Subversion Repositories eFlore/Projets.eflore-projets

Compare Revisions

Ignore whitespace Rev 1021 → Rev 1022

/trunk/services/modules/0.1/bdtao/CommunNomsTaxons.php
New file
0,0 → 1,928
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Description :
* Classe CommunNomsTaxons.php
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
 
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
private $ontologie = array();
 
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
 
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
$this->remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
 
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
 
 
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
 
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
 
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
 
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
 
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
 
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
 
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
 
public function traiterParametresCommuns() {
 
}
 
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->modifierValeur($val);
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
 
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
 
private function modifierValeur($valeur) {
$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);
$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);
return $valeur;
}
 
private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');
$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');
$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);
return $valeur;
}
 
private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));
$valeur = $valeur.'%';
return $valeur;
}
 
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
 
private function etreRessourceId() {
$ok = false;
if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {
$ok = true;
}
return $ok;
}
 
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
 
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
public function estUnIdentifiant() {
return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
 
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
public function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
foreach ($structure_nom as $structure) {
$structure = trim($structure);
$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/',
'/^au_ss$/','/^bib_ss$/');
$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre',
'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');
 
// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
$this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);
}
}
 
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
 
/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,
* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini
* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */
public function recupererTableSignification($table) {
$tables = explode(',', $table);
foreach ($tables as $tab) {
if ($tab == 'champs_comp') {
$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd
$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);
} elseif ($tab == 'champs_api') {
foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
$val = $match[1];
$this->champs_api[$key] = $val;
}
} else {
$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);
}
}
}
 
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
}else {
$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
 
}
 
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
 
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
 
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
unset($this->table_retour['id']);
}
 
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
 
public function formaterId($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
 
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
 
public function formaterIdChamp($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
return $this->table_retour;
}
 
protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'num_basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
$champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
// champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/
if (in_array($champ, $champs_forces)) {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
}
}
}
}
 
public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$this->table_retour[$chp] = $valeur;
} else {
$this->table_retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
 
public function decomposerNomChamp($champ) {
$decomposition = false;
if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
$radical_champ = $match[1];
$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";
$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);
}
return $decomposition;
}
 
public function verifierValiditeChamp($champ) {
$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);
$validite_ressource = true;
if ($decomposition) {
list($radical, $suffixe) = $decomposition;
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {
$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
}
return $validite_ressource;
}
 
public function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
 
public function estChampComplementaire($radical_champ) {
$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;
return $champ_complementaire_ok;
}
 
public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {
$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
 
public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
 
public function formaterStatsAnnee($resultat) {
foreach ($resultat as $cle_annee) {
$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';
$nb = $cle_annee['nombre'];
$retour_stats_annee[$annee] = $nb;
}
return $retour_stats_annee;
}
 
public function formaterStatsRang($resultat) {
foreach ($resultat as $rangs) {
if ($rangs['rang'] != 0) {
$rang = $rangs['rang'];
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);
}
$nombre = $rangs['nombre'];
$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;
}
}
return $retour_rang;
}
 
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
 
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);
}
}
}
}
 
public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {
if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
 
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
 
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
 
public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {
$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
 
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
 
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
 
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);
break;
case 'signification' :
$this->afficherSignification($champ, $valeur);
break;
case 'href' :
$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);
$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;
break;
case 'code' :
$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);
break;
case 'notes' :
$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
 
public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);
$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
$this->table_retour = $tab_res;
}
 
private function obtenirCode($champ, $valeur) {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
return "bdnt.$code:$valeur";
}
 
private function transformerChampEnCode($champ) {
if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
}
 
$code = $champ;
if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];
}
return $code;
}
 
public function creerUrl($champ, $valeur) {
if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
 
public function afficherSignification($champ, $valeur) {
if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'].' '.
$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$nom = $this->recupererNomSci($valeur);
if ($nom != array()) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$this->service_href = $nom['service'];
}
} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);
}
}
 
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
 
public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {
if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) {
$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {
$code = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$url = Config::get('url_ontologie').$code.':'.$valeur.'/nom';
$res = $this->consulterHref($url); //dans commun.php
$nom_code = $valeur;
if (is_object($res)) {
$nom_code = $res->nom;
}
$this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code);
}
return $nom_code;
}
 
public function recupererNomSci($id) {
$nom = array();
if ($id != 0) {
if ($this->compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r($this->compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom)
.' FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
return $nom;
}
 
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {
$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;
 
$nom = '';
if (isset($this->compo_nom)) {
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom = array();
 
foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);
$nom = implode(' ', $nom_complet);
}
return rtrim($nom, ' ');
}
 
 
public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$this->bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
 
public function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
 
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
 
 
 
public function correspondAUnCode($key) {
return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));
}
 
public function correspondAUnId($key) {
return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));
}
 
public function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
 
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
 
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
 
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
 
private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {
if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {
$this->ontologie[$categorie] = array();
}
if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();
}
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;
}
 
private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {
return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);
}
 
private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {
return $this->ontologie[$categorie][$valeur];
}
}
?>
/trunk/services/modules/0.1/bdtao/Noms.php
New file
0,0 → 1,599
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques.
* Si l'url finit par /noms on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /noms?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.gen (nom de genre), masque.sp (épithète d'espèce), masque.ssp (épithète infra-spécifique),
* masque.au (auteur du nom), masque.an (année de publication du nom), masque.bib (réf biblio de la publi d'origine du nom), masque.ad (nomen addendum),
* masque.nn (identifiant du nom), recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format, nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
* Les différentes requetes :
* - noms | noms/relations/#projet/#id_projet | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ
* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores
* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales
*
* @package bdtfx
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Noms
*/
 
class Noms extends CommunNomsTaxons {
 
protected $format_reponse = 'noms'; // Permet de stocker la requete formulée
protected $service = 'noms';
protected $serviceNom = 'noms';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = '';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $distinct = null; // Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
 
//+----------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametresSpecifiques() {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.sg' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_supra_generique', $val);
break;
case 'masque.gen' :
$this->ajouterFiltreMasque('genre', $val);
break;
case 'masque.sp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_sp', $val);
break;
case 'masque.ssp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_infra_sp',$val);
break;
case 'masque.au' :
$this->ajouterFiltreMasque('auteur', $val);
break;
case 'masque.an' :
$this->ajouterFiltreMasque('annee', $val);
break;
case 'masque.bib' :
$this->ajouterFiltreMasque('biblio_origine',$val);
break;
case 'masque.ad' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_addendum', $val);
break;
case 'masque.nn' :
$this->requete_condition []= 'num_nom IN ('.$val.')';
$this->masque['num_nom'] = "num_nom=$val";
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition []= 'num_taxonomique IN ('.$val.')';
$this->masque['num_tax'] = "num_taxonomique=$val";
break;
case 'masque.rg' :
$this->ajouterFiltreMasque('rang', $val);
break;
case 'retour.champs' :
$this->verifierParamChamps($param, $val);
break;
case 'distinct' :
$this->ajouterNomDistinct($val);
break;
case 'masque.fam' :
$this->ajouterFiltreMasque('famille', $val);
break;
case 'masque.sto' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_origine', $val);
break;
case 'masque.sti' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_introduction', $val);
break;
case 'masque.stc' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_culture', $val);
break;
case 'masque.and' :
$this->requete_condition []= " annee >= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.anf' :
$this->requete_condition []= " annee <= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.prgua' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Guadeloupe', $val);
break;
case 'masque.prmar' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Martinique', $val);
break;
case 'masque.prstm' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Martin', $val);
break;
case 'masque.prdes' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_La_Desirade', $val);
break;
case 'masque.prstb' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Barthelemy', $val);
break;
case 'masque.prmga' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Marie_Galante', $val);
break;
case 'masque.prsai' :
$this->ajouterFiltreMasque('`presence_Les-Saintes`', $val);
break;
}
}
}
 
public function verifierParamChamps($param, $val) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$champs_demandes = explode(',', $val);
$champs_verifies = array();
$champs_api = array_flip($this->champs_api);
$champs_supp = array('nom_retenu_complet'=>'num_nom_retenu', 'basionyme_complet'=>'num_basionyme');
$champs_api = array_merge($champs_api, $champs_supp);
foreach ($champs_demandes as $champ) {
if (array_key_exists($champ, $champs_api)) {
$champs_verifies[] = $champs_api[$champ];
}
}
if (count($champs_verifies) > 0) {
$this->requete_champ .= ', '.implode(',', $champs_verifies);
}
}
 
/** Permet de rajouter à la requete sql le parametre distinct. N'est utilisé qu'avec le format oss */
public function ajouterNomDistinct($distinct) {
if (isset($distinct)) {
if ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$this->distinct = ' distinct ';
} elseif ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> L\'utilisation du paramètre distinct ne se fait que sous
le format oss';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
//-----------------FONCTION D'ANALYSE DES RESSOURCES--------------------------------------------------------------------
 
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
//on initialise la condition de la requete sql et le format de réponse
$this->requete_condition = array(); //on vide la table dans le cas de plusieurs version
$this->requete_condition[] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);
$this->format_reponse = $this->service.'/id';
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
if ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/#champ+#champ </li>
<li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { // requete de type noms/#id : rajout du nom_sci pour récupérer le format html par la fct mettreAuFormat()
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
 
public function traiterRessourceRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
$projet = $this->ressources[1];
$num_nom = $this->ressources[2];
if (strrpos($num_nom, 'nn.coste') !== false) {
list($p, $nn) = explode('=', $num_nom);
$num_nom = $nn;
}
$champ = "flore_$projet"."_num";
if (isset($this->ressources[3])) {
$type = $this->ressources[3];
if (!in_array($type, array('homonymie', 'synonymie'))) {
$e = "Les types disponibles pour les noms sont homonymie, synonymie";
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
$this->requete_champ = ' num_nom ';
$this->requete_condition = array();
$this->requete_condition[] = "$champ = ".$this->getBdd()->proteger($num_nom);
}
 
public function traiterRessourceIdRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
// requete de type noms/#id/relations/#relation
switch ($this->ressources[2]) {
case 'synonymie' :
$this->traiterRessourceIdSynonymie();
break;
case 'homonymie' :
$this->traiterRessourceIdHomonymie();
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
 
public function traiterRessourceIdSynonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, basionyme FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X LIMIT 0,100;
$this->format_reponse .= '/synonymie';
if (strrpos($this->requete_champ, ', num_basionyme') === false) {
$this->requete_champ .= ', num_basionyme ';
}
$this->requete_condition[0] = 'num_nom_retenu = '.
'(SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceIdHomonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE nom_sci = (SELECT nom_sci FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->format_reponse .= '/homonymie';
$this->requete_condition[0] = 'nom_sci = (SELECT nom_sci FROM '.$this->table
.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse .= '/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
 
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse .= '/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_condition = null;
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse .= '/initiales';
$this->requete_champ = 'count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2)';
}
 
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
 
public function assemblerLaRequete() {
if ( strrpos($this->format_reponse, 'noms/stats/') === false ) {
$this->mettreAuFormat(); //Ds CommunNomsTaxons.php
}
$requete = 'SELECT '.$this->retournerChamps().' '.
"FROM {$this->table} ".
$this->retournerRequeteCondition().' '.
$this->requete_group_by.' '.
$this->retournerOrderBy().' '.
$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
 
public function retournerChamps() {
$sql = '';
if ($this->distinct) {
$sql .= $this->distinct.' ';
}
if ($this->requete_champ) {
$sql .= $this->requete_champ.' ';
}
 
// Champs "virtuels" pour tier sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$sql .= ", IF(num_nom = num_nom_retenu, '0', '1') AS nom_retenu_tri ";
}
}
 
return $sql;
}
 
public function decouperParametreRetourTri() {
$tri = array('', '');
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
if (preg_match('/^(retenu)(?:,(ASC|DESC)|)$/', $this->parametres['retour.tri'], $match))
$tri[0] = $match[1];
$tri[1] = isset($match[2]) ? $match[2] : '';
}
return $tri;
}
 
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
public function retournerOrderBy() {
$orderBy = array();
 
// Tri sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$orderBy[] = "nom_retenu_tri $ordre";
}
}
// Tri par défaut
if ($this->format_reponse == 'noms') {
$orderBy[] = 'nom_sci ASC';
}
 
$sql = '';
if (count($orderBy) > 0) {
$sql = 'ORDER BY '.implode(', ', $orderBy).' ';
}
return $sql;
}
 
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'noms' && $this->format_reponse != 'noms/id/relations/synonymie'
&& $this->format_reponse != 'noms/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] =
(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
 
/** Recupere le nombre total de résultat d'une requete lancée. */
public function recupererTotalResultat() {
$total = null;
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
} else {
$e = 'Fct recupererTotalResultat() : <br/>Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
}
return $total;
}
 
 
//-------------------FONCTIONS POUR LE FORMATAGE EN JSON----------------------------------------------------------------
 
public function retournerResultatFormate($resultat) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'noms/relations' :
$reponse = $this->formaterRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations/synonymie' :
$reponse = $this->formaterIdSynonymie($resultat);
break;
case 'noms/id/relations/homonymie' :
$reponse = $this->formaterIdHomonymie($resultat);
break;
case 'noms/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'noms/stats/rangs' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'noms/stats/initiales' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'noms' :
$reponse = $this->formaterNoms($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id-----------------------------+
 
public function formaterRelations($resultat) {
$num_nom = $resultat['num_nom'];
if (isset($this->ressources[3])) {
$url = Config::get('url_service').$this->service."/$num_nom/relations";
} else {
$type = $this->ressources[3];
$url = Config::get('url_service')."/$this->service/$num_nom/relations/$type";
}
$res = $this->consulterHref($url);
return $res;
}
 
public function formaterIdRelations($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier lors de l'affichage
 
//on recupère le resultat de chaque relation (appel du WS correspondant)
$homonymes = $this->ajouterRelations('homonymie');
if (isset($homonymes)) $retour_id_rel['resultat']['homonymes'] = $homonymes;
$synonymes = $this->ajouterRelations('synonymie');
if (isset($synonymes)) $retour_id_rel['resultat']['synonymes'] = $synonymes;
 
//on renvoit null si il n'existe aucune relations (on efface l'entete en premier lieu)
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) {
$retour_id_rel = null;
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->ressources[0]);
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
 
/**
* Recupere les relations (type de la relation passée en paramètres :[type_relation] = synonymie, homonymie ou
* ) par l'appel du web service [version]/noms/#id/relations/[type_relation]
*/
public function ajouterRelations($relation) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $this->table);
$res = null;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'.$this->service.'/'.
$this->ressources[0].'/relations/'.
$relation.$parametres_url;
 
$relation = $this->consulterHref($url);
 
$res = $relation->resultat;
return $res;
}
 
 
public function formaterIdSynonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$retour_id_syn = array();
if ($resultat[0]['num_nom_retenu'] == '') {
$retour_id_syn[] = 'nom_retenu N.D.';
} elseif (count($resultat) != 1) {
//on remplit d'abord l'entete du resultat
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_syn['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $tab) {
//pour chaque basionyme, on recupère le résultat : num_nom, nom_sci, basionyme et num_nom_retenu :
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('basionyme', $tab['num_basionyme']);
$retour_id_syn['resultat'][$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
if (!isset($retour_id_syn['resultat']) && !in_array('nom_retenu N.D.', $retour_id_syn)) {
$retour_id_syn = null; //on initialise le resultat à null
}
}
return $retour_id_syn;
}
 
public function formaterIdHomonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
if (count($resultat) != 1) {
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/homonymie');
$retour_id_hom['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $homonyme) {
$this->resultat_req = $homonyme;
$id = $homonyme['num_nom'];
$this->afficherDonnees('num_nom', $id);
if ($homonyme['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($id == $homonyme['num_nom_retenu']) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
$retour_id_hom['resultat'][$id] = $this->table_retour;
unset($retour_id_hom['resultat'][$id]['id']);
$this->table_retour = array();
}
} else {
$retour_id_hom = null;
}
return $retour_id_hom;
}
 
public function obtenirSynonymesParNumNomAvecInfosFlore($num_nom, $version='1_02') {
 
$champs_flore = 'flore_bonnier_num, flore_bonnier_rem,'.
'flore_cnrs_num, flore_cnrs_rem '.
'flore_fe_num, flore_fe_rem '.
'flore_coste_num, flore_coste_rem '.
'flore_fh_num, flore_fh_rem '.
'flore_fournier_num, flore_fournier_rem';
 
$requete = 'SELECT num_nom, nom_sci, '.$champs_flore.' '.
'FROM '.$this->table.' '.
'WHERE num_nom_retenu = '.
'('.
'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = "'.$num_nom.'"'.
')';
 
return $this->getBdd()->recupererTous($requete);
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres-------+
 
public function formaterNoms($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat); //Ds CommunNomsTaxons.php
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
 
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
 
// TODO : améliorer le tri des résultats
// ATTENTION : ce comportement est étrange
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque) && !isset($this->parametres['retour.tri'])) {
// fonction du pauvre pour palier aux "." remplacés accidentellement par des "_"
$index = str_replace('masque_','masque.',$masque[0]);
//$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$index], $resultat, $masque[1]);
}
 
$table_retour_json['entete'] = $this->remplirJsonEntete();
$table_retour_json['resultat'] = $this->remplirJsonResultat($resultat);
return $table_retour_json;
}
 
public function remplirJsonResultat($resultat) {
$champs = null;
if (array_key_exists('retour.champs', $this->parametres)) {
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
}
 
$noms = array();
foreach ($resultat as $tab) {
$this->table_retour = array();
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num); // ajoute le nom_sci, href et si le nom est retenu dans $this->table_retour
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
if ($champs != null) {
$reponse_id = $this->formaterId($tab);
$this->table_retour = array();
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
$retour = array_merge($retour, $this->table_retour);
}
$noms[$num] = $retour;
}
 
return $noms;
}
 
public function remplirJsonEntete() {
$entete = array();
if (isset($this->masque)) {
$this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
}
parent::afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
return $this->table_retour;
}
}
?>
/trunk/services/modules/0.1/bdtao/Taxons.php
New file
0,0 → 1,520
<?php
 
// declare(encoding='UTF-8');// ou ISO-8859-15
/**
* Description :
* Classe Taxons.php permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques retenu.
* Si l'url finit par /taxons on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /taxons?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format,
* nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-${year} Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
class Taxons extends CommunNomsTaxons {
/** Permet de stocker la requete formulée taxons | taxons/#id | taxons/#id/#champ+#champ ...*/
protected $format_reponse = 'taxons';
protected $service = 'taxons';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, num_taxonomique, rang ';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = ' ';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $num_nom_taxon; //Stocke le num_nom du nom retenu du num_nom recherché
protected $presence_num_tax = true;
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
public function traiterParametresSpecifiques() {
$this->requete_condition[] = 'num_nom = num_nom_retenu';
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition[] = "num_taxonomique IN ($val)";
$this->masque[] = "num_taxonomique=$val";
break;
case 'masque.rg':
$this->requete_condition[] = 'rang = '.$this->getBdd()->proteger($val);
$this->masque[] = "rang=$val";
break;
}
}
}
//------------------------------------------Fonction ressources---------------------------------------------------------------------
public function gererNumTax() {
if (!in_array('num_taxonomique', $this->champs_table)) {
$this->presence_num_tax = false;
$this->requete_champ = str_replace(', num_taxonomique ', '', $this->requete_champ);
} else {
$this->presence_num_tax = true;
}
}
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
$this->format_reponse = 'taxons/id';
$this->traiterRessourceNtId();
$this->num_nom_taxon = $this->recupererNumNomTaxon(); //on recupere le taxon correspondant au num_nom recherché
if ($this->entete_http == '') {
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon);
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
//---------------- requete de type taxons/#id/#champ+#champ--------------------------------------
if ($this->ressources[1] != 'relations') { // SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
$this->format_reponse .= '/champ';
//---------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
} elseif ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> #id/relations </li> <li> #id/#champ+#champ </li> <li> #id/relations </li>
<li> #id/relations/inferieurs </li> <li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { //--------------- requete de type taxons/#id-----------------------------------------------------
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
}
public function traiterRessourceNtId() {
if (strrpos($this->ressources[0], 'nt:') !== false) {
if ($this->presence_num_tax) {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_taxonomique = X;
$this->requete_condition[0] = ' num_taxonomique = '
.str_replace('nt:', '', $this->ressources[0]).' ';
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le numéro taxonomique n\'existe pas dans ce projet';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->ressources[0];
}
}
/** Permet de récupérer le num_nom du taxon recherché. Soit le numéro taxonomique est demandé (avec nt: )
* soit un num_nom dont on recherche le num_nom_retenu */
public function recupererNumNomTaxon() {
$identifiant = '';
if ($this->entete_http == '') {
//on récupere l'identifiant du taxon correspondant au num_nom ou num_taxonomique demandé pour pouvoir l'afficher
$req_tax = 'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0];
$res_tax = $this->getBdd()->recuperer($req_tax);
//on recherche ensuite les identifiants des taxons supérieurs ou inférieurs
if ($res_tax && $res_tax != '') {
$identifiant = $res_tax['num_nom_retenu'];
} else {
$e = 'Le numéro de taxon ou l\'identifiant de nom correspondant au num_nom '
.$this->ressources[0].' n\'existe pas dans la base.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
Debug::printr($req_tax);
}
}
return $identifiant;
}
public function traiterRessourceIdRelations() {
//----------------- requete de type taxons/#id/relations-------------------------------------------
// SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
//------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
switch ($this->ressources[2]) {
case 'superieurs' :
$rel = 'recupererIdSup';
$this->format_reponse .= '/superieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'inferieurs' :
$rel = 'recupererIdInf';
$this->format_reponse .= '/inferieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'hierarchie' :
$rel = 'recupererIdHierarchie';
$this->format_reponse .= '/hierarchie';
$this->traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel);
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> taxons/#id/relations </li><li> #id/relations/inferieurs </li>
<li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
public function traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') {
//dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdHierarchie() {
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table.' '.
' WHERE hierarchie LIKE CONCAT('.
'(SELECT hierarchie FROM '.
$this->table.' '.
'WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon).')'.
', '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon.'-%').
')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function traiterRessourceIdRelationInfSup($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') { //dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdInf() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM '
.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition).')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function recupererIdSup() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_tax_sup FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$req_relation = 'SELECT num_tax_sup as num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse = 'taxons/stats/initiales';
$this->requete_champ = 'count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2) ';
}
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
public function assemblerLaRequete() {
if ($this->format_reponse != 'taxons/stats/initiales') {
$this->mettreAuFormat(); //on remplace les nom_sci par les nom_sci_html
}
$requete = ' SELECT '.$this->requete_champ.
' FROM '.$this->table
.$this->retournerRequeteCondition()
.$this->requete_group_by
.$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'taxons' && $this->format_reponse != 'taxons/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] = (($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
public function recupererTotalResultat() {
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
}
return $total;
}
 
//-------------------------FONCTIONS DE FORMATION DU RESULTAT-----------------------------------------------------------
/** Permet de récupérer le résultat à retourner propre à chaque requete et de l'encoder en json*/
public function retournerResultatFormate($resultat, $version) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'taxons/id' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/champ' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterIdChamp($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0],$version);
break;
case 'taxons/id/relations/superieurs' :
$reponse = $this->formaterIdSuperieur($resultat, $version);
break;
case 'taxons/id/relations/inferieurs' :
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/id/relations/hierarchie' :
// le formatage de la hiérarchie est identique aux relations inférieures
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'taxons/stats/rangs' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'taxons/stats/initiales' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'taxons' :
$reponse = $this->formatertaxons($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
//----------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres--------------
public function formaterTaxons($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat);
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
//print_r($resultat);
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque)) $resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$masque[0]], $resultat, $masque[1]);
if (isset($this->masque)) $this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
$table_retour_json['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
$tab_tax_inf = $this->recupererListeTaxonInf($resultat);
foreach ($resultat as $tab) {
$num = $tab['num_nom'];
if (isset($this->parametres['masque.nt'])) $this->afficherDonnees('num_taxonomique', $tab['num_taxonomique']);
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf);
$resultat_json[$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array(); //on vide le tableau table_retour
}
$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
return $table_retour_json;
}
//--------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id----------------------------------------
 
public function formaterIdRelations($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier
 
$superieurs = $this->ajouterRelations('superieurs'); //, $version);
if (isset($superieurs)) $retour_id_rel['resultat']['superieurs'] = $superieurs;
$inferieurs = $this->ajouterRelations('inferieurs', $version);
if (isset($inferieurs)) $retour_id_rel['resultat']['inferieurs'] = $inferieurs;
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) { //on renvoit un tableau null si il n'existe aucune relations
$retour_id_rel = 'null';
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->num_nom_taxon); //$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
public function ajouterRelations($relation, $version) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $version);
$res = null;
$taxon = $this->num_nom_taxon;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'
.$this->service.'/'.$version.'/'
.$this->ressources[0].'/relations/'
.$relation.$parametres_url;
$relation = $this->consulterHref($url);
if (isset($relation->resultat)) {
$res = $relation->resultat;
} elseif (isset($relation->$taxon)) { //pour les relations inf et sup
$res = $relation->$taxon;
}
return $res;
}
public function formaterIdSuperieur($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null; //si il n'existe aucune relation
$taxon_sup_traites = array();
if (($resultat) != '' ) {
//on recupere d'abord les rangs supérieurs
$sup = $resultat[0];
do {
$sup = $this->recupererIdSuperieur($sup['num_tax_sup'], $version);
if(!in_array($sup['num_nom'], $taxon_sup_traites)) {
$taxon_sup_traites[] = $sup['num_nom'];
} else {
$sup = null;
}
if ($sup['rang'] == '0') $sup['rang'] = '10'; //erreur dans la base
if (isset($sup)) $resultat[] = $sup;
} while ($sup != null);
krsort($resultat);
//on les affiche ensuite
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function recupererIdSuperieur($id, $version) {
$req = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci FROM '
.$version.' WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($id);
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res[0];
} else {
$resultat = null; //on return null si il n'y a pas de taxon superieur
}
return $resultat;
}
public function formaterIdInferieur($resultat) {
// Attention à l'ordre, on doit d'abord récupérer correpondance_champs avant champs_api
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null;
if (($resultat) != array()) {
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf) {
foreach ($tab_tax_inf as $taxNb) {
if ($taxNb['num_tax_sup'] == $num) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = $taxNb['nb'];
}
}
if (!isset($this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'])) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = '0';
}
}
public function recupererListeTaxonInf($resultat) {
// SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_tax_sup IN (id, id, id) AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
foreach ($resultat as $tab) {
$tab_num[] = $tab['num_nom']; //on regroupe ici les id des taxons dont on cherche le nb de taxon inf
}
$req = 'SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM '.$this->table
.' WHERE num_tax_sup IN ('.implode(',',$tab_num)
.') AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res;
} else {
$resultat = array(); //on retourne un tableau vide s'il n'y a pas de taxon inférieurs
}
return $resultat;
}
}
 
?>
/trunk/services/configurations/config.defaut.ini
76,7 → 76,7
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Infos sur les projets
; Liste des projets disponibles
projetsDispo = "sptba,nvps,bdnt,bdtfx,bdtxa,chorodep,coste,eflore,fournier,insee-d,iso-3166-1,iso-639-1,nvjfl,cel,lion1906,wikipedia,osm,prometheus,bibliobota,photoflora,baseflor,baseveg,sptb,isfan,nva,moissonnage,nasa-srtm,liste-rouge"
projetsDispo = "sophy,bdtao,sptba,nvps,bdnt,bdtfx,bdtxa,chorodep,coste,eflore,fournier,insee-d,iso-3166-1,iso-639-1,nvjfl,cel,lion1906,wikipedia,osm,prometheus,bibliobota,photoflora,baseflor,baseveg,sptb,isfan,nva,moissonnage,nasa-srtm,liste-rouge"
 
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Infos sur le cache
/trunk/services/configurations/config_bdtao.ini
New file
0,0 → 1,156
; Encodage : UTF-8
 
; Nom du projet
nom_projet = "bdtao"
 
; Nom de la base utilisée.
bdd_nom = "tb_eflore"
 
; Nom de la table principalement utilisée.
bdd_table= "bdtao"
 
; Nom de la table ontologies utilisée.
bdd_table_ontologies = "eflore_ontologies"
 
; Nom de la table métadonnées utilisée.
bdd_table_meta = "bdtao_meta"
 
; URL de base des services du projet bdtao
url_service="{ref:url_base}service:eflore:0.1/bdtao"
 
; URL de l'ontologie des bdnt
url_ontologie="{ref:url_base}service:eflore:0.1/bdnt/ontologies/"
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
; Paramètres pour la V2
baseServiceUrl = "{ref:url_base}service:eflore:0.1/"
baseProjetUrl = "{ref:baseServiceUrl}bdtao/"
listeUrl = "{ref:baseProjetUrl}noms"
 
detailsHrefTpl = "{ref:baseProjetUrl}noms/%s"
ontologieHrefTpl = "{ref:baseServiceUrl}bdnt/ontologies/rangTaxo:%s"
 
; Noms des ressources disponible pour ce projet
servicesDispo = "meta-donnees,aide,noms,taxons,cartes"
 
; Paramètres de l'api
parametresAPI = "
recherche,
navigation.depart,
navigation.limite,
distinct,
ns.structure,
ns.format,
masque,
masque.nn,
masque.nt,
masque.rg,
masque.sg,
masque.gen,
masque.sp,
masque.ssp,
masque.au,
masque.an,
masque.bib,
masque.ad,
masque.fam,
masque.sto,
masque.sti,
masque.stc,
masque.prga,
masque.prco,
masque.and,
masque.anf,
retour,
retour.format,
retour.champs,
retour.langue,
version.projet,
contexte"
 
; Champs supplémentaires spécifique au projet : champsBdd = champsSortie (dans Json)
champsProjet = "
num_taxonomique = num_taxonomique,
num_meme_type = num_meme_type,
type_synonymie = type_synonymie,
doute_nom_valide = doute_nom_valide,
hybride = hybride.libelle,
in_auteur = in_auteur,
statut = statut,
nom_complet = nom_complet,
flores = flores,
etat_basionyme = etat_basionyme,
maj_modif = maj_modif,
maj_bb = maj_bb,
maj_creation = maj_creation,
classification = classification,
2n = 2n,
comb_nomen = comb_nomen,
corrections = corrections,
groupe = groupe,
typus = typus,
num_meme_type = num_meme_type"
; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+
;correspondance champs bdnt pour l'affichage lors du résultat renvoyé
correspondance_champs = "
num_nom=id,
num_nom_retenu=nom_retenu.id,
num_tax_sup=tax_sup.id,
rang=rang.code,
nom_sci=nom_sci,
nom_supra_generique=nom_supra_generique,
genre=genre,
epithete_infra_generique=epithete_infra_generique,
epithete_sp=epithete_sp,
type_epithete=type_epithete,
epithete_infra_sp=epithete_infra_sp,
cultivar_groupe=cultivar_groupe,
cultivar=cultivar,
nom_commercial=nom_commercial,
auteur=auteur,
annee=annee,
biblio_origine=biblio_origine,
notes=notes,
nom_addendum=nom_addendum,
homonyme=homonyme,
basionyme=basionyme.id,
synonyme_proparte=proparte.id,
synonyme_douteux=douteux,
synonyme_mal_applique=mal_applique,
synonyme_orthographique=orthographe_correcte.id,
hybride_parent_01=hybride.parent_01.id,
hybride_parent_01_notes=hybride.parent_01.notes,
hybride_parent_02=hybride.parent_02.id,
hybride_parent_02_notes=hybride.parent_02.notes,
nom_francais=nom_fr,
presence=presence.code,
statut_introduction=statut_introduction.code,
statut_origine=statut_origine.code,
num_taxonomique=num_taxonomique,
num_meme_type=num_meme_type,
nom_sci_html=nom_sci_html,
famille=famille"
 
;tableau contenant tous les noms des projet
noms_projets=""
; Correspondance entre les champs et les code l'ontologie
ChampsCodesOntologie = "
rang=rangTaxo,
presence=presence,
statut_origine=statutOrigine,
statut_introduction=statutIntroduction"
 
; Correspondance entre les champs et les codes de la structure d'un nom
nsStructure = "
an=annee,
au=auteur,
bib=biblio_origine,
ad=nom_addendum,
gen=genre,
sp=epithete_sp,
ssp=epithete_infra_sp,
fam=famille"
[Noms]
dureecache = "php:3600*24";
/trunk/scripts/modules/bdtao/Bdtao.php
312,6 → 312,7
//$ligneCsv = '"' . implode($ligne, '","') . '"' . "\n"; // met des double guillemets sur les champs vides et /i
$csvDestination .= $ligneCsv;
}
// @TODO créer le répertoire dans /tmp et donner les droits 777
file_put_contents($cheminCsvRtax, $csvDestination);
$retour = true;
} else {