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Line 3... Line 3...
3 
 * /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php baseflor -a chargerTous
 3 
 * /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=3500M ~/web/eflore-projets/scripts/cli.php baseflor -a chargerTous
4 
*/
 4 
*/
5 
class Baseflor extends EfloreScript {
 5 
class Baseflor extends EfloreScript {
Line 6... Line 6...
6
6 
 
- 
 
 7 
	private $table = null;
- 
 
 8 
	private $fichierDonnees = '';
7 
	private $table = null;
 9 
	private $log = '';
8 
	private $nb_erreurs;
10 
	private $nb_erreurs;
9 
	private $erreurs_ligne;
 11 
	private $erreurs_ligne;
10 
	private $ligne_num;
 12 
	private $ligne_num;
11 
	private $colonne_valeur;
 13 
	private $colonne_valeur;
12 
	private $colonne_num;
 14 
	private $colonne_num;
13 
	private $type_bio = array(
 - 
 
14 
		"A","a","B","b","C","c","Cfru","cfru","Csuf","csuf","Ccou","ccou","H","h","Heri",
 - 
 
15 
		"heri","Hsto","hsto","Hces","hces","Hros","hros","Hrub","hrub","Hbis","hbis","G",
 - 
 
16 
		"g","Gbul","gbul","Gtub","gtub","Grhi","grhi","T","t","Tver","tver","Test","test");
 15 
	private $type_bio = array();
17 
	private $ss_type_bio = array("aqua", "lia", "épi", "hpar", "par", "suc", "semp", "cad", "car");
 16 
	private $ss_type_bio = array();
18 
	//les deux suivants basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
 17 
	private $signes_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
19 
	private $signes_seuls = array("?", "x", "x~", "x=","xb","xB","-");
18 
	private $signes_nn_seuls = array();// basés sur valeurs trouvées (--> pas de légende !)
20 
	private $signes_nn_seuls = array("~", "=","b","B");
 19 
	private $intervalles = array();
21 
	//paramètres pour lancement de fonctions sur colonnes
 - 
 
22 
	private $verifierIntervalle = array(23 => array(1,9), 24 => array(1,9), 25 => array(1,9),
 - 
 
23 
		26 => array(1,9), 27 => array(1,12), 28 => array(1,9), 29 => array(1,9), 30 => array(0,9),
 - 
 
24 
		31 => array(1,9), 32 => array(1,9), 33 => array(1,9), 34 => array(1,9), 35 => array(1,9),
 - 
 
25 
		36 => array(1,12), 37 => array(1,9), 38 => array(1,9), 39 => array(0,9),);
 - 
 
26 
	private $verifierColonnesBasiques = array(1 =>"/(^[0-9]*\/)|(inconnu)/", 2 => "/(^[AB]?[0-9]+$)|(^nc$)/",
 - 
 
27 
		3 => "/(^[AB]?[0-9]+$)|(^nc$)/", 4 => "/[^0-9]+/", 5 => "/[^0-9]+/", 6 => "/[^0-9]+/", 7 => "/[^0-9]+/",
 - 
 
28 
		8 => "/[^0-9]+/", 9 => "/[^0-9]+/", 10 => "/[^0-9]+/", 11 => "/[^0-9]+/", 12 => "/[^0-9]+/",
 - 
 
29 
		13 => "/[^0-9]+/", 14 => "/^([1-9]|1[0-2])(\-([1-9]|1[0-2]))*$/", 16 => "/[^0-9]+/", 19 => "/[^0-9]+/",
- 
 
30 
		20 => "/[^0-9]+/", 21 => "/[^0-9]+/", 22 => "/[^0-9]+/",  40 => "/[^0-9]+/",
- 
 
31 
		41 => "/[^0-9]+/", 42 => "/[^0-9]+/", 43 => "/[^0-9]+/", 44 => "/[^0-9]+/", 45 => "/[^0-9]+/",
- 
 
32 
		46 => "/[^0-9]+/", 47 => "/[^0-9]+/", 48 => "/[^0-9]+/", 49 => "/[^0-9]+/", 50 => "/[^0-9]+/",
- 
 
33 
		51 => "/[^0-9]+/", 52 => "/[^0-9]+/", 53 => "/[^0-9]+/", 54 => "/[^0-9]+/", 55 => "/[^0-9]+/"
 - 
 
34 
		);
 - 
 
Line 35... Line 20...
35 
 
 20 
	private $motifs = array();
36
- 
 
37 
	public function executer() {
 21 
 
38 
		// Lancement de l'action demandée
 22 
	public function executer() {
39 
		try {
 23 
		try {
40 
			$this->initialiserProjet('baseflor');
 24 
			$this->initialiserProjet('baseflor');
41 
			$cmd = $this->getParametre('a');
 25 
			$cmd = $this->getParametre('a');
42 
		    switch ($cmd) {
 26 
			switch ($cmd) {
43 
		    	case 'chargerStructureSql' :
 27 
				case 'chargerStructureSql' :
44 
	    			$this->chargerStructureSql();
 28 
					$this->chargerStructureSql();
45 
	    			break;
 - 
 
46 
	    		case 'chargerDonnees' :
 - 
 
47 
	    			$this->verifFichier();
 29 
					break;
48 
	    			if($this->nb_erreurs == 0){
 - 
 
49 
	    				$this->chargerDonnees();
 - 
 
50 
	    				} else {
 - 
 
51 
	    				echo "je ne peux pas charger les données car le fichier comporte des erreurs.
 - 
 
52 
	    				Voir le fichier baseflor_verif.txt\n";
 - 
 
53 
	    			}
 - 
 
54 
	    			break;
 - 
 
55 
				case 'supprimerTous' :
 30 
				case 'chargerMetadonnees':
56 
					$this->supprimerTous();
 31 
					$this->chargerMetadonnees();
57 
					break;
 32 
					break;
58 
				case 'chargerOntologies' :
 33 
				case 'chargerOntologies' :
59 
					$this->chargerOntologies();
 34 
					$this->chargerOntologies();
60 
					break;
 35 
					break;
61 
				case 'verifierDonnees' :
 36 
				case 'verifierDonnees' :
- 
 
 37 
					$this->verifFichier();
- 
 
 38 
					break;
- 
 
 39 
				case 'chargerDonnees' :
62 
					 $this->verifFichier();
 40 
					$this->chargerDonnees();
63 
					 break;
 41 
					break;
64 
				case 'genererChamps' :
 - 
 
65 
					 $this->genererChpsBDNT();
 - 
 
66 
					 $this->genererChpsNumTaxon();
 42 
				case 'genererChamps' :
67 
					 $this->genererChpsNumNomen();
 43 
					 $this->genererChamps();
- 
 
 44 
					 break;
68 
					 break;
 45 
				case 'chargerTous':
- 
 
 46 
					$this->chargerStructureSql();
- 
 
 47 
					$this->chargerMetadonnees();
- 
 
 48 
					$this->chargerOntologies();
- 
 
 49 
					$this->chargerDonnees();
- 
 
 50 
					$this->genererChamps();
- 
 
 51 
					break;
69 
				case 'chargerMetadonnees':
 52 
				case 'supprimerTous' :
70 
					$this->chargerMetadonnees();
 53 
					$this->supprimerTous();
71 
					break;
 54 
					break;
72 
				default :
 55 
				default :
73 
					throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
 56 
					throw new Exception("Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!");
74 
			}
 57 
			}
75 
		} catch (Exception $e) {
 58 
		} catch (Exception $e) {
76 
			$this->traiterErreur($e->getMessage());
 59 
			$this->traiterErreur($e->getMessage());
Line 77... Line -...
77 
		}
 - 
 
78 
    }
 - 
 
79
- 
 
80
60 
		}
81
- 
 
82 
   //-- génération de champs --//
- 
 
83 
    private function genererChamps(){
- 
 
84 
    	$this->genererChpsBDNT();
 - 
 
85 
    	$this->genererChpsNumTaxon();
 - 
 
86 
    	$this->genererChpsNumNomen();
 - 
 
87 
    }
 61 
	}
88
62 
 
89 
    private function genererChpsBDNT(){
 - 
 
90 
    	$this->initialiserGenerationChamps();
 - 
 
91 
    	$this->preparerTablePrChpsBDNT();
 - 
 
92 
    	$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
 - 
 
93 
    	$bdnt = array();
 - 
 
94 
    	foreach ($resultats as $chps => $res) {
 63 
	private function genererChamps(){
95 
    		$cle = $res['cle'];
 - 
 
96 
    		$nno = $res['num_nomen_originel'];
 - 
 
97 
    		$nto = $res['num_taxon_originel'];
 - 
 
98 
    		if ( (preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nno, $retour)) || (preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nto, $retour)) ){
 - 
 
99 
    			if($retour[1]=='A'){
 - 
 
100 
    				$bdnt[$cle]= "BDAFX";
 - 
 
101 
    			}else{
 - 
 
102 
    				$bdnt[$cle]= "BDBFX";
 - 
 
103 
    			}
 - 
 
104
- 
 
105 
    		}elseif(($nno == 'nc') && ($nto == 'nc')){
 - 
 
106 
    			$bdnt[$cle]= "nc";
 64 
		$this->initialiserGenerationChamps();
Line 107... Line 65...
107 
    		}else{
 65 
		$this->ajouterChamps();
108 
    			$bdnt[$cle]= "BDTFX";
 66 
		$this->analyserChampsExistant();
109 
    		}
 67 
	}
Line 110... Line 68...
110
68 
 
111 
    	}
 69 
	private function initialiserGenerationChamps() {
112 
    	$this->remplirChamps($bdnt, "BDNT");
 70 
		$this->table = Config::get('tables.donnees');
113 
    }
 - 
 
114
- 
 
115 
    private function genererChpsNumTaxon(){
 - 
 
116 
    	$this->initialiserGenerationChamps();
 - 
 
117 
    	$this->preparerTablePrChpsNumTaxon();
 - 
 
118 
    	$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
 - 
 
119 
    	$num_taxon= array();
 - 
 
120 
    	foreach ($resultats as $chps => $res) {
 - 
 
121 
    		$cle = $res['cle'];
 - 
 
122 
    	  	$nto = $res['num_taxon_originel'];
 - 
 
123 
    		if  (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nto, $retour)){
 - 
 
124 
    			$num_taxon[$cle]= intval($retour[1]);
 - 
 
125 
    		}elseif($nto == 'nc'){
 - 
 
126 
    			$num_taxon[$cle]= 0;
 - 
 
127 
    		}else{
 - 
 
128 
    			$num_taxon[$cle]= intval($nto);
 - 
 
129 
    		}
 - 
 
130
- 
 
131 
    	}
 - 
 
132 
    	$this->remplirChamps($num_taxon, "num_taxon");
 71 
	}
133 
    }
 - 
 
134
- 
 
135 
    private function genererChpsNumNomen(){
 - 
 
136 
    	$this->initialiserGenerationChamps();
 - 
 
137 
    	$this->preparerTablePrChpsNumNomen();
 - 
 
138 
    	$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
 - 
 
139 
    	$num_nomen= array();
 - 
 
140 
    	foreach ($resultats as $chps => $res) {
 - 
 
141 
    		$cle = $res['cle'];
 - 
 
142 
    		$nno = $res['num_nomen_originel'];
 - 
 
143 
    		if  (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nno, $retour)){
 - 
 
144 
				$num_nomen[$cle]= intval($retour[1]);
 - 
 
145 
    		}elseif($nno == 'nc'){
 - 
 
146 
    			$num_nomen[$cle]= 0;
 - 
 
147 
    		}else{
 - 
 
148 
    			$num_nomen[$cle]=intval($nno);
 - 
 
149 
    		}
 - 
 
150 
    	}
 - 
 
151 
    	$this->remplirChamps($num_nomen, "num_nomen");
 - 
 
152 
    }
 - 
 
153
- 
 
154 
     private function remplirChamps($champs, $nom_colonne) {
 - 
 
155 
    	foreach ($champs as $cle => $val) {
 - 
 
156 
    		$val = $this->getBdd()->proteger($val);
 - 
 
157 
    		$requete = "UPDATE {$this->table} SET $nom_colonne = $val WHERE cle = $cle ";
 - 
 
158 
    		$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
 - 
 
159 
    		if ($resultat === false) {
 - 
 
160 
    			throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple clé = ".$cle);
 - 
 
161 
    		}
 - 
 
162 
    		$this->afficherAvancement("Insertion des valeurs pour ".$nom_colonne." dans la base en cours");
 - 
 
163 
    	}
 - 
 
164 
    	echo "\n";
 - 
 
165 
    }
 - 
 
166
- 
 
167
72 
 
Line 168... Line 73...
168 
 
 73 
	private function ajouterChamps() {
169
74 
		$this->preparerTablePrChpsBDNT();
170 
    private function initialiserGenerationChamps() {
 75 
		$this->preparerTablePrChpsNumTaxon();
Line 202... Line 107...
202 
            				'ADD num_nomen INT( 10 ) NOT NULL'.
 107 
					'ADD num_nomen INT( 10 ) NOT NULL '.
203 
            				' AFTER catminat_code';
 108 
					'AFTER catminat_code';
204 
    		$this->getBdd()->requeter($requete);
 109 
			$this->getBdd()->requeter($requete);
205 
    	}
 110 
		}
206 
    }
 111 
	}
- 
 
 112 
 
- 
 
 113 
	private function analyserChampsExistant() {
- 
 
 114 
		$resultats = $this->recupererTuplesNumsOriginels();
- 
 
 115 
		foreach ($resultats as $chps) {
- 
 
 116 
			$cle = $chps['cle'];
- 
 
 117 
			$nno = $chps['num_nomen_originel'];
- 
 
 118 
			$nto = $chps['num_taxon_originel'];
- 
 
 119 
 
- 
 
 120 
			$valeurs = array();
- 
 
 121 
			$valeurs["BDNT"] = $this->genererChpsBDNT($nno, $nto);
- 
 
 122 
			$valeurs["num_taxon"] = $this->genererChpsNumTaxon($nto);
- 
 
 123 
			$valeurs["num_nomen"] = $this->genererChpsNumNomen($nno);
- 
 
 124 
 
- 
 
 125 
			$this->remplirChamps($cle, $valeurs);
- 
 
 126 
 
- 
 
 127 
			$this->afficherAvancement("Insertion des valeurs dans la base en cours");
- 
 
 128 
		}
- 
 
 129 
		echo "\n";
- 
 
 130 
	}
- 
 
 131 
 
207 
    private function recupererTuplesNumsOriginels(){
 132 
	private function recupererTuplesNumsOriginels(){
208 
    	$requete = 'SELECT cle, num_taxon_originel, num_nomen_originel '.
 133 
		$requete = "SELECT cle, num_taxon_originel, num_nomen_originel FROM {$this->table} ";
209 
    					"FROM {$this->table} ";
 - 
 
210 
    	$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
 134 
		$resultat = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
211 
    	return $resultat;
 135 
		return $resultat;
212 
    }
 136 
	}
Line -... Line 137...
- 
 
 137 
 
- 
 
 138 
	private function genererChpsBDNT($nno, $nto) {
- 
 
 139 
		$bdnt = '';
- 
 
 140 
		if (preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nno, $retour) || preg_match("/^([AB])[0-9]+$/", $nto, $retour)){
- 
 
 141 
			if ($retour[1]=='A') {
- 
 
 142 
				$bdnt = "BDAFX";
- 
 
 143 
			} else {
- 
 
 144 
				$bdnt = "BDBFX";
- 
 
 145 
			}
- 
 
 146 
		} elseif (($nno == 'nc') && ($nto == 'nc')) {
- 
 
 147 
			$bdnt = "nc";
- 
 
 148 
		} else {
- 
 
 149 
			$bdnt = "BDTFX";
- 
 
 150 
		}
- 
 
 151 
		return $bdnt;
- 
 
 152 
	}
- 
 
 153 
 
- 
 
 154 
	private function genererChpsNumTaxon($nto){
- 
 
 155 
		$num_taxon = '';
- 
 
 156 
		if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nto, $retour)) {
- 
 
 157 
			$num_taxon = intval($retour[1]);
- 
 
 158 
		} elseif($nto == 'nc') {
- 
 
 159 
			$num_taxon = 0;
- 
 
 160 
		} else {
- 
 
 161 
			$num_taxon = intval($nto);
- 
 
 162 
		}
- 
 
 163 
		return $num_taxon;
- 
 
 164 
	}
- 
 
 165 
 
- 
 
 166 
	private function genererChpsNumNomen($nno) {
- 
 
 167 
		$num_nomen = '';
- 
 
 168 
		if (preg_match("/^[AB]([0-9]+)$/", $nno, $retour)) {
- 
 
 169 
			$num_nomen = intval($retour[1]);
- 
 
 170 
		} elseif ($nno == 'nc') {
- 
 
 171 
			$num_nomen = 0;
- 
 
 172 
		} else {
- 
 
 173 
			$num_nomen = intval($nno);
- 
 
 174 
		}
- 
 
 175 
		return $num_nomen;
- 
 
 176 
	}
- 
 
 177 
 
- 
 
 178 
	 private function remplirChamps($cle, $valeurs) {
- 
 
 179 
		foreach ($valeurs as $nomChamp => $valeurChamp) {
- 
 
 180 
			$valeurChamp = $this->getBdd()->proteger($valeurChamp);
- 
 
 181 
			$requete = "UPDATE {$this->table} SET $nomChamp = $valeurChamp WHERE cle = $cle ";
- 
 
 182 
			$resultat = $this->getBdd()->requeter($requete);
- 
 
 183 
			if ($resultat === false) {
- 
 
 184 
				throw new Exception("Erreur d'insertion pour le tuple clé = $cle");
- 
 
 185 
			}
- 
 
 186 
		}
- 
 
 187 
	}
- 
 
 188 
 
213
189 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
Line 214... Line 190...
214 
    //-- chargements, suppression, exécution  --//
 190 
	// chargements, suppression, exécution
215
191 
 
216 
    protected function chargerMetadonnees() {
 192 
	protected function chargerMetadonnees() {
217 
    	$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.metadonnees'));
 193 
		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.metadonnees'));
Line 233... Line 209...
233 
    }
 209 
	}
Line 234... Line 210...
234
210 
 
235 
    protected function chargerStructureSql() {
 211 
	protected function chargerStructureSql() {
236 
    	$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
 212 
		$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));
237 
     	$this->executerScripSql($contenuSql);
 - 
 
238
213 
		$this->executerScripSql($contenuSql);
Line 239... Line -...
239 
    }
 - 
 
240
214 
	}
241
215 
 
242 
    protected function executerScripSql($sql) {
 216 
	protected function executerScripSql($sql) {
243 
    	$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
 217 
		$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);
244 
    	foreach ($requetes as $requete) {
 218 
		foreach ($requetes as $requete) {
245 
    		$this->getBdd()->requeter($requete);
 219 
			$this->getBdd()->requeter($requete);
Line 246... Line 220...
246 
    	}
 220 
		}
- 
 
 221 
	}
- 
 
 222 
 
- 
 
 223 
	private function chargerDonnees() {
- 
 
 224 
		$this->verifFichier();
- 
 
 225 
		if ($this->nb_erreurs > 0) {
- 
 
 226 
			$e = "Je ne peux pas charger les données car le fichier comporte des erreurs.".
- 
 
 227 
					"Voir le fichier baseflor_verif.txt\n";
247 
    }
 228 
			throw new Exception($e);
248 
 
 229 
		}
249 
    private function chargerDonnees() {
 230 
 
250 
    	$table = Config::get('tables.donnees');
 231 
		$table = Config::get('tables.donnees');
251 
    	$requete = "LOAD DATA INFILE '".Config::get('chemins.donnees')."' ".
 232 
		$requete = "LOAD DATA INFILE '".Config::get('chemins.donnees')."' ".
Line 261... Line 242...
261 
    private function supprimerTous() {
 242 
	private function supprimerTous() {
262 
    	$requete = "DROP TABLE IF EXISTS baseflor_meta, baseflor_ontologies, baseflor_v2012_03_19";
 243 
		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS baseflor_meta, baseflor_ontologies, baseflor_v2012_03_19";
263 
    	$this->getBdd()->requeter($requete);
 244 
		$this->getBdd()->requeter($requete);
264 
    }
 245 
	}
Line -... Line 246...
- 
 
 246 
 
- 
 
 247 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
Line 265... Line 248...
265
248 
	// vérifications de données
- 
 
 249 
 
- 
 
 250 
	//verifie la cohérence des valeurs des colonnes
Line 266... Line 251...
266
251 
	private function verifFichier(){
267 
    //-- vérifications de données  --//
 252 
		$this->initialiserParametresVerif();
- 
 
 253 
 
268
254 
		$lignes = file($this->fichierDonnees, FILE_IGNORE_NEW_LINES);
269 
    private function verifierSiVide(){
 255 
		if ($lignes != false) {
- 
 
 256 
			$this->ajouterAuLog("!!! REGARDEZ LES COLONNES DANS NUMERO_COLONNES_IMPORTANT.TXT.");
270 
    	$bool=false;
 257 
			foreach ($lignes as $this->ligne_num => $ligne) {
271 
    	if ( $this->colonne_valeur  == "" ){
 258 
				$this->verifierErreursLigne($ligne);
- 
 
 259 
				$this->afficherAvancement("Vérification des lignes");
- 
 
 260 
			}
272 
    		$bool=true;
 261 
			echo "\n";
Line 273... Line -...
273 
    	}
 - 
 
274 
    	return $bool;
 262 
		} else {
275 
    }
 263 
			$this->traiterErreur("Le fichier {$this->fichierDonnees} ne peut pas être ouvert.");
276
- 
 
277
264 
		}
- 
 
 265 
 
Line 278... Line -...
278 
    private function verifierIntervallesTous($valeur){
 - 
 
279 
    	$intervalle=$this->verifierIntervalle[$this->colonne_num];
 - 
 
280 
      	$this->verifierIntervalleChiffres($intervalle[0], $intervalle[1],$valeur);
 - 
 
281 
    }
 - 
 
282
266 
		if ($this->nb_erreurs == 0) {
283 
 
 267 
			$this->ajouterAuLog("Il n'y a pas d'erreurs.");
Line -... Line 268...
- 
 
 268 
		}
- 
 
 269 
		$this->traiterInfo($this->nb_erreurs." erreurs");
- 
 
 270 
 
- 
 
 271 
		$this->ecrireFichierLog();
- 
 
 272 
	}
- 
 
 273 
 
- 
 
 274 
	//vérifie par colonnes les erreurs d'une ligne
- 
 
 275 
	private function verifierErreursLigne($ligne){
- 
 
 276 
		$this->erreurs_ligne = array();
- 
 
 277 
		$colonnes = explode("\t", $ligne);
- 
 
 278 
		if (isset($colonnes)) {
- 
 
 279 
			foreach ($colonnes as $this->colonne_num => $this->colonne_valeur) {
- 
 
 280 
				if (( $this->colonne_num > 0 && $this->colonne_num < 15 )
- 
 
 281 
						|| $this->colonne_num == 16
- 
 
 282 
						|| ($this->colonne_num > 18 && $this->colonne_num < 23)
- 
 
 283 
						|| $this->colonne_num > 39) {
- 
 
 284 
					$this->verifierColonne();
284 
    private function verifierIntervalleChiffres($mini, $max, $valeur){
 285 
				} elseif ($this->colonne_num == 15) {
285 
    	 if (( ($valeur < $mini) || ($valeur > $max) ) && ($valeur != "")){
 - 
 
286 
    		$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
 - 
 
287 
   			$this->nb_erreurs++;
 - 
 
288 
    	}
 - 
 
289
- 
 
290 
    }
 - 
 
291
- 
 
292
- 
 
293 
    private function verifierValeursIndic(){
 286 
					$this->verifierTypeBio();
294 
    	if (( preg_match("/^([^0-9])*([0-9]+)([^0-9])*$/", $this->colonne_valeur,$retour) == 1  )){
 287 
				} elseif ($this->colonne_num >= 23 && $this->colonne_num <= 32) {
295 
    		$this->verifierIntervallesTous($retour[2]);
 288 
					$this->verifierIntervalles($this->colonne_valeur);
296 
    		if((isset($retour[3]))&&(!(in_array($retour[3], $this->signes_nn_seuls))) ){
 289 
				} elseif ($this->colonne_num >= 33 && $this->colonne_num < 41) {
297 
    			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] =$this->colonne_valeur;
 - 
 
298 
    			$this->nb_erreurs++;
 290 
					$this->verifierValeursIndic();
- 
 
 291 
				}
- 
 
 292 
			}
299 
    		}
293 
		} else {
- 
 
 294 
			$message = "Ligne {$this->ligne_num} : pas de tabulation";
- 
 
 295 
			$this->ajouterAuLog($message);
- 
 
 296 
		}
300 
    		if(($retour[1] != "-")&&($retour[1]!="") ){
 297 
 
301 
    			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] =$this->colonne_valeur;
 298 
		$this->controlerErreursLigne();
302 
    			$this->nb_erreurs++;
 - 
 
303 
    			if($this->ligne_num==3){
 299 
	}
304 
    			}
 300 
 
Line -... Line 301...
- 
 
 301 
	private function verifierColonne(){
- 
 
 302 
		$motif = $this->motifs[$this->colonne_num];
- 
 
 303 
		if (preg_match($motif, $this->colonne_valeur) == 0 && $this->verifierSiVide() == false){
- 
 
 304 
			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
- 
 
 305 
		}
305 
    		}
306 
	}
306 
    	}elseif(!(in_array( $this->colonne_valeur, $this->signes_seuls))&& !($this->verifierSiVide())) {
 307 
 
307 
    			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
 308 
	private function verifierSiVide(){
308 
    			$this->nb_erreurs++;
 309 
		$vide = ($this->colonne_valeur  == '') ? true : false;
309 
    		}
 310 
		return $vide;
310 
    }
 311 
	}
311 
 
 312 
 
312 
 private function verifierTypeBio(){
 313 
	private function verifierTypeBio(){
Line 313... Line 314...
313 
 	if (( preg_match("/(.+)\((.+)\)$/", $this->colonne_valeur,$retour) == 1  )){
 314 
		if (preg_match("/(.+)\((.+)\)$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1) {
314 
 		$this->verifType_SsType($retour[1]);
 - 
 
315 
 		$this->verifType_SsType($retour[2]);
 315 
			$this->verifierTypeEtSsType($retour[1]);
316 
 	}else{
 316 
			$this->verifierTypeEtSsType($retour[2]);
317 
 		$this->verifType_SsType($this->colonne_valeur);
 317 
		} else {
- 
 
 318 
			$this->verifierTypeEtSsType($this->colonne_valeur);
318 
 	}
 319 
		}
- 
 
 320 
	}
- 
 
 321 
 
319 
 }
 322 
	private function verifierTypeEtSsType($chaine_a_verif){
- 
 
 323 
		if (preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé]+[^\-])$/", $chaine_a_verif, $retour) == 1) {
- 
 
 324 
			$type = (isset($retour[3])) ? $retour[3] : $retour[1];
320 
 
 325 
			$this->verifierType($type);
321 
    private function verifType_SsType($chaine_a_verif){
 326 
 
322 
    	//verifie type
 - 
 
323 
    	if(( preg_match("/^([a-zA-Zé]+)\-(.+)$|^([a-zA-Zé]+[^\-])$/", $chaine_a_verif, $retour) == 1  )){
 327 
			$sousType = $retour[2];
324 
    		$type=$retour[1];
 - 
 
325 
    		if(isset($retour[3])){
 - 
 
326 
    			$type=$retour[3];
 - 
 
327 
    		}
 - 
 
328 
    		 if(!(in_array($type, $this->type_bio))) {
 - 
 
329 
    			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
 328 
			$this->verifierSousType($sousType);
- 
 
 329 
		}
- 
 
 330 
	}
- 
 
 331 
 
- 
 
 332 
	private function verifierType($type) {
330 
    			$this->nb_erreurs++;
 333 
		if (in_array($type, $this->type_bio) == false) {
331 
    		}
 334 
			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
332 
    		//verifie sous_type(s)
 335 
		}
333 
    		if ($retour[2]!=""){
 - 
 
334 
    			$ss_type[0]=$retour[2];
 - 
 
335 
    			if (( preg_match("/\-/", $ss_type[0])) == 1 ){
 336 
	}
336 
    				$ss_type = preg_split("/\-/", $retour[2]);
 337 
 
337 
    			}
 338 
	private function verifierSousType($sousType) {
338 
    			foreach($ss_type as $sst){
 339 
		if ($sousType != ''){
Line 339... Line 340...
339 
    				if(!(in_array($sst, $this->ss_type_bio))) {
 340 
			$ss_type = explode('-', $sousType);
- 
 
 341 
			foreach ($ss_type as $sst) {
340 
    					$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
 342 
				if (in_array($sst, $this->ss_type_bio) == false) {
- 
 
 343 
					$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
341 
    					$this->nb_erreurs++;
 344 
				}
342 
    				}
 345 
			}
343 
    			}
 346 
		}
344 
    		}
 347 
	}
Line 345... Line -...
345 
    	}
 - 
 
346 
    }
 348 
 
347 
 
 - 
 
348 
    private function verifierColonne($chaine){
 - 
 
349 
    	if ( ( preg_match($chaine, $this->colonne_valeur) == 0 ) && !($this->verifierSiVide()) ){
 - 
 
350 
    		$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num]=$this->colonne_valeur;
 - 
 
351 
    		$this->nb_erreurs++;
 - 
 
352 
    	}
 349 
	private function verifierIntervalles($valeur){
353 
    }
 - 
 
354
- 
 
355 
    //vérifie par colonnes les erreurs d'une ligne
350 
		if ($valeur != '') {
356 
   private function verifErreursLignes($colonne_array){
 - 
 
357 
   	$this->erreurs_ligne=array();
 - 
 
358 
     for ($this->colonne_num = 0; $this->colonne_num < count($colonne_array); $this->colonne_num++){
 351 
			list($min, $max) = explode('-', $this->intervalles[$this->colonne_num]);
359 
     	 if ( isset($colonne_array) ){
 352 
			if ($valeur < $min || $valeur > $max){
360 
     	 	$this->colonne_valeur = $colonne_array[$this->colonne_num];
 - 
 
361 
   			if ( (( ($this->colonne_num > 0) && ($this->colonne_num < 15) ) || ( $this->colonne_num == 16 )
- 
 
362 
   				|| (($this->colonne_num > 18 ) && ( $this->colonne_num < 23 ) )
353 
				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
363 
   				||  ( $this->colonne_num > 39 ))  ){
 354 
			}
364 
   				$motif = $this->verifierColonnesBasiques[$this->colonne_num];
 355 
		}
365 
   			  	$this->verifierColonne($motif);
 356 
	}
- 
 
 357 
 
- 
 
 358 
	private function verifierValeursIndic(){
366 
   			}elseif ( $this->colonne_num == 15 ){
 359 
		if (preg_match("/^([^0-9])*([0-9]+)([^0-9])*$/", $this->colonne_valeur, $retour) == 1){
367 
   				$this->verifierTypeBio();
 - 
 
368 
   			} elseif (($this->colonne_num > 22 ) && ( $this->colonne_num < 33 )){
 360 
			$this->verifierIntervalles($retour[2]);
Line 369... Line -...
369 
   				$this->verifierIntervallesTous($this->colonne_valeur);
- 
 
370 
   			}elseif (( $this->colonne_num > 32) && ( $this->colonne_num < 41)){
 361 
			if (isset($retour[3]) && in_array($retour[3], $this->signes_nn_seuls) == false){
371 
   				  $this->verifierValeursIndic();
 - 
 
372 
   			}
 - 
 
373 
   		} else {
 362 
				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
374 
   			echo "ligne ".$this->ligne_num.": pas de tabulation  \n ";
 - 
 
375 
   		}
- 
 
376 
   }
 - 
 
377
- 
 
378 
}
 363 
			}
379
- 
 
380 
    //verifie la cohérence des valeurs des colonnes
- 
 
381 
    private function verifFichier(){
 - 
 
382 
    	$dernier_nb_erreur = 0;
 364 
			if ($retour[1] != '-' && $retour[1] != ''){
383 
    	if (file_exists(Config::get('chemins.donnees_verif'))) {
 365 
				$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
384 
    		unlink(Config::get('chemins.donnees_verif'));
 - 
 
385 
    	}
 366 
			}
386 
    	$fichier = fopen(Config::get('chemins.donnees'), "r");
 - 
 
387 
    	$fichier2 = fopen(Config::get('chemins.donnees_verif'), "w");
 - 
 
388 
    	$this->valeurs=array();
 - 
 
389 
    	$this->nb_erreurs=0;
 - 
 
390 
    	if ( ($fichier != false) && ($fichier2 != false) ){
 - 
 
391 
    		$this->ligne_num=0;
 - 
 
392 
    		while ( !feof($fichier) ) {
 - 
 
393 
    			if ($this->ligne_num == 0){
 - 
 
394 
    				fputs($fichier2," !!! REGARDEZ LES COLONNES DANS NUMERO_COLONNES_IMPORTANT.TXT.\n");
 367 
		} elseif (in_array( $this->colonne_valeur, $this->signes_seuls) == false && $this->verifierSiVide() == false) {
395 
    			}
 368 
			$this->erreurs_ligne[$this->colonne_num] = $this->colonne_valeur;
396 
    			$this->ligne_num++;
 369 
		}
- 
 
 370 
	}
397 
    			$ligne = fgets($fichier);
 371 
 
398 
    			$col = preg_split("/	/", $ligne);
 372 
	private function controlerErreursLigne() {
- 
 
 373 
		$nbreErreursLigne = count($this->erreurs_ligne);
- 
 
 374 
		$this->nb_erreurs += $nbreErreursLigne;
- 
 
 375 
		if ($nbreErreursLigne != 0) {
- 
 
 376 
			$this->ajouterAuLog("Erreurs sur la ligne {$this->ligne_num}");
- 
 
 377 
			$ligneLog = '';
- 
 
 378 
			foreach ($this->erreurs_ligne as $cle => $v){
- 
 
 379 
				$ligneLog .= "colonne $cle : $v - ";
- 
 
 380 
			}
- 
 
 381 
			$this->ajouterAuLog($ligneLog);
- 
 
 382 
		}
- 
 
 383 
	}
- 
 
 384 
 
- 
 
 385 
	//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
- 
 
 386 
	// Chargement Paramètres
- 
 
 387 
 
- 
 
 388 
	private function initialiserParametresVerif() {
- 
 
 389 
		$this->nb_erreurs = 0;
- 
 
 390 
		$this->fichierDonnees = Config::get('chemins.donnees');
- 
 
 391 
		$this->type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.typesBio');
- 
 
 392 
		$this->ss_type_bio = $this->getParametreTableau('Parametres.sousTypesBio');
- 
 
 393 
		$this->signes_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesSeuls');
- 
 
 394 
		$this->signes_nn_seuls = $this->getParametreTableau('Parametres.signesNonSeuls');
- 
 
 395 
		$this->intervalles = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.intervalles'));
- 
 
 396 
		$this->motifs = $this->inverserTableau($this->getParametreTableau('Parametres.motifs'));
- 
 
 397 
	}
- 
 
 398 
 
- 
 
 399 
	private function getParametreTableau($cle) {
399 
    			$this->verifErreursLignes($col);
 400 
		$tableau = array();
400 
    			//rédaction du fichier de vérif
 401 
		$parametre = Config::get($cle);
401 
    			if(count($this->nb_erreurs)!= 0){
 - 
 
402 
    				if($dernier_nb_erreur != $this->nb_erreurs){
 - 
 
403 
    					$dernier_nb_erreur = $this->nb_erreurs;
 402 
		if (empty($parametre) === false) {
404 
    					fputs($fichier2," \n erreurs sur la ligne".$this->ligne_num."\n");
 - 
 
405 
    					foreach ($this->erreurs_ligne as $cle => $v){
 403 
			$tableauPartiel = explode(',', $parametre);
406 
    						fputs($fichier2,"colonne ".$cle." : ".$v." - ");
 - 
 
407 
    					}
 404 
			$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
Line -... Line 405...
- 
 
 405 
			foreach ($tableauPartiel as $champ) {
- 
 
 406 
				if (strpos($champ, '=') !== false && strlen($champ) >= 3) {
- 
 
 407 
					list($cle, $val) = explode('=', $champ);
- 
 
 408 
					$tableau[trim($cle)] = trim($val);
- 
 
 409 
				} else {
- 
 
 410 
					$tableau[] = trim($champ);
- 
 
 411 
				}
- 
 
 412 
			}
- 
 
 413 
		}
- 
 
 414 
		return $tableau;
Line -... Line 415...
- 
 
 415 
	}
- 
 
 416 
 
Line -... Line 417...
- 
 
 417 
	private function inverserTableau($tableau) {
- 
 
 418 
		$inverse = array();
408 
    				}
 419 
		foreach ($tableau as $cle => $valeurs) {
Line -... Line 420...
- 
 
 420 
			$valeurs = explode(';', $valeurs);
- 
 
 421 
			foreach ($valeurs as $valeur) {
- 
 
 422 
				$inverse[$valeur] = $cle;
- 
 
 423 
			}
- 
 
 424 
		}
409 
    			}
425 
		return $inverse;
410 
    		}
426 
	}