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<?php/*** PHP Version 5** @category PHP* @package jrest* @author David Delon <david@tela-botania.org>* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>* @copyright 2010 Tela-Botanica* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL* @version SVN: <svn_id>* @link /doc/jrest/*//**** Classe de recherche d'informations sur un taxon donné* lors de l'évolution d'eflore, devrait être remplacée par* un appel aux nouveaux web services*/class RechercheInfosTaxon extends Cel {public function RechercheInfosTaxon($config) {parent::__construct($config);// Connection à la base de données spécifique eflore$this->bdd = $this->connecterPDO($this->config, 'eflore');}public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {$liste_genre_espece = array();$requete_recherche = '';// Genre et Especeif ($espece != null && $genre != null) {if (strlen($espece) > 0 ) {$espece = preg_replace('/\*+/','%',$espece);$requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,"." auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex "." , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio "." , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex "." , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif "." , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom, esn_ce_statut" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " ." eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m "." , eflore_selection_nom"." WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre LIKE ".Cel::db()->proteger($genre.'%')." AND en_ce_rang > 160 " ." AND en_epithete_espece like ".Cel::db()->proteger($espece.'%')." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " ." AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " ." AND esn_id_nom= en_id_nom "." ORDER BY esn_ce_statut, en_ce_rang, en_epithete_espece, en_nom_genre LIMIT 50";}} else {if ($genre != null) {$genre = preg_replace('/\*+/', '%', $genre);//TODO: comprendre pourquoi à l'origine il y avait : (strlen($genre) >= 1) /*&& ($genre != '%')// voir avec davidif (strlen($genre) >= 1) {$requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_id_nom, 0 as esn_ce_statut FROM eflore_nom WHERE en_id_version_projet_nom = '25'" ."AND en_ce_rang = 160 " ."AND en_nom_genre LIKE ".Cel::db()->proteger($genre.'%')." ORDER BY esn_ce_statut, en_nom_genre LIMIT 50";}}}if ($requete_recherche != '') {$resultat_recherche = Cel::db()->requeter($requete_recherche);if (is_array($resultat_recherche)) {foreach ($resultat_recherche as $ligne) {$liste_genre_espece[] = array($this->formaterNom($ligne),$ligne['en_id_nom'],$ligne['esn_ce_statut']);}}}return $liste_genre_espece;}function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($numNom) {$resultat_infos_complementaires = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);// Nom retenu, Num Nomen nom retenu, Num Taxon, Famille$value=array('Nom_Retenu'=>"",'Num_Nom_Retenu'=>"0",'Num_Taxon'=>"0",'Famille'=>"");if (is_array($resultat_infos_complementaires)) {foreach ($resultat_infos_complementaires as $row) {$fam = $this->rechercherFamille($row['esn_id_taxon']);while ($fam['en_ce_rang'] != 'fin' && $fam['en_ce_rang'] != 120) {$fam = $this->rechercherFamille($fam['etr_id_taxon_2']);}if ($fam['en_ce_rang'] == 120) {$famille = $fam['en_nom_supra_generique'];} else {$famille = "Famille inconnue";}$value = array('Nom_Retenu'=>$this->formaterNom($row),'Num_Nom_Retenu'=>$row['esn_id_nom'],'Num_Taxon'=>$row['esn_id_taxon'],'Famille'=>$famille);}}return $value;}public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {$resultat = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);$infos = array();foreach ($resultat as $info) {$infos = array($this->formaterNom($info));}return $infos;}public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom) {$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,"." auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex "." , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio "." , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex "." , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif "." , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, b.esn_id_taxon, b.esn_id_nom" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " ." eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex, "." eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b, "." eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex, "." eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m, "." eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b "." WHERE a.esn_id_nom= ".Cel::db()->proteger($numNom)." AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 "." AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon "." AND b.esn_ce_statut=3 "." AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" ." AND en_ce_rang = enrg_id_rang" ." AND en_id_nom = b.esn_id_nom" ." AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";$resultat_infos_complementaires = Cel::db()->requeter($requete_infos_complementaires);return $resultat_infos_complementaires;}public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,"." auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex "." , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio "." , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex "." , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif "." , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " ."eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m "." , eflore_selection_nom "." WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'"." AND esn_id_version_projet_taxon = 25 "." AND esn_ce_statut=3 "." AND en_id_nom = esn_id_nom" ." AND en_ce_rang = enrg_id_rang" ." AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";$resultat_infos_complementaires = Cel::db()->requeter($requete_infos_complementaires);return $resultat_infos_complementaires;}public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {$value = array();if ($nom_saisi != null && $nom_saisi != "") {$requete_infos_comp_sur_nom = 'SELECT * FROM eflore_nom_intitule '.'WHERE eni_id_categorie_format = 3 AND '.'eni_id_version_projet_nom = 25 AND '.'(eni_id_valeur_format = 3 OR eni_id_valeur_format = 4) AND '.'eni_intitule_nom LIKE "'.$nom_saisi.'%" '.'ORDER BY LENGTH(eni_intitule_nom)';$resultat_infos_comp_sur_nom = Cel::db()->requeter($requete_infos_comp_sur_nom);if (is_array($resultat_infos_comp_sur_nom)) {foreach ($resultat_infos_comp_sur_nom as $ligne) {$value[]=array($ligne['eni_id_nom'], $ligne['eni_intitule_nom']);}}}return $value;}public function rechercherFamille($taxon) {$row = array();$requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique "." FROM eflore_taxon_relation, "." eflore_selection_nom, "." eflore_nom "." WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon." AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 "." AND etr_id_categorie_taxon = 3 "." AND etr_id_valeur_taxon = 3 "." AND esn_id_taxon = etr_id_taxon_2 "." AND esn_ce_statut = 3 "." AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 "." AND en_id_nom = esn_id_nom "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";$resultat_recherche_famille = Cel::db()->requeter($requete_famille);if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) {$resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin');} else {$resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0];}return $resultat_recherche_famille;}public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {$requete_num_tax = "SELECT DISTINCT b.esn_id_taxon FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," ." eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b"." 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"."AND ecd_ce_zone_geo = ezg_id_zone_geo "."AND ezg_id_projet_zg = ecd_ce_version_projet_zg "."AND ecd_ce_version_projet_taxon=25";$resultat_presence_taxon = Cel::db()->requeter($requete_presence_taxon);$presence_taxon = (is_array($resultat_presence_taxon) && count($resultat_presence_taxon) > 0);return $presence_taxon;}private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {$nameparser=new NameParser();$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " ." WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " ." AND enrg_abreviation_rang = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " ." 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LIMIT 1";}$resultat = Cel::db()->requeter($requete);$retour = array();if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {$retour = $resultat[0];}return $retour;}private function formaterNom($rawnom) {// Constitution du nom:$nom = '';if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') {$nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique'];} else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') {$nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique'];} else {if (isset($rawnom['en_nom_genre']) && $rawnom['en_nom_genre'] != '') {$nom .= $rawnom['en_nom_genre'];}if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) && $rawnom['en_epithete_espece']!= '') {$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece'];}if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) && $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') {if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) {$nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].'';}$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique'];}}return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ;}private function retournerAuteur($rawnom) {$auteurs = '';$auteur_basio = '';$auteur_modif = '';if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' ) {$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {$auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];}} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];}if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {$auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];}} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];}if (!empty($auteur_modif)) {$auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;} elseif (!empty($auteur_basio)) {$auteurs = ' '.$auteur_basio;}return $auteurs ;}function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {// texte libre, nom scientifique,// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)$identifiant_espece = trim($identifiant_espece);$identifiant_espece = utf8_encode($identifiant_espece);$retour = array();preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);if (isset($elements[1])) {// Numero nomenclatural$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]);} else {// Numero taxonomique ou nom scientifiquepreg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);if (isset($elements[1])) {// Numero taxonomique$infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);$infos_taxon = $infos_taxon[0];$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']);} else {// Nom scientifique$id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece);// Recherche du nom associe$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);if(is_array($id_nom) && isset($id_nom['en_id_nom'])) {$infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']);if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {$infos_nom = $infos_nom[0];$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']);}}}}return $retour;}}