$aso_retour['erreur_mark'] = 'erreur';
$aso_retour['erreur_notes'] = $chaine;
}
return $aso_retour;
}
private function decouperDate($chaine)
{
$aso_retour = array('annee' => '');
if (preg_match('/^\[(\d{4})]\$/', $chaine, $morceau = array())) {
$aso_retour['annee'] = $morceau[1];
}
return $aso_retour;
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/Conteneur.php
New file
0,0 → 1,97
<?php
/**
* Le conteneur encapsule les classes servant aux scripts.
* Il gère leur instanciation, ainsi que la récupération des paramètres depuis le fichier de configuration, et
* de la ligne de commande.
*
* @category eFlore
* @package Scripts
* @subpackage Bibliotheque
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2014, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license CeCILL v2 http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt
* @license GNU-GPL http://www.gnu.org/licenses/gpl.html
*/
//TODO : initialiser tous les objets dans le conteneur
class Conteneur {
protected $parametres = array();
protected $partages = array();
 
public function __construct(array $parametres = null) {
$this->parametres = is_null($parametres) ? array() : $parametres;
}
 
public function getParametre($cle) {
$valeur = isset($this->parametres[$cle]) ? $this->parametres[$cle] : Config::get($cle);
return $valeur;
}
 
/**
* Obtenir un paramètre depuis le tableau de paramètres ou depuis le fichier de config
* et le transformer en tableau s'il est de la forme : "cle=valeur,cle=valeur,..."
* @param String $cle le nom du paramètre
* @return la valeur du paramètre
*/
public function getParametreTableau($cle) {
$tableau = array();
$parametre = $this->getParametre($cle);
if (empty($parametre) === false) {
$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') === false) {
$tableau[] = trim($champ);
} else {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$tableau[trim($cle)] = trim($val);
}
}
}
return $tableau;
}
 
public function setParametre($cle, $valeur) {
$this->parametres[$cle] = $valeur;
}
 
public function getOutils() {
if (!isset($this->partages['Outils'])){
$this->partages['Outils'] = new Outils();
}
return $this->partages['Outils'];
}
 
public function getEfloreCommun() {
if (!isset($this->partages['EfloreCommun'])){
$this->partages['EfloreCommun'] = new EfloreCommun($this);
}
return $this->partages['EfloreCommun'];
}
 
public function getMessages() {
if (!isset($this->partages['Messages'])){
$this->partages['Messages'] = new Messages($this->getParametre('v'));
}
return $this->partages['Messages'];
}
 
public function getGenerateurNomSciHtml() {
if (!isset($this->partages['GenerateurNomSciHtml'])){
$this->partages['GenerateurNomSciHtml'] = new GenerateurNomSciHtml();
}
return $this->partages['GenerateurNomSciHtml'];
}
 
public function getRestClient() {
if (!isset($this->partages['RestClient'])){
$this->partages['RestClient'] = new RestClient();
}
return $this->partages['RestClient'];
}
 
public function getBdd() {
if (!isset($this->partages['Bdd'])){
$this->partages['Bdd'] = new Bdd();
}
return $this->partages['Bdd'];
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/LecteurExcel.php
New file
0,0 → 1,64
<?php
require_once dirname(__FILE__).DS.'excel_reader'.DS.'excel_reader2.php';
 
class LecteurExcel {
 
private $lecteur = null;
private $fichier = '';
private $feuille = 0;
 
public function __construct($fichierExcel) {
error_reporting(E_ALL ^ E_NOTICE);
$this->fichier = $fichierExcel;
$this->lecteur = new Spreadsheet_Excel_Reader();
$this->lecteur->setUTFEncoder('mb');
$this->lecteur->setOutputEncoding('UTF-8');
$this->lecteur->read($this->fichier);
}
 
public function getFichier() {
return $this->fichier;
}
 
public function getFeuille() {
return $this->feuille;
}
 
public function setFeuille($feuille) {
return $this->feuille = $feuille;
}
 
public function getValeur($ligne, $colonne) {
$val = $this->lecteur->val($ligne, $colonne, $this->feuille);
return $val;
}
 
public function getValeurBrute($ligne, $colonne) {
return $this->lecteur->raw($ligne, $colonne, $this->feuille);
}
 
public function getNbreLignes() {
return $this->lecteur->rowcount($this->feuille);
}
 
public function getNbreColonne() {
return $this->lecteur->colcount($this->feuille);
}
 
public function getDonnees() {
return $this->lecteur->sheets[$this->feuille];
}
 
public function afficherTxt() {
foreach ($this->lecteur->sheets as $k => $data) {
echo "Fichier : {$this->fichier}.\nFeuille $k\n";
foreach ($data['cells'] as $idRow => $row) {
foreach ($row as $idCol => $cell) {
echo $this->getValeur($idRow, $idCol)."\t";
}
echo "\n";
}
}
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/bibliotheque/VerificateurDonnees.php
New file
0,0 → 1,135
<?php
/**
*
* regroupement de fonctions de vérification des fichiers de données .tsv qui créé des fichiers log
* les classes qui vérifie des données pour des projets peuvent l'étendre
* @author mathilde
*
*/
abstract class VerificateurDonnees {
private $projet;
private $Message;
private $Conteneur;
private $ligne_num; //numéro de la ligne parcourue
private $log = ''; //texte du journal
protected $colonne_valeur; //valeur d'une colonne
protected $colonne_num; // numéro d'un colonne
private $nb_erreurs = 0; // nombre total
private $erreurs_ligne; // consigne les erreurs d'une ligne : $erreurs_ligne[$num_col] = $valeur_erronnee
 
public function __construct(Conteneur $conteneur, $projet) {
$this->Conteneur = $conteneur;
$this->Message = $this->Conteneur->getMessages();
$this->projet = $projet;
}
 
/**
*
* fonction principale qui parcourt chaque ligne du fichier pour en vérifier la cohérence
* et déclenche l'écriture du fichier log
* @param chaine, nom du fichier de données à vérifier
*/
public function verifierFichier($fichierDonnees){
$lignes = file($fichierDonnees, FILE_IGNORE_NEW_LINES);
if ($lignes != false) {
foreach ($lignes as $this->ligne_num => $ligne) {
$this->verifierErreursLigne($ligne);
$this->Message->afficherAvancement("Vérification des lignes");
}
echo "\n";
} else {
$this->Message->traiterErreur("Le fichier $fichierDonnees ne peut pas être ouvert.");
}
if ($this->nb_erreurs == 0) {
$this->ajouterAuLog("Il n'y a pas d'erreurs.");
}
$this->Message->traiterInfo($this->nb_erreurs." erreurs");
$this->ecrireFichierLog();
return $this->nb_erreurs;
}
/**
*
* découpe une ligne en colonnes pour en vérifier le contenu
* @param chaine, une ligne du fichier
*/
private function verifierErreursLigne($ligne){
$this->erreurs_ligne = array();
$colonnes = explode("\t", $ligne);
if (isset($colonnes)) {
foreach ($colonnes as $this->colonne_num => $this->colonne_valeur) {
$this->definirTraitementsColonnes();
}
} else {
$message = "Ligne {$this->ligne_num} : pas de tabulation";
$this->ajouterAuLog($message);
}
$this->consignerErreursLigne();
}
/**
*
* pour le traitement spécifique colonne par colonne
*
*/
 
abstract protected function definirTraitementsColonnes();
/**
*
* note dans le log s'il y a des erreurs dans une ligne
*/
private function consignerErreursLigne() {
$nbreErreursLigne = count($this->erreurs_ligne);
$this->nb_erreurs += $nbreErreursLigne;
if ($nbreErreursLigne != 0) {
$this->ajouterAuLog("Erreurs sur la ligne {$this->ligne_num}");
$ligneLog = '';
foreach ($this->erreurs_ligne as $cle => $v){
$ligneLog .= "colonne $cle : $v - ";
}
$this->ajouterAuLog($ligneLog);
}
}
/**
* garde la trace d'une erreur dans une ligne
*
*/
protected function noterErreur() {
$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
}
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Gestion du Log
private function ajouterAuLog($txt) {
$this->log .= "$txt\n";
}
private function ecrireFichierLog() {
$base = Config::get('chemin_scripts');
$fichierLog = $base.'/modules/'.$this->projet.'/log/verification.log';
file_put_contents($fichierLog, $this->log);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/cli.php
New file
0,0 → 1,37
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Initialise le chargement et l'exécution des scripts
*
* Lancer ce fichier en ligne de commande avec :
* <code>/opt/lampp/bin/php cli.php mon_script -a test</code>
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2008
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 
// Le fichier Framework.php du Framework de Tela Botanica doit être appelée avant tout autre chose dans l'application.
// Sinon, rien ne sera chargé.
// Chemin du fichier chargeant le framework requis
$framework = dirname(__FILE__).DIRECTORY_SEPARATOR.'framework.php';
if (!file_exists($framework)) {
$e = "Veuillez paramétrer l'emplacement et la version du Framework dans le fichier $framework";
trigger_error($e, E_USER_ERROR);
} else {
// Inclusion du Framework
require_once $framework;
 
// Ajout d'information concernant cette application
Framework::setCheminAppli(__FILE__);// Obligatoire
Framework::setInfoAppli(Config::get('info'));
 
// Initialisation et lancement du script appelé en ligne de commande
Cli::executer();
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/tests/bibliotheque/GenerateurNomSciHtmlTest.php
New file
0,0 → 1,82
<?php
class GenerateurNomSciHtmlTest extends PHPUnit_Framework_TestCase {
 
public static function setUpBeforeClass() {
error_reporting(E_ALL);
define('DS', DIRECTORY_SEPARATOR);
require_once dirname(__FILE__).DS.'..'.DS.'..'.DS.'bibliotheque'.DS.'GenerateurNomSciHtml.php';
}
 
public function testGenerer() {
$nomsDecomposes[] = array(
'num_nom' => 1009,
'rang' => 340,
'nom_supra_generique' => '',
'genre' => 'Aegilops',
'epithete_infra_generique' => '',
'epithete_sp' => 'triuncialis',
'type_epithete' => 'var.',
'epithete_infra_sp' => 'nigroferruginea',
'cultivar_groupe' => '',
'nom_commercial' => '',
'cultivar' => '',
'annee' => '1923',
'auteur' => 'Popova',
'biblio_origine' => 'Trudy Prikl. Bot. Selekc., 13 : 476');
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nomsSciHtml = $generateur->generer($nomsDecomposes);
$nomSciHtmlGenere = $nomsSciHtml[1009];
$nomSciHtmlAttendu = '<span class="sci"><span class="gen">Aegilops</span> <span class="sp">triuncialis</span> <abbr class="type_epithete" title="Variété">var.</abbr> <span class="infra-sp">nigroferruginea</span></span>';
$this->assertEquals($nomSciHtmlAttendu, $nomSciHtmlGenere);
}
 
public function testGenererHybride() {
$nomsDecomposes[] = array(
'num_nom' => 179,
'rang' => 290,
'nom_supra_generique' => '',
'genre' => 'Acer',
'epithete_infra_generique' => '',
'epithete_sp' => 'x martinii',
'type_epithete' => '',
'epithete_infra_sp' => '',
'cultivar_groupe' => '',
'nom_commercial' => '',
'cultivar' => '',
'annee' => '1852',
'auteur' => 'Jord.',
'biblio_origine' => 'Pugill. Pl. Nov., 52'
);
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nomsSciHtml = $generateur->generer($nomsDecomposes);
$nomSciHtmlGenere = $nomsSciHtml[179];
$nomSciHtmlAttendu = '<span class="sci"><span class="gen">Acer</span> <span class="hyb">x <span class="sp">martinii</span></span></span>';
$this->assertEquals($nomSciHtmlAttendu, $nomSciHtmlGenere);
}
 
public function testGenererChimere() {
 
$nomsDecomposes[] = array(
'num_nom' => 80380,
'rang' => 290,
'nom_supra_generique' => '',
'genre' => '+ Cytisus',
'epithete_infra_generique' => '',
'epithete_sp' => 'adami',
'type_epithete' => '',
'epithete_infra_sp' => '',
'cultivar_groupe' => '',
'nom_commercial' => '',
'cultivar' => '',
'annee' => '1830',
'auteur' => 'Poit.',
'biblio_origine' => 'Ann. Soc. Hort. Paris, 7 : 96'
);
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nomsSciHtml = $generateur->generer($nomsDecomposes);
$nomSciHtmlGenere = $nomsSciHtml[80380];
$nomSciHtmlAttendu = '<span class="sci"><span class="chimere">+ <span class="gen">Cytisus</span></span> <span class="sp">adami</span></span>';
$this->assertEquals($nomSciHtmlAttendu, $nomSciHtmlGenere);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/tests/bibliotheque/OutilsTest.php
New file
0,0 → 1,63
<?php
require_once dirname(__FILE__).'/../ScriptEflorePhpUnit.php';
 
class OutilsTest extends ScriptEflorePhpUnit {
 
public function testRecupererTableauConfigAssociatif() {
$chaineDeParametres = "param1=valeur1,\nparam2=valeur2";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1' => 'valeur1','param2' => 'valeur2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testRecupererTableauConfigAssociatifAvecEspace() {
$chaineDeParametres = "param1 =valeur1 , \nparam2 = valeur2";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1' => 'valeur1','param2' => 'valeur2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testRecupererTableauConfigSimple() {
$chaineDeParametres = "param1,\nparam2";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1', 'param2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testRecupererTableauConfigSimpleAvecEspace() {
$chaineDeParametres = " param1 ,\n param2 ";
$tableauDeParametres = Outils::recupererTableauConfig($chaineDeParametres);
$tableauDeParametresAttendus = array('param1', 'param2');
$this->assertEquals($tableauDeParametresAttendus, $tableauDeParametres);
}
 
public function testExtraireRequetes() {
$contenuSql = "CREATE TABLE IF NOT EXISTS bdtfx_v1_01 (".
"num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT '0',".
"num_nom_retenu varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,".
") ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;\n\n".
"INSERT INTO bdtfx_meta (guid) VALUES".
"('urn:lsid:tela-botanica.org:bdtfx:1.01');\n".
"SELECT * FROM ma_table;";
$tableauDeRequetes = Outils::extraireRequetes($contenuSql);
$tableauDeRequetesAttendus = array("CREATE TABLE IF NOT EXISTS bdtfx_v1_01 (".
"num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT '0',".
"num_nom_retenu varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,".
") ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8",
"INSERT INTO bdtfx_meta (guid) VALUES".
"('urn:lsid:tela-botanica.org:bdtfx:1.01')",
"SELECT * FROM ma_table");
$this->assertEquals($tableauDeRequetesAttendus, $tableauDeRequetes);
}
 
public function testAfficherAvancement() {
ob_start();
for ($i = 0; $i < 10; $i++) {
$tableauDeRequetes = Outils::afficherAvancement("Test");
}
$messageFinal = ob_get_clean();
$messageFinalAttendu = 'Test : 0'.chr(8).'1'.chr(8).'2'.chr(8).'3'.chr(8).'4'.chr(8).'5'.chr(8).'6'.chr(8).'7'.chr(8).'8'.chr(8).'9';
$this->assertEquals($messageFinalAttendu, $messageFinal);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/tests/bibliotheque/EfloreScriptTest.php
New file
0,0 → 1,48
<?php
require_once dirname(__FILE__).'/../ScriptEflorePhpUnit.php';
 
class EfloreScriptTest extends ScriptEflorePhpUnit {
 
public function testChargerConfigDuProjetAvecFichiersIni() {
$cheminRacine = realpath(dirname(__FILE__).'/../tmp/').'/';
if (!file_exists($cheminRacine.'test.ini')) {
file_put_contents($cheminRacine.'test.ini', "[tables]\ntest=OK");
}
 
$script = $this->getMock('EfloreScript', array('getScriptChemin', 'getProjetNom', 'executer'));
$script->expects($this->any())->method('getScriptChemin')->will($this->returnValue($cheminRacine));
$script->expects($this->any())->method('getProjetNom')->will($this->returnValue('test'));
$chargerConfigDuProjet = self::getProtectedMethode($script, 'chargerConfigDuProjet');
$chargerConfigDuProjet->invoke($script);
 
$parametreConfig = Config::get('tables.test');
$this->assertEquals('OK', $parametreConfig);
}
 
public function testGetBdd() {
$nomDuScript = 'Test';
$parametresCli = array('-a' => 'tester', '-v' => '3');
$script = $this->getClasseAbstraite('EfloreScript', array($nomDuScript, $parametresCli));
$getBdd = self::getProtectedMethode($script, 'getBdd');
$bdd = $getBdd->invoke($script);
 
$this->assertTrue(is_object($bdd));
$this->assertEquals('Bdd', get_class($bdd));
}
 
public function testStopperLaBoucle() {
$nomDuScript = 'Test';
$parametresCli = array('-a' => 'tester', '-v' => '3');
$script = $this->getClasseAbstraite('EfloreScript', array($nomDuScript, $parametresCli));
$stopperLaBoucle = self::getProtectedMethode($script, 'stopperLaBoucle');
for ($i = 0; $i < 100; $i++) {
if ($stopperLaBoucle->invoke($script, '10')) {
break;
}
}
$this->assertEquals('9', $i);
}
 
}
 
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/tests/ScriptEflorePhpUnit.php
New file
0,0 → 1,92
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe contenant des méthodes :
* - d'intialisation des tests,
* - refactorisant le code des tests,
* - facilitant les tests.
*
* @category php 5.3
* @package Tests/Scripts
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
abstract class ScriptEflorePhpUnit extends PHPUnit_Framework_TestCase {
 
public static function setUpBeforeClass() {
error_reporting(E_ALL);
 
self::chargerFramework();
}
 
private static function chargerFramework() {
$cheminRacine = realpath(dirname(__FILE__).'/../').'/';
$framework = $cheminRacine.'framework.php';
if (!file_exists($framework)) {
$e = "Veuillez paramétrer l'emplacement et la version du Framework dans le fichier $framework";
trigger_error($e, E_USER_ERROR);
} else {
// Inclusion du Framework
require_once $framework;
 
// Ajout d'information concernant cette application
Framework::setCheminAppli($cheminRacine);// Obligatoire
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Méthodes facilitant les tests
 
/**
* Récupère un bouchon de classe abstraite.
* Comment l'utiliser :
* $classeAstraite = $this->getClasseAbstraite('MaClasse', array('param1', 'param2'));
* $foo = $classeAstraite->methodeConcretePublique();
*
* @param String $classeNom Le nom de la classe
* @param Array $parametres Les paramètres à passer au constructeur.
* @return Object Le bouchon de la classe abstraite
*/
public function getClasseAbstraite($classeNom, Array $parametres) {
$efloreScript = $this->getMockForAbstractClass($classeNom, $parametres);
return $efloreScript;
}
 
/**
* Récupère une méthode privée d'une classe pour tester/documenter.
* Comment l'utiliser :
* MyClass->foo():
* $cls = new MyClass();
* $foo = self::getPrivateMethode($cls, 'foo');
* $foo->invoke($cls, $...);
*
* @param object $objet Une instance de votre classe
* @param string $methode Le nom de la méthode private
* @return ReflectionMethod La méthode demandée
*/
public static function getPrivateMethode($objet, $nomMethode) {
$classe = new ReflectionClass($objet);
$methode = $classe->getMethod($nomMethode);
$methode->setAccessible(true);
return $methode;
}
 
/**
* Récupère une méthode protégée d'une classe pour tester/documenter.
* Comment l'utiliser :
* MyClass->foo():
* $cls = new MyClass();
* $foo = self::getProtectedMethode($cls, 'foo');
* $foo->invoke($cls, $...);
* @param object $objet Une instance de votre classe
* @param string $methode Le nom de la méthode protected
* @return ReflectionMethod La méthode demandée
*/
public static function getProtectedMethode($objet, $nomMethode) {
return self::getPrivateMethode($objet, $nomMethode);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/tests/tmp
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+test.defaut.ini
+test.ini
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/sauvages/Sauvages.php
New file
0,0 → 1,400
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php sauvages -a chargerTous
*/
class Sauvages extends EfloreScript {
private $contenu_fichier = array();
protected $parametres_autorises = array(
'-f' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));
private $caracteresAccentues = array(
'À', 'Á', 'Â', 'Ã', 'Ä', 'Å', 'Æ', 'Ç', 'È', 'É', 'Ê', 'Ë', 'Ì', 'Í', 'Î',
'Ï', 'Ð', 'Ñ', 'Ò', 'Ó', 'Ô', 'Õ', 'Ö', 'Ø', 'Ù', 'Ú', 'Û', 'Ü', 'Ý', 'ß',
'à', 'á', 'â', 'ã', 'ä', 'å', 'æ', 'ç', 'è', 'é', 'ê', 'ë', 'ì', 'í', 'î',
'ï', 'ñ', 'ò', 'ó', 'ô', 'õ', 'ö', 'ø', 'ù', 'ú', 'û', 'ü', 'ý', 'ÿ', 'Ā',
'ā', 'Ă', 'ă', 'Ą', 'ą', 'Ć', 'ć', 'Ĉ', 'ĉ', 'Ċ', 'ċ', 'Č', 'č', 'Ď', 'ď',
'Đ', 'đ', 'Ē', 'ē', 'Ĕ', 'ĕ', 'Ė', 'ė', 'Ę', 'ę', 'Ě', 'ě', 'Ĝ', 'ĝ', 'Ğ',
'ğ', 'Ġ', 'ġ', 'Ģ', 'ģ', 'Ĥ', 'ĥ', 'Ħ', 'ħ', 'Ĩ', 'ĩ', 'Ī', 'ī', 'Ĭ', 'ĭ',
'Į', 'į', 'İ', 'ı', 'IJ', 'ij', 'Ĵ', 'ĵ', 'Ķ', 'ķ', 'Ĺ', 'ĺ', 'Ļ', 'ļ', 'Ľ',
'ľ', 'Ŀ', 'ŀ', 'Ł', 'ł', 'Ń', 'ń', 'Ņ', 'ņ', 'Ň', 'ň', 'ʼn', 'Ō', 'ō', 'Ŏ',
'ŏ', 'Ő', 'ő', 'Œ', 'œ', 'Ŕ', 'ŕ', 'Ŗ', 'ŗ', 'Ř', 'ř', 'Ś', 'ś', 'Ŝ', 'ŝ',
'Ş', 'ş', 'Š', 'š', 'Ţ', 'ţ', 'Ť', 'ť', 'Ŧ', 'ŧ', 'Ũ', 'ũ', 'Ū', 'ū', 'Ŭ',
'ŭ', 'Ů', 'ů', 'Ű', 'ű', 'Ų', 'ų', 'Ŵ', 'ŵ', 'Ŷ', 'ŷ', 'Ÿ', 'Ź', 'ź', 'Ż',
'ż', 'Ž', 'ž', 'ſ', 'ƒ', 'Ơ', 'ơ', 'Ư', 'ư', 'Ǎ', 'ǎ', 'Ǐ', 'ǐ', 'Ǒ', 'ǒ',
'Ǔ', 'ǔ', 'Ǖ', 'ǖ', 'Ǘ', 'ǘ', 'Ǚ', 'ǚ', 'Ǜ', 'ǜ', 'Ǻ', 'ǻ', 'Ǽ', 'ǽ', 'Ǿ', 'ǿ');
private $caracteresNormaux = array(
'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'AE', 'C', 'E', 'E', 'E', 'E', 'I', 'I', 'I',
'I', 'D', 'N', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'U', 'U', 'U', 'U', 'Y', 's',
'a', 'a', 'a', 'a', 'a', 'a', 'ae', 'c', 'e', 'e', 'e', 'e', 'i', 'i', 'i',
'i', 'n', 'o', 'o', 'o', 'o', 'o', 'o', 'u', 'u', 'u', 'u', 'y', 'y', 'A', 'a',
'A', 'a', 'A', 'a', 'C', 'c', 'C', 'c', 'C', 'c', 'C', 'c', 'D', 'd', 'D', 'd',
'E', 'e', 'E', 'e', 'E', 'e', 'E', 'e', 'E', 'e', 'G', 'g', 'G', 'g', 'G', 'g',
'G', 'g', 'H', 'h', 'H', 'h', 'I', 'i', 'I', 'i', 'I', 'i', 'I', 'i', 'I', 'i',
'IJ', 'ij', 'J', 'j', 'K', 'k', 'L', 'l', 'L', 'l', 'L', 'l', 'L', 'l', 'l', 'l',
'N', 'n', 'N', 'n', 'N', 'n', 'n', 'O', 'o', 'O', 'o', 'O', 'o', 'OE', 'oe', 'R',
'r', 'R', 'r', 'R', 'r', 'S', 's', 'S', 's', 'S', 's', 'S', 's', 'T', 't', 'T', 't',
'T', 't', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'W', 'w', 'Y',
'y', 'Y', 'Z', 'z', 'Z', 'z', 'Z', 'z', 's', 'f', 'O', 'o', 'U', 'u', 'A', 'a', 'I',
'i', 'O', 'o', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'U', 'u', 'A', 'a', 'AE', 'ae', 'O', 'o');
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('sauvages');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->creerXmlTaxons();
$this->creerXmlCriteres();
break;
case 'creerXmlCriteres' :
$this->creerXmlCriteres();
break;
case 'creerXmlTaxons' :
$this->creerXmlTaxons();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
public function creerXmlCriteres() {
$this->recupererContenuFichier();
$criteres_nom = $this->contenu_fichier[0];
unset($this->contenu_fichier[0]);
$criteres_label = $this->contenu_fichier[1];
unset($this->contenu_fichier[1]);
$description_label = $this->contenu_fichier[2];
unset($this->contenu_fichier[2]);
$criteres_valeurs = $this->extraireValeurs();
$xml = $this->formerXmlCriteres($criteres_nom, $criteres_label, $description_label, $criteres_valeurs);//print_r($xml);
file_put_contents("./xml_criteres.xml", $xml);
}
public function formerXmlCriteres($nom, $label, $description, $valeurs) {
$xml='<keys>
<groupe id="1">
<nom>Arbres</nom>
<media>images/pictos/icone_arbre.png</media>
<criteres>';
foreach ($label as $id=>$criteres) {
if ($id > 3) {
$xml .= '<critere id="1.'.$id.'">
<label>'.$criteres.'</label>
<description>'.$description[$id].'</description>
<valeurs>';
foreach ($valeurs[$id] as $id_val=>$valeur) {
if ($valeur != "0") {
$crit = str_replace(" ", "_", $this->supprimerAccents($nom[$id]));
$val = str_replace(" ", "_", $this->supprimerAccents($valeur));
$image = $crit."_".$val;
$xml .= '<valeur code="1.'.$id.'.'.$id_val.'" media="images/pictos/'.$image.'.png">'.$valeur.'</valeur>';
}
}
$xml .= '</valeurs></critere>';
}
}
$xml .= "</criteres>
</groupe>
</keys>";
return $xml;
}
private function extraireValeurs() {
$valeurs = array();
foreach ($this->contenu_fichier as $ligne) {
$i = 0;
if ($ligne != "") {
foreach ($ligne as $critere) {
$valeur_multiple = explode("/", $critere);
foreach ($valeur_multiple as $valeur) {
if (!isset($valeurs[$i]) || !in_array(trim($valeur), $valeurs[$i])) {
$valeurs[$i][] = trim($valeur);
}
}
$i++;
}
}
}
return $valeurs;
}
public function creerXmlTaxons() {
$this->recupererContenuFichier();
$criteres_label = array_flip($this->contenu_fichier[0]);
unset($this->contenu_fichier[0]);
unset($this->contenu_fichier[1]);
unset($this->contenu_fichier[2]);
$criteres_valeurs = $this->extraireValeurs();
$xml = $this->formerXmlTaxons($criteres_label, $criteres_valeurs); //print_r($xml);
file_put_contents("./xml_taxons.xml", $xml);
}
public function formerXmlTaxons($criteres_label, $criteres_valeurs) {
$xml='<?xml version="1.0" ?><TAXONS SUBJECT="XML">';
$rest = new RestClient();
foreach ($this->contenu_fichier as $id=>$taxon) {
if ($taxon != "") {
$infos_taxon = $this->rechercherInfosTaxon($rest, $taxon[$criteres_label["nom scientifique"]]);
$xml .= '<TAXON id="'.$id.'" value="'.
ucfirst($taxon[$criteres_label["nom vernaculaire"]]).'" sciName="'.trim($taxon[$criteres_label["nom scientifique"]]).'" groupe="1">
<DESCRIPTION>'.$infos_taxon["description"].'</DESCRIPTION>
<PICTURES>';
if ($infos_taxon["images"] != array()) {
if (isset($infos_taxon["images"][$taxon[$criteres_label["image priorite"]]])) {
$auteur = $this->rechercherInfosAuteurImage($infos_taxon["images"][$taxon[$criteres_label["image priorite"]]], $rest).", www.tela-botanica.org, CC-Licence (by-sa)";
$xml .= '<PICTURE media="'.$infos_taxon["images"][$taxon[$criteres_label["image priorite"]]]["binaire.href"].'"><author>'.$auteur.'</author></PICTURE>';
unset($infos_taxon["images"][$taxon[$criteres_label["image priorite"]]]);
}
foreach ($infos_taxon["images"] as $image) {
$auteur = $this->rechercherInfosAuteurImage($image, $rest).", www.tela-botanica.org, CC-Licence (by-sa)";
$xml .= '<PICTURE media="'.$image["binaire.href"].'"><author>'.$auteur.'</author></PICTURE>';
}
}
$xml .= '</PICTURES><CRITERIAS>';
for ($i=4; $i < count($taxon); $i++) {
if (trim($taxon[$i]) !== "0") {
$valeurs = array();
foreach (explode("/",$taxon[$i]) as $valeur) {
$valeurs[] = '1.'.$i.'.'.array_search(trim($valeur), $criteres_valeurs[$i]);
}
$xml .= '<VALUE code="'.implode(',', $valeurs).'"/>';
}
}
$xml .= '</CRITERIAS></TAXON>';
}
}
$xml .= "</TAXONS>";
return $xml;
}
// interroge l'annuaire pour récupérer le pseudo
private function rechercherInfosAuteurImage($image, $rest) {
$courriel = $image["observation"]["auteur.courriel"];
$url_auteur = "http://www.tela-botanica.org/service:annuaire:utilisateur/identite-par-courriel/".$courriel;
$reponse = $rest->consulter($url_auteur);
$reponse = json_decode($reponse, true);
if (isset($reponse[$courriel]) && $reponse[$courriel]["pseudoUtilise"] == true) {
$auteur = $reponse[$courriel]["pseudo"];
} else{
$auteur = $image["observation"]["auteur.prenom"]." ".$image["observation"]["auteur.nom"];
}
return $auteur;
}
private function rechercherInfosTaxon($rest, $ns) {
$info = array("description" => "", "images" => array());
$reponse = $this->consulterWebService($rest, "bdtfx",
"noms", "?retour.champs=nom_retenu.id,num_taxonomique&retour.tri=retenu&masque=".urlencode(trim($ns)));
if (is_array($reponse["resultat"])) {
$num_nom = $reponse["resultat"][key($reponse["resultat"])]["nom_retenu.id"];
$num_taxon = $reponse["resultat"][key($reponse["resultat"])]['num_taxonomique'];
}
$info["description"] = $this->rechercherDescription($num_taxon, $num_nom, $rest);
$info["images"] =array();
$tags = array('fleur', 'feuille', 'rameau', 'port', 'fruit');
$cles = array();
foreach ($tags as $tag) {
$url_image = "http://www.tela-botanica.org/service:del:0.1/images".
"?masque.referentiel=bdtfx&masque.tag={$tag}&tri=votes&ordre=desc&protocole=3&navigation.limite=1&format=CRS&masque.nn=".$num_nom;
$image = $rest->consulter($url_image);
$image = json_decode($image, true);
if ($image["resultats"] !== array()) {
$info["images"][$tag]["binaire.href"] = $image["resultats"][key($image["resultats"])]["binaire.href"];
$info["images"][$tag]["observation"] = $image["resultats"][key($image["resultats"])]["observation"];
$cles[key($image["resultats"])] = "";
}
}
//si image taguée absente
$url_image = "http://www.tela-botanica.org/service:del:0.1/images".
"?masque.referentiel=bdtfx&tri=votes&ordre=desc&protocole=3&navigation.limite=5&format=CRS&masque.nn=".$num_nom;
$reponse = $rest->consulter($url_image);
$reponse = json_decode($reponse, true);
if ($cles !== array()) {
// supprimer les images communes au tag et les mieux notés
$reponse["resultats"] = array_diff_key($reponse["resultats"], $cles);
for ($i = 0; $i < 5-count($cles); $i++) {
$image = array_shift($reponse["resultats"]);
$info["images"][$i]["binaire.href"] = $image["binaire.href"];
$info["images"][$i]["observation"] = $image["observation"];
}
} else {
$info["images"] = $reponse["resultats"];
}
return $info;
}
private function rechercherDescription($num_taxon, $num_nom, $rest) {
$url_wiki = "http://www.tela-botanica.org/wikini/eFloreRedaction/api/rest/0.5/pages/SmartFloreBDTFXnt".
$num_taxon."?txt.format=text/plain&txt.section.titre=Comment%20la%20reconnaître%20%3F";
$wiki = $rest->consulter($url_wiki); $wiki = json_decode($wiki, true);
if ($wiki['texte'] != "" && strstr($wiki['texte'], 'Brève phrase sur son type biologique (simplifié)') === false ){
$description = $this->formaterSmartflore($wiki['texte']);
} else {
$coste = $this->consulterWebService($rest, "coste", "textes", "/bdtfx.nn:".$num_nom);
if ($coste['resultats'] != array() && $coste['resultats'][key($coste["resultats"])]['texte'] != "") {
$description = $this->formaterCoste($coste['resultats']);
} else {
$baseflor = $this->consulterWebService($rest, "baseflor", "informations", "/bdtfx.nn:".$num_nom);
$description = $this->formaterBaseflor($baseflor);
}
}
return $description;
}
//remplacement des \n par <br />
private function formaterSmartflore($texte) {
$a_enlever = array(Chr(10).'=', '='.Chr(10), Chr(10).''.Chr(10), '*');
$texte = str_replace($a_enlever, '', $texte);
$texte = str_replace(Chr(10), '<br />', $texte);
//supprimer image et lien
$texte = preg_replace('/\[\[http\:\/\/upload.*\.jpg [a-z| |A-Z]*\]\]/', '', $texte);
$texte = str_replace('[[http://fr.wikipedia.org/wiki/Corymbe corymbes]]', 'corymbes', $texte);
$texte = preg_replace('/\[\[SmartFlore.*[0-9] (.*)\]\]/', '\1', $texte);
$texte = preg_replace('/\[\[http\:\/\/www\..* (.*)\]\]/', '\1', $texte);
$texte = trim(str_replace('<br /><br />', '<br />', $texte));
return $texte;
}
private function formaterCoste($coste) {
$texte = $this->mettreEnFormeCoste($coste[key($coste)]['texte']);
return $texte;
}
static function mettreEnFormeCoste($texte) {
$txt_fmt = array();
//decouper elements remarquables avant le texte
self::separerNomScientifique_a_NomCommun($texte, $txt_fmt);
$txt_fmt = array();
$texte = preg_replace('/\//','',$texte);
//decouper elements remarquables après le texte
self::separerEcologie_a_Usages($texte, $txt_fmt);
//le morceau qui reste est le gros de la description
$texte = str_replace(';','</br> -','- '.$texte);
$texte = str_replace('–','',$texte);
$txt_fmt['description'] = $texte;
$retour = "";
foreach ($txt_fmt as $titre=>$parag) {
$parag = preg_replace('/\- \. /','- ',$parag);
$parag = preg_replace('/\. \./','.',$parag);
$retour .= ucfirst($titre)." : ".trim($parag)." ; ";
}
return $retour;
}
static function separerNomScientifique_a_NomCommun(&$txt, &$txt_fmt){
if ( preg_match('/\*\*(.+)\*\*([^–]*)–/', $txt, $retour)){
/* !! attention on enlève un tiret cadratin – pas un trait d'union - !! */
$a_enlever = array('/–/','/\./' );
$txt_fmt['nom_scientifique'] = preg_replace($a_enlever,'',$retour[1]);
if(preg_match('/\((.+)\)/',$retour[2],$synonymes)){
$txt_fmt['synonymes'] = $synonymes[1];
} else {
$txt_fmt['nom_scientifique'] .= $retour[2];
}
$txt = str_replace($retour[0],'',$txt);
}
/* !! attention il y a un espace avant les // du début !! */
if ( preg_match('/^ \/\/([^\/\/]+)\/\//', $txt, $retour)){
$a_enlever = array('/–/','/\./' );
$txt_fmt['nom_commun'] = preg_replace($a_enlever,'',$retour[1]);
$txt = str_replace($retour[0],'',$txt);
}
}
static function separerEcologie_a_Usages(&$txt, &$txt_fmt) {
if (preg_match('/\.\s*([A-ZÉÀÈ].+)$/',$txt, $retour)) {
$txt_fmt['ecologie'] = $retour[1];
$txt = str_replace($retour[0],'.',$txt);
if (isset($txt_fmt['ecologie']) && preg_match('/–(.+)/', $txt_fmt['ecologie'] , $retour)){
$txt_fmt['repartition'] = $retour[1];
$txt_fmt['ecologie'] = str_replace($retour[0],'',$txt_fmt['ecologie']);
}
if (isset($txt_fmt['repartition']) && preg_match('/=(.+)$/', $txt_fmt['repartition'], $retour)){
$txt_fmt['floraison'] = $retour[1];
$txt_fmt['repartition'] = str_replace($retour[0],'',$txt_fmt['repartition']);
$txt_fmt['repartition'] = str_replace(';',',',$txt_fmt['repartition']);
}
if (isset($txt_fmt['floraison']) && preg_match('/–(.+)$|\n(.+)$/',$txt_fmt['floraison'], $retour)){
$txt_fmt['usages'] = isset($retour[1]) ? $retour[1] : $retour[2];
$txt_fmt['floraison'] = str_replace($retour[0],'.',$txt_fmt['floraison']);
}
if (isset($txt_fmt['floraison']) && preg_match('/([Ff]l\.) (.+)/',$txt_fmt['floraison'], $retour)){
$txt_fmt['floraison'] = $retour[2];
$txt_fmt['floraison'] = str_replace($retour[1],'',$txt_fmt['floraison']);
}
if (isset($txt_fmt['floraison']) && preg_match('/([Ff]r\.) (.+)/',$txt_fmt['floraison'], $retour)){
$txt_fmt['fructification'] = $retour[2];
$txt_fmt['floraison'] = str_replace($retour[0],'',$txt_fmt['floraison']);
$txt_fmt['floraison'] = str_replace(',','',$txt_fmt['floraison']);
$txt_fmt['fructification'] = str_replace($retour[1],'',$txt_fmt['fructification']);
$txt_fmt['fructification'] = str_replace('.','',$txt_fmt['fructification']);
}
}
}
private function formaterBaseflor($reponse) {
$description = "En cours de rédaction.";
if (isset($reponse["nom_sci"]) && $reponse["nom_sci"] != "") {
$description = "Formation végétale : ".$reponse["form_vegetale"]."; ".
"Inflorescence : ".$reponse["inflorescence"]."; ".
"Couleur de la fleur : ".$reponse["couleur_fleur"]."; ".
"Sexualité : ".$reponse["sexualite"]."; ".
"Fruit : ".$reponse["fruit"]."; ".
"Pollinisation : ".$reponse["pollinisation"]."; ".
"Dissémination : ".$reponse["dissemination"]."; ".
"Ecologie : ".$reponse["carac_ecolo"]." – ".
"Chorologie : ".$reponse["chorologie"]."; ".
"Floraison : ".$reponse["floraison"];
}
return $description;
}
private function consulterWebService($rest, $projet,$resssource,$parametres) {
$url_id = "http://api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/".$projet."/".$resssource.$parametres;
$reponse = $rest->consulter($url_id);
return json_decode($reponse, true);
}
private function recupererContenuFichier() {
$nomFichier = Config::get('dossierCsv').Config::get('projet');
if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
if ($extensionFichier === ".csv"){
$file = new SplFileObject($nomFichier);
$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
$i = 0;
echo "Traitement du fichier : ";
while (!$file->eof()){
$ligne_csv = $file->fgetcsv($delimiter = ';');
$this->contenu_fichier[$i] = $ligne_csv;
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
}
echo "\n";
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier : $nomFichier n'est pas au format csv.");
}
} else {
$this->traiterErreur("Le fichier : $nomFichier n'existe pas.");
}
}
public function supprimerAccents($chaine) {
return str_replace($this->caracteresAccentues, $this->caracteresNormaux, $chaine);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/sauvages/sauvages.ini
New file
0,0 → 1,5
version="1"
projet="cles_sauvages.csv"
dossierCsv = "{ref:dossierDonneesEflore}sauvages/3/"
chemin_appli = "php:Framework::getCheminAppli()"
 
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/nvjfl/Nvjfl.php
New file
0,0 → 1,180
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php nvjfl
* -a chargerTous
* Options :
* -t : Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).
*/
class Nvjfl extends EfloreScript {
 
private $nomsIndex = array();
private $numeroIndex = 1;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-t' => array(false, false, 'Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).'));
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('nvjfl');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerNvjfl();
$this->chargerBiblio();
$this->chargerBiblioLien();
$this->chargerOntologies();
break;
case 'chargerStructure' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerNvjfl' :
$this->chargerNvjfl();
break;
case 'chargerBiblio' :
$this->chargerBiblio();
break;
case 'chargerBiblioLien' :
$this->chargerBiblioLien();
break;
case 'chargerOntologies' :
$this->chargerOntologies();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
/**
* Charge le fichier en créant un id pour chaque nom vernaculaire.
*/
private function chargerNvjfl() {
//Debug::printr(Config::get('fichiers'));
$fichierOuvert = $this->ouvrirFichier(Config::get('chemins.nvjfl'));
$donnees = $this->analyserFichier($fichierOuvert);
fclose($fichierOuvert);
foreach ($donnees as $donnee) {
$requete = 'INSERT INTO '.Config::get('tables.nvjfl').' VALUES ('.implode(', ', $donnee).')';
$this->getBdd()->requeter($requete);
 
$this->afficherAvancement("Insertion des noms vernaculaires dans la base de données");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) {
break;
}
}
echo "\n";
}
 
private function analyserFichier($fichierOuvert) {
$donnees = array();
$entetesCsv = fgets($fichierOuvert);
while ($ligneCsv = fgets($fichierOuvert)) {
$champs = explode("\t", trim($ligneCsv));
if (count($champs) > 0) {
if (isset($champs[2])) {
$nomVernaculaire = $champs[2];
$indexCourrant = $this->getIndexNomVernaculaire($nomVernaculaire);
$champs = array_merge(array($indexCourrant), $champs);
$donnees[] = $this->protegerValeursDesChamps($champs);
}
}
$this->afficherAvancement("Analyse du fichier des noms vernaculaires");
if ($this->stopperLaBoucle()) {
break;
}
}
echo "\n";
return $donnees;
}
 
private function getIndexNomVernaculaire($nomVernaculaire) {
$indexCourrant = null;
if (array_key_exists($nomVernaculaire, $this->nomsIndex) == false) {
$this->nomsIndex[$nomVernaculaire] = $this->numeroIndex++;
}
$indexCourrant = $this->nomsIndex[$nomVernaculaire];
return $indexCourrant;
}
 
private function ouvrirFichier($chemin) {
$fichierOuvert = false;
if ($chemin) {
if (file_exists($chemin) === true) {
$fichierOuvert = fopen($chemin, 'r');
if ($fichierOuvert == false) {
throw new Exception("Le fichier $chemin n'a pas pu être ouvert.");
}
} else {
throw new Exception("Le fichier $chemin est introuvable.");
}
} else {
throw new Exception("Aucun chemin de fichier n'a été fourni.");
}
return $fichierOuvert;
}
 
private function protegerValeursDesChamps($champs) {
$champsProteges = array();
for ($i = 0; $i < 9; $i++) {
$valeur = isset($champs[$i]) ? $champs[$i] : '';
$champsProteges[] = $this->getBdd()->proteger($valeur);
}
return $champsProteges;
}
 
private function chargerBiblio() {
$cheminsNvjflBiblio = Config::get('chemins.nvjflBiblio');
$tableNvjflBiblio = Config::get('tables.nvjflBiblio');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$cheminsNvjflBiblio' ".
"REPLACE INTO TABLE $tableNvjflBiblio ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function chargerBiblioLien() {
$cheminNvjflLienBiblio = Config::get('chemins.nvjflLienBiblio');
$tableNvjflLienBiblio = Config::get('tables.nvjflLienBiblio');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$cheminNvjflLienBiblio' ".
"REPLACE INTO TABLE $tableNvjflLienBiblio ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function chargerOntologies() {
$cheminOntologies = Config::get('chemins.ontologies');
$tableOntologies = Config::get('tables.ontologies');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$cheminOntologies' ".
"REPLACE INTO TABLE $tableOntologies ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS nvjfl_biblio_v2007, nvjfl_lien_biblio_v2007, nvjfl_meta, nvjfl_ontologies_v2007, nvjfl_v2007";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/nvjfl/nvjfl.ini
New file
0,0 → 1,23
version = "2007"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}nvjfl/2007-10-29/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
nvjfl = "nvjfl_v{ref:version}"
nvjflLienBiblio = "nvjfl_lien_biblio_v{ref:version}"
nvjflBiblio = "nvjfl_biblio_v{ref:version}"
ontologies = "nvjfl_ontologies_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "nvjfl_v{ref:version}.sql"
nvjfl = "{ref:tables.nvjfl}.tsv"
nvjflBiblio = "{ref:tables.nvjflBiblio}.tsv"
nvjflLienBiblio = "{ref:tables.nvjflLienBiblio}.tsv"
ontologies = "{ref:tables.ontologies}.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
nvjfl = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.nvjfl}"
nvjflBiblio = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.nvjflBiblio}"
nvjflLienBiblio = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.nvjflLienBiblio}"
ontologies = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.ontologies}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/nvjfl
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+nvjfl.ini
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/liste_rouge/liste_rouge.ini
New file
0,0 → 1,17
version="2012"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}liste_rouge/{ref:version}/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
listeRouge = "liste_rouge_v{ref:version}"
referentielTaxo = "bdtfx_v2_00"
 
[fichiers]
structureSql = "liste_rouge_v{ref:version}.sql"
listeRouge = "liste_rouge_v{ref:version}.tsv"
listeRougeCorresp = "liste_rouge_correspondance_v{ref:version}.sql"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
listeRouge = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.listeRouge}"
listeRougeCorresp = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.listeRougeCorresp}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/liste_rouge/ListeRouge.php
New file
0,0 → 1,114
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M cli.php sptb -a chargerTous
*/
class ListeRouge extends EfloreScript {
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('liste_rouge');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerDonnees();
$this->genererChampNumNomRetenu();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerDonnees' :
$this->chargerDonnees();
$this->genererChampNumNomRetenu();
break;
case 'genererChampNumNomRetenu' :
$this->genererChampNumNomRetenu();
break;
case 'ajouterChampNumNomRetenu' :
$this->ajouterChampNumNomRetenu();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerDonnees() {
$chemin = Config::get('chemins.listeRouge');
$table = Config::get('tables.listeRouge');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function genererChampNumNomRetenu() {
$this->preparerTablePrChpNumNomRetenu();
$this->genererNumNomRetenu();
$this->recupererNumNomNonTrouve();
}
private function preparerTablePrChpNumNomRetenu() {
$table = Config::get('tables.listeRouge');
$requete = "SHOW COLUMNS FROM $table LIKE 'num_nom_retenu' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE $table ".
' ADD `num_nom_retenu` VARCHAR( 10 ) NOT NULL ,'.
' ADD `nom_sci` VARCHAR( 500 ) NOT NULL ,'.
' ADD INDEX ( `num_nom_retenu` ) ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
private function genererNumNomRetenu() {
$table = Config::get('tables.listeRouge');
$table_referentiel = Config::get('tables.referentielTaxo');
$requete = 'UPDATE '.$table.' s, '.$table_referentiel.' r '.
'SET s.num_nom_retenu = r.num_nom_retenu, s.nom_sci = r.nom_complet '.
'WHERE s.nom_sci_orig = r.nom_complet ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function recupererNumNomNonTrouve() {
$table = Config::get('tables.listeRouge');
$requete = 'SELECT `id`, `nom_sci_orig`'.
' FROM '.$table.
' WHERE `num_nom_retenu` = ""';
$noms = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
$debug = "Noms sans correspondance avec bdtfx :\n";
foreach ($noms as $nom) {
$debug .= $nom['id']." ".$nom['nom_sci_orig']."\n";
}
Debug::printr($debug);
}
 
private function ajouterChampNumNomRetenu() {
$chemin = Config::get('chemins.listeRougeCorresp');
$table = Config::get('tables.listeRouge');
$requetes = $this->recupererContenu($chemin);
$this->executerScripSql($requetes);
}
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS liste_rouge_meta, liste_rouge_v2012";
$this->getBdd()->requeter($requete);
Debug::printr('suppression');
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/moissonnage/moissonnage.ini
New file
0,0 → 1,35
code = "ifn"
versions = "2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012"
categories = "arbresForet,arbresPeupleraie,couvertsForet,documentation,ecologie,flore,placettesForet,placettesPeupleraie"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}{ref:code}/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
ifnMeta = "if_meta"
documentationFlore = "ifn_documentation_flore"
arbresForet = "ifn_arbres_foret"
arbresPeupleraie = "ifn_arbres_peupleraie"
couvertsForet = "ifn_couverts_foret"
documentation = "ifn_documentation"
ecologie = "ifn_ecologie"
flore = "ifn_flore"
placettesForet = "ifn_placettes_foret"
placettesPeupleraie = "ifn_placettes_peupleraie"
ifnTest = "ifn"
 
 
[fichiers]
structureSql = "{ref:code}.sql"
arbresForet = "arbres_foret.csv"
arbresPeupleraie = "arbres_peupleraie.csv"
couvertsForet = "couverts_foret.csv"
documentation = "documentation.csv"
ecologie = "ecologie.csv"
flore = "flore.csv"
placettesForet = "placettes_foret.csv"
placettesPeupleraie = "placettes_peupleraie.csv"
documentationFlore = "documentation_flore.csv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
documentation_flore = "{ref:dossierTsv}{ref:documentation_flore}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/moissonnage/Moissonnage.php
New file
0,0 → 1,120
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php moissonnage -a chargerTous -n baznat
* Options :
* -n : nom du projet
*/
 
class Moissonnage extends EfloreScript {
private $projet = "";
protected $parametres_autorises = array(
'-n' => array(true, true, 'Préciser le nom du dataset que vous souhaitez ajouter ex. baznat, naturedugard-flore'));
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('moissonnage');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
$this->projet = $this->getParametre('n');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerDonnees();
$this->chargerMetaDonnees();
break;
case 'chargerDonnees' :
$this->chargerDonnees();
break;
case 'chargerMetadonnees' :
$this->chargerMetaDonnees();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
private function chargerDonnees() {
$requete = "CREATE TABLE tb_eflore.".$this->projet."_tapir2 ".
"AS SELECT concat('urn:lsid:',institutionCode,':',collectionCode,':', catalogNumber) AS guid, ".
"`catalogNumber` AS observation_id, `scientificName` AS nom_scientifique_complet, `referencess` AS num_nom, ".
"`county` AS lieu_station_nom, `locality` AS lieu_commune_code_insee, ".
"`decimalLatitude` AS lieu_station_latitude, `decimalLongitude` AS lieu_station_longitude, `geodeticDatum` , ".
"`eventDate` AS observation_date, `identifiedBy` AS observateur_nom_complet ".
"FROM tb_moissonnage.Occurrence ".
"WHERE dataset_id = (SELECT dataset_id FROM tb_moissonnage.Dataset WHERE name = '$this->projet')";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function chercherInfosMetaDonnees() {
$infos = array();
$requeteOccurrence = "SELECT institutionCode, collectionCode FROM tb_moissonnage.Occurrence WHERE dataset_id =
(SELECT id FROM tb_moissonnage.Dataset WHERE name='$this->projet');";
$infos['occurrence'] = $this->getBdd()->recuperer($requeteOccurrence);
$requeteDataset = "SELECT * FROM tb_moissonnage.DataPublisher WHERE id =
(SELECT dataPublisher_id FROM tb_moissonnage.Dataset WHERE name='$this->projet')";
$infos['dataPublisher'] = $this->getBdd()->recuperer($requeteDataset);
return $infos;
}
private function chargerMetaDonnees() {
$this->chargerStructureSqlMetaDonnees();
$infos = $this->chercherInfosMetaDonnees();
$date = date('Y_m_d');
$requete = "INSERT INTO tb_eflore.".$this->projet."_tapir_meta (guid, citation, url_projet, createurs) ".
"VALUES ('urn:lsid:{$infos['occurrence']['institutionCode']}:{$infos['occurrence']['collectionCode']}:{$date}', '".
$this->projet." : {$infos['dataPublisher']['description']} du ".
"<a href=\"{$infos['occurrence']['institutionCode']}\" title=\"{$infos['occurrence']['collectionCode']}\" ".
"onclick=\"window.open(this.href); return false;\">{$this->projet}</a>', ".
"'{$infos['occurrence']['institutionCode']}', ".
"'p.courriel={$infos['dataPublisher']['administrativeContact']}, p.courriel={$infos['dataPublisher']['technicalContact']}')";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function chargerStructureSqlMetaDonnees() {
$date = date('Y_m_d');
$requete = "CREATE TABLE IF NOT EXISTS tb_eflore.".$this->projet."_tapir_meta ".
"(`guid` varchar(255) NOT NULL ,
`langue_meta` varchar(2) NOT NULL DEFAULT 'fr',
`code` varchar(20) NOT NULL DEFAULT '{$this->projet}',
`version` varchar(20) NOT NULL DEFAULT '{$date}',
`titre` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '{$this->projet}',
`description` text,
`mots_cles` varchar(510) NOT NULL DEFAULT 'flore, observation, {$this->projet}',
`citation` varchar(255) NOT NULL,
`url_tech` varchar(510) DEFAULT NULL,
`url_projet` varchar(510) NOT NULL,
`source` text,
`createurs` text NOT NULL,
`editeur` text,
`contributeurs` text,
`droits` text,
`url_droits` varchar(510) DEFAULT 'http://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/fr/',
`langue` varchar(255) DEFAULT 'fr',
`date_creation` varchar(30) DEFAULT NULL,
`date_validite` varchar(255) DEFAULT NULL,
`couverture_spatiale` varchar(510) DEFAULT NULL,
`couverture_temporelle` varchar(510) DEFAULT NULL,
`web_services` varchar(255) DEFAULT 'meta-donnees:0.1;ontologies:0.1;cartes:0.1',
PRIMARY KEY (`guid`,`langue_meta`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS `ifn_arbres_forets`, `ifn_arbres_peupleraie`, `ifn_couverts_foret`,
`ifn_documentation`, `ifn_documentation_flore`, `ifn_ecologie`, `ifn_flore`, `ifn_placettes_foret`,
`ifn_placettes_peupleraie`;
";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/robot/configuration/cassini.ini
New file
0,0 → 1,3
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://cassini.ehess.fr/
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/cassini.ehess.fr/'"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/robot/configuration/wp_commune.ini
New file
0,0 → 1,4
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://fr.wikipedia.org/wiki/
; Version des noms de commune utilisé pour intéroger Wikipedia: Code géographique de l'INSEE version 2008-01-01
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/fr.wikipedia.org/'"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/robot/configuration/utm_converter.ini
New file
0,0 → 1,3
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://www.rcn.montana.edu/resources/tools/coordinates.aspx
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/rcn.montana.edu/'"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/robot/configuration/cookieconf.txt
New file
0,0 → 1,4
-b ../../../../../../../importation/robots/cookie.txt
-c ../../../../../../../importation/robots/cookie.txt
 
--max-time 50
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/robot/configuration/ipni_auteur.ini
New file
0,0 → 1,3
; Encodage : UTF-8
; Source des données : http://ipni.org/
cache_chemin = "php:'/home/'.$_ENV['USER'].'/importation/robots/ipni.org/'"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/robot/Robot.php
New file
0,0 → 1,432
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Robots
*
* Description : classe permettant d'analyser les pages d'un site web.
* Notes : les noms des pages doivent être dans la bonne casse. http://fr.wikipedia.org/wiki/ambronay ne renvera rien alors que
* http://fr.wikipedia.org/wiki/Ambronay renvera un résultat (Notez le A ou a).
*
//Auteur original :
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Tela-Botanica 1999-2009
* @link http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id: Robot.class.php 2057 2011-05-13 16:39:06Z Jean-Pascal MILCENT $
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Robot extends ScriptCommande {
/**
* Indique le nom du Robot.
*/
private $robot_nom;
/**
* Indique le fichier de config de la gestion des cookies du Robot.
*/
private $cookie;
/**
* Indique l'url de départ du Robot.
*/
private $page;
/**
* Tableau des URLs à analyse
*/
private $pages = array();
/**
* Chemin vers un fichier contenant les noms des pages à analyser (un nom de page par ligne).
*/
private $page_fichier;
/**
* Contient soit False soit le chemin vers le dossier où mettre les pages en cache.
*/
private $cache = false;
/**
* Contient le squelette de l'url à utiliser pour récupérer les pages web.
*/
private $url_tpl = '';
/**
* Contient false ou l'encodage des pages d'un site web si celui-ci n'est pas en UTF-8.
*/
private $encodage = false;
/**
* Contient la chaine de caractères indiquant où commencer une recherche d'informations dans la page web.
*/
private $chaine_debut = '';
/**
* Contient la chaine de caractères indiquant où terminer une recherche d'informations dans la page web.
*/
private $chaine_fin = '';
/**
* Tableau des expressions régulières récupérant des données lors de l'analyse
*/
private $regexps = array();
/**
* Indique le dossier ou fichier où le Robot doit sotcker les informations collectées.
*/
private $sortie;
 
public $parametres = array( '-pgf' => array(false, '', 'Fichier contenant les pages que le Robot doit analyser'),
'-s' => array(false, '', 'Fichier où stocker les données récupérées par le Robot'),
'-pg' => array(false, '', 'Nom de la page que le Robot doit analyser'));
 
 
public function executer() {
$this->page = $this->getParam('pg');
$this->page_fichier = $this->getParam('pgf');
$this->cookie = dirname(__FILE__).DS.'configuration'.DS.'cookieconf.txt';
$this->sortie = $this->getParam('s');
 
// Construction du tableau contenant les noms des pages à analyser
if (empty($this->page_fichier)) {
$this->pages[] = $this->page;
} else {
$this->pages = $this->convertirFichierEnTableau($this->page_fichier);
}
 
// Création du chemin du cache si le fichier ini du projet l'indique
if ($this->getIni('cache_chemin')) {
$this->cache = $this->getIni('cache_chemin');
}
 
// Lancement du Robot demandé
$cmd = $this->getParam('a');
switch ($cmd) {
case 'wp' :
$this->lancerRobotWikipedia();
break;
case 'wp-pays' :
$this->lancerRobotWikipediaPays();
break;
case 'wp-liste-communes' :
$this->lancerRobotWikipediaListeCommunes();
break;
case 'ipni' :
$this->lancerRobotIpni();
break;
case 'cassini' :
$this->lancerRobotCassini();
break;
case 'utm' :
$this->lancerRobotUtmConverter();
break;
default :
$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
 
/**
* Robot analysant les pages de Wikipedia correspondant à des communes.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pgf ~/importation/robots/eFloreBotWp_INSEE_C.txt -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotWikipedia() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotWp';
$this->url_tpl = 'http://fr.wikipedia.org/wiki/%s';
$this->regexp_ligne = '/<!-- bodytext -->(.*)<!-- \/bodytext -->/umsi';
$this->regexps = array( 'CodeInsee' => 'Code commune<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>(\d+)<\/td>',
'Nom' => 'class="entete map" style="[^"]+">(.*)<',
'Latitutde' => '<span class="geo-dec geo" title=".*"><span class="latitude">(.*)<\/span>',
'Longitude' => '<span class="geo-dec geo" title=".*">.*<\/span>, <span class="longitude">(.*)<\/span>',
'Superficie' => 'Superficie<\/a>(?:<\/b><\/td>|<\/th>)(?:\n|\r\n)<td>((?:[0-9]| |&#160;)+(?:,[0-9]+)?) km<sup>2<\/sup>',
'AltitudeMin' => 'Altitudes<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>mini. (-?[0-9]+) m — maxi. [ 0-9]+ m<\/td>',
'AltitudeMax' => 'Altitudes<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>mini. -?[0-9]+ m — maxi. ([ 0-9]+) m<\/td>',
'Population' => 'Population<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>(.*) hab.',
'PopulationAnnee' => 'Population<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>.* hab. <small>\(<a href="\/wiki\/[0-9]+"(?: title="[0-9]+")?>([0-9]+)<\/a>',
'CodePostal' => 'Code postal<\/a><\/th>(?:\n|\r\n)<td>([0-9]{5}).*<\/td>',
'PageWikipedia' => '(?:Ce document provient|Récupérée) de « <a href="http:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/(.*)">'
);
// Préparation des noms des pages
foreach ($this->pages as $id => $nom) {
$this->pages[$id] = str_replace(' ', '_', $nom);
}
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages de Wikipedia correspondant à des pays.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp-pays -pgf ~/importation/robots/eFloreBotWp_pays.txt -s ~/importation/robots/wp-pays.tsv
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotWikipediaPays() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotWp';
$this->url_tpl = 'http://fr.wikipedia.org/wiki/%s';
$this->regexp_ligne = '/<!-- bodytext -->(.*)<!-- \/bodytext -->/umsi';
$this->regexps = array( 'Nom' => '<table class="infobox_v2" cellspacing="[^"]+" style="[^"]+">(?:\n|\r\n)<caption style="[^"]+"><b>(.*)<\/b>',
'Latitutde' => '<span class="geo-dec geo" title=".*"><span class="latitude">(.*)<\/span>',
'Longitude' => '<span class="geo-dec geo" title=".*">.*<\/span>, <span class="longitude">(.*)<\/span>',
'Superficie' => 'Superficie<\/a><\/b><\/td>(?:\n|\r\n)<td>((?:[0-9]|\s*|&#160;)+(?:,[0-9]+)?)(?:&#160;|\s*)km<sup>2<\/sup>',
'Population' => 'Population<\/a><\/b>(?:&#160;|\s)*<small>\([0-9]+\)<\/small><\/td>(?:\n|\r\n)<td>(.*)(?:&#160;|\s*)hab.',
'PopulationAnnee' => 'Population<\/a><\/b>(?:&#160;|\s)*<small>\(([0-9]+)\)',
'Capitale' => 'Capitale<\/a><\/b><\/td>(?:\n|\r\n)<td>(?:<a href="\/wiki\/[^"]+" title="[^"]+">|)(.+)<',
'PageWikipedia' => '(?:Ce document provient|Récupérée) de « <a href="http:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/(.*)">'
);
// Préparation des noms des pages
foreach ($this->pages as $id => $nom) {
$this->pages[$id] = str_replace(' ', '_', $nom);
}
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant une page de wikipedia à la recherche de plusieurs données par page.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pgf ~/importation/robots/eFloreBotWp_INSEE_C.txt -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier -s ~/importation/robots/wp_communes.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p wp_commune -a wp -pg Montpellier
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotWikipediaListeCommunes() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotWpListe';
$this->url_tpl = 'http://fr.wikipedia.org/wiki/%s';
$this->regexp_ligne = '/<tr>(.*)?<\/tr>/Uumsi';
$this->mode = 'MULTI';
$this->regexps = array( 'PageWikipedia' => '^<td align="left"><a href="\/wiki\/([^"]+)"',
'CodeInsee' => '^<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)<td>(\d+)<\/td>',
'CodePostal' => '^(?:<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)){2}<td>(\d+)<\/td>',
'Superficie' => '^(?:<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)){4}<td><span.+span>((?:[0-9]| |&#160;)+(?:,[0-9]+)?)<\/td>',
'Population' => '^(?:<td>.+<\/td>(?:\n|\r\n)){5}<td><span.+span>((?:[0-9]| |&#160;)+)<\/td>'
);
// Préparation des noms des pages
foreach ($this->pages as $id => $nom) {
$this->pages[$id] = str_replace(' ', '_', $nom);
}
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages du site de l'IPNI.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p ipni_auteur -a wp -pgf ~/importation/robots/eFloreBotIpni_auteur.txt -s ~/importation/robots/ipni_auteurs.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p ipni_auteur -a wp -pg Z -s ~/importation/robots/ipni_auteurs.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p ipni_auteur -a wp -pg Z
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotIpni() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotIpni';
$this->url_tpl = 'http://ipni.org/ipni/advAuthorSearch.do?output_format=delimited&find_surname=%s*';
$this->regexp_ligne = '/^(.*)$/umi';
$this->regexps = array( 'Id' => '^([^%]+)%' ,
'Version' => '^(?:[^%]*%){1,}([^%]*)%' ,
'DefaultAuthorName' => '^(?:[^%]*%){2,}([^%]*)%' ,
'DefaultAuthorForename' => '^(?:[^%]*%){3,}([^%]*)%' ,
'DefaultAuthorSurname' => '^(?:[^%]*%){4,}([^%]*)%' ,
'StandardForm' => '^(?:[^%]*%){5,}([^%]*)%' ,
'NameNotes' => '^(?:[^%]*%){6,}([^%]*)%' ,
'NameSource' => '^(?:[^%]*%){7,}([^%]*)%' ,
'Dates' => '^(?:[^%]*%){8,}([^%]*)%' ,
'DateTypeCode' => '^(?:[^%]*%){9,}([^%]*)%' ,
'DateTypeString' => '^(?:[^%]*%){10,}([^%]*)%' ,
'AlternativeAbbreviations' => '^(?:[^%]*%){11,}([^%]*)%' ,
'AlternativeNames' => '^(?:[^%]*%){12,}([^%]*)%' ,
'TaxonGroups' => '^(?:[^%]*%){13,}([^%]*)%' ,
'ExampleOfNamePublished' => '^(?:[^%]*%){14,}([^%]*)$' );
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages du site de Cassini.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pgf ~/importation/robots/eFloreBotCassini.txt -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1 -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotCassini() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotCassini';
$this->url_tpl = 'http://cassini.ehess.fr/cassini/fr/html/fiche.php?select_resultat=%s';
$this->encodage = 'ISO-8859-1';
$this->regexp_ligne = '/\s*var\s+chaine1\s+\t=\s+"(.*?)";/umsi';
$this->regexps = array( 'NomCommune' => '^([^\\\\]+)\\\\n' ,
'Superficie' => '\\\\nsuperficie;([^\\\\]+)\\\\n',
'AltitudeMin' => '\\\\naltitude;([^;]+);',
'AltitudeMax' => '\\\\naltitude;[^;]+;([^\\\\]+)\\\\n',
'LambertIIEtenduX' => '\\\\ncoordonnées;Lambert II étendu\\\\n;x;([^\\\\]+)\\\\n',
'LambertIIEtenduY' => '\\\\ncoordonnées;Lambert II étendu\\\\n;x;[^\\\\]+\\\\n;y;([^\\\\]+)\\\\n',
'Latitude' => '\\\\n;Latitude;(.+)?\\\\ncode',
'Longitude' => '\\\\n;Longitude;(.+?)\\\\n;Latitude',
'CodeInsee' => '\\\\ncode insee;([^\\\\]+)\\\\nstatut',
'Statut' => '\\\\nstatut\(s\);([^\\\\]+)\\\\n\\\\n');
$this->analyserUrls();
}
 
/**
* Robot analysant les pages du site de Cassini.
* Exemples d'utilisation :
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pgf ~/importation/robots/eFloreBotCassini.txt -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1 -s ~/importation/robots/cassini.tsv
* /opt/lampp/bin/php script.php robot -p cassini -a cassini -pg 1
*
* @return unknown_type
*/
private function lancerRobotUtmConverter() {
// Valeur spécifique de ce Robot
$this->robot_nom = 'eFloreBotUtmConverter';
$this->url_tpl = 'http://www.rcn.montana.edu/resources/tools/coordinates.aspx?nav=11&c=DD&md=83&mdt=NAD83/WGS84&lat=%s&lath=N&lon=%s&lonh=E';
$this->encodage = 'ISO-8859-1';
$this->regexp_ligne = '/Universal Transverse Mercator \(UTM\):<\/td>(.*?)<\/table><\/td>/umsi';
$this->regexps = array( 'UTM_Zone' => 'Zone: ([0-9]+)<' ,
'UTM_Est_x' => 'Easting: ([0-9]+)<',
'UTM_Nord_y' => 'Northing: ([0-9]+)<');
$this->analyserUrls();
}
 
private function analyserUrls() {
// Lancement de l'analyse
$heure_debut = date('c',time());
 
echo "Analyse de l'URL # : ";
$pagesNum = 0;// Pages
$lignesNum = 0;// Lignes
$sortie = '';
foreach ($this->pages as $paramsPage) {
$xhtml_page = $this->getHtml($this->url_tpl, $paramsPage);
$xhtml_lignes = $this->extraireChaine($this->regexp_ligne, $xhtml_page);
 
// Pour chaque chaine début/fin trouvées au sein de la page, nous recherchons les regexps des données.
if (count($xhtml_lignes) > 1 && $this->mode != 'MULTI') {
$this->traiterAttention("Plusieurs lignes correspondent à votre expression régulière de limitation du contenu :\n %s", array($this->regexp_ligne));
} else if ($xhtml_lignes) {
print_r($xhtml_lignes );
foreach ($xhtml_lignes as $xhtml) {
$champsNum = 1;// Champs
$ligne = '';
foreach ($this->regexps as $chp => $regexp) {
// Si nous traitons la première ligne nous ajoutons les noms des champs en début de fichier de sortie
if ($lignesNum == 0) {
$sortie .= $chp.(($champsNum == count($this->regexps)) ? "\n" : "\t");
$champsNum++;
}
// Ajout de la valeur trouvée grâce à l'expression régulière à la ligne de sortie
if (preg_match('/'.$regexp.'/Umsi', $xhtml, $match)) {
$ligne .= $this->nettoyer($match[1])."\t";
} else {
$ligne .= "\t";
}
}
$lignesNum++;
$ligne = trim($ligne);
$sortie .= $ligne."\n";
 
// Affichage en console...
if (empty($this->sortie)) {
echo "\t".$ligne."\n";
}
}
 
} else {
$this->traiterAttention("Impossible de trouver les chaines début et fin dans la page «%s» avec la regexp :\n%s", array($this->getNomPage($paramsPage), $this->regexp_ligne));
}
// Affichage en console...
echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $pagesNum ) + 1 ))."\t".$pagesNum++;
}
echo "\n";
$heure_fin = date('c',time());
 
// Ajout de métadonnées
$metadonnees = "Début d'importation : $heure_debut\nFin d'importation : $heure_fin\n";
$metadonnees .= "Source des données : ".$this->url_tpl."\n";
$sortie = $metadonnees.$sortie;
 
// Écriture du fichier de sortie ou retour dans la console
if (!empty($this->sortie)) {
file_put_contents($this->sortie, $sortie);
}
}
 
private function nettoyer($txt) {
$txt = trim($txt);
$txt = preg_replace('/(?:&nbsp;|&#160;)/', ' ', $txt);
return $txt;
}
 
private function getHtml($url_tpl, $paramsPage) {
// Lancement en ligne de commande pour tester :
//curl -v --url "http://fr.wikipedia.org/wiki/Montpellier" --config /home/jpm/web/eflore_bp/consultation/scripts/modules/robot/configuration/cookieconf.txt
if ($this->cache && file_exists($fichier_cache = $this->cache.$this->getNomPage($paramsPage))) {
$html = file_get_contents($fichier_cache);
} else {
$url = vsprintf($url_tpl, $paramsPage);
$this->traiterAttention(" Url : ".$url);
// Initialisation CURL
$curl = curl_init();
curl_setopt($curl, CURLOPT_COOKIEFILE, $this->cookie);
curl_setopt($curl, CURLOPT_URL, $url);
curl_setopt($curl, CURLOPT_RETURNTRANSFER, TRUE);
curl_setopt($curl, CURLOPT_USERAGENT, 'Mozilla/5.0 (X11; Linux x86_64; rv:2.0.1) Gecko/20100101 Firefox/4.0.1');
 
$html = curl_exec($curl);
 
// Mise en cache
if ($this->cache) {
file_put_contents($fichier_cache, $html);
}
}
 
// Nettoyage des entités html
$html = $this->encoderUtf8($html, 'HTML-ENTITIES');
// Nettoyage de l'encodage des urls
$html = urldecode($html);
 
// Convertion en UTF-8 si nécessaire
if ($this->encodage) {
$html = $this->encoderUtf8($html, $this->encodage);
}
 
return $html;
}
 
/**
* Méthode récupérant seulement une partie du texte passé en paramétre.
*
* @param $debut chaine de caractère indiquant le début du texte à prendre en compte.
* @param $fin chaine de caractère indiquant la fin du texte à prendre en compte.
* @param $txt le texte duquel extraire une partie bornée par $debut et $fin.
* @return le texte extrait.
*/
private function extraireChaine($regexp, $txt) {
if (preg_match_all($regexp, $txt, $match)) {
return $match[1];
} else {
return false;
}
}
/**
* Charge les lignes d'un fichier dans un tableau et le retourne.
* Supprime les caractères blancs et les nouvelles lignes.
*
* @param $fichier
* @return unknown_type
*/
private function convertirFichierEnTableau($fichier) {
$tableau = array();
$handle = fopen($fichier,'r');
if ($handle) {
while ($ligne = fgets($handle)) {
$tableau[] = explode("\t", trim($ligne));
}
fclose($handle);
}
return $tableau;
}
 
private function getNomPage($paramsPage) {
return str_replace(' ', '_', implode('_', $paramsPage)).'.html';
}
 
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bdnt/Bdnt.php
New file
0,0 → 1,54
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php bdnt -a chargerTous
*/
class Bdnt extends EfloreScript {
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('bdnt');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerOntologies();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerOntologies' :
$this->chargerOntologies();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerOntologies() {
$chemin = Config::get('chemins.ontologies');
$table = Config::get('tables.ontologies');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 0 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS bdnt_meta, bdnt_ontologies_v4_30";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bdnt/bdnt.ini
New file
0,0 → 1,14
version="4_40"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}bdnt/2013-07-01/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
ontologies = "bdnt_ontologies_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "bdnt_ontologies_v2013-07-01.sql"
ontologies = "bdnt_ontologies_v2013-07-01.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
ontologies = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.ontologies}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bdnt
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+bdnt.ini
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/fournier/Fournier.php
New file
0,0 → 1,138
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php bdtfx -a chargerTous
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
*/
class Fournier extends EfloreScript {
 
private $table = null;
private $tableMeta = null;
private $pasInsertion = 1000;
private $departInsertion = 0;
 
protected $parametres_autorises = array(
'-t' => array(false, false, 'Permet de tester le script sur un jeux réduit de données (indiquer le nombre de lignes).'));
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('fournier');
$this->initialiserTables();
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerFournier();
$this->genererNomSciHtml();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerFournier' :
$this->chargerFournier();
break;
case 'genererNomSciHtml' :
$this->genererNomSciHtml();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
private function chargerFournier() {
$chemin = Config::get('chemins.fournier');
$table = Config::get('tables.fournier');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY ',' ".
" ENCLOSED BY '\"' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function genererNomSciHtml() {
$this->preparerTable();
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
$resultat = $this->recupererTuples();
$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
$this->lancerRequeteModification($nomsSciEnHtml);
$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
if ($this->stopperLaBoucle($this->getParametre('t'))) break;
}
echo "\n";
}
 
private function initialiserTables() {
$this->table = Config::get('tables.fournier');
$this->tableMeta = Config::get('tables.fournierMeta');
}
 
private function preparerTable() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererNbTotalTuples(){
$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
return $resultat['nb'];
}
 
private function recupererTuples() {
$requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, '.
' nom_commercial, cultivar '.
"FROM {$this->table} ".
"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function lancerRequeteModification($nomsSciHtm) {
foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
$html = $this->getBdd()->proteger($html);
$requete = "UPDATE {$this->table} ".
"SET nom_sci_html = $html ".
"WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
}
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS {$this->tableMeta}, {$this->table}";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/fournier/fournier.ini
New file
0,0 → 1,15
version="1_00"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}fournier/1.00/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
fournierMeta = "fournier_meta"
fournier = "fournier_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "{ref:tables.fournier}.sql"
fournier = "{ref:tables.fournier}.csv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
fournier = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.fournier}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/prometheus/Prometheus.php
New file
0,0 → 1,639
<?php
/**
* Exemple de lancement du script : /opt/lampp/bin/php cli.php ontologie -a analyser
*
*/
require_once dirname(__FILE__).DS.'Traduction.php';
 
class Prometheus extends EfloreScript {
 
private $projetDossier = '';
private $lecteur = null;
private $fichier = '';
private $lotsTermes = array();
private $lotsRelations = array();
private $lotsImages = array();
private $lotsPublications = array();
private $lotsAuteurs = array();
private $lotsHierarchie = array();
private $baseIdGroupe = 10000;
private $baseIdSousGroupe = 20000;
private $types = array(
'FREQUENCY_MODIFIERS' => 2,
'QUALIFIERS' => 3,
'RELATIVE_MODIFIERS' => 4,
'RELATIVE_VALUES' => 5,
'SPATIAL_MODIFIERS' => 6,
'LOCATER_REGIONS' => 7,
'TEMPORAL_MODIFIERS' => 8,
'UNIT_TERMS' => 9,
'QUANTITATIVE_PROPERTIES' => 10,
'NEW_QUALITATIVE_PROPERTIES' => 11,
'DISALLOWED_TERMS' => 20,
'QUALITATIVE_STATES' => 13,
'TYPE_OF_STRUCTURE_TERMS' => 14,
'STRUCTURE_TERMS' => 15,
'REGION_TERMS' => 16,
'GENERIC_STRUCTURES' => 17);
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('prometheus');
$this->projetDossier = Config::get('dossierTsv');
 
$this->fichier = $this->projetDossier.'Ontology.xml';
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->lireFichierXml();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'analyser' :
$this->vider();
$this->lireFichierXml();
break;
case 'chargerTraductions' :
$this->viderTraductions();
$this->chargerTraductions();
break;
case 'vider' :
$this->vider();
case 'viderTraductions' :
$this->viderTraductions();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
 
/**
* Lit le fichier OSM et lance l'analyse des noeuds xml en fonction de leur type.
*/
private function lireFichierXml() {
$termes = array_keys($this->types);
$this->lecteur = new XMLReader();
if ($this->ouvrirFichierXml()) {
while ($this->lecteur->read()) {
if ($this->lecteur->nodeType == XMLREADER::ELEMENT) {
if (in_array($this->lecteur->localName, $termes)) {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$type = $this->lecteur->localName;
$this->traiterTermes($this->types[$type], $noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'STATE_GROUPS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterGroupes($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'NewQualitativeProperties') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterNouvellesQualites($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'RELATIONSHIPS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterRelations($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'PICTURES') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterImages($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'CITATIONS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterCitations($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'AUTHORS') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterAuteurs($noeud->children());
} else if ($this->lecteur->localName == 'TreeNode') {
$noeud = $this->obtenirNoeudSimpleXml();
$this->traiterHierarchie($noeud);
}
}
}
if (count($this->lotsTermes) > 0) {
$this->insererLotDeTermes();
}
if (count($this->lotsRelations) > 0) {
$this->insererLotDeRelations();
}
if (count($this->lotsImages) > 0) {
$this->insererLotImages();
}
if (count($this->lotsPublications) > 0) {
$this->insererLotDePublications();
}
if (count($this->lotsAuteurs) > 0) {
$this->insererLotAuteurs();
}
if (count($this->lotsHierarchie) > 0) {
$this->insererLotHierarchie();
}
}
}
 
private function ouvrirFichierXml() {
if ($this->lecteur->open($this->fichier) === false) {
throw new Exception("Impossible d'ouvrir le fichier XML : $this->fichier");
}
return true;
}
 
private function obtenirNoeudSimpleXml() {
$doc = new DOMDocument;
$element = $this->lecteur->expand();
$noeud = simplexml_import_dom($doc->importNode($element, true));
return $noeud;
}
 
private function traiterTermes($type, $termes) {
foreach ($termes as $terme) {
$id = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = (int) $type;
$valeur[] = (string) $terme->attributes()->term;
$valeur[] = (string) $this->obtenirDefinition($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirPreference($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirAuteur($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirCitation($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirImage($terme);
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
}
if (isset($terme->attributes()->parentID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $terme->attributes()->parentID;
$relation[] = 'A POUR PARENT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($terme->attributes()->PARENT_STRUCTURE_ID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $terme->attributes()->PARENT_STRUCTURE_ID;
$relation[] = 'A POUR STRUCTURE PARENTE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($terme->attributes()->stateOfNEWPROPERTYID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $terme->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $terme->attributes()->stateOfNEWPROPERTYID;
$relation[] = 'A POUR NOUVELLE QUALITE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
 
private function obtenirDefinition($terme) {
$definition = null;
if (isset($terme->DEFINITION)) {
$definition = $terme->DEFINITION;
}
return $definition;
}
 
private function obtenirPreference($terme) {
$preference = '1';
if (isset($terme->attributes()->PREFERRED_TERM)) {
$valeur = (string) $terme->attributes()->PREFERRED_TERM;
$preference = (trim($valeur) == 'Disallowed Term') ? '0' : '1';
}
return $preference;
}
 
private function obtenirAuteur($terme) {
$auteur = 0;
if (isset($terme->attributes()->authorID)) {
$auteur = $terme->attributes()->authorID;
} elseif (isset($terme->attributes()->authorREF)) {
$auteur = $terme->attributes()->authorREF;
}
return $auteur;
}
 
private function obtenirCitation($terme) {
$citation = 0;
if (isset($terme->attributes()->citationID)) {
$citation = $terme->attributes()->citationID;
} elseif (isset($terme->attributes()->citationREF)) {
$citation = $terme->attributes()->citationREF;
}
return $citation;
}
 
private function obtenirImage($terme) {
$image = 0;
if (isset($terme->attributes()->pictureREF)) {
$image = $terme->attributes()->pictureREF;
}
return $image;
}
 
private function traiterGroupes($groupes) {
foreach ($groupes as $groupe) {
$id = $this->baseIdGroupe + (int) $groupe->attributes()->GROUP_ID;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = 18;
$valeur[] = (string) $groupe->attributes()->groupName;
$valeur[] = '';
$valeur[] = 1;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
}
if (isset($groupe->STRUCTURES_LINKED_TO_GROUP)) {
foreach ($groupe->STRUCTURES_LINKED_TO_GROUP->children() as $structure) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $structure->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = 'A POUR GROUPE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
if (isset($groupe->STATES_IN_GROUP)) {
foreach ($groupe->STATES_IN_GROUP->children() as $etat) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = (int) $etat->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = 'A POUR ETAT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
if (isset($groupe->STATESUBGROUPS)) {
$this->traiterSousGroupes($id, $groupe->STATESUBGROUPS->children());
}
}
}
 
private function traiterSousGroupes($idGroupe, $sousGroupes) {
foreach ($sousGroupes as $sg) {
$id = $this->baseIdSousGroupe + (int) $sg->attributes()->STATESUBGROUP_GLOBALID;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = 19;
$valeur[] = (string) $sg->attributes()->subgGroupName;
$valeur[] = '';
$valeur[] = 1;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$valeur[] = 0;
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
 
$relation = array();
$relation[] = (int) $idGroupe;
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = 'A POUR SOUS-GROUPE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($sg->STATES_IN_SUBGROUP)) {
foreach ($sg->STATES_IN_SUBGROUP->children() as $etat) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $id;
$relation[] = (int) $etat->attributes()->GLOBALID;
$relation[] = 'A POUR ETAT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
}
 
private function traiterNouvellesQualites($qualites) {
foreach ($qualites as $qualite) {
$id = (int) $qualite->attributes()->IDSEQ;
if (isset($this->lotsTermes[$id]) === false) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $id;
$valeur[] = 11;
$valeur[] = (string) $qualite->attributes()->term;
$valeur[] = (string) $this->obtenirDefinition($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirPreference($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirAuteur($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirCitation($terme);
$valeur[] = (int) $this->obtenirImage($terme);
$this->lotsTermes[$id] = $valeur;
}
if (isset($qualite->attributes()->ParentPropertyID)) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $qualite->attributes()->IDSEQ;
$relation[] = (int) $qualite->attributes()->ParentPropertyID;
$relation[] = 'A POUR PARENT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
if (isset($qualite->MemberStates)) {
$etats = $qualite->MemberStates->children();
$idParent = $qualite->attributes()->IDSEQ;
$this->traiterEtatsMembre($etats, $idParent);
}
if (isset($qualite->Structures_linked_to_Property)) {
$structures = $qualite->Structures_linked_to_Property->children();
$idParent = $qualite->attributes()->IDSEQ;
$this->traiterStructuresLiees($structures, $idParent);
}
if (isset($qualite->ContextGroups)) {
$contextes = $qualite->ContextGroups->children();
if (count($contextes) > 0) {
foreach ($contextes as $contexte) {
$idParent = $contexte->attributes()->ID;
$structures = $contexte->Structures_linked_to_Context->children();
$this->traiterStructuresLiees($structures, $idParent);
$etats = $contexte->MemberStates->children();
$this->traiterEtatsMembre($etats, $idParent);
}
}
}
}
}
 
private function ajouterRelation($relation) {
$id = implode('-', $relation);
if (isset($this->lotsRelations[$id]) === false) {
$this->lotsRelations[$id] = $relation;
}
}
 
private function traiterEtatsMembre($etats, $idParent) {
if (count($etats) > 0) {
foreach ($etats as $etat) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $idParent;
$relation[] = (int) $etat->attributes()->RefID;
$relation[] = 'A POUR ETAT';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
 
private function traiterStructuresLiees($structures, $idParent) {
if (count($structures) > 0) {
foreach ($structures as $structure) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $structure->attributes()->RefID;
$relation[] = (int) $idParent;
$relation[] = 'A POUR PROPRIETE';
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
}
 
private function traiterRelations($relations) {
foreach ($relations as $rel) {
$relation = array();
$relation[] = (int) $rel->attributes()->term1REF;
$relation[] = (int) $rel->attributes()->term2REF;
$relation[] = (string) $this->obtenirTypeRelation($rel->attributes()->relationship);
$this->ajouterRelation($relation);
}
}
 
private function obtenirTypeRelation($type) {
switch ($type) {
case 'ASSOCIATED WITH' :
$relation = 'ASSOCIE AVEC';
break;
case 'IS A PART OF' :
$relation = 'EST UNE PARTIE DE';
break;
case 'IS A TYPE OF' :
$relation = 'EST UN TYPE DE';
break;
default :
$relation = '';
}
return $relation;
}
 
private function traiterImages($images) {
foreach ($images as $img) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $img->attributes()->ID;
$valeur[] = (string) $img->attributes()->NAME;
$valeur[] = (int) $img->attributes()->CITATION_REFID;
$this->lotsImages[] = $valeur;
}
}
 
private function traiterCitations($citations) {
foreach ($citations as $publi) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $publi->attributes()->ID;
$valeur[] = (int) $publi->attributes()->primaryAuthorREF;
$valeur[] = (string) $publi->PUBLICATION;
$valeur[] = (string) $publi->DATE;
$valeur[] = (string) $publi->PAGE;
$this->lotsPublications[] = $valeur;
}
}
 
private function traiterAuteurs($auteurs) {
foreach ($auteurs as $auteur) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $auteur->attributes()->ID;
$valeur[] = (string) $auteur->attributes()->givenNames;
$valeur[] = (string) $auteur->attributes()->surname;
$valeur[] = $this->obtenirDateNaissance((string) $auteur->attributes()->born);
$valeur[] = (string) $auteur->attributes()->died;
$this->lotsAuteurs[] = $valeur;
}
}
 
private function obtenirDateNaissance($annee) {
$date = $annee.'-00-00';
return $date;
}
 
private function traiterHierarchie($noeud) {
$valeur = array();
$valeur[] = (int) $noeud->attributes()->ID;
$valeur[] = (int) $noeud->attributes()->ParentNodeID;
$valeur[] = (string) $noeud->attributes()->pathAsNames;
$valeur[] = (string) $noeud->attributes()->pathAsID;
$valeur[] = (int) $noeud->attributes()->TermID;
$this->lotsHierarchie[] = $valeur;
}
 
private function insererLotDeTermes() {
$champs = implode(',', array('id_terme', 'ce_type', 'nom_en', 'description_en', 'preference', 'ce_auteur', 'ce_publication', 'ce_image'));
$values = $this->creerValues($this->lotsTermes);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_terme_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotDeRelations() {
$champs = implode(',', array('id_terme_01', 'id_terme_02', 'relation'));
$values = $this->creerValues($this->lotsRelations);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_relation_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotImages() {
$champs = implode(',', array('id_image', 'uri', 'ce_publication'));
$values = $this->creerValues($this->lotsImages);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_image_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotDePublications() {
$champs = implode(',', array('id_publication', 'ce_auteur_principal', 'titre', 'date', 'uri'));
$values = $this->creerValues($this->lotsPublications);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_publication_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotAuteurs() {
$champs = implode(',', array('id_auteur', 'prenom', 'nom', 'naissance_date', 'deces_date'));
$values = $this->creerValues($this->lotsAuteurs);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_auteur_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function insererLotHierarchie() {
$champs = implode(',', array('id_noeud', 'id_noeud_parent', 'chemin_noms', 'chemin_ids', 'ce_terme'));
$values = $this->creerValues($this->lotsHierarchie);
$requete = "INSERT INTO prometheus_ontologies_hierarchie_v1_00 ($champs) VALUES $values";
$this->executerSql($requete);
}
 
private function creerValues($valeurs) {
$values = array();
foreach ($valeurs as $valeur) {
foreach ($valeur as $id => $val) {
$valeur[$id] = $this->etreVide($val) ? 'NULL' : $this->proteger(trim($val));
}
$values[] = '('.implode(',', $valeur).')';
}
$values = implode(',', $values);
return $values;
}
 
private function etreVide($val) {
$vide = ($val === null || trim($val) === '') ? true : false;
return $vide;
}
 
private function executerSql($requete) {
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function proteger($chaine) {
return $this->getBdd()->proteger($chaine);
}
 
private function viderTraductions() {
$requete = 'UPDATE prometheus_ontologies_terme_v1_00 '.
'SET nom = NULL, description = NULL, notes = NULL';
$this->executerSql($requete);
}
 
private function chargerTraductions() {
$dossier = $this->projetDossier.'traductions'.DS;
$pointeur = opendir($dossier);
while ($fichierNom = readdir($pointeur)) {
if (preg_match('/^[.]{1,2}/', $fichierNom) == false) {
$fichierChemin = $dossier.$fichierNom;
$lecteur = new LecteurExcel($fichierChemin);
//$this->verifierStructureFichierExcel($lecteur);
for ($ligne = 2; $ligne < $lecteur->getNbreLignes(); $ligne++) {
$traduction = new Traduction();
$traduction->type = $lecteur->getValeur($ligne, 1);
$traduction->en = $lecteur->getValeur($ligne, 2);
$traduction->fr = $lecteur->getValeur($ligne, 3);
$traduction->sourcesTraduction = $lecteur->getValeur($ligne, 4);
$traduction->remarques = $lecteur->getValeur($ligne, 5);
$traduction->sources = $lecteur->getValeur($ligne, 6);
$traduction->relectureRemarques = $lecteur->getValeur($ligne, 7);
$this->genererNotes($traduction);
 
$this->insererTraduction($traduction);
}
}
}
closedir($pointeur);
}
 
private function verifierStructureFichierExcel($lecteur) {
$messages = array();
$colonnes = array("Type d'élément", "Élément en anglais", "Traduction en français", "Sources de la traduction", "Remarques", "Sources", "Relecture/ Remarques");
foreach ($colonnes as $numero => $intitule) {
$valeurBrute = $lecteur->getValeur(1, ($numero + 1));
if ($valeurBrute != $intitule) {
$messages[] = "Le fichier {$lecteur->getFichier()} ne contient pas la bonne colonne #$numero : $intitule != $valeurBrute";
}
}
if (count($messages) > 0) {
throw new Exception(implode("\n", $messages));
}
}
 
private function genererNotes(Traduction $traduction) {
$notes = array();
if ($this->etreVide($traduction->sourcesTraduction) === false) {
$notes[] = "Sources de la traduction : ".$traduction->sourcesTraduction;
}
if ($this->etreVide($traduction->remarques) === false) {
$notes[] = "Remarques : ".$traduction->remarques;
}
if ($this->etreVide($traduction->sources) === false) {
$notes[] = "Sources : ".$traduction->sources;
}
if ($this->etreVide($traduction->relectureRemarques) === false) {
$notes[] = "Remarques sur la relecture : ".$traduction->relectureRemarques;
}
if (count($notes) > 0) {
$traduction->notes = implode("\n", $notes);
}
}
 
private function insererTraduction($traduction) {
$requete = null;
$notes = $traduction->notes;
if ($traduction->type == 'term') {
$notes = $this->proteger("Nom :\n".$notes);
$nom = $this->proteger($traduction->fr);
$nomEn = $this->proteger($traduction->en);
$requete = "UPDATE prometheus_ontologies_terme_v1_00 ".
"SET nom = $nom, notes = $notes ".
"WHERE nom_en = $nomEn ";
} else if ($traduction->type == 'DEFINITION') {
$notes = $this->proteger("Description :\n".$notes);
$description = $this->proteger($traduction->fr);
$descriptionEn = $this->proteger($traduction->en);
$requete = "UPDATE prometheus_ontologies_terme_v1_00 ".
"SET description = $description, notes = CONCAT(notes, '\n', $notes) ".
"WHERE description_en = $descriptionEn ";
}
if ($requete != null) {
$this->executerSql($requete);
}
}
 
private function vider() {
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_auteur_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_hierarchie_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_image_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_publication_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_relation_v1_00';
$this->executerSql($requete);
$requete = 'TRUNCATE TABLE IF EXISTS prometheus_ontologies_terme_v1_00';
$this->executerSql($requete);
}
 
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS prometheus_meta, prometheus_ontologies_auteur_v1_00, prometheus_ontologies_hierarchie_v1_00,
prometheus_ontologies_image_v1_00, prometheus_ontologies_publication_v1_00, prometheus_ontologies_relation_v1_00,
prometheus_ontologies_terme_v1_00, prometheus_ontologies_type_v1_00";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/prometheus/Traduction.php
New file
0,0 → 1,11
<?php
class Traduction {
public $type = null;
public $en = null;
public $fr = null;
public $sourcesTraduction = null;
public $remarques = null;
public $sources = null;
public $relectureRemarques = null;
public $notes = null;
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/prometheus/prometheus.ini
New file
0,0 → 1,12
version="1_00"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}prometheus/v1.00_2003-02-18/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
ontologies = "prometheus_ontologies_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "prometheus_v1_00.sql"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bonnier/Bonnier.php
New file
0,0 → 1,508
<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/* Importation des fichiers excel de Bonnier pour créer une version HTML pour PDA.
* Utilisation au préalable des utillitaire de traitement de fichier mdb sous Unix (voir ci après)
*
* Pré-requis :
* 1. Installer le paquet pour Perl nommé ParseExcel : urpmi perl-spreadsheet-parseexcel
* 2. Télécharger les fichiers Excel de Bonnier : http://www.tela-botanica.org/projets/74/documents/16211
* 3. Créer un dossier où vous dézipperez l'archive des fichiers Excel
* 4. Copier dans ce dossier les fichier xls2sql.pl et generer_sql.sh que vous trouverez dans le dossier shell de ce module
* 5. Donner les droits d'execution au fichier generer_sql.sh et lancer le : ./generer_sql.sh
* 6. Vous devez obtenir un fichier SQL par fichier Excel.
*
* Pour lancer ce script fichier par fichier :
* 1. Ouvrir une console et se positionner dans le dossier "scripts"
* 2. Pour charger le 1er fichier Excel, taper la commande : /opt/lampp/bin/php script.php bonnier -p bonnier -a charger -table renonculacees
* 3. Pour generer le html issu du chargement precedent :
* /opt/lampp/bin/php script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/001-Renonculacees" -table renonculacees
*
* // Auteur original :
* @author David DELON <david@clapas.net>
* @copyright David DELON 2009
* @link http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore
* @licence GPL v3 & CeCILL v2
* @version $Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Bonnier extends ScriptCommandeEflore {
 
/**
* Paramêtres disponible pour la ligne de commande
* le tableau se construit de la forme suivnate :
* - clé = nom du paramêtre '-foo'
* - value = contient un nouveau tableau composé de cette façaon :
* - booléen: true si le paramêtre est obligatoire
* - booléen ou var : true si le paramêtre nécessite un valeur à sa suite ou la valeur par défaut
* - string: description du contenu du paramêtre
* Les paramêtres optionels devraient être déclaré à la fin du tableau.
* Le dernier parametre du tableau peut avoir la valeur '...',
* il contiendra alors l'ensemble des paramêtres suivant trouvés sur la ligne de commande.
* @var array
*/
public $parametres = array( '-table' => array(true, true, "Nom de la table où seront stockées les données d'une famille"),
'-dossier' => array(true, true, "Dossier où sont générés les fichiers html pour la table"));
public function executer() {
 
error_reporting(E_ALL & ~E_DEPRECATED );
$table = $this->getParam('table');
$dossier = $this->getParam('dossier');
@mkdir($this->getIni('chemin_fichier_sortie').$dossier);
$cmd = $this->getParam('a');
switch ($cmd) {
// chargement des fichiers sql issus de la transformation xls dans la base de donnee, une table par fichir sql, 2 tables par
// familles : texte (navigation / clef) et plantes : description des plantes.
case 'charger' :
$this->creerTableBonnier($this->version, $table);
$this->chargerDonnees($table);
break;
case 'html' :
// tranformation sql vers html : pour la famille considerée : parcours de l'ensemble de ses clef et generation html pour
// les feuilles.
$this->realiserHtml($dossier, $table);
break;
default :
trigger_error('Erreur : la commande "'.$cmd.'" n\'existe pas!'."\n", E_USER_ERROR);
}
}
 
private function realiserHtml($dossier, $table) {
// Parcours de l'ensemble des données ? ou famille par famille ?
// on charge plante et texte dans des tableaux
$this->type_donnee = $table.'_texte';
$requete = 'SELECT * '.
'FROM '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' '.
'ORDER BY uid';
$lignesTexte = $this->retournerDonneesRequete($requete);
// Analyse des données
echo "Analyse des données : ".$this->type_donnee."\n";
foreach ($lignesTexte as $ligneTexte) {
if (!isset($aso_lignes[$ligneTexte['identifiant']])) {
$aso_lignes[$ligneTexte['identifiant']] = $ligneTexte;
} else {
echo "identifiant en double : ".$ligneTexte['identifiant']."\n";
}
}
 
$this->type_donnee = $table.'_plante';
$requete = 'SELECT * '.
'FROM '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' '.
'ORDER BY uid';
$lignesPlante = $this->retournerDonneesRequete($requete);
foreach ($lignesPlante as $lignePlante) {
if (!isset($aso_lignes[$lignePlante['identifiant']])) {
$aso_lignes[$lignePlante['identifiant']] = $lignePlante;
} else {
echo "identifiant en double : ".$lignePlante['identifiant']."\n";
}
}
//print_r($aso_lignes_texte[$lignesTexte[0]['identifiant']] ['titre']);
// $ariane : tableau des identifiants parcourus dans la branche
// $niveau : niveau dans l'arbre
$ariane = array();
$niveau = 0;
// Parcours de l'arbre des clefs depuis la racine
$this->genererHtmlTexte($lignesTexte[1]['identifiant'], $aso_lignes, $ariane, $niveau, $dossier);
}
// Generation des elements de navigation (clef)
private function genererHtmlTexte($identifiant, $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier) {
 
$ariane[] = $identifiant;
$niveau++;
if (isset ($lignesTexteIdentifiant[$identifiant])) { // Si des identifiants sont en doubles
$ligneIdentifiant = $lignesTexteIdentifiant[$identifiant];
}
else {
// initialiser valeur par defaut indiquant une erreur
}
 
$f_html = fopen($this->getIni('chemin_fichier_sortie').$dossier.'/'.$identifiant.'.html', 'wb');
$html =
'<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">'."\n".
'<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="fr">'."\n".
'<head>'."\n".
'<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />'."\n".
'<title>Flore BONNIER sur PDA</title>'."\n".
'<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../../style/style640.css" media="screen" />'."\n".
'</head>'."\n";
$html .= '<body>'."\n";
$html .= '<div class="titre">'."\n";
$html .= '<p id="titre">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['titre'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
// print "identifiant : ".$ligneIdentifiant['identifiant']."\n";
// Destinations
// Branche niveau inferieur
$html.='<div class="fenetreMenu">'."\n";
for ($i = 1; $i < 6; $i++) {
if (isset($ligneIdentifiant['texte_'.$i]) && $ligneIdentifiant['texte_'.$i] != "") {
$html .= '<div class="menu'.($i-1).'">'."\n";
$html .= '<a href="'.$ligneIdentifiant['destination_'.$i].'.html">';
$html .= $ligneIdentifiant['texte_'.$i];
$html .= '</a>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
}
}
 
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="espace" style="top:518px;">'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="navigation">'."\n";
$html .= '<p id="navigation">'."\n";
// Navigation
for ($i = 0; $i < $niveau; $i++) {
if (($ariane[$i]) && $ariane[$i] != '') {
$html .= '<a href="'.$ariane[$i].'.html">';
if (isset ($lignesTexteIdentifiant[$ariane[$i]])) { // Si des identifiants sont en doubles
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[$i]]['titre'];
}
$html .= '</a>'."\n";
}
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
 
$html .= '<div class="retour">'."\n";
$html .= '<p id="retour">'."\n";
// Retour niveau superieur
if (isset($ariane[$niveau - 2]) && $ariane[$niveau - 2] != '') {
$html .= '<a href="'.$ariane[$niveau - 2].'.html">';
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[$niveau - 2]]['titre'];
$html .= '</a>'."\n";
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="glossaire">'."\n";
$html .= '<p id="glossaire">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/glossaire0_640.html">'."\n";
$html .= 'Glossaire'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= '</p></div><div class="text">'."\n";
$html .= '<p id="Text">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/accueil1_640.html">'."\n";
$html .= ' Top'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= ' </p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
 
$html .= '</body>'."\n";
$html .= '</html>'."\n";
fwrite($f_html, $html);
fclose($f_html);
// Ecriture des feuilles (description plantes)
for ($i = 1; $i < 6; $i++) {
if (isset($ligneIdentifiant['destination_'.$i]) && $ligneIdentifiant['destination_'.$i] != '') {
if (substr($ligneIdentifiant['destination_'.$i], 0, 1) == 'p') {
$this->genererHtmlPlante($ligneIdentifiant['destination_'.$i], $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier);
} else {
$this->genererHtmlTexte($ligneIdentifiant['destination_'.$i], $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier);
}
}
}
}
// Plante
private function genererHtmlPlante($identifiant, $lignesTexteIdentifiant, $ariane, $niveau, $dossier) {
$ariane[] = $identifiant;
$niveau++;
if (isset ($lignesTexteIdentifiant[$identifiant])) { // Au cas ou des identifiants sont en doubles
$ligneIdentifiant = $lignesTexteIdentifiant[$identifiant];
}
$nom_latin = '';
if (isset($ariane[($niveau - 2)]) && isset($lignesTexteIdentifiant[$ariane[($niveau - 2)]]['texte_1'])) {
$nom_latin = trim(strrchr($lignesTexteIdentifiant[$ariane[($niveau - 2)]]['texte_1'], ':'), ' :');
}
 
$f_html = fopen($this->getIni('chemin_fichier_sortie').$dossier.'/'.$identifiant.'.html', 'wb');
$html=
'<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">'."\n".
'<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="fr">'."\n".
'<head>'."\n".
'<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />'."\n".
'<title>Flore BONNIER sur PDA</title>'."\n".
'<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../../style/style_plante.css" media="screen" />'."\n".
'</head>'."\n";
$html .= '<body>'."\n";
$html .= '<div class="titre">'."\n";
$html .= '<p id="titre">';
$html .= $nom_latin;
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="famille">'."\n";
$html .= '<p id="famille1">Famille : </p>'."\n";
$html .= '<p id="famille2">';
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[0]]['titre'];
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="genre">'."\n";
$html .= '<p id="genre1">Genre : </p>'."\n";
$html .= '<p id="genre2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['genre'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="nom_latin">'."\n";
$html .= '<p id="nom_latin1">Nom Latin : </p>'."\n";
$html .= '<p id="nom_latin2">';
$html .= $nom_latin;
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="nom_francais">'."\n";
$html .= '<p id="nom_francais1">Nom Francais : </p>'."\n";
$html .= '<p id="nom_francais2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['nom_francais'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="nom_commun">'."\n";
$html .= '<p id="nom_commun1">Nom Vulgaire : </p>'."\n";
$html .= '<p id="nom_commun2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['nom_vulgaire'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="caracteres">'."\n";
$html .= '<p id="caracteres1">Caractéristiques spécifiques : </p>'."\n";
$html .= '<p id="caracteres2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['description'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="habitat">'."\n";
$html .= '<p id="habitat1">Habitat / taille / floraison : </p>'."\n";
$html .= '<p id="habitat2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['habitat'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="aire">'."\n";
$html .= '<p id="aire1">Aire g&eacute;ographique : </p>'."\n";
$html .= '<p id="aire2">';
if (isset($ligneIdentifiant)) {
$html .= $ligneIdentifiant['geographie'];
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="identifiant">'."\n";
$html .= '<p id="identifiant">';
$html .= 'Bonnier : '.$identifiant;
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="planche">'."\n";
$html .= '<p id="planche">';
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="retour">'."\n";
$html .= '<p id="retour">'."\n";
if (($ariane[$niveau - 2]) && $ariane[$niveau - 2] != '') {
$html .= '<a href="'.$ariane[$niveau - 2].'.html">';
$html .= $lignesTexteIdentifiant[$ariane[$niveau - 2]]['titre'];
$html .= '</a>'."\n";
}
$html .= '</p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
$html .= '<div class="glossaire">'."\n";
$html .= '<p id="glossaire">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/glossaire0_640.html">'."\n";
$html .= 'Glossaire'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= '</p></div><div class="text">'."\n";
$html .= '<p id="Text">'."\n";
$html .= '<a href="../000-general/accueil1_640.html">'."\n";
$html .= ' Top'."\n";
$html .= '</a>'."\n";
$html .= ' </p>'."\n";
$html .= '</div>'."\n";
 
$html .= '</body>'."\n";
$html .= '</html>'."\n";
fwrite($f_html, $html);
fclose($f_html);
}
 
 
private function creerTableBonnier($version, $table) {
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// texte
$this->type_donnee = $table.'_texte';
$requete = 'DROP TABLE IF EXISTS '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee;
$this->traiterRequete($requete);
$requete = 'CREATE TABLE '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' ('.
'uid int(11) not null auto_increment,'.
'identifiant varchar(25),'.
'titre varchar(100),'.
'texte_1 varchar(255),'.
'texte_2 varchar(255),'.
'texte_3 varchar(255),'.
'texte_4 varchar(255),'.
'texte_5 varchar(255),'.
'texte_6 varchar(255),'.
'destination_1 varchar(25),'.
'destination_2 varchar(25),'.
'destination_3 varchar(25),'.
'destination_4 varchar(25),'.
'destination_5 varchar(25),'.
'destination_6 varchar(25),'.
'planche_croquis varchar(25),'.
'PRIMARY KEY (uid)'.
') DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_unicode_ci; ' ;
$this->traiterRequete($requete);
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
//plante
$this->type_donnee = $table.'_plante';
$requete = 'DROP TABLE IF EXISTS '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee;
$this->traiterRequete($requete);
$requete = 'CREATE TABLE '.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.' ('.
'uid int(11) not null auto_increment,'.
'identifiant varchar(25),'.
'genre varchar(100),'.
'nom_francais varchar(100),'.
'nom_vulgaire varchar(100),'.
'description varchar(512),'.
'habitat varchar(255),'.
'geographie varchar(255),'.
'planche_croquis varchar(25),'.
'PRIMARY KEY (uid)'.
') DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_unicode_ci; ' ;
$this->traiterRequete($requete);
}
 
protected function chargerDonnees($table) {
print "Chargements des données ...";
print "\n";
$this->type_donnee = $table.'_texte';
$this->chargerDonneesSql($table);
$this->type_donnee = $table.'_plante';
$this->chargerDonneesSql($table);
return;
}
protected function chargerDonneesSql($table) {
echo $this->type_donnee."\n";
$fichier_sql = $this->chemin_fichier_tab.$this->projet_nom.'_v'.$this->version.'_'.$this->sous_version.'_'.$this->type_donnee.'.sql';
print $fichier_sql."\n";
if (file_exists($fichier_sql)) {
// Des champs textes sont multilignes, d'ou la boucle sur INSERT, marqueur de fin de la requete precedente.
if ($lines = file($fichier_sql)) {
$i = 0;
$ligne_courante = $lines[$i];
if (($i + 1) >= count($lines)) {
$ligne_suivante = 'FIN';
} else {
$ligne_suivante = $lines[$i+1];
}
while ($i < count($lines)) {
$line_in = $ligne_courante;
while (($i < count($lines)) && (substr($ligne_suivante, 0, 6) != 'INSERT') && ($ligne_suivante != 'FIN')) {
$line_in .= $ligne_suivante;
$i++;
$ligne_courante = $lines[$i];
if (($i + 1) >= count($lines)) {
$ligne_suivante = 'FIN';
} else {
$ligne_suivante = $lines[$i + 1];
}
}
$requete = $line_in;
if (substr($requete, 0, 6) == 'INSERT') {
$requete = preg_replace('/ VALUES\(/',' VALUES(0,', $requete);
$this->traiterRequete(utf8_encode($requete));
}
$i++;
if (($i + 1) >= count($lines)) {
$ligne_suivante = 'FIN';
} else {
$ligne_courante = $lines[$i];
$ligne_suivante = $lines[$i + 1];
}
if ($i == (int) $this->getParam('t')) {
break;
}
}
}
} else {
echo 'Fichier sql introuvable'."\n";
}
}
}
?>
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bonnier/shell/generer_sql.sh
New file
0,0 → 1,298
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perl xls2sql.pl file="014-Caryophyllées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_caryophyllees_texte" > bonnier_v0_00_caryophyllees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="023-Hippocastanées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hippocastanees_texte" > bonnier_v0_00_hippocastanees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="025-Balsaminées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_balsaminees_plante" > bonnier_v0_00_balsaminees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="025-Balsaminées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_balsaminees_texte" > bonnier_v0_00_balsaminees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="038-Rosacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_rosacees_plante" > bonnier_v0_00_rosacees_plante.sql
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perl xls2sql.pl file="055-Grossulariées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_grossulariees_plante" > bonnier_v0_00_grossulariees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="055-Grossulariées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_grossulariees_texte" > bonnier_v0_00_grossulariees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="056-Saxifragées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_saxifragees_plante" > bonnier_v0_00_saxifragees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="056-Saxifragées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_saxifragees_texte" > bonnier_v0_00_saxifragees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="057-Ombelliféres-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ombelliferes_plante" > bonnier_v0_00_ombelliferes_plante.sql
perl xls2sql.pl file="057-Ombelliféres-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ombelliferes_texte" > bonnier_v0_00_ombelliferes_texte.sql
perl xls2sql.pl file="058-Araliacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_araliacees_plante" > bonnier_v0_00_araliacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="058-Araliacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_araliacees_texte" > bonnier_v0_00_araliacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="059-Cornées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cornees_plante" > bonnier_v0_00_cornees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="059-Cornées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cornees_texte" > bonnier_v0_00_cornees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="060-Loranthacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_loranthacees_plante" > bonnier_v0_00_loranthacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="060-Loranthacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_loranthacees_texte" > bonnier_v0_00_loranthacees_texte.sql
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perl xls2sql.pl file="128-Orchidées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_orchidees_plante" > bonnier_v0_00_orchidees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="128-Orchidées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_orchidees_texte" > bonnier_v0_00_orchidees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="129-Hydrocharidées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hydrocharidees_plante" > bonnier_v0_00_hydrocharidees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="129-Hydrocharidées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_hydrocharidees_texte" > bonnier_v0_00_hydrocharidees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="130-Joncaginées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncaginees_plante" > bonnier_v0_00_joncaginees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="130-Joncaginées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncaginees_texte" > bonnier_v0_00_joncaginees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="131-Potamées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_potamees_plante" > bonnier_v0_00_potamees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="131-Potamées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_potamees_texte" > bonnier_v0_00_potamees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="132-Naiadees-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_naiadees_plante" > bonnier_v0_00_naiadees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="132-Naiadees-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_naiadees_texte" > bonnier_v0_00_naiadees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="133-Zosteracées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_zosteracees_plante" > bonnier_v0_00_zosteracees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="133-Zosteracées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_zosteracees_texte" > bonnier_v0_00_zosteracees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="134-Lemnacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lemnacees_plante" > bonnier_v0_00_lemnacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="134-Lemnacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lemnacees_texte" > bonnier_v0_00_lemnacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="135-Aroidées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_aroidees_plante" > bonnier_v0_00_aroidees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="135-Aroidées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_aroidees_texte" > bonnier_v0_00_aroidees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="136-Typhacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_typhacees_plante" > bonnier_v0_00_typhacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="136-Typhacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_typhacees_texte" > bonnier_v0_00_typhacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="137-Joncées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncees_plante" > bonnier_v0_00_joncees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="137-Joncées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_joncees_texte" > bonnier_v0_00_joncees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="138-Cyperacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cyperacees_plante" > bonnier_v0_00_cyperacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="138-Cyperacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cyperacees_texte" > bonnier_v0_00_cyperacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="139-Graminées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_graminees_plante" > bonnier_v0_00_graminees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="139-Graminées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_graminees_texte" > bonnier_v0_00_graminees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="140-Abietinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_abietinees_plante" > bonnier_v0_00_abietinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="140-Abietinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_abietinees_texte" > bonnier_v0_00_abietinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="141-Cupressinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cupressinees_plante" > bonnier_v0_00_cupressinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="141-Cupressinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_cupressinees_texte" > bonnier_v0_00_cupressinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="142-Taxinées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_taxinees_plante" > bonnier_v0_00_taxinees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="142-Taxinées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_taxinees_texte" > bonnier_v0_00_taxinees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="143-Gnetacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_gnetacees_plante" > bonnier_v0_00_gnetacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="143-Gnetacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_gnetacees_texte" > bonnier_v0_00_gnetacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="144-Fougères-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_fougeres_plante" > bonnier_v0_00_fougeres_plante.sql
perl xls2sql.pl file="144-Fougères-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_fougeres_texte" > bonnier_v0_00_fougeres_texte.sql
perl xls2sql.pl file="145-Ophioglossées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ophioglossees_plante" > bonnier_v0_00_ophioglossees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="145-Ophioglossées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_ophioglossees_texte" > bonnier_v0_00_ophioglossees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="146-Marsiliacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_marsiliacees_plante" > bonnier_v0_00_marsiliacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="146-Marsiliacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_marsiliacees_texte" > bonnier_v0_00_marsiliacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="147-Equisétacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_equisetacees_plante" > bonnier_v0_00_equisetacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="147-Equisétacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_equisetacees_texte" > bonnier_v0_00_equisetacees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="148-Isoétées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_isoetees_plante" > bonnier_v0_00_isoetees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="148-Isoétées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_isoetees_texte" > bonnier_v0_00_isoetees_texte.sql
perl xls2sql.pl file="149-Lycopodiacées-Plante.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lycopodiacees_plante" > bonnier_v0_00_lycopodiacees_plante.sql
perl xls2sql.pl file="149-Lycopodiacées-Texte.xls" skip=0 table="bonnier_v0_00_lycopodiacees_texte" > bonnier_v0_00_lycopodiacees_texte.sql
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bonnier/shell/xls2sql.pl
New file
0,0 → 1,205
#!/usr/bin/perl
 
# $Date: 2005/10/19 10:14:00 $
 
# Excel to SQL statements translator.
# Needs the Spreadsheet::ParseExcel module from CPAN
#
# Example usage:
#
# xls2sql.pl help
# xls2sql.pl file=6960_TS_Bressanone_Brixen.xls \
# coldefs="year INTEGER,MEAN1 DOUBLE PRECISION,MEAN2 DOUBLE PRECISION,MEAN3 DOUBLE PRECISION"
#
# Released under GPLv2.0
# by Daniel Calvelo Aros (dca@users.sf.net)
#
# few modifications by MN (why not reading 'Learning Perl' O'Reilly book)
 
#use strict;
use English;
use Spreadsheet::ParseExcel;
# gparser-like options:
# option label => [ref to var to hold opt value, "description", default value or undef for no default]
%gopts = ( file => [\$file, "Name of input excel spreadsheet file", undef],
skip => [\$skip, "Number of rows to skip at the beginning of sheet", 0],
table => [\$tablename,"Name of output table", "mytable"],
rows => [\$nrows, "Number of rows to extract", undef],
sheet => [\$sheetn, "Sheet number to convert from the workbook, counting from 1", 1],
coldefs=> [\$coldefs, "Column definitions as in SQL", "auto"],
nodata => [\$nodata, "No data character(s) used in the Excel table", ""],
help => [\$help, "Help, of course", undef],
debug => [\$DEBUG, "Debugging flag, for developers only", 0]);
#function defined below:
&parse_opts();
 
#-- Open and look for obvious errors
my $wkbk =
Spreadsheet::ParseExcel::Workbook->Parse($file);
if( !defined $wkbk->{Worksheet}) {die "Error:couldn't parse file $file\n"}
my($iR, $iC, $sheet, $ncols, $roffset, $rsize);
$sheet = @{$wkbk->{Worksheet}}[--$sheetn]; #-- Numbering starts at 1 for the user
$ncols = $sheet->{MaxCol} or die "Error:the specified sheet $sheetn does not contain data\n";
$ncols -= $sheet->{MinCol} if defined $sheet->{MinCol} ;
$roffset = $sheet->{MinRow}-1;
$rsize = $sheet->{MaxRow} - $sheet->{MinRow};
die "Error:the specified worksheet seems to contain only one line\n" if $rsize == 0;
$roffset += $skip;
$lastrow = ( defined $nrows
? $nrows + $roffset -1
: $sheet->{MaxRow} );
die "Invalid skip option: the sheet only has $rsize rows" if $roffset >= $rsize - 1;
my (@types, @sqltypes, @firstrow, @titlerow);
 
if($coldefs ne "auto"){
#-- We have user-defined column definitions
#-- Check them
$coldefs =~ s/^\s*//;
$coldefs =~ s/\s*$//;
@defs = split ",", $coldefs;
foreach $i (0..$#defs){
($colname, $typedef) = split /\s+/,$defs[$i],2;
die "Column specification $i: can't parse SQL type definition '$typedef' (should be INTEGER, DOUBLE PRECISION, CHAR).\n" if $typedef !~ /INTEGER|DOUBLE PRECISION|CHAR/i;
die "Column name '$colname' for column $i contains spurious characters (no spaces permitted in list).\n" if $colname !~ /[a-zA-Z][a-zA-Z_0-9]*/;
push @sqltypes, $typedef;
push @titles, $colname;
}
}else{
#-- Inspect file for types:
#-- First estimate initial types from the first row of data
@firstrow = @{$sheet->{Cells}[$roffset+1]};
@types = map { $_->{Type}} @firstrow;
%cvt = (Text=>'CHAR',Numeric=>'INTEGER',Date=>'DOUBLE');
@sqltypes = map { $cvt{$_} } @types;
@lens = map { 0 } @types;
print STDERR "\nTypes:", join ";", @types if $DEBUG;
print STDERR "\nInitial sqltypes:", join ";", @sqltypes if $DEBUG;
#-- Then adjust widths and numeric type from the data
for(my $iR = $roffset ; $iR <= $lastrow ; $iR++) {
for(my $iC = $sheet->{MinCol} ;$iC <= $sheet->{MaxCol} ; $iC++) {
$cell = $sheet->{Cells}[$iR][$iC];
next if !defined $cell;
$cellvalue = $cell->Value;
if($types[$iC] eq 'Text'){
$thislength = length( $cellvalue );
$lens[$iC] = $thislength if $thislength > $lens[$iC];
}else{
if( $cellvalue =~ /[\.,]/ ){
$sqltypes[$iC] = 'DOUBLE PRECISION';
}
if( $cellvalue =~ /[a-df-z]/ ){
$sqltypes[$iC] = 'CHAR'; $lens[$iC] = length( $cellvalue);
}
}
}
}
foreach $i (0..$#sqltypes){
if( $sqltypes[$i] eq 'CHAR' ){
$sqltypes[$i] .= "($lens[$i])";
}
}
print STDERR "\nAdjusted sqltypes:", join ";", @sqltypes if $DEBUG;
 
#-- Generate field names from the title row
@titlerow = @{$sheet->{Cells}[$roffset]};
print STDERR "\nTitlerow:", join ";", map { defined $_ ? $_->Value : "" } @titlerow if $DEBUG;
$varname = "V000";
@titles = map {
/^[^a-zA-Z]/ ? $varname++ : $_
} map {
if( defined $_ && length > 0 ) {$_=$_->Value;y/a-z/A-Z/;s/[^a-zA-Z_0-9]/_/g}
else { $_=$varname++ }
$_;
} @titlerow;
map { $istitle{$_}++ } @titles;
foreach $i (reverse 0..$#titles){
if( $istitle{$titles[$i]} > 1){
$titles[$i] .= --$istitle{$titles[$i]};
}
}
while( $#titles < $ncols ){ #Missing titles, according to the size of the sheet
push @titles, $varname++;
push @sqltypes, "CHAR(32)";
}
print STDERR "\nTitles:" ,join ";", @titles if $DEBUG;
print STDERR "\n" if $DEBUG;
}
 
#-- Write out
print "CREATE TABLE $tablename (";
print join ",", map {"$titles[$_] $sqltypes[$_]"} (0..$#titles);
print ");\n";
if($coldefs eq "auto"){
$lastcol = $sheet->{MaxCol};
}else{
$lastcol = $#sqltypes + $sheet->{MinCol};
foreach $i (reverse 0..$#sqltypes){
$sqltypes[$i + $sheet->{MinCol}] = $sqltypes[$i];
}
}
for(my $iR = $roffset+1 ; $iR <= $lastrow ; $iR++) {
print "INSERT INTO $tablename VALUES(";
print join ",", map {
my $c = $sheet->{Cells}[$iR][$_];
# defined $c ? '"'.&cast($c->Value,$sqltypes[$_]).'"' : NULL
defined $c ? ''.&cast($c->Value,$sqltypes[$_]).'' : NULL
} ($sheet->{MinCol}..$lastcol);
print ");\n"
}
 
sub cast($$){
my ($value, $sqltype) = @_;
if( length($value)>0 ){
if ($value eq $nodata){
$value = "NULL"; # no data coded with char
}else{
if( $sqltype =~ /CHAR\s*\((\d+)\)/i ){
$value =~ s/[\n\r]/ /gm;
$value =~ s/"/\\"/g;
$value =~ s/'/\\'/g;
# $value = substr( $value, 0, $1 );
$value = '\''.substr( $value, 0, $1 ).'\'';
}elsif( $sqltype =~ /DOUBLE PRECISION/i ){
$value += 0;
}elsif( $sqltype =~ /INTEGER/i ){
$value = int $value;
}else{
die "Unknown SQL type '$sqltype'; can't typecast '$value' to that type.\n";
}
}
}else{
$value = "NULL"; # no data
}
}
 
sub parse_opts(){
for $o (sort keys %gopts){
if( defined $gopts{$o}[2] ){
${$gopts{$o}[0]} = $gopts{$o}[2];
}
for $arg (@ARGV){
$arg =~ /^\Q$o\E(?:\s*=\s*(.+)$)?/;
if( length($1)>0 ){
${$gopts{$o}[0]} = $1;
}elsif( $& ){
${$gopts{$o}[0]} = 1;
}
}
}
if($help){
select STDERR;
print "\n$PROGRAM_NAME : extract sheets from an excel workbook and\n";
print "produce SQL statements that create the database\n";
print "\nArguments (use grass style, i.e. arg=value):\n";
foreach (keys %gopts){ $longest = $longest < length() ? length() : $longest }
foreach $arg (grep {!/help/} keys %gopts){
print " $arg".(" "x($longest+2-length $arg));
print $gopts{$arg}[1];
print " (default: ".$gopts{$arg}[2].")" if defined $gopts{$arg}[2];
print "\n";
}
select STDOUT;
die "\n";
}
}
 
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bonnier/shell/charger_sql.sh
New file
0,0 → 1,149
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/001-Renonculacees" -table renonculacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/002-Berberidees" -table berberidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/003-Nympheacees" -table nympheacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/004-Papaveracees" -table papaveracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/005-Fumariacees" -table fumariacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/006-Cruciferes" -table cruciferes
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/007-Capparidees" -table capparidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/008-Cistinees" -table cistinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/009-Violariees" -table violariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/010-Resedacees" -table resedacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/011-Droseracees" -table droseracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/012-Polygalees" -table polygalees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/013-Frankeniacees" -table frankeniacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/014-Caryophyllees" -table caryophyllees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/015-Elatinees" -table elatinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/016-Linees" -table linees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/017-Tiliacees" -table tiliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/018-Malvacees" -table malvacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/019-Geraniees" -table geraniees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/020-Hypericinees" -table hypericinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/021-Acerinees" -table acerinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/022-Ampelidees" -table ampelidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/023-Hippocastanees" -table hippocastanees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/024-Meliacees" -table meliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/025-Balsaminees" -table balsaminees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/026-tablexalidees" -table oxalidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/027-Zygophyllees" -table zygophyllees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/028-Hesperidees" -table hesperidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/029-Rutacees" -table rutacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/030-Coriariees" -table coriariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/031-Celastrinees" -table celastrinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/032-Staphyleacees" -table staphyleacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/033-Ilicinees" -table ilicinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/034-Rhamnees" -table rhamnees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/035-Terebinthacees" -table terebinthacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/036-Papilionacees" -table papilionacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/037-Cesalpiniees" -table cesalpiniees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/038-Rosacees" -table rosacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/039-Granatees" -table granatees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/040-tablenagrariees" -table onagrariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/041-Myriophyllees" -table myriophyllees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/042-Hippuridees" -table hippuridees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/043-Callitrichinees" -table callitrichinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/044-Ceratophyllees" -table ceratophyllees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/045-Lythrariees" -table lythrariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/046-Philadelphees" -table philadelphees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/047-Tamariscinees" -table tamariscinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/048-Myrtacees" -table myrtacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/049-Cucurbitacees" -table cucurbitacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/050-Portulacees" -table portulacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/051-Paronychiees" -table paronychiees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/052-Crassulacees" -table crassulacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/053-Cactees" -table cactees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/054-Ficoïdees" -table ficoïdees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/055-Grossulariees" -table grossulariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a charger -dossier "menus/056-Saxifragees" -table saxifragees
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Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
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/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/090-tablerobanchees" -table orobanchees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/091-Labiees" -table labiees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/092-Acanthacees" -table acanthacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/093-Verbenacees" -table verbenacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/094-Plantaginees" -table plantaginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/095-Plombaginees" -table plombaginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/096-Globulariees" -table globulariees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/097-Phytolaccees" -table phytolaccees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/098-Amarantacees" -table amarantacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/099-Salsolacees" -table salsolacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/100-Polygonees" -table polygonees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/101-Daphnoidees" -table daphnoidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/102-Laurinees" -table laurinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/103-Santalacees" -table santalacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/104-Eleagnees" -table eleagnees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/105-Cytinees" -table cytinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/106-Aristolochiees" -table aristolochiees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/107-Empetrees" -table empetrees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/108-Euphorbiacees" -table euphorbiacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/109-Morees" -table morees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/110-Ficacees" -table ficacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/111-Celtidees" -table celtidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/112-Ulmacees" -table ulmacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/113-Urticees" -table urticees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/114-Cannabinees" -table cannabinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/115-Juglandees" -table juglandees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/116-Cupuliferes" -table cupuliferes
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/117-Salicinees" -table salicinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/118-Platanees" -table platanees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/119-Betulinees" -table betulinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/120-Myricees" -table myricees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/121-Alismacees" -table alismacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/122-Butomees" -table butomees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/123-Colchicacees" -table colchicacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/124-Liliacees" -table liliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/125-Dioscorees" -table dioscorees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/126-dossierridees" -table iridees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/127-Amaryllidees" -table amaryllidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/128-tablerchidees" -table orchidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/129-Hydrocharidees" -table hydrocharidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/130-Joncaginees" -table joncaginees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/131-Potamees" -table potamees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/132-Naiadees" -table naiadees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/133-Zosteracees" -table zosteracees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/134-Lemnacees" -table lemnacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/135-Aroidees" -table aroidees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/136-Typhacees" -table typhacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/137-Joncees" -table joncees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/138-Cyperacees" -table cyperacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/139-Graminees" -table graminees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/140-Abietinees" -table abietinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/141-Cupressinees" -table cupressinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/142-Taxinees" -table taxinees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/143-Gnetacees" -table gnetacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/144-Fougeres" -table fougeres
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/145-tablephioglossees" -table ophioglossees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/146-Marsiliacees" -table marsiliacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/147-Equisetacees" -table equisetacees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/148-dossiersoetees" -table isoetees
/opt/lampp/bin/php ../../../script.php bonnier -p bonnier -a html -dossier "menus/149-Lycopodiacees" -table lycopodiacees
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/bonnier/bonnier.ini
New file
0,0 → 1,20
; Encodage : UTF-8
; Exemple de fichier de configuration d'un projet
; Les commentaires commencent par ';', comme dans php.ini
 
; Indique le nom du projet
projet_nom = bonnier
; Indique le nombre sur un chiffre de la version du projet
version = 0
; Indique le nombre sur deux chiffres de la sous version du projet
sous_version = 00
; Indique la date de début de cette version du projet
date_debut = "2009-12-11 00:00:00"
; Indique la date de fin de cette version du projet
date_fin = NULL
; Indique le chemin où les fichier html vont être générés
chemin_fichier_sortie = "php:'/home/'.'david'.'/Bureau/bonnierhtml/'"
; Indique le chemin où trouver le fichier du projet contenant les données à charger puis standardiser
chemin_fichier_tab = "php:'/home/'.'david'.'/Bureau/bonnierhtml/'"
; Indique le chemin où stocker le fichier de log
log_chemin = "php:'/home/'.'david'.'/Bureau/bonnierhtml/'"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/config.ini
New file
0,0 → 1,12
; Base de données contenant les infos provenant d'OSM
bdd_osm_nom = "tb_osm"
 
; Ajouter les nouvelles version à la suite dans versions et versionsDonnees.
version = "2.0"
dossierSql = "{ref:dossierDonneesEflore}osm/"
 
[fichiers]
structureSql = "osm_v{ref:version}.sql"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:version}/{ref:fichiers.structureSql}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/Osm.php
New file
0,0 → 1,65
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* 1. Création de la base de données :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a communes -m manuel -v 3
*
* @category php 5.4
* @package DEL
* @subpackage Scripts
* @author Aurélien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2012, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license CeCILL v2 http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt
* @license GNU-GPL http://www.gnu.org/licenses/gpl.html
*/
class Osm extends EfloreScript {
 
const PROJET_NOM = 'osm';
 
protected $parametres_autorises = array(
'-m' => array(false, 'auto', 'Mode «auto» ou «manuel». En manuel, les compteurs dans les boucles sont affichés.'));
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet(self::PROJET_NOM);
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'cm' :
case 'cmCreer' :
case 'cmSupprimer' :
$script = $this->chargerClasse('FranceCommunes');
$script->executer();
break;
case 'za' :
case 'zaCreer' :
case 'zaCorriger' :
case 'zaMajIdZG' :
case 'zaSupprimer' :
$script = $this->chargerClasse('ZonesAdmin');
$script->executer();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
print "\n";// Pour ramener à la ligne en fin de script
}
 
protected function initialiserProjet($projetNom) {
$this->projetNom = $projetNom;
}
 
private function chargerClasse($classe) {
require_once $classe.'.php';
$conteneur = new Conteneur($this->parametres);
return new $classe($conteneur);
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/shell/carto-osm-service.sh
New file
0,0 → 1,41
#!/bin/sh
#/etc/rc.d/init.d/
#
# Jean-Pascal MILCENT & Mohcen BENMOUNAH [19 juillet 2011]
# Service de lancement des scripts d'integration des donnees OSM pour le service de Geocadage Inverse
#
case "$1" in
 
start)
 
echo "Demarrage de carto-osm-cron :"
nohup /usr/local/sbin/carto-osm-cron 1>/dev/null 2>/dev/null &
 
;;
 
stop)
 
echo "Arret de carto-osm-cron"
PID=`ps -eaf | grep carto-osm-cron | grep -v grep | tr -s ' ' | cut -d' ' -f2 | head -n1`
kill -9 ${PID}
 
;;
 
status)
 
echo -n "Voici les PID du processus carto-osm-cron :"
PID=`ps -eaf | grep carto-osm-cron | grep -v grep | tr -s ' ' | cut -d' ' -f2 | head -n1`
echo ${PID}
 
;;
 
 
*)
 
echo "Usage: {start|stop|status}"
 
exit 1
 
;;
 
esac
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/shell/carto-osm-cron.sh
New file
0,0 → 1,30
#!/bin/bash
#
# Mohcen BENMOUNAH & Jean-Pascal MILCENT [19 juillet 2011]
# /etc/init.d/carto-osm : demarage/arrete/etat du cron de l'integration des donnees OSM pour le Geocodage Inverse (carto-osm)
# Lancement toutes les semaines le samedi matin après 3h00
 
while true
do
JOUR=$(date "+%u")
# Si nous sommes samedi (=6)
if [ $JOUR -eq 6 ] ; then
HEURE=$(date "+%H")
# Si nous sommes à 3 heures du matin
if [ $HEURE -eq 3 ] ; then
logger "carto-osm-maj : lancement script"
sudo -u telabotap /usr/local/sbin/carto-osm-maj
logger "carto-osm-maj : arret script"
# Nous retenterons de vérifier jour et heure dans 6 jours
sleep 6d
else
# Tentative toutes les heures
logger "carto-osm-maj : tentative heure $HEURE"
sleep 1h
fi
else
# Tentative tous les jours
logger "carto-osm-maj : tentative jour $JOUR"
sleep 1d
fi
done
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/shell/carto-osm-maj.sh
New file
0,0 → 1,91
#!/bin/bash
#
# Script de lancement de l'integration des donnees OSM pour le geocodage inverse
# Mohcen BENMOUNAH & Jean-Pascal MILCENT [19 juillet 2011]
#
ageEnSeconde(){ expr `date +%s` - `stat -c %Y $1`; };
 
if [ -f config.cfg ] ; then
source config.cfg
echo $DATE;
else
echo "Veuillez paramétrer le script en renommant le fichier 'config.defaut.cfg' en 'config.cfg'."
exit;
fi
 
echo "Export de l'emplacement du binaire Java dans la variable d'environnement JAVACMD";
export JAVACMD="$CHEMIN_JAVA"
 
echo "Export de l'emplacement du dossier tmp pour Osmosis"
export JAVACMD_OPTIONS="-Djava.io.tmpdir=$OSMOSIS_DOSSIER_TMP -Xmx4G"
 
if [ ! -f "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_OSM" ] || [ `ageEnSeconde "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_OSM"` -gt 86000 ] ; then
echo "Téléchargement du nouveau fichier PBF ...";
wget $URL_FICHIER_OSM -O "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_OSM"
else
echo "Fichier $FICHIER_OSM existant à moins d'un jour.";
fi
 
if [ ! -f "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_NEW" ] || [ `ageEnSeconde "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_NEW"` -gt 86000 ] ; then
echo "Filtrage du fichier en cours ...";
$CHEMIN_OSMOSIS \
-v \
--read-pbf-fast "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_OSM" workers=6 \
--tf accept-relations admin_level=8 \
--tf accept-relations type=boundary \
--tf accept-relations ref:INSEE=* \
--used-way \
--used-node \
--wx "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_NEW"
fi
 
HEURE_DEBUT=`date +"%F %X"`;
echo "Début éxecution scripts php : $HEURE_DEBUT";
 
if [ ! -f "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_OLD" ] ; then
echo "Création des tables osm en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a chargerStructureSql -v $VERBOSITE > $FICHIER_LOG
 
echo "Analyse du fichier osm en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a analyser -v $VERBOSITE -f "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_NEW" >> $FICHIER_LOG
else
echo "Suppression du fichier DIFF existant en cours ...";
rm -f "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_DIFF"
 
echo "Déduction de la différence en cours ...";
$CHEMIN_OSMOSIS\
--read-xml file="$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_NEW" \
--read-xml file="$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_OLD" \
--derive-change \
--write-xml-change file="$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_DIFF"
 
echo "Début de la mise à jour de base ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php mise_a_jour -a MAJ -f "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_DIFF" > $FICHIER_LOG
fi
 
echo "Renommage du fichier NEW en OLD en cours ...";
mv "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_NEW" "$DOSSIER_OSM/$FICHIER_ZG_OLD" >> $FICHIER_LOG
 
echo "Traitement de l'ordre en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a ordre -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
echo "Remplissage des polygones en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a polygone -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
echo "Remise de l'ordre à zéro en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a zero -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
echo "Traitement de l'ordre des polygones incomplets en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a ordonnerPolygoneInc -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
echo "Remplissage des polygones incomplets en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a remplirPolygoneInc -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
echo "Renommage des polygones incomplets en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a renommer -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
echo "Definition des centroïdes en cours ...";
$CHEMIN_PHP -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT_PHP $CHEMIN_SCRIPT/cli.php osm -a centre -v $VERBOSITE >> $FICHIER_LOG
 
HEURE_FIN=`date +"%F %X"`;
echo "Fin éxecution scripts php : $HEURE_FIN";
Property changes:
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/shell/config.defaut.cfg
New file
0,0 → 1,26
# Binaires
CHEMIN_JAVA="/usr/local/jre/bin/java"
CHEMIN_PHP="/usr/local/php/5.5/bin/php"
CHEMIN_SCRIPT="/home/apitela/www/scripts/eflore"
 
# Dossiers, fichiers & urls
# Pour tester : http://download.geofabrik.de/europe/france/languedoc-roussillon-latest.osm.pbf
URL_FICHIER_OSM="http://download.geofabrik.de/europe/france-latest.osm.pbf"
DOSSIER_OSM="/home/jpm/web/eflore/eflore-projets/donnees/osm"
FICHIER_OSM="fr.osm.pbf"
FICHIER_ZG_NEW="fr_communes_new.osm"
FICHIER_ZG_OLD="fr_communes_old.osm"
FICHIER_ZG_DIFF="fr_communes_diff.osm"
 
# Osmosis
CHEMIN_OSMOSIS="/usr/local/sbin/osmosis-0.43.1/bin"
OSMOSIS_DOSSIER_TMP="$DOSSIER_OSM/tmp"
 
# Logs
VERBOSITE=3
DATE=`date +"%F"`
CHEMIN_LOG="$DOSSIER_OSM/logs"
FICHIER_LOG="$CHEMIN_LOG/analyse_${DATE}.log"
 
# Paramètres PHP
MEMORY_LIMIT_PHP="8000M"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/shell
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+config.cfg
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/PolygoneCreateur.php
New file
0,0 → 1,143
<?php
/**
* Traitement de l'ordre :
*
* Fonction qui rajoute l'ordre et le sens de chaque way d'une relation dans la table `osm_relation_a_chemins`
*
* Exemple de lancement du script :
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=8000M cli.php osm -a ordre -m manuel
*
*/
class PolygoneCreateur {
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
/**
* Fonction qui parcourt tous les ways les noeuds de chaque relation en prenant en considération l'ordre et
* le sens de chaque ways concaténés ensemble (séparés par des virgules). Update du champ polygone de chaque
* relation dans la table `osm_relations`
*/
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->conteneur->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'polygone' :
$this->genererPolygones();
break;
case 'centre' :
$this->mettreAJourCentroide();
break;
case 'zero' :
$this->remettreOrdreAZero();
break;
default :
$msgTpl = "Erreur : la commande '%s' n'est pas prise en compte par la classe %s !";
$msg = sprintf($msgTpl, $cmd, get_class($this));
throw new Exception($msg);
}
print "\n";// Pour ramener à la ligne en fin de script
}
 
private function genererPolygones() {
$relations = $this->getRelations();
foreach ($relations as $relation) {
$chemins = $this->getChemins($relation['id_relation']);
$noeuds = array();
foreach ($chemins as $chemin) {
$noeuds = array_merge($noeuds, $this->getNoeuds($chemin['id_chemin'], $chemin['sens']));
}
$this->creerPolygone($relation, $noeuds);
 
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->afficherAvancement("Création du polygone pour la relation : ", 1);
}
}
}
 
private function getRelations() {
$requete = 'SELECT id_relation, nom, code_insee '.
'FROM osm_relations '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$relations = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $relations;
}
 
private function getChemins($idRelation) {
$requete = 'SELECT id_chemin, sens '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation ".
'ORDER BY ordre '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$chemins = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $chemins;
}
 
private function getNoeuds($idChemin, $sens) {
$tri = ($sens == 'directe') ? 'ASC' : 'DESC';
$requete = 'SELECT NLL.id_noeud, NLL.lat, NLL.`long` '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds AS WN '.
' INNER JOIN osm_noeuds AS NLL ON (WN.id_noeud = NLL.id_noeud) '.
"WHERE WN.id_chemin = $idChemin ".
"ORDER BY WN.ordre $tri ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$noeuds = $this->bdd->recupererTous($requete);
$latLng = array();
foreach ($noeuds as $noeud) {
$latLng[] = $noeud['lat'].' '.$noeud['long'];
}
return $latLng;
}
 
private function creerPolygone($relation, $noeuds) {
$polygone = implode(', ', $noeuds);
$idRelation = $relation['id_relation'];
$nomCommuneP = $this->bdd->proteger($relation['nom']);
$InseeP = $this->bdd->proteger($relation['code_insee']);
$note = ($noeuds[0] == $noeuds[count($noeuds) - 1]) ? 'Polygone complet' : 'Polygone incomplet';
 
$requete = 'REPLACE INTO osm_communes (id_relation, nom, code_insee, polygone, notes ) '.
"VALUES ($idRelation, $nomCommuneP, $InseeP, ".
"POLYFROMTEXT('MULTIPOLYGON ((($polygone)))'), '$note') ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
unset($polygone);
 
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
/**
* Pour chaque commune, renseigne le champe "centre" avec un point centroïde du polygone (si non null).
*/
private function mettreAJourCentroide() {
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
'SET centre = CENTROID(polygone) '.
"WHERE polygone IS NOT NULL ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$retour = $this->bdd->requeter($requete);
$this->messages->traiterInfo("Nombre de centroïde mis à jour : ".$retour->rowCount());
}
 
/**
* Pour chaque commune, remet à zéro l'ordre des chemins si le polygone est incomplet.
*/
private function remettreOrdreAZero() {
$sousRequeteRelations = 'SELECT DISTINCT id_relation '.
'FROM osm_communes '.
"WHERE notes = 'Polygone incomplet' ";
 
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
'SET ordre = NULL '.
"WHERE id_relation IN ($sousRequeteRelations) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$retour = $this->bdd->requeter($requete);
$this->messages->traiterInfo("Nombre de chemins remis à zéro : ".$retour->rowCount());
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/PolygoneReparateur.php
New file
0,0 → 1,300
<?php
/**
* Réparation des polygones incomplets :
*
* Exemple de lancement du script :
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=8000M cli.php osm -a ordonnerPolygoneInc -m manuel -v 3
*
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=8000M cli.php osm -a remplirPolygoneInc -m manuel -v 3
*
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=8000M cli.php osm -a renommer -m manuel -v 3
*
*/
class PolygoneReparateur {
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
/**
* Fonction qui parcourt tous les ways les noeuds de chaque relation en prenant en considération l'ordre et
* le sens de chaque ways concaténés ensemble (séparés par des virgules). Update du champ polygone de chaque
* relation dans la table `osm_relations`
*/
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->conteneur->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'ordonnerPolygoneInc' :
$this->ordonnerRelationsAuPolygoneIncomplet();
break;
case 'remplirPolygoneInc' :
$this->remplirRelationsAuPolygoneIncomplet();
break;
case 'renommer' :
$this->renommerEnPolygoneIncomplet();
break;
default :
$msgTpl = "Erreur : la commande '%s' n'est pas prise en compte par la classe %s !";
$msg = sprintf($msgTpl, $cmd, get_class($this));
throw new Exception($msg);
}
print "\n";// Pour ramener à la ligne en fin de script
}
 
/**
* Fonction qui récupère les relations des polygones incomplets et appelle pour chaque relation la fonction
* ordonnerPolygoneIncomplet($ordre,$tour,$idRelation,$nombrePolygone)
*/
private function ordonnerRelationsAuPolygoneIncomplet() {
$relations = $this->getRelationsAuPolygoneIncomplet();
foreach ($relations as $relation) {
$idRelation = $relation['id_relation'];
$this->ordonnerCheminsMultiPolygone($idRelation);
 
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->afficherAvancement("Réparation du polygone incomplet : ", 1);
}
}
}
 
/**
* Fonction récursive qui exécute la même tâche que la fonction ordonnerWays() pour chaque polygone d'un
* multipolygone et remplie le champ NbPoly dans la table `osm_relation_a_chemins` qui correspond au nombre de polygone fermé
* dans le multipolygone
*/
private function ordonnerCheminsMultiPolygone($idRelation, $numPolygone = 1, $ordre = 1, $tour = 1) {
$chemins = $this->getChemins($idRelation);
$nbreCheminsTotal = count($chemins);
 
// premier élément du tableau
$idPremierChemin = $chemins[0]['id_chemin'];
$idChemin = $idPremierChemin;
 
$this->mettreAJourChemin($idRelation, $idPremierChemin, $ordre, 'directe', $numPolygone);
//selection dernier noeud
$nodes = $this->getNoeuds($idPremierChemin);
$nombreNodes = count($nodes);
$premierNoeud = $nodes[0]['id_noeud'];
$dernierNoeud = $nodes[$nombreNodes - 1]['id_noeud'];
$noeudActuel = $dernierNoeud;
 
//Condition pour laquelle la boucle while continue à tourner; tant que le premier noeud du polygone n'est
//égale au dernier et tant qu'il reste des ways à gérer
while (($premierNoeud != $noeudActuel) && (($ordre % 1000) < $nbreCheminsTotal)) {
//select le way qui possède le dernier noeud du précédent way et écarter l'actuel
$ordre++;
 
$chemins = $this->getCheminsAOrdonner($idRelation, $idChemin, $noeudActuel);
if (isset($chemins[0])) {
$idChemin = $chemins[0]['id_chemin'];
$nodes = $this->getNoeuds($idChemin);
$nombreNodes = count($nodes);
if (strcmp($nodes[0]['id_noeud'], $noeudActuel ) == 0) {
$sens = 'directe';
$noeudActuel = $nodes[$nombreNodes-1]['id_noeud'];
} else {
$sens = 'indirecte';
$noeudActuel = $nodes[0]['id_noeud'];
}
$this->mettreAJourChemin($idRelation, $idChemin, $ordre, $sens, $numPolygone);
}
}
$ordre = 1000 * $tour; //différencier chaque polygone: pour chaque polygone on a un multiple de mille
if ($this->getNombreChemins($idRelation) != 0) {
//appelle de la méthode récursivement
$this->ordonnerCheminsMultiPolygone($idRelation, ++$numPolygone, $ordre, ++$tour);
}
}
 
private function getRelationsAuPolygoneIncomplet() {
$requete = 'SELECT id_relation '.
'FROM osm_communes '.
"WHERE notes = 'Polygone incomplet' ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$relations = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $relations;
}
 
private function getChemins($idRelation) {
$requete = 'SELECT id_chemin '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND ordre IS NULL ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$chemins = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $chemins;
}
/**
* Select des ways qui n'ont pas été ordonnés: on obtient à chaque itération les ways qui restent à ordonner
*/
private function getCheminsAOrdonner($idRelation, $idChemin, $idNoeud) {
$requete = 'SELECT cn.id_chemin '.
'FROM osm_relation_a_chemins AS rc '.
' INNER JOIN osm_chemin_a_noeuds AS cn ON (rc.id_chemin = cn.id_chemin) '.
"WHERE cn.id_noeud = $idNoeud ".
"AND cn.id_chemin != $idChemin ".
"AND rc.id_relation = $idRelation ".
"AND rc.ordre IS NULL ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$chemins = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $chemins;
}
 
private function getNoeuds($idChemin) {
$requete = 'SELECT id_noeud '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds '.
"WHERE id_chemin = $idChemin ".
'ORDER BY ordre '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$noeuds = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $noeuds;
}
 
private function getNombreChemins($idRelation) {
$requete = 'SELECT COUNT(id_chemin) AS nbre '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation ".
'AND ordre = 0 '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$infos = $this->bdd->recuperer($requete);
return $infos['nbre'];
}
 
private function mettreAJourChemin($idRelation, $idChemin, $ordre, $sens, $nbrePoly) {
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET ordre = '$ordre', sens = '$sens', num_poly = $nbrePoly ".
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND id_chemin = $idChemin ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
/**
* Fonction qui récupère les relations des polygones incomplets et appelle pour chaque relation la fonction
* remplirPolygoneIncomplet($idRelation);
*/
private function remplirRelationsAuPolygoneIncomplet() {
$relations = $this->getRelationsAuPolygoneIncomplet();
foreach ($relations as $relation) {
$this->remplirPolygoneIncomplet($relation['id_relation']);
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->afficherAvancement("Création du polygone incomplet : ", 1);
}
}
}
 
/**
* Fonction qui exécute la même tâche que la fonction remplirPolygone() pour chaque polygone d'un multipolygone
* et renvoie un tableau MultiPolygone[] où chaque case contient un polygone fermé. Puis met à jour le polygone
* de la commune.
*/
private function remplirPolygoneIncomplet($idRelation) {
// Tableau multipolygone qui contient tous les polygones d'un multipolygone
$multiPolygone = array();
// Tableau roles qui contient les différents roles des chemins de la relation
$roles = array();
// Sélectionner le nombre de polygones qui existe dans un multipolygone
$nbPoly = $this->getNombrePoly($idRelation);
//boucle for qui parcourt chaque polygone du multipolygone
for ($numPoly = 1; $numPoly <= $nbPoly; $numPoly++) {
$polygone = array();
$chemins = $this->getCheminsParPolygone($idRelation, $numPoly);
foreach ($chemins as $chemin) {
$role = $chemin['role'];
$roles[$role] = (isset($roles[$role])) ? $roles[$role]++ : 1;
$noeuds = $this->getNoeudsPourCheminEtSens($chemin['id_chemin'], $chemin['sens']);
$polygone = array_merge($polygone, $noeuds);
}
$multiPolygone[] = implode(', ', $polygone);
}
$this->mettreAJourMultiPolygone($multiPolygone, $roles, $idRelation, $nbPoly);
}
 
private function getNombrePoly($idRelation) {
$requete = 'SELECT MAX(num_poly) AS num_poly '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$resultat = $this->bdd->recuperer($requete);
return $resultat['num_poly'];
}
 
private function getCheminsParPolygone($idRelation, $numPoly) {
$requete = 'SELECT id_chemin, sens, role '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation = $idRelation ".
"AND num_poly = $numPoly ".
'ORDER BY ordre '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$chemins = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $chemins;
}
 
private function getNoeudsPourCheminEtSens($idChemin, $sens) {
$tri = ($sens == 'directe') ? 'ASC' : 'DESC';
$requete = 'SELECT NLL.id_noeud, NLL.lat, NLL.`long` '.
'FROM osm_chemin_a_noeuds AS WN '.
' INNER JOIN osm_noeuds AS NLL ON (WN.id_noeud = NLL.id_noeud) '.
"WHERE WN.id_chemin = $idChemin ".
"ORDER BY WN.ordre $tri ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$noeuds = $this->bdd->recupererTous($requete);
$latLng = array();
foreach ($noeuds as $noeud) {
$latLng[] = $noeud['lat'].' '.$noeud['long'];
}
return $latLng;
}
 
/**
* Remplie le champ polygone à partir du tableau MultiPolygone
*/
private function mettreAJourMultiPolygone($multiPolygone, $roles, $idRelation, $nbPoly) {
// Présence d'une enclave contenue dans cette entité administrative mais qui appartient à une autre entité administrative
if ((isset($roles['inner']) || isset($roles['enclave']))) {
if ($nbPoly == 2) {
$multiPoly = implode('),(', $multiPolygone);
} else {
$multiPoly = null;
$msgTpl = "La relation '%s' possède plus de 2 polygones de type enclaves.";
$this->messages->traiterErreur($msgTpl, array($idRelation));
}
} else {
// Tous les autres cas
$multiPoly = implode(')),((', $multiPolygone);
}
if (isset($multiPoly)) {
$this->mettreAJourCommune($idRelation, $multiPoly);
}
}
 
private function mettreAJourCommune($idRelation, $multiPoly) {
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
"SET polygone = MPOLYFROMTEXT('MULTIPOLYGON((($multiPoly)))'), ".
"notes = 'Polygone complet' ".
"WHERE id_relation = $idRelation ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
/**
* Renomme la note des polygones vides d'un polygone complet en polygone incomplet
*/
private function renommerEnPolygoneIncomplet() {
$requete = 'UPDATE osm_communes '.
"SET notes = 'Polygone incomplet' ".
"WHERE ASTEXT(polygone) IS NULL ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
 
$retour = $this->bdd->requeter($requete);
$this->messages->traiterInfo("Nombre de polygones définis à incomplet : ".$retour->rowCount());
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/OrdonneurDeChemins.php
New file
0,0 → 1,226
<?php
/**
* Traitement de l'ordre :
*
* Fonction qui rajoute l'ordre et le sens de chaque way d'une relation dans la table `osm_relation_a_chemins`
*
* Exemple de lancement du script :
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=8000M cli.php osm -a ordre -m manuel
*
*/
class OrdonneurDeChemins {
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
private $premierNoeudPolygon = null;
private $infosRel = array();
private $infosNoeuds = array();
private $idRelation = null;
private $idChemin = null;
private $idNoeud = null;
private $ordre = 0;
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
public function executer() {
$relations = $this->getToutesRelationsAChemins();
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->traiterInfo("Nombre de relations : %s", array(count($relations)));
}
foreach ($relations as $relation) {
// Traitement de la relation courante
$this->idRelation = $relation['id_relation'];
 
$this->chargerDonneesRelationActuelle();
 
$numPolygon = 1;
while(count($this->chemins) > 0) {
reset($this->chemins);
$idChemin = key($this->chemins);
echo "--------------POLY : $numPolygon : $idChemin\n";
$this->ordonnerCheminsRelation($numPolygon, $idChemin);
$this->mettreAJourRelationAChemin();
$numPolygon++;
}
 
// Affichage de l'avancement
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->afficherAvancement("Ordone les chemins de la relation : ", 1);
}
}
}
 
private function getToutesRelationsAChemins() {
$requete = 'SELECT DISTINCT id_relation '.
'FROM osm_relation_a_chemins '.
'WHERE id_relation = 403823 '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$relations = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $relations;
}
 
private function chargerDonneesRelationActuelle() {
$requete = 'SELECT cn.id_chemin, cn.id_noeud, cn.ordre '.
'FROM osm_relation_a_chemins AS rc '.
' INNER JOIN osm_chemin_a_noeuds AS cn ON (rc.id_chemin = cn.id_chemin) '.
"WHERE rc.id_relation = {$this->idRelation} ".
"ORDER BY rc.ordre ASC, cn.ordre ASC ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$infos = $this->bdd->recupererTous($requete);
$noeuds = array();
foreach ($infos as $info) {
$noeuds[$info['id_noeud']][$info['id_chemin']] = $info['ordre'];
if (! isset($this->chemins[$info['id_chemin']]) ) {
$this->chemins[$info['id_chemin']]['max'] == info['ordre'];
if ($info['ordre'] == 1) {
$this->chemins[$info['id_chemin']][0] == $info['id_noeud'];
}
} else {
 
}
if (count($noeuds[$info['id_noeud']]) == 2) {
list($premierChemin, $dernierChemin) = array_keys($noeuds[$info['id_noeud']]);
$this->chemins[$premierChemin][] = $info['id_noeud'];
$this->chemins[$dernierChemin][] = $info['id_noeud'];
$this->noeuds[$info['id_noeud']][$premierChemin] = $dernierChemin;
$this->noeuds[$info['id_noeud']][$dernierChemin] = $premierChemin;
}
}
//print_r($this->chemins);exit();
}
 
private function ordonnerCheminsRelation($numPolygon, $idChemin, $idCheminPrecedent = null, $ordre = 1) {
$this->infosRel[$idChemin] = array($ordre, $numPolygon);
 
list($premierNoeud, $dernierNoeud) = $this->chemins[$idChemin];
 
if ($idCheminPrecedent == null) {// Premier chemin à tester
$this->premierNoeudPolygon = $premierNoeud;
$noeudSuivant = ($dernierNoeud == $premierNoeud) ? $premierNoeud : $dernierNoeud;
echo "Chemin $idChemin :: premierNoeud: $premierNoeud, dernierNoeud: $dernierNoeud \n";
} else {
list($premierNoeudPrec, $dernierNoeudPrec) = $this->chemins[$idCheminPrecedent];
unset($this->chemins[$idCheminPrecedent]);
$noeudSuivant = ($dernierNoeudPrec == $dernierNoeud || $premierNoeudPrec == $dernierNoeud) ? $premierNoeud : $dernierNoeud;
echo "Chemin $idChemin :: premierNoeudPrec: $premierNoeudPrec, dernierNoeudPrec: $dernierNoeudPrec, premierNoeud: $premierNoeud, dernierNoeud: $dernierNoeud \n";
}
 
if ($this->premierNoeudPolygon != $noeudSuivant) {
if (isset($this->noeuds[$noeudSuivant][$idChemin])) {
$idCheminSuivant = $this->noeuds[$noeudSuivant][$idChemin];
if (! isset($this->infosRel[$idCheminSuivant])) {
$this->ordonnerCheminsRelation($numPolygon, $idCheminSuivant, $idChemin, ++$ordre);
} else {
$this->messages->traiterAvertissement("Chemins %s déjà pris en comtpe", array($idCheminSuivant));
}
} else {
$this->messages->traiterAvertissement("Relation %s a un polygone incomplet", array($this->idRelation));
}
} else {
unset($this->chemins[$idChemin]);
}
return null;
}
 
private function mettreAJourRelationAChemin() {
if (count($this->infosRel) > 0) {
foreach ($this->infosRel as $idC => $donnees) {
list($ordre, $numPolygon) = $this->bdd->proteger($donnees);
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET sens = $ordre, num_poly = $numPolygon ".
"WHERE id_relation = {$this->idRelation} ".
"AND id_chemin = $idC ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->infosRel = array();
}
}
 
private function creerSet($donnees) {
$values = array();
foreach ($donnees as $infos) {
$infosP = $this->bdd->proteger($infos);
$values[] = implode(',', $infosP);
}
$valuesClause = '('.implode('),(', $values).')';
return $valuesClause;
}
 
private function getIdPremierChemin() {
$idChemin = null;
if (count($this->infosRel) > 0) {
reset($this->infosRel);
$idChemin = key($this->infosRel);
}
return $idChemin;
}
 
private function mettreAJourChemin($sens, $ligne, $fichier = __FILE__) {
$ordre = $this->ordre++;
$requete = 'UPDATE osm_relation_a_chemins '.
"SET ordre = '$ordre', sens = '$sens' ".
"WHERE id_relation = {$this->idRelation} ".
"AND id_chemin = {$this->idChemin} ".
" -- $fichier : $ligne";
$retour = $this->bdd->requeter($requete);
return $retour;
}
 
private function getIdDernierNoeud() {
$idNoeud = false;
if (count($this->infosRel[$this->idChemin]) > 0) {
end($this->infosRel[$this->idChemin]);
$idNoeud = current($this->infosRel[$this->idChemin]);
}
return $idNoeud;
}
 
private function ordonnerChemins() {
foreach ($this->infosRel as $chemin) {
// Selection du chemin qui possède le dernier noeud du précédent chemin et écarter l'actuel
$idCheminSuivant = $this->getIdCheminSuivant();
if ($idCheminSuivant) {
$this->idChemin = $idCheminSuivant;
$idPremierNoeud = $this->getIdPremierNoeud();
$idDernierNoeud = $this->getIdDernierNoeud();
$sens = $this->getSens($idPremierNoeud);
$this->mettreAJourChemin($sens, __LINE__);
$this->idNoeud = ($sens == 'directe') ? $idDernierNoeud : $idPremierNoeud;
}
}
}
 
private function getIdCheminSuivant() {
$idCheminSuivant = false;
if (isset($this->infosNoeuds[$this->idNoeud])) {
$idCheminSuivant = next($this->infosNoeuds[$this->idNoeud]);
//echo $this->idChemin.'-'.$idCheminSuivant."\n".print_r($this->infosNoeuds[$this->idNoeud]); exit();
} else {
$msg = "Impossible de trouver le chemin suivant pour la relation : %s, le chemin %s et le noeud %s";
$this->messages->traiterAvertissement($msg, array($this->idRelation, $this->idChemin, $this->idNoeud));
}
return $idCheminSuivant;
}
 
private function getSens($idPremierNoeud) {
$sens = ( strcmp($idPremierNoeud, $this->idNoeud ) == 0 ) ? 'directe' : 'indirecte';
return $sens;
}
 
private function getIdPremierNoeud() {
$idNoeud = false;
if (count($this->infosRel[$this->idChemin]) > 0) {
reset($this->infosRel[$this->idChemin]);
$idNoeud = current($this->infosRel[$this->idChemin]);
}
return $idNoeud;
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/config.ini
New file
0,0 → 1,9
; Ajouter les nouvelles version à la suite dans versions et versionsDonnees.
version = "1.0"
dossierSql = "{ref:dossierDonneesEflore}osm/"
 
[fichiers]
structureSql = "osm_v{ref:version}.sql"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:version}/{ref:fichiers.structureSql}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/MiseAJour.php
New file
0,0 → 1,417
<?php
/**
* Permet de mettre à jour les contours à partir d'un fichier de diff.
*
* Exemple de lancement du script :
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M cli.php osm -a maj -f fichier_osm_change -e fichier_osm_nouveau
*/
class MiseAJour {
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
private $communes = array();
private $relations_communes = array();
private $relation_a_chemins = array();
private $chemin_a_noeuds = array();
private $noeuds = array();
private $pas = 10000;
private $pas_commune = 1000;
private $elementType = '';
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
/**
* Fonction qui parcourt tous les ways les noeuds de chaque relation en prenant en considération l'ordre et
* le sens de chaque ways concaténés ensemble (séparés par des virgules). Update du champ polygone de chaque
* relation dans la table `osm_relations`
*/
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->conteneur->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'maj' :
$this->mettreAjour();
break;
default :
$msgTpl = "Erreur : la commande '%s' n'est pas prise en compte par la classe %s !";
$msg = sprintf($msgTpl, $cmd, get_class($this));
throw new Exception($msg);
}
print "\n";// Pour ramener à la ligne en fin de script
}
 
/**
* Fonction permettant de traiter et d'analyser le fichier de différence et de mettre à jour la base de données
* en tenant compte des trois cas:Suppression, Création ,modification
*/
private function mettreAjour() {
$lecteur = $this->getLecteurXml();
while ($lecteur->read()) {
if ($lecteur->nodeType == XMLREADER::ELEMENT) {
$this->elementType = $lecteur->localName;
$this->analyserElementXml($lecteur->localName, $lecteur->expand());
}
 
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->afficherAvancement("Analyse de la ligne du fichier de diff OSM : ", 1);
}
}
}
 
private function getLecteurXml() {
$fichierOsm = $this->conteneur->getParametre('f');
$lecteur = new XMLReader();
$ouvertureXmlOk = $lecteur->open($fichierOsm);
if ($ouvertureXmlOk === false) {
$msgTpl = "Impossible d'ouvrir le fichier osm : %s";
$msg = sprintf($msgTpl, $this->conteneur->getParametre('f'));
new Exception($msg);
}
return $lecteur;
}
 
private function analyserElementXml($noeudDom) {
$relations = $noeudDom->getElementsByTagName('relation');
if ($relations->length > 0) {
foreach ($relations as $relation) {
$this->analyserRelation($relation);
$this->traiterRelations();
}
}
 
$ways = $creations->getElementsByTagName('way');
if ($ways->length > 0) {
foreach ($ways as $way) {
$this->analyserWay($way);
$this->traiterCheminANoeuds();
}
}
 
$noeuds = $creations->getElementsByTagName('node');
if ($noeuds->length > 0) {
foreach ($noeuds as $noeud) {
$this->analyserNode($noeud);
$this->traiterNoeuds();
}
}
 
$this->traiterElementsOrphelins();
}
 
private function traiterRelations() {
if (count($this->relation_a_chemins) > $this->pas) {
switch ($this->elementType) {
case 'create' :
$this->insererRelationAChemins();
break;
case 'modify' :
$this->modifierRelationAChemins();
break;
case 'delete' :
$this->supprimerRelationAChemins();
break;
}
}
if (count($this->relations_communes) > $this->pas_commune) {
switch ($this->elementType) {
case 'create' :
$this->insererRelationsCommunes();
break;
case 'modify' :
$this->modifierRelationsCommunes();
break;
case 'delete' :
$this->supprimerRelationsCommunes();
break;
}
}
}
 
private function traiterChemins() {
if (count($this->chemin_a_noeuds) > $this->pas) {
switch ($this->elementType) {
case 'create' :
$this->insererCheminANoeuds();
break;
case 'modify' :
$this->modifierCheminANoeuds();
break;
case 'delete' :
$this->supprimerCheminANoeuds();
break;
}
}
}
 
private function traiterNoeuds() {
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
switch ($this->elementType) {
case 'create' :
$this->insererNoeuds();
break;
case 'modify' :
$this->modifierNoeuds();
break;
case 'delete' :
$this->supprimerNoeuds();
break;
}
}
}
 
private function traiterElementsOrphelins() {
switch ($this->elementType) {
case 'create' :
$this->insererRelationsCommunes();
$this->insererRelationAChemins();
$this->insererCheminANoeuds();
$this->insererNoeuds();
break;
case 'modify' :
$this->modifierRelationsCommunes();
$this->modifierRelationAChemins();
$this->modifierCheminANoeuds();
$this->modifierNoeuds();
break;
case 'delete' :
$this->supprimerRelationsCommunes();
$this->supprimerRelationAChemins();
$this->supprimerCheminANoeuds();
$this->supprimerNoeuds();
break;
}
}
 
/**
* Récupère l'id commune, nom commune et le code INSEE et remplie la table `osm_relations`
*/
private function analyserRelation($relation) {
$relation_id = $relation->getAttribute('id');
$chemins = $relation->getElementsByTagName('member');
foreach ($chemins as $chemin) {
if ($chemin->getAttribute('type') == 'way') { //écarter le noeud centrale
$chemin_id = $chemin->getAttribute('ref');
$role = $chemin->getAttribute('role');//role: null, inner, outer, exclave et enclave.
$this->relation_a_chemins[] = array($relation_id, $chemin_id, $role);
}
}
 
$tags = $relation->getElementsByTagName('tag');
if ($tags->length > 0) {
$this->analyserTags($relation_id, $tags);
}
}
 
private function analyserTags($relation_id, $tags) {
$commune_nom = null;
$commune_insee = null;
foreach ($tags as $tag) {
$tag_cle = $tag->getAttribute('k');
$tag_val = $tag->getAttribute('v');
switch ($tag_cle) {
case 'name' :
$commune_nom = $tag_val;
break;
case 'ref:INSEE' :
$commune_insee = $tag_val;
break;
}
if (!is_null($commune_nom) && !is_null($commune_insee)) {
$this->relations_communes[] = array($relation_id, $commune_nom, $commune_insee);
if (!isset($this->communes[$commune_insee])) {
$this->communes[$commune_insee] = $relation_id;
} else {
$e = "La relation #%s contient déjà le tag ref:INSEE avec la valeur %s.".
"Veuillez corriger la carte OSM.";
$this->traiterErreur($e, array($this->communes[$commune_insee], $commune_insee, $relation_id));
}
break;
}
}
}
 
/**
* Récupère l'id_way et tous les id_node de chaque way et remplie la table `osm_chemin_a_noeuds`
*/
private function analyserWay($way) {
$chemin_id = $way->getAttribute('id');
$noeuds = $way->getElementsByTagName('nd');
$ordre = 0;
foreach ($noeuds as $noeud) {
$noeud_id = $noeud->getAttribute('ref');
$this->chemin_a_noeuds[] = array($chemin_id, $noeud_id, ++$ordre);
}
}
 
/**
* Fonction qui récupère tous les l'id_node et les valeurs(Lat/Lon) correspondantes et remplie la table `osm_noeuds`
*/
private function analyserNode($node) {
$this->noeuds[] = array(
$node->getAttribute('id'),
$node->getAttribute('lat'),
$node->getAttribute('lon')
);
}
 
//Insertion des relations
private function insererRelationsCommunes() {
$requete = 'INSERT INTO osm_relations (id_relation, nom, code_insee) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relations_communes).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
$this->relations_communes = array();
}
 
//Insertion des relations à chemins
private function insererRelationAChemins() {
$requete = 'INSERT INTO osm_relation_a_chemins (id_relation, id_chemin, role) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relation_a_chemins).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
//Insertion des chemins à noeuds
private function insererCheminANoeuds() {
$requete = 'INSERT INTO osm_chemin_a_noeuds (id_chemin, id_noeud, ordre) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->chemin_a_noeuds).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
//Insertion des noeuds
private function insererNoeuds() {
$requete = 'INSERT INTO osm_noeuds (id_noeud, lat, `long`) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->noeuds).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
$this->noeuds = array();
}
 
//Update des relations
private function modifierRelationsCommunes() {
foreach ($this->relations_communes as $donnee) {
$infosP = $this->bdd->proteger($donnee);
$requete = 'UPDATE osm_relations '.
"SET id_relation = $infosP[0], nom = $infosP[1], code_insee = $infosP[2] ".
"WHERE id_relation = $infosP[0] ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->relations_communes = array();
}
 
/*
*Update des relations à chemins en supprimant l'ancienne relation et tous ses chemins
*de la table osm_relation_a_chemins et insérer la nouvelle
*/
private function modifierRelationAChemins() {
$this->supprimerRelationAChemins();
foreach ($this->relation_a_chemins as $donnee) {
$infosP = $this->bdd->proteger($donnee);
$requete = 'INSERT INTO osm_relation_a_chemins (id_relation, id_chemin, role) '.
"VALUES ($infosP[0], $infosP[1], $infosP[2]) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
/*
*Update des chemins à noeuds en supprimant l'ancien chemin et tous ses noeuds
*de la table osm_chemins_a_noeuds et insérer le nouveau
*/
private function modifierCheminANoeuds() {
$this->supprimerCheminANoeuds();
foreach ($this->chemin_a_noeuds as $donnee) {
$infosP = $this->bdd->proteger($donnee);
$requete = 'INSERT INTO osm_chemin_a_noeuds (id_chemin, id_noeud, ordre) '.
"VALUES ($infosP[0], $infosP[1], $infosP[2]) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
//Update des noeuds
private function modifierNoeuds() {
foreach ($this->noeuds as $donnee) {
$infosP = $this->bdd->proteger($donnee);
$requete = 'UPDATE osm_noeuds '.
"SET id_noeud = $infosP[0], lat = $infosP[1], `long` = $infosP[2] ".
"WHERE id_noeud = $infosP[0] ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->noeuds = array();
}
 
//Suppressions des relations
private function supprimerRelationsCommunes() {
$idsIn = $this->getIds($this->relations_communes);
$this->relations_communes = array();
$requete = 'DELETE FROM osm_relations '.
"WHERE id_relation IN ($idsIn) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
//Suppressions des relations à chemins
private function supprimerRelationAChemins() {
$idsIn = $this->getIds($this->relation_a_chemins);
$this->relation_a_chemins = array();
$requete = 'DELETE FROM osm_relation_a_chemins '.
"WHERE id_relation IN ($idsIn) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
//Suppressions des chemins à noeuds
private function supprimerCheminANoeuds() {
$idsIn = $this->getIds($this->chemin_a_noeuds);
$this->chemin_a_noeuds = array();
$requete = 'DELETE FROM osm_chemin_a_noeuds '.
"WHERE id_chemin IN ($idsIn) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
//Suppressions des chemins à noeuds
private function supprimerNoeuds() {
$idsIn = $this->getIds($this->noeuds);
$this->noeuds = array();
$requete = 'DELETE FROM osm_noeuds '.
"WHERE id_noeud IN ($idsIn) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
private function getIds(&$tableau) {
$ids = array();
foreach ($tableau as $info) {
$ids[] = $this->bdd->proteger($info[0]);
}
$idsSansDoublon = array_unique($ids);
$idsIn = implode(',', $idsSansDoublon);
return $idsIn;
}
 
private function creerValuesMultiple($donnees) {
$values = array();
foreach ($donnees as $infos) {
$infosP = $this->bdd->proteger($infos);
$values[] = implode(',', $infosP);
}
$valuesClause = '('.implode('),(', $values).')';
return $valuesClause;
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/Osm.php
New file
0,0 → 1,104
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* 1. Création de la base de données :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a chargerStructureSql -m manuel -v 3
*
* 2. Analyse du fichir OSM :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a analyser -f "../donnees/osm/fr_communes_new.osm" -m manuel -v 3
*
* 3. Traitement de l'ordre :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a ordre -m manuel -v 3
*
* 4. Remplissage des polygones :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a polygone -m manuel -v 3
*
* Définition des centroïdes pour les polygones déjà complets:
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a centre -m manuel -v 3
*
* 5. Remise de l'ordre à zéro :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a zero -m manuel -v 3
*
* 6. Traitement de l'ordre des polygones incomplets :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a ordonnerPolygoneInc -m manuel -v 3
*
* 7. Remplissage des polygones incomplets :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a remplirPolygoneInc -m manuel -v 3
*
* 8. Renommage des polygones incomplets :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a renommer -m manuel -v 3
*
* 9. Définition des centroïdes :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a centre -m manuel -v 3
*
* @category php 5.4
* @package DEL
* @subpackage Scripts
* @author Aurélien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2012, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license CeCILL v2 http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt
* @license GNU-GPL http://www.gnu.org/licenses/gpl.html
*/
// TODO : Améliorer la gestion de l'ordre des chemins pour éviter de prendre en compte des chemins inexistants
class Osm extends EfloreScript {
 
const PROJET_NOM = 'osm';
 
protected $parametres_autorises = array(
'-f' => array(true, null, 'Chemin du fichier osm à analyser'),
'-m' => array(false, 'auto', 'Mode «auto» ou «manuel». En manuel, les compteurs dans les boucles sont affichés.'));
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet(self::PROJET_NOM);
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'analyser' :
$script = $this->chargerClasse('ParseurOsm');
$script->executer();
break;
case 'ordre' :
$script = $this->chargerClasse('OrdonneurDeChemins');
$script->executer();
break;
case 'polygone' :
case 'centre' :
case 'zero' :
$script = $this->chargerClasse('PolygoneCreateur');
$script->executer();
break;
case 'ordonnerPolygoneInc' :
case 'remplirPolygoneInc' :
case 'renommer' :
$script = $this->chargerClasse('PolygoneReparateur');
$script->executer();
break;
case 'maj' :
$script = $this->chargerClasse('MiseAJour');
$script->executer();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
print "\n";// Pour ramener à la ligne en fin de script
}
 
protected function initialiserProjet($projetNom) {
$this->projetNom = $projetNom;
}
 
private function chargerClasse($classe) {
require_once $classe.'.php';
$conteneur = new Conteneur($this->parametres);
return new $classe($conteneur);
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/archives/ParseurOsm.php
New file
0,0 → 1,245
<?php
/**
* Exemple de lancement du script :
*
* Analyse du fichir OSM :
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a analyser -f "../donnees/osm/france_communes_new.osm" -m manuel
*
*/
class ParseurOsm {
 
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
private $communes = array();
private $relations_communes = array();
private $relation_a_chemins = array();
private $chemin_a_noeuds = array();
private $noeuds = array();
private $pas = 10000;
private $pas_commune = 1000;
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->conteneur->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'analyser' :
$this->lireFichierOsm();
break;
case 'polygone' :
$this->remplirPolygone();
break;
case 'zero' :
$this->remettreOrdreAZero();
break;
default :
$this->messages->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
}
 
/**
* Lit le fichier OSM et lance l'analyse des noeuds xml en fonction de leur type.
*/
private function lireFichierOsm() {
$lecteur = $this->getLecteurXml();
while ($lecteur->read()) {
if ($lecteur->nodeType == XMLREADER::ELEMENT) {
$this->analyserElementXml($lecteur->localName, $lecteur->expand());
}
if ($this->mode == 'manuel') {
$this->messages->afficherAvancement("Analyse de la ligne du fichier OSM : ", 1);
}
}
$this->insererElementsOrphelins();
}
 
private function analyserElementXml($elementNom, $noeudDom) {
switch ($elementNom) {
case 'relation' :
$this->analyserRelation($noeudDom);
break;
case 'way' :
$this->analyserWay($noeudDom);
break;
case 'node' :
$this->analyserNode($noeudDom);
break;
}
}
 
private function insererElementsOrphelins() {
$this->insererRelationsCommunes();
$this->insererRelationAChemins();
$this->insererCheminANoeuds();
$this->insererNoeuds();
}
 
private function getLecteurXml() {
$fichierOsm = $this->conteneur->getParametre('f');
$lecteur = new XMLReader();
$ouvertureXmlOk = $lecteur->open($fichierOsm);
if ($ouvertureXmlOk === false) {
$msgTpl = "Impossible d'ouvrir le fichier osm : %s";
$msg = sprintf($msgTpl, $this->conteneur->getParametre('f'));
new Exception($msg);
}
return $lecteur;
}
 
/**
* Récupère l'id commune, nom commune et le code INSEE et remplie la table `CommuneOSM`
*/
private function analyserRelation($relation) {
$idRelation = $relation->getAttribute('id');
 
$chemins = $relation->getElementsByTagName('member');
$this->analyserChemins($idRelation, $chemins);
if (count($this->relation_a_chemins) > $this->pas) {
$this->insererRelationAChemins();
}
 
$tags = $relation->getElementsByTagName('tag');
$this->analyserTags($idRelation, $tags);
if (count($this->relations_communes) > $this->pas_commune) {
$this->insererRelationsCommunes();
}
}
 
private function analyserChemins($relation_id, $chemins) {
$ordreChemin = 1;
foreach ($chemins as $chemin) {
if ($chemin->getAttribute('type') == 'way') { //écarter le noeud centrale
$chemin_id = $chemin->getAttribute('ref');
$role = $chemin->getAttribute('role');//role: null, inner, outer, exclave et enclave.
$this->relation_a_chemins[] = array($relation_id, $chemin_id, $role, $ordreChemin++);
}
}
}
 
private function analyserTags($relation_id, $tags) {
$commune_nom = null;
$commune_insee = null;
foreach ($tags as $tag) {
$tag_cle = $tag->getAttribute('k');
$tag_val = $tag->getAttribute('v');
 
switch ($tag_cle) {
case 'name' :
$commune_nom = $tag_val;
break;
case 'ref:INSEE' :
$commune_insee = $tag_val;
break;
}
 
if (!is_null($commune_nom) && !is_null($commune_insee)) {
 
if (!isset($this->relations_communes[$relation_id])) {
$this->relations_communes[$relation_id] = array($relation_id, $commune_nom, $commune_insee);
} else {
$e = "La relation #%s possédant le tag ref:INSEE «%s» est déjà prise en compte.";
$this->messages->traiterErreur($e, array($relation_id, $commune_insee));
}
 
if (!isset($this->communes[$commune_insee])) {
$this->communes[$commune_insee] = $relation_id;
} else {
$e = "La relation #%s contient déjà le tag ref:INSEE avec la valeur %s.".
"Veuillez corriger la carte OSM.";
$this->messages->traiterErreur($e, array($this->communes[$commune_insee], $commune_insee, $relation_id));
}
break;// Stoppe le foreach car nous avons les infos nécessaires
}
}
}
 
/**
* Récupère l'id_way et tous les id_node de chaque way et remplie la table `osm_chemin_a_noeuds`
*/
private function analyserWay($way) {
$chemin_id = $way->getAttribute('id');
$ordre = 1;
$noeuds = $way->getElementsByTagName('nd');
foreach ($noeuds as $noeud) {
$noeud_id = $noeud->getAttribute('ref');
$this->chemin_a_noeuds[] = array($chemin_id, $noeud_id, $ordre++);
}
 
if (count($this->chemin_a_noeuds) > $this->pas) {
$this->insererCheminANoeuds();
}
}
 
/**
* Fonction qui récupère tous les l'id_node et les valeurs(Lat/Lon) correspondantes et remplie la table `osm_noeuds`
*/
private function analyserNode($node) {
$noeud_id = $node->getAttribute('id');
$lat = $node->getAttribute('lat');
$lon = $node->getAttribute('lon');
$this->noeuds[] = array($noeud_id, $lat, $lon);
 
if (count($this->noeuds) > $this->pas) {
$this->insererNoeuds();
}
}
 
private function insererRelationsCommunes() {
if (count($this->relations_communes) > 0) {
$requete = 'INSERT INTO osm_relations (id_relation, nom, code_insee) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relations_communes).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->relations_communes = array();
}
 
private function insererRelationAChemins() {
if (count($this->relation_a_chemins) > 0) {
$requete = 'INSERT INTO osm_relation_a_chemins (id_relation, id_chemin, role, ordre) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->relation_a_chemins).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->relation_a_chemins = array();
}
 
private function insererCheminANoeuds() {
if (count($this->chemin_a_noeuds) > 0) {
$requete = 'INSERT INTO osm_chemin_a_noeuds (id_chemin, id_noeud, ordre) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->chemin_a_noeuds).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->chemin_a_noeuds = array();
}
 
private function insererNoeuds() {
if (count($this->noeuds) > 0) {
$requete = 'INSERT INTO osm_noeuds (id_noeud, lat, `long`) '.
'VALUES '.$this->creerValuesMultiple($this->noeuds).
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
$this->noeuds = array();
}
 
private function creerValuesMultiple($donnees) {
$values = array();
foreach ($donnees as $infos) {
$infosP = $this->bdd->proteger($infos);
$values[] = implode(',', $infosP);
}
$valuesClause = '('.implode('),(', $values).')';
return $valuesClause;
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/FranceCommunes.php
New file
0,0 → 1,61
<?php
/**
* Création de la table osm_communes.
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a communes -m manuel
*
*/
class FranceCommunes {
 
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
private $bddOsmNom;
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->bddOsmNom = $this->conteneur->getParametre('bdd_osm_nom');
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->conteneur->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'cm' :
$this->supprimerTableOsmCommunes();
$this->conteneur->getEfloreCommun()->chargerStructureSql();
$this->creerTableOsmCommunes();
break;
case 'cmCreer' :
$this->creerTableOsmCommunes();
break;
case 'cmSupprimer' :
$this->supprimerTableOsmCommunes();
break;
default :
$this->messages->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
 
}
 
private function supprimerTableOsmCommunes() {
$requete = 'DROP TABLE IF EXISTS osm_communes '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
private function creerTableOsmCommunes() {
$requete = 'INSERT INTO osm_communes '.
"SELECT osm_id, osm_version, osm_timestamp, name, ref_insee, shape, shape_centroid, wikipedia ".
"FROM {$this->bddOsmNom}.multipolygons_ref ".
"WHERE admin_level = 8 ".
"AND (ref_insee IS NOT NULL OR ref_insee != '') ".
"AND CHAR_LENGTH(ref_insee) = 5 ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm/ZonesAdmin.php
New file
0,0 → 1,119
<?php
/**
* Création de la table osm_communes.
* /opt/lampp/bin/php cli.php osm -a communes -m manuel
*
*/
class ZonesAdmin {
 
private $conteneur;
private $bdd;
private $messages;
private $mode;
 
private $bddOsmNom;
 
public function __construct($conteneur) {
$this->conteneur = $conteneur;
$this->bdd = $this->conteneur->getBdd();
$this->bddOsmNom = $this->conteneur->getParametre('bdd_osm_nom');
$this->messages = $this->conteneur->getMessages();
$this->mode = $this->conteneur->getParametre('m');
}
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->conteneur->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'za' :
$this->supprimerTableOsmZonesAdmin();
$this->conteneur->getEfloreCommun()->chargerStructureSql();
$this->creerTableOsmZonesAdmin();
$this->corrigerTableOsmZonesAdmin();
$this->mettreAJourIdZoneGeo();
break;
case 'zaCreer' :
$this->creerTableOsmZonesAdmin();
break;
case 'zaCorriger' :
$this->corrigerTableOsmZonesAdmin();
break;
case 'zaMajIdZG' :
$this->mettreAJourIdZoneGeo();
break;
case 'zaSupprimer' :
$this->supprimerTableOsmZonesAdmin();
break;
default :
$this->messages->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
}
 
}
 
private function supprimerTableOsmZonesAdmin() {
$requete = 'DROP TABLE IF EXISTS osm_zones_admin '.
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
private function creerTableOsmZonesAdmin() {
$requete = 'INSERT INTO osm_zones_admin '.
"SELECT if(ref_insee != '' AND admin_level = 8, CONCAT('INSEE-C:',ref_insee), ".
"if(ref_insee != '' AND admin_level = 6, CONCAT('INSEE-D:',ref_insee), ".
"if(ref_insee != '' AND admin_level = 4, CONCAT('INSEE-R:',ref_insee), ".
"if(iso3166_2 != '', CONCAT('ISO-3166-2:',iso3166_2), ".
"if(iso3166_1 != '', CONCAT('ISO-3166-1:',iso3166_1), ".
"CONCAT('OSM-ID:',osm_id)))))), ".
'osm_id, osm_version, osm_timestamp, '.
"if(name_fr != '', name_fr, name), ".
'shape, shape_centroid, Y(shape_centroid), X(shape_centroid), zone, '.
'admin_level, iso3166_1, iso3166_2, ref_insee, ref_nuts, '.
'name, name_fr, name_en, name_es, wikipedia '.
"FROM {$this->bddOsmNom}.multipolygons_ref ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
 
private function corrigerTableOsmZonesAdmin() {
$requete = 'SELECT osm_id, other_tags '.
"FROM {$this->bddOsmNom}.multipolygons_ref ".
"WHERE iso3166_2 IS NULL AND other_tags LIKE '%\"iso3166-2\"%' ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$resultat = $this->bdd->recupererTous($requete);
if ($resultat) {
foreach ($resultat as $infos) {
$tags = $this->getTags($infos['other_tags']);
$iso_3166_2 = $this->bdd->proteger($tags['iso3166-2']);
$osm_id = $this->bdd->proteger($infos['osm_id']);
 
$requete = 'UPDATE osm_zones_admin '.
"SET code_iso_3166_2 = $iso_3166_2 ".
"WHERE osm_id = $osm_id ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
}
}
 
private function getTags($tagsInfos) {
$tags = array();
$clesValeurs = explode(',', $tagsInfos);
foreach ($clesValeurs as $cleValeur) {
list($cle, $val) = explode('=>', $cleValeur);
$tags[trim($cle, '"')] = trim($val, '"');
}
return $tags;
}
 
private function mettreAJourIdZoneGeo() {
$requete = 'UPDATE osm_zones_admin '.
"SET id_zone_geo = if(code_insee != '' AND niveau = 8, CONCAT('INSEE-C:',code_insee), ".
"if(code_insee != '' AND niveau = 6, CONCAT('INSEE-D:',code_insee), ".
"if(code_insee != '' AND niveau = 4, CONCAT('INSEE-R:',code_insee), ".
"if(code_iso_3166_2 != '', CONCAT('ISO-3166-2:',code_iso_3166_2), ".
"if(code_iso_3166_1 != '', CONCAT('ISO-3166-1:',code_iso_3166_1), ".
"CONCAT('OSM-ID:',osm_id)))))) ".
' -- '.__FILE__.' : '.__LINE__;
$this->bdd->requeter($requete);
}
}
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/osm
New file
Property changes:
Added: svn:ignore
+.config.ini.swp
Added: svn:mergeinfo
Merged /branches/v5.2-alpage/scripts/modules/osm:r976,978
Merged /branches/v5.7-arrayanal/scripts/modules/osm:r1050,1052
Merged /branches/v5.1-acheb/scripts/modules/osm:r927
Merged /branches/v5.7-arrayanal:r1066-1070
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/apd/apd.ini
New file
0,0 → 1,18
version="3_4_0"
dossierapd = "{ref:dossierDonneesEflore}apd/{ref:version}/"
 
[tables]
apdMeta = "apd_meta"
apd = "apd_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "apd_v{ref:version}.sql"
csvCjbg = "apd_v{ref:version}.csv"
csvRtax = "apd_v{ref:version}_rtax.csv"
csvRtaxModifie = "apd_v{ref:version}_rtax_modifie.csv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.structureSql}"
csvCjbg = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.csvCjbg}"
csvRtax = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.csvRtax}"
csvRtaxModifie = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.csvRtaxModifie}"
/tags/v5.8-aspergeraie/scripts/modules/apd/Apd.php
New file
0,0 → 1,719
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php apd -a chargerTous
*
* Base de données des Trachéophytes (trachéo...quoi ?? C'est le truc avec le stylo Bic ?)
* d'Afrique de l'Ouest (et Centrale mais faut pas le dire)
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2014, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
*/
class Apd extends EfloreScript {
 
private $table = null;
private $tableMeta = null;
private $pasInsertion = 1000;
private $departInsertion = 0;
 
protected $parametres_autorises = array();
 
// Entêtes du nouveau fichier Rtax à produire
protected $entetesRtax = array("num_nom","num_nom_retenu","num_tax_sup","rang","nom_sci",
"nom_supra_generique","genre","epithete_infra_generique","epithete_sp",
"type_epithete","epithete_infra_sp","cultivar_groupe","cultivar","nom_commercial",
"auteur","annee","biblio_origine","notes","nom_addendum","homonyme","num_type",
"num_basionyme","synonyme_proparte","synonyme_douteux","synonyme_mal_applique",
"synonyme_orthographique","orthographe_originelle","hybride_parent_01",
"hybride_parent_01_notes","hybride_parent_02","hybride_parent_02_notes",
"nom_francais","presence","statut_origine ","statut_introduction","statut_culture","exclure_taxref");
 
public function initialiserProjet($projetNom) {
parent::initialiserProjet($projetNom);
$this->table = Config::get("apd");
$this->tableMeta = Config::get("apdMeta");
}
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('apd');
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'tout' :
$ok = $this->productionCsvPourReferentiels();
if ($ok === true) {
$this->integrationEFlore();
}
break;
case 'ref' : // partie 1 : "referentiels"
$this->productionCsvPourReferentiels();
break;
case 'eflore' : // partie 2 : "eFlore"
$this->integrationEFlore();
break;
case 'nettoyage' :
$this->nettoyage();
break;
case 'chargerStructureSql' :
//$this->creerStructure();
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'verifierEtGenererCsvRtax' :
$this->verifierEtGenererCsvRtax();
break;
case 'chargerCsvRtax' :
$this->chargerCsvRtax();
break;
case 'changerRangs' :
$this->changerRangs();
break;
case 'completerNumNomRetenu' :
$this->completerNumNomRetenu();
break;
case 'supprimerNumTaxSupPourSynonymes' :
$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
break;
case 'subspAutonymes' :
$this->subspAutonymes();
break;
case 'genererNomSupraGenerique' :
$this->genererNomSupraGenerique();
break;
case 'genererEpitheteInfraGenerique' :
$this->genererEpitheteInfraGenerique();
break;
case 'exporterCSVModifie' :
$this->exporterCSVModifie();
break;
case 'genererChpNumTax' :
$this->genererChpNumTax();
break;
case 'genererNomSciHtml' :
$this->genererChpNomSciHtml();
break;
case 'genererChpNomComplet' :
$this->genererChpNomComplet();
break;
case 'genererChpFamille' :
$this->genererChpFamille();
break;
case 'genererChpHierarchie' :
$this->genererChpHierarchie();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
// Lance la première moitié du boulot, et s'arrête lorsque le fichier CSV
// au format Rtax est rempli avec les données amendées - il est prêt à rentrer dans Rtxß.
// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
protected function productionCsvPourReferentiels() {
$retour = false;
$this->nettoyage();
$this->chargerStructureSql();
$verifOk = $this->verifierEtGenererCsvRtax();
if ($verifOk === true) {
$chgtOk = $this->chargerCsvRtax();
if ($chgtOk) {
$this->changerRangs();
$this->completerNumNomRetenu();
$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
$this->subspAutonymes();
$this->genererNomSupraGenerique();
$this->genererEpitheteInfraGenerique();
$this->exporterCSVModifie();
$retour = true;
}
}
return $retour;
}