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Rev 337 Rev 380
Line 1... Line 1...
1 
<?php
 1 
<?php
2 
// Encodage : UTF-8
 - 
 
3 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 - 
 
4 
/**
 2 
/**
5 
* Importation d'un fichier ref-tax dans une bdnt
 3 
 * Indexation dans Algolia des référentiels
6 
*
 4 
 *
7 
* Description : classe permettant de versionner les référentiels selon le manuel technique
 5 
 * Description : formate les données des référentiels choisis et envoie tout ça
8 
* Utilisation : php script.php comparaison -r bdnff -a tout -f fichier.txt
 6 
 * dans Algolia
9 
*
 7 
 *
- 
 
 8 
 * Utilisation : php script.php algolia [-ref "ref1,ref2,..."]
- 
 
 9 
 *   -ref (optionnel): liste de codes de référentiels séparés par des virgules;
- 
 
 10 
 *                     par défaut: "apd,bdtfx,bdtxa,isfan"
- 
 
 11 
 *
- 
 
 12 
 * Exemples:
10 
//Auteur original :
 13 
 *   php script.php algolia
11 
* @author       Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
 14 
 *   php script.php algolia -ref "bdtfx,isfan"
- 
 
 15 
 *
12 
* @copyright	Tela-Botanica 1999-2010
 16 
 * @note: ignorer le paramètre fasciste -a : on ne s'en sert pas
- 
 
 17 
 *
13 
* @link			http://www.tela-botanica.org/wikini/RTaxMethodo/wakka.php?wiki=MaNuel
 18 
 * @author       Tela Botanica <equipe-dev@tela-botanica.org>
14 
* @licence		GPL v3 & CeCILL v2
 19 
 * @licence		GPL v3 & CeCILL v2
15 
* @version		$Id$
 - 
 
16 
*/
 20 
 */
17 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 - 
 
- 
 
 21 
restore_error_handler();
18 
class Importation extends ScriptCommande {
 22 
restore_exception_handler();
- 
 
 23 
ini_set("display_errors","1");
- 
 
 24 
error_reporting(E_ALL);
Line 19... Line 25...
19
25 
 
20 
	const SCRIPT_NOM = 'importation';
 26 
// composer autoload
Line 21... Line -...
21 
	const MANUEL_VERSION = '4.3';
 - 
 
22
- 
 
23 
	private $referentiel = null;
 - 
 
24 
	/*public $parametres = array(
 - 
 
25 
		'-r' => array(true, true, 'referentiel de base'),
 - 
 
26 
		'-f' => array(true, true, 'fichier à comparer'));*/
 - 
 
27 
	private $noms_supprimes = null;
 - 
 
28 
	private $noms_colonnes = array();
 - 
 
29 
	private $rangs_bdnt_taxref = null;
 - 
 
30 
	private $statuts_bdnt_taxref = null;
 - 
 
31 
	private $correspondance_colonnes = array("CD_NOM" => "", "CD_SUP" => "", "CD_REF" => "",
 - 
 
32 
		"RANG" => "rang", "LB_NOM" => "nom_sci", "LB_AUTEUR" => array("auteur","annee"),
 - 
 
33 
		"FR" => "presence",
 - 
 
34 
		"FR-FRA" => "presence_Ga", "FR-COR" => "presence_Co", "REU" => "presence",
 - 
 
35 
		"GUA" => "presence_Guadeloupe", "SMSB" => array("presence_Saint_Martin", "presence_Saint_Barthelemy"),
- 
 
36 
		"SM" => "presence_Saint_Martin", "SB" => "presence_Saint_Barthelemy",  "MAR" => "presence_Martinique",
 - 
 
37 
		"GF" => "presence", "MAY" => "presence_Mayotte", "TAAF" => "presence_Taaf",
 - 
 
38 
		"SPM" => "presence_Guadeloupe", "PF" => "presence_Polynesie", "NC" => "presence_Nouvelle_Caledonie",
 - 
 
39 
		"BIBLIO" => "biblio_origine", "BDNGM" => "num_nom", "NUM_NOM" => "num_nom", "NOM_VERN" => "nom_francais");
 - 
 
40
- 
 
41 
	private $sans_correspondance = array(
 - 
 
42 
			"FG_VALIDITE", "habitat", "WF", "CLI", "EPA",
 - 
 
43 
			"EU", "WLD", "ORACLE",
 - 
 
44 
			"DATE_CREA", "ORIGINE_CREA",
 - 
 
45 
			"NOM_COMPLET", "NOM_COMPLET_HTML",
 - 
 
46 
			"GENRE", "ESPECE", "SOUS_ESPECE", "ANNEE");
 - 
 
47
- 
 
48 
	/*public function executer() {
 27 
require dirname(__FILE__) . '/../../../vendor/autoload.php';
49 
		$this->referentiel = $this->getParam('r');
 - 
 
50 
		// Lancement du test demandé
 - 
 
51 
		$fichier = $this->getParam('f');
 - 
 
52 
		if (file_exists($fichier)) {
 - 
 
53 
			$manuel_chemin = Config::get('chemin_appli').DS.'..'.DS.'configurations'.DS;
 - 
 
54 
			$manuel_config_nom = 'referentiel_v'.self::MANUEL_VERSION.'.ini';
 - 
 
55 
			$this->manuel = parse_ini_file($manuel_chemin.$manuel_config_nom);
 - 
 
56 
			$this->creerCorrespondanceRangBdntTaxref();
 - 
 
57 
			$donnees = $this->traiterFichierTaxref($fichier);
 - 
 
58 
			Debug::printr("Fin du traitement du fichier.");
 - 
 
59 
			$this->connecterPDO();
 - 
 
60 
			$this->creerTableTaxref();
 - 
 
61 
			$this->ajouterColonneCDNOM();
 - 
 
62 
			Debug::printr("Fin de la création de la table.");
 - 
 
63 
			$this->ajouterDonneesTaxRef($donnees);
 - 
 
64 
			Debug::printr("Fin de l'insertion des données.");
 - 
 
65 
			$this->creerTableComparaison();
 - 
 
66 
			Debug::printr("Fin de la création de la table comparaison.");
 - 
 
Line 67... Line -...
67 
		}
 - 
 
68 
	}*/
 - 
 
69
- 
 
70 
	public function executer() {
 - 
 
71 
		// Récupération du dernier traitement demandé
 - 
 
72 
		$this->traitementDao = new TraitementDao();
 - 
 
73 
		$this->traitement = $this->traitementDao->getDernierTraitement('tout', self::SCRIPT_NOM);
 - 
 
74 
		if (isset($this->traitement)) {
 - 
 
75 
			$this->referentiel = $this->traitement['referentiel_code']; // Récupération du nom de projet
 - 
 
76 
			$fichier = $this->traitement['script_parametres'];
 - 
 
77 
			if (file_exists($fichier)) {
 - 
 
78 
				Debug::printr('Debute:'.$this->traitementDao->debuterTraitement($this->traitement['id_traitement']));
 - 
 
79 
				// Nettoyage des traitements obsolètes
 - 
 
80 
				$traitements_obsoletes = $this->traitementDao->getTraitementsObsoletes($this->referentiel, self::SCRIPT_NOM);
 - 
 
81 
				if (isset($traitements_obsoletes)) {
 - 
 
82 
					Debug::printr('Supp. obsoletes:'.$this->traitementDao->supprimer($traitements_obsoletes));
 - 
 
83 
				}
 - 
 
84 
				Debug::printr("Début du traitement du fichier.");
 - 
 
85 
				$manuel_chemin = Config::get('chemin_appli').DS.'..'.DS.'configurations'.DS;
 - 
 
86 
				$manuel_config_nom = 'referentiel_v'.self::MANUEL_VERSION.'.ini';
 - 
 
87 
				$this->manuel = parse_ini_file($manuel_chemin.$manuel_config_nom);
 - 
 
88 
				$this->creerCorrespondanceRangBdntTaxref();
 - 
 
89 
				$donnees = $this->traiterFichierTaxref($fichier);
 28 
 
90 
				Debug::printr("Fin du traitement du fichier.");
 - 
 
91 
				$this->connecterPDO();
 - 
 
92 
				$this->creerTableTaxref();
 - 
 
93 
				$this->ajouterColonneCDNOM();
 - 
 
94 
				Debug::printr("Fin de la création de la table.");
 - 
 
95 
				$this->ajouterDonneesTaxRef($donnees);
 - 
 
96 
				Debug::printr("Fin de l'insertion des données.");
 - 
 
97 
				$this->decouperNomSciTaxRef();
 - 
 
98 
				$this->creerTableComparaison();
 - 
 
99 
				Debug::printr("Fin de la création de la table comparaison.");
 - 
 
100 
				Debug::printr('Termine:'.$this->traitementDao->terminerTraitement($this->traitement['id_traitement']));
 - 
 
101 
			} else {
 - 
 
102 
				Debug::printr("Fichier introuvable".$fichier);
 - 
 
103 
				Debug::printr('Termine:'.$this->traitementDao->terminerTraitement($this->traitement['id_traitement']));
 - 
 
104 
			}
 - 
 
105 
		} else {
 - 
 
Line -... Line 29...
- 
 
 29 
class Algolia extends ScriptCommande {
- 
 
 30 
 
- 
 
 31 
	const SCRIPT_NOM = 'algolia';
Line 106... Line -...
106 
			Debug::printr("Pas de traitement");
 - 
 
107 
		}
 - 
 
108 
	}
 32 
 
109
- 
 
110 
 
 - 
 
111 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 33 
	public $parametres = array(
112 
	private function creerTableTaxref() {
 - 
 
Line 113... Line 34...
113 
		$requete = "DROP TABLE IF EXISTS {$this->referentiel}_taxref; ".
 34 
		'-ref' => array(false, false, 'Celui qui lit ça est un con')
114 
			"CREATE TABLE  {$this->referentiel}_taxref AS SELECT * FROM {$this->referentiel};".
 35 
	);
115 
			"ALTER TABLE  {$this->referentiel}_taxref ADD PRIMARY KEY (num_nom);";
 - 
 
116 
		$resultat = $this->executerRequeter($requete);
 36 
 
117 
	}
 - 
 
Line 118... Line 37...
118
37 
	/** connexion PDO à la BDD "referentiels" */
119 
	private function ajouterColonneCDNOM() {
 - 
 
120 
		$requete = "ALTER TABLE  {$this->referentiel}_taxref ADD ".
 - 
 
121 
			"`CD_NOM` INT( 15 ) NULL DEFAULT NULL COMMENT 'numéro correspondant dans la base taxref.';";
 38 
	protected $bdd;
122 
		$resultat = $this->executerRequeter($requete);
 - 
 
123 
	}
 - 
 
124
- 
 
125 
	private function ajouterDonneesTaxRef($liste_noms) {
 - 
 
126 
		$i = 0; $j = 0; $requete = "";
 - 
 
127 
		foreach ($liste_noms as $nom) { $i++;
 - 
 
128 
			$requete .= "UPDATE  {$this->referentiel}_taxref SET ".implode(' , ', $nom).
 - 
 
129 
					" WHERE {$nom['num_nom']} ;";//echo $requete;
 - 
 
130 
			if ($i == 1000 || ($j*1000+$i) == count($liste_noms) ) { $j++;
 - 
 
131 
				$resultat = $this->executerRequeter($requete.'commit;');
 - 
 
Line 132... Line 39...
132 
				if ($resultat == null) {
 39 
 
133 
					$resultat = $this->executerRequeter($requete.'commit;');
 40 
	/** client API Algolia */
134 
				}
 41 
	protected $algolia;
135 
				$i = 0; $requete = "";
 42 
	protected $indexAlgolia;
136 
			}
 - 
 
137 
		}
 - 
 
138 
	}
 - 
 
139
- 
 
140 
	private function creerTableComparaison() {
 - 
 
141 
		foreach ($this->noms_colonnes as $colonne) {
 43
142 
			if (isset($this->correspondance_colonnes[$colonne]) && $this->correspondance_colonnes[$colonne] != "") {
 44 
	public function executer() {
143 
				$nom_champ = $this->correspondance_colonnes[$colonne];
 - 
 
144 
				if (is_array($nom_champ)) {
 45 
		echo "Indexation des référentiels dans Algolia" . PHP_EOL;
145 
					foreach ($nom_champ as $nom) {
 - 
 
146 
						$champs_tax[] = "t.{$nom} AS tax_{$nom}";
 - 
 
147 
						$champs_tax[] = "b.{$nom} AS {$nom}";
 - 
 
148 
						$concat[] = "IF(t.{$nom} != b.{$nom}, '{$nom}, ', '')";
 46 
 
149 
					}
 47 
		// Bibliothèque Algolia PHP pour appeler l'API
150 
				} else {
 - 
 
151 
					$champs_tax[] = "t.{$nom_champ} AS tax_{$nom_champ}";
 - 
 
152 
					$champs_tax[] = "b.{$nom_champ} AS {$nom_champ}";
 48 
		Config::charger(dirname(__FILE__) . '/algolia.ini');
153 
					$concat[] = "IF(t.{$nom_champ} != b.{$nom_champ}, '{$nom_champ}, ', '')";
 - 
 
154 
				}
 - 
 
155 
			}
 49 
		$this->algolia = new \AlgoliaSearch\Client(Config::get('algolia_application_id'), Config::get('algolia_api_key'));
156 
		}
 - 
 
157 
		date_default_timezone_set('Europe/London');
 50 
		$this->indexAlgolia = $this->algolia->initIndex(Config::get('algolia_index'));
158 
		$requete = "CREATE TABLE  {$this->referentiel}_comparaison_".date("Y_m_d_H_i_s")." AS".
 - 
 
159 
					" SELECT CONCAT(".implode(', ', $concat).") AS difference, ".implode(', ', $champs_tax).
 - 
 
160 
					" FROM {$this->referentiel} b, {$this->referentiel}_taxref t".
 - 
 
161 
					" WHERE b.num_nom = t.num_nom AND (b.nom_sci != t.nom_sci or b.auteur != t.auteur or b.annee != t.annee);";
 51 
 
162 
		//echo $requete;
 - 
 
163 
		$resultat = $this->executerRequeter($requete);
 - 
 
164 
	}
 - 
 
165
- 
 
166 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 52 
		// Connexion à la base
167 
	private function traiterFichierTaxref($fichier) {
 - 
 
168 
		$donnees = array();
 - 
 
169 
		if (($pointeur = fopen($fichier, "r")) !== FALSE) {
 - 
 
170 
			$this->noms_colonnes = fgetcsv($pointeur, 1000, chr(9));
 - 
 
171 
			$num_nom = 0;//print_r($this->noms_colonnes);
 - 
 
172 
			while (($ligne = fgetcsv($pointeur, 1000, chr(9))) !== FALSE) {
 - 
 
173 
				$nombreChamps = count($ligne);
 - 
 
174 
				$taxref[$ligne[0]] = $ligne;//print_r($ligne);
 - 
 
175 
				for ($c=0; $c < $nombreChamps; $c++) {
 - 
 
176 
					if (isset($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]])) {
 53 
		$this->connecterPDO();
177 
						if (is_array($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]])) {
 - 
 
178 
							if ($this->noms_colonnes[$c] == 'LB_AUTEUR') {
 - 
 
179 
								if (preg_match('/(.*), +([0-9]{4})/', utf8_encode($ligne[$c]), $matches) == 1) {
 - 
 
180 
									$nom['auteur'] = 'auteur="'.$matches[1].'"';
 - 
 
181 
									$nom['annee'] = 'annee="'.trim($matches[2]).'"';
 - 
 
182 
								} else {
 - 
 
183 
									$nom['auteur'] = 'auteur="'.utf8_encode($ligne[$c]).'"';
 - 
 
184 
									$nom['annee'] = 'annee=""';
 - 
 
185 
								}
 - 
 
186 
							} else {
 - 
 
187 
								foreach ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] as $a=>$nom_colonne) {
 - 
 
188 
									$nom[$nom_colonne] = $nom_colonne.'="'.$ligne[$c].'"';
 54 
 
189 
								}
 - 
 
190 
							}
 - 
 
191 
						} elseif ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "") {
 - 
 
192 
							$nom[$this->noms_colonnes[$c]] = $ligne[$c];
 - 
 
193 
						} else {
 - 
 
194 
							if ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "rang") {
 - 
 
195 
								$rang = $this->rangs_bdnt_taxref[$ligne[$c]];
 - 
 
196 
								// à remettre si on décide de prendre les rangs taxref
 55 
		// Liste des référentiels à fusionner
197 
								//$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] =
- 
 
198 
									//$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.$this->rangs_bdnt_taxref[$ligne[$c]].'"';
 - 
 
199 
							} elseif ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "num_nom") {
 56 
		$refsTexte = Config::get('algolia_referentiels');
200 
								$num_nom = $ligne[$c];
 57 
		$refs = explode(",", $refsTexte);
201 
								$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] =
- 
 
202 
									$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.$ligne[$c].'"';
 - 
 
203 
							} elseif ($this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]] == "nom_sci") {
 - 
 
204 
								$nom_sci = $ligne[$c];
 58 
 
- 
 
 59 
		// Liste des référentiels à mettre à jour
- 
 
 60 
		$refsMajTexte = $this->getParam("ref");
- 
 
 61 
		if ($refsMajTexte === false) {
- 
 
 62 
			// si le paramètre est vide, on met tout à jour
- 
 
 63 
			$refsMaj = $refs;
- 
 
 64 
		} else {
- 
 
 65 
			$refsMaj = explode(",", $refsMajTexte);
205 
								$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] =
 66 
		}
206 
									$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.trim($ligne[$c]).'"';
 - 
 
207 
							} else  {
 - 
 
208 
								$nom[$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]]] =
- 
 
209 
									$this->correspondance_colonnes[$this->noms_colonnes[$c]].'="'.trim(utf8_encode($ligne[$c])).'"';
 - 
 
210 
							}
 - 
 
211 
						}
 - 
 
212 
					}
 67 
 
213 
				}
 68 
		// Déniaisage 1
- 
 
 69 
		foreach ($refs as $k => $r) {
- 
 
 70 
			$fichierRequete = dirname(__FILE__) . "/algolia_" . $r . ".sql";
214 
				$nom['exclure_taxref'] = 'exclure_taxref="0"';
 71 
			if (! file_exists($fichierRequete)) {
Line 215... Line -...
215 
				$donnees[$num_nom] = $nom;
 - 
 
216 
				$correspondance_taxref_bdnt[$nom['CD_NOM']] = $num_nom;
 72 
				echo "- fichier [$fichierRequete] non trouvé, fusion de [$r] ignorée" . PHP_EOL;
217 
			}
 73 
				unset($refs[$k]);
218 
			fclose($pointeur);
 74 
			}
219 
			$donnees = $this->changerNumerotation($donnees, $correspondance_taxref_bdnt, $taxref);
 75 
		}
220 
		}
 - 
 
221 
		return $donnees;
 76 
		if (empty($refs)) {
222 
	}
 - 
 
223
- 
 
224 
	private function changerNumerotation($donnees, $correspondance, $taxref) {
 - 
 
225 
		$i=0;$j=0;$k=0;
 77 
			echo "Aucun référentiel à fusionner" . PHP_EOL;
226 
		foreach ($donnees as $num_nom=>$infos) {
 - 
 
227 
			if (isset($correspondance[$infos['CD_SUP']])) {
 - 
 
228 
				$donnees[$num_nom]['num_tax_sup'] = "num_tax_sup=".$correspondance[$infos['CD_SUP']];
 - 
 
229 
				$i++;
 - 
 
230 
			} elseif ($infos['CD_SUP'] != '') {
 - 
 
231 
				$donnees[$num_nom]['num_tax_sup'] = "num_tax_sup=''";
 - 
 
232 
				//$sup[$infos['CD_NOM']] = $taxref[$infos['CD_NOM']];
 - 
 
233 
				$sup[$infos['CD_SUP']] = $infos['CD_SUP'];
 - 
 
234 
			}
 - 
 
235 
			unset($donnees[$num_nom]['CD_SUP']);
 - 
 
236 
			if (isset($correspondance[$infos['CD_REF']])) {
 78 
			exit;
237 
				$donnees[$num_nom]['num_nom_retenu'] = "num_nom_retenu=".$correspondance[$infos['CD_REF']];
 - 
 
238 
				$j++;
 - 
 
239 
			} elseif ($infos['CD_REF'] != '') {$k++;
 - 
 
240 
				$donnees[$num_nom]['num_nom_retenu'] = "num_nom_retenu=''";
 - 
 
241 
				//$ref[$infos['CD_NOM']] = $taxref[$infos['CD_NOM']];
 - 
 
242 
				$ref[$infos['CD_REF']] = $infos['CD_REF'];
 - 
 
243 
			} else {
 - 
 
244 
				Debug::printr($infos['CD_NOM']."n'a pas de valeur pour CD_REF");
 79 
		}
245 
			}
 - 
 
246 
			unset($donnees[$num_nom]['CD_REF']);
 - 
 
247 
			$donnees[$num_nom]['CD_NOM'] = 'CD_NOM='.$donnees[$num_nom]['CD_NOM'];
 80 
 
248 
		}echo "les ".count($sup)." taxons supérieurs manquants :".implode(" ,", $sup)." \nles "."retenus ".implode(" ,", $ref);
 - 
 
249 
		//$this->ecrireFichierCsv($ref, './retenu_absent.csv');
 - 
 
250 
		//$this->ajouterTaxonAbsent($abs);
 - 
 
251 
		//$this->ecrireFichierCsv($sup, './superieur_absent.csv');
 81 
		// Déniaisage 2
252 
		echo "$j correspondance pour nom retenu $i correspondance pour nom sup $k non pas de correspondance retenu";
 82 
		foreach ($refsMaj as $k => $r) {
Line 253... Line -...
253 
		return $donnees;
 - 
 
254 
	}
 - 
 
255
83 
			if (! in_array($r, $refs)) {
256 
	// rechercher dans reftax les numéros absent dans la base
 84 
				echo "- le référentiel à mettre à jour [$r] n'est pas présent dans la liste à fusionner, il sera ignoré" . PHP_EOL;
257 
	// modifier les tableaux ref et sup pour modifier $donnees (ajout + modif)
 - 
 
258 
	private function ajouterTaxonAbsent($abs) {
 - 
 
259 
		$requete = "SELECT ".implode(",", $this->noms_colonnes)." FROM taxref_v5 where CD_NOM IN (".implode(",", $abs).")";
 - 
 
Line 260... Line -...
260 
		echo $requete;
 - 
 
261 
	}
 - 
 
262
- 
 
263 
	private function creerCorrespondanceRangBdntTaxref() {
 - 
 
264 
		$rangs = explode(',', $this->manuel['rangs_bdnt_taxref']);
 - 
 
265 
		foreach ($rangs as $rang) {
 85 
				unset($refsMaj[$k]);
266 
			list($id_bdnt, $code_taxref) = explode(':', trim($rang));
 - 
 
267 
			$this->rangs_bdnt_taxref[$code_taxref] = $id_bdnt;
 - 
 
268 
		}
 - 
 
269 
	}
 - 
 
270
- 
 
271 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 86 
			}
272 
	private function decouperNomSciTaxRef() {
 87 
		}
273 
		$requete = "SELECT num_nom, nom_sci, rang, type_epithete FROM {$this->referentiel}_taxref WHERE CD_NOM != ''";
 88 
		if (empty($refsMaj)) {
274 
		$resultats = $this->executerRequeter($requete);
 89 
			echo "Aucun référentiel à mettre à jour" . PHP_EOL;
275 
		foreach ($resultats as $nom) {
 90 
			exit;
276 
			extract($nom);
 - 
 
277 
			$nomen =array('nom_supra_generique' => 'nom_supra_generique=""', 'genre' => 'genre=""',
- 
 
278 
				'epithete_infra_generique' => 'epithete_infra_generique=""', 'epithete_sp' => 'epithete_sp=""',
- 
 
279 
				'type_epithete' => 'type_epithete=""', 'epithete_infra_sp' => 'epithete_infra_sp=""',
91 
		}
280 
				'cultivar_groupe' => 'cultivar_groupe=""', 'cultivar' => 'cultivar=""', 'nom_commercial' => 'nom_commercial=""');
 92 
 
281 
			$parties_noms = explode(' ', $nom_sci);
 - 
 
282 
			if ($rang < 220) {
 - 
 
283 
				$nomen['nom_supra_generique'] = 'nom_supra_generique="'.$nom_sci.'"';
 - 
 
284 
			} elseif ($rang == 220) {
 - 
 
285 
				$nomen['genre'] = 'genre="'.trim($nom_sci).'"';
 - 
 
286 
			} elseif ($rang < 290) {
 93 
		// Confirmation
287 
				$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
 - 
 
288 
				$nomen['epithete_infra_generique'] = 'epithete_infra_generique="'.$parties_noms[1].'"';
 94 
		//$this->confirmer("Fusion des référentiels [" . implode(',', $refs) . "] et mise à jour de [" . implode(',', $refsMaj) . "]. Continuer ?");
289 
			} else {
 - 
 
290 
				$nomen = array_merge($nomen, $this->decouperEspece($parties_noms));
 - 
 
291 
				$hybride = $this->etreHybride($parties_noms);
 - 
 
292 
				if (isset($parties_noms[2]) && ($hybride === false || $hybride > 2)) {
 - 
 
293 
					$nomen = array_merge($nomen, $this->decouperSousEspece($parties_noms));
 - 
 
294 
				}
 - 
 
295 
			}
 - 
 
296 
			$update = "UPDATE {$this->referentiel}_taxref SET ".implode(' , ', $nomen)." WHERE num_nom = ".$num_nom;
 - 
 
297 
			$resultat = $this->executerRequeter($update);
 - 
 
298 
		}
 - 
 
299 
		return $nomen;
 - 
 
300 
	}
 - 
 
301
95 
 
302 
	private function decouperSousEspece($parties_noms) {
 - 
 
303 
		if ($this->etreTypeSousEpithete($parties_noms[2]) == true) {
 96 
		//var_dump($refs);
304 
			$nomen['type_epithete'] = 'type_epithete="'.$parties_noms[2].'"';
 97 
		$donneesBrutes = array();
305 
			$nomen['epithete_infra_sp'] = 'epithete_infra_sp="'.$parties_noms[3].'"';
 - 
 
Line -... Line 98...
- 
 
 98 
		// Exécution des requêtes pour chaque référentiel
306 
		} elseif (strpos($parties_noms[2], '(') === 0) {
 99 
		foreach ($refs as $ref) {
- 
 
 100 
			$fichierRequete = dirname(__FILE__) . "/algolia_" . $ref . ".sql";
- 
 
 101 
			// Exécution de la requête
- 
 
 102 
			$requete = file_get_contents($fichierRequete);
- 
 
 103 
			$resultat = $this->requete($requete);
307 
			$nomen['cultivar_groupe'] = 'cultivar_groupe="'.trim($parties_noms[2], "(").'"';
 104 
			/*while ($ligne = $resultat->fetch()) {
- 
 
 105 
				var_dump($ligne);
308 
		} elseif (strpos($parties_noms[2], "'") === 0) {
 106 
				break;
- 
 
 107 
			}*/
- 
 
 108 
			$donneesBrutes[$ref] = $resultat->fetchAll();
309 
			$nomen['cultivar'] = 'cultivar="'.trim($parties_noms[2], "'").'"';
 109 
 
- 
 
 110 
			// Info utilisation mémoire
- 
 
 111 
			$mem = memory_get_usage(true);
- 
 
 112 
			$memMio = round($mem / (1024 * 1024));
310 
		} elseif (ctype_upper($parties_noms[2]) === true) {
 113 
			echo "Mémoire utilisée : $memMio Mio" . PHP_EOL;
- 
 
 114 
		}
- 
 
 115 
 
311 
			$nomen['nom_commercial'] = 'nom_commercial="'.$parties_noms[2].'"';
 116 
		// Fusion !
- 
 
 117 
		$index = $this->fusionnerReferentiels($donneesBrutes);
312 
		} else {
 118 
		//$this->extrait($index, array('Acacia dealbata Link','Acacia Mill.','Fabaceae'));
- 
 
 119 
 
- 
 
 120 
		// Mise en forme
- 
 
 121 
		$index = $this->mettreEnForme($index);
- 
 
 122 
		$this->extrait($index, 3);
- 
 
 123 
 
- 
 
 124 
		// Stats
313 
			$nomen['epithete_infra_sp'] = 'epithete_infra_sp="'.$parties_noms[2].'"';
 125 
		$taille = count($index);
Line -... Line 126...
- 
 
 126 
		echo "Taille de l'index: [$taille] lignes !" . PHP_EOL;
- 
 
 127 
		//file_put_contents("couscous.json", json_encode($index));
- 
 
 128 
 
314 
		}
 129 
		// Calcul des différences ?
- 
 
 130 
		// Insertion ?
315 
		return $nomen;
 131 
		$this->insererDansAlgolia($index);
- 
 
 132 
 
316 
	}
 133 
		// Info utilisation mémoire totale
- 
 
 134 
		$mem = memory_get_peak_usage(true);
- 
 
 135 
		$memMio = round($mem / (1024 * 1024));
- 
 
 136 
		echo "Mémoire maximale utilisée : $memMio Mio" . PHP_EOL;
317
137 
	}
318 
	private function etreTypeSousEpithete($chaine) {
 138 
 
- 
 
 139 
	/**
319 
		$type = false;
 140 
	 * Génère un index unique pour Algolia à partir des données de n référentiels
320 
		$types_epithete = array('subsp.', 'infra-sp.', 'var.', 'subvar.', 'f.', 'subf.', 'f. sp.', 'race', 'proles');
 141 
	 */
321 
		if (in_array(utf8_encode($chaine), $types_epithete)) {
 142 
	protected function fusionnerReferentiels(&$donneesRefs) {
- 
 
 143 
		$index = array();
- 
 
 144 
		foreach ($donneesRefs as $ref => &$d) {
- 
 
 145 
			$nbTaxons = count($d);
- 
 
 146 
			echo "-- fusion du référentiel [$ref] : $nbTaxons taxons --" . PHP_EOL;
322 
			$type = true;
 147 
 
- 
 
 148 
			$fusions = 0;
- 
 
 149 
			foreach ($d as $taxon) {
- 
 
 150 
				$nomSci = $taxon[$ref . '_nom_sci'];
- 
 
 151 
				//$nn = $taxon[$ref . '_num_nom'];
- 
 
 152 
				// Ajout du nom d'auteur pour éviter les collisions dans un même référentiel
- 
 
 153 
				if (! empty ($taxon[$ref . '_auteur'])) {
- 
 
 154 
					$nomSci .= ' ' . $taxon[$ref . '_auteur'];
- 
 
 155 
				}
- 
 
 156 
 
- 
 
 157 
				// -- ÉLIMINATION DES NOMS SANS CORRESPONDANCE
323 
		}
 158 
				if (empty($taxon[$ref . '_num_nom_retenu'])) {
324 
		return $type;
 - 
 
325 
	}
 159 
					//echo "XX élimination du nom sans correspondance : [$nomSci] (nn $nn)" . PHP_EOL;
326
160 
					continue;
327 
	private function decouperEspece($parties_noms) {
 161 
				}
328 
		$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
 162 
 
329 
		$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[1].'"';
 - 
 
330 
		$hybride = $this->etreHybride($parties_noms);
 - 
 
331 
		$chimere = array_search('+', $parties_noms);
 - 
 
332 
		if ($hybride != false || $hybride===0) {
 - 
 
333 
			$nomen = $this->decouperEspeceHybride($hybride, $parties_noms);
 - 
 
334 
		}
 - 
 
335 
		return $nomen;
 - 
 
336 
	}
 - 
 
337
- 
 
338 
	private function etreHybride($parties_noms) {
 - 
 
339 
		$hybride = array_search('x', $parties_noms);
 - 
 
340 
		return $hybride;
 163 
				if (! isset($index[$nomSci])) {
341 
	}
 - 
 
342
164 
					$index[$nomSci] = array(
343 
	private function decouperEspeceHybride($hybride, $parties_noms) {
 165 
						'objectID' => $nomSci,
344 
		if ($hybride == 0) {
 166 
						'referentiels' => array()
345 
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].' '.$parties_noms[1].'"';
 167 
					);
Line -... Line 168...
- 
 
 168 
				} else {
346 
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[2].'"';
 169 
					//echo "> fusion sur [$nomSci] (nn $nn)" . PHP_EOL;
- 
 
 170 
					$fusions++;
- 
 
 171 
				}
- 
 
 172 
				$index[$nomSci] = array_merge($index[$nomSci], $taxon);
- 
 
 173 
				$index[$nomSci]['referentiels'][] = $ref;
- 
 
 174 
				//break;
- 
 
 175 
			}
- 
 
 176 
			$taille = count($index);
347 
		} elseif ($hybride == 1 && count($parties_noms) == 4) {
 177 
			echo "- taille de l'index après ajout de [$ref]: [$taille] lignes ($fusions fusions)" . PHP_EOL;
348 
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].' '.$parties_noms[1].' '.$parties_noms[2].'"';
 178 
		}
349 
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[3].'"';
 179 
		return $index;
- 
 
 180 
	}
- 
 
 181 
 
350 
		} elseif ($hybride == 1 && count($parties_noms) == 3) {
 182 
	/**
- 
 
 183 
	 * Organise les données de chaque objet conformément à la structure de
351 
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
 184 
	 * l'index Algolia
- 
 
 185 
	 *
- 
 
 186 
	 * Voir commentaires sur cette page :
- 
 
 187 
	 * http://taiga.tela-botanica.net/project/mathias-site-web/task/75
- 
 
 188 
	 *
- 
 
 189 
	 * L'objectID est le MD5 de la "clef" (nom scientifique avec auteur)
- 
 
 190 
	 */
- 
 
 191 
	protected function mettreEnForme($index) {
- 
 
 192 
		$nouvelIndex = array();
- 
 
 193 
		foreach ($index as $nomSci => $taxon) {
- 
 
 194 
			$nouveauTaxon = array(
- 
 
 195 
				'objectID' => md5($nomSci),
352 
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[1].' '.$parties_noms[2].'"';
 196 
				'referentiels' => $taxon['referentiels']
353 
		} elseif ($hybride == 2) {
 197 
			);
- 
 
 198 
			foreach ($taxon['referentiels'] as $ref) {
- 
 
 199 
				// ingrédients
- 
 
 200 
				$nn = $taxon[$ref . '_num_nom'];
- 
 
 201 
				$ns = $taxon[$ref . '_nom_sci'];
- 
 
 202 
				$nts = $taxon[$ref . '_num_tax_sup'];
- 
 
 203 
				$rang = $taxon[$ref . '_rang'];
- 
 
 204 
				$auteur = $taxon[$ref . '_auteur'];
354 
			$nomen['genre'] = 'genre="'.$parties_noms[0].'"';
 205 
				$annee = $taxon[$ref . '_annee'];
- 
 
 206 
				$biblio = $taxon[$ref . '_biblio'];
- 
 
 207 
				$nom_supra_generique = $taxon[$ref . '_nom_supra_generique'];
- 
 
 208 
				$genre = $taxon[$ref . '_genre'];
- 
 
 209 
				$epithete_sp = $taxon[$ref . '_epithete_sp'];
- 
 
 210 
				$type_epithete = $taxon[$ref . '_type_epithete'];
- 
 
 211 
				$epithete_infra_sp = $taxon[$ref . '_epithete_infra_sp'];
- 
 
 212 
				$cultivar = $taxon[$ref . '_cultivar'];
- 
 
 213 
				$cultivar_groupe = $taxon[$ref . '_cultivar_groupe'];
355 
			$nomen['epithete_sp'] = 'epithete_sp="'.$parties_noms[1].' '.$parties_noms[2].' '.$parties_noms[3].'"';
 214 
				$nomCommun = (isset($taxon[$ref . '_nom_francais']) ? $taxon[$ref . '_nom_francais'] : '');
- 
 
 215 
				$url = $taxon[$ref . '_url'];
- 
 
 216 
				$synonymes = json_decode($taxon[$ref . '_synonymes'], true);
- 
 
 217 
				$raccourcis = json_decode($taxon[$ref . '_shortcuts'], true);
- 
 
 218 
				$raccourcis = array_values(array_unique($raccourcis)); // array_values réindexe pour obtenir une liste en JSON et non un objet
- 
 
 219 
				// garniture
- 
 
 220 
				$donneesRef = array(
- 
 
 221 
					'nomenclatural_number' => intval($nn),
- 
 
 222 
					'scientific_name' => $ns,
- 
 
 223 
					'common_name' => $nomCommun,
- 
 
 224 
					'synonyms' => $synonymes,
- 
 
 225 
					'url' => $url,
- 
 
 226 
					'parent_taxon_number' => intval($nts),
- 
 
 227 
					'rank' => intval($rang),
- 
 
 228 
					'author' => $auteur,
- 
 
 229 
					'year' => intval($annee),
- 
 
 230 
					'biblio' => $biblio,
- 
 
 231 
					'supra_genus_name' => $nom_supra_generique,
- 
 
 232 
					'genus' => $genre,
- 
 
 233 
					'species_attribute' => $epithete_sp,
- 
 
 234 
					'attribute_type' => $type_epithete,
- 
 
 235 
					'infra_species_attribute' => $epithete_infra_sp,
- 
 
 236 
					'cultivar' => $cultivar,
- 
 
 237 
					'cultivar_groupe' => $cultivar_groupe
- 
 
 238 
				);
- 
 
 239 
				$nouveauTaxon[$ref] = $donneesRef;
- 
 
 240 
				$nouveauTaxon['shortcuts'] = $raccourcis;
- 
 
 241 
			}
- 
 
 242 
			$nouvelIndex[] = $nouveauTaxon;
- 
 
 243 
		}
- 
 
 244 
		return $nouvelIndex;
- 
 
 245 
	}
- 
 
 246 
 
- 
 
 247 
	protected function insererDansAlgolia($index) {
- 
 
 248 
		echo "++++ Insertion dans Algolia !! ++++" . PHP_EOL;
- 
 
 249 
		$tranche = array_slice($index, 0, 500);
- 
 
 250 
		//var_dump($tranche);
- 
 
 251 
		//$trancheJSON = json_encode($tranche);
- 
 
 252 
		$this->indexAlgolia->addObjects($tranche);
- 
 
 253 
		//$this->algolia->
356 
		}
 254 
	}
357 
		return $nomen;
 255 
 
358 
	}
 - 
 
359
- 
 
360 
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
 256 
	// ---------------- utilitaires --------------------------------------------
Line 361... Line -...
361 
	private function ecrireFichierCsv(&$contenu, $fichier) {
 - 
 
362 
		$retour = true;
 257 
 
363 
		$fichier = fopen($fichier, "w");
 258 
	protected function extrait($index, $clefsOuNombre) {
364 
		fputcsv($fichier, $this->noms_colonnes, chr('9'));
 259 
		// Debug
365 
		foreach ($contenu as $ligne) {
 260 
		echo PHP_EOL . "---- extrait des données --" . PHP_EOL;
366 
			if (fputcsv($fichier, $ligne, chr('9')) == false) {
 261 
		if (is_array($clefsOuNombre)) {
367 
				$e = "Une erreur est survenu lors de l'écriture du fichier : $fichier";
 - 
 
368 
				Debug::printr($e);
 262 
			foreach ($clefsOuNombre as $k) {
369 
				$retour = false;
 - 
 
370 
			}
 - 
 
371 
		}
 - 
 
372 
		$contenu = null;
 - 
 
373 
		return $retour;
 263 
				var_dump($index[$k]);
374 
	}
 264 
			}
375
265 
		} else {
376
266 
			for ($i=0; $i < $clefsOuNombre; $i++) {
- 
 
 267 
				var_dump($index[$i]);
- 
 
 268 
			}
- 
 
 269 
		}
- 
 
 270 
	}
- 
 
 271 
 
377 
	private function connecterPDO() {
 272 
	protected function connecterPDO() {
Line 378... Line 273...
378 
		Config::charger('./configurations/bdd.ini');
 273 
		Config::charger(dirname(__FILE__) . '/../../configurations/bdd.ini');
379 
		try {
 274 
		try {
380 
			$dsn = Config::get('bdd_type').':dbname='.Config::get('bdd_nom').';host='.
 275 
			$dsn = Config::get('bdd_type').':dbname='.Config::get('bdd_nom').';host='.
381 
				Config::get('bdd_hote');
 276 
				Config::get('bdd_hote');
382 
			//$dsn = "mysql:dbname=referentiels;host=localhost";
 277 
			$this->bdd = new PDO($dsn, Config::get('bdd_utilisateur'), Config::get('bdd_mot_de_passe'));
383 
			$this->bdd = new PDO($dsn, Config::get('bdd_utilisateur'), Config::get('bdd_mot_de_passe'));
 278 
			// Passe en UTF-8 la connexion à la BDD
384 
		} catch (PDOException $e) {
 279 
			$this->bdd->exec("SET NAMES 'utf8'");
385 
			print_r($e);
 280 
			// Affiche les erreurs détectées par PDO (sinon mode silencieux => aucune erreur affiché)
386 
			echo 'La connexion à la base de donnée via PDO a échouée : ' . $e->getMessage();
 281 
			$this->bdd->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
387 
		}
 282 
		} catch (PDOException $e) {
388 
		// Passe en UTF-8 la connexion à la BDD
 283 
			//print_r($e);
389 
		$this->bdd->exec("SET NAMES 'utf8'");
 284 
			echo 'La connexion à la base de données via PDO a échoué : ' . $e->getMessage() . PHP_EOL;
- 
 
 285 
			exit;
- 
 
 286 
		}
- 
 
 287 
	}
- 
 
 288 
 
- 
 
 289 
	protected function requete($requete) {
- 
 
 290 
		$infos = null;
- 
 
 291 
		try {
- 
 
 292 
			$infos = $this->bdd->query($requete, PDO::FETCH_ASSOC);
- 
 
 293 
			/*if ($infos === false) {
- 
 
 294 
				echo $requete;
- 
 
 295 
			}*/
- 
 
 296 
		} catch (PDOException $e) {
- 
 
 297 
			echo sprintf($e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage(), $e->getCode(), $requete);
- 
 
 298 
		}
- 
 
 299 
		return $infos;
390 
		// Affiche les erreurs détectées par PDO (sinon mode silencieux => aucune erreur affiché)
 300 
	}
391 
		$this->bdd->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
 301 
 
392 
	}
 302 
	/**