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<?php/*** PHP Version 5** @category PHP* @package jrest* @author David Delon <david@tela-botania.org>* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>* @copyright 2010 Tela-Botanica* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL* @version SVN: <svn_id>* @link /doc/jrest/*//**** La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client* ne soit dépendant de la version d'eflore*/class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {public function RechercheInfosTaxonBeta($config) {parent::__construct($config);}public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {$liste_genre_espece = array();$masque = urlencode(trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *')));$requete = @file_get_contents('http://localhost/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');if($requete != '') {$requete = json_decode($requete);if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {foreach ($requete->resultat as $id => $res) {$retenu = $res->retenu == true ? '3' : '';$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);}}usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParNom'));}return $liste_genre_espece;}function comparerParNom($a, $b) {return strnatcmp($a[0], $b[0]);}public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);$retour_infos_complementaires = array();if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));}return $retour_infos_complementaires;}public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {$nameparser = new NameParser();$nom_decoupe = $nameparser->parse($nom_saisi);$masque = ((isset($nom_decoupe['genus']) && $nom_decoupe['genus']!= '') &&(isset($nom_decoupe['species']) && $nom_decoupe['species']!= ''))? $nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species'] : $nom_saisi;$liste_genre_espece = array();$url = 'http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque='.urlencode($nom_decoupe['genus'].' '.$nom_decoupe['species']).'&recherche=etendue&ns.format=txt&retour.champs=nom_retenu,nom_retenu.*,num_taxonomique,auteur&navigation.limite=3000';$resultat = @file_get_contents($url);if($resultat != '') {$resultat = json_decode($resultat);if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;$liste_genre_espece[] = array($res->{'nom_retenu.id'},$nom_complet);}}}return $liste_genre_espece;}public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {$infos_formatees = array();$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);if(is_object($infos)) {$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);}return $infos_formatees;}public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {$infos = array();//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom;$resultat = @file_get_contents($url);if($resultat != '') {$infos = json_decode($resultat);}return $infos;}private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {$infos = (array)$infos;return $infos_formatees = array('Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],'Famille' => $infos['famille']);}private function supprimerBiblio($nom) {return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);}public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {$nt = null;$url = "http://www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdtfx/noms/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';$resultat = @file_get_contents($url);if($resultat != '') {$infos = json_decode($resultat);$nt = $infos->num_taxonomique;}return $nt;}public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {$presence_taxon = false;$url = 'http://localhost/service:eflore:0.1/chorodep/observations/?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';$resultat = @file_get_contents($url);if($resultat != '') {$resultat = json_decode($resultat);if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {$presence_taxon = true;}}return $presence_taxon;}public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {$requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,"." auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex "." , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio "." , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex "." , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif "." , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," ." eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex "." , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m "." , eflore_selection_nom "." WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'"." AND esn_id_version_projet_taxon = 25 "." AND esn_ce_statut=3 "." AND en_id_nom = esn_id_nom" ." AND en_ce_rang = enrg_id_rang" ." AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";$resultat_infos_complementaires = $this->executerRequete($requete_infos_complementaires);return $resultat_infos_complementaires;}public function rechercherFamille($taxon) {$row = array();$requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique "." FROM eflore_taxon_relation, "." eflore_selection_nom, "." eflore_nom "." WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon." AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 "." AND etr_id_categorie_taxon = 3 "." AND etr_id_valeur_taxon = 3 "." AND esn_id_taxon = etr_id_taxon_2 "." AND esn_ce_statut = 3 "." AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 "." AND en_id_nom = esn_id_nom "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";$resultat_recherche_famille = $this->executerRequete($requete_famille);if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) {$resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin');} else {$resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0];}return $resultat_recherche_famille;}private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {$nameparser=new NameParser();$nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);// requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " ." WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " ." AND enrg_abreviation_rang = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " ." AND en_epithete_infra_specifique = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])." " ." AND esn_id_nom= en_id_nom "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " ." AND en_epithete_espece = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " ." ORDER BY esn_ce_statut "." LIMIT 1";}else { // espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)$requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" ." FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " ." WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " ." AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " ." AND esn_id_nom= en_id_nom "." AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " ." AND en_epithete_espece = ".$this->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " ." ORDER BY esn_ce_statut "." LIMIT 1";}$resultat = $this->executerRequete($requete);$retour = array();if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {$retour = $resultat[0];}return $retour;}private function formaterNom($rawnom) {// Constitution du nom:$nom = '';if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') {$nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique'];} else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') {$nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique'];} else {if (isset($rawnom['en_nom_genre']) && $rawnom['en_nom_genre'] != '') {$nom .= $rawnom['en_nom_genre'];}if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) && $rawnom['en_epithete_espece']!= '') {$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece'];}if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) && $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') {if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) {$nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].'';}$nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique'];}}return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ;}private function retournerAuteur($rawnom) {$auteurs = '';$auteur_basio = '';$auteur_modif = '';if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' ) {$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {$auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];}} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {$auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];}if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {$auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];}} else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {$auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];}if (!empty($auteur_modif)) {$auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;} elseif (!empty($auteur_basio)) {$auteurs = ' '.$auteur_basio;}return $auteurs ;}function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {// texte libre, nom scientifique,// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);$retour = array();preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);if (isset($elements[1])) {// Numero nomenclatural$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]);} else {// Numero taxonomique ou nom scientifiquepreg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);if (isset($elements[1])) {// Numero taxonomique$infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);$infos_taxon = $infos_taxon[0];$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']);} else {// Nom scientifique$id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece);// Recherche du nom associe$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);if(is_array($id_nom) && isset($id_nom['en_id_nom'])) {$infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']);if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {$infos_nom = $infos_nom[0];$retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']);}}}}return $retour;}}?>