WebSVN – eFlore/Applications.cel – Diff – /trunk/jrest/lib/RechercheInfosTaxon.php

 <?php
 /**
 * PHP Version 5
+*
 * @category  PHP
 * @package   jrest
 * @author    David Delon <david@tela-botania.org>
 * @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
 * @copyright 2010 Tela-Botanica
 * @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
 * @version   SVN: <svn_id>
 * @link      /doc/jrest/
 */
 /**
+ *
  * Classe de recherche d'informations sur un taxon donné
  * lors de l'évolution d'eflore, devrait être remplacée par
  * un appel aux nouveaux web services
  */
 class RechercheInfosTaxon extends Cel {
 	public function RechercheInfosTaxon($config) {
 		parent::__construct($config);
 		// Connection à la base de données spécifique eflore
 		$this->bdd = $this->connecterPDO($this->config, 'eflore');
+	}
 	public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
 		$liste_genre_espece = array();
 		$requete_recherche = '';
 		// Genre et Espece
 		if ($espece != null && $genre != null) {
             if (strlen($espece) > 0 ) {
 				$espece=preg_replace('/\*+/','%',$espece);
     	       	$requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
     	       			"   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
     	       			" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
     	       			" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
     	       			" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
     	       			" , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom, esn_ce_statut" .
     	       			" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " .
     	       			"  	  eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
     	       			"   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
     	       			"   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
     	       			"   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
     	       	     	"   , eflore_selection_nom".
     	       			" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre LIKE ".$this->proteger($genre.'%').
     	       			" AND en_ce_rang > 160 " .
     	       			" AND en_epithete_espece like ".$this->proteger($espece.'%')." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
     	       			" AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
     	       			" AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
     	       			" AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
     	       			" AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
     	       			" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
     	       			" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
     	       			" ORDER BY esn_ce_statut, en_ce_rang, en_epithete_espece, en_nom_genre LIMIT 50";
+            }
+		}
 		else {
 			if ($genre != null) {
 				$genre=preg_replace('/\*+/','%',$genre);
 				//TODO: comprendre pourquoi à l'origine il y avait : (strlen($genre) >= 1) /*&& ($genre != '%')
 				// voir avec david
 	            if ((strlen($genre) >= 1)) {
 				    $requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_id_nom, 0 as esn_ce_statut FROM  eflore_nom WHERE en_id_version_projet_nom = '25'" .
 				    "AND en_ce_rang = 160 " .
 				    "AND en_nom_genre LIKE ".$this->proteger($genre.'%')." ORDER BY esn_ce_statut, en_nom_genre LIMIT 50";
+	            }
+			}
+		}
         if ($requete_recherche != '') {
         	$resultat_recherche = $this->requeter($requete_recherche);
         	if (is_array($resultat_recherche)) {
         		foreach ($resultat_recherche as $ligne) {
         			$liste_genre_espece[] = array($this->formaterNom($ligne),
         										$ligne['en_id_nom'],
         										$ligne['esn_ce_statut']
         									);
+        		}
+        	}
+        }
 		return $liste_genre_espece;
+	}
 	function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($numNom) {
 		$resultat_infos_complementaires = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
 		// Nom retenu, Num Nomen nom retenu, Num Taxon, Famille
 		$value=array('Nom_Retenu'=>"",'Num_Nom_Retenu'=>"0",'Num_Taxon'=>"0",'Famille'=>"");
         if (is_array($resultat_infos_complementaires)) {
 		    foreach ($resultat_infos_complementaires as $row) {
 		        	$fam=$this->rechercherFamille($row['esn_id_taxon']);
 	        	while (($fam['en_ce_rang']!='fin') && ($fam['en_ce_rang'] !=120)) {
 		        	$fam=$this->rechercherFamille($fam['etr_id_taxon_2']);
+	        	}
 	        	if ($fam['en_ce_rang']==120) {
 	        		$famille=$fam['en_nom_supra_generique'];
+	        	}
 	        	else {
 	        		$famille="Famille inconnue";
+	        	}
 	        	$value=array('Nom_Retenu'=>$this->formaterNom($row),'Num_Nom_Retenu'=>$row['esn_id_nom'],'Num_Taxon'=>$row['esn_id_taxon'],'Famille'=>$famille);
+		    }
+        }
 	    return $value;
+	}
 	public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
 		$resultat_infos_complementaires = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
 		$retour_infos_complementaires = array();
 		foreach ($resultat_infos_complementaires as $info) {
            $retour_infos_complementaires=array(($this->formaterNom($info)));
+	    }
 		return $retour_infos_complementaires;
+	}
 	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom) {
 		$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
 			     	       			"   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
         	       			" , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
         	       			" , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
         	       			" , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
 			     " , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, b.esn_id_taxon, b.esn_id_nom" .
 			     " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
 			       			"  	  eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
         	       			"   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
         	       			"   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
         	       			"   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
 			     " ,eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b".
 			     " WHERE a.esn_id_nom= ".$this->proteger($numNom).
 			     " AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
 			     " AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ".
 			     " AND b.esn_ce_statut=3 ".
 			     " AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" .
 			     " AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
 			     " AND en_id_nom = b.esn_id_nom" .
 			     " AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
        			 " AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
        			 " AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
         	     " AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
 			     " AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
 		$resultat_infos_complementaires = $this->requeter($requete_infos_complementaires);
 		return $resultat_infos_complementaires;
+	}
+	public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
+		$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
+                    "   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
+                    " , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
+                    " , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
+                    " , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
+                    " , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
+                    " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
+                    "     eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
+                    "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
+                    "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
+                    "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
+                    " , eflore_selection_nom ".
+                    " WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'".
+                    " AND esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
+                    " AND esn_ce_statut=3 ".
+                    " AND en_id_nom = esn_id_nom" .
+                    " AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
+                    " AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
+                    " AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
+                    " AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
+                    " AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
+                    " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
+		$resultat_infos_complementaires = $this->requeter($requete_infos_complementaires);
+		return $resultat_infos_complementaires;
+	}
 	public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
 		$value = array();
 		if ($nom_saisi != null && $nom_saisi != "") {
 			$requete_infos_comp_sur_nom = 'SELECT * FROM eflore_nom_intitule '.
 			'WHERE eni_id_categorie_format = 3 AND '.
 			'eni_id_version_projet_nom = 25 AND '.
 			'(eni_id_valeur_format = 3 OR eni_id_valeur_format = 4) AND '.
 			'eni_intitule_nom LIKE "'.$nom_saisi.'%" '.
 			'ORDER BY LENGTH(eni_intitule_nom)';
 			$resultat_infos_comp_sur_nom = $this->requeter($requete_infos_comp_sur_nom);
 	        if (is_array($resultat_infos_comp_sur_nom)) {
 		        foreach ($resultat_infos_comp_sur_nom as $ligne) {
 		        	$value[]=array($ligne['eni_id_nom'], $ligne['eni_intitule_nom']);
+		        }
+	        }
+		}
 		return $value;
+	}
 	public function rechercherFamille($taxon) {
 		$row = array();
 		$requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ".
 		" FROM eflore_taxon_relation, ".
 		" eflore_selection_nom, ".
 		" eflore_nom ".
 		" WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon.
 		" AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 ".
 		" AND etr_id_categorie_taxon = 3 ".
 		" AND etr_id_valeur_taxon = 3 ".
 		" AND esn_id_taxon =  etr_id_taxon_2 ".
 		" AND esn_ce_statut = 3 ".
 		" AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 ".
 		" AND en_id_nom = esn_id_nom ".
 		" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom  ";
 		$resultat_recherche_famille = $this->requeter($requete_famille);
 		if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) {
 	    	$resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin');
 	    } else {
 	    	$resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0];
+	    }
 		return $resultat_recherche_famille;
+	}
 	public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
 		$requete_num_tax = "SELECT DISTINCT b.esn_id_taxon FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
 		" eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b".
 		" WHERE a.esn_id_nom= ".$this->proteger($num_nom).
 		" AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
 		" AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ".
 		" AND b.esn_ce_statut=3 ".
 		" AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" .
 		" AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
 		" AND en_id_nom = b.esn_id_nom" .
 		" AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";
 	    $res_num_nom = $this->requeter($requete_num_tax);
 		$nt = null;
 		if (is_array($res_num_nom) && count($res_num_nom) > 0) {
 			$nt=$res_num_nom[0]['esn_id_taxon'];
+		}
 		return $nt;
+	}
 	public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
 		$requete_presence_taxon = "SELECT ecd_ce_taxon FROM eflore_zg, eflore_chorologie_donnee ".
 								  "WHERE ecd_ce_taxon = ".$this->proteger($num_taxon)." ".
 								  "AND ezg_code=".$this->proteger($code_departement)." ".
 								  "AND ecd_ce_zone_geo = ezg_id_zone_geo ".
 								  "AND ezg_id_projet_zg = ecd_ce_version_projet_zg ".
 								  "AND ecd_ce_version_projet_taxon=25";
 		$resultat_presence_taxon = $this->requeter($requete_presence_taxon);
 		$presence_taxon = (is_array($resultat_presence_taxon) && count($resultat_presence_taxon) > 0);
 		return $presence_taxon;
+	}
+	private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {
+		$nameparser=new NameParser();
+		$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);
+		// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
+		if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {
+			$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
+            	" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
+            	" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = '".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])."' " .
+                " AND enrg_abreviation_rang = '".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])."' " .
+                " AND en_epithete_infra_specifique = '".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])."' " .
+                " AND esn_id_nom= en_id_nom ".
+                " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
+                " AND en_epithete_espece =  '".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])."' AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
+                " ORDER BY esn_ce_statut ".
+                " LIMIT 1";
+		}
+		else { // espece  (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
+			$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
+				" FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
+				" WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = '".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])."' " .
+				" AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " .
+				" AND esn_id_nom= en_id_nom ".
+				" AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
+				" AND en_epithete_espece =  '".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])."' AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
+				" ORDER BY esn_ce_statut ".
+				" LIMIT 1";
+		}
+		$resultat = $this->requeter($requete);
+		$retour = array();
+		if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {
+			$retour = $resultat[0];
+		}
+		return $resultat;
+	}
 	private function formaterNom($rawnom) {
         // Constitution du nom:
         $nom = '';
         if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') {
             $nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique'];
         } else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') {
             $nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique'];
         } else {
             if (isset($rawnom['en_nom_genre']) &&  $rawnom['en_nom_genre'] != '') {
                 $nom .=  $rawnom['en_nom_genre'];
+            }
             if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) &&  $rawnom['en_epithete_espece']!= '') {
                 $nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece'];
+            }
             if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) &&  $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') {
                 if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) {
                         $nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].'';
+                }
                 $nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique'];
+            }
+        }
         return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ;
+ 	}
 	private function retournerAuteur($rawnom) {
 		$auteurs = '';
 		$auteur_basio = '';
 		$auteur_modif = '';
 		if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' )  {
 		    $auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];
 		    if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
 		        $auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];
+		    }
 		} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
 		    $auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];
+		}
 		if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {
 		    $auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];
 		    if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
 		        $auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];
+		    }
 		} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-')  {
 		    $auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];
+		}
 		if (!empty($auteur_modif)) {
 		    $auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;
 		} elseif (!empty($auteur_basio)) {
 		    $auteurs = ' '.$auteur_basio;
+		}
 		return $auteurs ;
+	}
+	function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
+		// texte libre, nom scientifique,
+		// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
+		// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
+		$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
+		$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
+		$retour = array();
+		preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
+		if (isset($elements[1])) {
+			// Numero nomenclatural
+			$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
+			$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]);
+		} else {
+			//  Numero taxonomique ou nom scientifique
+			preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
+			if (isset($elements[1])) {
+				// Numero taxonomique
+				$infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
+				$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']);
+			} else {
+				// Nom scientifique
+				$id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece);
+				// Recherche du nom associe
+				$infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']);
+				if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {
+					$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']);
+				} else {
+					$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
+				}
+			}
+		}
+		return $retour;
+	}
+}
 ?>

Subversion Repositories eFlore/Applications.cel

(root)/trunk/jrest/lib/RechercheInfosTaxon.php @ 1655 – Rev 1294 → 1318