WebSVN – eFlore/Projets.eflore-projets – Diff – /trunk/scripts/modules/cel/cel_references.sh


#!/bin/bash
# cf l'historique SVN pour plus de commentaires
# lancer:
# bash cel_references.sh |mysql --show-warnings tb_eflore
DB='`tb_cel`.`cel_references`';
sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;g" "$0"
exit
 
-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne
-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide
 
/*
TODO:
* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur cel_obs
* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31
* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06
* fix date: set NULL pour les dates dans le futur
SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' || num_tax IS NULL)
 
CREATE INDEX i_nom_referentiel ON tb_cel.cel_obs (`nom_referentiel`(5));
CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);
CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);
*/
 
-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script
-- SET @destdb = 'tb_cel';
-- SET @desttable = 'cel_references';
-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
 
DROP TABLE IF EXISTS @dst;
CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (
       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
 
       -- bdtfx
       `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',
       `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
 
       -- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06
       `num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT "depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun), les noms non-associés ne sont pas intégrés pour l\'instant",
 
       -- bdtfx
       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
 
 
       -- cel_obs
       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
 
       -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
       -- mais NULL à cause de nva
       `nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',
 
       -- baseflor_v2012_12_31
       `catminat_code` varchar(18) DEFAULT 'inconnu' COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_lumiere` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_temperature` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_continentalite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_humidite_atmos` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_humidite_edaph` int(2) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_reaction_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_nutriments_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_salinite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_texture_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
       `ve_mat_org_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
 
       -- baseveg_v2013_01_09
       `syntaxon` varchar(255) NULL COMMENT 'depuis baseveg_v2013_01_09',
PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`),
INDEX (`referentiel`(5)),
INDEX (`num_nom`),
INDEX (`num_taxon`)
) ENGINE=MyISAM \
  DEFAULT CHARSET=utf8 \
  COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de bdtfx_v1_01, nvjfl_v2007 et bdtxa_v1_00';
 
-- tables temporaires
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
 
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
 
 
-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX
-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql
CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \
SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \
v.syntaxon \
FROM baseflor_v2012_12_31 f LEFT JOIN baseveg_v2013_01_09 v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \
GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references
 
 
-- INSERTIONS
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_taxonomique != '')
INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \
      `catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \
      `ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \
 
       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \
     bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \
     bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon
  FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
  LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen);
 
 
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_tax IS NOT NULL AND b.num_tax != '')
INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon);
 
 
INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`) \
       SELECT "isfan", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur FROM isfan_v2013 b;
 
 
 
 
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
 
SELECT SUM(theorie.a) AS théorie, pratique.a AS total FROM \
	(SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_eflore.bdtfx_v1_01 UNION ALL \
	 SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_eflore.bdtxa_v1_00 UNION ALL \
	 SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_eflore.isfan_v2013 \
	) AS theorie, \
	(SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_cel.cel_references) AS pratique;
-- bdtfx+bdtxa+isfan: 141181 (2013/07/23)
 

Subversion Repositories eFlore/Projets.eflore-projets

(root)/trunk/scripts/modules/cel/cel_references.sh – Rev 756 → 760

Rev 756		Rev 760
1	`#!/bin/bash`	1	`#!/bin/bash`
2	`# cf l'historique SVN pour plus de commentaires`	2	`# cf l'historique SVN pour plus de commentaires`
3	`# lancer:`	3	`# lancer:`
4	`# bash cel_references.sh \|mysql --show-warnings tb_eflore`	4	`# bash cel_references.sh \|mysql --show-warnings tb_eflore`
5	DB='`tb_cel`.`cel_references`';	5	DB='`tb_cel`.`cel_references`';
6	`sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;g" "$0"`	6	`sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;g" "$0"`
7	`exit`	7	`exit`
8		8
9	`-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne`	9	`-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne`
10	`-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide`	10	`-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide`
11		11
12	`/*`	12	`/*`
13	`TODO:`	13	`TODO:`
14	`* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation`	14	`* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation`
15	`SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;`	15	`SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;`
16	`* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur cel_obs`	16	`* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur cel_obs`
17	`* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31`	17	`* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31`
18	`* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06`	18	`* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06`
19	`* fix date: set NULL pour les dates dans le futur`	19	`* fix date: set NULL pour les dates dans le futur`
20	`SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();`	20	`SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();`
21	`* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')`	21	`* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')`
22	`* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' \|\| num_tax IS NULL)`	22	`* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' \|\| num_tax IS NULL)`
23		23
24	CREATE INDEX i_nom_referentiel ON tb_cel.cel_obs (`nom_referentiel`(5));	24	CREATE INDEX i_nom_referentiel ON tb_cel.cel_obs (`nom_referentiel`(5));
25	CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);	25	CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);
26	CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);	26	CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);
27	`*/`	27	`*/`
28		28
29	`-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script`	29	`-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script`
30	`-- SET @destdb = 'tb_cel';`	30	`-- SET @destdb = 'tb_cel';`
31	`-- SET @desttable = 'cel_references';`	31	`-- SET @desttable = 'cel_references';`
32	-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');	32	-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
33		33
34	`DROP TABLE IF EXISTS @dst;`	34	`DROP TABLE IF EXISTS @dst;`
35	`CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (`	35	`CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (`
36	`referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',	36	`referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
37		37
38	`-- bdtfx`	38	`-- bdtfx`
39	`num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',	39	`num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',
40	`num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',	40	`num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
41		41
42	`-- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06`	42	`-- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06`
43	`num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT "depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun), les noms non-associés ne sont pas intégrés pour l\'instant",	43	`num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT "depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun), les noms non-associés ne sont pas intégrés pour l\'instant",
44		44
45	`-- bdtfx`	45	`-- bdtfx`
46	`nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',	46	`nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
47	`auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',	47	`auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
48		48
49		49
50	`-- cel_obs`	50	`-- cel_obs`
51	-- `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',	51	-- `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
52	-- `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,	52	-- `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
53		53
54	-- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)	54	-- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
55	`-- mais NULL à cause de nva`	55	`-- mais NULL à cause de nva`
56	`nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',	56	`nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',
57		57
58	`-- baseflor_v2012_12_31`	58	`-- baseflor_v2012_12_31`
59	`catminat_code` varchar(18) DEFAULT 'inconnu' COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	59	`catminat_code` varchar(18) DEFAULT 'inconnu' COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
60	`ve_lumiere` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	60	`ve_lumiere` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
61	`ve_temperature` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	61	`ve_temperature` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
62	`ve_continentalite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	62	`ve_continentalite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
63	`ve_humidite_atmos` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	63	`ve_humidite_atmos` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
64	`ve_humidite_edaph` int(2) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	64	`ve_humidite_edaph` int(2) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
65	`ve_reaction_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	65	`ve_reaction_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
66	`ve_nutriments_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	66	`ve_nutriments_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
67	`ve_salinite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	67	`ve_salinite` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
68	`ve_texture_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	68	`ve_texture_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
69	`ve_mat_org_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',	69	`ve_mat_org_sol` int(1) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis baseflor_v2012_12_31',
70		70
71	`-- baseveg_v2013_01_09`	71	`-- baseveg_v2013_01_09`
72	`syntaxon` varchar(255) NULL COMMENT 'depuis baseveg_v2013_01_09',	72	`syntaxon` varchar(255) NULL COMMENT 'depuis baseveg_v2013_01_09',
73	PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`),	73	PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`),
74	INDEX (`referentiel`(5)),	74	INDEX (`referentiel`(5)),
75	INDEX (`num_nom`),	75	INDEX (`num_nom`),
76	INDEX (`num_taxon`)	76	INDEX (`num_taxon`)
77	`) ENGINE=MyISAM \`	77	`) ENGINE=MyISAM \`
78	`DEFAULT CHARSET=utf8 \`	78	`DEFAULT CHARSET=utf8 \`
79	`COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de bdtfx_v1_02, nvjfl_v2007 et bdtxa_v1_00';`	79	`COMMENT 'table générée par eflore/projets/scripts/modules/cel/cel_references.sql à partir de bdtfx_v1_01, nvjfl_v2007 et bdtxa_v1_00';`
80		80
81	`-- tables temporaires`	81	`-- tables temporaires`
82	DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;	82	DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
83		83
84	CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \	84	CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
85	`-- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );`	85	`-- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );`
86	`( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );`	86	`( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM nvjfl_v2007 n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );`
87		87
88	`-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long`	88	`-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long`
89	CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \	89	CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
90	`( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb / AND n.num_taxon IS NOT NULL / /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut`	90	`( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb / AND n.num_taxon IS NOT NULL / /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut`
91		91
92		92
93	`-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX`	93	`-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX`
94	`-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql`	94	`-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql`
95	CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \	95	CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \
96	`SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \`	96	`SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \`
97	`v.syntaxon \`	97	`v.syntaxon \`
98	`FROM baseflor_v2012_12_31 f LEFT JOIN baseveg_v2013_01_09 v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \`	98	`FROM baseflor_v2012_12_31 f LEFT JOIN baseveg_v2013_01_09 v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \`
99	`GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references`	99	`GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references`
100		100
101		101
102	`-- INSERTIONS`	102	`-- INSERTIONS`
-		103	`-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_taxonomique != '')`
103	INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \	104	INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \
104	`catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \	105	`catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \
105	`ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \	106	`ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \
106		107
107	`SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \`	108	`SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \`
108	`bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \`	109	`bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \`
109	`bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon`	110	`bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon`
110	`FROM bdtfx_v1_02 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \`	111	`FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \`
111	`LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen) WHERE b.num_taxonomique != '';`	112	`LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen);`
-		113
-		114
112		115	`-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_tax IS NOT NULL AND b.num_tax != '')`
113	INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \	116	INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
-		117	`SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon);`
-		118
-		119
114	`SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtxa_v1_00 b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon) \`	120	INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`) \
-		121	`SELECT "isfan", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur FROM isfan_v2013 b;`
-		122
-		123
115	`WHERE b.num_tax IS NULL AND b.num_tax != '';`	124
116		125
117	DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;	126	DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
118		127
-		128	`SELECT SUM(theorie.a) AS théorie, pratique.a AS total FROM \`
-		129	`(SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_eflore.bdtfx_v1_01 UNION ALL \`
-		130	`SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_eflore.bdtxa_v1_00 UNION ALL \`
-		131	`SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_eflore.isfan_v2013 \`
-		132	`) AS theorie, \`
-		133	`(SELECT COUNT(1) AS a FROM tb_cel.cel_references) AS pratique;`
-		134	`-- bdtfx+bdtxa+isfan: 141181 (2013/07/23)`
119	`SELECT count(1), "résultat théorique: 104422" FROM @dst;`	135