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<?php// declare(encoding='UTF-8');/*** Service d'import de données d'observation du CEL au format XLS** Sont define()'d commme n° de colonne tous les abbrevs retournés par* FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes() préfixés par C_ cf: detectionEntete()** Exemple d'un test:* $ GET "/jrest/ExportXLS/22506?format=csv&range=*&limite=13" \* | curl -F "upload=@-" -F utilisateur=22506 "/jrest/ImportXLS"* # 13 observations importées* + cf MySQL general_log = 1** @internal Mininum PHP version : 5.2* @category CEL* @package Services* @subpackage Observations* @version 0.1* @author Mathias CHOUET <mathias@tela-botanica.org>* @author Raphaël DROZ <raphael@tela-botanica.org>* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>* @author Aurelien PERONNET <aurelien@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @copyright 1999-2014 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>*/set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . dirname(dirname(realpath(__FILE__))) . '/lib');// TERMerror_reporting(-1);ini_set('html_errors', 0);ini_set('xdebug.cli_color', 2);date_default_timezone_set('Europe/Paris');require_once 'lib/PHPExcel/Classes/PHPExcel.php';// nombre d'INSERT à cumuler par requête SQL// (= nombre de lignes XLS à bufferiser)//define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 30);define('NB_LIRE_LIGNE_SIMUL', 5);// en cas d'import d'un fichier CSV, utilise fgetcsv() plutôt// que PHPExcel ce qui se traduit par un gain de performances très substancieldefine('QUICK_CSV_IMPORT', TRUE);// Numbers of days between January 1, 1900 and 1970 (including 19 leap years)// see traiterDateObs()// define("MIN_DATES_DIFF", 25569);class MyReadFilter implements PHPExcel_Reader_IReadFilter {// exclusion de colonnespublic $exclues = array();// lecture par morceauxpublic $ligne_debut = 0;public $ligne_fin = 0;public static $gestion_mots_cles = null;public function __construct() {}public function def_interval($debut, $nb) {$this->ligne_debut = $debut;$this->ligne_fin = $debut + $nb;}public function readCell($colonne, $ligne, $worksheetName = '') {if(@$this->exclues[$colonne]) return false;// si des n° de morceaux ont été initialisés, on filtre...if($this->ligne_debut && ($ligne < $this->ligne_debut || $ligne >= $this->ligne_fin)) return false;return true;}}function __anonyme_1($v) { return !$v['importable']; }function __anonyme_2(&$v) { $v = $v['nom']; }function __anonyme_3($cell) { return !is_null($cell); };function __anonyme_5($item) { return is_null($item) ? '?' : $item; }function __anonyme_6() { return NULL; }class ImportXLS extends Cel {static function __anonyme_4(&$item, $key) { $item = self::quoteNonNull(trim($item)); }static $ordre_BDD = Array('ce_utilisateur','prenom_utilisateur','nom_utilisateur','courriel_utilisateur','ordre','nom_sel','nom_sel_nn','nom_ret','nom_ret_nn','nt','famille','nom_referentiel','pays','zone_geo','ce_zone_geo','date_observation','lieudit','station','milieu','mots_cles_texte','commentaire','transmission','date_creation','date_modification','date_transmission','latitude','longitude','altitude','abondance','certitude','phenologie','code_insee_calcule');// cf: initialiser_pdo_ordered_statements()// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., phenologie, code_insee_calcule) VALUES"// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDDstatic $insert_prefix_ordre;// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiques// colonnes statiques d'abord, les autres ensuite, dans l'ordre de $ordre_BDDstatic $insert_ligne_pattern_ordre;// seconde (meilleure) possibilité// cf: initialiser_pdo_statements()// eg: "INSERT INTO cel_obs (ce_utilisateur, ..., date_creation, ...phenologie, code_insee_calcule) VALUES"static $insert_prefix;// eg: "(<id>, <prenom>, <nom>, <email>, ?, ?, ?, now(), now(), ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)"// dont le nombre de placeholder dépend du nombre de colonnes non-statiquesstatic $insert_ligne_pattern;/*Ces colonnes:- sont propres à l'ensemble des enregistrements uploadés- sont indépendantes du numéro de lignes- n'ont pas de valeur par défaut dans la structure de la table- nécessitent une initialisation dans le cadre de l'uploadinitialiser_colonnes_statiques() y merge les données d'identification utilisateur*/public $colonnes_statiques = array('ce_utilisateur' => NULL,'prenom_utilisateur' => NULL,'nom_utilisateur' => NULL,'courriel_utilisateur' => NULL,// fixes (fonction SQL)// XXX future: mais pourraient varier dans le futur si la mise-à-jour// d'observation est implémentée'date_creation' => 'NOW()','date_modification' => 'NOW()',);public static $prefixe_colonnes_etendues = 'ext:';public static $indexes_colonnes_etendues = Array();public static $gestion_champs_etendus = null;public $id_utilisateur = NULL;// erreurs d'importpublic $bilan = Array();// cache (pour traiterLocalisation() pour l'instant)static $cache = Array('geo' => array());public function createElement($pairs) {if (!isset($pairs['utilisateur']) || trim($pairs['utilisateur']) == '') {exit('0');}$id_utilisateur = intval($pairs['utilisateur']);$this->id_utilisateur = $id_utilisateur; // pour traiterImage();if (!isset($_SESSION)) {session_start();}$this->controleUtilisateur($id_utilisateur);$this->utilisateur = $this->getInfosComplementairesUtilisateur($id_utilisateur);$this->initialiser_colonnes_statiques($id_utilisateur);list(self::$insert_prefix, self::$insert_ligne_pattern) = $this->initialiser_pdo_statements($this->colonnes_statiques);$infos_fichier = array_pop($_FILES);// renomme le fichier pour lui ajouter son extension initiale, ce qui// permet (une sorte) d'autodétection du format.$fichier = $infos_fichier['tmp_name'];$extension = pathinfo($infos_fichier['name'], PATHINFO_EXTENSION);if ( (strlen($extension) == 3 || strlen($extension) == 4) && (@rename($fichier, "$fichier.$extension"))) {$fichier = "$fichier.$extension";}$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReaderForFile($fichier);// TODO: check if compatible with toArray(<1>,<2>,TRUE,<4>)$objReader->setReadDataOnly(true);// TODO: is_a obsolete entre 5.0 et 5.3, retirer le @ à terme$IS_CSV = @is_a($objReader, 'PHPExcel_Reader_CSV') && QUICK_CSV_IMPORT;// en cas d'usage de fgetcsv, testons que nous pouvons compter les lignesif ($IS_CSV) {$nb_lignes = intval(exec("wc -l $fichier"));}// et, le cas échéant, fallback sur PHPExcel à nouveau. La raison de ce test ici est// l'instabilité du serveur (safe_mode, safe_mode_exec_dir, symlink vers binaires pour exec(), ... multiples points-of-failure)if ($IS_CSV && !$nb_lignes) {$IS_CSV = FALSE;}if ($IS_CSV) {$objReader->setDelimiter(',')->setEnclosure('"')->setLineEnding("\n")->setSheetIndex(0);}// on ne conserve que l'en-tête$filtre = new MyReadFilter();$filtre->def_interval(1, 2);$objReader->setReadFilter($filtre);$objPHPExcel = $objReader->load($fichier);$obj_infos = $objReader->listWorksheetInfo($fichier);if ($IS_CSV) {// $nb_lignes est déjà défini ci-dessus$csvFileHandler = fopen($fichier, 'r');// nous utilisons la valeur de retour dans un but informatif de l'utilisateur à la// fin de l'import, *mais aussi* dans un array_diff_key() ci-dessous car bien que dans le// fond le "parser" fgetcsv() n'ait pas d'intérêt à connaître les colonnes à ignorer,// il se trouve que celles-ci peuvent interférer sur des fonctions comme traiterEspece()// cf test "ref-nom-num.test.php" pour lequel l'élément C_NOM_SEL vaudrait 3 et $ligne serait array(3 => -42)$filtre->exclues = self::detectionEntete(fgetcsv($csvFileHandler), TRUE);} else {// XXX: indépendant du readFilter ?$nb_lignes = $obj_infos[0]['totalRows'];$donnees = $objPHPExcel->getActiveSheet()->toArray(NULL, FALSE, TRUE, TRUE);$filtre->exclues = self::detectionEntete($donnees[1]);}$obs_ajouts = 0;$obs_maj = 0;$nb_images_ajoutees = 0;$nb_mots_cle_ajoutes = 0;$nb_champs_etendus_inseres = 0;$dernier_ordre = Cel::db()->requeter("SELECT MAX(ordre) AS ordre FROM cel_obs WHERE ce_utilisateur = $id_utilisateur");$dernier_ordre = intval($dernier_ordre[0]['ordre']) + 1;if (! $dernier_ordre) {$dernier_ordre = 0;}// on catch to les trigger_error(E_USER_NOTICE);set_error_handler(array($this, 'erreurs_stock'), E_USER_NOTICE);$this->taxon_info_webservice = new RechercheInfosTaxonBeta($this->config, NULL);// lecture par morceaux (chunks), NB_LIRE_LIGNE_SIMUL lignes à fois// pour aboutir des requêtes SQL d'insert groupés.for ($ligne = 2; $ligne < $nb_lignes + NB_LIRE_LIGNE_SIMUL; $ligne += NB_LIRE_LIGNE_SIMUL) {if (!$IS_CSV) {$filtre->def_interval($ligne, NB_LIRE_LIGNE_SIMUL);$objReader->setReadFilter($filtre);$objPHPExcel = $objReader->load($fichier)->getActiveSheet();// set col typingif (C_CE_ZONE_GEO != 'C_CE_ZONE_GEO') {$objPHPExcel->getStyle(C_CE_ZONE_GEO . '2:' . C_CE_ZONE_GEO . $objPHPExcel->getHighestRow())->getNumberFormat()->setFormatCode('00000');}// TODO: set to string typeif (C_ZONE_GEO != 'C_ZONE_GEO') {$objPHPExcel->getStyle(C_ZONE_GEO . '2:' . C_ZONE_GEO . $objPHPExcel->getHighestRow())->getNumberFormat()->setFormatCode('00000');}$donnees = $objPHPExcel->toArray(NULL, FALSE, TRUE, TRUE);} else {$i = NB_LIRE_LIGNE_SIMUL;$donnees = array();while ($i--) {$tab = fgetcsv($csvFileHandler);if (!$tab) {continue;}$donnees[] = array_diff_key($tab, $filtre->exclues);}}list($enregistrements, $images, $mots_cle, $champs_etendus) = self::chargerLignes($this, $donnees, $this->colonnes_statiques, $dernier_ordre);if (! $enregistrements) {break;}self::trierColonnes($enregistrements);// normalement: NB_LIRE_LIGNE_SIMUL, sauf si une enregistrement ne semble pas valide// ou bien lors du dernier chunk$nb_rec = count($enregistrements);$sql_pattern = self::$insert_prefix.str_repeat(self::$insert_ligne_pattern.', ', $nb_rec - 1).self::$insert_ligne_pattern;Cel::db()->beginTransaction();$stmt = Cel::db()->prepare($sql_pattern);$donnees = array();foreach ($enregistrements as $e) {$donnees = array_merge($donnees, array_values($e));}$stmt->execute($donnees);$dernier_autoinc = Cel::db()->lastInsertId();Cel::db()->commit();if (! $dernier_autoinc) {trigger_error("l'insertion semble avoir échoué", E_USER_NOTICE);}$obs_ajouts += count($enregistrements);$ordre_ids = self::chargerCorrespondancesIdOrdre($this, $enregistrements);$nb_images_ajoutees += self::stockerImages($enregistrements, $images, $ordre_ids);$nb_mots_cle_ajoutes += self::stockerMotsCle($enregistrements, $mots_cle, $dernier_autoinc);$nb_champs_etendus_inseres += self::stockerChampsEtendus($champs_etendus, $ordre_ids, $this->config);}restore_error_handler();if ($this->bilan) {echo implode("\n", $this->bilan) . "\n";}printf('%1$d observation%2$s ajoutée%2$s' . "\n" .'%3$d image%4$s attachée%4$s' . "\n" .(count($filtre->exclues) > 0 ? 'colonne%7$s non-traitée%7$s: %8$s' . "\n" : ''),$obs_ajouts,$obs_ajouts > 1 ? 's' : '',$nb_images_ajoutees,$nb_images_ajoutees > 1 ? 's' : '',$nb_mots_cle_ajoutes,$nb_mots_cle_ajoutes > 1 ? 's' : '',count($filtre->exclues) > 1 ? 's' : '',implode(', ', $filtre->exclues));die();}/* detectionEntete() sert deux rôles:1) détecter le type de colonne attendu à partir des textes de la ligne d'en-tête afin de define()2) permet d'identifier les colonnes non-supportées/inutiles afin d'alléger le processus de parsing de PHPExcelgrace au ReadFilter (C'est le rôle de la valeur de retour)La raison de la présence du paramètre $numeric_keys est que pour réussir à identifier les colonnes à exclure nousdevons traiter un tableau représentant la ligne d'en-tête aussi bien:- sous forme associative pour PHPExcel (les clefs sont les lettres de l'alphabet)- sous forme de clefs numériques (fgetcsv())Le détecter après coup est difficile et pourtant cette distinction est importante car le comportementd'array_merge() (réordonnancement des clefs numérique) n'est pas souhaitable dans le second cas. */static function detectionEntete($entete, $numeric_keys = FALSE) {$colonnes_reconnues = Array();$cols = FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes('standard,avance');foreach ($entete as $k => $v) {// traite les colonnes en faisant fi de la casse et des accents$entete_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($v)));foreach ($cols as $col) {$entete_officiel_simple = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', strtolower(trim($col['nom'])));$entete_officiel_abbrev = $col['abbrev'];if ($entete_simple == $entete_officiel_simple || $entete_simple == $entete_officiel_abbrev) {// debug echo "define C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev) . ", $k ($v)\n";define("C_" . strtoupper($entete_officiel_abbrev), $k);$colonnes_reconnues[$k] = 1;break;}if (strpos($v, self::$prefixe_colonnes_etendues) === 0) {$colonnes_reconnues[$k] = 1;self::$indexes_colonnes_etendues[$k] = $v;break;}}}// défini tous les index que nous utilisons à une valeur d'index de colonne Excel qui n'existe pas dans// le tableau renvoyé par PHPExcel// Attention cependant d'utiliser des indexes différenciés car traiterLonLat() et traiterEspece()// les utilisentforeach ($cols as $col) {if (!defined('C_'.strtoupper($col['abbrev']))) {define('C_'.strtoupper($col['abbrev']), 'C_'.strtoupper($col['abbrev']));}}// prépare le filtre de PHPExcel qui évitera le traitement de toutes les colonnes superflues$colonnesID_non_reconnues = array_diff_key($entete, $colonnes_reconnues);// des colonnes de FormateurGroupeColonne::nomEnsembleVersListeColonnes()// ne retient que celles marquées "importables"$colonnes_automatiques = array_filter($cols, '__anonyme_1');// ne conserve que le nom long pour matcher avec la ligne XLS d'entêtearray_walk($colonnes_automatiques, '__anonyme_2');$colonnesID_a_exclure = array_intersect($entete, $colonnes_automatiques);if ($numeric_keys) {return $colonnesID_non_reconnues + $colonnesID_a_exclure;}return array_merge($colonnesID_non_reconnues, $colonnesID_a_exclure);}static function chargerCorrespondancesIdOrdre($cel, $lignes) {$ordresObs = array();foreach ($lignes as &$ligne) {$ordresObs[] = $ligne['ordre'];}$ordresObsConcat = implode(',', $ordresObs);$idUtilisateurP = Cel::db()->proteger($cel->id_utilisateur);$requete = 'SELECT id_observation, ordre '.'FROM cel_obs '."WHERE ordre IN ($ordresObsConcat) "."AND ce_utilisateur = $idUtilisateurP ".' -- '.__FILE__.':'.__LINE__;$resultats = Cel::db()->requeter($requete);$ordresIds = array();foreach ($resultats as &$infos) {$ordresIds[$infos['ordre']] = $infos['id_observation'];}return $ordresIds;}/** charge un groupe de lignes*/static function chargerLignes($cel, $lignes, $colonnes_statiques, &$dernier_ordre) {$enregistrement = NULL;$enregistrements = array();$toutes_images = array();$tous_mots_cle = array();$tous_champs_etendus = array();foreach ($lignes as $ligne) {// dans le cas de fgetcsv, on peut avoir des false additionnel (cf do/while l. 279)if ($ligne === false) {continue;}// on a besoin des NULL pour éviter des notice d'index indéfiniif (! array_filter($ligne, '__anonyme_3')) {continue;}if ($enregistrement = self::chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel)) {// $enregistrements[] = array_merge($colonnes_statiques, $enregistrement);$enregistrements[] = $enregistrement;$pos = count($enregistrements) - 1;$last = &$enregistrements[$pos];if (isset($enregistrement['_images'])) {// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérées *après* les enregistrements// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant$toutes_images[] = array('images' => $last['_images'],'obs_pos' => $pos);// ce champ n'a pas à faire partie de l'insertion dans cel_obs,// mais est utile pour la liaison avec les imagesunset($last['_images']);}if (isset($enregistrement['_mots_cle'])) {// ne dépend pas de cel_obs, et seront insérés *après* les enregistrements// mais nous ne voulons pas nous priver de faire des INSERT multiples pour autant$tous_mots_cle[] = array('mots_cle' => $last['_mots_cle'],'obs_pos' => $pos);unset($last['_mots_cle']);}if (isset($enregistrement['_champs_etendus'])) {$tous_champs_etendus[] = array('champs_etendus' => $last['_champs_etendus'],'ordre' => $dernier_ordre);unset($last['_champs_etendus']);}$dernier_ordre++;}}return array($enregistrements, $toutes_images, $tous_mots_cle, $tous_champs_etendus);}static function trierColonnes(&$enregistrements) {foreach ($enregistrements as &$enregistrement) {$enregistrement = self::sortArrayByArray($enregistrement, self::$ordre_BDD);}}static function stockerMotsCle($enregistrements, $tous_mots_cle, $lastid) {$c = 0;// debug: var_dump($tous_mots_cle);die;foreach ($tous_mots_cle as $v) {$c += count($v['mots_cle']['to_insert']);}return $c;}static function stockerImages($enregistrements, $toutes_images, $ordre_ids) {$valuesSql = array();foreach ($toutes_images as $images_pour_obs) {$obs = $enregistrements[$images_pour_obs['obs_pos']];$id_obs = $ordre_ids[$obs['ordre']]; // id réel de l'observation correspondant à l'ordre$transmission = $obs['transmission'];$date_transmission = $obs['date_transmission'];foreach ($images_pour_obs['images'] as $image) {$id_img = $image['id_image'];$valuesSql[] = "($id_img, $id_obs, NOW(), $transmission, $date_transmission)";}}if ($valuesSql) {$clauseValues = implode(', ', $valuesSql);// Utilisation de INSERT pour faire des UPDATE multiples en une seule requête$requete = 'INSERT INTO cel_images '.'(id_image, ce_observation, date_liaison, transmission, date_transmission) '."VALUES $clauseValues ".'ON DUPLICATE KEY UPDATE '.'ce_observation = VALUES(ce_observation), '.'date_liaison = NOW(), '.'transmission = VALUES(transmission), '.'date_transmission = VALUES(date_transmission) '.' -- '.__FILE__.':'.__LINE__;Cel::db()->executer($requete);}return count($valuesSql);}/*Aucune des valeurs présentes dans $enregistrement n'est quotéecad aucune des valeurs retournée par traiter{Espece|Localisation}()car ce tableau est passé à un PDO::preparedStatement() qui appliqueproprement les règle d'échappement.*/static function chargerLigne($ligne, $dernier_ordre, $cel) {// évite des notices d'index lors des trigger_error()$ref_ligne = !empty($ligne[C_NOM_SEL]) ? trim($ligne[C_NOM_SEL]) : '';// en premier car le résultat est utile pour// * traiter espèce (traiterEspece())// * traiter longitude et latitude (traiterLonLat())$referentiel = self::identReferentiel(trim(strtolower(@$ligne[C_NOM_REFERENTIEL])), $ligne, $ref_ligne);// $espece est rempli de plusieurs informations$espece = array(C_NOM_SEL => NULL,C_NOM_SEL_NN => NULL,C_NOM_RET => NULL,C_NOM_RET_NN => NULL,C_NT => NULL,C_FAMILLE => NULL);self::traiterEspece($ligne, $espece, $referentiel, $cel->taxon_info_webservice);if (!$espece[C_NOM_SEL]) {$referentiel = Cel::$fallback_referentiel;}if ($espece[C_NOM_SEL] && !$espece[C_NOM_SEL_NN]) {$referentiel = Cel::$fallback_referentiel;}// $localisation est rempli à partir de plusieurs champs: C_ZONE_GEO et C_CE_ZONE_GEO$localisation = Array(C_ZONE_GEO => NULL, C_CE_ZONE_GEO => NULL);self::traiterLocalisation($ligne, $localisation);//TODO: le jour où c'est efficace, traiter le pays à l'import// $transmission est utilisé pour date_transmission// XXX: @ contre "Undefined index"@$transmission = in_array(strtolower(trim($ligne[C_TRANSMISSION])), array(1, 'oui')) ? 1 : 0;// Dans ce tableau, seules devraient apparaître les données variable pour chaque ligne.// Dans ce tableau, l'ordre des clefs n'importe pas (cf: self::sortArrayByArray())$enregistrement = array("ordre" => $dernier_ordre,"nom_sel" => $espece[C_NOM_SEL],"nom_sel_nn" => $espece[C_NOM_SEL_NN],"nom_ret" => $espece[C_NOM_RET],"nom_ret_nn" => $espece[C_NOM_RET_NN],"nt" => $espece[C_NT],"famille" => $espece[C_FAMILLE],"nom_referentiel" => $referentiel,"pays" => $ligne[C_PAYS],"zone_geo" => $localisation[C_ZONE_GEO],"ce_zone_geo" => $localisation[C_CE_ZONE_GEO],// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (date incompréhensible)"date_observation" => isset($ligne[C_DATE_OBSERVATION]) ? self::traiterDateObs($ligne[C_DATE_OBSERVATION], $ref_ligne) : null,"lieudit" => isset($ligne[C_LIEUDIT]) ? trim($ligne[C_LIEUDIT]) : null,"station" => isset($ligne[C_STATION]) ? trim($ligne[C_STATION]) : null,"milieu" => isset($ligne[C_MILIEU]) ? trim($ligne[C_MILIEU]) : null,"mots_cles_texte" => NULL, // TODO: foreign-key// XXX: @ contre "Undefined index""commentaire" => isset($ligne[C_COMMENTAIRE]) ? trim($ligne[C_COMMENTAIRE]) : null,"transmission" => $transmission,"date_transmission" => $transmission ? date('Y-m-d H:i:s') : null, // pas de fonction SQL dans un PDO statement, <=> now()// $ligne: uniquement pour les infos en cas de gestion d'erreurs (lon/lat incompréhensible)"latitude" => isset($ligne[C_LATITUDE]) ? self::traiterLonLat(null, $ligne[C_LATITUDE], $referentiel, $ref_ligne) : null,"longitude" => isset($ligne[C_LONGITUDE]) ? self::traiterLonLat($ligne[C_LONGITUDE], null, $referentiel, $ref_ligne) : null,"altitude" => isset($ligne[C_ALTITUDE]) ? intval($ligne[C_ALTITUDE]) : null, // TODO: guess alt from lon/lat// @ car potentiellement optionnelles ou toutes vides => pas d'index dans PHPExcel (tableau optimisé)"abondance" => @$ligne[C_ABONDANCE],"certitude" => @$ligne[C_CERTITUDE],"phenologie" => @$ligne[C_PHENOLOGIE],"code_insee_calcule" => substr($localisation[C_CE_ZONE_GEO], -5) // varchar(5));// passage de $enregistrement par référence, ainsi ['_images'] n'est défini// que si des résultats sont trouvés// "@" car PHPExcel supprime les colonnes null sur toute la feuille (ou tout le chunk)if (@$ligne[C_IMAGES]) {self::traiterImage($ligne[C_IMAGES], $cel->id_utilisateur, $enregistrement);}if (@$ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE]) {self::traiterMotsCle($ligne[C_MOTS_CLES_TEXTE], $cel->id_utilisateur, $enregistrement);}$champs_etendus = self::traiterChampsEtendus($ligne, self::$indexes_colonnes_etendues);if (!empty($champs_etendus)) {$enregistrement['_champs_etendus'] = $champs_etendus;}return $enregistrement;}static function traiterChampsEtendus(&$ligne, &$indexes_colonnes_etendues) {$champs_etendus_indexes = array();foreach($indexes_colonnes_etendues as $index_num => $label) {if (isset($ligne[$index_num])) {$champs_etendus_indexes[str_replace(self::$prefixe_colonnes_etendues, '', $label)] = $ligne[$index_num];}}return $champs_etendus_indexes;}static function traiterImage($str, $id_utilisateur, &$enregistrement) {$liste_images = array_filter(explode('/', $str));array_walk($liste_images, array(__CLASS__, '__anonyme_4'));$nomsOrignalConcat = implode(',', $liste_images);$requete = 'SELECT id_image, nom_original '.'FROM cel_images '."WHERE ce_utilisateur = $id_utilisateur AND nom_original IN ($nomsOrignalConcat) ".' -- '.__FILE__.':'.__LINE__;$resultat = Cel::db()->requeter($requete);if ($resultat) {$enregistrement['_images'] = $resultat;}}static function traiterMotsCle($str, $id_utilisateur, &$enregistrement) {$liste_mots_cle = $liste_mots_cle_recherche = array_map('trim', array_unique(array_filter(explode(',', $str))));array_walk($liste_mots_cle_recherche, array(__CLASS__, '__anonyme_4'));if (self::$gestion_mots_cles == null) {$gestion_mots_cles = new GestionMotsCles($this->config, 'obs');}$mots_cles_ids = $gestion_mots_cles->obtenirIdsMotClesPourMotsCles($liste_mots_cle, $id_utilisateur);foreach ($mots_cles_ids as $mot_cle) {$resultat[$mot_cle['id_mot_cle']] = $mot_cle['mot_cle'];}$enregistrement['mots_cles_texte'] = implode(',', $liste_mots_cle);$enregistrement['_mots_cle'] = array('existing' => $resultat,'to_insert' => array_diff($liste_mots_cle, $resultat));}/* FONCTIONS de TRANSFORMATION de VALEUR DE CELLULE */// TODO: PHP 5.3, utiliser date_parse_from_format()// TODO: parser les heures (cf product-owner)// TODO: passer par le timestamp pour s'assurer de la validitéstatic function traiterDateObs($date, $ref_ligne) {// TODO: see https://github.com/PHPOffice/PHPExcel/issues/208// TODO: PHPExcel_Shared_Date::ExcelToPHP()if (is_double($date)) {if ($date > 0) {return PHPExcel_Style_NumberFormat::toFormattedString($date, PHPExcel_Style_NumberFormat::FORMAT_DATE_YYYYMMDD2) . " 00:00:00";}$msg = "ligne «{$ref_ligne}»: Attention: date antérieure à 1970 et format de cellule «DATE» utilisés ensemble";trigger_error($msg, E_USER_NOTICE);} else {// attend l'un des formats de// http://www.php.net/manual/fr/datetime.formats.date.php// le plus simple: YYYY/MM/DD (utilisé à l'export), mais DD-MM-YYYY est aussi supporté$matches = NULL;// et on essaie d'être sympa et supporter aussi DD/MM/YYYYif (preg_match(';^([0-3]?\d)/([01]\d)/([12]\d\d\d)$;', $date, $matches)) {$date = $matches[3] . '/' . $matches[2] . '/' . $matches[1];}$timestamp = strtotime($date);if (! $timestamp || $timestamp > time() + 3600 * 24 * 1) { // une journée d'avance maxi autorisée (décallage horaire ?)if ($date) {$msg = "ligne «{$ref_ligne}»: Attention: date erronée ($date)";trigger_error($msg, E_USER_NOTICE);}return NULL;}return strftime('%Y-%m-%d 00:00:00', $timestamp);}}static function identReferentiel($referentiel, $ligne, $ref_ligne) {// SELECT DISTINCT nom_referentiel, COUNT(id_observation) AS count FROM cel_obs GROUP BY nom_referentiel ORDER BY count DESC;if (strpos($referentiel, 'bdtfx') !== FALSE) {return 'bdtfx'; //:v1.01';}if (strpos($referentiel, 'bdtxa') !== FALSE) {return 'bdtxa'; //:v1.00';}if (strpos($referentiel, 'bdnff') !== FALSE) {return 'bdtfx';}if (strpos($referentiel, 'isfan') !== FALSE) {return 'isfan'; //:v1.00';}if (strpos($referentiel, 'apd') !== FALSE) {return 'apd'; //:v1.00';}if (strpos($referentiel, 'autre') !== FALSE) {return 'autre';}if ($referentiel && isset($ligne[C_NOM_SEL]) && $ligne[C_NOM_SEL]) {$msg = "ligne «{$ref_ligne}»: Attention: référentiel «{$referentiel}» inconnu";trigger_error($msg, E_USER_NOTICE);return 'autre';}return NULL;}static function traiterLonLat($lon = NULL, $lat = NULL, $referentiel = 'bdtfx', $ref_ligne) {// en CSV ces valeurs sont des string, avec séparateur en français (","; cf défauts dans ExportXLS)if ($lon && is_string($lon)) {$lon = str_replace(',', '.', $lon);}if ($lat && is_string($lat)) {$lat = str_replace(',', '.', $lat);}// sprintf applique une précision à 5 décimale (comme le ferait MySQL)// tout en uniformisant le format de séparateur des décimales (le ".")if ($lon && is_numeric($lon) && $lon >= -180 && $lon <= 180) {return sprintf('%.5F', $lon);}if ($lat && is_numeric($lat) && $lat >= -90 && $lat <= 90) {return sprintf('%.5F', $lat);}if ($lon || $lat) {trigger_error("ligne \"{$ref_ligne}\": " ."Attention: longitude ou latitude erronée",E_USER_NOTICE);}return NULL;}/*TODO: s'affranchir du webservice pour la détermination du nom scientifique en s'appuyant sur cel_references,pour des questions de performances*/static function traiterEspece($ligne, Array &$espece, &$referentiel, $taxon_info_webservice) {if (empty($ligne[C_NOM_SEL])) {return;}// nom_sel reste toujours celui de l'utilisateur$espece[C_NOM_SEL] = trim($ligne[C_NOM_SEL]);// XXX/attention, nous ne devrions pas accepter un référentiel absent !if (!$referentiel) {$referentiel = 'bdtfx';}$taxon_info_webservice->setReferentiel($referentiel);$ascii = iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $ligne[C_NOM_SEL]);$determ = $taxon_info_webservice->rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax(trim($ligne[C_NOM_SEL]));// note: rechercherInfosSurTexteCodeOuNumTax peut ne retourner qu'une seule clef "nom_sel"if (! $determ) {// on supprime les noms retenus et renvoi tel quel// on réutilise les define pour les noms d'indexes, tant qu'à faire// XXX; tout à NULL sauf C_NOM_SEL ci-dessus ?$espece[C_NOM_SEL_NN] = @$ligne[C_NOM_SEL_NN];$espece[C_NOM_RET] = @$ligne[C_NOM_RET];$espece[C_NOM_RET_NN] = @$ligne[C_NOM_RET_NN];$espece[C_NT] = @$ligne[C_NT];$espece[C_FAMILLE] = @$ligne[C_FAMILLE];return;}// succès de la détection, mais résultat partielif (!isset($determ->id)) {$determ = $taxon_info_webservice->effectuerRequeteInfosComplementairesSurNumNom($determ->{"nom_retenu.id"});}// ne devrait jamais arriver !if (!$determ) {die("erreur critique: " . __FILE__ . ':' . __LINE__);}// un schéma <ref>:(nt|nn):<num> (ie: bdtfx:nt:8503) a été passé// dans ce cas on met à jour le référentiel avec celui passé dans le champ espèceif (isset($determ->ref)) {$referentiel = $determ->ref;}// succès de la détection// nom_sel est remplacé, mais seulement si un motif spécial à été utilisé (bdtfx:nn:4567)if ($taxon_info_webservice->is_notation_spe) {$espece[C_NOM_SEL] = $determ->nom_sci;}// écrasement des numéros (nomenclatural, taxonomique) saisis...$espece[C_NOM_SEL_NN] = $determ->id;$espece[C_NOM_RET] = RechercheInfosTaxonBeta::supprimerBiblio($determ->nom_retenu_complet);$espece[C_NOM_RET_NN] = $determ->{"nom_retenu.id"};$espece[C_NT] = $determ->num_taxonomique;$espece[C_FAMILLE] = $determ->famille;return;}static function detectFromNom($nom) {$r = Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s') "."ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",Cel::db()->proteger($nom)));if ($r) {return $r;}Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT num_nom, num_tax_sup FROM bdtfx_v1_01 WHERE (nom_sci LIKE '%s' OR nom LIKE '%s') "."ORDER BY nom_sci ASC LIMIT 0, 1",Cel::db()->proteger($nom),Cel::db()->proteger(str_replace(' ', '% ', $nom))));return $r;}static function traiterLocalisation($ligne, Array &$localisation) {if (empty($ligne[C_ZONE_GEO])) {$ligne[C_ZONE_GEO] = NULL;}if (empty($ligne[C_CE_ZONE_GEO])) {$ligne[C_CE_ZONE_GEO] = NULL;}$identifiant_commune = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);if (!$identifiant_commune) {$departement = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);if (strpos($departement, 'INSEE-C:', 0) === 0) {$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);if (array_key_exists($localisation[C_CE_ZONE_GEO], self::$cache['geo'])) {$localisation[C_ZONE_GEO] = self::$cache['geo'][$localisation[C_CE_ZONE_GEO]];} else {$nom = Cel::db()->requeter(sprintf("SELECT nom FROM cel_zones_geo WHERE code = %s LIMIT 1",self::quoteNonNull(substr($localisation[C_CE_ZONE_GEO], strlen("INSEE-C:")))));if ($nom) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $nom[0]['nom'];}self::$cache['geo'][$localisation[C_CE_ZONE_GEO]] = @$nom[0]['nom'];}return;}if (!is_numeric($departement)) {$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $ligne[C_CE_ZONE_GEO];return;}$cache_attempted = FALSE;if(array_key_exists($departement, self::$cache['geo'])) {$cache_attempted = TRUE;if (self::$cache['geo'][$departement][0] && self::$cache['geo'][$departement][1]) {$localisation[C_ZONE_GEO] = self::$cache['geo'][$departement][0];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = self::$cache['geo'][$departement][1];return;}}$requete = "SELECT DISTINCT nom, CONCAT('INSEE-C:', code) AS code ".'FROM cel_zones_geo '.'WHERE code = %s '.'LIMIT 1 '.' -- '.__FILE__.':'.__LINE__;$resultat_commune = Cel::db()->requeter(sprintf($requete, self::quoteNonNull($departement)));if (! $cache_attempted && $resultat_commune) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['code'];self::$cache['geo'][$departement] = array($resultat_commune[0]['nom'], $resultat_commune[0]['code']);return;}$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $ligne[C_CE_ZONE_GEO];return;}$select = "SELECT DISTINCT nom, code FROM cel_zones_geo";if (preg_match('/(.+) \((\d{1,5})\)/', $identifiant_commune, $elements)) {// commune + departement : montpellier (34)$nom_commune=$elements[1];$code_commune=$elements[2];if (strlen($code_commune) <= 2) {$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code LIKE %s",$select, self::quoteNonNull($nom_commune),self::quoteNonNull($code_commune.'%'));} else {$requete = sprintf("%s WHERE nom = %s AND code = %d",$select, self::quoteNonNull($nom_commune),$code_commune);}} elseif (preg_match('/^(\d+|(2[ab]\d+))$/i', $identifiant_commune, $elements)) {// Code insee seul$code_insee_commune=$elements[1];$requete = sprintf("%s WHERE code = %s", $select, self::quoteNonNull($code_insee_commune));} else {// Commune seule (le departement sera recupere dans la colonne departement si elle est presente)// on prend le risque ici de retourner une mauvaise Commune$nom_commune = str_replace(" ", "%", iconv('UTF-8', 'ASCII//TRANSLIT', $identifiant_commune));$requete = sprintf("%s WHERE nom LIKE %s", $select, self::quoteNonNull($nom_commune.'%'));}if (array_key_exists($identifiant_commune, self::$cache['geo'])) {$resultat_commune = self::$cache['geo'][$identifiant_commune];} else {$resultat_commune = Cel::db()->requeter($requete);self::$cache['geo'][$identifiant_commune] = $resultat_commune;}// cas de la commune introuvable dans le référentiel// réinitialisation aux valeurs du fichier XLSif (! $resultat_commune) {$localisation[C_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_ZONE_GEO]);$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = trim($ligne[C_CE_ZONE_GEO]);} else {$localisation[C_ZONE_GEO] = $resultat_commune[0]['nom'];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = "INSEE-C:" . $resultat_commune[0]['code'];return;}$departement =& $localisation[C_CE_ZONE_GEO];if (strpos($departement, "INSEE-C:", 0) === 0) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}if (!is_numeric($departement)) {$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}if (strlen($departement) == 4) {$departement = "INSEE-C:0$departement";}if (strlen($departement) == 5) {$departement = "INSEE-C:$departement";}$departement = trim($departement);$localisation[C_ZONE_GEO] = $localisation[C_ZONE_GEO];$localisation[C_CE_ZONE_GEO] = $localisation[C_CE_ZONE_GEO];}public static function stockerChampsEtendus($champs_etendus, $ordre_ids, $config) {// singleton du pauvre mais l'export est suffisamment inefficace pour s'en priverself::$gestion_champs_etendus = self::$gestion_champs_etendus == null ?new GestionChampsEtendus($config, 'obs') :self::$gestion_champs_etendus;$champs_etendus_obs = array();foreach ($champs_etendus as $champ_etendu_a_obs) {$id_obs = $ordre_ids[$champ_etendu_a_obs['ordre']]; // id réel de l'observation correspondant à l'ordreforeach ($champ_etendu_a_obs['champs_etendus'] as $label => $champ) {// XXX: insère t'on des valeurs vides ?$valeur = $champ;$cle = $label;if (!empty($cle) && !empty($valeur)) {$champ_etendu_a_inserer = new ChampEtendu();$champ_etendu_a_inserer->id = $id_obs;$champ_etendu_a_inserer->cle = $cle;$champ_etendu_a_inserer->valeur = $valeur;$champs_etendus_obs[] = $champ_etendu_a_inserer;}}}self::$gestion_champs_etendus->ajouterParLots($champs_etendus_obs);//TODO: que faire si l'insertion des champs étendus échoue ?return count($champs_etendus_obs);}/* HELPERS */// http://stackoverflow.com/questions/348410/sort-an-array-based-on-another-array// XXX; utilisé aussi (temporairement ?) par FormateurGroupeColonne.static function sortArrayByArray($array, $orderArray) {$ordered = array();foreach($orderArray as $key) {if (array_key_exists($key, $array)) {$ordered[$key] = $array[$key];unset($array[$key]);}}return $ordered + $array;}// retourne une BBox [N,S,E,O) pour un référentiel donnéstatic function getReferentielBBox($referentiel) {if ($referentiel == 'bdtfx') {return Array('NORD' => 51.2, // Dunkerque'SUD' => 41.3, // Bonifacio'EST' => 9.7, // Corse'OUEST' => -5.2); // Ouessan}return FALSE;}// ces valeurs ne sont pas inséré via les placeholders du PDO::preparedStatement// et doivent donc être échappées correctement.public function initialiser_colonnes_statiques() {$this->colonnes_statiques = array_merge($this->colonnes_statiques,array('ce_utilisateur' => self::quoteNonNull($this->id_utilisateur), // peut-être un hash ou un id'prenom_utilisateur' => self::quoteNonNull($this->utilisateur['prenom']),'nom_utilisateur' => self::quoteNonNull($this->utilisateur['nom']),'courriel_utilisateur' => self::quoteNonNull($this->utilisateur['courriel']),));}static function initialiser_pdo_ordered_statements($colonnes_statiques) {return Array(// insert_ligne_pattern_ordresprintf('INSERT INTO cel_obs (%s, %s) VALUES',implode(', ', array_keys($colonnes_statiques)),implode(', ', array_diff(self::$ordre_BDD, array_keys($colonnes_statiques)))),// insert_ligne_pattern_ordresprintf('(%s, %s ?)',implode(', ', $colonnes_statiques),str_repeat('?, ', count(self::$ordre_BDD) - count($colonnes_statiques) - 1)));}static function initialiser_pdo_statements($colonnes_statiques) {return Array(// insert_prefixsprintf('INSERT INTO cel_obs (%s) VALUES ',implode(', ', self::$ordre_BDD)),// insert_ligne_pattern, cf: self::$insert_ligne_pattern'(' .// 3) créé une chaîne de liste de champ à inséré en DBimplode(', ', array_values(// 2) garde les valeurs fixes (de $colonnes_statiques),// mais remplace les NULL par des "?"array_map('__anonyme_5',// 1) créé un tableau genre (nom_sel_nn => NULL) depuis self::$ordre_BDD// et écrase certaines valeurs avec $colonnes_statiques (initilisé avec les données utilisateur)array_merge(array_map('__anonyme_6', array_flip(self::$ordre_BDD)), $colonnes_statiques)))) .')');}// équivalent à Bdd->proteger() (qui wrap PDO::quote),// sans transformer NULL en ""static function quoteNonNull($chaine) {if (is_null($chaine)) {return 'NULL';}if (!is_string($chaine) && !is_integer($chaine)) {die('erreur: ' . __FILE__ . ':' . __LINE__);}return Cel::db()->quote($chaine);}public function erreurs_stock($errno, $errstr) {$this->bilan[] = $errstr;}}