Rev 1760 | Rev 1770 | Go to most recent revision | Blame | Compare with Previous | Last modification | View Log | RSS feed
<?php
/**
* @category PHP
* @package jrest
* @author Raphaël Droz <raphael@tela-botania.org>
* @copyright 2013 Tela-Botanica
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
*/
/**
* Service d'import de données d'observation du CEL au format XLS
*
* Sont define()'d commme n° de colonne tous les abbrevs retournés par
* FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes() préfixés par C_ cf: detectionEntete()
*
* Exemple d'un test:
* $ GET "/jrest/ExportXLS/22506?format=csv&range=*&limite=13" \
* | curl -F "upload=@-" -F utilisateur=22506 "/jrest/ImportXLS"
* # 13 observations importées
* + cf MySQL general_log = 1
*
**/
set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . dirname(dirname(realpath(__FILE__))) . '/lib');
// TERM
error_reporting(-1);
ini_set('html_errors', 0);
ini_set('xdebug.cli_color', 2);
require_once('lib/PHPExcel/Classes/PHPExcel.php');
require_once('FormateurGroupeColonne.php');
date_default_timezone_set("Europe/Paris");
// nombre d'INSERT à cumuler par requête SQL
// (= nombre de lignes XLS à bufferiser)
//define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 30);
define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 5);
// Numbers of days between January 1, 1900 and 1970 (including 19 leap years)
// see traiterDateObs()
// define("MIN_DATES_DIFF", 25569);
class MyReadFilter implements PHPExcel_Reader_IReadFilter {
// exclusion de colonnes
public $exclues = array();
// lecture par morceaux
public $ligne_debut = 0;
public $ligne_fin = 0;
public function __construct() {}
public function def_interval($debut, $nb) {
$this->ligne_debut = $debut;
$this->ligne_fin = $debut + $nb;
}
public function readCell($colonne, $ligne, $worksheetName = '') {
if(@$this->exclues[$colonne]) return false;
// si des n° de morceaux ont été initialisés, on filtre...
if($this->ligne_debut && ($ligne < $this->ligne_debut || $ligne >= $this->ligne_fin)) return false;
return true;
}
}
// XXX: PHP 5.3
function __anonyme_1($v) { return !$v['importable']; }
function __anonyme_2(&$v) { $v = $v['nom']; }
function __anonyme_3($cell) { return !is_null($cell); };
function __anonyme_5($item) { return is_null($item) ? '?' : $item; }
function __anonyme_6() { return NULL; }
class ImportXLS extends Cel {
static function __anonyme_4(&$item, $key) { $item = self::quoteNonNull(trim($item)); }
static $ordre_BDD = Array(
"ce_utilisateur",
"prenom_utilisateur",
"nom_utilisateur",
"courriel_utilisateur",
"ordre",
"nom_sel",
"nom_sel_nn",
"nom_ret",
"nom_ret_nn",
"nt",
"famille",
"nom_referentiel",
"zone_geo",
"ce_zone_geo",
"date_observation",
"lieudit",
"station",
"milieu",
"mots_cles_texte",
"commentaire",
"transmission",
"date_creation",
"date_modification",
"date_transmission",
"latitude",
"longitude",
"altitude",
"abondance",
"certitude",
"phenologie",
"code_insee_calcule"
);
// cf: initialiser_pdo_ordered_statements()
// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., phenologie, code_insee_calcule) VALUES"
// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDD
static $insert_prefix_ordre;
// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"
// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiques
// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDD
static $insert_ligne_pattern_ordre;
// seconde (meilleure) possibilité
// cf: initialiser_pdo_statements()
// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., date_creation, ...phenologie, code_insee_calcule) VALUES"
static $insert_prefix;
// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, ?, ?, ?, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"
// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiques
static $insert_ligne_pattern;
/*
Ces colonnes:
- sont propres à l'ensemble des enregistrements uploadés
- sont indépendantes du numéro de lignes
- n'ont pas de valeur par défaut dans la structure de la table
- nécessitent une initialisation dans le cadre de l'upload
initialiser_colonnes_statiques() y merge les données d'identification utilisateur
*/
public $colonnes_statiques = Array(
"ce_utilisateur" => NULL,
"prenom_utilisateur" => NULL,
"nom_utilisateur" => NULL,
"courriel_utilisateur" => NULL,
// fixes (fonction SQL)
// XXX future: mais pourraient varier dans le futur si la mise-à-jour
// d'observation est implémentée
"date_creation" => "now()",
"date_modification" => "now()",
);
public $id_utilisateur = NULL;
// erreurs d'import
public $bilan = Array();
function ImportXLS($config) {
parent::__construct($config);
}
function createElement($pairs) {
if(!isset($pairs['utilisateur']) || trim($pairs['utilisateur']) == '') {
echo '0'; exit;
}
$id_utilisateur = intval($pairs['utilisateur']);
$this->id_utilisateur = $id_utilisateur; // pour traiterImage();
if(!isset($_SESSION)) session_start();
$this->controleUtilisateur($id_utilisateur);
$this->utilisateur = $this->getInfosComplementairesUtilisateur($id_utilisateur);
$this->initialiser_colonnes_statiques($id_utilisateur);
// initialisation du statement PDO/MySQL
// première version, pattern de requête pas génial
/* list(self;;$insert_prefix_ordre, self::$insert_ligne_pattern_ordre) =
$this->initialiser_pdo_ordered_statements($this->colonnes_statiques); */
list(self::$insert_prefix, self::$insert_ligne_pattern) =
$this->initialiser_pdo_statements($this->colonnes_statiques);
$infos_fichier = array_pop($_FILES);
/*$objPHPExcel = PHPExcel_IOFactory::load($infos_fichier['tmp_name']);
$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL,FALSE,FALSE,TRUE);*/
/*$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReader("Excel5");
$objReader->setReadDataOnly(true);
$objPHPExcel = $objReader->load($infos_fichier['tmp_name']);*/
//var_dump($donnees);
// renomme le fichier pour lui ajouter son extension initiale, ce qui
// permet (une sorte) d'autodétection du format.
$fichier = $infos_fichier['tmp_name'];
$extension = pathinfo($infos_fichier['name'], PATHINFO_EXTENSION);
if( (strlen($extension) == 3 || strlen($extension) == 4) &&
(@rename($fichier, $fichier . '.' . $extension))) { // XXX: @ safe-mode
$fichier = $fichier . '.' . $extension;
}
$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReaderForFile($fichier);
$objReader->setReadDataOnly(true);
// TODO: is_a obsolete entre 5.0 et 5.3, retirer le @ à terme
if(@is_a($objReader, 'PHPExcel_Reader_CSV')) {
$objReader->setDelimiter(',')
->setEnclosure('"')
->setLineEnding("\n")
->setSheetIndex(0);
}
// on ne conserve que l'en-tête
$filtre = new MyReadFilter();
$filtre->def_interval(1, 2);
$objReader->setReadFilter($filtre);
$objPHPExcel = $objReader->load($fichier);
$obj_infos = $objReader->listWorksheetInfo($fichier);
// XXX: indépendant du readFilter ?
$nb_lignes = $obj_infos[0]['totalRows'];
$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL, FALSE, FALSE, TRUE);
$filtre->exclues = self::detectionEntete($donnees[1]);
$obs_ajouts = 0;
$obs_maj = 0;
$nb_images_ajoutees = 0;
$nb_mots_cle_ajoutes = 0;
$dernier_ordre = Cel::db()->requeter("SELECT MAX(ordre) AS ordre FROM cel_obs WHERE ce_utilisateur = $id_utilisateur");
$dernier_ordre = intval($dernier_ordre[0]['ordre']) + 1;
if(! $dernier_ordre) $dernier_ordre = 0;
// on catch to les trigger_error(E_USER_NOTICE);
set_error_handler(array($this, 'erreurs_stock'), E_USER_NOTICE);
// lecture par morceaux (chunks), NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes à fois
// pour aboutir des requêtes SQL d'insert groupés.
for($ligne = 2; $ligne < $nb_lignes + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL; $ligne += NB_LIRE_LIGNE_SIMUL) {
$filtre->def_interval($ligne, NB_LIRE_LIGNE_SIMUL);
$objReader->setReadFilter($filtre);
/* recharge avec $filtre actif (filtre sur lignes colonnes):
- exclue les colonnes inutiles/inutilisables)
- ne selectionne que les lignes dans le range [$ligne - $ligne + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL] */
$objPHPExcel = $objReader->load($fichier);
$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL, FALSE, FALSE, TRUE);
// ici on appel la fonction qui fera effectivement l'insertion multiple
// à partir des (au plus) NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes
// TODO: passer $this, ne sert que pour appeler des méthodes publiques qui pourraient être statiques
// notamment dans RechercheInfosTaxonBeta.php
list($enregistrements, $images, $mots_cle) =
self::chargerLignes($this, $donnees, $this->colonnes_statiques, $dernier_ordre);
if(! $enregistrements) break;
self::trierColonnes($enregistrements);
// normalement: NB_LIRE_LIGNE_SIMUL, sauf si une enregistrement ne semble pas valide
// ou bien lors du dernier chunk
$nb_rec = count($enregistrements);
$sql_pattern = self::$insert_prefix .
str_repeat(self::$insert_ligne_pattern_ordre . ', ', $nb_rec - 1) .
self::$insert_ligne_pattern_ordre;
$sql_pattern = self::$insert_prefix .
str_repeat(self::$insert_ligne_pattern . ', ', $nb_rec - 1) .
self::$insert_ligne_pattern;
Cel::db()->beginTransaction();
$stmt = Cel::db()->prepare($sql_pattern);
$donnees = array();
foreach($enregistrements as $e) $donnees = array_merge($donnees, array_values($e));
/* debug ici: echo $sql_pattern . "\n"; var_dump($enregistrements, $donnees); die;*/
$stmt->execute($donnees);
// $stmt->debugDumpParams(); // https://bugs.php.net/bug.php?id=52384
$dernier_autoinc = Cel::db()->lastInsertId();
Cel::db()->commit();
if(! $dernier_autoinc) trigger_error("l'insertion semble avoir échoué", E_USER_NOTICE);
$obs_ajouts += count($enregistrements);
// $obs_ajouts += count($enregistrements['insert']);
// $obs_maj += count($enregistrements['update']);
$nb_images_ajoutees += self::stockerImages($enregistrements, $images, $dernier_autoinc);
$nb_mots_cle_ajoutes += self::stockerMotsCle($enregistrements, $mots_cle, $dernier_autoinc);
}
restore_error_handler();
if($this->bilan) echo implode("\n", $this->bilan) . "\n";
$summary = sprintf("%d observation(s) ajoutée(s)\n%d image(s) attachée(s)\n%d mot(s)-clé ajouté(s) [TODO]\ncolonnes non-traitées: %s\n",
$obs_ajouts,
$nb_images_ajoutees,
$nb_mots_cle_ajoutes,
implode(', ', $filtre->exclues));
die("$summary");
}
static function detectionEntete($entete) {
$colonnes_reconnues = Array();
$cols = FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes('standard,avance');
foreach($entete as $k => $v) {
$entete_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($v)));
foreach($cols as $col) {
$entete_officiel_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($col['nom'])));
$entete_officiel_abbrev = $col['abbrev'];
if($entete_simple == $entete_officiel_simple || $entete_simple == $entete_officiel_abbrev) {
// debug echo "define C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev) . ", $k ($v)\n";
define("C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev), $k);
$colonnes_reconnues[$k] = 1;
break;
}
}
}
// prépare le filtre de PHPExcel qui évitera le traitement de toutes les colonnes superflues
// eg: diff ( Array( H => Commune, I => rien ) , Array( H => 1, K => 1 )
// ==> Array( I => rien )
$colonnesID_non_reconnues = array_diff_key($entete, $colonnes_reconnues);
// des colonnes de FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes()
// ne retient que celles marquées "importables"
$colonnes_automatiques = array_filter($cols, '__anonyme_1');
// ne conserve que le nom long pour matcher avec la ligne XLS d'entête
array_walk($colonnes_automatiques, '__anonyme_2');
// intersect ( Array ( N => Milieu, S => Ordre ), Array ( ordre => Ordre, phenologie => Phénologie ) )
// ==> Array ( S => Ordre, AA => Phénologie )
$colonnesID_a_exclure = array_intersect($entete, $colonnes_automatiques);
// TODO: pourquoi ne pas comparer avec les abbrevs aussi ?
// merge ( Array( I => rien ) , Array ( S => Ordre, AA => Phénologie ) )
// ==> Array ( I => rien, AA => Phénologie )
return array_merge($colonnesID_non_reconnues, $colonnesID_a_exclure);
}
/*
* charge un groupe de lignes
*/
static function chargerLignes($cel, $lignes, $colonnes_statiques, &$dernier_ordre) {
$enregistrement = NULL;
$enregistrements = Array();
$toutes_images = Array();
$tous_mots_cle = Array();
foreach($lignes as $ligne) {
//$ligne = array_filter($ligne, function($cell) { return !is_null($cell); });
//if(!$ligne) continue;
// on a besoin des NULL pour éviter des notice d'index indéfini
if(! array_filter($ligne, '__anonyme_3')) continue;
if( ($enregistrement = self::chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel)) ) {
// $enregistrements[] = array_merge($colonnes_statiques, $enregistrement);
$enregistrements[] = $enregistrement;
$pos = count($enregistrements) - 1;
$last = &$enregistrements[$pos];
if(isset($enregistrement['_images'])) {
// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérées *après* les enregistrements
// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant
$toutes_images[] = Array("images" => $last['_images'],
"obs_pos" => $pos);
// ce champ n'a pas à faire partie de l'insertion dans cel_obs,
// mais est utile pour cel_obs_images
unset($last['_images']);
}
if(isset($enregistrement['_mots_cle'])) {
// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérés *après* les enregistrements
// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant
$tous_mots_cle[] = Array("mots_cle" => $last['_mots_cle'],
"obs_pos" => $pos);
// la version inlinée des mots est enregistrées dans cel_obs
// mais cel_mots_cles_obs fait foi.
// XXX: postponer l'ajout de ces informations dans cel_obs *après* l'insertion effective
// des records dans cel_mots_cles_obs ?
unset($last['_mots_cle']);
}
$dernier_ordre++;
}
}
// XXX future: return Array($enregistrements_a_inserer, $enregistrements_a_MAJ, $toutes_images);
return Array($enregistrements, $toutes_images, $tous_mots_cle);
}
static function trierColonnes(&$enregistrements) {
foreach($enregistrements as &$enregistrement) {
$enregistrement = self::sortArrayByArray($enregistrement, self::$ordre_BDD);
//array_walk($enregistrement, function(&$item, $k) { $item = is_null($item) ? "NULL" : $item; });
//$req .= implode(', ', $enregistrement) . "\n";
}
}
static function stockerMotsCle($enregistrements, $tous_mots_cle, $lastid) {
$c = 0;
// debug: var_dump($tous_mots_cle);die;
foreach($tous_mots_cle as $v) $c += count($v['mots_cle']['to_insert']);
return $c;
}
static function stockerImages($enregistrements, $toutes_images, $lastid) {
$images_insert = 'INSERT INTO cel_obs_images (id_image, id_observation) VALUES %s ON DUPLICATE KEY UPDATE id_image = id_image';
$images_obs_assoc = Array();
foreach($toutes_images as $images_pour_obs) {
$obs = $enregistrements[$images_pour_obs["obs_pos"]];
$id_obs = $lastid // dernier autoinc inséré
- count($enregistrements) + 1 // correspondrait au premier autoinc
+ $images_pour_obs["obs_pos"]; // ordre d'insertion = ordre dans le tableau $enregistrements (commence à 0)
foreach($images_pour_obs['images'] as $image) {
$images_obs_assoc[] = sprintf('(%d,%d)',
$image['id_image'], // intval() useless
$id_obs); // intval() useless
}
}
if($images_obs_assoc) {
$requete = sprintf($images_insert, implode(', ', $images_obs_assoc));
// debug echo "$requete\n";
Cel::db()->requeter($requete);
}
return count($images_obs_assoc);
}
/*
Aucune des valeurs présentes dans $enregistrement n'est quotée
cad aucune des valeurs retournée par traiter{Espece|Localisation}()
car ce tableau est passé à un PDO::preparedStatement() qui applique
proprement les règle d'échappement.
*/
static function chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel) {
// en premier car le résultat est utile pour
// * traiter espèce (traiterEspece())
// * traiter longitude et latitude (traiterLonLat())
$referentiel = self::identReferentiel(trim(strtolower($ligne[C_NOM_REFERENTIEL])), $ligne);
// $espece est rempli de plusieurs informations
$espece = Array(C_NOM_SEL => NULL, C_NOM_SEL_NN => NULL, C_NOM_RET => NULL,
C_NOM_RET_NN => NULL, C_NT => NULL, C_FAMILLE => NULL);
self::traiterEspece($ligne, $espece, $referentiel, $cel);
// $localisation est rempli à partir de plusieurs champs: C_ZONE_GEO et C_CE_ZONE_GEO
$localisation = Array(C_ZONE_GEO => NULL, C_CE_ZONE_GEO => NULL);
self::traiterLocalisation($ligne, $localisation);
// $transmission est utilisé pour date_transmission
// XXX: @ contre "Undefined index"
@$transmission = in_array(strtolower(trim($ligne[C_TRANSMISSION])), array(1, 'oui')) ? 1 : 0;
// Dans ce tableau, seules devraient apparaître les données variable pour chaque ligne.
// Dans ce tableau, l'ordre des clefs n'importe pas (cf: self::sortArrayByArray())
$enregistrement = Array(
"ordre" => $dernier_ordre,
"nom_sel" => $espece[C_NOM_SEL],
"nom_sel_nn" => $espece[C_NOM_SEL_NN],
"nom_ret" => $espece[C_NOM_RET],
"nom_ret_nn" => $espece[C_NOM_RET_NN],
"nt" => $espece[C_NT],
"famille" => $espece[C_FAMILLE],
"nom_referentiel" => $referentiel,
"zone_geo" => $localisation[C_ZONE_GEO],
"ce_zone_geo" => $localisation[C_CE_ZONE_GEO],
// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (date incompréhensible)
"date_observation" => self::traiterDateObs($ligne[C_DATE_OBSERVATION], $ligne),
"lieudit" => isset($ligne[C_LIEUDIT]) ? trim($ligne[C_LIEUDIT]) : NULL,
"station" => isset($ligne[C_STATION]) ? trim($ligne[C_STATION]) : NULL,
"milieu" => isset($ligne[C_MILIEU]) ? trim($ligne[C_MILIEU]) : NULL,
"mots_cles_texte" => NULL, // TODO: foreign-key
// XXX: @ contre "Undefined index"
"commentaire" => isset($ligne[C_COMMENTAIRE]) ? trim($ligne[C_COMMENTAIRE]) : NULL,
"transmission" => $transmission,
"date_transmission" => $transmission ? date("Y-m-d H:i:s") : NULL, // pas de fonction SQL dans un PDO statement, <=> now()
// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (lon/lat incompréhensible)
"latitude" => isset($ligne[C_LATITUDE]) ? self::traiterLonLat(NULL, $ligne[C_LATITUDE], $referentiel, $ligne) : NULL,
"longitude" => isset($ligne[C_LONGITUDE]) ? self::traiterLonLat($ligne[C_LONGITUDE], NULL, $referentiel, $ligne) : NULL,
"altitude" => isset($ligne[C_ALTITUDE]) ? intval($ligne[C_ALTITUDE]) : NULL, // TODO: guess alt from lon/lat
// @ car potentiellement optionnelles ou toutes vides => pas d'index dans PHPExcel (tableau optimisé)
"abondance" => @$ligne[C_ABONDANCE],
"certitude" => @$ligne[C_CERTITUDE],
"phenologie" => @$ligne[C_PHENOLOGIE],
"code_insee_calcule" => substr($localisation[C_CE_ZONE_GEO], -5) // varchar(5)
);
// passage de $enregistrement par référence, ainsi ['_images'] n'est défini
// que si des résultats sont trouvés
// "@" car PHPExcel supprime les colonnes null sur toute la feuille (ou tout le chunk)
if(@$ligne[C_IMAGES]) self::traiterImage($ligne[C_IMAGES], $cel->id_utilisateur, $enregistrement);
if(@$ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE]) self::traiterMotsCle($ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE], $cel->id_utilisateur, $enregistrement);
return $enregistrement;
}
static function traiterImage($str, $id_utilisateur, &$enregistrement) {
$liste_images = array_filter(explode("/", $str));
//array_walk($liste_images, '__anonyme_4');
array_walk($liste_images, array(__CLASS__, '__anonyme_4'));
$requete = sprintf(
"SELECT id_image, nom_original FROM cel_images WHERE ce_utilisateur = %d AND nom_original IN (%s)",
$id_utilisateur,
implode(',', $liste_images));
$resultat = Cel::db()->requeter($requete);
if($resultat) $enregistrement['_images'] = $resultat;
}
static function traiterMotsCle($str, $id_utilisateur, &$enregistrement) {
$liste_mots_cle = $liste_mots_cle_recherche = array_map("trim", array_unique(array_filter(explode(",", $str))));
array_walk($liste_mots_cle_recherche, array(__CLASS__, '__anonyme_4'));
// TODO!!!! remplace > (pour les tests uniquement) par un = et supprimer le group by mot_cle
$requete = sprintf("SELECT id_mot_cle_obs, mot_cle FROM cel_mots_cles_obs WHERE id_utilisateur > %d ".
"AND mot_cle IN (%s) ".
"GROUP BY mot_cle",
$id_utilisateur,
implode(',', $liste_mots_cle_recherche));
$resultat_sql = Cel::db()->requeter($requete);
if(!$resultat_sql) return;
$resultat = array();
foreach($resultat_sql as $v) $resultat[$v['id_mot_cle_obs']] = $v['mot_cle'];
$enregistrement['mots_cles_texte'] = implode(',', $liste_mots_cle);
$enregistrement['_mots_cle'] = array("existing" => $resultat,
"to_insert" => array_diff($liste_mots_cle, $resultat));
}
/* FONCTIONS de TRANSFORMATION de VALEUR DE CELLULE */
// TODO: PHP 5.3, utiliser date_parse_from_format()
// TODO: parser les heures (cf product-owner)
// TODO: passer par le timestamp pour s'assurer de la validité
static function traiterDateObs($date, $ligne) {
// TODO: see https://github.com/PHPOffice/PHPExcel/issues/208
if(is_double($date)) {
if($date > 0)
return PHPExcel_Style_NumberFormat::toFormattedString($date, PHPExcel_Style_NumberFormat::FORMAT_DATE_YYYYMMDD2) . " 00:00:00";
trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": " .
"Attention: date antérieure à 1970 et format de cellule \"DATE\" utilisés ensemble",
E_USER_NOTICE);
// throw new Exception("erreur: date antérieure à 1970 et format de cellule \"DATE\" utilisés ensemble");
// attention, UNIX timestamp, car Excel les décompte depuis 1900
// cf http://fczaja.blogspot.fr/2011/06/convert-excel-date-into-timestamp.html
// $timestamp = ($date - MIN_DATES_DIFF) * 60 * 60 * 24 - time(); // NON
// $timestamp = PHPExcel_Calculation::getInstance()->calculateFormula("=" . $date . "-DATE(1970,1,1)*60*60*24"); // NON
// echo strftime("%Y/%m/%d 00:00:00", $timestamp); // NON
}
else {
// attend l'un des formats de
// http://www.php.net/manual/fr/datetime.formats.date.php
// le plus simple: YYYY/MM/DD (utilisé à l'export), mais DD-MM-YYYY est aussi supporté
$matches = NULL;
// et on essaie d'être sympa et supporter aussi DD/MM/YYYY
if(preg_match(';^([0-3]?\d)/([01]\d)/([12]\d\d\d)$;', $date, $matches)) {
$date = $matches[3] . '/' . $matches[2] . '/' . $matches[1];
}
$timestamp = strtotime($date);
if(! $timestamp) {
if($date) trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": Attention: date erronée ($date)", E_USER_NOTICE);
return NULL;
}
return strftime("%Y-%m-%d 00:00:00", $timestamp);
}
}
static function identReferentiel($referentiel, $ligne) {
// SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;
if(strpos($referentiel, 'bdtfx') !== FALSE) return 'bdtfx:v1.01';
if(strpos($referentiel, 'bdtxa') !== FALSE) return 'bdtxa:v1.00';
if(strpos($referentiel, 'bdnff') !== FALSE) return 'bdnff:4.02';
if(strpos($referentiel, 'isfan') !== FALSE) return 'isfan:v1.00';
if(strpos($referentiel, 'autre') !== FALSE) return 'autre';
if($referentiel) {
trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": Attention: référentiel inconnu", E_USER_NOTICE);
return 'autre';
}
return NULL;
/* TODO: cf story,
En cas de NULL faire une seconde passe de détection à partir du nom saisi
+ accepter les n° de version */
}
static function traiterLonLat($lon = NULL, $lat = NULL, $referentiel = 'bdtfx:v1.01', $ligne) {
// en CSV ces valeurs sont des string, avec séparateur en français (","; cf défauts dans ExportXLS)
if($lon && is_string($lon)) $lon = str_replace(',', '.', $lon);
if($lat && is_string($lat)) $lat = str_replace(',', '.', $lat);
// sprintf applique une précision à 5 décimale (comme le ferait MySQL)
// tout en uniformisant le format de séparateur des décimales (le ".")
if($lon && is_numeric($lon) && $lon >= -180 && $lon <= 180) return sprintf('%.5F', $lon);
if($lat && is_numeric($lat) && $lat >= -90 && $lat <= 90) return sprintf('%.5F', $lat);
if($lon || $lat) {
trigger_error("ligne \"{$ligne[C_NOM_SEL]}\": " .
"Attention: longitude ou latitude erronée",
E_USER_NOTICE);
}
return NULL;
/* limite france métropole si bdtfx ? ou bdtxa ? ...
NON!
Un taxon d'un référentiel donné peut être théoriquement observé n'importe où sur le globe.
Il n'y a pas lieu d'effectuer des restriction ici.
Cependant des erreurs fréquentes (0,0 ou lon/lat inversées) peuvent être détectés ici.
TODO */
$bbox = self::getReferentielBBox($referentiel);
if(!$bbox) return NULL;
if($lon) {
if($lon < $bbox['EST'] && $lon > $bbox['OUEST']) return is_numeric($lon) ? $lon : NULL;
else return NULL;
}
if($lat) {
if($lat < $bbox['NORD'] && $lat > $bbox['SUD']) return is_numeric($lat) ? $lat : NULL;
return NULL;
}
}
/*
TODO: s'affranchir du webservice pour la détermination du nom scientifique en s'appuyant sur cel_references,
pour des questions de performances
*/
static function traiterEspece($ligne, Array &$espece, $referentiel, $cel) {
if(!$ligne[C_NOM_SEL]) return;
// nom_sel reste toujours celui de l'utilisateur
$espece[C_NOM_SEL] = trim($ligne[C_NOM_SEL]);
$taxon_info_webservice = new RechercheInfosTaxonBeta($cel->config, $referentiel);
$ascii = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $ligne[C_NOM_SEL]);
// TODO: si empty(C_NOM_SEL) et !empty(C_NOM_SEL_NN) : recherche info à partir de C_NOM_SEL_NN
// echo "rechercherInformationsComplementairesSurNom()\n";
/*
SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'Heliotropium europaeum') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1
#
SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium euro') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1
SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1
SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium% euro%') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1
#
SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 31468
*/
// $resultat_recherche_espece = $taxon_info_webservice->rechercherInformationsComplementairesSurNom($ligne[C_NOM_SEL]);
// permet une reconnaissance de BDNFFnnXXXX
$resultat_recherche_espece = $taxon_info_webservice->rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax(trim($ligne[C_NOM_SEL]));
// note: rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax peut ne retourner qu'une seule clef "nom_sel"
if (! $resultat_recherche_espece || !isset($resultat_recherche_espece['en_id_nom'])) {
// on supprime les noms retenus et renvoi tel quel
// on réutilise les define pour les noms d'indexes, tant qu'à faire
// XXX; tout à NULL sauf C_NOM_SEL ci-dessus ?
$espece[C_NOM_SEL_NN] = $ligne[C_NOM_SEL_NN];
$espece[C_NOM_RET] = $ligne[C_NOM_RET];
$espece[C_NOM_RET_NN] = $ligne[C_NOM_RET_NN];
$espece[C_NT] = $ligne[C_NT];
$espece[C_FAMILLE] = $ligne[C_FAMILLE];
return;
}
// succès de la détection = écrasement du numéro nomenclatural saisi...
$espece[C_NOM_SEL_NN] = $resultat_recherche_espece['en_id_nom'];
// et des info complémentaires
// echo "rechercherInformationsComplementairesSurNumNom()\n";
$complement = $taxon_info_webservice->rechercherInformationsComplementairesSurNumNom($resultat_recherche_espece['en_id_nom']);
/*
// GET /service:eflore:0.1/bdtfx/noms/31468?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille
/home/raphael/eflore/projets/services/modules/0.1/bdtfx/Noms.php:280
SELECT *, nom_sci FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = '31468'
SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 31468
SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 86535
*/
$espece[C_NOM_RET] = $complement['Nom_Retenu'];
$espece[C_NOM_RET_NN] = $complement['Num_Nom_Retenu'];
$espece[C_NT] = $complement['Num_Taxon'];
$espece[C_FAMILLE] = $complement['Famille'];
//var_dump("a", $espece);die;
}
static function detectFromNom($nom) {
$r = Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s') ".
"ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",
Cel::db()->proteger($nom)));
if($r) return $r;
Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s' OR nom LIKE '%s') ".
"ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",
Cel::db()->proteger($nom),
Cel::db()->proteger(str_replace(' ', '% ', $nom))));
return $r;
}
static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation) {
$identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
if(!$identifiant_commune) {
$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
}
if(!is_numeric($departement)) {
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
}
if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;
if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;
// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO
$departement = trim($departement); // TODO
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
return;
}
$select = "SELECT DISTINCT nom, code FROM cel_zones_geo";
if (preg_match('/(.+) \((\d+)\)/', $identifiant_commune, $elements)) {
// commune + departement : montpellier (34)
$nom_commune=$elements[1];
$code_commune=$elements[2];
$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",
$select, self::quoteNonNull($nom_commune), self::quoteNonNull($code_commune.'%'));
}
elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {
// Code insee seul
$code_insee_commune=$elements[1];
$requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, self::quoteNonNull($code_insee_commune));
}
else {
// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)
// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune
$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));
$requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, self::quoteNonNull($nom_commune.'%'));
}
$resultat_commune = Cel::db()->requeter($requete);
// TODO: levenstein sort ?
// cas de la commune introuvable dans le référentiel
// réinitialisation aux valeurs du fichier XLS
if(! $resultat_commune) {
$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
} else {
$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];
}
$departement = &$localisation[C_CE_ZONE_GEO];
if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
}
if(!is_numeric($departement)) {
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
}
if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;
if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;
// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO
$departement = trim($departement); // TODO
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
}
/*
static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation) {
$identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
if(!$identifiant_commune) {
$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
goto testdepartement;
}
$select = "SELECT DISTINCT nom, code FROM cel_zones_geo";
if (preg_match('/(.*) \((\d+)\)/', $identifiant_commune, $elements)) {
// commune + departement : montpellier (34)
$nom_commune=$elements[1];
$code_commune=$elements[2];
$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",
$select, self::quoteNonNull($nom_commune), self::quoteNonNull($code_commune.'%'));
}
elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {
// Code insee seul
$code_insee_commune=$elements[1];
$requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, self::quoteNonNull($code_insee_commune));
}
else {
// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)
// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune
$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));
$requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, self::quoteNonNull($nom_commune.'%'));
}
$resultat_commune = Cel::db()->requeter($requete);
// TODO: levenstein sort ?
// cas de la commune introuvable dans le référentiel
// réinitialisation aux valeurs du fichier XLS
if(! $resultat_commune) {
$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);
} else {
$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];
}
$departement = &$localisation[C_CE_ZONE_GEO];
testdepartement:
if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) goto protectloc;
if(!is_numeric($departement)) goto protectloc; // TODO ?
if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;
if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;
// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO
$departement = trim($departement); // TODO
protectloc:
$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];
$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];
}
*/
/* HELPERS */
// http://stackoverflow.com/questions/348410/sort-an-array-based-on-another-array
// XXX; utilisé aussi (temporairement ?) par FormateurGroupeColonne.
static function sortArrayByArray($array, $orderArray) {
$ordered = array();
foreach($orderArray as $key) {
if(array_key_exists($key, $array)) {
$ordered[$key] = $array[$key];
unset($array[$key]);
}
}
return $ordered + $array;
}
// retourne une BBox [N,S,E,O) pour un référentiel donné
static function getReferentielBBox($referentiel) {
if($referentiel == 'bdtfx:v1.01') return Array(
'NORD' => 51.2, // Dunkerque
'SUD' => 41.3, // Bonifacio
'EST' => 9.7, // Corse
'OUEST' => -5.2); // Ouessan
return FALSE;
}
// ces valeurs ne sont pas inséré via les placeholders du PDO::preparedStatement
// et doivent donc être échappées correctement.
public function initialiser_colonnes_statiques() {
$this->colonnes_statiques = array_merge($this->colonnes_statiques,
Array(
"ce_utilisateur" => $this->id_utilisateur,
"prenom_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->utilisateur['prenom']),
"nom_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->utilisateur['nom']),
"courriel_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->utilisateur['courriel']),
));
}
static function initialiser_pdo_ordered_statements($colonnes_statiques) {
return Array(
// insert_ligne_pattern_ordre
sprintf('INSERT INTO cel_obs (%s, %s) VALUES',
implode(', ', array_keys($colonnes_statiques)),
implode(', ', array_diff(self::$ordre_BDD, array_keys($colonnes_statiques)))),
// insert_ligne_pattern_ordre
sprintf('(%s, %s ?)',
implode(', ', $colonnes_statiques),
str_repeat('?, ', count(self::$ordre_BDD) - count($colonnes_statiques) - 1))
);
}
static function initialiser_pdo_statements($colonnes_statiques) {
return Array(
// insert_prefix
sprintf('INSERT INTO cel_obs (%s) VALUES ',
implode(', ', self::$ordre_BDD)),
// insert_ligne_pattern, cf: self::$insert_ligne_pattern
'(' .
// 3) créé une chaîne de liste de champ à inséré en DB
implode(', ', array_values(
// 2) garde les valeurs fixes (de $colonnes_statiques),
// mais remplace les NULL par des "?"
array_map('__anonyme_5',
// 1) créé un tableau genre (nom_sel_nn => NULL) depuis self::$ordre_BDD
// et écrase certaines valeurs avec $colonnes_statiques (initilisé avec les données utilisateur)
array_merge(array_map('__anonyme_6', array_flip(self::$ordre_BDD)), $colonnes_statiques
)))) .
')'
);
}
// équivalent à Bdd2->proteger() (qui wrap PDO::quote),
// sans transformer NULL en ""
static function quoteNonNull($chaine) {
if(is_null($chaine)) return "NULL";
if(!is_string($chaine)) die("erreur __FILE__, __LINE__");
return Cel::db()->quote($chaine);
}
public function erreurs_stock($errno, $errstr) {
$this->bilan[] = $errstr;
}
}