| New file |
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| 0,0 → 1,100 |
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| #!/bin/bash |
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| DB='`tb_cel`.`cel_references`'; |
| sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;" "$0" |
| exit |
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| -- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne |
| -- ci dessous ne doit exister que du SQL valide |
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| -- TODO: |
| -- fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation |
| -- SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC; |
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| -- fix date: NULL pour les dates dans le futur |
| -- SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW(); |
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| -- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell |
| -- SET @destdb = 'tb_cel'; |
| -- SET @desttable = 'cel_references'; |
| -- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`'); |
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| DROP TABLE IF EXISTS @dst; |
| CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst ( |
| `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!', |
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| -- bdtfx |
| `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx', |
| `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx', |
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| -- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06 |
| `num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun)', |
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| -- bdtfx |
| `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx', |
| `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx', |
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| -- cel_obs |
| -- `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.', |
| -- `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL, |
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| -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL) |
| -- mais NULL à cause de nva |
| `nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06', |
| PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`) |
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| ) ENGINE=MyISAM \ |
| DEFAULT CHARSET=utf8 \ |
| COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de bdtfx_v1_01, nvjfl_v2007 et bdtxa_v1_00'; |
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| /* |
| way 1: theory |
| INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \ |
| SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, MAX(n.num_statut) FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon AND n.code_langue = 'fra' ) GROUP BY b.num_nom \ |
| UNION \ |
| SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, NULL FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon AND n.code_langue = 'fra' ) GROUP BY b.num_nom; |
| SELECT "isfan", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.nom_sci, b.auteur, NULL FROM isfan_v2013 b; |
| */ |
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| /* |
| Détermination des nom vernaculaires meilleurs et uniques: |
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| way 1: |
| -- SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut, n2.num_statut FROM nvjfl_v2007 n LEFT JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon) WHERE n.num_taxon < 32 AND n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n2.num_statut) LIMIT 100; |
| -- 12311 |
| -- # distinct= |
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| way 2: |
| -- SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n INNER JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon AND n.code_langue = n2.code_langue AND n.num_statut > n2.num_statut) WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon; |
| -- 2680 |
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| way 2": |
| -- SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n LEFT JOIN nvjfl_v2007 n2 ON (n.num_taxon = n2.num_taxon AND n.code_langue = n2.code_langue AND n.num_statut > n2.num_statut) WHERE n.code_langue = 'fra' AND n2.num_statut IS NOT NULL GROUP BY num_taxon; |
| -- 2680, Mais problème ensuite: SELECT n.* from cel_references NATURAL JOIN nvjfl_v2007 n WHERE `nom_commun` = '' AND n.code_langue = 'fra'; |
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| Note: 16146 nom communs français distincts, 12312 num_taxon fr, aucun num_statut NULL en français |
| */ |
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| DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`; |
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| CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \ |
| -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) ); |
| ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) ); |
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| -- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long |
| CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \ |
| ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut |
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| INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \ |
| SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \ |
| UNION \ |
| SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon); |
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| DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`; |