WebSVN – eFlore/Applications.cel – Diff – /trunk/jrest/bibliotheque/RechercheInfosTaxonBeta.php

 <?php
 /**
 * PHP Version 5
+*
 * @category  PHP
 * @package   jrest
 * @author    David Delon <david@tela-botania.org>
 * @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
 * @copyright 2010 Tela-Botanica
 * @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
 * @version   SVN: <svn_id>
 * @link      /doc/jrest/
 */
 /**
+ *
  * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
  * ne soit dépendant de la version d'eflore
  */
 class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
 	public function RechercheInfosTaxonBeta($config) {
 		parent::__construct($config);
+	}
 	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
 		$liste_genre_espece = array();
 		$masque = urlencode(trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')));
 		$requete = @file_get_contents('http://localhost/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
 		if($requete != '') {
 			$requete = json_decode($requete);
 			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
 				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
 					$retenu = $res->retenu == true ? '3' : '';
 					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
+				}
+			}
 			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParNom'));
+		}
 		return $liste_genre_espece;
+	}
 	function comparerParNom($a, $b) {
 		return strnatcmp($a[0], $b[0]);
+	}
 	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
 		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
 		$retour_infos_complementaires = array();
 		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
            	$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
+	    }
 		return $retour_infos_complementaires;
+	}
 	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
 		$nameparser = new NameParser();
 		$nom_decoupe = $nameparser->parse($nom_saisi);
 		$masque = ((isset($nom_decoupe['genus']) && $nom_decoupe['genus']!= '') &&
 				  (isset($nom_decoupe['species']) && $nom_decoupe['species']!= ''))
 				  ? $nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species'] : $nom_saisi;
 		$liste_genre_espece = array();
-		$url = 'http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.urlencode($nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species']).'&recherche=etendue&ns.format=txt&retour.champs=nom_retenu,nom_retenu.*,num_taxonomique,auteur&navigation.limite=3000';
+		$url = 'http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.urlencode($nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species']).'&recherche=etendue&ns.format=txt&retour.champs=nom_retenu,nom_retenu.*,num_taxonomique,auteur&navigation.limite=1';
 		$resultat = @file_get_contents($url);
 		if($resultat != '') {
 			$resultat = json_decode($resultat);
 			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
 				foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
 					$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
 					$liste_genre_espece[] = array($res->{'nom_retenu.id'},$nom_complet);
+				}
+			}
+		}
 		return $liste_genre_espece;
+	}
 	public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
 		$infos_formatees = array();
 		$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
 		if(is_object($infos)) {
 			$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
+		}
 		return $infos_formatees;
+	}
 	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
 		$infos = array();
 		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
 		$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom;
 		$resultat = @file_get_contents($url);
 		if($resultat != '') {
 			$infos = json_decode($resultat);
+		}
 		return $infos;
+	}
 	private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
 		$infos = (array)$infos;
 		return $infos_formatees = array(
 			'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
 			'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
 			'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
 			'Famille' => $infos['famille']
 		);
+	}
 	private function supprimerBiblio($nom) {
 		return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
+	}
 	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
 		$nt = null;
 		$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
 		$resultat = @file_get_contents($url);
 		if($resultat != '') {
 			$infos = json_decode($resultat);
 			$nt = $infos->num_taxonomique;
+		}
 		return $nt;
+	}
 	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
 		$presence_taxon = false;
 		$url = 'http://localhost/service:eflore:0.1/chorodep/observations/?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
 		$resultat = @file_get_contents($url);
 		if($resultat != '') {
 			$resultat = json_decode($resultat);
 			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
 				$presence_taxon = true;
+			}
+		}
 		return $presence_taxon;
+	}
 	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
-		$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
-                    "   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
-                    " , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
-                    " , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
-                    " , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
-                    " , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
-                    " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
-                    "     eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
-                    "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
-                    "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
-                    "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
-                    " , eflore_selection_nom ".
-                    " WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'".
-                    " AND esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
-                    " AND esn_ce_statut=3 ".
-                    " AND en_id_nom = esn_id_nom" .
-                    " AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
-                    " AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
-                    " AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
-                    " AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
-                    " AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
-                    " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
-		$resultat_infos_complementaires = $this->executerRequete($requete_infos_complementaires);
-		return $resultat_infos_complementaires;
-	}
-	public function rechercherFamille($taxon) {
-		$row = array();
+		$infos = array();
-		$requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ".
-		" FROM eflore_taxon_relation, ".
-		" eflore_selection_nom, ".
-		" eflore_nom ".
-		" WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon.
+		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
-		" AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 ".
+		$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/taxons/nt:".$numTax;
-		" AND etr_id_categorie_taxon = 3 ".
-		" AND etr_id_valeur_taxon = 3 ".
-		" AND esn_id_taxon =  etr_id_taxon_2 ".
+		$resultat = @file_get_contents($url);
-		" AND esn_ce_statut = 3 ".
-		" AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 ".
+		if($resultat != '') {
-		" AND en_id_nom = esn_id_nom ".
-		" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom  ";
-		$resultat_recherche_famille = $this->executerRequete($requete_famille);
-		if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) {
-	    	$resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin');
-	    } else {
-	    	$resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0];
+			$infos = json_decode($resultat);
-	    }
+		}
-		return $resultat_recherche_famille;
+		return $infos;
+	}
 	private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {
 		$nameparser=new NameParser();
 		$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);
 		// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
 		if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {
 			$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
             	" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
             	" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
                 " AND enrg_abreviation_rang = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " .
                 " AND en_epithete_infra_specifique = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])." " .
                 " AND esn_id_nom= en_id_nom ".
                 " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
                 " AND en_epithete_espece =  ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
                 " ORDER BY esn_ce_statut ".
                 " LIMIT 1";
+		}
 		else { // espece  (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
 			$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
 				" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
 				" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
 				" AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " .
 				" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
 				" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
 				" AND en_epithete_espece =  ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
 				" ORDER BY esn_ce_statut ".
 				" LIMIT 1";
+		}
 		$resultat = $this->executerRequete($requete);
 		$retour = array();
 		if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {
 			$retour = $resultat[0];
+		}
 		return $retour;
+	}
-	private function formaterNom($rawnom) {
-        // Constitution du nom:
-        $nom = '';
-        if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') {
-            $nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique'];
-        } else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') {
-            $nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique'];
-        } else {
-            if (isset($rawnom['en_nom_genre']) &&  $rawnom['en_nom_genre'] != '') {
-                $nom .=  $rawnom['en_nom_genre'];
-            }
-            if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) &&  $rawnom['en_epithete_espece']!= '') {
-                $nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece'];
-            }
-            if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) &&  $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') {
-                if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) {
-                        $nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].'';
-                }
-                $nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique'];
-            }
-        }
-        return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ;
- 	}
-	private function retournerAuteur($rawnom) {
-		$auteurs = '';
-		$auteur_basio = '';
-		$auteur_modif = '';
-		if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' )  {
-		    $auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];
-		    if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
-		        $auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];
-		    }
-		} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
-		    $auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];
-		}
-		if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {
-		    $auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];
-		    if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
-		        $auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];
-		    }
-		} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-')  {
-		    $auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];
-		}
-		if (!empty($auteur_modif)) {
-		    $auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;
-		} elseif (!empty($auteur_basio)) {
-		    $auteurs = ' '.$auteur_basio;
-		}
-		return $auteurs ;
-	}
 	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
 		// texte libre, nom scientifique,
 		// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
 		// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
 		$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
 		$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
 		$retour = array();
 		preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
 		if (isset($elements[1])) {
 			// Numero nomenclatural
 			$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
-			$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]);
+			$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
 		} else {
 			//  Numero taxonomique ou nom scientifique
 			preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
 			if (isset($elements[1])) {
 				// Numero taxonomique
-				$infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
+				$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
+				if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
-				$infos_taxon = $infos_taxon[0];
+					$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
-				$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']);
+					$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
+					$retour = array("nom_sel" => $nom,
+									"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
+				}
 			} else {
 				// Nom scientifique
-				$id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece);
+				$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
 				// Recherche du nom associe
 				$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
-				if(is_array($id_nom) && isset($id_nom['en_id_nom'])) {
+				if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0])) {
+					$nn = $id_nom[0][0];
-					$infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']);
+					$infos_nom = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($nn);
 					if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {
-						$infos_nom = $infos_nom[0];
-						$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']);
+						$retour = array("nom_sel" => $infos_nom['nom_sci'].' '.$infos_nom['auteur'], "en_id_nom" => $infos_nom['id']);
+					}
+				}
+			}
+		}
 		return $retour;
+	}
+}
 ?>

Subversion Repositories eFlore/Applications.cel

(root)/trunk/jrest/bibliotheque/RechercheInfosTaxonBeta.php @ 3063 – Rev 1425 → 1426