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/trunk/scripts/modules/bdtao/Bdtao.php
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/trunk/scripts/modules/apd/apd.ini
New file
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version="1_00"
dossierapd = "{ref:dossierDonneesEflore}apd/{ref:version}/"
 
[tables]
apdMeta = "apd_meta"
apd = "apd_v{ref:version}"
 
[fichiers]
structureSql = "apd_v{ref:version}.sql"
csvCjbg = "apd_v{ref:version}.csv"
csvRtax = "apd_v{ref:version}_rtax.csv"
csvRtaxModifie = "apd_v{ref:version}_rtax_modifie.csv"
 
[chemins]
structureSql = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.structureSql}"
csvCjbg = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.csvCjbg}"
csvRtax = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.csvRtax}"
csvRtaxModifie = "{ref:dossierapd}{ref:fichiers.csvRtaxModifie}"
/trunk/scripts/modules/apd/Apd.php
New file
0,0 → 1,719
<?php
//declare(encoding='UTF-8');
/**
* Exemple de lancement du script : :
* /opt/lampp/bin/php cli.php apd -a chargerTous
*
* Base de données des Trachéophytes (trachéo...quoi ?? C'est le truc avec le stylo Bic ?)
* d'Afrique de l'Ouest (et Centrale mais faut pas le dire)
*
* @category php 5.2
* @package eFlore/Scripts
* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>
* @copyright Copyright (c) 2014, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
*/
class Apd extends EfloreScript {
 
private $table = null;
private $tableMeta = null;
private $pasInsertion = 1000;
private $departInsertion = 0;
 
protected $parametres_autorises = array();
 
// Entêtes du nouveau fichier Rtax à produire
protected $entetesRtax = array("num_nom","num_nom_retenu","num_tax_sup","rang","nom_sci",
"nom_supra_generique","genre","epithete_infra_generique","epithete_sp",
"type_epithete","epithete_infra_sp","cultivar_groupe","cultivar","nom_commercial",
"auteur","annee","biblio_origine","notes","nom_addendum","homonyme","num_type",
"num_basionyme","synonyme_proparte","synonyme_douteux","synonyme_mal_applique",
"synonyme_orthographique","orthographe_originelle","hybride_parent_01",
"hybride_parent_01_notes","hybride_parent_02","hybride_parent_02_notes",
"nom_francais","presence","statut_origine ","statut_introduction","statut_culture","exclure_taxref");
 
public function initialiserProjet($projetNom) {
parent::initialiserProjet($projetNom);
$this->table = Config::get("apd");
$this->tableMeta = Config::get("apdMeta");
}
 
public function executer() {
try {
$this->initialiserProjet('apd');
 
// Lancement de l'action demandée
$cmd = $this->getParametre('a');
switch ($cmd) {
case 'tout' :
$ok = $this->productionCsvPourReferentiels();
if ($ok === true) {
$this->integrationEFlore();
}
break;
case 'ref' : // partie 1 : "referentiels"
$this->productionCsvPourReferentiels();
break;
case 'eflore' : // partie 2 : "eFlore"
$this->integrationEFlore();
break;
case 'nettoyage' :
$this->nettoyage();
break;
case 'chargerStructureSql' :
//$this->creerStructure();
$this->chargerStructureSql();
break;
case 'verifierEtGenererCsvRtax' :
$this->verifierEtGenererCsvRtax();
break;
case 'chargerCsvRtax' :
$this->chargerCsvRtax();
break;
case 'changerRangs' :
$this->changerRangs();
break;
case 'completerNumNomRetenu' :
$this->completerNumNomRetenu();
break;
case 'supprimerNumTaxSupPourSynonymes' :
$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
break;
case 'subspAutonymes' :
$this->subspAutonymes();
break;
case 'genererNomSupraGenerique' :
$this->genererNomSupraGenerique();
break;
case 'genererEpitheteInfraGenerique' :
$this->genererEpitheteInfraGenerique();
break;
case 'exporterCSVModifie' :
$this->exporterCSVModifie();
break;
case 'genererChpNumTax' :
$this->genererChpNumTax();
break;
case 'genererNomSciHtml' :
$this->genererChpNomSciHtml();
break;
case 'genererChpNomComplet' :
$this->genererChpNomComplet();
break;
case 'genererChpFamille' :
$this->genererChpFamille();
break;
case 'genererChpHierarchie' :
$this->genererChpHierarchie();
break;
default :
throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
}
} catch (Exception $e) {
$this->traiterErreur($e->getMessage());
}
}
 
// Lance la première moitié du boulot, et s'arrête lorsque le fichier CSV
// au format Rtax est rempli avec les données amendées - il est prêt à rentrer dans Rtxß.
// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
protected function productionCsvPourReferentiels() {
$retour = false;
$this->nettoyage();
$this->chargerStructureSql();
$verifOk = $this->verifierEtGenererCsvRtax();
if ($verifOk === true) {
$chgtOk = $this->chargerCsvRtax();
if ($chgtOk) {
$this->changerRangs();
$this->completerNumNomRetenu();
$this->supprimerNumTaxSupPourSynonymes();
$this->subspAutonymes();
$this->genererNomSupraGenerique();
$this->genererEpitheteInfraGenerique();
$this->exporterCSVModifie();
$retour = true;
}
}
return $retour;
}
 
// Lance la seconde moitié du boulot, et s'arrête lorsque le référentiel
// est inséré dans la base eFlore.
// Retourne true si tout s'est bien passé, false sinon
protected function integrationEFlore() {
$retour = false;
$this->genererChpNumTax();
$this->genererChpNomSciHtml();
$this->genererChpFamille();
$this->genererChpNomComplet();
$this->genererChpHierarchie();
$retour = true;
return $retour;
}
 
// -------------- partie Rtax -------------
 
// Dézingue tout le bousin
protected function nettoyage() {
echo "---- suppression des tables\n";
$req = "DROP TABLE IF EXISTS `" . $this->table . "`";
$this->getBdd()->requeter($req);
$req = "DROP TABLE IF EXISTS `" . $this->tableMeta . "`;";
$this->getBdd()->requeter($req);
}
 
// Analyse le fichier CSV fourni par le CJBG, le vérifie et écrit un CSV minimal au format Rtax
function verifierEtGenererCsvRtax() {
$cheminCsvRtax = Config::get('chemins.csvRtax');
$cheminCsvCjbg = Config::get('chemins.csvCjbg');
$retour = false;
echo "---- vérification CSV CJBG [$cheminCsvCjbg] et génération CSV Rtax\n";
 
// Correspondances de colonnes pour le remplissage à minima du fichier CSV Rtax
// Clefs: CJBG
// Valeurs: Rtax
$entetesCjbgVersRtax = array(
"id_name" => "num_nom",
"presence" => "presence",
"statut_introduction" => "statut_introduction",
"statut_origine" => "statut_origine",
"nom_addendum" => "nom_addendum",
"BASIONYME" => "num_basyonyme",
"NO_RANG" => "rang",
"auteur" => "auteur",
"ANNEE" => "annee",
"type_epithete" => "type_epithete",
"SYN_mal_applique" => "synonyme_mal_applique",
"nom_sci" => "nom_sci",
"num_tax_sup" => "num_tax_sup",
"num_nom_retenu" => "num_nom_retenu",
"genre" => "genre",
"NOTES" => "notes",
"epithete_sp" => "epithete_sp",
"epithete_infra_sp" => "epithete_infra_sp",
// champs additionnels
"NOM_STANDARD2" => false,
"STATUT_SYN" => false, // @TODO convertir
"hybride_parents" => false, // toujours "x" => ??
"FAM APG3" => false,
"auth_genre" => false,
"auth_esp" => false
);
 
$analyseOK = true;
$numLigne = 1;
$idNames = array();
// lecture CSV d'origine
$csv = fopen($cheminCsvCjbg, "r");
$donneesTransformees = array();
if ($csv) {
$entetes = fgetcsv($csv);
//echo "Entetes: " . print_r($entetes, true) . "\n";
while(($ligne = fgetcsv($csv)) !== false) {
$numLigne++;
$nouvelleLigne = array();
if (isset($idNames[$ligne[0]])) {
echo "Entrée dupliquée pour id_name [" . $ligne[0] . "]\n";
$analyseOK = false;
} else if (! is_numeric($ligne[0])) {
echo "Ligne $numLigne : la clef [" . $ligne[0] . "] n'est pas un entier\n";
$analyseOK = false;
} else if ($ligne[0] == 0) {
echo "Ligne $numLigne : la clef [" . $ligne[0] . "] vaut zéro\n";
$analyseOK = false;
} else {
$idNames[$ligne[0]] = $ligne[13]; // stockage du nom retenu
foreach ($ligne as $idx => $col) {
$entete = $entetes[$idx];
$ert = $entetesCjbgVersRtax[$entete];
if (strpos($col, "\n") > -1) {
echo "Info: la colonne $ert de la ligne $numLigne contient des retours chariot. Conversion en espaces.\n";
$col = str_replace("\n", " ", $col);
}
$nouvelleLigne[$ert] = $col;
}
$donneesTransformees[] = $nouvelleLigne;
}
}
} else {
echo "Erreur lors de l'ouverture du fichier\n";
}
 
// Vérifications:
// - existence des num_nom_retenu et num_tax_sup mentionnés
// - réduction des chaînes de synonymie
$nnrManquants = array();
$ntsManquants = array();
$chaineSyn = array();
foreach ($donneesTransformees as $ligne) {
$taxSup = $ligne['num_tax_sup'];
$nomRet = $ligne['num_nom_retenu'];
$numNom = $ligne['num_nom'];
// Si un nom est retenu, son taxon supérieur doit être mentionné et exister
if (($numNom == $nomRet) && $taxSup && (! isset($idNames[$taxSup])) && (! isset($ntsManquants[$taxSup]))) {
$ntsManquants[$taxSup] = true;
}
// Si un nom retenu est mentionné, il doit exister et être un nom retenu
if ($nomRet) {
if (isset($idNames[$nomRet])) {
/*$nrnr = $idNames[$nomRet];
echo "Test pour nn $numNom, nr $nomRet, " . $nrnr . "\n";
if ($nomRet && $nrnr != $nomRet) {
if (! isset($chaineSyn[$nomRet])) {
$chaineSyn[$nomRet] = true;
}
}*/
} else {
if (! isset($nnrManquants[$nomRet])) {
$nnrManquants[$nomRet] = true;
}
}
}
}
if (count($nnrManquants) > 0) {
echo count($nnrManquants) . " Nom(s) retenu(s) absent(s):\n";
echo "(" . implode(",", array_keys($nnrManquants)) . ")\n";
}
if (count($ntsManquants) > 0) {
echo count($ntsManquants) . " Taxon(s) supérieur(s) absent(s):\n";
echo "(" . implode(",", array_keys($ntsManquants)) . ")\n";
}
/*if (count($chaineSyn) > 0) {
echo count($chaineSyn) . " Synonymes ne sont pas des noms retenus:\n";
//echo "(" . implode(",", array_keys($chaineSyn)) . ")\n";
}*/
 
if ($analyseOK === true) {
// Production CSV de destination
$csvDestination = '';
$csvDestination .= implode($this->entetesRtax, ',') . "\n";
$tailleLigne = count($this->entetesRtax);
foreach ($donneesTransformees as $dt) {
//$ligne = array();
$ligneCsv = '';
$i = 0;
foreach ($this->entetesRtax as $e) {
/*if (isset($dt[$e])) {
$ligne[] = $dt[$e];
} else {
$ligne[] = '';
}*/
if (isset($dt[$e]) && ($dt[$e] !== '')) {
$ligneCsv .= '"' . $dt[$e] . '"';
}
if ($i < $tailleLigne) {
$ligneCsv .= ',';
}
$i++;
}
$ligneCsv .= "\n";
//$ligneCsv = '"' . implode($ligne, '","') . '"' . "\n"; // met des double guillemets sur les champs vides et /i
$csvDestination .= $ligneCsv;
}
// @TODO créer le répertoire dans /tmp et donner les droits 777
file_put_contents($cheminCsvRtax, $csvDestination);
$retour = true;
} else {
echo "L'analyse a mis en évidence des erreurs. Interruption.\n";
}
 
return $retour;
}
 
// Charge le CSV minimal au format TexRaf
protected function chargerCsvRtax() {
$cheminCsvRtax = Config::get('chemins.csvRtax');
echo "---- chargement du fichier CSV Rtax [$cheminCsvRtax]\n";
$req = "LOAD DATA INFILE '" . $cheminCsvRtax . "' INTO TABLE " . $this->table
. " FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '\"' LINES TERMINATED BY '\n' IGNORE 1 LINES";
$retour = $this->getBdd()->requeter($req);
return $retour;
}
 
// Convertit les rangs du format chaispasquoi au format RexTaf
protected function changerRangs() {
echo "---- conversion des rangs\n";
$rangs = array(
"0" => "10",
"1" => "20",
"2" => "50",
"3" => "53",
"4" => "80",
"5" => "140",
"6" => "180",
"7" => "190",
"8" => "200",
"9" => "220",
"10" => "230",
"11" => "240",
"12" => "250",
"13" => "260",
"14" => "280",
"15" => "290",
"16" => "320",
"17" => "340",
"18" => "350",
"19" => "360",
"20" => "370",
"26" => "440"
);
foreach ($rangs as $src => $dest) {
echo "rang $src => rang $dest\n";
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET rang=$dest WHERE rang=$src;";
$this->getBdd()->requeter($req);
}
}
 
// Copie num_nom dans num_nom_retenu lorsque ce dernier est vide
protected function completerNumNomRetenu() {
echo "---- complétion des num_nom_retenu\n";
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_nom_retenu = num_nom WHERE num_nom_retenu='';";
$this->getBdd()->requeter($req);
}
 
// Supprime le num_tax_sup pour les synonymes
// et le met à 1 s'il est égal au num_nom
protected function supprimerNumTaxSupPourSynonymes() {
echo "---- suppression de num_tax_sup pour les synonymes et mise à 1 si égal à num_nom\n";
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_tax_sup = '' WHERE num_nom != num_nom_retenu;";
$this->getBdd()->requeter($req);
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET num_tax_sup = 1 WHERE num_nom = num_tax_sup;";
$this->getBdd()->requeter($req);
}
 
// Pour chaque subsp. autonyme, inscrit l'epithete_infra_sp
protected function subspAutonymes() {
echo "---- inscription de l'épithète infraspécifique des subsp. autonymes\n";
$req = "SELECT num_nom, nom_sci, epithete_infra_sp FROM " . $this->table . " WHERE nom_sci LIKE '%subsp.%'";
$res = $this->getBdd()->recupererTous($req);
 
$nbres = count($res);
$cpt = 0;
$ok = 0;
$ids = array();
foreach ($res as $subsp) {
$ns = $subsp['nom_sci'];
$pos = strpos($ns, 'subsp.');
$gsp = substr($ns, 0, $pos - 1);
$sp = substr($gsp, strrpos($gsp, ' ') + 1);
$sub = substr($ns, $pos + 8);
if ($sub == $sp) {
$cpt++;
// @TODO
// 1) récupérer l'auteur
// 2) intégrer l'auteur avant "subsp." dans le nom_sci
//echo "[$sp] || [$sub] || [" . $subsp['epithete_infra_sp'] . "]\n";
if ($sub == $subsp['epithete_infra_sp']) {
$ok++;
} else {
$reqMod = "UPDATE " . $this->table . " SET epithete_infra_sp='"
. $sub . "' WHERE num_nom=" . $subsp['num_nom'];
$this->getBdd()->requeter($reqMod);
}
}
}
echo "subsp.: $nbres\n";
echo "Autonymes: $cpt dont $ok déjà inscrites\n";
}
 
// Copie le nom scientifique dans le nom supra générique pour les taxons de rang
// supérieur au genre
protected function genererNomSupraGenerique() {
echo "---- complétion des noms supragénériques\n";
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET nom_supra_generique = nom_sci WHERE rang < 220";
$res = $this->getBdd()->requeter($req);
}
 
// Copie le nom scientifique dans l'épithète infra générique pour les taxons de rang
// entre genre et espèce
protected function genererEpitheteInfraGenerique() {
echo "---- complétion des épithètes infragénériques\n";
$req = "UPDATE " . $this->table . " SET epithete_infra_generique = nom_sci WHERE rang > 220 AND rang < 290";
$res = $this->getBdd()->requeter($req);
}
 
protected function exporterCSVModifie() {
$cheminFichierCsvRtaxModifie = Config::get('chemins.csvRtaxModifie');
echo "---- export du CSV Rtax modifié [$cheminFichierCsvRtaxModifie]\n";
if (file_exists($cheminFichierCsvRtaxModifie)) {
unlink($cheminFichierCsvRtaxModifie);
}
$req = "SELECT '" . implode("','", $this->entetesRtax) . "'"
. " UNION ALL "
. " SELECT * FROM " . $this->table . " INTO OUTFILE '" . $cheminFichierCsvRtaxModifie . "'"
. " FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '\"' LINES TERMINATED BY '\n'";
$res = $this->getBdd()->requeter($req);
// Remplacement des cases vides par '' aulieu de '""' (peut faire foirer l'import par la suite)
exec("sed -i 's/\"\"//g' " . $cheminFichierCsvRtaxModifie);
}
 
// -------------- partie eFlore ------------- copiée depuis le script Bdtfx
 
private function genererChpNomSciHtml() {
echo "---- génération des noms scientifiques en HTML \n";
$this->preparerTablePrChpNomSciHtml();
$generateur = new GenerateurNomSciHtml();
$nbreTotal = $this->recupererNbTotalTuples();
$erreurs = array();
$this->departInsertion = 0;
while ($this->departInsertion < $nbreTotal) {
$resultat = $this->recupererTuplesPrChpNomSciHtml();
try {
$nomsSciEnHtml = $generateur->generer($resultat);
} catch (Exception $e) {
$erreurs[] = $e->getMessage();
}
$this->remplirChpNomSciHtm($nomsSciEnHtml);
$this->departInsertion += $this->pasInsertion;
$this->afficherAvancement("Insertion des noms scientifique au format HTML dans la base par paquet de {$this->pasInsertion} en cours");
}
echo "\n";
 
if (count($erreurs) > 0) {
echo 'Erreurs lors de la génération HTML des noms scientifiques:\n' . print_r($erreurs, true) . "\n";
}
}
 
private function preparerTablePrChpNomSciHtml() {
echo "---- ajout de la colonne nom_sci_html \n";
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_sci_html' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_sci_html VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererNbTotalTuples(){
$requete = "SELECT count(*) AS nb FROM {$this->table} ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
return $resultat['nb'];
}
 
private function recupererTuplesPrChpNomSciHtml() {
$requete = 'SELECT num_nom, rang, nom_sci, nom_supra_generique, genre, epithete_infra_generique, '.
' epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp,cultivar_groupe, '.
' nom_commercial, cultivar '.
"FROM {$this->table} ".
"LIMIT {$this->departInsertion},{$this->pasInsertion} ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function remplirChpNomSciHtm($nomsSciHtm) {
foreach ($nomsSciHtm as $id => $html) {
$html = $this->getBdd()->proteger($html);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_sci_html = $html WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
}
}
 
// Attention c'est over-lent !
private function genererChpNumTax() {
$this->preparerTablePrChpNumTax();
$erreurs = array();
$this->departInsertion = 0;
$dernier_num_tax = 0;
$requete = 'SELECT num_nom '.
'FROM '.$this->table.' '.
'WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_nom_retenu != 0 '.
'ORDER by num_nom_retenu ASC ';
 
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
foreach ($resultat as $taxon) {
$dernier_num_tax++;
$requete_maj = 'UPDATE '.$this->table.' '.
'SET num_taxonomique = '.$dernier_num_tax.' '.
'WHERE num_nom_retenu = '.$taxon['num_nom'];
$this->getBdd()->requeter($requete_maj);
$this->pasInsertion++;
$this->afficherAvancement("Insertion des num tax, ".count($resultat)." num tax a traiter");
}
echo "\n";
if (count($erreurs) > 0) {
echo 'Erreurs lors de la génération des numéros taxonomiques' . print_r($erreurs, true) . "\n";
}
}
private function preparerTablePrChpNumTax() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxonomique' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD num_taxonomique INT( 9 ) ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function genererChpNomComplet() {
$this->preparerTablePrChpNomComplet();
$this->remplirChpNomComplet();
}
private function preparerTablePrChpNomComplet() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'nom_complet' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD nom_complet VARCHAR( 500 ) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
private function remplirChpNomComplet() {
echo "---- Attribution du champ nom complet au taxons :\n";
$requete = "UPDATE {$this->table} SET nom_complet = CONCAT(nom_sci,' ',auteur)";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
echo "Erreur de génération du champ nom complet\n";
} else {
echo "OK\n";
}
}
 
private function genererChpFamille() {
$this->preparerTablePrChpFamille();
$resultats = $this->recupererTuplesPrChpFamille();
$noms = array();
$introuvables = array();
$introuvablesSyno = array();
foreach ($resultats as $id => $nom) {
$nn = $nom['num_nom'];
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
$nts = $nom['num_tax_sup'];
$rg = $nom['rang'];
if ($nnr != '') {
if ($rg == '180') {
$noms[$nn] = $nom['nom_sci'];
} else {
if ($nn == $nnr) {// nom retenu
if (isset($noms[$nts])) {
$noms[$nn] = $noms[$nts];
} else {
$introuvables[] = $nn;
}
} else {// nom synonyme
if (isset($noms[$nnr])) {
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
} else {
$introuvablesSyno[] = $nom;
}
}
}
}
unset($resultats[$id]);
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux noms en cours");
}
echo "\n";
 
foreach ($introuvablesSyno as $id => $nom) {
$nn = $nom['num_nom'];
$nnr = $nom['num_nom_retenu'];
if (isset($noms[$nnr])) {
$noms[$nn] = $noms[$nnr];
} else {
$introuvables[] = $nn;
}
unset($introuvablesSyno[$id]);
$this->afficherAvancement("Attribution de leur famille aux synonymes en cours");
}
echo "\n";
 
if (count($introuvables) > 0) {
echo count($introuvables) . ' familles sont introuvables : ' . implode(',', $introuvables) . "\n";
}
$this->remplirChpFamille($noms);
}
 
private function preparerTablePrChpFamille() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'famille' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD famille VARCHAR(255) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
 
private function recupererTuplesPrChpFamille() {
$requete = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
"FROM {$this->table} ".
"WHERE rang >= 180 ".
"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
return $resultat;
}
 
private function remplirChpFamille($noms) {
foreach ($noms as $id => $famille) {
$famille = $this->getBdd()->proteger($famille);
$requete = "UPDATE {$this->table} SET famille = $famille WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
if ($resultat === false) {
throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple $id");
}
$this->afficherAvancement("Insertion des noms de famille dans la base en cours");
}
echo "\n";
}
private function genererChpHierarchie() {
$this->preparerTablePrChpHierarchie();
$table = Config::get('tables.isfan');
$requete = "UPDATE {$this->table} SET hierarchie = NULL ";
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
$requete_hierarchie = "SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup FROM " . $this->table . " ORDER BY rang DESC";
$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete_hierarchie);
$num_nom_a_num_sup = array();
foreach($resultat as &$taxon) {
$num_nom_a_num_sup[$taxon['num_nom']] = $taxon['num_tax_sup'];
}
$chemin_taxo = "";
foreach($resultat as &$taxon) {
$chemin_taxo = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($taxon['num_nom_retenu'], $num_nom_a_num_sup).'-';
$requete = "UPDATE {$this->table} SET hierarchie = ".$this->getBdd()->proteger($chemin_taxo)." WHERE num_nom = ".$taxon['num_nom']." ";
$mise_a_jour = $this->getBdd()->requeter($requete);
$this->afficherAvancement("Insertion de la hierarchie taxonomique en cours");
}
echo "\n";
}
private function traiterHierarchieNumTaxSup($num_nom_retenu, &$num_nom_a_num_sup) {
$chaine_hierarchie = "";
if(isset($num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu])) {
$num_tax_sup = $num_nom_a_num_sup[$num_nom_retenu];
$chaine_hierarchie = '-'.$num_tax_sup;
if($num_tax_sup != 0 && $num_tax_sup != '') {
$chaine_hierarchie = $this->traiterHierarchieNumTaxSup($num_tax_sup, $num_nom_a_num_sup).$chaine_hierarchie;
}
}
return $chaine_hierarchie;
}
private function preparerTablePrChpHierarchie() {
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'hierarchie' ";
$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
'ADD hierarchie VARCHAR(1000) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT NULL ';
$this->getBdd()->requeter($requete);
}
}
}
?>