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<?php/*** Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail.* Encodage en entrée : utf8* Encodage en sortie : utf8** @category Php 5.2* @package Referentiel* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @copyright 2010 Tela-Botanica* @version $Id$*/class Referentiel extends Ref {/*** Méthode principale appelée avec une requête de type GET.*/public function getElement($params_url = array()) {// Initialisation des variables$info = array();// Nour recherchons le type de requête demandé$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);extract($p);if (!is_null($type)) {$methode = 'getElement'.$type;if (method_exists($this, $methode)) {array_shift($params_url);$info = $this->$methode($params_url);} else {$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";}// Envoie sur la sortie standard$this->envoyer($info);}/* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :* /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel*/public function getElementDispo($params_url) {$requete = 'SHOW TABLES ';$donnees = false;// Récupération des résultatstry {$tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0);if ($tables !== false) {foreach ($tables as $table) {if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) {$donnees[] = $match[1];}}} else {$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";}} catch (PDOException $e) {$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());}return $donnees;}/* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel.* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :* /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000*/public function getElementTout($params_url) {$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);extract($p);$donnees = false;if (!is_null($projet)) {$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '."FROM $projet ".'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'num_nom ASC').' '."LIMIT $this->start, $this->limit ";$this->debug[] = $requete;// Récupération des résultatstry {$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);if ($donnees === false) {$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";} else {$donnees_tmp = $donnees;$donnees = array();foreach ($donnees_tmp as &$nom) {$donnees[$nom['num_nom']] = $nom;unset($nom);}}} catch (PDOException $e) {$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";}return $donnees;}/* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel.* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :* /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel*/public function getElementNombre($params_url) {$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);extract($p);$nbre = false;if (!is_null($projet)) {$requete = 'SELECT COUNT(*) AS nbre '."FROM $projet ";// Récupération des résultatstry {$nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();if ($nbre === false) {$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";}} catch (PDOException $e) {$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";}return $nbre;}/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel*/public function getElementNom($params_url) {$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);extract($p);$nom = false;if (!is_null($projet)) {$requete = "SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);";// Récupération des résultatstry {$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();if ($nom === false) {$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";}} catch (PDOException $e) {$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";}return $nom;}/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel*/public function getElementDateMiseAJour($params_url) {$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);extract($p);$nom = false;if (!is_null($projet)) {$requete = 'SELECT UPDATE_TIME '.'FROM information_schema.tables '.'WHERE TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '.'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\'';// Récupération des résultatstry {$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();if ($nom === false) {$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";}} catch (PDOException $e) {$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";}return $nom;}/* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export* Appelée avec les paramètres d'url suivant :* /Recherche/Export/_* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur **/public function getElementExport($param) {// Initialisation des variables$info = array();$p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre", "encodage"), $param, false);$ref = $p['ref'].'_v'.$p['version'];$racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp'];$dossier = $racine_tmp.date('Y_m_d').'/';if(!is_dir($dossier)){mkdir($dossier);chmod($dossier, 0777);}$fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv';if (isset($p['champs'])) {$champs = $this->formaterColonnes($p['champs'], $ref);$requete = 'SELECT "'.implode('","', $champs['titre']).'" UNION ALL (SELECT '.implode(', ',$champs['select'])." INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' "." FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu";if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") {$param_filtres = explode(",",$p["filtre"]);$dernier_filtre = array_pop($param_filtres);$filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'");if ($dernier_filtre != '' && $dernier_filtre != '*') {if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) {// si il s'agit du filtre famille$filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'";$dernier_filtre = "fam";}array_push($param_filtres, $dernier_filtre);}$requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres)));}$requete .= ")";// Récupération des résultatstry {$donnees = $this->bdd->query($requete);if ($donnees === false) {$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";} else {$info = $donnees;}} catch (PDOException $e) {$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;}}return $fichier;}private function formaterColonnes($colonnes, $ref) {$colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "num_nom", "Numéro nomenclatural"),"nr" => array("a.num_nom_retenu", "num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"),"nt" => array("a.num_taxonomique", "num_taxonomique", "Numéro taxonomique"),"cd" => array("a.cd_nom", "cd_nom", "Numéro INPN"),"rg" => array("a.rang", "rang", "Code rang"),"fam" => array("a.famille", "famille", "Famille (APG III)"),"nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "nom_sci", "Nom avec auteur"),"bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "annee", "Année et bibliographie"),"nsrc" => array("a.nom_complet", "nom_complet", "Nom retenu avec auteur"),"nf" => array("a.nom_francais", "nom_francais", "Nom français normalisé"),"extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "exclure_taxref", "Présent dans Taxref"),"lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "num_nom", "Permalien"),"ntsup" => array("a.num_tax_sup", "num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"),"pre" => array("a.presence", "presence", "Répartition géographique"),"ns" => array("a.nom_sci", "nom_sci", "Nom sans auteur"),"aut" => array("a.auteur", "auteur", "Auteur"),"ann" => array("a.annee", "annee", "Année publication"),"bib" => array("a.biblio_origine", "biblio_origine", "Bibliographie"),"ntype" => array("a.num_type", "num_type", "Numéro du type"),"nbas" => array("a.num_basionyme", "num_basionyme", "Numéro du basionyme"),"genre" => array("a.genre", "genre", "Genre"),"esp" => array("a.epithete_sp", "epithete_sp", "Epithète espèce"),"eing" => array("a.epithete_infra_generique", "epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"),"te" => array("a.type_epithete", "type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"),"einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"),"hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "hybride_parent_01", "Hybride parent 1"),"nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "nom_supra_generique", "Nom supra générique"),"hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "hybride_parent_02", "Hybride parent 2"),"stori" => array("a.statut_origine", "statut_origine", "Statut d'origine"),"stint" => array("a.statut_introduction", "statut_introduction", "Statut d'introduction"),"stcult" => array("a.statut_culture", "statut_culture", "Statut de culture"),"notes" => array("a.notes", "notes", "Remarques"),"nomadd" => array("a.nom_addendum", "nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"),"nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "nom_sci", "Nom retenu sans auteur"),"hom" => array("a.homonyme", "homonyme", "Homonymie"),"syn" => array("CASE a.num_nom_retenu WHEN a.num_nom THEN 'retenu'WHEN '' THEN 'ambigu'ELSE 'synonyme' END AS synonymie", "num_nom_retenu", "Statut du nom" ),"synprop" => array("a.synonyme_proparte", "synonyme_proparte", "Synonyme proprate"),"syndout" => array("a.synonyme_douteux", "synonyme_douteux", "Synonyme douteux"),"synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"),"synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"),"orthori" => array("a.orthographe_originelle", "orthographe_originelle", "Orthographe originelle"),"hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"),"hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"),"cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"),"cult" => array("a.cultivar", "cultivar", "Nom cultivar"),"nomcomm" => array("a.nom_commercial", "nom_commercial", "Nom commercial"),"autres" => array("a.*", "*", "Autres"));$colonnes = explode(",", $colonnes);$requete = "SHOW COLUMNS FROM $ref";$colonnesTable = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, "Field");foreach ($colonnes as $colonne) {if ($colonne == "autres") {foreach ($colonnesOrdonnees as $colOrd) {$test[] = $colOrd[1];}$colonneAutres = array_diff($colonnesTable, $test);$champs['select'] = array_merge($champs['select'], array_map(array($this, 'ajouterIndexTable'), $colonneAutres));$champs['titre'] = array_merge($champs['titre'], array_map(array($this, 'ajouterAutresTable'), $colonneAutres));} else {if (array_search($colonnesOrdonnees[$colonne][1], $colonnesTable) !== false) {$champs['select'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0];$champs['titre'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][2];}}}return $champs;}private function ajouterIndexTable($valeur) {return 'a.'.$valeur;}private function ajouterAutresTable($valeur) {return 'Autres : '.$valeur;}/*** Méthode principale appelée avec une requête de type POST.*/public function updateElement($params_url, $params_post) {// Initialisation des variables$info = array();// Nour recherchons le type de requête demandéextract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true));extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true));extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false));$referentiel =trim($referentiel, "'");if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'");if (!is_null($action)) {$methode = 'updateElement'.$action;if (method_exists($this, $methode)) {//array_shift($param);$info = $this->$methode($referentiel, $noms);} else {$this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible.";}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire.";// TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post);}} else {$this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url.";}// Envoie sur la sortie standard$this->envoyer($info);}private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) {$infos = "";$referentiel = $referentiel[0];$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' ";$resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch();if ($resultat === false) {$requete = "ALTER TABLE {$referentiel} ".'ADD famille VARCHAR(50) '.'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" ';$this->bdd->exec($requete);}$requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '."FROM {$referentiel} "."WHERE rang >= 180 "."ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";$infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);return $infos;}private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) {foreach ($noms as $id => $famille) {$requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id ";$resultat = $this->bdd->query($requete);if ($resultat === false) {$this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id";}}}}?>