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/branches/v5.5-arbousiere/nettoyerBdd.sh
New file
0,0 → 1,67
#!/bin/bash
##############################################################################################################
# But : Script supprimant toutes les tables de la base de données eFlore.
# Auteur : Jean-Pascal Milcent <jpm@tela-botanica.org> (translate bat file to shell script)
# License : GPL v3
# Création : 15 avril 2013
# Version: 0.1
# 2013-04-15 - Création
# $Id$
##############################################################################################################
# Constante
APPDIR_ABSOLU=`pwd`;
#
CHEMIN_PHP="/opt/lampp/bin"
CHEMIN_TBF_CLI="$APPDIR_ABSOLU/scripts"
MEMORY_LIMIT="3500M"
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_eflore\033[00m"
echo "Nettoyage et chargement en cours...";
# BASEFLORE : doit être placé apèrs BDTFX (dépendance !)
echo "BASEVEG :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseveg -a supprimerTous
echo "BDNT :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdnt -a supprimerTous
echo "BDTFX :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtfx -a supprimerTous
echo "BASEFLOR :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseflor -a supprimerTous
echo "BDTXA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtxa -a supprimerTous
echo "BIBLIO_BOTA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php biblio_bota -a supprimerTous
# echo "BONNIER :";
# Pas encore utilisé !
echo "CHORODEP :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php chorodep -a supprimerTous
echo "COSTE :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php coste -a supprimerTous
echo "EFLORE :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php eflore -a supprimerTous
# echo "FOURNIER :";
# Pas encore utilisé !
echo "INSEE-D :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php insee_d -a supprimerTous
echo "ISO-3166-1 :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_3166_1 -a supprimerTous
echo "ISO-639-1 :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_639_1 -a supprimerTous
echo "NVJFL :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvjfl -a supprimerTous
echo "NVPS :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvps -a supprimerTous
echo "NVA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nva -a supprimerTous
echo "PHOTOFLORA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php photoflora -a supprimerTous
# echo "PROMETHEUS :";
# Ontologie botanique.
# Pas encore utilisé !
echo "SPTB :";
# Statut de protection Tela Botanica
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php sptb -a supprimerTous
echo "CEL :";
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_cel\033[00m"
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php cel -a supprimerTous
echo "TAPIRLINK :";
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_hit_indexation\033[00m"
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php tapirlink -a supprimerTous
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/branches/v5.5-arbousiere/initialiserBdd.sh
New file
0,0 → 1,91
#!/bin/bash
##############################################################################################################
# But : Script permettant d'initialiser en une seule commande l'ensemble de la base de données eFlore.
# Auteur : Jean-Pascal Milcent <jpm@tela-botanica.org> (translate bat file to shell script)
# Exemple : /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ./cli.php bdtxa -a supprimerTous
# License : GPL v3
# Création : 07 decembre 2011
# Version: 0.1
# 2011-12-07 - Création
# $Id$
##############################################################################################################
# Constante
APPDIR_ABSOLU=`pwd`;
#
CHEMIN_PHP="/opt/lampp/bin"
CHEMIN_TBF_CLI="$APPDIR_ABSOLU/scripts"
MEMORY_LIMIT="3500M"
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_eflore\033[00m"
echo "Nettoyage et chargement en cours...";
# BASEFLORE : doit être placé apèrs BDTFX (dépendance !)
echo "BASEVEG :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseveg -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseveg -a chargerTous
echo "BDNT :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdnt -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdnt -a chargerTous
echo "BDTFX :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtfx -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtfx -a chargerTous
echo "BASEFLOR :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseflor -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php baseflor -a chargerTous
echo "BDTXA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtxa -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php bdtxa -a chargerTous
echo "BIBLIO_BOTA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php biblio_bota -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php biblio_bota -a chargerTous
# echo "BONNIER :";
# Pas encore utilisé !
echo "CHORODEP :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php chorodep -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php chorodep -a chargerTous
echo "COSTE :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php coste -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php coste -a chargerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php coste -a chargerTxt
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php coste -a chargerIndex
echo "EFLORE :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php eflore -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php eflore -a chargerTous
# echo "FOURNIER :";
# Pas encore utilisé !
echo "INSEE-D :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php insee_d -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php insee_d -a chargerTous
echo "ISO-3166-1 :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_3166_1 -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_3166_1 -a chargerTous
echo "ISO-639-1 :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_639_1 -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php iso_639_1 -a chargerTous
echo "NVJFL :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvjfl -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvjfl -a chargerTous
echo "NVPS :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvps -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nvps -a chargerTous
echo "NVA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nva -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php nva -a chargerTous
echo "PHOTOFLORA :";
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php photoflora -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php photoflora -a chargerTous
# echo "PROMETHEUS :";
# Ontologie botanique.
# Pas encore utilisé !
echo "SPTB :";
# Statut de protection Tela Botanica
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php sptb -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php sptb -a chargerTous
echo "CEL :";
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_cel\033[00m"
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php cel -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php cel -a chargerTous
echo "TAPIRLINK :";
echo -e "\033[31m`tput blink`ATTENTION :`tput sgr0` Nécessite la création préalable de la base de données \033[31mtb_hit_indexation\033[00m"
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php tapirlink -a supprimerTous
$CHEMIN_PHP/php -d memory_limit=$MEMORY_LIMIT $CHEMIN_TBF_CLI/cli.php tapirlink -a chargerTous
 
 
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/branches/v5.5-arbousiere/livraison.sh
New file
0,0 → 1,21
#!/bin/bash
##############################################################################################################
# But : Script permettant d'initialiser en une seule commande l'ensemble de la base de données eFlore.
# Auteur : Jean-Pascal Milcent <jpm@tela-botanica.org> (translate bat file to shell script)
# License : GPL v3
# Création : 07 decembre 2011
# Version: 0.1
# 2011-12-07 - Création
# $Id$
##############################################################################################################
 
# ATTENTION NE PAS UTILISER !!!
 
# compresser les services en excluant les fichiers svn et les fichiers de config et framework
#tar cvzf services.tar.gz services/ --exclude=".svn" --exclude="*.ini" --exclude="framework.php" --exclude="*.sh"
# envoyer sur tela
#scp services.tar.gz root@tela-botanica.org:/home/telabotap/www/eflore-test/.
 
# se connecter sur tela botanica en ssh et effectuer le déploiement
#ssh root@tela-botanica.org "cd /home/telabotap/www/eflore-test/; cd services; tar cvzf ../backup/services.tar.gz .; cd ../; rm -Rf services; tar xvzf services.tar.gz; cd services; cp ../configurations/services/* . -R; chown #telabotap:users /home/telabotap/www/eflore-test/services -R; chmod 755 /home/telabotap/www/eflore-test/services -R; exit";
#echo "Done !"
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/branches/v5.5-arbousiere/chargerDonnees.sh
New file
0,0 → 1,50
#!/bin/bash
##############################################################################################################
# But : téléchargement automatique en local des données des projets depuis le serveur de Tela Botanica par ftp
# Auteur : Jean-Pascal Milcent <jpm@tela-botanica.org> (translate bat file to shell script)
# License : GPL v3
# Création : 07 decembre 2011
# Version: 0.1
# 2011-12-07 - Création
# $Id$
##############################################################################################################
# Constante
NBREPARAM=$#
APPDIR_ABSOLU=`pwd`;
DOSSIER_LOCAL="$APPDIR_ABSOLU/donnees/"
DOSSIER_DISTANT="/www/eflore/donnees/"
# Aide
E_OPTERR=65
if [ "$1" = '--help' ]
then # Le script a besoin d'au moins un argument sur la ligne de commande
echo "Usage $0 -[parameters -u, -p ]"
echo "Paramétres : "
echo " -h: indiquer l'hote ftp"
echo " -u: indiquer le nom de l'utilisateur ftp"
echo " -p: indiquer le mot de passe de l'utilisateur ftp"
exit $E_OPTERR
fi
 
# Récupération des paramètres et des options de la ligne de commande
TEMP=`getopt -o u:p:h: -l help: -- "$@"`
if [ $? != 0 ] ; then echo "Terminating..." >&2 ; exit 1 ; fi
eval set -- "$TEMP"
while [ ! -z "$1" ] ; do
#echo $1" # "$2
case "$1" in
-h) HOST=$2;;
-u) FTP_USER=$2;;
-p) FTP_PASSWD=$2;;
--) shift ; break ;;
*) echo "Internal error!" ; exit 1 ;;
esac
shift 2
done
 
# Transfert sur le serveur par FTP
if [ $NBREPARAM -eq 0 ]; then
echo "Pas de transfert sur le serveur. Utiliser --help pour voir les options de transfert."
else
echo "Téléchargement en cours :";
lftp ftp://$FTP_USER:$FTP_PASSWD@$HOST -e "set ftp:passive off; mirror -e --no-symlinks -x '.*cel\/images\/.*' -x '.*osm\/.*' -x '.*plantscan\/.*' -x '.*coste\/cles\/.*' -x '.*coste\/descriptions\/.*' -x '.*coste\/images\/.*' -x '.*coste\/ressources\/.*' $DOSSIER_DISTANT $DOSSIER_LOCAL ; quit"
fi;
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/bdtao/Noms.php
New file
0,0 → 1,599
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Classe permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques.
* Si l'url finit par /noms on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /noms?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.gen (nom de genre), masque.sp (épithète d'espèce), masque.ssp (épithète infra-spécifique),
* masque.au (auteur du nom), masque.an (année de publication du nom), masque.bib (réf biblio de la publi d'origine du nom), masque.ad (nomen addendum),
* masque.nn (identifiant du nom), recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format, nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
* Les différentes requetes :
* - noms | noms/relations/#projet/#id_projet | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ
* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores
* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales
*
* @package bdtfx
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Noms
*/
 
class Noms extends CommunNomsTaxons {
 
protected $format_reponse = 'noms'; // Permet de stocker la requete formulée
protected $service = 'noms';
protected $serviceNom = 'noms';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = '';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $distinct = null; // Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
 
//+----------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametresSpecifiques() {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.sg' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_supra_generique', $val);
break;
case 'masque.gen' :
$this->ajouterFiltreMasque('genre', $val);
break;
case 'masque.sp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_sp', $val);
break;
case 'masque.ssp' :
$this->ajouterFiltreMasque('epithete_infra_sp',$val);
break;
case 'masque.au' :
$this->ajouterFiltreMasque('auteur', $val);
break;
case 'masque.an' :
$this->ajouterFiltreMasque('annee', $val);
break;
case 'masque.bib' :
$this->ajouterFiltreMasque('biblio_origine',$val);
break;
case 'masque.ad' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_addendum', $val);
break;
case 'masque.nn' :
$this->requete_condition []= 'num_nom IN ('.$val.')';
$this->masque['num_nom'] = "num_nom=$val";
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition []= 'num_taxonomique IN ('.$val.')';
$this->masque['num_tax'] = "num_taxonomique=$val";
break;
case 'masque.rg' :
$this->ajouterFiltreMasque('rang', $val);
break;
case 'retour.champs' :
$this->verifierParamChamps($param, $val);
break;
case 'distinct' :
$this->ajouterNomDistinct($val);
break;
case 'masque.fam' :
$this->ajouterFiltreMasque('famille', $val);
break;
case 'masque.sto' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_origine', $val);
break;
case 'masque.sti' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_introduction', $val);
break;
case 'masque.stc' :
$this->ajouterFiltreMasque('statut_culture', $val);
break;
case 'masque.and' :
$this->requete_condition []= " annee >= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.anf' :
$this->requete_condition []= " annee <= ".$this->getBdd()->proteger($val);
break;
case 'masque.prgua' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Guadeloupe', $val);
break;
case 'masque.prmar' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Martinique', $val);
break;
case 'masque.prstm' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Martin', $val);
break;
case 'masque.prdes' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_La_Desirade', $val);
break;
case 'masque.prstb' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Saint_Barthelemy', $val);
break;
case 'masque.prmga' :
$this->ajouterFiltreMasque('presence_Marie_Galante', $val);
break;
case 'masque.prsai' :
$this->ajouterFiltreMasque('`presence_Les-Saintes`', $val);
break;
}
}
}
 
public function verifierParamChamps($param, $val) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$champs_demandes = explode(',', $val);
$champs_verifies = array();
$champs_api = array_flip($this->champs_api);
$champs_supp = array('nom_retenu_complet'=>'num_nom_retenu', 'basionyme_complet'=>'num_basionyme');
$champs_api = array_merge($champs_api, $champs_supp);
foreach ($champs_demandes as $champ) {
if (array_key_exists($champ, $champs_api)) {
$champs_verifies[] = $champs_api[$champ];
}
}
if (count($champs_verifies) > 0) {
$this->requete_champ .= ', '.implode(',', $champs_verifies);
}
}
 
/** Permet de rajouter à la requete sql le parametre distinct. N'est utilisé qu'avec le format oss */
public function ajouterNomDistinct($distinct) {
if (isset($distinct)) {
if ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$this->distinct = ' distinct ';
} elseif ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> L\'utilisation du paramètre distinct ne se fait que sous
le format oss';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
//-----------------FONCTION D'ANALYSE DES RESSOURCES--------------------------------------------------------------------
 
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
//on initialise la condition de la requete sql et le format de réponse
$this->requete_condition = array(); //on vide la table dans le cas de plusieurs version
$this->requete_condition[] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);
$this->format_reponse = $this->service.'/id';
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
if ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/#champ+#champ </li>
<li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { // requete de type noms/#id : rajout du nom_sci pour récupérer le format html par la fct mettreAuFormat()
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
 
public function traiterRessourceRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
$projet = $this->ressources[1];
$num_nom = $this->ressources[2];
if (strrpos($num_nom, 'nn.coste') !== false) {
list($p, $nn) = explode('=', $num_nom);
$num_nom = $nn;
}
$champ = "flore_$projet"."_num";
if (isset($this->ressources[3])) {
$type = $this->ressources[3];
if (!in_array($type, array('homonymie', 'synonymie'))) {
$e = "Les types disponibles pour les noms sont homonymie, synonymie";
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
$this->requete_champ = ' num_nom ';
$this->requete_condition = array();
$this->requete_condition[] = "$champ = ".$this->getBdd()->proteger($num_nom);
}
 
public function traiterRessourceIdRelations() {
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
// requete de type noms/#id/relations/#relation
switch ($this->ressources[2]) {
case 'synonymie' :
$this->traiterRessourceIdSynonymie();
break;
case 'homonymie' :
$this->traiterRessourceIdHomonymie();
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/relations/synonymie </li>
<li> noms/#id/relations/homonymie </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
 
public function traiterRessourceIdSynonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, basionyme FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X LIMIT 0,100;
$this->format_reponse .= '/synonymie';
if (strrpos($this->requete_champ, ', num_basionyme') === false) {
$this->requete_champ .= ', num_basionyme ';
}
$this->requete_condition[0] = 'num_nom_retenu = '.
'(SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceIdHomonymie() {
// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE nom_sci = (SELECT nom_sci FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->format_reponse .= '/homonymie';
$this->requete_condition[0] = 'nom_sci = (SELECT nom_sci FROM '.$this->table
.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';
}
 
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse .= '/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
 
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse .= '/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_condition = null;
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse .= '/initiales';
$this->requete_champ = 'count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2)';
}
 
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
 
public function assemblerLaRequete() {
if ( strrpos($this->format_reponse, 'noms/stats/') === false ) {
$this->mettreAuFormat(); //Ds CommunNomsTaxons.php
}
$requete = 'SELECT '.$this->retournerChamps().' '.
"FROM {$this->table} ".
$this->retournerRequeteCondition().' '.
$this->requete_group_by.' '.
$this->retournerOrderBy().' '.
$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
 
public function retournerChamps() {
$sql = '';
if ($this->distinct) {
$sql .= $this->distinct.' ';
}
if ($this->requete_champ) {
$sql .= $this->requete_champ.' ';
}
 
// Champs "virtuels" pour tier sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$sql .= ", IF(num_nom = num_nom_retenu, '0', '1') AS nom_retenu_tri ";
}
}
 
return $sql;
}
 
public function decouperParametreRetourTri() {
$tri = array('', '');
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
if (preg_match('/^(retenu)(?:,(ASC|DESC)|)$/', $this->parametres['retour.tri'], $match))
$tri[0] = $match[1];
$tri[1] = isset($match[2]) ? $match[2] : '';
}
return $tri;
}
 
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
public function retournerOrderBy() {
$orderBy = array();
 
// Tri sur l'ensemble des résultats
if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {
list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();
if ($champ == 'retenu') {
$orderBy[] = "nom_retenu_tri $ordre";
}
}
// Tri par défaut
if ($this->format_reponse == 'noms') {
$orderBy[] = 'nom_sci ASC';
}
 
$sql = '';
if (count($orderBy) > 0) {
$sql = 'ORDER BY '.implode(', ', $orderBy).' ';
}
return $sql;
}
 
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'noms' && $this->format_reponse != 'noms/id/relations/synonymie'
&& $this->format_reponse != 'noms/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] =
(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
 
/** Recupere le nombre total de résultat d'une requete lancée. */
public function recupererTotalResultat() {
$total = null;
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
} else {
$e = 'Fct recupererTotalResultat() : <br/>Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
}
return $total;
}
 
 
//-------------------FONCTIONS POUR LE FORMATAGE EN JSON----------------------------------------------------------------
 
public function retournerResultatFormate($resultat) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'noms/relations' :
$reponse = $this->formaterRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0]);
break;
case 'noms/id/relations/synonymie' :
$reponse = $this->formaterIdSynonymie($resultat);
break;
case 'noms/id/relations/homonymie' :
$reponse = $this->formaterIdHomonymie($resultat);
break;
case 'noms/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'noms/stats/rangs' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'noms/stats/initiales' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'noms' :
$reponse = $this->formaterNoms($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id-----------------------------+
 
public function formaterRelations($resultat) {
$num_nom = $resultat['num_nom'];
if (isset($this->ressources[3])) {
$url = Config::get('url_service').$this->service."/$num_nom/relations";
} else {
$type = $this->ressources[3];
$url = Config::get('url_service')."/$this->service/$num_nom/relations/$type";
}
$res = $this->consulterHref($url);
return $res;
}
 
public function formaterIdRelations($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier lors de l'affichage
 
//on recupère le resultat de chaque relation (appel du WS correspondant)
$homonymes = $this->ajouterRelations('homonymie');
if (isset($homonymes)) $retour_id_rel['resultat']['homonymes'] = $homonymes;
$synonymes = $this->ajouterRelations('synonymie');
if (isset($synonymes)) $retour_id_rel['resultat']['synonymes'] = $synonymes;
 
//on renvoit null si il n'existe aucune relations (on efface l'entete en premier lieu)
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) {
$retour_id_rel = null;
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->ressources[0]);
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
 
/**
* Recupere les relations (type de la relation passée en paramètres :[type_relation] = synonymie, homonymie ou
* ) par l'appel du web service [version]/noms/#id/relations/[type_relation]
*/
public function ajouterRelations($relation) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $this->table);
$res = null;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'.$this->service.'/'.
$this->ressources[0].'/relations/'.
$relation.$parametres_url;
 
$relation = $this->consulterHref($url);
 
$res = $relation->resultat;
return $res;
}
 
 
public function formaterIdSynonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$retour_id_syn = array();
if ($resultat[0]['num_nom_retenu'] == '') {
$retour_id_syn[] = 'nom_retenu N.D.';
} elseif (count($resultat) != 1) {
//on remplit d'abord l'entete du resultat
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_syn['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $tab) {
//pour chaque basionyme, on recupère le résultat : num_nom, nom_sci, basionyme et num_nom_retenu :
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('basionyme', $tab['num_basionyme']);
$retour_id_syn['resultat'][$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
if (!isset($retour_id_syn['resultat']) && !in_array('nom_retenu N.D.', $retour_id_syn)) {
$retour_id_syn = null; //on initialise le resultat à null
}
}
return $retour_id_syn;
}
 
public function formaterIdHomonymie($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
if (count($resultat) != 1) {
$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];
$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/homonymie');
$retour_id_hom['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($resultat as $homonyme) {
$this->resultat_req = $homonyme;
$id = $homonyme['num_nom'];
$this->afficherDonnees('num_nom', $id);
if ($homonyme['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($id == $homonyme['num_nom_retenu']) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
$retour_id_hom['resultat'][$id] = $this->table_retour;
unset($retour_id_hom['resultat'][$id]['id']);
$this->table_retour = array();
}
} else {
$retour_id_hom = null;
}
return $retour_id_hom;
}
 
public function obtenirSynonymesParNumNomAvecInfosFlore($num_nom, $version='1_02') {
 
$champs_flore = 'flore_bonnier_num, flore_bonnier_rem,'.
'flore_cnrs_num, flore_cnrs_rem '.
'flore_fe_num, flore_fe_rem '.
'flore_coste_num, flore_coste_rem '.
'flore_fh_num, flore_fh_rem '.
'flore_fournier_num, flore_fournier_rem';
 
$requete = 'SELECT num_nom, nom_sci, '.$champs_flore.' '.
'FROM '.$this->table.' '.
'WHERE num_nom_retenu = '.
'('.
'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = "'.$num_nom.'"'.
')';
 
return $this->getBdd()->recupererTous($requete);
}
 
//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres-------+
 
public function formaterNoms($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat); //Ds CommunNomsTaxons.php
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
 
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
 
// TODO : améliorer le tri des résultats
// ATTENTION : ce comportement est étrange
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque) && !isset($this->parametres['retour.tri'])) {
// fonction du pauvre pour palier aux "." remplacés accidentellement par des "_"
$index = str_replace('masque_','masque.',$masque[0]);
//$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$index], $resultat, $masque[1]);
}
 
$table_retour_json['entete'] = $this->remplirJsonEntete();
$table_retour_json['resultat'] = $this->remplirJsonResultat($resultat);
return $table_retour_json;
}
 
public function remplirJsonResultat($resultat) {
$champs = null;
if (array_key_exists('retour.champs', $this->parametres)) {
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
}
 
$noms = array();
foreach ($resultat as $tab) {
$this->table_retour = array();
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num); // ajoute le nom_sci, href et si le nom est retenu dans $this->table_retour
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
if ($champs != null) {
$reponse_id = $this->formaterId($tab);
$this->table_retour = array();
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
$retour = array_merge($retour, $this->table_retour);
}
$noms[$num] = $retour;
}
 
return $noms;
}
 
public function remplirJsonEntete() {
$entete = array();
if (isset($this->masque)) {
$this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
}
parent::afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
return $this->table_retour;
}
}
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/bdtao/Taxons.php
New file
0,0 → 1,520
<?php
 
// declare(encoding='UTF-8');// ou ISO-8859-15
/**
* Description :
* Classe Taxons.php permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques retenu.
* Si l'url finit par /taxons on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).
* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /taxons?param1=val1&param2=val2&...
*
* Les paramètres de requête disponibles sont : masque, recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format,
* nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-${year} Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
class Taxons extends CommunNomsTaxons {
/** Permet de stocker la requete formulée taxons | taxons/#id | taxons/#id/#champ+#champ ...*/
protected $format_reponse = 'taxons';
protected $service = 'taxons';
protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, num_taxonomique, rang ';
protected $requete_condition = null;
protected $requete_group_by = ' ';
/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/
protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);
protected $num_nom_taxon; //Stocke le num_nom du nom retenu du num_nom recherché
protected $presence_num_tax = true;
public function consulter($ressources, $parametres) {
return parent::consulter($ressources, $parametres);
}
public function traiterParametresSpecifiques() {
$this->requete_condition[] = 'num_nom = num_nom_retenu';
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'masque' :
$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);
break;
case 'masque.nt' :
$this->requete_condition[] = "num_taxonomique IN ($val)";
$this->masque[] = "num_taxonomique=$val";
break;
case 'masque.rg':
$this->requete_condition[] = 'rang = '.$this->getBdd()->proteger($val);
$this->masque[] = "rang=$val";
break;
}
}
}
//------------------------------------------Fonction ressources---------------------------------------------------------------------
public function gererNumTax() {
if (!in_array('num_taxonomique', $this->champs_table)) {
$this->presence_num_tax = false;
$this->requete_champ = str_replace(', num_taxonomique ', '', $this->requete_champ);
} else {
$this->presence_num_tax = true;
}
}
public function traiterRessourcesIdentifiant() {
$this->format_reponse = 'taxons/id';
$this->traiterRessourceNtId();
$this->num_nom_taxon = $this->recupererNumNomTaxon(); //on recupere le taxon correspondant au num_nom recherché
if ($this->entete_http == '') {
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon);
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
//---------------- requete de type taxons/#id/#champ+#champ--------------------------------------
if ($this->ressources[1] != 'relations') { // SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
$this->format_reponse .= '/champ';
//---------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
} elseif ($this->ressources[1] == 'relations') {
$this->traiterRessourceIdRelations();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> #id/relations </li> <li> #id/#champ+#champ </li> <li> #id/relations </li>
<li> #id/relations/inferieurs </li> <li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else { //--------------- requete de type taxons/#id-----------------------------------------------------
$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';
}
}
}
public function traiterRessourceNtId() {
if (strrpos($this->ressources[0], 'nt:') !== false) {
if ($this->presence_num_tax) {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_taxonomique = X;
$this->requete_condition[0] = ' num_taxonomique = '
.str_replace('nt:', '', $this->ressources[0]).' ';
} else {
$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le numéro taxonomique n\'existe pas dans ce projet';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} else {
// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->ressources[0];
}
}
/** Permet de récupérer le num_nom du taxon recherché. Soit le numéro taxonomique est demandé (avec nt: )
* soit un num_nom dont on recherche le num_nom_retenu */
public function recupererNumNomTaxon() {
$identifiant = '';
if ($this->entete_http == '') {
//on récupere l'identifiant du taxon correspondant au num_nom ou num_taxonomique demandé pour pouvoir l'afficher
$req_tax = 'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0];
$res_tax = $this->getBdd()->recuperer($req_tax);
//on recherche ensuite les identifiants des taxons supérieurs ou inférieurs
if ($res_tax && $res_tax != '') {
$identifiant = $res_tax['num_nom_retenu'];
} else {
$e = 'Le numéro de taxon ou l\'identifiant de nom correspondant au num_nom '
.$this->ressources[0].' n\'existe pas dans la base.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
Debug::printr($req_tax);
}
}
return $identifiant;
}
public function traiterRessourceIdRelations() {
//----------------- requete de type taxons/#id/relations-------------------------------------------
// SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;
$this->format_reponse .= '/relations';
if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {
//------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------
switch ($this->ressources[2]) {
case 'superieurs' :
$rel = 'recupererIdSup';
$this->format_reponse .= '/superieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'inferieurs' :
$rel = 'recupererIdInf';
$this->format_reponse .= '/inferieurs';
$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);
break;
case 'hierarchie' :
$rel = 'recupererIdHierarchie';
$this->format_reponse .= '/hierarchie';
$this->traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel);
break;
default :
$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> taxons/#id/relations </li><li> #id/relations/inferieurs </li>
<li> #id/relations/superieurs </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
}
}
public function traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') {
//dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdHierarchie() {
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table.' '.
' WHERE hierarchie LIKE CONCAT('.
'(SELECT hierarchie FROM '.
$this->table.' '.
'WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon).')'.
', '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon.'-%').
')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function traiterRessourceIdRelationInfSup($rel) {
//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs
$res_relation = $this->$rel();
//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :
if ($res_relation == '') { //dans le cas ou la requete comporte des erreurs
$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
} elseif ($res_relation) {
//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)
foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];
$res = implode(',',$res);
$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";
$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';
} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe
$res = array($this->num_nom_taxon => null);
$this->corps_http = json_encode($res);
$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;
}
}
public function recupererIdInf() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM '
.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition).')';
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
public function recupererIdSup() {
//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_tax_sup FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);
$req_relation = 'SELECT num_tax_sup as num_nom FROM '.$this->table
.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation);
return $res_relation;
}
 
public function traiterRessourceStatsInitiales() {
// SELECT count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);
$this->format_reponse = 'taxons/stats/initiales';
$this->requete_champ = 'count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2) ';
}
public function traiterRessourceStatsRangs() {
// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/rangs';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';
}
public function traiterRessourceStatsAnnees() {
// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;
$this->format_reponse = 'taxons/stats/annees';
$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';
$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';
}
//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------
public function assemblerLaRequete() {
if ($this->format_reponse != 'taxons/stats/initiales') {
$this->mettreAuFormat(); //on remplace les nom_sci par les nom_sci_html
}
$requete = ' SELECT '.$this->requete_champ.
' FROM '.$this->table
.$this->retournerRequeteCondition()
.$this->requete_group_by
.$this->formerRequeteLimite();
return $requete;
}
public function formerRequeteLimite() {
if ($this->format_reponse != 'taxons' && $this->format_reponse != 'taxons/id/relations/homonymie') {
$this->requete_limite = '';
} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {
$this->limite_requete['depart'] = (($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
} else {
$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];
}
return $this->requete_limite;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
public function recupererTotalResultat() {
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$total = $res['nombre'];
}
return $total;
}
 
//-------------------------FONCTIONS DE FORMATION DU RESULTAT-----------------------------------------------------------
/** Permet de récupérer le résultat à retourner propre à chaque requete et de l'encoder en json*/
public function retournerResultatFormate($resultat, $version) {
switch ($this->format_reponse) {
case 'taxons/id' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/champ' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterIdChamp($resultat[0]);
break;
case 'taxons/id/relations' :
$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0],$version);
break;
case 'taxons/id/relations/superieurs' :
$reponse = $this->formaterIdSuperieur($resultat, $version);
break;
case 'taxons/id/relations/inferieurs' :
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/id/relations/hierarchie' :
// le formatage de la hiérarchie est identique aux relations inférieures
$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);
break;
case 'taxons/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);
break;
case 'taxons/stats/rangs' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);
break;
case 'taxons/stats/initiales' ://ds CommunNomsTaxons
$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);
break;
case 'taxons' :
$reponse = $this->formatertaxons($resultat);
break;
}
return $reponse;
}
//----------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres--------------
public function formaterTaxons($resultat) {
if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {
$reponse = $this->formaterEnOss($resultat);
} else {
$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);
}
return $reponse;
}
public function formaterEnJsonMax($resultat) {
//print_r($resultat);
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$masque = $this->recupererMasquePrincipal();
if (isset($masque)) $resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$masque[0]], $resultat, $masque[1]);
if (isset($this->masque)) $this->table_retour['masque'] = implode('&', $this->masque);
$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service);
$table_retour_json['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
//on remplit la table $table_retour_json['resultat']
$tab_tax_inf = $this->recupererListeTaxonInf($resultat);
foreach ($resultat as $tab) {
$num = $tab['num_nom'];
if (isset($this->parametres['masque.nt'])) $this->afficherDonnees('num_taxonomique', $tab['num_taxonomique']);
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf);
$resultat_json[$num] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array(); //on vide le tableau table_retour
}
$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;
return $table_retour_json;
}
//--------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id----------------------------------------
 
public function formaterIdRelations($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier
 
$superieurs = $this->ajouterRelations('superieurs'); //, $version);
if (isset($superieurs)) $retour_id_rel['resultat']['superieurs'] = $superieurs;
$inferieurs = $this->ajouterRelations('inferieurs', $version);
if (isset($inferieurs)) $retour_id_rel['resultat']['inferieurs'] = $inferieurs;
if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) { //on renvoit un tableau null si il n'existe aucune relations
$retour_id_rel = 'null';
} else { //on rajoute l'entete si des relations existent
$this->afficherDonnees('num_nom', $this->num_nom_taxon); //$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');
$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
return $retour_id_rel;
}
public function ajouterRelations($relation, $version) {
$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $version);
$res = null;
$taxon = $this->num_nom_taxon;
$parametres_url = '';
if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');
$url = Config::get('url_service').'/'
.$this->service.'/'.$version.'/'
.$this->ressources[0].'/relations/'
.$relation.$parametres_url;
$relation = $this->consulterHref($url);
if (isset($relation->resultat)) {
$res = $relation->resultat;
} elseif (isset($relation->$taxon)) { //pour les relations inf et sup
$res = $relation->$taxon;
}
return $res;
}
public function formaterIdSuperieur($resultat, $version) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null; //si il n'existe aucune relation
$taxon_sup_traites = array();
if (($resultat) != '' ) {
//on recupere d'abord les rangs supérieurs
$sup = $resultat[0];
do {
$sup = $this->recupererIdSuperieur($sup['num_tax_sup'], $version);
if(!in_array($sup['num_nom'], $taxon_sup_traites)) {
$taxon_sup_traites[] = $sup['num_nom'];
} else {
$sup = null;
}
if ($sup['rang'] == '0') $sup['rang'] = '10'; //erreur dans la base
if (isset($sup)) $resultat[] = $sup;
} while ($sup != null);
krsort($resultat);
//on les affiche ensuite
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function recupererIdSuperieur($id, $version) {
$req = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci FROM '
.$version.' WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($id);
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res[0];
} else {
$resultat = null; //on return null si il n'y a pas de taxon superieur
}
return $resultat;
}
public function formaterIdInferieur($resultat) {
// Attention à l'ordre, on doit d'abord récupérer correpondance_champs avant champs_api
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$tab_relation = null;
if (($resultat) != array()) {
foreach ($resultat as $tab) {
$this->resultat_req = $tab;
$num = $tab['num_nom'];
$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);
$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);
$tab_inf[$num] = $this->table_retour;
$tab_inf[$num]['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];
$this->table_retour = array();
}
$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;
}
return $tab_relation;
}
public function afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf) {
foreach ($tab_tax_inf as $taxNb) {
if ($taxNb['num_tax_sup'] == $num) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = $taxNb['nb'];
}
}
if (!isset($this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'])) {
$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = '0';
}
}
public function recupererListeTaxonInf($resultat) {
// SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_tax_sup IN (id, id, id) AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
foreach ($resultat as $tab) {
$tab_num[] = $tab['num_nom']; //on regroupe ici les id des taxons dont on cherche le nb de taxon inf
}
$req = 'SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM '.$this->table
.' WHERE num_tax_sup IN ('.implode(',',$tab_num)
.') AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
if ($res) {
$resultat = $res;
} else {
$resultat = array(); //on retourne un tableau vide s'il n'y a pas de taxon inférieurs
}
return $resultat;
}
}
 
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/bdtao/CommunNomsTaxons.php
New file
0,0 → 1,928
<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Description :
* Classe CommunNomsTaxons.php
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
 
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
 
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
private $ontologie = array();
 
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
 
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
 
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
$this->remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
 
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
 
 
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
 
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
 
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
 
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
 
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
 
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
 
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
 
public function traiterParametresCommuns() {
 
}
 
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->modifierValeur($val);
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
 
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
 
private function modifierValeur($valeur) {
$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);
$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);
return $valeur;
}
 
private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');
$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');
$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);
return $valeur;
}
 
private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));
$valeur = $valeur.'%';
return $valeur;
}
 
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
 
private function etreRessourceId() {
$ok = false;
if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {
$ok = true;
}
return $ok;
}
 
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
 
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
 
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
public function estUnIdentifiant() {
return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
 
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
public function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
foreach ($structure_nom as $structure) {
$structure = trim($structure);
$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/',
'/^au_ss$/','/^bib_ss$/');
$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre',
'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');
 
// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
$this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);
}
}
 
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
 
/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,
* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini
* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */
public function recupererTableSignification($table) {
$tables = explode(',', $table);
foreach ($tables as $tab) {
if ($tab == 'champs_comp') {
$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd
$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);
} elseif ($tab == 'champs_api') {
foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
$val = $match[1];
$this->champs_api[$key] = $val;
}
} else {
$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);
}
}
}
 
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
}else {
$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
 
}
 
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
 
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
 
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
unset($this->table_retour['id']);
}
 
 
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
 
public function formaterId($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
 
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
 
public function formaterIdChamp($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
return $this->table_retour;
}
 
protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'num_basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
$champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
// champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/
if (in_array($champ, $champs_forces)) {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
}
}
}
}
 
public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$this->table_retour[$chp] = $valeur;
} else {
$this->table_retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
 
public function decomposerNomChamp($champ) {
$decomposition = false;
if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
$radical_champ = $match[1];
$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";
$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);
}
return $decomposition;
}
 
public function verifierValiditeChamp($champ) {
$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);
$validite_ressource = true;
if ($decomposition) {
list($radical, $suffixe) = $decomposition;
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {
$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
}
return $validite_ressource;
}
 
public function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
 
public function estChampComplementaire($radical_champ) {
$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;
return $champ_complementaire_ok;
}
 
public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {
$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
 
public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
 
 
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
 
public function formaterStatsAnnee($resultat) {
foreach ($resultat as $cle_annee) {
$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';
$nb = $cle_annee['nombre'];
$retour_stats_annee[$annee] = $nb;
}
return $retour_stats_annee;
}
 
public function formaterStatsRang($resultat) {
foreach ($resultat as $rangs) {
if ($rangs['rang'] != 0) {
$rang = $rangs['rang'];
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);
}
$nombre = $rangs['nombre'];
$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;
}
}
return $retour_rang;
}
 
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
 
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);
}
}
}
}
 
public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {
if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
 
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
 
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
 
public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {
$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
 
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
 
} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);
 
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
 
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
 
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);
break;
case 'signification' :
$this->afficherSignification($champ, $valeur);
break;
case 'href' :
$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);
$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;
break;
case 'code' :
$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);
break;
case 'notes' :
$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
 
public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);
$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
$this->table_retour = $tab_res;
}
 
private function obtenirCode($champ, $valeur) {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
return "bdnt.$code:$valeur";
}
 
private function transformerChampEnCode($champ) {
if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
}
 
$code = $champ;
if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];
}
return $code;
}
 
public function creerUrl($champ, $valeur) {
if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
 
public function afficherSignification($champ, $valeur) {
if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'].' '.
$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$nom = $this->recupererNomSci($valeur);
if ($nom != array()) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$this->service_href = $nom['service'];
}
} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);
}
}
 
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
 
public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {
if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) {
$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {
$code = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$url = Config::get('url_ontologie').$code.':'.$valeur.'/nom';
$res = $this->consulterHref($url); //dans commun.php
$nom_code = $valeur;
if (is_object($res)) {
$nom_code = $res->nom;
}
$this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code);
}
return $nom_code;
}
 
public function recupererNomSci($id) {
$nom = array();
if ($id != 0) {
if ($this->compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r($this->compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom)
.' FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
return $nom;
}
 
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {
$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;
 
$nom = '';
if (isset($this->compo_nom)) {
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom = array();
 
foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);
$nom = implode(' ', $nom_complet);
}
return rtrim($nom, ' ');
}
 
 
public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$this->bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
 
public function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
 
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
 
 
 
public function correspondAUnCode($key) {
return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));
}
 
public function correspondAUnId($key) {
return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));
}
 
public function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
 
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
 
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
 
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
 
private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {
if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {
$this->ontologie[$categorie] = array();
}
if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();
}
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;
}
 
private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {
return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);
}
 
private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {
return $this->ontologie[$categorie][$valeur];
}
}
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/GraphiquesBaseflor.php
New file
0,0 → 1,125
<?php
/**
* Classe GraphiquesBaseflor.php transforme les données écologiques de la table baseflor
* en graphique svg
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie un graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class GraphiquesBaseflor extends CommunGraphiques{
 
public function definirTable($version){
$this->table = Config::get('bdd_table')."_v".$version;
}
 
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
 
public function traiterReferentieletNum(){
if (!empty($this->ressources[1])) {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9|,]+)$/', $this->ressources[1], $retour) == 1){
switch ($retour[1]) {
case 'bdtfx' :
$this->requete_condition[]= "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdtfx' ";
break;
case 'bdafx' :
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdafx' ";
break;
case 'bdbfx' :
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdbfx' ";
break;
default :
$e = "Le référentiel {$retour[1]} n'existe pas.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
} else {
throw new Exception( "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
public function traiterTypeGraphique(){
if (!empty($this->ressources[0])) {
switch ($this->ressources[0]) {
case 'climat' :
$this->requete_champs = ' ve_lumiere , ve_temperature, ve_continentalite, ve_humidite_atmos' ;
$this->nomGraphique= 'climat';
break;
case 'sol' :
$this->requete_champs = ' ve_humidite_edaph , ve_reaction_sol, ve_nutriments_sol, ve_salinite,'
.'ve_texture_sol, ve_mat_org_sol' ;
$this->nomGraphique = 'sol';
break;
default :
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> precisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
throw new Exception("Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> precisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".", RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
 
//+-------------------------- formatage du résultat -------------------------------------------+
/// ++++ svg +++++ ///
public function changerValeursSVG(){
$Dompath = new DOMXPath($this->dom);
foreach ($this->valeurs_en_pourcentage as $cle => $val) {
if ($val !== null) { // sinon valeur inconnue donc pas de point rouge
$val = preg_replace('/,/','.', $val);
$grad_id = array_search($val,$this->graduations_id);
$element = $Dompath->query("//*[@id='".$grad_id."']")->item(0);
if($element != null) {
$pos_x = $element->getAttribute('x1');
$curseur = $Dompath->query("//*[@id='".$cle."']")->item(0);
$curseur->setAttribute('cx', $pos_x);
$curseur->setAttribute('class', 'curseur');
$this->ajouterInfoAuSurvol($curseur);
$changement = true;
}
}
}
$this->ajusterFormatSVG();
}
public function ajouterInfoAuSurvol($curseur){
$champs = $curseur->getAttribute('id');
$valeurTexte = $this->recupererOntologies($this->valeurs_champs[$champs], $champs );
if ($valeurTexte !== false) {
$valeurTexte = $this->traiterIntermediaires($valeurTexte->nom, $champs, $champs);
$curseur->setAttribute('title',$this->valeurs_champs[$champs].": ".$valeurTexte );
}
}
 
}
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/InformationsBaseflor.php
New file
0,0 → 1,507
<?php
 
/**
* Classe InformationsBaseflor.php permet de faire des requetes de baseflor en fonction d'un référentiel
*( BDTFX, BDAFX, BDBFX ) et d'un numéro nomenclatural ( différent de 0 ).
* fin d'url possibles :
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen --> retourne tous les champs pour un BDNT et un num_nomen
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen?champs=description --> retourne champs description pour un BDNT et un num_nomen
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen?champs=ecologie --> retourne champs ecologiques pour un BDNT et un num_nomen
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen/relations/catminat --> donne les num nomen et les bdnt pour tous
* les taxons qui ont le même code catminat ( code milieu ) que celui entré
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class InformationsBaseflor extends Commun{
 
protected $table = "";
private $format_reponse = 'informations';
private $retour_format = 'max';
private $champs_ontologiques = array();
protected $serviceNom = 'informations';
private $Bdd;
private $requete_condition = "";
private $champs_recherches = '*';
private $resultat_json;
private $nb_ressources;
protected $limite_requete = array( 'depart' => 0, 'limite' => 10);
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->nb_ressources = count($ressources);
 
$this->traiterParametres();
$this->definirTables();
$this->traiterRessources();
$resultats = null;
foreach ($this->table_version as $version) {
$this->table = $version;
$requete = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$versionResultat = $this->analyserResultat($resultat);
if (count($this->table_version) > 1) {
$resultats[$version] = $versionResultat;
} else {
$resultats = $versionResultat;
}
}
return $resultats;
}
 
public function __construct(Conteneur $Conteneur) {
$this->Bdd = $Conteneur->getBdd();
}
public function analyserResultat($resultat) {
$versionResultat = null;
if ($resultat == '') {
$message = 'La requête SQL formée comporte une erreur!';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} elseif ($resultat) {
$versionResultat = $this->retournerResultatFormate($resultat);
}
return $versionResultat;
}
 
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres)) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'categorie' :
if($this->nb_ressources != 1 ) {
$e = "Nombre de ressource != 1 pour informations/#id/relations/catminat";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
 
if ($valeur == "description") {
$this->champs_recherches = "num_nomen, BDNT, chorologie, inflorescence,"
." sexualite, ordre_maturation, "
."pollinisation, fruit, dissemination, couleur_fleur, macule, floraison, type_bio, "
."form_vegetale ";
$this->requete_condition[] = "( chorologie != '' OR inflorescence != '' ".
"OR sexualite != '' OR ordre_maturation != '' OR pollinisation != '' ".
"OR fruit != '' OR dissemination != '' OR couleur_fleur != '' OR macule != '' ".
"OR floraison != '' OR type_bio != '' OR form_vegetale != '' )";
} elseif ($valeur == "ecologie") {
$this->champs_recherches = " num_nomen, BDNT, ve_lumiere , ve_temperature,"
." ve_continentalite, ve_humidite_atmos, ve_humidite_edaph, ve_reaction_sol,"
." ve_nutriments_sol, ve_salinite, ve_texture_sol, ve_mat_org_sol, "
." vi_lumiere, vi_temperature, vi_continentalite, vi_humidite_edaph,"
." vi_reaction_sol, vi_nutriments_sol, vi_salinite ";
$this->requete_condition[] = "( ve_lumiere != '' OR ve_temperature != '' ".
"OR ve_continentalite != '' OR ve_humidite_atmos != '' ".
"OR ve_humidite_edaph != '' OR ve_reaction_sol != '' ".
"OR ve_nutriments_sol != '' OR ve_salinite != '' ".
"OR ve_texture_sol != '' OR ve_mat_org_sol != '' )";
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'categorie'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id/relations/catminat";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
break;
case 'retour.format' :
if ($valeur == 'min' || $valeur == 'max' && $this->nb_ressources == 1) {
$this->retour_format = $valeur;
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'retour.format'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id/relations/catminat";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->definirNavigationDepart($valeur);
break;
case 'navigation.limite' :
$this->definirNavigationLimite($valeur);
break;
case 'version.projet' :
$this->traiterVersion($valeur);
break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}
}
}
 
public function traiterRessources() {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[0], $retour)){
$id = $retour[2];
$ref = $retour[1];
if ($ref == 'bdtfx' || $ref == 'bdafx' || $ref == 'bdbfx') {
if($this->nb_ressources == 1) {
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$id." AND BDNT = '".strtoupper($ref)."' ";
} else {
$this->definirParametresRequeteRelations($ref, $id);
}
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le référentiel " '
.$ref.' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
 
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> La ressource demandée n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
function definirParametresRequeteRelations($ref, $id){
if ($this->ressources[1] == 'relations'){
switch ($this->ressources[2]) {
case 'catminat' :
$this->requete_condition[] = "catminat_code = ( SELECT catminat_code from ".$this->table_version[0]." WHERE "
." num_nomen = ".$id." AND BDNT = '".$ref. "' ) AND num_nomen != ".$id." ";
$this->champs_recherches = " catminat_code, num_nomen, BDNT, nom_sci ";
break;
default :
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le type de relation " '
.$this->ressources[2].' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le type de ressources " '
.$this->ressources[1].' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+++------------------------------traitement des versions----------------------------------------++
public function traiterVersion($valeur) {
if (preg_match('/^[0-9]+(?:[._][0-9]+)*$/', $valeur) || $valeur == '+') {
$this->version_projet = $valeur;
} elseif ($valeur == '*') {
$this->version_projet = ($this->nb_ressources == 1) ? $valeur : '+' ;
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
public function definirTables() {
$table_num_version = $this->recupererVersionDisponible();
$prefixe_table = config::get('bdd_table');
if ( in_array($this->version_projet,$table_num_version) ) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.$this->version_projet;
} elseif ($this->version_projet == '+') {
$derniere_version = $table_num_version[count($table_num_version) - 1];
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $derniere_version);
} elseif ($this->version_projet == '*') {
foreach ($table_num_version as $num_version) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $num_version);
}
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+--------------------------formatages de resultats -------------------------------------------+
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$resultat_json = $resultat[0];
if ($this->retour_format == 'max'){
if ($this->nb_ressources == 1) {
if (@$this->parametres['categorie'] == 'ecologie') {
$this->formaterResultatsChampsEcologie($resultat_json);
} elseif (@$this->parametres['categorie'] == 'description') {
$this->formaterResultatsChampsDescription($resultat_json);
}else {
$this->formaterResultatsTousChamps($resultat_json);
}
} else {
$this->formaterResultatsRelations($resultat);
}
} else {
$this->resultat_json = $resultat_json;
}
return $this->resultat_json;
}
public function formaterResultatsRelations($resultat) {
$this->resultat_json['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat();
$resultat_json = array();
foreach ($resultat as $cle => $res){
$resultat_json[$cle] = $res ;
$resultat_json[$cle]['href'] = $this->ajouterHref('informations',strtolower($res['BDNT']).".nn:".$res['num_nomen']);
}
$this->resultat_json['resultat'] = $resultat_json;
}
public function ajouterEnteteResultat() {
$entete['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$entete['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$entete['total'] = $this->total_resultat;
$entete['version'] = $this->version_projet;
if ($this->limite_requete['limite'] != '*') {
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, '/informations/'.$this->ressources[0].'/relations/catminat');
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$entete['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$entete['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
return $entete;
}
 
public function formaterResultatsTousChamps($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat;
$this->traiterTypeBio();
$graphique_presence = $this->traiterEcologie() ;
if ($graphique_presence) {
$graphique = $this->ajouterLiensGraphique($graphique_presence);
}
}
public function formaterResultatsChampsEcologie($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat;
$graphique_presence = $this->traiterEcologie() ;
if ($graphique_presence) {
$graphique = $this->ajouterLiensGraphique($graphique_presence);
}
}
public function formaterResultatsChampsDescription($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat;
$this->traiterTypeBio();
}
//vérifie la présence de données écologiques pour les graphiques et récupère leur ontologie
public function traiterEcologie() {
$donnees_presence = false;
$this->champs_ontologiques = Commun::s_recupererTableauConfig('Paramètres.champs_ontologiques');
foreach ($this->champs_ontologiques as $cle => $valeur){
if ($this->resultat_json[$cle] != ""){
$donnees_presence[$this->getNomGraphique($valeur)] = true;
$this->recupererOntologies($this->resultat_json[$cle], $cle);
unset($this->resultat_json[$cle]);
}
}
return $donnees_presence;
}
//donne le nom du graphique correspondant à un champ écologique
public function getNomGraphique($code_ecolo) {
$graphique = null;
if (in_array($code_ecolo, explode(',',Config::get('Paramètres.climat')))) {
$graphique = 'climat';
} elseif (in_array($code_ecolo, explode(',', Config::get('Paramètres.sol')) )) {
$graphique = 'sol';
}
return $graphique;
}
public function traiterTypeBio() {
if ($this->resultat_json['type_bio'] != ""){
$tab_ontologie = $this->recupererOntologiePrTypeBio($this->resultat_json['type_bio']);
unset($this->resultat_json['type_bio']);
$this->resultat_json= array_merge($this->resultat_json,$tab_ontologie);
}
}
 
public function ajouterLiensGraphique($graphique_presence) {
if ($graphique_presence['climat']) {
$this->resultat_json['graphique_climat']['libelle'] = 'climat';
$this->resultat_json['graphique_climat']['href'] =
$this->ajouterHref('graphiques/climat', strtolower($this->resultat_json['BDNT']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
if ($graphique_presence['sol']) {
$this->resultat_json['graphique_sol']['libelle'] = 'sol';
$this->resultat_json['graphique_sol']['href'] =
$this->ajouterHref('graphiques/sol', strtolower($this->resultat_json['BDNT']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
}
//+--------------------------traitement ontologies -------------------------------------------+
 
public function recupererOntologies($valeur, $champs){
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/'.$this->champs_ontologiques[$champs].':'.urlencode(urlencode($valeur));
$val = $this->getBdd()->recuperer(sprintf(
"SELECT a.nom FROM baseflor_ontologies a LEFT JOIN baseflor_ontologies b ON a.id = b.id LEFT JOIN baseflor_ontologies c ON b.classe_id = c.id WHERE".
" b.code = BINARY '%s' AND c.code = BINARY '%s' LIMIT 0, 100",
$valeur,
$this->champs_ontologiques[$champs]),
Bdd::MODE_OBJET);
 
$this->resultat_json[$champs.'.libelle'] = isset($val->nom) ? $val->nom : NULL; // eg: VEMO:0
$this->resultat_json[$champs.'.code'] = $valeur;
$this->resultat_json[$champs.'.href'] = $url;
}
//+-------------ontologie pour le champs type biologique (lire le .txt)---+
 
public function recupererOntologiePrTypeBio($type_a_traiter){
$resultat_typeBio = "";
if ($type_a_traiter != "") {
$types_prim_sec = $this->separerTypesPrimairesSecondaires($type_a_traiter);
$types_sstypes = $this->classerPrimSecEnTypesSsTypes($types_prim_sec);
$resultat_typeBio = $this->formaterJsonTypeBio($types_sstypes, $type_a_traiter );
}
return $resultat_typeBio;
}
public function classerPrimSecEnTypesSsTypes($types_prim_sec) {
$types_sstypes = '';
foreach ($types_prim_sec as $cle => $tb) {
$types_sstypes[$cle]= $this->separerTypes_SousTypes($tb, $cle);
}
switch (count($types_sstypes)) {
case 1 :
$types_sstypes = $types_sstypes['principal'];
break;
case 2 :
$types_sstypes = array_merge($types_sstypes['principal'],$types_sstypes['secondaire']);
break;
}
return $types_sstypes;
}
 
public function formaterJsonTypeBio( $types_sstypes, $type_a_traiter) {
$resultat_typeBio['type_bio.code'] = $type_a_traiter;
foreach ($types_sstypes as $cle => $tb) {
if (($cle == 'type.principal') || ($cle == 'type.secondaire')) {
$i = 0;
foreach ($tb as $types) {
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/TB:'.urlencode(urlencode($types));
$val = $this->consulterHref($url);
$libelle[$cle][$i]= $val->nom;
$detail[$cle][$i]['libelle'] = $val->nom;
$detail[$cle][$i]['code'] = $val->code;
$detail[$cle][$i]['href'] = $url;
$i++;
}
}
if ($cle == 'sous_type.principal' || $cle == 'sous_type.secondaire' ) {
$i = 0;
foreach ($tb as $sstypes) {
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/ssTT:'.urlencode(urlencode($sstypes));
$val = $this->consulterHref($url);
$libelle[$cle][$i]=$val->nom;
$detail[$cle][$i]['libelle'] = $val->nom;
$detail[$cle][$i]['code'] = $val->code;
$detail[$cle][$i]['href'] = $url;
$i++;
}
}
}
//var_dump($libelle); exit;
$resultat_typeBio['type_bio.libelle']= $this->formaterTypeBioPrLibelle($libelle);
$resultat_typeBio['type_bio.detail'] = $detail;
return $resultat_typeBio;
}
public function formaterTypeBioPrLibelle($info) {
$libelle = implode(', ',$info['type.principal'])." ";
$libelle .= isset($info['sous_type.principal']) ? " (".implode(', ',$info['sous_type.principal']).") " : "";
$libelle .= isset($info['type.secondaire']) ? ", ".implode(', ',$info['type.secondaire'])." " : "";
$libelle .= isset($info['sous_type.secondaire']) ? "(".implode(', ',$info['sous_type.secondaire']).") " : "";
return $libelle;
}
 
//séparation des principaux et des secondaires
public function separerTypesPrimairesSecondaires($type) {
$types = array();
if (preg_match("/(.+)\((.+)\)\-{0,1}(.+){0,1}/", $type,$retour)) {
$types['principal'] = isset($retour[3]) ? $retour[1].'-'. $retour[3] : $retour[1] ;
$types['secondaire'] = $retour[2];
} else {
$types['principal'] = $type;
}
return $types;
}
 
public function separerTypes_SousTypes($type_a_traiter, $typePrimOuSec) {
$types = array();
if (preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé,]+[^\-])$/", $type_a_traiter, $retour)) {
//type
$type = array();
$type[0] = (isset($retour[3])) ? $retour[3] : $retour[1] ;
$type = explode(",", $type[0]);
for ($i = 0 ; $i < count($type); $i++) {
$types['type.'.$typePrimOuSec][$i] = $type[$i];
}
//sous types
$ss_types = array();
if (isset($retour[2]) && $retour[2] != '') {
$ss_types[0] = $retour[2] ;
$ss_types = explode("-", $ss_types[0]);
for ($i = 0 ; $i < count($ss_types); $i++) {
$types['sous_type.'.$typePrimOuSec][$i] = $ss_types[$i];
}
}
}
return $types;
}
 
//+--------------------------FONCTIONS D'ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->champs_recherches.' FROM '.$this->table.' '
.Informations::retournerRequeteCondition($this->requete_condition).' ';
if ($this->nb_ressources != 1 ) {
$requete .= $this->delimiterResultatsRequete();
}
return $requete;
}
public function delimiterResultatsRequete() {
$this->total_resultat = Informations::calculerTotalResultat(
$this->getBdd(),
$this->table,
Array(),
$this->requete_condition);
if ($this->limite_requete['limite'] == '*') return '';
 
if ( ($this->limite_requete['depart'] > $this->total_resultat)) {
throw new Exception(
"Erreur : la valeur pour le paramètre navigation.départ est supérieure au nombre total de résultats.",
RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
}
 
if (($this->limite_requete['limite'] + $this->limite_requete['depart'] ) < $this->total_resultat) {
return 'LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', ' .$this->limite_requete['limite'];
}
// ?
return '';
}
}
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/CommunGraphiques.php
New file
0,0 → 1,402
<?php
 
/**
* Classe CommunGraphiques.php regroupement de fonctions pour les graphiques
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie un graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
abstract class CommunGraphiques extends Commun{
 
protected $parametres = array();
protected $ressources = array();
 
protected $Bdd;
protected $config;
protected $cache;
protected $metadonnees;
protected $version;
protected $serviceNom = 'Graphiques';
 
protected $graduations_id = array();
protected $champs_ontologiques = array();
protected $nomGraphique = array();
 
protected $table = '';
protected $requete_condition = "";
protected $requete_champs;
 
protected $convertisseur;
protected $cheminGraphBase;
protected $valeurs_en_pourcentage = array();
protected $dom;
protected $largeurSVG = "500";
protected $hauteurSVG;
protected $valeurs_champs;
 
 
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->verifierParametres();
$this->initialiserConfiguration();
$resultats = '';
$this->traiterRessources();
 
$req = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->resultat = $this->Bdd->recupererTous($req);
$versionResultat = $this->obtenirResultat($resultat);
return $versionResultat;
}
 
 
//+--------------------------initialisation de paramètres -------------------------------------------+
 
private function initialiserConfiguration() {
$conteneur = new Conteneur();
$this->Bdd = $conteneur->getBdd();
$this->config = $conteneur->getParametre('Graphiques');
$this->convertisseur = $this->config['convertisseur'];
$this->graduations_id = $this->getParametreTableau('Paramètres.graduations_id');
$this->champs_ontologiques = $this->getParametreTableau('Paramètres.champs_ontologiques');
$this->cheminGraphBase = $this->config['chemin'];
$cacheOptions = array('mise_en_cache' => $this->config['cache_miseEnCache'],
'stockage_chemin' => $this->config['cache_stockageChemin'],
'duree_de_vie' => $this->config['cache_dureeDeVie']);
$this->cache = $conteneur->getCacheSimple($cacheOptions);
$this->definirVersion();
$this->definirFormat();
$this->definirTable($this->version);
}
 
 
 
abstract function definirTable($version);
 
 
private function getParametreTableau($cle) {
$tableau = array();
$parametre = Config::get($cle);
if (empty($parametre) === false) {
$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') !== false && strlen($champ) >= 3) {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$tableau[trim($cle)] = trim($val);
} else {
$tableau[] = trim($champ);
}
}
}
return $tableau;
}
 
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
 
//+---- paramètres ----+
 
private function verifierParametres() {
if (isset($this->parametres)) {
$parametres_dispo = array('retour', 'retour.format', 'version.projet');
$parametres = array_keys($this->parametres);
foreach ($parametres as $param) {
if (!in_array($param, $parametres_dispo)) {
$erreur = "Erreur : Le paramètre $param est inconnu.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
}
 
}
 
//on n'affiche qu'une version de graphique à la fois ( la dernière ou celle demandée )
private function definirVersion() {
$this->chargerVersions();
if (!isset($this->parametres['version.projet']) ) {
$this->version = $this->metadonnees[0]['version'];
} elseif ($this->parametres['version.projet'] == '+') {
$this->version = $this->metadonnees[0]['version'];
} else {
if($this->verifierVersion($this->parametres['version.projet'])) {
$this->version = $this->parametres['version.projet'];
}else {
$erreur = "Erreur : La version est inconnue.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
}
 
private function verifierVersion($version){
$retour = false;
foreach ($this->metadonnees as $vers) {
if ($vers['version'] == $version ) {
$retour = true;
}
}
return $retour;
}
private function definirFormat() {
if (isset($this->parametres['retour.format']) ){
if (preg_match("/^[0-9]+$/", $this->parametres['retour.format'])){
if ($this->parametres['retour.format'] > 0) {
$this->largeurSVG = $this->parametres['retour.format'];
} else {
$erreur = "Erreur : valeur pour retour.format négative ou égale à 0.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}else {
$erreur = "Erreur : valeur inconnue. Entrez la largeur voulue (en pixels) pour le paramètre retour.format.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
if (!isset($this->parametres['retour']) ){
$this->parametres['retour'] = 'image/svg+xml';
 
}else {
if (( $this->parametres['retour'] != 'image/svg+xml')&& ( $this->parametres['retour'] != 'image/png')){
$erreur = "Erreur : valeur inconnue. Choisissez le format de retour pour le paramètre retour : image/svg%2Bxml ou image/png.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
}
 
 
 
private function chargerVersions() {
$requete = "SELECT version ".
"FROM ".Config::get('bdd_table_meta')." ".
"ORDER BY date_creation DESC ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les méta-données n'ont pu être chargée pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
 
$this->metadonnees = $resultats;
}
 
//+----- ressources -----+
 
 
public function traiterRessources() {
if(isset($this->ressources)) {
$this->traiterTypeGraphique();
$this->traiterReferentielEtNum();
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> ressources insuffisantes.';
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
 
abstract function traiterReferentielEtNum();
abstract function traiterTypeGraphique();
 
//+--------------------------FONCTIONS D'ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
 
public function assemblerLaRequete() {
return ' SELECT '.$this->requete_champs.' FROM '.$this->table.' '.Informations::retournerRequeteCondition($this->requete_condition);
}
 
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition !== "") {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
//+-------------------------- formatage du résultat -------------------------------------------+
 
public function obtenirResultat($resultat) {
if ($resultat == '') {
throw new Exception(
'La requête SQL formée comporte une erreur!',
RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
} elseif ($resultat) {
if ((count($this->ressources)) != 0) {
//$Atraiter = array_filter($resultat[0],function($var){return ($var != '');});
foreach ($resultat[0] as $champs => $valeur) {
if ($valeur !== null && $valeur !== '') {
$Atraiter[$champs] = $valeur;
}
}
if (!empty($Atraiter)) {
$this->traiterValeursEcologiques($Atraiter);
$svg = $this->genererSVG($this->cheminGraphBase.$this->nomGraphique.".svg");
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = ($this->parametres['retour'] == 'image/png') ? $this->convertirEnPNG($svg) : $svg;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
} else {
$resultat = null;
}
}
} else {
$resultat = null;
}
return $resultat;
}
 
 
 
 
//+----- modification svg -----+
 
 
 
public function traiterValeursEcologiques($valeur) {
$this->valeurs_champs = $valeur;
 
foreach($this->valeurs_champs as $cle => $val){
if ($val === null) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = null;
} else {
if (preg_match("/ve_humidite_edaph/", $cle)) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = round($val/13,1);
} elseif (preg_match("/ve_salinite/", $cle)) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = round(($val+1)/11,1);
} else {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = round($val/10,1);
}
}
}
}
 
public function donnerHauteur($ancienne_largeur, $ancienne_hauteur) {
$nouvelle_largeur = $this->largeurSVG;
$ancienne_largeur = str_replace('px','',$ancienne_largeur);
$ancienne_hauteur = str_replace('px','',$ancienne_hauteur);
$rapport = $nouvelle_largeur / $ancienne_largeur ;
$nouvelle_hauteur = $ancienne_hauteur * $rapport;
$this->hauteurSVG = $nouvelle_hauteur;
}
 
public function ajusterFormatSVG(){
$svg = $this->dom->getElementsByTagName("svg")->item(0);
$largeur = $svg->getAttribute('width');
$hauteur = $svg->getAttribute('height');
$this->donnerHauteur($largeur , $hauteur);
$svg->setAttribute('width',round($this->largeurSVG).'px');
$svg->setAttribute('height',round($this->hauteurSVG).'px');
 
}
 
public function genererSVG($fichierSvg){
$svg = null;
$this->dom = new DOMDocument('1.0', 'UTF-8');
$this->dom->validateOnParse = true;
$this->dom->load($fichierSvg);
$this->changerValeursSVG();
return $this->dom->saveXML();
}
 
abstract function changerValeursSVG();
 
public function recupererOntologies($valeur, $champs){
$url = $this->ajouterHref('ontologies',$this->champs_ontologiques[$champs].':'.urlencode(urlencode($valeur)));
try {
$val = $this->getBdd()->recuperer(sprintf(
"SELECT a.nom FROM baseflor_ontologies a LEFT JOIN baseflor_ontologies b ON a.id = b.id LEFT JOIN baseflor_ontologies c ON b.classe_id = c.id WHERE".
" b.code = BINARY '%s' AND c.code = BINARY '%s' LIMIT 0, 100",
$valeur,
$this->champs_ontologiques[$champs]),
Bdd::MODE_OBJET);
} catch (Exception $e) {
$val = false;
}
return $val;
}
 
public function traiterIntermediaires($valeurTexte,$champsOntologie, $champsTable){
if (preg_match("/(?:I|i)nterm(?:é|e)diaire(?:s)*/", $valeurTexte )) {
$prec = $this->recupererOntologies(($this->valeurs_champs[$champsTable]-1), $champsOntologie );
$suiv = $this->recupererOntologies(($this->valeurs_champs[$champsTable]+1), $champsOntologie );
$valeurTexte = "Intermédiaires entre $prec->nom et $suiv->nom ";
}
return $valeurTexte;
}
 
/// +---- convertir png ----+
 
public function convertirEnPNG($svg) {
$png = null;
 
if (isset($this->convertisseur)) {
if ($this->convertisseur == 'imagick') {
if (extension_loaded('imagick')) {
$png = $this->convertirEnPNGAvecImageMagick($svg);
} else {
$message = "Impossible de générer l'image sur le serveur. Extension ImageMagick absente.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($this->convertisseur == 'rsvg') {
$png = $this->convertirGraphiqueEnPNGAvecRsvg($svg);
} else {
$message = "Le convertisseur indiqué '{$this->convertisseur}' ne fait pas partie de la liste ".
"des convertisseurs disponibles : imagick, rsvg.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else {
$message = "Veuillez indiquer le convertisseur de svg à utiliser pour le service.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
return $png;
}
 
public function convertirEnPNGAvecImageMagick($svg) {
$convertisseur = new Imagick();
$convertisseur->setBackgroundColor(new ImagickPixel('#F8F8F8'));
$convertisseur->readImageBlob($svg);
$convertisseur->setImageFormat('png32');
$convertisseur->resizeImage($this->largeurSVG,$this->hauteurSVG, imagick::FILTER_LANCZOS, 0, true);
$png = $convertisseur->getImageBlob();
$convertisseur->clear();
$convertisseur->destroy();
return $png;
}
 
public function convertirGraphiqueEnPNGAvecRsvg($svg) {
$idFichier = $this->getIdFichier();
$fichierPng = $this->config['cache_stockageChemin'].$idFichier.'.png';
$fichierSvg = $this->config['cache_stockageChemin'].$idFichier.'.svg';
file_put_contents($fichierSvg, $svg);
$commande = "rsvg-convert $fichierSvg -w ".$this->largeurSVG ." -h ".$this->hauteurSVG ." -o $fichierPng";
//echo $commande; exit;
$rsvg = exec($commande);
$this->indexerGraphiqueFichierPng($fichierPng);
$png = file_get_contents($fichierPng);
return $png;
}
 
public function indexerGraphiqueFichierPng($fichierPng) {
$img = imagecreatefrompng($fichierPng);
imagetruecolortopalette($img, false, 32);
imagepng($img, $fichierPng, 9, PNG_ALL_FILTERS);
}
 
public function getIdFichier(){
$idfichier = str_replace(".","-",$this->ressources[1]);
$idfichier = str_replace(':','-',$idfichier);
$idfichier .= "-".$this->ressources[0];
return $idfichier;
}
}
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/Graphiques.php
New file
0,0 → 1,42
<?php
/**
* Classe Graphiques.php détermine le type de graphiques à afficher en fonction des données des tables
* baseflor et baseflor_rang_sup_ecologie
* fin d'url possibles :
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie une graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class Graphiques extends Commun{
 
 
private $Graph_tables = array('GraphiquesBaseflor', 'GraphiquesTaxonsSup');
public function consulter($ressources, $parametres) {
$versionResultat = null;
foreach ($this->Graph_tables as $graph_tab) {
$Graph = new $graph_tab();
$versionResultat = $Graph->consulter($ressources, $parametres);
if($versionResultat != null) {break;}
}
if ($versionResultat == null) {
$message = 'Les données recherchées sont introuvables.';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $versionResultat;
}
 
}
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/Informations.php
New file
0,0 → 1,287
<?php
 
/**
* Classe Informations.php interroge la table Index
* et redirige vers une autre classe si besoin
* d'interroger une autre table (comme baseflor ou baseflor_rang_sup)
* elle traite également le retour du web service : /informations
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*
*
*/
 
class Informations extends Commun {
protected $limite_requete = array( 'depart' => 0, 'limite' => 10);
private $tables;
private $champs_recherches = '*';
private $requete_jointure = array();
private $requete_condition = array();
private $total_resultat;
protected $serviceNom = 'informations';
private $masque;
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$versionResultat = null;
if (empty($this->ressources)){
$this->traiterParametres();
}
$this->definirTables(array ('index' => config::get('bdd_table_index'),
'baseflor' => config::get('bdd_table'),
'rangSup' => config::get('bdd_table_rang_sup')
)
);
$this->traiterRessources();
$requete = $this->assemblerLaRequete();
// exemple:
// SELECT * FROM baseflor_index_v2012_12_31 WHERE `bdnt.nn` = 'bdtfx.nn:XXXXX';
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete . ' -- ' . __FILE__ . ':' .__LINE__);
$versionResultat = $this->renvoyerResultat($resultat);
if ($versionResultat === null) {
throw new Exception('Les données recherchées sont introuvables.', RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
}
return $versionResultat;
}
 
public function __construct() {
$Conteneur = new Conteneur();
$this->Bdd = $Conteneur ->getBdd();
}
public function renvoyerResultat($resultat) {
if (empty($this->ressources)) return $this->retournerResultatFormate($resultat);
if(empty($resultat[0]['baseflor'])) {
if(@$this->parametres['categorie'] == 'description') {
// non-supporté par InformationsTaxonsSup.php...
return array();
}
$info = new InformationsTaxonsSup(new Conteneur());
return $info->consulter($this->ressources, $this->parametres);
}
 
$info = new InformationsBaseflor(new Conteneur());
return $info->consulter($this->ressources, $this->parametres);
}
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------+
 
public function traiterRessources() {
if (empty($this->ressources)) {
$this->requete_jointure = array(
'LEFT JOIN '. $this->tables['baseflor'].' ON '
.$this->tables['baseflor'].".cle =".$this->tables['index'].".baseflor",
'LEFT JOIN '. $this->tables['rangSup'].' ON '
.$this->tables['rangSup'].".cle = ".$this->tables['index'].".RangSup");
$this->champs_recherches = " {$this->tables['baseflor']}.num_nomen as 'baseflor.nn',
{$this->tables['baseflor']}.BDNT as 'baseflor.bdnt',
{$this->tables['baseflor']}.catminat_code,
{$this->tables['baseflor']}.num_taxon ,
{$this->tables['baseflor']}.nom_sci ,
{$this->tables['rangSup']}.num_nomen as 'rangSup.nn',
{$this->tables['rangSup']}.bdnt as 'rangSup.bdnt',
{$this->tables['index']}.cle as 'index.cle' ";
} else {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[0], $retour)){
$this->champs_recherches = " baseflor, rangSup ";
$this->requete_condition[] = " `bdnt.nn` = '{$retour[0]}' ";
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> La ressource demandée n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}
}
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres) ) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'navigation.depart' :
if(!isset($this->parametres['navigation.limite']))
throw new Exception("indiquez également la valeur pour le paramètre navigation.limite.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
$this->definirNavigationDepart($valeur);
break;
case 'navigation.limite' :
if(!isset($this->parametres['navigation.depart']))
throw new Exception("indiquez également la valeur pour le paramètre navigation.depart.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
$this->definirNavigationLimite($valeur);
break;
case 'version.projet' :
$this->traiterVersion($valeur);
break;
case 'masque.cat' :
$this->masque = 'catminat='.str_replace('-','/',$valeur);
$this->requete_condition[] = " catminat_code = '".str_replace('-','/',$valeur)."' ";
break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); break;
}
}
}
}
//+++------------------------------traitement des versions----------------------------------------++
public function traiterVersion($valeur) {
if (preg_match('/^[0-9]+(?:[._][0-9]+)*$/', $valeur) || $valeur == '*' || $valeur == '+') {
$this->version_projet = $valeur;
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
if ($this->version_projet == '*' && empty($this->ressources)) {
$message = "L'affichage de plusieurs versions ne fonctionne que pour les ressources de type /ressources/#id";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
public function definirTables($prefixe_table) {
$table_num_version = $this->recupererVersionDisponible();
foreach ($prefixe_table as $nom => $prefixe ) {
if ( in_array($this->version_projet,$table_num_version) ) {
$tables[$nom] = $prefixe.'_v'.$this->version_projet;
} elseif ($this->version_projet == '+') {
$derniere_version = $table_num_version[count($table_num_version) - 1];
$tables[$nom] = $prefixe.'_v'.str_replace('.', '_', $derniere_version);
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
$this->tables = $tables;
}
 
//+--------------------------formatages de resultats -------------------------------------------+
 
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$resultat_json = array();
$resultat_json['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat();
$resultat_json['resultats'] = array();
foreach ($resultat as $ligne => $tab) {
$num = $tab['index.cle'];
$resultat_json['resultats'][$num]['num_nomen'] =
(empty ($tab['baseflor.nn'])) ? $tab['rangSup.nn'] : $tab['baseflor.nn'];
$resultat_json['resultats'][$num]['bdnt'] =
(empty ($tab['baseflor.bdnt'])) ? $tab['rangSup.bdnt'] : $tab['baseflor.bdnt'];
$resultat_json['resultats'][$num]['catminat_code'] =
(empty ($tab['catminat_code'])) ? '' : $tab['catminat_code'];
$resultat_json['resultats'][$num]['nom_sci'] =
(empty ($tab['nom_sci'])) ? '' : $tab['nom_sci'];
$resultat_json['resultats'][$num]['num_taxon'] =
(empty ($tab['num_taxon'])) ? '' : $tab['num_taxon'];
if ($resultat_json['resultats'][$num]['num_nomen'] != 0) {
$bdnt = strtolower($resultat_json['resultats'][$num]['bdnt']);
$nn = $resultat_json['resultats'][$num]['num_nomen'];
$resultat_json['resultats'][$num]['href'] =
$this->ajouterHref('informations',$bdnt.".nn:".$nn);
}
}
return $resultat_json;
}
public function ajouterEnteteResultat() {
$entete['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$entete['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$entete['total'] = $this->total_resultat;
if ($this->masque) {
$entete['masque'] = $this->masque;
}
$entete['version'] = $this->version_projet;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, '/informations');
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$entete['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$entete['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
return $entete;
}
//+-------------------------------------assemblage de requête------------------------------------//
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->champs_recherches.
' FROM '.$this->tables['index'].' '
.self::retournerRequeteJointure($this->requete_jointure).' '
.self::retournerRequeteCondition($this->requete_condition).' '
.$this->delimiterResultatsRequete();
return $requete;
}
 
static function retournerRequeteCondition($cond) {
return $cond ? (' WHERE '.implode(' AND ', $cond)) : '';
}
static function calculerTotalResultat($db, $table, Array $join, Array $cond) {
$requete = sprintf(
'SELECT count(*) as nombre FROM %s %s %s -- %s:%d',
$table,
$join ? implode(' ', $join) : '',
$cond ? (' WHERE '.implode(' AND ', $cond)) : '',
__FILE__,
__LINE__);
$res = $db->recuperer($requete);
if ($res && $res['nombre']) return $res['nombre'];
throw new Exception('Données introuvables dans la base', RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
}
public function delimiterResultatsRequete() {
$this->total_resultat = self::calculerTotalResultat(
$this->getBdd(),
$this->tables['index'],
$this->requete_jointure,
$this->requete_condition);
$requete_limite = '';
if (($this->limite_requete['depart'] <= $this->total_resultat) ){
if ( $this->limite_requete['depart'] < $this->total_resultat ){
$requete_limite = 'LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '
.$this->limite_requete['limite'];
}
} else {
$e = "Erreur : la valeur pour le paramètre navigation.départ est supérieure".
" au nombre total de résultats.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
}
return $requete_limite;
}
static function retournerRequeteJointure($join) {
return $join ? implode(' ', $join) : '';
}
}
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/GraphiquesTaxonsSup.php
New file
0,0 → 1,146
<?php
/**
* Classe GraphiquesTaxonsSup.php transforme les données écologiques de la table baseflor_rang_sup_ecologie
* en graphique svg
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie un graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class GraphiquesTaxonsSup extends CommunGraphiques{
 
 
public function definirTable($version){
$this->table = Config::get('bdd_table_rang_sup')."_v".$version;
}
//+---- ressources ----+
public function traiterReferentieletNum(){
if (!empty($this->ressources[1])) {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[1], $retour) == 1){
switch ($retour[1]) {
case 'bdtfx' : // pour le moment un seul referentiel disponible
$this->requete_condition[]= "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdtfx' ";
break;
default :
$e = "Le référentiel {$retour[1]} n'existe pas.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
} else {
throw new Exception( "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
public function traiterTypeGraphique(){
if (!empty($this->ressources[0])) {
switch ($this->ressources[0]) {
case 'climat' :
$this->requete_champs = ' ve_lumiere_min, ve_lumiere_max, ve_temperature_min,'.
' ve_temperature_max, ve_continentalite_min,'.
' ve_continentalite_max, ve_humidite_atmos_min,'.
' ve_humidite_atmos_max' ;
$this->nomGraphique= 'climat_min_max';
break;
case 'sol' :
$this->requete_champs = ' ve_humidite_edaph_min , ve_humidite_edaph_max,'.
' ve_reaction_sol_min, ve_reaction_sol_max, '.
' ve_nutriments_sol_min, ve_nutriments_sol_max,'.
' ve_salinite_min, ve_salinite_max,'.
' ve_texture_sol_min, ve_texture_sol_max,'.
've_mat_org_sol_min,ve_mat_org_sol_max ' ;
$this->nomGraphique = 'sol_min_max';
break;
default :
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> précisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
throw new Exception("Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> precisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".", RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+-------------------------- formatage du résultat -------------------------------------------+
public function changerValeursSVG(){
$this->ajouterValeursIntermediaires();
$Dompath = new DOMXPath($this->dom);
foreach ($this->valeurs_en_pourcentage as $cle => $val){
$val = preg_replace('/,/','.', $val);
$grad_id = array_search($val,$this->graduations_id);
$champs = preg_replace('/_min|_max|_[0-9]/','', $cle);
// dans le cas de mauvaises données, pour ne pas que tout le graphique
$case = $Dompath->query("//*[@id='".$grad_id."_".$champs."']")->item(0);
if($case != null) {
$case->setAttribute('fill','#EA6624');
$case->setAttribute('stroke','#EA6624');
$this->ajouterInfoAuSurvol($champs,$case);
}
$changement = true;
}
$this->ajusterFormatSVG();
}
public function ajouterValeursIntermediaires(){
$champs_ecolo = array_keys($this->champs_ontologiques);
foreach ($champs_ecolo as $chps ){
$min = !empty($this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_min']) ? $this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_min'] : -1;
$max = !empty($this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_max']) ? $this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_max'] : -1;
if ($min < ($max-0.1) ){
$i = $min + 0.1;
$num = 1;
for ($i ; $i < $max; $i += 0.1) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_'.$num] = $i;
$num++;
}
}
}
}
public function ajouterInfoAuSurvol($champs, $case){
$min = $this->valeurs_champs[$champs."_min"];
$max = $this->valeurs_champs[$champs."_max"];
if ($min != $max){
$valeurMin = $this->recupererOntologies($min, $champs );
$valeurMax = $this->recupererOntologies($max, $champs );
$valeurMin = $this->traiterIntermediaires($valeurMin->nom, $champs, $champs.'_min');
$valeurMax = $this->traiterIntermediaires($valeurMax->nom, $champs, $champs.'_max');
$case->setAttribute('title',"de $min: $valeurMin à $max: $valeurMax " );
} else {
$valeurMin = $this->recupererOntologies($min, $champs );
$valeurMin = $this->traiterIntermediaires($valeurMin->nom, $champs, $champs.'_min');
$case->setAttribute('title',"$min: $valeurMin" );
}
}
}
?>
/branches/v5.5-arbousiere/services/modules/0.1/baseflor/InformationsTaxonsSup.php
New file
0,0 → 1,274
<?php
 
/**
* Classe InformationsTaxonsSup.php permet de faire des requetes pour les rangs superieurs de baseflor
* du référentiel BDTFX et avec un numéro nomenclatural ( différent de 0 ).
* fin d'url possibles :
*
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen?champs=ecologie --> retourne champs ecologiques pour un BDNT et un num_nomen
*
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class InformationsTaxonsSup extends Commun{
protected $table = "";
private $champs_ontologiques = array();
private $format_reponse = 'informations';
protected $serviceNom = 'informations';
private $retour_format = 'max';
private $Bdd;
private $requete_condition = "";
private $champs_recherches = '*';
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->traiterParametres();
$this->definirTables();
$this->traiterRessources();
$resultats = '';
foreach ($this->table_version as $version) {
$this->table = $version;
$requete = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$versionResultat = $this->analyserResultat($resultat);
if (count($this->table_version) > 1) {
$resultats[$version] = $versionResultat;
} else {
$resultats = $versionResultat;
}
}
return $resultats;
}
public function analyserResultat($resultat) {
$versionResultat = null;
if ($resultat == '') {
$message = 'La requête SQL formée comporte une erreur!';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} elseif ($resultat) {
$versionResultat = $this->retournerResultatFormate($resultat);
}
return $versionResultat;
}
public function __construct(Conteneur $Conteneur) {
$this->Bdd = $Conteneur->getBdd();
}
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
public function traiterRessources() {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[0], $retour)==1){
switch ($retour[1]) {
case 'bdtfx' :
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdtfx' ";
break;
default :
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le référentiel " '
.$retour[1].' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}
}
//+---- paramètres ----+
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres) ) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'categorie' :
if ($valeur == "ecologie"){
$this->champs_recherches = ' num_nomen, bdnt, ve_lumiere_min , ve_lumiere_max,'
.' ve_temperature_min, ve_temperature_max, ve_continentalite_min,'
.' ve_continentalite_max, ve_humidite_atmos_min, ve_humidite_atmos_max,'
.' ve_humidite_edaph_min, ve_humidite_edaph_max, ve_reaction_sol_min,'
.' ve_reaction_sol_max, ve_nutriments_sol_min, ve_nutriments_sol_max,'
.' ve_salinite_min, ve_salinite_max, ve_texture_sol_min,ve_texture_sol_max,'
.' ve_mat_org_sol_min, ve_mat_org_sol_max ';
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'categorie'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
break;
case 'retour.format' :
if ($valeur == 'min' || $valeur == 'max') {
$this->retour_format = $valeur;
break;
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'retour.format'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
case 'navigation.depart' :
$this->definirNavigationDepart($valeur);
break;
case 'navigation.limite' :
$this->definirNavigationLimite($valeur);
break;
case 'version.projet' :
$this->traiterVersion($valeur);
break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE); break;
}
}
}
}
 
//+++------------------------------traitement des versions----------------------------------------++
public function traiterVersion($valeur) {
if (preg_match('/^[0-9]+(?:[._][0-9]+)*$/', $valeur) || $valeur == '*' || $valeur == '+') {
$this->version_projet = $valeur;
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
if ($this->version_projet == '*' && $this->ressources == array()) {
$message = "L'affichage de plusieurs versions ne fonctionne que pour les ressources de type /ressources/#id";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
public function definirTables() {
$table_num_version = $this->recupererVersionDisponible();
$prefixe_table = config::get('bdd_table_rang_sup');
if ( in_array($this->version_projet,$table_num_version) ) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.$this->version_projet;
} elseif ($this->version_projet == '+') {
$derniere_version = $table_num_version[count($table_num_version) - 1];
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $derniere_version);
} elseif ($this->version_projet == '*') {
foreach ($table_num_version as $num_version) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $num_version);
}
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+--------------------------formatages de resultats -------------------------------------------+
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat[0];
if ($this->retour_format == 'max') {
$graphique_presence = $this->traiterEcologie() ;
if ($graphique_presence) {
$this->ajouterLiensGraphique($graphique_presence);
}
}
return $this->resultat_json ;
}
public function traiterEcologie() {
$donnees_presence = false;
$this->champs_ontologiques = Commun::s_recupererTableauConfig('Paramètres.champs_ontologiques');
foreach ($this->champs_ontologiques as $cle => $valeur){
/* Les deux tests commentés ci-dessous étaient présents dans eflore-test (uniquement) jusqu'à juin 2013.
La valeur 0 pose question.
cf baseflor_v2012_12_31
cf services/modules/0.1/baseflor/CommunGraphiques.php traiterValeursEcologiques() */
if ($this->resultat_json[$cle.'_min'] != "") { // && $this->resultat_json[$cle.'_min'] != 0) {
$donnees_presence[$this->getNomGraphique($valeur)] = true;
$tab_ontologie = $this->recupererOntologies($this->resultat_json[$cle.'_min'], $cle.'_min');
unset($this->resultat_json[$cle.'_min']);
}
if ($this->resultat_json[$cle.'_max'] != "") { // && $this->resultat_json[$cle.'_max'] != 0) {
$this->recupererOntologies($this->resultat_json[$cle.'_max'], $cle.'_max');
unset($this->resultat_json[$cle.'_max']);
}
}
return $donnees_presence;
}
//donne le nom du graphique correspondant à un champ écologique
public function getNomGraphique($code_ecolo) {
$graphique = null;
if (in_array($code_ecolo, explode(',',Config::get('Paramètres.climat')))) {
$graphique = 'climat';
} elseif (in_array($code_ecolo, explode(',', Config::get('Paramètres.sol')) )) {
$graphique = 'sol';
}
return $graphique;
}
public function ajouterLiensGraphique($graphique_presence) {
if ($graphique_presence['climat']) {
$this->resultat_json['graphique_climat']['libelle'] = 'climat';
$this->resultat_json['graphique_climat']['href'] = $this->ajouterHref('graphiques/climat',
strtolower($this->resultat_json['bdnt']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
if ($graphique_presence['sol']) {
$this->resultat_json['graphique_sol']['libelle'] = 'sol';
$this->resultat_json['graphique_sol']['href'] = $this->ajouterHref('graphiques/sol',
strtolower($this->resultat_json['bdnt']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
}
//+--------------------------traitement ontologies -------------------------------------------+
public function recupererOntologies($valeur, $champs){
$chps_sans = preg_replace("/_min|_max/", '', $champs);
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/'.$this->champs_ontologiques[$chps_sans].':'.urlencode(urlencode($valeur));
try {
$val = $this->getBdd()->recuperer(sprintf(
"SELECT a.nom FROM baseflor_ontologies a LEFT JOIN baseflor_ontologies b ON a.id = b.id LEFT JOIN baseflor_ontologies c ON b.classe_id = c.id WHERE".
" b.code = BINARY '%s' AND c.code = BINARY '%s' LIMIT 0, 100",
$valeur,
$this->champs_ontologiques[$chps_sans]),
Bdd::MODE_OBJET);
$this->resultat_json[$champs.'.libelle'] = $val->nom;
$this->resultat_json[$champs.'.code'] = $valeur;
$this->resultat_json[$champs.'.href'] = $url;
} catch (Exception $e) {
$this->resultat_json[$champs.'.libelle'] = '';
$this->resultat_json[$champs.'.code'] = '';
$this->resultat_json[$champs.'.href'] = '';
}
}
//+--------------------------FONCTIONS D'ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->champs_recherches.' FROM '.$this->table.' '
.$this->retournerRequeteCondition();
return $requete;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if (empty($this->requete_condition) == false) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
}
?>