| Line 1... |
Line 1... |
| 1 |
<?php
|
1 |
<?php
|
| 2 |
/**
|
2 |
/**
|
| 3 |
* PHP Version 5
|
3 |
* PHP Version 5
|
| 4 |
*
|
4 |
*
|
| 5 |
* @category PHP
|
5 |
* @category PHP
|
| 6 |
* @package jrest
|
6 |
* @package jrest
|
| 7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
7 |
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
|
| 8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
8 |
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
|
| 9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
|
9 |
* @copyright 2010 Tela-Botanica
|
| 10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
10 |
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
|
| 11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
| 12 |
* @link /doc/jrest/
|
12 |
* @link /doc/jrest/
|
| 13 |
*/
|
13 |
*/
|
| Line 14... |
Line 14... |
| 14 |
|
14 |
|
| 15 |
/**
|
15 |
/**
|
| 16 |
*
|
16 |
*
|
| 17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
| 18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
| 19 |
*/
|
19 |
*/
|
| 20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
| - |
|
21 |
|
| - |
|
22 |
const DEBUG = FALSE;
|
| 21 |
|
23 |
|
| 22 |
private $url_service_nom = null;
|
24 |
private $url_service_nom = null;
|
| 23 |
private $url_service_taxon = null;
|
25 |
private $url_service_taxon = null;
|
| Line 24... |
Line 26... |
| 24 |
private $url_service_chorologie = null;
|
26 |
private $url_service_chorologie = null;
|
| Line 28... |
Line 30... |
| 28 |
|
30 |
|
| 29 |
// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
|
31 |
// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()
|
| 30 |
// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
|
32 |
// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591
|
| Line -... |
Line 33... |
| - |
|
33 |
public $is_notation_spe = FALSE;
|
| - |
|
34 |
|
| - |
|
35 |
// un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=
|
| - |
|
36 |
// qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)
|
| 31 |
public $is_notation_spe = FALSE;
|
37 |
static $cache = array();
|
| 32 |
|
38 |
|
| - |
|
39 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
| - |
|
40 |
parent::__construct($config);
|
| - |
|
41 |
$this->setReferentiel($code_referentiel);
|
| - |
|
42 |
}
|
| 33 |
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
|
43 |
|
| 34 |
parent::__construct($config);
|
44 |
public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {
|
| 35 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
45 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
| Line 36... |
Line 46... |
| 36 |
$this->formaterUrlsServices($config);
|
46 |
$this->formaterUrlsServices($this->config);
|
| 37 |
}
|
47 |
}
|
| 38 |
|
48 |
|
| Line 46... |
Line 56... |
| 46 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
56 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
| Line 47... |
Line 57... |
| 47 |
|
57 |
|
| 48 |
$liste_genre_espece = array();
|
58 |
$liste_genre_espece = array();
|
| 49 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
59 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
| - |
|
60 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
| 50 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
61 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
| 51 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
62 |
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
| 52 |
if($requete != '') {
|
63 |
if($requete != '') {
|
| 53 |
$requete = json_decode($requete);
|
64 |
$requete = json_decode($requete);
|
| 54 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
65 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
| Line 74... |
Line 85... |
| 74 |
|
85 |
|
| 75 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
86 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
| 76 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
87 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
| 77 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
88 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
| 78 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
89 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
| 79 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
90 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
| Line 80... |
Line 91... |
| 80 |
}
|
91 |
}
|
| 81 |
|
92 |
|
| Line 82... |
Line 93... |
| 82 |
return $retour_infos_complementaires;
|
93 |
return $retour_infos_complementaires;
|
| Line 103... |
Line 114... |
| 103 |
|
114 |
|
| 104 |
return $liste_genre_espece;
|
115 |
return $liste_genre_espece;
|
| Line 105... |
Line 116... |
| 105 |
}
|
116 |
}
|
| - |
|
117 |
|
| 106 |
|
118 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
|
| 107 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
|
119 |
$url = sprintf(
|
| 108 |
$res = @json_decode(file_get_contents(sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
120 |
'%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
| 109 |
$this->url_service_nom,
|
121 |
$this->url_service_nom,
|
| 110 |
urlencode($nom_saisi),
|
122 |
urlencode($nom_saisi),
|
| - |
|
123 |
$mode,
|
| - |
|
124 |
implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")));
|
| - |
|
125 |
|
| - |
|
126 |
if(! array_key_exists($url, self::$cache)) {
|
| - |
|
127 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $url);
|
| - |
|
128 |
$res = @json_decode(file_get_contents($url));
|
| - |
|
129 |
self::$cache[$url] = $res;
|
| - |
|
130 |
} else {
|
| 111 |
$mode,
|
131 |
$res = self::$cache[$url];
|
| 112 |
implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")))));
|
132 |
}
|
| 113 |
if(!$res) return NULL;
|
133 |
if(!$res) return NULL;
|
| 114 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
134 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
| Line 115... |
Line 135... |
| 115 |
return array_pop($resultat);
|
135 |
return array_pop($resultat);
|
| 116 |
}
|
136 |
}
|
| 117 |
|
137 |
|
| 118 |
static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
138 |
static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
| 119 |
// TODO: gérer les hybrides
|
139 |
// TODO: gérer les hybrides
|
| 120 |
if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
140 |
if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
| 121 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
141 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
| 122 |
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
|
142 |
$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');
|
| 123 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
|
143 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));
|
| 124 |
} else {
|
144 |
} else {
|
| 125 |
/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
145 |
/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
| Line 141... |
Line 161... |
| 141 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
161 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
| 142 |
}
|
162 |
}
|
| Line 143... |
Line 163... |
| 143 |
|
163 |
|
| 144 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
|
164 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
|
| - |
|
165 |
if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
|
| 145 |
if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
|
166 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
|
| 146 |
return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
|
167 |
return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
|
| 147 |
$ref . '/' .
|
168 |
$ref . '/' .
|
| 148 |
'noms' . '/' .
|
169 |
'noms' . '/' .
|
| 149 |
$num_nom .
|
170 |
$num_nom .
|
| 150 |
'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
|
171 |
'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur',
|
| 151 |
'id',
|
172 |
'id',
|
| 152 |
'nom_retenu_complet',
|
173 |
'nom_retenu_complet',
|
| 153 |
'nom_retenu.id',
|
174 |
'nom_retenu.id',
|
| 154 |
'num_taxonomique',
|
175 |
'num_taxonomique',
|
| 155 |
'famille'))));
|
176 |
'famille'))));
|
| 156 |
}
|
177 |
}
|
| - |
|
178 |
// XXX: compat
|
| 157 |
// XXX: compat
|
179 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille');
|
| 158 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
180 |
return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));
|
| Line 159... |
Line 181... |
| 159 |
}
|
181 |
}
|
| 160 |
|
182 |
|
| 161 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
183 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
| Line 162... |
Line 184... |
| 162 |
return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
|
184 |
return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
|
| 163 |
}
|
185 |
}
|
| 164 |
|
186 |
|
| - |
|
187 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
| 165 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
188 |
$nt = null;
|
| 166 |
$nt = null;
|
189 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
| 167 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
190 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
|
| 168 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
191 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
| 169 |
if($resultat != '') {
|
192 |
if($resultat != '') {
|
| Line 175... |
Line 198... |
| 175 |
}
|
198 |
}
|
| Line 176... |
Line 199... |
| 176 |
|
199 |
|
| 177 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
200 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
| 178 |
$presence_taxon = false;
|
201 |
$presence_taxon = false;
|
| - |
|
202 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
| 179 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
203 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
|
| 180 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
204 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
| 181 |
if($resultat != '') {
|
205 |
if($resultat != '') {
|
| 182 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
206 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
| 183 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
207 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
| Line 209... |
Line 233... |
| 209 |
$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
|
233 |
$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);
|
| 210 |
}
|
234 |
}
|
| 211 |
// Numero taxonomique
|
235 |
// Numero taxonomique
|
| 212 |
else {
|
236 |
else {
|
| 213 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
237 |
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
|
| - |
|
238 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num);
|
| 214 |
$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
|
239 |
$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));
|
| 215 |
}
|
240 |
}
|
| 216 |
if($obj) $obj->ref = $ref;
|
241 |
if($obj) $obj->ref = $ref;
|
| 217 |
return $obj;
|
242 |
return $obj;
|
| 218 |
}
|
243 |
}
|
| Line 221... |
Line 246... |
| 221 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
246 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
| 222 |
}
|
247 |
}
|
| Line 223... |
Line 248... |
| 223 |
|
248 |
|
| 224 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
249 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
| - |
|
250 |
$retour = array();
|
| 225 |
$retour = array();
|
251 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
| 226 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
252 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
| 227 |
if($resultat != '') {
|
253 |
if($resultat != '') {
|
| 228 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
254 |
$resultat = json_decode($resultat);
|
| 229 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
255 |
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
|
| 230 |
$retour = $resultat->resultat;
|
256 |
$retour = $resultat->resultat;
|
| 231 |
}
|
257 |
}
|
| 232 |
}
|
258 |
}
|
| 233 |
return $retour;
|
259 |
return $retour;
|
| 234 |
}
|
260 |
}
|
| 235 |
}
|
- |
|
| 236 |
?>
|
261 |
}
|