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Rev 1862 Rev 1926
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<?php
1
<?php
2
/**
2
/**
3
* PHP Version 5
3
 * PHP Version 5
4
*
4
 *
5
* @category  PHP
5
 * @category  PHP
6
* @package   jrest
6
 * @package	  jrest
7
* @author    David Delon <david@tela-botania.org>
7
 * @author	  David Delon <david@tela-botania.org>
8
* @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
8
 * @author	  Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
9
* @copyright 2010 Tela-Botanica
9
 * @copyright 2010 Tela-Botanica
10
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
10
 * @license	  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
11
* @version   SVN: <svn_id>
11
 * @version	  SVN: <svn_id>
12
* @link      /doc/jrest/
12
 * @link	  /doc/jrest/
13
*/
13
 */
14
 
14
 
15
/**
15
/**
16
 * 
16
 * 
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client 
17
 * La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client 
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
18
 * ne soit dépendant de la version d'eflore
19
 */
19
 */
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
20
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
21
	
21
 
-
 
22
	const DEBUG = FALSE;
-
 
23
 
22
	private $url_service_nom = null;
24
	private $url_service_nom = null;
23
	private $url_service_taxon = null;
25
	private $url_service_taxon = null;
24
	private $url_service_chorologie = null;
26
	private $url_service_chorologie = null;
25
	
27
	
26
	private $masque_recherche = null;
28
	private $masque_recherche = null;
27
	private $code_referentiel = 'bdtfx';
29
	private $code_referentiel = 'bdtfx';
28
 
30
 
29
	// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
31
	// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
30
	// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
32
	// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
31
	public $is_notation_spe = FALSE;
33
	public $is_notation_spe = FALSE;
32
 
34
 
33
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
35
	public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
34
		parent::__construct($config);
36
		parent::__construct($config);
35
		$this->code_referentiel = $code_referentiel;
37
		$this->code_referentiel = $code_referentiel;
36
		$this->formaterUrlsServices($config);
38
		$this->formaterUrlsServices($config);
37
	}
39
	}
38
	
40
	
39
	private function formaterUrlsServices($config) {
41
	private function formaterUrlsServices($config) {
40
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
42
		$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
41
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
43
		$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
42
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
44
		$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
43
		$this->config = $config;
45
		$this->config = $config;
44
	}
46
	}
45
	
47
	
46
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
48
	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
47
		
49
		
48
		$liste_genre_espece = array();	
50
		$liste_genre_espece = array();	
49
		$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
51
		$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
50
		$masque = urlencode($this->masque_recherche);
52
		$masque = urlencode($this->masque_recherche);
-
 
53
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
51
		$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
54
		$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
52
		if($requete != '') {
55
		if($requete != '') {
53
			$requete = json_decode($requete);		
56
			$requete = json_decode($requete);		
54
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
57
			if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
55
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
58
				foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
56
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
59
					$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
57
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
60
					$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
58
				}
61
				}
59
			}
62
			}
60
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));  
63
			usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));  
61
		}
64
		}
62
		return $liste_genre_espece;
65
		return $liste_genre_espece;
63
	}
66
	}
64
	
67
	
65
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
68
	function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
66
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
69
		if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
67
			return -1;
70
			return -1;
68
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
71
		} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
69
			return 1;
72
			return 1;
70
		} else {
73
		} else {
71
			return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
74
			return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
72
		}
75
		}
73
	}
76
	}
74
	
77
	
75
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
78
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
76
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
79
		$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
77
		$retour_infos_complementaires = array();
80
		$retour_infos_complementaires = array();
78
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
81
		if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
79
           	$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
82
			$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
80
	    }
83
		}
81
		
84
		
82
		return $retour_infos_complementaires;
85
		return $retour_infos_complementaires;
83
	}
86
	}
84
	
87
	
85
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
88
	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
86
		$nom_saisi = trim($nom_saisi);
89
		$nom_saisi = trim($nom_saisi);
87
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
90
		// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
88
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
91
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
89
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
92
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
90
 
93
 
91
		// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
94
		// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
92
		if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
95
		if( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide
93
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');
96
			$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');
94
		}
97
		}
95
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
98
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
96
 
99
 
97
		// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue
100
		// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue
98
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
101
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
99
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
102
		if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
100
 
103
 
101
		// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
104
		// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
102
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
105
		$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
103
		
106
		
104
		return $liste_genre_espece;
107
		return $liste_genre_espece;
105
	}
108
	}
106
	
109
	
107
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
110
	private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
-
 
111
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1', $this->url_service_nom, urlencode($nom_saisi), $mode, implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet"))));
108
		$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
112
		$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
109
													  $this->url_service_nom,
113
		$this->url_service_nom,
110
													  urlencode($nom_saisi),
114
		urlencode($nom_saisi),
111
													  $mode,
115
		$mode,
112
													  implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
116
		implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
113
		if(!$res) return NULL;
117
		if(!$res) return NULL;
114
		$resultat = (array)$res->resultat;
118
		$resultat = (array)$res->resultat;
115
		return array_pop($resultat);
119
		return array_pop($resultat);
116
	}
120
	}
117
	
121
	
118
	static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
122
	static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
119
		// TODO: gérer les hybrides
123
		// TODO: gérer les hybrides
120
		if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
124
		if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
121
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
125
			$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
122
			$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
126
			$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
123
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
127
			$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
124
		} else {
128
		} else {
125
			/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
129
			/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
126
			   mais ça marche dans la plupart des cas	
130
			   mais ça marche dans la plupart des cas	
127
			   à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
131
			   à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
128
			$nameparser = new NameParser();
132
			$nameparser = new NameParser();
129
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
133
			$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
130
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
134
			$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
131
		}
135
		}
132
 
136
 
133
		return trim($nom_saisi_sans_auteur);
137
		return trim($nom_saisi_sans_auteur);
134
	}
138
	}
135
	
139
	
136
	static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
140
	static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
137
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
141
		return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
138
	}
142
	}
139
	
143
	
140
	static function estUnHybride($nom_saisi) {
144
	static function estUnHybride($nom_saisi) {
141
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
145
		return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
142
	}
146
	}
143
	
147
	
144
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
148
	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
145
		if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
149
		if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
-
 
150
			if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
146
			return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
151
			return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
147
												  $ref . '/' .
152
			$ref . '/' .
148
												  'noms' . '/' .
153
			'noms' . '/' .
149
												  $num_nom .
154
			$num_nom .
150
												  '?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
155
			'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
151
																								  'id',
156
			'id',
152
																								  'nom_retenu_complet',
157
			'nom_retenu_complet',
153
																								  'nom_retenu.id',
158
			'nom_retenu.id',
154
																								  'num_taxonomique',
159
			'num_taxonomique',
155
																								  'famille'))));
160
			'famille'))));
156
		}
161
		}
157
		// XXX: compat
162
		// XXX: compat
-
 
163
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille');
158
		return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
164
		return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
159
	}
165
	}
160
 
166
 
161
	static function supprimerBiblio($nom) {
167
	static function supprimerBiblio($nom) {
162
		return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
168
		return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
163
	}
169
	}
164
	
170
	
165
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
171
	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
166
		$nt = null;
172
		$nt = null;
167
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
173
		$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
-
 
174
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
168
		$resultat = @file_get_contents($url);
175
		$resultat = @file_get_contents($url);
169
		if($resultat != '') {
176
		if($resultat != '') {
170
			$infos = json_decode($resultat);
177
			$infos = json_decode($resultat);
171
			$nt = $infos->num_taxonomique;
178
			$nt = $infos->num_taxonomique;
172
		}
179
		}
173
	
180
	
174
		return $nt;
181
		return $nt;
175
	}
182
	}
176
	
183
	
177
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
184
	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
178
		$presence_taxon = false;
185
		$presence_taxon = false;
179
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
186
		$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
-
 
187
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
180
		$resultat = @file_get_contents($url);
188
		$resultat = @file_get_contents($url);
181
		if($resultat != '') {
189
		if($resultat != '') {
182
			$resultat = json_decode($resultat);
190
			$resultat = json_decode($resultat);
183
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
191
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
184
				$presence_taxon = true;
192
				$presence_taxon = true;
185
			}
193
			}
186
		}
194
		}
187
		return $presence_taxon;
195
		return $presence_taxon;
188
	}
196
	}
189
	
197
	
190
	/* texte libre, nom scientifique, 
198
	/* texte libre, nom scientifique, 
191
	   ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999) 
199
	   ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999) 
192
	   ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
200
	   ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
193
	   TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
201
	   TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
194
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
202
	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
195
		preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
203
		preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
196
		if($elements) {
204
		if($elements) {
197
			$this->is_notation_spe = TRUE;
205
			$this->is_notation_spe = TRUE;
198
			list(, $ref, $type, $num) = $elements;
206
			list(, $ref, $type, $num) = $elements;
199
 
207
 
200
			if($ref != $this->code_referentiel) {
208
			if($ref != $this->code_referentiel) {
201
				// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
209
				// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné
202
				// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
210
				// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel
203
				// passé au nom d'espèce
211
				// passé au nom d'espèce
204
				// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore
212
				// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore
205
				// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.
213
				// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.
206
			}
214
			}
207
			// Numero nomenclatural
215
			// Numero nomenclatural
208
			if ($type == 'nn') {
216
			if ($type == 'nn') {
209
				$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
217
				$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
210
			}
218
			}
211
			// Numero taxonomique
219
			// Numero taxonomique
212
			else {
220
			else {
213
				//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
221
				//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
-
 
222
				if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num);
214
				$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
223
				$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
215
			}
224
			}
216
			if($obj) $obj->ref = $ref;
225
			if($obj) $obj->ref = $ref;
217
			return $obj;
226
			return $obj;
218
		}
227
		}
219
 
228
 
220
		// Nom scientifique
229
		// Nom scientifique
221
		return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
230
		return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
222
	}
231
	}
223
	
232
	
224
	public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
233
	public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
225
		$retour = array();
234
		$retour = array();
-
 
235
		if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
226
		$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
236
		$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
227
		if($resultat != '') {
237
		if($resultat != '') {
228
			$resultat = json_decode($resultat);
238
			$resultat = json_decode($resultat);
229
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
239
			if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
230
				$retour = $resultat->resultat;
240
				$retour = $resultat->resultat;
231
			}
241
			}
232
		}
242
		}
233
		return $retour;
243
		return $retour;
234
	}
244
	}
235
}
245
}
236
?>
-
 
237
246