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Rev 738 Rev 739
Line -... Line 1...
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 1 
#!/bin/bash
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 3 
DB='`tb_cel`.`cel_references`';
- 
 
 4 
sed -e '1,/^-- DEBUT DE SCRIPT/d' -e "s;@dst;$DB;" "$0"
- 
 
 5 
exit
- 
 
 6 
 
- 
 
 7 
-- DEBUT DE SCRIPT SQL substitué: ne pas retirer, ne pas modifier cette ligne
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 8 
-- ci dessous ne doit exister que du SQL valide
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1 
-- TODO:
 10 
-- TODO:
2 
-- fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
 11 
-- fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
3 
-- SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
 12 
-- SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
Line 4... Line 13...
4 
 
 13 
 
5 
-- fix date: NULL pour les dates dans le futur
 14 
-- fix date: NULL pour les dates dans le futur
Line -... Line 15...
- 
 
 15 
-- SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();
- 
 
 16 
 
- 
 
 17 
 
- 
 
 18 
-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell
6 
-- SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM cel_obs WHERE date_observation > NOW();
 19 
-- SET @destdb = 'tb_cel';
7 
 
 20 
-- SET @desttable = 'cel_references';
8 
 
 21 
-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
9 
 
 22 
 
Line 10... Line 23...
10 
DROP TABLE IF EXISTS `cel_references`;
 23 
DROP TABLE IF EXISTS @dst;
11 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `cel_references` (
 24 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS @dst (
12 
       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL, -- ENUM ("bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ...),
 25 
       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
Line 13... Line 26...
13 
 
 26 
 
14 
       -- bdtfx
 27 
       -- bdtfx
Line 15... Line 28...
15 
       `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0',
 28 
       `num_nom` INT(9) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'depuis bdtfx',
16 
       `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL,
 29 
       `num_nom_retenu` VARCHAR(9) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
17 
 
 30 
 
Line 18... Line 31...
18 
       -- bdtfx + nvjfl_v2007
 31 
       -- bdtfx + nvjfl_v2007 + nva_v2013_06
19 
       `num_taxon` int(9) NOT NULL,
 32 
       `num_taxon` int(9) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx, nvjfl_v2007 et nva_v2013_06 (commun)',
20 
 
 33 
 
Line 21... Line 34...
21 
       -- bdtfx
 34 
       -- bdtfx
22 
       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL,
 35 
       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
23 
       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL,
 36 
       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
24 
 
 37 
 
- 
 
 38 
 
- 
 
 39 
       -- cel_obs
25 
 
 40 
       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
- 
 
 41 
       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
Line 26... Line 42...
26 
       -- cel_obs
 42 
 
27 
       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
 43 
       -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
28 
       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
 44 
       -- mais NULL à cause de nva
29 
 
 45 
       `nom_commun` VARCHAR(60) NULL COMMENT 'nom_vernaculaire pour nvjfl_v2007 et nva_v2013_06',
30 
       -- nvjfl_v2007 (`nom_vernaculaire` text NOT NULL)
 46 
PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`)
31 
       -- mais NULL à cause de nva
 47 
 
32 
       `nom_commun` VARCHAR(60) NULL,
 48 
) ENGINE=MyISAM \
33 
PRIMARY KEY (`referentiel`, `num_nom`)
 49 
  DEFAULT CHARSET=utf8 \
Line 74... Line 90...
74 
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
 90 
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
75 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
 91 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
76 
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
 92 
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM nva_v2013_06 n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
Line 77... Line 93...
77 
 
 93 
 
78 
 
 94 
 
79 
INSERT INTO `cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
 95 
INSERT INTO @dst (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
80 
       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire	FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
 96 
       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire	FROM bdtfx_v1_01 b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
Line 81... Line 97...
81 
       UNION \
 97 
       UNION \