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Rev 1432 Rev 1486
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<?php
1
<?php
2
/**
2
/**
3
* PHP Version 5
3
* PHP Version 5
4
*
4
*
5
* @category  PHP
5
* @category  PHP
6
* @package   jrest
6
* @package   jrest
7
* @author    David Delon <david@tela-botania.org>
7
* @author    David Delon <david@tela-botania.org>
8
* @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
8
* @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
9
* @copyright 2010 Tela-Botanica
9
* @copyright 2010 Tela-Botanica
10
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
10
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
11
* @version   SVN: <svn_id>
11
* @version   SVN: <svn_id>
12
* @link      /doc/jrest/
12
* @link      /doc/jrest/
13
*/
13
*/
14
 
14
 
15
/**
15
/**
16
 * 
16
 * 
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client 
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client 
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
19
 */
19
 */
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
21
	
21
	
22
	private $url_service_nom = null;
22
	private $url_service_nom = null;
23
	private $url_service_taxon = null;
23
	private $url_service_taxon = null;
24
	private $url_service_chorologie = null;
24
	private $url_service_chorologie = null;
25
	
25
	
26
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config) {		
26
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config) {		
27
		parent::__construct($config);
27
		parent::__construct($config);
28
		$this->url_service_nom = $config['eflore']['url_service_nom'];
28
		$this->url_service_nom = $config['eflore']['url_service_nom'];
29
		$this->url_service_taxon = $config['eflore']['url_service_taxon'];
29
		$this->url_service_taxon = $config['eflore']['url_service_taxon'];
30
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
30
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
31
	}
31
	}
32
	
32
	
33
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
33
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
34
		
34
		
35
		$liste_genre_espece = array();	
35
		$liste_genre_espece = array();	
36
		$masque = urlencode(trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')));
36
		$masque = urlencode(trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')));
37
		$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
37
		$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
38
		
38
		
39
		if($requete != '') {
39
		if($requete != '') {
40
			$requete = json_decode($requete);		
40
			$requete = json_decode($requete);		
41
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
41
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
42
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
42
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
43
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
43
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
44
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
44
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
45
				}
45
				}
46
			}
46
			}
47
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));  
47
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));  
48
		}
48
		}
49
		return $liste_genre_espece;
49
		return $liste_genre_espece;
50
	}
50
	}
51
	
51
	
52
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
52
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
53
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
53
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
54
			return -1;
54
			return -1;
55
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
55
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
56
			return 1;
56
			return 1;
57
		} else {
57
		} else {
58
			return strnatcmp($a[0], $b[0]);
58
			return strnatcmp($a[0], $b[0]);
59
		}
59
		}
60
	}
60
	}
61
	
61
	
62
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
62
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
63
		
63
		
64
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
64
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
65
		$retour_infos_complementaires = array();
65
		$retour_infos_complementaires = array();
66
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
66
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
67
           	$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
67
           	$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
68
	    }
68
	    }
69
		
69
		
70
		return $retour_infos_complementaires;
70
		return $retour_infos_complementaires;
71
	}
71
	}
72
	
72
	
73
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
73
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
74
		
-
 
-
 
74
		$nom_saisi = trim($this->supprimerAccents($nom_saisi));
-
 
75
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
-
 
76
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
75
		$nameparser = new NameParser();
77
		if(empty($liste_genre_espece)) {
-
 
78
			// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
76
		$nom_decoupe = $nameparser->parse($nom_saisi);
79
			$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
77
		
-
 
78
		$masque = ((isset($nom_decoupe['genus']) && $nom_decoupe['genus']!= '') && 
80
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
-
 
81
			if(empty($liste_genre_espece)) {
79
				  (isset($nom_decoupe['species']) && $nom_decoupe['species']!= ''))
82
				// Dernière tentative : essai de recherche étendue
80
				  ? $nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species'] : $nom_saisi;
83
				$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
-
 
84
			}
-
 
85
		}
-
 
86
		return $liste_genre_espece;
-
 
87
	}
81
		
88
	
-
 
89
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
-
 
90
		$url_recherche = $this->getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte);
-
 
91
		$resultat = @file_get_contents($url_recherche);
82
		$liste_genre_espece = array();
92
		$liste_genre_espece = array();
83
		$url = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species']).'&recherche=etendue&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1';
-
 
84
		$resultat = @file_get_contents($url);
-
 
85
		if($resultat != '') {
93
		if($resultat != '') {
-
 
94
			$liste_genre_espece = $this->parserResultatRechercheTaxon($resultat);
-
 
95
		}
-
 
96
		return $liste_genre_espece;
-
 
97
	}
-
 
98
	
-
 
99
	private function getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte = true) {
-
 
100
		$type_recherche = $stricte ? 'stricte' : 'etendue';
-
 
101
		return $url_recherche_etendue = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_saisi).'&recherche='.$type_recherche.'&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1';
-
 
102
	}
-
 
103
	
-
 
104
	//TODO: déplacer les fonctions ci dessus et dessous dans une classe
-
 
105
	// utilitaire
-
 
106
	private function supprimerAccents($str, $charset = 'UTF-8')
-
 
107
	{
-
 
108
		$str = htmlentities($str, ENT_NOQUOTES, $charset);
-
 
109
		$str = preg_replace('#&([A-za-z])(?:acute|cedil|circ|grave|orn|ring|slash|th|tilde|uml);#', '\1', $str);
-
 
110
		$str = preg_replace('#&([A-za-z]{2})(?:lig);#', '\1', $str); // pour les ligatures e.g. '&oelig;'
-
 
111
		$str = preg_replace('#&[^;]+;#', '', $str); // supprime les autres caractères
-
 
112
 
-
 
113
		return $str;
-
 
114
	}
-
 
115
	
-
 
116
	private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
-
 
117
		// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
-
 
118
		// mais ça marche dans la plupart des cas	
-
 
119
		// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
-
 
120
		// TODO: gérer les hybrides
-
 
121
		$nameparser = new NameParser();
-
 
122
		if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
-
 
123
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
-
 
124
			$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
-
 
125
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
-
 
126
		} else {
-
 
127
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
-
 
128
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
-
 
129
		}
-
 
130
 
-
 
131
		$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
-
 
132
		return $nom_saisi_sans_auteur;
-
 
133
	}
-
 
134
	
-
 
135
	private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
-
 
136
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
-
 
137
	}
-
 
138
	
-
 
139
	private function estUnHybride($nom_saisi) {
-
 
140
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
-
 
141
	}
-
 
142
	
-
 
143
	private function parserResultatRechercheTaxon($resultat) {
-
 
144
		$liste_genre_espece = array();
86
			$resultat = json_decode($resultat);
145
		$resultat = json_decode($resultat);
87
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
146
		if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
88
				foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
147
			foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
89
					$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
148
				$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
90
					$liste_genre_espece[] = array($id,$nom_complet);
149
				$liste_genre_espece[] = array($id,$nom_complet);
91
				}
-
 
92
			}
150
			}
93
		}		
151
		}
94
		return $liste_genre_espece;
152
		return $liste_genre_espece;
95
	}
153
	}
96
	
154
	
97
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
155
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
98
		$infos_formatees = array();
156
		$infos_formatees = array();
99
		$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
157
		$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
100
		if(is_object($infos)) {
158
		if(is_object($infos)) {
101
			$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
159
			$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
102
		}
160
		}
103
		return $infos_formatees;
161
		return $infos_formatees;
104
	}
162
	}
105
	
163
	
106
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
164
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
107
		$infos = array();
165
		$infos = array();
108
		$url = $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille';
166
		$url = $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille';
109
		$resultat = @file_get_contents($url);
167
		$resultat = @file_get_contents($url);
110
		if($resultat != '') {
168
		if($resultat != '') {
111
			$infos = json_decode($resultat);
169
			$infos = json_decode($resultat);
112
		}
170
		}
113
		return $infos;
171
		return $infos;
114
	}
172
	}
115
	
173
	
116
	private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
174
	private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
117
		$infos = (array)$infos;
175
		$infos = (array)$infos;
118
		return $infos_formatees = array(
176
		return $infos_formatees = array(
119
			'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
177
			'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
120
			'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
178
			'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
121
			'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
179
			'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
122
			'Famille' => $infos['famille']
180
			'Famille' => $infos['famille']
123
		);
181
		);
124
	}
182
	}
125
	
183
	
126
	private function supprimerBiblio($nom) {
184
	private function supprimerBiblio($nom) {
127
		return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
185
		return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
128
	}
186
	}
129
	
187
	
130
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
188
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
131
	
189
	
132
		$nt = null;
190
		$nt = null;
133
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
191
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
134
		$resultat = @file_get_contents($url);
192
		$resultat = @file_get_contents($url);
135
		if($resultat != '') {
193
		if($resultat != '') {
136
			$infos = json_decode($resultat);
194
			$infos = json_decode($resultat);
137
			$nt = $infos->num_taxonomique;
195
			$nt = $infos->num_taxonomique;
138
		}
196
		}
139
	
197
	
140
		return $nt;
198
		return $nt;
141
	}
199
	}
142
	
200
	
143
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
201
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
144
		$presence_taxon = false;
202
		$presence_taxon = false;
145
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
203
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
146
		$resultat = @file_get_contents($url);
204
		$resultat = @file_get_contents($url);
147
		if($resultat != '') {
205
		if($resultat != '') {
148
			$resultat = json_decode($resultat);
206
			$resultat = json_decode($resultat);
149
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
207
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
150
				$presence_taxon = true;
208
				$presence_taxon = true;
151
			}
209
			}
152
		}
210
		}
153
		return $presence_taxon;
211
		return $presence_taxon;
154
	}
212
	}
155
	
213
	
156
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
214
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
157
		
215
		
158
		$infos = array();
216
		$infos = array();
159
		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
217
		//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
160
		$url = $this->url_service_taxon."/nt:".$numTax;
218
		$url = $this->url_service_taxon."/nt:".$numTax;
161
		$resultat = @file_get_contents($url);
219
		$resultat = @file_get_contents($url);
162
		if($resultat != '') {
220
		if($resultat != '') {
163
			$infos = json_decode($resultat);
221
			$infos = json_decode($resultat);
164
		}
222
		}
165
 
223
 
166
		return $infos;
224
		return $infos;
167
	}
225
	}
168
	
226
	
169
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
227
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
170
		// texte libre, nom scientifique, 
228
		// texte libre, nom scientifique, 
171
		// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999) 
229
		// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999) 
172
		// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
230
		// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
173
		$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
231
		$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
174
		$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
232
		$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
175
		
233
		
176
		$retour = array();
234
		$retour = array();
177
		
235
		
178
		preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
236
		preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
179
		if (isset($elements[1])) {
237
		if (isset($elements[1])) {
180
			// Numero nomenclatural
238
			// Numero nomenclatural
181
			$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
239
			$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
182
			$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
240
			$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
183
		} else { 
241
		} else { 
184
			//  Numero taxonomique ou nom scientifique
242
			//  Numero taxonomique ou nom scientifique
185
			preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
243
			preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
186
			if (isset($elements[1])) {
244
			if (isset($elements[1])) {
187
				// Numero taxonomique
245
				// Numero taxonomique
188
				$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
246
				$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
189
				if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
247
				if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
190
					$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
248
					$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
191
					$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
249
					$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
192
					$retour = array("nom_sel" => $nom, 
250
					$retour = array("nom_sel" => $nom, 
193
									"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
251
									"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
194
				}
252
				}
195
			} else { 
253
			} else { 
196
				// Nom scientifique
254
				// Nom scientifique
197
				$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
255
				$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
198
				// Recherche du nom associe
256
				// Recherche du nom associe
199
				$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
257
				$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
200
				if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0]) && isset($id_nom[0][1])) {
258
				if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0]) && isset($id_nom[0][1])) {
201
					$nn = $id_nom[0][0];
259
					$nn = $id_nom[0][0];
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					$retour = array("nom_sel" => $id_nom[0][1], "en_id_nom" => $id_nom[0][0]);
260
					$retour = array("nom_sel" => $id_nom[0][1], "en_id_nom" => $id_nom[0][0]);
203
				}
261
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			}
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		}
263
		}
206
		
264
		
207
		return $retour;
265
		return $retour;
208
	}
266
	}
209
}
267
}
210
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268
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