| 1 |
<?php
|
1 |
<?php
|
| 2 |
/**
|
2 |
/**
|
| 3 |
* PHP Version 5
|
3 |
* PHP Version 5
|
| 4 |
*
|
4 |
*
|
| 5 |
* @category PHP
|
5 |
* @category PHP
|
| 6 |
* @package jrest
|
6 |
* @package jrest
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| 7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
| 8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
| 9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
|
9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
|
| 10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
| 11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
| 12 |
* @link /doc/jrest/
|
12 |
* @link /doc/jrest/
|
| 13 |
*/
|
13 |
*/
|
| 14 |
|
14 |
|
| 15 |
/**
|
15 |
/**
|
| 16 |
*
|
16 |
*
|
| 17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
| 18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
| 19 |
*/
|
19 |
*/
|
| 20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
| 21 |
|
21 |
|
| 22 |
private $url_service_nom = null;
|
22 |
private $url_service_nom = null;
|
| 23 |
private $url_service_taxon = null;
|
23 |
private $url_service_taxon = null;
|
| 24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
| 25 |
|
25 |
|
| 26 |
private $masque_recherche = null;
|
26 |
private $masque_recherche = null;
|
| 27 |
private $code_referentiel = 'bdtfx';
|
27 |
private $code_referentiel = 'bdtfx';
|
| 28 |
|
28 |
|
| 29 |
// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
|
29 |
// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
|
| 30 |
// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
|
30 |
// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
|
| 31 |
public $is_notation_spe = FALSE;
|
31 |
public $is_notation_spe = FALSE;
|
| 32 |
|
32 |
|
| 33 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
33 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
| 34 |
parent::__construct($config);
|
34 |
parent::__construct($config);
|
| 35 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
35 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
| 36 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
36 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
| 37 |
}
|
37 |
}
|
| 38 |
|
38 |
|
| 39 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
39 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
| 40 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
40 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
| 41 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
41 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
| 42 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
42 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
| 43 |
}
|
43 |
}
|
| 44 |
|
44 |
|
| 45 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
45 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
| 46 |
|
46 |
|
| 47 |
$liste_genre_espece = array();
|
47 |
$liste_genre_espece = array();
|
| 48 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
48 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
| 49 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
49 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
| 50 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
50 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
| 51 |
if($requete != '') {
|
51 |
if($requete != '') {
|
| 52 |
$requete = json_decode($requete);
|
52 |
$requete = json_decode($requete);
|
| 53 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
53 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
| 54 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
54 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
| 55 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
55 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
| 56 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
56 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
| 57 |
}
|
57 |
}
|
| 58 |
}
|
58 |
}
|
| 59 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
59 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
| 60 |
}
|
60 |
}
|
| 61 |
return $liste_genre_espece;
|
61 |
return $liste_genre_espece;
|
| 62 |
}
|
62 |
}
|
| 63 |
|
63 |
|
| 64 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
64 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
| 65 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
65 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
| 66 |
return -1;
|
66 |
return -1;
|
| 67 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
67 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
| 68 |
return 1;
|
68 |
return 1;
|
| 69 |
} else {
|
69 |
} else {
|
| 70 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
70 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
| 71 |
}
|
71 |
}
|
| 72 |
}
|
72 |
}
|
| 73 |
|
73 |
|
| 74 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
74 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
| 75 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
75 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
| 76 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
76 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
| 77 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
77 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
| 78 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
78 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
| 79 |
}
|
79 |
}
|
| 80 |
|
80 |
|
| 81 |
return $retour_infos_complementaires;
|
81 |
return $retour_infos_complementaires;
|
| 82 |
}
|
82 |
}
|
| 83 |
|
83 |
|
| 84 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
84 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
| 85 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
85 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
| 86 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
86 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
| 87 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
|
87 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
|
| 88 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
88 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
| 89 |
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
|
89 |
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
|
| 90 |
$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
|
90 |
$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
|
| 91 |
if($nom_saisi_sans_auteur) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
|
91 |
if($nom_saisi_sans_auteur) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
|
| 92 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
|
92 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
|
| 93 |
}
|
93 |
}
|
| 94 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
94 |
if(empty($liste_genre_espece)) {
|
| 95 |
// Dernière tentative : essai de recherche étendue
|
95 |
// Dernière tentative : essai de recherche étendue
|
| 96 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
|
96 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
|
| 97 |
}
|
97 |
}
|
| 98 |
}
|
98 |
}
|
| 99 |
return $liste_genre_espece;
|
99 |
return $liste_genre_espece;
|
| 100 |
}
|
100 |
}
|
| 101 |
|
101 |
|
| 102 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
|
102 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
|
| 103 |
$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
103 |
$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
| 104 |
$this->url_service_nom,
|
104 |
$this->url_service_nom,
|
| 105 |
urlencode($nom_saisi),
|
105 |
urlencode($nom_saisi),
|
| 106 |
($stricte ? 'stricte' : 'etendue'),
|
106 |
($stricte ? 'stricte' : 'etendue'),
|
| 107 |
implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
|
107 |
implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
|
| 108 |
if(!$res) return NULL;
|
108 |
if(!$res) return NULL;
|
| 109 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
109 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
| 110 |
return array_pop($resultat);
|
110 |
return array_pop($resultat);
|
| 111 |
}
|
111 |
}
|
| 112 |
|
112 |
|
| 113 |
private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
113 |
private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
| 114 |
// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
114 |
// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
| 115 |
// mais ça marche dans la plupart des cas
|
115 |
// mais ça marche dans la plupart des cas
|
| 116 |
// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
|
116 |
// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
|
| 117 |
// TODO: gérer les hybrides
|
117 |
// TODO: gérer les hybrides
|
| 118 |
$nameparser = new NameParser();
|
118 |
$nameparser = new NameParser();
|
| 119 |
if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
119 |
if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
| 120 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
120 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
| 121 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
121 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
| 122 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
122 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
| 123 |
} else {
|
123 |
} else {
|
| 124 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
124 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
| 125 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
125 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
| 126 |
}
|
126 |
}
|
| 127 |
|
127 |
|
| 128 |
$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
128 |
$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
| 129 |
return $nom_saisi_sans_auteur;
|
129 |
return $nom_saisi_sans_auteur;
|
| 130 |
}
|
130 |
}
|
| 131 |
|
131 |
|
| 132 |
private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
132 |
private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
| 133 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
133 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
| 134 |
}
|
134 |
}
|
| 135 |
|
135 |
|
| 136 |
private function estUnHybride($nom_saisi) {
|
136 |
private function estUnHybride($nom_saisi) {
|
| 137 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
137 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
| 138 |
}
|
138 |
}
|
| 139 |
|
139 |
|
| 140 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
140 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
|
| 141 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
141 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
| 142 |
}
|
142 |
}
|
| 143 |
|
143 |
|
| 144 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
144 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
| 145 |
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
|
145 |
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
|
| 146 |
}
|
146 |
}
|
| 147 |
|
147 |
|
| 148 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
148 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
| 149 |
$nt = null;
|
149 |
$nt = null;
|
| 150 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
150 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
| 151 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
151 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
| 152 |
if($resultat != '') {
|
152 |
if($resultat != '') {
|
| 153 |
$infos = json_decode($resultat);
|
153 |
$infos = json_decode($resultat);
|
| 154 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
154 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
| 155 |
}
|
155 |
}
|
| 156 |
|
156 |
|
| 157 |
return $nt;
|
157 |
return $nt;
|
| 158 |
}
|
158 |
}
|
| 159 |
|
159 |
|
| 160 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
160 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
| 161 |
$presence_taxon = false;
|
161 |
$presence_taxon = false;
|
| 162 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
162 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
| 163 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
163 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
| 164 |
if($resultat != '') {
|
164 |
if($resultat != '') {
|
| 165 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
165 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
| 166 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
166 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
| 167 |
$presence_taxon = true;
|
167 |
$presence_taxon = true;
|
| 168 |
}
|
168 |
}
|
| 169 |
}
|
169 |
}
|
| 170 |
return $presence_taxon;
|
170 |
return $presence_taxon;
|
| 171 |
}
|
171 |
}
|
| 172 |
|
172 |
|
| 173 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
173 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
| 174 |
ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
|
174 |
ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
|
| 175 |
ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
|
175 |
ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
|
| 176 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
176 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
| 177 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
177 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
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| 178 |
preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
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178 |
preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
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| 179 |
if($elements) {
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179 |
if($elements) {
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| 180 |
$this->is_notation_spe = TRUE;
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180 |
$this->is_notation_spe = TRUE;
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| 181 |
list(, $ref, $type, $num) = $elements;
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181 |
list(, $ref, $type, $num) = $elements;
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| - |
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182 |
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| - |
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183 |
if($ref != $this->code_referentiel) {
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| - |
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184 |
// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
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| - |
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185 |
// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
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| - |
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186 |
// passé au nom d'espèce
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| - |
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187 |
}
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| 182 |
// Numero nomenclatural
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188 |
// Numero nomenclatural
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| 183 |
if ($type == 'nn') {
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189 |
if ($type == 'nn') {
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| 184 |
$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num);
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190 |
$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num);
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| 185 |
}
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191 |
}
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| 186 |
// Numero taxonomique
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192 |
// Numero taxonomique
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| 187 |
else {
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193 |
else {
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| 188 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
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194 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
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| 189 |
$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
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195 |
$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
|
| 190 |
}
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196 |
}
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| 191 |
$obj->ref = $ref;
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197 |
if($obj) $obj->ref = $ref;
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| 192 |
return $obj;
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198 |
return $obj;
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| 193 |
}
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199 |
}
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| 194 |
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200 |
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| 195 |
// Nom scientifique
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201 |
// Nom scientifique
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| 196 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
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202 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
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| 197 |
}
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203 |
}
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| 198 |
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204 |
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| 199 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
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205 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
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| 200 |
$retour = array();
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206 |
$retour = array();
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| 201 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
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207 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
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| 202 |
if($resultat != '') {
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208 |
if($resultat != '') {
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| 203 |
$resultat = json_decode($resultat);
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209 |
$resultat = json_decode($resultat);
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| 204 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
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210 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
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| 205 |
$retour = $resultat->resultat;
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211 |
$retour = $resultat->resultat;
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| 206 |
}
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212 |
}
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| 207 |
}
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213 |
}
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| 208 |
return $retour;
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214 |
return $retour;
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| 209 |
}
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215 |
}
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| 210 |
}
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216 |
}
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| 211 |
?>
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217 |
?>
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