| New file |
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| /* |
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| Objectif: prendre les observations dont nom_sel_nn est défini |
| (et donc dans laquelles les informations générées sont correctes) |
| et mettre à jour ces dernières à partir de la dernière version du référentiel |
| (bdtfx, bdtxa et isfan). |
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| Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille |
| est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que |
| la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci |
| qui serait attribué. |
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| -- la requête -- |
| -- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille |
| SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille |
| FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b |
| WHERE ( |
| nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel like 'bdtfx%' |
| AND nom_sel_nn = num_nom |
| ) |
| ORDER BY id_observation asc; |
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| Cependant le nom_ret_nn n'est pas directement le num_num du taxon dont le nom est |
| retenu. Pour cela, une jointure en bdtfx sur num_nom_retenu est nécessaire et c'est |
| ce dernier taxon dont le num_nom est utilisé pour nom_ret_nn. |
| Cependant il peut aussi être vide (si aucun nom_retenu "officiel" n'existe). |
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| Attention, les nom_sel_nn = 0 doivent avoir disparus de cel_obs *AU PRÉALABLE* car le test |
| n'est pas effectué. |
| cf: maj-cleanup-201307.sql |
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| Ici, contrairement à referonosaure_fromNomRet.sql, nous partons du nom_sel en admettant qu'il est |
| toujours correct et c'est donc sur ce champ que s'effectue la jointure. |
| Quelques exceptions notables existent cependant: |
| - certaines observations issues de sauvages sont corrompues, leur nom_sel_nn n'est donc PAS fiable |
| - il a été remarqué des observations pour lesquelles le nom_sel_nn était corrompu, impliquant une changement |
| de nom de famille incohérent. Pour se prémunir de cela, la famille doit être identique ou presque. |
| - enfin, la première partie du nom_sel doit matcher exactement la première partie du nom_sci |
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| Consulter referonosaure_fromNomRet.sql pour des informations complémentaires. |
| */ |
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| /* test: |
| SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, bLAST.num_nom, bLAST.nom_sci, bLAST.auteur, c.famille, bLAST.famille, c.nt, bLAST.num_taxonomique |
| FROM cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b, tb_eflore.bdtfx_v1_01 bLAST |
| WHERE ( |
| bLAST.num_nom = b.num_nom_retenu |
| AND nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 AND nom_referentiel = 'bdtfx' |
| AND nom_ret_nn = bLAST.num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL) |
| AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(bLAST.nom_sci, ' ', bLAST.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique OR c.nom_ret_nn != bLAST.num_nom) |
| ); |
| */ |
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| -- l'update BDTFX avec nom_sel_nn seul |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b_nom_ret SET |
| c.nom_ret = CONCAT(b_nom_ret.nom_sci, ' ', b_nom_ret.auteur), |
| c.nom_ret_nn = b_nom_ret.num_nom, |
| c.nt = b.num_taxonomique, |
| c.famille = b.famille, |
| c.date_modification = NOW() -- a supprimer pour estimer le nombre de changements réel |
| WHERE ( |
| b_nom_ret.num_nom = b.num_nom_retenu |
| AND nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel = 'bdtfx' |
| AND nom_sel_nn = b.num_nom |
| -- TODO: bug transferts multiples + mobile.js |
| -- Note: SELECT IF(NULL NOT LIKE "%blah%", 1, 0) : 0 |
| AND (c.mots_cles_texte IS NULL OR c.mots_cles_texte NOT LIKE '%WidgetFlorileges Sauvages%') |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL OR c.famille = 'Famille inconnue') |
| AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1) |
| ); |
| -- 42315 avec indirection num_nom_retenu |
| SELECT ROW_COUNT() AS "BDTFX upd après correction sur nom_sel_nn"; |
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| -- l'update BDTXA avec nom_sel_nn seul |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a_nom_ret SET |
| c.nom_ret = CONCAT(a_nom_ret.nom_sci, ' ', a_nom_ret.auteur), |
| c.nom_ret_nn = a_nom_ret.num_nom, |
| c.nt = a.num_tax, |
| c.famille = a.famille, |
| c.date_modification = NOW() |
| WHERE ( |
| a_nom_ret.num_nom = a.num_nom_retenu |
| AND nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel = 'bdtxa' |
| AND nom_sel_nn = a.num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL) |
| AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1) |
| ); |
| -- 49 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX() |
| -- 48 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX() |
| SELECT ROW_COUNT() AS "BDTXA upd après correction sur nom_sel_nn"; |
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| -- l'update ISFAN avec nom_sel_nn seul |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i_nom_ret SET |
| c.nom_ret = CONCAT(i_nom_ret.nom_sci, ' ', i_nom_ret.auteur), |
| c.nom_ret_nn = IF(i_nom_ret.num_nom=0,NULL,i_nom_ret.num_nom), |
| c.nt = i.num_taxonomique, |
| c.famille = i.famille, |
| c.date_modification = NOW() |
| WHERE ( |
| i_nom_ret.num_nom = i.num_nom_retenu |
| AND nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel = 'isfan' |
| AND nom_sel_nn = i.num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL) |
| ); |
| -- 0 |
| SELECT ROW_COUNT() AS "ISFAN upd après correction sur nom_sel_nn"; |