Subversion Repositories eFlore/Projets.eflore-projets

<?php
// Encodage : UTF-8
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
/**
* Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion
*
* Description : classe permettant d'insérer les flores nécessaires à l'étude des données issues de SOPHY.
* Avant d'utiliser cette classe nettoyer les fichiers pour ne garder que les lignes à insérer.
* Utilisation : php script.php insertionFlore -a test
*
* @category             PHP 5.3
* @package              phytosocio
//Auteur original :
* @author               Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @copyright    Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
* @license              http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3
* @license              http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2
* @version              $Id$
*/
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
class Insertionflore extends Script {
        
        protected $dao;
        protected $dossier;
        protected $flore;
        protected $parametres_autorises = array(
                '-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));
        
        public function executer() {
                include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/FloreDao.php';
                Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini'); 
                $this->dossier = Config::get('dossierDonneesSophy').'FLORE/';
                $this->dao = new FloreDao();
                // Récupération de paramètres
                // Lancement de l'action demandée
                $cmd = $this->getParametre('a');
                switch ($cmd) {
                        case 'florenbi' : // fournier
                                $this->executerFlorenbi();
                                break;
                        case 'bdnff' : // bdnff
                                $this->executerBdnff();
                                break;
                        case 'listepla' : // fournier/bdnff
                                $this->executerListePla();
                                break;
                        case 'floeur' : // flora europea
                                $this->executerFloeur();
                                break;                                  
                        case 'bryo' : // bryophyte
                                $this->executerBryo();
                                break;                                                                  
                        case 'syntri' : //syntri : numéro complémentaire
                                $this->executerSyntri();
                                break;
                        case 'ciff' : // CIFF CIFF/BDNFF
                                $this->executerCiff();
                                break;  
                        case 'donneebb' : // Num_nom num_tax bdnff
                                $this->executerDonneebb();
                                break;          
                        case 'codefr' : // CODEFR94
                                $this->executerCodefr();
                                break;                                  
                        default :
                                $this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));
                }
    }

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// Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI
        private function executerFlorenbi() {
                $nomFichier = $this->dossier.'FLORENBI';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                        $nom = '';
                        while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^\s{2}[\d\s]{4}\s([\d\s]{3}\d)\s{2}([\d\s]\d\.\d\d\.\d)\s[\d\s]{5}[A-Z\s]\s(\d)\s*(.+)$/', $ligne, $champs)) {
                                                // si le rang taxonomique est inf à 4 (subsp et var)
                                                if ($champs[3] < 4) {
                                                        $flore[$champs[1]] = $champs[4];
                                                        $nom = trim($champs[4]);
                                                } else {
                                                        $flore[$champs[1]] = $nom." ".$champs[4];
                                                }       
                                        }
                        }
                        $info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'fournier');
                        $this->traiterErreur($info);
                    }
                    fclose($fichierOuvert);
                } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier {$fichier} n'existe pas.");
        }       
        }
        
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore florenbi qui contient tous codes, numéro et nom fournier
// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertionflore -a florenbi -n ./../donnees/sophy/2010-12-02/FLORE/FLORENBI
        private function executerBdnff() {
                $nomFichier = $this->dossier.'bdnffv5.csv';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                        $this->dao->chargerDonnees($nomFichier, 'sophy_bdnff');
                } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
        }
        }
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Traitement du fichier flore listePla qui contient numéro de fournier, nom de fournier, numéro bdnff, nom bdnff
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a listepla -n ./../doc/jeux_test/FLORE/LISTEPLA.csv
        private function executerListePla() {
                // Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.
                $nomFichier = $this->dossier.'LISTEPLA.csv';
        if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){
                $extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));
                if ($extensionFichier === ".csv"){
                        $file = new SplFileObject($nomFichier);
                                $file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
                                $i = 0;
                                echo "Traitement de LISTEPLA : ";
                                while (!$file->eof()){
                                        $flore = $this->transformerFournierBdnff($file->fgetcsv());
                                    echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;
                                }
                                echo "\n";
                                //$info = $this->dao->integrerFlore($this->flore['bdnff'], 'bdnff');
                        $info .= $this->dao->integrerFlore($this->flore['correspondance'], 'fournier_bdnff');
                        $this->traiterErreur($info);
                } else {
                        $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'est pas au format csv.");
                }
        } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'existe pas.");
        }
    }
    
        private function transformerFournierBdnff($ligne_csv){
        //$this->flore['bdnff'][$ligne_csv[5]] = $ligne_csv[6];
        $this->flore['correspondance'][$ligne_csv[3]] = $ligne_csv[5];
    }
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore floeur.bis qui contient numéro et nom de flora europea
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a floeur -n ./../doc/jeux_test/FLORE/FLOEUR.BIS     
        private function executerFloeur() {
                $nomFichier = $this->dossier.'FLOEUR.BIS';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                        $i = 0;
                        while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^\s[\d\s]{9}[\d\sA-Z]\s([\d\s]{4}\d)\s(.{71})[\s\d]{2}/', $ligne, $champs)) {  
                                                $this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
                                        }       
                        }
                        $info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'flora_europea');
                        $this->traiterErreur($info);
                    }
                    fclose($fichierOuvert);
                } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
        }       
        }       

// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore codebry qui contient numéro et nom des bryophytes
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a bryo -n ./../doc/jeux_test/FLORE/codebry.txt      
        private function executerBryo() {
                $nomFichier = $this->dossier.'codebry.txt';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                        $i = 0;
                        while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^\s([\d\s]{4})\s[\d\s][\d\s]{4}\s{2}\d\s*(.*)\s[\d\s]{4}/', $ligne, $champs)) {
                                                if ($champs[1] != 0) {
                                                        $this->flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
                                                }
                                        }
                        }
                        $info = $this->dao->integrerFlore($this->flore, 'bryophyte');
                        $this->traiterErreur($info);
                    }
                    fclose($fichierOuvert);
                } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
        }       
        }               
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore Syntri qui contient numéro de fournier, numéro syntri, nom syntri
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a syntri -n ./../doc/jeux_test/FLORE/SYNTRI.TXT     
        private function executerSyntri() {
                $nomFichier = $this->dossier.'SYNTRI.TXT';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                        $i = 0;
                        while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^(\d+)\s{2}\d\s([A-Z,\-\'\.()\s]+[A-Z,\-\'\.()])\s+([\d\s]+)$/', trim($ligne), $champs)) {
                                                $syntri = preg_split('/\s+/', $champs[3]);
                                                if (count($syntri) == 3) {
                                                        $num = $syntri[1];
                                                } elseif (count($syntri) == 1){
                                                        $num = $syntri[0];
                                                }
                                                if (isset($flore['correspondance'][$num])) {
                                                        $flore['syntri'][$num] = $flore['syntri'][$num].$champs[2];
                                                } else {
                                                        $flore['correspondance'][$num] = $champs[1];
                                                        $flore['syntri'][$num] = $champs[2];
                                                }
                                                $i++;
                                        }       
                        }
                        $info = $this->dao->integrerFlore($flore['syntri'], 'syntri');
                        $info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'syntri_fournier');
                        $this->traiterErreur($info);
                    }
                    fclose($fichierOuvert);
                } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
        }       
        }
        
        
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/ciff.txt 
        private function executerCiff() {
                $nomFichier = $this->dossier.'ciff.txt';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                    if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                        $i = 0;
                        while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^(\d*)\t([A-Za-z].*)\t(\d*)\t\d*/', $ligne, $champs)) {
                                                $flore['ciff'][$champs[1]] = $champs[2];
                                                if ($champs[3] != '') {
                                                        $flore['correspondance'][$champs[1]] = $champs[3];
                                                }       
                                        }
                        }
                        $info = $this->dao->integrerFlore($flore['ciff'], 'ciff');
                        $info .= $this->dao->integrerFlore($flore['correspondance'], 'ciff_bdnff');
                        $this->traiterErreur($info);
                    }
                    fclose($fichierOuvert);
                } else {
                $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
        }       
        }       
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore donneebb.tri qui contient le numero tax t numero nomenclatural de la bdnff
// num_tax||num_nom||num_nom_retenu||?||nom
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a donneebb -n ./../doc/jeux_test/FLORE/donneebb.tri
        private function executerDonneebb() {
                $nomFichier = $this->dossier.'donneebb.tri';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                        if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                                while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^([\d\s]{4}\d)\|([\d\s]{5})\|([\d\s]{5})\|/', $ligne, $champs)) {
                                                if (!isset($this->flore[$champs[1]])) {
                                                        $this->flore[$champs[2]]['num_tax'] = $champs[1];
                                                        if (trim($champs[3]) != '') {
                                                                $this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[3];
                                                        } else {
                                                                $this->flore[$champs[2]]['num_nom_retenu'] = $champs[2];
                                                        }
                                                }
                                        }
                                }
                                $info = $this->dao->ajouterColonnes($this->flore, 'sophy_bdnff');
                                $this->traiterErreur($info);
                        }
                        fclose($fichierOuvert);
                } else {
                        $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
                }       
        }       
// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+    
// Traitement du fichier flore codefr94 qui contient numéro et nom codefr94
// /opt/lampp/bin/php -d memory_limit=2048M cli.php insertionFlore -a ciff -n ./../doc/jeux_test/FLORE/CODEFR94 
        private function executerCodefr() {
                $nomFichier = $this->dossier.'CODEFR94';
                if (file_exists($nomFichier) === true) {
                        if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {
                                $i = 0;
                                while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {
                                        if (preg_match('/^([\d\s]{5})[\d\s]{7}(.*)/', $ligne, $champs)) {
                                                $flore[$champs[1]] = trim($champs[2]);
                                        }
                                }
                                $info = $this->dao->integrerFlore($flore, 'codefr94');
                                $this->traiterErreur($info);
                        }
                        fclose($fichierOuvert);
                } else {
                        $this->traiterErreur("Le fichier {$nomFichier} n'existe pas.");
                }
        }
}