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<?php
/**
* PHP Version 5
*
* @category  PHP
* @package   jrest
* @author    David Delon <david@tela-botania.org>
* @author    Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @license   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @version   SVN: <svn_id>
* @link      /doc/jrest/
*/

/**
 *
 * Classe de recherche d'informations sur un taxon donné
 * lors de l'évolution d'eflore, devrait être remplacée par
 * un appel aux nouveaux web services
 */
class RechercheInfosTaxon extends Cel {

        public function RechercheInfosTaxon($config) {

                parent::__construct($config);
                // Connection à la base de données spécifique eflore
                $this->bdd = $this->connecterPDO($this->config, 'eflore');
        }

        public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {

                $liste_genre_espece = array();

                $requete_recherche = '';
                // Genre et Espece
                if ($espece != null && $genre != null) {
                        if (strlen($espece) > 0 ) {
                                $espece = preg_replace('/\*+/','%',$espece);
                                $requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
                                        "   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
                                        " , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
                                        " , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
                                        " , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
                                        " , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom, esn_ce_statut" .
                                        " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " .
                                        "   eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
                                        "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
                                        "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
                                        "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
                                        "   , eflore_selection_nom".
                                        " WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre LIKE ".Cel::db()->proteger($genre.'%').
                                        " AND en_ce_rang > 160 " .
                                        " AND en_epithete_espece like ".Cel::db()->proteger($espece.'%')." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
                                        " AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                        " AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
                                        " AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                        " AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                        " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
                                        " AND esn_id_nom= en_id_nom ".
                                        " ORDER BY esn_ce_statut, en_ce_rang, en_epithete_espece, en_nom_genre LIMIT 50";
                        }
                } else {
                        if ($genre != null) {
                                $genre = preg_replace('/\*+/', '%', $genre);
                                //TODO: comprendre pourquoi à l'origine il y avait : (strlen($genre) >= 1) /*&& ($genre != '%')
                                // voir avec david
                                if (strlen($genre) >= 1) {
                                        $requete_recherche = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_id_nom, 0 as esn_ce_statut FROM  eflore_nom WHERE en_id_version_projet_nom = '25'" .
                                                "AND en_ce_rang = 160 " .
                                                "AND en_nom_genre LIKE ".Cel::db()->proteger($genre.'%')." ORDER BY esn_ce_statut, en_nom_genre LIMIT 50";
                                }
                        }
                }

                if ($requete_recherche != '') {
                        $resultat_recherche = Cel::db()->requeter($requete_recherche);

                        if (is_array($resultat_recherche)) {
                                foreach ($resultat_recherche as $ligne) {
                                        $liste_genre_espece[] = array($this->formaterNom($ligne),
                                                $ligne['en_id_nom'],
                                                $ligne['esn_ce_statut']
                                        );
                                }
                        }
                }

                return $liste_genre_espece;
        }

        function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($numNom) {
                $resultat_infos_complementaires = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);

                // Nom retenu, Num Nomen nom retenu, Num Taxon, Famille
                $value=array('Nom_Retenu'=>"",'Num_Nom_Retenu'=>"0",'Num_Taxon'=>"0",'Famille'=>"");
                if (is_array($resultat_infos_complementaires)) {
                        foreach ($resultat_infos_complementaires as $row) {
                                $fam = $this->rechercherFamille($row['esn_id_taxon']);
                                while ($fam['en_ce_rang'] != 'fin' && $fam['en_ce_rang'] != 120) {
                                        $fam = $this->rechercherFamille($fam['etr_id_taxon_2']);
                                }
                                if ($fam['en_ce_rang'] == 120) {
                                        $famille = $fam['en_nom_supra_generique'];
                                } else {
                                        $famille = "Famille inconnue";
                                }
                                $value = array('Nom_Retenu'=>$this->formaterNom($row),'Num_Nom_Retenu'=>$row['esn_id_nom'],'Num_Taxon'=>$row['esn_id_taxon'],'Famille'=>$famille);
                        }
                }
                return $value;
        }

        public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
                $resultat = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);

                $infos = array();
                foreach ($resultat as $info) {
                        $infos = array($this->formaterNom($info));
                }
                return $infos;
        }

        public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom) {
                $requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
                                "   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
                                " , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
                                " , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
                                " , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
                                 " , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, b.esn_id_taxon, b.esn_id_nom" .
                                " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " .
                                "       eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex, ".
                                "       eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b, ".
                                "       eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex, ".
                                "       eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m, ".
                                "       eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b ".
                                " WHERE a.esn_id_nom= ".Cel::db()->proteger($numNom).
                                " AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
                                " AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ".
                                " AND b.esn_ce_statut=3 ".
                                " AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" .
                                " AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
                                " AND en_id_nom = b.esn_id_nom" .
                                " AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                " AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
                                " AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                " AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                " AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";


                $resultat_infos_complementaires = Cel::db()->requeter($requete_infos_complementaires);
                return $resultat_infos_complementaires;
        }

        public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {

                $requete_infos_complementaires = "SELECT DISTINCT en_nom_genre, en_epithete_espece, en_nom_supra_generique, en_epithete_infra_generique,".
                                        "   auteur_bex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio_ex ".
                                        " , auteur_b.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_basio ".
                                        " , auteur_mex.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif_ex ".
                                        " , auteur_m.enaia_intitule_abrege AS abreviation_auteur_modif ".
                                        " , en_epithete_espece, en_epithete_infra_specifique, enrg_abreviation_rang, en_id_nom" .
                                        " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, " .
                                        "eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_bex ".
                                        "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_b ".
                                        "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_mex ".
                                        "   , eflore_naturaliste_intitule_abreviation AS auteur_m ".
                                        " , eflore_selection_nom ".
                                        " WHERE esn_id_taxon = '".$numTax. "'".
                                        " AND esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
                                        " AND esn_ce_statut=3 ".
                                        " AND en_id_nom = esn_id_nom" .
                                        " AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
                                        " AND en_ce_auteur_basio_ex = auteur_bex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                        " AND en_ce_auteur_basio = auteur_b.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege  ".
                                        " AND en_ce_auteur_modif_ex = auteur_mex.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                        " AND en_ce_auteur_modif = auteur_m.enaia_id_intitule_naturaliste_abrege ".
                                        " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";

                $resultat_infos_complementaires = Cel::db()->requeter($requete_infos_complementaires);

                return $resultat_infos_complementaires;
        }

        public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {

                $value = array();

                if ($nom_saisi != null && $nom_saisi != "") {
                        $requete_infos_comp_sur_nom = 'SELECT * FROM eflore_nom_intitule '.
                                'WHERE eni_id_categorie_format = 3 AND '.
                                'eni_id_version_projet_nom = 25 AND '.
                                '(eni_id_valeur_format = 3 OR eni_id_valeur_format = 4) AND '.
                                'eni_intitule_nom LIKE "'.$nom_saisi.'%" '.
                                'ORDER BY LENGTH(eni_intitule_nom)';

                        $resultat_infos_comp_sur_nom = Cel::db()->requeter($requete_infos_comp_sur_nom);

                        if (is_array($resultat_infos_comp_sur_nom)) {
                                foreach ($resultat_infos_comp_sur_nom as $ligne) {
                                        $value[]=array($ligne['eni_id_nom'], $ligne['eni_intitule_nom']);
                                }
                        }
                }

                return $value;
        }

        public function rechercherFamille($taxon) {
                $row = array();

                $requete_famille = "SELECT DISTINCT en_ce_rang, etr_id_taxon_2, en_id_nom, en_nom_supra_generique ".
                " FROM eflore_taxon_relation, ".
                " eflore_selection_nom, ".
                " eflore_nom ".
                " WHERE etr_id_taxon_1 = ".$taxon.
                " AND etr_id_version_projet_taxon_1 = 25 ".
                " AND etr_id_categorie_taxon = 3 ".
                " AND etr_id_valeur_taxon = 3 ".
                " AND esn_id_taxon =  etr_id_taxon_2 ".
                " AND esn_ce_statut = 3 ".
                " AND esn_id_version_projet_taxon = etr_id_version_projet_taxon_1 ".
                " AND en_id_nom = esn_id_nom ".
                " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom  ";

                $resultat_recherche_famille = Cel::db()->requeter($requete_famille);

                if (!is_array($resultat_recherche_famille) || count($resultat_recherche_famille) == 0) {
                        $resultat_recherche_famille = array('en_ce_rang' => 'fin');
                } else {
                        $resultat_recherche_famille = $resultat_recherche_famille[0];
                }

                return $resultat_recherche_famille;
        }

        public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
                $requete_num_tax = "SELECT DISTINCT b.esn_id_taxon FROM eflore_nom, eflore_nom_rang," .
                        " eflore_selection_nom a, eflore_selection_nom b".
                        " WHERE a.esn_id_nom= ".Cel::db()->proteger($num_nom).
                        " AND a.esn_id_version_projet_taxon = 25 ".
                        " AND a.esn_id_taxon=b.esn_id_taxon ".
                        " AND b.esn_ce_statut=3 ".
                        " AND a.esn_id_version_projet_taxon=b.esn_id_version_projet_taxon" .
                        " AND en_ce_rang = enrg_id_rang" .
                        " AND en_id_nom = b.esn_id_nom" .
                        " AND a.esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom ";

                $res_num_nom = Cel::db()->requeter($requete_num_tax);

                $nt = null;
                if (is_array($res_num_nom) && count($res_num_nom) > 0) {
                        $nt=$res_num_nom[0]['esn_id_taxon'];
                }

                return $nt;
        }

        public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {

                $requete_presence_taxon = "SELECT ecd_ce_taxon FROM eflore_zg, eflore_chorologie_donnee ".
                        "WHERE ecd_ce_taxon = ".Cel::db()->proteger($num_taxon)." ".
                        "AND ezg_code = ".Cel::db()->proteger($code_departement)." ".
                        "AND ecd_ce_zone_geo = ezg_id_zone_geo ".
                        "AND ezg_id_projet_zg = ecd_ce_version_projet_zg ".
                        "AND ecd_ce_version_projet_taxon=25";

                $resultat_presence_taxon = Cel::db()->requeter($requete_presence_taxon);

                $presence_taxon = (is_array($resultat_presence_taxon) && count($resultat_presence_taxon) > 0);

                return $presence_taxon;
        }

        private function decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece) {
                $nameparser=new NameParser();
                $nom_latin_decoupe=$nameparser->parse($identifiant_espece);
                // requete sous espece (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
                if (isset($nom_latin_decoupe['infra']) && $nom_latin_decoupe['infra']!="") {
                        $requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
                                " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
                                " WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
                                " AND enrg_abreviation_rang = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['infra_type'])." " .
                                " AND en_epithete_infra_specifique = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['infra'])." " .
                                " AND esn_id_nom= en_id_nom ".
                                " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
                                " AND en_epithete_espece = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
                                " ORDER BY esn_ce_statut ".
                                " LIMIT 1";
                }
                else { // espece  (on privilegie les noms retenu cf tri par esn_ce_statut)
                        $requete="SELECT DISTINCT en_id_nom, esn_ce_statut" .
                                " FROM eflore_nom, eflore_nom_rang, eflore_selection_nom " .
                                " WHERE en_id_version_projet_nom = '25' AND en_nom_genre = ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['genus'])." " .
                                " AND enrg_abreviation_rang = 'sp.' " .
                                " AND esn_id_nom= en_id_nom ".
                                " AND esn_id_version_projet_taxon=en_id_version_projet_nom " .
                                " AND en_epithete_espece =  ".Cel::db()->proteger($nom_latin_decoupe['species'])." AND en_ce_rang = enrg_id_rang " .
                                " ORDER BY esn_ce_statut ".
                                " LIMIT 1";

                }

                $resultat = Cel::db()->requeter($requete);

                $retour = array();
                if (is_array($resultat) && count($resultat) > 0) {
                        $retour = $resultat[0];
                }

                return $retour;
        }

        private function formaterNom($rawnom) {
                // Constitution du nom:
                $nom = '';

                if (isset($rawnom['en_nom_supra_generique']) && $rawnom['en_nom_supra_generique'] != '') {
                        $nom .= $rawnom['en_nom_supra_generique'];
                } else if (isset($rawnom['en_epithete_infra_generique']) && $rawnom['en_epithete_infra_generique'] != '') {
                        $nom .= $rawnom['en_epithete_infra_generique'];
                } else {
                        if (isset($rawnom['en_nom_genre']) &&  $rawnom['en_nom_genre'] != '') {
                                $nom .=  $rawnom['en_nom_genre'];
                        }
                        if (isset($rawnom['en_epithete_espece']) &&  $rawnom['en_epithete_espece']!= '') {
                                $nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_espece'];
                        }
                        if (isset($rawnom['en_epithete_infra_specifique']) &&  $rawnom['en_epithete_infra_specifique'] != '') {
                                if (!empty($rawnom['enrg_abreviation_rang'])) {
                                        $nom .= ' '.$rawnom['enrg_abreviation_rang'].'';
                                }
                                $nom .= ' '.$rawnom['en_epithete_infra_specifique'];
                        }
                }

                return $nom.$this->retournerAuteur($rawnom) ;
        }

        private function retournerAuteur($rawnom) {
                $auteurs = '';
                $auteur_basio = '';
                $auteur_modif = '';
                if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex']!='-' )  {
                        $auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio_ex'];
                        if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
                                $auteur_basio .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_basio'];
                        }
                } else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_basio']) && $rawnom['abreviation_auteur_basio']!='-') {
                        $auteur_basio .= $rawnom['abreviation_auteur_basio'];
                }

                if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex']!='-') {
                        $auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif_ex'];
                        if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-') {
                                $auteur_modif .= ' ex '.$rawnom['abreviation_auteur_modif'];
                        }
                } else if (!empty($rawnom['abreviation_auteur_modif']) && $rawnom['abreviation_auteur_modif']!='-')  {
                        $auteur_modif .= $rawnom['abreviation_auteur_modif'];
                }

                if (!empty($auteur_modif)) {
                        $auteurs = ' ('.$auteur_basio.') '.$auteur_modif;
                } elseif (!empty($auteur_basio)) {
                        $auteurs = ' '.$auteur_basio;
                }

                return $auteurs ;
        }

        function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
                // texte libre, nom scientifique,
                // ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
                // ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
                $identifiant_espece = trim($identifiant_espece);
                $identifiant_espece = utf8_encode($identifiant_espece);

                $retour = array();

                preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
                if (isset($elements[1])) {
                        // Numero nomenclatural
                        $infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
                        $retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $elements[1]);
                } else {
                        // Numero taxonomique ou nom scientifique
                        preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);

                        if (isset($elements[1])) {
                                // Numero taxonomique
                                $infos_taxon = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
                                $infos_taxon = $infos_taxon[0];
                                $retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_taxon), "en_id_nom" => $infos_taxon['en_id_nom']);
                        } else {
                                // Nom scientifique
                                $id_nom = $this->decouperNomEtRechercheEspeceOuSousEspece($identifiant_espece);
                                // Recherche du nom associe
                                $retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
                                if(is_array($id_nom) && isset($id_nom['en_id_nom'])) {
                                        $infos_nom = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($id_nom['en_id_nom']);
                                        if (is_array($infos_nom) && !empty($infos_nom)) {
                                                $infos_nom = $infos_nom[0];
                                                $retour = array("nom_sel" => $this->formaterNom($infos_nom), "en_id_nom" => $id_nom['en_id_nom']);
                                        }
                                }
                        }
                }

                return $retour;
        }
}