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Rev 882 Rev 892
Line 6... Line 6...
6 
 
 6 
 
7 
Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille
 7 
Pour éviter un maximum de faux-positifs, nous vérifions aussi que la famille
8 
est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que
 8 
est conservée (même dans certains cas celle-ci a légitimement changé) et que
9 
la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci
 9 
la première partie du nom_sel correspond toujours à la première partie du nouveau nom_sci
10 
qui serait attribué.
 - 
 
Line 11... Line 10...
11 
*/
 10 
qui serait attribué.
12 
 
 - 
 
13 
--- la requête ---
 11 
 
14 
/*
 12 
-- la requête --
15 
-- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille
 13 
-- SELECT id_observation, b.num_nom, CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur), b.num_taxonomique, b.famille
16 
SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille
 14 
SELECT id_observation, nom_ret, nom_ret_nn, nt, c.famille
17 
   FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b
 15 
   FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b
18 
   WHERE (
 16 
   WHERE (
19 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
 17 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
20 
        AND nom_referentiel like 'bdtfx%'
 18 
        AND nom_referentiel like 'bdtfx%'
21 
        AND nom_sel_nn = num_nom
 19 
        AND nom_sel_nn = num_nom
- 
 
 20 
       )
- 
 
 21 
   ORDER BY id_observation asc;
- 
 
 22 
 
- 
 
 23 
 
- 
 
 24 
Cependant le nom_sel_nn n'est pas directement le num_num du taxon dont le nom est
- 
 
 25 
retenu. Pour cela, une jointure en bdtfx sur num_nom_retenu est nécessaire et c'est
- 
 
 26 
ce dernier taxon dont le num_nom est utilisé pour nom_ret_nn.
- 
 
 27 
Cependant il peut aussi être vide (si aucun nom_retenu "officiel" n'existe).
- 
 
 28 
 
- 
 
 29 
Attention, les nom_sel_nn = 0 doivent avoir disparus de cel_obs *AU PRÉALABLE*
- 
 
 30 
cf: maj-cleanup-201307.sql
- 
 
 31 
*/
- 
 
 32 
 
- 
 
 33 
 
- 
 
 34 
 
- 
 
 35 
/* test:
- 
 
 36 
   SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, b.nom_sci, b.auteur, c.famille, b.famille, c.nt, b.num_taxonomique
- 
 
 37 
   FROM  cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b
- 
 
 38 
   WHERE (
- 
 
 39 
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
- 
 
 40 
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
- 
 
 41 
        AND nom_ret_nn = num_nom
- 
 
 42 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)
- 
 
 43 
        AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique)
22 
       )
 44 
       );
Line 23... Line 45...
23 
   ORDER BY id_observation asc;
 45 
   = 2 taxons: 75134 et 75468 (changement de nt)
24 
*/
 46 
*/
25 
 
 47 
 
- 
 
 48 
-- l'update BDTFX avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects
- 
 
 49 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET
- 
 
 50 
       c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),
- 
 
 51 
       c.nt = b.num_taxonomique,
- 
 
 52 
       c.famille = b.famille
- 
 
 53 
   WHERE (
- 
 
 54 
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
- 
 
 55 
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
- 
 
 56 
        AND nom_ret_nn = num_nom
- 
 
 57 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)
- 
 
 58 
       );
- 
 
 59 
-- 339
- 
 
 60 
 
- 
 
 61 
/* test:
- 
 
 62 
   SELECT c.nom_ret_nn, c.nom_ret, bLAST.num_nom, bLAST.nom_sci, bLAST.auteur, c.famille, bLAST.famille, c.nt, bLAST.num_taxonomique
- 
 
 63 
   FROM  cel_obs c, tb_eflore.bdtfx_v1_01 b, tb_eflore.bdtfx_v1_01 bLAST
- 
 
 64 
   WHERE (
- 
 
 65 
         bLAST.num_nom = b.num_nom_retenu
- 
 
 66 
         AND nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0 AND nom_referentiel = 'bdtfx'
- 
 
 67 
         AND nom_ret_nn = bLAST.num_nom
- 
 
 68 
         AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)
- 
 
 69 
         AND (c.famille != b.famille OR c.nom_ret != CONCAT(bLAST.nom_sci, ' ', bLAST.auteur) OR c.nt != b.num_taxonomique OR c.nom_ret_nn != bLAST.num_nom)
- 
 
 70 
   );
- 
 
 71 
*/
- 
 
 72 
 
26 
--- l'update ---
 73 
-- l'update BDTFX avec nom_sel_nn seul
27 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b SET
 74 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b, `BASESOURCE`.`TABLEBDTFX` b_nom_ret SET
28 
       c.nom_ret = CONCAT(b.nom_sci, ' ', b.auteur),
 75 
       c.nom_ret = CONCAT(b_nom_ret.nom_sci, ' ', b_nom_ret.auteur),
29 
       c.nom_ret_nn = b.num_nom,
 76 
       c.nom_ret_nn = b.num_nom,
- 
 
 77 
       c.nt = b.num_taxonomique,
30 
       c.nt = b.num_taxonomique,
 78 
       c.famille = b.famille
31 
       c.famille = b.famille
 79 
   WHERE (
32 
   WHERE (
 80 
        b_nom_ret.num_nom = b.num_nom_retenu
33 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
 81 
        AND nom_sel_nn IS NOT NULL
34 
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
 82 
        AND nom_referentiel = 'bdtfx'
35 
        AND nom_sel_nn = num_nom
 83 
        AND nom_sel_nn = b.num_nom
36 
        AND LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille)
 - 
 
37 
        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1)
84 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(b.famille) OR c.famille IS NULL)
Line -... Line 85...
- 
 
 85 
        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(b.nom_sci, ' ', 1)
- 
 
 86 
       );
- 
 
 87 
-- 251 avec indirection num_nom_retenu
- 
 
 88 
 
- 
 
 89 
 
- 
 
 90 
-- l'update BDTXA avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects  --
- 
 
 91 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
- 
 
 92 
       c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
- 
 
 93 
       c.nt = a.num_tax,
- 
 
 94 
       c.famille = a.famille
- 
 
 95 
   WHERE (
- 
 
 96 
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
- 
 
 97 
        AND nom_referentiel = 'bdtxa'
- 
 
 98 
        AND nom_ret_nn = num_nom
- 
 
 99 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL)
38 
       );
 100 
       );
39 
-- 31739 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
 101 
-- 1
40 
-- 31524 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
 102 
 
41 
 
 103 
/*TODO
42 
 
 104 
-- l'update BDTXA avec nom_sel_nn seul
43 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
 105 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEBDTXA` a SET
44 
       c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
 106 
       c.nom_ret = CONCAT(a.nom_sci, ' ', a.auteur),
45 
       c.nom_ret_nn = a.num_nom,
 107 
       c.nom_ret_nn = a.num_nom,
46 
       c.nt = a.num_tax,
 108 
       c.nt = a.num_tax,
47 
       c.famille = a.famille
 109 
       c.famille = a.famille
48 
   WHERE (
 110 
   WHERE (
49 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
 111 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
50 
        AND nom_referentiel = 'bdtxa'
 112 
        AND nom_referentiel = 'bdtxa'
51 
        AND nom_sel_nn = num_nom
 113 
        AND nom_sel_nn = num_nom
- 
 
 114 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille) OR c.famille IS NULL)
- 
 
 115 
        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1)
Line -... Line 116...
- 
 
 116 
       );
- 
 
 117 
-- 49 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
- 
 
 118 
-- 47 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
- 
 
 119 
*/
- 
 
 120 
 
- 
 
 121 
 
- 
 
 122 
-- l'update ISFAN avec nom_sel_nn et nom_ret_nn corrects  --
- 
 
 123 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
- 
 
 124 
       c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
- 
 
 125 
       c.nt = i.num_taxonomique,
- 
 
 126 
       c.famille = i.famille
- 
 
 127 
   WHERE (
- 
 
 128 
        nom_sel_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn IS NOT NULL AND nom_ret_nn != 0
- 
 
 129 
        AND nom_referentiel = 'isfan'
- 
 
 130 
        AND nom_ret_nn = num_nom
52 
        AND LOWER(c.famille) = LOWER(a.famille)
 131 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL)
53 
        AND SUBSTRING_INDEX(c.nom_sel, ' ', 1) = SUBSTRING_INDEX(a.nom_sci, ' ', 1)
132 
       );
54 
       );
 133 
-- 2
55 
-- 49 sans les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
 134 
 
56 
-- 47 avec les restrictions sur famille et SUBSTRING_INDEX()
 135 
/*TODO
57 
 
 136 
-- l'update ISFAN avec nom_sel_nn seul
58 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
 137 
UPDATE `BASEEDIT`.`cel_obs` c, `BASESOURCE`.`TABLEISFAN` i SET
59 
       c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
 138 
       c.nom_ret = CONCAT(i.nom_sci, ' ', i.auteur),
60 
       c.nom_ret_nn = i.num_nom,
 139 
       c.nom_ret_nn = i.num_nom,
- 
 
 140 
       c.nt = i.num_taxonomique,
61 
       c.nt = i.num_taxonomique,
 141 
       c.famille = i.famille
62 
       c.famille = i.famille
 142 
   WHERE (
Line 63... Line 143...
63 
   WHERE (
 143 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
64 
        nom_sel_nn IS NOT NULL
 144 
        AND nom_referentiel = 'isfan'
65 
        AND nom_referentiel = 'isfan'
 145 
        AND nom_sel_nn = num_nom
66 
        AND nom_sel_nn = num_nom
 146 
        AND (LOWER(c.famille) = LOWER(i.famille) OR c.famille IS NULL)