WebSVN – eFlore/Applications.moissonnage – Diff – /trunk/services/bibliotheque/Referentiel.php


<?php
 
 
/**
 * Classe qui va effectuer toutes les operations liees aux referentiels ou rechercher
 * des informations sur les taxons dans les tables des referentiels dans la base de donnees
 * 
 * Operations a utiliser :
 *   - recupererListeReferentielsDisponibles (statique) : recherche dans les fichiers de configuration
 *     la liste des referentiels disponibles et les renvoie dans un tableau
 *
 *   - chargerTaxon : recherche dans la table possedant le meme nom que le nom du referentiel en attribut
 *     les informations generales sur un taxon (numero nomenclatural retenu, numero taxonomique,
 *     nom scientifique, rang) a partir de son numero taxonomique
 *     On stockera dans un attribut un tableau associatif contenant ces informations + le nom du referentiel,
 *     ou la valeur nulle si aucun taxon n'a ete trouve
 *
 *   - recupererSousTaxons : a partir du numero nomenclatural d'un taxon, la fonction va recuperer
 *     tous les taxons de rang inferieur de maniere recursive jusqu'en ne plus en trouver de nouveaux
 *     la recherche s'effectuera seulement au niveau des rangs famille, genre, espece et sous-espece
 *     pour limiter le nombre d'informations qui sera a la fin renvoye
 *
 *   - obtenirNumeroNomenclatural : recherche le numero nomenclatural d'un taxon a partir de son nom scientifique
 *
 * @package framework-0.3
 * @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org>
 * @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
 * @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
 * @version $Id$
 * @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
 * 
 */
 
 
 
class Referentiel {
	
	private $nomComplet;
	private $nomCourt;
	private $taxon;
	private $bdd = null;
	
	private $nomsChampsBdtfx = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_taxonomique', 'ns' => 'nom_sci');
	private $nomsChampsBdtxa = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_tax', 'ns' => 'nom_sci');
	private $champs;
	
	
	public function __construct($nomReferentiel, $taxon = null) {
		$this->nomComplet = $nomReferentiel;
		$this->nomCourt = current(explode('_', $nomReferentiel));
		$proprieteChamps = 'nomsChamps' . ucfirst($this->nomCourt);
		foreach ($this->$proprieteChamps as $nomCourt => $nomChamp) {
			$this->champs[$nomCourt] = $nomChamp;
		}
		$this->taxon = $taxon;
	}
		
	public function renvoyerNomCompletReferentiel() {
		return $this->nomComplet;
	}
	
	public function renvoyerTaxon() {
		return $this->taxon;
	}
	
	public function chargerTaxon($typeNumero, $numTaxon) {
		$taxon = null;
		// verifier que le numero de taxon soit bien une chaine de caracteres composee uniquement
		// que de nombres entiers avant de construire la requete SQL a executer
		if (preg_match('/^\d+$/', $numTaxon) == 1) {
			$champWhere = $typeNumero == 'nt' ? $this->champs['nt']: 'num_nom';
			$requete = 
				"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
				$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".
				$champWhere."={$numTaxon} AND num_nom=".$this->champs['nn']." ".
				"ORDER BY rang, If(num_nom=".$this->champs['nn'].", 0, 1) LIMIT 0, 1";
			$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);
			if ($taxon == false) {
				$taxon = null;
			} else {
				$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;
			}
		}
		$this->taxon = $taxon;
	}
	
	private function getBdd() {
		if (is_null($this->bdd)) {
			$this->bdd = new Bdd();
		}
 
 
		$nomBdd = Config::get('bdd_nom');
 
		$this->bdd->requeter("USE ".$nomBdd);
		return $this->bdd;
	}
	
	public function recupererSynonymesEtSousEspeces() {
		$sousTaxons = array();
 
 
 
		if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] >= Config::get('rang.espece')) {
			$requete =
			"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
			$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet. " WHERE ".
			$this->champs['nt']."=".$this->taxon['nt']." OR hierarchie LIKE '%-".$this->champs['nn']."-%'";
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
			$sousTaxons = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
		}
		return $sousTaxons;
	}
	
	public function recupererGenres() {
		$sousTaxons = array();
		if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] == Config::get('rang.famille')) {
			$requete =
			"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
			$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet. " WHERE ".
			"num_tax_sup=".$this->taxon['nn']." AND num_nom=".$this->champs['nn'];
			$sousTaxons = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
		}
		return $sousTaxons;
	}
	
	public static function recupererListeReferentielsDisponibles() {
		$tableau = array();
		$tableauPartiel = explode(',', Config::get('referentiels_dispo'));
		$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
		foreach ($tableauPartiel as $champ) {
			if (strpos($champ, '=') === false) {
				$tableau[] = $champ;
			} else {
				list($cle, $val) = explode('=', $champ);
				$clePropre = trim($cle);
				$valeurPropre = trim($val);
				$tableau[$clePropre] = $valeurPropre;
			}
		}
		return $tableau;
	}
	
	public function obtenirNumeroNomenclatural($nomScientifique, $numeroNomenclatural = null) {
		$aProteger = $this->getBdd()->proteger(trim($nomScientifique) . '%');
		$requete = "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn FROM ".$this->nomComplet." ".
			"WHERE ".$this->champs['ns']." LIKE ".$aProteger;
		if (!is_null($numeroNomenclatural) || strlen($numeroNomenclatural) > 0) {
			$requete .= " OR ".$this->champs['nn']."={$numeroNomenclatural}";
		}
		$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);
		if ($taxon == false) {
			$taxon = null;
		} else {
			$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;
		}
		return $taxon;
	}
	
}
 
?>


Rev 31	Rev 34
1	`<?php`	1	`<?php`
2		2
3		3
4	`/**`	4	`/**`
5	`* Classe qui va effectuer toutes les operations liees aux referentiels ou rechercher`	5	`* Classe qui va effectuer toutes les operations liees aux referentiels ou rechercher`
6	`* des informations sur les taxons dans les tables des referentiels dans la base de donnees`	6	`* des informations sur les taxons dans les tables des referentiels dans la base de donnees`
7	`*`	7	`*`
8	`* Operations a utiliser :`	8	`* Operations a utiliser :`
9	`* - recupererListeReferentielsDisponibles (statique) : recherche dans les fichiers de configuration`	9	`* - recupererListeReferentielsDisponibles (statique) : recherche dans les fichiers de configuration`
10	`* la liste des referentiels disponibles et les renvoie dans un tableau`	10	`* la liste des referentiels disponibles et les renvoie dans un tableau`
11	`*`	11	`*`
12	`* - chargerTaxon : recherche dans la table possedant le meme nom que le nom du referentiel en attribut`	12	`* - chargerTaxon : recherche dans la table possedant le meme nom que le nom du referentiel en attribut`
13	`* les informations generales sur un taxon (numero nomenclatural retenu, numero taxonomique,`	13	`* les informations generales sur un taxon (numero nomenclatural retenu, numero taxonomique,`
14	`* nom scientifique, rang) a partir de son numero taxonomique`	14	`* nom scientifique, rang) a partir de son numero taxonomique`
15	`* On stockera dans un attribut un tableau associatif contenant ces informations + le nom du referentiel,`	15	`* On stockera dans un attribut un tableau associatif contenant ces informations + le nom du referentiel,`
16	`* ou la valeur nulle si aucun taxon n'a ete trouve`	16	`* ou la valeur nulle si aucun taxon n'a ete trouve`
17	`*`	17	`*`
18	`* - recupererSousTaxons : a partir du numero nomenclatural d'un taxon, la fonction va recuperer`	18	`* - recupererSousTaxons : a partir du numero nomenclatural d'un taxon, la fonction va recuperer`
19	`* tous les taxons de rang inferieur de maniere recursive jusqu'en ne plus en trouver de nouveaux`	19	`* tous les taxons de rang inferieur de maniere recursive jusqu'en ne plus en trouver de nouveaux`
20	`* la recherche s'effectuera seulement au niveau des rangs famille, genre, espece et sous-espece`	20	`* la recherche s'effectuera seulement au niveau des rangs famille, genre, espece et sous-espece`
21	`* pour limiter le nombre d'informations qui sera a la fin renvoye`	21	`* pour limiter le nombre d'informations qui sera a la fin renvoye`
22	`*`	22	`*`
23	`* - obtenirNumeroNomenclatural : recherche le numero nomenclatural d'un taxon a partir de son nom scientifique`	23	`* - obtenirNumeroNomenclatural : recherche le numero nomenclatural d'un taxon a partir de son nom scientifique`
24	`*`	24	`*`
25	`* @package framework-0.3`	25	`* @package framework-0.3`
26	`* @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org>`	26	`* @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org>`
27	`* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>`	27	`* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>`
28	`* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>`	28	`* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>`
29	`* @version $Id$`	29	`* @version $Id$`
30	`* @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)`	30	`* @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)`
31	`*`	31	`*`
32	`*/`	32	`*/`
33		33
34		34
35		35
36	`class Referentiel {`	36	`class Referentiel {`
37		37
38	`private $nomComplet;`	38	`private $nomComplet;`
39	`private $nomCourt;`	39	`private $nomCourt;`
40	`private $taxon;`	40	`private $taxon;`
41	`private $bdd = null;`	41	`private $bdd = null;`
-		42
42	`private $nomsChampsBdtfx = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_taxonomique', 'ns' => 'nom_sci');`	43	`private $nomsChampsBdtfx = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_taxonomique', 'ns' => 'nom_sci');`
43	`private $nomsChampsBdtxa = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_tax', 'ns' => 'nom_sci');`	44	`private $nomsChampsBdtxa = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_tax', 'ns' => 'nom_sci');`
44	`private $champs;`	45	`private $champs;`
45		46
46		47
47	`public function __construct($nomReferentiel, $taxon = null) {`	48	`public function __construct($nomReferentiel, $taxon = null) {`
48	`$this->nomComplet = $nomReferentiel;`	49	`$this->nomComplet = $nomReferentiel;`
49	`$this->nomCourt = current(explode('_', $nomReferentiel));`	50	`$this->nomCourt = current(explode('_', $nomReferentiel));`
50	`$proprieteChamps = 'nomsChamps' . ucfirst($this->nomCourt);`	51	`$proprieteChamps = 'nomsChamps' . ucfirst($this->nomCourt);`
51	`foreach ($this->$proprieteChamps as $nomCourt => $nomChamp) {`	52	`foreach ($this->$proprieteChamps as $nomCourt => $nomChamp) {`
52	`$this->champs[$nomCourt] = $nomChamp;`	53	`$this->champs[$nomCourt] = $nomChamp;`
53	`}`	54	`}`
54	`$this->taxon = $taxon;`	55	`$this->taxon = $taxon;`
55	`}`	56	`}`
56		57
57	`public function renvoyerNomCompletReferentiel() {`	58	`public function renvoyerNomCompletReferentiel() {`
58	`return $this->nomComplet;`	59	`return $this->nomComplet;`
59	`}`	60	`}`
60		61
61	`public function renvoyerTaxon() {`	62	`public function renvoyerTaxon() {`
62	`return $this->taxon;`	63	`return $this->taxon;`
63	`}`	64	`}`
64		65
65	`public function chargerTaxon($typeNumero, $numTaxon) {`	66	`public function chargerTaxon($typeNumero, $numTaxon) {`
66	`$taxon = null;`	67	`$taxon = null;`
67	`// verifier que le numero de taxon soit bien une chaine de caracteres composee uniquement`	68	`// verifier que le numero de taxon soit bien une chaine de caracteres composee uniquement`
68	`// que de nombres entiers avant de construire la requete SQL a executer`	69	`// que de nombres entiers avant de construire la requete SQL a executer`
69	`if (preg_match('/^\d+$/', $numTaxon) == 1) {`	70	`if (preg_match('/^\d+$/', $numTaxon) == 1) {`
70	`$champWhere = $typeNumero == 'nt' ? $this->champs['nt']: 'num_nom';`	71	`$champWhere = $typeNumero == 'nt' ? $this->champs['nt']: 'num_nom';`
71	`$requete =`	72	`$requete =`
72	`"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".`	73	`"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".`
73	`$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".`	74	`$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".`
74	`$champWhere."={$numTaxon} AND num_nom=".$this->champs['nn']." ".`	75	`$champWhere."={$numTaxon} AND num_nom=".$this->champs['nn']." ".`
75	`"ORDER BY rang, If(num_nom=".$this->champs['nn'].", 0, 1) LIMIT 0, 1";`	76	`"ORDER BY rang, If(num_nom=".$this->champs['nn'].", 0, 1) LIMIT 0, 1";`
76	`$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);`	77	`$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);`
77	`if ($taxon == false) {`	78	`if ($taxon == false) {`
78	`$taxon = null;`	79	`$taxon = null;`
79	`} else {`	80	`} else {`
80	`$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;`	81	`$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;`
81	`}`	82	`}`
82	`}`	83	`}`
83	`$this->taxon = $taxon;`	84	`$this->taxon = $taxon;`
84	`}`	85	`}`
85		86
86	`private function getBdd() {`	87	`private function getBdd() {`
87	`if (is_null($this->bdd)) {`	88	`if (is_null($this->bdd)) {`
88	`$this->bdd = new Bdd();`	89	`$this->bdd = new Bdd();`
89	`}`	90	`}`
90	`$nomBdd = Config::get('bdd_eflore');`	-
91	`if (is_null($nomBdd)) {`	-
92	`$nomBdd = Config::get('bdd_nom');`	91	`$nomBdd = Config::get('bdd_nom');`
93	`}`	-
94	`$this->bdd->requeter("USE ".$nomBdd);`	92	`$this->bdd->requeter("USE ".$nomBdd);`
95	`return $this->bdd;`	93	`return $this->bdd;`
96	`}`	94	`}`
97		95
98	`public function recupererTaxonsSousEspeces($listeNn = null) {`	96	`public function recupererSynonymesEtSousEspeces() {`
99	`$sousTaxons = array();`	97	`$sousTaxons = array();`
100	`if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] == Config::get('rang.espece')) {`	-
101	`if (is_null($listeNn)) {`	-
102	`$listeNn = $this->taxon['nn'];`	-
103	`}`	98	`if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] >= Config::get('rang.espece')) {`
104	`$requete =`	99	`$requete =`
105	`"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".`	100	`"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".`
106	`$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".`	101	`$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet. " WHERE ".`
107	`"num_tax_sup IN ({$listeNn}) AND num_nom=".$this->champs['nn'];`	102	`$this->champs['nt']."=".$this->taxon['nt']." OR hierarchie LIKE '%-".$this->champs['nn']."-%'";`
108	`$resultats = $this->getBdd()->recupererTous($requete);`	-
109		-
110	`$nouvelleListeNn = '';`	-
111	`foreach ($resultats as $sousTaxon) {`	-
112	`$sousTaxons[] = $sousTaxon;`	-
113	`$nouvelleListeNn .= (strlen($nouvelleListeNn) == 0 ? '' : ',') . $sousTaxon['nn'];`	-
114	`}`	-
115	`// recherche de sous taxons au niveau inferieur (parcours recursif de la methode)`	-
116	`if (count($resultats) > 0) {`	-
117	`$sousTaxons = array_merge($sousTaxons, $this->recupererTaxonsSousEspeces($nouvelleListeNn));`	-
118	`}`	103	`$sousTaxons = $this->getBdd()->recupererTous($requete);`
119	`}`	104	`}`
120	`return $sousTaxons;`	105	`return $sousTaxons;`
121	`}`	106	`}`
122		107
123	`public function recupererTaxonsFamilles() {`	108	`public function recupererGenres() {`
124	`$sousTaxons = array();`	109	`$sousTaxons = array();`
125	`if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] == Config::get('rang.genre')) {`	110	`if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] == Config::get('rang.famille')) {`
126	`$requete =`	111	`$requete =`
127	`"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".`	112	`"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".`
128	`$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".`	113	`$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet. " WHERE ".`
129	`"num_tax_sup=".$this->taxon['nn']." AND num_nom=".$this->champs['nn'];`	114	`"num_tax_sup=".$this->taxon['nn']." AND num_nom=".$this->champs['nn'];`
130	`$sousTaxons = $this->getBdd()->recupererTous($requete);`	115	`$sousTaxons = $this->getBdd()->recupererTous($requete);`
131	`}`	116	`}`
132	`return $sousTaxons;`	117	`return $sousTaxons;`
133	`}`	118	`}`
134		119
135	`public static function recupererListeReferentielsDisponibles() {`	120	`public static function recupererListeReferentielsDisponibles() {`
136	`$tableau = array();`	121	`$tableau = array();`
137	`$tableauPartiel = explode(',', Config::get('referentiels_dispo'));`	122	`$tableauPartiel = explode(',', Config::get('referentiels_dispo'));`
138	`$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);`	123	`$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);`
139	`foreach ($tableauPartiel as $champ) {`	124	`foreach ($tableauPartiel as $champ) {`
140	`if (strpos($champ, '=') === false) {`	125	`if (strpos($champ, '=') === false) {`
141	`$tableau[] = $champ;`	126	`$tableau[] = $champ;`
142	`} else {`	127	`} else {`
143	`list($cle, $val) = explode('=', $champ);`	128	`list($cle, $val) = explode('=', $champ);`
144	`$clePropre = trim($cle);`	129	`$clePropre = trim($cle);`
145	`$valeurPropre = trim($val);`	130	`$valeurPropre = trim($val);`
146	`$tableau[$clePropre] = $valeurPropre;`	131	`$tableau[$clePropre] = $valeurPropre;`
147	`}`	132	`}`
148	`}`	133	`}`
149	`return $tableau;`	134	`return $tableau;`
150	`}`	135	`}`
151		136
152	`public function obtenirNumeroNomenclatural($nomScientifique) {`	137	`public function obtenirNumeroNomenclatural($nomScientifique, $numeroNomenclatural = null) {`
153	`$aProteger = $this->getBdd()->proteger(trim($nomScientifique) . '%');`	138	`$aProteger = $this->getBdd()->proteger(trim($nomScientifique) . '%');`
154	`$requete = "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn FROM ".$this->nomComplet." ".`	139	`$requete = "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn FROM ".$this->nomComplet." ".`
155	`"WHERE ".$this->champs['ns']." LIKE ".$aProteger;`	140	`"WHERE ".$this->champs['ns']." LIKE ".$aProteger;`
-		141	`if (!is_null($numeroNomenclatural) \|\| strlen($numeroNomenclatural) > 0) {`
-		142	`$requete .= " OR ".$this->champs['nn']."={$numeroNomenclatural}";`
-		143	`}`
156	`$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);`	144	`$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);`
157	`if ($taxon == false) {`	145	`if ($taxon == false) {`
158	`$taxon = null;`	146	`$taxon = null;`
159	`} else {`	147	`} else {`
160	`$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;`	148	`$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;`
161	`}`	149	`}`
162	`return $taxon;`	150	`return $taxon;`
163	`}`	151	`}`
164		152
165	`}`	153	`}`
-		154
166	`?>`	155	`?>`
167		156

Subversion Repositories eFlore/Applications.moissonnage

(root)/trunk/services/bibliotheque/Referentiel.php @ 31 – Rev 31 → 34