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Tableau des rangs
Code Identifiant numérique Rang Abréviation Niveau
SPRG 10 Super-Règne super-reg. 1
KD 20 Règne reg. 1
SSRG 30 Sous-Règne subreg. 1
IFRG 33 Infra-Règne infra-reg. 1
SPPH 36 Super-Phylum super-phyl. 1
PH 40 Phylum phyl. 1
SBPH 42 Sous-Phylum subphyl. 1
IFPH 45 Infra-Phylum infra-phyl. 1
SPDV 47 Super-Division super-div. 1
DV 50 Division div. 1
SBDV 53 Sous-Division subdiv. 1
IFDV 56 Infra-Division infra-div. 1
SPCL 60 Super-Classe super-cl. 1
CLAD 70 Cladus 1
CL 80 Classe cl. 1
SBCL 90 Sous-Classe subcl. 1
IFCL 100 Infra-classe infra-cl. 1
LEG 110 Legio 1
SPOR 120 Super-Ordre superor. 1
COH 130 Cohorte 1
OR 140 Ordre ordo 1
SBOR 150 Sous-Ordre subordo 1
IFOR 160 Infra-Ordre infra-ordo 1
SPFM 170 Super-Famille super-fam. 1
FM 180 Famille fam. 1
SBFM 190 Sous-Famille subfam. 1
IFFM 193 Infra-Famille infra-fam. 1
SPTR 196 Super-Tribu super-trib. 1
TR 200 Tribu trib. 1
SSTR 210 Sous-Tribu subtrib. 1
IFTR 215 Infra-Tribu infra-trib. 1
GN 220 Genre gen. 2
SSGN 230 Sous-Genre subgen. 2
IFGN 235 Infra-Genre infra-gen. 2
SC 240 Section sect. 2
SBSC 250 Sous-Section subsect. 2
SER 260 Série ser. 2
SSER 270 Sous-Série subser. 2
GP 275 Groupe gr. 3
AGES 280 Agrégat aggr. 3
ES 290 Espèce sp. 3
SMES 300 Semi-Espèce 4
MES 310 Micro-Espèce 4
SSES 320 Sous-Espèce subsp. 4
IFES 330 Infra-Espèce infra-sp. 4
VAR 340 Variété var. 4
SVAR 350 Sous-Variété subvar. 4
FO 360 Forme f. 4
SSFO 370 Sous-Forme subf. 4
FOES 380 Forma species f. sp. 4
LIN 390 Linea 4
CLO 400 Clône 4
RACE 410 Race, prole race, proles 4
MO 420 Morpha 4
AB 430 Abberatio 4
 
 
Tableau des commentaires nomenclaturaux
Nom addendum Abréviations Abréviation recommandée Notes
auctorum non auct., non sensu (Nom employé) par de nombreux auteurs dans un sens différent de celui de l'auteur du nom. Citation d'une erreur d'identification. Équivalent à "sensu" dont nous recommandons l'usage dans le cadre des BDNT.
auctorum multorum auct. mult. auct. mult. (Nom employé) par de nombreux auteurs dans un sens différent de celui de l'auteur du nom. S'oppose à auctorum nonnullorum.
auctorum nonnullorum auct. nonn. auct. nonn. (Nom employé) par quelques auteurs dans un sens différent de celui de l'auteur du nom. S'oppose à auctorum multorum.
basionymus, typo excluso basion. typ. excl. basion. typ. excl. Basionyme, échantillon type exclus. Autre abréviation possible : basion. excl. typ. (Variante, le latin pouvant mettre l'adjectif avant ou après le nom.)
combinatio illegitima comb. illeg. comb. illeg. Combinaison illégitime.
combinatio invalida comb. invalid. comb. invalid. Combinaison invalide.
combinatio nova comb. nov. comb. nov. Combinaison nouvelle. Ne devrait pas figurer dans les BDNT car cette information devrait figurer seulement dans l'article décrivant un nouveau taxon.
cum descriptiones cum desc. cum desc. Avec une description. En général associé à "in sched.", et se substituant à "cum notula", signifiant que le nom est validement publié, en étant basé, avant 1928, sur la distribution d'exsiccata dont l'étiquette comporte une diagnose imprimée.
cum notula cum notula cum notula Avec une note. Qualifie un nom basé, avant 1928, sur distribution d'exsiccata avec une étiquette comportant une diagnose imprimée (indiquée souvent cum notula), ce qui constitue une publication valide.
eadem combinatio ead. comb. ead. comb. Même combinaison (que celle citée antérieurement).
emendavit, emendatus emend., em. emend. "A modifié ; modifié. X emend. Y signifie que l'auteur X a publié le nom d'un taxon que l'auteur Y a ensuite restreint ou élargi en lui gardant le même nom. Cette mention est devenue inutile avec les versions récentes du Code."
exclusa specie, exclusis speciebus excl. sp. excl. sp. Qualifie le nom d'un taxon de rang supérieur à l'espèce dont on exclut spécifiquement une ou des espèces incluses par l'auteur originel.
exclusis synonymia excl. syn. excl. syn. En excluant les synonymes mentionnés dans la publication.
exclusa varietate, exclusis varietatibus excl. var. excl. var. Qualifie le nom d'un taxon de rang supérieur à la variété dont on exclut spécifiquement une ou des variétés incluses par l'auteur originel.
excluso genere, exclusis generibus excl. gen. excl. gen. Qualifie le nom d'un taxon de rang supérieur au genre dont on exclut spécifiquement un ou des genres inclus par l'auteur originel.
in clave in clave in clave Dans une clef. Diagnose donnée dans une clef d'identification.
in scheda in sched. in sched. nom basé sur étiquette d'herbier. Le plus souvent, sauf indication contraire, il s'agira de noms basés, avant 1928, sur distribution d'exsiccata avec étiquettes avec diagnose imprimée (indiquée souvent cum notula), ce qui constitue une publication valide. Dans l'ISFF en ligne (site INRA) et dans la BDNFF (BDTFX) cette définition ne semble pas toujours suivie, il existe ainsi des "in sched.; nom. valid.?", et des "in sched.; sine descr." et des "in sched.; nom. nud.". Dans quelques cas le numéro de l'échantillon et une date sont indiqués
loco citato loc. cit. loc. cit. À l'endroit cité. Signifie que la citation est identique (à la même page) à celle du même auteur mentionnée immédiatement au-dessus.
mutatis characteribus mut. char. mut. char. Avec changement des caractères. Qualifie le nom d'un taxon dont la diagnose a été modifiée.
non designatus n. d. n. d. Non désigné. Signifie que le type n'a pas été mentionné lors de la publication du nom.
nomen acceptum nom. accept. nom. accept. Nom accepté.
nomen alternativum nom. alt. nom. alt. Nom alternatif. Dans le cas de certaines familles, un nom consacré par l'usage (Cruciferae par ex.) est maintenu, mais un nom qui suit les règles du Code est accepté comme alternatif (Brassicaceae par ex.).
nomen ambiguum nom. ambig. nom. ambig. Nom ambigu. Source de confusion, il est à rejeter.
nomen ambiguum rejiciendum nom. ambig. rej. nom. ambig. rej. Nom ambigu rejeté.
nomen collectivum illegitimum nom. coll. illeg. nom. coll. illeg. Nom collectif illégitime. Dans le passé, les botanistes qui réunissaient plusieurs taxons donnaient un nouveau nom au taxon résultant. Le Code actuel impose de choisir le nom le plus ancien parmi ceux des taxons réunis.
nomen conservandum nom. cons. nom. cons. Nom à conserver. En fait : nom conservé. Nom qui pose des problèmes ou contrevient aux règles du Code de nomenclature, mais que l'on décide de maintenir par souci de la stabilité nomenclaturale. La liste des noms conservés fait l'objet d'une annexe au Code de nomenclature.
nomen conservandum propositum nom. cons. prop. nom. cons. prop. Nom proposé pour la conservation.
nomen illegitimum nom. illeg. nom. illeg. Nom illégitime. Nom publié avec mention explicite de celui qu'il aurait fallu adopter suivant les règles.
nomen illegitimum rejiciendum nom. illeg. rej. nom. illeg. rej. Nom illégitime à rejeter.
nomen incorrectum nom. incorrect. nom. incorrect. Nom incorrect.
nomen invalidum nom. invalid. nom. invalid. Nom invalide : par ex. sans description, nom de sous espèce représentant le type nomenclatural de l'espèce, mais portant une autre épithète, etc.
nomen novum nom. nov. nom. nov. Nom nouveau. Signale un nom que l'auteur publie dans la publication où ces termes apparaissent.
nomen nudum nom. nud. nom. nud. Nom nu. Nom qui n'est accompagné ni d'une diagnose ni de la moindre référence à une publication antérieure pouvant contenir des éléments de diagnose. Un tel nom n'est pas validement publié.
nomen provisorium nom. provis. nom. provis. Nom provisoire. invalide, par ex. pas pleinement accepté par l'auteur ...
nomen provisorium invalidum nom. provis. invalid. nom. provis. invalid. Nom provisoire invalide.
nomen rejiciendum nom. rej. nom. rej. Nom à rejeter de manière officielle. Ces noms font l'objet d'une annexe du Code.
nomen rejiciendum propositum nom. rej. prop. nom. rej. prop. Nom en cours de demande de rejet. Autres abréviations possibles : nom. prop. rej.
nomen superfluum nom. superfl. nom. superfl. Nom superflu.
nomen validum nom. valid. nom. valid. Nom valide.
opus citatus, opere citato op. cit. op. cit. Ouvrage cité, par ex. même périodique que celui de la citation bibliographique précédente.
orthographia conservanda orth. cons. orth. cons. "Orthographe à conserver : ex. Glechoma L., orth. cons. (LINNÉ ayant écrit primitivement Glecoma)."
orthographia varia orth. var. orth. var. Orthographe différente. Equivaut à orth. mut. Autre abréviation : var. orth.
orthographia mutata orth. mut. orth. mut. Orthographe modifiée. Equivaut à orth. var. Autres abréviations : orthogr. mut.
pro hybrido pro hybr. pro hybr. En tant qu'hybride. Qualifie le nom d'un taxon publié comme hybride et qui n'est plus considéré comme tel.
pro nothosubspecie pro nothosubsp. pro nothosubsp. En tant que sous-espèce hybride. Qualifie le nom d'un taxon publié comme sous-espèce hybride et qui n'est plus considéré comme tel.
pro parte p. p. p. p. En partie. Placé après un nom signifie que celui-ci comprend plusieurs éléments dont un seul est ici cité.
pro specie pro sp. pro sp. En tant qu'espèce. Qualifie le rang originellement donné à un taxon qui est maintenant considéré comme ayant un rang différent ( hybride, subspecies, varietas...)
pro synonymo pro syn. pro syn. En tant que synonyme. Nom (invalide) seulement cité comme synonyme d'un autre nom retenu.
quoad nomine, exclusis descriptione quoad nom., excl. descr. quoad nom., excl. descr. En ce qui concerne le nom, en excluant la description. "quoad nom." et "excl. descr." s'utilisent toujours conjointement pour indiquer que le nom utilisé et la description ne s'appliquent pas au même taxon.
sensu sensu sensu Au sens de. Suivi du nom d'un auteur X, signifie que X a utilisé le nom dans un sens différent de l'auteur originel, même s'il cite ce dernier.
sensu amplificato s. ampl. s. ampl. Dans un sens élargi
sensu lato s. l. s. l. Au sens large
sensu stricto s. str. s. str. Au sens strict
sine descriptione sine descr. sine descr. Sans description.
sine descriptione latina sine descr. lat. sine descr. lat. Sans description latine.
typus conservandus typ. cons. typ. cons. Type conservé (contre les règles usuelles).
typus non designatus typ. non design. typ. non design. Échantillon-type non désigné.
typus omissus typ. omiss. typ. omiss. Échantillon-type manquant.
typus rejiciendus typ. rej. typ. rej. Type à rejeter.
 
 
Tableau de présence d'un taxon
Code Notion Notes
P Présent
S Supposé présent Présence à confirmer
D Présence douteuse
E Éteint
F Cité par erreur comme présent
A Absent
Pas d'information
- Autre statut de présence
E-W Disparu
P-B Présence accidentelle Taxon « visiteur »
E-F Trouvé en fouille
 
 
Tableau des Statut d'origine d'un taxon
Code Notion Notes
N Natif (=indigène)
S Supposé natif
D Origine douteuse
E Anciennement natif (éteint)
F Cité par erreur comme natif
A Non natif
Pas d'information
X Inapplicable
- Autre statut d'origine
N-E Endémique
N-S Sub-Endémique
E-Z Endémique éteinte
S-C Supposé natif cryptogène
 
 
Tableau des Statut d'introduction
Code Notion Notes
I Introduit
S Supposé introduit
D Introduction douteuse
E Anciennement introduit (éteint)
F Cité par erreur comme introduit
A Non introduit
Pas d'information
X Inapplicable
- Autre notion d'introduction
I-J Introduit envahissant
I-M Domestique / Introduit non établi
S-C Supposé introduit cryptogène
 
 
Tableau des Statut de culture
Code Notion Notes
C Cultivé en extérieur
I Cultivé en intérieur
S Supposé cultivé
D Culture douteuse
E Anciennement cultivé (éteint)
F Cité par erreur comme cultivé
Pas d'information
X Inapplicable
- Autre notion de culture
 
 
Tableau des Code groupes taxonomiques
Taxons Abréviation
Trachéophytes T
Bryophytes B
Lichens L
Algues A
Fungi F
 
 
Tableau des Codes zones géographiques
Zones géo. ISO 3166 – 2 lettres Notes
France métropolitaine FX
Guyane française
Polynésie française PF
Terres australes et antarctiques françaises TF
Guadeloupe GP
Martinique MQ
Antilles XA La série de code débutant par X est réservée pour un usage personnel. Nous l'utilisons ici pour regrouper : GP+MQ+BL+MF.
Mayotte YT
Nouvelle-Calédonie NC
la Réunion RE
Saint-Barthélemy BL
Saint-Martin MF
Saint-Pierre-et-Miquelon PM
Wallis et Futuna WF
 
/tags/v5.6-arganeraie/docs/projets/bdnt/bdd/A_LIRE_bdnt.txt
New file
0,0 → 1,15
1. Créer la structure de la table à l'aide du fichier bdnt_xxxx-xx-xx.sql correspondant à votre version en utilisant
l'onglet "Importer" de PhpMyAdmin
2. Vérifier la présence du fichier tsv contenant les données à l'emplacement :
http://www.tela-botanica.org/eflore/donnees/bdnt/xxxx-xx-xx/bdnt_ontologies.tsv
3. Utiliser PhpMyAdmin ou connecter vous sur le serveur en root pour lancer les commandes suivantes :
/usr/local/mysql/bin/mysql -u telabotap -p --local-infile=1
use tb_eflore
4. Executer la requête SQL suivante:
LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/telabotap/www/eflore/donnees/bdnt/xxxx-xx-xx/bdnt_ontologies.tsv'
REPLACE INTO TABLE `bdnt_ontologies_vx_xx`
CHARACTER SET utf8
FIELDS TERMINATED BY '\t'
ESCAPED BY '\\' ;
5. Générer (ou compléter) la table bdtfx_meta avec les informations de la nouvelle version si la requête SQL
d'insertion n'était pas présente dans le fichier bdnt_ontologies_xxxx-xx-xx.sql
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property
/tags/v5.6-arganeraie/docs/projets/bdnt/bdd/bdnt_ontologies_v2011-08-30.sql
New file
0,0 → 1,38
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `bdnt_meta` (
`guid` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
`langue_meta` varchar(2) NOT NULL DEFAULT '',
`code` varchar(20) DEFAULT NULL,
`version` varchar(20) DEFAULT NULL,
`titre` varchar(255) DEFAULT NULL,
`description` text,
`mots_cles` varchar(510) DEFAULT NULL,
`citation` varchar(255) DEFAULT NULL,
`url_tech` varchar(510) DEFAULT NULL,
`url_projet` varchar(510) DEFAULT NULL,
`source` text,
`createurs` text,
`editeur` text,
`contributeurs` text,
`droits` text,
`url_droits` varchar(510) DEFAULT NULL,
`langue` varchar(255) DEFAULT NULL,
`date_creation` varchar(30) DEFAULT NULL,
`date_validite` varchar(255) DEFAULT NULL,
`couverture_spatiale` varchar(510) DEFAULT NULL,
`couverture_temporelle` varchar(510) DEFAULT NULL,
`web_services` varchar(255) NOT NULL,
PRIMARY KEY (`guid`,`langue_meta`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1;
 
INSERT INTO `bdnt_meta` (`guid`, `langue_meta`, `code`, `version`, `titre`, `description`, `mots_cles`, `citation`, `url_tech`, `url_projet`, `source`, `createurs`, `editeur`, `contributeurs`, `droits`, `url_droits`, `langue`, `date_creation`, `date_validite`, `couverture_spatiale`, `couverture_temporelle`, `web_services`) VALUES
('urn:lsid:tela-botanica.org:bdnt:4.30', 'fr', 'bdnt', '4.30', 'Ontologies du manuel technique du projet référentiel', 'À partir des tableaux du manuel technique', 'référentiel, ontologies, flore, france', NULL, 'http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=IntegrationOntologies', 'http://www.tela-botanica.org/wikini/RTaxMethodo/wakka.php?wiki=MaNuel', 'Bisby F.A. 1994. Plant Names in Botanical Databases; Plant Taxonomic Database Standards No.3 published for the TDWG\r\nhttp://www.tdwg.org/standards/113/download/113-528-1-RV.pdf;\r\nHyam R. 2006. TDWG Taxon Name LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers.0.2 Modified: 2007-05-04\r\nhttp://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName;\r\nHyam R. 2006. TDWG Taxon Rank LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers. 0.2 Modified: 2007-11-19\r\nhttp://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonRank;\r\nHyam R. and Kennedy, J. 2005. Taxon Concept Schema – User Guide ,TDWG\r\nhttp://www.tdwg.org/standards/;\r\nPereira R. 2007. Plant occurrence and status scheme. A Standard for Recording the Relationship between a Plant and a Place; World Conservation Monitoring Centre, An International Working Group on Taxonomic Databases Standard, TDWG\r\nhttp://www.tdwg.org/standards/106/download/106-522-1-RV.pdf\r\n', 'p.prenom=Mareva,p.nom=Noel,p.courriel=mareva@tela-botanica.org;p.prenom=Jean-Pascal,p.nom=Milcent,p.courriel=jpm@tela-botanica.org', 'nom=Tela Botanica,guid=urn:lsid:tela-botanica.org,courriel=accueil@tela-botanica.org,telephone=+334 67 52 41 22,url.info=http://www.tela-botanica.org/page:association_tela_botanica,url.logo=http://www.tela-botanica.org/sites/accueil/generique/images/graphisme/logo_tela_fond_blanc.png,type=organisation,acronyme=TB,adresse=Association Tela Botanica - Institut de Botanique - 167 rue Auguste Broussonnet 34090 MONTPELLIER FRANCE,latitude.wgs84=43.615892,longitude.wgs84=3.871736,contact.prenom=Jean-Pascal,contact.nom=MILCENT,contact.courriel=jpm@tela-botanica.org,contact.role=administrateur des données', NULL, NULL, NULL, 'fr', '2011-08-09', NULL, 'iso-3166-1.id=FX;', NULL, 'Ontologies:0.1;Meta-donnees:0.1');
 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `bdnt_ontologies_v4_30` (
`id` int(5) NOT NULL,
`classe_id` int(5) NOT NULL,
`nom` varchar(100) NOT NULL,
`description` text NOT NULL,
`code` varchar(100) NOT NULL,
`complements` text NOT NULL,
PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;
/tags/v5.6-arganeraie/docs/projets/bdnt/bdd/bdnt_ontologies_v2011-08-22.sql
New file
0,0 → 1,38
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `bdnt_meta` (
`guid` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
`langue_meta` varchar(2) NOT NULL DEFAULT '',
`code` varchar(20) DEFAULT NULL,
`version` varchar(20) DEFAULT NULL,
`titre` varchar(255) DEFAULT NULL,
`description` text,
`mots_cles` varchar(510) DEFAULT NULL,
`citation` varchar(255) DEFAULT NULL,
`url_tech` varchar(510) DEFAULT NULL,
`url_projet` varchar(510) DEFAULT NULL,
`source` text,
`createurs` text,
`editeur` text,
`contributeurs` text,
`droits` text,
`url_droits` varchar(510) DEFAULT NULL,
`langue` varchar(255) DEFAULT NULL,
`date_creation` varchar(30) DEFAULT NULL,
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`couverture_spatiale` varchar(510) DEFAULT NULL,
`couverture_temporelle` varchar(510) DEFAULT NULL,
`web_services` varchar(255) NOT NULL,
PRIMARY KEY (`guid`,`langue_meta`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1;
 
INSERT INTO `bdnt_meta` (`guid`, `langue_meta`, `code`, `version`, `titre`, `description`, `mots_cles`, `citation`, `url_tech`, `url_projet`, `source`, `createurs`, `editeur`, `contributeurs`, `droits`, `url_droits`, `langue`, `date_creation`, `date_validite`, `couverture_spatiale`, `couverture_temporelle`, `web_services`) VALUES
('urn:lsid:tela-botanica.org:bdnt:4.30', 'fr', 'bdnt', '4.30', 'Ontologies du manuel technique du projet référentiel', 'À partir des tableaux du manuel technique', 'référentiel, ontologies, flore, france', NULL, 'http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=IntegrationOntologies', 'http://www.tela-botanica.org/wikini/RTaxMethodo/wakka.php?wiki=MaNuel', 'Bisby F.A. 1994. Plant Names in Botanical Databases; Plant Taxonomic Database Standards No.3 published for the TDWG\r\nhttp://www.tdwg.org/standards/113/download/113-528-1-RV.pdf;\r\nHyam R. 2006. TDWG Taxon Name LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers.0.2 Modified: 2007-05-04\r\nhttp://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName;\r\nHyam R. 2006. TDWG Taxon Rank LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers. 0.2 Modified: 2007-11-19\r\nhttp://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonRank;\r\nHyam R. and Kennedy, J. 2005. Taxon Concept Schema – User Guide ,TDWG\r\nhttp://www.tdwg.org/standards/;\r\nPereira R. 2007. Plant occurrence and status scheme. A Standard for Recording the Relationship between a Plant and a Place; World Conservation Monitoring Centre, An International Working Group on Taxonomic Databases Standard, TDWG\r\nhttp://www.tdwg.org/standards/106/download/106-522-1-RV.pdf\r\n', 'p.prenom=Mareva,p.nom=Noel,p.courriel=mareva@tela-botanica.org;p.prenom=Jean-Pascal,p.nom=Milcent,p.courriel=jpm@tela-botanica.org', 'nom=Tela Botanica,guid=urn:lsid:tela-botanica.org,courriel=accueil@tela-botanica.org,telephone=+334 67 52 41 22,url.info=http://www.tela-botanica.org/page:association_tela_botanica,url.logo=http://www.tela-botanica.org/sites/accueil/generique/images/graphisme/logo_tela_fond_blanc.png,type=organisation,acronyme=TB,adresse=Association Tela Botanica - Institut de Botanique - 167 rue Auguste Broussonnet 34090 MONTPELLIER FRANCE,latitude.wgs84=43.615892,longitude.wgs84=3.871736,contact.prenom=Jean-Pascal,contact.nom=MILCENT,contact.courriel=jpm@tela-botanica.org,contact.role=administrateur des données', NULL, NULL, NULL, 'fr', '2011-08-09', NULL, 'iso-3166-1.id=FX;', NULL, 'Ontologies:0.1;Meta-donnees:0.1');
 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `bdnt_ontologies` (
`id` int(5) NOT NULL,
`classe_id` int(5) NOT NULL,
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