| New file |
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|---|
| <?php |
| // declare(encoding='UTF-8'); |
| /** |
| * Description : |
| * Classe CommunNomsTaxons.php |
| * Encodage en entrée : utf8 |
| * Encodage en sortie : utf8 |
| * @package framework-v3 |
| * @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org> |
| * @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt> |
| * @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt> |
| * @version 1.0 |
| * @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org) |
| */ |
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| |
| abstract class CommunNomsTaxons extends Commun { |
| |
| /** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/ |
| private $relationsChampsCodesOntologie = null; |
| protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json) |
| protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale. |
| protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique |
| protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL |
| protected $total_resultat = null; |
| /** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme |
| (ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */ |
| protected $service_href = null; |
| protected $erreursParametres = null; |
| protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss'); |
| private $bib_traitees = array(); |
| private $ontologie = array(); |
| |
| //+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+ |
| |
| public function traiterParametres() { |
| $this->definirParametresParDefaut(); |
| $this->verifierParametres(); |
| |
| if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) { |
| foreach ($this->parametres as $param => $val) { |
| switch ($param) { |
| case 'ns.structure' : |
| $this->remplirTableCompositionNom($val); |
| if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){ |
| $this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom); |
| }else { |
| $this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom); |
| } |
| break; |
| case 'navigation.depart' : |
| $this->limite_requete['depart'] = $val; |
| break; |
| case 'navigation.limite' : |
| $this->limite_requete['limite'] = $val; |
| break; |
| } |
| } |
| $this->traiterParametresSpecifiques(); |
| } |
| } |
| |
| protected function definirParametresParDefaut() { |
| if (empty($this->parametres['recherche'])) { |
| $this->parametres['recherche'] = 'stricte'; |
| } |
| if (empty($this->parametres['ns.format'])) { |
| $this->parametres['ns.format'] = 'txt'; |
| } |
| if (empty($this->parametres['retour.format'])) { |
| $this->parametres['retour.format'] = 'max'; |
| } |
| if (empty($this->parametres['ns.structure']) && |
| $this->parametres['retour.format'] != 'oss') { |
| $this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib'; |
| } |
| } |
| |
| |
| public function verifierParametres() { |
| //$this->verifierParametresAPI(); |
| |
| $this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete'); |
| $this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt'); |
| $this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso'); |
| $this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss'); |
| |
| /*if (count($this->erreursParametres) > 0) { |
| $m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres); |
| $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m); |
| }*/ |
| } |
| |
| public function verifierParametresAPI() { |
| $parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI'); |
| while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) { |
| if (!in_array($parametre, $parametresApi)) { |
| $this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API."; |
| } |
| next($this->parametres); |
| } |
| } |
| |
| public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) { |
| if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) { |
| $valeur = $this->parametres[$parametre]; |
| $this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises); |
| } |
| } |
| |
| public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) { |
| if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) { |
| $valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre]; |
| $valeurs = explode(',', $valeursConcatenees); |
| foreach ($valeurs as $valeur) { |
| $this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises); |
| } |
| } |
| } |
| |
| private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) { |
| if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) { |
| $this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises"; |
| } |
| } |
| |
| public function traiterParametresCommuns() { |
| |
| } |
| |
| public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) { |
| $orig_val = $valeur; |
| $valeur = explode(',',$valeur); |
| $conditions = array(); |
| if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') { |
| foreach ($valeur as $val) { |
| $conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val); |
| } |
| } else { |
| if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') { |
| foreach ($valeur as $val) { |
| $val = $this->modifierValeur($val); |
| $conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val); |
| } |
| |
| } elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') { |
| foreach ($valeur as $val) { |
| $val = $this->getBdd()->proteger($val); |
| $conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))". |
| " OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))"; |
| } |
| // utile pour la détermination à partir d'un nom retenu (concat(nom_sci,auteur)) lors |
| // d'un import depuis le CEL |
| } elseif ($this->parametres['recherche'] == 'concat' && $nom_champ == 'nom_sci') { |
| $conditions[] = "CONCAT(nom_sci, ' ', auteur) = " . $this->getBdd()->proteger($orig_val); |
| |
| } else { |
| foreach ($valeur as $val) { |
| $conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val); |
| } |
| } |
| } |
| $this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')'; |
| $this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur); |
| } |
| |
| private function modifierValeur($valeur) { |
| $valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur); |
| $valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur); |
| return $valeur; |
| } |
| |
| private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) { |
| $caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B'); |
| $remplacements = array('x ','x ', '+', '+'); |
| $valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur); |
| return $valeur; |
| } |
| |
| private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) { |
| $valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur)); |
| $valeur = $valeur.'%'; |
| return $valeur; |
| } |
| |
| //+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+ |
| |
| private function etreRessourceId() { |
| $ok = false; |
| if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) { |
| $ok = true; |
| } |
| return $ok; |
| } |
| |
| public function traiterRessources() { |
| if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) { |
| if ($this->ressources[0] == 'relations') { |
| $this->traiterRessourceIdRelations(); |
| } elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id |
| $this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons |
| } elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats |
| $this->traiterRessourcesStats(); |
| } else { |
| $e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/> |
| <li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li> |
| <li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li> |
| <li> /'.$this->service.'/stats </li>'; |
| $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function traiterRessourcesStats() { |
| $this->format_reponse = $this->service.'/stats'; |
| |
| $e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]"; |
| if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) { |
| switch ($this->ressources[1]) { |
| case 'annees' : |
| $this->traiterRessourceStatsAnnees(); |
| break; |
| case 'rangs' : |
| $this->traiterRessourceStatsRangs(); |
| break; |
| case 'initiales' : |
| $this->traiterRessourceStatsInitiales(); |
| break; |
| default : |
| $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); |
| break; |
| } |
| } else { |
| $this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); |
| } |
| } |
| |
| /** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant : |
| * un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */ |
| public function estUnIdentifiant() { |
| return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false |
| && is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0])))); |
| } |
| |
| //+------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Fonction d'analyse des parametres |
| |
| /** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter |
| * au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */ |
| public function remplirTableCompositionNom($valeur) { |
| $structure_nom = explode(',', $valeur); |
| |
| foreach ($structure_nom as $structure) { |
| $structure = trim($structure); |
| $patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/', |
| '/^au_ss$/','/^bib_ss$/'); |
| $champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre', |
| 'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine'); |
| |
| // avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise |
| $this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure); |
| } |
| } |
| |
| public function mettreAuFormat() { |
| if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') { |
| if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) { |
| $this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ); |
| } |
| } |
| } |
| |
| //+------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Fonctions de formatage |
| |
| /** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx, |
| * correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini |
| * @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */ |
| public function recupererTableSignification($table) { |
| $tables = explode(',', $table); |
| foreach ($tables as $tab) { |
| if ($tab == 'champs_comp') { |
| $champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd |
| $this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api); |
| } elseif ($tab == 'champs_api') { |
| foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) { |
| preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match); |
| $val = $match[1]; |
| $this->champs_api[$key] = $val; |
| } |
| } else { |
| $this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab); |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function formaterEnOss($resultat) { |
| $table_nom = array(); |
| $oss = ''; |
| foreach ($resultat as $tab) { |
| if (isset($tab['nom_sci']) ) { |
| if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) { |
| $table_nom[] = $tab['nom_sci']; |
| $oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab); |
| } |
| }else { |
| $res = $this->ajouterCompositionNom($tab); |
| if($res) { |
| $oss[] = $res; |
| } |
| } |
| |
| } |
| |
| if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque); |
| else $masque = 'Pas de masque'; |
| $table_retour_oss = array($masque, $oss); |
| return $table_retour_oss; |
| } |
| |
| public function afficherEnteteResultat($url_service) { |
| $arr = array( |
| 'depart' => $this->limite_requete['depart'], |
| 'limite' => $this->limite_requete['limite'], |
| 'total' => $this->total_resultat); |
| |
| if (isset($this->masque)) |
| $arr['masque'] = implode('&', $this->masque); |
| |
| $url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service); |
| if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') { |
| $arr['href.precedent'] = $url['precedent']; |
| } |
| if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') { |
| $arr['href.suivant'] = $url['suivant']; |
| } |
| return $arr; |
| } |
| |
| public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) { |
| $this->resultat_req = $tab; |
| $this->afficherDonnees('num_nom', $num); |
| if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus |
| $this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci']; |
| $this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab); |
| } |
| if ($tab['num_nom_retenu'] != '') { |
| $retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false'; |
| } else { |
| $retenu = 'absent'; |
| } |
| $this->table_retour['retenu'] = $retenu; |
| // Pourquoi ce unset ? JPM - 28-03-2013 |
| unset($this->table_retour['id']); |
| } |
| |
| |
| //+------------------------------------------------------------------------------------------------------+ |
| // Fonction de formatage pour les services /#id/ |
| |
| public function formaterId($resultat) { |
| $this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp'); |
| $this->resultat_req = $resultat; |
| |
| foreach ($resultat as $cle => $valeur) { |
| if ($valeur != '') { |
| $this->afficherDonnees($cle, $valeur); |
| } |
| } |
| if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') { |
| $retour = $this->table_retour; |
| $this->table_retour = array(); |
| $champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']); |
| $this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour); |
| } |
| unset($this->table_retour['href']); |
| return $this->table_retour; |
| } |
| |
| public function formaterIdChamp($resultat) { |
| $this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp'); |
| $reponse_id = $this->formaterId($resultat); |
| $this->table_retour = array(); |
| $champs = explode(' ', $this->ressources[1]); |
| $this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id); |
| return $this->table_retour; |
| } |
| |
| protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) { |
| $champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01', |
| 'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction'); |
| $champs_forces = array('rang'); // même s'ils sont dans "à libeller", on les prend quand même en brut, en plus |
| if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) { |
| foreach ($champs as $champ) { |
| if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) { |
| if (strrpos($champ, '.*') !== false) { |
| $this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id); |
| } elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) { |
| $this->table_retour[$champ.'.libelle'] = |
| (isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null; |
| } else { |
| $champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ); |
| $this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null; |
| } |
| // champs bruts en plus, ajouté pour obtenir le rang, mais retourne rang.code avec du kk dedans :-/ |
| if (in_array($champ, $champs_forces)) { |
| $champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ); |
| $this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) { |
| preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match); |
| if ($match[1] == 'nom_sci') { |
| $this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req); |
| } else { |
| foreach ($reponse as $chp => $valeur) { |
| if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) { |
| if ($valeur != '') { |
| $this->table_retour[$chp] = $valeur; |
| } else { |
| $this->table_retour[$chp] = null; |
| } |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function decomposerNomChamp($champ) { |
| $decomposition = false; |
| if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) { |
| $radical_champ = $match[1]; |
| $suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : ""; |
| $decomposition = array($radical_champ, $suffixe); |
| } |
| return $decomposition; |
| } |
| |
| public function verifierValiditeChamp($champ) { |
| $decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ); |
| $validite_ressource = true; |
| if ($decomposition) { |
| list($radical, $suffixe) = $decomposition; |
| $champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet'); |
| // on verifie si le nom du champ existe bien |
| if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) { |
| if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) { |
| $validite_ressource = false; |
| $e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>'; |
| $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); |
| } |
| } elseif ($this->estUnPoint($champ)) { |
| $validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical); |
| } |
| } |
| return $validite_ressource; |
| } |
| |
| public function estChampApi($radical_champ) { |
| $champ_api_ok = false; |
| if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) { |
| $champ_api_ok = true; |
| } |
| return $champ_api_ok; |
| } |
| |
| public function estChampComplementaire($radical_champ) { |
| $champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false; |
| return $champ_complementaire_ok; |
| } |
| |
| public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) { |
| $validite_ressource = true; |
| if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') { |
| $this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource); |
| } elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) { |
| $this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource); |
| } elseif ($radical_champ == 'nom_sci') { |
| if ($suffixe != '*') { |
| $validite_ressource = false; |
| $m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> |
| Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>'; |
| $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m); |
| } |
| } else { |
| $validite_ressource = false; |
| $m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>'; |
| $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m); |
| } |
| return $validite_ressource; |
| } |
| |
| public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) { |
| if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) { |
| $validite_ressource = false; |
| $e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes ' |
| .'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>'; |
| $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); |
| } |
| } |
| |
| public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) { |
| if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes'))) |
| || !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) { |
| $validite_ressource = false; |
| $e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes ' |
| .'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>' |
| .'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)'; |
| $this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e); |
| } |
| } |
| |
| |
| //------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/----------------------------------------- |
| |
| public function formaterStatsAnnee($resultat) { |
| foreach ($resultat as $cle_annee) { |
| $annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND'; |
| $nb = $cle_annee['nombre']; |
| $retour_stats_annee[$annee] = $nb; |
| } |
| return $retour_stats_annee; |
| } |
| |
| public function formaterStatsRang($resultat) { |
| foreach ($resultat as $rangs) { |
| if ($rangs['rang'] != 0) { |
| $rang = $rangs['rang']; |
| if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') { |
| $retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang); |
| } |
| $nombre = $rangs['nombre']; |
| $retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre; |
| } |
| } |
| return $retour_rang; |
| } |
| |
| public function formaterStatsInitiales($resultat) { |
| $rang = null; |
| $table_rang = array(); |
| foreach ($resultat as $tuple) { |
| if ($tuple['rang'] != 0) { |
| $this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang); |
| if ($tuple['lettre'] == 'x ') { |
| $this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple); |
| } elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') { |
| $this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple); |
| } else { |
| $l = substr($tuple['lettre'], 0, 1); |
| if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) { |
| $this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']); |
| } else { |
| $this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| return $this->table_retour; |
| } |
| |
| public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) { |
| if (is_array($table_rang)) { |
| if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) { |
| $rang = $tuple['rang']; |
| $table_rang[] = $rang; |
| if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') { |
| $rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang); |
| } |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) { |
| if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) { |
| $this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']); |
| } else { |
| $this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']); |
| } |
| } |
| |
| //-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage--------------------------- |
| |
| public function afficherDonnees($champApi, $valeur) { |
| $champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi); |
| |
| if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { |
| if ($champApi == 'nom_sci') { |
| $valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req); |
| } |
| if ($champApi == 'nom_sci_html') { |
| $valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm'); |
| } |
| $this->table_retour[$champBdd] = $valeur; |
| // on essaye de permettre l'obtention du nom_sci_complet, y compris en retour.format == 'min', |
| // tout en évitant les appels aux ontologies |
| /*if ($this->correspondAUnId($champBdd) || $champBdd == 'id' && $valeur != '0') { |
| preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $champBdd, $match); |
| if(strpos($this->parametres['retour.format'], $match[1]) !== false) $this->afficherSignification($match[1], $valeur); |
| }*/ |
| } else { |
| $this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur); |
| } |
| } |
| |
| public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) { |
| if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) { |
| $champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi]; |
| } else { |
| $champBdd = $champApi; |
| } |
| return $champBdd; |
| } |
| |
| public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) { |
| if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) { |
| preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match); |
| $this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur); |
| $this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur; |
| |
| } elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) { |
| $this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur; |
| |
| } elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) { |
| preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match); |
| $this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur); |
| |
| } elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) { |
| preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match); |
| $this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur); |
| |
| } elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') { |
| $this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur; |
| $this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm'); |
| }elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') { |
| $this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur; |
| } |
| } |
| |
| public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) { |
| if ($valeur) { |
| $presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false; |
| } else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource |
| $presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false; |
| } |
| return $presente; |
| } |
| |
| public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) { |
| $suffixes = explode(',', $suffixe); |
| //on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification() |
| $this->service_href = $this->service; |
| foreach ($suffixes as $suffixe) { |
| switch ($suffixe) { |
| case 'id' : |
| $this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur; |
| break; |
| case 'details' : |
| $this->afficherTableDetails($champ, $valeur); |
| break; |
| case 'signification' : |
| $this->afficherSignification($champ, $valeur); |
| break; |
| case 'href' : |
| $url = $this->creerUrl($champ, $valeur); |
| $this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url; |
| break; |
| case 'code' : |
| $this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur); |
| break; |
| case 'notes' : |
| $this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes']; |
| break; |
| default : break; |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) { |
| $tab_id = explode(',', $valeur); |
| $tab_res = $this->table_retour; |
| $this->table_retour = array(); |
| foreach ($tab_id as $id) { |
| $this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id); |
| $tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour; |
| $this->table_retour = array(); |
| } |
| $this->table_retour = $tab_res; |
| } |
| |
| private function obtenirCode($champ, $valeur) { |
| $code = $this->transformerChampEnCode($champ); |
| return "bdnt.$code:$valeur"; |
| } |
| |
| private function transformerChampEnCode($champ) { |
| if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) { |
| $this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie'); |
| } |
| |
| $code = $champ; |
| if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) { |
| $code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ]; |
| } |
| return $code; |
| } |
| |
| public function creerUrl($champ, $valeur) { |
| if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') { |
| $service = $this->service_href; |
| $url = $this->ajouterHref($service, $valeur); |
| } else { |
| $code = $this->transformerChampEnCode($champ); |
| $url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt'); |
| } |
| return $url; |
| } |
| |
| public function afficherSignification($champ, $valeur) { |
| if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) { |
| //si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat : |
| $this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci']; |
| $this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'] . (($suff = $this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req)) ? ' ' . $suff : ''); |
| } elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') { |
| $nom = $this->recupererNomSci($valeur); |
| if ($nom != array()) { |
| $this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci']; |
| $this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html']; |
| $this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet']; |
| $this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html']; |
| $this->service_href = $nom['service']; |
| } |
| } elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) { |
| $this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur); |
| } |
| } |
| |
| /** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/ |
| public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) { |
| $tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp', |
| 'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial'); |
| foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) { |
| if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) { |
| $this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom]; |
| } |
| } |
| } |
| |
| public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) { |
| if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) { |
| $nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur); |
| } else { |
| $code = $this->transformerChampEnCode($champ); |
| if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) { |
| $code = $match[1].ucfirst($match[2]); |
| } |
| $requete = sprintf('SELECT * FROM %s WHERE id IN (SELECT id FROM %s WHERE code = "%s" AND classe_id = (SELECT id FROM %s WHERE code = "%s")) LIMIT 0, 100 -- %s:%s', Config::get('bdd_table_ontologies'), Config::get('bdd_table_ontologies'), $valeur, Config::get('bdd_table_ontologies'), $code, __FILE__, __LINE__); |
| $res = $this->getBdd()->recuperer($requete); |
| $nom_code = $valeur; |
| if (is_array($res)) { |
| $nom_code = $res['nom']; |
| } |
| $this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code); |
| } |
| return $nom_code; |
| } |
| |
| public function recupererNomSci($id) { |
| $nom = array(); |
| if ($id != 0) { |
| if ($this->compo_nom == null) { |
| $req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id; |
| } else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure |
| //print_r($this->compo_nom); |
| $req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom) |
| .' FROM '.$this->table |
| .' WHERE num_nom = '.$id; |
| } |
| if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') { |
| $req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req); |
| } |
| $res = $this->getBdd()->recuperer($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__); |
| if ($res) { |
| $nom['nom_sci'] = $res['nom_sci']; |
| $nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html']; |
| $nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res); |
| $nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm'); |
| $nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms'; |
| } |
| } |
| return $nom; |
| } |
| |
| /** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur, |
| * bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */ |
| public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') { |
| $format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format; |
| |
| $nom = ''; |
| if (isset($this->compo_nom)) { |
| if ($format == 'htm') { |
| $format = array( |
| 'au' => '<span class="auteur">%s</span>', |
| 'an' => '[<span class="annee">%s</span>]', |
| 'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]', |
| 'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]', |
| 'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]'); |
| } else { |
| $format = array( |
| 'au' => '%s', |
| 'an' => '[%s]', |
| 'an_bib' => '[%s, %s]', |
| 'bib' => '[%s]', |
| 'ad' => '[%s]', |
| 'gen' => '%s', |
| 'sp' => '%s', |
| 'ssp' => '%s', |
| 'fam' => '%s', |
| 'au_ss' => '%s', |
| 'bib_ss' => '%s'); |
| } |
| $compo_nom = array(); |
| |
| foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) { |
| if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) { |
| $compo_nom[$key] = $tab_res[$champ]; |
| } |
| } |
| $nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format); |
| $nom = implode(' ', $nom_complet); |
| } |
| return rtrim($nom, ' '); |
| } |
| |
| |
| public function formerNomComplet($compo_nom, $format) { |
| $nom_complet = array(); |
| extract($compo_nom); |
| if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au); |
| if (isset($an)) { |
| if (isset($bib)) { |
| $nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib); |
| } else { |
| $nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an); |
| } |
| } elseif (isset($bib)) { |
| $nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib); |
| } |
| if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad); |
| if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen); |
| if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp); |
| if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp); |
| if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam); |
| if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss); |
| if (isset($bib_ss)) { |
| $bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss); |
| //simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées |
| if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) { |
| $nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl ); |
| $this->bib_traitees[$bibl] = 1; |
| } |
| } |
| return $nom_complet; |
| } |
| |
| public function tronquerBiblio($valeur){ |
| $bib = ''; |
| if(strpos($valeur,',') !== false) { |
| $bib = explode(',',$valeur); |
| } |
| if(strpos($bib[0],';') !== false) { |
| |
| $bib[0] = strstr($bib[0],';'); |
| $bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]); |
| } |
| return $bib[0]; |
| } |
| |
| |
| |
| public function correspondAUnCode($key) { |
| return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs)); |
| } |
| |
| public function correspondAUnId($key) { |
| return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs)); |
| } |
| |
| public function estUnPoint($key) { |
| if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) { |
| $key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key); |
| } |
| return (strrpos($key, '.') !== false); |
| } |
| |
| public function recupererMasquePrincipal() { |
| $masque = null; |
| $tab_masque = array( |
| 'masque' => 'nom_sci', |
| 'masque_sg' => 'nom_supra_generique', |
| 'masque_gen' => 'genre', |
| 'masque_sp' => 'epithete_sp', |
| 'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp', |
| 'masque_au' => 'auteur', |
| 'masque_an' => 'annee', |
| 'masque_bib' => 'biblio_origine', |
| 'masque_ad' => 'addendum', |
| 'masque_rg' => 'rang'); |
| $liste_masque = array(); |
| |
| if (isset($this->masque['num_nom'])) { |
| $liste_masque[] = $this->masque['num_nom']; |
| } |
| |
| foreach ($tab_masque as $key => $filtre) { |
| if (isset($this->masque[$filtre])) { |
| if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) { |
| $masque = array($key, $filtre); |
| } |
| $liste_masque[] = $this->masque[$filtre]; |
| } |
| } |
| $this->masque = $liste_masque; |
| return $masque; |
| } |
| |
| private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) { |
| if(!isset($this->ontologie[$categorie])) { |
| $this->ontologie[$categorie] = array(); |
| } |
| if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) { |
| $this->ontologie[$categorie][$valeur] = array(); |
| } |
| $this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance; |
| } |
| |
| private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) { |
| return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]); |
| } |
| |
| private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) { |
| return $this->ontologie[$categorie][$valeur]; |
| } |
| } |
| ?> |