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<?php// declare(encoding='UTF-8');/*** Classe permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques.* Si l'url finit par /noms on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /noms?param1=val1¶m2=val2&...** Les paramètres de requête disponibles sont : masque, masque.gen (nom de genre), masque.sp (épithète d'espèce), masque.ssp (épithète infra-spécifique),* masque.au (auteur du nom), masque.an (année de publication du nom), masque.bib (réf biblio de la publi d'origine du nom), masque.ad (nomen addendum),* masque.nn (identifiant du nom), recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format, nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.* Les différentes requetes :* - noms | noms/relations/#projet/#id_projet | noms/#id | noms/#id/#champ+#champ* - noms/#id/relations | noms/#id/relations/synonymie | noms/#id/relations/homonymie | noms/#id/relations/flores* - noms/stats/rangs | noms/stats/annees | noms/stats/initiales** @package bdtfx* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @version $Id$* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)* @see http://www.tela-botanica.org/wikini/eflore/wakka.php?wiki=EfloreApi01Noms*/class Noms extends CommunNomsTaxons {protected $format_reponse = 'noms'; // Permet de stocker la requete formuléeprotected $service = 'noms';protected $serviceNom = 'noms';protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu';protected $requete_condition = null;protected $requete_group_by = '';/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);protected $distinct = null; // Valeur du paramètre de requete distinct (=0|1)public function consulter($ressources, $parametres) {return parent::consulter($ressources, $parametres);}//+----------------FONCTION D'ANALYSE DES PARAMETRES---------------------------------------------------------+public function traiterParametresSpecifiques() {foreach ($this->parametres as $param => $val) {switch ($param) {case 'masque' :$champ = isset($this->parametres['recherche']) && ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') ?'CONCAT(nom_sci," ",auteur)' : 'nom_sci';$this->ajouterFiltreMasque($champ, $val);break;case 'masque.sg' :$this->ajouterFiltreMasque('nom_supra_generique', $val);break;case 'masque.gen' :$this->ajouterFiltreMasque('genre', $val);break;case 'masque.sp' :$this->ajouterFiltreMasque('epithete_sp', $val);break;case 'masque.ssp' :$this->ajouterFiltreMasque('epithete_infra_sp',$val);break;case 'masque.au' :$this->ajouterFiltreMasque('auteur', $val);break;case 'masque.an' :$this->ajouterFiltreMasque('annee', $val);break;case 'masque.bib' :$this->ajouterFiltreMasque('biblio_origine',$val);break;case 'masque.ad' :$this->ajouterFiltreMasque('nom_addendum', $val);break;case 'masque.nn' :$this->requete_condition []= 'num_nom IN ('.$val.')';$this->masque['num_nom'] = "num_nom=$val";break;case 'masque.nt' :$this->requete_condition []= 'num_taxonomique IN ('.$val.')';$this->masque['num_tax'] = "num_taxonomique=$val";break;case 'masque.rg' :$this->ajouterFiltreMasque('rang', $val);break;case 'retour.champs' :$this->verifierParamChamps($param, $val);break;case 'distinct' :$this->ajouterNomDistinct($val);break;case 'masque.fam' :$this->ajouterFiltreMasque('famille', $val);break;case 'masque.prga' :$this->ajouterFiltreMasque('presence_ga', $val);break;case 'masque.prco' :$this->ajouterFiltreMasque('presence_co', $val);break;case 'masque.sto' :$this->ajouterFiltreMasque('statut_origine', $val);break;case 'masque.sti' :$this->ajouterFiltreMasque('statut_introduction', $val);break;case 'masque.stc' :$this->ajouterFiltreMasque('statut_culture', $val);break;case 'masque.and' :$this->requete_condition []= " annee >= ".$this->getBdd()->proteger($val);break;case 'masque.anf' :$this->requete_condition []= " annee <= ".$this->getBdd()->proteger($val);break;}}}public function verifierParamChamps($param, $val) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$champs_demandes = explode(',', $val);$champs_verifies = array();$champs_api = array_flip($this->champs_api);$champs_supp = array('nom_retenu_complet'=>'num_nom_retenu', 'num_basionyme_complet'=>'num_basionyme');$champs_api = array_merge($champs_api, $champs_supp);foreach ($champs_demandes as $champ) {if (array_key_exists($champ, $champs_api)) {$champs_verifies[] = $champs_api[$champ];}}if (count($champs_verifies) > 0) {$this->requete_champ .= ', '.implode(',', $champs_verifies);}}/** Permet de rajouter à la requete sql le parametre distinct. N'est utilisé qu'avec le format oss */public function ajouterNomDistinct($distinct) {if (isset($distinct)) {if ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] == 'oss') {$this->distinct = ' distinct ';} elseif ($distinct == 1 && $this->parametres['retour.format'] != 'oss') {$e = 'Erreur dans votre requête </br> L\'utilisation du paramètre distinct ne se fait que sousle format oss';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}}}//-----------------FONCTION D'ANALYSE DES RESSOURCES--------------------------------------------------------------------public function traiterRessourcesIdentifiant() {//on initialise la condition de la requete sql et le format de réponse$this->requete_condition = array(); //on vide la table dans le cas de plusieurs version$this->requete_condition[] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->ressources[0]);$this->format_reponse = $this->service.'/id';if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {if ($this->ressources[1] == 'relations') {$this->traiterRessourceIdRelations();} else {$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/><li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/#champ+#champ </li><li> noms/#id/relations/synonymie </li> <li> noms/#id/relations/flores </li><li> noms/#id/relations/homonymie </li>';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}} else { // requete de type noms/#id : rajout du nom_sci pour récupérer le format html par la fct mettreAuFormat()$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';}}public function traiterRessourceRelations() {$this->format_reponse .= '/relations';$projet = $this->ressources[1];$num_nom = $this->ressources[2];if (strrpos($num_nom, 'nn.coste') !== false) {list($p, $nn) = explode('=', $num_nom);$num_nom = $nn;}$champ = "flore_$projet"."_num";if (isset($this->ressources[3])) {$type = $this->ressources[3];if (!in_array($type, array('homonymie', 'synonymie', 'flores'))) {$e = "Les types disponibles pour les noms sont homonymie, synonymie et flores";$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}}$this->requete_champ = ' num_nom ';$this->requete_condition = array();$this->requete_condition[] = "$champ = ".$this->getBdd()->proteger($num_nom);}public function traiterRessourceIdRelations() {$this->format_reponse .= '/relations';if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {// requete de type noms/#id/relations/#relationswitch ($this->ressources[2]) {case 'synonymie' :$this->traiterRessourceIdSynonymie();break;case 'flores' :$this->traiterRessourceIdFlores();break;case 'homonymie' :$this->traiterRessourceIdHomonymie();break;default :$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/><li> noms/#id/relations </li> <li> noms/#id/relations/synonymie </li><li> noms/#id/relations/flores </li> <li> noms/#id/relations/homonymie </li>';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);break;}}}public function traiterRessourceIdSynonymie() {// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, num_basionyme FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X LIMIT 0,100;$this->format_reponse .= '/synonymie';if (strrpos($this->requete_champ, ', num_basionyme') === false) {$this->requete_champ .= ', num_basionyme ';}if (strrpos($this->requete_champ, ', num_type') === false) {$this->requete_champ .= ', num_type ';}$this->requete_champ .= ', source_biblio ';$this->requete_condition[0] = 'num_nom_retenu = '.'(SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';}public function traiterRessourceIdHomonymie() {// SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE nom_sci = (SELECT nom_sci FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);$this->format_reponse .= '/homonymie';$this->requete_condition[0] = 'nom_sci = (SELECT nom_sci FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0].')';}public function traiterRessourceIdFlores() {$champ_flores = '';foreach ($this->champs_table as $champ) {if (preg_match('/^flore_.*$/', $champ)) {$champ_flores .= ', '.$champ;}}$this->format_reponse .= '/flores';$this->requete_champ = 'num_nom,num_nom_retenu,nom_sci,flores'.$champ_flores;$this->requete_condition = null;$this->requete_condition[] = "num_nom_retenu = ".$this->ressources[0]." OR num_nom = ".$this->ressources[0];}public function traiterRessourceStatsRangs() {// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;$this->format_reponse .= '/rangs';$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';}public function traiterRessourceStatsAnnees() {// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;$this->format_reponse .= '/annees';$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';$this->requete_condition = null;$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';}public function traiterRessourceStatsInitiales() {// SELECT count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);$this->format_reponse .= '/initiales';$this->requete_champ = 'count(left( nom_sci, 2 )) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2)';}//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------public function assemblerLaRequete() {if ( strrpos($this->format_reponse, 'noms/stats/') === false ) {$this->mettreAuFormat(); //Ds CommunNomsTaxons.php}$requete = 'SELECT '.$this->retournerChamps().' '."FROM {$this->table} ".$this->retournerRequeteCondition().' '.$this->requete_group_by.' '.$this->retournerOrderBy().' '.$this->formerRequeteLimite() .' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ ;return $requete;}public function retournerChamps() {$sql = '';if ($this->distinct) {$sql .= $this->distinct.' ';}if ($this->requete_champ) {$sql .= $this->requete_champ.' ';}// Champs "virtuels" pour tier sur l'ensemble des résultatsif (isset($this->parametres['retour.tri'])) {list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();if ($champ == 'retenu') {$sql .= ", IF(num_nom = num_nom_retenu, '0', '1') AS nom_retenu_tri ";}}return $sql;}public function decouperParametreRetourTri() {$tri = array('', '');if (isset($this->parametres['retour.tri'])) {if (preg_match('/^(retenu)(?:,(ASC|DESC)|)$/', $this->parametres['retour.tri'], $match))$tri[0] = $match[1];$tri[1] = isset($match[2]) ? $match[2] : '';}return $tri;}public function retournerRequeteCondition() {$condition = '';if ($this->requete_condition) {$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);}return $condition;}public function retournerOrderBy() {$orderBy = array();// Tri sur l'ensemble des résultatsif (isset($this->parametres['retour.tri'])) {list($champ, $ordre) = $this->decouperParametreRetourTri();if ($champ == 'retenu') {$orderBy[] = "nom_retenu_tri $ordre";}}// Tri par défautif ($this->format_reponse == 'noms') {$orderBy[] = 'nom_sci ASC';}$sql = '';if (count($orderBy) > 0) {$sql = 'ORDER BY '.implode(', ', $orderBy).' ';}return $sql;}public function formerRequeteLimite() {if ($this->format_reponse != 'noms' && $this->format_reponse != 'noms/id/relations/synonymie'&& $this->format_reponse != 'noms/id/relations/homonymie') {$this->requete_limite = '';} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {$this->limite_requete['depart'] =(($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];} else {$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];}return $this->requete_limite;}/** Recupere le nombre total de résultat d'une requete lancée. */public function recupererTotalResultat() {$total = null;$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);if ($res) {$total = $res['nombre'];} else {$e = 'Fct recupererTotalResultat() : <br/>Données introuvables dans la base';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);}return $total;}//-------------------FONCTIONS POUR LE FORMATAGE EN JSON----------------------------------------------------------------public function retournerResultatFormate($resultat) {switch ($this->format_reponse) {case 'noms/relations' :$reponse = $this->formaterRelations($resultat[0]);break;case 'noms/id' : //ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);break;case 'noms/id/relations' :$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0]);break;case 'noms/id/relations/synonymie' :$reponse = $this->formaterIdSynonymie($resultat);break;case 'noms/id/relations/homonymie' :$reponse = $this->formaterIdHomonymie($resultat);break;case 'noms/id/relations/flores' : //ds CommunsNomsTaxons$reponse = $this->formaterIdFlores($resultat);break;case 'noms/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);break;case 'noms/stats/rangs' : //ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);break;case 'noms/stats/initiales' : //ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);break;case 'noms' :$reponse = $this->formaterNoms($resultat);break;}return $reponse;}//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id-----------------------------+public function formaterRelations($resultat) {$num_nom = $resultat['num_nom'];if (isset($this->ressources[3])) {$url = Config::get('url_service').$this->service."/$num_nom/relations";} else {$type = $this->ressources[3];$url = Config::get('url_service')."/$this->service/$num_nom/relations/$type";}$res = $this->consulterHref($url);return $res;}public function formaterIdRelations($resultat) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$this->resultat_req = $resultat;$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier lors de l'affichage//on recupère le resultat de chaque relation (appel du WS correspondant)$flores = $this->ajouterRelations('flores');if (isset($flores)) $retour_id_rel['resultat']['flores'] = $flores;$homonymes = $this->ajouterRelations('homonymie');if (isset($homonymes)) $retour_id_rel['resultat']['homonymes'] = $homonymes;$synonymes = $this->ajouterRelations('synonymie');if (isset($synonymes)) $retour_id_rel['resultat']['synonymes'] = $synonymes;//on renvoit null si il n'existe aucune relations (on efface l'entete en premier lieu)if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) {$retour_id_rel = null;} else { //on rajoute l'entete si des relations existent$this->afficherDonnees('num_nom', $this->ressources[0]);$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();}return $retour_id_rel;}/*** Recupere les relations (type de la relation passée en paramètres :[type_relation] = synonymie, homonymie ou* flores) par l'appel du web service [version]/noms/#id/relations/[type_relation]*/public function ajouterRelations($relation) {$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $this->table);$res = null;$parametres_url = '';if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');$url = Config::get('url_service').'/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/'.$relation.$parametres_url; Debug::printr($url);$relation = $this->consulterHref($url);$res = $relation->resultat;return $res;}public function formaterIdSynonymie($resultat) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$retour_id_syn = array();if ($resultat[0]['num_nom_retenu'] == '') return array('nom_retenu N.D.');// 1 ou + résultat(s)$retour_id_syn['entete'] = $this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');$retour_id_syn['entete']['id'] = $this->ressources[0];$retour_id_syn['resultat'] = array();// résultat contient aussi l'originalif(count($resultat) > 1) {//on remplit d'abord l'entete du resultat$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];$this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');$retour_id_syn['entete'] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();foreach ($resultat as $tab) {//pour chaque basionyme, on recupère le résultat : num_nom, nom_sci, num_basionyme et num_nom_retenu :$this->resultat_req = $tab;$num = $tab['num_nom'];$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);$this->afficherDonnees('num_basionyme', $tab['num_basionyme']);$this->afficherDonnees('num_type', $tab['num_type']);$this->afficherDonnees('source_biblio', $tab['source_biblio']);$retour_id_syn['resultat'][$num] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();}if (!isset($retour_id_syn['resultat']) && !in_array('nom_retenu N.D.', $retour_id_syn)) {$retour_id_syn = null; //on initialise le resultat à null}}return $retour_id_syn;}public function formaterIdHomonymie($resultat) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');if (count($resultat) != 1) {$this->table_retour['id'] = $this->ressources[0];$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/homonymie');$retour_id_hom['entete'] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();foreach ($resultat as $homonyme) {$this->resultat_req = $homonyme;$id = $homonyme['num_nom'];$this->afficherDonnees('num_nom', $id);if ($homonyme['num_nom_retenu'] != '') {$retenu = ($id == $homonyme['num_nom_retenu']) ? 'true' : 'false';} else {$retenu = 'absent';}$this->table_retour['retenu'] = $retenu;$retour_id_hom['resultat'][$id] = $this->table_retour;unset($retour_id_hom['resultat'][$id]['id']);$this->table_retour = array();}} else {$retour_id_hom = null;}return $retour_id_hom;}public function formaterIdFlores($synonymes_flores) {//print_r($resultat);$this->recupererTableSignification('noms_projets');if (is_array($synonymes_flores)) {//print_r($synonymes_flores);foreach ($synonymes_flores as $synonyme) {if ($synonyme['num_nom'] === $synonyme['num_nom_retenu']) {$reponse['entete']['id'] = $synonyme['num_nom'];}foreach ($this->noms_projets as $flore => $valeur) {if (isset($synonyme[$flore.'_num']) && $synonyme[$flore.'_num'] != '') {$presence[$valeur] = $flore;$this->table_retour[$flore]['type'] = "code";$this->afficherInfosFlore($synonyme, $flore, $valeur, '_num');} else if (isset($synonyme[$flore.'_page']) && $synonyme[$flore.'_page'] != '') {$this->table_retour[$flore]['type'] = "page";$this->afficherInfosFlore($synonyme, $flore, $valeur, '_page');} else if (isset($synonyme[$flore]) && $synonyme[$flore] != '') {$this->table_retour[$flore]['type'] = "page";$this->afficherInfosFlore($synonyme, $flore, $valeur, 'page');}}if ($synonyme['flores'] != "") {$this->recupererTableSignification('correspondance_flores');$flores = explode(',', $synonyme['flores']);$projet = array_flip($this->noms_projets);foreach ($flores as $b =>$code) {$code = trim($code);if (isset($this->correspondance_flores[$code]) && !isset($presence[$this->correspondance_flores[$code]])) {$this->table_retour[$projet[$this->correspondance_flores[$code]]]['nom_flore'] = $this->correspondance_flores[$code];}}}}}if ($this->table_retour != array()) {$reponse['resultat'] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();} else {$reponse = null;}return $reponse;}public function afficherInfosFlore($synonyme, $flore, $nom_flore, $type) {preg_match('/^([0-9]+)(.*)?$/', $synonyme[$flore.$type], $match);$this->table_retour[$flore]['nom_flore'] = $nom_flore;$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['id'] = $match['1'];$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['num_nom'] = $synonyme['num_nom'];$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['nom_sci'] = $synonyme['nom_sci'];if (isset($synonyme[$flore.'_rem']) && $synonyme[$flore.'_rem'] != '') {$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['remarques'] = $synonyme[$flore.'_rem'];}if ($flore == "flore_coste") {$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['href'] = $this->ajouterHrefAutreProjet('textes', 'coste.nn:', $match[1], 'coste');}switch ($flore) {case "flore_coste" : $statuts = array('syn' => 'synonyme', 'incl'=> 'taxons inclus dans', 'x' => 'correspond aux compléments en fin de tome 3','hyb' => 'hybride', 'sub' => 'nom apparaissant dans la clé sous');break ;case "flore_bonnier" : break ; // champ videcase "flore_cnrs" : $statuts = array('syn' => 'synonyme', 'incl'=> 'taxons inclus dans');break ;case "flore_fe" : break ; // champ videcase "flore_coste" : $statuts = array('syn' => 'synonyme', 'inc'=> 'taxons inclus dans', 'x' => 'compléments en fin de tome 3');break ;case "flore_fh" : $statuts = array('syn' => 'synonyme', 'inc'=> 'taxons inclus dans'); break;case "flore_fournier" : $statuts = array('syn' => 'synonyme', 'hyb'=> 'hybride', 'sub' => 'nom apparaissant dans la clé sous'); break;case "flore_belge_ed5" : $statuts = array('R'=> 'nom retenu', 'S' => 'synonyme');break ;case "flore_fg" : $statuts = array('r' => 'nom retenu', 'c' => 'cité hors clé','s' => "synonyme d'un nom retenu", 'cs' => "synonyme d'un nom cité hors clé",'i' => "nom d'un taxon inclus dans un autre", 'is' => "synonyme d’un nom d'un taxon inclus dans un autre");break ;}/** Pour CNRS :a, b, c, d = le taxon est inclus dans un autre taxon, mentionné en notePour Coste :a, b,… aux taxons inclus dans*/if (isset($statuts[trim($match[2])])) {$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['statut'] = $statuts[trim($match[2])];} else if(trim($match[2]) != "") {$suf = preg_split('/[\.|-|\s]/', $match[2]);$statut = "";foreach ($suf as $s) {if (isset($statuts[trim($s)])) {$statut .= $statuts[trim($s)]." ";} else if (preg_match('/^[a-z]$/', trim($s)) === 1) {$statut .= "taxon '".trim($s)."' inclus dans un autre taxon ";} else {$statut .= trim($s)." ";}}$this->table_retour[$flore]['num'][$synonyme[$flore.$type]]['statut'] = trim($statut);}}//+---------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres-------+public function formaterNoms($resultat) {if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {$reponse = $this->formaterEnOss($resultat); //Ds CommunNomsTaxons.php} else {$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);}return $reponse;}public function formaterEnJsonMax($resultat) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');// TODO : améliorer le tri des résultats// ATTENTION : ce comportement est étrange$masque = $this->recupererMasquePrincipal();if ($masque && isset($this->parametres[$masque[0]] /* à éclaircir */ ) && !isset($this->parametres['retour.tri'])) {$resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$masque[0]], $resultat, $masque[1]);}// Tri à la mode du CeL : lexicographique puis noms retenus (retour.tri = "alpharet")if (isset($this->parametres['retour.tri']) && ($this->parametres['retour.tri'] == "alpharet")) {usort($resultat, array($this, 'genrePuisNomsRetenusEnTete'));}$table_retour_json['entete'] = $this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service);$table_retour_json['resultat'] = $this->remplirJsonResultat($resultat);return $table_retour_json;}// Trie les éléments du tableau de résultats : le genre en tête, puis les noms retenus, puis le reste// mais à partir du jeu de données retourné par SQL (indépendents du statut "retenu")private function genrePuisNomsRetenusEnTete($a, $b) {// On pourrait utiliser l'indice ['retenu'] mais il contient parfois "absent", qui est dur à traiter$aEstRetenu = ($a['num_nom'] == $a['num_nom_retenu']);$bEstRetenu = ($b['num_nom'] == $b['num_nom_retenu']);$retour = 0;// les noms retenus en premier ("inférieurs")if ($aEstRetenu) {if (! $bEstRetenu) {$retour = -1;}} else {if ($bEstRetenu) {$retour = 1;}}// en cas d'égalité on conserve le tri lexicographique - devrait faire sortir le genre en première position// car il ne contient pas le nom d'auteurif ($retour == 0) {$retour = strcasecmp($a['nom_sci'], $b['nom_sci']);}return $retour;}public function remplirJsonResultat($resultat) {$champs = null;if (array_key_exists('retour.champs', $this->parametres)) {$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);}// Structure des données: objet ou liste ?$modeListe = false;if (array_key_exists('retour.structure', $this->parametres)) {$modeListe = ($this->parametres['retour.structure'] === "liste");}$noms = array();foreach ($resultat as $tab) {$this->table_retour = array();$num = $tab['num_nom'];$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num); // ajoute le nom_sci, href et si le nom est retenu dans $this->table_retour$retour = $this->table_retour;$this->table_retour = array();if ($champs != null) {$reponse_id = $this->formaterId($tab);$this->table_retour = array();$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);$retour = array_merge($retour, $this->table_retour);}if ($modeListe) {$retour['num_nom'] = intval($num);$noms[] = $retour;} else {$noms[$num] = $retour;}}return $noms;}}?>