| /trunk/scripts/modules/coste/CreationCol.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,348 |
| <?php |
| /** |
| * declare(encoding='UTF-8'); |
| * Exemple de lancement du script : : |
| * /opt/lampp/bin/php cli.php coste/creationcol -a nomSciHtml -v 3 |
| * Classe permettant de créer le nom scientifique au format HTML. |
| * |
| * @category php 5.2 |
| * @package eflore/scripts/coste |
| * @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org> |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL |
| * @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL |
| * @version $Id$ |
| */ |
| class Creationcol extends Script { |
| protected $bdd = null; |
| protected $table = null; |
| protected $num = null; |
| protected $compo_nom = array(); |
| protected $abbr = array ( |
| 'infra-gen.' => 'Infra-Genre', |
| 'sect.' => 'Section', |
| 'subsect.' => 'Sous-Section', |
| 'ser.' => 'Série', |
| 'subser.' => 'Sous-Série', |
| 'gr.' => 'Groupe', |
| 'agg.' => 'Agrégat', |
| 'sp.' => 'Espèce', |
| 'subsp.' => 'Sous-Espèce', |
| 'infra-sp.' => 'Infra-Espèce', |
| 'var.' => 'Variété', |
| 'subvar.' => 'Sous-Variété', |
| 'fa' => 'Forme', |
| 'subf.' => 'Sous-Forme', |
| 'f. sp.' => 'Forma species', |
| 'proles' => 'Race prole' |
| ); |
| private $nomSciTpl = '<span class=sci>%s</span>'; |
| private $nomSupraGenTpl = '<span class="supra_gen">%s</span>'; |
| private $genTpl = '<span class="gen">%s</span>'; |
| private $infraGenTpl = '<span class="infra-gen">%s</span>'; |
| private $spFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span>'; |
| private $typeEpitheteTpl = '<abbr class="type_epithete" title="%s">%s</abbr>'; |
| private $infraSpFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span> <abbr class="type-epithete" title="%s">%s</abbr> <span class="infra-sp">%s</span>'; |
| private $formuleHybTpl = '<span class="formule-hyb">%s</span>'; |
| protected $table_requete; |
| protected $limite_req_tuples = 10000; |
| protected $depart_req_tuples = 0; |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-t' => array(true, true, 'Nom de la table qui doit être traitée')); |
| public function executer() { |
| // Lancement de l'action demandée |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'nomSciHtml' : |
| $this->genererNomSciHtml(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| private function genererNomSciHtml() { |
| $this->initialiser(); |
| $nbtot = $this->recupererNbTotalTuples(); |
| while ($this->depart_req_tuples < $nbtot) { |
| $resultat = $this->recupererTuples(); |
| $nb_tot_res = count($resultat); |
| $compteur = 1; |
| foreach ($resultat as $tuples => $infos) { //pour chaque tuple |
| $this->initialiserVariables($infos); |
| $nomSciHtml = ''; |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseNomSupraGen(); |
| $nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['genre'], 'gen'); |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseInfraGen(); |
| $nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_sp'], 'sp'); |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseTypeInfraSp(); |
| $nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_infra_sp'], 'infra-sp'); |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterCultivarGpComm(); |
| if ($nomSciHtml != '') { |
| $this->table_requete[$this->num] = sprintf($this->nomSciTpl, trim($nomSciHtml)); |
| } |
| if (count($this->table_requete) == 1000) { |
| $this->lancerRequeteModification(); |
| array_splice($this->table_requete, 0); |
| } elseif ($compteur == $nb_tot_res) { |
| $this->lancerRequeteModification(); |
| } |
| $compteur++; |
| $this->afficherAvancement('Génération des noms scientifique au format HTML en cours'); |
| } |
| } |
| echo "\n"; |
| } |
| private function initialiser() { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| $this->table = $this->getParametre('t'); |
| $this->preparerTable(); |
| } |
| private function preparerTable() { |
| $requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' "; |
| $resultat = $this->bdd->recuperer($requete); |
| if ($resultat === false) { |
| $requete = "ALTER TABLE {$this->table} ". |
| 'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '. |
| 'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL '; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| } |
| } |
| private function recupererNbTotalTuples(){ |
| $req = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} "; |
| $res = $this->bdd->recuperer($req); |
| return $res['nb']; |
| } |
| private function recupererTuples() { |
| $requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '. |
| ' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '. |
| ' nom_commercial, cultivar '. |
| "FROM {$this->table} ". |
| "LIMIT {$this->depart_req_tuples},{$this->limite_req_tuples} "; |
| $resultat = $this->bdd->recupererTous($requete); |
| $this->depart_req_tuples += 10000; |
| return $resultat; |
| } |
| private function initialiserVariables($infos) { |
| $this->num = $infos['num_nom']; |
| $this->compo_nom = $infos; |
| } |
| private function ajouterBaliseNomSupraGen() { |
| $html = ''; |
| if ($this->compo_nom['nom_supra_generique'] != '') { |
| $html = sprintf($this->nomSupraGenTpl, $this->compo_nom['nom_supra_generique']); |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterTypeEpithete($type) { |
| if (!array_key_exists($type, $this->abbr)) { |
| $this->abbr[$type] = $type; |
| } |
| } |
| private function ajouterBaliseInfraGen() { |
| $html = ''; |
| if ($this->verifierTypeInfraGen()) { |
| $html .= $this->ajouterBaliseTypeInfraGen(); |
| } else { |
| if ($this->avoirInfo('epithete_infra_generique')) { |
| $html .= sprintf($this->infraGenTpl, $this->compo_nom['epithete_infra_generique']); |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function verifierTypeInfraGen() { |
| $ok = false; |
| if ($this->compo_nom['type_epithete'] != '' && $this->compo_nom['epithete_infra_generique'] != '') { |
| $this->ajouterTypeEpithete($this->compo_nom['type_epithete']); |
| $ok = true; |
| } |
| return $ok; |
| } |
| private function ajouterBaliseTypeInfraGen() { |
| $html = ''; |
| $type = $this->compo_nom['type_epithete']; |
| if ($type == 'agg.') { // Ajout de l'infra gen avant le type s'il est égal à agg. |
| $html .= ' '.$this->ajouterBaliseInfraGen(). |
| ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type); |
| } else { |
| $html .= ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type). |
| ' '.$this->ajouterBaliseInfraGen(); |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterBaliseTypeInfraSp() { |
| $html = ''; |
| $type = $this->compo_nom['type_epithete']; |
| $infraSp = $this->compo_nom['epithete_infra_sp']; |
| if ($infraSp != '') { |
| if ($type != '') { |
| $this->ajouterTypeEpithete($type); |
| $html = sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type); |
| } else { |
| $message = "Nom #%s contient un épithète infra-spécifique mais son type n'est pas renseigné."; |
| $this->traiterErreur($message, array($this->num)); |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterCultivarGpComm() { |
| $html = ''; |
| if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) { |
| $html .= ' '.$this->ajouterCultivarGroupe(); |
| } |
| if ($this->avoirInfo('nom_commercial')) { |
| $html .= ' <span class="commercial">'.$this->compo_nom['nom_commercial'].'</span>'; |
| } |
| if ($this->avoirInfo('cultivar')) { |
| $html .= ' <span class="cultivar">\''.$this->compo_nom['cultivar'].'\'</span>'; |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function avoirInfo($valeur) { |
| return (isset($this->compo_nom[$valeur]) && $this->compo_nom[$valeur] != '') ? true : false; |
| } |
| /** |
| * Permet d'ajouter les groupes de cultivar en fonction de la présence d'un cultivar et de la présence d'un grex |
| * |
| * L'ensemble des individus obtenu par une fécondation particulière s'appelle un le Grex (que pour les orchidées). |
| * Au sein du grex, certains individus peuvent se distinguer par des formes, des coloris ou autres qui font que |
| * l'obtenteur du grex va les sélectionner. |
| * les noms de groupes de cultivars sont suivis de l'abréviation « Gp » et placés entre parenthèses |
| * les noms de grex, s'ils sont utilisés devant une épithète de cultivar, ne se mettent pas entre parenthèses |
| * ex : Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (cultivar_groupe = Alexanderi gx) ; |
| * les noms de groupe se mettent entre parenthèses s'ils sont devant une épithète de cultivar |
| * ex : Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (cultivar_groupe = Deremenis) |
| * Un grex peut contenir des groupes (rédaction d'un exemple de l'ICNCP) |
| * ex : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick grex Francis Suzuki Group |
| * ou : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick gx Francis Suzuki Gp |
| * @param unknown_type $val |
| * |
| */ |
| private function ajouterCultivarGroupe() { |
| $html = ''; |
| if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) { //si le champ cultivar_groupe n'est pas vide |
| if ($this->compo_nom['cultivar']) { //si il y a un cultivar, on ajoute des parenthèses au group (mais pas au grex) |
| if (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx ') !== false) { //si le grex est composé de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx ', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0]. |
| ' <abbr title="grex">gx </abbr>('.$tab_gp[1]. |
| ' <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>'; |
| } elseif (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx') !== false) { //si il y a un grex et pas de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].' <abbr title="grex">gx</abbr></span>'; |
| } else { //si il n'y a pas de grex mais un groupe |
| $html = ' <span class="gp">'.$this->compo_nom['cultivar_groupe'].' <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>'; |
| } |
| } else { //s'il n'y a pas de cultivar |
| if (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx ') !== false) { //si le grex est composé de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx ', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0]. |
| ' <abbr title="grex">gx</abbr>'.$tab_gp[1]. |
| ' <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>'; |
| } elseif (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx') !== false) { //si il y a un grex et pas de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].' <abbr title="grex">gx</abbr></span>'; |
| } else { //si il n'y a pas de grex mais un groupe |
| $html = ' <span class="gp">'.$this->compo_nom['cultivar_groupe'].' <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>'; |
| } |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| /** |
| * |
| * Permet de repérer s'il s'agit d'un hybride (infra-sp, genre, sp) ou d'une chimère. |
| * @param unknown_type $val |
| * @param unknown_type $type |
| */ |
| private function verifierHybridite($epithete, $type) { |
| $html = ''; |
| if ($epithete != '') { |
| if (substr($epithete, 0, 2) == 'x ') { |
| $html = ' <span class=hyb>x <span class="'.$type.'">'.str_replace('x ', '', $epithete).'</span></span>'; |
| } elseif (substr($epithete, 0, 2) == '+ ') { |
| $html = ' <span class=chimere>+ <span class="'.$type.'">'.str_replace('+ ', '', $epithete).'</span></span>'; |
| } else if (substr_count($epithete, ' x ') > 1) {// Cas d'une formule d'hybridité comprenant des parents hybrides |
| $html = ' '.$this->insererBaliseFormuleHyb($epithete); |
| } elseif (substr_count($epithete, ' x ') == 1) {// Cas d'une formule d'hybridité simple |
| $html = ' '.$this->ajouterFomuleHybridite($epithete, $type); |
| } else { |
| $html = ' <span class="'.$type.'">'.$epithete.'</span>'; |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterFomuleHybridite($formule, $type) { |
| $tab_x = explode(' x ', $formule); |
| $formule_hyb = array(); |
| switch ($type) { |
| case 'gen' : |
| foreach ($tab_x as $hyb) { |
| $formule_hyb[] = sprintf($this->genTpl, $hyb); |
| } |
| break; |
| case 'sp' : |
| foreach ($tab_x as $hyb) { |
| if (substr_count($hyb, ' ') >= 1) { |
| list($gen, $sp) = explode(' ', $hyb); |
| $formule_hyb[] = sprintf($this->spFHTpl, $gen, $sp); |
| } else { |
| $avertissement = "Nom #%s : la valeur d'hybride '%s' ne contenait pas d'espace ."; |
| $this->traiterAvertissement($avertissement, array($this->num, $hyb)); |
| } |
| } |
| break; |
| case 'infra-sp' : |
| foreach ($tab_x as $hyb) { |
| list($gen, $sp, $typeEpithete, $infraSp) = explode (' ', $hyb); |
| $formule_hyb[] = sprintf($this->infraSpFHTpl, $gen, $sp, $this->abbr[$typeEpithete], $typeEpithete, $infraSp); |
| } |
| break; |
| default : break; |
| } |
| return $this->insererBaliseFormuleHyb(implode(' x ', $formule_hyb)); |
| } |
| private function insererBaliseFormuleHyb($formule) { |
| return sprintf($this->formuleHybTpl, $formule); |
| } |
| private function lancerRequeteModification() { |
| foreach ($this->table_requete as $id => $html) { |
| $html = $this->bdd->proteger($html); |
| $requete = "UPDATE {$this->table} ". |
| "SET nom_sci_html = $html ". |
| "WHERE num_nom = $id "; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if ($res === false) { |
| $this->traiterErreur("erreur d'insertion pour le tuple %s", array($id)); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| ?> |
| Property changes: |
| Added: svn:executable |
| +* |
| \ No newline at end of property |
| /trunk/scripts/modules/coste/A_LIRE.txt |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,15 |
| Les scripts DescriptionSp.php et Cles.php, lancés dans cet ordre permettent respectivement : |
| - La récupération des descriptions des espèces. |
| - Insertions des textes dans la table coste_pages, |
| - Insertions des titres des espèces dans la table coste_triples |
| - Création de la table correspondance BDNFF |
| - La génération des num_nom du projet coste |
| - L'insertion des num_nom dans coste_triples |
| - La création de la table coste_v0_1 |
| - La recupération des clés et des descriptions des groupes, familles et genre. |
| - Insertion dans la table coste_pages des textes |
| - Insertion dans la table coste_triples des num_nom et des titres |
| Un script permettant de lancer ces deux derniers a été créé : CreationProjetCoste.php. |
| Le dernier script est celui d'ajout du nom_sci_html (creationCol.php) à la table coste. |
| Property changes: |
| Added: svn:executable |
| +* |
| \ No newline at end of property |
| Added: svn:eol-style |
| +native |
| \ No newline at end of property |
| /trunk/scripts/modules/coste/Cles.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,651 |
| <?php |
| /** |
| * Exemple de lancement : |
| * /opt/lampp/bin/php cli.php coste/cles -a parser -d /home/jpm/eflore/donnees/coste/cles/html -v 3 |
| * Classe analysant les clés de Coste en HTML. |
| * |
| * @category php 5.2 |
| * @package eflore/scripts/coste |
| * @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org> |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL |
| * @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL |
| * @version $Id$ |
| */ |
| class Cles extends Script { |
| private $bdd = null; |
| private $fichier = null; |
| private $ligneNumero = null; |
| private $contenu = null; |
| private $pages = array(); |
| private $stats = array('nbreDsc' => 0, 'nbreCle' => 0, 'nbreGenre' => 0, 'nbreFamille' => 0, 'nbreDscClasse' => 0, 'nbrCleClasse' => 0); |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-d' => array(false, null, 'nom du dossier à analyser'), |
| '-f' => array(false, null, 'nom du fichier à analyser')); |
| private $table_triples = array(); //permet de stocker |
| private $famille = ''; //permet de stocker le nom de la famille surlaquelle on travaille |
| protected $indexGpFG = array(); |
| protected $table_espece = array(); |
| protected $table_num_nom = array(); |
| protected $projet_coste = array(); |
| protected $nb_fichier = 0; |
| protected $nb_pages = 0; |
| protected $table_coste; |
| public function initialiser() { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| } |
| public function executer() { |
| $this->initialiser(); |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'tester' : |
| $this->test(); |
| break; |
| case 'parser' : |
| $this->recupererTableCoste(); |
| $this->chargerIndexGpFG(); |
| $this->parserFichiers(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| private function test() { |
| //on recupère les textes |
| $this->fichier = $this->getParametre('f'); |
| $this->parserFichier(); |
| $fichier_test = str_replace('.html', '-test.html', $this->getParametre('f')); |
| file_put_contents($fichier_test, $this->contenu); |
| } |
| private function parserFichiers() { |
| $nomDossier = $this->getParametre('d'); |
| $tableaux = null; |
| if (file_exists($nomDossier) === true) { |
| if (is_dir($nomDossier)) { |
| if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) { |
| while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) { |
| if (!is_dir($nomFichier) ) { |
| $this->fichier = $nomDossier.DS.$nomFichier; |
| $this->parserFichier(); |
| } |
| } |
| $this->traiterInfo('Nb de fichier : '.$this->nb_fichier); |
| $this->traiterInfo('Nb de pages : '.$this->nb_pages); |
| closedir($dossierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("$nomDossier n'est pas un dossier."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable."); |
| } |
| $this->afficherStats(); |
| } |
| private function parserFichier() { |
| $this->nb_fichier++; |
| $contenu = $this->recupererContenuFichier($this->fichier); |
| $contenu = $this->nettoyerHtml($contenu); |
| $contenu = $this->supprimerDescriptionSp($contenu); |
| $contenu = $this->nettoyerTexte($contenu); |
| $this->contenu = $contenu; |
| $this->analyserCle($contenu); |
| $this->nettoyerParType(); |
| $this->insererDansWikini(); |
| $this->nb_pages += count($this->pages); |
| $this->pages = array(); |
| $this->table_triples = array(); |
| } |
| private function recupererContenuFichier($nomFichier) { |
| $contenu = null; |
| if (file_exists($nomFichier)) { |
| if (!$contenu = file_get_contents($nomFichier)) { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable."); |
| } |
| return $contenu; |
| } |
| private function chargerIndexGpFG() { |
| $requete = 'SELECT * '. |
| 'FROM coste_index_general '; |
| $resultat = $this->bdd->recupererTous($requete); |
| foreach ($resultat as $nom) { |
| $nom_coste = ($nom['nom_coste'] == '') ? $this->transliterer($nom['nom_sci']) : $this->transliterer($nom['nom_coste']); |
| $nom_sci = $this->transliterer($nom['nom_sci']); |
| $tome = $nom['tome']; |
| $page = $nom['page']; |
| $num_tax_sup_coste = $nom['num_tax_sup_coste']; |
| $num_nom_coste = $nom['num_nom_coste']; |
| $rang = $nom['rang']; |
| $this->indexGpFG[$nom_coste] = array( 'nom_sci' => $nom_sci, |
| 'rang' => $rang, |
| 'tome' => $tome, |
| 'page' => $page, |
| 'nom_coste' => $nom_coste, |
| 'num_nom_coste' => $num_nom_coste, |
| 'num_tax_sup_coste' => $num_tax_sup_coste |
| ); |
| } |
| } |
| private function transliterer($txt) { |
| $txt = ucwords(strtolower(Chaine::supprimerAccents($txt))); |
| return trim($txt); |
| } |
| private function nettoyerHtml($contenu) { |
| $contenu = strip_tags($contenu, '<b><i><table><title>'); |
| $expressions = array('/<b>\s*<\/b>/', |
| '/<i>\s*<\/i>/', |
| '/<title>[^<]+<\/title>/', |
| '/­/'); |
| $remplacements = ''; |
| $contenu = preg_replace($expressions, $remplacements, $contenu); |
| return $contenu; |
| } |
| private function supprimerDescriptionSp($contenu) { |
| //on supprime les tables contenant les images et les descriptions des espèces |
| $contenu = preg_replace('/<table.+?<\/table>/uis', '', $contenu); |
| return $contenu; |
| } |
| private function nettoyerTexte($contenu) { |
| $remplacement = array('F\MILLE' => 'FAMILLE'); |
| $contenu = strtr($contenu, $remplacement); |
| $expressions = array('/(?:\s*(?:\n|\r\n|\r))+/uis', |
| '/\n\s+<b>/uis', |
| '/^[ ]+/u', |
| '/[ ]{2,}/', |
| '/[.]\n[.]/us'); |
| $remplacements = array("\n", |
| "\t<b>", |
| '', |
| ' ', |
| ".\n"); |
| $contenu = preg_replace($expressions, $remplacements, $contenu); |
| return $contenu; |
| } |
| private function analyserCle($contenu) { |
| //creation des tags et des pages pour la table coste_page |
| $lignes = preg_split('/[\n]+/', $contenu); |
| $nom = ''; |
| $texte = ''; |
| $tag_wiki = ''; |
| $nbre_lignes = count($lignes); |
| $num_famille = ''; |
| foreach ($lignes as $this->ligneNumero => $ligne) { |
| $ligne = $ligne."\n"; |
| if (preg_match('/^FAMILLE ([0-9]+)(?:[.]| ) (?:- |)([^ .$]+)/iu', strip_tags($ligne), $match)) { |
| //Description de la famille |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $nom = $match[2]; |
| $this->stats['nbreFamille']++; |
| $num_famille = $match[1]; |
| $this->famille = $this->transliterer($match[2]); |
| $this->famille = $this->corrigerNom($this->famille); |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Dsc'); |
| $texte = $ligne; |
| } else if (preg_match('/^TABLEAU DES GENRES$/u', strip_tags($ligne))) { |
| //Clé de la famille |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Cle'); |
| $texte = $ligne; |
| } else if (preg_match('/^\s*(?:Genre|Cenre)\s*([0-9]+)(?:[.;]|)\s+(?:--|-|_|)\s*([^ ]+)\s+/ui', strip_tags($ligne), $match)) { |
| //Description des genres |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $nom = $match[2]; |
| $this->stats['nbreGenre']++; |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Dsc'); |
| $texte = $ligne; |
| $this->recupererDonneesGenre($ligne, $nom); |
| } else if (preg_match('/^TABLEAU DES ESP[ÈÉE]CES$/u', strip_tags($ligne))) { |
| //Clé du genre |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Cle'); |
| $texte = $ligne; |
| } else if (preg_match('/^<b>TABLE ANALYTIQUE DES FAMILLES<\/b>$/u', $ligne)) { |
| //recuperation des Groupes |
| $nom = 'Plantae'; |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Cle'); |
| $texte = $ligne; |
| } else if (preg_match('/^<b>(?:1|[IV]+).\s+(?:-\s+){0,1}([A-ZÉÈ]+)[.]<\/b>$/u', $ligne, $match)) { |
| //recuperation pour chaque groupe la clé des familles |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $nom = $match[1]; |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Cle'); |
| $texte = $ligne; |
| } else if (preg_match('/^<b>ORDRE DES FAMILLES<\/b>$/u', $ligne)) { |
| //récupère les ordres des familles par groupe |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $tag_wiki = 'OrdreFamilles'; |
| $texte = $ligne; |
| //rajout des descriptions des classes (il y en a trois au total) |
| } else if (strrpos($ligne, 'Classe') !== false || strrpos($ligne, 'CRYPTOGAMES-VASCULAIRES') !== false || strrpos($ligne, 'MONOCOTYLÉDONES') !== false) { |
| if (strrpos($ligne, 'CRYPTOGAME') !== false) { |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $nom = 'cryptogames'; |
| $this->stats['nbreDscClasse']++; |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Dsc');; |
| $texte = $ligne; |
| } elseif (strrpos($ligne, 'MONOCOTYLÉDONES') !== false) { |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| $nom = 'monocotylédones'; |
| $this->stats['nbreDscClasse']++; |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Dsc'); |
| $texte = $ligne; |
| } else { |
| preg_match('/^(?:<i>){0,1}(?:Première|Deuxième)? Classe[.][-\s]*[^b]*b>([A-Z]+)<\/b>[.]?/ui', $ligne, $match); |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| if (isset($match[1])) { |
| $nom = $match[1]; |
| $tag_wiki = $this->creerTagWiki($nom, 'Dsc'); |
| $this->stats['nbreDscClasse']++; |
| $texte = $ligne; |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Classe non repérée dans la ligne \"$ligne\" du fichier $this->fichier ! Modifier l'expression regulière"); |
| } |
| } |
| } else if ($nbre_lignes == ($this->ligneNumero + 1)) { |
| $texte .= $ligne; |
| $this->ajouterPage($tag_wiki, $texte); |
| } else { |
| $texte .= $ligne; |
| } |
| } |
| } |
| private function recupererDonneesGenre($ligne, $nom) { |
| if (preg_match('/^\s*(?:Genre|Cenre)\s*(?:<i>)?[0-9]+(?:[.;]|)\s+(?:--|-|_|)\s*[^ ]+(.*)?$\s+/ui', strip_tags($ligne, '<i>'), $donnees)) { |
| $donnees_genre = array('nom_coste' => $nom, 'auteur' => '', 'nom_verna' => ''); |
| if (isset($donnees[1]) && !empty($donnees[1])) { |
| // cas possible : <i>L. - Passerage.</i> |
| if (preg_match('/^(?:(?:^\s*<i>([^-]+)-([^-]+)))/ui', $donnees[1], $don)) { |
| if (isset($don[1])) { |
| $auteur = $don[1]; |
| $donnees_genre['auteur'] = $auteur; |
| } |
| if (isset($don[2])) { |
| $nom_verna = $don[2]; |
| $donnees_genre['nom_verna'] = $nom_verna; |
| } |
| } elseif (preg_match('/^(?:(^\s*[^-<>]*)(?:[-\s]*)(?:<i>(?:[-\s]*)([^<>]*))?)/ui', $donnees[1], $don)) { |
| if (isset($don[1])) { |
| $auteur = $don[1]; |
| $donnees_genre['auteur'] = $auteur; |
| } |
| if (isset($don[2])) { |
| $nom_verna = $don[2]; |
| $donnees_genre['nom_verna'] = $nom_verna; |
| } |
| } else{ |
| $this->traiterErreur("Les donnees : $donnees[1] ne sont pas reconnues par l'expression régulière"); |
| } |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le genre $ligne n'est pas reconnu par l'expression régulière"); |
| } |
| //print_r($donnees_genre); |
| $this->insererDonneesGenre($donnees_genre); |
| } |
| private function insererDonneesGenre($donnees_genre) { |
| $nom_coste = $this->bdd->proteger($donnees_genre['nom_coste']); |
| $auteur = $this->bdd->proteger($donnees_genre['auteur']); |
| $nom_francais = $this->bdd->proteger($donnees_genre['nom_verna']); |
| $requete = 'UPDATE coste_v0_1 SET '. |
| 'auteur = '.$auteur. |
| ', nom_francais = '.$nom_francais |
| .' WHERE nom_coste = '.$nom_coste; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if (!$res) { |
| $e = 'Les données du genre '.$nom_coste.' n\'ont pas été insérée via la requete '.$requete; |
| $this->traiterErreur($e); |
| } |
| } |
| private function ajouterPage($tag, $txt) { |
| if ($txt != '' && $tag != '') { |
| $txt = $this->formaterSyntaxeWikini($txt); |
| $this->pages[$tag] = $txt; |
| } |
| } |
| private function formaterSyntaxeWikini($txt) { |
| $remplacements = array('<b>' => '**', '</b>' => '**', |
| '<i>' => '//', '</i>' => '//'); |
| $txt = strtr($txt, $remplacements); |
| return $txt; |
| } |
| private function creerTagWiki($nom, $type) { |
| $tag = ''; |
| $page = null; |
| $tome = null; |
| $nom_sci = ''; |
| $groupe = array('Thalamiflores', 'Caliciflores', 'Monopetales', 'Monochlamydees', 'Gymnospermes', 'Monocotyledones', 'Cryptogames'); |
| $nom = $this->transliterer($nom); |
| $nom = $this->corrigerNom($nom); |
| if (in_array($nom, $groupe) && $type == 'Cle') { |
| $pages = array('1', '4', '5', '9', '12', '12', '14'); |
| $page = str_replace($groupe, $pages, $nom); |
| $page = sprintf('%04d', $page); |
| $tome = 1; |
| $tag = "{$type}Coste1937T{$tome}P{$page}$nom"; |
| $this->stats['nbreCle']++; |
| $this->stats['nbrCleClasse']++; |
| } else { |
| if ($type == 'Dsc') { |
| $this->stats['nbreDsc']++; |
| } else if ($type == 'Cle') { |
| $this->stats['nbreCle']++; |
| } |
| if (array_key_exists($nom, $this->indexGpFG)) { |
| $tome = $this->indexGpFG[$nom]['tome']; |
| $page = $this->indexGpFG[$nom]['page']; |
| $nom_sci = $this->indexGpFG[$nom]['nom_sci']; |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Impossible de trouver le nom $nom dans l'index pour le fichier $this->fichier à la ligne $this->ligneNumero."); |
| } |
| if (!is_null($page) && !is_null($tome)) { |
| $page = sprintf('%04d', $page); |
| $tome = strtr($tome, array('I' => 1, 'II' => 2, 'III' => 3, )); |
| $tag = "{$type}Coste1937T{$tome}P{$page}$nom_sci"; |
| } |
| } |
| $this->creerTriples($tag, $nom, $tome, $page); |
| return $tag; |
| } |
| public function creerTriples($tag, $nom, $tome, $page) { |
| if (array_key_exists($nom, $this->indexGpFG)) { |
| $this->table_triples[] = array ('resource' => $tag, |
| 'property' => 'titre', |
| 'value' => $this->creerTitre($nom, $tag)); |
| if (isset($this->table_coste[$nom])) { |
| $num_nom = $this->table_coste[$nom]; |
| $this->table_triples[] = array ('resource' => $tag, |
| 'property' => 'num_nom', |
| 'value' => $num_nom); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Impossible de trouver le nom $nom dans la table coste"); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Impossible de trouver le nom $nom dans l'index "); |
| } |
| } |
| private function recupererTableCoste() { |
| $table_coste = array(); |
| $req = 'SELECT num_nom, nom_coste FROM coste_v0_1 WHERE rang != "290" '; |
| $res = $this->bdd->recupererTous($req); |
| if ($res) { |
| foreach ($res as $donnees) { |
| $this->table_coste[$donnees['nom_coste']] = $donnees['num_nom']; |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur('Erreur dans la requete '.$req); |
| } |
| } |
| private function creerTitre($nom, $tag) { |
| $titre = ''; |
| if (array_key_exists($nom, $this->indexGpFG)) { |
| $num_nom_coste = $this->indexGpFG[$nom]['num_nom_coste']; |
| $tome = $this->indexGpFG[$nom]['tome']; |
| if (preg_match('/^(?:Cle|Dsc)Coste1937T[1-3]{1}P[0]*([1-9]*).+$/', $tag, $match_page)) { //on recherche dans le tag puisque les clés et les descriprtions ont des pages différentes pour les classes par ex |
| $page = $match_page[1]; |
| } else { |
| $this->traiterErreur('La page n\'est pas reconnu dans le tag '.$tag); |
| } |
| if ($num_nom_coste == 'R') { |
| $titre = "Coste $num_nom_coste - $nom - T$tome.p$page"; |
| } else { |
| $num_tax_sup = $this->indexGpFG[$nom]['num_tax_sup_coste']; |
| $nom_tax_sup = $this->recupererNom($num_tax_sup); |
| $titre = "Coste $num_nom_coste - $nom - $num_tax_sup, $nom_tax_sup - T$tome.p$page"; |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Impossible de trouver le nom $nom dans l'index pour créer le titre"); |
| } |
| return $titre; |
| } |
| private function recupererNom($id_coste) { |
| foreach ($this->indexGpFG as $donnees) { |
| if ($donnees['num_nom_coste'] == $id_coste) { |
| $nom = $donnees['nom_sci']; |
| break; |
| } |
| } |
| return $nom; |
| } |
| private function corrigerNom($nom) { |
| $remplacements = array('Ceraniacees' => 'Geraniacees', |
| 'Sucowia' => 'Succowia', |
| 'Tilla' => 'Tilia'); |
| $nom = strtr($nom, $remplacements); |
| $nom = trim($nom); |
| return $nom; |
| } |
| private function nettoyerParType() { |
| foreach ($this->pages as $tag => $txt) { |
| if (preg_match('/^Cle/', $tag)) { |
| $txt = $this->nettoyerCle($txt); |
| } |
| $this->pages[$tag] = $txt; |
| } |
| } |
| private function nettoyerCle($txt) { |
| $txt = preg_replace('/([*]{2})(\s+)([A-Z])/u', '$2$1$3', $txt); |
| $txt = preg_replace('/(\w)\t(\w)/ui', '$1 $2', $txt); |
| $txt = preg_replace('/(\w)\s+([.])/ui', '$1$2', $txt); |
| $txt = preg_replace('/\n\s+(\(|[\*]{2}|[[:alpha:]éèàê]+|[0-9]+-[0-9]+ )/Uuis', ' $1', $txt); |
| $txt = preg_replace('/([.])\s+([\*]{2}|\(part.\))/ui', "$1\t$2", $txt); |
| $txt = preg_replace('/(n)oe(ud[s]?)/ui', "$1œ$2", $txt); |
| return $txt; |
| } |
| private function insererDansWikini() { |
| // Mise à jour éventuelle des pages existantes |
| /*$requete = 'DELETE FROM coste_pages '. |
| 'WHERE tag LIKE '.$tag; |
| // ' OR tag LIKE "Cle%" '. |
| // ' OR tag LIKE "OrdreFamilles" '; |
| $this->bdd->requeter($requete);*/ |
| //--------------insertion des pages----------------------- |
| $this->supprimerPagesExistantes(); |
| $this->reinitialiserAutoIncrement('coste_pages'); |
| $this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples'); |
| foreach ($this->pages as $tag => $txt) { |
| $tag = $this->bdd->proteger($tag); |
| $time = 'NOW()'; |
| $txt = $this->bdd->proteger($txt); |
| $latest = $this->bdd->proteger('Y'); |
| $perimee = $this->bdd->proteger('N'); |
| // Mise à jour éventuelle des pages existantes |
| /*$requete = 'UPDATE coste_pages '. |
| "SET latest = $perimee ". |
| "WHERE tag = $tag "; |
| $this->bdd->requeter($requete);*/ |
| // Insertion du nouveau contenu |
| $requete = 'INSERT INTO coste_pages '. |
| '(tag, time, body, latest) '. |
| "VALUES ($tag, $time, $txt, $latest)"; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if ($res) { |
| //$this->afficherAvancement('Insertion des pages du fichier '.$this->fichier); |
| } else { |
| $this->afficherAvancement('Erreur d\'insertion des pages du fichier '.$this->fichier); |
| } |
| } |
| //-----------insertions des triples----------------------- |
| foreach ($this->table_triples as $triple) { |
| $resource = $this->bdd->proteger($triple['resource']); |
| $property = $this->bdd->proteger($triple['property']); |
| $value = $this->bdd->proteger($triple['value']); |
| $requete_triple = "INSERT INTO coste_triples (resource, property, value) VALUES ($resource,$property ,$value)"; |
| $res_triple = $this->bdd->requeter($requete_triple); |
| if ($res_triple) { |
| //$this->afficherAvancement('Insertion des triples du fichier '.$this->fichier); |
| } else { |
| $this->afficherAvancement('Erreur d\'insertion des triples du fichier '.$this->fichier); |
| } |
| } |
| } |
| public function supprimerPagesExistantes() { |
| foreach ($this->pages as $tag => $txt) { |
| $tag = $this->bdd->proteger($tag); |
| //suppression des tuples déjà existants |
| $requete = 'DELETE FROM coste_pages '. |
| 'WHERE tag = '.$tag; |
| // ' OR tag LIKE "Cle%" '. |
| // ' OR tag LIKE "OrdreFamilles" '; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| $requete = 'DELETE FROM coste_triples '. |
| 'WHERE resource LIKE '.$tag; |
| // ' OR tag LIKE "Cle%" '. |
| // ' OR tag LIKE "OrdreFamilles" '; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| } |
| } |
| private function reinitialiserAutoIncrement($table) { |
| $requete_max_id = 'SELECT max(id) from '.$table; |
| $id_max = $this->bdd->recuperer($requete_max_id); |
| $id_max = $id_max['max(id)']; |
| $id_max = $id_max+1; |
| $requete_pages = 'ALTER TABLE '.$table.' AUTO_INCREMENT = '.$id_max; |
| $this->bdd->requeter($requete_pages); |
| } |
| private function afficherStats() { |
| print_r($this->stats); |
| } |
| private function creerFichier($fichier, $tab, $chemin = null) { |
| if (!$chemin) { |
| $chemin = Config::get('chemin_test'); |
| } |
| $intitule = ''; |
| $nom_fichier = fopen($chemin.$fichier, 'w+'); |
| foreach ($tab as $key => $val) { |
| if (is_array($val)) { |
| foreach ($val as $k => $v) { |
| $intitule .= $k."\t"; |
| } |
| fwrite($nom_fichier, trim($intitule)."\n"); |
| break; |
| } |
| } |
| foreach ($tab as $key => $val) { |
| if (is_array($val)) { |
| fwrite($nom_fichier, implode("\t", $val)."\n"); |
| } else { |
| fwrite($nom_fichier, "\t$val\n"); |
| } |
| } |
| fclose($nom_fichier); |
| } |
| } |
| ?> |
| /trunk/scripts/modules/coste/CreationProjetCoste.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,64 |
| <?php |
| /** |
| * Classe permettant de lancer plusieurs scripts consécutivement. |
| * Exemple : |
| * /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a coste/creation_projet_coste -a creer |
| * -d /home/jpm/eflore/donnees/coste/descriptions/html |
| * -c /home/jpm/eflore/donnees/coste/cles/html |
| * |
| * @category php 5.2 |
| * @package eflore/scripts/coste |
| * @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org> |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL |
| * @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL |
| * @version $Id$ |
| */ |
| class CreationProjetCoste extends Script { |
| // commande : /opt/lampp/bin/php cli.php creation_projet_coste -a creer -v 3 |
| protected $cle; |
| protected $dsc; |
| protected $creationTable; |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-d' => array(false, null, 'nom du dossier contenant les descriptions à analyser'), |
| '-c' => array(false, null, 'nom du fichier contenant les clés à analyser')); |
| public function initialiser() { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| require_once './Cles.php'; |
| require_once './DescriptionSp.php'; |
| } |
| public function executer() { |
| $this->initialiser(); |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'creer' : |
| $nomDuScript = 'description_sp'; |
| $parametresCli = array('-a' => 'integrer', |
| '-n' => $this->getParametre('d'), |
| '-v' => '3'); |
| $this->dsc = new DescriptionSp($nomDuScript, $parametresCli); |
| $this->traiterInfo('RECUPERATION DES DESCRIPTIONS'); |
| $this->dsc->executer(); |
| $nomDuScript = 'cles'; |
| $parametresCli = array('-a' => 'parser', |
| '-d' => $this->getParametre('c'), |
| '-v' => '3'); |
| $this->cle = new Cles($nomDuScript, $parametresCli); |
| $this->traiterInfo('RECUPERATION DES CLES'); |
| $this->cle->executer(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| } |
| ?> |
| /trunk/scripts/modules/coste/DescriptionSp.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,736 |
| <?php |
| // commande : /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a tester -n /home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/html |
| class DescriptionSp extends Script { |
| protected $donnees = array(); |
| protected $nb_espece = 0; |
| protected $donnees_espece = array(); |
| protected $fichier; |
| protected $table_espece = array(); |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-n' => array(true, null, 'nom du dossier à analyser')); |
| public function executer() { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| // Lancement de l'action demandée |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'integrer' : |
| $this->ouvrirDossier(); |
| $this->chargerIndexGpFG(); |
| $this->integrerSynonyme(); |
| ksort($this->table_espece); |
| $this->recupererDonneesBdnff(); |
| $this->genererNumNom(); |
| $this->insererNumNomDansTriples(); |
| $this->creerTableCoste(); |
| $this->insererTableProjetCoste(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| //---------------------------------FONCTION DE RECUPERATION DES DONNEES SUR LES ESPECES--------------------------------- |
| private function ouvrirDossier() { |
| $this->supprimerPagesExistantes(); |
| $this->reinitialiserAutoIncrement('coste_pages'); |
| $this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples'); |
| $nomDossier = $this->getParametre('n'); |
| $tableaux = null; |
| if (file_exists($nomDossier) === true) { |
| if (is_dir($nomDossier)) { |
| if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) { |
| while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) { |
| if ( !is_dir($nomFichier) && preg_match('/e[0-9]{4}\.htm/', $nomFichier)) { |
| $nomFichier = $nomDossier.'/'.$nomFichier; |
| $this->traiterFichier($nomFichier); |
| } |
| } |
| closedir($dossierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable."); |
| } |
| $this->traiterInfo('Nombre d\'espèce : '.$this->nb_espece); |
| //$this->creerFichier('donneesEspeces.tsv', $this->donnees_espece, '/home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/'); |
| return $tableaux; |
| } |
| private function supprimerPagesExistantes() { |
| //suppression des tuples déjà existants |
| $requete = 'DELETE FROM coste_pages WHERE id > 35'; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| $requete = 'DELETE FROM coste_triples WHERE id > 1'; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| $requete = 'DELETE FROM coste_correspondance_bdnff '; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| $this->traiterInfo('Table coste_pages, coste_triple et coste_correspondance_bdnff ont été vidés :)'); |
| } |
| private function reinitialiserAutoIncrement($table) { |
| $requete_max_id = 'SELECT max(id) from '.$table; |
| $id_max = $this->bdd->recuperer($requete_max_id); |
| $id_max = $id_max['max(id)']; |
| $id_max = $id_max+1; |
| $requete_pages = 'ALTER TABLE '.$table.' AUTO_INCREMENT = '.$id_max; |
| $this->bdd->requeter($requete_pages); |
| } |
| private function traiterFichier($nomFichier) { |
| $donnees = $this->ouvrirFichier($nomFichier); |
| if ($donnees['ouvert'] == "oui") { |
| $donneesTag = $this->creerNomPage($donnees['tag']); |
| //on insère le triple titre dans coste_triples |
| $this->donnees_espece[] = $donneesTag; |
| $requetePage = 'INSERT INTO coste_pages (tag, time, body, latest) VALUES ("' |
| .$donneesTag['nomPage'].'", NOW(), "'.$donnees['texte'].'", "Y");'; |
| $requeteTriple = 'INSERT INTO coste_triples(resource, property, value) VALUES ' |
| .'("'.$donneesTag['nomPage'].'", "titre", "'.$donneesTag['titre'].'"),'; |
| //on insère les correspondances avec bdnff |
| $donneesCorr = $this->creerCorrespondance($donnees['correspondance']); |
| $requeteCorr = 'INSERT INTO coste_correspondance_bdnff VALUES ("' |
| .$donneesTag['id'].'", "'.$donneesCorr['num_nom'].'", "' |
| .$donneesCorr['num_tax'].'", "'.$donneesCorr['famille'].'", "'.$donneesCorr['nom_sci'].'");'; |
| $requete = $requetePage." ".rtrim($requeteTriple, ',')."; ".$requeteCorr; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| $this->nb_espece++; |
| $this->afficherAvancement("insertion espece"); |
| } |
| } |
| private function ouvrirFichier($nomFichier) { |
| $this->fichier = $nomFichier; |
| $donnees = null; |
| if (file_exists($nomFichier) === true && preg_match('/e[0-9]{4}.htm$/', $nomFichier)) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $donnees['ouvert'] = "oui"; |
| $i = 1; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| if ($i == 24) { |
| $donnees['tag'] = $this->traiterHtml($ligne); |
| } elseif ($i == 45) { |
| $donnees['texte'] = $this->traiterHtml($ligne, $au = true); |
| $this->donnees['texte'] = $this->traiterHtml($ligne); |
| } elseif ($i == 46 || $i == 47) { |
| $donnees['texte'] .= $this->traiterHtml($ligne); |
| } elseif ($i == 63 || preg_match('/Bdnff /ui', $ligne)) { |
| $donnees['correspondance'] = $this->traiterHtml($ligne); |
| } |
| $i++; |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable."); |
| } |
| return $donnees; |
| } |
| private function traiterHtml($donnees, $au = null) { |
| $donnees_traitees = strip_tags($donnees,'<B>,<I>'); |
| $donnees_traitees = html_entity_decode($donnees_traitees, ENT_NOQUOTES, 'UTF-8'); |
| $donnees_traitees = str_replace('<B>', '**', $donnees_traitees); |
| $donnees_traitees = str_replace('</B>', '**', $donnees_traitees); |
| $donnees_traitees = str_replace('<I>', '//', $donnees_traitees); |
| $donnees_traitees = str_replace('</I>', '//', $donnees_traitees); |
| $donnees_traitees = trim($donnees_traitees); |
| if ($au) { |
| $donnees_traitees = str_replace('­', '', $donnees_traitees); |
| } |
| return $donnees_traitees; |
| } |
| private function creerNomPage($tag) { |
| $partiesTag = explode(' - ', $tag); |
| preg_match('/(C.*)/', $tag, $titre); |
| $donnees['titre'] = $titre[0]; |
| list($num, $donnees['id']) = explode(' ', trim($partiesTag[0])); |
| list($num, $donnees['num_nom_coste'] ) = explode(' ', trim($partiesTag[0])); |
| $donnees['nom_sci'] = trim($partiesTag[1]); |
| $partiesNomSci = explode(' ', $donnees['nom_sci']); |
| list($numFamille, $donnees['famille']) = explode(', ', trim($partiesTag[2])); |
| list($num, $tomePage) = explode(',', trim($partiesTag[3])); |
| if (preg_match('/T(\d*)\.p(\d*)/', $tomePage, $match)){ |
| $donnees['tome'] = $match[1]; |
| $donnees['page'] = sprintf("%04d",$match[2]); |
| } |
| $donnees['nomPage'] = 'DscCoste1937T'.$donnees['tome'].'P'.$donnees['page'].implode(array_map('ucfirst',$partiesNomSci)); |
| if ($donnees['nomPage'] == 'DscCoste1937TP') echo 'MERDE!!!!!!!!!!!! à la page '.$this->fichier; |
| $partieNumTaxSupFamille = explode(',', $partiesTag[2]); |
| $partieNumTaxSupGenre = explode(',', $partiesTag[3]); |
| $donnees['num_tax_sup_genre'] = trim($partieNumTaxSupGenre[0]); |
| //on recupère les auteurs, synonymes et nom_vernaculaires |
| $this->recupererInfosComplementaires($donnees); |
| return $donnees; |
| } |
| private function recupererInfosComplementaires(&$donnees) { |
| $this->donnees['texte'] = str_replace('', '', $this->donnees['texte']); //on enlève un petit tiret présent entre la plupart des mots (non visible ici) |
| preg_match('/^ {0,1}[*]{2}([^*]+)[*]{2} ([^–(\/]+\.?)?\s*(?:[(]([^)]+)[)])?[ –.]*(?:[\/]{2}([^\/]+)\s*–\s*[\/]{2})?/', $this->donnees['texte'], $match2); |
| $annee = ''; |
| if ($match2 == array()) echo "donnees du fichier : $this->fichier"; |
| if (isset($match2[1]) && strrpos($match2[1], ' subsp. ') !== false) { |
| $donnees['nom_sci'] = preg_replace(array('/ All./', '/ L./','/^\s*[0-9]{4}[ –.]*/'), '', $match2[1]); |
| } |
| $auteur = (isset($match2[2])) ? $match2[2] : ''; |
| $synonyme = (isset($match2[3])) ? $match2[3] : ''; |
| $nom_verna = (isset($match2[4])) ? $match2[4] : ''; |
| if (preg_match('/^\s*[1-9]{4}\s*$/', $synonyme)) { |
| $annee = $synonyme; |
| $synonyme = ''; |
| } elseif (preg_match('/.*?([0-9]{4})/', $auteur, $annee_match) && !preg_match('/ in /', $annee_match[1])) { |
| $annee = $annee_match[1]; |
| $auteur = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $auteur); |
| } |
| $donnees['annee'] = $annee; |
| $donnees['auteur'] = $auteur; |
| $donnees['synonyme'] = $synonyme; |
| $donnees['nom_vernaculaire'] = $nom_verna; |
| $this->insererDansTableEspece($donnees); |
| } |
| private function insererDansTableEspece($donnees) { |
| $this->table_espece[$donnees['num_nom_coste']] = array( |
| 'tag' => $donnees['nomPage'], |
| 'num_nom_retenu_coste' => $donnees['num_nom_coste'], |
| 'num_nom_coste' => $donnees['num_nom_coste'], |
| 'num_tax_sup_genre' => $donnees['num_tax_sup_genre'], |
| 'rang' => 290, |
| 'nom_sci' => $donnees['nom_sci'], |
| 'auteur' => $donnees['auteur'], |
| 'nom_vernaculaire' => $donnees['nom_vernaculaire'], |
| 'nom_coste' => $donnees['nom_sci'], |
| 'tome' => $donnees['tome'], |
| 'annee' => $donnees['annee'], |
| 'synonyme' => $donnees['synonyme']); |
| } |
| private function creerCorrespondance($correspondance) { |
| $parties = explode('-', $correspondance); |
| if (isset($parties[1])) { |
| list($num, $donnees['num_nom']) = explode(' ', trim($parties[0])); |
| $donnees['nom_sci'] = trim($parties[1]); |
| $donnees['famille'] = trim($parties[2]); |
| list($num, $num_tax) = explode('=', trim($parties[3])); |
| $donnees['num_tax'] = ($num_tax == "") ? 'NULL' : $num_tax; |
| } else { |
| $donnees['num_nom'] = 'NULL'; |
| $donnees['nom_sci'] = 'NULL'; |
| $donnees['famille'] = 'NULL'; |
| $donnees['num_tax'] = 'NULL'; |
| } |
| return $donnees; |
| } |
| //---------------------------------------FONCTION DE CREATION DE LA TABLE COSTE------------------------------------------ |
| private function chargerIndexGpFG() { |
| $requete = 'SELECT * FROM coste_index_general '; |
| $resultat = $this->bdd->recupererTous($requete); |
| foreach ($resultat as $nom) { |
| $nom_coste = ($nom['nom_coste'] == '') ? $this->transliterer($nom['nom_sci']) : $this->transliterer($nom['nom_coste']); |
| $nom_sci = $this->transliterer($nom['nom_sci']); |
| $tome = $nom['tome']; |
| $page = $nom['page']; |
| $num_tax_sup_coste = $nom['num_tax_sup_coste']; |
| $num_nom_coste = $nom['num_nom_coste']; |
| $rang = $nom['rang']; |
| $this->indexGpFG[$num_nom_coste] = array('nom_sci' => $nom_sci, |
| 'rang' => $rang, |
| 'nom_coste' => $nom_coste, |
| 'num_nom_coste' => $num_nom_coste, |
| 'num_tax_sup_coste' => $num_tax_sup_coste, |
| 'tome' => $tome, |
| 'page' => $page); |
| } |
| } |
| private function transliterer($txt) { |
| $txt = ucwords(strtolower(Chaine::supprimerAccents($txt))); |
| return trim($txt); |
| } |
| private function integrerSynonyme() { |
| foreach ($this->table_espece as $num_nom_coste => $donnees) { |
| $et = false; //cas où on a "syno et syno L." |
| $auteur = ''; |
| $genre_syn = ''; |
| if ($donnees['synonyme'] != '') { |
| $donnees['synonyme'] = preg_replace(array('/^t\s{1}/','/^et\s{1}/', '/^avec /', '/, etc\.$/', '/\//', '//'), '', $donnees['synonyme']); |
| if (strrpos($donnees['synonyme'], ';') === false |
| && preg_match('/^[A-Z][^ ]+ [^ ]+(?: ([^,;]+))?\s*[.]?(et|,)[ ]?[A-Z]{1}[^ on,]+ [^., ]+[ ]+(?:.*)?$/', $donnees['synonyme'], $ponctu)) { |
| if ($ponctu[2] == 'et') { |
| $synonymes = array_reverse(explode($ponctu[2], $donnees['synonyme'])); |
| $et = true; |
| } else { |
| $synonymes = explode($ponctu[2], $donnees['synonyme']); |
| } |
| } else { |
| $synonymes = explode(';', $donnees['synonyme']); |
| } |
| $num_syn = 0; //on numerote les synonyme avec comme num_nom_coste : num_nom_coste du retenu + ".1", ".2" , ... |
| foreach ($synonymes as $nom_syn) { |
| $annee = ''; |
| $notes = $this->recupererLesNotesDesSynonymes($nom_syn); |
| $this->recupererAnneeSynonyme($nom_syn, $annee); |
| if (preg_match('/^\s*([^ ]*) ([^ ]*)( (?:VAR\.|v\.) [^ ]+)?(?: (.*))?$/', $nom_syn, $match)) { |
| $num_syn++; |
| $nom_sci = $this->recupererNomSciComplet($match, $donnees, $num_syn, $genre_syn); |
| $auteur_syn = $this->recupererAuteurSyn($match, $auteur, $et); |
| $this->ajouterSynonymeALaTableEspece($donnees, $nom_sci, $auteur_syn, $annee, $notes, $num_syn); |
| } else { |
| $this->traiterErreur('Synonyme '.$nom_syn.' non reconnu par l\'expression régulière '); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| } |
| private function recupererNomSciComplet(&$match, &$donnees, &$num_syn, &$genre_syn) { |
| //on récupère le nom complet du genre dans les cas ou le genre est noté : A. |
| //Attention à l'ex suivant : D. THUILLIERI G. G. ; AIRA SETACEA Huds.; A. DISCOLOR Thuil.; A. ULIGINOSA Weihe |
| if ($num_syn == 1 && preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) { |
| preg_match('/\s*([^ ]+) .+$/', $donnees['nom_sci'], $nom_genre); |
| $match[1] = $nom_genre[1]; |
| $genre_syn = $nom_genre[1]; |
| } elseif (!preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) { |
| $genre_syn = $match[1]; |
| } elseif ($num_syn != 1 && preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) { |
| $match[1] = $genre_syn; |
| } |
| if (isset($match[3])) { |
| $nom_sci = ucfirst(strtolower($match[1].' '.$match[2].str_replace('v. ', 'var. ', $match[3]))); |
| } else { |
| $nom_sci = ucfirst(strtolower($match[1].' '.$match[2])); |
| } |
| return $nom_sci; |
| } |
| private function recupererAnneeSynonyme(&$nom_syn, &$annee) { |
| if (preg_match('/ ([0-9]{4})\s*/', $nom_syn, $annee_match)) { |
| $annee = $annee_match[1]; |
| } |
| } |
| private function recupererAuteurSyn(&$match, &$auteur, &$et) { |
| //on recupere l'auteur ds une variable ds le cas ou : R. machin et R. truc auteur. |
| if (isset($match[4]) && $match[4] != '' && $et) { |
| $auteur = $match[4]; |
| } |
| $auteur_syn = $auteur; |
| if (isset($match[3]) && !$et) { |
| $auteur_syn = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $match[4]); |
| } elseif ($auteur != '' && $et) { |
| $auteur_syn = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $auteur); |
| } |
| return $auteur_syn; |
| } |
| public function recupererLesNotesDesSynonymes(&$nom_syn) { |
| // on recupère les notes |
| if (preg_match('/^(ompr.|incl.) (.*)/i', $nom_syn, $note_abbr)) { |
| $notes = ($note_abbr[1] == 'ompr.') ? 'compr.' : 'incl.'; |
| $nom_syn = $note_abbr[2]; |
| } else { |
| $notes = ''; |
| } |
| return $notes; |
| } |
| public function ajouterSynonymeALaTableEspece($donnees, $nom_sci, $auteur_syn, $annee, $notes, $num_syn) { |
| $num_nom_coste_syn = $donnees['num_nom_coste'].'.'.$num_syn; |
| $this->table_espece[$num_nom_coste_syn] = array( |
| 'num_nom_coste' => $donnees['num_nom_coste'].'.'.$num_syn, |
| 'num_nom_retenu_coste' => $donnees['num_nom_coste'], |
| 'num_tax_sup_genre' => $donnees['num_tax_sup_genre'], |
| 'rang' => 290, |
| 'nom_sci' => $nom_sci, |
| 'auteur' => $auteur_syn, |
| 'nom_vernaculaire' => '', |
| 'nom_coste' => $nom_sci, |
| 'tome' => $donnees['tome'], |
| 'annee' => $annee, |
| 'flore_bdnff_num' => '', |
| 'flore_bdnff_nom_sci' => '', |
| 'notes' => $notes); |
| } |
| private function recupererDonneesBdnff() { |
| $req = "SELECT * FROM coste_correspondance_bdnff"; |
| $res = $this->bdd->recupererTous($req); |
| $total = 0; |
| if ($res) { |
| foreach ($res as $espece_bdnff) { |
| $num_nom_coste = $espece_bdnff['id']; |
| if (isset($this->table_espece[$num_nom_coste])) { |
| $this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_num'] = $espece_bdnff['num_nom']; |
| $this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_num_tax'] = $espece_bdnff['num_tax']; |
| $this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_nom_sci'] = $espece_bdnff['nom_sci']; |
| $total++; |
| } else { |
| $e = "Le num_nom_coste $num_nom_coste de la table de correspondance bdnff n'exsite pas dans la table donneesEspece "; |
| $this->traiterErreur($e); |
| } |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur('recupererDonneesBdnff() : mauvaise requete'); |
| } |
| if ($total != 0) { |
| $this->traiterInfo('Donnees de la bdnff recuperées pour les especes. Total bdnff = '.$total.'\n'); |
| } |
| } |
| private function genererNumNom() { |
| $this->table_num_nom = array(); |
| $num_nom = 1; |
| foreach($this->indexGpFG as $donneesCle) { |
| $this->table_num_nom[$num_nom] = $donneesCle['num_nom_coste']; |
| $this->indexGpFG[$donneesCle['num_nom_coste']]['num_nom'] = $num_nom; |
| $num_nom++; |
| if (preg_match('/^G[0-9]+/',$donneesCle['num_nom_coste'])) { |
| foreach ($this->table_espece as $donneesEspece) { |
| if ($donneesEspece['num_tax_sup_genre'] == $donneesCle['num_nom_coste']) { |
| $this->table_num_nom[$num_nom] = $donneesEspece['num_nom_coste']; |
| $this->table_espece[$donneesEspece['num_nom_coste']]['num_nom'] = $num_nom; |
| $num_nom++; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| if ($this->table_num_nom != array()) $this->traiterInfo('Num_nom generer. Total num_nom = '.count($this->table_num_nom)); |
| else $this->traiterErreur( 'erreur dans la génération des num_nom\n'); |
| } |
| private function insererNumNomDansTriples() { |
| $table_triples = array(); |
| foreach ($this->table_espece as $num_nom_coste => $donnees) { |
| if (isset($donnees['synonyme'])) { |
| $table_triples[] = array('resource' => $donnees['tag'], 'property' => 'num_nom', 'value' => $donnees['num_nom']); |
| } |
| } |
| $this->suppressionTriplesExistants(); |
| $this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples'); |
| //insertion des triples num_nom en une seule requete |
| foreach ($table_triples as $triple) { |
| $resource = $this->bdd->proteger($triple['resource']); |
| $property = $this->bdd->proteger($triple['property']); |
| $value = $this->bdd->proteger($triple['value']); |
| $requete = "INSERT INTO coste_triples (resource, property, value) VALUES ($resource,$property ,$value)"; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if ($res) { |
| $this->afficherAvancement('Insertion des triples existants'); |
| } else { |
| $this->afficherAvancement('Erreur de insertion des triples existants'); |
| } |
| } |
| } |
| private function suppressionTriplesExistants() { |
| $requete = 'DELETE FROM coste_triples '. |
| 'WHERE property = "num_nom"'. |
| 'AND resource IN ("'.implode(array_keys($this->table_espece), '","').'")'; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if ($res == '') { |
| $this->traiterErreur('Suppression des triples existants : aucun existant'); |
| } elseif ($res) { |
| $this->traiterInfo('Suppression des triples existants'); |
| } else { |
| $this->traiterErreur('Erreur de suppression des triples existants'); |
| } |
| } |
| private function creerTableCoste() { |
| $this->insererGpFG(); |
| $this->insererEspeces(); |
| ksort($this->table_projet); |
| } |
| private function insererGpFG() { |
| $total = 0; |
| foreach ($this->indexGpFG as $donneesGpFG) { |
| $num_nom = $donneesGpFG['num_nom']; |
| $num_nom_retenu = $donneesGpFG['num_nom']; |
| $num_tax_sup = array_search($donneesGpFG['num_tax_sup_coste'], $this->table_num_nom); |
| $annee = ''; |
| $nom_sci = $donneesGpFG['nom_sci']; |
| $rang = $donneesGpFG['rang']; |
| $nom_coste = $donneesGpFG['nom_coste']; |
| $num_nom_coste = $donneesGpFG['num_nom_coste']; |
| $tome = $donneesGpFG['tome']; |
| $page = $donneesGpFG['page']; |
| $genre = ''; |
| $nom_supra_generique = ''; |
| if ($rang != '220') { |
| $nom_supra_generique = $nom_sci; |
| } else { |
| $genre = $nom_sci; |
| } |
| $this->table_projet[$num_nom] = array( |
| 'num_nom_retenu' => $num_nom_retenu, |
| 'num_tax_sup' => $num_tax_sup, |
| 'rang' => $rang, |
| 'nom_sci' => $nom_sci, |
| 'nom_supra_generique' => $nom_supra_generique, |
| 'genre' => $genre, |
| 'epithete_infra_generique' => '', |
| 'epithete_sp' => '', |
| 'type_epithete' => '', |
| 'epithete_infra_sp' => '', |
| 'cultivar_groupe' => '', |
| 'cultivar' => '', |
| 'nom_commercial' => '', |
| 'auteur' => '', |
| 'annee' => '', |
| 'biblio_origine' => '', |
| 'notes' => '', |
| 'nom_adenddum' => '', |
| 'basionyme' => '', |
| 'nom_francais' => '', |
| 'nom_coste' => $nom_coste, |
| 'num_nom_coste' => $num_nom_coste, |
| 'tome' => $tome, |
| 'page' => $page, |
| 'flore_bdnff_num' => '', |
| 'flore_bdnff_nom_sci' => '', |
| 'nom_sci_html' => '' |
| ); |
| $total++; |
| } |
| $this->traiterInfo('Donnees ajoutées à la table pour les groupes, familles et genres. Total donnees = '.$total.'\n'); |
| } |
| private function insererEspeces() { |
| $total = 0; |
| foreach ($this->table_espece as $donnees) { |
| $num_nom = $donnees['num_nom']; |
| if (isset($donnees['num_nom_retenu_coste'])) { |
| $num_nom_retenu = array_search($donnees['num_nom_retenu_coste'], $this->table_num_nom); //on recupere le num_nom à partir du num_nom_coste |
| } else { |
| $num_nom_retenu = $donnees['num_nom']; |
| } |
| $num_tax_sup = array_search($donnees['num_tax_sup_genre'], $this->table_num_nom); //on recupere le num_nom à partir du num_nom_coste |
| $nom_sci = $donnees['nom_sci']; |
| $rang = $donnees['rang']; |
| $nom_coste = $donnees['nom_coste']; |
| $num_nom_coste = (preg_match('/^([0-9]+)(?:\.[0-9]{1})?$/', $donnees['num_nom_coste'], $match)) ? $match[1] : $donnees['num_nom_coste']; |
| $tome = $donnees['tome']; |
| $auteur = $donnees['auteur']; |
| $annee = $donnees['annee']; |
| //$synonyme = $donnees['synonyme']; |
| $nom_verna = $donnees['nom_vernaculaire']; |
| $flore_bdnff_num = $donnees['flore_bdnff_num']; |
| $flore_bdnff_nom_sci = $donnees['flore_bdnff_nom_sci']; |
| $notes = (isset($donnees['notes'])) ? $donnees['notes'] : ''; |
| $genre = ''; |
| $epithete_sp = ''; |
| $type_epithete = ''; |
| $epithete_infra_sp = ''; |
| $biblio_origine = ''; |
| if ($num_nom_coste == '1988') $auteur = 'Coste'; |
| $this->traiterTypeEpithete($type_epithete, $nom_sci, $genre, $epithete_sp, $epithete_infra_sp); |
| $this->traiterRefBiblio($auteur, $biblio_origine, $num_nom_coste); |
| $this->table_projet[$num_nom] = array( |
| 'num_nom_retenu' => $num_nom_retenu, |
| 'num_tax_sup' => $num_tax_sup, |
| 'rang' => $rang, |
| 'nom_sci' => $nom_sci, |
| 'nom_supra_generique' => '', |
| 'genre' => $genre, |
| 'epithete_infra_generique' => '', |
| 'epithete_sp' => $epithete_sp, |
| 'type_epithete' => $type_epithete, |
| 'epithete_infra_sp' => $epithete_infra_sp, |
| 'cultivar_groupe' => '', |
| 'cultivar' => '', |
| 'nom_commercial' => '', |
| 'auteur' => $auteur, |
| 'annee' => $annee, |
| 'biblio_origine' => $biblio_origine, |
| 'notes' => $notes, |
| 'nom_adenddum' => '', |
| 'basionyme' => '', |
| 'nom_francais' => $nom_verna, |
| 'nom_coste' => $nom_coste, |
| 'num_nom_coste' => $num_nom_coste, |
| 'tome' => $tome, |
| 'page' => null, |
| 'flore_bdnff_num' => $flore_bdnff_num, |
| 'flore_bdnff_nom_sci' => $flore_bdnff_nom_sci, |
| 'nom_sci_html' => '' |
| ); |
| $total++; |
| } |
| $this->traiterInfo('Donnees ajoutées à la table pour les especes. Total donnees = '.$total.'\n'); |
| } |
| private function traiterRefBiblio(&$auteur, &$biblio_origine, $num_nom_coste) { |
| if (preg_match('/^(.+)\s*(in .+)$/i', $auteur, $match)) { |
| if (isset($match[2]) && !empty($match[2]) && isset($match[1]) && !empty($match[1])) { |
| $auteur = rtrim($match[1], ' ,'); |
| $biblio_origine = $match[2]; |
| } |
| } elseif (preg_match('/^[^,]+\s*,\s*(.+)$/', $auteur, $match2)) { |
| if (!preg_match('/^\s*non /i', $match2[1]) && !preg_match('/\s*et /i', $match2[1])) { |
| if (isset($match2) && !empty($match2)) { |
| //affichage pour vérfier qu"aucun n'a été oublié |
| //echo $num_nom_coste; |
| //print_r($match2); |
| } |
| } |
| } elseif (preg_match('/^(.+) (Sp[.].*)$/', $auteur, $match3)) { |
| if (isset($match3) && !empty($match3)) { |
| $auteur = rtrim($match3[1], ', '); |
| $biblio_origine = $match3[2]; |
| } |
| } |
| } |
| private function traiterTypeEpithete(&$type_epithete, &$nom_sci, &$genre, &$epithete_sp, &$epithete_infra_sp) { |
| if (preg_match('/^([^ ]+) ([^ ]+)(?: ([^ ]+\.) ([^ ]+))?$/', $nom_sci, $match)) { |
| $genre = $match[1]; |
| $epithete_sp = $match[2]; |
| if (isset($match[3])) { |
| $type_epithete = $match[3]; |
| //$this->traiterErreur('Nom : '.$nom_sci); |
| } |
| if (isset($match[4])) $epithete_infra_sp = $match[4]; |
| } else { |
| $this->traiterErreur('Erreur pr récupérer la nomenclature pr le nom_sci : '.$nom_sci); |
| } |
| } |
| private function insererTableProjetCoste() { |
| $this->supprimerTableExistante(); |
| $this->creerTableCosteSQL(); |
| $total = 0; |
| foreach ($this->table_projet as $num_nom => $donnees) { |
| foreach ($donnees as $key => $donn) { |
| if (!in_array($key, array('rang', 'annee', 'tome', 'page'))) { |
| if ($donn == 'NULL') $donn = ''; |
| $donnees_2[$key] = $this->bdd->proteger($donn); |
| } else { |
| if ($donn == '') $donn = 'null'; |
| $donnees_2[$key] = $donn; |
| } |
| } |
| $req = 'INSERT INTO coste_v0_2 values ('.$num_nom.', '.implode(', ', $donnees_2).')'; |
| $res = $this->bdd->requeter($req); |
| if ($res) { |
| $this->afficherAvancement('Insertion des noms dans Coste'); |
| } else { |
| $this->afficherAvancement('Erreur d\'insertion des noms dans coste'); |
| } |
| } |
| } |
| private function supprimerTableExistante() { |
| $req = 'DROP TABLE coste_v0_2'; |
| $res = $this->bdd->requeter($req); |
| if ($res) { |
| $this->traiterInfo('La table coste a été supprimer'); |
| } |
| } |
| private function creerTableCosteSQL() { |
| $requete = 'CREATE TABLE IF NOT EXISTS coste_v0_2 ( |
| num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT 0, |
| num_nom_retenu varchar(9) DEFAULT NULL, |
| num_tax_sup varchar(9) DEFAULT NULL, |
| rang int(3), |
| nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| nom_supra_generique varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| genre varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| epithete_infra_generique varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| epithete_sp varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| type_epithete varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| epithete_infra_sp varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| cultivar_groupe varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| cultivar varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| nom_commercial varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| auteur varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| annee int(4) DEFAULT NULL, |
| biblio_origine varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "", |
| notes varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "", |
| nom_addendum varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "", |
| basionyme varchar(9) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "", |
| nom_francais text CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| nom_coste varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| num_nom_coste varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "", |
| tome int(1) DEFAULT NULL, |
| page int(4) DEFAULT NULL, |
| flore_bdnff_num varchar(9) DEFAULT NULL, |
| flore_bdnff_nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL, |
| nom_sci_html varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL, |
| PRIMARY KEY (num_nom) |
| ) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8'; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if ($res) { |
| $this->traiterInfo('La table coste a été crée'); |
| } else { |
| $this->traiterErreur('Probleme : la table coste n\'a pas été créée'); |
| } |
| } |
| private function creerFichier($fichier, $tab, $chemin = null) { |
| if (!$chemin) { |
| $chemin = Config::get('chemin_test'); |
| } |
| $intitule = ''; |
| $nom_fichier = fopen($chemin.$fichier, 'w+'); |
| foreach ($tab as $key => $val) { |
| foreach ($val as $k => $v) { |
| $intitule .= $k."\t"; |
| } |
| fwrite($nom_fichier, trim($intitule)."\n"); |
| break; |
| } |
| foreach ($tab as $key => $val) { |
| fwrite($nom_fichier, implode("\t", $val)."\n"); |
| } |
| fclose($nom_fichier); |
| } |
| } |
| ?> |
| /trunk/scripts/modules/nvjfl/Nvjfl.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,52 |
| <?php |
| /** Exemple lancement: |
| * /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/nripts/cli.php nvjfl -a indexer -f /home/delphine/Documents/nvjfl_version_2007-10-29/NomsVernaculaires-2007-10-29/NomsVernaculaires-2007-10-29.csv |
| * Options : |
| * -f : indiquer le chemin du fichier à analyser |
| */ |
| class Nvjfl extends Script { |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-f' => array(true, null, 'Chemin du fichier à analyser')); |
| public function executer() { |
| // Lancement de l'action demandée |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'indexer' : |
| $this->indexer(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| private function indexer() { |
| // créer un index pour un nom identique la clé primaire est composée de cet index + num_taxon + langue |
| $nomFichier = $this->getParametre('f'); |
| if ($nomFichier) { |
| if (file_exists($nomFichier) === true) { |
| if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| $nom_precedent = ''; |
| $index = 0; |
| while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) { |
| $champs = explode(';', $ligne); |
| if ($champs[3] != $nom_precedent) { |
| $index ++; |
| $nom_precedent = $champs[3]; |
| } |
| $champs[0] = $index; |
| $this->bdd->requeter('INSERT INTO '.Config::get('bdd_table').' VALUES ('.implode(', ',$champs).');'); |
| } |
| fclose($fichierOuvert); |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert."); |
| } |
| } else { |
| $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable."); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| ?> |
| /trunk/scripts/modules/chorodep/Chorodep.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,471 |
| <?php |
| class Chorodep extends Script { |
| protected $nbre_dep = 0; |
| private $type_donnee = ''; |
| protected $aso_num_nomenc = array(); |
| protected $nbre_ligne = 0; |
| protected $nbre_plte_presente = 0; |
| protected $nbre_plte_a_confirmer = 0; |
| protected $nbre_plte_douteux = 0; |
| protected $nbre_plte_erreur = 0; |
| protected $nbre_plte_disparue = 0; |
| protected $nc_autres_valeur_champ = 0; |
| protected $aso_totaux_dep = array(); |
| public function __construct($cmd, $parametres = array()) { |
| parent::__construct($cmd, $parametres); |
| $this->fichier_verif = './chorodep_verif.html'; |
| } |
| public function executer() { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'verifier-donnees' : |
| $this->initialiserTraitement(); |
| $this->verifierDonnees(); |
| break; |
| default : |
| echo 'Erreur : la commande "'.$cmd.'" n\'existe pas!'."\n"; |
| } |
| } |
| private function initialiserTableaux($dep) { |
| //$departements = new ZgFrDepartements(); |
| //$dep = $departements->get(); |
| //$a = array(); |
| foreach ($dep as $code_dep) { |
| if ( preg_match('/^\d{2}$/', $code_dep) ) { |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['plte_presente'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['plte_a_confirmer'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['plte_douteux'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['plte_erreur'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['plte_disparue'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['autres_valeur_champ'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['nc_plte_presente'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['nc_plte_a_confirmer'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['nc_plte_douteux'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['nc_plte_erreur'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['nc_plte_disparue'] = 0; |
| $this->aso_totaux_dep[$code_dep]['nc_autres_valeur_champ'] = 0; |
| } |
| } |
| } |
| private function initialiserTraitement() { |
| //------------------------------------------------------------------------------------------------------------// |
| // Récupération des informations à vérifier |
| $requete = 'SELECT * '. |
| 'FROM chorodep '; |
| $taxons = $this->bdd->recupererTous($requete); |
| $tax_col = $taxons[1]; |
| $col = array_keys($tax_col); |
| $this->initialiserTableaux($col); |
| //------------------------------------------------------------------------------------------------------------// |
| // Analyse des données |
| echo 'Traitement de la ligne n° :'; |
| $i = 0; |
| $j = 0; |
| $aso_departements_analyses = array(); |
| $this->nbre_ligne_avec_guillemet = 0; |
| foreach ($taxons as $aso_champs) { |
| $nom = $aso_champs['nom_sci']; |
| $num_taxo = $aso_champs['num_tax']; |
| $num_nomenc = $aso_champs['num_nom']; |
| if ($num_nomenc == 'nc') { |
| $this->nc_nbre_nom++; |
| } else if ($num_nomenc != 'nc') { |
| $this->nbre_nom++; |
| // Vérification de la nom duplication des numéros nomenclaturaux |
| if ( !array_key_exists($num_nomenc, (array) $this->aso_num_nomenc) ) { |
| $this->aso_num_nomenc[$num_nomenc]['compteur'] = 1; |
| $this->aso_num_nomenc[$num_nomenc]['ligne'] = ($this->nbre_ligne+1); |
| } else { |
| $this->aso_num_nomenc[$num_nomenc]['compteur']++; |
| $this->aso_num_nomenc[$num_nomenc]['ligne'] .= ' - '.($this->nbre_ligne+1); |
| } |
| } |
| foreach ($aso_champs as $cle => $val ) {# Pour chaque département du taxon, on regarde la valeur |
| $this->nbre_ligne_avec_guillemet += preg_match('/"/', $val); |
| if ( preg_match('/^\d{2}$/', $cle) ) {# Nous vérifions que le nom du champs comprend bien le numéro du département entre () |
| $nd = $cle;# Numéro du département |
| // Nous comptons le nombre de département en base de données |
| if (!isset($aso_departements_analyses[$nd])) { |
| $this->nbre_dep_analyse++; |
| $aso_departements_analyses[$nd] = $nd; |
| } |
| if ( $num_nomenc != 'nc' && isset($val) && $val != '') {# Si le taxon n'est pas abscent du département |
| if ($val == '1') {# Présent |
| // Calcul du nombre de plante ayant un statut "Présent" |
| $this->nbre_plte_presente++; |
| // Stockage par département du nombre de plante ayant un statut "Présent" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['plte_presente']++; |
| // Stockage des informations |
| $this->tab_choro_dep[$j] = array(ZgFrDepartements::getIdChaine($nd), $num_taxo, $num_nomenc, 3, $this->id_donnee_choro++); |
| } else if ($val == '1?') {# Présence à confirmer |
| // Calcul du nombre de plante ayant un statut "Présence à confirmer" |
| $this->nbre_plte_a_confirmer++; |
| // Stockage par département du nombre de plante ayant un statut "Présence à confirmer" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['plte_a_confirmer']++; |
| // Stockage des informations |
| $this->tab_choro_dep[$j] = array(ZgFrDepartements::getIdChaine($nd), $num_taxo, $num_nomenc, 4, $this->id_donnee_choro++); |
| } else if (preg_match('/^\s*(?:\?)\s*$/', $val)) {# Douteux |
| // Calcul du nombre de plante ayant un statut "Disparu ou douteux" |
| $this->nbre_plte_douteux++; |
| // Stockage par département du nombre de plante ayant un statut "Douteux" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['plte_douteux']++; |
| // Stockage des informations |
| $this->tab_choro_dep[$j] = array(ZgFrDepartements::getIdChaine($nd), $num_taxo, $num_nomenc, 5, $this->id_donnee_choro++); |
| if (preg_match('/(?: \?|\? | \? )/', $val)) {# Douteux |
| // Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas tout à fait conforme à "?". |
| $this->autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } elseif (preg_match('/^\s*(?:#)\s*$/', $val)) {# Erreur |
| # Calcul du nombre de plante ayant un statut "Erreur" |
| $this->nbre_plte_erreur++; |
| # Stockage par département du nombre de plante ayant un statut "Erreur" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['plte_erreur']++; |
| # Stockage des informations |
| $this->tab_choro_dep[$j] = array(ZgFrDepartements::getIdChaine($nd), $num_taxo, $num_nomenc, 6, $this->id_donnee_choro++); |
| if (preg_match('/(?: #|# | # )/', $val)) {# Erreur avec espace |
| # Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas tout à fait conforme à "#". |
| $autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } elseif (preg_match('/^\s*(?:-\|-)\s*$/', $val)) {# Disparu |
| # Calcul du nombre de plante ayant un statut "Disparu" |
| $this->nbre_plte_disparue++; |
| # Stockage par département du nombre de plante ayant un statut "Disparu" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['plte_disparue']++; |
| # Stockage des informations |
| $this->tab_choro_dep[$j] = array(ZgFrDepartements::getIdChaine($nd), $num_taxo, $num_nomenc, 6, $this->id_donnee_choro++); |
| if (preg_match('/(?: -\|-|-\|- | -\|- )/', $val)) {# Disparu avec espace |
| # Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas tout à fait conforme à "-|-". |
| $autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } else { |
| // Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas conforme. |
| $this->autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| $j++; |
| } else if (isset($val) && $val != '') { |
| if ($val == '1') {# Présent |
| // Calcul du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Présent" |
| $this->nc_nbre_plte_presente++; |
| // Stockage par département du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Présent" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['nc_plte_presente']++; |
| } elseif ($val == '1?') {# Présence à confirmer |
| // Calcul du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Présence à confirmer" |
| $this->nc_nbre_plte_a_confirmer++; |
| // Stockage par département du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Présence à confirmer" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['nc_plte_a_confirmer']++; |
| } elseif (preg_match('/^(?:\?| \?|\? | \?)$/', $val)) {# Douteux |
| // Calcul du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Douteux" |
| $this->nc_nbre_plte_douteux++; |
| // Stockage par département du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Douteux" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['nc_plte_douteux']++; |
| if (preg_match('/(?: \?|\? | \? )/', $val)) {# Douteux |
| // Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas tout à fait conforme à "?". |
| $this->nc_autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } elseif (preg_match('/^(?:#| #|# | # )$/', $val)) {# Erreur |
| # Calcul du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Erreur" |
| $this->nc_nbre_plte_erreur++; |
| # Stockage par département du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Erreur" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['nc_plte_erreur']++; |
| if (preg_match('/(?: #|# | # )/', $val)) {# Erreur avec espace |
| # Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas tout à fait conforme à "#". |
| $nc_autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } elseif (preg_match('/^\s*(?:-\|-)\s*$/', $val)) {# Disparu |
| # Calcul du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Disparu" |
| $this->nc_nbre_plte_disparue++; |
| # Stockage par département du nombre de plante 'nc' ayant un statut "Disparu" |
| $this->aso_totaux_dep[$nd]['nc_plte_disparue']++; |
| if (preg_match('/(?: -\|-|-\|- | -\|- )/', $val)) {# Disparu avec espace |
| # Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas tout à fait conforme à "-|-". |
| $nc_autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } else { |
| // Ajout de la valeur dans une variable car elle n'est pas conforme. |
| $this->nc_autres_valeur_champ .= '<'.$val.'> '.'(Ligne n°: '.($this->nbre_ligne+2). |
| ' - N° nomenclatural: '.$num_nomenc.' - N° département: '.$nd.')<br />'; |
| } |
| } |
| // Affichage dans la console du numéro de l'enregistrement analysé. |
| //echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++; |
| } |
| }// fin du foreach |
| // Affichage dans la console du numéro de l'enregistrement analysé. |
| echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $this->nbre_ligne ) + 1 ))."\t".$this->nbre_ligne++; |
| } |
| echo "\n"; |
| } |
| private function verifierDonnees() |
| { |
| // Ouverture du fichier contenant les résultats (sortie) |
| if (!$handle = fopen($this->fichier_verif, 'w')) { |
| echo "Impossible d'ouvrir le fichier ($this->fichier_verif)"; |
| exit; |
| } |
| // Création de la page |
| $page = '<html>'."\n"; |
| $page .= '<head>'."\n"; |
| $page .= '<title>RESULTAT DE LA VERIFICATION DU FICHIER TABULE DE LA CHOROLOGIE</title>'."\n"; |
| $page .= '</head>'."\n"; |
| $page .= '<body>'."\n"; |
| $page .= '<h1>RESULTAT DE LA VERIFICATION DU FICHIER TABULE DE LA CHOROLOGIE</h1>'."\n"; |
| $page .= '<hr/>'."\n"; |
| $page .= '<p>'. |
| 'Adresse fichier analysé : '.'<br />'."\n". |
| '</p>'."\n"; |
| $page .= '<hr/>'."\n"; |
| $page .= '<h2>RESULTATS PROGRAMME DE VERIFICATION</h2>'."\n"; |
| $page .= '<p>'. |
| 'Nom du programme générant ce fichier : '.__FILE__.'<br />'."\n". |
| 'Nombre de lignes analysées : '.$this->nbre_ligne.'<br />'."\n". |
| 'Nbre de départements analysés : '.$this->nbre_dep_analyse.'<br />'."\n". |
| 'Date d\'exécution du programme : '.date('m.d.Y').'<br />'."\n". |
| '</p>'."\n"; |
| $page .= '<hr/>'."\n"; |
| $page .= '<h2>RESULTATS ANALYSE CHOROLOGIE</h2>'."\n"; |
| $page .= '<p>'. |
| 'Nombre de nom "nc" : '.$this->nc_nbre_nom.'<br />'."\n". |
| 'Nombre de nom : '.$this->nbre_nom.'<br />'."\n". |
| 'Valeurs autres que 1, 1?, ?, # et -|- : '.$this->autres_valeur_champ.'<br />'."\n". |
| 'Valeurs autres que 1, 1?, ?, # et -|- pour les plantes nc : <br />'."\n".$this->nc_autres_valeur_champ.'</br>'."\n". |
| '</p>'."\n"; |
| $page .= '<hr/>'."\n"; |
| $page .= '<h2>RESULTATS ANALYSE des CHAMPS</h2>'."\n"; |
| $page .= '<p>'. |
| 'Nombre de guillemets antislashés: '.$this->nbre_ligne_avec_guillemet.'<br />'."\n". |
| '</p>'."\n"; |
| $page .= '<hr/>'."\n"; |
| $page .= '<h2>TABLEAUX</h2>'."\n"; |
| // Tableau des numéros nomenclaturaux dupliqués |
| $table = '<table><thead><tr><th colspan="3">Tableau des numéros nomenclaturaux dupliqués </th></tr>'; |
| $table .= '<tr><th>Numéro nomenclatural</th><th>Nbre d\'itération</th><th>Lignes</th></tr></thead>'; |
| $afficher_tab_num_duplique = 0; |
| ksort($this->aso_num_nomenc); |
| $table .= '<tbody style="text-align: center;">'; |
| foreach ($this->aso_num_nomenc as $cle_nomenc => $val ) { |
| $ligne = '<tr><td>'.$cle_nomenc.'</td><td>'.$val['compteur'].'</td><td>'.$val['ligne'].'</td></tr>'; |
| if ($val['compteur'] > 1) { |
| $table .= $ligne; |
| $afficher_tab_num_duplique = 1; |
| } |
| } |
| if ( $afficher_tab_num_duplique == 1 ) { |
| $page .= $table.'</tbody></table>'; |
| } |
| // Tableau des résultats par départements |
| $table = '<table><thead><tr><th colspan="12">Tableau des résulats par départements</th></tr>'; |
| $table .= '<tr><th>Département</th><th>Nbre pltes présentes</th><th>Nbre pltes à confirmer</th>'. |
| '<th>Nbre pltes douteuses</th><th>Nbre pltes disparues</th><th>Nbre pltes erreur</th>'. |
| '<th>Total</th><th>Nbre pltes nc présentes</th><th>Nbre pltes nc à confirmer</th>'. |
| '<th>Nbre nc pltes douteuses</th><th>Nbre nc pltes disparues</th><th>Nbre nc pltes erreur</th></tr></thead>'; |
| $table .= '<tbody style="text-align: center;">'; |
| ksort($this->aso_totaux_dep); |
| foreach ($this->aso_totaux_dep as $cle_dep => $val ) { |
| $plt_total = $val{'plte_presente'} + $val{'plte_a_confirmer'} + $val{'plte_douteux'} + $val{'plte_disparue'} + $val{'plte_erreur'}; |
| $table .= '<tr><td>'.ZgFrDepartements::getNom($cle_dep).' ('.ZgFrDepartements::getIdChaine($cle_dep).') </td>'. |
| '<td>'.$val{'plte_presente'}.'</td><td>'.$val{'plte_a_confirmer'}.'</td><td>'.$val{'plte_douteux'}.'</td>'. |
| '<td>'.$val{'plte_disparue'}.'</td><td>'.$val{'plte_erreur'}.'</td><td>'.$plt_total.'</td>'. |
| '<td>'.$val{'nc_plte_presente'}.'</td><td>'.$val{'nc_plte_a_confirmer'}.'</td><td>'.$val{'nc_plte_douteux'}.'</td>'. |
| '<td>'.$val{'nc_plte_disparue'}.'</td><td>'.$val{'nc_plte_erreur'}.'</td></tr>'; |
| } |
| $table .= '<tr><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td>'. |
| '<td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td></tr>'; |
| $plt_total = $this->nbre_plte_presente + $this->nbre_plte_a_confirmer + $this->nbre_plte_douteux + $this->nbre_plte_disparue + $this->nbre_plte_erreur; |
| $table .= '<tr><td>Totaux : '.$this->nbre_dep_analyse.' départements</td><td>'.$this->nbre_plte_presente.'</td>'. |
| '<td>'.$this->nbre_plte_a_confirmer.'</td><td>'.$this->nbre_plte_douteux.'</td><td>'.$this->nbre_plte_disparue.'</td>'. |
| '<td>'.$this->nbre_plte_erreur.'</td><td>'.$plt_total.'</td>'. |
| '<td>'.$this->nc_nbre_plte_presente.'</td>'.'<td>'.$this->nc_nbre_plte_a_confirmer.'</td>'. |
| '<td>'.$this->nc_nbre_plte_douteux.'</td><td>'.$this->nc_nbre_plte_disparue.'</td><td>'.$this->nc_nbre_plte_erreur.'</td></tr>'; |
| $table .= '<tr><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td>'. |
| '<td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td></tr>'; |
| $total_nbre_plte = ($this->nbre_plte_presente + $this->nbre_plte_a_confirmer + $this->nbre_plte_douteux + $this->nbre_plte_disparue + $this->nbre_plte_erreur); |
| $total_nbre_plte_nc = ($this->nc_nbre_plte_presente + $this->nc_nbre_plte_a_confirmer + $this->nc_nbre_plte_douteux + $this->nc_nbre_plte_disparue + $this->nc_nbre_plte_erreur); |
| $table .= '<tr><td>Totaux plante / plante nc</td><td colspan="6">'.$total_nbre_plte.'</td>'. |
| '<td colspan="5">'.$total_nbre_plte_nc.'</td></tr>'; |
| $table .= '<tr><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td>'. |
| '<td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td></tr>'; |
| $plt_total = $this->nbre_plte_presente + $this->nc_nbre_plte_presente + $this->nc_nbre_plte_a_confirmer + $this->nbre_plte_a_confirmer; |
| $table .= '<tr><td>Total plantes présentes et à confirmer</td><td colspan="11">'.$plt_total.'</td></tr>'; |
| $table .= '<tr><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td>'. |
| '<td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td></tr>'; |
| $plt_total = $this->nbre_plte_presente + $this->nc_nbre_plte_presente; |
| $table .= '<tr><td>Total plantes présentes</td><td colspan="11">'.$plt_total.'</td></tr>'; |
| $table .= '<tr><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td>'. |
| '<td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td></tr>'; |
| $plt_total = $total_nbre_plte + $total_nbre_plte_nc; |
| $table .= '<tr><td>Total données chorologiques</td><td colspan="11">'.$plt_total.'</td></tr>'; |
| $table .= '</tbody></table>'; |
| $page .= $table; |
| $page .= '<hr/>'."\n"; |
| $page .= '<h2>NOTES</h2>'."\n"; |
| $page .= '<p>'. |
| '1.- Chaque champ précédé par "ATTENTION" doit être vide.'."\n". |
| 'S\'il ne l\'est pas, il y a une erreur'."\n". |
| '</p>'."\n"; |
| $page .= '</body>'."\n"; |
| $page .= '</html>'."\n"; |
| // Fermeture de la poignée sur le fichier de sortie |
| if (fwrite($handle, $page) === FALSE) { |
| echo "Impossible d'écrire dans le fichier ($this->fichier_verif)"; |
| exit; |
| } |
| echo 'Ecriture du fichier de vérification de la chorologie réalisée!'."\n"; |
| fclose($handle); |
| } |
| } |
| class ZgFrDepartements { |
| static private $departements = |
| array( |
| "01" => array("Ain", "01", 1), |
| "02" => array("Aisne", "02", 2), |
| "03" => array("Allier", "03", 3), |
| "04" => array("Alpes-de-Haute-Provence", "04", 4), |
| "05" => array("Hautes-Alpes", "05", 5), |
| "06" => array("Alpes-Maritimes", "06", 6), |
| "07" => array("Ardèche", "07", 7), |
| "08" => array("Ardennes", "08", 8), |
| "09" => array("Ariège", "09", 9), |
| "10" => array("Aube", "10", 10), |
| "11" => array("Aude", "11", 11), |
| "12" => array("Aveyron", "12", 12), |
| "13" => array("Bouches-du-Rhône", "13", 13), |
| "14" => array("Calvados", "14", 14), |
| "15" => array("Cantal", "15", 15), |
| "16" => array("Charente", "16", 16), |
| "17" => array("Charente-Maritime", "17", 17), |
| "18" => array("Cher", "18", 18), |
| "19" => array("Corrèze", "19", 19), |
| "20" => array("Corse", "20", 20), |
| "2A" => array("Haute-Corse", "2A", 20), |
| "2B" => array("Corse-du-Sud", "2B", 20), |
| "21" => array("Côte-d'Or", "21", 21), |
| "22" => array("Côtes-d'Armor", "22", 22), |
| "23" => array("Creuse", "23", 23), |
| "24" => array("Dordogne", "24", 24), |
| "25" => array("Doubs","25", 25), |
| "26" => array("Drôme", "26", 26), |
| "27" => array("Eure", "27", 27), |
| "28" => array("Eure-et-Loir", "28", 28), |
| "29" => array("Finistère", "29", 29), |
| "30" => array("Gard", "30", 30), |
| "31" => array("Haute-Garonne", "31", 31), |
| "32" => array("Gers", "32", 32), |
| "33" => array("Gironde", "33", 33), |
| "34" => array("Hérault", "34", 34), |
| "35" => array("Ille-et-Vilaine", "35", 35), |
| "36" => array("Indre", "36", 36), |
| "37" => array("Indre-et-Loire", "37", 37), |
| "38" => array("Isère", "38", 38), |
| "39" => array("Jura", "39", 39), |
| "40" => array("Landes", "40", 40), |
| "41" => array("Loir-et-Cher", "41", 41), |
| "42" => array("Loire", "42", 42), |
| "43" => array("Haute-Loire", "43", 43), |
| "44" => array("Loire-Atlantique", "44", 44), |
| "45" => array("Loiret", "45", 45), |
| "46" => array("Lot", "46", 46), |
| "47" => array("Lot-et-Garonne", "47", 47), |
| "48" => array("Lozére ", "48", 48), |
| "49" => array("Maine-et-Loire", "49", 49), |
| "50" => array("Manche", "50", 50), |
| "51" => array("Marne", "51", 51), |
| "52" => array("Haute-Marne", "52", 52), |
| "53" => array("Mayenne", "53", 53), |
| "54" => array("Meurthe-et-Moselle", "54", 54), |
| "55" => array("Meuse", "55", 55), |
| "56" => array("Morbihan", "56", 56), |
| "57" => array("Moselle", "57", 57), |
| "58" => array("Nièvre", "58", 58), |
| "59" => array("Nord", "59", 59), |
| "60" => array("Oise", "60", 60), |
| "61" => array("Orne", "61", 61), |
| "62" => array("Pas-de-Calais", "62", 62), |
| "63" => array("Puy-de-Dôme", "63", 63), |
| "64" => array("Pyrénées-Atlantiques", "64", 64), |
| "65" => array("Hautes-Pyrénées", "65", 65), |
| "66" => array("Pyrénées-Orientales", "66", 66), |
| "67" => array("Bas-Rhin", "67", 67), |
| "68" => array("Haut-Rhin", "68", 68), |
| "69" => array("Rhône", "69", 69), |
| "70" => array("Haute-Saône", "70", 70), |
| "71" => array("Saône-et-Loire", "71", 71), |
| "72" => array("Sarthe", "72", 72), |
| "73" => array("Savoie", "73", 73), |
| "74" => array("Haute-Savoie", "74", 74), |
| "75" => array("Paris", "75", 75), |
| "76" => array("Seine-Maritime", "76", 76), |
| "77" => array("Seine-et-Marne", "77", 77), |
| "78" => array("Yvelines", "78", 78), |
| "79" => array("Deux-Sèvres", "79", 79), |
| "80" => array("Somme", "80", 80), |
| "81" => array("Tarn", "81", 81), |
| "82" => array("Tarn-et-Garonne", "82", 82), |
| "83" => array("Var", "83", 83), |
| "84" => array("Vaucluse", "84", 84), |
| "85" => array("Vendée", "85", 85), |
| "86" => array("Vienne", "86", 86), |
| "87" => array("Haute-Vienne", "87", 87), |
| "88" => array("Vosges", "88", 88), |
| "89" => array("Yonne", "89", 89), |
| "90" => array("Territoire-de-Belfort", "90", 90), |
| "91" => array("Essonne", "91", 91), |
| "92" => array("Hauts-de-Seine", "92", 92), |
| "93" => array("Seine-Saint-Denis", "93", 93), |
| "94" => array("Val-de-Marne", "94", 94), |
| "95" => array("Val-d'Oise", "95", 95), |
| "96" => array("aaa", "96", 96), |
| "971" => array("Guadeloupe", "971", 971), |
| "972" => array("Martinique", "972", 972), |
| "973" => array("Guyane", "973", 973), |
| "974" => array("Réunion", "974", 974), |
| "99" => array("Etranger", "99", 99), |
| ); |
| static public function get() { |
| return self::$departements; |
| } |
| static public function getNom($n) { |
| return self::$departements[$n][0]; |
| } |
| static public function getIdChaine($n) { |
| return self::$departements[$n][1]; |
| } |
| static public function getIdNumerique($n) { |
| return (int)self::$departements[$n][2]; |
| } |
| static public function getIdEflore($n) { |
| return (int)self::$departements[$n][3]; |
| } |
| } |
| ?> |
| /trunk/scripts/modules/bdtfx/Bdtfx.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,347 |
| <?php |
| /** |
| * declare(encoding='UTF-8'); |
| * Exemple de lancement du script : : |
| * /opt/lampp/bin/php cli.php bdtfx -a nomSciHtml -t bdtfx_v1_01 |
| * Classe permettant de créer le nom scientifique au format HTML. |
| * @category php 5.2 |
| * @package bdtfx |
| * @author Jennifer DHÉ <jennifer@tela-botanica.org> |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @copyright Copyright (c) 2011, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| * @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL |
| * @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL |
| * @version $Id$ |
| */ |
| class Bdtfx extends Script { |
| protected $bdd = null; |
| protected $table = null; |
| protected $num = null; |
| protected $compo_nom = array(); |
| protected $abbr = array ( |
| 'infra-gen.' => 'Infra-Genre', |
| 'sect.' => 'Section', |
| 'subsect.' => 'Sous-Section', |
| 'ser.' => 'Série', |
| 'subser.' => 'Sous-Série', |
| 'gr.' => 'Groupe', |
| 'agg.' => 'Agrégat', |
| 'sp.' => 'Espèce', |
| 'subsp.' => 'Sous-Espèce', |
| 'infra-sp.' => 'Infra-Espèce', |
| 'var.' => 'Variété', |
| 'subvar.' => 'Sous-Variété', |
| 'fa' => 'Forme', |
| 'subf.' => 'Sous-Forme', |
| 'f. sp.' => 'Forma species', |
| 'proles' => 'Race prole' |
| ); |
| private $nomSciTpl = '<span class=sci>%s</span>'; |
| private $nomSupraGenTpl = '<span class="supra_gen">%s</span>'; |
| private $genTpl = '<span class="gen">%s</span>'; |
| private $infraGenTpl = '<span class="infra-gen">%s</span>'; |
| private $spFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span>'; |
| private $typeEpitheteTpl = '<abbr class="type_epithete" title="%s">%s</abbr>'; |
| private $infraSpFHTpl = '<span class="gen">%s</span> <span class="sp">%s</span> <abbr class="type-epithete" title="%s">%s</abbr> <span class="infra-sp">%s</span>'; |
| private $formuleHybTpl = '<span class="formule-hyb">%s</span>'; |
| protected $table_requete; |
| protected $limite_req_tuples = 10000; |
| protected $depart_req_tuples = 0; |
| protected $parametres_autorises = array( |
| '-t' => array(true, true, 'Nom de la table qui doit être traitée')); |
| public function executer() { |
| // Lancement de l'action demandée |
| $cmd = $this->getParametre('a'); |
| switch ($cmd) { |
| case 'nomSciHtml' : |
| $this->genererNomSciHtml(); |
| break; |
| default : |
| $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd)); |
| } |
| } |
| private function genererNomSciHtml() { |
| $this->initialiser(); |
| $nbtot = $this->recupererNbTotalTuples(); |
| while ($this->depart_req_tuples < $nbtot) { |
| $resultat = $this->recupererTuples(); |
| $nb_tot_res = count($resultat); |
| $compteur = 1; |
| foreach ($resultat as $tuples => $infos) { //pour chaque tuple |
| $this->initialiserVariables($infos); |
| $nomSciHtml = ''; |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseNomSupraGen(); |
| $nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['genre'], 'gen'); |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseInfraGen(); |
| $nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_sp'], 'sp'); |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterBaliseTypeInfraSp(); |
| $nomSciHtml .= $this->verifierHybridite($this->compo_nom['epithete_infra_sp'], 'infra-sp'); |
| $nomSciHtml .= $this->ajouterCultivarGpComm(); |
| if ($nomSciHtml != '') { |
| $this->table_requete[$this->num] = sprintf($this->nomSciTpl, trim($nomSciHtml)); |
| } |
| if (count($this->table_requete) == 1000) { |
| $this->lancerRequeteModification(); |
| array_splice($this->table_requete, 0); |
| } elseif ($compteur == $nb_tot_res) { |
| $this->lancerRequeteModification(); |
| } |
| $compteur++; |
| $this->afficherAvancement('Génération des noms scientifique au format HTML en cours'); |
| } |
| } |
| echo "\n"; |
| } |
| private function initialiser() { |
| $this->bdd = new Bdd(); |
| $this->table = $this->getParametre('t'); |
| $this->preparerTable(); |
| } |
| private function preparerTable() { |
| $requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' "; |
| $resultat = $this->bdd->recuperer($requete); |
| if ($resultat === false) { |
| $requete = "ALTER TABLE {$this->table} ". |
| 'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '. |
| 'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL '; |
| $this->bdd->requeter($requete); |
| } |
| } |
| private function recupererNbTotalTuples(){ |
| $req = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} "; |
| $res = $this->bdd->recuperer($req); |
| return $res['nb']; |
| } |
| private function recupererTuples() { |
| $requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '. |
| ' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '. |
| ' nom_commercial, cultivar '. |
| "FROM {$this->table} ". |
| "LIMIT {$this->depart_req_tuples},{$this->limite_req_tuples} "; |
| $resultat = $this->bdd->recupererTous($requete); |
| $this->depart_req_tuples += 10000; |
| return $resultat; |
| } |
| private function initialiserVariables($infos) { |
| $this->num = $infos['num_nom']; |
| $this->compo_nom = $infos; |
| } |
| private function ajouterBaliseNomSupraGen() { |
| $html = ''; |
| if ($this->compo_nom['nom_supra_generique'] != '') { |
| $html = sprintf($this->nomSupraGenTpl, $this->compo_nom['nom_supra_generique']); |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterTypeEpithete($type) { |
| if (!array_key_exists($type, $this->abbr)) { |
| $this->abbr[$type] = $type; |
| } |
| } |
| private function ajouterBaliseInfraGen() { |
| $html = ''; |
| if ($this->verifierTypeInfraGen()) { |
| $html .= $this->ajouterBaliseTypeInfraGen(); |
| } else { |
| if ($this->avoirInfo('epithete_infra_generique')) { |
| $html .= sprintf($this->infraGenTpl, $this->compo_nom['epithete_infra_generique']); |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function verifierTypeInfraGen() { |
| $ok = false; |
| if ($this->compo_nom['type_epithete'] != '' && $this->compo_nom['epithete_infra_generique'] != '') { |
| $this->ajouterTypeEpithete($this->compo_nom['type_epithete']); |
| $ok = true; |
| } |
| return $ok; |
| } |
| private function ajouterBaliseTypeInfraGen() { |
| $html = ''; |
| $type = $this->compo_nom['type_epithete']; |
| if ($type == 'agg.') { // Ajout de l'infra gen avant le type s'il est égal à agg. |
| $html .= ' '.$this->ajouterBaliseInfraGen(). |
| ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type); |
| } else { |
| $html .= ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type). |
| ' '.$this->ajouterBaliseInfraGen(); |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterBaliseTypeInfraSp() { |
| $html = ''; |
| $type = $this->compo_nom['type_epithete']; |
| $infraSp = $this->compo_nom['epithete_infra_sp']; |
| if ($infraSp != '') { |
| if ($type != '') { |
| $this->ajouterTypeEpithete($type); |
| $html = ' '.sprintf($this->typeEpitheteTpl, $this->abbr[$type], $type); |
| } else { |
| $message = "Nom #%s contient un épithète infra-spécifique mais son type n'est pas renseigné."; |
| $this->traiterErreur($message, array($this->num)); |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterCultivarGpComm() { |
| $html = ''; |
| if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) { |
| $html .= ' '.$this->ajouterCultivarGroupe(); |
| } |
| if ($this->avoirInfo('nom_commercial')) { |
| $html .= ' <span class="commercial">'.$this->compo_nom['nom_commercial'].'</span>'; |
| } |
| if ($this->avoirInfo('cultivar')) { |
| $html .= ' <span class="cultivar">\''.$this->compo_nom['cultivar'].'\'</span>'; |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function avoirInfo($valeur) { |
| return (isset($this->compo_nom[$valeur]) && $this->compo_nom[$valeur] != '') ? true : false; |
| } |
| /** |
| * Permet d'ajouter les groupes de cultivar en fonction de la présence d'un cultivar et de la présence d'un grex |
| * |
| * L'ensemble des individus obtenu par une fécondation particulière s'appelle un le Grex (que pour les orchidées). |
| * Au sein du grex, certains individus peuvent se distinguer par des formes, des coloris ou autres qui font que |
| * l'obtenteur du grex va les sélectionner. |
| * les noms de groupes de cultivars sont suivis de l'abréviation « Gp » et placés entre parenthèses |
| * les noms de grex, s'ils sont utilisés devant une épithète de cultivar, ne se mettent pas entre parenthèses |
| * ex : Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (cultivar_groupe = Alexanderi gx) ; |
| * les noms de groupe se mettent entre parenthèses s'ils sont devant une épithète de cultivar |
| * ex : Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (cultivar_groupe = Deremenis) |
| * Un grex peut contenir des groupes (rédaction d'un exemple de l'ICNCP) |
| * ex : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick grex Francis Suzuki Group |
| * ou : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick gx Francis Suzuki Gp |
| * @param unknown_type $val |
| * |
| */ |
| private function ajouterCultivarGroupe() { |
| $html = ''; |
| if ($this->avoirInfo('cultivar_groupe')) { //si le champ cultivar_groupe n'est pas vide |
| if ($this->compo_nom['cultivar']) { //si il y a un cultivar, on ajoute des parenthèses au group (mais pas au grex) |
| if (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx ') !== false) { //si le grex est composé de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx ', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0]. |
| ' <abbr title="grex">gx </abbr>('.$tab_gp[1]. |
| ' <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>'; |
| } elseif (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx') !== false) { //si il y a un grex et pas de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].' <abbr title="grex">gx</abbr></span>'; |
| } else { //si il n'y a pas de grex mais un groupe |
| $html = ' <span class="gp">'.$this->compo_nom['cultivar_groupe'].' <abbr title="groupe">Gp</abbr>)</span>'; |
| } |
| } else { //s'il n'y a pas de cultivar |
| if (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx ') !== false) { //si le grex est composé de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx ', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0]. |
| ' <abbr title="grex">gx</abbr>'.$tab_gp[1]. |
| ' <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>'; |
| } elseif (strrpos($this->compo_nom['cultivar_groupe'], ' gx') !== false) { //si il y a un grex et pas de groupe |
| $tab_gp = explode(' gx', $this->compo_nom['cultivar_groupe']); |
| $html = ' <span class="gp">'.$tab_gp[0].' <abbr title="grex">gx</abbr></span>'; |
| } else { //si il n'y a pas de grex mais un groupe |
| $html = ' <span class="gp">'.$this->compo_nom['cultivar_groupe'].' <abbr title="groupe">Gp</abbr></span>'; |
| } |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| /** |
| * |
| * Permet de repérer s'il s'agit d'un hybride (infra-sp, genre, sp) ou d'une chimère. |
| * @param unknown_type $val |
| * @param unknown_type $type |
| */ |
| private function verifierHybridite($epithete, $type) { |
| $html = ''; |
| if ($epithete != '') { |
| if (substr($epithete, 0, 2) == 'x ') { |
| $html = ' <span class=hyb>x <span class="'.$type.'">'.str_replace('x ', '', $epithete).'</span></span>'; |
| } elseif (substr($epithete, 0, 2) == '+ ') { |
| $html = ' <span class=chimere>+ <span class="'.$type.'">'.str_replace('+ ', '', $epithete).'</span></span>'; |
| } else if (substr_count($epithete, ' x ') > 1) {// Cas d'une formule d'hybridité comprenant des parents hybrides |
| $html = ' '.$this->insererBaliseFormuleHyb($epithete); |
| } elseif (substr_count($epithete, ' x ') == 1) {// Cas d'une formule d'hybridité simple |
| $html = ' '.$this->ajouterFomuleHybridite($epithete, $type); |
| } else { |
| $html = ' <span class="'.$type.'">'.$epithete.'</span>'; |
| } |
| } |
| return $html; |
| } |
| private function ajouterFomuleHybridite($formule, $type) { |
| $tab_x = explode(' x ', $formule); |
| $formule_hyb = array(); |
| switch ($type) { |
| case 'gen' : |
| foreach ($tab_x as $hyb) { |
| $formule_hyb[] = sprintf($this->genTpl, $hyb); |
| } |
| break; |
| case 'sp' : |
| foreach ($tab_x as $hyb) { |
| if (substr_count($hyb, ' ') >= 1) { |
| list($gen, $sp) = explode(' ', $hyb); |
| $formule_hyb[] = sprintf($this->spFHTpl, $gen, $sp); |
| } else { |
| $avertissement = "Nom #%s : la valeur d'hybride '%s' ne contenait pas d'espace ."; |
| $this->traiterAvertissement($avertissement, array($this->num, $hyb)); |
| } |
| } |
| break; |
| case 'infra-sp' : |
| foreach ($tab_x as $hyb) { |
| list($gen, $sp, $typeEpithete, $infraSp) = explode (' ', $hyb); |
| $formule_hyb[] = sprintf($this->infraSpFHTpl, $gen, $sp, $this->abbr[$typeEpithete], $typeEpithete, $infraSp); |
| } |
| break; |
| default : break; |
| } |
| return $this->insererBaliseFormuleHyb(implode(' x ', $formule_hyb)); |
| } |
| private function insererBaliseFormuleHyb($formule) { |
| return sprintf($this->formuleHybTpl, $formule); |
| } |
| private function lancerRequeteModification() { |
| foreach ($this->table_requete as $id => $html) { |
| $html = $this->bdd->proteger($html); |
| $requete = "UPDATE {$this->table} ". |
| "SET nom_sci_html = $html ". |
| "WHERE num_nom = $id "; |
| $res = $this->bdd->requeter($requete); |
| if ($res === false) { |
| $this->traiterErreur("erreur d'insertion pour le tuple %s", array($id)); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| ?> |
| /trunk/scripts/modules/iso-639-1/Iso6391.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,0 |
| <?php |
| /trunk/scripts/configurations/config.defaut.ini |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,39 |
| ; Encodage : UTF-8 |
| ; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| ; Info sur l'application |
| info.nom = Scripts de tests |
| ; Abréviation de l'application |
| info.abr = SCRIPTS |
| ; Version du Framework nécessaire au fonctionnement de cette application |
| info.framework.version = 0.3 |
| ; Encodage de l'application |
| encodage_appli = "UTF-8" |
| ; Chemin de l'application (pour l'utiliser dans ce fichier) |
| chemin_scripts = "php:Framework::getCheminAppli()" |
| ; +------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| ; Débogage |
| ; Indique si oui ou non on veut afficher le débogage. |
| debogage = true |
| ; Indique si oui ou non on veut lancer le chronométrage |
| chronometrage = false |
| +------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| ; Paramètrage de la base de données. |
| ; bdd_abstraction : abstraction de la base de données. |
| ; bdd_protocole : Protocole de la base de données. |
| ; bdd_serveur : Nom du serveur de bases de données. |
| ; bdd_utilisateur : Nom de l'utilisateur de la base de données. |
| ; bdd_mot_de_passe : Mot de passe de l'utilisateur de la base de données. |
| ; bdd_nom : Nom de la base de données principale. |
| ; bdd_encodage : Encodage de la base de données principale. Normalement le même que l'application mais au format base de |
| ; données : voir ici : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/charset-charsets.html |
| ; et là: http://www.postgresql.org/docs/8.1/static/multibyte.html pour les correspondances |
| bdd_abstraction = pdo |
| bdd_protocole = mysql |
| bdd_serveur = localhost |
| bdd_utilisateur = "root" |
| bdd_mot_de_passe = "" |
| bdd_nom = "" |
| bdd_encodage = "utf8" |
| bdd_table = "" |
| /trunk/scripts/framework.defaut.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,6 |
| <?php |
| // Inclusion du Framework |
| // Renomer ce fichier en "framework.php" |
| // Indiquer ci-dessous le chemin absolu vers le fichier autoload.inc.php de la bonne version du Framework |
| require_once '/home/www/commun/framework/0.3/Framework.php'; |
| ?> |
| /trunk/scripts/cli.php |
|---|
| New file |
| 0,0 → 1,37 |
| <?php |
| // Encodage : UTF-8 |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| /** |
| * Initialise le chargement et l'exécution des scripts |
| * |
| * Lancer ce fichier en ligne de commande avec : |
| * <code>/opt/lampp/bin/php cli.php mon_script -a test</code> |
| * |
| //Auteur original : |
| * @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org> |
| * @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org> |
| * @copyright Tela-Botanica 1999-2008 |
| * @licence GPL v3 & CeCILL v2 |
| * @version $Id$ |
| */ |
| // +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Le fichier Framework.php du Framework de Tela Botanica doit être appelée avant tout autre chose dans l'application. |
| // Sinon, rien ne sera chargé. |
| // Chemin du fichier chargeant le framework requis |
| $framework = dirname(__FILE__).DIRECTORY_SEPARATOR.'framework.php'; |
| if (!file_exists($framework)) { |
| $e = "Veuillez paramétrer l'emplacement et la version du Framework dans le fichier $framework"; |
| trigger_error($e, E_USER_ERROR); |
| } else { |
| // Inclusion du Framework |
| require_once $framework; |
| // Ajout d'information concernant cette application |
| Framework::setCheminAppli(__FILE__);// Obligatoire |
| Framework::setInfoAppli(Config::get('info')); |
| // Initialisation et lancement du script appelé en ligne de commande |
| Cli::executer(); |
| } |
| ?> |