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<?php// declare(encoding='UTF-8');/*** Classe recherchant des infos sur un taxon.** Elle appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client ne soit dépendant de la BDD d'eFlore.** @internal Mininum PHP version : 5.2* @category CEL* @package Services* @subpackage Bibliothèques* @version 0.1* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>* @author Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @copyright 1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>*/class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {const DEBUG = FALSE;private $url_service_nom = null;private $url_service_taxon = null;private $url_service_chorologie = null;private $masque_recherche = null;private $code_referentiel = 'bdtfx';// initialisé à TRUE par rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax()// si l'espèce passée a le motif <ref>:(nt|nn):<num>, eg: isfan:nt:1591public $is_notation_spe = FALSE;// un cache utilisé pour les requêtes effectuées sur /service:eflore:0.1/bdtfx/noms?masque=// qui sont lourdes, et parfois identiques (cf cas de l'import XLS)static $cache = array();public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {parent::__construct($config);$this->setReferentiel($code_referentiel);}public function setReferentiel($code_referentiel = 'bdtfx') {$sousref = array("apdfna" => array("apd", "fna"),"apdfta" => array("apd", "fta"),"apdfsa" => array("apd", "fsa"),"taxref", "vascan");if (array_key_exists($code_referentiel, $sousref)) {$this->code_referentiel = $sousref[$code_referentiel][0];$this->formaterUrlsServicesSousRef($this->config, $sousref[$code_referentiel][1]);} else {$this->code_referentiel = $code_referentiel;$this->formaterUrlsServices($this->config);}}private function formaterUrlsServices($config) {$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);$this->url_service_nom_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom'])."?";$this->url_service_taxon_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon'])."?";$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];$this->config = $config;}private function formaterUrlsServicesSousRef($config, $sousref) {$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);$this->url_service_nom_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom'])."?masque.ref=".$sousref."&";$this->url_service_taxon_m = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon'])."?masque.ref=".$sousref."&";$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];$this->config = $config;}public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {$liste_genre_espece = array();$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));$masque = urlencode($this->masque_recherche);if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom_m.'masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');$urlService = $this->url_service_nom_m.'masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au,an';$requete = @file_get_contents($urlService);if($requete != '') {$requete = json_decode($requete);if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {foreach ($requete->resultat as $id => $res) {$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu, $res->nom_sci);}}usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));}return $liste_genre_espece;}function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {return -1;} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {return 1;} else {// maintient l'ordre lexicographique - et normalement le genre en premier, en utilisant le nom_sci (sans auteur)return strcasecmp($a[3], $b[3]);// @WTF levenshtein c'était juste pour garder le genre en premier ?//return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);}}public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);$retour_infos_complementaires = array();if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) {$retour_infos_complementaires=array((self::supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));}return $retour_infos_complementaires;}public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {$nom_saisi = trim($nom_saisi);// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'stricte');if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteurif( ($nom_saisi_sans_auteur = self::supprimerAuteur($nom_saisi)) ) { // ne pas faire la requête sur un mot vide$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, 'stricte');}if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;// avant-dernière tentative : essai de recherche étendue$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'etendue');if($liste_genre_espece) return $liste_genre_espece;// dernière tentative: concaténation (nom_sci,auteur) (= nom-retenu généré utilisé comme nom_sci)$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, 'concat');return $liste_genre_espece;}private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $mode = 'stricte') {$url = sprintf('%1$s?masque=%2$s&recherche=%3$s&ns.format=txt&retour.champs=%4$s&navigation.limite=1',$this->url_service_nom,urlencode($nom_saisi),$mode,implode(',', array("id","nom_sci","auteur","nom_retenu.id","famille","num_taxonomique","nom_retenu_complet")));if(! array_key_exists($url, self::$cache)) {if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $url);$res = @json_decode(file_get_contents($url));self::$cache[$url] = $res;} else {$res = self::$cache[$url];}if(!$res) return NULL;$resultat = (array)$res->resultat;return array_pop($resultat);}static function supprimerAuteur($nom_saisi) {// TODO: gérer les hybridesif(self::estUnHybride($nom_saisi) || self::estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);$derniere_position_hybride = array_keys($nom_decoupe, 'x');$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, end($derniere_position_hybride) + 2));} else {/* Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%mais ça marche dans la plupart des casà part les formules d'hybridité saisies avec un auteur */$nameparser = new NameParser();$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);}return trim($nom_saisi_sans_auteur);}static function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;}static function estUnHybride($nom_saisi) {return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;}public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom, $ref = NULL) {if($ref && isset($this->config['eflore']['api_host'])) {if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " .$this->config['eflore']['api_host'] . '/');return @json_decode(file_get_contents($this->config['eflore']['api_host'] . '/' .$ref . '/' .'noms' . '/' .$num_nom .'?retour.champs=' . implode(',', array('nom_sci,auteur','id','nom_retenu_complet','nom_retenu.id','num_taxonomique','famille'))));}// XXX: compatif(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille');return @json_decode(file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille'));}static function supprimerBiblio($nom) {return trim(preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom));}public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {$nt = null;$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");$resultat = @file_get_contents($url);if($resultat != '') {$infos = json_decode($resultat);$nt = $infos->num_taxonomique;}return $nt;}public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {$presence_taxon = false;$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: $url");$resultat = @file_get_contents($url);if($resultat != '') {$resultat = json_decode($resultat);if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {$presence_taxon = true;}}return $presence_taxon;}/* texte libre, nom scientifique,ou code nomenclatural (format bdtfx:nn:999999)ou code taxonomique (format bdtfx:nt:999999)TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels */function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {preg_match('/(' . implode('|', Cel::$referentiels_valides) .'):(nn|nt):(\d+)/i', $identifiant_espece, $elements);if($elements) {$this->is_notation_spe = TRUE;list(, $ref, $type, $num) = $elements;if($ref != $this->code_referentiel) {// TODO: ignorer la colonne référentiel, et utiliser le référentiel donné// mais il faut alors avertir le service (d'import/modif) d'utiliser le référentiel// passé au nom d'espèce// Seul le effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom() le supporte, car c'est encore// un peu complexe à implémenter proprement pour cause d'attributs de classes.}// Numero nomenclaturalif ($type == 'nn') {$obj = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num, $ref);}// Numero taxonomiqueelse {//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champsif(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_taxon."/nt:".$num);$obj = @json_decode(file_get_contents($this->url_service_taxon."/nt:".$num));}if($obj) $obj->ref = $ref;return $obj;}// Nom scientifiquereturn $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);}public function rechercherSynonymesSurNumNom($num_nom) {$retour = array();if(self::DEBUG) error_log("CEL fetch: " . $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');$resultat = @file_get_contents($this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'/relations/synonymie/?retour.format=min');if($resultat != '') {$resultat = json_decode($resultat);if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {$retour = $resultat->resultat;}}return $retour;}}