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<?php/*** @category PHP* @package jrest* @author Raphaël Droz <raphael@tela-botania.org>* @copyright 2013 Tela-Botanica* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>*//*** Service d'import de données d'observation du CEL au format XLS** Sont define()'d commme n° de colonne tous les abbrevs retournés par* FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes() préfixés par C_ cf: detectionEntete()** Exemple d'un test:* $ GET "/jrest/ExportXLS/22506?format=csv&range=*&limite=13" \* | curl -F "upload=@-" -F utilisateur=22506 "/jrest/ImportXLS"* # 13 observations importées* + cf MySQL general_log = 1***/set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . dirname(dirname(realpath(__FILE__))) . '/lib');// TERMerror_reporting(-1);ini_set('html_errors', 0);ini_set('xdebug.cli_color', 2);require_once('lib/PHPExcel/Classes/PHPExcel.php');require_once('FormateurGroupeColonne.php');date_default_timezone_set("Europe/Paris");// nombre d'INSERT à cumuler par requête SQL// (= nombre de lignes XLS à bufferiser)//define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 30);define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 5);// Numbers of days between January 1, 1900 and 1970 (including 19 leap years)// see traiterDateObs()// define("MIN_DATES_DIFF", 25569);class MyReadFilter implements PHPExcel_Reader_IReadFilter {// exclusion de colonnespublic $exclues = array();// lecture par morceauxpublic $ligne_debut = 0;public $ligne_fin = 0;public function __construct() {}public function def_interval($debut, $nb) {$this->ligne_debut = $debut;$this->ligne_fin = $debut + $nb;}public function readCell($colonne, $ligne, $worksheetName = '') {if(@$this->exclues[$colonne]) return false;// si des n° de morceaux ont été initialisés, on filtre...if($this->ligne_debut && ($ligne < $this->ligne_debut || $ligne >= $this->ligne_fin)) return false;return true;}}// XXX: PHP 5.3function __anonyme_1($v) { return !$v['importable']; }function __anonyme_2(&$v) { $v = $v['nom']; }function __anonyme_3($cell) { return !is_null($cell); };function __anonyme_5($item) { return is_null($item) ? '?' : $item; }function __anonyme_6() { return NULL; }class ImportXLS extends Cel {static function __anonyme_4(&$item, $key) { $item = self::quoteNonNull(trim($item)); }static $ordre_BDD = Array("ce_utilisateur","prenom_utilisateur","nom_utilisateur","courriel_utilisateur","ordre","nom_sel","nom_sel_nn","nom_ret","nom_ret_nn","nt","famille","nom_referentiel","zone_geo","ce_zone_geo","date_observation","lieudit","station","milieu","mots_cles_texte","commentaire","transmission","date_creation","date_modification","date_transmission","latitude","longitude","altitude","abondance","certitude","phenologie","code_insee_calcule");// cf: initialiser_pdo_ordered_statements()// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., phenologie, code_insee_calcule) VALUES"// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDDstatic $insert_prefix_ordre;// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiques// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDDstatic $insert_ligne_pattern_ordre;// seconde (meilleure) possibilité// cf: initialiser_pdo_statements()// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., date_creation, ...phenologie, code_insee_calcule) VALUES"static $insert_prefix;// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, ?, ?, ?, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiquesstatic $insert_ligne_pattern;/*Ces colonnes:- sont propres à l'ensemble des enregistrements uploadés- sont indépendantes du numéro de lignes- n'ont pas de valeur par défaut dans la structure de la table- nécessitent une initialisation dans le cadre de l'uploadinitialiser_colonnes_statiques() y merge les données d'identification utilisateur*/public $colonnes_statiques = Array("ce_utilisateur" => NULL,"prenom_utilisateur" => NULL,"nom_utilisateur" => NULL,"courriel_utilisateur" => NULL,// fixes (fonction SQL)// XXX future: mais pourraient varier dans le futur si la mise-à-jour// d'observation est implémentée"date_creation" => "now()","date_modification" => "now()",);public $id_utilisateur = NULL;// erreurs d'importpublic $bilan = Array();function ImportXLS($config) {parent::__construct($config);}function createElement($pairs) {if(!isset($pairs['utilisateur']) || trim($pairs['utilisateur']) == '') {exit('0');}$id_utilisateur = intval($pairs['utilisateur']);$this->id_utilisateur = $id_utilisateur; // pour traiterImage();if(!isset($_SESSION)) session_start();$this->controleUtilisateur($id_utilisateur);$this->utilisateur = $this->getInfosComplementairesUtilisateur($id_utilisateur);$this->initialiser_colonnes_statiques($id_utilisateur);// initialisation du statement PDO/MySQL// première version, pattern de requête pas génial/* list(self;;$insert_prefix_ordre, self::$insert_ligne_pattern_ordre) =$this->initialiser_pdo_ordered_statements($this->colonnes_statiques); */list(self::$insert_prefix, self::$insert_ligne_pattern) =$this->initialiser_pdo_statements($this->colonnes_statiques);$infos_fichier = array_pop($_FILES);/*$objPHPExcel = PHPExcel_IOFactory::load($infos_fichier['tmp_name']);$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL,FALSE,FALSE,TRUE);*//*$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReader("Excel5");$objReader->setReadDataOnly(true);$objPHPExcel = $objReader->load($infos_fichier['tmp_name']);*///var_dump($donnees);// renomme le fichier pour lui ajouter son extension initiale, ce qui// permet (une sorte) d'autodétection du format.$fichier = $infos_fichier['tmp_name'];$extension = pathinfo($infos_fichier['name'], PATHINFO_EXTENSION);if( (strlen($extension) == 3 || strlen($extension) == 4) &&(@rename($fichier, $fichier . '.' . $extension))) { // XXX: @ safe-mode$fichier = $fichier . '.' . $extension;}$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReaderForFile($fichier);// TODO: check if compatible with toArray(<1>,<2>,TRUE,<4>)$objReader->setReadDataOnly(true);// TODO: is_a obsolete entre 5.0 et 5.3, retirer le @ à termeif(@is_a($objReader, 'PHPExcel_Reader_CSV')) {$objReader->setDelimiter(',')->setEnclosure('"')->setLineEnding("\n")->setSheetIndex(0);}// on ne conserve que l'en-tête$filtre = new MyReadFilter();$filtre->def_interval(1, 2);$objReader->setReadFilter($filtre);$objPHPExcel = $objReader->load($fichier);$obj_infos = $objReader->listWorksheetInfo($fichier);// XXX: indépendant du readFilter ?$nb_lignes = $obj_infos[0]['totalRows'];$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL, FALSE, TRUE, TRUE);$filtre->exclues = self::detectionEntete($donnees[1]);$obs_ajouts = 0;$obs_maj = 0;$nb_images_ajoutees = 0;$nb_mots_cle_ajoutes = 0;$dernier_ordre = Cel::db()->requeter("SELECT MAX(ordre) AS ordre FROM cel_obs WHERE ce_utilisateur = $id_utilisateur");$dernier_ordre = intval($dernier_ordre[0]['ordre']) + 1;if(! $dernier_ordre) $dernier_ordre = 0;// on catch to les trigger_error(E_USER_NOTICE);set_error_handler(array($this, 'erreurs_stock'), E_USER_NOTICE);// lecture par morceaux (chunks), NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes à fois// pour aboutir des requêtes SQL d'insert groupés.for($ligne = 2; $ligne < $nb_lignes + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL; $ligne += NB_LIRE_LIGNE_SIMUL) {$filtre->def_interval($ligne, NB_LIRE_LIGNE_SIMUL);$objReader->setReadFilter($filtre);/* recharge avec $filtre actif (filtre sur lignes colonnes):- exclue les colonnes inutiles/inutilisables)- ne selectionne que les lignes dans le range [$ligne - $ligne + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL] */$objPHPExcel = $objReader->load($fichier)->getActiveSheet();// set col typingif(C_CE_ZONE_GEO != 'C_CE_ZONE_GEO')$objPHPExcel->getStyle(C_CE_ZONE_GEO . '2:' . C_CE_ZONE_GEO . $objPHPExcel->getHighestRow())->getNumberFormat()->setFormatCode('00000');// TODO: set to string typeif(C_ZONE_GEO != 'C_ZONE_GEO')$objPHPExcel->getStyle(C_ZONE_GEO . '2:' . C_ZONE_GEO . $objPHPExcel->getHighestRow())->getNumberFormat()->setFormatCode('00000');$donnees = $objPHPExcel->toArray(NULL, FALSE, TRUE, TRUE);// ici on appel la fonction qui fera effectivement l'insertion multiple// à partir des (au plus) NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes// TODO: passer $this, ne sert que pour appeler des méthodes publiques qui pourraient être statiques// notamment dans RechercheInfosTaxonBeta.phplist($enregistrements, $images, $mots_cle) =self::chargerLignes($this, $donnees, $this->colonnes_statiques, $dernier_ordre);if(! $enregistrements) break;self::trierColonnes($enregistrements);// normalement: NB_LIRE_LIGNE_SIMUL, sauf si une enregistrement ne semble pas valide// ou bien lors du dernier chunk$nb_rec = count($enregistrements);$sql_pattern = self::$insert_prefix .str_repeat(self::$insert_ligne_pattern_ordre . ', ', $nb_rec - 1) .self::$insert_ligne_pattern_ordre;$sql_pattern = self::$insert_prefix .str_repeat(self::$insert_ligne_pattern . ', ', $nb_rec - 1) .self::$insert_ligne_pattern;Cel::db()->beginTransaction();$stmt = Cel::db()->prepare($sql_pattern);$donnees = array();foreach($enregistrements as $e) $donnees = array_merge($donnees, array_values($e));/* debug ici: echo $sql_pattern . "\n"; var_dump($enregistrements, $donnees); die;*/$stmt->execute($donnees);// $stmt->debugDumpParams(); // https://bugs.php.net/bug.php?id=52384$dernier_autoinc = Cel::db()->lastInsertId();Cel::db()->commit();if(! $dernier_autoinc) trigger_error("l'insertion semble avoir échoué", E_USER_NOTICE);$obs_ajouts += count($enregistrements);// $obs_ajouts += count($enregistrements['insert']);// $obs_maj += count($enregistrements['update']);$nb_images_ajoutees += self::stockerImages($enregistrements, $images, $dernier_autoinc);$nb_mots_cle_ajoutes += self::stockerMotsCle($enregistrements, $mots_cle, $dernier_autoinc);}restore_error_handler();if($this->bilan) echo implode("\n", $this->bilan) . "\n";printf('%1$d observation%2$s ajoutée%2$s' . "\n" .'%3$d image%4$s attachée%4$s' . "\n" .// '%5$d mot%6$c-clef ajouté%6$c [TODO]' . "\n" . // TODO(count($filtre->exclues) > 0 ? 'colonne%7$s non-traitée%7$s: %8$s' . "\n" : ''),$obs_ajouts,$obs_ajouts > 1 ? 's' : '',$nb_images_ajoutees,$nb_images_ajoutees > 1 ? 's' : '',$nb_mots_cle_ajoutes,$nb_mots_cle_ajoutes > 1 ? 's' : '',count($filtre->exclues) > 1 ? 's' : '',implode(', ', $filtre->exclues));die();}static function detectionEntete($entete) {$colonnes_reconnues = Array();$cols = FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes('standard,avance');foreach($entete as $k => $v) {// traite les colonnes en faisant fi de la casse et des accents$entete_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($v)));foreach($cols as $col) {$entete_officiel_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($col['nom'])));$entete_officiel_abbrev = $col['abbrev'];if($entete_simple == $entete_officiel_simple || $entete_simple == $entete_officiel_abbrev) {// debug echo "define C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev) . ", $k ($v)\n";define("C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev), $k);$colonnes_reconnues[$k] = 1;break;}}}// défini tous les index que nous utilisons à une valeur d'index de colonne Excel qui n'existe pas dans// le tableau renvoyé par PHPExcel// Attention cependant d'utiliser des indexes différenciés car traiterLonLat() et traiterEspece()// les utilisentforeach($cols as $col) {if(!defined("C_" . strtoupper($col['abbrev'])))define("C_" . strtoupper($col['abbrev']), "C_" . strtoupper($col['abbrev']));}// prépare le filtre de PHPExcel qui évitera le traitement de toutes les colonnes superflues// eg: diff ( Array( H => Commune, I => rien ) , Array( H => 1, K => 1 )// ==> Array( I => rien )$colonnesID_non_reconnues = array_diff_key($entete, $colonnes_reconnues);// des colonnes de FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes()// ne retient que celles marquées "importables"$colonnes_automatiques = array_filter($cols, '__anonyme_1');// ne conserve que le nom long pour matcher avec la ligne XLS d'entêtearray_walk($colonnes_automatiques, '__anonyme_2');// intersect ( Array ( N => Milieu, S => Ordre ), Array ( ordre => Ordre, phenologie => Phénologie ) )// ==> Array ( S => Ordre, AA => Phénologie )$colonnesID_a_exclure = array_intersect($entete, $colonnes_automatiques);// TODO: pourquoi ne pas comparer avec les abbrevs aussi ?// merge ( Array( I => rien ) , Array ( S => Ordre, AA => Phénologie ) )// ==> Array ( I => rien, AA => Phénologie )return array_merge($colonnesID_non_reconnues, $colonnesID_a_exclure);}/** charge un groupe de lignes*/static function chargerLignes($cel, $lignes, $colonnes_statiques, &$dernier_ordre) {$enregistrement = NULL;$enregistrements = Array();$toutes_images = Array();$tous_mots_cle = Array();foreach($lignes as $ligne) {//$ligne = array_filter($ligne, function($cell) { return !is_null($cell); });//if(!$ligne) continue;// on a besoin des NULL pour éviter des notice d'index indéfiniif(! array_filter($ligne, '__anonyme_3')) continue;if( ($enregistrement = self::chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel)) ) {// $enregistrements[] = array_merge($colonnes_statiques, $enregistrement);$enregistrements[] = $enregistrement;$pos = count($enregistrements) - 1;$last = &$enregistrements[$pos];if(isset($enregistrement['_images'])) {// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérées *après* les enregistrements// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant$toutes_images[] = Array("images" => $last['_images'],"obs_pos" => $pos);// ce champ n'a pas à faire partie de l'insertion dans cel_obs,// mais est utile pour cel_obs_imagesunset($last['_images']);}if(isset($enregistrement['_mots_cle'])) {// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérés *après* les enregistrements// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant$tous_mots_cle[] = Array("mots_cle" => $last['_mots_cle'],"obs_pos" => $pos);// la version inlinée des mots est enregistrées dans cel_obs// mais cel_mots_cles_obs fait foi.// XXX: postponer l'ajout de ces informations dans cel_obs *après* l'insertion effective// des records dans cel_mots_cles_obs ?unset($last['_mots_cle']);}$dernier_ordre++;}}// XXX future: return Array($enregistrements_a_inserer, $enregistrements_a_MAJ, $toutes_images);return Array($enregistrements, $toutes_images, $tous_mots_cle);}static function trierColonnes(&$enregistrements) {foreach($enregistrements as &$enregistrement) {$enregistrement = self::sortArrayByArray($enregistrement, self::$ordre_BDD);//array_walk($enregistrement, function(&$item, $k) { $item = is_null($item) ? "NULL" : $item; });//$req .= implode(', ', $enregistrement) . "\n";}}static function stockerMotsCle($enregistrements, $tous_mots_cle, $lastid) {$c = 0;// debug: var_dump($tous_mots_cle);die;foreach($tous_mots_cle as $v) $c += count($v['mots_cle']['to_insert']);return $c;}static function stockerImages($enregistrements, $toutes_images, $lastid) {$images_insert = 'INSERT INTO cel_obs_images (id_image, id_observation) VALUES %s ON DUPLICATE KEY UPDATE id_image = id_image';$images_obs_assoc = Array();foreach($toutes_images as $images_pour_obs) {$obs = $enregistrements[$images_pour_obs["obs_pos"]];$id_obs = $lastid // dernier autoinc inséré- count($enregistrements) + 1 // correspondrait au premier autoinc+ $images_pour_obs["obs_pos"]; // ordre d'insertion = ordre dans le tableau $enregistrements (commence à 0)foreach($images_pour_obs['images'] as $image) {$images_obs_assoc[] = sprintf('(%d,%d)',$image['id_image'], // intval() useless$id_obs); // intval() useless}}if($images_obs_assoc) {$requete = sprintf($images_insert, implode(', ', $images_obs_assoc));// debug echo "$requete\n";Cel::db()->requeter($requete);}return count($images_obs_assoc);}/*Aucune des valeurs présentes dans $enregistrement n'est quotéecad aucune des valeurs retournée par traiter{Espece|Localisation}()car ce tableau est passé à un PDO::preparedStatement() qui appliqueproprement les règle d'échappement.*/static function chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel) {// évite des notices d'index lors des trigger_error()$ref_ligne = !empty($ligne[C_NOM_SEL]) ? trim($ligne[C_NOM_SEL]) : '';// en premier car le résultat est utile pour// * traiter espèce (traiterEspece())// * traiter longitude et latitude (traiterLonLat())$referentiel = self::identReferentiel(trim(strtolower(@$ligne[C_NOM_REFERENTIEL])), $ligne, $ref_ligne);// $espece est rempli de plusieurs informations$espece = Array(C_NOM_SEL => NULL, C_NOM_SEL_NN => NULL, C_NOM_RET => NULL,C_NOM_RET_NN => NULL, C_NT => NULL, C_FAMILLE => NULL);self::traiterEspece($ligne, $espece, $referentiel, $cel);// $localisation est rempli à partir de plusieurs champs: C_ZONE_GEO et C_CE_ZONE_GEO$localisation = Array(C_ZONE_GEO => NULL, C_CE_ZONE_GEO => NULL);self::traiterLocalisation($ligne, $localisation);// $transmission est utilisé pour date_transmission// XXX: @ contre "Undefined index"@$transmission = in_array(strtolower(trim($ligne[C_TRANSMISSION])), array(1, 'oui')) ? 1 : 0;// Dans ce tableau, seules devraient apparaître les données variable pour chaque ligne.// Dans ce tableau, l'ordre des clefs n'importe pas (cf: self::sortArrayByArray())$enregistrement = Array("ordre" => $dernier_ordre,"nom_sel" => $espece[C_NOM_SEL],"nom_sel_nn" => $espece[C_NOM_SEL_NN],"nom_ret" => $espece[C_NOM_RET],"nom_ret_nn" => $espece[C_NOM_RET_NN],"nt" => $espece[C_NT],"famille" => $espece[C_FAMILLE],"nom_referentiel" => $referentiel,"zone_geo" => $localisation[C_ZONE_GEO],"ce_zone_geo" => $localisation[C_CE_ZONE_GEO],// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (date incompréhensible)"date_observation" => isset($ligne[C_DATE_OBSERVATION]) ? self::traiterDateObs($ligne[C_DATE_OBSERVATION], $ref_ligne) : NULL,"lieudit" => isset($ligne[C_LIEUDIT]) ? trim($ligne[C_LIEUDIT]) : NULL,"station" => isset($ligne[C_STATION]) ? trim($ligne[C_STATION]) : NULL,"milieu" => isset($ligne[C_MILIEU]) ? trim($ligne[C_MILIEU]) : NULL,"mots_cles_texte" => NULL, // TODO: foreign-key// XXX: @ contre "Undefined index""commentaire" => isset($ligne[C_COMMENTAIRE]) ? trim($ligne[C_COMMENTAIRE]) : NULL,"transmission" => $transmission,"date_transmission" => $transmission ? date("Y-m-d H:i:s") : NULL, // pas de fonction SQL dans un PDO statement, <=> now()// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (lon/lat incompréhensible)"latitude" => isset($ligne[C_LATITUDE]) ? self::traiterLonLat(NULL, $ligne[C_LATITUDE], $referentiel, $ref_ligne) : NULL,"longitude" => isset($ligne[C_LONGITUDE]) ? self::traiterLonLat($ligne[C_LONGITUDE], NULL, $referentiel, $ref_ligne) : NULL,"altitude" => isset($ligne[C_ALTITUDE]) ? intval($ligne[C_ALTITUDE]) : NULL, // TODO: guess alt from lon/lat// @ car potentiellement optionnelles ou toutes vides => pas d'index dans PHPExcel (tableau optimisé)"abondance" => @$ligne[C_ABONDANCE],"certitude" => @$ligne[C_CERTITUDE],"phenologie" => @$ligne[C_PHENOLOGIE],"code_insee_calcule" => substr($localisation[C_CE_ZONE_GEO], -5) // varchar(5));// passage de $enregistrement par référence, ainsi ['_images'] n'est défini// que si des résultats sont trouvés// "@" car PHPExcel supprime les colonnes null sur toute la feuille (ou tout le chunk)if(@$ligne[C_IMAGES]) self::traiterImage($ligne[C_IMAGES], $cel->id_utilisateur, $enregistrement);if(@$ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE]) self::traiterMotsCle($ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE], $cel->id_utilisateur, $enregistrement);return $enregistrement;}static function traiterImage($str, $id_utilisateur, &$enregistrement) {$liste_images = array_filter(explode("/", $str));//array_walk($liste_images, '__anonyme_4');array_walk($liste_images, array(__CLASS__, '__anonyme_4'));$requete = sprintf("SELECT id_image, nom_original FROM cel_images WHERE ce_utilisateur = %d AND nom_original IN (%s)",$id_utilisateur,implode(',', $liste_images));$resultat = Cel::db()->requeter($requete);if($resultat) $enregistrement['_images'] = $resultat;}static function traiterMotsCle($str, $id_utilisateur, &$enregistrement) {$liste_mots_cle = $liste_mots_cle_recherche = array_map("trim", array_unique(array_filter(explode(",", $str))));array_walk($liste_mots_cle_recherche, array(__CLASS__, '__anonyme_4'));// TODO!!!! remplace > (pour les tests uniquement) par un = et supprimer le group by mot_cle$requete = sprintf("SELECT id_mot_cle_obs, mot_cle FROM cel_mots_cles_obs WHERE id_utilisateur > %d "."AND mot_cle IN (%s) "."GROUP BY mot_cle",$id_utilisateur,implode(',', $liste_mots_cle_recherche));$resultat_sql = Cel::db()->requeter($requete);if(!$resultat_sql) return;$resultat = array();foreach($resultat_sql as $v) $resultat[$v['id_mot_cle_obs']] = $v['mot_cle'];$enregistrement['mots_cles_texte'] = implode(',', $liste_mots_cle);$enregistrement['_mots_cle'] = array("existing" => $resultat,"to_insert" => array_diff($liste_mots_cle, $resultat));}/* FONCTIONS de TRANSFORMATION de VALEUR DE CELLULE */// TODO: PHP 5.3, utiliser date_parse_from_format()// TODO: parser les heures (cf product-owner)// TODO: passer par le timestamp pour s'assurer de la validitéstatic function traiterDateObs($date, $ref_ligne) {// TODO: see https://github.com/PHPOffice/PHPExcel/issues/208// TODO: PHPExcel_Shared_Date::ExcelToPHP()if(is_double($date)) {if($date > 0)return PHPExcel_Style_NumberFormat::toFormattedString($date, PHPExcel_Style_NumberFormat::FORMAT_DATE_YYYYMMDD2) . " 00:00:00";trigger_error("ligne \"{$ref_ligne}\": " ."Attention: date antérieure à 1970 et format de cellule \"DATE\" utilisés ensemble",E_USER_NOTICE);// throw new Exception("erreur: date antérieure à 1970 et format de cellule \"DATE\" utilisés ensemble");// attention, UNIX timestamp, car Excel les décompte depuis 1900// cf http://fczaja.blogspot.fr/2011/06/convert-excel-date-into-timestamp.html// $timestamp = ($date - MIN_DATES_DIFF) * 60 * 60 * 24 - time(); // NON// $timestamp = PHPExcel_Calculation::getInstance()->calculateFormula("=" . $date . "-DATE(1970,1,1)*60*60*24"); // NON// echo strftime("%Y/%m/%d 00:00:00", $timestamp); // NON}else {// attend l'un des formats de// http://www.php.net/manual/fr/datetime.formats.date.php// le plus simple: YYYY/MM/DD (utilisé à l'export), mais DD-MM-YYYY est aussi supporté$matches = NULL;// et on essaie d'être sympa et supporter aussi DD/MM/YYYYif(preg_match(';^([0-3]?\d)/([01]\d)/([12]\d\d\d)$;', $date, $matches)) {$date = $matches[3] . '/' . $matches[2] . '/' . $matches[1];}$timestamp = strtotime($date);if(! $timestamp || $timestamp > time() + 3600 * 24 * 1) { // une journée d'avance maxi autorisée (décallage horaire ?)if($date) trigger_error("ligne \"{$ref_ligne}\": Attention: date erronée ($date)", E_USER_NOTICE);return NULL;}return strftime("%Y-%m-%d 00:00:00", $timestamp);}}static function identReferentiel($referentiel, $ligne, $ref_ligne) {// SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;if(strpos($referentiel, 'bdtfx') !== FALSE) return 'bdtfx'; //:v1.01';if(strpos($referentiel, 'bdtxa') !== FALSE) return 'bdtxa'; //:v1.00';//if(strpos($referentiel, 'bdnff') !== FALSE) return 'bdnff'; //:4.02';if(strpos($referentiel, 'bdnff') !== FALSE) return 'bdtfx';if(strpos($referentiel, 'isfan') !== FALSE) return 'isfan'; //:v1.00';if(strpos($referentiel, 'autre') !== FALSE) return 'autre';if($referentiel && isset($ligne[C_NOM_SEL]) && $ligne[C_NOM_SEL]) {trigger_error("ligne \"{$ref_ligne}\": Attention: référentiel inconnu", E_USER_NOTICE);return 'autre';}// pas de référentiel ou pas de NOM_SEL: NULLreturn NULL;/* TODO: cf story,En cas de NULL faire une seconde passe de détection à partir du nom saisi+ accepter les n° de version */}static function traiterLonLat($lon = NULL, $lat = NULL, $referentiel = 'bdtfx', $ref_ligne) {// en CSV ces valeurs sont des string, avec séparateur en français (","; cf défauts dans ExportXLS)if($lon && is_string($lon)) $lon = str_replace(',', '.', $lon);if($lat && is_string($lat)) $lat = str_replace(',', '.', $lat);// sprintf applique une précision à 5 décimale (comme le ferait MySQL)// tout en uniformisant le format de séparateur des décimales (le ".")if($lon && is_numeric($lon) && $lon >= -180 && $lon <= 180) return sprintf('%.5F', $lon);if($lat && is_numeric($lat) && $lat >= -90 && $lat <= 90) return sprintf('%.5F', $lat);if($lon || $lat) {trigger_error("ligne \"{$ref_ligne}\": " ."Attention: longitude ou latitude erronée",E_USER_NOTICE);}return NULL;/* limite france métropole si bdtfx ? ou bdtxa ? ...NON!Un taxon d'un référentiel donné peut être théoriquement observé n'importe où sur le globe.Il n'y a pas lieu d'effectuer des restriction ici.Cependant des erreurs fréquentes (0,0 ou lon/lat inversées) peuvent être détectés ici.TODO */$bbox = self::getReferentielBBox($referentiel);if(!$bbox) return NULL;if($lon) {if($lon < $bbox['EST'] && $lon > $bbox['OUEST']) return is_numeric($lon) ? $lon : NULL;else return NULL;}if($lat) {if($lat < $bbox['NORD'] && $lat > $bbox['SUD']) return is_numeric($lat) ? $lat : NULL;return NULL;}}/*TODO: s'affranchir du webservice pour la détermination du nom scientifique en s'appuyant sur cel_references,pour des questions de performances*/static function traiterEspece($ligne, Array &$espece, &$referentiel, $cel) {if(empty($ligne[C_NOM_SEL])) return;// nom_sel reste toujours celui de l'utilisateur$espece[C_NOM_SEL] = trim($ligne[C_NOM_SEL]);// XXX/attention, nous ne devrions pas accepter un référentiel absent !if(!$referentiel) $referentiel = 'bdtfx';$taxon_info_webservice = new RechercheInfosTaxonBeta($cel->config, $referentiel);$ascii = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $ligne[C_NOM_SEL]);// TODO: si empty(C_NOM_SEL) et !empty(C_NOM_SEL_NN) : recherche info à partir de C_NOM_SEL_NN// echo "rechercherInformationsComplementairesSurNom()\n";/*SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'Heliotropium europaeum') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1#SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium euro') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1SELECT num_nom, nom_sci, num_nom_retenu ,auteur, annee, biblio_origine, nom_sci,auteur FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE 'eliotropium% euro%') ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1#SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 31468*/// $determ = $taxon_info_webservice->rechercherInformationsComplementairesSurNom($ligne[C_NOM_SEL]);// permet une reconnaissance de bdtfx:nn:XXXX$determ = $taxon_info_webservice->rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax(trim($ligne[C_NOM_SEL]));// note: rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax peut ne retourner qu'une seule clef "nom_sel"if (! $determ) {// on supprime les noms retenus et renvoi tel quel// on réutilise les define pour les noms d'indexes, tant qu'à faire// XXX; tout à NULL sauf C_NOM_SEL ci-dessus ?$espece[C_NOM_SEL_NN] = @$ligne[C_NOM_SEL_NN];$espece[C_NOM_RET] = @$ligne[C_NOM_RET];$espece[C_NOM_RET_NN] = @$ligne[C_NOM_RET_NN];$espece[C_NT] = @$ligne[C_NT];$espece[C_FAMILLE] = @$ligne[C_FAMILLE];return;}// succès de la détection, mais résultat partielif(!isset($determ->id))$determ = $taxon_info_webservice->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($determ->{"nom_retenu.id"});// ne devrait jamais arriver !if(!$determ) die("erreur critique: " . __FILE__ . ':' . __LINE__);// un schéma <ref>:(nt|nn):<num> (ie: bdtfx:nt:8503) a été passé// dans ce cas on met à jour le référentiel avec celui passé dans le champ espèceif(isset($determ->ref)) {$referentiel = $determ->ref;}// succès de la détection// nom_sel est remplacé, mais seulement si un motif spécial à été utilisé (bdtfx:nn:4567)if($taxon_info_webservice->is_notation_spe) {$espece[C_NOM_SEL] = $determ->nom_sci;}// écrasement des numéros (nomenclatural, taxonomique) saisis...$espece[C_NOM_SEL_NN] = $determ->id;$espece[C_NOM_RET] = RechercheInfosTaxonBeta::supprimerBiblio($determ->nom_retenu_complet);$espece[C_NOM_RET_NN] = $determ->{"nom_retenu.id"};$espece[C_NT] = $determ->num_taxonomique;$espece[C_FAMILLE] = $determ->famille;return;// et des info complémentaires/*// GET /service:eflore:0.1/bdtfx/noms/31468?retour.champs=nom_sci,auteur,id,nom_retenu_complet,nom_retenu.id,num_taxonomique,famille/home/raphael/eflore/projets/services/modules/0.1/bdtfx/Noms.php:280SELECT *, nom_sci FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = '31468'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 31468SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, auteur, annee, biblio_origine FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = 86535*///var_dump($complement, $espece);die;}static function detectFromNom($nom) {$r = Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s') "."ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",Cel::db()->proteger($nom)));if($r) return $r;Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s' OR nom LIKE '%s') "."ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",Cel::db()->proteger($nom),Cel::db()->proteger(str_replace(' ', '% ', $nom))));return $r;}/** TODO: analyse rigoureuse:* == Identifiant Commune* - INSEE-C:\d{5}* - \d{5}* - \d{2}* == Commune* - \w+ (\d{2})* - \w+ (\d{5})* - \w+**/static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation) {if(empty($ligne[C_ZONE_GEO])) $ligne[C_ZONE_GEO] = NULL;if(empty($ligne[C_CE_ZONE_GEO])) $ligne[C_CE_ZONE_GEO] = NULL;$identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);if(!$identifiant_commune) {$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);$nom = Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT nom FROM cel_zones_geo WHERE code = %s LIMIT 1",self::quoteNonNull(substr($localisation[C_CE_ZONE_GEO], strlen("INSEE-C:")))));if($nom) $localisation[C_ZONE_GEO] = $nom[0]['nom'];return;}if(!is_numeric($departement)) {$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $ligne[C_CE_ZONE_GEO];return;}if( ($resultat_commune = Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT DISTINCT nom, CONCAT('INSEE-C:', code) AS code FROM cel_zones_geo WHERE code = %s LIMIT 1",self::quoteNonNull($departement)))) ) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];return;};// if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;// if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO$departement = trim($departement); // TODO$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $ligne[C_CE_ZONE_GEO];return;}$select = "SELECT DISTINCT nom, code FROM cel_zones_geo";if (preg_match('/(.+) \((\d{1,5})\)/', $identifiant_commune, $elements)) {// commune + departement : montpellier (34)$nom_commune=$elements[1];$code_commune=$elements[2];if(strlen($code_commune) <= 2) {$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",$select, self::quoteNonNull($nom_commune),self::quoteNonNull($code_commune.'%'));}else {$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code = %d",$select, self::quoteNonNull($nom_commune),$code_commune);}}elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {// Code insee seul$code_insee_commune=$elements[1];$requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, self::quoteNonNull($code_insee_commune));}else {// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));$requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, self::quoteNonNull($nom_commune.'%'));}$resultat_commune = Cel::db()->requeter($requete);// TODO: levenstein sort ?// TODO: count résultat !// cas de la commune introuvable dans le référentiel// réinitialisation aux valeurs du fichier XLSif(! $resultat_commune) {$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);} else {$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = "INSEE-C:" . $resultat_commune[0]['code'];return;}$departement = &$localisation[C_CE_ZONE_GEO];if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}if(!is_numeric($departement)) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO$departement = trim($departement); // TODO$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}/*static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation) {$identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);if(!$identifiant_commune) {$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);goto testdepartement;}$select = "SELECT DISTINCT nom, code FROM cel_zones_geo";if (preg_match('/(.*) \((\d+)\)/', $identifiant_commune, $elements)) {// commune + departement : montpellier (34)$nom_commune=$elements[1];$code_commune=$elements[2];$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",$select, self::quoteNonNull($nom_commune), self::quoteNonNull($code_commune.'%'));}elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {// Code insee seul$code_insee_commune=$elements[1];$requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, self::quoteNonNull($code_insee_commune));}else {// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));$requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, self::quoteNonNull($nom_commune.'%'));}$resultat_commune = Cel::db()->requeter($requete);// TODO: levenstein sort ?// cas de la commune introuvable dans le référentiel// réinitialisation aux valeurs du fichier XLSif(! $resultat_commune) {$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);} else {$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];}$departement = &$localisation[C_CE_ZONE_GEO];testdepartement:if(strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) goto protectloc;if(!is_numeric($departement)) goto protectloc; // TODO ?if(strlen($departement) == 4) $departement = "INSEE-C:0" . $departement;if(strlen($departement) == 5) $departement = "INSEE-C:" . $departement;// if(strlen($departement) <= 9) return "INSEE-C:0" . $departement; // ? ... TODO$departement = trim($departement); // TODOprotectloc:$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}*//* HELPERS */// http://stackoverflow.com/questions/348410/sort-an-array-based-on-another-array// XXX; utilisé aussi (temporairement ?) par FormateurGroupeColonne.static function sortArrayByArray($array, $orderArray) {$ordered = array();foreach($orderArray as $key) {if(array_key_exists($key, $array)) {$ordered[$key] = $array[$key];unset($array[$key]);}}return $ordered + $array;}// retourne une BBox [N,S,E,O) pour un référentiel donnéstatic function getReferentielBBox($referentiel) {if($referentiel == 'bdtfx') return Array('NORD' => 51.2, // Dunkerque'SUD' => 41.3, // Bonifacio'EST' => 9.7, // Corse'OUEST' => -5.2); // Ouessanreturn FALSE;}// ces valeurs ne sont pas inséré via les placeholders du PDO::preparedStatement// et doivent donc être échappées correctement.public function initialiser_colonnes_statiques() {$this->colonnes_statiques = array_merge($this->colonnes_statiques,Array("ce_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->id_utilisateur), // peut-être un hash ou un id"prenom_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->utilisateur['prenom']),"nom_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->utilisateur['nom']),"courriel_utilisateur" => self::quoteNonNull($this->utilisateur['courriel']),));}static function initialiser_pdo_ordered_statements($colonnes_statiques) {return Array(// insert_ligne_pattern_ordresprintf('INSERT INTO cel_obs (%s, %s) VALUES',implode(', ', array_keys($colonnes_statiques)),implode(', ', array_diff(self::$ordre_BDD, array_keys($colonnes_statiques)))),// insert_ligne_pattern_ordresprintf('(%s, %s ?)',implode(', ', $colonnes_statiques),str_repeat('?, ', count(self::$ordre_BDD) - count($colonnes_statiques) - 1)));}static function initialiser_pdo_statements($colonnes_statiques) {return Array(// insert_prefixsprintf('INSERT INTO cel_obs (%s) VALUES ',implode(', ', self::$ordre_BDD)),// insert_ligne_pattern, cf: self::$insert_ligne_pattern'(' .// 3) créé une chaîne de liste de champ à inséré en DBimplode(', ', array_values(// 2) garde les valeurs fixes (de $colonnes_statiques),// mais remplace les NULL par des "?"array_map('__anonyme_5',// 1) créé un tableau genre (nom_sel_nn => NULL) depuis self::$ordre_BDD// et écrase certaines valeurs avec $colonnes_statiques (initilisé avec les données utilisateur)array_merge(array_map('__anonyme_6', array_flip(self::$ordre_BDD)), $colonnes_statiques)))) .')');}// équivalent à Bdd2->proteger() (qui wrap PDO::quote),// sans transformer NULL en ""static function quoteNonNull($chaine) {if(is_null($chaine)) return "NULL";if(!is_string($chaine) && !is_integer($chaine)) {die("erreur: " . __FILE__ . ':' . __LINE__);}return Cel::db()->quote($chaine);}public function erreurs_stock($errno, $errstr) {$this->bilan[] = $errstr;}}