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#!/bin/bash
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3 |
DB='`tb_cel`.`cel_references`';
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4 |
sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;" "$0"
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exit
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-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne
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-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide
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-- TODO:
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-- TODO:
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-- fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
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-- fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
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3 |
-- SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
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12 |
-- SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
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Line 13... |
4 |
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13 |
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5 |
-- fix date: NULL pour les dates dans le futur
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14 |
-- fix date: NULL pour les dates dans le futur
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Line 15... |
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15 |
-- SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();
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-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell
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-- SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();
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-- SET @destdb = 'tb_cel';
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-- SET @desttable = 'cel_references';
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-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
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Line 23... |
10 |
DROP TABLE IF EXISTS `cel_references`;
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DROP TABLE IF EXISTS @dst;
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CREATE TABLE IF NOT EXISTS `cel_references` (
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CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (
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`referentiel` CHAR(5) NOT NULL, -- ENUM ("bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ...),
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25 |
`referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
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13 |
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26 |
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14 |
-- bdtfx
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27 |
-- bdtfx
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Line 28... |
15 |
`num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0',
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28 |
`num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',
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16 |
`num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL,
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29 |
`num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
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17 |
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30 |
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Line 18... |
Line 31... |
18 |
-- bdtfx + nvjfl_v2007
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31 |
-- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06
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19 |
`num_taxon` int(9) NOT NULL,
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32 |
`num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun)',
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20 |
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33 |
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Line 34... |
21 |
-- bdtfx
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34 |
-- bdtfx
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22 |
`nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL,
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35 |
`nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
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23 |
`auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL,
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36 |
`auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
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24 |
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- |
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-- cel_obs
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25 |
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40 |
-- `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
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- |
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41 |
-- `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
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Line 42... |
26 |
-- cel_obs
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42 |
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27 |
-- `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
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43 |
-- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
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28 |
-- `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
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44 |
-- mais NULL à cause de nva
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29 |
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45 |
`nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',
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30 |
-- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
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46 |
PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`)
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31 |
-- mais NULL à cause de nva
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47 |
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32 |
`nom_commun` VARCHAR(60) NULL,
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48 |
) ENGINE=MyISAM \
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33 |
PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`)
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49 |
DEFAULT CHARSET=utf8 \
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Line 74... |
Line 90... |
74 |
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
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90 |
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
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75 |
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
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91 |
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
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76 |
( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
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92 |
( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
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79 |
INSERT INTO `cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
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INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
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80 |
SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
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96 |
SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
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81 |
UNION \
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97 |
UNION \
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