WebSVN – eFlore/Projets.eflore-projets – Diff – /trunk/scripts/modules/coste/DescriptionSp.php


<?php
 
// commande : /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a tester -n /home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/html
 
class DescriptionSp extends Script {
 
	protected $donnees = array();
	protected $nb_espece = 0;
	protected $donnees_espece = array();
	protected $fichier;
	protected $table_espece = array();
 
	protected $parametres_autorises = array(
		'-n' => array(true, null, 'nom du dossier à analyser'));
 
	public function executer() {
		$this->bdd = new Bdd();
 
		// Lancement de l'action demandée
		$cmd = $this->getParametre('a');
		switch ($cmd) {
			case 'integrer' :
				$this->supprimerPagesExistantes();
				$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_pages');
				$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples');
 
				$this->ouvrirDossier();
				$this->chargerIndexGpFG();
				$this->integrerSynonyme();
				ksort($this->table_espece);
				$this->recupererDonneesBdnff();
				$this->genererNumNom();
				$this->insererNumNomDansTriples();
				$this->creerTableCoste();
				$this->insererTableProjetCoste();
				break;
			default :
				$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
		}
	}
 
//---------------------------------FONCTION DE RECUPERATION DES DONNEES SUR LES ESPECES---------------------------------
 
	private function ouvrirDossier() {
 
 
 
		$nomDossier = $this->getParametre('n');
		$tableaux = null;
		if (file_exists($nomDossier) === true) {
			if (is_dir($nomDossier)) {
				if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {
					while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {
						if ( !is_dir($nomFichier) && preg_match('/e[0-9]{4}\.htm/', $nomFichier)) {
							$nomFichier = $nomDossier.'/'.$nomFichier;
							$this->traiterFichier($nomFichier);
						}
					}
					closedir($dossierOuvert);
				} else {
					$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");
				}
			} else {
				$tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier);
			}
		} else {
			$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");
		}
		$this->traiterInfo('Nombre d\'espèce : '.$this->nb_espece);
		//$this->creerFichier('donneesEspeces.tsv', $this->donnees_espece, '/home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/');
		return $tableaux;
	}
 
	private function supprimerPagesExistantes() {
		//suppression des tuples déjà existants
		$requete = 'DELETE FROM coste_pages WHERE id > 35';
		$this->bdd->requeter($requete);
		$requete = 'DELETE FROM coste_triples WHERE id > 1';
		$this->bdd->requeter($requete);
		$requete = 'DELETE FROM coste_correspondance_bdnff ';
		$this->bdd->requeter($requete);
		$this->traiterInfo('Table coste_pages, coste_triple et coste_correspondance_bdnff ont été vidés :)');
	}
 
 
	private function reinitialiserAutoIncrement($table) {
		$requete_max_id = 'SELECT max(id) FROM '.$table;
		$id_max = $this->bdd->recuperer($requete_max_id);
		$id_max = $id_max['max(id)'];
		$id_max = $id_max+1;
		$requete_pages = 'ALTER TABLE '.$table.' AUTO_INCREMENT = '.$id_max;
		$this->bdd->requeter($requete_pages);
	}
 
 
	private function traiterFichier($nomFichier) {
		$donnees = $this->ouvrirFichier($nomFichier);
		if ($donnees['ouvert'] == "oui") {
			$donneesTag = $this->creerNomPage($donnees['tag']);
			//on insère le triple titre dans coste_triples
			$this->donnees_espece[] = $donneesTag;
			$requetePage = 'INSERT INTO coste_pages (tag, time, body, latest) VALUES ("'
							.$donneesTag['nomPage'].'", NOW(), "'.$donnees['texte'].'", "Y");';
			$requeteTriple = 'INSERT INTO coste_triples(resource, property, value) VALUES '
							.'("'.$donneesTag['nomPage'].'", "titre", "'.$donneesTag['titre'].'"),';
			//on insère les correspondances avec bdnff
			$donneesCorr = $this->creerCorrespondance($donnees['correspondance']);
			$requeteCorr = 'INSERT INTO coste_correspondance_bdnff VALUES ("'
							.$donneesTag['id'].'", "'.$donneesCorr['num_nom'].'", "'
							.$donneesCorr['num_tax'].'", "'.$donneesCorr['famille'].'", "'.$donneesCorr['nom_sci'].'");';
			$requete = $requetePage." ".rtrim($requeteTriple, ',')."; ".$requeteCorr;
			$this->bdd->requeter($requete);
 
			$this->nb_espece++;
			$this->afficherAvancement("insertion espece");
		}
	}
 
	private function ouvrirFichier($nomFichier) {
		$this->fichier = $nomFichier;
		$donnees = null;
		if (file_exists($nomFichier) === true && preg_match('/e[0-9]{4}.htm$/', $nomFichier)) {
			if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
				$donnees['ouvert'] = "oui";
				$i = 1;
				while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
					if ($i == 24) {
						$donnees['tag'] = $this->traiterHtml($ligne);
					} elseif ($i == 45) {
						$donnees['texte'] = $this->traiterHtml($ligne, $au = true);
						$this->donnees['texte'] = $this->traiterHtml($ligne);
					} elseif ($i == 46 || $i == 47) {
						$donnees['texte'] .= $this->traiterHtml($ligne);
					} elseif ($i == 63 || preg_match('/Bdnff /ui', $ligne)) {
						$donnees['correspondance'] = $this->traiterHtml($ligne);
					}
					$i++;
				}
				fclose($fichierOuvert);
			} else {
				$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert.");
			}
		} else {
			$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable.");
		}
		return $donnees;
	}
 
 
	private function traiterHtml($donnees, $au = null) {
		$donnees_traitees = strip_tags($donnees,'<B>,<I>');
		$donnees_traitees = html_entity_decode($donnees_traitees, ENT_NOQUOTES, 'UTF-8');
		$donnees_traitees = str_replace('<B>', '**', $donnees_traitees);
		$donnees_traitees = str_replace('</B>', '**', $donnees_traitees);
		$donnees_traitees = str_replace('<I>', '//', $donnees_traitees);
		$donnees_traitees = str_replace('</I>', '//', $donnees_traitees);
		$donnees_traitees = trim($donnees_traitees);
		if ($au) {
			$donnees_traitees = str_replace('&#173;', '', $donnees_traitees);
		}
		return $donnees_traitees;
	}
 
 
	private function creerNomPage($tag) {
	 	$partiesTag = explode(' - ', $tag);
		preg_match('/(C.*)/', $tag, $titre);
		$donnees['titre'] = $titre[0];
 
		list($num, $donnees['id']) = explode(' ', trim($partiesTag[0]));
		list($num, $donnees['num_nom_coste'] )	=  explode(' ', trim($partiesTag[0]));
 		$donnees['nom_sci'] = trim($partiesTag[1]);
		$partiesNomSci = explode(' ', $donnees['nom_sci']);
 
		list($numFamille, $donnees['famille']) = explode(', ', trim($partiesTag[2]));
		list($num, $tomePage) = explode(',', trim($partiesTag[3]));
 
	 	if (preg_match('/T(\d*)\.p(\d*)/', $tomePage, $match)){
  			$donnees['tome'] = $match[1];
	 		$donnees['page'] = sprintf("%04d",$match[2]);
	 	}
	 	$donnees['nomPage'] = 'DscCoste1937T'.$donnees['tome'].'P'.$donnees['page'].implode(array_map('ucfirst',$partiesNomSci));
		if ($donnees['nomPage'] == 'DscCoste1937TP') echo 'MERDE!!!!!!!!!!!! à la page '.$this->fichier;
	 	$partieNumTaxSupFamille = explode(',', $partiesTag[2]);
	 	$partieNumTaxSupGenre = explode(',', $partiesTag[3]);
		$donnees['num_tax_sup_genre'] = trim($partieNumTaxSupGenre[0]);
		//on recupère les auteurs, synonymes et nom_vernaculaires
		$this->recupererInfosComplementaires($donnees);
		return $donnees;
	}
 
 
	private function recupererInfosComplementaires(&$donnees) {
	 	$this->donnees['texte'] = str_replace('­', '', $this->donnees['texte']); //on enlève un petit tiret présent entre la plupart des mots (non visible ici)
		preg_match('/^ {0,1}[*]{2}([^*]+)[*]{2} ([^–(\/]+\.?)?\s*(?:[(]([^)]+)[)])?[ –.]*(?:[\/]{2}([^\/]+)\s*–\s*[\/]{2})?/', $this->donnees['texte'], $match2);
 
		$annee = '';
		if ($match2 == array()) echo "donnees du fichier : $this->fichier";
		if (isset($match2[1]) && strrpos($match2[1], ' subsp. ') !== false) {
			$donnees['nom_sci'] = preg_replace(array('/ All./', '/ L./','/^\s*[0-9]{4}[ –.]*/'), '', $match2[1]);
		}
		$auteur = (isset($match2[2])) ? $match2[2] : '';
		$synonyme = (isset($match2[3])) ? $match2[3] : '';
		$nom_verna = (isset($match2[4])) ? $match2[4] : '';
		if (preg_match('/^\s*[1-9]{4}\s*$/', $synonyme)) {
			$annee = $synonyme;
			$synonyme = '';
		} elseif (preg_match('/.*?([0-9]{4})/', $auteur, $annee_match) && !preg_match('/ in /', $annee_match[1])) {
			$annee = $annee_match[1];
			$auteur = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $auteur);
		}
		$donnees['annee'] = $annee;
		$donnees['auteur'] = $auteur;
		$donnees['synonyme'] = $synonyme;
		$donnees['nom_vernaculaire'] = $nom_verna;
		$this->insererDansTableEspece($donnees);
	}
 
 
	private function insererDansTableEspece($donnees) {
		$this->table_espece[$donnees['num_nom_coste']] = array(
														'tag' => $donnees['nomPage'],
														'num_nom_retenu_coste' => $donnees['num_nom_coste'],
														'num_nom_coste' => $donnees['num_nom_coste'],
														'num_tax_sup_genre' => $donnees['num_tax_sup_genre'],
														'rang' => 290,
														'nom_sci' => $donnees['nom_sci'],
														'auteur' => $donnees['auteur'],
														'nom_vernaculaire' => $donnees['nom_vernaculaire'],
														'nom_coste' => $donnees['nom_sci'],
														'tome' => $donnees['tome'],
														'annee' => $donnees['annee'],
														'synonyme' => $donnees['synonyme']);
	}
 
 
	private function creerCorrespondance($correspondance) {
		$parties = explode('-', $correspondance);
		if (isset($parties[1])) {
			list($num, $donnees['num_nom']) = explode(' ', trim($parties[0]));
			$donnees['nom_sci'] = trim($parties[1]);
			$donnees['famille'] = trim($parties[2]);
			list($num, $num_tax) = explode('=', trim($parties[3]));
			$donnees['num_tax'] = ($num_tax == "") ? 'NULL' : $num_tax;
		} else {
			$donnees['num_nom'] = 'NULL';
			$donnees['nom_sci'] = 'NULL';
			$donnees['famille'] = 'NULL';
			$donnees['num_tax'] = 'NULL';
		}
		return $donnees;
	}
 
//---------------------------------------FONCTION DE CREATION DE LA TABLE COSTE------------------------------------------
 
	private function chargerIndexGpFG() {
		$requete = 	'SELECT * FROM coste_index_general ';
		$resultat = $this->bdd->recupererTous($requete);
		foreach ($resultat as $nom) {
			$nom_coste = ($nom['nom_coste'] == '') ? $this->transliterer($nom['nom_sci']) : $this->transliterer($nom['nom_coste']);
			$nom_sci = $this->transliterer($nom['nom_sci']);
			$tome = $nom['tome'];
			$page = $nom['page'];
			$num_tax_sup_coste = $nom['num_tax_sup_coste'];
			$num_nom_coste = $nom['num_nom_coste'];
			$rang = $nom['rang'];
			$this->indexGpFG[$num_nom_coste] = array('nom_sci' => $nom_sci,
													'rang' => $rang,
													'nom_coste' => $nom_coste,
													'num_nom_coste' => $num_nom_coste,
													'num_tax_sup_coste' => $num_tax_sup_coste,
													'tome' => $tome,
													'page' => $page);
		}
	}
 
 
	private function transliterer($txt) {
		$txt = ucwords(strtolower(Chaine::supprimerAccents($txt)));
		return trim($txt);
	}
 
 
	private function integrerSynonyme() {
		foreach ($this->table_espece as $num_nom_coste => $donnees) {
			$et = false; //cas où on a "syno et syno L."
			$auteur = '';
			$genre_syn = '';
			if ($donnees['synonyme'] != '') {
				$donnees['synonyme'] = preg_replace(array('/^t\s{1}/','/^et\s{1}/', '/^avec /', '/, etc\.$/', '/\//', '/­/'), '', $donnees['synonyme']);
				if (strrpos($donnees['synonyme'], ';') === false
				&& preg_match('/^[A-Z][^ ]+ [^ ]+(?: ([^,;]+))?\s*[.]?(et|,)[ ]?[A-Z]{1}[^ on,]+ [^., ]+[ ]+(?:.*)?$/', $donnees['synonyme'], $ponctu)) {
					if ($ponctu[2] == 'et') {
						$synonymes = array_reverse(explode($ponctu[2], $donnees['synonyme']));
						$et = true;
					} else {
						$synonymes = explode($ponctu[2], $donnees['synonyme']);
					}
				} else {
					$synonymes = explode(';', $donnees['synonyme']);
				}
				$num_syn = 0; //on numerote les synonyme avec comme num_nom_coste : num_nom_coste du retenu + ".1", ".2" , ...
				foreach ($synonymes as $nom_syn) {
					$annee = '';
					$notes = $this->recupererLesNotesDesSynonymes($nom_syn);
					$this->recupererAnneeSynonyme($nom_syn, $annee);
					if (preg_match('/^\s*([^ ]*) ([^ ]*)( (?:VAR\.|v\.) [^ ]+)?(?: (.*))?$/', $nom_syn, $match)) {
						$num_syn++;
						$nom_sci = $this->recupererNomSciComplet($match, $donnees, $num_syn, $genre_syn);
						$auteur_syn = $this->recupererAuteurSyn($match, $auteur, $et);
						$this->ajouterSynonymeALaTableEspece($donnees, $nom_sci, $auteur_syn, $annee, $notes, $num_syn);
					} else {
						$this->traiterErreur('Synonyme '.$nom_syn.' non reconnu par l\'expression régulière ');
					}
				}
			}
		}
	}
 
 
	private function recupererNomSciComplet(&$match, &$donnees, &$num_syn, &$genre_syn) {
		//on récupère le nom complet du genre dans les cas ou le genre est noté : A.
		//Attention à l'ex suivant : D. THUILLIERI G. G. ; AIRA SETACEA Huds.; A. DISCOLOR Thuil.; A. ULIGINOSA Weihe
		if ($num_syn == 1 && preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) {
			preg_match('/\s*([^ ]+) .+$/', $donnees['nom_sci'], $nom_genre);
			$match[1] = $nom_genre[1];
			$genre_syn = $nom_genre[1];
		} elseif (!preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) {
			$genre_syn = $match[1];
		} elseif ($num_syn != 1 && preg_match('/^\s*[A-Z]{1}[.]\s*$/', $match[1])) {
			$match[1] = $genre_syn;
		}
		if (isset($match[3])) {
			$nom_sci = ucfirst(strtolower($match[1].' '.$match[2].str_replace('v. ', 'var. ', $match[3])));
		} else {
			$nom_sci = ucfirst(strtolower($match[1].' '.$match[2]));
		}
		return $nom_sci;
	}
 
 
	private function recupererAnneeSynonyme(&$nom_syn, &$annee) {
		if (preg_match('/ ([0-9]{4})\s*/', $nom_syn, $annee_match)) {
			$annee = $annee_match[1];
		}
	}
 
 
	private function recupererAuteurSyn(&$match, &$auteur, &$et) {
		//on recupere l'auteur ds une variable ds le cas ou : R. machin et R. truc auteur.
		if (isset($match[4]) && $match[4] != '' && $et) {
			$auteur = $match[4];
		}
		$auteur_syn = $auteur;
		if (isset($match[3]) && !$et) {
			$auteur_syn = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $match[4]);
		} elseif ($auteur != '' && $et) {
			$auteur_syn = preg_replace('/ [0-9]{4}/', '', $auteur);
		}
		return $auteur_syn;
	}
 
	public function recupererLesNotesDesSynonymes(&$nom_syn) {
		// on recupère les notes
		if (preg_match('/^(ompr.|incl.) (.*)/i', $nom_syn, $note_abbr)) {
			$notes = ($note_abbr[1] == 'ompr.') ? 'compr.' : 'incl.';
			$nom_syn = $note_abbr[2];
		} else {
			$notes = '';
		}
		return $notes;
	}
 
	public function ajouterSynonymeALaTableEspece($donnees, $nom_sci, $auteur_syn, $annee, $notes, $num_syn) {
		$num_nom_coste_syn = $donnees['num_nom_coste'].'.'.$num_syn;
		$this->table_espece[$num_nom_coste_syn] = array(
												'num_nom_coste' => $donnees['num_nom_coste'].'.'.$num_syn,
												'num_nom_retenu_coste' => $donnees['num_nom_coste'],
												'num_tax_sup_genre' => $donnees['num_tax_sup_genre'],
												'rang' => 290,
												'nom_sci' => $nom_sci,
												'auteur' => $auteur_syn,
												'nom_vernaculaire' => '',
												'nom_coste' => $nom_sci,
												'tome' => $donnees['tome'],
												'annee' => $annee,
												'flore_bdnff_num' => '',
												'flore_bdnff_nom_sci' => '',
												'notes' => $notes);
	}
 
	private function recupererDonneesBdnff() {
		$req = "SELECT * FROM coste_correspondance_bdnff";
		$res = $this->bdd->recupererTous($req);
		$total = 0;
		if ($res) {
			foreach ($res as $espece_bdnff) {
				$num_nom_coste = $espece_bdnff['id'];
				if (isset($this->table_espece[$num_nom_coste])) {
					$this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_num'] = $espece_bdnff['num_nom'];
					$this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_num_tax'] = $espece_bdnff['num_tax'];
					$this->table_espece[$num_nom_coste]['flore_bdnff_nom_sci'] = $espece_bdnff['nom_sci'];
					$total++;
				} else {
					$e = "Le num_nom_coste $num_nom_coste de la table de correspondance bdnff n'exsite pas dans la table donneesEspece ";
					$this->traiterErreur($e);
				}
			}
		} else {
			$this->traiterErreur('recupererDonneesBdnff() : mauvaise requete');
		}
		if ($total != 0) {
			$this->traiterInfo('Donnees de la bdnff recuperées pour les especes. Total bdnff = '.$total.'\n');
		}
	}
 
 
	private function genererNumNom() {
		$this->table_num_nom = array();
		$num_nom = 1;
		foreach($this->indexGpFG as $donneesCle) {
			$this->table_num_nom[$num_nom] = $donneesCle['num_nom_coste'];
			$this->indexGpFG[$donneesCle['num_nom_coste']]['num_nom'] = $num_nom;
			$num_nom++;
			if (preg_match('/^G[0-9]+/',$donneesCle['num_nom_coste'])) {
				foreach ($this->table_espece as $donneesEspece) {
					if ($donneesEspece['num_tax_sup_genre'] == $donneesCle['num_nom_coste']) {
						$this->table_num_nom[$num_nom] = $donneesEspece['num_nom_coste'];
						$this->table_espece[$donneesEspece['num_nom_coste']]['num_nom'] = $num_nom;
						$num_nom++;
					}
				}
			}
		}
		if ($this->table_num_nom != array()) $this->traiterInfo('Num_nom generer. Total num_nom = '.count($this->table_num_nom));
		else $this->traiterErreur( 'erreur dans la génération des num_nom\n');
	}
 
 
	private function insererNumNomDansTriples() {
		$table_triples = array();
		foreach ($this->table_espece as $num_nom_coste => $donnees) {
			if (isset($donnees['synonyme'])) {
				$table_triples[] = array('resource' => $donnees['tag'], 'property' => 'num_nom', 'value' => $donnees['num_nom']);
			}
		}
		$this->suppressionTriplesExistants();
		$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples');
		//insertion des triples num_nom en une seule requete
		foreach ($table_triples as $triple) {
			$resource = $this->bdd->proteger($triple['resource']);
			$property = $this->bdd->proteger($triple['property']);
			$value = $this->bdd->proteger($triple['value']);
			$requete = "INSERT INTO coste_triples (resource, property, value) VALUES ($resource,$property ,$value)";
			$res = $this->bdd->requeter($requete);
			if ($res) {
				$this->afficherAvancement('Insertion des triples existants');
			} else {
				$this->afficherAvancement('Erreur de insertion des triples existants');
			}
		}
	}
 
	private function suppressionTriplesExistants() {
		$requete = 'DELETE FROM coste_triples '.
				'WHERE property = "num_nom"'.
				'AND resource IN ("'.implode(array_keys($this->table_espece), '","').'")';
		$res = $this->bdd->requeter($requete);
		if ($res == '') {
			$this->traiterErreur('Suppression des triples existants : aucun existant');
		} elseif ($res) {
			$this->traiterInfo('Suppression des triples existants');
		} else {
			$this->traiterErreur('Erreur de suppression des triples existants');
		}
	}
 
	private function creerTableCoste() {
		$this->insererGpFG();
		$this->insererEspeces();
		ksort($this->table_projet);
	}
 
	private function insererGpFG() {
		$total = 0;
		foreach ($this->indexGpFG as $donneesGpFG) {
			$num_nom = $donneesGpFG['num_nom'];
			$num_nom_retenu = $donneesGpFG['num_nom'];
			$num_tax_sup = array_search($donneesGpFG['num_tax_sup_coste'], $this->table_num_nom);
			$annee = '';
			$nom_sci = $donneesGpFG['nom_sci'];
			$rang = $donneesGpFG['rang'];
			$nom_coste = $donneesGpFG['nom_coste'];
			$num_nom_coste = $donneesGpFG['num_nom_coste'];
			$tome = $donneesGpFG['tome'];
			$page = $donneesGpFG['page'];
			$genre = '';
			$nom_supra_generique = '';
			if ($rang != '220') {
				$nom_supra_generique = $nom_sci;
			} else {
				$genre = $nom_sci;
			}
 
			$this->table_projet[$num_nom] = array(
				'num_nom_retenu' => $num_nom_retenu,
				'num_tax_sup' => $num_tax_sup,
				'rang' => $rang,
				'nom_sci' => $nom_sci,
				'nom_supra_generique' => $nom_supra_generique,
				'genre' => $genre,
				'epithete_infra_generique' => '',
				'epithete_sp' => '',
				'type_epithete' => '',
				'epithete_infra_sp' => '',
				'cultivar_groupe' => '',
				'cultivar' => '',
				'nom_commercial' => '',
				'auteur' => '',
				'annee' => '',
				'biblio_origine' => '',
				'notes' => '',
				'nom_adenddum' => '',
				'basionyme' => '',
				'nom_francais' => '',
				'nom_coste' => $nom_coste,
				'num_nom_coste' => $num_nom_coste,
				'tome' => $tome,
				'page' => $page,
				'flore_bdnff_num' => '',
				'flore_bdnff_nom_sci' => '',
				'nom_sci_html' => ''
			);
			$total++;
		}
		$this->traiterInfo('Donnees ajoutées à la table pour les groupes, familles et genres. Total donnees = '.$total.'\n');
	}
 
 
	private function insererEspeces() {
		$total = 0;
		foreach ($this->table_espece as $donnees) {
			$num_nom = $donnees['num_nom'];
			if (isset($donnees['num_nom_retenu_coste'])) {
				$num_nom_retenu = array_search($donnees['num_nom_retenu_coste'], $this->table_num_nom); //on recupere le num_nom à partir du num_nom_coste
			} else {
				$num_nom_retenu = $donnees['num_nom'];
			}
			$num_tax_sup = array_search($donnees['num_tax_sup_genre'], $this->table_num_nom); //on recupere le num_nom à partir du num_nom_coste
			$nom_sci = $donnees['nom_sci'];
			$rang = $donnees['rang'];
			$nom_coste = $donnees['nom_coste'];
			$num_nom_coste = (preg_match('/^([0-9]+)(?:\.[0-9]{1})?$/', $donnees['num_nom_coste'], $match)) ? $match[1] : $donnees['num_nom_coste'];
			$tome = $donnees['tome'];
			$auteur = $donnees['auteur'];
			$annee = $donnees['annee'];
			//$synonyme = $donnees['synonyme'];
			$nom_verna = $donnees['nom_vernaculaire'];
			$flore_bdnff_num = $donnees['flore_bdnff_num'];
			$flore_bdnff_nom_sci = $donnees['flore_bdnff_nom_sci'];
			$notes = (isset($donnees['notes'])) ? $donnees['notes'] : '';
			$genre = '';
			$epithete_sp = '';
			$type_epithete = '';
			$epithete_infra_sp = '';
			$biblio_origine = '';
			if ($num_nom_coste == '1988') $auteur = 'Coste';
			$this->traiterTypeEpithete($type_epithete, $nom_sci, $genre, $epithete_sp, $epithete_infra_sp);
			$this->traiterRefBiblio($auteur, $biblio_origine, $num_nom_coste);
 
			$this->table_projet[$num_nom] = array(
				'num_nom_retenu' => $num_nom_retenu,
				'num_tax_sup' => $num_tax_sup,
				'rang' => $rang,
				'nom_sci' => $nom_sci,
				'nom_supra_generique' => '',
				'genre' => $genre,
				'epithete_infra_generique' => '',
				'epithete_sp' => $epithete_sp,
				'type_epithete' => $type_epithete,
				'epithete_infra_sp' => $epithete_infra_sp,
				'cultivar_groupe' => '',
				'cultivar' => '',
				'nom_commercial' => '',
				'auteur' => $auteur,
				'annee' => $annee,
				'biblio_origine' => $biblio_origine,
				'notes' => $notes,
				'nom_adenddum' => '',
				'basionyme' => '',
				'nom_francais' => $nom_verna,
				'nom_coste' => $nom_coste,
				'num_nom_coste' => $num_nom_coste,
				'tome' => $tome,
				'page' => null,
				'flore_bdnff_num' => $flore_bdnff_num,
				'flore_bdnff_nom_sci' => $flore_bdnff_nom_sci,
				'nom_sci_html' => ''
			);
			$total++;
		}
		$this->traiterInfo('Donnees ajoutées à la table pour les especes. Total donnees = '.$total.'\n');
	}
 
 
	private function traiterRefBiblio(&$auteur, &$biblio_origine, $num_nom_coste) {
		if (preg_match('/^(.+)\s*(in .+)$/i', $auteur, $match)) {
			if (isset($match[2]) && !empty($match[2]) && isset($match[1]) && !empty($match[1])) {
				$auteur = rtrim($match[1], ' ,');
				$biblio_origine = $match[2];
			}
		} elseif (preg_match('/^[^,]+\s*,\s*(.+)$/', $auteur, $match2)) {
			if (!preg_match('/^\s*non /i', $match2[1]) && !preg_match('/\s*et /i', $match2[1])) {
				if (isset($match2) && !empty($match2)) {
					//affichage pour vérfier qu"aucun n'a été oublié
					//echo $num_nom_coste;
					//print_r($match2);
				}
			}
		} elseif (preg_match('/^(.+) (Sp[.].*)$/', $auteur, $match3)) {
			if (isset($match3) && !empty($match3)) {
				$auteur = rtrim($match3[1], ', ');
				$biblio_origine = $match3[2];
			}
		}
	}
 
 
	private function traiterTypeEpithete(&$type_epithete, &$nom_sci, &$genre, &$epithete_sp, &$epithete_infra_sp) {
		if (preg_match('/^([^ ]+) ([^ ]+)(?: ([^ ]+\.) ([^ ]+))?$/', $nom_sci, $match)) {
			$genre = $match[1];
			$epithete_sp = $match[2];
			if (isset($match[3])) {
				$type_epithete = $match[3];
				//$this->traiterErreur('Nom : '.$nom_sci);
			}
			if (isset($match[4])) $epithete_infra_sp = $match[4];
		} else {
			$this->traiterErreur('Erreur pr récupérer la nomenclature pr le nom_sci : '.$nom_sci);
		}
	}
 
 
	private function insererTableProjetCoste() {
		$this->supprimerTableExistante();
		$this->creerTableCosteSQL();
		$total = 0;
		foreach ($this->table_projet as $num_nom => $donnees) {
 
			foreach ($donnees as $key => $donn) {
				if (!in_array($key, array('rang', 'annee', 'tome', 'page'))) {
					if ($donn == 'NULL') $donn = '';
					$donnees_2[$key] = $this->bdd->proteger($donn);
				} else {
					if ($donn == '') $donn = 'null';
					$donnees_2[$key] = $donn;
				}
			}
			$req = 'INSERT INTO coste_v0_2 VALUES ('.$num_nom.', '.implode(', ', $donnees_2).')';
			$res = $this->bdd->requeter($req);
 
			if ($res) {
				$this->afficherAvancement('Insertion des noms dans Coste');
			} else {
				$this->afficherAvancement('Erreur d\'insertion des noms dans coste');
			}
		}
	}
 
	private function supprimerTableExistante() {
		$req = 'DROP TABLE coste_v0_2';
		$res = $this->bdd->requeter($req);
		if ($res) {
			$this->traiterInfo('La table coste a été supprimer');
		}
	}
 
	private function creerTableCosteSQL() {
		$requete = 'CREATE TABLE IF NOT EXISTS coste_v0_2 (
				num_nom int(9) NOT NULL DEFAULT 0,
				num_nom_retenu varchar(9) DEFAULT NULL,
				num_tax_sup varchar(9) DEFAULT NULL,
				rang int(3),
				nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				nom_supra_generique varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				genre varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				epithete_infra_generique varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				epithete_sp varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				type_epithete varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				epithete_infra_sp varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				cultivar_groupe varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				cultivar varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				nom_commercial varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				auteur varchar(100) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				annee int(4) DEFAULT NULL,
				biblio_origine varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
				notes varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
				nom_addendum varchar(500) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
				basionyme varchar(9) CHARACTER SET utf8 NOT NULL DEFAULT "",
				nom_francais text CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				nom_coste varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				num_nom_coste varchar(9) CHARACTER SET utf8 DEFAULT "",
				tome int(1) DEFAULT NULL,
				page int(4) DEFAULT NULL,
				flore_bdnff_num varchar(9) DEFAULT NULL,
				flore_bdnff_nom_sci varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
				nom_sci_html varchar(500) CHARACTER SET utf8 DEFAULT NULL,
				PRIMARY KEY (num_nom)
				) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8';
		$res = $this->bdd->requeter($requete);
		if ($res) {
			$this->traiterInfo('La table coste a été crée');
		} else {
			$this->traiterErreur('Probleme : la table coste n\'a pas été créée');
		}
	}
 
 
	private function creerFichier($fichier, $tab, $chemin = null) {
		if (!$chemin) {
			$chemin = Config::get('chemin_test');
		}
		$intitule = '';
		$nom_fichier = fopen($chemin.$fichier, 'w+');
		foreach ($tab as $key => $val) {
			foreach ($val as $k => $v) {
				$intitule .= $k."\t";
			}
			fwrite($nom_fichier, trim($intitule)."\n");
			break;
		}
		foreach ($tab as $key => $val) {
			fwrite($nom_fichier, implode("\t", $val)."\n");
		}
		fclose($nom_fichier);
	}
 
 
}
?>
Subversion Repositories eFlore/Projets.eflore-projets

(root)/trunk/scripts/modules/coste/DescriptionSp.php – Rev 292 → 426

Rev 292		Rev 426
1	`<?php`	1	`<?php`
2		2
3	`// commande : /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a tester -n /home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/html`	3	`// commande : /opt/lampp/bin/php cli.php description_sp -a tester -n /home/jennifer/Tela-botanica_projets/Coste/descriptions/html`
4		4
5	`class DescriptionSp extends Script {`	5	`class DescriptionSp extends Script {`
6		6
7	`protected $donnees = array();`	7	`protected $donnees = array();`
8	`protected $nb_espece = 0;`	8	`protected $nb_espece = 0;`
9	`protected $donnees_espece = array();`	9	`protected $donnees_espece = array();`
10	`protected $fichier;`	10	`protected $fichier;`
11	`protected $table_espece = array();`	11	`protected $table_espece = array();`
12		12
13	`protected $parametres_autorises = array(`	13	`protected $parametres_autorises = array(`
14	`'-n' => array(true, null, 'nom du dossier à analyser'));`	14	`'-n' => array(true, null, 'nom du dossier à analyser'));`
15		15
16	`public function executer() {`	16	`public function executer() {`
17	`$this->bdd = new Bdd();`	17	`$this->bdd = new Bdd();`
18		18
19	`// Lancement de l'action demandée`	19	`// Lancement de l'action demandée`
20	`$cmd = $this->getParametre('a');`	20	`$cmd = $this->getParametre('a');`
21	`switch ($cmd) {`	21	`switch ($cmd) {`
22	`case 'integrer' :`	22	`case 'integrer' :`
-		23	`$this->supprimerPagesExistantes();`
-		24	`$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_pages');`
-		25	`$this->reinitialiserAutoIncrement('coste_triples');`
-		26
23	`$this->ouvrirDossier();`	27	`$this->ouvrirDossier();`
24	`$this->chargerIndexGpFG();`	28	`$this->chargerIndexGpFG();`
25	`$this->integrerSynonyme();`	29	`$this->integrerSynonyme();`
26	`ksort($this->table_espece);`	30	`ksort($this->table_espece);`
27	`$this->recupererDonneesBdnff();`	31	`$this->recupererDonneesBdnff();`
28	`$this->genererNumNom();`	32	`$this->genererNumNom();`
29	`$this->insererNumNomDansTriples();`	33	`$this->insererNumNomDansTriples();`
30	`$this->creerTableCoste();`	34	`$this->creerTableCoste();`
31	`$this->insererTableProjetCoste();`	35	`$this->insererTableProjetCoste();`
32	`break;`	36	`break;`
33	`default :`	37	`default :`
34	`$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));`	38	`$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));`
35	`}`	39	`}`
36	`}`	40	`}`