WebSVN – eFlore/Applications.cel – Diff – /trunk/jrest/bibliotheque/RechercheInfosTaxonBeta.php


<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
 * Classe recherchant des infos sur un taxon.
 *
 * Elle appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client ne soit dépendant de la BDD d'eFlore.
 *
 * @internal   Mininum PHP version : 5.2
 * @category   CEL
 * @package    Services
 * @subpackage Bibliothèques
 * @version    0.1
 * @author     Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>
 * @author     Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
 * @author     Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>
 * @license    GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
 * @license    CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
 * @copyright  1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>
 */
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
 
	const DEBUG = FALSE;
 
	private $url_service_nom = null;
	private $url_service_taxon = null;
	private $url_service_chorologie = null;
 
	private $masque_recherche = null;
	private $code_referentiel = 'bdtfx';
 
	// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
	// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
	public $is_notation_spe = FALSE;
 
	// un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=
	// qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)
	static $cache = array();
 
	public function __construct($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
		parent::__construct($config);
		$this->setReferentiel($code_referentiel);
	}
 
	public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {
		$sousref = array("apdfna" => array("apd", "fna"),
				"apdfta" => array("apd", "fta"),
				"apdfsa" => array("apd", "fsa"),
				"taxref", "vascan"); 
		if (array_key_exists($code_referentiel, $sousref)) {
			$this->code_referentiel = $sousref[$code_referentiel][0];
			$this->formaterUrlsServicesSousRef($this->config, $sousref[$code_referentiel][1]);
		} else {
			$this->code_referentiel = $code_referentiel;
			$this->formaterUrlsServices($this->config);
		} 
	}
 
	private function formaterUrlsServices($config) {
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
		$this->url_service_nom_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom'])."?";
		$this->url_service_taxon_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon'])."?";
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
		$this->config = $config;
	}
	
	private function formaterUrlsServicesSousRef($config, $sousref) {
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
		$this->url_service_nom_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom'])."?masque.ref=".$sousref."&";
		$this->url_service_taxon_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon'])."?masque.ref=".$sousref."&";
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
		$this->config = $config;
	}
 
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
		$liste_genre_espece = array();
		$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
		$masque = urlencode($this->masque_recherche);
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom_m.'masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
		$urlService = $this->url_service_nom_m.'masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au,an';
		$requete = @file_get_contents($urlService);
		if($requete != '') {
			$requete = json_decode($requete);
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu, $res->nom_sci);
				}
			}
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
		}
		return $liste_genre_espece;
	}
 
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
			return -1;
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
			return 1;
		} else {
			// maintient l'ordre lexicographique - et normalement le genre en premier, en utilisant le nom_sci (sans auteur)
			return strcasecmp($a[3], $b[3]);
			// @WTF levenshtein c'était juste pour garder le genre en premier ?
			//return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
		}
	}
 
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
		$retour_infos_complementaires = array();
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
			$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
		}
 
		return $retour_infos_complementaires;
	}
 
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
		$nom_saisi = trim($nom_saisi);
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
 
		// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
		if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');
		}
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
 
		// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
 
		// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
 
		return $liste_genre_espece;
	}
 
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
		$url = sprintf(
			'%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
			$this->url_service_nom,
			urlencode($nom_saisi),
			$mode,
			implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")));
 
		if(! array_key_exists($url, self::$cache)) {
			if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $url);
			$res = @json_decode(file_get_contents($url));
			self::$cache[$url] = $res;
		} else {
			$res = self::$cache[$url];
		}
		if(!$res) return NULL;
		$resultat = (array)$res->resultat;
		return array_pop($resultat);
	}
 
	static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
		// TODO: gérer les hybrides
		if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
			$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));
		} else {
			/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
			   mais ça marche dans la plupart des cas
			   à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
			$nameparser = new NameParser();
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
		}
 
		return trim($nom_saisi_sans_auteur);
	}
 
	static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
	}
 
	static function estUnHybride($nom_saisi) {
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
	}
 
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
		if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
			if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
			return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
			$this->code_referentiel . '/' .
			'noms' . '/' .
			$num_nom .
			'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
			'id',
			'nom_retenu_complet',
			'nom_retenu.id',
			'num_taxonomique',
			'famille'))));
		}
		// XXX: compat
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille');
		return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
	}
 
	static function supprimerBiblio($nom) {
		return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
	}
 
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
		$nt = null;
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
		$resultat = @file_get_contents($url);
		if($resultat != '') {
			$infos = json_decode($resultat);
			$nt = $infos->num_taxonomique;
		}
 
		return $nt;
	}
 
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
		$presence_taxon = false;
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
		$resultat = @file_get_contents($url);
		if($resultat != '') {
			$resultat = json_decode($resultat);
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
				$presence_taxon = true;
			}
		}
		return $presence_taxon;
	}
 
	/* texte libre, nom scientifique,
	   ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
	   ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
	   TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
		preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
		if($elements) {
			$this->is_notation_spe = TRUE;
			list(, $ref, $type, $num) = $elements;
 
			if($ref != $this->code_referentiel) {
				// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
				// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
				// passé au nom d'espèce
				// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore
				// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.
			}
			// Numero nomenclatural
			if ($type == 'nn') {
				$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
			}
			// Numero taxonomique
			else {
				//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
				if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num);
				$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
			}
			if($obj) $obj->ref = $ref;
			return $obj;
		}
 
		// Nom scientifique
		return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
	}
 
	public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
		$retour = array();
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
		$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
		if($resultat != '') {
			$resultat = json_decode($resultat);
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
				$retour = $resultat->resultat;
			}
		}
		return $retour;
	}
}

Subversion Repositories eFlore/Applications.cel

(root)/trunk/jrest/bibliotheque/RechercheInfosTaxonBeta.php @ 3919 – Rev 3232 → 3473

Rev 3232		Rev 3473
1	`<?php`	1	`<?php`
2	`// declare(encoding='UTF-8');`	2	`// declare(encoding='UTF-8');`
3	`/**`	3	`/**`
4	`* Classe recherchant des infos sur un taxon.`	4	`* Classe recherchant des infos sur un taxon.`
5	`*`	5	`*`
6	`* Elle appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client ne soit dépendant de la BDD d'eFlore.`	6	`* Elle appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client ne soit dépendant de la BDD d'eFlore.`
7	`*`	7	`*`
8	`* @internal Mininum PHP version : 5.2`	8	`* @internal Mininum PHP version : 5.2`
9	`* @category CEL`	9	`* @category CEL`
10	`* @package Services`	10	`* @package Services`
11	`* @subpackage Bibliothèques`	11	`* @subpackage Bibliothèques`
12	`* @version 0.1`	12	`* @version 0.1`
13	`* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>`	13	`* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>`
14	`* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>`	14	`* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>`
15	`* @author Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>`	15	`* @author Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>`
16	`* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>`	16	`* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>`
17	`* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>`	17	`* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>`
18	`* @copyright 1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>`	18	`* @copyright 1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>`
19	`*/`	19	`*/`
20	`class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {`	20	`class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {`
21		21
22	`const DEBUG = FALSE;`	22	`const DEBUG = FALSE;`
23		23
24	`private $url_service_nom = null;`	24	`private $url_service_nom = null;`
25	`private $url_service_taxon = null;`	25	`private $url_service_taxon = null;`
26	`private $url_service_chorologie = null;`	26	`private $url_service_chorologie = null;`
27		27
28	`private $masque_recherche = null;`	28	`private $masque_recherche = null;`
29	`private $code_referentiel = 'bdtfx';`	29	`private $code_referentiel = 'bdtfx';`
30		30
31	`// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()`	31	`// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()`
32	`// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt\|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591`	32	`// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt\|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591`
33	`public $is_notation_spe = FALSE;`	33	`public $is_notation_spe = FALSE;`
34		34
35	`// un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=`	35	`// un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=`
36	`// qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)`	36	`// qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)`
37	`static $cache = array();`	37	`static $cache = array();`
38		38
39	`public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {`	39	`public function __construct($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {`
40	`parent::__construct($config);`	40	`parent::__construct($config);`