| 8,10 → 8,8 |
|---|
| est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que |
| la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci |
| qui serait attribué. |
| */ |
| |
| --- la requête --- |
| /* |
| -- la requête -- |
| -- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille |
| SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille |
| FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b |
| 21,27 → 19,91 |
|---|
| AND nom_sel_nn = num_nom |
| ) |
| ORDER BY id_observation asc; |
| |
| |
| Cependant le nom_sel_nn n'est pas directement le num_num du taxon dont le nom est |
| retenu. Pour cela, une jointure en bdtfx sur num_nom_retenu est nécessaire et c'est |
| ce dernier taxon dont le num_nom est utilisé pour nom_ret_nn. |
| Cependant il peut aussi être vide (si aucun nom_retenu "officiel" n'existe). |
| |
| Attention, les nom_sel_nn = 0 doivent avoir disparus de cel_obs *AU PRÉALABLE* |
| cf: maj-cleanup-201307.sql |
| */ |
| |
| --- l'update --- |
| |
| |
| /* test: |
| SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, b.nom_sci, b.auteur, c.famille, b.famille, c.nt, b.num_taxonomique |
| FROM cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b |
| WHERE ( |
| nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 |
| AND nom_referentiel = 'bdtfx' |
| AND nom_ret_nn = num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL) |
| AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique) |
| ); |
| = 2 taxons: 75134 et 75468 (changement de nt) |
| */ |
| |
| -- l'update BDTFX avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET |
| c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), |
| c.nt = b.num_taxonomique, |
| c.famille = b.famille |
| WHERE ( |
| nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 |
| AND nom_referentiel = 'bdtfx' |
| AND nom_ret_nn = num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL) |
| ); |
| -- 339 |
| |
| /* test: |
| SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, bLAST.num_nom, bLAST.nom_sci, bLAST.auteur, c.famille, bLAST.famille, c.nt, bLAST.num_taxonomique |
| FROM cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b, tb_eflore.bdtfx_v1_01 bLAST |
| WHERE ( |
| bLAST.num_nom = b.num_nom_retenu |
| AND nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 AND nom_referentiel = 'bdtfx' |
| AND nom_ret_nn = bLAST.num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL) |
| AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(bLAST.nom_sci, ' ', bLAST.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique OR c.nom_ret_nn != bLAST.num_nom) |
| ); |
| */ |
| |
| -- l'update BDTFX avec nom_sel_nn seul |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b_nom_ret SET |
| c.nom_ret = CONCAT(b_nom_ret.nom_sci, ' ', b_nom_ret.auteur), |
| c.nom_ret_nn = b.num_nom, |
| c.nt = b.num_taxonomique, |
| c.famille = b.famille |
| WHERE ( |
| nom_sel_nn IS NOT NULL |
| b_nom_ret.num_nom = b.num_nom_retenu |
| AND nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel = 'bdtfx' |
| AND nom_sel_nn = num_nom |
| AND LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) |
| AND nom_sel_nn = b.num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL) |
| AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1) |
| ); |
| -- 31739 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX() |
| -- 31524 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX() |
| -- 251 avec indirection num_nom_retenu |
| |
| |
| -- l'update BDTXA avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects -- |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET |
| c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur), |
| c.nt = a.num_tax, |
| c.famille = a.famille |
| WHERE ( |
| nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 |
| AND nom_referentiel = 'bdtxa' |
| AND nom_ret_nn = num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL) |
| ); |
| -- 1 |
| |
| /*TODO |
| -- l'update BDTXA avec nom_sel_nn seul |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET |
| c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur), |
| c.nom_ret_nn = a.num_nom, |
| c.nt = a.num_tax, |
| c.famille = a.famille |
| 49,14 → 111,31 |
|---|
| nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel = 'bdtxa' |
| AND nom_sel_nn = num_nom |
| AND LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL) |
| AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1) |
| ); |
| -- 49 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX() |
| -- 47 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX() |
| */ |
| |
| |
| -- l'update ISFAN avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects -- |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET |
| c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur), |
| c.nt = i.num_taxonomique, |
| c.famille = i.famille |
| WHERE ( |
| nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 |
| AND nom_referentiel = 'isfan' |
| AND nom_ret_nn = num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL) |
| ); |
| -- 2 |
| |
| /*TODO |
| -- l'update ISFAN avec nom_sel_nn seul |
| UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET |
| c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur), |
| c.nom_ret_nn = i.num_nom, |
| c.nt = i.num_taxonomique, |
| c.famille = i.famille |
| 64,9 → 143,10 |
|---|
| nom_sel_nn IS NOT NULL |
| AND nom_referentiel = 'isfan' |
| AND nom_sel_nn = num_nom |
| AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL) |
| ); |
| */ |
| |
| |
| /* |
| Pour observer les différences: |
| wdiff -w '$(tput bold;tput setaf 1)' -x '$(tput sgr0)' -y '$(tput bold;tput setaf 2)' -z '$(tput sgr0)' pre.log post.log | \ |