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<?php
// declare(encoding='UTF-8');
/**
* Description :
* Classe CommunNomsTaxons.php
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @package framework-v3
* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version 1.0
* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*/
abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {
/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/
private $relationsChampsCodesOntologie = null;
protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)
protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.
protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifique
protected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQL
protected $total_resultat = null;
/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme
(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */
protected $service_href = null;
protected $erreursParametres = null;
protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');
private $bib_traitees = array();
private $ontologie = array();
//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+
public function traiterParametres() {
$this->definirParametresParDefaut();
$this->verifierParametres();
if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {
foreach ($this->parametres as $param => $val) {
switch ($param) {
case 'ns.structure' :
$this->remplirTableCompositionNom($val);
if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){
$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);
}else {
$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);
}
break;
case 'navigation.depart' :
$this->limite_requete['depart'] = $val;
break;
case 'navigation.limite' :
$this->limite_requete['limite'] = $val;
break;
}
}
$this->traiterParametresSpecifiques();
}
}
protected function definirParametresParDefaut() {
if (empty($this->parametres['recherche'])) {
$this->parametres['recherche'] = 'stricte';
}
if (empty($this->parametres['ns.format'])) {
$this->parametres['ns.format'] = 'txt';
}
if (empty($this->parametres['retour.format'])) {
$this->parametres['retour.format'] = 'max';
}
if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&
$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {
$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';
}
}
public function verifierParametres() {
//$this->verifierParametresAPI();
$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');
$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');
$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');
$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');
/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {
$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}*/
}
public function verifierParametresAPI() {
$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');
while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {
if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";
}
next($this->parametres);
}
}
public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeur = $this->parametres[$parametre];
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {
if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {
$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];
$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);
foreach ($valeurs as $valeur) {
$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);
}
}
}
private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {
if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {
$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";
}
}
public function traiterParametresCommuns() {
}
public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {
$valeur = explode(',',$valeur);
$conditions = array();
if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} else {
if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->modifierValeur($val);
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {
foreach ($valeur as $val) {
$val = $this->getBdd()->proteger($val);
$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))".
" OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";
}
} else {
foreach ($valeur as $val) {
$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);
}
}
}
$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';
$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);
}
private function modifierValeur($valeur) {
$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);
$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);
return $valeur;
}
private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {
$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');
$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');
$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);
return $valeur;
}
private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {
$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));
$valeur = $valeur.'%';
return $valeur;
}
//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+
private function etreRessourceId() {
$ok = false;
if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {
$ok = true;
}
return $ok;
}
public function traiterRessources() {
if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {
if ($this->ressources[0] == 'relations') {
$this->traiterRessourceRelations();
} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id
$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons
} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats
$this->traiterRessourcesStats();
} else {
$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/>
<li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li>
<li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li>
<li> /'.$this->service.'/stats </li>';
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
}
public function traiterRessourcesStats() {
$this->format_reponse = $this->service.'/stats';
$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";
if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {
switch ($this->ressources[1]) {
case 'annees' :
$this->traiterRessourceStatsAnnees();
break;
case 'rangs' :
$this->traiterRessourceStatsRangs();
break;
case 'initiales' :
$this->traiterRessourceStatsInitiales();
break;
default :
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
break;
}
} else {
$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :
* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */
public function estUnIdentifiant() {
return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false
&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));
}
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction d'analyse des parametres
/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter
* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */
public function remplirTableCompositionNom($valeur) {
$structure_nom = explode(',', $valeur);
foreach ($structure_nom as $structure) {
//avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise
$this->compo_nom[$structure] =
preg_replace(array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/',
'/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/','/^au_ss$/','/^bib_ss$/'),
array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum',
'epithete_sp', 'genre', 'epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine'),
$structure);
}
}
public function mettreAuFormat() {
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {
$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);
}
}
}
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonctions de formatage
/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,
* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini
* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */
public function recupererTableSignification($table) {
$tables = explode(',', $table);
foreach ($tables as $tab) {
if ($tab == 'champs_comp') {
$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd
$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);
} elseif ($tab == 'champs_api') {
foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {
preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);
$val = $match[1];
$this->champs_api[$key] = $val;
}
} else {
$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);
}
}
}
public function formaterEnOss($resultat) {
$table_nom = array();
$oss = '';
foreach ($resultat as $tab) {
if (isset($tab['nom_sci']) ) {
if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {
$table_nom[] = $tab['nom_sci'];
$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
}else {
$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);
if($res) {
$oss[] = $res;
}
}
}
if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);
else $masque = 'Pas de masque';
$table_retour_oss = array($masque, $oss);
return $table_retour_oss;
}
public function afficherEnteteResultat($url_service) {
$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];
$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];
$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;
$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);
if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {
$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];
}
if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {
$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];
}
}
public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {
$this->resultat_req = $tab;
$this->afficherDonnees('num_nom', $num);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus
$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);
}
if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {
$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';
} else {
$retenu = 'absent';
}
$this->table_retour['retenu'] = $retenu;
unset($this->table_retour['id']);
}
//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+
// Fonction de formatage pour les services /#id/
public function formaterId($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$this->resultat_req = $resultat;
foreach ($resultat as $cle => $valeur) {
if ($valeur != '') {
$this->afficherDonnees($cle, $valeur);
}
}
if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {
$retour = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);
}
unset($this->table_retour['href']);
return $this->table_retour;
}
public function formaterIdChamp($resultat) {
$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');
$reponse_id = $this->formaterId($resultat);
$this->table_retour = array();
$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);
$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);
return $this->table_retour;
}
protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {
$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01',
'hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');
if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {
foreach ($champs as $champ) {
if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {
if (strrpos($champ, '.*') !== false) {
$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);
} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =
(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;
} else {
$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);
$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;
}
}
}
}
}
public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {
preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);
if ($match[1] == 'nom_sci') {
$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);
} else {
foreach ($reponse as $chp => $valeur) {
if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {
if ($valeur != '') {
$this->table_retour[$chp] = $valeur;
} else {
$this->table_retour[$chp] = null;
}
}
}
}
}
public function decomposerNomChamp($champ) {
$decomposition = false;
if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {
$radical_champ = $match[1];
$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";
$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);
}
return $decomposition;
}
public function verifierValiditeChamp($champ) {
$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);
$validite_ressource = true;
if ($decomposition) {
list($radical, $suffixe) = $decomposition;
$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');
// on verifie si le nom du champ existe bien
if (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {
if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {
$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);
}
}
return $validite_ressource;
}
public function estChampApi($radical_champ) {
$champ_api_ok = false;
if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {
$champ_api_ok = true;
}
return $champ_api_ok;
}
public function estChampComplementaire($radical_champ) {
$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;
return $champ_complementaire_ok;
}
public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {
$validite_ressource = true;
if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {
$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {
$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);
} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {
if ($suffixe != '*') {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>
Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
} else {
$validite_ressource = false;
$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);
}
return $validite_ressource;
}
public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {
if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {
if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))
|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {
$validite_ressource = false;
$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '
.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'
.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';
$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);
}
}
//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------
public function formaterStatsAnnee($resultat) {
foreach ($resultat as $cle_annee) {
$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';
$nb = $cle_annee['nombre'];
$retour_stats_annee[$annee] = $nb;
}
return $retour_stats_annee;
}
public function formaterStatsRang($resultat) {
foreach ($resultat as $rangs) {
if ($rangs['rang'] != 0) {
$rang = $rangs['rang'];
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);
}
$nombre = $rangs['nombre'];
$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;
}
}
return $retour_rang;
}
public function formaterStatsInitiales($resultat) {
$rang = null;
$table_rang = array();
foreach ($resultat as $tuple) {
if ($tuple['rang'] != 0) {
$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);
if ($tuple['lettre'] == 'x ') {
$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);
} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {
$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);
} else {
$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);
if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);
}
}
}
}
return $this->table_retour;
}
public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {
if (is_array($table_rang)) {
if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {
$rang = $tuple['rang'];
$table_rang[] = $rang;
if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {
$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);
}
}
}
}
public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {
if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {
$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);
} else {
$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);
}
}
//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------
public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {
$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);
if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {
if ($champApi == 'nom_sci') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
}
if ($champApi == 'nom_sci_html') {
$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}
$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;
} else {
$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);
}
}
public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {
if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {
$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];
} else {
$champBdd = $champApi;
}
return $champBdd;
}
public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {
if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {
preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);
} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {
preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);
$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);
} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {
$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;
$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');
}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {
$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;
}
}
public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {
if ($valeur) {
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;
} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource
$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;
}
return $presente;
}
public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {
$suffixes = explode(',', $suffixe);
//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()
$this->service_href = $this->service;
foreach ($suffixes as $suffixe) {
switch ($suffixe) {
case 'id' :
$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;
break;
case 'details' :
$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);
break;
case 'signification' :
$this->afficherSignification($champ, $valeur);
break;
case 'href' :
$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);
$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;
break;
case 'code' :
$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);
break;
case 'notes' :
$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];
break;
default : break;
}
}
}
public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {
$tab_id = explode(',', $valeur);
$tab_res = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
foreach ($tab_id as $id) {
$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);
$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;
$this->table_retour = array();
}
$this->table_retour = $tab_res;
}
private function obtenirCode($champ, $valeur) {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
return "bdnt.$code:$valeur";
}
private function transformerChampEnCode($champ) {
if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');
}
$code = $champ;
if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {
$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];
}
return $code;
}
public function creerUrl($champ, $valeur) {
if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$service = $this->service_href;
$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);
} else {
$code = $this->transformerChampEnCode($champ);
$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');
}
return $url;
}
public function afficherSignification($champ, $valeur) {
if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {
//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :
$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];
$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'].' '.
$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);
} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {
$nom = $this->recupererNomSci($valeur);
if ($nom != array()) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];
$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];
$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];
$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];
$this->service_href = $nom['service'];
}
} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {
$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);
}
}
/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/
public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {
$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp',
'type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');
foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {
if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {
$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];
}
}
}
public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {
$categorie = $champ;
if($this->termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur)) {
$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur);
} else {
$champ = ($champ == 'rang') ? 'rangTaxo' : rtrim($champ, '_Co,_Ga');
if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $champ, $match)) {
$champ = $match[1].ucfirst($match[2]);
}
$url = Config::get('url_ontologie').$champ.':'.$valeur.'/nom';
$res = $this->consulterHref($url); //dans commun.php
$nom_code = $valeur;
if (is_object($res)) {
$nom_code = $res->nom;
}
$this->mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $nom_code);
}
return $nom_code;
}
public function recupererNomSci($id) {
$nom = array();
if ($id != 0) {
if ($this->compo_nom == null) {
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;
} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure
//print_r($this->compo_nom);
$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom)
.' FROM '.$this->table
.' WHERE num_nom = '.$id;
}
if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {
$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);
}
$res = $this->getBdd()->recuperer($req);
if ($res) {
$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];
$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];
$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);
$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');
$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';
}
}
return $nom;
}
/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,
* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */
public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {
$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;
$nom = '';
if (isset($this->compo_nom)) {
if ($format == 'htm') {
$format = array(
'au' => '<span class="auteur">%s</span>',
'an' => '[<span class="annee">%s</span>]',
'an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]',
'bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]',
'ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');
} else {
$format = array(
'au' => '%s',
'an' => '[%s]',
'an_bib' => '[%s, %s]',
'bib' => '[%s]',
'ad' => '[%s]',
'gen' => '%s',
'sp' => '%s',
'ssp' => '%s',
'fam' => '%s',
'au_ss' => '%s',
'bib_ss' => '%s');
}
$compo_nom = array();
foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {
if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {
$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];
}
}
$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);
$nom = implode(' ', $nom_complet);
}
return rtrim($nom, ' ');
}
public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {
$nom_complet = array();
extract($compo_nom);
if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);
if (isset($an)) {
if (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);
} else {
$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);
}
} elseif (isset($bib)) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);
}
if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);
if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);
if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);
if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);
if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);
if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);
if (isset($bib_ss)) {
$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);
//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquées
if (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {
$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );
$this->bib_traitees[$bibl] = 1;
}
}
return $nom_complet;
}
public function tronquerBiblio($valeur){
$bib = '';
if(strpos($valeur,',') !== false) {
$bib = explode(',',$valeur);
}
if(strpos($bib[0],';') !== false) {
$bib[0] = strstr($bib[0],';');
$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);
}
return $bib[0];
}
public function correspondAUnCode($key) {
return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));
}
public function correspondAUnId($key) {
return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));
}
public function estUnPoint($key) {
if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {
$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);
}
return (strrpos($key, '.') !== false);
}
public function recupererMasquePrincipal() {
$masque = null;
$tab_masque = array(
'masque' => 'nom_sci',
'masque_sg' => 'nom_supra_generique',
'masque_gen' => 'genre',
'masque_sp' => 'epithete_sp',
'masque_ssp' => 'epithete_infra_sp',
'masque_au' => 'auteur',
'masque_an' => 'annee',
'masque_bib' => 'biblio_origine',
'masque_ad' => 'addendum',
'masque_rg' => 'rang');
$liste_masque = array();
if (isset($this->masque['num_nom'])) {
$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];
}
foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {
if (isset($this->masque[$filtre])) {
if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {
$masque = array($key, $filtre);
}
$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];
}
}
$this->masque = $liste_masque;
return $masque;
}
private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {
if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {
$this->ontologie[$categorie] = array();
}
if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();
}
$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;
}
private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {
return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);
}
private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {
return $this->ontologie[$categorie][$valeur];
}
}
?>