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/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/chargerDonnees.sh
New file
0,0 → 1,50
#!/bin/bash
##############################################################################################################
# But : téléchargement automatique en local des données des projets depuis le serveur de Tela Botanica par ftp
# Auteur : Jean-Pascal Milcent <jpm@tela-botanica.org> (translate bat file to shell script)
# License : GPL v3
# Création : 07 decembre 2011
# Version: 0.1
# 2011-12-07 - Création
# $Id$
##############################################################################################################
# Constante
NBREPARAM=$#
APPDIR_ABSOLU=`pwd`;
DOSSIER_LOCAL="$APPDIR_ABSOLU/donnees/"
DOSSIER_DISTANT="/www/eflore/donnees/"
# Aide
E_OPTERR=65
if [ "$1" = '--help' ]
then # Le script a besoin d'au moins un argument sur la ligne de commande
echo "Usage $0 -[parameters -u, -p ]"
echo "Paramétres : "
echo " -h: indiquer l'hote ftp"
echo " -u: indiquer le nom de l'utilisateur ftp"
echo " -p: indiquer le mot de passe de l'utilisateur ftp"
exit $E_OPTERR
fi
 
# Récupération des paramètres et des options de la ligne de commande
TEMP=`getopt -o u:p:h: -l help: -- "$@"`
if [ $? != 0 ] ; then echo "Terminating..." >&2 ; exit 1 ; fi
eval set -- "$TEMP"
while [ ! -z "$1" ] ; do
#echo $1" # "$2
case "$1" in
-h) HOST=$2;;
-u) FTP_USER=$2;;
-p) FTP_PASSWD=$2;;
--) shift ; break ;;
*) echo "Internal error!" ; exit 1 ;;
esac
shift 2
done
 
# Transfert sur le serveur par FTP
if [ $NBREPARAM -eq 0 ]; then
echo "Pas de transfert sur le serveur. Utiliser --help pour voir les options de transfert."
else
echo "Téléchargement en cours :";
lftp ftp://$FTP_USER:$FTP_PASSWD@$HOST -e "set ftp:passive off; mirror -e --no-symlinks -x '.*cel\/images\/.*' -x '.*osm\/.*' -x '.*plantscan\/.*' -x '.*coste\/cles\/.*' -x '.*coste\/descriptions\/.*' -x '.*coste\/images\/.*' -x '.*coste\/ressources\/.*' $DOSSIER_DISTANT $DOSSIER_LOCAL ; quit"
fi;
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
Added: svn:executable
+*
\ No newline at end of property
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/GraphiquesBaseflor.php
New file
0,0 → 1,121
<?php
/**
* Classe GraphiquesBaseflor.php transforme les données écologiques de la table baseflor
* en graphique svg
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie un graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class GraphiquesBaseflor extends CommunGraphiques{
 
public function definirTable($version){
$this->table = Config::get('bdd_table')."_v".$version;
}
 
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
 
public function traiterReferentieletNum(){
if (!empty($this->ressources[1])) {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[1], $retour) == 1){
switch ($retour[1]) {
case 'bdtfx' :
$this->requete_condition[]= "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdtfx' ";
break;
case 'bdafx' :
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdafx' ";
break;
case 'bdbfx' :
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdbfx' ";
break;
default :
$e = "Le référentiel {$retour[1]} n'existe pas.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
} else {
throw new Exception( "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
public function traiterTypeGraphique(){
if (!empty($this->ressources[0])) {
switch ($this->ressources[0]) {
case 'climat' :
$this->requete_champs = ' ve_lumiere , ve_temperature, ve_continentalite, ve_humidite_atmos' ;
$this->nomGraphique= 'climat';
break;
case 'sol' :
$this->requete_champs = ' ve_humidite_edaph , ve_reaction_sol, ve_nutriments_sol, ve_salinite,'
.'ve_texture_sol, ve_mat_org_sol' ;
$this->nomGraphique = 'sol';
break;
default :
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> precisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
throw new Exception("Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> precisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".", RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
 
//+-------------------------- formatage du résultat -------------------------------------------+
/// ++++ svg +++++ ///
public function changerValeursSVG(){
$Dompath = new DOMXPath($this->dom);
foreach ($this->valeurs_en_pourcentage as $cle => $val){
$val = preg_replace('/,/','.', $val);
$grad_id = array_search($val,$this->graduations_id);
$element = $Dompath->query("//*[@id='".$grad_id."']")->item(0);
if($element != null) {
$pos_x = $element->getAttribute('x1');
$curseur = $Dompath->query("//*[@id='".$cle."']")->item(0);
$curseur->setAttribute('cx', $pos_x);
$curseur->setAttribute('class', 'curseur');
$this->ajouterInfoAuSurvol($curseur);
$changement = true;
}
}
$this->ajusterFormatSVG();
}
public function ajouterInfoAuSurvol($curseur){
$champs = $curseur->getAttribute('id');
$valeurTexte = $this->recupererOntologies($this->valeurs_champs[$champs], $champs );
$valeurTexte = $this->traiterIntermediaires($valeurTexte->nom, $champs, $champs);
$curseur->setAttribute('title',$this->valeurs_champs[$champs].": ".$valeurTexte );
}
 
}
?>
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/InformationsBaseflor.php
New file
0,0 → 1,531
<?php
 
/**
* Classe InformationsBaseflor.php permet de faire des requetes de baseflor en fonction d'un référentiel
*( BDTFX, BDAFX, BDBFX ) et d'un numéro nomenclatural ( différent de 0 ).
* fin d'url possibles :
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen --> retourne tous les champs pour un BDNT et un num_nomen
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen?champs=description --> retourne champs description pour un BDNT et un num_nomen
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen?champs=ecologie --> retourne champs ecologiques pour un BDNT et un num_nomen
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen/relations/catminat --> donne les num nomen et les bdnt pour tous
* les taxons qui ont le même code catminat ( code milieu ) que celui entré
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class InformationsBaseflor extends Commun{
 
protected $table = "";
private $format_reponse = 'informations';
private $retour_format = 'max';
private $champs_ontologiques = array();
protected $serviceNom = 'informations';
private $Bdd;
private $requete_condition = "";
private $champs_recherches = '*';
private $resultat_json;
private $nb_ressources;
protected $limite_requete = array( 'depart' => 0, 'limite' => 10);
 
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->nb_ressources = count($ressources);
 
$this->traiterParametres();
$this->definirTables();
$this->traiterRessources();
$resultats = null;
foreach ($this->table_version as $version) {
$this->table = $version;
$requete = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$versionResultat = $this->analyserResultat($resultat);
if (count($this->table_version) > 1) {
$resultats[$version] = $versionResultat;
} else {
$resultats = $versionResultat;
}
}
return $resultats;
}
 
public function __construct(Conteneur $Conteneur) {
$this->Bdd = $Conteneur->getBdd();
}
public function analyserResultat($resultat) {
$versionResultat = null;
if ($resultat == '') {
$message = 'La requête SQL formée comporte une erreur!';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} elseif ($resultat) {
$versionResultat = $this->retournerResultatFormate($resultat);
}
return $versionResultat;
}
 
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres)) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'categorie' :
if($this->nb_ressources != 1 ) {
$e = "Nombre de ressource != 1 pour informations/#id/relations/catminat";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
 
if ($valeur == "description") {
$this->champs_recherches = "num_nomen, BDNT, chorologie, inflorescence,"
." sexualite, ordre_maturation, "
."pollinisation, fruit, dissemination, couleur_fleur, macule, floraison, type_bio, "
."form_vegetale ";
$this->requete_condition[] = "( chorologie != '' OR inflorescence != '' ".
"OR sexualite != '' OR ordre_maturation != '' OR pollinisation != '' ".
"OR fruit != '' OR dissemination != '' OR couleur_fleur != '' OR macule != '' ".
"OR floraison != '' OR type_bio != '' OR form_vegetale != '' )";
} elseif ($valeur == "ecologie") {
$this->champs_recherches = " num_nomen, BDNT, ve_lumiere , ve_temperature,"
." ve_continentalite, ve_humidite_atmos, ve_humidite_edaph, ve_reaction_sol,"
." ve_nutriments_sol, ve_salinite, ve_texture_sol, ve_mat_org_sol, "
." vi_lumiere, vi_temperature, vi_continentalite, vi_humidite_edaph,"
." vi_reaction_sol, vi_nutriments_sol, vi_salinite ";
$this->requete_condition[] = "( ve_lumiere != '' OR ve_temperature != '' ".
"OR ve_continentalite != '' OR ve_humidite_atmos != '' ".
"OR ve_humidite_edaph != '' OR ve_reaction_sol != '' ".
"OR ve_nutriments_sol != '' OR ve_salinite != '' ".
"OR ve_texture_sol != '' OR ve_mat_org_sol != '' )";
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'categorie'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id/relations/catminat";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
break;
case 'retour.format' :
if ($valeur == 'min' || $valeur == 'max' && $this->nb_ressources == 1) {
$this->retour_format = $valeur;
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'retour.format'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id/relations/catminat";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->definirNavigationDepart($valeur);
break;
case 'navigation.limite' :
$this->definirNavigationLimite($valeur);
break;
case 'version.projet' :
$this->traiterVersion($valeur);
break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}
}
}
 
public function traiterRessources() {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[0], $retour)){
$id = $retour[2];
$ref = $retour[1];
if ($ref == 'bdtfx' || $ref == 'bdafx' || $ref == 'bdbfx') {
if($this->nb_ressources == 1) {
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$id." AND BDNT = '".strtoupper($ref)."' ";
} else {
$this->definirParametresRequeteRelations($ref, $id);
}
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le référentiel " '
.$ref.' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
 
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> La ressource demandée n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
function definirParametresRequeteRelations($ref, $id){
if ($this->ressources[1] == 'relations'){
switch ($this->ressources[2]) {
case 'catminat' :
$this->requete_condition[] = "catminat_code = ( SELECT catminat_code from ".$this->table_version[0]." WHERE "
." num_nomen = ".$id." AND BDNT = '".$ref. "' ) AND num_nomen != ".$id." ";
$this->champs_recherches = " catminat_code, num_nomen, BDNT, idiotaxon ";
break;
default :
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le type de relation " '
.$this->ressources[2].' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le type de ressources " '
.$this->ressources[1].' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+++------------------------------traitement des versions----------------------------------------++
public function traiterVersion($valeur) {
if (preg_match('/^[0-9]+(?:[._][0-9]+)*$/', $valeur) || $valeur == '+') {
$this->version_projet = $valeur;
} elseif ($valeur == '*') {
$this->version_projet = ($this->nb_ressources == 1) ? $valeur : '+' ;
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
public function definirTables() {
$table_num_version = $this->recupererVersionDisponible();
$prefixe_table = config::get('bdd_table');
if ( in_array($this->version_projet,$table_num_version) ) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.$this->version_projet;
} elseif ($this->version_projet == '+') {
$derniere_version = $table_num_version[count($table_num_version) - 1];
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $derniere_version);
} elseif ($this->version_projet == '*') {
foreach ($table_num_version as $num_version) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $num_version);
}
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+--------------------------formatages de resultats -------------------------------------------+
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$resultat_json = $resultat[0];
if ($this->retour_format == 'max'){
if ($this->nb_ressources == 1) {
if ($this->parametres['categorie'] == 'ecologie') {
$this->formaterResultatsChampsEcologie($resultat_json);
} elseif ($this->parametres['categorie'] == 'description') {
$this->formaterResultatsChampsDescription($resultat_json);
}else {
$this->formaterResultatsTousChamps($resultat_json);
}
} else {
$this->formaterResultatsRelations($resultat);
}
} else {
$this->resultat_json = $resultat_json;
}
return $this->resultat_json;
}
public function formaterResultatsRelations($resultat) {
$this->resultat_json['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat();
$resultat_json = array();
foreach ($resultat as $cle => $res){
$resultat_json[$cle] = $res ;
$resultat_json[$cle]['href'] = $this->ajouterHref('informations',strtolower($res['BDNT']).".nn:".$res['num_nomen']);
}
$this->resultat_json['resultat'] = $resultat_json;
}
public function ajouterEnteteResultat() {
$entete['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$entete['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$entete['total'] = $this->total_resultat;
$entete['version'] = $this->version_projet;
if ($this->limite_requete['limite'] != '*') {
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, '/informations/'.$this->ressources[0].'/relations/catminat');
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$entete['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$entete['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
return $entete;
}
 
public function formaterResultatsTousChamps($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat;
$this->traiterTypeBio();
$graphique_presence = $this->traiterEcologie() ;
if ($graphique_presence) {
$graphique = $this->ajouterLiensGraphique($graphique_presence);
}
}
public function formaterResultatsChampsEcologie($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat;
$graphique_presence = $this->traiterEcologie() ;
if ($graphique_presence) {
$graphique = $this->ajouterLiensGraphique($graphique_presence);
}
}
public function formaterResultatsChampsDescription($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat;
$this->traiterTypeBio();
}
//vérifie la présence de données écologiques pour les graphiques et récupère leur ontologie
public function traiterEcologie() {
$donnees_presence = false;
$this->champs_ontologiques = $this->recupererTableauConfig('champs_ontologiques');
foreach ($this->champs_ontologiques as $cle => $valeur){
if ($this->resultat_json[$cle] != ""){
$donnees_presence[$this->getNomGraphique($valeur)] = true;
$this->recupererOntologies($this->resultat_json[$cle], $cle);
unset($this->resultat_json[$cle]);
}
}
return $donnees_presence;
}
//donne le nom du graphique correspondant à un champ écologique
public function getNomGraphique($code_ecolo) {
$graphique = null;
if (in_array($code_ecolo, explode(',',Config::get('Paramètres.climat')))) {
$graphique = 'climat';
} elseif (in_array($code_ecolo, explode(',', Config::get('Paramètres.sol')) )) {
$graphique = 'sol';
}
return $graphique;
}
public function traiterTypeBio() {
if ($this->resultat_json['type_bio'] != ""){
$tab_ontologie = $this->recupererOntologiePrTypeBio($this->resultat_json['type_bio']);
unset($this->resultat_json['type_bio']);
$this->resultat_json= array_merge($this->resultat_json,$tab_ontologie);
}
}
 
public function ajouterLiensGraphique($graphique_presence) {
if ($graphique_presence['climat']) {
$this->resultat_json['graphique_climat']['libelle'] = 'climat';
$this->resultat_json['graphique_climat']['href'] =
$this->ajouterHref('graphiques/climat', strtolower($this->resultat_json['BDNT']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
if ($graphique_presence['sol']) {
$this->resultat_json['graphique_sol']['libelle'] = 'sol';
$this->resultat_json['graphique_sol']['href'] =
$this->ajouterHref('graphiques/sol', strtolower($this->resultat_json['BDNT']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
}
//+--------------------------traitement ontologies -------------------------------------------+
 
public function recupererOntologies($valeur, $champs){
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/'.$this->champs_ontologiques[$champs].':'.urlencode(urlencode($valeur));
$val = $this->getBdd()->recuperer(sprintf(
"SELECT a.nom FROM baseflor_ontologies a LEFT JOIN baseflor_ontologies b ON a.id = b.id LEFT JOIN baseflor_ontologies c ON b.classe_id = c.id WHERE".
" b.code = BINARY '%s' AND c.code = BINARY '%s' LIMIT 0, 100",
$valeur,
$this->champs_ontologiques[$champs]),
Bdd::MODE_OBJET);
 
$this->resultat_json[$champs.'.libelle'] = isset($val->nom) ? $val->nom : NULL; // eg: VEMO:0
$this->resultat_json[$champs.'.code'] = $valeur;
$this->resultat_json[$champs.'.href'] = $url;
}
//+-------------ontologie pour le champs type biologique (lire le .txt)---+
 
public function recupererOntologiePrTypeBio($type_a_traiter){
$resultat_typeBio = "";
if ($type_a_traiter != "") {
$types_prim_sec = $this->separerTypesPrimairesSecondaires($type_a_traiter);
$types_sstypes = $this->classerPrimSecEnTypesSsTypes($types_prim_sec);
$resultat_typeBio = $this->formaterJsonTypeBio($types_sstypes, $type_a_traiter );
}
return $resultat_typeBio;
}
public function classerPrimSecEnTypesSsTypes($types_prim_sec) {
$types_sstypes = '';
foreach ($types_prim_sec as $cle => $tb) {
$types_sstypes[$cle]= $this->separerTypes_SousTypes($tb, $cle);
}
switch (count($types_sstypes)) {
case 1 :
$types_sstypes = $types_sstypes['principal'];
break;
case 2 :
$types_sstypes = array_merge($types_sstypes['principal'],$types_sstypes['secondaire']);
break;
}
return $types_sstypes;
}
 
public function formaterJsonTypeBio( $types_sstypes, $type_a_traiter) {
$resultat_typeBio['type_bio.code'] = $type_a_traiter;
foreach ($types_sstypes as $cle => $tb) {
if (($cle == 'type.principal') || ($cle == 'type.secondaire')) {
$i = 0;
foreach ($tb as $types) {
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/TB:'.urlencode(urlencode($types));
$val = $this->consulterHref($url);
$libelle[$cle][$i]= $val->nom;
$detail[$cle][$i]['libelle'] = $val->nom;
$detail[$cle][$i]['code'] = $val->code;
$detail[$cle][$i]['href'] = $url;
$i++;
}
}
if ($cle == 'sous_type.principal' || $cle == 'sous_type.secondaire' ) {
$i = 0;
foreach ($tb as $sstypes) {
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/ssTT:'.urlencode(urlencode($sstypes));
$val = $this->consulterHref($url);
$libelle[$cle][$i]=$val->nom;
$detail[$cle][$i]['libelle'] = $val->nom;
$detail[$cle][$i]['code'] = $val->code;
$detail[$cle][$i]['href'] = $url;
$i++;
}
}
}
//var_dump($libelle); exit;
$resultat_typeBio['type_bio.libelle']= $this->formaterTypeBioPrLibelle($libelle);
$resultat_typeBio['type_bio.detail'] = $detail;
return $resultat_typeBio;
}
public function formaterTypeBioPrLibelle($info) {
$libelle = implode(', ',$info['type.principal'])." ";
$libelle .= isset($info['sous_type.principal']) ? " (".implode(', ',$info['sous_type.principal']).") " : "";
$libelle .= isset($info['type.secondaire']) ? ", ".implode(', ',$info['type.secondaire'])." " : "";
$libelle .= isset($info['sous_type.secondaire']) ? "(".implode(', ',$info['sous_type.secondaire']).") " : "";
return $libelle;
}
 
//séparation des principaux et des secondaires
public function separerTypesPrimairesSecondaires($type) {
$types = array();
if (preg_match("/(.+)\((.+)\)\-{0,1}(.+){0,1}/", $type,$retour)) {
$types['principal'] = isset($retour[3]) ? $retour[1].'-'. $retour[3] : $retour[1] ;
$types['secondaire'] = $retour[2];
} else {
$types['principal'] = $type;
}
return $types;
}
 
public function separerTypes_SousTypes($type_a_traiter, $typePrimOuSec) {
$types = array();
if (preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé,]+[^\-])$/", $type_a_traiter, $retour)) {
//type
$type = array();
$type[0] = (isset($retour[3])) ? $retour[3] : $retour[1] ;
$type = explode(",", $type[0]);
for ($i = 0 ; $i < count($type); $i++) {
$types['type.'.$typePrimOuSec][$i] = $type[$i];
}
//sous types
$ss_types = array();
if (isset($retour[2]) && $retour[2] != '') {
$ss_types[0] = $retour[2] ;
$ss_types = explode("-", $ss_types[0]);
for ($i = 0 ; $i < count($ss_types); $i++) {
$types['sous_type.'.$typePrimOuSec][$i] = $ss_types[$i];
}
}
}
return $types;
}
 
//+--------------------------FONCTIONS D'ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->champs_recherches.' FROM '.$this->table.' '
.$this->retournerRequeteCondition().' ';
if ($this->nb_ressources != 1 ) {
$requete .= $this->delimiterResultatsRequete();
}
return $requete;
}
public function calculerTotalResultat() {
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.' '.$this->retournerRequeteCondition();
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$this->total_resultat = $res['nombre'];
} else {
$this->total_resultat = 0;
$e = 'Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
}
}
public function delimiterResultatsRequete() {
$this->calculerTotalResultat();
$requete_limite = '';
if ($this->limite_requete['limite'] != '*') {
if ( ($this->limite_requete['depart'] <= $this->total_resultat)){
if (($this->limite_requete['limite'] + $this->limite_requete['depart'] )
< $this->total_resultat ){
$requete_limite = 'LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '
.$this->limite_requete['limite'];
}
} else {
$e = "Erreur : la valeur pour le paramètre navigation.départ est supérieure".
" au nombre total de résultats.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
}
}
return $requete_limite;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if (empty($this->requete_condition) == false) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
 
 
}
?>
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/CommunGraphiques.php
New file
0,0 → 1,400
<?php
 
/**
* Classe CommunGraphiques.php regroupement de fonctions pour les graphiques
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie un graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
abstract class CommunGraphiques extends Commun{
protected $parametres = array();
protected $ressources = array();
protected $Bdd;
protected $config;
protected $cache;
protected $metadonnees;
protected $version;
protected $serviceNom = 'Graphiques';
protected $graduations_id = array();
protected $champs_ontologiques = array();
protected $nomGraphique = array();
protected $table = '';
protected $requete_condition = "";
protected $requete_champs;
protected $convertisseur;
protected $cheminGraphBase;
protected $valeurs_en_pourcentage = array();
protected $dom;
protected $largeurSVG = "500";
protected $hauteurSVG;
protected $valeurs_champs;
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->verifierParametres();
$this->initialiserConfiguration();
$resultats = '';
$this->traiterRessources();
$requete = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$versionResultat = $this->obtenirResultat($resultat);
return $versionResultat;
}
 
//+--------------------------initialisation de paramètres -------------------------------------------+
private function initialiserConfiguration() {
$conteneur = new Conteneur();
$this->Bdd = $conteneur->getBdd();
$this->config = $conteneur->getParametre('Graphiques');
$this->convertisseur = $this->config['convertisseur'];
$this->graduations_id = $this->getParametreTableau('graduations_id');
$this->champs_ontologiques = $this->getParametreTableau('champs_ontologiques');
$this->cheminGraphBase = $this->config['chemin'];
$cacheOptions = array('mise_en_cache' => $this->config['cache_miseEnCache'],
'stockage_chemin' => $this->config['cache_stockageChemin'],
'duree_de_vie' => $this->config['cache_dureeDeVie']);
$this->cache = $conteneur->getCacheSimple($cacheOptions);
$this->definirVersion();
$this->definirFormat();
$this->definirTable($this->version);
}
abstract function definirTable($version);
private function getParametreTableau($cle) {
$tableau = array();
$parametre = Config::get($cle);
if (empty($parametre) === false) {
$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') !== false && strlen($champ) >= 3) {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$tableau[trim($cle)] = trim($val);
} else {
$tableau[] = trim($champ);
}
}
}
return $tableau;
}
 
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
//+---- paramètres ----+
private function verifierParametres() {
if (isset($this->parametres)) {
$parametres_dispo = array('retour', 'retour.format', 'version.projet');
$parametres = array_keys($this->parametres);
foreach ($parametres as $param) {
if (!in_array($param, $parametres_dispo)) {
$erreur = "Erreur : Le paramètre $param est inconnu.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
}
}
//on n'affiche qu'une version de graphique à la fois ( la dernière ou celle demandée )
private function definirVersion() {
$this->chargerVersions();
if (!isset($this->parametres['version.projet']) ) {
$this->version = $this->metadonnees[0]['version'];
} elseif ($this->parametres['version.projet'] == '+') {
$this->version = $this->metadonnees[0]['version'];
} else {
if($this->verifierVersion($this->parametres['version.projet'])) {
$this->version = $this->parametres['version.projet'];
}else {
$erreur = "Erreur : La version est inconnue.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
}
private function verifierVersion($version){
$retour = false;
foreach ($this->metadonnees as $vers) {
if ($vers['version'] == $version ) {
$retour = true;
}
}
return $retour;
}
private function definirFormat() {
if (isset($this->parametres['retour.format']) ){
if (preg_match("/^[0-9]+$/", $this->parametres['retour.format'])){
if ($this->parametres['retour.format'] > 0) {
$this->largeurSVG = $this->parametres['retour.format'];
} else {
$erreur = "Erreur : valeur pour retour.format négative ou égale à 0.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}else {
$erreur = "Erreur : valeur inconnue. Entrez la largeur voulue (en pixels) pour le paramètre retour.format.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
if (!isset($this->parametres['retour']) ){
$this->parametres['retour'] = 'image/svg+xml';
}else {
if (( $this->parametres['retour'] != 'image/svg+xml')&& ( $this->parametres['retour'] != 'image/png')){
$erreur = "Erreur : valeur inconnue. Choisissez le format de retour pour le paramètre retour : image/svg%2Bxml ou image/png.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($erreur, $code);
}
}
}
private function chargerVersions() {
$requete = "SELECT version ".
"FROM ".Config::get('bdd_table_meta')." ".
"ORDER BY date_creation DESC ";
$resultats = $this->Bdd->recupererTous($requete);
if (!is_array($resultats) || count($resultats) <= 0) {
$message = "Les méta-données n'ont pu être chargée pour la ressource demandée";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
$this->metadonnees = $resultats;
}
//+----- ressources -----+
public function traiterRessources() {
if(isset($this->ressources)) {
$this->traiterTypeGraphique();
$this->traiterReferentielEtNum();
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> ressources insuffisantes.';
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
abstract function traiterReferentielEtNum();
abstract function traiterTypeGraphique();
//+--------------------------FONCTIONS D'ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->requete_champs.' FROM '.$this->table.' '.$this->retournerRequeteCondition();
return $requete;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition !== "") {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
//+-------------------------- formatage du résultat -------------------------------------------+
 
public function obtenirResultat($resultat) {
if ($resultat == ""){
$message = 'La requête SQL formée comporte une erreur!';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}elseif ($resultat) {
if ((count($this->ressources)) != 0) {
//$Atraiter = array_filter($resultat[0],function($var){return ($var != '');});
foreach ($resultat[0] as $champs => $valeur) {
if ($valeur !== '') {
$Atraiter[$champs] = $valeur;
}
}
if (!empty($Atraiter)) {
$this->traiterValeursEcologiques($Atraiter);
$svg = $this->genererSVG();
$resultat = new ResultatService();
$resultat->corps = ($this->parametres['retour'] == 'image/png') ? $this->convertirEnPNG($svg) : $svg;
$resultat->mime = $this->parametres['retour'];
} else {
$resultat = null;
}
}
} else {
$resultat = null;
}
return $resultat;
}
//+----- modification svg -----+
 
public function traiterValeursEcologiques($valeur){
$this->valeurs_champs = $valeur;
foreach($this->valeurs_champs as $cle => $val){
if (preg_match("/ve_humidite_edaph/", $cle)) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = round($val/13,1);
} elseif (preg_match("/ve_salinite/", $cle)) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = round(($val+1)/11,1);
} else {
$this->valeurs_en_pourcentage[$cle] = round($val/10,1);
}
}
}
public function donnerHauteur($ancienne_largeur, $ancienne_hauteur) {
$nouvelle_largeur = $this->largeurSVG;
$ancienne_largeur = str_replace('px','',$ancienne_largeur);
$ancienne_hauteur = str_replace('px','',$ancienne_hauteur);
$rapport = $nouvelle_largeur / $ancienne_largeur ;
$nouvelle_hauteur = $ancienne_hauteur * $rapport;
$this->hauteurSVG = $nouvelle_hauteur;
}
public function ajusterFormatSVG(){
$svg = $this->dom->getElementsByTagName("svg")->item(0);
$largeur = $svg->getAttribute('width');
$hauteur = $svg->getAttribute('height');
$this->donnerHauteur($largeur , $hauteur);
$svg->setAttribute('width',round($this->largeurSVG).'px');
$svg->setAttribute('height',round($this->hauteurSVG).'px');
}
public function genererSVG(){
$svg = null;
$this->dom = new DOMDocument('1.0', 'UTF-8');
$this->dom->validateOnParse = true;
$fichierSvg = $this->cheminGraphBase."".$this->nomGraphique.".svg";
$this->dom->load($fichierSvg);
$this->changerValeursSVG();
$svg = $this->dom->saveXML();
return $svg;
}
abstract function changerValeursSVG();
public function recupererOntologies($valeur, $champs){
$url = $this->ajouterHref('ontologies',$this->champs_ontologiques[$champs].':'.urlencode(urlencode($valeur)));
try {
$val = $this->getBdd()->recuperer(sprintf(
"SELECT a.nom FROM baseflor_ontologies a LEFT JOIN baseflor_ontologies b ON a.id = b.id LEFT JOIN baseflor_ontologies c ON b.classe_id = c.id WHERE".
" b.code = BINARY '%s' AND c.code = BINARY '%s' LIMIT 0, 100",
$valeur,
$this->champs_ontologiques[$champs]),
Bdd::MODE_OBJET);
} catch (Exception $e) {
$val = "";
}
return $val;
}
public function traiterIntermediaires($valeurTexte,$champsOntologie, $champsTable){
if (preg_match("/(?:I|i)nterm(?:é|e)diaire(?:s)*/", $valeurTexte )) {
$prec = $this->recupererOntologies(($this->valeurs_champs[$champsTable]-1), $champsOntologie );
$suiv = $this->recupererOntologies(($this->valeurs_champs[$champsTable]+1), $champsOntologie );
$valeurTexte = "Intermédiaires entre $prec->nom et $suiv->nom ";
}
return $valeurTexte;
}
/// +---- convertir png ----+
public function convertirEnPNG($svg) {
$png = null;
if (isset($this->convertisseur)) {
if ($this->convertisseur == 'imagick') {
if (extension_loaded('imagick')) {
$png = $this->convertirEnPNGAvecImageMagick($svg);
} else {
$message = "Impossible de générer l'image sur le serveur. Extension ImageMagick absente.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else if ($this->convertisseur == 'rsvg') {
$png = $this->convertirGraphiqueEnPNGAvecRsvg($svg);
} else {
$message = "Le convertisseur indiqué '{$this->convertisseur}' ne fait pas partie de la liste ".
"des convertisseurs disponibles : imagick, rsvg.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
} else {
$message = "Veuillez indiquer le convertisseur de svg à utiliser pour le service.";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_ERREUR;
throw new Exception($message, $code);
}
return $png;
}
public function convertirEnPNGAvecImageMagick($svg) {
$convertisseur = new Imagick();
$convertisseur->setBackgroundColor(new ImagickPixel('#F8F8F8'));
$convertisseur->readImageBlob($svg);
$convertisseur->setImageFormat('png32');
$convertisseur->resizeImage($this->largeurSVG,$this->hauteurSVG, imagick::FILTER_LANCZOS, 0, true);
$png = $convertisseur->getImageBlob();
$convertisseur->clear();
$convertisseur->destroy();
return $png;
}
public function convertirGraphiqueEnPNGAvecRsvg($svg) {
$idFichier = $this->getIdFichier();
$fichierPng = $this->config['cache_stockageChemin'].$idFichier.'.png';
$fichierSvg = $this->config['cache_stockageChemin'].$idFichier.'.svg';
file_put_contents($fichierSvg, $svg);
$commande = "rsvg-convert $fichierSvg -w ".$this->largeurSVG ." -h ".$this->hauteurSVG ." -o $fichierPng";
//echo $commande; exit;
$rsvg = exec($commande);
$this->indexerGraphiqueFichierPng($fichierPng);
$png = file_get_contents($fichierPng);
return $png;
}
public function indexerGraphiqueFichierPng($fichierPng) {
$img = imagecreatefrompng($fichierPng);
imagetruecolortopalette($img, false, 32);
imagepng($img, $fichierPng, 9, PNG_ALL_FILTERS);
}
public function getIdFichier(){
$idfichier = str_replace(".","-",$this->ressources[1]);
$idfichier = str_replace(':','-',$idfichier);
$idfichier .= "-".$this->ressources[0];
return $idfichier;
}
}
?>
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/Graphiques.php
New file
0,0 → 1,42
<?php
/**
* Classe Graphiques.php détermine le type de graphiques à afficher en fonction des données des tables
* baseflor et baseflor_rang_sup_ecologie
* fin d'url possibles :
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie une graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class Graphiques extends Commun{
 
 
private $Graph_tables = array('GraphiquesBaseflor', 'GraphiquesTaxonsSup');
public function consulter($ressources, $parametres) {
$versionResultat = null;
foreach ($this->Graph_tables as $graph_tab) {
$Graph = new $graph_tab();
$versionResultat = $Graph->consulter($ressources, $parametres);
if($versionResultat != null) {break;}
}
if ($versionResultat == null) {
$message = 'Les données recherchées sont introuvables.';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $versionResultat;
}
 
}
?>
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/Informations.php
New file
0,0 → 1,290
<?php
 
/**
* Classe Informations.php interroge la table Index
* et redirige vers une autre classe si besoin
* d'interroger une autre table (comme baseflor ou baseflor_rang_sup)
* elle traite également le retour du web service : /informations
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2012 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*
*
*/
 
 
 
class Informations extends Commun {
protected $limite_requete = array( 'depart' => 0, 'limite' => 10);
private $tables;
private $champs_recherches = '*';
private $requete_jointure = "";
private $requete_condition = "";
private $total_resultat;
protected $serviceNom = 'informations';
private $masque;
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$versionResultat = null;
if (empty($this->ressources)){
$this->traiterParametres();
}
$this->definirTables(array ('index' => config::get('bdd_table_index'),
'baseflor' => config::get('bdd_table'),
'rangSup' => config::get('bdd_table_rang_sup')
)
);
$this->traiterRessources();
$requete = $this->assemblerLaRequete();
// exemple:
// SELECT * FROM baseflor_index_v2012_12_31 WHERE `bdnt.nn` = 'bdtfx.nn:XXXXX';
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete . ' -- ' . __FILE__ . ':' .__LINE__);
$versionResultat = $this->renvoyerResultat($resultat);
if ($versionResultat == null) {
$message = 'Les données recherchées sont introuvables.';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
}
return $versionResultat;
}
 
public function __construct() {
$Conteneur = new Conteneur();
$this->Bdd = $Conteneur ->getBdd();
}
public function renvoyerResultat($resultat) {
$res_formate = array();
if (empty($this->ressources)) {
$res_formate = $this->retournerResultatFormate($resultat);
} else {
$classe = empty($resultat[0]['baseflor']) ? 'InformationsTaxonsSup' : 'InformationsBaseflor';
$info = new $classe(new Conteneur());
$res_formate = $info->consulter($this->ressources, $this->parametres);
}
return $res_formate;
}
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------+
 
public function traiterRessources() {
if (empty($this->ressources)) {
$this->requete_jointure = array(
'LEFT JOIN '. $this->tables['baseflor'].' ON '
.$this->tables['baseflor'].".cle =".$this->tables['index'].".baseflor",
'LEFT JOIN '. $this->tables['rangSup'].' ON '
.$this->tables['rangSup'].".cle = ".$this->tables['index'].".RangSup");
$this->champs_recherches = " {$this->tables['baseflor']}.num_nomen as 'baseflor.nn',
{$this->tables['baseflor']}.BDNT as 'baseflor.bdnt',
{$this->tables['baseflor']}.catminat_code,
{$this->tables['baseflor']}.num_taxon ,
{$this->tables['baseflor']}.idiotaxon ,
{$this->tables['rangSup']}.num_nomen as 'rangSup.nn',
{$this->tables['rangSup']}.bdnt as 'rangSup.bdnt',
{$this->tables['index']}.cle as 'index.cle' ";
} else {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[0], $retour)){
$this->champs_recherches = " baseflor, rangSup ";
$this->requete_condition[] = " `bdnt.nn` = '{$retour[0]}' ";
} else {
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> La ressource demandée n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}
}
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres) ) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'navigation.depart' :
if(!isset($this->parametres['navigation.limite']))
throw new Exception("indiquez également la valeur pour le paramètre navigation.limite.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
$this->definirNavigationDepart($valeur);
break;
case 'navigation.limite' :
if(!isset($this->parametres['navigation.depart']))
throw new Exception("indiquez également la valeur pour le paramètre navigation.depart.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
$this->definirNavigationLimite($valeur);
break;
case 'version.projet' :
$this->traiterVersion($valeur);
break;
case 'masque.cat' :
$this->masque = 'catminat='.str_replace('-','/',$valeur);
$this->requete_condition[] = " catminat_code = '".str_replace('-','/',$valeur)."' ";
break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); break;
}
}
}
}
//+++------------------------------traitement des versions----------------------------------------++
public function traiterVersion($valeur) {
if (preg_match('/^[0-9]+(?:[._][0-9]+)*$/', $valeur) || $valeur == '*' || $valeur == '+') {
$this->version_projet = $valeur;
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
if ($this->version_projet == '*' && empty($this->ressources)) {
$message = "L'affichage de plusieurs versions ne fonctionne que pour les ressources de type /ressources/#id";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
public function definirTables($prefixe_table) {
$table_num_version = $this->recupererVersionDisponible();
foreach ($prefixe_table as $nom => $prefixe ) {
if ( in_array($this->version_projet,$table_num_version) ) {
$tables[$nom] = $prefixe.'_v'.$this->version_projet;
} elseif ($this->version_projet == '+') {
$derniere_version = $table_num_version[count($table_num_version) - 1];
$tables[$nom] = $prefixe.'_v'.str_replace('.', '_', $derniere_version);
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
$this->tables = $tables;
}
 
//+--------------------------formatages de resultats -------------------------------------------+
 
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$resultat_json = array();
$resultat_json['entete'] = $this->ajouterEnteteResultat();
$resultat_json['resultats'] = array();
foreach ($resultat as $ligne => $tab) {
$num = $tab['index.cle'];
$resultat_json['resultats'][$num]['num_nomen'] =
(empty ($tab['baseflor.nn'])) ? $tab['rangSup.nn'] : $tab['baseflor.nn'];
$resultat_json['resultats'][$num]['bdnt'] =
(empty ($tab['baseflor.bdnt'])) ? $tab['rangSup.bdnt'] : $tab['baseflor.bdnt'];
$resultat_json['resultats'][$num]['catminat_code'] =
(empty ($tab['catminat_code'])) ? '' : $tab['catminat_code'];
$resultat_json['resultats'][$num]['idiotaxon'] =
(empty ($tab['idiotaxon'])) ? '' : $tab['idiotaxon'];
$resultat_json['resultats'][$num]['num_taxon'] =
(empty ($tab['num_taxon'])) ? '' : $tab['num_taxon'];
if ($resultat_json['resultats'][$num]['num_nomen'] != 0) {
$bdnt = strtolower($resultat_json['resultats'][$num]['bdnt']);
$nn = $resultat_json['resultats'][$num]['num_nomen'];
$resultat_json['resultats'][$num]['href'] =
$this->ajouterHref('informations',$bdnt.".nn:".$nn);
}
}
return $resultat_json;
}
public function ajouterEnteteResultat() {
$entete['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$entete['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$entete['total'] = $this->total_resultat;
if ($this->masque) {
$entete['masque'] = $this->masque;
}
$entete['version'] = $this->version_projet;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, '/informations');
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$entete['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$entete['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
return $entete;
}
//+-------------------------------------assemblage de requête------------------------------------//
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->champs_recherches.' FROM '.$this->tables['index'].' '
.$this->retournerRequeteJointure().' '.$this->retournerRequeteCondition().
' '.$this->delimiterResultatsRequete();
return $requete;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if ($this->requete_condition !== "") {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
public function calculerTotalResultat() {
$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->tables['index'].' '
.$this->retournerRequeteJointure().' '.$this->retournerRequeteCondition();
$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($res) {
$this->total_resultat = $res['nombre'];
} else {
$this->total_resultat = 0;
$e = 'Données introuvables dans la base';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);
}
}
public function delimiterResultatsRequete() {
$this->calculerTotalResultat();
$requete_limite = '';
if (($this->limite_requete['depart'] <= $this->total_resultat) ){
if ( $this->limite_requete['depart'] < $this->total_resultat ){
$requete_limite = 'LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '
.$this->limite_requete['limite'];
}
} else {
$e = "Erreur : la valeur pour le paramètre navigation.départ est supérieure".
" au nombre total de résultats.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE);
}
return $requete_limite;
}
public function retournerRequeteJointure() {
$jointure = '';
if ($this->requete_jointure !== "") {
$jointure = implode(' ', $this->requete_jointure);
}
return $jointure;
}
}
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/GraphiquesTaxonsSup.php
New file
0,0 → 1,146
<?php
/**
* Classe GraphiquesTaxonsSup.php transforme les données écologiques de la table baseflor_rang_sup_ecologie
* en graphique svg
* graphiques/#typegraphique/#bdnt.nn:#num_nomen --> renvoie un graphique avec les données connues
*
*
* @package eflore-projets
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class GraphiquesTaxonsSup extends CommunGraphiques{
 
 
public function definirTable($version){
$this->table = Config::get('bdd_table_rang_sup')."_v".$version;
}
//+---- ressources ----+
public function traiterReferentieletNum(){
if (!empty($this->ressources[1])) {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[1], $retour) == 1){
switch ($retour[1]) {
case 'bdtfx' : // pour le moment un seul referentiel disponible
$this->requete_condition[]= "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdtfx' ";
break;
default :
$e = "Le référentiel {$retour[1]} n'existe pas.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.";
throw new Exception( $e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
} else {
throw new Exception( "Erreur dans l'url de votre requête :".
" précisez le référentiel et le numéro nomenclatural sous la forme {bdnt}.nn:{nn}.",
RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
public function traiterTypeGraphique(){
if (!empty($this->ressources[0])) {
switch ($this->ressources[0]) {
case 'climat' :
$this->requete_champs = ' ve_lumiere_min, ve_lumiere_max, ve_temperature_min,'.
' ve_temperature_max, ve_continentalite_min,'.
' ve_continentalite_max, ve_humidite_atmos_min,'.
' ve_humidite_atmos_max' ;
$this->nomGraphique= 'climat_min_max';
break;
case 'sol' :
$this->requete_champs = ' ve_humidite_edaph_min , ve_humidite_edaph_max,'.
' ve_reaction_sol_min, ve_reaction_sol_max, '.
' ve_nutriments_sol_min, ve_nutriments_sol_max,'.
' ve_salinite_min, ve_salinite_max,'.
' ve_texture_sol_min, ve_texture_sol_max,'.
've_mat_org_sol_min,ve_mat_org_sol_max ' ;
$this->nomGraphique = 'sol_min_max';
break;
default :
$e = "Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> précisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}else {
throw new Exception("Erreur dans l'url de votre requête :".
"</br> precisez le graphique -> \"sol\" ou \"climat\".", RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+-------------------------- formatage du résultat -------------------------------------------+
public function changerValeursSVG(){
$this->ajouterValeursIntermediaires();
$Dompath = new DOMXPath($this->dom);
foreach ($this->valeurs_en_pourcentage as $cle => $val){
$val = preg_replace('/,/','.', $val);
$grad_id = array_search($val,$this->graduations_id);
$champs = preg_replace('/_min|_max|_[0-9]/','', $cle);
// dans le cas de mauvaises données, pour ne pas que tout le graphique
$case = $Dompath->query("//*[@id='".$grad_id."_".$champs."']")->item(0);
if($case != null) {
$case->setAttribute('fill','#EA6624');
$case->setAttribute('stroke','#EA6624');
$this->ajouterInfoAuSurvol($champs,$case);
}
$changement = true;
}
$this->ajusterFormatSVG();
}
public function ajouterValeursIntermediaires(){
$champs_ecolo = array_keys($this->champs_ontologiques);
foreach ($champs_ecolo as $chps ){
$min = !empty($this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_min']) ? $this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_min'] : -1;
$max = !empty($this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_max']) ? $this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_max'] : -1;
if ($min < ($max-0.1) ){
$i = $min + 0.1;
$num = 1;
for ($i ; $i < $max; $i += 0.1) {
$this->valeurs_en_pourcentage[$chps.'_'.$num] = $i;
$num++;
}
}
}
}
public function ajouterInfoAuSurvol($champs, $case){
$min = $this->valeurs_champs[$champs."_min"];
$max = $this->valeurs_champs[$champs."_max"];
if ($min != $max){
$valeurMin = $this->recupererOntologies($min, $champs );
$valeurMax = $this->recupererOntologies($max, $champs );
$valeurMin = $this->traiterIntermediaires($valeurMin->nom, $champs, $champs.'_min');
$valeurMax = $this->traiterIntermediaires($valeurMax->nom, $champs, $champs.'_max');
$case->setAttribute('title',"de $min: $valeurMin à $max: $valeurMax " );
} else {
$valeurMin = $this->recupererOntologies($min, $champs );
$valeurMin = $this->traiterIntermediaires($valeurMin->nom, $champs, $champs.'_min');
$case->setAttribute('title',"$min: $valeurMin" );
}
}
}
?>
/tags/v5.0-agropyraie-20130830-1/services/modules/0.1/baseflor/InformationsTaxonsSup.php
New file
0,0 → 1,268
<?php
 
/**
* Classe InformationsTaxonsSup.php permet de faire des requetes pour les rangs superieurs de baseflor
* du référentiel BDTFX et avec un numéro nomenclatural ( différent de 0 ).
* fin d'url possibles :
*
* /informations/#bdnt.nn:#num_nomen?champs=ecologie --> retourne champs ecologiques pour un BDNT et un num_nomen
*
*
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package eflore-projets
* @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org>
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
 
class InformationsTaxonsSup extends Commun{
protected $table = "";
private $champs_ontologiques = array();
private $format_reponse = 'informations';
protected $serviceNom = 'informations';
private $retour_format = 'max';
private $Bdd;
private $requete_condition = "";
private $champs_recherches = '*';
public function consulter($ressources, $parametres) {
$this->ressources = $ressources;
$this->parametres = $parametres;
$this->traiterParametres();
$this->definirTables();
$this->traiterRessources();
$resultats = '';
foreach ($this->table_version as $version) {
$this->table = $version;
$requete = $this->assemblerLaRequete();
$resultat = $this->Bdd->recupererTous($requete);
$versionResultat = $this->analyserResultat($resultat);
if (count($this->table_version) > 1) {
$resultats[$version] = $versionResultat;
} else {
$resultats = $versionResultat;
}
}
return $resultats;
}
public function analyserResultat($resultat) {
$versionResultat = null;
if ($resultat == '') {
$message = 'La requête SQL formée comporte une erreur!';
$code = RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE;
throw new Exception($message, $code);
} elseif ($resultat) {
$versionResultat = $this->retournerResultatFormate($resultat);
}
return $versionResultat;
}
public function __construct(Conteneur $Conteneur) {
$this->Bdd = $Conteneur->getBdd();
}
//+--------------------------traitement ressources ou paramètres -------------------------------------------+
public function traiterRessources() {
if(preg_match('/^(.+)\.nn:([0-9]+)$/', $this->ressources[0], $retour)==1){
switch ($retour[1]) {
case 'bdtfx' :
$this->requete_condition[] = "num_nomen = ".$retour[2]." AND bdnt = 'bdtfx' ";
break;
default :
$e = 'Erreur dans l\'url de votre requête : </br> Le référentiel " '
.$retour[1].' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
break;
}
}
}
//+---- paramètres ----+
public function traiterParametres() {
if (isset($this->parametres) && !empty($this->parametres) ) {
foreach ($this->parametres as $param => $valeur) {
switch ($param) {
case 'categorie' :
if ($valeur == "ecologie"){
$this->champs_recherches = ' num_nomen, bdnt, ve_lumiere_min , ve_lumiere_max,'
.' ve_temperature_min, ve_temperature_max, ve_continentalite_min,'
.' ve_continentalite_max, ve_humidite_atmos_min, ve_humidite_atmos_max,'
.' ve_humidite_edaph_min, ve_humidite_edaph_max, ve_reaction_sol_min,'
.' ve_reaction_sol_max, ve_nutriments_sol_min, ve_nutriments_sol_max,'
.' ve_salinite_min, ve_salinite_max, ve_texture_sol_min,ve_texture_sol_max,'
.' ve_mat_org_sol_min, ve_mat_org_sol_max ';
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'categorie'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
break;
case 'retour.format' :
if ($valeur == 'min' || $valeur == 'max') {
$this->retour_format = $valeur;
break;
} else {
$e = "Valeur de paramètre inconnue pour 'retour.format'. Ce paramètre n'est pas autorisé pour informations/#id";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
case 'version.projet' :
$this->traiterVersion($valeur);
break;
default :
$e = 'Erreur dans les parametres de votre requête : </br> Le paramètre " '
.$param.' " n\'existe pas.';
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE); break;
}
}
}
}
 
//+++------------------------------traitement des versions----------------------------------------++
public function traiterVersion($valeur) {
if (preg_match('/^[0-9]+(?:[._][0-9]+)*$/', $valeur) || $valeur == '*' || $valeur == '+') {
$this->version_projet = $valeur;
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
if ($this->version_projet == '*' && $this->ressources == array()) {
$message = "L'affichage de plusieurs versions ne fonctionne que pour les ressources de type /ressources/#id";
$code = RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE;
throw new Exception($message, $code);
}
}
 
public function definirTables() {
$table_num_version = $this->recupererVersionDisponible();
$prefixe_table = config::get('bdd_table_rang_sup');
if ( in_array($this->version_projet,$table_num_version) ) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.$this->version_projet;
} elseif ($this->version_projet == '+') {
$derniere_version = $table_num_version[count($table_num_version) - 1];
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $derniere_version);
} elseif ($this->version_projet == '*') {
foreach ($table_num_version as $num_version) {
$this->table_version[] = $prefixe_table.'_v'.str_replace('.', '_', $num_version);
}
} else {
$e = "Erreur : La version est inconnue.";
throw new Exception($e, RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE);
}
}
//+--------------------------formatages de resultats -------------------------------------------+
public function retournerResultatFormate($resultat) {
$this->resultat_json = $resultat[0];
if ($this->retour_format == 'max') {
$graphique_presence = $this->traiterEcologie() ;
if ($graphique_presence) {
$this->ajouterLiensGraphique($graphique_presence);
}
}
return $this->resultat_json ;
}
public function traiterEcologie() {
$donnees_presence = false;
$this->champs_ontologiques = $this->recupererTableauConfig('champs_ontologiques');
foreach ($this->champs_ontologiques as $cle => $valeur){
/* Les deux tests commentés ci-dessous étaient présents dans eflore-test (uniquement) jusqu'à juin 2013.
La valeur 0 pose question.
cf baseflor_v2012_12_31
cf services/modules/0.1/baseflor/CommunGraphiques.php traiterValeursEcologiques() */
if ($this->resultat_json[$cle.'_min'] != "") { // && $this->resultat_json[$cle.'_min'] != 0) {
$donnees_presence[$this->getNomGraphique($valeur)] = true;
$tab_ontologie = $this->recupererOntologies($this->resultat_json[$cle.'_min'], $cle.'_min');
unset($this->resultat_json[$cle.'_min']);
}
if ($this->resultat_json[$cle.'_max'] != "") { // && $this->resultat_json[$cle.'_max'] != 0) {
$this->recupererOntologies($this->resultat_json[$cle.'_max'], $cle.'_max');
unset($this->resultat_json[$cle.'_max']);
}
}
return $donnees_presence;
}
//donne le nom du graphique correspondant à un champ écologique
public function getNomGraphique($code_ecolo) {
$graphique = null;
if (in_array($code_ecolo, explode(',',Config::get('Paramètres.climat')))) {
$graphique = 'climat';
} elseif (in_array($code_ecolo, explode(',', Config::get('Paramètres.sol')) )) {
$graphique = 'sol';
}
return $graphique;
}
public function ajouterLiensGraphique($graphique_presence) {
if ($graphique_presence['climat']) {
$this->resultat_json['graphique_climat']['libelle'] = 'climat';
$this->resultat_json['graphique_climat']['href'] = $this->ajouterHref('graphiques/climat',
strtolower($this->resultat_json['bdnt']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
if ($graphique_presence['sol']) {
$this->resultat_json['graphique_sol']['libelle'] = 'sol';
$this->resultat_json['graphique_sol']['href'] = $this->ajouterHref('graphiques/sol',
strtolower($this->resultat_json['bdnt']).'.nn:'.$this->resultat_json['num_nomen']);
}
}
//+--------------------------traitement ontologies -------------------------------------------+
public function recupererOntologies($valeur, $champs){
$chps_sans = preg_replace("/_min|_max/", '', $champs);
$url = Config::get('url_service_base').Config::get('nom_projet').
'/ontologies/'.$this->champs_ontologiques[$chps_sans].':'.urlencode(urlencode($valeur));
try {
$val = $this->getBdd()->recuperer(sprintf(
"SELECT a.nom FROM baseflor_ontologies a LEFT JOIN baseflor_ontologies b ON a.id = b.id LEFT JOIN baseflor_ontologies c ON b.classe_id = c.id WHERE".
" b.code = BINARY '%s' AND c.code = BINARY '%s' LIMIT 0, 100",
$valeur,
$this->champs_ontologiques[$chps_sans]),
Bdd::MODE_OBJET);
$this->resultat_json[$champs.'.libelle'] = $val->nom;
$this->resultat_json[$champs.'.code'] = $valeur;
$this->resultat_json[$champs.'.href'] = $url;
} catch (Exception $e) {
$this->resultat_json[$champs.'.libelle'] = '';
$this->resultat_json[$champs.'.code'] = '';
$this->resultat_json[$champs.'.href'] = '';
}
}
//+--------------------------FONCTIONS D'ASSEMBLAGE DE LA REQUETE-------------------------------------------+
public function assemblerLaRequete() {
$requete = ' SELECT '.$this->champs_recherches.' FROM '.$this->table.' '
.$this->retournerRequeteCondition();
return $requete;
}
public function retournerRequeteCondition() {
$condition = '';
if (empty($this->requete_condition) == false) {
$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);
}
return $condition;
}
}
?>