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<?php
/**
* PHP Version 5
*
* @category PHP
* @package jrest
* @author David Delon <david@tela-botania.org>
* @author Aurélien Peronnet <aurelien@tela-botania.org>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @version SVN: <svn_id>
* @link /doc/jrest/
*/
/**
*
* La classe appelle les web service d'eflore pour éviter que le code client
* ne soit dépendant de la version d'eflore
*/
class RechercheInfosTaxonBeta extends Cel {
private $url_service_nom = null;
private $url_service_taxon = null;
private $url_service_chorologie = null;
private $masque_recherche = null;
private $code_referentiel = 'bdtfx';
public function RechercheInfosTaxonBeta($config, $code_referentiel = 'bdtfx') {
parent::__construct($config);
$this->code_referentiel = $code_referentiel;
$this->formaterUrlsServices($config);
}
private function formaterUrlsServices($config) {
$this->url_service_nom = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_nom']);
$this->url_service_taxon = str_replace('{referentiel}', $this->code_referentiel ,$config['eflore']['url_service_taxon']);
$this->url_service_chorologie_obs = $config['eflore']['url_service_chorologie_obs'];
}
public function rechercherGenreEspeceSurPrefixe($genre = null, $espece = null) {
$liste_genre_espece = array();
$this->masque_recherche = trim(trim($genre).' '.trim($espece,' *'));
$masque = urlencode($this->masque_recherche);
$requete = @file_get_contents($this->url_service_nom.'?masque='.$masque.'&recherche=etendue&retour.format=min&navigation.limite=50&ns.structure=au');
if($requete != '') {
$requete = json_decode($requete);
if(is_object($requete) && isset($requete->resultat)) {
foreach ($requete->resultat as $id => $res) {
$retenu = ($res->retenu == "true") ? '3' : '4';
$liste_genre_espece[] = array($res->nom_sci_complet, $id, $retenu);
}
}
usort($liste_genre_espece, array($this, 'comparerParRetenuPuisNom'));
}
return $liste_genre_espece;
}
function comparerParRetenuPuisNom($a, $b) {
if($a[2] == 3 && $b[2] != 3) {
return -1;
} elseif($a[2] != 3 && $b[2] == 3) {
return 1;
} else {
return levenshtein($this->masque_recherche, $a[0]) >= levenshtein($this->masque_recherche, $b[0]);
}
}
public function effectuerRequeteInfosComplementairesEtFormaterNom($numNom) {
$resultat_infos_complementaires = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($numNom);
$retour_infos_complementaires = array();
if (isset($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet']) && $resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'] != '') {
$retour_infos_complementaires=array(($this->supprimerBiblio($resultat_infos_complementaires['nom_retenu_complet'])));
}
return $retour_infos_complementaires;
}
public function rechercherInformationsComplementairesSurNom($nom_saisi) {
$nom_saisi = trim($nom_saisi);
// Essai de recherche sur le nom saisi tel quel
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, true);
if(empty($liste_genre_espece)) {
// Essai de recherche stricte en tentant de supprimer le nom d'auteur
$nom_saisi_sans_auteur = $this->supprimerAuteur($nom_saisi);
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi_sans_auteur, true);
if(empty($liste_genre_espece)) {
// Dernière tentative : essai de recherche étendue
$liste_genre_espece = $this->effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, false);
}
}
return $liste_genre_espece;
}
private function effectuerRequeteUrlRecherche($nom_saisi, $stricte = true) {
$url_recherche = $this->getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte);
$resultat = @file_get_contents($url_recherche);
$liste_genre_espece = array();
if($resultat != '') {
$liste_genre_espece = $this->parserResultatRechercheTaxon($resultat);
}
return $liste_genre_espece;
}
private function getUrlRechercheInfosComplementaires($nom_saisi, $stricte = true) {
$type_recherche = $stricte ? 'stricte' : 'etendue';
return $url_recherche_etendue = $this->url_service_nom.'?masque='.urlencode($nom_saisi).'&recherche='.$type_recherche.'&ns.format=txt&retour.champs=nom_sci,auteur,nom_retenu.id&navigation.limite=1';
}
private function supprimerAuteur($nom_saisi) {
// Attention le parseur de nom n'est pas fiable à 100%
// mais ça marche dans la plupart des cas
// à part les formules d'hybridité saisies avec un auteur
// TODO: gérer les hybrides
$nameparser = new NameParser();
if($this->estUnHybride($nom_saisi) || $this->estUneFormuleHybridite($nom_saisi)) {
$nom_decoupe = explode(' ', $nom_saisi);
$derniere_position_hybride = end(array_keys($nom_decoupe, 'x'));
$nom_saisi_sans_auteur = implode(' ',array_slice($nom_decoupe, 0, $derniere_position_hybride + 2));
} else {
$auteur = $nameparser->parse_auth($nom_saisi);
$nom_saisi_sans_auteur = str_replace($auteur, '', $nom_saisi);
}
$nom_saisi_sans_auteur = trim($nom_saisi_sans_auteur);
return $nom_saisi_sans_auteur;
}
private function estUneFormuleHybridite($nom_saisi) {
return strpos($nom_saisi,' x ') !== false;
}
private function estUnHybride($nom_saisi) {
return strpos($nom_saisi,'x ') === 0;
}
private function parserResultatRechercheTaxon($resultat) {
$liste_genre_espece = array();
$resultat = json_decode($resultat);
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat)) {
foreach ($resultat->resultat as $id => $res) {
$nom_complet = $res->{'nom_sci'}.' '.$res->auteur;
$liste_genre_espece[] = array($id,$nom_complet);
}
}
return $liste_genre_espece;
}
public function rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($num_nom) {
$infos_formatees = array();
$infos = $this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom);
if(is_object($infos)) {
$infos_formatees = $this->formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos);
}
return $infos_formatees;
}
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($num_nom) {
$infos = array();
$url = $this->url_service_nom.'/'.$num_nom.'?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille';
$resultat = @file_get_contents($url);
if($resultat != '') {
$infos = json_decode($resultat);
}
return $infos;
}
private function formaterInfosComplementairesSurNumNom($infos) {
$infos = (array)$infos;
return $infos_formatees = array(
'Nom_Retenu' => $this->supprimerBiblio($infos['nom_retenu_complet']),
'Num_Nom_Retenu' => $infos['nom_retenu.id'],
'Num_Taxon' => $infos['num_taxonomique'],
'Famille' => $infos['famille']
);
}
private function supprimerBiblio($nom) {
return preg_replace('/ \[.*\]/','',$nom);
}
public function rechercherNumTaxSurNumNom($num_nom) {
$nt = null;
$url = $this->url_service_nom."/".$num_nom.'?retour.champs=num_taxonomique';
$resultat = @file_get_contents($url);
if($resultat != '') {
$infos = json_decode($resultat);
$nt = $infos->num_taxonomique;
}
return $nt;
}
public function taxonEstPresentDansDepartement($num_taxon,$code_departement) {
$presence_taxon = false;
$url = $this->url_service_chorologie_obs.'?masque.departement='.$code_departement.'&masque.determination.nt='.$num_taxon.'&navigation.limite=1';
$resultat = @file_get_contents($url);
if($resultat != '') {
$resultat = json_decode($resultat);
if(is_object($resultat) && isset($resultat->resultat) && count($resultat->resultat) > 0) {
$presence_taxon = true;
}
}
return $presence_taxon;
}
public function effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($numTax) {
$infos = array();
//TODO: retourner moins de champs grâce au paramètre retour.champs
$url = $this->url_service_taxon."/nt:".$numTax;
$resultat = @file_get_contents($url);
if($resultat != '') {
$infos = json_decode($resultat);
}
return $infos;
}
function rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax($identifiant_espece) {
// texte libre, nom scientifique,
// ou code nomenclatural (format BDNFFnn999999)
// ou code taxonomique (format BDNFFnt999999)
$identifiant_espece=trim($identifiant_espece);
$identifiant_espece=utf8_encode($identifiant_espece);
$retour = array();
//TODO: voir ce qu'on fait pour l'import de différent référentiels
preg_match('/BDNFFnn([0-9][0-9]*)/',$identifiant_espece, $elements);
if (isset($elements[1])) {
// Numero nomenclatural
$infos_taxon = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($elements[1]);
$retour = array("nom_sel" => $infos_taxon['Nom_Retenu'], "en_id_nom" => $elements[1]);
} else {
// Numero taxonomique ou nom scientifique
preg_match('/BDNFFnt([0-9][0-9]*)/', $identifiant_espece, $elements);
if (isset($elements[1])) {
// Numero taxonomique
$infos_taxon = (array)$this->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumTax($elements[1]);
if(isset($infos_taxon['nom_retenu.libelle']) && isset($infos_taxon['id'])) {
$nom = $infos_taxon['nom_retenu.libelle'];
$nom .= (isset($infos_taxon['auteur'])) ? ' '.$infos_taxon['auteur'] : '';
$retour = array("nom_sel" => $nom,
"en_id_nom" => $infos_taxon['id']);
}
} else {
// Nom scientifique
$id_nom = $this->rechercherInformationsComplementairesSurNom($identifiant_espece);
// Recherche du nom associe
$retour = array("nom_sel" => $identifiant_espece);
if(is_array($id_nom) && count($id_nom) > 0 && isset($id_nom[0][0]) && isset($id_nom[0][1])) {
$nn = $id_nom[0][0];
$retour = array("nom_sel" => $id_nom[0][1], "en_id_nom" => $id_nom[0][0]);
}
}
}
return $retour;
}
}
?>