WebSVN – eFlore/Projets.eflore-projets – Diff – /trunk/scripts/modules/baseflor/Baseflor.php

 <?php
 /** Exemple lancement:
  * /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php baseflor -a chargerTous
 */
 class Baseflor extends EfloreScript {
 	private $table = null;
-	private $fichierDonnees = '';
-	private $log = '';
-	private $nb_erreurs;
-	private $erreurs_ligne;
-	private $ligne_num;
-	private $colonne_valeur;
-	private $colonne_num;
-	private $type_bio = array();
-	private $ss_type_bio = array();
-	private $signes_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
-	private $signes_nn_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
-	private $intervalles = array();
-	private $motifs = array();
 	public function executer() {
 		try {
 			$this->initialiserProjet('baseflor');
 			$cmd = $this->getParametre('a');
 			switch ($cmd) {
 				case 'chargerStructureSql' :
 					$this->chargerStructureSql();
 					break;
 				case 'chargerMetadonnees':
 					$this->chargerMetadonnees();
 					break;
 				case 'chargerOntologies' :
 					$this->chargerOntologies();
 					break;
-				case 'verifierDonnees' :
+				case 'verifierFichier' :
-					$this->verifFichier();
+					$this->verifierFichier();
 					break;
 				case 'chargerDonnees' :
 					$this->chargerDonnees();
 					break;
 				case 'genererChamps' :
 					 $this->genererChamps();
 					 break;
 				case 'chargerTous':
 					$this->chargerStructureSql();
 					$this->chargerMetadonnees();
 					$this->chargerOntologies();
 					$this->chargerDonnees();
 					$this->genererChamps();
 					$this->insererDonneesBaseflorRangSupEcolo();
 					$this->insererDonneesIndex();
 					break;
 				case 'insererDonneesRangSup' :
 					$this->insererDonneesBaseflorRangSupEcolo();
 					break;
 				case 'supprimerTous' :
 					$this->supprimerTous();
 					break;
 				case 'voirRangSup' :
 					$this->voirRangSup();
 					break;
 				case 'voirRangSupEcologie' :
 					$this->voirRangSupEcologie();
 					break;
 				case 'insererDonneesIndex' :
 					$this->insererDonneesIndex();
 					break;
 				default :
 					throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
+			}
 		} catch (Exception $e) {
 			$this->traiterErreur($e->getMessage());
+		}
+	}
 	//-- traitement de la table baseflorRangSupInsertion --//
 	private function  getClasseBaseflorRangSupInsertion() {
 		$conteneur = new Conteneur();
 		require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorRangSupInsertion.php";
 		$rangSupInsert = new BaseflorRangSupInsertion($conteneur, $this->getBdd());
 		return $rangSupInsert;
+	}
 	private function insererDonneesBaseflorRangSupEcolo(){
 		$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
 		$rangSupInsert->insererDonnees();
+	}
 	private function voirRangSup(){
 		$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
 		$rangSupInsert->testAscendantsDeBaseflor();
+	}
 	private function voirRangSupEcologie(){
 		$rangSupInsert = $this->getClasseBaseflorRangSupInsertion();
 		$rangSupInsert->testEcologieAscendantsDeBaseflor();
+	}
 	//-- traitement de la table baseflorIndex --//
 	private function  getClasseBaseflorIndex() {
 		$conteneur = new Conteneur();
 		require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorIndex.php";
 		$Index = new BaseflorIndex($conteneur, $this->getBdd());
 		return $Index;
+	}
 	private function insererDonneesIndex(){
 		$Index= $this->getClasseBaseflorIndex();
 		$Index->insererDonnees();
+	}
 	//-- traitement de la table generer champs --//
 	private function genererChamps(){
 		$this->initialiserGenerationChamps();
 		$this->ajouterChamps();
 		$this->analyserChampsExistant();
+	}
 	private function initialiserGenerationChamps() {
 		$this->table = Config::get('tables.donnees');
+	}
 	private function ajouterChamps() {
 		$this->preparerTablePrChpsBDNT();
 		$this->preparerTablePrChpsNumTaxon();
 		$this->preparerTablePrChpsNumNomen();
+	}
 	private function preparerTablePrChpsBDNT() {
 		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'BDNT' ";
 		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
 		if ($resultat === false) {
 			$requete = 	"ALTER TABLE {$this->table} ".
 					'ADD BDNT VARCHAR( 6 ) '.
 					'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci '.
 					'NOT NULL AFTER catminat_code ';
 			$this->getBdd()->requeter($requete);
+		}
+	}
 	private function preparerTablePrChpsNumTaxon() {
 		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_taxon' ";
 		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
 		if ($resultat === false) {
 			$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
 					'ADD num_taxon INT( 10 ) NOT NULL '.
 					'AFTER catminat_code';
 			$this->getBdd()->requeter($requete);
+		}
+	}
 	private function preparerTablePrChpsNumNomen() {
 		$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$this->table} LIKE 'num_nomen' ";
 		$resultat = $this->getBdd()->recuperer($requete);
 		if ($resultat === false) {
 			$requete = "ALTER TABLE {$this->table} ".
 					'ADD num_nomen INT( 10 ) NOT NULL '.
 					'AFTER catminat_code';
 			$this->getBdd()->requeter($requete);
+		}
+	}
 	private function analyserChampsExistant() {
 		$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
 		foreach ($resultats as $chps) {
 			$cle = $chps['cle'];
 			$nno = $chps['num_nomen_originel'];
 			$nto = $chps['num_taxon_originel'];
 			$valeurs = array();
 			$valeurs["BDNT"] = $this->genererChpsBDNT($nno, $nto);
 			$valeurs["num_taxon"] = $this->genererChpsNumTaxon($nto);
 			$valeurs["num_nomen"] = $this->genererChpsNumNomen($nno);
 			$this->remplirChamps($cle, $valeurs);
 			$this->afficherAvancement("Insertion des valeurs dans la base en cours");
+		}
 		echo "\n";
+	}
 	private function recupererTuplesNumsOriginels(){
 		$requete = "SELECT cle, num_taxon_originel, num_nomen_originel FROM {$this->table} ";
 		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
 		return $resultat;
+	}
 	private function genererChpsBDNT($nno, $nto) {
 		$bdnt = '';
 		if (preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nno, $retour) || preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nto, $retour)){
 			if ($retour[1]=='A') {
 				$bdnt = "BDAFX";
 			} else {
 				$bdnt = "BDBFX";
+			}
 		} elseif (($nno == 'nc') && ($nto == 'nc')) {
 			$bdnt = "nc";
 		} else {
 			$bdnt = "BDTFX";
+		}
 		return $bdnt;
+	}
 	private function genererChpsNumTaxon($nto){
 		$num_taxon = '';
 		if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nto, $retour)) {
 			$num_taxon = intval($retour[1]);
 		} elseif($nto == 'nc') {
 			$num_taxon = 0;
 		} else {
 			$num_taxon = intval($nto);
+		}
 		return $num_taxon;
+	}
 	private function genererChpsNumNomen($nno) {
 		$num_nomen = '';
 		if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nno, $retour)) {
 			$num_nomen = intval($retour[1]);
 		} elseif ($nno == 'nc') {
 			$num_nomen = 0;
 		} else {
 			$num_nomen = intval($nno);
+		}
 		return $num_nomen;
+	}
 	 private function remplirChamps($cle, $valeurs) {
 		foreach ($valeurs as $nomChamp => $valeurChamp) {
 			$valeurChamp = $this->getBdd()->proteger($valeurChamp);
 			$requete = "UPDATE {$this->table} SET $nomChamp = $valeurChamp WHERE cle = $cle ";
 			$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
 			if ($resultat === false) {
 				throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple clé = $cle");
+			}
+		}
+	}
 	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 	// chargements, suppression, exécution
 	protected function chargerMetadonnees() {
 		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.metadonnees'));
-		$this->executerScripSql($contenuSql);
+		$this->executerScriptSql($contenuSql);
+	}
 	private function chargerOntologies() {
 		$chemin = Config::get('chemins.ontologies');
 		$table = Config::get('tables.ontologies');
 		$requete = "LOAD DATA INFILE '$chemin' ".
 			"REPLACE INTO TABLE $table ".
 			'CHARACTER SET utf8 '.
 			'FIELDS '.
 			"	TERMINATED BY '\t' ".
 			"	ENCLOSED BY '' ".
 			"	ESCAPED BY '\\\' "
+			;
 		$this->getBdd()->requeter($requete);
+	}
 	protected function chargerStructureSql() {
 		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
-		$this->executerScripSql($contenuSql);
+		$this->executerScriptSql($contenuSql);
+	}
-	protected function executerScripSql($sql) {
+	protected function executerScriptSql($sql) {
 		$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
 		foreach ($requetes as $requete) {
 			$this->getBdd()->requeter($requete);
+		}
+	}
 	private function chargerDonnees() {
-		$this->verifFichier();
+		$nb_err = $this->verifierFichier();
-		if ($this->nb_erreurs > 0) {
+		if ($nb_err > 0) {
 			$e = "Je ne peux pas charger les données car le fichier comporte des erreurs.".
 					"Voir le fichier baseflor_verif.txt\n";
 			throw new Exception($e);
+		}
 		$table = Config::get('tables.donnees');
 		$requete = "LOAD DATA INFILE '".Config::get('chemins.donnees')."' ".
 			"REPLACE INTO TABLE $table ".
 			'CHARACTER SET utf8 '.
 			'FIELDS '.
 			"	TERMINATED BY '\t' ".
 			"	ENCLOSED BY '' ".
 			"	ESCAPED BY '\\\'";
 		$this->getBdd()->requeter($requete);
+	}
 	private function supprimerTous() {
-		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS baseflor_meta, baseflor_ontologies, baseflor_v2012_03_19,".
+		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS baseflor_meta, baseflor_ontologies, baseflor_v2012_05_08,".
-			" baseflor_rang_sup_ecologie_v2012_03_19, baseflor_index_v2012_03_19 ";
+			" baseflor_rang_sup_ecologie_v2012_05_08, baseflor_index_v2012_05_08 ";
 		$this->getBdd()->requeter($requete);
+	}
-	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
-	// vérifications de données
-	//verifie la cohérence des valeurs des colonnes
-	private function verifFichier(){
-		$this->initialiserParametresVerif();
-		$lignes = file($this->fichierDonnees, FILE_IGNORE_NEW_LINES);
-		if ($lignes != false) {
-			$this->ajouterAuLog("!!! REGARDEZ LES COLONNES DANS NUMERO_COLONNES_IMPORTANT.TXT.");
-			foreach ($lignes as $this->ligne_num => $ligne) {
-				$this->verifierErreursLigne($ligne);
-				$this->afficherAvancement("Vérification des lignes");
-			}
-			echo "\n";
-		} else {
-			$this->traiterErreur("Le fichier {$this->fichierDonnees} ne peut pas être ouvert.");
-		}
-		if ($this->nb_erreurs == 0) {
-			$this->ajouterAuLog("Il n'y a pas d'erreurs.");
-		}
-		$this->traiterInfo($this->nb_erreurs." erreurs");
-		$this->ecrireFichierLog();
-	}
-	//vérifie par colonnes les erreurs d'une ligne
-	private function verifierErreursLigne($ligne){
-		$this->erreurs_ligne = array();
-		$colonnes = explode("\t", $ligne);
-		if (isset($colonnes)) {
-			foreach ($colonnes as $this->colonne_num => $this->colonne_valeur) {
-				if (( $this->colonne_num > 0 && $this->colonne_num < 15 )
-						|| $this->colonne_num == 16
-						|| ($this->colonne_num > 18 && $this->colonne_num < 23)
-						|| $this->colonne_num > 39) {
-					$this->verifierColonne();
-				} elseif ($this->colonne_num == 15) {
-					$this->verifierTypeBio();
-				} elseif ($this->colonne_num >= 23 && $this->colonne_num <= 32) {
-					$this->verifierIntervalles($this->colonne_valeur);
-				} elseif ($this->colonne_num >= 33 && $this->colonne_num < 41) {
-					$this->verifierValeursIndic();
-				}
-			}
-		} else {
-			$message = "Ligne {$this->ligne_num} : pas de tabulation";
-			$this->ajouterAuLog($message);
-		}
-		$this->controlerErreursLigne();
-	}
-	private function verifierColonne(){
-		$motif = $this->motifs[$this->colonne_num];
-		if (preg_match($motif, $this->colonne_valeur) == 0 && $this->verifierSiVide() == false){
-			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-		}
-	}
-	private function verifierSiVide(){
-		$vide = ($this->colonne_valeur  == '') ? true : false;
-		return $vide;
-	}
-	private function verifierTypeBio(){
-		if (preg_match("/(.+)\((.+)\)$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1) {
-			$this->verifierTypeEtSsType($retour[1]);
-			$this->verifierTypeEtSsType($retour[2]);
-		} else {
-			$this->verifierTypeEtSsType($this->colonne_valeur);
-		}
-	}
-	private function verifierTypeEtSsType($chaine_a_verif){
-		if (preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé]+[^\-])$/", $chaine_a_verif, $retour) == 1) {
-			$type = (isset($retour[3])) ? $retour[3] : $retour[1];
-			$this->verifierType($type);
-			$sousType = $retour[2];
-			$this->verifierSousType($sousType);
-		}
-	}
-	private function verifierType($type) {
-		if (in_array($type, $this->type_bio) == false) {
-			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-		}
-	}
-	private function verifierSousType($sousType) {
-		if ($sousType != ''){
-			$ss_type = explode('-', $sousType);
-			foreach ($ss_type as $sst) {
-				if (in_array($sst, $this->ss_type_bio) == false) {
-					$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-				}
-			}
-		}
-	}
-	private function verifierIntervalles($valeur){
-		if ($valeur != '') {
-			list($min, $max) = explode('-', $this->intervalles[$this->colonne_num]);
-			if ($valeur < $min || $valeur > $max){
-				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-			}
-		}
-	}
-	private function verifierValeursIndic(){
-		if (preg_match("/^([^0-9])*([0-9]+)([^0-9])*$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1){
-			$this->verifierIntervalles($retour[2]);
-			if (isset($retour[3]) && in_array($retour[3], $this->signes_nn_seuls) == false){
-				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-			}
-			if ($retour[1] != '-' && $retour[1] != ''){
-				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-			}
-		} elseif (in_array( $this->colonne_valeur, $this->signes_seuls) == false && $this->verifierSiVide() == false) {
-			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
-		}
-	}
-	private function controlerErreursLigne() {
-		$nbreErreursLigne = count($this->erreurs_ligne);
-		$this->nb_erreurs += $nbreErreursLigne;
-		if ($nbreErreursLigne != 0) {
-			$this->ajouterAuLog("Erreurs sur la ligne {$this->ligne_num}");
-			$ligneLog = '';
-			foreach ($this->erreurs_ligne as $cle => $v){
-				$ligneLog .= "colonne $cle : $v - ";
-			}
-			$this->ajouterAuLog($ligneLog);
-		}
-	}
-	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
-	// Chargement Paramètres
+	//++------------------------------------verifierFichier------------------------------------------++//
-	private function initialiserParametresVerif() {
-		$this->nb_erreurs = 0;
-		$this->fichierDonnees = Config::get('chemins.donnees');
-		$this->type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.typesBio');
-		$this->ss_type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.sousTypesBio');
-		$this->signes_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesSeuls');
-		$this->signes_nn_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesNonSeuls');
-		$this->intervalles = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.intervalles'));
-		$this->motifs = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.motifs'));
-	}
-	private function getParametreTableau($cle) {
-		$tableau = array();
-		$parametre = Config::get($cle);
-		if (empty($parametre) === false) {
+	private function  getClasseBaseflorVerif() {
-			$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
-			$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
-			foreach ($tableauPartiel as $champ) {
-				if (strpos($champ, '=') !== false && strlen($champ) >= 3) {
-					list($cle, $val) = explode('=', $champ);
-					$tableau[trim($cle)] = trim($val);
-				} else {
-					$tableau[] = trim($champ);
-				}
-			}
-		}
-		return $tableau;
-	}
-	private function inverserTableau($tableau) {
-		$inverse = array();
+		$conteneur = new Conteneur();
-		foreach ($tableau as $cle => $valeurs) {
-			$valeurs = explode(';', $valeurs);
-			foreach ($valeurs as $valeur) {
-				$inverse[$valeur] = $cle;
-			}
+		require_once dirname(__FILE__)."/BaseflorVerif.php";
-		}
-		return $inverse;
-	}
-	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
-	// Gestion du Log
-	private function ajouterAuLog($txt) {
+		$verif = new BaseflorVerif($conteneur,'baseflor');
-		$this->log .= "$txt\n";
+		return $verif;
 	}
-	private function ecrireFichierLog() {
+	private function verifierFichier() {
+		$verif = $this->getClasseBaseflorVerif();
-		$fichierLog = dirname(__FILE__).'/log/verification.log';
+		$nb_erreurs = $verif->verifierFichier(Config::get('chemins.donnees'));
+		return $nb_erreurs;
 		file_put_contents($fichierLog, $this->log);
+}
 ?>

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(root)/trunk/scripts/modules/baseflor/Baseflor.php – Rev 591 → 603