WebSVN – eFlore/Applications.cel – Diff – /branches/v2.8-houe/jrest/services/ImportXLS.php


<?php
/**
* @category  PHP
* @package   jrest
* @author    Raphaël Droz <raphael@tela-botania.org>
* @copyright 2013 Tela-Botanica
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
*/
 
/**
 * Service d'import de données d'observation du CEL au format XLS
 *
 * Sont define()'d commme n° de colonne tous les abbrevs retournés par
 * FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes() préfixés par C_  cf: detectionEntete()
 *
 * Exemple d'un test:
 * $ GET "/jrest/ExportXLS/22506?format=csv&range=*&limite=13" \
 *   | curl -F "upload=@-" -F utilisateur=22506 "/jrest/ImportXLS"
 * # 13 observations importées
 * + cf MySQL general_log = 1
 *  
 **/
 
set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . dirname(dirname(realpath(__FILE__))) . '/lib');
// TERM
error_reporting(-1);
ini_set('html_errors', 0);
ini_set('xdebug.cli_color', 2);
require_once('lib/PHPExcel/Classes/PHPExcel.php');
require_once('FormateurGroupeColonne.php');
 
 
date_default_timezone_set("Europe/Paris");
 
// nombre d'INSERT à cumuler par requête SQL
// (= nombre de lignes XLS à bufferiser)
//define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 30);
define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 5);
 
// Numbers of days between January 1, 1900 and 1970 (including 19 leap years)
// see traiterDateObs()
// define("MIN_DATES_DIFF", 25569);
 
 
class MyReadFilter implements PHPExcel_Reader_IReadFilter {
	// exclusion de colonnes
	public $exclues = array();
 
	// lecture par morceaux
    public $ligne_debut = 0; 
    public $ligne_fin = 0;
 
	public function __construct() {}
	public function def_interval($debut, $nb) {
		$this->ligne_debut = $debut;
		$this->ligne_fin = $debut + $nb;
	}
    public function readCell($colonne, $ligne, $worksheetName = '') {
		if(@$this->exclues[$colonne]) return false;
		// si des n° de morceaux ont été initialisés, on filtre...
		if($this->ligne_debut && ($ligne < $this->ligne_debut || $ligne >= $this->ligne_fin)) return false;
		return true;
    } 
} 
 
// XXX: PHP 5.3
function __anonyme_1($v) {	return !$v['importable']; }
function __anonyme_2(&$v) {	$v = $v['nom']; }
function __anonyme_3($cell) { return !is_null($cell); };
function __anonyme_5($item) { return is_null($item) ? '?' : $item; }
function __anonyme_6() { return NULL; }
 
class ImportXLS extends Cel  {
	static function __anonyme_4(&$item, $key, $obj) { $item = $obj->quoteNonNull(trim($item)); }
 
	static $ordre_BDD = Array(
		"ce_utilisateur",
		"prenom_utilisateur",
		"nom_utilisateur",
		"courriel_utilisateur",
		"ordre",
		"nom_sel",
		"nom_sel_nn",
		"nom_ret",
		"nom_ret_nn",
		"nt",
		"famille",
		"nom_referentiel",
		"zone_geo",
		"ce_zone_geo",
		"date_observation",
		"lieudit",
		"station",
		"milieu",
		"mots_cles_texte",
		"commentaire",
		"transmission",
		"date_creation",
		"date_modification",
		"date_transmission",
		"latitude",
		"longitude",
		"abondance",
		"certitude",
		"phenologie",
		"code_insee_calcule"
	);
 
	// cf: initialiser_pdo_ordered_statements()
	// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., phenologie, code_insee_calcule) VALUES"
	// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDD
	static $insert_prefix_ordre;
	// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"
	// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiques
	// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDD
	static $insert_ligne_pattern_ordre;
 
	// seconde (meilleure) possibilité
	// cf: initialiser_pdo_statements()
	// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., date_creation, ...phenologie, code_insee_calcule) VALUES"
	static $insert_prefix;
	// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, ?, ?, ?, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"
	// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiques
	static $insert_ligne_pattern;
 
	/*
	  Ces colonnes:
	  - sont propres à l'ensemble des enregistrements uploadés
	  - sont indépendantes du numéro de lignes
	  - n'ont pas de valeur par défaut dans la structure de la table
	  - nécessitent une initialisation dans le cadre de l'upload
 
	  initialiser_colonnes_statiques() y merge les données d'identification utilisateur
	*/
	public $colonnes_statiques = Array(
		"ce_utilisateur" => NULL,
		"prenom_utilisateur" => NULL,
		"nom_utilisateur" => NULL,
		"courriel_utilisateur" => NULL,
 
		// fixes (fonction SQL)
		// XXX future: mais pourraient varier dans le futur si la mise-à-jour
		// d'observation est implémentée
		"date_creation" => "now()",
		"date_modification" => "now()",
	);
 
	public $id_utilisateur = NULL;
 
	// erreurs d'import
	public $bilan = Array();
 
 
	function ExportXLS($config) {
		parent::__construct($config);
	}
 
	function createElement($pairs) {
		if(!isset($pairs['utilisateur']) || trim($pairs['utilisateur']) == '') {
			echo '0'; exit;
		}
 
		$id_utilisateur = intval($pairs['utilisateur']);
		$this->id_utilisateur = $id_utilisateur; // pour traiterImage();
 
		if(!isset($_SESSION)) session_start();
        $this->controleUtilisateur($id_utilisateur);
 
        $this->utilisateur = $this->getInfosComplementairesUtilisateur($id_utilisateur);
 
		$this->initialiser_colonnes_statiques($id_utilisateur);
 
		// initialisation du statement PDO/MySQL
		// première version, pattern de requête pas génial
		/* list(self;;$insert_prefix_ordre, self::$insert_ligne_pattern_ordre) =
		   $this->initialiser_pdo_ordered_statements($this->colonnes_statiques); */
		list(self::$insert_prefix, self::$insert_ligne_pattern) =
			$this->initialiser_pdo_statements($this->colonnes_statiques);
 
 
		$infos_fichier = array_pop($_FILES);
		
		/*$objPHPExcel = PHPExcel_IOFactory::load($infos_fichier['tmp_name']);
		  $donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL,FALSE,FALSE,TRUE);*/
 
		/*$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReader("Excel5");
		$objReader->setReadDataOnly(true);
		$objPHPExcel = $objReader->load($infos_fichier['tmp_name']);*/
 
		//var_dump($donnees);
 
		// renomme le fichier pour lui ajouter son extension initiale, ce qui
		// permet (une sorte) d'autodétection du format.
		$fichier = $infos_fichier['tmp_name'];
		$extension = pathinfo($infos_fichier['name'], PATHINFO_EXTENSION);
		if( (strlen($extension) == 3 || strlen($extension) == 4) &&
			(rename($fichier, $fichier . '.' . $extension))) {
			$fichier = $fichier . '.' . $extension;
		}
 
		$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReaderForFile($fichier);
		$objReader->setReadDataOnly(true);
 
		if(is_a($objReader, 'PHPExcel_Reader_CSV')) {
			$objReader->setDelimiter(',')
				->setEnclosure('"')
				->setLineEnding("\n")
				->setSheetIndex(0);
		}
 
		// on ne conserve que l'en-tête
		$filtre = new MyReadFilter();
		$filtre->def_interval(1, 2);
		$objReader->setReadFilter($filtre);
 
		$objPHPExcel = $objReader->load($fichier);
		$obj_infos = $objReader->listWorksheetInfo($fichier);
		// XXX: indépendant du readFilter ?
		$nb_lignes = $obj_infos[0]['totalRows'];
 
		$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL, FALSE, FALSE, TRUE);
		$filtre->exclues = self::detectionEntete($donnees[1]);
 
		$obs_ajouts = 0;
		$obs_maj = 0;
		$nb_images_ajoutees = 0;
		$nb_mots_cle_ajoutes = 0;
 
		$dernier_ordre = $this->requeter("SELECT MAX(ordre) AS ordre FROM cel_obs WHERE ce_utilisateur = $id_utilisateur");
		$dernier_ordre = intval($dernier_ordre[0]['ordre']) + 1;
		if(! $dernier_ordre) $dernier_ordre = 0;
 
		// on catch to les trigger_error(E_USER_NOTICE);
		set_error_handler(array($this, 'erreurs_stock'), E_USER_NOTICE);
 
		// lecture par morceaux (chunks), NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes à fois
		// pour aboutir des requêtes SQL d'insert groupés.
		for($ligne = 2; $ligne < $nb_lignes + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL; $ligne += NB_LIRE_LIGNE_SIMUL) {
			$filtre->def_interval($ligne, NB_LIRE_LIGNE_SIMUL);
			$objReader->setReadFilter($filtre);
 
			/* recharge avec $filtre actif (filtre sur lignes colonnes):
			   - exclue les colonnes inutiles/inutilisables)
			   - ne selectionne que les lignes dans le range [$ligne - $ligne + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL] */
			$objPHPExcel = $objReader->load($fichier);
			$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL, FALSE, FALSE, TRUE);
 
			// ici on appel la fonction qui fera effectivement l'insertion multiple
			// à partir des (au plus) NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes
 
			// TODO: passer $this, ne sert que pour appeler des méthodes publiques qui pourraient être statiques
			// notamment dans RechercheInfosTaxonBeta.php
			list($enregistrements, $images, $mots_cle) =
				self::chargerLignes($this, $donnees, $this->colonnes_statiques, $dernier_ordre);
			if(! $enregistrements) break;
 
			self::trierColonnes($enregistrements);
			// normalement: NB_LIRE_LIGNE_SIMUL, sauf si une enregistrement ne semble pas valide
			// ou bien lors du dernier chunk
 
			$nb_rec = count($enregistrements);
			$sql_pattern = self::$insert_prefix .
				str_repeat(self::$insert_ligne_pattern_ordre . ', ', $nb_rec - 1) .
				self::$insert_ligne_pattern_ordre;
 
			$sql_pattern = self::$insert_prefix .
				str_repeat(self::$insert_ligne_pattern . ', ', $nb_rec - 1) .
				self::$insert_ligne_pattern;
 
			$this->bdd->beginTransaction();
			$stmt = $this->bdd->prepare($sql_pattern);
			$donnees = array();
			foreach($enregistrements as $e) $donnees = array_merge($donnees, array_values($e));
 
			/* debug ici: echo $sql_pattern . "\n"; var_dump($enregistrements, $donnees); die;*/
 
			$stmt->execute($donnees);
 
			// $stmt->debugDumpParams(); // https://bugs.php.net/bug.php?id=52384
			$dernier_autoinc = $this->bdd->lastInsertId();
			$this->bdd->commit();
 
			if(! $dernier_autoinc) trigger_error("l'insertion semble avoir échoué", E_USER_NOTICE);
 
			$obs_ajouts += count($enregistrements);
			// $obs_ajouts += count($enregistrements['insert']);
			// $obs_maj += count($enregistrements['update']);
			$nb_images_ajoutees += self::stockerImages($this, $enregistrements, $images, $dernier_autoinc);
			$nb_mots_cle_ajoutes += self::stockerMotsCle($this, $enregistrements, $mots_cle, $dernier_autoinc);
		}
 
		restore_error_handler();
 
		if($this->bilan) echo implode("\n", $this->bilan) . "\n";
 		$summary = sprintf("%d observation(s) ajoutée(s)\n%d image(s) attachée(s)\n%d mot(s)-clé ajouté(s) [TODO]\n",
						   $obs_ajouts,
						   $nb_images_ajoutees,
						   $nb_mots_cle_ajoutes);
 
		die("$summary");
	}
 
	static function detectionEntete($entete) {
		$colonnes_reconnues = Array();
		$cols = FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes('standard,avance');
		foreach($entete as $k => $v) {
			$entete_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($v)));
			foreach($cols as $col) {
				$entete_officiel_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($col['nom'])));
				$entete_officiel_abbrev = $col['abbrev'];
				if($entete_simple == $entete_officiel_simple || $entete_simple == $entete_officiel_abbrev) {
					// debug echo "define C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev) . ", $k ($v)\n";
					define("C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev), $k);
					$colonnes_reconnues[$k] = 1;
					break;
				}
			}
		}
 
		// prépare le filtre de PHPExcel qui évitera le traitement de toutes les colonnes superflues
 
		// eg: diff ( Array( H => Commune, I => rien ) , Array( H => 1, K => 1 )
		// ==> Array( I => rien )
		$colonnesID_non_reconnues = array_diff_key($entete, $colonnes_reconnues);
 
		// des colonnes de FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes()
		// ne retient que celles marquées "importables"
		$colonnes_automatiques = array_filter($cols, '__anonyme_1');
 
		// ne conserve que le nom long pour matcher avec la ligne XLS d'entête
		array_walk($colonnes_automatiques, '__anonyme_2');
 
		// intersect ( Array ( N => Milieu, S => Ordre ), Array ( ordre => Ordre, phenologie => Phénologie ) )
		// ==> Array ( S => Ordre, AA => Phénologie )
		$colonnesID_a_exclure = array_intersect($entete, $colonnes_automatiques);
 
		// TODO: pourquoi ne pas comparer avec les abbrevs aussi ?
		// merge ( Array( I => rien ) , Array ( S => Ordre, AA => Phénologie ) )
		// ==> Array ( I => rien, AA => Phénologie )
		return array_merge($colonnesID_non_reconnues, $colonnesID_a_exclure);
	}
 
	/*
	 * charge un groupe de lignes
	 */
	static function chargerLignes($cel, $lignes, $colonnes_statiques, &$dernier_ordre) {
		$enregistrement = NULL;
		$enregistrements = Array();
		$toutes_images = Array();
		$tous_mots_cle = Array();
 
		foreach($lignes as $ligne) {
			//$ligne = array_filter($ligne, function($cell) { return !is_null($cell); });
			//if(!$ligne) continue;
			// on a besoin des NULL pour éviter des notice d'index indéfini
			if(! array_filter($ligne, '__anonyme_3')) continue;
 
			if( ($enregistrement = self::chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel)) ) {
				// $enregistrements[] = array_merge($colonnes_statiques, $enregistrement);
				$enregistrements[] = $enregistrement;
				$pos = count($enregistrements) - 1;
				$last = &$enregistrements[$pos];
 
				if(isset($enregistrement['_images'])) {
					// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérées *après* les enregistrements
					// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant
					$toutes_images[] = Array("images" => $last['_images'],
											 "obs_pos" => $pos);
					// ce champ n'a pas à faire partie de l'insertion dans cel_obs,
					// mais est utile pour cel_obs_images
					unset($last['_images']);
				}
 
				if(isset($enregistrement['_mots_cle'])) {
					// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérés *après* les enregistrements
					// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant
					$tous_mots_cle[] = Array("mots_cle" => $last['_mots_cle'],
											 "obs_pos" => $pos);
					// la version inlinée des mots est enregistrées dans cel_obs
					// mais cel_mots_cles_obs fait foi.
					// XXX: postponer l'ajout de ces informations dans cel_obs *après* l'insertion effective
					// des records dans cel_mots_cles_obs ?
					unset($last['_mots_cle']);
				}
 
				$dernier_ordre++;
			}
		}
 
		// XXX future: return Array($enregistrements_a_inserer, $enregistrements_a_MAJ, $toutes_images);
		return Array($enregistrements, $toutes_images, $tous_mots_cle);
	}
 
 
	static function trierColonnes(&$enregistrements) {
		foreach($enregistrements as &$enregistrement) {
			$enregistrement = self::sortArrayByArray($enregistrement, self::$ordre_BDD);
			//array_walk($enregistrement, function(&$item, $k) { $item = is_null($item) ? "NULL" : $item; });
			//$req .= implode(', ', $enregistrement) . "\n";
		}
	}
 
 
	static function stockerMotsCle($cel, $enregistrements, $tous_mots_cle, $lastid) {
		$c = 0;
		// debug: var_dump($tous_mots_cle);die;
		foreach($tous_mots_cle as $v) $c += count($v['mots_cle']['to_insert']);
		return $c;
	}
 
	static function stockerImages($cel, $enregistrements, $toutes_images, $lastid) {
		$images_insert = 'INSERT INTO cel_obs_images (id_image, id_observation) VALUES %s ON DUPLICATE KEY UPDATE id_image = id_image';
		$images_obs_assoc = Array();
 
		foreach($toutes_images as $images_pour_obs) {
			$obs = $enregistrements[$images_pour_obs["obs_pos"]];
			$id_obs = $lastid // dernier autoinc inséré
				- count($enregistrements) + 1 // correspondrait au premier autoinc
				+ $images_pour_obs["obs_pos"]; // ordre d'insertion = ordre dans le tableau $enregistrements (commence à 0)
			foreach($images_pour_obs['images'] as $image) {
				$images_obs_assoc[] = sprintf('(%d,%d)',
											  $image['id_image'], // intval() useless
											  $id_obs); // intval() useless
			}
		}
 
		if($images_obs_assoc) {
			$requete = sprintf($images_insert, implode(', ', $images_obs_assoc));
			// debug echo "$requete\n";
			$cel->requeter($requete);
		}
 
		return count($images_obs_assoc);
	}
 
	/*
	  Aucune des valeurs présentes dans $enregistrement n'est quotée
	  cad aucune des valeurs retournée par traiter{Espece|Localisation}()
	  car ce tableau est passé à un PDO::preparedStatement() qui applique
	  proprement les règle d'échappement.
	 */
	static function chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel) {
		// en premier car le résultat est utile pour
		// traiter longitude et latitude (traiterLonLat())
		$referentiel = self::identReferentiel($ligne[C_NOM_REFERENTIEL]);
 
		// $espece est rempli de plusieurs informations
		$espece = Array(C_NOM_SEL => NULL, C_NOM_SEL_NN => NULL, C_NOM_RET => NULL,
						C_NOM_RET_NN => NULL, C_NT => NULL, C_FAMILLE => NULL);
		self::traiterEspece($ligne, $espece, $cel);
 
		// $localisation est rempli à partir de plusieurs champs: C_ZONE_GEO et C_CE_ZONE_GEO
		$localisation = Array(C_ZONE_GEO => NULL, C_CE_ZONE_GEO => NULL);
		self::traiterLocalisation($ligne, $localisation, $cel);
 
		// $transmission est utilisé pour date_transmission
		// XXX: @ contre "Undefined index"
		@$transmission = in_array(strtolower(trim($ligne[C_TRANSMISSION])), array(1, 'oui')) ? 1 : 0;
 
 
		// Dans ce tableau, seules devraient apparaître les données variable pour chaque ligne.
		// Dans ce tableau, l'ordre des clefs n'importe pas (cf: self::sortArrayByArray())
		$enregistrement = Array(
			"ordre" => $dernier_ordre,
 
			"nom_sel" => $espece[C_NOM_SEL],
			"nom_sel_nn" => $espece[C_NOM_SEL_NN],
			"nom_ret" => $espece[C_NOM_RET],
			"nom_ret_nn" => $espece[C_NOM_RET_NN],
			"nt" => $espece[C_NT],
			"famille" => $espece[C_FAMILLE],
 
			"nom_referentiel" => $referentiel,
 
			"zone_geo" => $localisation[C_ZONE_GEO],
			"ce_zone_geo" => $localisation[C_CE_ZONE_GEO],
 
			// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (date incompréhensible)
			"date_observation" => self::traiterDateObs($ligne[C_DATE_OBSERVATION], $ligne),
 
			"lieudit" => trim($ligne[C_LIEUDIT]),
			"station" => trim($ligne[C_STATION]),
			"milieu" => trim($ligne[C_MILIEU]),
 
			"mots_cles_texte" => NULL, // TODO: foreign-key
			// XXX: @ contre "Undefined index"
			"commentaire" => @trim($ligne[C_COMMENTAIRE]),
 
			"transmission" => $transmission,
			"date_transmission" => $transmission ? date("Y-m-d H:i:s") : NULL, // pas de fonction SQL dans un PDO statement, <=> now()
 
			// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (lon/lat incompréhensible)
			"latitude" => self::traiterLonLat(NULL, $ligne[C_LATITUDE], $referentiel, $ligne),
			"longitude" => self::traiterLonLat($ligne[C_LONGITUDE], NULL, $referentiel, $ligne),
 
			// @ car potentiellement optionnelles ou toutes vides => pas d'index dans PHPExcel (tableau optimisé)
			"abondance" => @$ligne[C_ABONDANCE],
			"certitude" => @$ligne[C_CERTITUDE],
			"phenologie" => @$ligne[C_PHENOLOGIE],
 
			"code_insee_calcule" => substr($localisation[C_CE_ZONE_GEO], -5) // varchar(5)
		);
 
		// passage de $enregistrement par référence, ainsi ['_images'] n'est défini
		// que si des résultats sont trouvés
		// "@" car PHPExcel supprime les colonnes null sur toute la feuille (ou tout le chunk)
		if(@$ligne[C_IMAGES]) self::traiterImage($ligne[C_IMAGES], $cel, $enregistrement);
 
		if(@$ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE]) self::traiterMotsCle($ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE], $cel, $enregistrement);
 
		return $enregistrement;
	}
 
	static function traiterImage($str, $cel, &$enregistrement) {
		$liste_images = array_filter(explode("/", $str));
 
		//array_walk($liste_images, '__anonyme_4', $cel);
		array_walk($liste_images, array(__CLASS__, '__anonyme_4'), $cel);
		$requete = sprintf(
			"SELECT id_image, nom_original FROM cel_images WHERE ce_utilisateur = %d AND nom_original IN (\"%s\")",
			$cel->id_utilisateur,
			implode('","', $liste_images));
 
		$resultat = $cel->requeter($requete);
 
		if($resultat) $enregistrement['_images'] = $resultat;
	}
 
	static function traiterMotsCle($str, $cel, &$enregistrement) {
		$liste_mots_cle = $liste_mots_cle_recherche = array_map("trim", array_unique(array_filter(explode(",", $str))));
		array_walk($liste_mots_cle_recherche, array(__CLASS__, '__anonyme_4'), $cel);
 
		// TODO!!!! remplace > (pour les tests uniquement) par un = et supprimer le group by mot_cle
		$requete = sprintf("SELECT id_mot_cle_obs, mot_cle FROM cel_mots_cles_obs WHERE id_utilisateur > %d ".
						   "AND mot_cle IN (%s) ".
						   "GROUP BY mot_cle",
						   $cel->id_utilisateur,
						   implode(',', $liste_mots_cle_recherche));
 
		$resultat_sql = $cel->requeter($requete);
		if(!$resultat_sql) return;
 
		$resultat = array();
		foreach($resultat_sql as $v) $resultat[$v['id_mot_cle_obs']] = $v['mot_cle'];
 
		$enregistrement['mots_cles_texte'] = implode(',', $liste_mots_cle);
		$enregistrement['_mots_cle'] = array("existing" => $resultat,
											 "to_insert" => array_diff($liste_mots_cle, $resultat));
	}
 
 
	/* FONCTIONS de TRANSFORMATION de VALEUR DE CELLULE */
 
	// TODO: PHP 5.3, utiliser date_parse_from_format()
	// TODO: parser les heures (cf product-owner)
	// TODO: passer par le timestamp pour s'assurer de la validité
	static function traiterDateObs($date, $ligne) {
		// TODO: see https://github.com/PHPOffice/PHPExcel/issues/208
		if(is_double($date)) {
			if($date > 0)
				return PHPExcel_Style_NumberFormat::toFormattedString($date, PHPExcel_Style_NumberFormat::FORMAT_DATE_YYYYMMDD2) . " 00:00:00";
			trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": " .
						  "Attention: date antérieure à 1970 et format de cellule \"DATE\" utilisés ensemble",
						  E_USER_NOTICE);
			
			// throw new Exception("erreur: date antérieure à 1970 et format de cellule \"DATE\" utilisés ensemble");
 
			// attention, UNIX timestamp, car Excel les décompte depuis 1900
			// cf http://fczaja.blogspot.fr/2011/06/convert-excel-date-into-timestamp.html
			// $timestamp = ($date - MIN_DATES_DIFF) * 60 * 60 * 24 - time(); // NON
 
			// $timestamp = PHPExcel_Calculation::getInstance()->calculateFormula("=" . $date . "-DATE(1970,1,1)*60*60*24"); // NON
 
			// echo strftime("%Y/%m/%d 00:00:00", $timestamp); // NON
		}
		else {
			$timestamp = strtotime($date);
			if(! $timestamp) {
				if($date) trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": Attention: date erronée ($date)", E_USER_NOTICE);
				return NULL;
			}
			return strftime("%Y-%m-%d 00:00:00", strtotime($date));
		}
	}
 
	static function identReferentiel($referentiel) {
		// SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
		if(strpos(strtolower($referentiel), 'bdtfx') !== FALSE) return 'bdtfx:v1.01';
		if(strpos(strtolower($referentiel), 'bdtxa') !== FALSE) return 'bdtxa:v1.00';
		if(strpos(strtolower($referentiel), 'bdnff') !== FALSE) return 'bdnff:4.02';
		if(strpos(strtolower($referentiel), 'isfan') !== FALSE) return 'isfan:v1.00';
 
		if($referentiel) {
			trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": Attention: référentiel inconnu", E_USER_NOTICE);
		}
		return NULL;
		/* TODO: cf story,
		   En cas de NULL faire une seconde passe de détection à partir du nom saisi
		   + accepter les n° de version */
	}
 
	static function traiterLonLat($lon = NULL, $lat = NULL, $referentiel = 'bdtfx:v1.01', $ligne) {
		// en CSV ces valeurs sont des string, avec séparateur en français (","; cf défauts dans ExportXLS)
		if($lon && is_string($lon)) $lon = str_replace(',', '.', $lon);
		if($lat && is_string($lat)) $lat = str_replace(',', '.', $lat);
 
		// sprintf applique une précision à 5 décimale (comme le ferait MySQL)
		// tout en uniformisant le format de séparateur des décimales (le ".")
		if($lon && is_numeric($lon) && $lon >= -180 && $lon <= 180) return sprintf('%.5F', $lon);
		if($lat && is_numeric($lat) && $lat >= -90 && $lat <= 90) return sprintf('%.5F', $lat);
 
		if($lon || $lat) {
			trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": " .
						  "Attention: longitude ou latitude erronée",
						  E_USER_NOTICE);
		}
		return NULL;
 
		/* limite france métropole si bdtfx ? ou bdtxa ? ...
		   NON!
		   Un taxon d'un référentiel donné peut être théoriquement observé n'importe où sur le globe.
		   Il n'y a pas lieu d'effectuer des restriction ici.
		   Cependant des erreurs fréquentes (0,0 ou lon/lat inversées) peuvent être détectés ici.
		   TODO */
		$bbox = self::getReferentielBBox($referentiel);
		if(!$bbox) return NULL;
 
		if($lon) {
			if($lon < $bbox['EST'] && $lon > $bbox['OUEST']) return is_numeric($lon) ? $lon : NULL;
			else return NULL;
		}
		if($lat) {
			if($lat < $bbox['NORD'] && $lat > $bbox['SUD']) return is_numeric($lat) ? $lat : NULL;
			return NULL;
		}
	}
 
 
	static function traiterEspece($ligne, Array &$espece, $cel) {
		if(!$ligne[C_NOM_SEL]) return;
 
		// nom_sel reste toujours celui de l'utilisateur
		$espece[C_NOM_SEL] = trim($ligne[C_NOM_SEL]);
 
		$taxon_info_webservice = new RechercheInfosTaxonBeta($cel->config);
 
		$ascii = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $ligne[C_NOM_SEL]);
 
		// TODO: si empty(C_NOM_SEL) et !empty(C_NOM_SEL_NN) : recherche info à partir de C_NOM_SEL_NN
		echo "rechercherInformationsComplementairesSurNom()\n";
		/*
		  SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur  FROM bdtfx_v1_01  WHERE (nom_sci LIKE 'Heliotropium europaeum')  ORDER BY nom_sci ASC   LIMIT 0, 1
		  #
		  SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur  FROM bdtfx_v1_01  WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium euro')  ORDER BY nom_sci ASC   LIMIT 0, 1
		  SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur  FROM bdtfx_v1_01  WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium')  ORDER BY nom_sci ASC   LIMIT 0, 1
		  SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur  FROM bdtfx_v1_01  WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium% euro%')  ORDER BY nom_sci ASC   LIMIT 0, 1
		  #
 
		  SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 31468
		*/
		$resultat_recherche_espece = $taxon_info_webservice->rechercherInformationsComplementairesSurNom($ligne[C_NOM_SEL]);
 
		// on supprime les noms retenus et renvoi tel quel
		// on réutilise les define pour les noms d'indexes, tant qu'à faire
		if (! $resultat_recherche_espece) {
			// XXX; tout à NULL sauf C_NOM_SEL ci-dessus ?
			$espece[C_NOM_SEL_NN] = $ligne[C_NOM_SEL_NN];
			$espece[C_NOM_RET] = $ligne[C_NOM_RET];
			$espece[C_NOM_RET_NN] = $ligne[C_NOM_RET_NN];
			$espece[C_NT] = $ligne[C_NT];
			$espece[C_FAMILLE] = $ligne[C_FAMILLE];
 
			return;
		}
 
		// succès de la détection = écrasement du numéro nomenclatural saisi...
		$espece[C_NOM_SEL_NN] = $resultat_recherche_espece[0][0];
		// et des info complémentaires
		echo "rechercherInformationsComplementairesSurNumNom()\n";
		$complement = $taxon_info_webservice->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($resultat_recherche_espece[0][0]);
		/*
		  // GET /service:eflore:0.1/bdtfx/noms/31468?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille
		  /home/raphael/eflore/projets/services/modules/0.1/bdtfx/Noms.php:280
		  SELECT  *, nom_sci   FROM bdtfx_v1_01  WHERE num_nom = '31468' 
		  SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 31468
		  SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 86535
		*/
		$espece[C_NOM_RET] = $complement['Nom_Retenu'];
		$espece[C_NOM_RET_NN] = $complement['Num_Nom_Retenu'];
		$espece[C_NT] = $complement['Num_Taxon'];
		$espece[C_FAMILLE] = $complement['Famille'];
		var_dump("a", $espece);die;
	}
 
	static function detectFromNom($nom, $cel) {
		$r = $cel->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s') ".
									"ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",
									$cel->proteger($nom)));
		if($r) return $r;
 
		$cel->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s' OR nom LIKE '%s') ".
							   "ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",
							   $cel->proteger($nom),
							   $cel->proteger(str_replace(' ', '% ', $nom))));
		return $r;
	}
 
 
	static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation, $cel) {
	    $identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
		if(!$identifiant_commune) {
			$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
			if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {
				$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
				$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
			}
 
 
			if(!is_numeric($departement)) {
				$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
				$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
			}
 
			if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;
			if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;
			// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO
 
			$departement = trim($departement); // TODO
 
			$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
 
		}
 
 
		$select = "SELECT DISTINCT nom, code  FROM cel_zones_geo";
	
		if (preg_match('/(.*) \((\d+)\)/', $identifiant_commune, $elements)) {
			// commune + departement : montpellier (34)
			$nom_commune=$elements[1];
			$code_commune=$elements[2];
	 	    $requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",
							   $select, $cel->quoteNonNull($nom_commune), $cel->quoteNonNull($code_commune.'%'));
		}
		elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {
			// Code insee seul  
			$code_insee_commune=$elements[1];
	 	    $requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, $cel->quoteNonNull($code_insee_commune));
		}
		else {
			// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)
			// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune
			$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));
	 	    $requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, $cel->quoteNonNull($nom_commune.'%'));
		}
	
		$resultat_commune = $cel->requeter($requete);
		// TODO: levenstein sort ?
 
		// cas de la commune introuvable dans le référentiel
		// réinitialisation aux valeurs du fichier XLS
		if(! $resultat_commune) {
			$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
		} else {
			$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];
		}
 
		$departement = &$localisation[C_CE_ZONE_GEO];
 
		if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {
			$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
		}
 
 
		if(!is_numeric($departement)) {
			$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
		}
 
		if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;
		if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;
		// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO
 
		$departement = trim($departement); // TODO
 
		$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
		$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
	}
 
	/*
	static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation, $cel) {
	    $identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
		if(!$identifiant_commune) {
			$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
			goto testdepartement;
		}
 
 
		$select = "SELECT DISTINCT nom, code  FROM cel_zones_geo";
	
		if (preg_match('/(.*) \((\d+)\)/', $identifiant_commune, $elements)) {
			// commune + departement : montpellier (34)
			$nom_commune=$elements[1];
			$code_commune=$elements[2];
	 	    $requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",
							   $select, $cel->quoteNonNull($nom_commune), $cel->quoteNonNull($code_commune.'%'));
		}
		elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {
			// Code insee seul  
			$code_insee_commune=$elements[1];
	 	    $requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, $cel->quoteNonNull($code_insee_commune));
		}
		else {
			// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)
			// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune
			$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));
	 	    $requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, $cel->quoteNonNull($nom_commune.'%'));
		}
	
		$resultat_commune = $cel->requeter($requete);
		// TODO: levenstein sort ?
 
		// cas de la commune introuvable dans le référentiel
		// réinitialisation aux valeurs du fichier XLS
		if(! $resultat_commune) {
			$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
		} else {
			$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];
			$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];
		}
 
		$departement = &$localisation[C_CE_ZONE_GEO];
 
	testdepartement:
		if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) goto protectloc;
 
		if(!is_numeric($departement)) goto protectloc; // TODO ?
		if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;
		if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;
		// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO
 
		$departement = trim($departement); // TODO
 
	protectloc:
		$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
		$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
	}
*/
 
 
	/* HELPERS */
 
	// http://stackoverflow.com/questions/348410/sort-an-array-based-on-another-array
	static function sortArrayByArray($array, $orderArray) {
		$ordered = array();
		foreach($orderArray as $key) {
			if(array_key_exists($key, $array)) {
				$ordered[$key] = $array[$key];
				unset($array[$key]);
			}
		}
		return $ordered + $array;
	}
 
	// retourne une BBox [N,S,E,O) pour un référentiel donné
	static function getReferentielBBox($referentiel) {
		if($referentiel == 'bdtfx:v1.01') return Array(
			'NORD' => 51.2, // Dunkerque
			'SUD' => 41.3, // Bonifacio
			'EST' => 9.7, // Corse
			'OUEST' => -5.2); // Ouessan
		return FALSE;
	}
 
	// ces valeurs ne sont pas inséré via les placeholders du PDO::preparedStatement
	// et doivent donc être échappées correctement.
	public function initialiser_colonnes_statiques() {
		$this->colonnes_statiques = array_merge($this->colonnes_statiques,
												Array(
													"ce_utilisateur" => $this->id_utilisateur,
													"prenom_utilisateur" => $this->quoteNonNull($this->utilisateur['prenom']),
													"nom_utilisateur" => $this->quoteNonNull($this->utilisateur['nom']),
													"courriel_utilisateur" => $this->quoteNonNull($this->utilisateur['courriel']),
												));
 
	}
 
	static function initialiser_pdo_ordered_statements($colonnes_statiques) {
		return Array(
			// insert_ligne_pattern_ordre
			sprintf('INSERT INTO cel_obs (%s, %s) VALUES',
					implode(', ', array_keys($colonnes_statiques)),
					implode(', ', array_diff(self::$ordre_BDD, array_keys($colonnes_statiques)))),
 
			// insert_ligne_pattern_ordre
			sprintf('(%s, %s ?)',
					implode(', ', $colonnes_statiques),
					str_repeat('?, ', count(self::$ordre_BDD) - count($colonnes_statiques) - 1))
		);
	}
 
	static function initialiser_pdo_statements($colonnes_statiques) {
		return Array( 
			// insert_prefix
			sprintf('INSERT INTO cel_obs (%s) VALUES ',
					implode(', ', self::$ordre_BDD)),
 
 
			// insert_ligne_pattern, cf: self::$insert_ligne_pattern
			'(' .
			// 3) créé une chaîne de liste de champ à inséré en DB
			implode(', ', array_values(
				// 2) garde les valeurs fixes (de $colonnes_statiques),
				// mais remplace les NULL par des "?"
				array_map('__anonyme_5',
						  // 1) créé un tableau genre (nom_sel_nn => NULL) depuis self::$ordre_BDD
						  // et écrase certaines valeurs avec $colonnes_statiques (initilisé avec les données utilisateur)
						  array_merge(array_map('__anonyme_6', array_flip(self::$ordre_BDD)), $colonnes_statiques
				)))) .
			')'
		);
	}
 
	// équivalent à CEL->Bdd->proteger() (qui wrap PDO::quote),
	// sans transformer NULL en ""
	private function quoteNonNull($chaine) {
		if(is_null($chaine)) return "NULL";
		if(!is_string($chaine)) die("erreur __FILE__, __LINE__");
		return $this->bdd->quote($chaine);
	}
 
	public function erreurs_stock($errno, $errstr) {
		$this->bilan[] = $errstr;
	}
}
Subversion Repositories eFlore/Applications.cel

(root)/branches/v2.8-houe/jrest/services/ImportXLS.php @ 2857 – Rev 1688 → 1697

Rev 1688		Rev 1697
1	`<?php`	1	`<?php`
2	`/**`	2	`/**`
3	`* @category PHP`	3	`* @category PHP`
4	`* @package jrest`	4	`* @package jrest`
5	`* @author Raphaël Droz <raphael@tela-botania.org>`	5	`* @author Raphaël Droz <raphael@tela-botania.org>`
6	`* @copyright 2013 Tela-Botanica`	6	`* @copyright 2013 Tela-Botanica`
7	`* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL`	7	`* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL`
8	`* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>`	8	`* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>`
9	`*/`	9	`*/`
10		10
11	`/**`	11	`/**`
12	`* Service d'import de données d'observation du CEL au format XLS`	12	`* Service d'import de données d'observation du CEL au format XLS`
13	`*`	13	`*`
14	`* Sont define()'d commme n° de colonne tous les abbrevs retournés par`	14	`* Sont define()'d commme n° de colonne tous les abbrevs retournés par`
15	`* FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes() préfixés par C_ cf: detectionEntete()`	15	`* FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes() préfixés par C_ cf: detectionEntete()`
16	`*`	16	`*`
17	`* Exemple d'un test:`	17	`* Exemple d'un test:`
18	`* $ GET "/jrest/ExportXLS/22506?format=csv&range=*&limite=13" \`	18	`* $ GET "/jrest/ExportXLS/22506?format=csv&range=*&limite=13" \`
19	`* \| curl -F "upload=@-" -F utilisateur=22506 "/jrest/ImportXLS"`	19	`* \| curl -F "upload=@-" -F utilisateur=22506 "/jrest/ImportXLS"`
20	`* # 13 observations importées`	20	`* # 13 observations importées`
21	`* + cf MySQL general_log = 1`	21	`* + cf MySQL general_log = 1`
22	`*`	22	`*`
23	`**/`	23	`**/`
24		24
25	`set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . dirname(dirname(realpath(__FILE__))) . '/lib');`	25	`set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . dirname(dirname(realpath(__FILE__))) . '/lib');`
26	`// TERM`	26	`// TERM`
27	`error_reporting(-1);`	27	`error_reporting(-1);`
28	`ini_set('html_errors', 0);`	28	`ini_set('html_errors', 0);`
29	`ini_set('xdebug.cli_color', 2);`	29	`ini_set('xdebug.cli_color', 2);`
30	`require_once('lib/PHPExcel/Classes/PHPExcel.php');`	30	`require_once('lib/PHPExcel/Classes/PHPExcel.php');`
31	`require_once('FormateurGroupeColonne.php');`	31	`require_once('FormateurGroupeColonne.php');`
32		32
33		33
34	`date_default_timezone_set("Europe/Paris");`	34	`date_default_timezone_set("Europe/Paris");`
35		35
36	`// nombre d'INSERT à cumuler par requête SQL`	36	`// nombre d'INSERT à cumuler par requête SQL`
37	`// (= nombre de lignes XLS à bufferiser)`	37	`// (= nombre de lignes XLS à bufferiser)`
38	`//define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 30);`	38	`//define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 30);`
39	`define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 5);`	39	`define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 5);`
40		40