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Rev 816 Rev 818
Line 1... Line 1...
1 
/*
 1 
/*
2 
TODO:
 2 
TODO:
3 
* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
 3 
* fix référentiel: suppression n° de version et uniformisation
4 
SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
 4 
SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM `tb_cel_test`.`cel_obs` GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
5 
* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur `BASEEDIT`.`cel_obs`
 5 
* ajout INDEX nom_referentiel(5) sur `tb_cel_test`.`cel_obs`
6 
* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31
 6 
* ajout INDEX catminat_code sur baseflor_v2012_12_31
7 
* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06
 7 
* ajout INDEX num_taxon sur nva_v2013_06
8 
* fix date: set NULL pour les dates dans le futur
 8 
* fix date: set NULL pour les dates dans le futur
9 
SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM `BASEEDIT`.`cel_obs` WHERE date_observation > NOW();
 9 
SELECT courriel_utilisateur, id_observation, date_observation FROM `tb_cel_test`.`cel_obs` WHERE date_observation > NOW();
10 
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')
 10 
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtfx where num_taxonomique = '')
11 
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' || num_tax IS NULL)
 11 
* intégrer les noms non-associés à un taxon (bdtxa where num_tax = '' || num_tax IS NULL)
Line 12... Line 12...
12 
 
 12 
 
13 
CREATE INDEX i_nom_referentiel ON `BASEEDIT`.`cel_obs` (`nom_referentiel`(5));
 13 
CREATE INDEX i_nom_referentiel ON `tb_cel_test`.`cel_obs` (`nom_referentiel`(5));
14 
CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);
 14 
CREATE INDEX i_catminat_code ON baseflor_v2012_12_31 (`catminat_code`);
15 
CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);
 15 
CREATE INDEX i_num_taxon ON nva_v2013_06 (`num_taxon`);
Line 16... Line 16...
16 
*/
 16 
*/
17 
 
 17 
 
18 
-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script
 18 
-- malheureusement ceci est impossible en SQL d'où l'utilisation du shell-script
19 
-- SET @destdb = 'tb_cel';
 19 
-- SET @destdb = 'tb_cel';
20 
-- SET @desttable = 'cel_references';
 20 
-- SET @desttable = 'cel_references';
Line 21... Line 21...
21 
-- -- SET BASEEDIT = `tb_cel`;
 21 
-- -- SET BASEEDIT = `tb_cel`;
22 
-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
 22 
-- SET @dst = CONCAT('`',@destdb,'`','.`',@desttable,'`');
23 
 
 23 
 
Line 24... Line 24...
24 
DROP TABLE IF EXISTS `BASEEDIT`.`cel_references`;
 24 
DROP TABLE IF EXISTS `tb_cel_test`.`cel_references`;
25 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `BASEEDIT`.`cel_references` (
 25 
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `tb_cel_test`.`cel_references` (
26 
       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
 26 
       `referentiel` CHAR(5) NOT NULL COMMENT 'eg: "bdtfx", "bdtfx", "bdtxa", ... No ENUM!',
Line 35... Line 35...
35 
       -- bdtfx
 35 
       -- bdtfx
36 
       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
 36 
       `nom_sci` VARCHAR(500) NOT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
37 
       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
 37 
       `auteur` VARCHAR(100) DEFAULT NULL COMMENT 'depuis bdtfx',
Line 38... Line 38...
38 
 
 38 
 
39 
 
 39 
 
40 
       -- `BASEEDIT`.`cel_obs`
 40 
       -- `tb_cel_test`.`cel_obs`
Line 41... Line 41...
41 
       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
 41 
       --       `nom_ret_nn` DECIMAL(9,0) DEFAULT NULL COMMENT 'Numéro du nom retenu.',
42 
       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
 42 
       --       `nom_ret` VARCHAR(255) DEFAULT NULL,
Line 70... Line 70...
70 
 
 70 
 
71 
-- tables temporaires
 71 
-- tables temporaires
Line 72... Line 72...
72 
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
 72 
DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS `T_nvjfl_v2007`, `T_nva_v2013_06`, `T_basevegflor`;
73 
 
 73 
 
74 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
 74 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nvjfl_v2007 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
Line 75... Line 75...
75 
       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
 75 
       -- ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `tb_eflore`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon, n.num_statut HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
76 
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM `BASESOURCE`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
 76 
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire, n.num_statut as void, MAX(n.num_statut) as void2 FROM `tb_eflore`.`nvjfl_v2007` n WHERE n.code_langue = 'fra' GROUP BY n.num_taxon HAVING n.num_statut = MAX(n.num_statut) );
77 
 
 77 
 
Line 78... Line 78...
78 
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
 78 
-- table temporaire uniquement parce qu'il manque un index-key, autrement le LEFT JOIN ci-dessous est bien trop long
79 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
 79 
CREATE TEMPORARY TABLE T_nva_v2013_06 ( INDEX(`num_taxon`) ) AS \
80 
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`nva_v2013_06` n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
 80 
       ( SELECT n.num_taxon, n.nom_vernaculaire FROM `tb_eflore`.`nva_v2013_06` n WHERE n.code_langue = 'fra' /* DB pb */ AND n.num_taxon IS NOT NULL /* /DB pb */ GROUP BY n.num_nom); -- aggrégat arbitraire car pas de num_statut
81 
 
 81 
 
82 
 
 82 
 
83 
-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX
 83 
-- JOIN ON num_taxon_originel car INDEX
84 
-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql
 84 
-- cf: eflore/projets/donnees/baseflor/2012-12-31/baseflor.sql
Line 85... Line 85...
85 
CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \
 85 
CREATE TEMPORARY TABLE T_basevegflor ( INDEX(`num_nomen`), INDEX(`num_taxon`) ) AS \
86 
SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \
 86 
SELECT f.num_nomen, f.num_taxon, f.catminat_code, f.ve_lumiere, f.ve_temperature, f.ve_continentalite, f.ve_humidite_atmos, f.ve_humidite_edaph, f.ve_reaction_sol, f.ve_nutriments_sol, f.ve_salinite, f.ve_texture_sol, f.ve_mat_org_sol, \
87 
v.syntaxon \
 87 
v.syntaxon \
88 
FROM `BASESOURCE`.`baseflor_v2012_12_31` f LEFT JOIN `BASESOURCE`.`baseveg_v2013_01_09` v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \
 88 
FROM `tb_eflore`.`baseflor_v2012_12_31` f LEFT JOIN `tb_eflore`.`baseveg_v2013_01_09` v ON (f.catminat_code = v.code_catminat AND v.niveau = 'ALL' AND v.syntaxon IS NOT NULL) WHERE f.BDNT = "BDTFX" \
89 
GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references
 89 
GROUP BY f.num_nomen, f.num_taxon; -- group by car plusieurs couple (f.num_nomen, f.num_taxon) peuvent exister dans baseveg_v2013_01_09 or num_nom est PRIMARY dans cel_references
Line 90... Line 90...
90 
 
 90 
 
91 
 
 91 
 
92 
-- INSERTIONS
 92 
-- INSERTIONS
93 
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_taxonomique != '')
 93 
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_taxonomique != '')
94 
INSERT INTO `BASEEDIT`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \
 94 
INSERT INTO `tb_cel_test`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`, \
Line 95... Line 95...
95 
      `catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \
 95 
      `catminat_code`, `ve_lumiere`, `ve_temperature`, `ve_continentalite`, `ve_humidite_atmos`, `ve_humidite_edaph`, \
96 
      `ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \
 96 
      `ve_reaction_sol`, `ve_nutriments_sol`, `ve_salinite`, `ve_texture_sol`, `ve_mat_org_sol`, `syntaxon`) \
97 
 
 97 
 
Line 98... Line 98...
98 
       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \
 98 
       SELECT "bdtfx", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_taxonomique, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire, \
99 
     bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \
 99 
     bf.catminat_code, bf.ve_lumiere, bf.ve_temperature, bf.ve_continentalite, bf.ve_humidite_atmos, bf.ve_humidite_edaph, \
Line 100... Line 100...
100 
     bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon
 100 
     bf.ve_reaction_sol, bf.ve_nutriments_sol, bf.ve_salinite, bf.ve_texture_sol, bf.ve_mat_org_sol, bf.syntaxon
Line 101... Line 101...
101 
  FROM `BASESOURCE`.`bdtfx_v1_01` b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
 101 
  FROM `tb_eflore`.`bdtfx_v1_01` b LEFT JOIN T_nvjfl_v2007 n ON (b.num_taxonomique = n.num_taxon ) \
102 
  LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen);
 102 
  LEFT JOIN T_basevegflor bf ON (b.num_taxonomique = bf.num_taxon AND b.num_nom = bf.num_nomen);
103 
 
 103 
 
104 
 
 104 
 
105 
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_tax IS NOT NULL AND b.num_tax != '')
 105 
-- pour le futur: attention au numéro taxonomique à 0 (WHERE b.num_tax IS NOT NULL AND b.num_tax != '')
106 
INSERT INTO `BASEEDIT`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
 106 
INSERT INTO `tb_cel_test`.`cel_references` (`referentiel`, `num_nom`, `num_nom_retenu`, `num_taxon`, `nom_sci`, `auteur`, `nom_commun`) \
107 
       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM `BASESOURCE`.`bdtxa_v1_00` b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon);
 107 
       SELECT "bdtxa", b.num_nom, b.num_nom_retenu, b.num_tax, b.nom_sci, b.auteur, n.nom_vernaculaire FROM `tb_eflore`.`bdtxa_v1_00` b LEFT JOIN T_nva_v2013_06 n ON (b.num_tax = n.num_taxon);