Line 11... |
Line 11... |
11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
11 |
* @version SVN: <svn_id>
|
12 |
* @link /doc/jrest/
|
12 |
* @link /doc/jrest/
|
13 |
*/
|
13 |
*/
|
Line 14... |
Line 14... |
14 |
|
14 |
|
15 |
/**
|
15 |
/**
|
16 |
*
|
16 |
*
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
17 |
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
18 |
* ne soit dépendant de la version d'eflore
|
19 |
*/
|
19 |
*/
|
Line 20... |
Line 20... |
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
20 |
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
|
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Line 21... |
21 |
|
21 |
|
22 |
const DEBUG = FALSE;
|
22 |
const DEBUG = FALSE;
|
23 |
|
23 |
|
24 |
private $url_service_nom = null;
|
24 |
private $url_service_nom = null;
|
25 |
private $url_service_taxon = null;
|
25 |
private $url_service_taxon = null;
|
26 |
private $url_service_chorologie = null;
|
26 |
private $url_service_chorologie = null;
|
Line 27... |
Line 27... |
27 |
|
27 |
|
28 |
private $masque_recherche = null;
|
28 |
private $masque_recherche = null;
|
Line 43... |
Line 43... |
43 |
|
43 |
|
44 |
public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {
|
44 |
public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {
|
45 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
45 |
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
|
46 |
$this->formaterUrlsServices($this->config);
|
46 |
$this->formaterUrlsServices($this->config);
|
47 |
}
|
47 |
}
|
48 |
|
48 |
|
49 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
49 |
private function formaterUrlsServices($config) {
|
50 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
50 |
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
|
51 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
51 |
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
|
52 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
52 |
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
|
53 |
$this->config = $config;
|
53 |
$this->config = $config;
|
54 |
}
|
54 |
}
|
55 |
|
55 |
|
56 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
56 |
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
|
57 |
$liste_genre_espece = array();
|
57 |
$liste_genre_espece = array();
|
58 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
58 |
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
|
59 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
59 |
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
|
60 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
60 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
|
61 |
$urlService = $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au';
|
61 |
$urlService = $this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au';
|
62 |
$requete = @file_get_contents($urlService);
|
62 |
$requete = @file_get_contents($urlService);
|
63 |
if($requete != '') {
|
63 |
if($requete != '') {
|
64 |
$requete = json_decode($requete);
|
64 |
$requete = json_decode($requete);
|
65 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
65 |
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
|
66 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
66 |
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
|
67 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
67 |
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
|
68 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
68 |
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
|
69 |
}
|
69 |
}
|
70 |
}
|
70 |
}
|
71 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
71 |
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
|
72 |
}
|
72 |
}
|
73 |
return $liste_genre_espece;
|
73 |
return $liste_genre_espece;
|
74 |
}
|
74 |
}
|
75 |
|
75 |
|
76 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
76 |
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
|
77 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
77 |
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
|
78 |
return -1;
|
78 |
return -1;
|
79 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
79 |
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
|
80 |
return 1;
|
80 |
return 1;
|
81 |
} else {
|
81 |
} else {
|
82 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
82 |
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
|
83 |
}
|
83 |
}
|
84 |
}
|
84 |
}
|
85 |
|
85 |
|
86 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
86 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
|
87 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
87 |
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
|
88 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
88 |
$retour_infos_complementaires = array();
|
89 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
89 |
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {
|
90 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
90 |
$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
|
91 |
}
|
91 |
}
|
92 |
|
92 |
|
93 |
return $retour_infos_complementaires;
|
93 |
return $retour_infos_complementaires;
|
94 |
}
|
94 |
}
|
95 |
|
95 |
|
96 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
96 |
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
|
97 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
97 |
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
|
98 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
98 |
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
|
99 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
|
99 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');
|
Line 109... |
Line 109... |
109 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
|
109 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');
|
110 |
if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
|
110 |
if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;
|
Line 111... |
Line 111... |
111 |
|
111 |
|
112 |
// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
|
112 |
// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)
|
113 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
|
113 |
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');
|
114 |
|
114 |
|
115 |
return $liste_genre_espece;
|
115 |
return $liste_genre_espece;
|
116 |
}
|
116 |
}
|
117 |
|
117 |
|
118 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
|
118 |
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {
|
119 |
$url = sprintf(
|
119 |
$url = sprintf(
|
120 |
'%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
120 |
'%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',
|
121 |
$this->url_service_nom,
|
121 |
$this->url_service_nom,
|
Line 132... |
Line 132... |
132 |
}
|
132 |
}
|
133 |
if(!$res) return NULL;
|
133 |
if(!$res) return NULL;
|
134 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
134 |
$resultat = (array)$res->resultat;
|
135 |
return array_pop($resultat);
|
135 |
return array_pop($resultat);
|
136 |
}
|
136 |
}
|
137 |
|
137 |
|
138 |
static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
138 |
static function supprimerAuteur($nom_saisi) {
|
139 |
// TODO: gérer les hybrides
|
139 |
// TODO: gérer les hybrides
|
140 |
if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
140 |
if(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
|
141 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
141 |
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
|
142 |
$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');
|
142 |
$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');
|
143 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));
|
143 |
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));
|
144 |
} else {
|
144 |
} else {
|
145 |
/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
145 |
/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
|
146 |
mais ça marche dans la plupart des cas
|
146 |
mais ça marche dans la plupart des cas
|
147 |
à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
|
147 |
à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */
|
148 |
$nameparser = new NameParser();
|
148 |
$nameparser = new NameParser();
|
149 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
149 |
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
|
150 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
150 |
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
|
151 |
}
|
151 |
}
|
Line 152... |
Line 152... |
152 |
|
152 |
|
153 |
return trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
153 |
return trim($nom_saisi_sans_auteur);
|
154 |
}
|
154 |
}
|
155 |
|
155 |
|
156 |
static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
156 |
static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
|
157 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
157 |
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
|
158 |
}
|
158 |
}
|
159 |
|
159 |
|
160 |
static function estUnHybride($nom_saisi) {
|
160 |
static function estUnHybride($nom_saisi) {
|
161 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
161 |
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
|
162 |
}
|
162 |
}
|
163 |
|
163 |
|
164 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
|
164 |
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {
|
165 |
if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
|
165 |
if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {
|
166 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
|
166 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');
|
167 |
return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
|
167 |
return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .
|
Line 181... |
Line 181... |
181 |
}
|
181 |
}
|
Line 182... |
Line 182... |
182 |
|
182 |
|
183 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
183 |
static function supprimerBiblio($nom) {
|
184 |
return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
|
184 |
return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));
|
185 |
}
|
185 |
}
|
186 |
|
186 |
|
187 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
187 |
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
|
188 |
$nt = null;
|
188 |
$nt = null;
|
189 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
189 |
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
|
190 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
|
190 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
|
191 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
191 |
$resultat = @file_get_contents($url);
|
192 |
if($resultat != '') {
|
192 |
if($resultat != '') {
|
193 |
$infos = json_decode($resultat);
|
193 |
$infos = json_decode($resultat);
|
194 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
194 |
$nt = $infos->num_taxonomique;
|
195 |
}
|
195 |
}
|
196 |
|
196 |
|
197 |
return $nt;
|
197 |
return $nt;
|
198 |
}
|
198 |
}
|
199 |
|
199 |
|
200 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
200 |
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
|
201 |
$presence_taxon = false;
|
201 |
$presence_taxon = false;
|
202 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
202 |
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
|
203 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
|
203 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");
|
Line 208... |
Line 208... |
208 |
$presence_taxon = true;
|
208 |
$presence_taxon = true;
|
209 |
}
|
209 |
}
|
210 |
}
|
210 |
}
|
211 |
return $presence_taxon;
|
211 |
return $presence_taxon;
|
212 |
}
|
212 |
}
|
213 |
|
213 |
|
214 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
214 |
/* texte libre, nom scientifique,
|
215 |
ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
|
215 |
ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)
|
216 |
ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
|
216 |
ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)
|
217 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
217 |
TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */
|
218 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
218 |
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
|
219 |
preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
|
219 |
preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);
|
220 |
if($elements) {
|
220 |
if($elements) {
|
Line 243... |
Line 243... |
243 |
}
|
243 |
}
|
Line 244... |
Line 244... |
244 |
|
244 |
|
245 |
// Nom scientifique
|
245 |
// Nom scientifique
|
246 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
246 |
return $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
|
247 |
}
|
247 |
}
|
248 |
|
248 |
|
249 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
249 |
public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {
|
250 |
$retour = array();
|
250 |
$retour = array();
|
251 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
251 |
if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
252 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
252 |
$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');
|
Line 256... |
Line 256... |
256 |
$retour = $resultat->resultat;
|
256 |
$retour = $resultat->resultat;
|
257 |
}
|
257 |
}
|
258 |
}
|
258 |
}
|
259 |
return $retour;
|
259 |
return $retour;
|
260 |
}
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