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/trunk/scripts/modules/vigie_flore/vigie_flore.ini
New file
0,0 → 1,15
version="2015_03"
dossierTsv = "{ref:dossierDonneesEflore}vigie_flore/{ref:version}/"
dossierSql = "{ref:dossierTsv}"
 
[tables]
donnees = "vigie_flore_v{ref:version}"
referentielTaxo = "bdtfx_v3_00"
 
[fichiers]
structureSql = "vigie_flore_v{ref:version}.sql"
donnees = "vigie_flore_v{ref:version}.tsv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierSql}{ref:fichiers.structureSql}"
donnees = "{ref:dossierTsv}{ref:fichiers.donnees}"
/trunk/scripts/modules/vigie_flore/VigieFlore.php
New file
0,0 → 1,85
<?php
/** Exemple lancement:
* /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M cli.php vigie_flore -a chargerTous
*/
class VigieFlore extends EfloreScript {
 
public function executer() {
// Lancement de l'action demandée
try {
$this->initialiserProjet('vigie_flore');
 
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'chargerTous' :
$this->chargerStructureSql();
$this->chargerDonnees();
$this->genererVue();
$this->ajouterOntologie();
break;
case 'chargerStructureSql' :
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'chargerDonnees' :
$this->chargerDonnees();
$this->genererVue();
$this->ajouterOntologie();
break;
case 'genererVue' :
$this->genererVue();
break;
case 'ajouterOntologie' :
$this->ajouterOntologie();
break;
case 'supprimerTous' :
$this->supprimerTous();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
protected function chargerDonnees() {
$chemin = Config::get('chemins.donnees');
$table = Config::get('tables.donnees');
$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
"REPLACE INTO TABLE $table ".
'CHARACTER SET utf8 '.
'FIELDS '.
" TERMINATED BY '\t' ".
" ENCLOSED BY '' ".
" ESCAPED BY '\\\' ".
'IGNORE 1 LINES';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function genererVue() {
$referentielTaxo = Config::get('tables.referentielTaxo');
$donnees = Config::get('tables.donnees');
$requete = "CREATE VIEW vigie_flore_tapir AS
SELECT '' as observation_id, b.nom_sci as nom_scientifique_complet, v.nom_sci as nom_sci, b.num_nom,
v.commune as lieu_commune_code_insee, v.latitude as lieu_station_latitude, v.longitude as lieu_station_longitude,
ref_geo AS geodeticDatum, v.date as observation_date, observateur AS observateur_nom_complet
FROM $referentielTaxo b, $donnees v
WHERE b.cd_nom = v.num_tax_tax_ref
AND b.num_nom = b.num_nom_retenu;";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
 
private function ajouterOntologie() {
$requete = "INSERT INTO `eflore_ontologies` (`id`, `classe_id`, `nom`, `description`, `code`, `complements`) VALUES
(25, 10, 'Vigie Flore', 'données issues du <a href=\"http://vigienature.mnhn.fr/flore/vigie-flore\" title=\"Vigie-Flore\" onclick=\"window.open(this.href); return false;\">programme Vigie-Flore</a>', 'VF', 'legende=#9527BA');";
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
private function supprimerTous() {
$requete = "DROP TABLE IF EXISTS vigie_flore_v2015_03; DROP TABLE vigie_flore_tapir;";
$this->getBdd()->requeter($requete);
Debug::printr('suppression');
}
}
?>
/trunk/services/modules/0.1/moissonnage/cartes/FormateurSVG.php
95,19 → 95,13
}
private function recupererCouleursSources() {
$sourcesDonnees = Config::get('sourcesDonnees');
$codesSources = str_replace('floradata', 'cel', $sourcesDonnees).',tout';
$codes = explode(',', $codesSources);
for ($index = 0; $index < count($codes); $index ++) {
$codes[$index] = "'".$codes[$index]."'";
}
$codesSources = implode(',', $codes);
$bdd = new Bdd();
$requete = "SELECT code, SUBSTR(complements,9) AS couleur FROM ".Config::get('bdd_table_ontologies')." WHERE code IN ({$codesSources})";
$requete = "SELECT code, SUBSTR(complements,9) AS couleur FROM ".Config::get('bdd_table_ontologies')." WHERE classe_id = 10";
$couleurs = $bdd->recupererTous($requete);
$listeCouleurs = array();
foreach ($couleurs as $couleur) {
$couleur['code'] = $couleur['code'] == 'cel' ? 'floradata' : $couleur['code'];
$couleur['code'] = $couleur['code'] == 'VF' ? 'vigie_flore' : $couleur['code'];
$listeCouleurs[$couleur['code']] = $couleur['couleur'];
}
return $listeCouleurs;
122,7 → 116,11
// (probleme de performance, qui sera réglé en reremplissant la table de moissonnage)
if($taxon['rang'] >= 180) {
foreach ($this->sources as $source) {
$nomMethode = "recupererStations".($source == 'floradata' ? 'Floradata' : 'Moissonnage');
switch ($source) {
case 'floradata' : $nomMethode = "recupererStationsFloradata"; break;
case 'vigie_flore' : $nomMethode = "recupererStationsVigieFlore"; break;
default : $nomMethode = "recupererStationsMoissonnage"; break;
}
$stations = $sourceDonnees->$nomMethode($source);
$this->ajouterStations($stations, $source);
}
155,7 → 153,7
$maille = $grille->item($index);
foreach ($stations as $station) {
if (!isset($station['lat']) || !isset($station['lng']) || !isset($station['commune'])) {
continue;
continue;
}
$idMaille = $maille->attributes->getNamedItem('id')->value;
$bbox = explode('_', substr($idMaille, 5));
212,7 → 210,7
$date = preg_replace("/(\d{4})-(\d{2})-(\d{2})/", "$3/$2/$1", $station['date']);
$commentaire .= "le {$date} par {$station['auteur']}";
}
$commentaires[] = trim($commentaire);
$commentaires[] = trim($commentaire);//print_r($commentaires);echo "<br /><br />";
$maille->setAttribute('title', implode('; ', $commentaires));
}
/trunk/services/modules/0.1/moissonnage/cartes/SourceDonnees.php
97,6 → 97,8
return "(".implode(' OR ',array_unique($criteres)).")";
}
public function recupererStationsMoissonnage($source) {
$this->bdd->requeter("USE ".Config::get('bdd_nom'));
$requete =
110,6 → 112,18
return $stations;
}
public function recupererStationsVigieFlore() {
$this->bdd->requeter("USE ".Config::get('bdd_nom'));
$requete =
"SELECT DISTINCTROW lieu_commune_code_insee AS commune, Floor(lieu_station_longitude*10)/10 as lng, Floor(lieu_station_latitude*10)/10 as lat, observation_date AS date, observateur_nom_complet AS auteur ".
"FROM vigie_flore_tapir WHERE ".$this->construireWhereTaxonMoissonnage($source)." ".
"AND lieu_station_longitude BETWEEN ".$this->limitesCarte['ouest']." AND ".$this->limitesCarte['est']." ".
"AND lieu_station_latitude BETWEEN ".$this->limitesCarte['sud']." AND ".$this->limitesCarte['nord']." ".
" ORDER BY lat DESC, lng ASC, lieu_commune_code_insee, date"." -- " . __FILE__ . ":" . __LINE__." ". @$_SERVER['REQUEST_URI'];
$stations = $this->bdd->recupererTous($requete);
return $stations;
}
private function construireWhereTaxonMoissonnage($source) {
$nomRang = $this->obtenirNomRang();
$criteres = array();
/trunk/services/configurations/config_moissonnage.ini
23,7 → 23,7
; Config spécifique au projet
; Noms des services disponibles pour ce projet
servicesDispo = "meta-donnees,aide,ontologies,cartes"
sourcesDonnees = "floradata,sophy,baznat,ifn"
sourcesDonnees = "floradata,sophy,baznat,ifn,vigie_flore"
rangs = "180,220,290,320"
 
; referentiels utilises pour les donnees de moissonnage