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/tags/v5.6-arganeraie/docs/projets/bdtfx/bdd/bdtfx_v1_01.sql
New file
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CREATE TABLE IF NOT EXISTS bdtfx_v1_01 (
num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT '0',
num_nom_retenu varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
num_tax_sup varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
rang int(4) NOT NULL,
nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL,
nom_supra_generique varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
genre varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
epithete_infra_generique varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
epithete_sp varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
type_epithete varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
epithete_infra_sp varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
cultivar_groupe varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
cultivar varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
nom_commercial varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
auteur varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
annee varchar(4) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
biblio_origine varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
notes text CHARACTER SET utf8,
nom_addendum varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
homonyme varchar(1) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
basionyme varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
synonyme_proparte varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
synonyme_douteux varchar(1) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
synonyme_mal_applique varchar(1) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
synonyme_orthographique varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
hybride_parent_01 varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
hybride_parent_01_notes text CHARACTER SET utf8,
hybride_parent_02 varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
hybride_parent_02_notes text CHARACTER SET utf8,
nom_francais varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
presence varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
statut_origine varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
statut_introduction varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
statut_culture varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
exclure_taxref int(1) DEFAULT NULL,
presence_Ga varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
presence_Co varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
num_taxonomique int(9) DEFAULT NULL,
type_synonymie varchar(80) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
doute_nom_valide varchar(15) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
hybride varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
in_auteur varchar(45) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
statut varchar(30) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
nom_complet varchar(400) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flores varchar(25) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
etat_basionyme varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
maj_modif varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
maj_bb varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
maj_creation varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
classification text CHARACTER SET utf8,
2n varchar(200) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
comb_nomen varchar(200) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
corrections varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
groupe varchar(80) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_bonnier_num varchar(15) DEFAULT NULL,
flore_bonnier_rem varchar(20) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_cnrs_num varchar(15) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_cnrs_rem varchar(200) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_fe_num varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_fe_rem varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_coste_num varchar(45) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_coste_rem varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_fh_num varchar(25) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_fh_rem varchar(50) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_fournier_num varchar(30) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_fournier_rem varchar(150) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
typus varchar(400) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
num_meme_type varchar(10) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
flore_belge_ed5_page varchar(30) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (num_nom),
KEY num_nom_retenu (num_nom_retenu),
KEY rang (rang),
KEY num_tax (num_taxonomique),
KEY num_tax_sup (num_tax_sup),
KEY nom_sci (nom_sci),
KEY basionyme (basionyme)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;
 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS bdtfx_meta (
guid varchar(255) NOT NULL DEFAULT 'urn:lsid:tela-botanica.org:#projet:#version',
langue_meta varchar(2) NOT NULL DEFAULT 'fr',
code varchar(20) NOT NULL,
version varchar(20) NOT NULL,
titre varchar(255) DEFAULT NULL,
description text,
mots_cles varchar(510) DEFAULT NULL,
citation varchar(255) DEFAULT NULL,
url_tech varchar(510) DEFAULT NULL,
url_projet varchar(510) DEFAULT NULL,
source text,
createurs text,
editeur varchar(1000) NOT NULL DEFAULT 'nom=Tela Botanica;guid=urn:lsid:tela-botanica.org;courriel=accueil@tela-botanica.org;telephone=+334 67 52 41 22;url.info=http://www.tela-botanica.org/page:association_tela_botanica;url.logo=http://www.tela-botanica.org/sites/accueil/generique/images/graphisme/logo_tela_fond_blanc.png;type=organisation;acronyme=TB;adresse=Association Tela Botanica - Institut de Botanique - 167 rue Auguste Broussonnet 34090 MONTPELLIER, FRANCE;latitude.wgs84=43.615892;longitude.wgs84=3.871736;contact.prenom=Jean-Pascal;contact.nom=MILCENT;contact.courriel=jpm@tela-botanica.org;contact.role=administrateur des données;',
contributeurs text,
droits text,
url_droits varchar(510) DEFAULT NULL,
langue varchar(255) NOT NULL DEFAULT 'fr',
date_creation varchar(30) NOT NULL DEFAULT 'YYYY-MM-DD',
date_validite varchar(255) DEFAULT NULL,
couverture_spatiale varchar(510) NOT NULL DEFAULT 'iso-3166-1.id=FX;',
couverture_temporelle varchar(510) DEFAULT NULL,
web_services varchar(510) DEFAULT NULL COMMENT 'ontologies,meta-donnees,noms,taxons,aide,textes,images,observations,noms-vernaculaires',
PRIMARY KEY (guid,langue_meta)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;
 
INSERT INTO bdtfx_meta (guid, langue_meta, code, version, titre, description, mots_cles, citation, url_tech, url_projet, source, createurs, editeur, contributeurs, droits, url_droits, langue, date_creation, date_validite, couverture_spatiale, couverture_temporelle, web_services) VALUES
('urn:lsid:tela-botanica.org:bdtfx:1.01', 'fr', 'BDTFX', '1.01',
'Base de données des Trachéophytes de France métropolitaine',
'À partir des fichiers HTML de l''ISFF mis en ligne sur le site de l’INRA, Benoît Bock a mis en forme l''ensemble des données pour produire la première version de la Base de Données Nomenclaturale de la Flore de France (BDNFF).\r\nL''ensemble des indications de Kerguélen pour les espèces a été conservé (les indications de synonymies des genres ne sont pas présentes, cependant, si des espèces sont mentionnées dans un paragraphe concernant un genre, elles ont été intégrées).',
'référentiel, nom, flore, france', NULL,
'http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=IntegrationBdnff ',
'http://www.tela-botanica.org/page:liste_projets?id_projet=1',
'Index Synonymique de la Flore de France de Michel Kerguélen <http://www.inra.fr/flore-france/index.htm>',
'p.prenom=Benoît,p.nom=Bock,p.courriel=b.bock@orange.fr,o.nom=Tela Botanica',
'nom=Tela Botanica,guid=urn:lsid:tela-botanica.org,courriel=accueil@tela-botanica.org,telephone=+334 67 52 41 22,url.info=http://www.tela-botanica.org/page:association_tela_botanica,url.logo=http://www.tela-botanica.org/sites/accueil/generique/images/graphisme/logo_tela_fond_blanc.png,type=organisation;acronyme=TB,adresse=Association Tela Botanica - Institut de Botanique - 167 rue Auguste Broussonnet 34090 MONTPELLIER FRANCE,latitude.wgs84=43.615892,longitude.wgs84=3.871736,contact.prenom=Jean-Pascal,contact.nom=MILCENT,contact.courriel=jpm@tela-botanica.org,contact.role=administrateur des données',
'p.prenom=Valery,p.nom=MALECOT,p.courriel=valery.malecot@agrocampus-ouest.fr,o.nom=SBF;p.prenom=Eric,p.nom=BRUNO,p.courriel=eric.bruno@ifn.fr,o.nom=IFN;p.prenom=Jean-François,p.nom=LÉGER,p.courriel=leger.jf@gmail.com,o.nom=Tela Botanica;p.prenom=Jean-Marc,p.nom=TISON,p.courriel=jmltison@gmail.com,o.nom=Tela Botanica;p.prenom=Michel,p.nom=HOFF,p.courriel=hoff@unistra.fr,o.nom=Herbier de l''Université de Strasbourg;p.prenom=David,p.nom=MERCIER,p.courriel=davidpmercier@yahoo.fr,o.nom=Tela Botanica',
'Copyright © Tela Botanica (2011). Tout droits réservés.', NULL, 'fr', '2011-07-29', NULL, 'iso-3166-1.id=FX;', NULL,
'metaDonnees:0.1;noms:0.1;taxons:0.1');
/tags/v5.6-arganeraie/docs/projets/bdtfx/bdd/bdtfx_v1_02_test.sql
New file
0,0 → 1,92
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `bdtfx_v1_02` (
`num_nom` int(9) NOT NULL DEFAULT '0',
`num_nom_retenu` varchar(9) DEFAULT NULL,
`num_tax_sup` varchar(9) DEFAULT NULL,
`rang` int(4) NOT NULL,
`nom_sci` varchar(500) NOT NULL,
`nom_supra_generique` varchar(100) DEFAULT NULL,
`genre` varchar(100) DEFAULT NULL,
`epithete_infra_generique` varchar(100) DEFAULT NULL,
`epithete_sp` varchar(100) DEFAULT NULL,
`type_epithete` varchar(100) DEFAULT NULL,
`epithete_infra_sp` varchar(100) DEFAULT NULL,
`cultivar_groupe` varchar(100) DEFAULT NULL,
`cultivar` varchar(100) DEFAULT NULL,
`nom_commercial` varchar(100) DEFAULT NULL,
`auteur` varchar(100) DEFAULT NULL,
`annee` varchar(4) DEFAULT NULL,
`biblio_origine` varchar(500) DEFAULT NULL,
`notes` text,
`nom_addendum` varchar(500) DEFAULT NULL,
`homonyme` varchar(1) DEFAULT NULL,
`basionyme` varchar(9) DEFAULT NULL,
`synonyme_proparte` varchar(100) DEFAULT NULL,
`synonyme_douteux` varchar(1) DEFAULT NULL,
`synonyme_mal_applique` varchar(1) DEFAULT NULL,
`synonyme_orthographique` varchar(9) DEFAULT NULL,
`hybride_parent_01` varchar(9) DEFAULT NULL,
`hybride_parent_01_notes` text,
`hybride_parent_02` varchar(9) DEFAULT NULL,
`hybride_parent_02_notes` text,
`nom_francais` varchar(500) DEFAULT NULL,
`presence` varchar(100) DEFAULT NULL,
`statut_origine` varchar(100) DEFAULT NULL,
`statut_introduction` varchar(100) DEFAULT NULL,
`statut_culture` varchar(100) DEFAULT NULL,
`exclure_taxref` int(1) DEFAULT NULL,
`presence_Ga` varchar(10) DEFAULT NULL,
`presence_Co` varchar(10) DEFAULT NULL,
`num_taxonomique` int(9) DEFAULT NULL,
`type_synonymie` varchar(80) DEFAULT NULL,
`doute_nom_valide` varchar(15) DEFAULT NULL,
`hybride` varchar(10) DEFAULT NULL,
`in_auteur` varchar(45) DEFAULT NULL,
`statut` varchar(30) DEFAULT NULL,
`nom_complet` varchar(400) DEFAULT NULL,
`flores` varchar(25) DEFAULT NULL,
`etat_basionyme` varchar(10) DEFAULT NULL,
`maj_modif` varchar(10) DEFAULT NULL,
`maj_bb` varchar(10) DEFAULT NULL,
`maj_creation` varchar(10) DEFAULT NULL,
`classification` text,
`2n` varchar(200) DEFAULT NULL,
`comb_nomen` varchar(200) DEFAULT NULL,
`corrections` varchar(100) DEFAULT NULL,
`groupe` varchar(80) DEFAULT NULL,
`flore_bonnier_num` varchar(15) DEFAULT NULL,
`flore_bonnier_rem` varchar(20) DEFAULT NULL,
`flore_cnrs_num` varchar(15) DEFAULT NULL,
`flore_cnrs_rem` varchar(200) DEFAULT NULL,
`flore_fe_num` varchar(10) DEFAULT NULL,
`flore_fe_rem` varchar(10) DEFAULT NULL,
`flore_coste_num` varchar(45) DEFAULT NULL,
`flore_coste_rem` varchar(100) DEFAULT NULL,
`flore_fh_num` varchar(25) DEFAULT NULL,
`flore_fh_rem` varchar(50) DEFAULT NULL,
`flore_fournier_num` varchar(30) DEFAULT NULL,
`flore_fournier_rem` varchar(150) DEFAULT NULL,
`typus` varchar(400) DEFAULT NULL,
`num_meme_type` varchar(10) DEFAULT NULL,
`flore_belge_ed5_page` varchar(30) DEFAULT NULL,
`nom_sci_html` varchar(500) DEFAULT NULL,
`famille` varchar(255) DEFAULT NULL,
KEY `idx_num_nom` (`num_nom`),
KEY `idx_num_nom_retenu` (`num_nom_retenu`),
KEY `idx_rang` (`rang`),
KEY `idx_num_tax` (`num_taxonomique`),
KEY `idx_num_tax_sup` (`num_tax_sup`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;
 
INSERT INTO bdtfx_meta (guid, langue_meta, code, version, titre, description, mots_cles, citation, url_tech, url_projet, source, createurs, editeur, contributeurs, droits, url_droits, langue, date_creation, date_validite, couverture_spatiale, couverture_temporelle, web_services) VALUES
('urn:lsid:tela-botanica.org:bdtfx:1.02', 'fr', 'BDTFX', '1.02',
'Base de données des Trachéophytes de France métropolitaine',
'À partir des fichiers HTML de l''ISFF mis en ligne sur le site de l’INRA, Benoît Bock a mis en forme l''ensemble des données pour produire la première version de la Base de Données Nomenclaturale de la Flore de France (BDNFF).\r\nL''ensemble des indications de Kerguélen pour les espèces a été conservé (les indications de synonymies des genres ne sont pas présentes, cependant, si des espèces sont mentionnées dans un paragraphe concernant un genre, elles ont été intégrées).',
'référentiel, nom, flore, france', NULL,
'http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=IntegrationBdnff ',
'http://www.tela-botanica.org/page:liste_projets?id_projet=1',
'Index Synonymique de la Flore de France de Michel Kerguélen <http://www.inra.fr/flore-france/index.htm>',
'p.prenom=Benoît,p.nom=Bock,p.courriel=b.bock@orange.fr,o.nom=Tela Botanica',
'nom=Tela Botanica,guid=urn:lsid:tela-botanica.org,courriel=accueil@tela-botanica.org,telephone=+334 67 52 41 22,url.info=http://www.tela-botanica.org/page:association_tela_botanica,url.logo=http://www.tela-botanica.org/sites/accueil/generique/images/graphisme/logo_tela_fond_blanc.png,type=organisation;acronyme=TB,adresse=Association Tela Botanica - Institut de Botanique - 167 rue Auguste Broussonnet 34090 MONTPELLIER FRANCE,latitude.wgs84=43.615892,longitude.wgs84=3.871736,contact.prenom=Jean-Pascal,contact.nom=MILCENT,contact.courriel=jpm@tela-botanica.org,contact.role=administrateur des données',
'p.prenom=Valery,p.nom=MALECOT,p.courriel=valery.malecot@agrocampus-ouest.fr,o.nom=SBF;p.prenom=Eric,p.nom=BRUNO,p.courriel=eric.bruno@ifn.fr,o.nom=IFN;p.prenom=Jean-François,p.nom=LÉGER,p.courriel=leger.jf@gmail.com,o.nom=Tela Botanica;p.prenom=Jean-Marc,p.nom=TISON,p.courriel=jmltison@gmail.com,o.nom=Tela Botanica;p.prenom=Michel,p.nom=HOFF,p.courriel=hoff@unistra.fr,o.nom=Herbier de l''Université de Strasbourg;p.prenom=David,p.nom=MERCIER,p.courriel=davidpmercier@yahoo.fr,o.nom=Tela Botanica',
'Copyright © Tela Botanica (2011). Tout droits réservés.', NULL, 'fr', '2011-10-29', NULL, 'iso-3166-1.id=FX;', NULL,
'metaDonnees:0.1;noms:0.1;taxons:0.1');
/tags/v5.6-arganeraie/docs/projets/bdtfx/bdd/A_LIRE_bdtfx.TXT
New file
0,0 → 1,17
1. Créer la structure de la table à l'aide du fichier bdtfx_vx_xx.sql correspondant à votre version en utilisant
l'onglet "Importer" de PhpMyAdmin
2. Vérifier la présence du fichier tsv contenant les données à l'emplacement :
http://www.tela-botanica.org/eflore/donnees/bdtfx/x.xx/bdtfx_vx_xx_ref.txt
3. Se connecter sur le serveur en root. Puis lancer les commandes suivantes :
/usr/local/mysql/bin/mysql -u telabotap -p --local-infile=1
use tb_eflore
LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/telabotap/www/eflore/donnees/bdtfx/x.xx/bdtfx_vx_xx_ref.txt'
REPLACE INTO TABLE bdtfx_vx_xx
CHARACTER SET utf8
FIELDS TERMINATED BY '\t'
ESCAPED BY '\\'
IGNORE 1 LINES;
4. Générer (ou compléter) la table bdtfx_meta avec les informations de la nouvelle version si la requête SQL
d'insertion n'était pas présente dans le fichier bdtfx_vx_xx.sql
5. Lancer le script de création des noms scientifiques au format HTML :
/usr/loca/bin/php cli.php creationcol -a nomSciHtml -t bdtfx_vx_xx -v 3
Property changes:
Added: svn:eol-style
+native
\ No newline at end of property