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<?php// Encodage : UTF-8// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+/*** Traitement des fichiers de la banque de données SOPHY pour insertion** Description : classe permettant d'insérer les tableaux phytosociologiques de la banque de données SOPHY* Utilisation : php script.php insertion -a test** @category PHP 5.3* @package phytosocio//Auteur original :* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>* @copyright Copyright (c) 2009, Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL-v3* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL-v2* @version $Id$*/// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+class Insertion extends EfloreScript {protected $tableauTaxon;protected $dao;protected $observations;// Paramêtres autorisées lors de l'appel au script en ligne de commandeprotected $parametres_autorises = array('-n' => array(true, true, 'Nom du fichier ou du dossier à traiter'));protected $param_bd_pour_stat = array('sophy_publication' => array(),'sophy_tableau' => array('stab_id_publi' => 'nombrePubli'),'sophy_releve' => array('sr_id_publi' => 'nombrePubli','sr_id_publi, sr_id_tableau' => 'nombreTableau','sr_id_station' => 'nombreStation'),'sophy_observation' => array('so_id_publi' => 'nombrePubli','so_id_publi, so_id_tableau' => 'nombreTableau','so_id_publi, so_id_tableau, so_id_releve' => 'nombreReleve','so_id_taxon' => 'nombreTaxon'),'sophy_station' => array(),'sophy_taxon' => array());// Composition classique d'un titre de tableau de stations ou phytosociologiquesprotected $format_titre = array('numPubli' => array(0, 4),'numTableau' => array(4, 3),'nombreStations' => array(7, 3),'titrePubli' => array(11, -1),'typeTableau' => array(79, 1));// Composition classique d'une stationprotected $format_station = array('numSource' => array(0, 4),'posteMeteo' => array(4, 5),'nomStation' => array(10, 38),'latitude' => array(49, 7),'codePays' => array(56, 2),'longitude' => array(59, 6),'codeDept' => array(66, 2),'altitude' => array(69, 4),'codeCommune' => array(74, 3),'precisionGeographique' => array(78, 1),'systemeProjection' => array(79, 1),'latitude2' => array(80, 8),'longitude2' => array(88, 8));// Composition classique d'une ligne de tableau phytosociologiqueprotected $format_tableau = array(0 => array('numLigne' => array(0, 3),'idTaxon' => array(3, 5),'strate' => array(8, 1),'codeFlore' => array(9, 1),'abondance_rem' => array(10, 70)),2 => array('numSource' => array(0, 5),'posteMeteo' => array(5, 3),'numLigne' => array(8, 2),'codeFournier1' => array(10, 5),'abondance1' => array(15, 1),'strate1' => array(16, 1),'codeFournier2' => array(17, 5),'abondance2' => array(22, 1),'strate2' => array(23, 1),'codeFournier3' => array(24, 5),'abondance3' => array(29, 1),'strate3' => array(30, 1),'codeFournier4' => array(31, 5),'abondance4' => array(36, 1),'strate4' => array(37, 1),'codeFournier5' => array(38, 5),'abondance5' => array(43, 1),'strate5' => array(44, 1),'codeFournier6' => array(45, 5),'abondance6' => array(50, 1),'strate6' => array(51, 1),'codeFournier7' => array(52, 5),'abondance7' => array(57, 1),'strate7' => array(58, 1),'codeFournier8' => array(59, 5),'abondance8' => array(64, 1),'strate8' => array(65, 1),'codeFournier9' => array(66, 5),'abondance9' => array(71, 1),'strate9' => array(72, 1),'codeFournier10' => array(73, 5),'abondance10' => array(78, 1),'strate10' => array(79, 1)),6 => array('numSource' => array(0, 4),'posteMeteo' => array(4, 4),'numLigne' => array(8, 2),'strate1' => array(10, 1),'codeFournier1' => array(11, 4),'abondance1' => array(16, 1),'strate2' => array(17, 1),'codeFournier2' => array(18, 4),'abondance2' => array(23, 1),'strate3' => array(24, 1),'codeFournier3' => array(25, 4),'abondance3' => array(30, 1),'strate4' => array(31, 1),'codeFournier4' => array(32, 4),'abondance4' => array(37, 1),'strate5' => array(38, 1),'codeFournier5' => array(39, 4),'abondance5' => array(44, 1),'strate6' => array(45, 1),'codeFournier6' => array(46, 4),'abondance6' => array(51, 1),'strate7' => array(52, 1),'codeFournier7' => array(53, 4),'abondance7' => array(58, 1),'strate8' => array(59, 1),'codeFournier8' => array(60, 4),'abondance8' => array(65, 1),'strate9' => array(66, 1),'codeFournier9' => array(67, 4),'abondance9' => array(72, 1),'strate10' => array(73, 1),'codeFournier10' => array(74, 4),'abondance10' => array(79, 1)),7 => array('numReleve' => array(2, 3),'posteMeteo' => array(7, 3),'codeFournier1' => array(10, 4),'abondance1' => array(14, 1),'strate1' => array(15, 1),'codeFournier2' => array(16, 4),'abondance2' => array(20, 1),'strate2' => array(21, 1),'codeFournier3' => array(22, 4),'abondance3' => array(26, 1),'strate3' => array(27, 1),'codeFournier4' => array(28, 4),'abondance4' => array(32, 1),'strate4' => array(33, 1),'codeFournier5' => array(34, 4),'abondance5' => array(38, 1),'strate5' => array(39, 1),'codeFournier6' => array(40, 4),'abondance6' => array(44, 1),'strate6' => array(45, 1),'codeFournier7' => array(46, 4),'abondance7' => array(50, 1),'strate7' => array(51, 1),'codeFournier8' => array(52, 4),'abondance8' => array(56, 1),'strate8' => array(57, 1),'codeFournier9' => array(58, 4),'abondance9' => array(62, 1),'strate9' => array(63, 1),'codeFournier10' => array(64, 4),'abondance10' => array(68, 1),'strate10' => array(69, 1),'numLigne' => array(71, 2),'codeCarte' => array(73, 7)));// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+public function executer() {include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/Dao.php';Config::charger(dirname(__FILE__).'/sophy.ini');$this->dao = new Dao();// Récupération de paramétres// Lancement de l'action demandée$cmd = $this->getParametre('a');switch ($cmd) {case 'testDossier' :$this->executerTestDossier();break;case 'chargerStructureSql' :$this->chargerStructureSql();break;case 'supprimerTous' :$this->supprimerTous();case 'biblio' :$this->executerBiblio();break;case 'station' :include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/gPoint.php';$this->executerStation();break;case 'stationCodeInsee' :$this->executerStationCodeInsee();break;case 'tableau' :include_once dirname(__FILE__).'/bibliotheque/TaxonDao.php';$this->tableauTaxon = new TaxonDao();$this->executerTableau();break;case 'stats' :$this->executerStats();break;case 'tapir' :$info = $this->dao->creerTapir();$this->traiterErreur($info);break;default :$this->traiterErreur('Erreur : la commande "%s" n\'existe pas!', array($cmd));}}protected function chargerStructureSql() {$contenuSql = $this->recupererContenu(Config::get('chemins.structureSql'));$this->executerScripSql($contenuSql);}protected function executerScripSql($sql) {$requetes = Outils::extraireRequetes($sql);foreach ($requetes as $requete) {$this->getBdd()->requeter($requete);}}private function supprimerTous() {$requete = "DROP TABLE IF EXISTS sophy_abondance, `sophy_bdnff`, `sophy_bryophyte`, `sophy_ciff`, "."`sophy_ciff_fournier`, `sophy_codefr94`, `sophy_flora_europea`, `sophy_fournier`, `sophy_fournier_bdnff`,"." `sophy_observation`, `sophy_precision_geo`, `sophy_publication`, `sophy_releve`, `sophy_station`, `sophy_strate`,"." `sophy_syntri`, `sophy_syntri_fournier`, `sophy_tableau`, `sophy_taxon`";$this->getBdd()->requeter($requete);}// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+// vérifie qu'il n'y est pas de fichier en double dans le dossier// à faire avant d'insérer un nouveau dossierprivate function executerTestDossier() {$nomDossier = Config::get('dossierDonneesSophy').$this->getParametre('n');if (file_exists($nomDossier) === true) {if (is_dir($nomDossier)) {if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {if ( !is_dir($nomFichier) ) {if (preg_match('/^[ST]{1,2}(\d{2}1)(\d{2}0)\.*/', $nomFichier, $match)) {// fichier normal type 001 à 010} elseif (preg_match('/^([ST]{1,2})(\d{3})(\d{3})\.*/', $nomFichier, $match)) {if (($match[1]=='ST' || $match[1]=='T') && ($match[3] - $match[2] == 1)) {// fichier normal type 1000 à 1010} else {$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier risque d'être en double.");}}}}closedir($dossierOuvert);} else {$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");}} else {$this->traiterErreur("$nomDossier n'est pas un dossier.");}} else {$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");}}// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Traitement du fichier biblio format csv// /opt/lampp/bin/php cli.php sophy/insertion -a biblio -n ./../donnees/sophy/BIBLIO.csvprivate function executerBiblio() {// Parcours le fichier .csv et enregistre chaque ligne dans un tableau.$nomFichier = Config::get('dossierDonneesSophy').'BIBLIO.csv';if ($nomFichier && file_exists($nomFichier) ){$extensionFichier = strtolower(strrchr($nomFichier, '.'));if ($extensionFichier === ".csv"){$file = new SplFileObject($nomFichier);$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);$i = 0;echo "Traitement de la biblio : ";while (!$file->eof()){$ligne_csv = $file->fgetcsv();if (preg_match('/^\d+$/', $ligne_csv[0])){// récupére les colonnes du csv pour les transformer en table publication$biblio = $this->transformerBiblio($ligne_csv);// integre les publications à la bdd$info = $this->dao->integrerBiblio($biblio);$this->traiterInfo($info);}echo str_repeat(chr(8), ( strlen( $i ) + 1 ))."\t".$i++;}echo "\n";} else {$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'est pas au format csv.");}} else {$this->traiterErreur("Le fichier de références bibliographiques : $nomFichier n'existe pas.");}}private function transformerBiblio($ligne_csv){$biblio['id_publi'] = $ligne_csv[0];$biblio['auteur'] = $ligne_csv[2].' '.$ligne_csv[3];$biblio['date'] = $ligne_csv[4];$biblio['titre'] = rtrim($ligne_csv[5].' '.$ligne_csv[6].' '.$ligne_csv[7].' '.$ligne_csv[8].' '.$ligne_csv[9]);$biblio['revue'] = rtrim($ligne_csv[10].' '.$ligne_csv[11]);$biblio['volume'] = $ligne_csv[12];$biblio['tome'] = $ligne_csv[13];$biblio['fascicule'] = $ligne_csv[14];$biblio['page_debut'] = $ligne_csv[15];$biblio['page_fin'] = $ligne_csv[16];return $biblio;}// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Traitement des fichiers stations// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a station -n ./../doc/donnees/ST/private function executerStation() {// transforme les fichiers passés en un tableau//de la forme [nom du fichier][index des tableaux][numéro de ligne]$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'ST/');foreach ($tableaux as $fichier) {foreach ($fichier as $tableau) {if ($tableau[0] != "") {// découpe la première ligne du tableau et insére les données dans la table tableau$titre = $this->analyserTitreStation($tableau['0']);for ($numReleve = 1; $numReleve < sizeof($tableau); $numReleve++) {// découpe les autres lignes, insére les données dans la table station et retourne l'id de la stationif (trim($tableau[$numReleve]) == '') {$id_station = 0;} else {$id_station = $this->analyserStation($tableau[$numReleve]);}// insére les données tableau et station dans la table relevé$info = $this->dao->integrerReleve($titre, $numReleve, $id_station);if ($info != '') {$this->traiterErreur($info);}}}}}}private function analyserTitreStation($titre) {$titreDecoupe = $this->decouperLigne($titre, $this->format_titre);$info = $this->dao->integrerTableau($titreDecoupe);if ($info != '') {$this->traiterErreur($info);}return $titreDecoupe;}private function analyserStation($ligne) {$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($ligne, $this->format_station);$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = null;$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = null;// vérifie que les zéro du code sont présents$ligneDecoupe = $this->analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe);// transforme les grades paris en degrés décimaux wms$ligneDecoupe = $this->analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne);// transforme les degrés sexagécimaux en degrés décimaux$ligneDecoupe = $this->analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe);// transforme les degrés décimaux en UTM$ligneDecoupe = $this->transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe);$ligneDecoupe['nomStation'] = utf8_encode($ligneDecoupe['nomStation']);$retour_requete = $this->dao->integrerStation($ligneDecoupe);if ($retour_requete['info'] != '') {$this->traiterErreur($retour_requete['info']);}return $retour_requete['id_station'];}private function executerStationCodeInsee() {$this->dao->creerColonneCodeInseeCalculee();$liste_coordonnees = $this->dao->rechercherCoordonneesWgs();foreach ($liste_coordonnees as $coordonnees) {$code_insee = $this->chercherCodeCommune($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude']);if ($code_insee != "") {$this->dao->ajouterCodeInseeCalculee($coordonnees['latitude'], $coordonnees['longitude'], $code_insee);}}}private function chercherCodeCommune($latitude, $longitude) {$code_insee = '';if ($this->testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude)) {$url_service = "www.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/osm/nom-commune"."?lat={$latitude}&lon={$longitude}";$url_service = str_replace(',', '.', $url_service);$ch = curl_init($url_service);curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);$reponse = curl_exec($ch);$reponse = json_decode($reponse);if (isset($reponse->codeINSEE)) {$code_insee = $reponse->codeINSEE;}curl_close($ch);}return $code_insee;}private function testerCoordonneesWgsFrance($latitude, $longitude) {$coord_france = false;if ($latitude != '' && $longitude != '') {if ($latitude < 51.071667 && $latitude > 41.316667) {if ($longitude < 9.513333 && $longitude > -5.140278) {$coord_france = true;}}}return $coord_france;}private function analyserCodeDeptComm($ligneDecoupe) {if (preg_match('/^\d{2}$/', $ligneDecoupe['codeDept'])) {} elseif (preg_match('/^\s{0,1}\d{1,2}\s{0,1}$/',$ligneDecoupe['codeDept'])) {$ligneDecoupe['codeDept'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeDept']);} else {$ligneDecoupe['codeDept'] = null;}if (preg_match('/^\d{3}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {} elseif (preg_match('/^\s{0,2}\d{1,2,3}\s{0,2}$/', $ligneDecoupe['codeCommune'])) {$ligneDecoupe['codeCommune'] = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeCommune']);} elseif ($ligneDecoupe['codeDept'] == null) {$ligneDecoupe['codeCommune'] = null;} else {$ligneDecoupe['codeCommune'] = '000';}return $ligneDecoupe;}private function analyserCoordGrdParis($ligneDecoupe, $ligne) {if (preg_match('/[\s0]0\.000/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {$ligneDecoupe['latitude'] = null;$ligneDecoupe['longitude'] = null;} elseif (preg_match('/\d{1,2}\.\d{2,3}/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {// format souhaité$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9+2.3372291, 7);} elseif (preg_match('/(\d{2})[\d\s,](\d{3})/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {//erreur de saisie$ligneDecoupe['latitude'] = $match[1].'.'.$match[2];$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['latitude']*0.9, 7);$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($ligneDecoupe['longitude']*0.9 + 2.3372291, 7);} elseif (preg_match('/^[a-zA-Z\s]*[a-zA-Z][a-zA-Z\s]*$/', $ligneDecoupe['latitude'])) {// lat absente + nom long$ligneDecoupe['nomStation'] = rtrim(substr($ligne, 10, 48));$ligneDecoupe['latitude'] = null;$ligneDecoupe['longitude'] = null;} elseif (preg_match('/.[AO].123/', $ligneDecoupe['latitude'], $match)) {$ligneDecoupe['latitude'] = null;$ligneDecoupe['longitude'] = null;} elseif ($ligneDecoupe['latitude'] != null) {$ligneDecoupe['latitude'] = null;$ligneDecoupe['longitude'] = null;}return $ligneDecoupe;}private function analyserCoordDmsWms($ligneDecoupe) {if (preg_match('/(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['latitude2'], $match)) {$ligneDecoupe['latitude_wgs'] = round($match[1]+($match[2]/60)+($match[3]/3600), 7);}if (preg_match('/(-{0,1})(\d{1,2})\.(\d{2})\.(\d{2})/', $ligneDecoupe['longitude2'], $match)) {$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = round($match[2]+($match[3]/60)+($match[4]/3600), 7);if ($match[1] == '-') {$ligneDecoupe['longitude_wgs'] = -$ligneDecoupe['longitude_wgs'];}}return $ligneDecoupe;}private function transformerCoordWmsUtm($ligneDecoupe) {$ligneDecoupe['utmNorthing'] = null;$ligneDecoupe['utmEasting'] = null;$ligneDecoupe['utmZone'] = null;if ($ligneDecoupe['longitude_wgs'] != null && $ligneDecoupe['latitude_wgs'] != null) {$convertisseur = new gPoint();$convertisseur->setLongLat($ligneDecoupe['longitude_wgs'], $ligneDecoupe['latitude_wgs']);$convertisseur->convertLLtoTM();$ligneDecoupe['utmNorthing'] = round($convertisseur->N(), 2);$ligneDecoupe['utmEasting'] = round($convertisseur->E(), 2);$ligneDecoupe['utmZone'] = $convertisseur->Z();}return $ligneDecoupe;}// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Traitement des fichiers tableaux// /opt/lampp/bin/php cli.php insertion -a tableau -n ./../doc/donnees/T/private function executerTableau() {$tableaux = $this->ouvrirDossier(Config::get('dossierDonneesSophy').'T/');$observations = array();foreach ($tableaux as $fichier) {foreach ($fichier as $tableau) {if ($tableau[0] != "") {$this->observations = array();$titre = $this->decouperLigne($tableau[0], $this->format_titre);$this->analyserTableau($tableau, $titre);/*$info = $this->dao->integrerObservation($this->observations, $titre);if ($info != '') {$this->traiterErreur($info);}*/}}} $this->tableauTaxon->integrerTaxons();}private function analyserTableau($tableau, $titre) {if ($titre['typeTableau'] == ' ') {$titre['typeTableau'] = 0;}switch ($titre['typeTableau']) {case 0 :for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);if (trim($ligneDecoupe['idTaxon']) == '' && trim($ligneDecoupe['abondance_rem']) == '' &&preg_match('/^\s+\*N\s*\*\s*$/', $ligneDecoupe['indetermine'])) {for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = $ligneDecoupe['numLigne'];$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;$this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';}} else {$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne);}}for ($nombreReleve = 1; $nombreReleve <= $titre['nombreStations']; $nombreReleve ++) {$j = false;for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {if (isset($this->observations[$numeroLigne][$nombreReleve])) {$j = true;}}if ($j == false) {$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_releve'] = $nombreReleve;$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_num_ligne'] = 0;$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_taxon'] = 0;$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_id_strate'] = 0;$this->observations[0][$nombreReleve]['sc_ce_abondance'] = '?';}}break;case 2 :$numSource = 0; $numReleve = 0;for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['2']);if ($ligneDecoupe['numSource'] != $numSource) {// $numSource correspond au numero à la station par l'auteur,// $numReleve correspond à l'id de la station$numSource = $ligneDecoupe['numSource'];$numReleve ++;}if (strlen(trim($tableau[$numeroLigne])) < 10) {$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_releve'] = $numReleve;$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_num_ligne'] = 0;$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_taxon'] = 0;$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_id_strate'] = 0;$this->observations[$numeroLigne][1]['sc_ce_abondance'] = '?';} else {$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);}}break;case 6 :$numSource = 0; $numReleve = 0;for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['6']);$num = (preg_match('/[\dA-Z]+\s+[\dA-Z]+/', $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo']))? ltrim($ligneDecoupe['numSource']): $ligneDecoupe['numSource'].$ligneDecoupe['posteMeteo'];if ($num !== $numSource) {$numSource = $num;$numReleve ++;}$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);}break;case 7 :$numSource = 0; $numReleve = 0;for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['7']);if (trim($ligneDecoupe['numReleve']) !== $numSource) {$numSource = trim($ligneDecoupe['numReleve']);$numReleve ++;}$this->creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne);}break;default :for ($numeroLigne = 1; $numeroLigne < sizeof($tableau); $numeroLigne++) {$ligneDecoupe = $this->decouperLigne($tableau[$numeroLigne], $this->format_tableau['0']);$this->creerObservType0($titre, $ligneDecoupe);}break;}return $ligneDecoupe;}// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type standard (0)private function creerObservType0($titre, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {$observation = null;// Retourne l'id du taxon dans la bd sophy$idTaxon = $this->identifierTaxon($titre['nombreStations'], $ligneDecoupe, $numeroLigne);// découpe le champs abondance_rem ou indetermine selon le nombre de relevés$remAbondance = substr(($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) ? $ligneDecoupe['abondance_rem'] : $ligneDecoupe['indetermine'],0, $titre['nombreStations']);// si aucun relevé ne contient d'abondance pour un taxon, ajout d'une abondance ? pour ce taxonif (trim($remAbondance) == '') {$remAbondance = '?';}for ($numReleve = 1; $numReleve <= $titre['nombreStations']; $numReleve++) {if ($remAbondance === '?' && $numeroLigne === 1) {$abondance = '?';} else {$abondance = substr($remAbondance, ($numReleve-1), 1);}if ($abondance != '' && $abondance != ' ') {$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_releve'] = $numReleve;$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_num_ligne'] = $numeroLigne;$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_taxon'] = $idTaxon;if ($ligneDecoupe['strate'] != null) {$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'];} else {$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_id_strate'] = 0;}$this->observations[$numeroLigne][$numReleve]['sc_ce_abondance'] = $abondance;}}}// crée des observations au format de la table à partir d'un tableau de type 2, 6 ou 7 (10 plantes en lignes)private function creerObservType2($titre, $ligneDecoupe, $numReleve, $numeroLigne) {$observation = null;for ($i = 1; $i < 11; $i++) {// si le numéro de taxon et l'abondance ne sont pas nullsif ((($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') &&(trim($ligneDecoupe['codeFournier'.$i]) == '' || $ligneDecoupe['codeFournier'.$i] == '0'))) {} else {$positionTaxon = $ligneDecoupe['numLigne']*10 + $i - 10;$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_publi'] = $titre['numPubli'];$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_tableau'] = $titre['numTableau'];$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_releve'] = $numReleve;$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_num_ligne'] = $positionTaxon;$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['codeFournier'.$i]);$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_taxon'] =$this->identifierTaxon2($idTaxon, $titre['typeTableau']);if ($ligneDecoupe['strate'.$i] != null) {$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = $ligneDecoupe['strate'.$i];} else {$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_id_strate'] = 0;}if ($ligneDecoupe['abondance'.$i] == '' || $ligneDecoupe['abondance'.$i] == '0') {$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = '?';} else {$this->observations[$numeroLigne][$positionTaxon]['sc_ce_abondance'] = $ligneDecoupe['abondance'.$i];}}}}private function identifierTaxon2($idTaxon, $typeTableau) {$id = 0;if ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 75000) {$id = $this->tableauTaxon->getId(75000, 'algues');} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 85000) {$id = $this->tableauTaxon->getId(85000, 'characees');} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 90000) {$id = $this->tableauTaxon->getId(90000, 'bryo');} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon == 95000) {$id = $this->tableauTaxon->getId(95000, 'lichen');} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 90000) {$idTaxon -= 90000;$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'bryo');} elseif ($typeTableau == 2 && $idTaxon >= 20000) {$idTaxon -= 20000;$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'floeur');} else {if ($typeTableau == 2 && ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '')) {$idTaxon = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 +(substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 + (substr($idTaxon, 4, 1) + 1);} elseif ($idTaxon != '00000' && $idTaxon != '') {$idTaxon = ltrim($idTaxon, "0");} else {$idTaxon = 0;}$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, 'fournier');}return $id;}// fonctions nécessaires pour les tableaux de type standard (0)private function identifierTaxon($nombreReleves, $ligneDecoupe, $numeroLigne) {// decoupe le champs remarqueif ($ligneDecoupe['abondance_rem'] != null) {$rem = trim(substr($ligneDecoupe['abondance_rem'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['abondance_rem'])));} else {$rem = substr($ligneDecoupe['indetermine'], (int) ltrim($nombreReleves), strlen($ligneDecoupe['indetermine']));}$remAnalyse = $this->analyserRemarque($rem, $numeroLigne);$id = 0;if ($ligneDecoupe['idTaxon'] != null) {$idTaxon = str_replace(' ', '0', $ligneDecoupe['idTaxon']);switch ($idTaxon) { // probleme code dans les 80000 attentes reponses brissecase 0 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, 00000); break;case 00000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon); break;case 20000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;case 75000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'algues'); break;case 85000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'characees'); break;case 90000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;case 95000 : $id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'lichen'); break;default :if ($idTaxon < 1100) {$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);}elseif ($idTaxon < 20000) {// transformer code fournier en numéro fournier$numeroFournier = (substr($idTaxon, 0, 2) - 1)*600 + (substr($idTaxon, 2, 2) - 11)*10 +(substr($idTaxon, 4, 1) + 1);$id = $this->recupererId($remAnalyse, $numeroFournier, 'fournier'); break;} elseif ($idTaxon < 90000) {$idTaxon -= 20000;$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'floeur'); break;} else {$idTaxon -= 90000;$id = $this->recupererId($remAnalyse, $idTaxon, 'bryo'); break;}break;}} else {$id = $this->recupererId($remAnalyse, 0);}return $id;}private function recupererId($remAnalyse, $idTaxon, $flore = 'ind') {if ($remAnalyse['presence'] == true) {$id = $this->tableauTaxon->getId($remAnalyse['num'], $remAnalyse['flore'], $remAnalyse['nom'],$flore, $idTaxon, $remAnalyse['remarques']);} else {$id = $this->tableauTaxon->getId($idTaxon, $flore);}return $id;}private function analyserRemarque($rem, $numeroLigne) {$taxon['presence'] = false;if ($rem != '') {$taxon['flore'] = 'ind';$taxon['num'] = 0;$taxon['nom'] = null;$taxon['remarques'] = null;$remAsterique = preg_split('/\*/', $rem);// recuperer le numero et/ou le nom qui sont en remarqueforeach ($remAsterique as $morceauRem) {if ($morceauRem == 'N000000') {} elseif (preg_match('/^[A-Z]{1,2}\s{5,6}$/', $morceauRem)) {} elseif (preg_match('/^[\s0]*$/', $morceauRem)) {} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([0\s]{5,6})$/', $morceauRem)) {} elseif (preg_match('/^[\d\s]{5}\d$/', $morceauRem)) {$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $morceauRem), '0');$taxon['flore'] = 'syntri';$taxon['presence'] = true;} elseif (preg_match('/^\s*(\d[\d\s]+\d)\s*$/', $morceauRem, $match)) {$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[1]), '0');$taxon['flore'] = 'syntri';$taxon['presence'] = true;} elseif (preg_match('/^\s*[A-Za-z][a-z\s\.()]+$/', $morceauRem)) {$taxon['nom'] = $morceauRem;$taxon['presence'] = true;} elseif (preg_match('/^\s*("\s*[\s"]*)([A-Za-z][A-Za-z\s\.()]+)$/', $morceauRem, $match)) {foreach ($this->observations[$numeroLigne-1] as $obsPrec) {$idPrec = $obsPrec['sc_id_taxon'];}$nombreQuote = substr_count($match[1], '"');$nomPrec = preg_split('/\s/', $this->tableauTaxon->getNom($idPrec)); $nom = '';if (preg_match('/^(x|var|ssp)/', $match[2])) {} elseif ($nombreQuote == 2 || $nombreQuote == 4) {$nombreQuote = $nombreQuote/2;}for ($i = 0; $i < $nombreQuote; $i++) {if ($i < count($nomPrec)) {$nom .= $nomPrec[$i]." ";}}$taxon['nom'] = $nom.$match[2];$taxon['remarques'] = $morceauRem;$taxon['presence'] = true;} elseif (preg_match('/^([A-Z]{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match) ||preg_match('/^(\s{1,2})([\d\s]{4,5}\d)$/', $morceauRem, $match)) {switch (trim($match[1])) {case 'S' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;case 'CI' : $taxon['flore'] = 'ciff'; break;case 'C' : $taxon['flore'] = 'codefr94'; break;case 'BD' : $taxon['flore'] = 'bdnff'; break;case 'N' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;case '' : $taxon['flore'] = 'syntri'; break;default : $taxon['flore'] = 'ind'; break;}$taxon['num'] = ltrim(str_replace(' ', '0', $match[2]), '0');$taxon['presence'] = true;} else {$morceauRem = trim($morceauRem);if ($morceauRem != '' && $morceauRem != null) {$taxon['remarques'] = $morceauRem;$taxon['presence'] = true;}}}}return $taxon;}// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Fonction Statistiquesprivate function executerStats() {$nombreTotalLignesTable = $this->dao->getNombreLigne($this->param_bd_pour_stat);print_r($nombreTotalLignesTable);}// +-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Fonction généraleprivate function ouvrirDossier($nomDossier) {$tableaux = null;if (file_exists($nomDossier) === true) {if (is_dir($nomDossier)) {if ($dossierOuvert = opendir($nomDossier) ) {while ( ($nomFichier = readdir($dossierOuvert)) !== false) {if ( !is_dir($nomFichier) ) {$nomFichier = $nomDossier.$nomFichier;$tableaux[$nomFichier] = $this->ouvrirFichier($nomFichier);}}closedir($dossierOuvert);} else {$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier n'a pas pu être ouvert.");}} else {$tableaux[$nomDossier] = $this->ouvrirFichier($nomDossier);}} else {$this->traiterErreur("Le dossier $nomDossier est introuvable.");}return $tableaux;}// Prend en entree un fichier et retourne un tableau de Tableau phytosocio ou stationsprivate function ouvrirFichier($nomFichier) {$tableauxDecoupes = null;$clefTableau = 0;$clefLigne = 0;if (file_exists($nomFichier) === true) {if ( $fichierOuvert = fopen($nomFichier, 'r') ) {while ($ligne = fgets($fichierOuvert)) {if (preg_match('/^.*9{10}.*$/', $ligne)) {$clefTableau ++ ;$clefLigne = 0;} else {$tableauxDecoupes[$clefTableau][$clefLigne] = rtrim($ligne, " \t");$clefLigne ++;}}fclose($fichierOuvert);} else {$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier n'a pas pu être ouvert.");}} else {$this->traiterErreur("Le fichier $nomFichier est introuvable.");}return $tableauxDecoupes;}// utilise les tableaux format_titre ou format_station pour découper les lignesprivate function decouperLigne($ligne, $format) {$ligne = rtrim($ligne);$taille = strlen($ligne);foreach ($format as $param => $position) {// si la taille de la ligne est inférieure à la taille du champs que l'on veut récupérerif ($taille < ($position[0]+$position[1])) {// on met à null sauf dans certains formats$ligneDecoupe[$param] = null;if (isset($format['numLigne'])) {$ligneDecoupe['indetermine'] = rtrim(substr($ligne, $position[0], $taille));}} else {$ligneDecoupe[$param] = trim(substr($ligne, $position[0], $position[1]));}}return $ligneDecoupe;}}?>