| New file |
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| 0,0 → 1,269 |
|---|
| <?php |
| /** |
| * |
| * /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php baseflor/Baseflor_rang_sup_insertion |
| * -a insererDonnees |
| * @author Mathilde SALTHUN-LASSALLE <mathilde@tela-botanica.org> |
| * |
| * |
| */ |
| class BaseflorRangSupInsertion { |
| |
| private $table = null; |
| private $donnees_initiales = array(); |
| private $valeurs_insertion; |
| private $infos_taxon = array(); |
| private $conteneur; |
| private $efloreCommun; |
| private $message; |
| private $outils; |
| private $nn_courant; |
| private $nn_superieur; |
| private $champs_ecologiques = array(); |
| |
| |
| public function __construct(Conteneur $conteneur) { |
| $this->conteneur = $conteneur; |
| $this->efloreCommun = $conteneur->getEfloreCommun(); |
| $this->message = $conteneur->getMessages(); |
| $this->outils = $conteneur->getOutils(); |
| $this->dossierBase = dirname(__FILE__).'/'; |
| } |
| |
| public function insererDonnees(){ |
| echo "Chargement de la structure en cours \n" ; |
| $this->efloreCommun->chargerStructureSql('chemins.rang_sup_sql'); |
| echo "Récupération des données de baseflor en cours \n"; |
| $this->recupererDonneesInitiales(); |
| echo "Calcul des valeurs pour les rangs supérieurs en cours \n"; |
| $this->consulterInfosTaxons(); |
| $this->recupererValeursInsertion(); |
| $this->insererDonneesRangSup(); |
| } |
| |
| |
| private function insererDonneesRangSup() { |
| $table = Config::get('tables.rang_sup'); |
| $requete_truncate = 'TRUNCATE TABLE '.$table; |
| $this->efloreCommun->getBdd()->requeter($requete_truncate); |
| foreach ($this->valeurs_insertion as $nn => $valeurs){ |
| $requete = "INSERT INTO $table VALUES($nn, 'bdtfx', '{$valeurs['ve_lumiere']['min']}', ". |
| "'{$valeurs['ve_lumiere']['max']}','{$valeurs['ve_temperature']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_temperature']['max']}','{$valeurs['ve_continentalite']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_continentalite']['max']}','{$valeurs['ve_humidite_atmos']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_humidite_atmos']['max']}','{$valeurs['ve_humidite_edaph']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_humidite_edaph']['max']}','{$valeurs['ve_reaction_sol']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_reaction_sol']['max']}','{$valeurs['ve_nutriments_sol']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_nutriments_sol']['max']}','{$valeurs['ve_salinite']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_salinite']['max']}','{$valeurs['ve_texture_sol']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_texture_sol']['max']}','{$valeurs['ve_mat_org_sol']['min']}',". |
| "'{$valeurs['ve_mat_org_sol']['max']}');"; |
| $this->efloreCommun->getBdd()->requeter($requete); |
| $this->message->afficherAvancement('Insertion des valeurs pour les rangs supérieurs en cours'); |
| } |
| } |
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| // dans cette solution je parcours les donnees de baseflor |
| // je teste une donnée (si min max) pour récuperer les valeurs pour chaque rang superieur |
| // jusqu'à famille (180) puis je passe à la suivante jusqu'à avoir parcouru tout baseflor |
| private function recupererValeursInsertion(){ |
| $this->champs_ecologiques = $this->outils->recupererTableauConfig(Config::get('Parametres.champsEcologiques')); |
| $this->valeurs_insertion = array(); |
| if (empty($this->donnees_initiales)) { |
| throw new Exception("Erreur : pas de données à traiter."); |
| } else { |
| foreach ($this->donnees_initiales as $nn => $ecologie) { |
| $this->nn_courant = $nn; |
| $this->nn_superieur = isset($this->infos_taxon[$this->nn_courant]) ? $this->infos_taxon[$this->nn_courant]['nn_sup'] : null; |
| $rang = isset($this->infos_taxon[$this->nn_superieur]) ? $this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['rang'] : 179 ; |
| while ($rang >= 180){ |
| if (!isset($donnees_initiales[$this->nn_superieur])) { |
| foreach ($this->champs_ecologiques as $nom) { |
| |
| |
| $this->testerSiMinMax($nom, $ecologie[$nom]); |
| |
| } |
| } |
| $this->nn_superieur = isset($this->infos_taxon[$this->nn_superieur]) ? $this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['nn_sup'] : null; |
| $rang = !empty($this->nn_superieur) ? $this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['rang'] : 179 ; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| // ici je parcours toutes les données de baseflor et je teste et récupère les valeurs pour le rang superieur |
| //direct puis je récupère les données obtenues et je recommence jusqu'à que tous les rangs obtenus soient des familles |
| private function recupererValeursInsertion2(){ |
| $this->champs_ecologiques = $this->outils->recupererTableauConfig(Config::get('Parametres.champsEcologiques')); |
| $this->valeurs_insertion = array(); |
| if (empty($this->donnees_initiales)) { |
| throw new Exception("Erreur : pas de données à traiter."); |
| } else { |
| $donnees_traitees = $this->donnees_initiales; |
| $donnees_deja_traitees = array(); |
| $condition_fin = true; |
| $tab_num_nom = array_keys($donnees_traitees); |
| while (!empty($donnees_traitees)) { |
| reset($donnees_traitees); |
| $this->nn_courant = array_shift($tab_num_nom); |
| $data = array_shift($donnees_traitees); |
| if (isset($this->infos_taxon[$this->nn_courant])) { |
| $this->nn_superieur = $this->infos_taxon[$this->nn_courant]['nn_sup']; |
| if (!isset($donnees_deja_traitees[$this->nn_courant])) { |
| if ($this->infos_taxon[$this->nn_superieur]['rang'] >= 180){ |
| $condition_fin = false; |
| foreach ($this->champs_ecologiques as $nom) { |
| |
| $this->testerSiMinMax($nom, $data[$nom]); |
| |
| |
| } |
| } |
| } |
| $donnees_deja_traitees[$this->nn_courant] = 1; |
| } |
| if ($condition_fin == false && empty($donnees_traitees)) { |
| $donnees_traitees = $this->valeurs_insertion; |
| $tab_num_nom = array_keys($donnees_traitees); |
| $condition_fin = true; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| // je stocke des valeurs à insérer sous la forme : $insertion [{nn_tax_sup}][{nom_de_chps}][{max ou min}] = {valeur} |
| private function testerSiMinMax($nom, $valeur) { |
| $nn = $this->nn_superieur; |
| if ( !isset($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min']) |
| || empty($valeur['min']) |
| || empty($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min']) |
| || $this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min'] > $valeur['min'] ){ |
| $this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['min'] = $valeur['min']; |
| |
| } |
| |
| if ( !isset($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max']) |
| || empty($this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max']) |
| || empty($valeur['max']) |
| || $this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max'] < $valeur['max'] ) { |
| $this->valeurs_insertion[$nn][$nom]['max'] = $valeur['max']; |
| } |
| } |
| |
| // je stocke les infos taxons sous la forme : $info_taxon[{num_nomem}][{num_nomen_sup ou rang}] = {valeur} |
| private function consulterInfosTaxons() { |
| $table = Config::get('tables.taxons'); |
| $requete = 'SELECT A.num_nom AS nn, B.num_tax_sup AS nn_sup, A.rang '. |
| "FROM $table A JOIN $table B ON (A.num_nom_retenu = B.num_nom) ". |
| 'WHERE B.num_nom = B.num_nom_retenu '; |
| $resultat = $this->efloreCommun->getBdd()->recupererTous($requete); |
| foreach ($resultat as $res) { |
| $this->infos_taxon[$res['nn']] = array('nn_sup' => $res['nn_sup'], 'rang' => $res['rang'] ); |
| } |
| } |
| |
| // je stocke les valeurs initiales sous la forme : $initiales[{nn_nomem}][{champs ecologique}][{'min' ou 'max'}] |
| private function recupererDonneesInitiales() { |
| $table = Config::get('tables.donnees'); |
| $requete = "SELECT num_nomen, ve_lumiere, ve_temperature, ve_continentalite, ve_humidite_atmos, ". |
| "ve_humidite_edaph, ve_reaction_sol, ve_nutriments_sol, ve_salinite, ve_texture_sol, ve_mat_org_sol ". |
| "FROM $table WHERE BDNT = 'BDTFX' ". |
| " AND num_nomen != 0 ". |
| " AND (ve_lumiere != '' OR ve_mat_org_sol != '' OR ve_temperature != '' ". |
| " OR ve_continentalite != '' OR ve_humidite_atmos != '' OR ve_humidite_edaph != '' ". |
| " OR ve_nutriments_sol != '' OR ve_salinite != '' OR ve_texture_sol != '' OR ve_reaction_sol != '' )"; |
| $resultat = $this->efloreCommun->getBdd()->recupererTous($requete); |
| foreach ($resultat as $res) { |
| $this->donnees_initiales[$res['num_nomen']] = array( |
| 've_lumiere' => array('min' => $res['ve_lumiere'], 'max' => $res['ve_lumiere']), |
| 've_temperature' => array('min' => $res['ve_temperature'], 'max' => $res['ve_temperature']), |
| 've_continentalite' => array('min' => $res['ve_continentalite'], 'max' => $res['ve_continentalite']), |
| 've_humidite_atmos' => array('min' => $res['ve_humidite_atmos'], 'max' => $res['ve_humidite_atmos']), |
| 've_humidite_edaph' => array('min' => $res['ve_humidite_edaph'], 'max' => $res['ve_humidite_edaph']), |
| 've_reaction_sol' => array('min' => $res['ve_reaction_sol'], 'max' => $res['ve_reaction_sol']), |
| 've_nutriments_sol' => array('min' => $res['ve_nutriments_sol'], 'max' => $res['ve_nutriments_sol']), |
| 've_salinite' => array('min' => $res['ve_salinite'], 'max' => $res['ve_salinite']), |
| 've_texture_sol' => array('min' => $res['ve_texture_sol'], 'max' => $res['ve_texture_sol']), |
| 've_mat_org_sol' => array('min' => $res['ve_mat_org_sol'], 'max' => $res['ve_mat_org_sol'])); |
| } |
| } |
| |
| |
| // +++ Fonctions de vérification des donnée obtenues ++++// |
| |
| public function testAscendantsDeBaseflor(){ |
| $this->recupererDonneesInitiales(); |
| $this->consulterInfosTaxons(); |
| $fichier = dirname(__FILE__).'/log/verifTaxonsSup.log'; |
| $liste = array(); |
| foreach ($this->donnees_initiales as $nn => $data) { |
| $nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn]) ? $this->infos_taxon[$nn]['nn_sup'] : '' ; |
| if (!empty($nn_sup) && !isset($donnees_initiales[$nn_sup])){ |
| $rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ; |
| while ($rang >= 180) { |
| if (!empty($nn_sup)) { |
| if (isset($liste["$nn_sup($rang)"])){ |
| $liste["$nn_sup($rang)"] .= ", $nn"; |
| }else { |
| $liste["$nn_sup($rang)"] = "$nn"; |
| } |
| $nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['nn_sup'] : '' ; |
| $rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ; |
| }else { |
| break; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| $log = "un ascendant (pas forcement l'ascendant directement au dessus) : les descendants contenus dans baseflor \n"; |
| foreach ($liste as $cle => $inferieur){ |
| $log .= "$cle : $inferieur \n"; |
| } |
| file_put_contents($fichier, $log); |
| } |
| |
| public function testEcologieAscendantsDeBaseflor(){ |
| $this->recupererDonneesInitiales(); |
| $this->consulterInfosTaxons(); |
| $fichier = dirname(__FILE__).'/log/verifTaxonsSupEcolo.log'; |
| $liste = array(); |
| foreach ($this->donnees_initiales as $nn => $data) { |
| $nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn]) ? $this->infos_taxon[$nn]['nn_sup'] : '' ; |
| if (!empty($nn_sup) && !isset($donnees_initiales[$nn_sup])){ |
| $rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ; |
| while ($rang >= 180) { |
| if (!empty($nn_sup)) { |
| $ecolo = array_values($data); |
| list($l,$t,$c,$ha,$he,$r,$n,$s,$tx,$mo) = $ecolo; |
| if (isset($liste["$nn_sup($rang)"])){ |
| $liste["$nn_sup($rang)"] .= ",[{$l['min']}, {$t['min']}, {$c['min']}," |
| ."{$ha['min']}, {$he['min']}, {$r['min']}, {$n['min']}, {$s['min']}," |
| ."{$tx['min']}, {$mo['min']}]"; |
| }else { |
| $liste["$nn_sup($rang)"] = "[{$l['min']}, {$t['min']}, {$c['min']}," |
| ."{$ha['min']}, {$he['min']}, {$r['min']}, {$n['min']}, {$s['min']}," |
| ."{$tx['min']}, {$mo['min']}]"; |
| } |
| $nn_sup = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['nn_sup'] : '' ; |
| $rang = isset($this->infos_taxon[$nn_sup]) ? $this->infos_taxon[$nn_sup]['rang'] : 179 ; |
| }else { |
| break; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| $log = "nn ascendant (pas forcement l'ascendant directement au dessus) :" |
| ." valeurs descendants contenus dans baseflor \n" |
| ."Pour le calcul des valeurs min et max de gauche, les valeurs de droite sont utilisées. \n"; |
| foreach ($liste as $cle => $inferieurs){ |
| $log .= "$cle : $inferieurs \n"; |
| } |
| file_put_contents($fichier, $log); |
| } |
| |
| |
| } |